【課題】タンパク質を高スループット分析するための手法を提供する。
【解決手段】アレイ上の複数のアドレスでポリペプチドをコードした核酸配列を翻訳することによってポリペプチドのアレイを構築する。また複数のアドレスを有する基体であって、該複数のアドレスの各アドレスが（ｉ）第１のアミノ酸配列及びアフィニティータグを含むハイブリッドアミノ酸配列をコードする核酸と（ｉｉ）前記アフィニティータグを認識する結合剤とを有する、基体を提供し、前記複数のアドレスの各アドレスに被験体から採取した抗体を接触させ、前記複数のアドレスの各アドレスにおいて前記抗体を検出する、各工程を含み前記各核酸が微生物由来の別異の抗原をコードし、前記各アドレスにおける前記抗体の検出が、前記被験体が該アドレスにより表される微生物に曝露されていることの指標となることを特徴とする方法。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のアドレスを有する基体を含むアレイであって、該複数のアドレスの各アドレスが、
第1アミノ酸配列及びアフィニティータグを有するハイブリッドアミノ酸配列をコードする第１核酸と、
第２アミノ酸配列をコードする第２核酸と、
前記アフィニティータグを認識する結合剤と、
を有し、
前記第１または第２アミノ酸配列が前記アドレス間で同一のものであることを特徴とするアレイ。
【請求項２】
前記第１および第２アミノ酸配列が前記アドレス間で同一のものであることを特徴とする請求項１に記載のアレイ。
【請求項３】
前記結合剤が前記基体に付着していることを特徴とする請求項１または２記載のアレイ。
【請求項４】
アレイ上に翻訳抽出物が配された請求項１から３いずれか１項記載のアレイ。
【請求項５】
複数のアドレスを有する基体であって、該複数のアドレスの各アドレスが（ｉ）第１のアミノ酸配列及びアフィニティータグを含むハイブリッドアミノ酸配列をコードする核酸と（ｉｉ）前記アフィニティータグを認識する結合剤とを有する、基体を提供し、
前記複数のアドレスの各アドレスに被験体から採取した抗体を接触させ、
前記複数のアドレスの各アドレスにおいて前記抗体を検出する、各工程を含み
前記各核酸が微生物由来の別異の抗原をコードし、前記各アドレスにおける前記抗体の検出が、前記被験体が該アドレスにより表される微生物に曝露されていることの指標となることを特徴とする方法。
【請求項６】
前記微生物が、ウイルス、細菌、またはトリパノソーマであることを特徴とする請求項５記載の方法。
【請求項７】
前記基体が、複数の細菌性生物に由来する抗原を含むことを特徴とする請求項５または６記載の方法。
【請求項８】
前記被験体がヒトであることを特徴とする請求項５から７いずれか１項記載の方法。
【請求項９】
複数のアドレスを有する基体であって、該複数のアドレスの各アドレスが（ｉ）第１のアミノ酸配列及びアフィニティータグを含むハイブリッドアミノ酸配列をコードする核酸と（ｉｉ）前記アフィニティータグを認識する結合剤とを有する、基体を提供し、
前記複数のアドレスの各アドレスに翻訳エフェクターを接触させることによって前記ハイブリッドアミノ酸配列を翻訳し、
前記ハイブリッドアミノ酸配列の前記結合剤への結合を許容する条件下に前記基体を維持し、
前記複数のアドレスのそれぞれにおいて、折り畳まれたタンパク質の特性の少なくとも１つをモニタする、
各工程を有してなる方法。
【請求項１０】
複数のアドレスを有する基体であって、該複数のアドレスの各アドレスが（ｉ）転写因子、膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、膜貫通タンパク質のエクトドメインまたは膜貫通タンパク質の細胞質ドメインを包含する第１のアミノ酸配列及びアフィニティータグを含むハイブリッドアミノ酸配列をコードする核酸と（ｉｉ）前記アフィニティータグを認識する結合剤とを有する、基体を提供し、
前記複数のアドレスの各アドレスに翻訳エフェクターを接触させることによって前記ハイブリッドアミノ酸配列を翻訳し、
前記複数のアドレスの各アドレスに問い合わせ分子を接触させ、
前記複数のアドレスのそれぞれにおいて、前記問い合わせ分子を検出する、
各工程を有してなる方法。
【請求項１１】
前記転写因子がジンクフィンガー・タンパク質であることを特徴とする請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
前記問い合わせ分子がＤＮＡを含むことを特徴とする請求項１０または１１記載の方法。
【請求項１３】
複数のアドレスを有する基体であって、該複数のアドレスの各アドレスが（ｉ）第１のアミノ酸配列及びアフィニティータグを含むハイブリッドアミノ酸配列をコードする核酸と（ｉｉ）前記アフィニティータグを認識する結合剤とを有する、基体を提供し、
前記複数のアドレスの各アドレスに翻訳エフェクターを接触させることによって前記ハイブリッドアミノ酸配列を翻訳し、
前記複数のアドレスの各アドレスに修飾酵素を接触させ、
前記複数のアドレスのそれぞれにおいて、前記ハイブリッドアミノ酸配列の修飾を検出する、
各工程を有してなる方法。
【請求項１４】
前記修飾酵素が、グリコシラーゼ、プロテアーゼ、またはキナーゼであることを特徴とする請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
複数のアドレスを有する基体であって、該複数のアドレスの各アドレスが結合剤を有する基体、を提供し、
複数の核酸配列であって、各核酸配列が試験アミノ酸配列及び前記結合剤によって認識されるアフィニティータグをコードする配列を有する複数の核酸配列、を提供し、
サーバ上に（ｉ）前記複数の核酸配列または（ｉｉ）前記複数の核酸配列のサブセットのいずれかのリストを提供し、
前記リストを、ネットワークを通じてユーザに送信し、
前記ユーザから前記リストの内の少なくとも１つの選択を受信し、
前記選択に対応した１以上の前記核酸配列を前記複数のアドレスの内の１つに配し、
前記基体をユーザに提供する、
各工程を有してなる方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【公開番号】特開２００９−１５０８９７（Ｐ２００９−１５０８９７Ａ）
【公開日】平成２１年７月９日（２００９．７．９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−１７６（Ｐ２００９−１７６）
【出願日】平成２１年１月５日（２００９．１．５）
【分割の表示】特願２００２−５５９６６７（Ｐ２００２−５５９６６７）の分割
【原出願日】平成１４年１月２２日（２００２．１．２２）
【出願人】（５０２０７２１３４）プレジデント　アンド　フェロウズ　オブ　ハーバード　カレッジ (92)
【氏名又は名称原語表記】Ｐｒｅｓｉｄｅｎｔ　ａｎｄ　Ｆｅｌｌｏｗｓ　ｏｆ　Ｈａｒｖａｒｄ　Ｃｏｌｌｅｇｅ
【Ｆターム（参考）】