説明

バイオプロセシング

本発明は分子生物、分子遺伝学およびバイオプロセシングに関する。実施形態では、発育卵に標的遺伝子の発現を調節できるRNAエフェクター分子を導入し、調節によって卵の中の生物由来物質の産生を増強する、免疫原性物質等の生物由来物質を発育卵で産生するための組成物および方法を提供する。この方法では、生物由来物質、例えば季節性およびパンデミックインフルエンザワクチンを含むウイルスワクチンの発育卵での産生を最適化するために、RNAiベースのアプローチが提供される。本発明は、さらにこの方法の実行に有用な分子、試薬、細胞およびキット、ならびにこの方法によって産生される生物由来物質に関する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
発育卵内で生物由来物質を産生するための方法であって、
(a)少なくとも、標的遺伝子に対してその一部分が相補的である第一のRNAエフェクター分子を前記卵に導入すること、
(b)第一の標的遺伝子と第二の標的遺伝子の少なくとも1つの発現を調節するのに十分な時間、前記卵を維持すること、および
(c)前記卵から前記生物由来物質を単離すること、を含み、
前記標的遺伝子は細胞性免疫反応の遺伝子である、方法。
【請求項2】
前記標的遺伝子は、TLR3、TLR7、TLR21、RIG−1、LPGP2、RIG−1−様受容体、TRIM25、IFNA、IFNB、IFNB1、IFNG、MAVS、IFNAR1、IFNR2、STAT−1、STAT−2、STAT−3、STAT−4、JAK−1、JAK−2、JAK−3、IRF1、IRF2、IRF3、IRF4、IRF5、IRF6、IRF7、IRF8、IRF9、IRF10、2’,5’−オリゴアデニル酸シンテターゼ、RNaseL、PKR(EIF2AK2)、MX1、IFITM1、IFITM2、IFITM3、炎症性サイトカイン、ダイサー、MYD88、TRIF、PKR、CSKN2B、および前述のいずれかの調節領域からなる群から選択される、宿主免疫応答に関連した遺伝子である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記卵へ第二の標的遺伝子を標的とする第二のRNAエフェクター分子を導入することをさらに含み、前記第二の標的遺伝子は、細胞生存度、増殖または細胞周期に関連した遺伝子であり、Bax、Bak、LDHA、LDHB、BIK、BAD、BIM、HRK、BCLG、HR、NOXA、PUMA、BOK、BOO、BCLB、CASP2、CASP3、CASP6、CASP7、CASP8、CASP9、CASP10、BCL2、p53、APAF1、HSP70、TRAIL、BCL2L1、BCL2L13、BCL2L14、FASLG、DPF2、AIFM2、AIFM3、STK17A、APITD1、SIVA1、FAS、TGFβ2、TGFBR1、LOC378902、BCL2A1、PUSL1、TPST1、WDR33、Nod2、MCT4、ACRC、AMELY、ATCAY、ANP32B、DEFA3、DHRS10、DOCK4、FAM106A、FKBP1B、IRF3、KBTBD8、KIAA0753、LPGAT1、MSMB、NFS1、NPIP、NPM3、SCGB2A1、SERPINB7、SLC16A4、SPTBN4、TMEM146、CDKN1B、CDKN2A,FOXO1、PTEN、FN1、CSKN2B、miRNAアンタゴニスト、宿主シアリダーゼ、NEU2シアリダーゼ2、NEU3シアリダーゼ3、ダイサー、ISRE、B4GalT1、B4Galt6、Cmas、Gne、SL35A1、および前述のいずれかの調節領域からなる群から選択される、請求項1または2に記載の方法。
【請求項4】
前記卵へ、内在性ウイルス、潜伏ウイルス、および外来ウイルスのうちの少なくとも一つの標的遺伝子を標的とするRNAエフェクター分子を導入することをさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項5】
前記卵へ、インフルエンザNP、PA、PB1、PB2、M、NS、HA、NAと、HAまたはNAのグリコシル化に影響する遺伝子と、前述のいずれかの調節領域と、から選択されるウイルス遺伝子である標的遺伝子を標的とするRNAエフェクター分子を導入することをさらに含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
【請求項6】
前記RNAエフェクター分子が遺伝子発現を抑制する、または活性化する、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
遺伝子発現の調節により、卵内のウイルス感染価、ウイルス複製、細胞生存度、細胞増殖、翻訳、タンパク質産生またはウイルスの吸着が増加する、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
遺伝子発現の調節により、感染細胞のアポトーシスが減少する、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
前記RNAエフェクター分子がオリゴヌクレオチドを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項10】
前記オリゴヌクレオチドが一本鎖または二本鎖のオリゴヌクレオチドである、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
前記オリゴヌクレオチドが修飾される、請求項9または10に記載の方法。
【請求項12】
前記修飾が、2’−O−メチル修飾ヌクレオチド、5’−ホスホロチオエート基を有するヌクレオチド、コレステリル誘導体に結合した末端のヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロ修飾ヌクレオチド、2’−デオキシ−修飾ヌクレオチド、ロックド核酸(LNA)、脱塩基ヌクレオチド、2’−アミノ−修飾ヌクレオチド、2’−アルキル−修飾ヌクレオチド、モルフォリノヌクレオチド、ホスホロアミダート、ペプチド核酸(PNA)、および、非天然塩基を含むヌクレオチドからなる群から選択される、請求項11に記載の方法。
【請求項13】
前記オリゴヌクレオチドがsiRNA、miRNA、shRNA、リボザイム、アンチセンスRNA、デコイオリゴヌクレオチド、antimir、supermir、またはRNA活性化物質を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
【請求項14】
前記発育卵に、免疫抑制物質、成長因子、アポトーシス阻害剤、キナーゼ阻害剤、ホスファターゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、病原体の阻害剤、およびヒストン脱メチル化物質から選択される第二の物質を投与することをさらに含む、請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項15】
前記RNAエフェクター分子を調剤する、請求項1〜14のいずれか一項に記載の方法。
【請求項16】
前記RNAエフェクター分子を脂肪粒子中に調剤する、請求項15に記載の方法。
【請求項17】
前記脂質粒子はXTC−MC3−C12−200ベースの脂質粒子である、請求項16に記載の方法。
【請求項18】
発育卵内で生物由来物質を産生するための方法であって、
(a)少なくとも、第一のRNAエフェクター分子であって、少なくとも第一の標的遺伝子に対してその一部分が相補的である第一のRNAエフェクター分子、および第二のRNAエフェクター分子であって、少なくとも第二の標的遺伝子に対してその一部分が相補的である第二のRNAエフェクター分子を前記卵へ導入すること、
(b)前記第一の標的遺伝子と前記第二の標的遺伝子の少なくとも1つの発現を調節するのに十分な時間、前記卵を維持すること、および
(c)前記卵から前記生物由来物質を単離すること、を含み、
前記第一の標的遺伝子は細胞性免疫反応の遺伝子であり、前記第二の標的遺伝子は細胞内プロセスの遺伝子である、方法。
【請求項19】
前記標的遺伝子は、TLR3、TLR7、TLR21、RIG−1、LPGP2、RIG−1−様受容体、TRIM25、IFNA、IFNB、IFNB1、IFNG、MAVS、IFNAR1、IFNR2、STAT−1、STAT−2、STAT−3、STAT−4、JAK−1、JAK−2、JAK−3、IRF1、IRF2、IRF3、IRF4、IRF5、IRF6、IRF7、IRF8、IRF9、IRF10、2’,5’−オリゴアデニル酸シンテターゼ、RNaseL、PKR(EIF2AK2)、MX1、IFITM1、IFITM2、IFITM3、炎症性サイトカイン、ダイサー、MYD88、TRIF、PKR、CSKN2B、および前述のいずれかの調節領域からなる群から選択される宿主免疫応答に関連した遺伝子である、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
前記第二標的遺伝子は、細胞生存度、増殖または細胞周期に関連した遺伝子であり、Bax、Bak、LDHA、LDHB、BIK、BAD、BIM、HRK、BCLG、HR、NOXA、PUMA、BOK、BOO、BCLB、CASP2、CASP3、CASP6、CASP7、CASP8、CASP9、CASP10、BCL2、p53、APAF1、HSP70、TRAIL、BCL2L1、BCL2L13、BCL2L14、FASLG、DPF2、AIFM2、AIFM3、STK17A、APITD1、SIVA1、FAS、TGFβ2、TGFBR1、LOC378902、BCL2A1、PUSL1、TPST1、WDR33、Nod2、MCT4、ACRC、AMELY、ATCAY、ANP32B、DEFA3、DHRS10、DOCK4、FAM106A、FKBP1B、IRF3、KBTBD8、KIAA0753、LPGAT1、MSMB、NFS1、NPIP、NPM3、SCGB2A1、SERPINB7、SLC16A4、SPTBN4、TMEM146、CDKN1B、CDKN2A、FOXO1、PTEN、FN1、CSKN2B、miRNAアンタゴニスト、宿主シアリダーゼ、NEU2シアリダーゼ2、NEU3シアリダーゼ3、ダイサー、ISRE、B4GalT1、B4Galt6、Cmas、Gne、SL35A1、および前述のいずれかの調節領域からなる群から選択される、請求項18に記載の方法。
【請求項21】
前記卵にRNAエフェクター分子を接触させることをさらに含み、前記標的遺伝子が、インフルエンザNP、PA、PB1、PB2、M、NS、HA、NAと、HAまたはNAのグリコシル化に影響する遺伝子と、前述のいずれかの調節領域と、から選択されるウイルス遺伝子である、請求項18〜20のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記RNAエフェクター分子が遺伝子発現を抑制する、または活性化する、請求項18に記載の方法。
【請求項23】
遺伝子発現の調節により、卵内のウイルス感染価、ウイルス複製、細胞生存度、細胞増殖、翻訳、タンパク質産生またはウイルスの吸着が増加する、請求項18に記載の方法。
【請求項24】
遺伝子発現の調節により、感染細胞のアポトーシスが減少する、請求項18に記載の方法。
【請求項25】
前記RNAエフェクター分子がオリゴヌクレオチドを含む、請求項18に記載の方法。
【請求項26】
前記オリゴヌクレオチドが一本鎖または二本鎖のオリゴヌクレオチドである、請求項25に記載の方法。
【請求項27】
前記オリゴヌクレオチドが修飾される、請求項25または26に記載の方法。
【請求項28】
前記修飾は、2’−O−メチル修飾ヌクレオチド、5’−ホスホロチオエート基を有するヌクレオチド、コレステリル誘導体に結合した末端のヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロ修飾ヌクレオチド、2’−デオキシ−修飾ヌクレオチド、ロックド核酸(LNA)、脱塩基ヌクレオチド、2’−アミノ−修飾ヌクレオチド、2’−アルキル−修飾ヌクレオチド、モルフォリノヌクレオチド、ホスホロアミダート、ペプチド核酸(PNA)、および、非天然塩基を含むヌクレオチドからなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
前記オリゴヌクレオチドがsiRNA、miRNA、shRNA、リボザイム、アンチセンスRNA、デコイオリゴヌクレオチド、antimir、supermir、またはRNA活性化物質を含む、請求項18〜28のいずれか一項に記載の方法。
【請求項30】
免疫抑制物質、成長因子、アポトーシス阻害剤、キナーゼ阻害剤、ホスファターゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、病原体の阻害剤、およびヒストン脱メチル化物質から選択される第二の物質を前記発育卵に投与することをさらに含む、請求項18〜29のいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
前記RNAエフェクター分子を調剤する、請求項18〜30のいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記RNAエフェクター分子を脂肪粒子中に調剤する、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記脂質粒子はXTC−MC3−C12−200ベースの脂質粒子である、請求項32に記載の方法。
【請求項34】
免疫原性物質であって、
(a)少なくとも、第一のRNAエフェクター分子であって、少なくとも第一の標的遺伝子に対してその一部分が相補的である第一のRNAエフェクター分子、および第二のRNAエフェクター分子であって、少なくとも第二の標的遺伝子に対してその一部分が相補的である第二のRNAエフェクター分子を発育卵へ導入するステップと、
(b)前記少なくとも第一の標的遺伝子と第二の標的遺伝子の発現を調節するのに十分な時間、前記卵を維持するステップであって、前記発現の調節により前記卵内の生物由来物質の産生が改善される、ステップと、
(c)前記卵から前記免疫原性物質を単離するステップと、を含むプロセスであって、
前記第一の標的遺伝子は免疫応答の遺伝子であり、前記第二の標的遺伝子は細胞内プロセスの遺伝子であるプロセス、により産生される免疫原性物質。
【請求項35】
前記免疫原性物質はウイルス産物であり、かつインフルエンザ、はしか、流行性耳下腺炎、三日ばしか、黄熱病、狂犬病、痘瘡、水疱、西ナイルウイルス、がん、肝炎、ニューカッスル病、鶏痘、アヒルペスト、ニワトリ脳脊髄炎、軟卵症候群、伝染性気管支炎、マレック病、伝染性ファブリーキウス嚢病、伝染性喉頭気管炎または牛疫に対して免疫原性である、請求項34の免疫原性物質。
【請求項36】
前記産物はインフルエンザに対して免疫原性である、請求項35の免疫原性物質。
【請求項37】
前記免疫原性物質は、1投与当たり少なくとも10EID50(50%胚感染用量)のウイルス力価を含む、請求項36の免疫原性物質。
【請求項38】
前記第一標的遺伝子は、卵細胞の免疫応答に関連した遺伝子であり、TLR3、TLR7、TLR21、RIG−1、LPGP2、RIG−1−様受容体、TRIM25、IFNA、IFNB、IFNG MAVS/VISA/IPS−1/Gardif、IFNAR1、IFNR2、STAT−1、STAT−2、STAT−3、STAT−4、JAK−1、JAK−2、JAK−3、IRF1、IRF2、IRF3、IRF4、IRF5、IRF6、IRF7、IRF8、IRF9、IRF10、2’,5’−オリゴアデニル酸シンテターゼ、RNaseL、dsRNA−dPKR、Mx、IFITM1、IFITM2、IFITM3、炎症性サイトカイン、MYD88、TRIF、ダイサー、PKR、CSKN2B、および前述のいずれかの調節領域からなる群から選択される、請求項1〜37のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項39】
前記第二の標的遺伝子は、卵細胞生存度、増殖または細胞周期に関連した遺伝子であり、Bax、Bak、LDHA、LDHB、BIK、BAD、BIM、HRK、BCLG、HR、NOXA、PUMA、BOK、BOO、BCLB、CASP2、CASP3、CASP6、CASP7、CASP8、CASP9、CAS10、BCL2、p53、APAF1、HSP70、TRAIL、BCL2L1、BCL2L13、BCL2L14、FASLG、DPF2、AIFM2、AIFM3、STK17A、APITD1、SIVA1、FAS、TGFβ2、TGFBR1、LOC378902、またはBCL2A1、PUSL1、TPST1、WDR33、Nod2、MCT4、ACRC、AMELY、ATCAY、ANP32B、DEFA3、DHRS10、DOCK4、FAM106A、FKBP1B、IRF3、KBTBD8、KIAA0753、LPGAT1、MSMB、NFS1、NPIP、NPM3、SCGB2A1、SERPINB7、SLC16A4、SPTBN4、TMEM146、CDKN1B、CDKN2A、FOXO1、PTEN、FN1、miRNAアンタゴニスト、宿主シアリダーゼ、NEU2シアリダーゼ2、NEU3シアリダーゼ3、ダイサー、ISRE、B4GalT1、B4GalT6、Cmas、Gne、SL35A1、および前述のいずれかの調節領域からなる群から選択される、請求項1〜38のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項40】
前記標的遺伝子がHAまたはNAのグリコシル化に影響し、RNAエフェクター分子を前記細胞に接触させる、請求項1〜39のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項41】
前記標的遺伝子がNP、PA、PB1、PB2、M、NS、HA、NAから選択されるウイルス遺伝子、または前述のいずれかの調節領域であり、RNAエフェクター分子を前記細胞に接触させる、請求項1〜40のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項42】
前記RNAエフェクター分子が遺伝子発現を抑制または活性化する、請求項1〜41のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項43】
遺伝子発現の調節により、卵内のウイルス感染価、ウイルス複製、細胞生存度、細胞増殖、翻訳、タンパク質産生またはウイルスの吸着が増加する、請求項1〜42のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項44】
遺伝子発現の調節により、感染細胞のアポトーシスが減少する、請求項1〜43のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項45】
前記RNAエフェクター分子がオリゴヌクレオチドを含む、請求項1〜44のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項46】
前記オリゴヌクレオチドが一本鎖または二本鎖のオリゴヌクレオチドである、請求項1〜45に免疫原性物質。
【請求項47】
前記オリゴヌクレオチドが修飾される、請求項45または46に記載の免疫原性物質。
【請求項48】
前記修飾が、2’−O−メチル修飾ヌクレオチド、5’−ホスホロチオエート基を有するヌクレオチド、コレステリル誘導体に結合した末端のヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロ修飾ヌクレオチド、2’−デオキシ−修飾ヌクレオチド、ロックド核酸(LNA)、脱塩基ヌクレオチド、2’−アミノ−修飾ヌクレオチド、2’−アルキル−修飾ヌクレオチド、モルフォリノヌクレオチド、ホスホロアミダート、ペプチド核酸(PNA)、および、非天然塩基を含むヌクレオチドからなる群から選択される、請求項47に記載の免疫原性物質。
【請求項49】
前記オリゴヌクレオチドがsiRNA、miRNA、shRNA、リボザイム、アンチセンスRNA、デコイオリゴヌクレオチド、antimir、supermir、またはRNA活性化物質を含む、請求項34〜48のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項50】
免疫抑制物質、成長因子、アポトーシス阻害剤、キナーゼ阻害剤、ホスファターゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、病原体の抑制剤、およびヒストン脱メチル化物質から選択される第二の物質を前記発育卵に投与することをさらに含む、請求項34〜49のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項51】
前記RNAエフェクター分子を調剤する、請求項34〜50のいずれか一項に記載の免疫原性物質。
【請求項52】
前記RNAエフェクター分子を脂肪粒子中に調剤する、請求項51に記載の免疫原性物質。
【請求項53】
前記脂質粒子がXTC−MC3−C12−200ベースの脂質粒子である、請求項52に記載の免疫原性物質。

【公表番号】特表2012−531929(P2012−531929A)
【公表日】平成24年12月13日(2012.12.13)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2012−519671(P2012−519671)
【出願日】平成22年7月6日(2010.7.6)
【国際出願番号】PCT/US2010/041072
【国際公開番号】WO2011/005765
【国際公開日】平成23年1月13日(2011.1.13)
【出願人】(505369158)アルナイラム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド (51)
【氏名又は名称原語表記】ALNYLAM PHARMACEUTICALS, INC.
【Fターム(参考)】