リン原子修飾核酸の合成方法
【課題】本明細書は、キラルＸ−ホスホネート部分を含むリン原子修飾核酸の合成方法について記載する。
【解決手段】本明細書に記載の方法は、化学的に安定なＨ−ホスホネート部分を含むアキラル分子とヌクレオシド／ヌクレオチドとの不斉反応を介して、高いジアステレオマー純度の骨格修飾核酸を提供する。
【解決手段】本明細書に記載の方法は、化学的に安定なＨ−ホスホネート部分を含むアキラル分子とヌクレオシド／ヌクレオチドとの不斉反応を介して、高いジアステレオマー純度の骨格修飾核酸を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成する工程；および前記縮合中間体をキラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸に変換する工程を含む、キラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸の合成方法。
【請求項２】
前記アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成する工程が、ワンポット反応である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記キラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸が、式１：
【化１】
（式中、Ｒ１は、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいはＮａ＋１、Ｌｉ＋１、もしくはＫ＋１であるカチオンであり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
Ｘの各例は、独立して、アルキル、アルコキシ、アリール、アルキルチオ、アシル、−ＮＲｆＲｆ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、アルケニルチオ、アルキニルチオ、−Ｓ−Ｚ＋、−Ｓｅ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋であり；
Ｒｆの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールであり；
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであって、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいはＺ＋は一価の金属イオンであり；
Ｒ３は、水素、ブロッキング基、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分であり；およびｎは、１〜約２００の整数である）
の化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
式１の前記化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣによって測定されるとき、ジアステレオマー的に９８％を超えて純粋である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
各Ｘ−ホスホネート部分がＲＰ配置を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ配置を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
各Ｘ−ホスホネートが、独立して、Ｒｐ配置またはＳＰ配置を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
前記アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子が、式２：
【化２】
（式中、Ｒ１は、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２は、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；および
Ｂａは、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；および
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであって、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいは一価の金属イオンである）
の化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
キラル試薬をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記キラル試薬が、式３：
【化３】
（式中、Ｗ１およびＷ２は、独立して、−ＮＧ５−、−Ｏ−、または−Ｓ−であり；
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘタリール、もしくはアリールであるか、またはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の化合物である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドが、式４：
【化４】
（式中、Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃでり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
ｍは、０〜ｎ−１の整数であり；
ｎは、１〜約２００の整数であり；
ＯＡは、トリチル部分、シリル部分、アセチル部分、アシル部分、アリールアシル部分、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分に接続されており；
ＪはＯであり、そしてＤはＨであり、あるいはＪはＳ、Ｓｅ、もしくはＢＨ３であり、そしてＤはキラル配位子Ｃｉもしくは式Ａ：
【化５】
（式中、Ｗ１およびＷ２は、独立して、ＮＨＧ５、ＯＨ、またはＳＨであり；
Ａは、水素、アシル、アリール、アルキル、アラルキル、またはシリル部分であり；ならびに
式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであるか、またはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の部分である）
の化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
縮合試薬ＣＲを提供する工程であって、それによって、前記アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子が活性化され、前記キラル試薬と反応して、キラル中間体を形成する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記縮合試薬ＣＲが、Ａｒ３ＰＬ２、（ＡｒＯ）３ＰＬ２、
【化６】
であり、式中、
Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９およびＺ１０は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、もしくはヘテロアリールオキシであるか、あるいは式中、Ｚ２とＺ３、Ｚ５とＺ６、Ｚ７とＺ８、Ｚ８とＺ９、Ｚ９とＺ７、もしくはＺ７とＺ８とＺ９のうちのいずれかは、一緒になって、３〜２０員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｑ−は、対アニオンであり；
Ｌは、脱離基であり；
ｗは、０〜３の整数であり；ならびに
Ａｒは、アリール、ヘテロアリールであり、および／またはＡｒ基のうちの１つは、前記高分子支持体に付着している、
請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記縮合試薬ＣＲの対イオンが、Ｃｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４−、ＰＦ６−、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６−、ＣｌＯ４−、またはＳｂＦ６−であり、ここで、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記縮合試薬ＣＲの脱離基が、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または１−ヒドロキシベンゾトリアゾールである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記縮合試薬が、ビス（トリクロロメチル）カルボネート（ＢＴＣ）、（ＰｈＯ）３ＰＣｌ２、Ｐｈ３ＰＣｌ２、Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、１，３−ジメチル−２−（３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−ｙｌ）−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、または３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル−トリス（ピロリジン−１−イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）
【化７】
である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
活性化試薬ＡＲを提供する工程をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
前記活性化試薬ＡＲが、
【化８】
であり、式中、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、Ｚ１５、Ｚ１６、Ｚ１７、Ｚ１８、Ｚ１９、Ｚ２０、およびＺ２１は、独立して、水素、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、もしくはヘテロアリールオキシであるか、あるいは式中、Ｚ１１とＺ１２、Ｚ１１とＺ１３、Ｚ１１とＺ１４、Ｚ１２とＺ１３、Ｚ１２とＺ１４、Ｚ１３とＺ１４、Ｚ１５とＺ１６、Ｚ１５とＺ１７、Ｚ１６とＺ１７、Ｚ１８とＺ１９、もしくはＺ２０とＺ２１のうちいずれかは、一緒になって、３〜２０員環の脂環もしくはヘテロ環を形成するか、または５もしくは２０員環の芳香環を形成し；
ならびにＱ−は対イオンである、
請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記活性化試薬ＡＲの対イオンが、Ｃｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４−、ＰＦ６−、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６−、ＣｌＯ４−、またはＳｂＦ６−であり、ここで、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記活性化試薬ＡＲが、イミダゾール、４，５−ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）、４，５−ジクロロイミダゾール、１−フェニルイミダゾリウムトリフレート（ＰｈＩＭＴ）、ベンゾイミダゾリウムトリフレート（ＢＩＴ）、ベンズトリアゾール、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール（ＮＴ）、テトラゾール、５−エチルチオテトラゾール、５−（４−ニトロフェニル）テトラゾール、Ｎ−シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）、Ｎ−シアノメチルピペリジニウムトリフレート、Ｎ−シアノメチルジメチルアンモニウムトリフレートである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記活性化試薬ＡＲが、４，５−ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）、１−フェニルイミダゾリウムトリフレート（ＰｈＩＭＴ）、ベンゾイミダゾリウムトリフレート（ＢＩＴ）、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール（ＮＴ）、テトラゾール、またはＮ−シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）
【化９】
である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
前記活性化試薬ＡＲが、Ｎ−シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】
前記反応させる工程が、非プロトン性有機溶媒中で実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記溶媒が、アセトニトリル、ピリジン、テトラヒドロフラン、またはジクロロメタンである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記非プロトン性有機溶媒が塩基性ではない場合、塩基が前記反応させる工程中に存在する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記塩基が、ピリジン、キノリン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアニリンまたはＮ−シアノメチルピロリジンである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記塩基が
【化１０】
（式中、Ｚ２２およびＺ２３は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、もしくはヘテロアリールオキシであり、あるいは式中、Ｚ２２およびＺ２３のいずれかは、一緒になって、３〜１０員環の脂環もしくはヘテロ環を形成する）
である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記塩基が、Ｎ−シアノメチルピロリジンである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記非プロトン性有機溶媒が、無水である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
前記無水非プロトン性有機溶媒が、蒸留直後のものである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記蒸留直後の無水非プロトン性有機溶媒が、ピリジンまたはアセトニトリルである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体をキャッピングする工程、および前記キャッピングされた縮合中間体を修飾して、式５：
【化１１】
（式中、Ｒ１は、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
Ｊの各例は、Ｓ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり；
ｖは、２〜ｎ−１の整数であり；
ＯＡは、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分に接続されており；
Ａは、アシル、アリール、アルキル、アラルキル、またはシリル部分であり；ならびに
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の化合物を生成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
以下の工程：（ａ）前記式５の化合物のＲ１を脱ブロックして、式４の化合物（式中、ｍは、少なくとも１であり、ＪはＳ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり、そしてＤは、式Ａの部分である）を生成する工程；（ｂ）請求項１０に記載の方法を使用して、式４の前記化合物を反応させる工程であって、ここで、前記縮合中間体を変換する工程は、前記縮合中間体をキャッピングする工程、および前記キャッピングされた縮合中間体を修飾して、式５の化合物（式中、ｖは、２より大きく、かつ約２００未満である）を生成する工程を含む工程；ならびに（ｃ）場合により、工程（ａ）および（ｂ）を反復して、式５の化合物（式中、ｖは、３より大きく、かつ約２００未満である）を形成する工程、
をさらに含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記式５の化合物を前記式１の化合物（式中、各Ｂａ部分は、ブロックされておらず；Ｒ１は、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、Ｐ（Ｏ）（Ｒｃ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｃ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり、あるいはＮａ＋１、Ｌｉ＋１、もしくはＫ＋１であるカチオンであり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−であり；
Ｒ３はＨであり；
Ｘの各例は、独立して、−Ｓ−Ｚ＋、−Ｓｅ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋であり；および
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであり、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいはＺ＋は一価の金属イオンである）
に変換する工程をさらに含む、請求項３２または３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を酸性化して、式４の化合物（式中、ｍは少なくとも１であり、ＪはＯであり、そしてＤはＨである）を生成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
前記縮合中間体が、式Ａ’：
【化１２】
（式中、Ａは水素であり；ならびに
式中、Ｇ１およびＧ２は、独立して、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、そしてＧ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の部分を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
（ａ）請求項１０に記載の方法を使用して、式４の前記化合物（式中、ｍは少なくとも１であり、ＪはＯであり、そしてＤはＨである）を反応させる工程であって、ここで、前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を酸性化して、式４の化合物（式中、ｍは少なくとも２であり、かつ約２００未満であり；ＪはＯであり、そしてＤはＨである）を生成する工程を含む工程、ならびに（ｂ）場合により、工程（ａ）を反復して、式４の化合物（式中、ｍは２より大きく、かつ約２００未満である）を生成する工程、をさらに含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記酸性化する工程が、前記縮合中間体からプリンもしくはピリミジン部分を除去せずに、前記縮合中間体を式４の前記化合物に変換するのに有効な量のブレンステッドまたはルイス酸を添加する工程を含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記酸性化する工程が、有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸、有機溶媒中３％ジクロロ酢酸、または有機溶媒中３％トリクロロ酢酸を、添加する工程を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記酸性化する工程が、カチオンスカベンジャーを添加する工程をさらに含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記カチオンスカベンジャーが、トリエチルシランまたはトリイソプロピルシランである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を酸性化する工程に先立って、Ｒ１を脱ブロックする工程をさらに含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項４３】
前記式４の化合物を修飾して、Ｘ部分を導入し、それによって、式１の化合物（式中、Ｒ３は、ブロッキング基または固相支持体に接続された連結部分である）を生成する工程をさらに含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項４４】
請求項３５に記載の生成物を処理して、式１の化合物（式中、Ｒ１は、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり、あるいはＮａ＋１、Ｌｉ＋１、もしくはＫ＋１であるカチオンであり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−であり；
各Ｂａ部分は、ブロックされておらず；
Ｒ３はＨであり；
Ｘの各例は、独立して、アルキル、アルコキシ、アリール、アルキルチオ、アシル、−ＮＲｆＲｆ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、アルケニルチオ、アルキニルチオ、−Ｓ−Ｚ＋、−Ｓｅ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋であり；
Ｒｆの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールであり；
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであって、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいはＺ＋は一価の金属イオンであり；および
ｎは、１より大きく、かつ約２００未満である）
を生成する工程をさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記修飾する工程が、ホウ素化剤、硫黄求電子剤、またはセレン求電子剤を使用して、実施される、請求項３２または３３に記載の方法。
【請求項４６】
前記硫黄求電子剤が、以下の式：
Ｓ８（式Ｂ）、Ｚ２４−Ｓ−Ｓ−Ｚ２５、またはＺ２４−Ｓ−Ｘ−Ｚ２５、
（式中、Ｚ２４およびＺ２５は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルでありか、あるいはＺ２４およびＺ２５は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記硫黄求電子剤が、式Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、またはＦ：
【化１３】
の化合物である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記セレン求電子剤が、以下の式：
Ｓｅ（式Ｇ）、Ｚ２６−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｚ２７、またはＺ２６−Ｓｅ−Ｘ−Ｚ２７、
（式中、Ｚ２６およびＺ２７は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、あるいはＺ２６およびＺ２７は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｏ、ＳまたはＮＲｆであり；およびＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
前記セレン求電子剤が、式Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはＬ
【化１４】
の化合物である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記ホウ素化剤が、ボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３・Ａｎ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である、請求項４５に記載の方法。
【請求項５１】
前記修飾する工程が、シリル化試薬、続いて、硫黄求電子剤、セレン求電子剤、ホウ素化剤、アルキル化剤、アルデヒド、またはアシル化剤を使用して、実施される、請求項４３に記載の方法。
【請求項５２】
前記シリル化試薬が、クロロトリメチルシラン（ＴＭＳ−Ｃｌ）、トリイソプロピルシリルクロリド（ＴＩＰＳ−Ｃｌ）、ｔ−ブチルジメチルシリルクロリド（ＴＢＤＭＳ−Ｃｌ）、ｔ−ブチルジフェニルシリルクロリド（ＴＢＤＰＳ−Ｃｌ）、１，１，１，３，３，３−ヘキサメチルジシラザン（ＨＭＤＳ）、Ｎ−トリメチルシリルジメチルアミン（ＴＭＳＤＭＡ）、Ｎ−トリメチルシリルジエチルアミン（ＴＭＳＤＥＡ）、Ｎ−トリメチルシリルアセトアミド（ＴＭＳＡ）、Ｎ，Ｏ−ビス（トリメチルシリル）アセトアミド（ＢＳＡ）、またはＮ，Ｏ−ビス（トリメチルシリル）トリフルオロアセトアミド（ＢＳＴＦＡ）である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記硫黄求電子剤が、以下の式：
Ｓ８（式Ｂ）、Ｚ２４−Ｓ−Ｓ−Ｚ２５、またはＺ２４−Ｓ−Ｘ−Ｚ２５、
（式中、Ｚ２４およびＺ２５は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、あるいはＺ２４およびＺ２５は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記硫黄求電子剤が、式Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、またはＦ：
【化１５】
の化合物である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記セレン求電子剤が、以下の式：
Ｓｅ（式Ｇ）、Ｚ２６−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｚ２７、またはＺ２６−Ｓｅ−Ｘ−Ｚ２７、
（式中、Ｚ２６およびＺ２７は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、あるいはＺ２６およびＺ２７は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｓ、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
前記セレン求電子剤が、式Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはＬ
【化１６】
の化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５７】
前記ホウ素化剤が、ボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３・Ａｎ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５８】
前記アルキル化剤が、アルキルハライド、アルケニルハライド、アルキニルハライド、アルキルスルホネート、アルケニルスルホネート、またはアルキニルスルホネートである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５９】
前記アルデヒドが、（パラ）−ホルムアルデヒド、アルキルアルデヒド、アルケニルアルデヒド、アルキニルアルデヒド、またはアリールアルデヒドである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６０】
前記アシル化剤が、式ＭまたはＮ：
【化１７】
（式中、Ｇ７は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、またはヘテロアリールオキシであり；および
Ｍは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または１−ヒドロキシベンゾトリアゾールである）
の化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項６１】
前記修飾する工程が、ハロゲン化試薬と反応させる工程、続いて、求核剤と反応させる工程によって実施される、請求項４３に記載の方法。
【請求項６２】
前記ハロゲン化試薬が、ＣＣｌ４、ＣＢｒ４、Ｃｌ２、Ｂｒ２、Ｉ２、塩化スルフリル（ＳＯ２Ｃｌ２）、ホスゲン、ビス（トリクロロメチル）カルボネート（ＢＴＣ）、一塩化硫黄、二塩化硫黄、クロラミン、ＣｕＣｌ２、Ｎ−クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）、ＣＩ４、Ｎ−ブロモスクシンイミド（ＮＢＳ）、またはＮ−ヨードスクシンイミド（ＮＩＳ）である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記求核剤が、ＮＲｆＲｆＨ、ＲｆＯＨ、またはＲｆＳＨであり、ここで、Ｒｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールであり、そしてＮＲｆＲｆＨのＲｆのうち少なくとも１つは水素ではない、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
前記キラル試薬が、前記式３の化合物（式中、Ｗ１はＮＨＧ５であり、そしてＷ２はＯである）である、請求項１０に記載の方法。
【請求項６５】
前記キラル試薬が、式Ｏまたは式Ｐ：
【化１８】
である、請求項１０に記載の方法。
【請求項６６】
前記キラル試薬が、式Ｑまたは式Ｒ：
【化１９】
である、請求項１０に記載の方法。
【請求項６７】
Ｒａが、置換もしくは非置換のトリチルまたは置換シリルである、請求項３、８、３２、または３４に記載の方法。
【請求項６８】
Ｒａが、置換もしくは非置換のトリチルまたは置換シリルである、請求項４４に記載の方法。
【請求項６９】
Ｒｂが、置換もしくは非置換のトリチル、置換シリル、アセチル、アシル、または置換メチルエーテルである、請求項３、８、１１、または３２に記載の方法。
【請求項７０】
Ｒ３が、置換トリチル、アシル、置換シリル、または置換ベンジルであるブロッキング基である、請求項３に記載の方法。
【請求項７１】
Ｒ３が、固相支持体に接続された連結部分である、請求項３に記載の方法。
【請求項７２】
前記Ｂａ部分のブロッキング基が、ベンジル、アシル、ホルミル、ジアルキルホルムアミジニル、イソブチリル、フェノキシアセチル、またはトリチル部分であり、それらのうちいずれかは、置換されなくてもよく、もしくは置換されてもよい、請求項３、８、１１、または３２に記載の方法。
【請求項７３】
Ｒ１が、−Ｎ３、−ＮＲｄＲｄ、アルキニルオキシ、または−ＯＨである、請求項３、８、または３４に記載の方法。
【請求項７４】
Ｒ１が、−Ｎ３、−ＮＲｄＲｄ、アルキニルオキシ、または−ＯＨである、請求項４３に記載の方法。
【請求項７５】
Ｒ２が、−ＮＲｄＲｄ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１であり、そして蛍光部分または生体分子結合部分によって置換される、請求項３、８、１１、３２、または３４に記載の方法。
【請求項７６】
Ｒ２が、−ＮＲｄＲｄ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１であり、そして蛍光部分または生体分子結合部分により置換される、請求項４３に記載の方法。
【請求項７７】
前記Ｒ２上の置換基が、蛍光部分である、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記Ｒ２上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項７５に記載の方法。
【請求項７９】
前記Ｒ２上の置換基が、蛍光部分である、請求項７６に記載の方法。
【請求項８０】
前記Ｒ２上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項７６に記載の方法。
【請求項８１】
Ｒ２が、−ＯＨ、−Ｎ３、水素、ハロゲン、アルコキシ、またはアルキニルオキシである、請求項３、８、１１、３２、３４、または４３に記載の方法。
【請求項８２】
Ｒ２が、−ＯＨ、−Ｎ３、水素、ハロゲン、アルコキシ、またはアルキニルオキシである、請求項３、８、１１、３２、または３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
Ｂａが、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、または２，６−ジアミノプリンである、請求項４３に記載の方法。
【請求項８４】
Ｂａが、蛍光部分または生体分子結合部分による置換によって修飾される、請求項３、８、１１、３２、または３４に記載の方法。
【請求項８５】
Ｂａが、蛍光部分または生体分子結合部分による置換によって修飾される、請求項４３に記載の方法。
【請求項８６】
前記Ｂａ上の置換基が、蛍光部分である、請求項８４に記載の方法。
【請求項８７】
前記Ｂａ上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項８４に記載の方法。
【請求項８８】
前記Ｂａ上の置換基が、蛍光部分である、請求項８５に記載の方法。
【請求項８９】
前記Ｂａ上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項８５に記載の方法。
【請求項９０】
Ｚが、ピリジニウムイオン、トリエチルアンモニウムイオン、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアンモニウムイオン、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エニウムイオン、ナトリウムイオン、またはカリウムイオンである、請求項３、８、または３４に記載の方法。
【請求項９１】
Ｚが、ピリジニウムイオン、トリエチルアンモニウムイオン、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアンモニウムイオン、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エニウムイオン、ナトリウムイオン、またはカリウムイオンである、請求項４３に記載の方法。
【請求項９２】
Ｘが、アルキル、アルコキシ、−ＮＲｆＲｆ、−Ｓ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋である、請求項３または３４に記載の方法。
【請求項９３】
Ｘが、アルキル、アルコキシ、−ＮＲｆＲｆ、−Ｓ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋である、請求項４３に記載の方法。
【請求項９４】
前記硫黄求電子剤が、式Ｆ、式Ｅまたは式Ｂである、請求項４７に記載の方法。
【請求項９５】
前記硫黄求電子剤が、式Ｆ、式Ｅまたは式Ｂである、請求項５４に記載の方法。
【請求項９６】
前記セレン求電子剤が、式Ｇまたは式Ｊである、請求項４９に記載の方法。
【請求項９７】
前記セレン求電子剤が、式Ｇまたは式Ｊである、請求項５６に記載の方法。
【請求項９８】
前記ホウ素化剤が、ボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である、請求項５０または５７に記載の方法。
【請求項９９】
前記ハロゲン化剤が、ＣＣｌ４、ＣＢｒ４、Ｃｌ２、塩化スルフリル（ＳＯ２Ｃｌ２）、またはＮ−クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）である、請求項６２に記載の方法。
【請求項１００】
前記縮合試薬が、ビス（トリクロロメチル）カルボネート（ＢＴＣ）、（ＰｈＯ）３ＰＣｌ２、Ｐｈ３ＰＣｌ２、またはＮ，Ｎ−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１０１】
サンプル中の標的分子を同定または検出する方法であって、標的分子を含有することが疑わしいサンプルと、請求項３に記載の核酸センサー分子とを接触させる工程を含み、ここで、シグナル発生ユニットによって発生するシグナルの変化が前記サンプル中の前記標的の存在を示す方法。
【請求項１０２】
前記シグナル発生ユニットによって発生するシグナルの変化を定量して、前記サンプル中の標的分子の量を定量する工程をさらに含む、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
前記シグナル発生ユニットが、蛍光、表面プラズモン共鳴、蛍光消光、化学発光、干渉計測、または屈折率検出を検出する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０４】
前記サンプルが、環境サンプル、バイオハザード材料、有機サンプル、薬物、毒素、フレーバー、香料、または生物学的サンプルである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０５】
前記サンプルが、細胞、細胞抽出物、細胞溶解物、組織、組織抽出物、体液、血清、血液、または血液産物である生物学的サンプルである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０６】
前記核酸センサー分子が、前記標的分子に特異的に結合する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０７】
前記標的分子の存在が、病的状態の存在を示す、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０８】
（ａ）目的のコンセンサス配列に相補的な一定のヌクレオチド配列のある領域を有する複数の第１のＰＣＲプライマーを提供する工程；（ｂ）複数の第２のＰＣＲプライマーを提供する工程、（ｃ）前記第１のプライマーおよび前記第２のプライマーによってフランキングされる核酸領域が特異的に増幅されるように、複数の第１のプライマーのサブセットが、実質的にそれが鋳型のどこで生じようとも前記目的のコンセンサス配列に結合し、そして複数の第２のプライマーのサブセットが、前記第１のプライマーから隔たった場所で前記鋳型に結合するという条件下で、複数の第１のＰＣＲプライマーおよび複数の第２のＰＣＲプライマーを使用する前記ＰＣＲを介して、核酸鋳型を増幅する工程であって、複数の第１のＰＣＲプライマーおよび／または複数の第２のＰＣＴプライマーが請求項３に記載の核酸分子である工程、
を含む、核酸鋳型から核酸の所望の領域を増幅する方法。
【請求項１０９】
前記鋳型がゲノムＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記鋳型が真核生物のゲノムＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１１】
前記鋳型がヒトのゲノムＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１２】
前記鋳型が原核生物のＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１３】
前記鋳型が、クローニングされたゲノムＤＮＡ、ＤＮＡのサブゲノム領域、染色体、またはサブ染色体領域であるＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１４】
前記鋳型がＲＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１５】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を修飾して、式５：
【化２０】
（式中、Ｒ１は、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒcは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
Ｊの各例は、Ｓ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり；
ｖは、整数１であり；
ＯＡは、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分に接続されており；
Ａは、アシル、アリール、アルキル、アラルキル、またはシリル部分であり；ならびに
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の化合物を生成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１】
アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成する工程；および前記縮合中間体をキラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸に変換する工程を含む、キラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸の合成方法。
【請求項２】
前記アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成する工程が、ワンポット反応である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記キラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸が、式１：
【化１】
（式中、Ｒ１は、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいはＮａ＋１、Ｌｉ＋１、もしくはＫ＋１であるカチオンであり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
Ｘの各例は、独立して、アルキル、アルコキシ、アリール、アルキルチオ、アシル、−ＮＲｆＲｆ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、アルケニルチオ、アルキニルチオ、−Ｓ−Ｚ＋、−Ｓｅ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋であり；
Ｒｆの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールであり；
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであって、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいはＺ＋は一価の金属イオンであり；
Ｒ３は、水素、ブロッキング基、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分であり；およびｎは、１〜約２００の整数である）
の化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
式１の前記化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣによって測定されるとき、ジアステレオマー的に９８％を超えて純粋である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
各Ｘ−ホスホネート部分がＲＰ配置を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ配置を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
各Ｘ−ホスホネートが、独立して、Ｒｐ配置またはＳＰ配置を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
前記アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子が、式２：
【化２】
（式中、Ｒ１は、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２は、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；および
Ｂａは、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；および
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであって、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいは一価の金属イオンである）
の化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
キラル試薬をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記キラル試薬が、式３：
【化３】
（式中、Ｗ１およびＷ２は、独立して、−ＮＧ５−、−Ｏ−、または−Ｓ−であり；
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘタリール、もしくはアリールであるか、またはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の化合物である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドが、式４：
【化４】
（式中、Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃでり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
ｍは、０〜ｎ−１の整数であり；
ｎは、１〜約２００の整数であり；
ＯＡは、トリチル部分、シリル部分、アセチル部分、アシル部分、アリールアシル部分、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分に接続されており；
ＪはＯであり、そしてＤはＨであり、あるいはＪはＳ、Ｓｅ、もしくはＢＨ３であり、そしてＤはキラル配位子Ｃｉもしくは式Ａ：
【化５】
（式中、Ｗ１およびＷ２は、独立して、ＮＨＧ５、ＯＨ、またはＳＨであり；
Ａは、水素、アシル、アリール、アルキル、アラルキル、またはシリル部分であり；ならびに
式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであるか、またはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の部分である）
の化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
縮合試薬ＣＲを提供する工程であって、それによって、前記アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子が活性化され、前記キラル試薬と反応して、キラル中間体を形成する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記縮合試薬ＣＲが、Ａｒ３ＰＬ２、（ＡｒＯ）３ＰＬ２、
【化６】
であり、式中、
Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９およびＺ１０は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、もしくはヘテロアリールオキシであるか、あるいは式中、Ｚ２とＺ３、Ｚ５とＺ６、Ｚ７とＺ８、Ｚ８とＺ９、Ｚ９とＺ７、もしくはＺ７とＺ８とＺ９のうちのいずれかは、一緒になって、３〜２０員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｑ−は、対アニオンであり；
Ｌは、脱離基であり；
ｗは、０〜３の整数であり；ならびに
Ａｒは、アリール、ヘテロアリールであり、および／またはＡｒ基のうちの１つは、前記高分子支持体に付着している、
請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記縮合試薬ＣＲの対イオンが、Ｃｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４−、ＰＦ６−、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６−、ＣｌＯ４−、またはＳｂＦ６−であり、ここで、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記縮合試薬ＣＲの脱離基が、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または１−ヒドロキシベンゾトリアゾールである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記縮合試薬が、ビス（トリクロロメチル）カルボネート（ＢＴＣ）、（ＰｈＯ）３ＰＣｌ２、Ｐｈ３ＰＣｌ２、Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、１，３−ジメチル−２−（３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−ｙｌ）−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、または３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル−トリス（ピロリジン−１−イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）
【化７】
である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
活性化試薬ＡＲを提供する工程をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
前記活性化試薬ＡＲが、
【化８】
であり、式中、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、Ｚ１５、Ｚ１６、Ｚ１７、Ｚ１８、Ｚ１９、Ｚ２０、およびＺ２１は、独立して、水素、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、もしくはヘテロアリールオキシであるか、あるいは式中、Ｚ１１とＺ１２、Ｚ１１とＺ１３、Ｚ１１とＺ１４、Ｚ１２とＺ１３、Ｚ１２とＺ１４、Ｚ１３とＺ１４、Ｚ１５とＺ１６、Ｚ１５とＺ１７、Ｚ１６とＺ１７、Ｚ１８とＺ１９、もしくはＺ２０とＺ２１のうちいずれかは、一緒になって、３〜２０員環の脂環もしくはヘテロ環を形成するか、または５もしくは２０員環の芳香環を形成し；
ならびにＱ−は対イオンである、
請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記活性化試薬ＡＲの対イオンが、Ｃｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４−、ＰＦ６−、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６−、ＣｌＯ４−、またはＳｂＦ６−であり、ここで、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記活性化試薬ＡＲが、イミダゾール、４，５−ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）、４，５−ジクロロイミダゾール、１−フェニルイミダゾリウムトリフレート（ＰｈＩＭＴ）、ベンゾイミダゾリウムトリフレート（ＢＩＴ）、ベンズトリアゾール、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール（ＮＴ）、テトラゾール、５−エチルチオテトラゾール、５−（４−ニトロフェニル）テトラゾール、Ｎ−シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）、Ｎ−シアノメチルピペリジニウムトリフレート、Ｎ−シアノメチルジメチルアンモニウムトリフレートである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記活性化試薬ＡＲが、４，５−ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）、１−フェニルイミダゾリウムトリフレート（ＰｈＩＭＴ）、ベンゾイミダゾリウムトリフレート（ＢＩＴ）、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール（ＮＴ）、テトラゾール、またはＮ−シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）
【化９】
である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
前記活性化試薬ＡＲが、Ｎ−シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】
前記反応させる工程が、非プロトン性有機溶媒中で実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記溶媒が、アセトニトリル、ピリジン、テトラヒドロフラン、またはジクロロメタンである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記非プロトン性有機溶媒が塩基性ではない場合、塩基が前記反応させる工程中に存在する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記塩基が、ピリジン、キノリン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアニリンまたはＮ−シアノメチルピロリジンである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記塩基が
【化１０】
（式中、Ｚ２２およびＺ２３は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、もしくはヘテロアリールオキシであり、あるいは式中、Ｚ２２およびＺ２３のいずれかは、一緒になって、３〜１０員環の脂環もしくはヘテロ環を形成する）
である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記塩基が、Ｎ−シアノメチルピロリジンである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記非プロトン性有機溶媒が、無水である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
前記無水非プロトン性有機溶媒が、蒸留直後のものである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記蒸留直後の無水非プロトン性有機溶媒が、ピリジンまたはアセトニトリルである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体をキャッピングする工程、および前記キャッピングされた縮合中間体を修飾して、式５：
【化１１】
（式中、Ｒ１は、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
Ｊの各例は、Ｓ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり；
ｖは、２〜ｎ−１の整数であり；
ＯＡは、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分に接続されており；
Ａは、アシル、アリール、アルキル、アラルキル、またはシリル部分であり；ならびに
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の化合物を生成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
以下の工程：（ａ）前記式５の化合物のＲ１を脱ブロックして、式４の化合物（式中、ｍは、少なくとも１であり、ＪはＳ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり、そしてＤは、式Ａの部分である）を生成する工程；（ｂ）請求項１０に記載の方法を使用して、式４の前記化合物を反応させる工程であって、ここで、前記縮合中間体を変換する工程は、前記縮合中間体をキャッピングする工程、および前記キャッピングされた縮合中間体を修飾して、式５の化合物（式中、ｖは、２より大きく、かつ約２００未満である）を生成する工程を含む工程；ならびに（ｃ）場合により、工程（ａ）および（ｂ）を反復して、式５の化合物（式中、ｖは、３より大きく、かつ約２００未満である）を形成する工程、
をさらに含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記式５の化合物を前記式１の化合物（式中、各Ｂａ部分は、ブロックされておらず；Ｒ１は、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、Ｐ（Ｏ）（Ｒｃ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｃ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり、あるいはＮａ＋１、Ｌｉ＋１、もしくはＫ＋１であるカチオンであり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−であり；
Ｒ３はＨであり；
Ｘの各例は、独立して、−Ｓ−Ｚ＋、−Ｓｅ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋であり；および
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであり、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいはＺ＋は一価の金属イオンである）
に変換する工程をさらに含む、請求項３２または３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を酸性化して、式４の化合物（式中、ｍは少なくとも１であり、ＪはＯであり、そしてＤはＨである）を生成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
前記縮合中間体が、式Ａ’：
【化１２】
（式中、Ａは水素であり；ならびに
式中、Ｇ１およびＧ２は、独立して、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、そしてＧ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の部分を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
（ａ）請求項１０に記載の方法を使用して、式４の前記化合物（式中、ｍは少なくとも１であり、ＪはＯであり、そしてＤはＨである）を反応させる工程であって、ここで、前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を酸性化して、式４の化合物（式中、ｍは少なくとも２であり、かつ約２００未満であり；ＪはＯであり、そしてＤはＨである）を生成する工程を含む工程、ならびに（ｂ）場合により、工程（ａ）を反復して、式４の化合物（式中、ｍは２より大きく、かつ約２００未満である）を生成する工程、をさらに含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記酸性化する工程が、前記縮合中間体からプリンもしくはピリミジン部分を除去せずに、前記縮合中間体を式４の前記化合物に変換するのに有効な量のブレンステッドまたはルイス酸を添加する工程を含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記酸性化する工程が、有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸、有機溶媒中３％ジクロロ酢酸、または有機溶媒中３％トリクロロ酢酸を、添加する工程を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記酸性化する工程が、カチオンスカベンジャーを添加する工程をさらに含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記カチオンスカベンジャーが、トリエチルシランまたはトリイソプロピルシランである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を酸性化する工程に先立って、Ｒ１を脱ブロックする工程をさらに含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項４３】
前記式４の化合物を修飾して、Ｘ部分を導入し、それによって、式１の化合物（式中、Ｒ３は、ブロッキング基または固相支持体に接続された連結部分である）を生成する工程をさらに含む、請求項３５または３７に記載の方法。
【請求項４４】
請求項３５に記載の生成物を処理して、式１の化合物（式中、Ｒ１は、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒｃは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり、あるいはＮａ＋１、Ｌｉ＋１、もしくはＫ＋１であるカチオンであり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−であり；
各Ｂａ部分は、ブロックされておらず；
Ｒ３はＨであり；
Ｘの各例は、独立して、アルキル、アルコキシ、アリール、アルキルチオ、アシル、−ＮＲｆＲｆ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、アルケニルチオ、アルキニルチオ、−Ｓ−Ｚ＋、−Ｓｅ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋であり；
Ｒｆの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールであり；
Ｚ＋は、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、またはヘテロ環イミニウムイオンであって、それらのうちいずれかは、第一級、第二級、第三級もしくは第四級であり、あるいはＺ＋は一価の金属イオンであり；および
ｎは、１より大きく、かつ約２００未満である）
を生成する工程をさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記修飾する工程が、ホウ素化剤、硫黄求電子剤、またはセレン求電子剤を使用して、実施される、請求項３２または３３に記載の方法。
【請求項４６】
前記硫黄求電子剤が、以下の式：
Ｓ８（式Ｂ）、Ｚ２４−Ｓ−Ｓ−Ｚ２５、またはＺ２４−Ｓ−Ｘ−Ｚ２５、
（式中、Ｚ２４およびＺ２５は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルでありか、あるいはＺ２４およびＺ２５は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記硫黄求電子剤が、式Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、またはＦ：
【化１３】
の化合物である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記セレン求電子剤が、以下の式：
Ｓｅ（式Ｇ）、Ｚ２６−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｚ２７、またはＺ２６−Ｓｅ−Ｘ−Ｚ２７、
（式中、Ｚ２６およびＺ２７は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、あるいはＺ２６およびＺ２７は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｏ、ＳまたはＮＲｆであり；およびＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
前記セレン求電子剤が、式Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはＬ
【化１４】
の化合物である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記ホウ素化剤が、ボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３・Ａｎ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である、請求項４５に記載の方法。
【請求項５１】
前記修飾する工程が、シリル化試薬、続いて、硫黄求電子剤、セレン求電子剤、ホウ素化剤、アルキル化剤、アルデヒド、またはアシル化剤を使用して、実施される、請求項４３に記載の方法。
【請求項５２】
前記シリル化試薬が、クロロトリメチルシラン（ＴＭＳ−Ｃｌ）、トリイソプロピルシリルクロリド（ＴＩＰＳ−Ｃｌ）、ｔ−ブチルジメチルシリルクロリド（ＴＢＤＭＳ−Ｃｌ）、ｔ−ブチルジフェニルシリルクロリド（ＴＢＤＰＳ−Ｃｌ）、１，１，１，３，３，３−ヘキサメチルジシラザン（ＨＭＤＳ）、Ｎ−トリメチルシリルジメチルアミン（ＴＭＳＤＭＡ）、Ｎ−トリメチルシリルジエチルアミン（ＴＭＳＤＥＡ）、Ｎ−トリメチルシリルアセトアミド（ＴＭＳＡ）、Ｎ，Ｏ−ビス（トリメチルシリル）アセトアミド（ＢＳＡ）、またはＮ，Ｏ−ビス（トリメチルシリル）トリフルオロアセトアミド（ＢＳＴＦＡ）である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記硫黄求電子剤が、以下の式：
Ｓ８（式Ｂ）、Ｚ２４−Ｓ−Ｓ−Ｚ２５、またはＺ２４−Ｓ−Ｘ−Ｚ２５、
（式中、Ｚ２４およびＺ２５は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、あるいはＺ２４およびＺ２５は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記硫黄求電子剤が、式Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、またはＦ：
【化１５】
の化合物である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記セレン求電子剤が、以下の式：
Ｓｅ（式Ｇ）、Ｚ２６−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｚ２７、またはＺ２６−Ｓｅ−Ｘ−Ｚ２７、
（式中、Ｚ２６およびＺ２７は、独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、あるいはＺ２６およびＺ２７は、一緒になって、置換されていても置換されていなくてもよい３〜８員環の脂環またはヘテロ環を形成し；
Ｘは、ＳＯ２、Ｓ、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである）
のうちの１つを有する化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
前記セレン求電子剤が、式Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはＬ
【化１６】
の化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５７】
前記ホウ素化剤が、ボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３・Ａｎ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５８】
前記アルキル化剤が、アルキルハライド、アルケニルハライド、アルキニルハライド、アルキルスルホネート、アルケニルスルホネート、またはアルキニルスルホネートである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５９】
前記アルデヒドが、（パラ）−ホルムアルデヒド、アルキルアルデヒド、アルケニルアルデヒド、アルキニルアルデヒド、またはアリールアルデヒドである、請求項５１に記載の方法。
【請求項６０】
前記アシル化剤が、式ＭまたはＮ：
【化１７】
（式中、Ｇ７は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロ環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、またはヘテロアリールオキシであり；および
Ｍは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または１−ヒドロキシベンゾトリアゾールである）
の化合物である、請求項５１に記載の方法。
【請求項６１】
前記修飾する工程が、ハロゲン化試薬と反応させる工程、続いて、求核剤と反応させる工程によって実施される、請求項４３に記載の方法。
【請求項６２】
前記ハロゲン化試薬が、ＣＣｌ４、ＣＢｒ４、Ｃｌ２、Ｂｒ２、Ｉ２、塩化スルフリル（ＳＯ２Ｃｌ２）、ホスゲン、ビス（トリクロロメチル）カルボネート（ＢＴＣ）、一塩化硫黄、二塩化硫黄、クロラミン、ＣｕＣｌ２、Ｎ−クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）、ＣＩ４、Ｎ−ブロモスクシンイミド（ＮＢＳ）、またはＮ−ヨードスクシンイミド（ＮＩＳ）である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記求核剤が、ＮＲｆＲｆＨ、ＲｆＯＨ、またはＲｆＳＨであり、ここで、Ｒｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールであり、そしてＮＲｆＲｆＨのＲｆのうち少なくとも１つは水素ではない、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
前記キラル試薬が、前記式３の化合物（式中、Ｗ１はＮＨＧ５であり、そしてＷ２はＯである）である、請求項１０に記載の方法。
【請求項６５】
前記キラル試薬が、式Ｏまたは式Ｐ：
【化１８】
である、請求項１０に記載の方法。
【請求項６６】
前記キラル試薬が、式Ｑまたは式Ｒ：
【化１９】
である、請求項１０に記載の方法。
【請求項６７】
Ｒａが、置換もしくは非置換のトリチルまたは置換シリルである、請求項３、８、３２、または３４に記載の方法。
【請求項６８】
Ｒａが、置換もしくは非置換のトリチルまたは置換シリルである、請求項４４に記載の方法。
【請求項６９】
Ｒｂが、置換もしくは非置換のトリチル、置換シリル、アセチル、アシル、または置換メチルエーテルである、請求項３、８、１１、または３２に記載の方法。
【請求項７０】
Ｒ３が、置換トリチル、アシル、置換シリル、または置換ベンジルであるブロッキング基である、請求項３に記載の方法。
【請求項７１】
Ｒ３が、固相支持体に接続された連結部分である、請求項３に記載の方法。
【請求項７２】
前記Ｂａ部分のブロッキング基が、ベンジル、アシル、ホルミル、ジアルキルホルムアミジニル、イソブチリル、フェノキシアセチル、またはトリチル部分であり、それらのうちいずれかは、置換されなくてもよく、もしくは置換されてもよい、請求項３、８、１１、または３２に記載の方法。
【請求項７３】
Ｒ１が、−Ｎ３、−ＮＲｄＲｄ、アルキニルオキシ、または−ＯＨである、請求項３、８、または３４に記載の方法。
【請求項７４】
Ｒ１が、−Ｎ３、−ＮＲｄＲｄ、アルキニルオキシ、または−ＯＨである、請求項４３に記載の方法。
【請求項７５】
Ｒ２が、−ＮＲｄＲｄ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１であり、そして蛍光部分または生体分子結合部分によって置換される、請求項３、８、１１、３２、または３４に記載の方法。
【請求項７６】
Ｒ２が、−ＮＲｄＲｄ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１であり、そして蛍光部分または生体分子結合部分により置換される、請求項４３に記載の方法。
【請求項７７】
前記Ｒ２上の置換基が、蛍光部分である、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記Ｒ２上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項７５に記載の方法。
【請求項７９】
前記Ｒ２上の置換基が、蛍光部分である、請求項７６に記載の方法。
【請求項８０】
前記Ｒ２上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項７６に記載の方法。
【請求項８１】
Ｒ２が、−ＯＨ、−Ｎ３、水素、ハロゲン、アルコキシ、またはアルキニルオキシである、請求項３、８、１１、３２、３４、または４３に記載の方法。
【請求項８２】
Ｒ２が、−ＯＨ、−Ｎ３、水素、ハロゲン、アルコキシ、またはアルキニルオキシである、請求項３、８、１１、３２、または３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
Ｂａが、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、または２，６−ジアミノプリンである、請求項４３に記載の方法。
【請求項８４】
Ｂａが、蛍光部分または生体分子結合部分による置換によって修飾される、請求項３、８、１１、３２、または３４に記載の方法。
【請求項８５】
Ｂａが、蛍光部分または生体分子結合部分による置換によって修飾される、請求項４３に記載の方法。
【請求項８６】
前記Ｂａ上の置換基が、蛍光部分である、請求項８４に記載の方法。
【請求項８７】
前記Ｂａ上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項８４に記載の方法。
【請求項８８】
前記Ｂａ上の置換基が、蛍光部分である、請求項８５に記載の方法。
【請求項８９】
前記Ｂａ上の置換基が、ビオチンまたはアビジンである、請求項８５に記載の方法。
【請求項９０】
Ｚが、ピリジニウムイオン、トリエチルアンモニウムイオン、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアンモニウムイオン、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エニウムイオン、ナトリウムイオン、またはカリウムイオンである、請求項３、８、または３４に記載の方法。
【請求項９１】
Ｚが、ピリジニウムイオン、トリエチルアンモニウムイオン、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアンモニウムイオン、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エニウムイオン、ナトリウムイオン、またはカリウムイオンである、請求項４３に記載の方法。
【請求項９２】
Ｘが、アルキル、アルコキシ、−ＮＲｆＲｆ、−Ｓ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋である、請求項３または３４に記載の方法。
【請求項９３】
Ｘが、アルキル、アルコキシ、−ＮＲｆＲｆ、−Ｓ−Ｚ＋、または−ＢＨ３−Ｚ＋である、請求項４３に記載の方法。
【請求項９４】
前記硫黄求電子剤が、式Ｆ、式Ｅまたは式Ｂである、請求項４７に記載の方法。
【請求項９５】
前記硫黄求電子剤が、式Ｆ、式Ｅまたは式Ｂである、請求項５４に記載の方法。
【請求項９６】
前記セレン求電子剤が、式Ｇまたは式Ｊである、請求項４９に記載の方法。
【請求項９７】
前記セレン求電子剤が、式Ｇまたは式Ｊである、請求項５６に記載の方法。
【請求項９８】
前記ホウ素化剤が、ボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である、請求項５０または５７に記載の方法。
【請求項９９】
前記ハロゲン化剤が、ＣＣｌ４、ＣＢｒ４、Ｃｌ２、塩化スルフリル（ＳＯ２Ｃｌ２）、またはＮ−クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）である、請求項６２に記載の方法。
【請求項１００】
前記縮合試薬が、ビス（トリクロロメチル）カルボネート（ＢＴＣ）、（ＰｈＯ）３ＰＣｌ２、Ｐｈ３ＰＣｌ２、またはＮ，Ｎ−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１０１】
サンプル中の標的分子を同定または検出する方法であって、標的分子を含有することが疑わしいサンプルと、請求項３に記載の核酸センサー分子とを接触させる工程を含み、ここで、シグナル発生ユニットによって発生するシグナルの変化が前記サンプル中の前記標的の存在を示す方法。
【請求項１０２】
前記シグナル発生ユニットによって発生するシグナルの変化を定量して、前記サンプル中の標的分子の量を定量する工程をさらに含む、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
前記シグナル発生ユニットが、蛍光、表面プラズモン共鳴、蛍光消光、化学発光、干渉計測、または屈折率検出を検出する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０４】
前記サンプルが、環境サンプル、バイオハザード材料、有機サンプル、薬物、毒素、フレーバー、香料、または生物学的サンプルである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０５】
前記サンプルが、細胞、細胞抽出物、細胞溶解物、組織、組織抽出物、体液、血清、血液、または血液産物である生物学的サンプルである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０６】
前記核酸センサー分子が、前記標的分子に特異的に結合する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０７】
前記標的分子の存在が、病的状態の存在を示す、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０８】
（ａ）目的のコンセンサス配列に相補的な一定のヌクレオチド配列のある領域を有する複数の第１のＰＣＲプライマーを提供する工程；（ｂ）複数の第２のＰＣＲプライマーを提供する工程、（ｃ）前記第１のプライマーおよび前記第２のプライマーによってフランキングされる核酸領域が特異的に増幅されるように、複数の第１のプライマーのサブセットが、実質的にそれが鋳型のどこで生じようとも前記目的のコンセンサス配列に結合し、そして複数の第２のプライマーのサブセットが、前記第１のプライマーから隔たった場所で前記鋳型に結合するという条件下で、複数の第１のＰＣＲプライマーおよび複数の第２のＰＣＲプライマーを使用する前記ＰＣＲを介して、核酸鋳型を増幅する工程であって、複数の第１のＰＣＲプライマーおよび／または複数の第２のＰＣＴプライマーが請求項３に記載の核酸分子である工程、
を含む、核酸鋳型から核酸の所望の領域を増幅する方法。
【請求項１０９】
前記鋳型がゲノムＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記鋳型が真核生物のゲノムＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１１】
前記鋳型がヒトのゲノムＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１２】
前記鋳型が原核生物のＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１３】
前記鋳型が、クローニングされたゲノムＤＮＡ、ＤＮＡのサブゲノム領域、染色体、またはサブ染色体領域であるＤＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１４】
前記鋳型がＲＮＡである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１５】
前記縮合中間体を式１の化合物に変換する工程が、前記縮合中間体を修飾して、式５：
【化２０】
（式中、Ｒ１は、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａ、または−ＳＲｃであり；
Ｙ１は、Ｏ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａは、ブロッキング部分であり；
Ｒcは、ブロッキング基であり；
Ｒｄの各例は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
Ｒｅの各例は、独立して、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−であり；
Ｙ２は、Ｏ、ＮＲｄ、またはＳであり；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂは、ブロッキング部分であり；
Ｂａの各例は、独立して、ブロックされているかまたはブロックされていないアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルもしくは修飾核酸塩基であり；
Ｊの各例は、Ｓ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり；
ｖは、整数１であり；
ＯＡは、固相支持体に接続された連結部分または核酸に接続された連結部分に接続されており；
Ａは、アシル、アリール、アルキル、アラルキル、またはシリル部分であり；ならびに
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は、独立して、水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つはＧ６であって、一緒になって、単環式もしくは多環式の、縮合もしくは非縮合の、約２０個までの環原子の、飽和、部分不飽和もしくは不飽和の、炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、ならびに式中、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうち４つ以下がＧ６である）
の化合物を生成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１８】
【図１９】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２１】
【図２２Ａ】
【図２２Ｂ】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９Ａ】
【図２９Ｂ】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１Ａ】
【図３１Ｂ】
【図３２Ａ】
【図３２Ｂ】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３５Ａ】
【図３５Ｂ】
【図３６Ａ】
【図３６Ｂ】
【図３７Ａ】
【図３７Ｂ】
【図３８Ａ】
【図３８Ｂ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１８】
【図１９】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２１】
【図２２Ａ】
【図２２Ｂ】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９Ａ】
【図２９Ｂ】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１Ａ】
【図３１Ｂ】
【図３２Ａ】
【図３２Ｂ】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３５Ａ】
【図３５Ｂ】
【図３６Ａ】
【図３６Ｂ】
【図３７Ａ】
【図３７Ｂ】
【図３８Ａ】
【図３８Ｂ】
【公表番号】特表２０１２−５１０４６０（Ｐ２０１２−５１０４６０Ａ）
【公表日】平成２４年５月１０日（２０１２．５．１０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５３８０７５（Ｐ２０１１−５３８０７５）
【出願日】平成２１年１２月２日（２００９．１２．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００９／００７９２３
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０６４１４６
【国際公開日】平成２２年６月１０日（２０１０．６．１０）
【出願人】（５０８３３７９７２）株式会社キラルジェン (4)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年５月１０日（２０１２．５．１０）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年１２月２日（２００９．１２．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００９／００７９２３
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０６４１４６
【国際公開日】平成２２年６月１０日（２０１０．６．１０）
【出願人】（５０８３３７９７２）株式会社キラルジェン (4)
【Ｆターム（参考）】
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