本発明は、シークエンシングが直面している幾つかの難題に取り組むための新規アプローチ、定量的ヌクレアーゼ保護シークエンシング（ｑＮＰＳ^ＴＭ）を提供し、研究および診断用途に改善をもたらす。この方法は、溶解（ヌクレアーゼのみ）保護アッセイを用いて、シークエンシング用の核酸、例えばＤＮＡプローブを作成するものであり、該プローブを遺伝子特異的タグにカップリングさせて、該ヌクレアーゼ保護プローブ自体のシークエンシングを必要とすることなく、遺伝子の同定を可能にすることができ、および／または該プローブを実験特異的タグにカップリングさせることができ、それによって異なる患者からのサンプルを単一ランに統合することができる。本開示ｑＮＰＳは、固定されたかまたは不溶性のサンプルのシークエンシングを可能にし、研究および発見ツールとしてならびに診断試験として利用可能にする。
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