本願明細書にて、アルデヒド、アルカンおよびアルケンを製造するための組成物および方法が記載される。該アルデヒド、アルカンおよびアルケンは、バイオ燃料にて使用され得る。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
炭化水素を製造するための方法であって、宿主細胞にて、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４もしくは３６のアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはその変異体を生じさせる工程、および該宿主細胞から炭化水素を単離する工程を含む、方法。
【請求項２】
炭化水素を製造するための方法であって、宿主細胞にて、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４もしくは３６に対して少なくとも約７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを生じさせる工程、および該宿主細胞から炭化水素を単離する工程を含む、方法。
【請求項３】
炭化水素を製造するための方法であって、宿主細胞にて、１つまたはそれ以上のアミノ酸置換、付加、挿入または欠失を有する配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４もしくは３６のアミノ酸配列を含むポリペプチドを生じさせる工程を含み、該ポリペプチドはデカルボニラーゼ活性を有する、方法。
【請求項４】
ポリペプチドが、１つまたはそれ以上の保存的なアミノ酸置換を有する配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４または３６のアミノ酸配列を含む、請求項３記載の方法。
【請求項５】
炭化水素を製造するための方法であって、宿主細胞にて、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３または３５に対して少なくとも約７０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを発現させる工程、および該宿主細胞から炭化水素を単離する工程を含む、方法。
【請求項６】
炭化水素を製造するための方法であって、宿主細胞にて、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３もしくは３５の相補物またはそのフラグメントにハイブリダイズするポリヌクレオチドを発現させる工程を含み、該ポリヌクレオチドは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４または３６を含むポリペプチドと同じ生物学的活性を有するポリペプチドをコードする、方法。
【請求項７】
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドがラン藻に由来する、請求項１〜６のいずれか１項記載の方法。
【請求項８】
炭化水素を製造するための方法であって、宿主細胞を、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３または３５に対して少なくとも約７０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む組換えベクターで形質転換する工程、および該宿主細胞から炭化水素を単離する工程を含む、方法。
【請求項９】
組換えベクターが前記ヌクレオチド配列に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
宿主細胞が、哺乳動物細胞、植物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、真菌細胞、糸状菌細胞および細菌細胞からなる群より選択される、請求項１〜９のいずれか１項記載の方法。
【請求項１１】
宿主細胞が大腸菌細胞である、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
大腸菌細胞が大腸菌細胞Ｂ株、Ｃ株、Ｋ株またはＷ株である、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
宿主細胞が前記組換えベクターのヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドを生じさせる、請求項８記載の方法。
【請求項１４】
炭化水素が宿主細胞によって分泌される、請求項１０記載の方法。
【請求項１５】
炭化水素がアルカンである、請求項１０記載の方法。
【請求項１６】
アルカンがＣ_１３−Ｃ_２１アルカンを含む、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
アルカンがトリデカン、メチルトリデカン、ノナデカン、メチルノナデカン、ヘプタデカン、メチルヘプタデカン、ペンタデカンおよびメチルペンタデカンからなる群より選択される、請求項１５記載の方法。
【請求項１８】
宿主細胞を前記ポリペプチドまたは前記ヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドのための少なくとも１つの生物学的基質の存在下で培養する工程をさらに含む、請求項１〜１４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１９】
基質が脂肪酸誘導体である、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
宿主細胞を飽和脂肪酸誘導体の存在下で培養する工程をさらに含む、請求項１５記載の方法。
【請求項２１】
飽和脂肪酸誘導体がＣ_１４−Ｃ_２２飽和脂肪酸誘導体である、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
飽和脂肪酸誘導体が２−メチルイコサナール、イコサナール、オクタデカナール、テトラデカナール、２−メチルオクタデカナール、ステアルアルデヒド、パルミトアルデヒドおよびそれらの誘導体からなる群より選択される、請求項２０記載の方法。
【請求項２３】
炭化水素がアルケンである、請求項１０記載の方法。
【請求項２４】
アルケンがＣ_１３−Ｃ_２１アルケンを含む、請求項２２記載の方法。
【請求項２５】
アルケンがペンタデセン、ヘプタデセン、メチルペンタデセンおよびメチルヘプタデセンからなる群より選択される、請求項２２記載の方法。
【請求項２６】
宿主細胞を、不飽和脂肪酸誘導体の存在下で培養する工程をさらに含む、請求項２２記載の方法。
【請求項２７】
不飽和脂肪酸誘導体がＣ_１４−Ｃ_２２不飽和脂肪酸誘導体である、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
不飽和脂肪酸誘導体がオクタデセナール、ヘキサデセナール、メチルヘキサデセナールおよびメチルオクタデセナールからなる群より選択される、請求項２６記載の方法。
【請求項２９】
遺伝子組換え微生物であって、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３または３５に対して少なくとも約７０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの上流に該微生物のゲノムＤＮＡに安定に組込まれた外来性調節配列を含み、ここで、該微生物は野生型微生物と比較して増加したレベルの炭化水素を生じる、微生物。
【請求項３０】
微生物がラン藻である、請求項２９記載の微生物。
【請求項３１】
遺伝子発現に適切な条件下で請求項２９記載の微生物を培養する工程を含む、炭化水素を製造するための方法。
【請求項３２】
請求項１〜２８および３１のいずれか１項記載の方法によって製造された炭化水素。
【請求項３３】
請求項３２記載の炭化水素を含むバイオ燃料。
【請求項３４】
ディーゼル、ガソリンまたはジェット燃料である、請求項３３記載のバイオ燃料。
【請求項３５】
炭化水素が約−１５．４またはそれ以上のδ^１３Ｃを有する、請求項３３記載のバイオ燃料。
【請求項３６】
炭化水素が少なくとも約１．００３のｆ_Ｍ^１４Ｃを有する、請求項３３記載のバイオ燃料。
【請求項３７】
炭化水素の製造方法であって、基質を、（ｉ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４もしくは３６のアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはその変異体、または（ｉｉ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３または３５に対して少なくとも７０％の同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドまたはその変異体と接触させる工程を含む、方法。
【請求項３８】
炭化水素がＣ_１３−Ｃ_２１アルカンを含む、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
炭化水素がトリデカン、メチルトリデカン、ノナデカン、メチルノナデカン、ヘプタデカン、メチルヘプタデカン、ペンタデカンおよびメチルペンタデカンからなる群より選択される、請求項３７記載の方法。
【請求項４０】
基質が２−メチルイコサナール、イコサナール、オクタデカナール、テトラデカナール、２−メチルオクタデカナール、ステアルアルデヒド、パルミトアルデヒドおよびそれらの誘導体からなる群より選択される、請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
炭化水素がＣ_１３−Ｃ_２１アルケンを含む、請求項３７記載の方法。
【請求項４２】
炭化水素がペンタデセン、ヘプタデセン、メチルペンタデセンおよびメチルヘプタデセンからなる群より選択される、請求項３７記載の方法。
【請求項４３】
基質がオクタデセナール、ヘキサデセナール、メチルヘキサデセナールおよびメチルオクタデセナールからなる群より選択される、請求項４２記載の方法。
【請求項４４】
炭化水素を製造するための方法であって、該方法は、宿主細胞にて、
（ｉ）配列番号３７もしくは配列番号３８もしくは配列番号３９；または
（ｉｉ）配列番号４０、ならびに（ａ）配列番号３７、（ｂ）配列番号３８および（ｃ）配列番号３９のいずれか１つ；または
（ｉｉｉ）配列番号４１もしくは配列番号４２もしくは配列番号４３もしくは配列番号４４
のアミノ酸配列を含むポリペプチドを生じさせる工程を含み、
ここで、該ポリペプチドはデカルボニラーゼ活性を有する、方法。
【請求項４５】
ポリペプチドがラン藻に由来する、請求項４４記載の方法。
【請求項４６】
宿主細胞が哺乳動物細胞、植物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、真菌細胞、糸状菌細胞および細菌細胞からなる群より選択される、請求項４４または４５記載の方法。
【請求項４７】
宿主細胞が大腸菌細胞である、請求項４６記載の方法。
【請求項４８】
炭化水素が宿主細胞によって分泌される、請求項４４記載の方法。
【請求項４９】
炭化水素がＣ_１３−Ｃ_２１アルカンを含む、請求項４４記載の方法。
【請求項５０】
炭化水素がトリデカン、メチルトリデカン、ノナデカン、メチルノナデカン、ヘプタデカン、メチルヘプタデカン、ペンタデカンおよびメチルペンタデカンからなる群より選択される、請求項４４記載の方法。
【請求項５１】
宿主細胞を前記ポリペプチドについての少なくとも１つの生物学的基質の存在下で培養する工程をさらに含む、請求項４４〜４８のいずれか１項記載の方法。
【請求項５２】
基質が脂肪酸誘導体である、請求項５１記載の方法。
【請求項５３】
宿主細胞を飽和脂肪酸誘導体の存在下で培養する工程をさらに含む、請求項４９記載の方法。
【請求項５４】
飽和脂肪酸誘導体が２−メチルイコサナール、イコサナール、オクタデカナール、テトラデカナール、２−メチルオクタデカナール、ステアルアルデヒド、パルミトアルデヒドおよびそれらの誘導体からなる群より選択される、請求項５３記載の方法。
【請求項５５】
炭化水素がＣ_１３−Ｃ_２１アルケンを含む、請求項４４記載の方法。
【請求項５６】
炭化水素がペンタデセン、ヘプタデセン、メチルペンタデセンおよびメチルヘプタデセンからなる群より選択される、請求項４４記載の方法。
【請求項５７】
宿主細胞を不飽和脂肪酸誘導体の存在下で培養する工程をさらに含む、請求項５５記載の方法。
【請求項５８】
不飽和脂肪酸誘導体がオクタデセナール、ヘキサデセナール、メチルヘキサデセナールおよびメチルオクタデセナールからなる群より選択される、請求項５７記載の方法。
【請求項５９】
炭化水素の製造方法であって、該方法は、基質を
（ｉ）配列番号３７もしくは配列番号３８もしくは配列番号３９；または
（ｉｉ）配列番号４０、ならびに（ａ）配列番号３７、（ｂ）配列番号３８および（ｃ）配列番号３９のいずれか１つ；または
（ｉｉｉ）配列番号４１もしくは配列番号４２もしくは配列番号４３もしくは配列番号４４
のアミノ酸配列を含むポリペプチドと接触させる工程を含み、
ここで、該ポリペプチドはデカルボニラーゼ活性を有する、方法。
【請求項６０】
炭化水素がＣ_１３−Ｃ_２１アルカンを含む、請求項５９記載の方法。
【請求項６１】
炭化水素がトリデカン、メチルトリデカン、ノナデカン、メチルノナデカン、ヘプタデカン、メチルヘプタデカン、ペンタデカンおよびメチルペンタデカンからなる群より選択される、請求項５９記載の方法。
【請求項６２】
基質が脂肪酸誘導体である、請求項５９記載の方法。
【請求項６３】
基質が飽和脂肪酸誘導体である、請求項６０記載の方法。
【請求項６４】
基質が２−メチルイコサナール、イコサナール、オクタデカナール、テトラデカナール、２−メチルオクタデカナール、ステアルアルデヒド、パルミトアルデヒドおよびそれらの誘導体からなる群より選択される、請求項６１記載の方法。
【請求項６５】
炭化水素がＣ_１３−Ｃ_２１アルケンを含む、請求項５９記載の方法。
【請求項６６】
炭化水素がペンタデセン、ヘプタデセン、メチルペンタデセンおよびメチルヘプタデセンからなる群より選択される、請求項５９記載の方法。
【請求項６７】
基質が不飽和脂肪酸基質である、請求項６５記載の方法。
【請求項６８】
基質がオクタデセナール、ヘキサデセナール、メチルヘキサデセナールおよびメチルオクタデセナールからなる群より選択される、請求項６６記載の方法。
【請求項６９】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３または３５の５００ヌクレオチド以下からなる単離核酸。
【請求項７０】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３または３５のヌクレオチドの９０％以下からなる単離核酸。
【請求項７１】
核酸がデカルボニラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、請求項６９または７０記載の核酸。
【請求項７２】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４または３６の２００アミノ酸以下からなる単離ポリペプチド。
【請求項７３】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４または３６のアミノ酸の９０％以下からなる単離ポリペプチド。
【請求項７４】
ポリペプチドがデカルボニラーゼ活性を有する、請求項７２または７３記載の単離ポリペプチド。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９Ａ】

【図２９Ｂ】

【図２９Ｃ】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【図３４】

【図３５】

【図３６】

【図３７】

【図３８−１】

【図３８−２】

【図３８−３】

【図３８−４】

【図３９−１】

【図３９−２】

【図３９−３】

【図３９−４】

【図３９−５】

【図３９−６】

【図３９−７】

【図４０−１】

【図４０−２】

【図４０−３】

【図４０−４】

【図４０−５】

【図４０−６】

【図４０−７】

【図４０−８】

【図４０−９】

【図４０−１０】

【図４０−１１】

【図４０−１２】

【図４０−１３】

【図４０−１４】

【図４０−１５】

【図４０−１６】

【図４０−１７】

【図４０−１８】

【図４０−１９】

【公表番号】特表２０１１−５２２５２５（Ｐ２０１１−５２２５２５Ａ）
【公表日】平成２３年８月４日（２０１１．８．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５０９７９５（Ｐ２０１１−５０９７９５）
【出願日】平成２１年５月１８日（２００９．５．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４４４０３
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１４０６９５
【国際公開日】平成２１年１１月１９日（２００９．１１．１９）
【出願人】（５０８３４３２０５）エルエス９・インコーポレイテッド (7)
【氏名又は名称原語表記】ＬＳ９，　Ｉｎｃ．
【Ｆターム（参考）】