パスウェイ表示方法、情報処理装置及びパスウェイ表示プログラム
【課題】時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することを目的の一つとする。
【解決手段】情報を処理する情報処理装置におけるパスウェイの表示方法であって、パスウェイ情報取得段階（Ｓ１０）と、発現情報特定段階（Ｓ１１）と、発現情報取得段階（Ｓ１２）と、動画表示段階（Ｓ１３）と、を含むことによって上記課題を解決する。
【解決手段】情報を処理する情報処理装置におけるパスウェイの表示方法であって、パスウェイ情報取得段階（Ｓ１０）と、発現情報特定段階（Ｓ１１）と、発現情報取得段階（Ｓ１２）と、動画表示段階（Ｓ１３）と、を含むことによって上記課題を解決する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、パスウェイ表示方法、情報処理装置及びパスウェイ表示プログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
遺伝子は生物の遺伝的な形質を規定する因子であり、遺伝情報の単位とされており、この遺伝情報の実態はＤＮＡである。遺伝子はＤＮＡが複製されることによって次世代へと受け継がれる。なお、遺伝情報は、転写と翻訳との過程を経て、タンパク質のアミノ酸配列に変換されることによって、初めて各々の機能を発揮することができ、該過程を発現という。
【０００３】
このような生体を構成する遺伝子同士や、タンパク質同士の関係を表現する手段の一つとして、例えばタンパク質等をノードとし、ノード間の相互作用をコントロールとして、タンパク質同士の関係を視覚的に表すパスウェイ（Ｐａｔｈｗａｙ）が用いられている。例えば、細胞内に多数存在するタンパク質がお互いに関連を持ちながら一つの現象を行なう（例えば、細胞接着や細胞分裂、神経伝達物質の放出等）過程において、人では約３万種あるタンパク質の内、特定のものが特定の時期に働き、一つのパスウェイを形成する。そして、このパスウェイを利用することにより疾患のメカニズム等を解析することに役立てている。
【０００４】
このパスウェイの表示方法として、例えば、特許文献１に記載の方法等がある。特許文献１に記載の方法は、複雑なパスウェイや、中・大規模なパスウェイについて、グラフを自動的に描画するようにしたものである。
【０００５】
【特許文献１】特開２００３−１６７８８２号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
しかしながら、上述した特許文献１記載の方法では、ある時間断面毎に切ってパスウェイを表示しているため、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を視覚的に容易に把握することが困難な問題があった。また、同様に、時系列に起こる代謝産物の生成過程を視覚的に容易に把握することが困難な問題もあった。
【０００７】
本発明は上記の点に鑑みなされたもので、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することを目的の一つとする。また、本発明は、時系列に起こる代謝産物の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することを他の目的の一つとする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
そこで、上記問題を解決するため、本発明は、情報を処理する情報処理装置における、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定段階と、前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことを特徴とする。
【０００９】
本発明によれば、情報を処理する情報処理装置における、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定段階と、前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことにより、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これにより、例えば、ユーザは視覚的に容易にアミノ酸等の発現過程を把握することができる。なお、ここで、格納手段とは、例えば後述するＨＤ１９又はネットワークを介して情報処理装置と接続された他の装置のＨＤ等に対応する。パスウェイ情報を格納する格納手段と、関連付け情報を格納する格納手段と、発現情報を格納する格納手段と、は必ずしも同じ格納手段でなくてもよい。また、遺伝子とは、例えば後述するＤＮＡ又はｍＲＮＡ等に対応する。また、その他遺伝子に関する物質とは、例えば染色体等に対応する。また、それらのグループとは、例えばタンパク質複合体や、後述するリボソーム等に対応する。また、動画とは、例えば、アニメーション、つまり静止画を時系列に変化させて表示するもの、等に対応する。
【００１０】
また、本発明は、情報を処理する情報処理装置における、代謝産物を示すノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きる代謝産物の生成に係る生成情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記生成情報を特定する生成情報特定段階と、前記生成情報特定段階で特定した生成情報を格納手段より取得する生成情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記生成情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことを特徴とする。
【００１１】
本発明によれば、情報を処理する情報処理装置における、代謝産物を示すノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きる代謝産物の生成に係る生成情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記生成情報を特定する生成情報特定段階と、前記生成情報特定段階で特定した生成情報を格納手段より取得する生成情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記生成情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことにより、時系列に起こる代謝産物の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これにより、例えば、ユーザは視覚的に容易に代謝産物の生成過程を把握することができる。なお、ここで、格納手段とは、例えば後述するＨＤ１９又はネットワークを介して情報処理装置と接続された他の装置のＨＤ等に対応する。パスウェイ情報を格納する格納手段と、関連付け情報を格納する格納手段と、生成情報を格納する格納手段と、は必ずしも同じ格納手段でなくてもよい。
【００１２】
また、上記問題を解決するため、本発明は、情報処理装置及びパスウェイ表示プログラムとしてもよい。
【発明の効果】
【００１３】
本発明の一つによれば、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。また、本発明の他の一つによれば、時系列に起こる代謝産物の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１４】
以下、本発明の実施の形態について図面に基づいて説明する。但し、本発明の実施の形態を説明するにおいて、前提となるセントラルドグマの概念を、図１を用いて説明する。図１は、セントラルドグマの概念図である。
【００１５】
生命現象の中で重要な働きをするタンパク質の設計図はＤＮＡにあるが、直接ＤＮＡからタンパク質を合成することはできない。ＤＮＡ上の情報は、一旦メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に転写され、翻訳という過程を経て、アミノ酸が沢山連なったタンパク質を合成する（セントラルドグマ）。この翻訳で重要な働きをするのがリボソームと、トランスファＲＮＡ（ｔＲＮＡ）と、である。リボソームはｍＲＮＡをくわえ込み、アミノ酸の運び屋であるｔＲＮＡは、その中でｍＲＮＡのコドンを認識する。そして、リボソームの酵素作用によって隣り合ったアミノ酸がペプチド結合をし、ペプチド、更にはタンパク質となる。
【００１６】
ここで、タンパク質の発現のステップを、図２に示す。図２は、タンパク質の発現ステップを示す図である。生体メカニズムの異常は個々のタンパク質発現の過程の（Ａ）及び／又は（Ｂ）で起こる可能性がある。また、ｍＲＮＡ及びタンパク質は他の分子の発現を亢進したり、抑制したりする機能を持つものがあるので、（Ｃ）分子（タンパク質）間相互作用における異常も考えられる。
【実施例１】
【００１７】
以下、情報処理装置１の一例のハードウェア構成を図３に示す。図３は、情報処理装置の一例のハードウェア構成図である。図３に示されるように、情報処理装置１は、ハードウェア構成として、入力部１１と、表示部１２と、記録媒体ドライブ部１３と、ＲＯＭ（Ｒｅａｄ Ｏｎｌｙ Ｍｅｍｏｒｙ）１５と、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）１６と、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）１７と、インターフェース部１８と、ＨＤ（Ｈａｒｄ Ｄｉｓｋ）１９と、を含む。
【００１８】
入力部１１は、情報処理装置１の操作者（又はユーザ）が操作するキーボード及びマウス等で構成され、情報処理装置１に各種操作情報等を入力するのに用いられる。表示部１２は、情報処理装置１の操作者が利用するディスプレイ等で構成され、各種情報（又は画面）等を表示するのに用いられる。インターフェース部１８は、情報処理装置１をネットワーク等に接続するインターフェースである。
【００１９】
パスウェイを画面等に表示するパスウェイ表示プログラムは、例えば、ＣＤ−ＲＯＭ等の記録媒体１４によって情報処理装置１に提供されるか、ネットワーク等を通じてダウンロードされる。記録媒体１４は、記録媒体ドライブ部１３にセットされ、パスウェイ表示プログラムが記録媒体１４から記録媒体ドライブ部１３を介してＨＤ１９にインストールされる。
【００２０】
ＲＯＭ１５は、情報処理装置１の電源投入時に最初に読み込まれるプログラム等を記録する。ＲＡＭ１６は、情報処理装置１のメインメモリである。ＣＰＵ１７は、必要に応じて、ＨＤ１９よりパスウェイ表示プログラムを読み出して、ＲＡＭ１６に格納し、パスウェイ表示プログラムを実行することで、後述する機能の全て又は一部を提供したり、後述するフローチャート等を実行したりする。また、ＨＤ１９は、パスウェイ表示プログラム以外に、例えば後述するパスウェイ情報や、関連付け情報、発現情報等を格納する。なお、パスウェイ情報や、関連付け情報、発現情報等の全て又はその内の幾つかの情報は、当該情報処理装置１とネットワークを介して接続された他の装置のＨＤ等に格納されていてもよい。但し、以下では説明の簡略化のため、パスウェイ情報や、関連付け情報、発現情報等は、ＨＤ１９に格納されているものとして説明を行う。
【００２１】
以下、情報処理装置１の一例の機能構成を図４に示す。図４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その１）である。図４に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部２１と、発現情報特定部２２と、発現情報取得部２３と、動画表示部２４と、パスウェイ情報ＤＢ３１と、関連付け情報ＤＢ３２と、発現情報ＤＢ３３と、を含む。
【００２２】
パスウェイ情報取得部２１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ３１よりパスウェイ情報を取得する。発現情報特定部２２は、関連付け情報ＤＢ３２に格納されている関連付け情報から、パスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報に対応する発現情報を特定する。
【００２３】
発現情報取得部２３は、発現情報特定部２２が特定した発現情報を、発現情報ＤＢ３３より取得する。動画表示部２４は、パスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報及び発現情報取得部２３が取得した発現情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。動画表示部２４は、例えば後述する発現値（発現量の値）の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、例えば発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりする。このように、例えば動画表示部２４等が、発現値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりすることにより、ユーザは、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握することができる。なお、動画表示部２４は、発現値の絶対値に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたり、発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたりしてもよい。但し、以下では説明の簡略化のため、動画表示部２４は、発現値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させ、発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させるものとして説明を行う。
【００２４】
また、動画表示部２４は、後述するように例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、一つの画面に二つのパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。このように、例えば動画表示部２４等が、一つの画面に二つのパスウェイ、例えば一つが正常な細胞（正常細胞）のタンパク質をノードとしたパスウェイで、もう一つがガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイ、を表示させることにより、ユーザは、二つのパスウェイの時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程の違いを視覚的に容易に把握することができる。なお、動画表示部２４は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、組織、臓器、投薬、試薬、種差、発生（卵、胎児、成獣）等が異なるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の二つのパスウェイを一つの画面に表示してもよい。
【００２５】
また、動画表示部２４は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイに表示されているノードの内、たとえばユーザ等に選択されたノードを抽出（例えば、他のノード等の表示を消したり、選択されたノードをポップアップ表示したり）して、該ノードの大きさや色を時系列に変化させるようにしてもよい。このように、動画表示部２４が、特定のノードを抽出して表示することにより、変化が激しいノード等、注目すべきノードの変化を詳細に示すことができる。
【００２６】
パスウェイ情報ＤＢ３１は、パスウェイ情報を管理する。なお、パスウェイ情報は、パスウェイを識別するパスウェイＩＤや、パスウェイの属性を表すパスウェイ属性情報、視覚的にパスウェイを表示するのに用いられるパスウェイデータ、ノードの属性（例えば、ノードの形状が円形か、楕円形か、多角形か等）を表すノード属性情報、コントロールの属性（例えば、コントロールが実線か、点線か等）を表すコントロール属性情報等を含む。なお、パスウェイデータは、パスウェイを構成するコントロール情報及びノード情報を含む。また、コントロール情報は、コントロールの位置情報を含む。また、ノード情報は、ノードの位置情報及びノードに対応するタンパク質又はｍＲＮＡ等の発現量に係るデータを含む。なお、該発現量に係るデータは、後述する発現データの初期値に対応する。ノードの位置情報の一例は、後述する図５に示す。また、コントロール属性情報の一例は、後述する図６に示す。
【００２７】
関連付け情報ＤＢ３２は、パスウェイ情報と、発現情報と、を関連付ける関連付け情報を管理する。関連付け情報の一例は、後述する図７に示す。発現情報ＤＢ３３は、初期値となるパスウェイ情報より一定期間後のパスウェイ情報であり、タンパク質等の発現によるパスウェイの変化を表す発現情報を管理する。なお、発現情報は、発現情報を識別する発現ＩＤや、発現情報の属性を表す発現属性情報、後述する発現データ等を含む。発現データの一例は、後述する図８に示す。
【００２８】
以下、ノードの位置情報の一例を図５に示す。図５は、ノードの位置情報の一例を示す図である。図５に示されるように、ノードの位置情報は、ノードを識別するノードＩＤと、ノードのｘ座標と、ｙ座標と、を含む。
【００２９】
以下、コントロール属性情報の一例を図６に示す。図６は、コントロール属性情報の一例を示す図である。図６に示されるように、コントロール属性情報は、コントロールを識別するコントロールＩＤと、ノードを識別するノードＩＤ１と、ノードＩＤ２と、コントロールの線の種類を識別する線種ＩＤと、始点と、終点と、を含む。ここで、始点には、始点の座標（ノードＩＤ１の座標）が格納される。また、終点には、終点の座標（ノードＩＤ２の座標）が格納される。
【００３０】
以下、関連付け情報の一例を図７に示す。図７は、関連付け情報の一例を示す図である。図７に示されるように、関連付け情報は、発現ＩＤと、ノードＩＤと、パスウェイＩＤと、を含む。なお、本実施例では、説明の簡略化のため、ノードＩＤで識別されるノードの名前は、例えばタンパク質名や、ｍＲＮＡ名等と１対１で対応しているものとして説明を行う。以下においても同様である。
【００３１】
以下、発現データの一例を図８に示す。図８は、発現データの一例を示す図である。図８に示されるように、発現データは、発現データを識別する発現データＩＤと、発現量の値（発現値）の所定時間経過後毎の値と、を含む。なお、図８に示される所定時間の単位は、秒であってもよいし、分や、時間、日等であってもよい。
【００３２】
以下、パスウェイ表示処理の一例を図９に示す。図９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャートである。ステップＳ１０において、パスウェイ情報取得部２１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ３１よりパスウェイ情報を取得する。
【００３３】
ステップＳ１０に続いてステップＳ１１に進み、発現情報特定部２２は、関連付け情報ＤＢ３２に格納されている関連付け情報から、ステップＳ１０においてパスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報に対応する発現情報を特定する。
【００３４】
ステップＳ１１に続いてステップＳ１２に進み、発現情報取得部２３は、ステップＳ１１において発現情報特定部２２が特定した発現情報を、発現情報ＤＢ３３より取得する。ステップＳ１２に続いてステップＳ１３に進み、動画表示部２４は、パスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報及び発現情報取得部２３が取得した発現情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。なお、ステップＳ１３における動画表示部２４による動画表示処理の詳細は、後述する図１０に示す。
【００３５】
情報処理装置１が、図９に示したような処理を行うことによって、ユーザは、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００３６】
以下、動画表示処理の一例を図１０に示す。図１０は、動画表示処理の一例を示すフローチャート（その１）である。ステップＳ２０において、動画表示部２４は、変数ｔに、初期時刻を代入する。ステップＳ２１では、動画表示部２４が、時刻ｔでの発現値を用いてノード及びコントロール等を表示する。なお、ステップＳ２１における動画表示部２４による発現値を用いたノード等の表示処理の詳細は、後述する図１１に示す。
【００３７】
ステップＳ２１に続いてステップＳ２２に進み、動画表示部２４は、数百ミリ秒処理を静止する。ステップＳ２２に続いてステップＳ２３に進み、動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上か否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上であると判定すると（ステップＳ２３においてＹＥＳ）、ステップＳ２５に進み、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻より小さいと判定すると（ステップＳ２３においてＮＯ）、ステップＳ２４に進む。
【００３８】
ステップＳ２４では、動画表示部２４が、変数ｔに現在ｔに代入されている時刻の次の時刻を代入する。
【００３９】
ステップＳ２５では、動画表示部２４が、変数ｔに初期時刻を代入し、ステップＳ２６に進む。ステップＳ２６では、動画表示部２４が、ユーザ等によって、画面に表示されているＳｔｏｐボタンが押されているか否かを判定する。動画表示部２４は、ユーザ等によってＳｔｏｐボタンが押されていると判定すると（ステップＳ２６においてＹＥＳ）、動画表示処理を終了し、Ｓｔｏｐボタンが押されていないと判定すると（ステップＳ２６においてＮＯ）、ステップＳ２１の処理に戻る。
【００４０】
動画表示部２４が、図１０に示したような処理を行うことによって、タンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を動画表示することができる。
【００４１】
以下、ノード等の表示処理の一例を図１１に示す。図１１は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その１）である。
【００４２】
ステップＳ３０において、動画表示部２４は、変数ｉに１を代入する。ステップＳ３１では、動画表示部２４が、変数ｉの値が、表示対象としているパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。動画表示部２４は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｉの値が、表示対象としているパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ３１においてＹＥＳ）、ステップＳ３２に進み、変数ｉの値が、表示対象としているパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ３１においてＮＯ）、発現値を用いたノード等の表示処理を終了する。
【００４３】
ステップＳ３２では、動画表示部２４が、発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算する。例えば、動画表示部２４は、表示対象としているパスウェイに含まれるノードの発現値の絶対値が、同じパスウェイに含まれる他のノードの発現値の絶対値に比べて大きいノードは、該ノードの大きさを大きくし、小さいノードは、該ノードの大きさを小さくする。ステップＳ３２に続いてステップＳ３３に進み、動画表示部２４は、発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算する。例えば、動画表示部２４は、比を求める計算の結果、発現値の初期値に対する比が大きいノード（例えば、２倍以上のノード）は、ノードの色を赤とし、比が変わらないノード（例えば、１倍前後のノード）は、ノードの色を黒とし、比が小さいノード（例えば、０．５倍以下のノード）は、ノードの色を緑とする。
【００４４】
ステップＳ３３に続いてステップＳ３４に進み、動画表示部２４が、ステップＳ３２において計算したノードの大きさや、ステップＳ３３において計算したノードの色に応じて、ノードを表示する。ステップＳ３４に続いてステップＳ３５に進み、動画表示部２４は、変数ｉをインクリメントし、ステップＳ３１に進む。なお、図１１では説明の簡略化のため、省略してあるが、例えばステップＳ３４等において、動画表示部２４は、変数ｉに１が代入されている場合、ノードを表示すると共に、コントロールを表示してもよい。また、例えばステップＳ３４等において、動画表示部２４は、変数ｉに２以上が代入されている場合、ステップＳ３２において計算したノードの大きさ（つまり発現値の絶対値）等に応じて、該ノードに関係するコントロールの表示を消去したりしてもよい。
【００４５】
ここで、ノードが例えばタンパク質を表している場合であっても、動画表示部２４が該ノードの大きさや色を計算する際に用いる発現値（又は発現情報）は、必ずしも該ノードに対応するタンパク質の発現値（又は発現情報）に限られない。動画表示部２４は、該ノードの大きさや色を計算する際に、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値（又は発現情報）等を用いる場合もある。このようにタンパク質に対応するノードの大きさや色を計算する際に、該タンパク質のｍＲＮＡ等の発現値を用いる利点等は、後述する図１７等において説明する。また、動画表示部２４によって表示されたノード及びコントロール（つまり、パスウェイ）の例は、後述する図１２から図１６等に示す。
【００４６】
動画表示部２４が、図１１に示したような処理を行うことによって、例えばタンパク質や、ｍＲＮＡの発現の変化を、ノードの大きさや、色で表すことが可能となり、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を、視覚的に容易に把握することができる。特に、動画表示部２４が、発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算し、表示することにより、ユーザは、例えばあるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現値が表示対象としているパスウェイ上で他のタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現値に比べて、どれだけの割合で存在しているのか容易に把握することができる。また、動画表示部２４が、発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算し、表示することにより、ユーザは、例えばあるタンパク質や、ｍＲＮＡ等がどれだけの比で増えているのか、或いは減っているのか容易に把握することができる。
【００４７】
また、動画表示部２４が、発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算し、発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算して、ノードの大きさや色を同時に変化させて表示することにより、ユーザは、例えば表示対象としているパスウェイに含まれるタンパク質（又はｍＲＮＡ）等の発現値が時間の経過と共にどのように変化するか、視覚的に容易に把握することができる。
【００４８】
以下、パスウェイの表示画面の一例を、図１２に示す。図１２は、パスウェイの表示画面を示す図（その１）である。図１２に示される画面には、時刻０でのパスウェイが表示されている。また、時刻０では、各ノードの色は黒で表示される。
【００４９】
以下、パスウェイの表示画面の他の例を、図１３から図１５に示す。図１３は、パスウェイの表示画面を示す図（その２）である。図１３に示される画面には、時刻１でのパスウェイが表示されている。図１３に示される画面では、図１２に示した画面に比べて、ノードの色や、大きさが変化している。図１４は、パスウェイの表示画面を示す図（その３）である。図１４に示される画面には、時刻３でのパスウェイが表示されている。図１５は、パスウェイの表示画面を示す図（その４）である。図１５に示される画面には、時刻５でのパスウェイが表示されている。図１２から図１５等に示されたように、動画表示部２４が、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を動画表示することによって、ユーザは、該発現過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００５０】
以下、パスウェイの表示画面の他の例を図１６に示す。図１６は、パスウェイの表示画面を示す図（その５）である。上述した図１２から図１５では、動画表示部２４が、一つの画面に一つのパスウェイを表示する例を示したが、図１６に示されるように、動画表示部２４は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、一つの画面に二つのパスウェイを表示するようにしてもよい。上述したように、動画表示部２４等が、一つの画面に二つのパスウェイ、例えば一つが正常細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイで、もう一つがガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイ、を表示させることにより、ユーザは、正常細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイと、ガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイと、を比較しながら、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００５１】
以下、動画表示部２４が、一つの画面に二つのパスウェイを表示する場合の表示パターン（又は比較パターン）の例を、図１７に示す。ここで、前提知識として、ｍＲＮＡの発現量と、タンパク質の発現量と、は、必ずしも相関しないことが知られている。しかしながら、依存関係としてタンパク質の発現の前にｍＲＮＡの発現が起こることは確かである。また、あるタンパク質Ａが、タンパク質Ｂの発現を亢進・抑制することが知られている。更には、一旦発現したｍＲＮＡや、タンパク質は生体内に必ずしも蓄積されるのではなく、分解される。このため、タンパク質レベルでは発現が確認されたが、ｍＲＮＡレベルでは確認できない場合もある。
【００５２】
図１７は、表示パターンの一例を示す図である。図１７のＡに示されるように、表示パターンの一つとして、例えば、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＡに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、正常細胞と、ガン細胞と、におけるタンパク質の発現量を時系列に比較することができる。
【００５３】
また、図１７のＢに示されるように、表示パターンの他の一つとして、例えば、正常細胞のｍＲＮＡをノードとし、該ｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、ガン細胞のｍＲＮＡをノードとし、該ｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＢに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、正常細胞と、ガン細胞と、におけるｍＲＮＡの発現量を時系列に比較することができる。特に、図１７のＢに示した表示は、図２に示した（Ａ）のステップにおける欠陥を分析するのに適している。
【００５４】
また、図１７のＣに示されるように、表示パターンの他の一つの例として、例えば、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＣに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、正常細胞において、図２に示したような発現ステップが正常に働いたときの、タンパク質と、ｍＲＮＡと、の発現パターンを比較することができる。
【００５５】
また、図１７のＤに示されるように、表示パターンの他の一つの例として、例えば、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＤに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、図１７のＡ及び／又は図１７のＢに示したような表示によって正常細胞と比較して、ガン細胞における発現量に特徴的な分子等が特定できていた場合、図２に示した（Ａ）から（Ｃ）のステップの内、どのステップで異常が起きたのか分析することができる。
【００５６】
また、図１７のＥに示されるように、表示パターンの他の一つの例として、例えば、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＥに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、ｍＲＮＡの発現量や、コピー（複製）の順序、タイミング等が正常である片方のパスウェイを基準に、ガン細胞のタンパク質の発現量の変化に基づき、図２に示したようなステップにおいて、どのステップで異常が起きたか分析することができる。何故なら、ガン細胞のパスウェイでは、あるタンパク質が欠損したり、過剰に発現したりすることがある。仮にタンパク質が欠損した場合、ユーザは、対応するｍＲＮＡの発現タイミング以降に生体機構に異常が起きたことを推定できる。また、逆に過剰に発現した場合、ユーザは、発現抑制タンパク質に対応するｍＲＮＡの発現タイミング以降に異常が起きたことが推定できる。図１７のＥに示した表示は、図２に示した（Ｂ）及び（Ｃ）のステップにおける欠陥を分析するときに適した表示である。
【００５７】
上述したように、本実施例によれば、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これによりユーザは視覚的に容易にアミノ酸等の発現過程を把握することができる。
【実施例２】
【００５８】
上述した実施例１では、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握可能とする機能及び方法等について説明を行ったが、同様な機能及び方法等を用いて、時系列に起こる代謝産物の生成過程を視覚的に容易に把握可能とすることもできる。
【００５９】
以下、実施例２では、代謝産物の生成過程を視覚的に容易に把握可能とする本発明の機能及び方法等を示す。但し、実施例２では、実施例１に示した「タンパク質や、ｍＲＮＡ等」を「代謝産物」に、また、実施例１に示した「発現」を「生成」に置き換えれば上述した説明とほぼ同様なため、詳細な説明は省略する。
【００６０】
以下、情報処理装置１の本実施例における一例の機能構成を図１８に示す。図１８は、情報処理装置の一例の機能構成図（その２）である。図１８に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部４１と、生成情報特定部４２と、生成情報取得部４３と、動画表示部４４と、パスウェイ情報ＤＢ５１と、関連付け情報ＤＢ５２と、生成情報ＤＢ５３と、を含む。
【００６１】
パスウェイ情報取得部４１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ５１よりパスウェイ情報を取得する。生成情報特定部４２は、関連付け情報ＤＢ５２に格納されている関連付け情報から、パスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報に対応する生成情報を特定する。
【００６２】
生成情報取得部４３は、生成情報特定部４２が特定した生成情報を、生成情報ＤＢ５３より取得する。動画表示部４４は、パスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報及び生成情報取得部４３が取得した生成情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。動画表示部４４は、例えば生成値（代謝産物の生成量の値）の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、例えば生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりする。このように、例えば動画表示部４４等が、生成値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりすることにより、ユーザは、時系列に起こる代謝産物等の生成過程を視覚的に容易に把握することができる。なお、動画表示部４４は、生成値の絶対値に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたり、生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたりしてもよい。但し、以下では説明の簡略化のため、動画表示部４４は、生成値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させ、生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させるものとして説明を行う。
【００６３】
パスウェイ情報ＤＢ５１は、パスウェイ情報を管理する。なお、パスウェイ情報は、パスウェイを識別するパスウェイＩＤや、パスウェイの属性を表すパスウェイ属性情報、視覚的にパスウェイを表示するのに用いられるパスウェイデータ、ノードの属性（例えば、ノードの形状が円形か、楕円形か、多角形か等）を表すノード属性情報、コントロールの属性（例えば、コントロールが実線か、点線か等）を表すコントロール属性情報等を含む。なお、パスウェイデータは、パスウェイを構成するコントロール情報及びノード情報を含む。また、コントロール情報は、コントロールの位置情報を含む。また、ノード情報は、ノードの位置情報及びノードに対応する代謝産物等の生成量に係るデータを含む。なお、該生成量に係るデータは、後述する生成データの初期値に対応する。
【００６４】
関連付け情報ＤＢ５２は、パスウェイ情報と、生成情報と、を関連付ける関連付け情報を管理する。生成情報ＤＢ５３は、初期値となるパスウェイ情報より一定期間後のパスウェイ情報であり、代謝産物等の生成によるパスウェイの変化を表す生成情報を管理する。なお、生成情報は、生成情報を識別する生成ＩＤや、生成情報の属性を表す生成属性情報、代謝産物等の生成量に係るデータの所定時間経過後毎のデータである生成データ等を含む。
【００６５】
以下、パスウェイ表示処理の本実施例における一例を図１９に示す。図１９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。ステップＳ４０において、パスウェイ情報取得部４１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ５１よりパスウェイ情報を取得する。
【００６６】
ステップＳ４０に続いてステップＳ４１に進み、生成情報特定部４２は、関連付け情報ＤＢ５２に格納されている関連付け情報から、ステップＳ４０においてパスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報に対応する生成情報を特定する。
【００６７】
ステップＳ４１に続いてステップＳ４２に進み、生成情報取得部４３は、ステップＳ４１において生成情報特定部４２が特定した生成情報を、生成情報ＤＢ５３より取得する。ステップＳ４２に続いてステップＳ４３に進み、動画表示部４４は、パスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報及び生成情報取得部４３が取得した生成情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。
【００６８】
情報処理装置１が、図１９に示したような処理を行うことによって、ユーザは、時系列に起こる代謝産物等の生成過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００６９】
上述したように、本実施例によれば、時系列に起こる代謝産物等の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これによりユーザは視覚的に容易に代謝産物の生成過程を把握することができる。
【実施例３】
【００７０】
例えば、上述した実施例１では、情報処理装置１が、例えば、一つの画面に同一のパスウェイながら異なる発現情報を用いたパスウェイ、例えば一つが正常細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイで、もう一つがガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイ、を同じ時系列に基づいて変化させ、表示した例を示した（例えば、図１６等参照）。
【００７１】
しかしながら、情報処理装置１は、一つの画面に同一のパスウェイを複数表示し、各々のパスウェイの表示を異なる時系列に基づいて変化させ、表示してもよい。
図２０は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。図２０において、５０は、フォームである。本実施例では、情報処理装置１は、ユーザからの要求等に応じて、表示画面に複数のフォーム（図２０の例では、５０1、５０2）を表示し、前記フォームにそれぞれ一つのパスウェイを表示するものとして説明を行なう。
【００７２】
図２０の、フォーム５０1に示されるパスウェイと、フォーム５０2に示されるパスウェイとは、例えば、同じガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイである。しかしながら、フォーム５０1に示されるパスウェイの時系列は、「０、０．５、１、３、５、７、９」であるのに対して、フォーム５０2に示されるパスウェイの時系列は、「０、５、１０、３０、５０、７０、９０」である。なお、上述したように、時間の単位は、秒であってもよいし、分や、時間、日等であってもよい。
【００７３】
情報処理装置１は、フォーム５０毎に、例えばＨＤ１９等に、実施例１の図５に示したノードの位置情報、図６に示したコントロール属性情報、図７に示した関連付け情報、図８に示した発現データ等を、格納している。そして、情報処理装置１は、フォーム５０毎に、実施例１の図９〜図１１に示した処理を実行し、動画表示を行なう。
【００７４】
ここで、フォーム５０2に示されるパスウェイに対応する発現データの一例を、図２１に示す。図２１は、発現データの一例を示す図（その２）である。図２１に示される発現データは、図８に示した発現データと比べて、時間経過の刻みが異なっている。
【００７５】
情報処理装置１が、図２０に示されるような表示を行なうことによって、例えばユーザは、短期的には発現量も少なく全体に対する影響も少ないが、長期的には発現量が大きくなり全体に対する影響も大きいタンパク質や、逆に、短期的には発現量が大きく全体に対する影響も大きいが、長期的には発現量が急に小さくなり全体に対する影響も少ないタンパク質等を特定することができる。
【００７６】
上述したように、本実施例によれば、タンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を、異なる時系列において、視覚的に容易に把握可能とすることができる。
【実施例４】
【００７７】
例えば、上述した実施例１では、情報処理装置１が、パスウェイ情報を取得し、取得したパスウェイ情報と、関連付け情報とに基づいて発現情報を特定し、特定した発現情報を取得して、動画表示を行なった（例えば、図９等参照）。つまり、上述した実施例１では、関連付け情報において、パスウェイ情報と、発現情報とは必ず関連付けられており、また、パスウェイ情報に関連する発現情報も必ず発現情報ＤＢ３３に格納されているものとして説明を行なった。
【００７８】
しかしながら、関連付け情報において、パスウェイ情報と、発現情報とが必ず関連付けられているとは限らない場合や、パスウェイ情報に関連する発現情報が発現情報ＤＢ３３に格納されていない場合もありうる。特に、後述する実施例に示すように、情報処理装置１とネットワークを介して接続された通信端末装置にパスウェイの編集を許可し、情報処理装置１が、通信端末装置より編集結果を受け取り、パスウェイ情報ＤＢ３１及び／又は関連付け情報ＤＢ３２及び／又は発現情報ＤＢ３３等に編集結果を反映する構成とすると、上述したような場合がありうる。
【００７９】
以下、上述した図９のステップＳ１１等において説明した発現情報特定処理の本実施例における一例を図２２に示す。図２２は、発現情報特定処理の一例を示すフローチャートである。ステップＳ５０において、発現情報特定部２２は、変数ｎに１を代入する。
【００８０】
ステップＳ５１では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。発現情報特定部２２は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｎの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ５１においてＹＥＳ）、ステップＳ５２に進み、変数ｎの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ５１においてＮＯ）、発現情報特定処理を終了する。
【００８１】
ステップＳ５２では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値に対応するノードのノードＩＤと、表示対象としているフォームのパスウェイのパスウェイＩＤと、に基づいて、該当する図７に示したような関連付け情報を検索し、前記ノードＩＤ及び前記パスウェイＩＤに対応する発現ＩＤが存在するか否かに応じて、発現情報を、特定可能か否かを判定する。発現情報特定部２２は、発現情報を特定可能であると判定すると（ステップＳ５２においてＹＥＳ）、ステップＳ５３に進み、発現情報を特定不可能であると判定すると（ステップＳ５２においてＮＯ）、ステップＳ５５に進む。
【００８２】
ステップＳ５３では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値に対応するノードのノードＩＤと、表示対象としているフォームのパスウェイのパスウェイＩＤと、に基づいて、該当する図７に示したような関連付け情報より、前記ノードＩＤ及び前記パスウェイＩＤに対応する発現ＩＤを取得し、発現情報を特定する。
【００８３】
ステップＳ５３に続いてステップＳ５４に進み、発現情報特定部２２は、変数ｎの値に対応するノードのノード情報等に、発現情報を特定したことを示す情報と、特定した発現情報を識別する発現ＩＤ（又は特定した発現情報に含まれる発現データを識別する発現データＩＤ）と、を付加する。なお、以下では説明の簡略化のため、発現情報特定部２２は、ノード情報等に、発現ＩＤではなく、発現データＩＤを付加するものとして説明を行なう。なお、このことは、本発明の実施を制限するものではない。
【００８４】
一方、ステップＳ５５では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値に対応するノードのノード情報等に、発現情報を特定することができなかったことを示す情報を付加する。
【００８５】
ステップＳ５６では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値を１つインクリメントし、ステップＳ５１に進む。
【００８６】
以下、上述した図９のステップＳ１２等において説明した発現情報取得処理の本実施例における一例を図２３に示す。図２３は、発現情報取得処理の一例を示すフローチャートである。なお、発現情報取得部２３は、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードに対して以下に示す処理を実行する。
【００８７】
ステップＳ６０において、発現情報取得部２３は、変数ｍに１を代入する。ステップＳ６１では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値が、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードのノード数以下か否かを判定する。発現情報取得部２３は、変数ｍの値が、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードのノード数以下であると判定すると（ステップＳ６１においてＹＥＳ）、ステップＳ６２に進み、変数ｍの値が、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードのノード数より多いと判定すると（ステップＳ６１においてＮＯ）、発現情報取得処理を終了する。
【００８８】
ステップＳ６２では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に含まれる発現データＩＤに基づいて、該当する図８に示したような発現データを参照し、前記発現データＩＤに対応する発現データが存在するか否かに応じて、発現データがあるか否かを判定する。発現情報取得部２３は、発現データがあると判定すると（ステップＳ６２においてＹＥＳ）、ステップＳ６３に進み、発現データがないと判定すると（ステップＳ６２においてＮＯ）、ステップＳ６５に進む。
【００８９】
ステップＳ６３では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に含まれる発現データＩＤに基づいて、該当する図８に示したような発現データより、発現データを取得する。ステップＳ６３に続いてステップＳ６４に進み、発現情報取得部２３は、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に、発現データを取得したことを示す情報を付加する。
【００９０】
一方、ステップＳ６５では、発現情報取得部２３は、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に、発現データが無かったことを示す情報を付加する。
【００９１】
ステップＳ６６では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値を１つインクリメントし、ステップＳ６１に進む。
【００９２】
次に、情報処理装置１の本実施例における一例の機能構成を図２４に示す。図２４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その３）である。図２４に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部２１と、発現情報特定部２２と、発現情報取得部２３と、動画表示部２４と、モード選択部４１と、パスウェイ情報ＤＢ３１と、関連付け情報ＤＢ３２と、発現情報ＤＢ３３と、を含む。
【００９３】
図２４に示される情報処理装置１の機能構成は、図４に示した情報処理装置１の機能構成と比べて、モード選択部４１が新たに情報処理装置１の機能構成として含まれている。モード選択部４１は、ＲＡＭ１６等において保持されているモード（ｍｏｄｅ）情報に基づいて、パスウェイの表示モードを選択し、動画表示部２４等に選択結果を通知する。なお、ＲＡＭ１６等において保持されているモード情報には、予めデフォルトのモード（例えば、モード１）が設定されており、後述する図２５や図２６に示されるような表示画面において、ユーザ等によって、モードが選択されると、選択されたモードが、モード情報に設定される。
【００９４】
なお、以下では説明の簡略化のため、パスウェイの表示モードとして、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかった、及び図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかった、ノードは表示しないモード１と、前記ノードも表示するモード２とを例に説明を行なう。
【００９５】
図２５は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。また、図２６は、パスウェイの表示画面を示す図（その７）である。図２５には、モード１（ｍｏｄｅ１）が選択された場合のパスウェイの表示画面の一例が示されている。また、図２６には、モード２（ｍｏｄｅ２）が選択された場合のパスウェイの表示画面の一例が示されている。
【００９６】
図２６に示される表示画面では、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかったノードは青色で、図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかったノードは黄色で表示されている。一方、図２５に示される表示画面では、図２６に示される表示画面において、青色や、黄色で表示されたノードは表示されていない。
【００９７】
なお、図２６では、情報処理装置１が、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかったノードと、図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかったノードと、を色で区別して表示した。しかしながら、情報処理装置１は、色に変えて、ノードの形状で区別して表示するようにしてもよい。また、情報処理装置１は、色や形状に変えて、ノードの近傍に発現情報を特定できなかったことを示す文字列や、発現データを取得することができなかったことを示す文字列を表示して区別するようにしてもよい。
【００９８】
以下、動画表示処理の本実施例における一例を図２７に示す。図２７は、動画表示処理の一例を示すフローチャートである。ステップＳ７０において、動画表示部２４は、変数ｔに、初期時刻を代入する。ステップＳ７１では、動画表示部２４より呼び出されたモード選択部４１が、ＲＡＭ１６等において保持されているモード情報に基づいて、モードを選択する。動画表示部２４は、モード選択部４１より受け取った選択結果に基づいて、モード情報にモード１（ｍｏｄｅ１）が設定されている場合は、ステップＳ７２に進み、モード情報にモード２（ｍｏｄｅ２）が設定されている場合は、ステップＳ７３に進む。
【００９９】
ステップＳ７２では、動画表示部２４が、時刻ｔでのモード１におけるノード及びコントロール等を表示する。なお、ステップＳ７２における動画表示部２４による表示処理の詳細は、後述する図２８に示す。
【０１００】
一方、ステップＳ７３では、動画表示部２４が、時刻ｔでのモード２におけるノード及びコントロール等を表示する。なお、ステップＳ７３における動画表示部２４による表示処理の詳細は、後述する図２９に示す。
【０１０１】
ステップＳ７４では、動画表示部２４が、数百ミリ秒処理を静止する。ステップＳ７４に続いてステップＳ７５に進み、動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上か否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上であると判定すると（ステップＳ７５においてＹＥＳ）、ステップＳ７７に進み、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻より小さいと判定すると（ステップＳ７５においてＮＯ）、ステップＳ７６に進む。
【０１０２】
ステップＳ７６では、動画表示部２４が、変数ｔに現在ｔに代入されている時刻の次の時刻を代入する。一方、ステップＳ７７では、動画表示部２４が、変数ｔに初期時刻を代入する。
【０１０３】
ステップＳ７８では、動画表示部２４が、ユーザ等によって、画面に表示されているＳｔｏｐボタンが押されているか否かを判定する。動画表示部２４は、ユーザ等によってＳｔｏｐボタンが押されていると判定すると（ステップＳ７８においてＹＥＳ）、動画表示処理を終了し、Ｓｔｏｐボタンが押されていないと判定すると（ステップＳ７８においてＮＯ）、ステップＳ７１の処理に戻る。
【０１０４】
次に、ノード等の表示処理の本実施例における一例を、図２８及び図２９に示す。図２８は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。
【０１０５】
ステップＳ８０において、動画表示部２４は、変数ｉに１を代入する。ステップＳ８１では、動画表示部２４が、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。動画表示部２４は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ８１においてＹＥＳ）、ステップＳ８２に進み、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ８１においてＮＯ）、表示処理を終了する。
【０１０６】
ステップＳ８２では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されているか否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていると判定すると（ステップＳ８２においてＹＥＳ）、ステップＳ８３に進み、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていないと判定すると（ステップＳ８２においてＮＯ）、ステップＳ８６に進む。
【０１０７】
ステップＳ８３では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードの発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算する。例えば、動画表示部２４は、表示対象としているパスウェイに含まれるノードの発現値の絶対値が、同じパスウェイに含まれる他のノードの発現値の絶対値に比べて大きいノードは、該ノードの大きさを大きくし、小さいノードは、該ノードの大きさを小さくする。
【０１０８】
ステップＳ８３に続いてステップＳ８４に進み、動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードの発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算する。例えば、動画表示部２４は、比を求める計算の結果、発現値の初期値に対する比が大きいノード（例えば、２倍以上のノード）は、ノードの色を赤とし、比が変わらないノード（例えば、１倍前後のノード）は、ノードの色を黒とし、比が小さいノード（例えば、０．５倍以下のノード）は、ノードの色を緑とする。
【０１０９】
ステップＳ８４に続いてステップＳ８５に進み、動画表示部２４は、ステップＳ８３において計算したノードの大きさや、ステップＳ８４において計算したノードの色に応じて、変数ｉの値に対応するノードを表示する。ステップＳ８６では、動画表示部２４が、変数ｉの値を１つインクリメントし、ステップＳ８１に進む。
【０１１０】
図２９は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その３）である。ステップＳ９０において、動画表示部２４は、変数ｉに１を代入する。ステップＳ９１では、動画表示部２４が、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。動画表示部２４は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ９１においてＹＥＳ）、ステップＳ９２に進み、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ９１においてＮＯ）、表示処理を終了する。
【０１１１】
ステップＳ９２では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されているか否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていると判定すると（ステップＳ９２においてＹＥＳ）、ステップＳ９３に進み、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていないと判定すると（ステップＳ９２においてＮＯ）、ステップＳ９７に進む。
【０１１２】
ここで、ステップＳ９３からステップＳ９６までの処理は、図２８に示したステップＳ８３からステップＳ８６までの処理と同様のため、説明を省略する。
【０１１３】
ステップＳ９７では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現情報を特定したことを示す情報が付加されているか否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現情報を特定したことを示す情報が付加されていると判定すると（ステップＳ９７においてＹＥＳ）、ステップＳ９８に進み、発現情報を特定したことを示す情報が付加されていないと判定すると（ステップＳ９７においてＮＯ）、ステップＳ９９に進む。
【０１１４】
ステップＳ９８では、動画表示部２４が、例えば、予め定められた大きさ及び色（例えば、黄色等）で変数ｉの値に対応するノードを表示する（例えば、図２６等参照）。一方、ステップＳ９９では、動画表示部２４が、例えば、予め定められた大きさ及び色（例えば、青色等）で変数ｉの値に対応するノードを表示する（例えば、図２６等参照）。
つまり、動画表示部２４は、発現情報は特定できたが、発現データは取得することができなかったノードを黄色で表し、発現データも取得することができず、且つ、発現情報も特定することができなかったノードを青色で表す。
このように、動画表示部２４は、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかったノードと、図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかったノードと、を色で区別して表示することができる。
なお、上述したように、動画表示部２４は、色に変えて、ノードの形状で区別して表示するようにしてもよい。また、動画表示部２４は、色や形状に変えて、ノードの近傍に発現情報を特定できなかったことを示す文字列や、発現データを取得することができなかったことを示す文字列を表示して区別するようにしてもよい。
【０１１５】
上述したように、本実施例によれば、情報処理装置１は、表示モードに応じて、発現情報に関連付けられていないノードや、発現データが存在しないノードを、表示したり、表示しなかったりすることができる。また、情報処理装置１は、発現情報に関連付けられていないノードや、発現データが存在しないノードを表示する場合、それらを区別して表示するので、ユーザは、発現情報が関連付けられていないノードか、発現データが存在しないノードかを区別することができる。
【実施例５】
【０１１６】
上述した実施例では、主に情報処理装置１単体で動作する場合を例に説明を行なった。しかしながら、情報処理装置１と、少なくとも１つ以上の通信端末装置とを、ネットワークを介して接続するようにしてもよい。そして、ユーザ等が通信端末装置を用いて、ノード情報、発現情報等を編集することができるようにしてもよい。
【０１１７】
図３０は、情報処理装置の一例の機能構成図（その４）である。図３０に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部２１と、発現情報特定部２２と、発現情報取得部２３と、動画表示部２４と、モード選択部４１と、検索要求受信部４２と、検索処理部４３と、検索結果送信処理部４４と、編集支援処理部４５と、編集結果受信部４６と、編集反映処理部４７と、パスウェイ情報ＤＢ３１と、関連付け情報ＤＢ３２と、発現情報ＤＢ３３と、を含む。
【０１１８】
図３０に示される情報処理装置１の機能構成は、図２４に示した情報処理装置１の機能構成と比べて、検索要求受信部４２と、検索処理部４３と、検索結果送信処理部４４と、編集支援処理部４５と、編集結果受信部４６と、編集反映処理部４７と、が新たに情報処理装置１の機能構成として含まれている。
【０１１９】
検索要求受信部４２は、通信端末装置から、所望のパスウェイに係る検索条件を含む検索要求を、ネットワークを介して受信する。検索処理部４３は、パスウェイ情報ＤＢ３１、関連付け情報ＤＢ３２、発現情報ＤＢ３３等から、検索要求受信部４２が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じた、パスウェイに係る情報を検索して検索結果を出力する。ここで、パスウェイに係る情報とは、例えば、所望のパスウェイに含まれるノードのノード情報や、コントロール情報、関連付け情報、発現データ等である。
【０１２０】
検索結果送信処理部４４は、検索処理部４３が出力する検索結果を、検索要求の送信元である通信端末装置へ送信する。また、検索結果送信処理部４４は、通信端末装置において、パスウェイに係る情報等を基にパスウェイが表示された場合に、表示されたパスウェイに対してコントロールやノードの追加や削除等の編集を行うことができる編集プログラムを検索結果と合わせて送信する機能も備える。
【０１２１】
編集支援処理部４５は、通信端末装置において編集プログラムが実行され、編集作業が行われている間に、通信端末装置から編集に必要な情報等の要求を受けると、この要求に対応して必要な情報を提供する等の、通信端末装置における編集の支援処理を行う。
【０１２２】
編集結果受信部４６は、通信端末装置からパスウェイに対する編集結果を、ネットワークを介して受信する。編集反映処理部４７は、パスウェイ情報ＤＢ３１、関連付け情報ＤＢ３２、発現情報ＤＢ３３等に対して、編集結果受信部４６が受信した編集結果を反映する処理を行う。これにより、通信端末装置が検索要求により、編集結果を反映したパスウェイを参照することができるようになる。
【０１２３】
次に、パスウェイ提供処理の一例を、図３１に示す。図３１は、パスウェイ提供処理の一例示すフローチャートである。図３１に示すように、まず、ステップＳ１１０において、検索要求受信部４２は、通信端末装置からネットワークを介してパスウェイに係る検索要求（検索条件を含む）を受信する。
【０１２４】
次に、ステップＳ１１１において、検索処理部４３は、検索要求受信部４２が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイに係る情報を、パスウェイ情報ＤＢ３１、関連付け情報ＤＢ３２、発現情報ＤＢ３３等から検索する。次に、ステップＳ１１２において、検索結果送信処理部４４は、検索処理部４３が出力する検索結果及びパスウェイを編集するための編集プログラムを検索要求元の通信端末装置へ送信する。これにより、通信端末装置においては、パスウェイが表示され、且つ、表示されたパスウェイに対して編集作業を行うことができる。なお、編集プログラムは一度通信端末装置へ送信された後は、毎回送信する必要はなくなるので、利用者の要求に応じて必要な場合にのみ送信すればよい。
【０１２５】
次に、ステップＳ１１３において、編集支援処理部４５は、通信端末装置から編集支援要求を受信したか否かを判断する。ここで、編集支援処理部４５は、編集支援要求を受信したと判断すると（ステップＳ１１３においてＹＥＳ）、ステップＳ１１４に進み、受信した編集支援要求に応じた支援情報を通信端末装置へ送信する。一方、ステップＳ１１３において、編集支援処理部４５が、編集支援要求を受信していないと判断すると（ステップＳ１１３においてＮＯ）、ステップＳ１１５に進む。
【０１２６】
ステップＳ１１５では、編集結果受信部４６が、編集結果を通信端末装置から受信したか否かを判断する。ここで、編集支援処理部４５が、編集結果を受信していないと判断すると（ステップＳ１１５においてＮＯ）、ステップＳ１１３の処理に戻る。一方、編集支援処理部４５が、編集結果を受信したと判断すると（ステップＳ１１５においてＹＥＳ）、ステップＳ１１６に進む。
【０１２７】
ステップＳ１１６では、編集反映処理部４７が、パスウェイ情報ＤＢ３１及び／又は関連付け情報ＤＢ３２及び／又は発現情報ＤＢ３３に対して、編集結果受信部４６が受信した編集結果を反映する処理を行う。
【０１２８】
上述したように、本実施例によれば、パスウェイを簡便に編集でき、且つ編集後のパスウェイを公開することができる。
【実施例６】
【０１２９】
上述した各実施例では、説明の簡略化のため、コントロールの形状を単に直線を用いて説明を行なった。しかしながら、例えば、図６の線種ＩＤに示されるように、コントロールを示す「線」の種類は複数存在する。情報処理装置１は、この線種ＩＤに応じて、コントロールの形状を変えて表示するようにしてもよい。なお、この線種ＩＤは、ノード間の相関関係に応じて、ユーザ等が設定する。
【０１３０】
図３２は、コントロールの形状の一例を示す図である。形状９１（Ｄｉｒｅｃｔ Ｐｏｓｔｉｖｅ）は、直接的且つ促進的な関係があることを表すコントロールの形状である。ここで、直接的且つ促進的な関係とは、ノード１がノード２を修飾するとか、ノード１からノード２へシグナル伝達されるとか、ノード１がノード２に結合するとか、ノード１がノード２に変化する等の関係である。
【０１３１】
形状９２（Ｄｉｒｅｃｔ Ｎｅｇａｔｉｖｅ）は、直接的且つ抑制的な関係があることを示すコントロールの形状である。ここで、直接的且つ抑制的な関係とは、ノード１がノード２を阻害するとか、ノード１がノード２を不活性化させる等の関係である。
【０１３２】
形状９３（Ｉｎｄｉｒｅｃｔ Ｐｏｓｉｔｉｖｅ）は、間接的且つ促進的な関係があることを表すコントロールの形状である。ここで、間接的且つ促進的な関係とは、ノード１の活性化によりノード２が増加する等、ノード間の直接的作用は明確でないが、量的・質的な正の相関関係が認められる関係である。
【０１３３】
形状９４（Ｉｎｄｉｒｅｃｔ Ｎｅｇａｔｉｖｅ）は、間接的且つ抑制的な関係があることを示すコントロールの形状である。ここで、間接的且つ抑制的な関係とは、ノード１の活性化によりノード２が減少する等、ノード間の直接的作用は明確ではないが、量的・質的な負の相関関係が認められる関係である。
【０１３４】
形状９５（Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｐｏｓｉｔｉｖｅ）は、転写・翻訳を抑制するノードと、発現誘導／調整されるノードとの関係を表す形状である。
【０１３５】
形状９６（Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｎｅｇａｔｉｖｅ）は、転写・翻訳を抑制するノードと、発現抑制されるノードとの関係を表す形状である。
【０１３６】
形状９７（Ｂｉｎｄ）は、関係があることを示すコントロールの形状である。
【０１３７】
上述したように、本実施例によれば、ノード間の相関関係に応じて、コントロールの形状を変えて表示することができる。
【実施例７】
【０１３８】
例えば、情報処理装置１は、一つの画面に二つの異なるパスウェイを表示し、各々のパスウェイの表示を、同一の時系列に基づいて変化させ、表示してもよいし（例えば、図３３参照）、異なる時系列に基づいて変化させ、表示してもよい（例えば、図３４参照）。
【０１３９】
以上、本発明の好ましい実施例について詳述したが、本発明は係る特定の実施形態に限定されるものではなく、特許請求の範囲に記載された本発明の要旨の範囲内において、種々の変形・変更が可能である。なお、上述した各実施例は組み合わせて実施してもよい。
【図面の簡単な説明】
【０１４０】
【図１】図１は、セントラルドグマの概念図である。
【図２】図２は、タンパク質の発現ステップを示す図である。
【図３】図３は、情報処理装置の一例のハードウェア構成図である。
【図４】図４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その１）である。
【図５】図５は、ノードの位置情報の一例を示す図である。
【図６】図６は、コントロール属性情報の一例を示す図である。
【図７】図７は、関連付け情報の一例を示す図である。
【図８】図８は、発現データの一例を示す図（その１）である。
【図９】図９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャートである。
【図１０】図１０は、動画表示処理の一例を示すフローチャート（その１）である。
【図１１】図１１は、発現値を用いたノード等の表示処理の一例を示すフローチャートである。
【図１２】図１２は、パスウェイの表示画面を示す図（その１）である。
【図１３】図１３は、パスウェイの表示画面を示す図（その２）である。
【図１４】図１４は、パスウェイの表示画面を示す図（その３）である。
【図１５】図１５は、パスウェイの表示画面を示す図（その４）である。
【図１６】図１６は、パスウェイの表示画面を示す図（その５）である。
【図１７】図１７は、表示パターンの一例を示す図である。
【図１８】図１８は、情報処理装置の一例の機能構成図（その２）である。
【図１９】図１９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。
【図２０】図２０は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。
【図２１】図２１は、発現データの一例を示す図（その２）である。
【図２２】図２２は、発現情報特定処理の一例を示すフローチャートである。
【図２３】図２３は、発現情報取得処理の一例を示すフローチャートである。
【図２４】図２４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その３）である。
【図２５】図２５は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。
【図２６】図２６は、パスウェイの表示画面を示す図（その７）である。
【図２７】図２７は、動画表示処理の一例を示すフローチャートである。
【図２８】図２８は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。
【図２９】図２９は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その３）である。
【図３０】図３０は、情報処理装置の一例の機能構成図（その４）である。
【図３１】図３１は、パスウェイ提供処理の一例示すフローチャートである。
【図３２】図３２は、コントロールの形状の一例を示す図である。
【図３３】図３３は、パスウェイの表示画面を示す図（その７）である。
【図３４】図３４は、パスウェイの表示画面を示す図（その８）である。
【符号の説明】
【０１４１】
１ 情報処理装置
１１ 入力部
１２ 表示部
１３ 記録媒体ドライブ部
１４ 記録媒体
１５ ＲＯＭ
１６ ＲＡＭ
１７ ＣＰＵ
１８ インターフェース部
１９ ＨＤ
２１ パスウェイ情報取得部
２２ 発現情報特定部
２３ 発現情報取得部
２４ 動画表示部
３１ パスウェイ情報ＤＢ
３２ 関連付け情報ＤＢ
３３ 発現情報ＤＢ
４１ パスウェイ情報取得部
４２ 生成情報特定部
４３ 生成情報取得部
４４ 動画表示部
５１ パスウェイ情報ＤＢ
５２ 関連付け情報ＤＢ
５３ 生成情報ＤＢ
【技術分野】
【０００１】
本発明は、パスウェイ表示方法、情報処理装置及びパスウェイ表示プログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
遺伝子は生物の遺伝的な形質を規定する因子であり、遺伝情報の単位とされており、この遺伝情報の実態はＤＮＡである。遺伝子はＤＮＡが複製されることによって次世代へと受け継がれる。なお、遺伝情報は、転写と翻訳との過程を経て、タンパク質のアミノ酸配列に変換されることによって、初めて各々の機能を発揮することができ、該過程を発現という。
【０００３】
このような生体を構成する遺伝子同士や、タンパク質同士の関係を表現する手段の一つとして、例えばタンパク質等をノードとし、ノード間の相互作用をコントロールとして、タンパク質同士の関係を視覚的に表すパスウェイ（Ｐａｔｈｗａｙ）が用いられている。例えば、細胞内に多数存在するタンパク質がお互いに関連を持ちながら一つの現象を行なう（例えば、細胞接着や細胞分裂、神経伝達物質の放出等）過程において、人では約３万種あるタンパク質の内、特定のものが特定の時期に働き、一つのパスウェイを形成する。そして、このパスウェイを利用することにより疾患のメカニズム等を解析することに役立てている。
【０００４】
このパスウェイの表示方法として、例えば、特許文献１に記載の方法等がある。特許文献１に記載の方法は、複雑なパスウェイや、中・大規模なパスウェイについて、グラフを自動的に描画するようにしたものである。
【０００５】
【特許文献１】特開２００３−１６７８８２号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
しかしながら、上述した特許文献１記載の方法では、ある時間断面毎に切ってパスウェイを表示しているため、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を視覚的に容易に把握することが困難な問題があった。また、同様に、時系列に起こる代謝産物の生成過程を視覚的に容易に把握することが困難な問題もあった。
【０００７】
本発明は上記の点に鑑みなされたもので、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することを目的の一つとする。また、本発明は、時系列に起こる代謝産物の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することを他の目的の一つとする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
そこで、上記問題を解決するため、本発明は、情報を処理する情報処理装置における、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定段階と、前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことを特徴とする。
【０００９】
本発明によれば、情報を処理する情報処理装置における、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定段階と、前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことにより、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これにより、例えば、ユーザは視覚的に容易にアミノ酸等の発現過程を把握することができる。なお、ここで、格納手段とは、例えば後述するＨＤ１９又はネットワークを介して情報処理装置と接続された他の装置のＨＤ等に対応する。パスウェイ情報を格納する格納手段と、関連付け情報を格納する格納手段と、発現情報を格納する格納手段と、は必ずしも同じ格納手段でなくてもよい。また、遺伝子とは、例えば後述するＤＮＡ又はｍＲＮＡ等に対応する。また、その他遺伝子に関する物質とは、例えば染色体等に対応する。また、それらのグループとは、例えばタンパク質複合体や、後述するリボソーム等に対応する。また、動画とは、例えば、アニメーション、つまり静止画を時系列に変化させて表示するもの、等に対応する。
【００１０】
また、本発明は、情報を処理する情報処理装置における、代謝産物を示すノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きる代謝産物の生成に係る生成情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記生成情報を特定する生成情報特定段階と、前記生成情報特定段階で特定した生成情報を格納手段より取得する生成情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記生成情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことを特徴とする。
【００１１】
本発明によれば、情報を処理する情報処理装置における、代謝産物を示すノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、前記情報処理装置が、前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きる代謝産物の生成に係る生成情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記生成情報を特定する生成情報特定段階と、前記生成情報特定段階で特定した生成情報を格納手段より取得する生成情報取得段階と、前記パスウェイ情報及び前記生成情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、を含むことにより、時系列に起こる代謝産物の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これにより、例えば、ユーザは視覚的に容易に代謝産物の生成過程を把握することができる。なお、ここで、格納手段とは、例えば後述するＨＤ１９又はネットワークを介して情報処理装置と接続された他の装置のＨＤ等に対応する。パスウェイ情報を格納する格納手段と、関連付け情報を格納する格納手段と、生成情報を格納する格納手段と、は必ずしも同じ格納手段でなくてもよい。
【００１２】
また、上記問題を解決するため、本発明は、情報処理装置及びパスウェイ表示プログラムとしてもよい。
【発明の効果】
【００１３】
本発明の一つによれば、時系列に起こるタンパク質や、アミノ酸等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。また、本発明の他の一つによれば、時系列に起こる代謝産物の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１４】
以下、本発明の実施の形態について図面に基づいて説明する。但し、本発明の実施の形態を説明するにおいて、前提となるセントラルドグマの概念を、図１を用いて説明する。図１は、セントラルドグマの概念図である。
【００１５】
生命現象の中で重要な働きをするタンパク質の設計図はＤＮＡにあるが、直接ＤＮＡからタンパク質を合成することはできない。ＤＮＡ上の情報は、一旦メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に転写され、翻訳という過程を経て、アミノ酸が沢山連なったタンパク質を合成する（セントラルドグマ）。この翻訳で重要な働きをするのがリボソームと、トランスファＲＮＡ（ｔＲＮＡ）と、である。リボソームはｍＲＮＡをくわえ込み、アミノ酸の運び屋であるｔＲＮＡは、その中でｍＲＮＡのコドンを認識する。そして、リボソームの酵素作用によって隣り合ったアミノ酸がペプチド結合をし、ペプチド、更にはタンパク質となる。
【００１６】
ここで、タンパク質の発現のステップを、図２に示す。図２は、タンパク質の発現ステップを示す図である。生体メカニズムの異常は個々のタンパク質発現の過程の（Ａ）及び／又は（Ｂ）で起こる可能性がある。また、ｍＲＮＡ及びタンパク質は他の分子の発現を亢進したり、抑制したりする機能を持つものがあるので、（Ｃ）分子（タンパク質）間相互作用における異常も考えられる。
【実施例１】
【００１７】
以下、情報処理装置１の一例のハードウェア構成を図３に示す。図３は、情報処理装置の一例のハードウェア構成図である。図３に示されるように、情報処理装置１は、ハードウェア構成として、入力部１１と、表示部１２と、記録媒体ドライブ部１３と、ＲＯＭ（Ｒｅａｄ Ｏｎｌｙ Ｍｅｍｏｒｙ）１５と、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）１６と、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）１７と、インターフェース部１８と、ＨＤ（Ｈａｒｄ Ｄｉｓｋ）１９と、を含む。
【００１８】
入力部１１は、情報処理装置１の操作者（又はユーザ）が操作するキーボード及びマウス等で構成され、情報処理装置１に各種操作情報等を入力するのに用いられる。表示部１２は、情報処理装置１の操作者が利用するディスプレイ等で構成され、各種情報（又は画面）等を表示するのに用いられる。インターフェース部１８は、情報処理装置１をネットワーク等に接続するインターフェースである。
【００１９】
パスウェイを画面等に表示するパスウェイ表示プログラムは、例えば、ＣＤ−ＲＯＭ等の記録媒体１４によって情報処理装置１に提供されるか、ネットワーク等を通じてダウンロードされる。記録媒体１４は、記録媒体ドライブ部１３にセットされ、パスウェイ表示プログラムが記録媒体１４から記録媒体ドライブ部１３を介してＨＤ１９にインストールされる。
【００２０】
ＲＯＭ１５は、情報処理装置１の電源投入時に最初に読み込まれるプログラム等を記録する。ＲＡＭ１６は、情報処理装置１のメインメモリである。ＣＰＵ１７は、必要に応じて、ＨＤ１９よりパスウェイ表示プログラムを読み出して、ＲＡＭ１６に格納し、パスウェイ表示プログラムを実行することで、後述する機能の全て又は一部を提供したり、後述するフローチャート等を実行したりする。また、ＨＤ１９は、パスウェイ表示プログラム以外に、例えば後述するパスウェイ情報や、関連付け情報、発現情報等を格納する。なお、パスウェイ情報や、関連付け情報、発現情報等の全て又はその内の幾つかの情報は、当該情報処理装置１とネットワークを介して接続された他の装置のＨＤ等に格納されていてもよい。但し、以下では説明の簡略化のため、パスウェイ情報や、関連付け情報、発現情報等は、ＨＤ１９に格納されているものとして説明を行う。
【００２１】
以下、情報処理装置１の一例の機能構成を図４に示す。図４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その１）である。図４に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部２１と、発現情報特定部２２と、発現情報取得部２３と、動画表示部２４と、パスウェイ情報ＤＢ３１と、関連付け情報ＤＢ３２と、発現情報ＤＢ３３と、を含む。
【００２２】
パスウェイ情報取得部２１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ３１よりパスウェイ情報を取得する。発現情報特定部２２は、関連付け情報ＤＢ３２に格納されている関連付け情報から、パスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報に対応する発現情報を特定する。
【００２３】
発現情報取得部２３は、発現情報特定部２２が特定した発現情報を、発現情報ＤＢ３３より取得する。動画表示部２４は、パスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報及び発現情報取得部２３が取得した発現情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。動画表示部２４は、例えば後述する発現値（発現量の値）の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、例えば発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりする。このように、例えば動画表示部２４等が、発現値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりすることにより、ユーザは、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握することができる。なお、動画表示部２４は、発現値の絶対値に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたり、発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたりしてもよい。但し、以下では説明の簡略化のため、動画表示部２４は、発現値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させ、発現値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させるものとして説明を行う。
【００２４】
また、動画表示部２４は、後述するように例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、一つの画面に二つのパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。このように、例えば動画表示部２４等が、一つの画面に二つのパスウェイ、例えば一つが正常な細胞（正常細胞）のタンパク質をノードとしたパスウェイで、もう一つがガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイ、を表示させることにより、ユーザは、二つのパスウェイの時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程の違いを視覚的に容易に把握することができる。なお、動画表示部２４は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、組織、臓器、投薬、試薬、種差、発生（卵、胎児、成獣）等が異なるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の二つのパスウェイを一つの画面に表示してもよい。
【００２５】
また、動画表示部２４は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイに表示されているノードの内、たとえばユーザ等に選択されたノードを抽出（例えば、他のノード等の表示を消したり、選択されたノードをポップアップ表示したり）して、該ノードの大きさや色を時系列に変化させるようにしてもよい。このように、動画表示部２４が、特定のノードを抽出して表示することにより、変化が激しいノード等、注目すべきノードの変化を詳細に示すことができる。
【００２６】
パスウェイ情報ＤＢ３１は、パスウェイ情報を管理する。なお、パスウェイ情報は、パスウェイを識別するパスウェイＩＤや、パスウェイの属性を表すパスウェイ属性情報、視覚的にパスウェイを表示するのに用いられるパスウェイデータ、ノードの属性（例えば、ノードの形状が円形か、楕円形か、多角形か等）を表すノード属性情報、コントロールの属性（例えば、コントロールが実線か、点線か等）を表すコントロール属性情報等を含む。なお、パスウェイデータは、パスウェイを構成するコントロール情報及びノード情報を含む。また、コントロール情報は、コントロールの位置情報を含む。また、ノード情報は、ノードの位置情報及びノードに対応するタンパク質又はｍＲＮＡ等の発現量に係るデータを含む。なお、該発現量に係るデータは、後述する発現データの初期値に対応する。ノードの位置情報の一例は、後述する図５に示す。また、コントロール属性情報の一例は、後述する図６に示す。
【００２７】
関連付け情報ＤＢ３２は、パスウェイ情報と、発現情報と、を関連付ける関連付け情報を管理する。関連付け情報の一例は、後述する図７に示す。発現情報ＤＢ３３は、初期値となるパスウェイ情報より一定期間後のパスウェイ情報であり、タンパク質等の発現によるパスウェイの変化を表す発現情報を管理する。なお、発現情報は、発現情報を識別する発現ＩＤや、発現情報の属性を表す発現属性情報、後述する発現データ等を含む。発現データの一例は、後述する図８に示す。
【００２８】
以下、ノードの位置情報の一例を図５に示す。図５は、ノードの位置情報の一例を示す図である。図５に示されるように、ノードの位置情報は、ノードを識別するノードＩＤと、ノードのｘ座標と、ｙ座標と、を含む。
【００２９】
以下、コントロール属性情報の一例を図６に示す。図６は、コントロール属性情報の一例を示す図である。図６に示されるように、コントロール属性情報は、コントロールを識別するコントロールＩＤと、ノードを識別するノードＩＤ１と、ノードＩＤ２と、コントロールの線の種類を識別する線種ＩＤと、始点と、終点と、を含む。ここで、始点には、始点の座標（ノードＩＤ１の座標）が格納される。また、終点には、終点の座標（ノードＩＤ２の座標）が格納される。
【００３０】
以下、関連付け情報の一例を図７に示す。図７は、関連付け情報の一例を示す図である。図７に示されるように、関連付け情報は、発現ＩＤと、ノードＩＤと、パスウェイＩＤと、を含む。なお、本実施例では、説明の簡略化のため、ノードＩＤで識別されるノードの名前は、例えばタンパク質名や、ｍＲＮＡ名等と１対１で対応しているものとして説明を行う。以下においても同様である。
【００３１】
以下、発現データの一例を図８に示す。図８は、発現データの一例を示す図である。図８に示されるように、発現データは、発現データを識別する発現データＩＤと、発現量の値（発現値）の所定時間経過後毎の値と、を含む。なお、図８に示される所定時間の単位は、秒であってもよいし、分や、時間、日等であってもよい。
【００３２】
以下、パスウェイ表示処理の一例を図９に示す。図９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャートである。ステップＳ１０において、パスウェイ情報取得部２１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ３１よりパスウェイ情報を取得する。
【００３３】
ステップＳ１０に続いてステップＳ１１に進み、発現情報特定部２２は、関連付け情報ＤＢ３２に格納されている関連付け情報から、ステップＳ１０においてパスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報に対応する発現情報を特定する。
【００３４】
ステップＳ１１に続いてステップＳ１２に進み、発現情報取得部２３は、ステップＳ１１において発現情報特定部２２が特定した発現情報を、発現情報ＤＢ３３より取得する。ステップＳ１２に続いてステップＳ１３に進み、動画表示部２４は、パスウェイ情報取得部２１が取得したパスウェイ情報及び発現情報取得部２３が取得した発現情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。なお、ステップＳ１３における動画表示部２４による動画表示処理の詳細は、後述する図１０に示す。
【００３５】
情報処理装置１が、図９に示したような処理を行うことによって、ユーザは、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００３６】
以下、動画表示処理の一例を図１０に示す。図１０は、動画表示処理の一例を示すフローチャート（その１）である。ステップＳ２０において、動画表示部２４は、変数ｔに、初期時刻を代入する。ステップＳ２１では、動画表示部２４が、時刻ｔでの発現値を用いてノード及びコントロール等を表示する。なお、ステップＳ２１における動画表示部２４による発現値を用いたノード等の表示処理の詳細は、後述する図１１に示す。
【００３７】
ステップＳ２１に続いてステップＳ２２に進み、動画表示部２４は、数百ミリ秒処理を静止する。ステップＳ２２に続いてステップＳ２３に進み、動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上か否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上であると判定すると（ステップＳ２３においてＹＥＳ）、ステップＳ２５に進み、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻より小さいと判定すると（ステップＳ２３においてＮＯ）、ステップＳ２４に進む。
【００３８】
ステップＳ２４では、動画表示部２４が、変数ｔに現在ｔに代入されている時刻の次の時刻を代入する。
【００３９】
ステップＳ２５では、動画表示部２４が、変数ｔに初期時刻を代入し、ステップＳ２６に進む。ステップＳ２６では、動画表示部２４が、ユーザ等によって、画面に表示されているＳｔｏｐボタンが押されているか否かを判定する。動画表示部２４は、ユーザ等によってＳｔｏｐボタンが押されていると判定すると（ステップＳ２６においてＹＥＳ）、動画表示処理を終了し、Ｓｔｏｐボタンが押されていないと判定すると（ステップＳ２６においてＮＯ）、ステップＳ２１の処理に戻る。
【００４０】
動画表示部２４が、図１０に示したような処理を行うことによって、タンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を動画表示することができる。
【００４１】
以下、ノード等の表示処理の一例を図１１に示す。図１１は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その１）である。
【００４２】
ステップＳ３０において、動画表示部２４は、変数ｉに１を代入する。ステップＳ３１では、動画表示部２４が、変数ｉの値が、表示対象としているパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。動画表示部２４は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｉの値が、表示対象としているパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ３１においてＹＥＳ）、ステップＳ３２に進み、変数ｉの値が、表示対象としているパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ３１においてＮＯ）、発現値を用いたノード等の表示処理を終了する。
【００４３】
ステップＳ３２では、動画表示部２４が、発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算する。例えば、動画表示部２４は、表示対象としているパスウェイに含まれるノードの発現値の絶対値が、同じパスウェイに含まれる他のノードの発現値の絶対値に比べて大きいノードは、該ノードの大きさを大きくし、小さいノードは、該ノードの大きさを小さくする。ステップＳ３２に続いてステップＳ３３に進み、動画表示部２４は、発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算する。例えば、動画表示部２４は、比を求める計算の結果、発現値の初期値に対する比が大きいノード（例えば、２倍以上のノード）は、ノードの色を赤とし、比が変わらないノード（例えば、１倍前後のノード）は、ノードの色を黒とし、比が小さいノード（例えば、０．５倍以下のノード）は、ノードの色を緑とする。
【００４４】
ステップＳ３３に続いてステップＳ３４に進み、動画表示部２４が、ステップＳ３２において計算したノードの大きさや、ステップＳ３３において計算したノードの色に応じて、ノードを表示する。ステップＳ３４に続いてステップＳ３５に進み、動画表示部２４は、変数ｉをインクリメントし、ステップＳ３１に進む。なお、図１１では説明の簡略化のため、省略してあるが、例えばステップＳ３４等において、動画表示部２４は、変数ｉに１が代入されている場合、ノードを表示すると共に、コントロールを表示してもよい。また、例えばステップＳ３４等において、動画表示部２４は、変数ｉに２以上が代入されている場合、ステップＳ３２において計算したノードの大きさ（つまり発現値の絶対値）等に応じて、該ノードに関係するコントロールの表示を消去したりしてもよい。
【００４５】
ここで、ノードが例えばタンパク質を表している場合であっても、動画表示部２４が該ノードの大きさや色を計算する際に用いる発現値（又は発現情報）は、必ずしも該ノードに対応するタンパク質の発現値（又は発現情報）に限られない。動画表示部２４は、該ノードの大きさや色を計算する際に、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値（又は発現情報）等を用いる場合もある。このようにタンパク質に対応するノードの大きさや色を計算する際に、該タンパク質のｍＲＮＡ等の発現値を用いる利点等は、後述する図１７等において説明する。また、動画表示部２４によって表示されたノード及びコントロール（つまり、パスウェイ）の例は、後述する図１２から図１６等に示す。
【００４６】
動画表示部２４が、図１１に示したような処理を行うことによって、例えばタンパク質や、ｍＲＮＡの発現の変化を、ノードの大きさや、色で表すことが可能となり、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を、視覚的に容易に把握することができる。特に、動画表示部２４が、発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算し、表示することにより、ユーザは、例えばあるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現値が表示対象としているパスウェイ上で他のタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現値に比べて、どれだけの割合で存在しているのか容易に把握することができる。また、動画表示部２４が、発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算し、表示することにより、ユーザは、例えばあるタンパク質や、ｍＲＮＡ等がどれだけの比で増えているのか、或いは減っているのか容易に把握することができる。
【００４７】
また、動画表示部２４が、発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算し、発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算して、ノードの大きさや色を同時に変化させて表示することにより、ユーザは、例えば表示対象としているパスウェイに含まれるタンパク質（又はｍＲＮＡ）等の発現値が時間の経過と共にどのように変化するか、視覚的に容易に把握することができる。
【００４８】
以下、パスウェイの表示画面の一例を、図１２に示す。図１２は、パスウェイの表示画面を示す図（その１）である。図１２に示される画面には、時刻０でのパスウェイが表示されている。また、時刻０では、各ノードの色は黒で表示される。
【００４９】
以下、パスウェイの表示画面の他の例を、図１３から図１５に示す。図１３は、パスウェイの表示画面を示す図（その２）である。図１３に示される画面には、時刻１でのパスウェイが表示されている。図１３に示される画面では、図１２に示した画面に比べて、ノードの色や、大きさが変化している。図１４は、パスウェイの表示画面を示す図（その３）である。図１４に示される画面には、時刻３でのパスウェイが表示されている。図１５は、パスウェイの表示画面を示す図（その４）である。図１５に示される画面には、時刻５でのパスウェイが表示されている。図１２から図１５等に示されたように、動画表示部２４が、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を動画表示することによって、ユーザは、該発現過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００５０】
以下、パスウェイの表示画面の他の例を図１６に示す。図１６は、パスウェイの表示画面を示す図（その５）である。上述した図１２から図１５では、動画表示部２４が、一つの画面に一つのパスウェイを表示する例を示したが、図１６に示されるように、動画表示部２４は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、一つの画面に二つのパスウェイを表示するようにしてもよい。上述したように、動画表示部２４等が、一つの画面に二つのパスウェイ、例えば一つが正常細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイで、もう一つがガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイ、を表示させることにより、ユーザは、正常細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイと、ガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイと、を比較しながら、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００５１】
以下、動画表示部２４が、一つの画面に二つのパスウェイを表示する場合の表示パターン（又は比較パターン）の例を、図１７に示す。ここで、前提知識として、ｍＲＮＡの発現量と、タンパク質の発現量と、は、必ずしも相関しないことが知られている。しかしながら、依存関係としてタンパク質の発現の前にｍＲＮＡの発現が起こることは確かである。また、あるタンパク質Ａが、タンパク質Ｂの発現を亢進・抑制することが知られている。更には、一旦発現したｍＲＮＡや、タンパク質は生体内に必ずしも蓄積されるのではなく、分解される。このため、タンパク質レベルでは発現が確認されたが、ｍＲＮＡレベルでは確認できない場合もある。
【００５２】
図１７は、表示パターンの一例を示す図である。図１７のＡに示されるように、表示パターンの一つとして、例えば、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＡに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、正常細胞と、ガン細胞と、におけるタンパク質の発現量を時系列に比較することができる。
【００５３】
また、図１７のＢに示されるように、表示パターンの他の一つとして、例えば、正常細胞のｍＲＮＡをノードとし、該ｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、ガン細胞のｍＲＮＡをノードとし、該ｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＢに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、正常細胞と、ガン細胞と、におけるｍＲＮＡの発現量を時系列に比較することができる。特に、図１７のＢに示した表示は、図２に示した（Ａ）のステップにおける欠陥を分析するのに適している。
【００５４】
また、図１７のＣに示されるように、表示パターンの他の一つの例として、例えば、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＣに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、正常細胞において、図２に示したような発現ステップが正常に働いたときの、タンパク質と、ｍＲＮＡと、の発現パターンを比較することができる。
【００５５】
また、図１７のＤに示されるように、表示パターンの他の一つの例として、例えば、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＤに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、図１７のＡ及び／又は図１７のＢに示したような表示によって正常細胞と比較して、ガン細胞における発現量に特徴的な分子等が特定できていた場合、図２に示した（Ａ）から（Ｃ）のステップの内、どのステップで異常が起きたのか分析することができる。
【００５６】
また、図１７のＥに示されるように、表示パターンの他の一つの例として、例えば、ガン細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質の発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、正常細胞のタンパク質をノードとし、該タンパク質に係るｍＲＮＡの発現値を用いてノードの色や大きさを表示したパスウェイと、を表示するパターンがある。動画表示部２４が、図１７のＥに示されるような表示を行うことによって、例えばユーザは、ｍＲＮＡの発現量や、コピー（複製）の順序、タイミング等が正常である片方のパスウェイを基準に、ガン細胞のタンパク質の発現量の変化に基づき、図２に示したようなステップにおいて、どのステップで異常が起きたか分析することができる。何故なら、ガン細胞のパスウェイでは、あるタンパク質が欠損したり、過剰に発現したりすることがある。仮にタンパク質が欠損した場合、ユーザは、対応するｍＲＮＡの発現タイミング以降に生体機構に異常が起きたことを推定できる。また、逆に過剰に発現した場合、ユーザは、発現抑制タンパク質に対応するｍＲＮＡの発現タイミング以降に異常が起きたことが推定できる。図１７のＥに示した表示は、図２に示した（Ｂ）及び（Ｃ）のステップにおける欠陥を分析するときに適した表示である。
【００５７】
上述したように、本実施例によれば、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これによりユーザは視覚的に容易にアミノ酸等の発現過程を把握することができる。
【実施例２】
【００５８】
上述した実施例１では、時系列に起こるタンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を視覚的に容易に把握可能とする機能及び方法等について説明を行ったが、同様な機能及び方法等を用いて、時系列に起こる代謝産物の生成過程を視覚的に容易に把握可能とすることもできる。
【００５９】
以下、実施例２では、代謝産物の生成過程を視覚的に容易に把握可能とする本発明の機能及び方法等を示す。但し、実施例２では、実施例１に示した「タンパク質や、ｍＲＮＡ等」を「代謝産物」に、また、実施例１に示した「発現」を「生成」に置き換えれば上述した説明とほぼ同様なため、詳細な説明は省略する。
【００６０】
以下、情報処理装置１の本実施例における一例の機能構成を図１８に示す。図１８は、情報処理装置の一例の機能構成図（その２）である。図１８に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部４１と、生成情報特定部４２と、生成情報取得部４３と、動画表示部４４と、パスウェイ情報ＤＢ５１と、関連付け情報ＤＢ５２と、生成情報ＤＢ５３と、を含む。
【００６１】
パスウェイ情報取得部４１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ５１よりパスウェイ情報を取得する。生成情報特定部４２は、関連付け情報ＤＢ５２に格納されている関連付け情報から、パスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報に対応する生成情報を特定する。
【００６２】
生成情報取得部４３は、生成情報特定部４２が特定した生成情報を、生成情報ＤＢ５３より取得する。動画表示部４４は、パスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報及び生成情報取得部４３が取得した生成情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。動画表示部４４は、例えば生成値（代謝産物の生成量の値）の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、例えば生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりする。このように、例えば動画表示部４４等が、生成値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたり、生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたりすることにより、ユーザは、時系列に起こる代謝産物等の生成過程を視覚的に容易に把握することができる。なお、動画表示部４４は、生成値の絶対値に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させたり、生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させたりしてもよい。但し、以下では説明の簡略化のため、動画表示部４４は、生成値の絶対値に応じて、表示しているノードの大きさを時系列に変化させ、生成値の初期値に対する比に応じて、表示しているノードの色を時系列に変化させるものとして説明を行う。
【００６３】
パスウェイ情報ＤＢ５１は、パスウェイ情報を管理する。なお、パスウェイ情報は、パスウェイを識別するパスウェイＩＤや、パスウェイの属性を表すパスウェイ属性情報、視覚的にパスウェイを表示するのに用いられるパスウェイデータ、ノードの属性（例えば、ノードの形状が円形か、楕円形か、多角形か等）を表すノード属性情報、コントロールの属性（例えば、コントロールが実線か、点線か等）を表すコントロール属性情報等を含む。なお、パスウェイデータは、パスウェイを構成するコントロール情報及びノード情報を含む。また、コントロール情報は、コントロールの位置情報を含む。また、ノード情報は、ノードの位置情報及びノードに対応する代謝産物等の生成量に係るデータを含む。なお、該生成量に係るデータは、後述する生成データの初期値に対応する。
【００６４】
関連付け情報ＤＢ５２は、パスウェイ情報と、生成情報と、を関連付ける関連付け情報を管理する。生成情報ＤＢ５３は、初期値となるパスウェイ情報より一定期間後のパスウェイ情報であり、代謝産物等の生成によるパスウェイの変化を表す生成情報を管理する。なお、生成情報は、生成情報を識別する生成ＩＤや、生成情報の属性を表す生成属性情報、代謝産物等の生成量に係るデータの所定時間経過後毎のデータである生成データ等を含む。
【００６５】
以下、パスウェイ表示処理の本実施例における一例を図１９に示す。図１９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。ステップＳ４０において、パスウェイ情報取得部４１は、例えば入力部１１等を介したユーザからの要求等に応じて、パスウェイ情報ＤＢ５１よりパスウェイ情報を取得する。
【００６６】
ステップＳ４０に続いてステップＳ４１に進み、生成情報特定部４２は、関連付け情報ＤＢ５２に格納されている関連付け情報から、ステップＳ４０においてパスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報に対応する生成情報を特定する。
【００６７】
ステップＳ４１に続いてステップＳ４２に進み、生成情報取得部４３は、ステップＳ４１において生成情報特定部４２が特定した生成情報を、生成情報ＤＢ５３より取得する。ステップＳ４２に続いてステップＳ４３に進み、動画表示部４４は、パスウェイ情報取得部４１が取得したパスウェイ情報及び生成情報取得部４３が取得した生成情報を用いて、表示部１２に表示されている画面等にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させ、動画表示する。
【００６８】
情報処理装置１が、図１９に示したような処理を行うことによって、ユーザは、時系列に起こる代謝産物等の生成過程を視覚的に容易に把握することができる。
【００６９】
上述したように、本実施例によれば、時系列に起こる代謝産物等の生成過程を、同一或いは異なる時系列で動画表示することができる。これによりユーザは視覚的に容易に代謝産物の生成過程を把握することができる。
【実施例３】
【００７０】
例えば、上述した実施例１では、情報処理装置１が、例えば、一つの画面に同一のパスウェイながら異なる発現情報を用いたパスウェイ、例えば一つが正常細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイで、もう一つがガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイ、を同じ時系列に基づいて変化させ、表示した例を示した（例えば、図１６等参照）。
【００７１】
しかしながら、情報処理装置１は、一つの画面に同一のパスウェイを複数表示し、各々のパスウェイの表示を異なる時系列に基づいて変化させ、表示してもよい。
図２０は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。図２０において、５０は、フォームである。本実施例では、情報処理装置１は、ユーザからの要求等に応じて、表示画面に複数のフォーム（図２０の例では、５０1、５０2）を表示し、前記フォームにそれぞれ一つのパスウェイを表示するものとして説明を行なう。
【００７２】
図２０の、フォーム５０1に示されるパスウェイと、フォーム５０2に示されるパスウェイとは、例えば、同じガン細胞のタンパク質をノードとしたパスウェイである。しかしながら、フォーム５０1に示されるパスウェイの時系列は、「０、０．５、１、３、５、７、９」であるのに対して、フォーム５０2に示されるパスウェイの時系列は、「０、５、１０、３０、５０、７０、９０」である。なお、上述したように、時間の単位は、秒であってもよいし、分や、時間、日等であってもよい。
【００７３】
情報処理装置１は、フォーム５０毎に、例えばＨＤ１９等に、実施例１の図５に示したノードの位置情報、図６に示したコントロール属性情報、図７に示した関連付け情報、図８に示した発現データ等を、格納している。そして、情報処理装置１は、フォーム５０毎に、実施例１の図９〜図１１に示した処理を実行し、動画表示を行なう。
【００７４】
ここで、フォーム５０2に示されるパスウェイに対応する発現データの一例を、図２１に示す。図２１は、発現データの一例を示す図（その２）である。図２１に示される発現データは、図８に示した発現データと比べて、時間経過の刻みが異なっている。
【００７５】
情報処理装置１が、図２０に示されるような表示を行なうことによって、例えばユーザは、短期的には発現量も少なく全体に対する影響も少ないが、長期的には発現量が大きくなり全体に対する影響も大きいタンパク質や、逆に、短期的には発現量が大きく全体に対する影響も大きいが、長期的には発現量が急に小さくなり全体に対する影響も少ないタンパク質等を特定することができる。
【００７６】
上述したように、本実施例によれば、タンパク質や、ｍＲＮＡ等の発現過程を、異なる時系列において、視覚的に容易に把握可能とすることができる。
【実施例４】
【００７７】
例えば、上述した実施例１では、情報処理装置１が、パスウェイ情報を取得し、取得したパスウェイ情報と、関連付け情報とに基づいて発現情報を特定し、特定した発現情報を取得して、動画表示を行なった（例えば、図９等参照）。つまり、上述した実施例１では、関連付け情報において、パスウェイ情報と、発現情報とは必ず関連付けられており、また、パスウェイ情報に関連する発現情報も必ず発現情報ＤＢ３３に格納されているものとして説明を行なった。
【００７８】
しかしながら、関連付け情報において、パスウェイ情報と、発現情報とが必ず関連付けられているとは限らない場合や、パスウェイ情報に関連する発現情報が発現情報ＤＢ３３に格納されていない場合もありうる。特に、後述する実施例に示すように、情報処理装置１とネットワークを介して接続された通信端末装置にパスウェイの編集を許可し、情報処理装置１が、通信端末装置より編集結果を受け取り、パスウェイ情報ＤＢ３１及び／又は関連付け情報ＤＢ３２及び／又は発現情報ＤＢ３３等に編集結果を反映する構成とすると、上述したような場合がありうる。
【００７９】
以下、上述した図９のステップＳ１１等において説明した発現情報特定処理の本実施例における一例を図２２に示す。図２２は、発現情報特定処理の一例を示すフローチャートである。ステップＳ５０において、発現情報特定部２２は、変数ｎに１を代入する。
【００８０】
ステップＳ５１では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。発現情報特定部２２は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｎの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ５１においてＹＥＳ）、ステップＳ５２に進み、変数ｎの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ５１においてＮＯ）、発現情報特定処理を終了する。
【００８１】
ステップＳ５２では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値に対応するノードのノードＩＤと、表示対象としているフォームのパスウェイのパスウェイＩＤと、に基づいて、該当する図７に示したような関連付け情報を検索し、前記ノードＩＤ及び前記パスウェイＩＤに対応する発現ＩＤが存在するか否かに応じて、発現情報を、特定可能か否かを判定する。発現情報特定部２２は、発現情報を特定可能であると判定すると（ステップＳ５２においてＹＥＳ）、ステップＳ５３に進み、発現情報を特定不可能であると判定すると（ステップＳ５２においてＮＯ）、ステップＳ５５に進む。
【００８２】
ステップＳ５３では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値に対応するノードのノードＩＤと、表示対象としているフォームのパスウェイのパスウェイＩＤと、に基づいて、該当する図７に示したような関連付け情報より、前記ノードＩＤ及び前記パスウェイＩＤに対応する発現ＩＤを取得し、発現情報を特定する。
【００８３】
ステップＳ５３に続いてステップＳ５４に進み、発現情報特定部２２は、変数ｎの値に対応するノードのノード情報等に、発現情報を特定したことを示す情報と、特定した発現情報を識別する発現ＩＤ（又は特定した発現情報に含まれる発現データを識別する発現データＩＤ）と、を付加する。なお、以下では説明の簡略化のため、発現情報特定部２２は、ノード情報等に、発現ＩＤではなく、発現データＩＤを付加するものとして説明を行なう。なお、このことは、本発明の実施を制限するものではない。
【００８４】
一方、ステップＳ５５では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値に対応するノードのノード情報等に、発現情報を特定することができなかったことを示す情報を付加する。
【００８５】
ステップＳ５６では、発現情報特定部２２が、変数ｎの値を１つインクリメントし、ステップＳ５１に進む。
【００８６】
以下、上述した図９のステップＳ１２等において説明した発現情報取得処理の本実施例における一例を図２３に示す。図２３は、発現情報取得処理の一例を示すフローチャートである。なお、発現情報取得部２３は、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードに対して以下に示す処理を実行する。
【００８７】
ステップＳ６０において、発現情報取得部２３は、変数ｍに１を代入する。ステップＳ６１では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値が、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードのノード数以下か否かを判定する。発現情報取得部２３は、変数ｍの値が、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードのノード数以下であると判定すると（ステップＳ６１においてＹＥＳ）、ステップＳ６２に進み、変数ｍの値が、ノード情報等に発現情報を特定したことを示す情報が付加されたノードのノード数より多いと判定すると（ステップＳ６１においてＮＯ）、発現情報取得処理を終了する。
【００８８】
ステップＳ６２では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に含まれる発現データＩＤに基づいて、該当する図８に示したような発現データを参照し、前記発現データＩＤに対応する発現データが存在するか否かに応じて、発現データがあるか否かを判定する。発現情報取得部２３は、発現データがあると判定すると（ステップＳ６２においてＹＥＳ）、ステップＳ６３に進み、発現データがないと判定すると（ステップＳ６２においてＮＯ）、ステップＳ６５に進む。
【００８９】
ステップＳ６３では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に含まれる発現データＩＤに基づいて、該当する図８に示したような発現データより、発現データを取得する。ステップＳ６３に続いてステップＳ６４に進み、発現情報取得部２３は、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に、発現データを取得したことを示す情報を付加する。
【００９０】
一方、ステップＳ６５では、発現情報取得部２３は、変数ｍの値に対応するノードのノード情報等に、発現データが無かったことを示す情報を付加する。
【００９１】
ステップＳ６６では、発現情報取得部２３が、変数ｍの値を１つインクリメントし、ステップＳ６１に進む。
【００９２】
次に、情報処理装置１の本実施例における一例の機能構成を図２４に示す。図２４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その３）である。図２４に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部２１と、発現情報特定部２２と、発現情報取得部２３と、動画表示部２４と、モード選択部４１と、パスウェイ情報ＤＢ３１と、関連付け情報ＤＢ３２と、発現情報ＤＢ３３と、を含む。
【００９３】
図２４に示される情報処理装置１の機能構成は、図４に示した情報処理装置１の機能構成と比べて、モード選択部４１が新たに情報処理装置１の機能構成として含まれている。モード選択部４１は、ＲＡＭ１６等において保持されているモード（ｍｏｄｅ）情報に基づいて、パスウェイの表示モードを選択し、動画表示部２４等に選択結果を通知する。なお、ＲＡＭ１６等において保持されているモード情報には、予めデフォルトのモード（例えば、モード１）が設定されており、後述する図２５や図２６に示されるような表示画面において、ユーザ等によって、モードが選択されると、選択されたモードが、モード情報に設定される。
【００９４】
なお、以下では説明の簡略化のため、パスウェイの表示モードとして、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかった、及び図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかった、ノードは表示しないモード１と、前記ノードも表示するモード２とを例に説明を行なう。
【００９５】
図２５は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。また、図２６は、パスウェイの表示画面を示す図（その７）である。図２５には、モード１（ｍｏｄｅ１）が選択された場合のパスウェイの表示画面の一例が示されている。また、図２６には、モード２（ｍｏｄｅ２）が選択された場合のパスウェイの表示画面の一例が示されている。
【００９６】
図２６に示される表示画面では、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかったノードは青色で、図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかったノードは黄色で表示されている。一方、図２５に示される表示画面では、図２６に示される表示画面において、青色や、黄色で表示されたノードは表示されていない。
【００９７】
なお、図２６では、情報処理装置１が、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかったノードと、図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかったノードと、を色で区別して表示した。しかしながら、情報処理装置１は、色に変えて、ノードの形状で区別して表示するようにしてもよい。また、情報処理装置１は、色や形状に変えて、ノードの近傍に発現情報を特定できなかったことを示す文字列や、発現データを取得することができなかったことを示す文字列を表示して区別するようにしてもよい。
【００９８】
以下、動画表示処理の本実施例における一例を図２７に示す。図２７は、動画表示処理の一例を示すフローチャートである。ステップＳ７０において、動画表示部２４は、変数ｔに、初期時刻を代入する。ステップＳ７１では、動画表示部２４より呼び出されたモード選択部４１が、ＲＡＭ１６等において保持されているモード情報に基づいて、モードを選択する。動画表示部２４は、モード選択部４１より受け取った選択結果に基づいて、モード情報にモード１（ｍｏｄｅ１）が設定されている場合は、ステップＳ７２に進み、モード情報にモード２（ｍｏｄｅ２）が設定されている場合は、ステップＳ７３に進む。
【００９９】
ステップＳ７２では、動画表示部２４が、時刻ｔでのモード１におけるノード及びコントロール等を表示する。なお、ステップＳ７２における動画表示部２４による表示処理の詳細は、後述する図２８に示す。
【０１００】
一方、ステップＳ７３では、動画表示部２４が、時刻ｔでのモード２におけるノード及びコントロール等を表示する。なお、ステップＳ７３における動画表示部２４による表示処理の詳細は、後述する図２９に示す。
【０１０１】
ステップＳ７４では、動画表示部２４が、数百ミリ秒処理を静止する。ステップＳ７４に続いてステップＳ７５に進み、動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上か否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻以上であると判定すると（ステップＳ７５においてＹＥＳ）、ステップＳ７７に進み、変数ｔに代入されている時刻が、例えば予め定められている最終時刻より小さいと判定すると（ステップＳ７５においてＮＯ）、ステップＳ７６に進む。
【０１０２】
ステップＳ７６では、動画表示部２４が、変数ｔに現在ｔに代入されている時刻の次の時刻を代入する。一方、ステップＳ７７では、動画表示部２４が、変数ｔに初期時刻を代入する。
【０１０３】
ステップＳ７８では、動画表示部２４が、ユーザ等によって、画面に表示されているＳｔｏｐボタンが押されているか否かを判定する。動画表示部２４は、ユーザ等によってＳｔｏｐボタンが押されていると判定すると（ステップＳ７８においてＹＥＳ）、動画表示処理を終了し、Ｓｔｏｐボタンが押されていないと判定すると（ステップＳ７８においてＮＯ）、ステップＳ７１の処理に戻る。
【０１０４】
次に、ノード等の表示処理の本実施例における一例を、図２８及び図２９に示す。図２８は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。
【０１０５】
ステップＳ８０において、動画表示部２４は、変数ｉに１を代入する。ステップＳ８１では、動画表示部２４が、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。動画表示部２４は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ８１においてＹＥＳ）、ステップＳ８２に進み、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ８１においてＮＯ）、表示処理を終了する。
【０１０６】
ステップＳ８２では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されているか否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていると判定すると（ステップＳ８２においてＹＥＳ）、ステップＳ８３に進み、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていないと判定すると（ステップＳ８２においてＮＯ）、ステップＳ８６に進む。
【０１０７】
ステップＳ８３では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードの発現値の絶対値から、表示するノードの大きさを計算する。例えば、動画表示部２４は、表示対象としているパスウェイに含まれるノードの発現値の絶対値が、同じパスウェイに含まれる他のノードの発現値の絶対値に比べて大きいノードは、該ノードの大きさを大きくし、小さいノードは、該ノードの大きさを小さくする。
【０１０８】
ステップＳ８３に続いてステップＳ８４に進み、動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードの発現値の初期値に対する比から、表示するノードの色を計算する。例えば、動画表示部２４は、比を求める計算の結果、発現値の初期値に対する比が大きいノード（例えば、２倍以上のノード）は、ノードの色を赤とし、比が変わらないノード（例えば、１倍前後のノード）は、ノードの色を黒とし、比が小さいノード（例えば、０．５倍以下のノード）は、ノードの色を緑とする。
【０１０９】
ステップＳ８４に続いてステップＳ８５に進み、動画表示部２４は、ステップＳ８３において計算したノードの大きさや、ステップＳ８４において計算したノードの色に応じて、変数ｉの値に対応するノードを表示する。ステップＳ８６では、動画表示部２４が、変数ｉの値を１つインクリメントし、ステップＳ８１に進む。
【０１１０】
図２９は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その３）である。ステップＳ９０において、動画表示部２４は、変数ｉに１を代入する。ステップＳ９１では、動画表示部２４が、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下か否かを判定する。動画表示部２４は、パスウェイ情報ＤＢ３１等において管理されているパスウェイ情報を参照し、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数以下であると判定すると（ステップＳ９１においてＹＥＳ）、ステップＳ９２に進み、変数ｉの値が、表示対象としているフォームのパスウェイに含まれるノード数より多いと判定すると（ステップＳ９１においてＮＯ）、表示処理を終了する。
【０１１１】
ステップＳ９２では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されているか否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていると判定すると（ステップＳ９２においてＹＥＳ）、ステップＳ９３に進み、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現データを取得したことを示す情報が付加されていないと判定すると（ステップＳ９２においてＮＯ）、ステップＳ９７に進む。
【０１１２】
ここで、ステップＳ９３からステップＳ９６までの処理は、図２８に示したステップＳ８３からステップＳ８６までの処理と同様のため、説明を省略する。
【０１１３】
ステップＳ９７では、動画表示部２４が、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現情報を特定したことを示す情報が付加されているか否かを判定する。動画表示部２４は、変数ｉの値に対応するノードのノード情報に、発現情報を特定したことを示す情報が付加されていると判定すると（ステップＳ９７においてＹＥＳ）、ステップＳ９８に進み、発現情報を特定したことを示す情報が付加されていないと判定すると（ステップＳ９７においてＮＯ）、ステップＳ９９に進む。
【０１１４】
ステップＳ９８では、動画表示部２４が、例えば、予め定められた大きさ及び色（例えば、黄色等）で変数ｉの値に対応するノードを表示する（例えば、図２６等参照）。一方、ステップＳ９９では、動画表示部２４が、例えば、予め定められた大きさ及び色（例えば、青色等）で変数ｉの値に対応するノードを表示する（例えば、図２６等参照）。
つまり、動画表示部２４は、発現情報は特定できたが、発現データは取得することができなかったノードを黄色で表し、発現データも取得することができず、且つ、発現情報も特定することができなかったノードを青色で表す。
このように、動画表示部２４は、図２２に示したような発現情報特定処理において発現情報を特定することができなかったノードと、図２３に示したような発現情報取得処理において発現データを取得することができなかったノードと、を色で区別して表示することができる。
なお、上述したように、動画表示部２４は、色に変えて、ノードの形状で区別して表示するようにしてもよい。また、動画表示部２４は、色や形状に変えて、ノードの近傍に発現情報を特定できなかったことを示す文字列や、発現データを取得することができなかったことを示す文字列を表示して区別するようにしてもよい。
【０１１５】
上述したように、本実施例によれば、情報処理装置１は、表示モードに応じて、発現情報に関連付けられていないノードや、発現データが存在しないノードを、表示したり、表示しなかったりすることができる。また、情報処理装置１は、発現情報に関連付けられていないノードや、発現データが存在しないノードを表示する場合、それらを区別して表示するので、ユーザは、発現情報が関連付けられていないノードか、発現データが存在しないノードかを区別することができる。
【実施例５】
【０１１６】
上述した実施例では、主に情報処理装置１単体で動作する場合を例に説明を行なった。しかしながら、情報処理装置１と、少なくとも１つ以上の通信端末装置とを、ネットワークを介して接続するようにしてもよい。そして、ユーザ等が通信端末装置を用いて、ノード情報、発現情報等を編集することができるようにしてもよい。
【０１１７】
図３０は、情報処理装置の一例の機能構成図（その４）である。図３０に示されるように、情報処理装置１は、機能構成として、パスウェイ情報取得部２１と、発現情報特定部２２と、発現情報取得部２３と、動画表示部２４と、モード選択部４１と、検索要求受信部４２と、検索処理部４３と、検索結果送信処理部４４と、編集支援処理部４５と、編集結果受信部４６と、編集反映処理部４７と、パスウェイ情報ＤＢ３１と、関連付け情報ＤＢ３２と、発現情報ＤＢ３３と、を含む。
【０１１８】
図３０に示される情報処理装置１の機能構成は、図２４に示した情報処理装置１の機能構成と比べて、検索要求受信部４２と、検索処理部４３と、検索結果送信処理部４４と、編集支援処理部４５と、編集結果受信部４６と、編集反映処理部４７と、が新たに情報処理装置１の機能構成として含まれている。
【０１１９】
検索要求受信部４２は、通信端末装置から、所望のパスウェイに係る検索条件を含む検索要求を、ネットワークを介して受信する。検索処理部４３は、パスウェイ情報ＤＢ３１、関連付け情報ＤＢ３２、発現情報ＤＢ３３等から、検索要求受信部４２が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じた、パスウェイに係る情報を検索して検索結果を出力する。ここで、パスウェイに係る情報とは、例えば、所望のパスウェイに含まれるノードのノード情報や、コントロール情報、関連付け情報、発現データ等である。
【０１２０】
検索結果送信処理部４４は、検索処理部４３が出力する検索結果を、検索要求の送信元である通信端末装置へ送信する。また、検索結果送信処理部４４は、通信端末装置において、パスウェイに係る情報等を基にパスウェイが表示された場合に、表示されたパスウェイに対してコントロールやノードの追加や削除等の編集を行うことができる編集プログラムを検索結果と合わせて送信する機能も備える。
【０１２１】
編集支援処理部４５は、通信端末装置において編集プログラムが実行され、編集作業が行われている間に、通信端末装置から編集に必要な情報等の要求を受けると、この要求に対応して必要な情報を提供する等の、通信端末装置における編集の支援処理を行う。
【０１２２】
編集結果受信部４６は、通信端末装置からパスウェイに対する編集結果を、ネットワークを介して受信する。編集反映処理部４７は、パスウェイ情報ＤＢ３１、関連付け情報ＤＢ３２、発現情報ＤＢ３３等に対して、編集結果受信部４６が受信した編集結果を反映する処理を行う。これにより、通信端末装置が検索要求により、編集結果を反映したパスウェイを参照することができるようになる。
【０１２３】
次に、パスウェイ提供処理の一例を、図３１に示す。図３１は、パスウェイ提供処理の一例示すフローチャートである。図３１に示すように、まず、ステップＳ１１０において、検索要求受信部４２は、通信端末装置からネットワークを介してパスウェイに係る検索要求（検索条件を含む）を受信する。
【０１２４】
次に、ステップＳ１１１において、検索処理部４３は、検索要求受信部４２が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイに係る情報を、パスウェイ情報ＤＢ３１、関連付け情報ＤＢ３２、発現情報ＤＢ３３等から検索する。次に、ステップＳ１１２において、検索結果送信処理部４４は、検索処理部４３が出力する検索結果及びパスウェイを編集するための編集プログラムを検索要求元の通信端末装置へ送信する。これにより、通信端末装置においては、パスウェイが表示され、且つ、表示されたパスウェイに対して編集作業を行うことができる。なお、編集プログラムは一度通信端末装置へ送信された後は、毎回送信する必要はなくなるので、利用者の要求に応じて必要な場合にのみ送信すればよい。
【０１２５】
次に、ステップＳ１１３において、編集支援処理部４５は、通信端末装置から編集支援要求を受信したか否かを判断する。ここで、編集支援処理部４５は、編集支援要求を受信したと判断すると（ステップＳ１１３においてＹＥＳ）、ステップＳ１１４に進み、受信した編集支援要求に応じた支援情報を通信端末装置へ送信する。一方、ステップＳ１１３において、編集支援処理部４５が、編集支援要求を受信していないと判断すると（ステップＳ１１３においてＮＯ）、ステップＳ１１５に進む。
【０１２６】
ステップＳ１１５では、編集結果受信部４６が、編集結果を通信端末装置から受信したか否かを判断する。ここで、編集支援処理部４５が、編集結果を受信していないと判断すると（ステップＳ１１５においてＮＯ）、ステップＳ１１３の処理に戻る。一方、編集支援処理部４５が、編集結果を受信したと判断すると（ステップＳ１１５においてＹＥＳ）、ステップＳ１１６に進む。
【０１２７】
ステップＳ１１６では、編集反映処理部４７が、パスウェイ情報ＤＢ３１及び／又は関連付け情報ＤＢ３２及び／又は発現情報ＤＢ３３に対して、編集結果受信部４６が受信した編集結果を反映する処理を行う。
【０１２８】
上述したように、本実施例によれば、パスウェイを簡便に編集でき、且つ編集後のパスウェイを公開することができる。
【実施例６】
【０１２９】
上述した各実施例では、説明の簡略化のため、コントロールの形状を単に直線を用いて説明を行なった。しかしながら、例えば、図６の線種ＩＤに示されるように、コントロールを示す「線」の種類は複数存在する。情報処理装置１は、この線種ＩＤに応じて、コントロールの形状を変えて表示するようにしてもよい。なお、この線種ＩＤは、ノード間の相関関係に応じて、ユーザ等が設定する。
【０１３０】
図３２は、コントロールの形状の一例を示す図である。形状９１（Ｄｉｒｅｃｔ Ｐｏｓｔｉｖｅ）は、直接的且つ促進的な関係があることを表すコントロールの形状である。ここで、直接的且つ促進的な関係とは、ノード１がノード２を修飾するとか、ノード１からノード２へシグナル伝達されるとか、ノード１がノード２に結合するとか、ノード１がノード２に変化する等の関係である。
【０１３１】
形状９２（Ｄｉｒｅｃｔ Ｎｅｇａｔｉｖｅ）は、直接的且つ抑制的な関係があることを示すコントロールの形状である。ここで、直接的且つ抑制的な関係とは、ノード１がノード２を阻害するとか、ノード１がノード２を不活性化させる等の関係である。
【０１３２】
形状９３（Ｉｎｄｉｒｅｃｔ Ｐｏｓｉｔｉｖｅ）は、間接的且つ促進的な関係があることを表すコントロールの形状である。ここで、間接的且つ促進的な関係とは、ノード１の活性化によりノード２が増加する等、ノード間の直接的作用は明確でないが、量的・質的な正の相関関係が認められる関係である。
【０１３３】
形状９４（Ｉｎｄｉｒｅｃｔ Ｎｅｇａｔｉｖｅ）は、間接的且つ抑制的な関係があることを示すコントロールの形状である。ここで、間接的且つ抑制的な関係とは、ノード１の活性化によりノード２が減少する等、ノード間の直接的作用は明確ではないが、量的・質的な負の相関関係が認められる関係である。
【０１３４】
形状９５（Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｐｏｓｉｔｉｖｅ）は、転写・翻訳を抑制するノードと、発現誘導／調整されるノードとの関係を表す形状である。
【０１３５】
形状９６（Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｎｅｇａｔｉｖｅ）は、転写・翻訳を抑制するノードと、発現抑制されるノードとの関係を表す形状である。
【０１３６】
形状９７（Ｂｉｎｄ）は、関係があることを示すコントロールの形状である。
【０１３７】
上述したように、本実施例によれば、ノード間の相関関係に応じて、コントロールの形状を変えて表示することができる。
【実施例７】
【０１３８】
例えば、情報処理装置１は、一つの画面に二つの異なるパスウェイを表示し、各々のパスウェイの表示を、同一の時系列に基づいて変化させ、表示してもよいし（例えば、図３３参照）、異なる時系列に基づいて変化させ、表示してもよい（例えば、図３４参照）。
【０１３９】
以上、本発明の好ましい実施例について詳述したが、本発明は係る特定の実施形態に限定されるものではなく、特許請求の範囲に記載された本発明の要旨の範囲内において、種々の変形・変更が可能である。なお、上述した各実施例は組み合わせて実施してもよい。
【図面の簡単な説明】
【０１４０】
【図１】図１は、セントラルドグマの概念図である。
【図２】図２は、タンパク質の発現ステップを示す図である。
【図３】図３は、情報処理装置の一例のハードウェア構成図である。
【図４】図４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その１）である。
【図５】図５は、ノードの位置情報の一例を示す図である。
【図６】図６は、コントロール属性情報の一例を示す図である。
【図７】図７は、関連付け情報の一例を示す図である。
【図８】図８は、発現データの一例を示す図（その１）である。
【図９】図９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャートである。
【図１０】図１０は、動画表示処理の一例を示すフローチャート（その１）である。
【図１１】図１１は、発現値を用いたノード等の表示処理の一例を示すフローチャートである。
【図１２】図１２は、パスウェイの表示画面を示す図（その１）である。
【図１３】図１３は、パスウェイの表示画面を示す図（その２）である。
【図１４】図１４は、パスウェイの表示画面を示す図（その３）である。
【図１５】図１５は、パスウェイの表示画面を示す図（その４）である。
【図１６】図１６は、パスウェイの表示画面を示す図（その５）である。
【図１７】図１７は、表示パターンの一例を示す図である。
【図１８】図１８は、情報処理装置の一例の機能構成図（その２）である。
【図１９】図１９は、パスウェイ表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。
【図２０】図２０は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。
【図２１】図２１は、発現データの一例を示す図（その２）である。
【図２２】図２２は、発現情報特定処理の一例を示すフローチャートである。
【図２３】図２３は、発現情報取得処理の一例を示すフローチャートである。
【図２４】図２４は、情報処理装置の一例の機能構成図（その３）である。
【図２５】図２５は、パスウェイの表示画面を示す図（その６）である。
【図２６】図２６は、パスウェイの表示画面を示す図（その７）である。
【図２７】図２７は、動画表示処理の一例を示すフローチャートである。
【図２８】図２８は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その２）である。
【図２９】図２９は、ノード等の表示処理の一例を示すフローチャート（その３）である。
【図３０】図３０は、情報処理装置の一例の機能構成図（その４）である。
【図３１】図３１は、パスウェイ提供処理の一例示すフローチャートである。
【図３２】図３２は、コントロールの形状の一例を示す図である。
【図３３】図３３は、パスウェイの表示画面を示す図（その７）である。
【図３４】図３４は、パスウェイの表示画面を示す図（その８）である。
【符号の説明】
【０１４１】
１ 情報処理装置
１１ 入力部
１２ 表示部
１３ 記録媒体ドライブ部
１４ 記録媒体
１５ ＲＯＭ
１６ ＲＡＭ
１７ ＣＰＵ
１８ インターフェース部
１９ ＨＤ
２１ パスウェイ情報取得部
２２ 発現情報特定部
２３ 発現情報取得部
２４ 動画表示部
３１ パスウェイ情報ＤＢ
３２ 関連付け情報ＤＢ
３３ 発現情報ＤＢ
４１ パスウェイ情報取得部
４２ 生成情報特定部
４３ 生成情報取得部
４４ 動画表示部
５１ パスウェイ情報ＤＢ
５２ 関連付け情報ＤＢ
５３ 生成情報ＤＢ
【特許請求の範囲】
【請求項１】
情報を処理する情報処理装置における、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、
前記情報処理装置が、
前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定段階と、
前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得段階と、
前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、
を含むことを特徴とするパスウェイ表示方法。
【請求項２】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記発現情報に係る値の絶対値又は前記発現情報に係る値の初期値に対する比に応じて、前記ノードの大きさを、時系列に変化させることを特徴とする請求項１記載のパスウェイ表示方法。
【請求項３】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記発現情報に係る値の絶対値又は前記発現情報に係る値の初期値に対する比に応じて、前記ノードの色を、時系列に変化させることを特徴とする請求項１又は２記載のパスウェイ表示方法。
【請求項４】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記画面に複数の異なるパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させることを特徴とする請求項１乃至３何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項５】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記画面に同一のパスウェイを複数表示させ、少なくとも前記複数表示された中の二つのパスウェイの表示を各々異なる時系列に基づいて変化させることを特徴とする請求項１乃至３何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項６】
前記発現情報特定段階において、前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定することができなかった場合、前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定することができなかったことを示す情報を前記画面に表示することを特徴とする請求項１乃至５何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項７】
前記発現情報取得段階において、前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得することができなかった場合、前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を取得することができなかったことを示す情報を前記画面に表示することを特徴とする請求項１乃至６何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項８】
前記情報処理装置が、少なくとも、前記発現情報特定段階において前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定することができなかった又は前記発現情報取得段階において前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得することができなかった、前記ノードは表示しない第一の表示モードと、前記ノードも表示する第二の表示モードとを選択する選択段階を更に含むことを特徴とする請求項１乃至７の何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項９】
前記動画表示段階において表示される前記コントロールの形状は、前記コントロールに係るノード間の相関関係に応じて異なることを特徴とする請求項１乃至８何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項１０】
前記情報処理装置が、
前記パスウェイに係る編集結果を、ネットワークを介して通信可能な通信端末装置より受信する編集結果受信段階と、
前記編集結果受信段階において受信した前記編集結果を、格納手段に格納されている前記パスウェイ情報、又は前記関連付け情報、又は前記発現情報に反映させる反映段階と、
を更に含むことを特徴とする請求項１乃至９何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項１１】
情報を処理する情報処理装置であって、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得手段と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得手段において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定手段と、
前記発現情報特定手段で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得手段と、
前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示手段と、
を有することを特徴とする情報処理装置。
【請求項１２】
コンピュータを、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得手段と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得手段において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定手段と、
前記発現情報特定手段で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得手段と、
前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示手段と、
して動作させることを特徴とするパスウェイ表示プログラム。
【請求項１３】
情報を処理する情報処理装置における、代謝産物を示すノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、
前記情報処理装置が、
前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きる代謝産物の生成に係る生成情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記生成情報を特定する生成情報特定段階と、
前記生成情報特定段階で特定した生成情報を格納手段より取得する生成情報取得段階と、
前記パスウェイ情報及び前記生成情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、
を含むことを特徴とするパスウェイ表示方法。
【請求項１】
情報を処理する情報処理装置における、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、
前記情報処理装置が、
前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定段階と、
前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得段階と、
前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、
を含むことを特徴とするパスウェイ表示方法。
【請求項２】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記発現情報に係る値の絶対値又は前記発現情報に係る値の初期値に対する比に応じて、前記ノードの大きさを、時系列に変化させることを特徴とする請求項１記載のパスウェイ表示方法。
【請求項３】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記発現情報に係る値の絶対値又は前記発現情報に係る値の初期値に対する比に応じて、前記ノードの色を、時系列に変化させることを特徴とする請求項１又は２記載のパスウェイ表示方法。
【請求項４】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記画面に複数の異なるパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させることを特徴とする請求項１乃至３何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項５】
前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記画面に同一のパスウェイを複数表示させ、少なくとも前記複数表示された中の二つのパスウェイの表示を各々異なる時系列に基づいて変化させることを特徴とする請求項１乃至３何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項６】
前記発現情報特定段階において、前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定することができなかった場合、前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定することができなかったことを示す情報を前記画面に表示することを特徴とする請求項１乃至５何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項７】
前記発現情報取得段階において、前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得することができなかった場合、前記動画表示段階では、前記情報処理装置が、前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を取得することができなかったことを示す情報を前記画面に表示することを特徴とする請求項１乃至６何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項８】
前記情報処理装置が、少なくとも、前記発現情報特定段階において前記パスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定することができなかった又は前記発現情報取得段階において前記発現情報特定段階で特定した発現情報を格納手段より取得することができなかった、前記ノードは表示しない第一の表示モードと、前記ノードも表示する第二の表示モードとを選択する選択段階を更に含むことを特徴とする請求項１乃至７の何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項９】
前記動画表示段階において表示される前記コントロールの形状は、前記コントロールに係るノード間の相関関係に応じて異なることを特徴とする請求項１乃至８何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項１０】
前記情報処理装置が、
前記パスウェイに係る編集結果を、ネットワークを介して通信可能な通信端末装置より受信する編集結果受信段階と、
前記編集結果受信段階において受信した前記編集結果を、格納手段に格納されている前記パスウェイ情報、又は前記関連付け情報、又は前記発現情報に反映させる反映段階と、
を更に含むことを特徴とする請求項１乃至９何れか１項記載のパスウェイ表示方法。
【請求項１１】
情報を処理する情報処理装置であって、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得手段と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得手段において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定手段と、
前記発現情報特定手段で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得手段と、
前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示手段と、
を有することを特徴とする情報処理装置。
【請求項１２】
コンピュータを、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得手段と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きるタンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループの発現に係る発現情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得手段において取得したパスウェイ情報に対応する前記発現情報を特定する発現情報特定手段と、
前記発現情報特定手段で特定した発現情報を格納手段より取得する発現情報取得手段と、
前記パスウェイ情報及び前記発現情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示手段と、
して動作させることを特徴とするパスウェイ表示プログラム。
【請求項１３】
情報を処理する情報処理装置における、代謝産物を示すノードと、ノード間の関連性を示すコントロールと、を含むパスウェイの表示方法であって、
前記情報処理装置が、
前記パスウェイに係るパスウェイ情報を格納手段より取得するパスウェイ情報取得段階と、
格納手段に格納されている、前記パスウェイ情報と、時系列に起きる代謝産物の生成に係る生成情報と、を関連付ける関連付け情報から、前記パスウェイ情報取得段階において取得したパスウェイ情報に対応する前記生成情報を特定する生成情報特定段階と、
前記生成情報特定段階で特定した生成情報を格納手段より取得する生成情報取得段階と、
前記パスウェイ情報及び前記生成情報を用いて、画面にパスウェイを表示させ、該パスウェイの表示を時系列に変化させて、動画表示する動画表示段階と、
を含むことを特徴とするパスウェイ表示方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【公開番号】特開２００７−５２７６６（Ｐ２００７−５２７６６Ａ）
【公開日】平成１９年３月１日（２００７．３．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−１１１９１６（Ｐ２００６−１１１９１６）
【出願日】平成１８年４月１４日（２００６．４．１４）
【出願人】（５９６０６５２２３）株式会社数理システム (1)
【出願人】（５９６１７５８１０）財団法人かずさディー・エヌ・エー研究所 (40)
【出願人】（０００１９１０７６）新日鉄ソリューションズ株式会社 (136)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１９年３月１日（２００７．３．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年４月１４日（２００６．４．１４）
【出願人】（５９６０６５２２３）株式会社数理システム (1)
【出願人】（５９６１７５８１０）財団法人かずさディー・エヌ・エー研究所 (40)
【出願人】（０００１９１０７６）新日鉄ソリューションズ株式会社 (136)
【Ｆターム（参考）】
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