プロテオームエピトームタグ及びそれらのタンパク質修飾分析における利用方法
試料中のタンパク質特に様々な翻訳後修飾(リン酸化、グリコシル化、メチル化、アセチル化など)を有するタンパク質の存在を、該試料中の一組のタンパク質のユニークに特徴的な認識配列(プロテオームエピトープタグ即ちＰＥＴ)を認識して該配列と相互作用する一種以上の捕捉剤の利用によって、信頼性をもって検出する方法を開示する。これらの捕捉剤又はＰＥＴを含むアレイも又、提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の標的タンパク質上の翻訳後修飾の存在を検出する方法であって、下記を含む当該方法：
(１)該標的タンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該翻訳後修飾のための少なくとも１つの候補の部位を同定し；
(２)該標的タンパク質の少なくとも１つの断片のアミノ酸配列をコンピューターにより同定し、該断片は、該試料中の該標的タンパク質の処理から予想通りに生じて、該断片は、該試料中の該断片にユニークな該潜在的翻訳後修飾部位及びＰＥＴ(プロテオームエピトームタグ)を含み；
(３)該ＰＥＴに特異的に結合する捕捉剤を生成させて、該捕捉剤を支持体に固定化し；
(４)該試料を該処理にかけて、該断片を溶液に可溶性にして、該試料を、該処理後、該捕捉剤に接触させて；
(５)該捕捉剤に結合された該断片において、該翻訳後修飾の存否を検出する。
【請求項２】
前記の翻訳後修飾が、アセチル化、アミド化、脱アミド化、プレニル化、ホルミル化、グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、リン酸化、ユビキチン化、リボシル化又は硫酸化である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記の翻訳後修飾が、チロシン、セリン又はスレオニンに対するリン酸化である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記のアミノ酸配列のコンピューター分析のステップが、該ＰＥＴを、ｐＩ、電荷、立体構造、溶解度、疎水性、極性及び溶媒露出領域の少なくとも１つをも含む基準に基づいてを同定するニアレスト−ネイバー分析を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
(３)で生成した捕捉剤の、少なくとも一種のＰＥＴのニアレスト−ネイバーに対する特異性を測定することを更に含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ペプチド競合アッセイを、(３)で生成した捕捉剤の、ＰＥＴのニアレスト−ネイバーに対する特異性の測定に利用する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記のアミノ酸配列をコンピューター分析するステップが、示された溶解条件下で少なくとも閾値の溶解度を有すると予想された該ＰＥＴを同定する溶解度分析を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記のＰＥＴの長さを、５〜１０アミノ酸、１０〜１５アミノ酸、１５〜２０アミノ酸、２０〜２５アミノ酸、２５〜３０アミノ酸、又は３０〜４０アミノ酸から選択する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記の捕捉剤が、完全長の抗体、又はＦab断片、Ｆ(ab')２断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、ｄＡｂ断片、単離された相補性決定領域(ＣＤＲ)、一本鎖抗体(scＦｖ)、又はこれらの誘導体から選択する機能的な抗体断片である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記の捕捉剤が、ヌクレオチド；核酸；ＰＮＡ(ペプチド核酸)；タンパク質；ペプチド；炭水化物；人工ポリマー；又は小型有機分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記の捕捉剤が、アプタマー、足場ペプチド、又は小型有機分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記の処理が、前記の試料の、プロテアーゼ、化学薬剤、物理的剪断、又は超音波処理による変性及び／又は断片化である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記の変性が、熱変性又は化学的変性である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記の熱変性で、熱安定性プロテアーゼを利用するタンパク質分解をその後行なうか又は同時に行なう、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記の熱変性が、２サイクル以上の熱変性とその後のプロテアーゼ消化を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記の断片化を、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、パパイン、カルボキシペプチダーゼ、カルパイン、ズブチリシン、ｇｌｕｃ−Ｃ、エンドｌｙｓ−Ｃ、又はプロテイナーゼＫから選択するプロテアーゼによって行なう、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記の試料が、唾液、粘液、汗、全血液、血清、尿、羊水、生殖器液、糞便、骨髄、血漿、脊髄液、囲心腔液、胃液、腹液、腹膜腔液、胸膜液、滑液、嚢胞液、脳脊髄液、肺洗浄液、リンパ液、涙、前立腺液、他の身体部分からの抽出液、又は他の腺からの分泌物から選択する体液であり；又は上清、全細胞溶解物、又は細胞画分(細胞性物質の溶解及び分画により得られる)、生物学的実在物又は人工的環境で成長した細胞から直接得られる細胞の抽出物又は画分に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記の試料が、ヒト、マウス、ラット、カエル(アフリカツメガエル)、魚類(ゼブラフィッシュ)、ハエ(キイロショウジョウバエ)、線虫(C. elegans)、分裂又は出芽酵母、又は植物(シロイスナズナ)から得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記の試料が、膜結合タンパク質の処理により生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記の処理が、前期の翻訳後修飾を保存する条件下で行なわれる、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記のＰＥＴ及び翻訳後修飾のための候補の部位が、重複しない、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記の捕捉剤が、変性条件下で前記のＰＥＴについての選択性について最適化される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
ステップ(５)が、前記の翻訳後修飾に特異的な第二捕捉剤を利用することにより実施され、前記の第二捕捉剤が、酵素、蛍光標識、着色染料、化学発光性化合物、コロイド粒子、放射性同位体、近赤外線染料、ＤＮＡデンドリマー、水溶性量子ドット、ラテックスビーズ、セレン粒子、又はユーロピウムナノ粒子から選択する検出可能な部分により標識される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記の翻訳後修飾が、リン酸化であり、前記の第二の捕捉剤が、リン酸化チロシン、リン酸化セリン、又はリン酸化スレオニンに特異的な標識された第二抗体である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記の第二抗体は、酵素又は蛍光基により標識される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記の酵素が、ＨＲＰ(西洋ワサビペルオキシダーゼ)である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記の翻訳後修飾が、リン酸化であり、第二の捕捉剤が、リンアミノ酸を特異的に染める蛍光染料である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記の蛍光染料が、Pro-Q Diamond染料である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記の翻訳後修がは、グリコシル化であり、前記の標識した第二捕捉剤が、グリコシル化部位に結合した少なくとも一つの糖部分に特異的である標識されたレクチンである、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
前記の翻訳後修飾が、ユビキチン化であり、前記の標識した第二捕捉剤が、ユビキチンに特異的な標識した第二抗体である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３１】
前記の試料が、前記の断片に対して１０億モル過剰の無関係のタンパク質又はその断片を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記の捕捉剤に結合した前記の断片を定量することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
ステップ(３)が、動物を前記のＰＥＴ配列を含む抗原で免疫化することにより実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
前記のＰＥＴ配列のＮ又はＣ末端、又は両方が、遊離のＮ又はＣ末端、又は両方を排除するためにブロックされる、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記のＰＥＴ配列のＮ又はＣ末端が、ＰＥＴ配列を異質のキャリアーポリペプチドに融合することによってブロックされ、又は小さい化学基によってブロックされる、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記のキャリアーが、ＫＬＨ又はＢＳＡである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
プロテオーム中のキナーゼのすべての潜在的基質を同定するための捕捉剤のアレイであって、各々固体支持体上の別々のアドレス可能な位置に固定された複数の捕捉剤を含み、各捕捉剤は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想された通りに生じるペプチド断片とユニークに結びついたＰＥＴに特異的に結合し、該ペプチド断片は、該キナーゼの少なくとも一つの潜在的なリン酸化部位を含んでいる、当該アレイ。
【請求項３８】
前記の固体支持体は、ビーズ又はアレイデバイス(表面に配列された前記の捕捉剤の正体をコード化する様式の)である、請求項３７に記載のアレイ。
【請求項３９】
前記のアレイが、１００以上の異なる捕捉剤を含む、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４０】
前記のアレイデバイスが、回折格子表面を含む、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４１】
前記の捕捉剤が、抗体又はその抗原結合部位であり、前記のアレイが、整列されたＥＬＩＳＡである、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４２】
前記のアレイデバイスが、表面プラズモン共鳴アレイである、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４３】
前記のビーズが、仮想アレイとしてコード化されている、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４４】
試料中でキナーゼの潜在的基質を同定する方法であって、下記：
(１)プロテオーム中のすべてのタンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、前記のキナーゼのすべての候補のリン酸化部位を同定し；
(２)少なくとも１つの前記の候補のリン酸化部位を含むすべてのペプチド断片をコンピューターにより同定し、該断片は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想されたとおりに生成し；
(３)(２)で同定された前記の各断片について、前記の試料中の前記の断片にユニークな１つのＰＥＴを同定し；
(４)(３)で同定された各ＰＥＴに特異的な捕捉剤をそれぞれ獲得して、該捕捉剤を固定化して請求項３７に記載のアレイを生成し；
(５)該捕捉剤のアレイを前記の処理にかけた前記のプロテオームの試料と接触させ、そして
(６)前記の捕捉剤に結合した任意の断片中のリン酸化残基の存在を検出すること
を含み、特定の捕捉剤に結合した特定の断片中のリン酸化残基の存在が、該特定の断片が由来したタンパク質が該キナーゼの基質であることを示す、当該方法。
【請求項４５】
前記のプロテオームが、ヒトのプロテオームである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記の候補のリン酸化部位が、前記のキナーゼによるリン酸化の共通配列に基づいて予想される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記の共通配列が、リン酸化部位のデータベースから得られる、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記の試料が、前記のキナーゼの公知のアゴニスト、又は前記のキナーゼが属するシグナリング経路の公知のアゴニストである薬剤によって予備処理される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４９】
前記の処理が、リン酸化を保存する条件下で行なわれる、請求項４４に記載の方法。
【請求項５０】
前記の同定された基質の前記のキナーゼによるインビトロ又はイン・ビボでのリン酸化を確認することを更に含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５１】
前記のプロテオーム及び前記のキナーゼが、同じ起源に由来する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５２】
ステップ(６)が、リン酸化された残基に特異的な標識された第二の捕捉剤を利用することにより実施される、請求項４４に記載の方法。
【請求項５３】
プロテオーム中の翻訳後修飾を触媒する酵素のすべての潜在的基質を同定するための捕捉剤のアレイであって、各々固体支持体上の別々のアドレス可能な位置に固定された複数の捕捉剤を含み、各捕捉剤は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想された通りに生じるペプチド断片とユニークに結びついたＰＥＴに特異的に結合し、該ペプチド断片は、該酵素の少なくとも一つの潜在的な翻訳後修飾部位を含んでいる、当該アレイ。
【請求項５４】
アセチル化、アミド化、脱アミド化、プレニル化、ホルミル化、グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、リン酸化、ユビキチン化、リボシル化又は硫酸化から選択する翻訳後修飾を触媒する酵素の潜在的基質を試料中で同定する方法であって、下記：
(１)プロテオーム中のすべてのタンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該酵素のすべての候補の翻訳後修飾部位を同定し；
(２)少なくとも１つの該候補の翻訳後修飾部位を含むすべてのペプチド断片をコンピューターにより同定し、該断片は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想された通りに生成し；
(３)(２)で同定された各断片について、該試料中の該断片に対してユニークな一つのＰＥＴを同定し；
(４)(３)で同定された各ＰＥＴに特異的な捕捉剤をそれぞれ獲得して、該捕捉剤を請求項５３に記載のアレイにおいて固定化し；
(５)該捕捉剤のアレイを、該処理にかけた該プロテオームの試料と接触させ、そして
(６)該捕捉剤に結合した任意の断片内の該翻訳後修飾を有する残基の存在を検出する
ことを含み、特定の捕捉剤に結合した特定の断片内の該翻訳後修飾を有する残基の存在が、該特定の断片が由来したタンパク質が該酵素の基質であることを示す、当該方法。
【請求項５５】
プロテオーム内の選択した数のシグナル変換経路のどれが刺激に応答して活性化され又は阻害されるかを測定するための捕捉剤のアレイであって、下記を含む当該アレイ：
各々固体支持体上の別々のアドレス可能な位置に固定された複数の捕捉剤であって、該捕捉剤の各々は、該シグナル変換経路の少なくとも一種のキータンパク質の処理から予想されたとおりに生成するペプチド断片と結びついたユニークなＰＥＴに特異的に結合し、該ペプチド断片は、該経路の活性化又は阻害に際して予想通りに翻訳後修飾される少なくとも１つの部位を包含し；該シグナル変換経路の各々は、少なくとも１つのキータンパク質により表される。
【請求項５６】
前記のシグナル変換経路が、ＩＬ−４、ＩＬ−１３、又はToken様レセプターにより活性化される免疫経路；アドレナリン作動性、ＰＡＣ１レセプター、細胞性粘菌ｃＡＭＰ化学走性、Ｗｎｔ／Ｃａ２＋／ｃＧＭＰ、又はＧタンパク質依存性７回膜貫通レセプターにより活性化される７回膜貫通レセプター経路；マウス又はキイロショウジョウバエの概日リズム経路；インスリン経路；ＦＡＳ経路；ＴＮＦ経路；Ｇタンパク質共役レセプター経路；インテグリン経路；ＭＡＰＫ、ＪＮＫ、又はｐ３８のミトゲン活性化プロテインキナーゼ経路；エストロゲンレセプター経路；ホスホイノシチド３−キナーゼ経路；トランスフォーミング成長因子β(ＴＧＦ−β)経路；Ｂ細胞抗原レセプター経路；Ｊａｋ−ＳＴＡＴ経路；ＳＴＡＴ３経路；Ｔ細胞シグナル変換経路；１型インターフェロン(α／β)経路；ジャスモネート生化学経路；又はジャスモネートシグナリング経路である、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項５７】
前記のプロテオームが、ヒト、マウス、ラット、カエル(アフリカツメガエル)、魚類(ゼブラフィッシュ)、ハエ(キイロショウジョウバエ)、線虫(C. elegans)、分裂又は出芽酵母、又は植物(シロイスナズナ)のものである、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項５８】
前記の翻訳後修飾が、チロシン、セリン、又はスレオニン残基におけるリン酸化である、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項５９】
前記の刺激が、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ステロイド、脂質、抗原、小型分子(Ｃａ２＋、ｃＡＭＰ、ｃＧＭＰ)、浸透圧ショック、熱又は冷却ショック、ｐＨ変化、イオン強度変化、機械的力、ウイルス又は細菌感染、又は隣接細胞又はコートタンパク質を有し若しくは有さない表面との付着又は分離、による細胞の処理である、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６０】
少なくとも一つの該シグナル変換経路の活性化又は阻害は、他のシグナル変換経路と異なる種類の翻訳後修飾により明示される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６１】
少なくとも３、５、１０、２０、５０、１００、２００、５００、又は１０００のシグナリング経路が表される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６２】
少なくとも２種の異なる生物のシグナリング経路が表される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６３】
異なる生物の類似のシグナリング経路が表される、請求項６２に記載のアレイ。
【請求項６４】
すべての捕捉剤が、同じシグナル変換経路に属するタンパク質に対して特異的であり、該シグナル変換経路のすべてのタンパク質が、予想通りに翻訳後修飾され、表される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６５】
前記のキータンパク質の少なくとも一つが、少なくとも２つのシグナル変換経路の活性化又は阻害に際して翻訳後修飾される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６６】
下記の指示を更に含む、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ：
(１)試料含有ポリペプチド分析物を、このアレイに適合した方法で変性及び／又は断片化させ；
(２)該ポリペプチド分析物又はその断片の該捕捉剤との相互作用を検出する。
【請求項６７】
指示が、更に、較正手順及び調製手順のためのデータ、及びこれらの捕捉剤の性能特性についての統計データの少なくとも１つを含む、請求項６６に記載のアレイ。
【請求項６８】
少なくとも５０％の回収率を有する、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項６９】
少なくとも９０％の、前記の試料におけるタンパク質の出現についての全体的な陽性予測値を有する、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７０】
９９％以上の、前記の試料におけるタンパク質の出現についての全体的な診断感度(ＤＳＮ)を有する、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７１】
前記の支持体に結合した少なくとも１，０００又は１０，０００の異なる捕捉剤を含む、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７２】
前記の捕捉剤が、前記の支持体に、１００捕捉剤／ｃｍ２の密度で結合している、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７３】
前記の捕捉剤に結合するＰＥＴ部分を含む少なくとも一種の標識された参照用ペプチドを更に含み、該捕捉剤の該ポリペプチド分析物との結合は、該参照用ペプチドを利用する比較結合アッセイにより検出される、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７４】
アドレス可能なアレイが、ビーズの集合であり、その各々は別々の捕捉剤種及びそのビーズを同定する少なくとも一つの標識を含む、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７５】
プロテオームに由来する試料中の選択した数のシグナル変換経路のどれが刺激に応答して活性化され又は阻害されるのかを測定するために、請求項５５に記載のアレイを利用する方法であって、下記：
(１)該試料を該刺激に投じ；
(２)該試料を主題の発明の処理にかけて、請求項５５に記載のペプチド断片を溶液に可溶性にし；
(３)該処理後に該試料を主題の発明のアレイに接触させ；
(４)該捕捉剤に結合した任意の断片内の翻訳後修飾された残基の存在を検出し及び／又はその量を定量する
ことを含み、該刺激後の、該アレイ上の特定の捕捉剤に結合した特定の断片中の翻訳後修飾された残基の存在及び／又はその量の変化が、該特定の断片により表されるシグナル変換経路が活性化又は阻害されたことを示す、当該方法。
【請求項７６】
前記の刺激が、薬物の候補の類似体により実施され、特定のシグナル変換経路の活性化又は阻害がモニターされる、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記の特定のシグナル変換経路が、前記の薬物により影響を受けるものである、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記の特定のシグナル変換経路の前記の類似体及び前記の薬物による活性化／阻害の程度を比較することを更に含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記の特定のシグナル変換経路が、前記の薬物の副作用を媒介するものである、請求項７７に記載の方法。
【請求項８０】
バイオテクノロジー又は製薬事業のための事業方法であって、下記を含む当該方法：
(ｉ)請求項４４に記載の方法を利用して、翻訳後修飾を触媒する酵素の少なくとも１つの基質を同定し；
(ii)適宜、該酵素による該基質の翻訳後修飾を確認し；
(iii)第三者に、該基質を製造し又は該基質の該酵素の標的としての利用を探究する権利をライセンスする。
【請求項８１】
翻訳後修飾酵素の基質を同定するためのタンパク質検出アレイを提供する事業方法であって、下記を含む当該事業方法：
(ｉ)プロテオーム内で、前記の翻訳後修飾のための少なくとも一つの部位を有する少なくとも一種のタンパク質又はその断片を同定し；
(ii)(ｉ)で同定された少なくとも一種のタンパク質又はその断片の各々に対する少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(iii)(ii)で同定された該ＰＥＴの各々に対する少なくとも一種の捕捉剤を生成し、該捕捉剤の各々は、該捕捉剤が生成された該ＰＥＴの一つに特異的に結合し；
(iv)(iii)で生成された捕捉剤のアレイを製作し、該捕捉剤の各々は、該固体支持体の異なる別々の領域又はアドレスに結合され；
(ｖ)診断及び／又は研究実験における利用のために、(iv)における該捕捉剤のアレイをパッケージ化する。
【請求項８２】
捕捉剤のアレイのマーケティングを更に含む、請求項８１に記載の事業方法。
【請求項８３】
捕捉剤のアレイを分配することを更に含む、請求項８１に記載の事業方法。
【請求項８４】
複数の捕捉剤を含む組成物であって、前記の複数の捕捉剤が、集合的に、一生物のプロテオーム中の翻訳後修飾酵素のすべての潜在的基質と特異的に相互作用することができ、該捕捉剤の各々が、翻訳後修飾部位を含む該潜在的基質又はその断片中の唯一つのＰＥＴを認識して相互作用することができる、当該組成物。
【請求項８５】
前記の捕捉剤が、ヌクレオチド；核酸；ＰＮＡ(ペプチド核酸)；タンパク質；ペプチド；炭水化物；人工ポリマー；及び小型有機分子よりなる群から選択される、請求項８４に記載の組成物。
【請求項８６】
前記の捕捉剤が、抗体であり、又は抗原結合性のその断片である、請求項８５に記載の組成物。
【請求項８７】
前記の捕捉剤が、完全長抗体、又はＦab断片、Ｆ(ab')２断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、ｄＡｂ断片、単離された相補性決定領域(ＣＤＲ)、一本鎖抗体(scＦｖ)、又はこれらの誘導体から選択する機能的抗体断片である、請求項８６に記載の組成物。
【請求項８８】
前記の捕捉剤の各々が、一本鎖抗体である、請求項８６に記載の組成物。
【請求項８９】
研究及び開発におけるマーケティングのために捕捉剤のアレイを生成するための事業方法であって、下記を含む当該事業方法：
(１)翻訳後修飾が一生物内の少なくとも一つのシグナル変換経路の活性化を表す少なくとも一種のタンパク質を同定し；
(２)該タンパク質の各々、又は該翻訳後修飾のための少なくとも一つの部位を含むその断片に対する少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(３)(２)で同定された該ＰＥＴの各々に対する少なくとも一種の捕捉剤を生成し、該捕捉剤の各々は、該捕捉剤が生成された該ＰＥＴの一つに特異的に結合し；
(４)固体支持体上に(３)で生成された捕捉剤のアレイを製作し、該捕捉剤の各々は、該固体支持体の異なる別々の領域に結合され；
(５)(４)の該捕捉剤のアレイを、商業的及び／又は学術的研究室における診断及び／又は研究用途のためにパッケージ化する。
【請求項９０】
(４)の捕捉剤のアレイ又は(５)の捕捉剤のパッケージ化されたアレイの潜在的顧客及び／又は販売業者へのマーケティングを更に含む、請求項８９に記載の事業方法。
【請求項９１】
(４)の捕捉剤のアレイ又は(５)の捕捉剤のパッケージ化されたアレイを顧客及び／又は販売業者に販売することを更に含む、請求項８９に記載の事業方法。
【請求項９２】
研究及び開発におけるマーケティングのために捕捉剤のアレイを生成するための事業方法であって、下記を含む当該事業方法：
(１)翻訳後修飾が一生物内の少なくとも一つのシグナル変換経路の活性化を表す少なくとも一種のタンパク質を同定し；
(２)該タンパク質の各々又は翻訳後修飾のための少なくとも一つの部位を含むその断片に対する少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(３)第三者に、(２)で同定された少なくとも一種のＰＥＴを製造し又は利用する権利をライセンスする。
【請求項９３】
宿主動物を、タンパク質の存在又は過剰発現と関連する病気に対して免疫化する方法であって、下記を含む当該方法：
(１)該タンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該宿主動物のプロテオーム内の該タンパク質にユニークな少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(２)(１)で同定された少なくとも一種のＰＥＴを含むペプチド免疫原を該宿主動物に投与する。
【請求項９４】
前記の少なくとも一種のＰＥＴを、前記の宿主動物に、該宿主動物の免疫応答を増進させるようにデザインされた配合物で投与する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記の配合物が、リポ多糖類(ＬＰＳ)、脂質Ａ、ムラミルジペプチド(ＭＤＰ)、グルカン又はサイトカインから選択する付加的アジュバントを伴って又は伴わずにリポソームを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記のサイトカインが、インターロイキン、インターフェロン、又はコロニー刺激因子である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記の配合物が、前記の少なくとも一種のＰＥＴをコードするウイルス又は細菌性ベクターを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記のタンパク質が、宿主動物とは異なる生物に由来する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９９】
前記のタンパク質が、腫瘍細胞、感染性因子又は寄生性因子に由来する、請求項９３に記載の方法。
【請求項１００】
前記の感染性因子が、ＳＡＲＳウイルスである、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０１】
免疫組織化学で使用するためのマーカータンパク質に特異的な抗体を生成する方法であって、該マーカータンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該マーカータンパク質にユニークな少なくとも一種のＰＥＴを同定することを含み、該ＰＥＴが該マーカータンパク質の表面に位置された、当該方法。
【請求項１０２】
該ＰＥＴが、免疫組織化学で用いる固定条件下で架橋形成することの知られた残基を排除する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
試料中の関連タンパク質のファミリーを同時に明確に検出／定量する方法であって、下記を含む当該方法：
(１)タンパク質の試料中に存在することが予想される関連タンパク質の該ファミリーについてのアミノ酸配列をコンピューター分析して、該タンパク質のファミリーにユニークな共通ＰＥＴ配列を同定し；
(２)該共通ＰＥＴに選択的且つ特異的に結合する捕捉剤を生成し；
(３)該試料を(２)で同定された捕捉剤と接触させ；そして
(４)該捕捉剤に結合したタンパク質の存在を検出し及び／又はその量を測定することを含み、それにより、該試料中の関連タンパク質のファミリーを同時に検出／定量する。
【請求項１０４】
前記の関連タンパク質のファミリーが、ステップ(３)の前に、プロテアーゼ又は化学薬剤により変性されて消化される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記の関連タンパク質のファミリーの各メンバーにユニークな少なくとも一種のＰＥＴを同定して、当該各メンバーの検出／定量を促進することを更に含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０６】
前記の関連タンパク質のファミリーが、関連するキナーゼ又はサイトカインのファミリーを含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０７】
前記の試料が、唾液、粘液、汗、全血液、血清、尿、羊水、生殖器液、糞便、骨髄、血漿、脊髄液、囲心腔液、胃液、腹液、腹膜腔液、胸膜液、滑液、嚢胞液、脳脊髄液、肺洗浄液、リンパ液、涙、前立腺液、他の身体部分からの抽出液、又は他の腺からの分泌物から選択する体液であり；又は上清、全細胞溶解物、又は細胞画分(細胞性物質の溶解及び分画により得られる)、生物学的実在物又は人工的環境で成長した細胞から直接得られる細胞の抽出物又は画分から選択する体液である、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０８】
試料中の標的タンパク質のＰＥＴと関係する検出／定量における利用のために試料を処理する方法であって、該試料の全タンパク質を変性させること、及び／又は該試料の全タンパク質をプロテアーゼ、化学的薬剤、物理的剪断、又は超音波処理によって断片化することを含む、当該方法。
【請求項１０９】
前記の変性が、熱変性又は化学的変性である、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記の熱変性で、その後又は同時に、熱安定性プロテアーゼを用いるタンパク質分解を行なう、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記の熱変性が、２サイクル以上の熱変性と、その後のプロテアーゼ消化を含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１２】
前記の２サイクル以上の熱変性の各々が、約９０℃で変性させた後に、約５０℃でプロテアーゼ消化を行なうことにより実施される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記の断片化が、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、パパイン、カルボキシペプチダーゼ、カルパイン、ズブチリシン、ｇｌｕｃ−Ｃ、エンドｌｙｓ−Ｃ、又はプロテイナーゼＫから選択するプロテアーゼにより行なわれる、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１４】
前記の試料が、唾液、粘液、汗、全血液、血清、尿、羊水、生殖器液、糞便、骨髄、血漿、脊髄液、囲心腔液、胃液、腹液、腹膜腔液、胸膜液、滑液、嚢胞液、脳脊髄液、肺洗浄液、リンパ液、涙、前立腺液、他の身体部分からの抽出液、又は他の腺からの分泌物から選択する体液であり；又は上清、全細胞溶解物、又は細胞画分(細胞性物質の溶解及び分画により得られる)、生物学的実在物又は人工的環境で成長した細胞から直接得られる細胞の抽出物又は画分から選択する体液である、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１５】
前記の標的タンパク質が、前記の試料中の他のタンパク質と複合体又は凝集体を形成し又は形成する傾向がある、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１６】
前記の標的タンパク質が、ＴＧＦ−ベータタンパク質である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
表ＳＡＲＳに列記した、ＳＡＲＳウイルス特異的なＰＥＴアミノ酸配列。
【請求項１１８】
ＰＥＴ配列に特異的な抗体を生成する方法であって、該方法は、下記：
(１)動物に該ＰＥＴ配列を含むペプチド免疫原を投与し；
(２)該ＰＥＴ配列に特異的な抗体を、該ＰＥＴ配列を含むペプチド断片を利用してスクリーニングする
ことを含み、該ペプチド断片は、予想された通りに、該ＰＥＴ配列を含むタンパク質の処理から生成する、当該方法。
【請求項１１９】
前記のペプチド免疫原が、本質的に、前記のＰＥＴ配列からなる、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記のＰＥＴ配列のＮ又はＣ末端、又は両方が、遊離のＮ又はＣ末端、又は両方を排除するためにブロックされる、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２１】
一種より多くのペプチド免疫原(各々は、ＰＥＴ配列を含む)を、前記の動物に投与する、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２２】
前記の一種より多くのペプチド免疫原が、種々のタンパク質に由来するＰＥＴ配列を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記のペプチド免疫原が、一種より多くのＰＥＴ配列を含む、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２４】
前記の一種より多くのＰＥＴ配列が、短いリンカー配列によって、結合される、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記の一種より多くのＰＥＴ配列が、種々のタンパク質に由来する、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１】
試料中の標的タンパク質上の翻訳後修飾の存在を検出する方法であって、下記を含む当該方法：
(１)該標的タンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該翻訳後修飾のための少なくとも１つの候補の部位を同定し；
(２)該標的タンパク質の少なくとも１つの断片のアミノ酸配列をコンピューターにより同定し、該断片は、該試料中の該標的タンパク質の処理から予想通りに生じて、該断片は、該試料中の該断片にユニークな該潜在的翻訳後修飾部位及びＰＥＴ(プロテオームエピトームタグ)を含み；
(３)該ＰＥＴに特異的に結合する捕捉剤を生成させて、該捕捉剤を支持体に固定化し；
(４)該試料を該処理にかけて、該断片を溶液に可溶性にして、該試料を、該処理後、該捕捉剤に接触させて；
(５)該捕捉剤に結合された該断片において、該翻訳後修飾の存否を検出する。
【請求項２】
前記の翻訳後修飾が、アセチル化、アミド化、脱アミド化、プレニル化、ホルミル化、グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、リン酸化、ユビキチン化、リボシル化又は硫酸化である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記の翻訳後修飾が、チロシン、セリン又はスレオニンに対するリン酸化である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記のアミノ酸配列のコンピューター分析のステップが、該ＰＥＴを、ｐＩ、電荷、立体構造、溶解度、疎水性、極性及び溶媒露出領域の少なくとも１つをも含む基準に基づいてを同定するニアレスト−ネイバー分析を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
(３)で生成した捕捉剤の、少なくとも一種のＰＥＴのニアレスト−ネイバーに対する特異性を測定することを更に含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ペプチド競合アッセイを、(３)で生成した捕捉剤の、ＰＥＴのニアレスト−ネイバーに対する特異性の測定に利用する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記のアミノ酸配列をコンピューター分析するステップが、示された溶解条件下で少なくとも閾値の溶解度を有すると予想された該ＰＥＴを同定する溶解度分析を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記のＰＥＴの長さを、５〜１０アミノ酸、１０〜１５アミノ酸、１５〜２０アミノ酸、２０〜２５アミノ酸、２５〜３０アミノ酸、又は３０〜４０アミノ酸から選択する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記の捕捉剤が、完全長の抗体、又はＦab断片、Ｆ(ab')２断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、ｄＡｂ断片、単離された相補性決定領域(ＣＤＲ)、一本鎖抗体(scＦｖ)、又はこれらの誘導体から選択する機能的な抗体断片である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記の捕捉剤が、ヌクレオチド；核酸；ＰＮＡ(ペプチド核酸)；タンパク質；ペプチド；炭水化物；人工ポリマー；又は小型有機分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記の捕捉剤が、アプタマー、足場ペプチド、又は小型有機分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記の処理が、前記の試料の、プロテアーゼ、化学薬剤、物理的剪断、又は超音波処理による変性及び／又は断片化である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記の変性が、熱変性又は化学的変性である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記の熱変性で、熱安定性プロテアーゼを利用するタンパク質分解をその後行なうか又は同時に行なう、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記の熱変性が、２サイクル以上の熱変性とその後のプロテアーゼ消化を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記の断片化を、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、パパイン、カルボキシペプチダーゼ、カルパイン、ズブチリシン、ｇｌｕｃ−Ｃ、エンドｌｙｓ−Ｃ、又はプロテイナーゼＫから選択するプロテアーゼによって行なう、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記の試料が、唾液、粘液、汗、全血液、血清、尿、羊水、生殖器液、糞便、骨髄、血漿、脊髄液、囲心腔液、胃液、腹液、腹膜腔液、胸膜液、滑液、嚢胞液、脳脊髄液、肺洗浄液、リンパ液、涙、前立腺液、他の身体部分からの抽出液、又は他の腺からの分泌物から選択する体液であり；又は上清、全細胞溶解物、又は細胞画分(細胞性物質の溶解及び分画により得られる)、生物学的実在物又は人工的環境で成長した細胞から直接得られる細胞の抽出物又は画分に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記の試料が、ヒト、マウス、ラット、カエル(アフリカツメガエル)、魚類(ゼブラフィッシュ)、ハエ(キイロショウジョウバエ)、線虫(C. elegans)、分裂又は出芽酵母、又は植物(シロイスナズナ)から得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記の試料が、膜結合タンパク質の処理により生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記の処理が、前期の翻訳後修飾を保存する条件下で行なわれる、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記のＰＥＴ及び翻訳後修飾のための候補の部位が、重複しない、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記の捕捉剤が、変性条件下で前記のＰＥＴについての選択性について最適化される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
ステップ(５)が、前記の翻訳後修飾に特異的な第二捕捉剤を利用することにより実施され、前記の第二捕捉剤が、酵素、蛍光標識、着色染料、化学発光性化合物、コロイド粒子、放射性同位体、近赤外線染料、ＤＮＡデンドリマー、水溶性量子ドット、ラテックスビーズ、セレン粒子、又はユーロピウムナノ粒子から選択する検出可能な部分により標識される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記の翻訳後修飾が、リン酸化であり、前記の第二の捕捉剤が、リン酸化チロシン、リン酸化セリン、又はリン酸化スレオニンに特異的な標識された第二抗体である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記の第二抗体は、酵素又は蛍光基により標識される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記の酵素が、ＨＲＰ(西洋ワサビペルオキシダーゼ)である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記の翻訳後修飾が、リン酸化であり、第二の捕捉剤が、リンアミノ酸を特異的に染める蛍光染料である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記の蛍光染料が、Pro-Q Diamond染料である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記の翻訳後修がは、グリコシル化であり、前記の標識した第二捕捉剤が、グリコシル化部位に結合した少なくとも一つの糖部分に特異的である標識されたレクチンである、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
前記の翻訳後修飾が、ユビキチン化であり、前記の標識した第二捕捉剤が、ユビキチンに特異的な標識した第二抗体である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３１】
前記の試料が、前記の断片に対して１０億モル過剰の無関係のタンパク質又はその断片を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記の捕捉剤に結合した前記の断片を定量することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
ステップ(３)が、動物を前記のＰＥＴ配列を含む抗原で免疫化することにより実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
前記のＰＥＴ配列のＮ又はＣ末端、又は両方が、遊離のＮ又はＣ末端、又は両方を排除するためにブロックされる、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記のＰＥＴ配列のＮ又はＣ末端が、ＰＥＴ配列を異質のキャリアーポリペプチドに融合することによってブロックされ、又は小さい化学基によってブロックされる、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記のキャリアーが、ＫＬＨ又はＢＳＡである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
プロテオーム中のキナーゼのすべての潜在的基質を同定するための捕捉剤のアレイであって、各々固体支持体上の別々のアドレス可能な位置に固定された複数の捕捉剤を含み、各捕捉剤は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想された通りに生じるペプチド断片とユニークに結びついたＰＥＴに特異的に結合し、該ペプチド断片は、該キナーゼの少なくとも一つの潜在的なリン酸化部位を含んでいる、当該アレイ。
【請求項３８】
前記の固体支持体は、ビーズ又はアレイデバイス(表面に配列された前記の捕捉剤の正体をコード化する様式の)である、請求項３７に記載のアレイ。
【請求項３９】
前記のアレイが、１００以上の異なる捕捉剤を含む、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４０】
前記のアレイデバイスが、回折格子表面を含む、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４１】
前記の捕捉剤が、抗体又はその抗原結合部位であり、前記のアレイが、整列されたＥＬＩＳＡである、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４２】
前記のアレイデバイスが、表面プラズモン共鳴アレイである、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４３】
前記のビーズが、仮想アレイとしてコード化されている、請求項３８に記載のアレイ。
【請求項４４】
試料中でキナーゼの潜在的基質を同定する方法であって、下記：
(１)プロテオーム中のすべてのタンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、前記のキナーゼのすべての候補のリン酸化部位を同定し；
(２)少なくとも１つの前記の候補のリン酸化部位を含むすべてのペプチド断片をコンピューターにより同定し、該断片は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想されたとおりに生成し；
(３)(２)で同定された前記の各断片について、前記の試料中の前記の断片にユニークな１つのＰＥＴを同定し；
(４)(３)で同定された各ＰＥＴに特異的な捕捉剤をそれぞれ獲得して、該捕捉剤を固定化して請求項３７に記載のアレイを生成し；
(５)該捕捉剤のアレイを前記の処理にかけた前記のプロテオームの試料と接触させ、そして
(６)前記の捕捉剤に結合した任意の断片中のリン酸化残基の存在を検出すること
を含み、特定の捕捉剤に結合した特定の断片中のリン酸化残基の存在が、該特定の断片が由来したタンパク質が該キナーゼの基質であることを示す、当該方法。
【請求項４５】
前記のプロテオームが、ヒトのプロテオームである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記の候補のリン酸化部位が、前記のキナーゼによるリン酸化の共通配列に基づいて予想される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記の共通配列が、リン酸化部位のデータベースから得られる、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記の試料が、前記のキナーゼの公知のアゴニスト、又は前記のキナーゼが属するシグナリング経路の公知のアゴニストである薬剤によって予備処理される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４９】
前記の処理が、リン酸化を保存する条件下で行なわれる、請求項４４に記載の方法。
【請求項５０】
前記の同定された基質の前記のキナーゼによるインビトロ又はイン・ビボでのリン酸化を確認することを更に含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５１】
前記のプロテオーム及び前記のキナーゼが、同じ起源に由来する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５２】
ステップ(６)が、リン酸化された残基に特異的な標識された第二の捕捉剤を利用することにより実施される、請求項４４に記載の方法。
【請求項５３】
プロテオーム中の翻訳後修飾を触媒する酵素のすべての潜在的基質を同定するための捕捉剤のアレイであって、各々固体支持体上の別々のアドレス可能な位置に固定された複数の捕捉剤を含み、各捕捉剤は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想された通りに生じるペプチド断片とユニークに結びついたＰＥＴに特異的に結合し、該ペプチド断片は、該酵素の少なくとも一つの潜在的な翻訳後修飾部位を含んでいる、当該アレイ。
【請求項５４】
アセチル化、アミド化、脱アミド化、プレニル化、ホルミル化、グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、リン酸化、ユビキチン化、リボシル化又は硫酸化から選択する翻訳後修飾を触媒する酵素の潜在的基質を試料中で同定する方法であって、下記：
(１)プロテオーム中のすべてのタンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該酵素のすべての候補の翻訳後修飾部位を同定し；
(２)少なくとも１つの該候補の翻訳後修飾部位を含むすべてのペプチド断片をコンピューターにより同定し、該断片は、該プロテオーム中のすべてのタンパク質の処理から予想された通りに生成し；
(３)(２)で同定された各断片について、該試料中の該断片に対してユニークな一つのＰＥＴを同定し；
(４)(３)で同定された各ＰＥＴに特異的な捕捉剤をそれぞれ獲得して、該捕捉剤を請求項５３に記載のアレイにおいて固定化し；
(５)該捕捉剤のアレイを、該処理にかけた該プロテオームの試料と接触させ、そして
(６)該捕捉剤に結合した任意の断片内の該翻訳後修飾を有する残基の存在を検出する
ことを含み、特定の捕捉剤に結合した特定の断片内の該翻訳後修飾を有する残基の存在が、該特定の断片が由来したタンパク質が該酵素の基質であることを示す、当該方法。
【請求項５５】
プロテオーム内の選択した数のシグナル変換経路のどれが刺激に応答して活性化され又は阻害されるかを測定するための捕捉剤のアレイであって、下記を含む当該アレイ：
各々固体支持体上の別々のアドレス可能な位置に固定された複数の捕捉剤であって、該捕捉剤の各々は、該シグナル変換経路の少なくとも一種のキータンパク質の処理から予想されたとおりに生成するペプチド断片と結びついたユニークなＰＥＴに特異的に結合し、該ペプチド断片は、該経路の活性化又は阻害に際して予想通りに翻訳後修飾される少なくとも１つの部位を包含し；該シグナル変換経路の各々は、少なくとも１つのキータンパク質により表される。
【請求項５６】
前記のシグナル変換経路が、ＩＬ−４、ＩＬ−１３、又はToken様レセプターにより活性化される免疫経路；アドレナリン作動性、ＰＡＣ１レセプター、細胞性粘菌ｃＡＭＰ化学走性、Ｗｎｔ／Ｃａ２＋／ｃＧＭＰ、又はＧタンパク質依存性７回膜貫通レセプターにより活性化される７回膜貫通レセプター経路；マウス又はキイロショウジョウバエの概日リズム経路；インスリン経路；ＦＡＳ経路；ＴＮＦ経路；Ｇタンパク質共役レセプター経路；インテグリン経路；ＭＡＰＫ、ＪＮＫ、又はｐ３８のミトゲン活性化プロテインキナーゼ経路；エストロゲンレセプター経路；ホスホイノシチド３−キナーゼ経路；トランスフォーミング成長因子β(ＴＧＦ−β)経路；Ｂ細胞抗原レセプター経路；Ｊａｋ−ＳＴＡＴ経路；ＳＴＡＴ３経路；Ｔ細胞シグナル変換経路；１型インターフェロン(α／β)経路；ジャスモネート生化学経路；又はジャスモネートシグナリング経路である、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項５７】
前記のプロテオームが、ヒト、マウス、ラット、カエル(アフリカツメガエル)、魚類(ゼブラフィッシュ)、ハエ(キイロショウジョウバエ)、線虫(C. elegans)、分裂又は出芽酵母、又は植物(シロイスナズナ)のものである、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項５８】
前記の翻訳後修飾が、チロシン、セリン、又はスレオニン残基におけるリン酸化である、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項５９】
前記の刺激が、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ステロイド、脂質、抗原、小型分子(Ｃａ２＋、ｃＡＭＰ、ｃＧＭＰ)、浸透圧ショック、熱又は冷却ショック、ｐＨ変化、イオン強度変化、機械的力、ウイルス又は細菌感染、又は隣接細胞又はコートタンパク質を有し若しくは有さない表面との付着又は分離、による細胞の処理である、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６０】
少なくとも一つの該シグナル変換経路の活性化又は阻害は、他のシグナル変換経路と異なる種類の翻訳後修飾により明示される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６１】
少なくとも３、５、１０、２０、５０、１００、２００、５００、又は１０００のシグナリング経路が表される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６２】
少なくとも２種の異なる生物のシグナリング経路が表される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６３】
異なる生物の類似のシグナリング経路が表される、請求項６２に記載のアレイ。
【請求項６４】
すべての捕捉剤が、同じシグナル変換経路に属するタンパク質に対して特異的であり、該シグナル変換経路のすべてのタンパク質が、予想通りに翻訳後修飾され、表される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６５】
前記のキータンパク質の少なくとも一つが、少なくとも２つのシグナル変換経路の活性化又は阻害に際して翻訳後修飾される、請求項５５に記載のアレイ。
【請求項６６】
下記の指示を更に含む、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ：
(１)試料含有ポリペプチド分析物を、このアレイに適合した方法で変性及び／又は断片化させ；
(２)該ポリペプチド分析物又はその断片の該捕捉剤との相互作用を検出する。
【請求項６７】
指示が、更に、較正手順及び調製手順のためのデータ、及びこれらの捕捉剤の性能特性についての統計データの少なくとも１つを含む、請求項６６に記載のアレイ。
【請求項６８】
少なくとも５０％の回収率を有する、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項６９】
少なくとも９０％の、前記の試料におけるタンパク質の出現についての全体的な陽性予測値を有する、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７０】
９９％以上の、前記の試料におけるタンパク質の出現についての全体的な診断感度(ＤＳＮ)を有する、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７１】
前記の支持体に結合した少なくとも１，０００又は１０，０００の異なる捕捉剤を含む、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７２】
前記の捕捉剤が、前記の支持体に、１００捕捉剤／ｃｍ２の密度で結合している、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７３】
前記の捕捉剤に結合するＰＥＴ部分を含む少なくとも一種の標識された参照用ペプチドを更に含み、該捕捉剤の該ポリペプチド分析物との結合は、該参照用ペプチドを利用する比較結合アッセイにより検出される、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７４】
アドレス可能なアレイが、ビーズの集合であり、その各々は別々の捕捉剤種及びそのビーズを同定する少なくとも一つの標識を含む、請求項３７、５３又は５５に記載のアレイ。
【請求項７５】
プロテオームに由来する試料中の選択した数のシグナル変換経路のどれが刺激に応答して活性化され又は阻害されるのかを測定するために、請求項５５に記載のアレイを利用する方法であって、下記：
(１)該試料を該刺激に投じ；
(２)該試料を主題の発明の処理にかけて、請求項５５に記載のペプチド断片を溶液に可溶性にし；
(３)該処理後に該試料を主題の発明のアレイに接触させ；
(４)該捕捉剤に結合した任意の断片内の翻訳後修飾された残基の存在を検出し及び／又はその量を定量する
ことを含み、該刺激後の、該アレイ上の特定の捕捉剤に結合した特定の断片中の翻訳後修飾された残基の存在及び／又はその量の変化が、該特定の断片により表されるシグナル変換経路が活性化又は阻害されたことを示す、当該方法。
【請求項７６】
前記の刺激が、薬物の候補の類似体により実施され、特定のシグナル変換経路の活性化又は阻害がモニターされる、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記の特定のシグナル変換経路が、前記の薬物により影響を受けるものである、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記の特定のシグナル変換経路の前記の類似体及び前記の薬物による活性化／阻害の程度を比較することを更に含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記の特定のシグナル変換経路が、前記の薬物の副作用を媒介するものである、請求項７７に記載の方法。
【請求項８０】
バイオテクノロジー又は製薬事業のための事業方法であって、下記を含む当該方法：
(ｉ)請求項４４に記載の方法を利用して、翻訳後修飾を触媒する酵素の少なくとも１つの基質を同定し；
(ii)適宜、該酵素による該基質の翻訳後修飾を確認し；
(iii)第三者に、該基質を製造し又は該基質の該酵素の標的としての利用を探究する権利をライセンスする。
【請求項８１】
翻訳後修飾酵素の基質を同定するためのタンパク質検出アレイを提供する事業方法であって、下記を含む当該事業方法：
(ｉ)プロテオーム内で、前記の翻訳後修飾のための少なくとも一つの部位を有する少なくとも一種のタンパク質又はその断片を同定し；
(ii)(ｉ)で同定された少なくとも一種のタンパク質又はその断片の各々に対する少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(iii)(ii)で同定された該ＰＥＴの各々に対する少なくとも一種の捕捉剤を生成し、該捕捉剤の各々は、該捕捉剤が生成された該ＰＥＴの一つに特異的に結合し；
(iv)(iii)で生成された捕捉剤のアレイを製作し、該捕捉剤の各々は、該固体支持体の異なる別々の領域又はアドレスに結合され；
(ｖ)診断及び／又は研究実験における利用のために、(iv)における該捕捉剤のアレイをパッケージ化する。
【請求項８２】
捕捉剤のアレイのマーケティングを更に含む、請求項８１に記載の事業方法。
【請求項８３】
捕捉剤のアレイを分配することを更に含む、請求項８１に記載の事業方法。
【請求項８４】
複数の捕捉剤を含む組成物であって、前記の複数の捕捉剤が、集合的に、一生物のプロテオーム中の翻訳後修飾酵素のすべての潜在的基質と特異的に相互作用することができ、該捕捉剤の各々が、翻訳後修飾部位を含む該潜在的基質又はその断片中の唯一つのＰＥＴを認識して相互作用することができる、当該組成物。
【請求項８５】
前記の捕捉剤が、ヌクレオチド；核酸；ＰＮＡ(ペプチド核酸)；タンパク質；ペプチド；炭水化物；人工ポリマー；及び小型有機分子よりなる群から選択される、請求項８４に記載の組成物。
【請求項８６】
前記の捕捉剤が、抗体であり、又は抗原結合性のその断片である、請求項８５に記載の組成物。
【請求項８７】
前記の捕捉剤が、完全長抗体、又はＦab断片、Ｆ(ab')２断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、ｄＡｂ断片、単離された相補性決定領域(ＣＤＲ)、一本鎖抗体(scＦｖ)、又はこれらの誘導体から選択する機能的抗体断片である、請求項８６に記載の組成物。
【請求項８８】
前記の捕捉剤の各々が、一本鎖抗体である、請求項８６に記載の組成物。
【請求項８９】
研究及び開発におけるマーケティングのために捕捉剤のアレイを生成するための事業方法であって、下記を含む当該事業方法：
(１)翻訳後修飾が一生物内の少なくとも一つのシグナル変換経路の活性化を表す少なくとも一種のタンパク質を同定し；
(２)該タンパク質の各々、又は該翻訳後修飾のための少なくとも一つの部位を含むその断片に対する少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(３)(２)で同定された該ＰＥＴの各々に対する少なくとも一種の捕捉剤を生成し、該捕捉剤の各々は、該捕捉剤が生成された該ＰＥＴの一つに特異的に結合し；
(４)固体支持体上に(３)で生成された捕捉剤のアレイを製作し、該捕捉剤の各々は、該固体支持体の異なる別々の領域に結合され；
(５)(４)の該捕捉剤のアレイを、商業的及び／又は学術的研究室における診断及び／又は研究用途のためにパッケージ化する。
【請求項９０】
(４)の捕捉剤のアレイ又は(５)の捕捉剤のパッケージ化されたアレイの潜在的顧客及び／又は販売業者へのマーケティングを更に含む、請求項８９に記載の事業方法。
【請求項９１】
(４)の捕捉剤のアレイ又は(５)の捕捉剤のパッケージ化されたアレイを顧客及び／又は販売業者に販売することを更に含む、請求項８９に記載の事業方法。
【請求項９２】
研究及び開発におけるマーケティングのために捕捉剤のアレイを生成するための事業方法であって、下記を含む当該事業方法：
(１)翻訳後修飾が一生物内の少なくとも一つのシグナル変換経路の活性化を表す少なくとも一種のタンパク質を同定し；
(２)該タンパク質の各々又は翻訳後修飾のための少なくとも一つの部位を含むその断片に対する少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(３)第三者に、(２)で同定された少なくとも一種のＰＥＴを製造し又は利用する権利をライセンスする。
【請求項９３】
宿主動物を、タンパク質の存在又は過剰発現と関連する病気に対して免疫化する方法であって、下記を含む当該方法：
(１)該タンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該宿主動物のプロテオーム内の該タンパク質にユニークな少なくとも一種のＰＥＴを同定し；
(２)(１)で同定された少なくとも一種のＰＥＴを含むペプチド免疫原を該宿主動物に投与する。
【請求項９４】
前記の少なくとも一種のＰＥＴを、前記の宿主動物に、該宿主動物の免疫応答を増進させるようにデザインされた配合物で投与する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記の配合物が、リポ多糖類(ＬＰＳ)、脂質Ａ、ムラミルジペプチド(ＭＤＰ)、グルカン又はサイトカインから選択する付加的アジュバントを伴って又は伴わずにリポソームを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記のサイトカインが、インターロイキン、インターフェロン、又はコロニー刺激因子である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記の配合物が、前記の少なくとも一種のＰＥＴをコードするウイルス又は細菌性ベクターを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記のタンパク質が、宿主動物とは異なる生物に由来する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９９】
前記のタンパク質が、腫瘍細胞、感染性因子又は寄生性因子に由来する、請求項９３に記載の方法。
【請求項１００】
前記の感染性因子が、ＳＡＲＳウイルスである、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０１】
免疫組織化学で使用するためのマーカータンパク質に特異的な抗体を生成する方法であって、該マーカータンパク質のアミノ酸配列をコンピューター分析して、該マーカータンパク質にユニークな少なくとも一種のＰＥＴを同定することを含み、該ＰＥＴが該マーカータンパク質の表面に位置された、当該方法。
【請求項１０２】
該ＰＥＴが、免疫組織化学で用いる固定条件下で架橋形成することの知られた残基を排除する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
試料中の関連タンパク質のファミリーを同時に明確に検出／定量する方法であって、下記を含む当該方法：
(１)タンパク質の試料中に存在することが予想される関連タンパク質の該ファミリーについてのアミノ酸配列をコンピューター分析して、該タンパク質のファミリーにユニークな共通ＰＥＴ配列を同定し；
(２)該共通ＰＥＴに選択的且つ特異的に結合する捕捉剤を生成し；
(３)該試料を(２)で同定された捕捉剤と接触させ；そして
(４)該捕捉剤に結合したタンパク質の存在を検出し及び／又はその量を測定することを含み、それにより、該試料中の関連タンパク質のファミリーを同時に検出／定量する。
【請求項１０４】
前記の関連タンパク質のファミリーが、ステップ(３)の前に、プロテアーゼ又は化学薬剤により変性されて消化される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記の関連タンパク質のファミリーの各メンバーにユニークな少なくとも一種のＰＥＴを同定して、当該各メンバーの検出／定量を促進することを更に含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０６】
前記の関連タンパク質のファミリーが、関連するキナーゼ又はサイトカインのファミリーを含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０７】
前記の試料が、唾液、粘液、汗、全血液、血清、尿、羊水、生殖器液、糞便、骨髄、血漿、脊髄液、囲心腔液、胃液、腹液、腹膜腔液、胸膜液、滑液、嚢胞液、脳脊髄液、肺洗浄液、リンパ液、涙、前立腺液、他の身体部分からの抽出液、又は他の腺からの分泌物から選択する体液であり；又は上清、全細胞溶解物、又は細胞画分(細胞性物質の溶解及び分画により得られる)、生物学的実在物又は人工的環境で成長した細胞から直接得られる細胞の抽出物又は画分から選択する体液である、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０８】
試料中の標的タンパク質のＰＥＴと関係する検出／定量における利用のために試料を処理する方法であって、該試料の全タンパク質を変性させること、及び／又は該試料の全タンパク質をプロテアーゼ、化学的薬剤、物理的剪断、又は超音波処理によって断片化することを含む、当該方法。
【請求項１０９】
前記の変性が、熱変性又は化学的変性である、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記の熱変性で、その後又は同時に、熱安定性プロテアーゼを用いるタンパク質分解を行なう、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記の熱変性が、２サイクル以上の熱変性と、その後のプロテアーゼ消化を含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１２】
前記の２サイクル以上の熱変性の各々が、約９０℃で変性させた後に、約５０℃でプロテアーゼ消化を行なうことにより実施される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記の断片化が、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、パパイン、カルボキシペプチダーゼ、カルパイン、ズブチリシン、ｇｌｕｃ−Ｃ、エンドｌｙｓ−Ｃ、又はプロテイナーゼＫから選択するプロテアーゼにより行なわれる、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１４】
前記の試料が、唾液、粘液、汗、全血液、血清、尿、羊水、生殖器液、糞便、骨髄、血漿、脊髄液、囲心腔液、胃液、腹液、腹膜腔液、胸膜液、滑液、嚢胞液、脳脊髄液、肺洗浄液、リンパ液、涙、前立腺液、他の身体部分からの抽出液、又は他の腺からの分泌物から選択する体液であり；又は上清、全細胞溶解物、又は細胞画分(細胞性物質の溶解及び分画により得られる)、生物学的実在物又は人工的環境で成長した細胞から直接得られる細胞の抽出物又は画分から選択する体液である、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１５】
前記の標的タンパク質が、前記の試料中の他のタンパク質と複合体又は凝集体を形成し又は形成する傾向がある、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１６】
前記の標的タンパク質が、ＴＧＦ−ベータタンパク質である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
表ＳＡＲＳに列記した、ＳＡＲＳウイルス特異的なＰＥＴアミノ酸配列。
【請求項１１８】
ＰＥＴ配列に特異的な抗体を生成する方法であって、該方法は、下記：
(１)動物に該ＰＥＴ配列を含むペプチド免疫原を投与し；
(２)該ＰＥＴ配列に特異的な抗体を、該ＰＥＴ配列を含むペプチド断片を利用してスクリーニングする
ことを含み、該ペプチド断片は、予想された通りに、該ＰＥＴ配列を含むタンパク質の処理から生成する、当該方法。
【請求項１１９】
前記のペプチド免疫原が、本質的に、前記のＰＥＴ配列からなる、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記のＰＥＴ配列のＮ又はＣ末端、又は両方が、遊離のＮ又はＣ末端、又は両方を排除するためにブロックされる、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２１】
一種より多くのペプチド免疫原(各々は、ＰＥＴ配列を含む)を、前記の動物に投与する、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２２】
前記の一種より多くのペプチド免疫原が、種々のタンパク質に由来するＰＥＴ配列を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記のペプチド免疫原が、一種より多くのＰＥＴ配列を含む、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２４】
前記の一種より多くのＰＥＴ配列が、短いリンカー配列によって、結合される、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記の一種より多くのＰＥＴ配列が、種々のタンパク質に由来する、請求項１２３に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【公表番号】特表２００７−５１１８３７（Ｐ２００７−５１１８３７Ａ）
【公表日】平成１９年５月１０日（２００７．５．１０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５３９９９０（Ｐ２００６−５３９９９０）
【出願日】平成１６年１１月１５日（２００４．１１．１５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３８２８３
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５０２２３
【国際公開日】平成１７年６月２日（２００５．６．２）
【出願人】（５０４４１６５８５）イピトミ バイオシステムズ インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年５月１０日（２００７．５．１０）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年１１月１５日（２００４．１１．１５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３８２８３
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５０２２３
【国際公開日】平成１７年６月２日（２００５．６．２）
【出願人】（５０４４１６５８５）イピトミ バイオシステムズ インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
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