質量分析データおよび分類アルゴリズムにより、ＥＧＦＲおよび／またはＨＥＲ２を標的とした治療薬のような、ＡｋｔまたはＥＲＫ／ＪＮＫ／ｐ３８またはＰＫＣでの、またはそれらの上流でのＭＡＰＫ（マイトジェン活性化プロテインキナーゼ）経路またはＰＫＣ（プロテインキナーゼＣ）経路に関わる受容体のアゴニスト、受容体もしくはタンパク質を標的にする治療薬または治療薬の組み合わせによる治療が固形上皮腫瘍癌患者に有効である可能性が高いかどうかを決定することが可能となる。該方法により、ＥＧＦＲを標的とした治療薬およびＣＯＸ２を標的とした治療薬の組み合わせが該癌患者に有用である可能性が高いかどうか；あるいはＮＦ−κＢ阻害剤による治療が該癌患者に有用である可能性が高いかどうかを決定することも可能となる。

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質量スペクトルデータ分析および分類アルゴリズムを用いる方法により、結腸直腸癌（ＣＲＣ）患者について、上皮増殖因子受容体経路を標的にする薬物、例えばモノクローナル抗体であるＥＧＦＲ阻害剤が有効である可能性が高いかどうかを決定する可能性を提供する。該方法は、ａ）該患者より採取した血液に基づくサンプルから質量スペクトルを得ること；ｂ）ステップａ）にて得られた質量スペクトルに、１つ以上の所定の前処理ステップを行うこと；ｃ）ステップｂ）にて質量スペクトルに前処理ステップを行った後、１つ以上の所定のｍ／ｚ範囲で、該スペクトルの選択された特徴の積分強度値を得ること；および、ｄ）該薬物による治療が有効である可能性が高いか低いかについて該患者を同定するために、他の患者より採取した血液に基づくサンプルから作成したクラス標識したスペクトル（class-labeled spectra）を含む訓練集合（training set）を用いる分類アルゴリズムに、ステップｃ）にて得られた値を用いること、の各ステップを含む。
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患者から得た血清から質量分析計によって得られた試験スペクトルを取得することを含み、疾患または障害を治療するのに用いられる、疾患または障害を有する患者が薬物に応答するかどうかを決定する工程。該試験スペクトルを処理して、同一または類似の臨床段階の疾患または障害を有しており、かつ薬物に応答しているかまたは応答していないかが知られている他の患者からのそれぞれの血清から得たクラス標識したスペクトルの群に対する関係を決定しうる。該クラス標識したスペクトルの群に対する該試験スペクトルの関係に基づいて、該患者が該薬物に応答するかどうかについて決定がなされうる。
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