ウイルス抗原に対する中和分子
本発明は、インフルエンザＡ型ウイルスに対する中和分子を同定、産生、および操作するための方法および手段、ならびに産生された中和分子に関する。特に、本発明は、種々のインフルエンザＡ型ウイルス亜型に対する中和分子（Ｈ５および／またはＨ３および／またはＨ１（例えば、Ｈ１、Ｈ３、およびＨ５亜型の全てなど）に対する中和抗体が含まれる）およびかかる分子の作製方法および手段に関する。１つの態様では、本発明は、インフルエンザウイルスの少なくとも１つの亜型および／またはインフルエンザウイルスの少なくとも１つの分離株を中和することができる分子に関する。１つの実施形態では、分子は、（ｉ）インフルエンザＡ型ウイルスの１つを超える亜型および／または１つを超える分離株を中和し、（ｉｉ）ウイルスの血球凝集素（ＨＡ）抗原に結合し、かつ（ｉｉｉ）血球凝集を阻害しない、抗体または抗体様分子である。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体または抗体様分子である分子であって、該分子は、（ｉ）インフルエンザＡ型ウイルスの１つを超える亜型および／または１つを超える分離株を中和し、（ｉｉ）該ウイルスの血球凝集素（ＨＡ）抗原に結合し、かつ（ｉｉｉ）血球凝集を阻害しない、分子。
【請求項２】
ＶｐｒｅＢ配列および／またはλ５配列を含むポリペプチドである、請求項１に記載の分子。
【請求項３】
λ５配列に融合したＶｐｒｅＢ配列を含むポリペプチドである、請求項１に記載の分子。
【請求項４】
Ｖκ様配列および／またはＪＣκ配列を含むκ様代替軽鎖（ＳＬＣ）構築物である、請求項１に記載の分子。
【請求項５】
抗体である、請求項１に記載の分子。
【請求項６】
Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、およびＨ９からなる群より選択される少なくとも２つのＨＡ抗原と交差反応する、請求項１に記載の分子。
【請求項７】
Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、およびＨ９からなる群より選択される少なくとも２つのＨＡ抗原と交差反応する、請求項１に記載の分子。
【請求項８】
前記ＨＡ抗原のＨ１亜型のエピトープに結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項９】
前記ＨＡ抗原のＨ５亜型のエピトープに結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項１０】
前記ＨＡ抗原のＨ３亜型のエピトープに結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項１１】
前記エピトープはインフルエンザＡ型ウイルスの表面上に提示されている、請求項８、９、または１０に記載の分子。
【請求項１２】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ５、Ｈ３、およびＨ１亜型の少なくとも１つを中和する、請求項８、９、または１０に記載の分子。
【請求項１３】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ５および／またはＨ３および／またはＨ１亜型の１つを超える分離株を中和する、請求項８、９、または１０に記載の分子。
【請求項１４】
前記インフルエンザＡ型ウイルスの球状頭部が細胞表面に結合するのを阻止しない、請求項１に記載の分子。
【請求項１５】
前記ウイルスの少なくとも１つがヒトに感染する能力を有する、請求項１に記載の分子。
【請求項１６】
前記分離株の少なくとも１つがヒト被験体から得たものである、請求項１に記載の分子。
【請求項１７】
前記分離株の少なくとも１つが非ヒト動物から得たものである、請求項１に記載の分子。
【請求項１８】
前記非ヒト動物がトリである、請求項１７に記載の分子。
【請求項１９】
前記トリが野鳥またはニワトリである、請求項１８に記載の分子。
【請求項２０】
Ｈ１ ＨＡ抗原に結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項２１】
少なくとも１つのさらなるＨＡ抗原に結合する、請求項２０に記載の分子。
【請求項２２】
前記さらなるＨＡ抗原が、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、およびＨ９からなる群より選択される、請求項２１に記載の分子。
【請求項２３】
ＨＡ抗原のＨ５にさらに結合する、請求項２１に記載の分子。
【請求項２４】
ＨＡ抗原のＨ３およびＨ９にさらに結合する、請求項２１に記載の分子。
【請求項２５】
ＨＡ抗原のＨ３、Ｈ５、およびＨ９にさらに結合する、請求項２１に記載の分子。
【請求項２６】
配列番号４、配列番号４５、配列番号９、および配列番号６１からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む重鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、抗体または抗体様分子。
【請求項２７】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、請求項２６に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項２８】
式：Ｘ１−Ｘ２−Ｑ−Ｌ−Ｖ−Ｑ−Ｓ−Ｇ−Ｘ３−Ｅ−Ｖ−Ｘ４−Ｋ−Ｐ−Ｇ−Ｘ５−Ｓ−Ｖ−Ｘ６−Ｘ７−Ｓ−Ｃ−Ｋ−Ｘ８−Ｓ−Ｇ−Ｇ−Ｘ９−Ｆ−Ｓ−Ｓ−Ｙ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｗ−Ｖ−Ｒ−Ｑ−Ａ−Ｐ−Ｇ−Ｑ−Ｇ−Ｌ−Ｅ−Ｗ−Ｍ−Ｇ−Ｘ１２−Ｇ−Ｉ−Ｉ−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｆ−Ｇ−Ｔ−Ｔ−Ｘ１５−Ｎ−Ｙ−Ａ−Ｑ−Ｋ−Ｆ−Ｑ−Ｇ−Ｒ−Ｘ１６−Ｔ−Ｘ１７−Ｔ−Ａ−Ｄ−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｔ−Ｓ−Ｔ−Ａ−Ｙ−Ｍ−Ｅ−Ｌ−Ｓ−Ｓ−Ｌ−Ｒ−Ｓ−Ｘ２０−Ｄ−Ｔ−Ａ−Ｖ−Ｙ−Ｙ−Ｃ−Ａ−Ｒ−Ｇ−Ｓ−Ｙ−Ｙ−Ｙ−Ｅ−Ｘ２１−Ｘ２２−Ｌ−Ｄ−Ｙ−Ｗ−Ｇ−Ｘ２３−Ｇ−Ｔ−Ｘ２４を有するアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列またはそのフラグメントを含む重鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、抗体または抗体様分子であって、式中、Ｘ１はＱまたはＥであり、Ｘ２はＶまたはＭであり、Ｘ３はＡまたはＴであり、Ｘ４はＫまたはＱであり、Ｘ５はＳまたはＡであり、Ｘ６はＫまたはＲであり、Ｘ７はＶまたはＬであり、Ｘ８はＡ、Ｔ、またはＶであり、Ｘ９はＴ、Ｓ、またはＡであり、Ｘ１０はＩまたはＶであり、Ｘ１１はＳまたはＴであり、Ｘ１２はＧまたはＡであり、Ｘ１３はＰまたはＧであり、Ｘ１４はＩまたはＭであり、Ｘ１５はＡまたはＴであり、Ｘ１６はＶまたはＬであり、Ｘ１７はＩ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ１８はＫまたはＥであり、Ｘ１９はＳ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ２０はＥまたはＤであり、Ｘ２１はＳ、Ｔ、またはＮであり、Ｘ２２はＳまたはＴであり、Ｘ２３はＱ、Ｋ、Ｇ、またはＲであり、Ｘ２４はＬ、Ｔ、またはＭである、抗体または抗体様分子。
【請求項２９】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、請求項２８に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３０】
配列番号４、配列番号４５、配列番号９、および配列番号６１からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む重鎖ポリペプチドを含む、抗体または抗体様分子。
【請求項３１】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドをさらに含む、請求項３０に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３２】
式：Ｘ１−Ｘ２−Ｑ−Ｌ−Ｖ−Ｑ−Ｓ−Ｇ−Ｘ３−Ｅ−Ｖ−Ｘ４−Ｋ−Ｐ−Ｇ−Ｘ５−Ｓ−Ｖ−Ｘ６−Ｘ７−Ｓ−Ｃ−Ｋ−Ｘ８−Ｓ−Ｇ−Ｇ−Ｘ９−Ｆ−Ｓ−Ｓ−Ｙ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｗ−Ｖ−Ｒ−Ｑ−Ａ−Ｐ−Ｇ−Ｑ−Ｇ−Ｌ−Ｅ−Ｗ−Ｍ−Ｇ−Ｘ１２−Ｇ−Ｉ−Ｉ−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｆ−Ｇ−Ｔ−Ｔ−Ｘ１５−Ｎ−Ｙ−Ａ−Ｑ−Ｋ−Ｆ−Ｑ−Ｇ−Ｒ−Ｘ１６−Ｔ−Ｘ１７−Ｔ−Ａ−Ｄ−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｔ−Ｓ−Ｔ−Ａ−Ｙ−Ｍ−Ｅ−Ｌ−Ｓ−Ｓ−Ｌ−Ｒ−Ｓ−Ｘ２０−Ｄ−Ｔ−Ａ−Ｖ−Ｙ−Ｙ−Ｃ−Ａ−Ｒ−Ｇ−Ｓ−Ｙ−Ｙ−Ｙ−Ｅ−Ｘ２１−Ｘ２２−Ｌ−Ｄ−Ｙ−Ｗ−Ｇ−Ｘ２３−Ｇ−Ｔ−Ｘ２４を有するアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列またはそのフラグメントを含む重鎖ポリペプチドを含む、抗体または抗体様分子であって、式中、Ｘ１はＱまたはＥであり、Ｘ２はＶまたはＭであり、Ｘ３はＡまたはＴであり、Ｘ４はＫまたはＱであり、Ｘ５はＳまたはＡであり、Ｘ６はＫまたはＲであり、Ｘ７はＶまたはＬであり、Ｘ８はＡ、Ｔ、またはＶであり、Ｘ９はＴ、Ｓ、またはＡであり、Ｘ１０はＩまたはＶであり、Ｘ１１はＳまたはＴであり、Ｘ１２はＧまたはＡであり、Ｘ１３はＰまたはＧであり、Ｘ１４はＩまたはＭであり、Ｘ１５はＡまたはＴであり、Ｘ１６はＶまたはＬであり、Ｘ１７はＩ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ１８はＫまたはＥであり、Ｘ１９はＳ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ２０はＥまたはＤであり、Ｘ２１はＳ、Ｔ、またはＮであり、Ｘ２２はＳまたはＴであり、Ｘ２３はＱ、Ｋ、Ｇ、またはＲであり、Ｘ２４はＬ、Ｔ、またはＭである、抗体または抗体様分子。
【請求項３３】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドをさらに含む、請求項３２に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３４】
（ｉ）インフルエンザＡ型ウイルスの１つを超える亜型および／または１つを超える分離株を中和し、（ｉｉ）該ウイルスの血球凝集素（ＨＡ）抗原に結合し、かつ（ｉｉｉ）血球凝集を阻害しない、請求項２６から３３のいずれか１項に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３５】
請求項１から２５のいずれか１項に記載の分子を含む組成物。
【請求項３６】
請求項２６から３４のいずれか１項に記載の抗体または抗体様分子を含む組成物。
【請求項３７】
Ｋａｂａｔアミノ酸ナンバリングに従ってアミノ酸５２Ａ位、５３位、７３位、および７４位と決定される、表面に露出したクラスター中に少なくとも１つの置換を含む抗体重鎖可変ドメインを含む分子であって、該分子がウイルス抗原に結合してそれを中和することができる、分子。
【請求項３８】
アミノ酸５２Ａ位、５３位、７３位、および７４位の少なくとも１つに置換を含む、請求項３７に記載の分子。
【請求項３９】
アミノ酸５２Ａ位、５３位、７３位、および７４位の全てに置換を含む、請求項３７に記載の分子。
【請求項４０】
アミノ酸５７位に置換をさらに含む、請求項３９に記載の分子。
【請求項４１】
Ｐ５２Ｇ置換、Ｉ５３Ｍ置換、Ｌ７３Ｅ置換、およびＳ７４Ｌ／Ｍ置換を含む、請求項３９に記載の分子。
【請求項４２】
Ａ５７Ｔ置換をさらに含む、請求項４１に記載の分子。
【請求項４３】
アミノ酸２４位、３４位、３５位、および５０位の少なくとも１つに置換をさらに含む、請求項４２に記載の分子。
【請求項４４】
アミノ酸２４位、３４位、３５位、および５０位の全てに置換を含む、請求項４３に記載の分子。
【請求項４５】
Ｖ２４Ｔ置換、Ｗ３４Ｖ置換、Ｇ３５Ｔ置換、およびＳ５０Ａ置換を含む、請求項４４に記載の分子。
【請求項４６】
前記重鎖可変ドメイン配列が、ＶＨ１ｅ生殖系列重鎖に由来する、請求項３７から４５のいずれか１項に記載の分子。
【請求項４７】
前記重鎖可変ドメイン配列の残部が、ＶＨ１ｅ生殖系列重鎖の配列を保持している、請求項４６に記載の分子。
【請求項４８】
前記ＶＨ１ｅ生殖系列の重鎖可変ドメインが、少なくとも１つのさらなる保存的置換を含む、請求項４６に記載の分子。
【請求項４９】
軽鎖配列をさらに含む、請求項３８から４８のいずれか１項に記載の分子。
【請求項５０】
前記軽鎖配列が抗体のλまたはκ軽鎖配列である、請求項４９に記載の分子。
【請求項５１】
前記軽鎖配列が代替軽鎖配列である、請求項４９に記載の分子。
【請求項５２】
前記代替軽鎖配列が、ＶｐｒｅＢ配列および／またはλ５配列を含む、請求項５１に記載の分子。
【請求項５３】
前記代替軽鎖配列が、λ５配列に融合したＶｐｒｅＢ配列を含む、請求項５２に記載の分子。
【請求項５４】
前記代替軽鎖配列が、Ｖκ様配列および／またはＪＣκ配列を含むκ様代替軽鎖（ＳＬＣ）構築物である、請求項５１に記載の分子。
【請求項５５】
前記ウイルス抗原が、インフルエンザウイルス、ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２、ＨＴＬＶ−Ｉおよび−ＩＩウイルス、ＳＡＲＳコロナウイルス、単純ヘルペスウイルス、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス、ＨＣＶ、ＨＡＶ、ＨＢＶ、ＨＤＶ、ＨＥＶ、トキソプラスマウイルス、梅毒トレポネーマウイルス、ヒトＴリンパ球向性ウイルス、脳炎ウイルス、ウエストナイルウイルス、デングウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、麻疹、ムンプス、および風疹由来のウイルス抗原からなる群より選択される、請求項３７から５４のいずれか１項に記載の分子。
【請求項５６】
前記ウイルス抗原が、インフルエンザウイルスまたはＨＩＶ−１もしくはＨＩＶ−２ウイルスに由来する、請求項５５に記載の分子。
【請求項５７】
請求項１から３６のいずれか１項に記載の分子の中和エピトープを機能的に模倣するペプチドまたはポリペプチドを含む、インフルエンザＡ型ウイルスに有効なワクチン。
【請求項５８】
請求項３７から５７のいずれか１項に記載の分子の中和エピトープを機能的に模倣するペプチドまたはポリペプチドを含む、ウイルス抗原に有効なワクチン。
【請求項５９】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ５分離株および／もしくはインフルエンザＡ型ウイルスＨ１分離株、またはインフルエンザＡ型ウイルスＨ５亜型および／もしくはインフルエンザＡ型ウイルスＨ１亜型を中和することができる抗体を同定する方法であって、抗体ライブラリー中のＨ５分離株および／もしくはＨ１分離株またはＨ５亜型および／もしくはＨ１亜型の両方と反応する抗体を同定する工程、ならびに該Ｈ５および／もしくはＨ１分離株またはＨＡタンパク質または該Ｈ５および／もしくはＨ１亜型またはＨＡタンパク質に結合するそれらの能力に基づいて、同定された該抗体を連続的な交互の選択ラウンドに供する工程を包含する、方法。
【請求項６０】
請求項５９に記載の方法によって同定された中和抗体によって共有される、配列のコレクション。
【請求項６１】
１つまたは複数の表２に示す固有の重鎖および／もしくは軽鎖配列または該配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む配列のコレクション。
【請求項６２】
請求項５９に記載の方法によって同定され得る中和抗体またはそのフラグメント。
【請求項１】
抗体または抗体様分子である分子であって、該分子は、（ｉ）インフルエンザＡ型ウイルスの１つを超える亜型および／または１つを超える分離株を中和し、（ｉｉ）該ウイルスの血球凝集素（ＨＡ）抗原に結合し、かつ（ｉｉｉ）血球凝集を阻害しない、分子。
【請求項２】
ＶｐｒｅＢ配列および／またはλ５配列を含むポリペプチドである、請求項１に記載の分子。
【請求項３】
λ５配列に融合したＶｐｒｅＢ配列を含むポリペプチドである、請求項１に記載の分子。
【請求項４】
Ｖκ様配列および／またはＪＣκ配列を含むκ様代替軽鎖（ＳＬＣ）構築物である、請求項１に記載の分子。
【請求項５】
抗体である、請求項１に記載の分子。
【請求項６】
Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、およびＨ９からなる群より選択される少なくとも２つのＨＡ抗原と交差反応する、請求項１に記載の分子。
【請求項７】
Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、およびＨ９からなる群より選択される少なくとも２つのＨＡ抗原と交差反応する、請求項１に記載の分子。
【請求項８】
前記ＨＡ抗原のＨ１亜型のエピトープに結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項９】
前記ＨＡ抗原のＨ５亜型のエピトープに結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項１０】
前記ＨＡ抗原のＨ３亜型のエピトープに結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項１１】
前記エピトープはインフルエンザＡ型ウイルスの表面上に提示されている、請求項８、９、または１０に記載の分子。
【請求項１２】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ５、Ｈ３、およびＨ１亜型の少なくとも１つを中和する、請求項８、９、または１０に記載の分子。
【請求項１３】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ５および／またはＨ３および／またはＨ１亜型の１つを超える分離株を中和する、請求項８、９、または１０に記載の分子。
【請求項１４】
前記インフルエンザＡ型ウイルスの球状頭部が細胞表面に結合するのを阻止しない、請求項１に記載の分子。
【請求項１５】
前記ウイルスの少なくとも１つがヒトに感染する能力を有する、請求項１に記載の分子。
【請求項１６】
前記分離株の少なくとも１つがヒト被験体から得たものである、請求項１に記載の分子。
【請求項１７】
前記分離株の少なくとも１つが非ヒト動物から得たものである、請求項１に記載の分子。
【請求項１８】
前記非ヒト動物がトリである、請求項１７に記載の分子。
【請求項１９】
前記トリが野鳥またはニワトリである、請求項１８に記載の分子。
【請求項２０】
Ｈ１ ＨＡ抗原に結合する、請求項１に記載の分子。
【請求項２１】
少なくとも１つのさらなるＨＡ抗原に結合する、請求項２０に記載の分子。
【請求項２２】
前記さらなるＨＡ抗原が、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、およびＨ９からなる群より選択される、請求項２１に記載の分子。
【請求項２３】
ＨＡ抗原のＨ５にさらに結合する、請求項２１に記載の分子。
【請求項２４】
ＨＡ抗原のＨ３およびＨ９にさらに結合する、請求項２１に記載の分子。
【請求項２５】
ＨＡ抗原のＨ３、Ｈ５、およびＨ９にさらに結合する、請求項２１に記載の分子。
【請求項２６】
配列番号４、配列番号４５、配列番号９、および配列番号６１からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む重鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、抗体または抗体様分子。
【請求項２７】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、請求項２６に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項２８】
式：Ｘ１−Ｘ２−Ｑ−Ｌ−Ｖ−Ｑ−Ｓ−Ｇ−Ｘ３−Ｅ−Ｖ−Ｘ４−Ｋ−Ｐ−Ｇ−Ｘ５−Ｓ−Ｖ−Ｘ６−Ｘ７−Ｓ−Ｃ−Ｋ−Ｘ８−Ｓ−Ｇ−Ｇ−Ｘ９−Ｆ−Ｓ−Ｓ−Ｙ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｗ−Ｖ−Ｒ−Ｑ−Ａ−Ｐ−Ｇ−Ｑ−Ｇ−Ｌ−Ｅ−Ｗ−Ｍ−Ｇ−Ｘ１２−Ｇ−Ｉ−Ｉ−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｆ−Ｇ−Ｔ−Ｔ−Ｘ１５−Ｎ−Ｙ−Ａ−Ｑ−Ｋ−Ｆ−Ｑ−Ｇ−Ｒ−Ｘ１６−Ｔ−Ｘ１７−Ｔ−Ａ−Ｄ−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｔ−Ｓ−Ｔ−Ａ−Ｙ−Ｍ−Ｅ−Ｌ−Ｓ−Ｓ−Ｌ−Ｒ−Ｓ−Ｘ２０−Ｄ−Ｔ−Ａ−Ｖ−Ｙ−Ｙ−Ｃ−Ａ−Ｒ−Ｇ−Ｓ−Ｙ−Ｙ−Ｙ−Ｅ−Ｘ２１−Ｘ２２−Ｌ−Ｄ−Ｙ−Ｗ−Ｇ−Ｘ２３−Ｇ−Ｔ−Ｘ２４を有するアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列またはそのフラグメントを含む重鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、抗体または抗体様分子であって、式中、Ｘ１はＱまたはＥであり、Ｘ２はＶまたはＭであり、Ｘ３はＡまたはＴであり、Ｘ４はＫまたはＱであり、Ｘ５はＳまたはＡであり、Ｘ６はＫまたはＲであり、Ｘ７はＶまたはＬであり、Ｘ８はＡ、Ｔ、またはＶであり、Ｘ９はＴ、Ｓ、またはＡであり、Ｘ１０はＩまたはＶであり、Ｘ１１はＳまたはＴであり、Ｘ１２はＧまたはＡであり、Ｘ１３はＰまたはＧであり、Ｘ１４はＩまたはＭであり、Ｘ１５はＡまたはＴであり、Ｘ１６はＶまたはＬであり、Ｘ１７はＩ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ１８はＫまたはＥであり、Ｘ１９はＳ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ２０はＥまたはＤであり、Ｘ２１はＳ、Ｔ、またはＮであり、Ｘ２２はＳまたはＴであり、Ｘ２３はＱ、Ｋ、Ｇ、またはＲであり、Ｘ２４はＬ、Ｔ、またはＭである、抗体または抗体様分子。
【請求項２９】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドを含む抗体または抗体様分子のエピトープと本質的に同一のエピトープに結合する、請求項２８に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３０】
配列番号４、配列番号４５、配列番号９、および配列番号６１からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む重鎖ポリペプチドを含む、抗体または抗体様分子。
【請求項３１】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドをさらに含む、請求項３０に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３２】
式：Ｘ１−Ｘ２−Ｑ−Ｌ−Ｖ−Ｑ−Ｓ−Ｇ−Ｘ３−Ｅ−Ｖ−Ｘ４−Ｋ−Ｐ−Ｇ−Ｘ５−Ｓ−Ｖ−Ｘ６−Ｘ７−Ｓ−Ｃ−Ｋ−Ｘ８−Ｓ−Ｇ−Ｇ−Ｘ９−Ｆ−Ｓ−Ｓ−Ｙ−Ａ−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｗ−Ｖ−Ｒ−Ｑ−Ａ−Ｐ−Ｇ−Ｑ−Ｇ−Ｌ−Ｅ−Ｗ−Ｍ−Ｇ−Ｘ１２−Ｇ−Ｉ−Ｉ−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｆ−Ｇ−Ｔ−Ｔ−Ｘ１５−Ｎ−Ｙ−Ａ−Ｑ−Ｋ−Ｆ−Ｑ−Ｇ−Ｒ−Ｘ１６−Ｔ−Ｘ１７−Ｔ−Ａ−Ｄ−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｔ−Ｓ−Ｔ−Ａ−Ｙ−Ｍ−Ｅ−Ｌ−Ｓ−Ｓ−Ｌ−Ｒ−Ｓ−Ｘ２０−Ｄ−Ｔ−Ａ−Ｖ−Ｙ−Ｙ−Ｃ−Ａ−Ｒ−Ｇ−Ｓ−Ｙ−Ｙ−Ｙ−Ｅ−Ｘ２１−Ｘ２２−Ｌ−Ｄ−Ｙ−Ｗ−Ｇ−Ｘ２３−Ｇ−Ｔ−Ｘ２４を有するアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列またはそのフラグメントを含む重鎖ポリペプチドを含む、抗体または抗体様分子であって、式中、Ｘ１はＱまたはＥであり、Ｘ２はＶまたはＭであり、Ｘ３はＡまたはＴであり、Ｘ４はＫまたはＱであり、Ｘ５はＳまたはＡであり、Ｘ６はＫまたはＲであり、Ｘ７はＶまたはＬであり、Ｘ８はＡ、Ｔ、またはＶであり、Ｘ９はＴ、Ｓ、またはＡであり、Ｘ１０はＩまたはＶであり、Ｘ１１はＳまたはＴであり、Ｘ１２はＧまたはＡであり、Ｘ１３はＰまたはＧであり、Ｘ１４はＩまたはＭであり、Ｘ１５はＡまたはＴであり、Ｘ１６はＶまたはＬであり、Ｘ１７はＩ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ１８はＫまたはＥであり、Ｘ１９はＳ、Ｌ、またはＭであり、Ｘ２０はＥまたはＤであり、Ｘ２１はＳ、Ｔ、またはＮであり、Ｘ２２はＳまたはＴであり、Ｘ２３はＱ、Ｋ、Ｇ、またはＲであり、Ｘ２４はＬ、Ｔ、またはＭである、抗体または抗体様分子。
【請求項３３】
配列番号７１、配列番号１４０、配列番号８１、配列番号１５８、配列番号１５９、および配列番号１６０からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む軽鎖ポリペプチドをさらに含む、請求項３２に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３４】
（ｉ）インフルエンザＡ型ウイルスの１つを超える亜型および／または１つを超える分離株を中和し、（ｉｉ）該ウイルスの血球凝集素（ＨＡ）抗原に結合し、かつ（ｉｉｉ）血球凝集を阻害しない、請求項２６から３３のいずれか１項に記載の抗体または抗体様分子。
【請求項３５】
請求項１から２５のいずれか１項に記載の分子を含む組成物。
【請求項３６】
請求項２６から３４のいずれか１項に記載の抗体または抗体様分子を含む組成物。
【請求項３７】
Ｋａｂａｔアミノ酸ナンバリングに従ってアミノ酸５２Ａ位、５３位、７３位、および７４位と決定される、表面に露出したクラスター中に少なくとも１つの置換を含む抗体重鎖可変ドメインを含む分子であって、該分子がウイルス抗原に結合してそれを中和することができる、分子。
【請求項３８】
アミノ酸５２Ａ位、５３位、７３位、および７４位の少なくとも１つに置換を含む、請求項３７に記載の分子。
【請求項３９】
アミノ酸５２Ａ位、５３位、７３位、および７４位の全てに置換を含む、請求項３７に記載の分子。
【請求項４０】
アミノ酸５７位に置換をさらに含む、請求項３９に記載の分子。
【請求項４１】
Ｐ５２Ｇ置換、Ｉ５３Ｍ置換、Ｌ７３Ｅ置換、およびＳ７４Ｌ／Ｍ置換を含む、請求項３９に記載の分子。
【請求項４２】
Ａ５７Ｔ置換をさらに含む、請求項４１に記載の分子。
【請求項４３】
アミノ酸２４位、３４位、３５位、および５０位の少なくとも１つに置換をさらに含む、請求項４２に記載の分子。
【請求項４４】
アミノ酸２４位、３４位、３５位、および５０位の全てに置換を含む、請求項４３に記載の分子。
【請求項４５】
Ｖ２４Ｔ置換、Ｗ３４Ｖ置換、Ｇ３５Ｔ置換、およびＳ５０Ａ置換を含む、請求項４４に記載の分子。
【請求項４６】
前記重鎖可変ドメイン配列が、ＶＨ１ｅ生殖系列重鎖に由来する、請求項３７から４５のいずれか１項に記載の分子。
【請求項４７】
前記重鎖可変ドメイン配列の残部が、ＶＨ１ｅ生殖系列重鎖の配列を保持している、請求項４６に記載の分子。
【請求項４８】
前記ＶＨ１ｅ生殖系列の重鎖可変ドメインが、少なくとも１つのさらなる保存的置換を含む、請求項４６に記載の分子。
【請求項４９】
軽鎖配列をさらに含む、請求項３８から４８のいずれか１項に記載の分子。
【請求項５０】
前記軽鎖配列が抗体のλまたはκ軽鎖配列である、請求項４９に記載の分子。
【請求項５１】
前記軽鎖配列が代替軽鎖配列である、請求項４９に記載の分子。
【請求項５２】
前記代替軽鎖配列が、ＶｐｒｅＢ配列および／またはλ５配列を含む、請求項５１に記載の分子。
【請求項５３】
前記代替軽鎖配列が、λ５配列に融合したＶｐｒｅＢ配列を含む、請求項５２に記載の分子。
【請求項５４】
前記代替軽鎖配列が、Ｖκ様配列および／またはＪＣκ配列を含むκ様代替軽鎖（ＳＬＣ）構築物である、請求項５１に記載の分子。
【請求項５５】
前記ウイルス抗原が、インフルエンザウイルス、ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２、ＨＴＬＶ−Ｉおよび−ＩＩウイルス、ＳＡＲＳコロナウイルス、単純ヘルペスウイルス、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス、ＨＣＶ、ＨＡＶ、ＨＢＶ、ＨＤＶ、ＨＥＶ、トキソプラスマウイルス、梅毒トレポネーマウイルス、ヒトＴリンパ球向性ウイルス、脳炎ウイルス、ウエストナイルウイルス、デングウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、麻疹、ムンプス、および風疹由来のウイルス抗原からなる群より選択される、請求項３７から５４のいずれか１項に記載の分子。
【請求項５６】
前記ウイルス抗原が、インフルエンザウイルスまたはＨＩＶ−１もしくはＨＩＶ−２ウイルスに由来する、請求項５５に記載の分子。
【請求項５７】
請求項１から３６のいずれか１項に記載の分子の中和エピトープを機能的に模倣するペプチドまたはポリペプチドを含む、インフルエンザＡ型ウイルスに有効なワクチン。
【請求項５８】
請求項３７から５７のいずれか１項に記載の分子の中和エピトープを機能的に模倣するペプチドまたはポリペプチドを含む、ウイルス抗原に有効なワクチン。
【請求項５９】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ５分離株および／もしくはインフルエンザＡ型ウイルスＨ１分離株、またはインフルエンザＡ型ウイルスＨ５亜型および／もしくはインフルエンザＡ型ウイルスＨ１亜型を中和することができる抗体を同定する方法であって、抗体ライブラリー中のＨ５分離株および／もしくはＨ１分離株またはＨ５亜型および／もしくはＨ１亜型の両方と反応する抗体を同定する工程、ならびに該Ｈ５および／もしくはＨ１分離株またはＨＡタンパク質または該Ｈ５および／もしくはＨ１亜型またはＨＡタンパク質に結合するそれらの能力に基づいて、同定された該抗体を連続的な交互の選択ラウンドに供する工程を包含する、方法。
【請求項６０】
請求項５９に記載の方法によって同定された中和抗体によって共有される、配列のコレクション。
【請求項６１】
１つまたは複数の表２に示す固有の重鎖および／もしくは軽鎖配列または該配列に基づいたコンセンサス配列もしくは改変体配列を含む配列のコレクション。
【請求項６２】
請求項５９に記載の方法によって同定され得る中和抗体またはそのフラグメント。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【公表番号】特表２０１１−５１６４２３（Ｐ２０１１−５１６４２３Ａ）
【公表日】平成２３年５月２６日（２０１１．５．２６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５０２１０８（Ｐ２０１１−５０２１０８）
【出願日】平成２１年３月２７日（２００９．３．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３８６３６
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１２１００４
【国際公開日】平成２１年１０月１日（２００９．１０．１）
【出願人】（５０８３３９１６１）シー レーン バイオテクノロジーズ， エルエルシー (10)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年５月２６日（２０１１．５．２６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年３月２７日（２００９．３．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３８６３６
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１２１００４
【国際公開日】平成２１年１０月１日（２００９．１０．１）
【出願人】（５０８３３９１６１）シー レーン バイオテクノロジーズ， エルエルシー (10)
【Ｆターム（参考）】
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