新しく設計したHCCDR3を含む遺伝子パッケージライブラリー
配列および長さが非常に短いものから非常に長いものまで変化するCDR3を有する抗体を調製し、特定するための構成と方法が提供される。そのCDR3を有する抗体をコードするライブラリーも提供される。ライブラリーは、既存の核酸ライブラリーを改変することにより提供できる。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、
各X1〜X8が、それぞれ独立に、表 3010に示す各位置X1〜X8で最も高頻度で発生するアミノ酸により占められ;
残基X8〜X11のいずれか1つが、それぞれ独立に、欠けているか、または表3010に示すX8と同じ分布を有し;さらに
X12〜X14が、ヒトJHの残基100〜102に対応するライブラリー。
【請求項2】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、
各X1〜X8が、それぞれ独立に、表 3010に示す各位置X1〜X8で最も高頻度で発生する11個のアミノ酸により占められ、Glyは、他のものより3倍高頻度で発生し、AATの2〜11は同じ頻度であり;
残基X9〜X11のいずれか1つが、それぞれ独立に、欠けているか、または位置X8で使われるものと同じ分布を有し;さらに
X12〜X14が、ヒトJHの残基100〜102に対応するライブラリー。
【請求項3】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17であり、
X1〜X4が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表3008に示すX1〜X4と同じ分布を有し;
X5〜X12の0、1、2、3、4、または5個がそれぞれ独立に欠けているか、または、独立にヒトDセグメントのX5〜X12に対応する位置で最も高頻度に発生するアミノ酸により占められ;
X13およびX14が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表75のDJ fillで最も高頻度で発生する5〜12アミノ酸により占められ、;さらに
X15〜X17が、ヒトJHの残基100〜102に対応するアミノ酸により占められているライブラリー。
【請求項4】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17であり、
X1〜X4が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表3008に示すX1〜X4と同じ分布を有し;
X5〜X12の0、1、2、3、4、または5個がそれぞれ独立に欠けているか、または、独立にヒトDセグメントのX5〜X12に対応する位置で最も高頻度に発生するアミノ酸により占められ;
X13およびX14が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表75のDJ fillで最も高頻度で発生する5〜12アミノ酸により占められ、;さらに
X15〜X17が、ヒトJHの残基100〜102に対応するアミノ酸により占められているライブラリー。
【請求項5】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11であり、ここで、
X1は、G、D、V、E、A、S、R、L、I、H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、G、R、S、L、A、P、Y、V、W、T、またはDで、G:R:S:L:A:P:Y:V:W:T:Dの比率は、203:130:92:61:60:54:52:48:48:42:36であり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、G、S、R、L、A、Y、W、D、T、P、またはで、G:S:R:L:A:Y:W:D:T:P:Vの比率は、190:96:89:71:64:59:59:56:46:43:42であり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:V:Δの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39:*であり;
X7は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:V:Δの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39:*であり;
X8は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:V:Δの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39:*であり;
X9は、Fであり;
X10は、Dであり;さらに
X11は、Yであり、長さ(Len)の分布は、Len8:Len9:Len10:Len11::2:3:3:2で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項6】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、ここで、
X1は、G、D、E、V、S、A、R、L、I、H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、G、R、S、L、A、P、Y、V、W、T、またはDで、G:R:S:L:A:P:Y:V:W:T:Dの比率は、203:130:92:61:60:54:52:48:48:42:36であり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、G、S、R、L、A、Y、W、D、T、P、またはVで、G:S:R:L:A:Y:W:D:T:P:Vの比率は、190:96:89:71:64:59:59:56:46:43:42であり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、またはVで、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:Vの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39であり;
X7は、G、R、S、L、P、D、A、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:R:S:L:P:D:A:Y:T:W:V:Δの比率は、179:92:86:74:70:69:56:55:44:41:39:*であり;
X8は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X9は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X10は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X11は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X12は、Fであり;
X13は、Dであり;さらに
X14は、Yであり;
長さ(Len)の分布は、Len9:Len10:Len11:Len12:Len13:Len14::n1:n2:n3:n4:n5:n6で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項7】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、ここで、
X1は、G、D、V、E、A、S:R:L、I、:H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、G、R、S、L、A、P、Y、V、W、T、またはDで、G:R:S:L:A:P:Y:V:W:T:Dの比率は、203:130:92:61:60:54:52:48:48:42:36であり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、G、S、R、L、A、Y、W、D、T、P、またはVで、G:S:R:L:A:Y:W:D:T:P:Vの比率は、190:96:89:71:64:59:59:56:46:43:42であり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、またはVで、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:Vの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39であり;
X7は、G、R、S、L、P、D、A、Y、T、W、またはVで、G:R:S:L:P:D:A:Y:T:W:Vの比率は、179:92:86:74:70:69:56:55:44:41:39であり;
X8は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X9は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X10は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X11は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X12は、Fであり;
X13は、Dであり;さらに
X14は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len10:Len11:Len12:Len13:Len14::n1:n2:n3:n4:n5で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項8】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−G3−X4−G5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、ここで、
X1は、G、D、E、V、S、A、R、L、I、H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、Gであり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、Gであり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、またはVで、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:Vの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39であり;
X7は、同等の頻度でRまたは、欠失(Δ)しており;
X8は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X9は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X10は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X11は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X12は、Fであり;
X13は、Dであり;さらに
X14は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len9:Len10:Len11:Len12:Len13:Len14::n1:n2:n3:n4:n5:n6で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項9】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16であり、ここで、
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、Y、G、D、R、H、P、S、L、N、A、またはIで、Y:G:D:R:H:P:S:L:N:A:Iの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X4は、Y、G、S、F、L、D、E、P、A、R、またはHで、Y:G:S:F:L:D:E:P:A:R:Hの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X5は、Dであり;
X6は、Sであり;
X7は、Sであり;
X8は、G、A、D、P、V、L、S、R、T、Y、またはNで、G:A:D:P:V:L:S:R:T:Y:Nの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X9は、Y、P、L、S、W、H、R、F、D、G、Nで、Y:P:L:S:W:H:R:F:D:G:Nの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X10は、Y、S、P、L、R、F、G、W、H、D、Vで、Y:S:P:L:R:F:G:W:H:D:Vの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X11は、Gであり;
X12は、G、P、D、R、S、L、A、N、H、T、Y、またはΔで、G:P:D:R:S:L:A:N:H:T:Y:Δの比率は、185:101:96:92:88:67:48:43:36:35:33:*であり;
X13は、G、D、R、P、S、N、L、A、Y、V、T、またはΔで、G:D:R:P:S:N:L:A:Y:V:T:Δの比率は、204:103:96:78:72:67:67:45:42:36:34:*であり;
X14は、Fであり;
X15は、Dであり;さらに
X16は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len12:Len13:Len14:Len15:Len16::n1:n2:n3:n4:n5で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項10】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17−X18−X19であり、ここで、
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、Gまたは所定の長さ分布により決まる比率のΔであり;
X4は、Gまたは所定の長さ分布により決まる比率のΔであり;
X5は、Y、G、S、F、L、D、E、P、A、R、またはHで、Y:G:S:F:L:D:E:P:A:R:Hの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X6は、Dであり;
X7は、Sであり;
X8は、Sであり;
X9は、Gであり;
X10は、Yであり;
X11は、Y、S、P、L、R、F、G、W、H、D、またはVで、Y:S:P:L:R:F:G:W:H:D:Vの比率は、50:5:5:5:5:5:5:5:5:5:5であり;
X12は、Y、P、S、G、R、F、L、D、H、W、またはVで、Y:P:S:G:R:F:L:D:H:W:Vの比率は、50:5:5:5:5:5:5:5:5:5:5であり;
X13は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:15であり;
X14は、Gまたは所定の長さ分布により決まる比率のΔであり;
X15は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:15であり;
X16は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:15であり;
X17は、F、G、P、S、R、D、L、A、T、N、またはHで、F:G:P:S:R:D:L:A:T:N:Hの比率は、500:103:66:62:61:52:45:32:28:28:22であり;
X18は、Dであり;さらに
X19は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len15:Len16:Len17:Len18:Len19::n1:n2:n3:n4:n5で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項11】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13であり、ここで、
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D、:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、D、G、P、L、S、N、A、H、F、R、T、またはVで、D:G:P:L:S:N:A:H:F:R:T:Vの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X4は、Yであり;
X5は、Gであり;
X6は、Dであり;
X7は、Y、F、L、S、H、G、P、A、R、D、またはEで、Y:F:L:S:H:G:P:A:R:D:Eの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X8は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X9は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X10は、A、F、G、P、S、R、D、L、T、N、またはHで、A:F:G:P:S:R:D:L:T:N:Hの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X11は、Fであり;
X12は、Dであり;さらに
X13は、Iであり、
長さ(Len)の分布は、Len10:Len11:Len12:Len13::n1:n2:n3:n4で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項12】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13であり、ここで:
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔで、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、G、P、R、S、T、W、A、D、L、E、またはKで、G:P:R:S:T:W:A:D:L:E:Kの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X4は、Y、G、D、R、S、F、A、V、P、L、またはEで、Y:G:D:R:S:F:A:V:P:L:Eの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X5は、Sであり;
X6は、Sであり;
X7は、S、G、R、D、N、P、A、V、Y、T、またはLで、S:G:R:D:N:P:A:V:Y:T:Lの比率は、10:10:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X8は、Wであり;
X9は、Y、S、G、D、P、R、A、F、H、K、またはTで、Y:S:G:D:P:R:A:F:H:K:Tの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X10は、Y、P、S、G、R、L、T、F、A、D、もしくはKで、Y:P:S:G:R:L:T:F:A:D:Kの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1、またはX10は、Y、P、S、G、R、L、T、F、A、D、K、もしくはΔで、Y:P:S:G:R:L:T:F:A:D:K:Δの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X11は、Fであり;
X12は、Dであり;さらに
X13は、Lであり、
長さ(Len)の分布は、Len10:Len11:Len12:Len13::n1:n2:n3:n4で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項13】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17であり、ここで:
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、G、R、P、S、T、E、H、V、Y、A、L、またはΔで、G:R:P:S:T:E:H:V:Y:A:L:Δの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X4は、Y、D、G、H、P、N、R、S、V、A、またはLで、Y:D:G:H:P:N:R:S:V:A:Lの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X5は、Cysであり;
X6は、S、G、D、R、T、Y、F、L、N、V、またはWで、S:G:D:R:T:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X7は、G、S、D、R、T、Y、F、L、N、V、またはWで、G:S:D:R:T:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:20:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X8は、G、T、D、R、S、Y、F、L、N、V、またはWで、G:T:D:R:S:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:20:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X9は、S、G、T、D、R、Y、F、L、N、V、またはWで、S:G:T:D:R:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:であり1;
X10は、Cysであり;
X11は、Y、F、W、D、R、S、H、A、L、N、またはKで、Y:F:W:D:R:S:H:A:L:N:Kの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X12は、S、G、T、R、A、D、Y、W、P、L、F、またはΔで、S:G:T:R:A:D:Y:W:P:L:F:Δの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X13は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X14は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X15は、Fであり;
X16は、Dであり;さらに
X17は、Lであり、
長さ(Len)の分布は、Len12:Len13:Len14:Len15:Len16:Len17::n1:n2:n3:n4:n5:n6で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項14】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12であり、ここで、
X1は、表3010、3020〜3027の位置1に示すいずれかのアミノ酸タイプであり、
X2は、表3010または3020〜3027の位置2に示すいずれかのAATであり、
X3は、表3010または3020〜3027の位置3に示すいずれかのAATであり、
X4は、表3010または3020〜3027の位置4に示すいずれかのAATであり、
X5は、表3010または3020〜3027の位置5に示すいずれかのAATであり、
X6は、表3010または3020〜3027の位置6に示すいずれかのAATであり、
X7は、表3010または3020〜3027の位置7に示すいずれかのAATであり、
X8は、表3010または3020〜3027の位置8に示すいずれかのAATであり、
X9は、表3010または3020〜3027の位置9に示すいずれかのAATであり、
X10は、表3010または3020〜3027の位置10に示すいずれかのAATであり、
X11は、表3010または3020〜3027の位置11に示すいずれかのAATであり、さらに
X12は、表3010または3020〜3027の位置12に示すいずれかのAATであり、アミノ酸X3〜X9のいずれかは独立に除外可能である、ライブラリー。
【請求項15】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが実施例14または実施例15に記載のように、重鎖(HC)CDR1およびCDR2をコードする多様化DNA配列を含むライブラリー。
【請求項16】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが実施例9または実施例16に記載のように、CDR1、CDR2、およびCDR3において多様性を有する軽鎖をコードする多様化DNA配列を含むライブラリー。
【請求項17】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが請求項14、15または16に記載の多様性をコードする多様化DNA配列を含むライブラリー。
【請求項18】
多様化されたファミリーがFabである請求項1〜17のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項19】
多様化されたファミリーがscFvである請求項1〜18のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項20】
多様化されたファミリーがIgGである請求項1〜19のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項21】
Fabがファージミド上に提示される請求項14に記載のライブラリー。
【請求項22】
メンバーが、HC CDR1および/またはCDR2における多様性を含む請求項1〜21のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項23】
メンバーが、さらにフレームワーク(FR)領域1〜4をコードする請求項1〜22のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項24】
FR領域1〜4が、3−23由来のFR領域1〜4に対応する請求項19に記載のライブラリー。
【請求項25】
メンバーが、HC CDR1、HC CDR2およびFR領域1−4をコードする請求項1〜24のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項26】
メンバーが、3−23HCフレームワークを含む請求項21に記載のライブラリー。
【請求項27】
メンバーが、さらにLC可変領域を含む請求項1〜26のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項28】
LC可変領域が、A27LCフレームワークを含む請求項23記載のライブラリー。
【請求項29】
少なくとも104、105106、107、108、1091010、1011の多様化メンバーを有する請求項1〜28のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項30】
実施例13、14、および16に記載のように、pMID55F中で構築されたFabのライブラリー。
【請求項31】
各対の片方の酵素が少なくとも4塩基の5’オーバーハングを生成し、もう一方の酵素が少なくとも4塩基の3’オーバーハングを形成するように、対の制限酵素を有するファージミドベクター中で構築されたFabのライブラリー。
【請求項32】
対の制限酵素認識部位が、400〜700の塩基で隔てられている請求項27に記載のライブラリー。
【請求項1】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、
各X1〜X8が、それぞれ独立に、表 3010に示す各位置X1〜X8で最も高頻度で発生するアミノ酸により占められ;
残基X8〜X11のいずれか1つが、それぞれ独立に、欠けているか、または表3010に示すX8と同じ分布を有し;さらに
X12〜X14が、ヒトJHの残基100〜102に対応するライブラリー。
【請求項2】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、
各X1〜X8が、それぞれ独立に、表 3010に示す各位置X1〜X8で最も高頻度で発生する11個のアミノ酸により占められ、Glyは、他のものより3倍高頻度で発生し、AATの2〜11は同じ頻度であり;
残基X9〜X11のいずれか1つが、それぞれ独立に、欠けているか、または位置X8で使われるものと同じ分布を有し;さらに
X12〜X14が、ヒトJHの残基100〜102に対応するライブラリー。
【請求項3】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17であり、
X1〜X4が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表3008に示すX1〜X4と同じ分布を有し;
X5〜X12の0、1、2、3、4、または5個がそれぞれ独立に欠けているか、または、独立にヒトDセグメントのX5〜X12に対応する位置で最も高頻度に発生するアミノ酸により占められ;
X13およびX14が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表75のDJ fillで最も高頻度で発生する5〜12アミノ酸により占められ、;さらに
X15〜X17が、ヒトJHの残基100〜102に対応するアミノ酸により占められているライブラリー。
【請求項4】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17であり、
X1〜X4が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表3008に示すX1〜X4と同じ分布を有し;
X5〜X12の0、1、2、3、4、または5個がそれぞれ独立に欠けているか、または、独立にヒトDセグメントのX5〜X12に対応する位置で最も高頻度に発生するアミノ酸により占められ;
X13およびX14が、それぞれ独立に、欠けているか、または、表75のDJ fillで最も高頻度で発生する5〜12アミノ酸により占められ、;さらに
X15〜X17が、ヒトJHの残基100〜102に対応するアミノ酸により占められているライブラリー。
【請求項5】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11であり、ここで、
X1は、G、D、V、E、A、S、R、L、I、H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、G、R、S、L、A、P、Y、V、W、T、またはDで、G:R:S:L:A:P:Y:V:W:T:Dの比率は、203:130:92:61:60:54:52:48:48:42:36であり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、G、S、R、L、A、Y、W、D、T、P、またはで、G:S:R:L:A:Y:W:D:T:P:Vの比率は、190:96:89:71:64:59:59:56:46:43:42であり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:V:Δの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39:*であり;
X7は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:V:Δの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39:*であり;
X8は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:V:Δの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39:*であり;
X9は、Fであり;
X10は、Dであり;さらに
X11は、Yであり、長さ(Len)の分布は、Len8:Len9:Len10:Len11::2:3:3:2で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項6】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、ここで、
X1は、G、D、E、V、S、A、R、L、I、H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、G、R、S、L、A、P、Y、V、W、T、またはDで、G:R:S:L:A:P:Y:V:W:T:Dの比率は、203:130:92:61:60:54:52:48:48:42:36であり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、G、S、R、L、A、Y、W、D、T、P、またはVで、G:S:R:L:A:Y:W:D:T:P:Vの比率は、190:96:89:71:64:59:59:56:46:43:42であり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、またはVで、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:Vの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39であり;
X7は、G、R、S、L、P、D、A、Y、T、W、V、またはΔ(欠失)で、G:R:S:L:P:D:A:Y:T:W:V:Δの比率は、179:92:86:74:70:69:56:55:44:41:39:*であり;
X8は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X9は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X10は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X11は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X12は、Fであり;
X13は、Dであり;さらに
X14は、Yであり;
長さ(Len)の分布は、Len9:Len10:Len11:Len12:Len13:Len14::n1:n2:n3:n4:n5:n6で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項7】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、ここで、
X1は、G、D、V、E、A、S:R:L、I、:H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、G、R、S、L、A、P、Y、V、W、T、またはDで、G:R:S:L:A:P:Y:V:W:T:Dの比率は、203:130:92:61:60:54:52:48:48:42:36であり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、G、S、R、L、A、Y、W、D、T、P、またはVで、G:S:R:L:A:Y:W:D:T:P:Vの比率は、190:96:89:71:64:59:59:56:46:43:42であり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、またはVで、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:Vの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39であり;
X7は、G、R、S、L、P、D、A、Y、T、W、またはVで、G:R:S:L:P:D:A:Y:T:W:Vの比率は、179:92:86:74:70:69:56:55:44:41:39であり;
X8は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔ(欠失)で、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X9は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X10は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X11は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X12は、Fであり;
X13は、Dであり;さらに
X14は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len10:Len11:Len12:Len13:Len14::n1:n2:n3:n4:n5で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項8】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−G3−X4−G5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14であり、ここで、
X1は、G、D、E、V、S、A、R、L、I、H、T、またはQで、G:D:V:E:A:S:R:L:I:H:T:Qの比率は、217:185:84:83:71:68:58:43:33:28:25:20であり;
X2は、G、R、S、L、P、V、A、T、D、K、N、Q、またはIで、G:R:S:L:P:V:A:T:D:K:N:Q:Iの比率は、186:142:99:83:76:49:46:44:35:29:29:29:29であり;
X3は、Gであり;
X4は、G、S、R、L、A、W、Y、V、P、T、またはDで、G:S:R:L:A:W:Y:V:P:T:Dの比率は、210:103:91:64:63:59:59:47:47:47:40であり;
X5は、Gであり;
X6は、G、S、R、D、L、A、P、Y、T、W、またはVで、G:S:R:D:L:A:P:Y:T:W:Vの比率は、173:93:88:73:71:63:58:57:56:44:39であり;
X7は、同等の頻度でRまたは、欠失(Δ)しており;
X8は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X9は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X10は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X11は、G、S、R、L、D、P、Y、A、T、F、V、またはΔで、G:S:R:L:D:P:Y:A:T:F:V:Δの比率は、141:94:93:83:78:69:65:59:47:41:41:*であり;
X12は、Fであり;
X13は、Dであり;さらに
X14は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len9:Len10:Len11:Len12:Len13:Len14::n1:n2:n3:n4:n5:n6で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項9】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16であり、ここで、
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、Y、G、D、R、H、P、S、L、N、A、またはIで、Y:G:D:R:H:P:S:L:N:A:Iの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X4は、Y、G、S、F、L、D、E、P、A、R、またはHで、Y:G:S:F:L:D:E:P:A:R:Hの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X5は、Dであり;
X6は、Sであり;
X7は、Sであり;
X8は、G、A、D、P、V、L、S、R、T、Y、またはNで、G:A:D:P:V:L:S:R:T:Y:Nの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X9は、Y、P、L、S、W、H、R、F、D、G、Nで、Y:P:L:S:W:H:R:F:D:G:Nの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X10は、Y、S、P、L、R、F、G、W、H、D、Vで、Y:S:P:L:R:F:G:W:H:D:Vの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X11は、Gであり;
X12は、G、P、D、R、S、L、A、N、H、T、Y、またはΔで、G:P:D:R:S:L:A:N:H:T:Y:Δの比率は、185:101:96:92:88:67:48:43:36:35:33:*であり;
X13は、G、D、R、P、S、N、L、A、Y、V、T、またはΔで、G:D:R:P:S:N:L:A:Y:V:T:Δの比率は、204:103:96:78:72:67:67:45:42:36:34:*であり;
X14は、Fであり;
X15は、Dであり;さらに
X16は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len12:Len13:Len14:Len15:Len16::n1:n2:n3:n4:n5で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項10】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17−X18−X19であり、ここで、
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、Gまたは所定の長さ分布により決まる比率のΔであり;
X4は、Gまたは所定の長さ分布により決まる比率のΔであり;
X5は、Y、G、S、F、L、D、E、P、A、R、またはHで、Y:G:S:F:L:D:E:P:A:R:Hの比率は、30:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X6は、Dであり;
X7は、Sであり;
X8は、Sであり;
X9は、Gであり;
X10は、Yであり;
X11は、Y、S、P、L、R、F、G、W、H、D、またはVで、Y:S:P:L:R:F:G:W:H:D:Vの比率は、50:5:5:5:5:5:5:5:5:5:5であり;
X12は、Y、P、S、G、R、F、L、D、H、W、またはVで、Y:P:S:G:R:F:L:D:H:W:Vの比率は、50:5:5:5:5:5:5:5:5:5:5であり;
X13は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:15であり;
X14は、Gまたは所定の長さ分布により決まる比率のΔであり;
X15は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:15であり;
X16は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:15であり;
X17は、F、G、P、S、R、D、L、A、T、N、またはHで、F:G:P:S:R:D:L:A:T:N:Hの比率は、500:103:66:62:61:52:45:32:28:28:22であり;
X18は、Dであり;さらに
X19は、Yであり、
長さ(Len)の分布は、Len15:Len16:Len17:Len18:Len19::n1:n2:n3:n4:n5で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項11】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13であり、ここで、
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D、:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、D、G、P、L、S、N、A、H、F、R、T、またはVで、D:G:P:L:S:N:A:H:F:R:T:Vの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X4は、Yであり;
X5は、Gであり;
X6は、Dであり;
X7は、Y、F、L、S、H、G、P、A、R、D、またはEで、Y:F:L:S:H:G:P:A:R:D:Eの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X8は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X9は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X10は、A、F、G、P、S、R、D、L、T、N、またはHで、A:F:G:P:S:R:D:L:T:N:Hの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X11は、Fであり;
X12は、Dであり;さらに
X13は、Iであり、
長さ(Len)の分布は、Len10:Len11:Len12:Len13::n1:n2:n3:n4で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項12】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13であり、ここで:
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔで、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、G、P、R、S、T、W、A、D、L、E、またはKで、G:P:R:S:T:W:A:D:L:E:Kの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X4は、Y、G、D、R、S、F、A、V、P、L、またはEで、Y:G:D:R:S:F:A:V:P:L:Eの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X5は、Sであり;
X6は、Sであり;
X7は、S、G、R、D、N、P、A、V、Y、T、またはLで、S:G:R:D:N:P:A:V:Y:T:Lの比率は、10:10:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X8は、Wであり;
X9は、Y、S、G、D、P、R、A、F、H、K、またはTで、Y:S:G:D:P:R:A:F:H:K:Tの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X10は、Y、P、S、G、R、L、T、F、A、D、もしくはKで、Y:P:S:G:R:L:T:F:A:D:Kの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1、またはX10は、Y、P、S、G、R、L、T、F、A、D、K、もしくはΔで、Y:P:S:G:R:L:T:F:A:D:K:Δの比率は、10:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X11は、Fであり;
X12は、Dであり;さらに
X13は、Lであり、
長さ(Len)の分布は、Len10:Len11:Len12:Len13::n1:n2:n3:n4で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項13】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12−X13−X14−X15−X16−X17であり、ここで:
X1は、D、G、V、E、A、S、R、L、T、H、P、またはΔ(欠失)で、D:G:V:E:A:S:R:L:T:H:P:Δの比率は、214:192:92:90:86:52:50:39:32:32:25:*であり;
X2は、G、R、P、L、S、A、V、T、K、D、Q、またはΔで、G:R:P:L:S:A:V:T:K:D:Q:Δの比率は、171:153:107:83:81:51:40:40:34:32:30:*であり;
X3は、G、R、P、S、T、E、H、V、Y、A、L、またはΔで、G:R:P:S:T:E:H:V:Y:A:L:Δの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X4は、Y、D、G、H、P、N、R、S、V、A、またはLで、Y:D:G:H:P:N:R:S:V:A:Lの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X5は、Cysであり;
X6は、S、G、D、R、T、Y、F、L、N、V、またはWで、S:G:D:R:T:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X7は、G、S、D、R、T、Y、F、L、N、V、またはWで、G:S:D:R:T:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:20:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X8は、G、T、D、R、S、Y、F、L、N、V、またはWで、G:T:D:R:S:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:20:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X9は、S、G、T、D、R、Y、F、L、N、V、またはWで、S:G:T:D:R:Y:F:L:N:V:Wの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:であり1;
X10は、Cysであり;
X11は、Y、F、W、D、R、S、H、A、L、N、またはKで、Y:F:W:D:R:S:H:A:L:N:Kの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1であり;
X12は、S、G、T、R、A、D、Y、W、P、L、F、またはΔで、S:G:T:R:A:D:Y:W:P:L:F:Δの比率は、20:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X13は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X14は、G、R、S、L、D、P、A、T、F、I、Y、またはΔで、G:R:S:L:D:P:A:T:F:I:Y:Δの比率は、5:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:*であり;
X15は、Fであり;
X16は、Dであり;さらに
X17は、Lであり、
長さ(Len)の分布は、Len12:Len13:Len14:Len15:Len16:Len17::n1:n2:n3:n4:n5:n6で、さらに*は、Δの比率は各欠失可能コドンが同じ頻度で欠失するという前提の下で所定の長さ分布により求められることを示す、ライブラリー。
【請求項14】
ヒト抗体関連ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが重鎖(HC)CDR3をコードする多様化DNA配列を含み、HC CDR3は、
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−X9−X10−X11−X12であり、ここで、
X1は、表3010、3020〜3027の位置1に示すいずれかのアミノ酸タイプであり、
X2は、表3010または3020〜3027の位置2に示すいずれかのAATであり、
X3は、表3010または3020〜3027の位置3に示すいずれかのAATであり、
X4は、表3010または3020〜3027の位置4に示すいずれかのAATであり、
X5は、表3010または3020〜3027の位置5に示すいずれかのAATであり、
X6は、表3010または3020〜3027の位置6に示すいずれかのAATであり、
X7は、表3010または3020〜3027の位置7に示すいずれかのAATであり、
X8は、表3010または3020〜3027の位置8に示すいずれかのAATであり、
X9は、表3010または3020〜3027の位置9に示すいずれかのAATであり、
X10は、表3010または3020〜3027の位置10に示すいずれかのAATであり、
X11は、表3010または3020〜3027の位置11に示すいずれかのAATであり、さらに
X12は、表3010または3020〜3027の位置12に示すいずれかのAATであり、アミノ酸X3〜X9のいずれかは独立に除外可能である、ライブラリー。
【請求項15】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが実施例14または実施例15に記載のように、重鎖(HC)CDR1およびCDR2をコードする多様化DNA配列を含むライブラリー。
【請求項16】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが実施例9または実施例16に記載のように、CDR1、CDR2、およびCDR3において多様性を有する軽鎖をコードする多様化DNA配列を含むライブラリー。
【請求項17】
ヒト抗体ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、提示および発現し、または含み、さらに、その抗体ファミリーの少なくとも一部の多様性をまとめて提示し、提示および発現し、または含むベクターまたは遺伝子パッケージのライブラリーであって、ベクターまたは遺伝子パッケージが請求項14、15または16に記載の多様性をコードする多様化DNA配列を含むライブラリー。
【請求項18】
多様化されたファミリーがFabである請求項1〜17のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項19】
多様化されたファミリーがscFvである請求項1〜18のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項20】
多様化されたファミリーがIgGである請求項1〜19のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項21】
Fabがファージミド上に提示される請求項14に記載のライブラリー。
【請求項22】
メンバーが、HC CDR1および/またはCDR2における多様性を含む請求項1〜21のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項23】
メンバーが、さらにフレームワーク(FR)領域1〜4をコードする請求項1〜22のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項24】
FR領域1〜4が、3−23由来のFR領域1〜4に対応する請求項19に記載のライブラリー。
【請求項25】
メンバーが、HC CDR1、HC CDR2およびFR領域1−4をコードする請求項1〜24のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項26】
メンバーが、3−23HCフレームワークを含む請求項21に記載のライブラリー。
【請求項27】
メンバーが、さらにLC可変領域を含む請求項1〜26のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項28】
LC可変領域が、A27LCフレームワークを含む請求項23記載のライブラリー。
【請求項29】
少なくとも104、105106、107、108、1091010、1011の多様化メンバーを有する請求項1〜28のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項30】
実施例13、14、および16に記載のように、pMID55F中で構築されたFabのライブラリー。
【請求項31】
各対の片方の酵素が少なくとも4塩基の5’オーバーハングを生成し、もう一方の酵素が少なくとも4塩基の3’オーバーハングを形成するように、対の制限酵素を有するファージミドベクター中で構築されたFabのライブラリー。
【請求項32】
対の制限酵素認識部位が、400〜700の塩基で隔てられている請求項27に記載のライブラリー。
【公表番号】特表2013−504602(P2013−504602A)
【公表日】平成25年2月7日(2013.2.7)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2012−529006(P2012−529006)
【出願日】平成22年9月14日(2010.9.14)
【国際出願番号】PCT/US2010/048830
【国際公開番号】WO2011/032181
【国際公開日】平成23年3月17日(2011.3.17)
【出願人】(506065987)ダイアックス コーポレーション (26)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成25年2月7日(2013.2.7)
【国際特許分類】
【出願日】平成22年9月14日(2010.9.14)
【国際出願番号】PCT/US2010/048830
【国際公開番号】WO2011/032181
【国際公開日】平成23年3月17日(2011.3.17)
【出願人】(506065987)ダイアックス コーポレーション (26)
【Fターム(参考)】
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