本発明は、顕微鏡により表示された位置（Ｐ）の座標を装置非依存的に決定する方法および装置に関するものであり、最初に、ＤＩＣＯＭ座標系内の少なくとも１個の基準位置の所与の対物レンズに関連付けられた基準座標（Ｘ_１、Ｙ_１、Ｚ_１）に対応する装置依存座標系において、表示された基準位置（Ｅ_１）について装置座標（ｘ_１、ｙ_１、ｚ_１）と、装置依存座標（ｘ、ｙ、ｚ）をＤＩＣＯＭ座標系の座標（Ｘ、Ｙ、Ｚ）へ変換するための変換規則（Φ）とが決定される。最後に、装置非依存座標決定を完了すべく、決定された変換規則（Φ）により、表示された位置（Ｐ）の装置座標（ｘ_ｐ、ｙ_ｐ、ｚ_ｐ）がＤＩＣＯＭ座標系の装置非依存座標（Ｘ_ｐ、Ｙ_ｐ、Ｚ_ｐ）に変換される。
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