肺癌を検出する方法
患者からの試料中での肺癌の存在を検出する方法を提供する。肺癌に関連した一またはそれ以上の標的ＲＮＡの発現における変化を検出する方法も提供する。組成物とキットも提供する。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者における肺癌の存在を検出する方法であり、方法は、被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出を含み、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルは、被験者における肺癌の存在を示す。
【請求項２】
方法は、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルと、少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルとを、比較することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
被験者における肺癌の検出を容易にする方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
（ｂ） 被験者が肺癌を有するかどうかを決定する目的で、検出結果を医師に通知すること。
【請求項４】
試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出は以下のことを含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 試料の核酸が、試料中の標的ＲＮＡまたはそれらの相補配列と相補的である少なくとも一つのポリヌクレオチドとハイブリッド形成すること；ならびに、
（ｂ） 標的ＲＮＡ、標的ＲＮＡのＤＮＡアンプリコン、および標的ＲＮＡの相補配列から選択される少なくとも一つの核酸とハイブリッド形成したポリヌクレオチドを含む少なくとも一つの複合体を検出すること。
【請求項５】
被験者における肺癌の存在を検出する方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者から試料を得ること、
（ｂ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出するために、該試料を研究室に提供すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
（ｃ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを示す通知を研究室から受け取ること；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルが、少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きいことは、肺癌の存在を示す。
【請求項６】
方法は、試料から核酸を単離することをさらに含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
核酸は、ＤＮＡから分離されたＲＮＡを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
成熟形の少なくとも一つの標的ＲＮＡは、３０未満のヌクレオチドを含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも一つの標的ＲＮＡがミクロＲＮＡである、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも二つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法、そこで少なくとも二つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
そこで少なくとも二つの標的ＲＮＡは異なっている。
【請求項１１】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも二つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも二つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも三つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１０に記載の方法、そこで少なくとも三つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
そこで少なくとも三つの標的ＲＮＡは異なっている。
【請求項１４】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも二つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも二つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
、少なくとも三つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも三つの標的ＲＮＡの検出レベルが肺癌の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも五つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも一つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１０から１７のいずれか一項に記載の方法、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成しない；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含まない；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含まない。
【請求項１９】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表６のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表６のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２０】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、非小細胞肺癌の存在を示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表７のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表７のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２２】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、扁平上皮癌の存在を示す、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表８のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表８のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２４】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、腺癌の存在を示す、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表９のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表９のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２６】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、高悪性度肺癌の存在を示す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表３２または表３３のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表３２または表３３のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２８】
被験者における肺癌の存在を検出する方法であり、方法は、被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出を含み、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルと比較して減少している、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルが、被験者における肺癌の存在を示す。
【請求項２９】
方法は、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルと、少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルとを、比較することをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
被験者からの試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルの検出を含む、請求項２８または請求項２９に記載の方法、そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；
そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡの正常レベルを超える、試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルが、被験者における肺癌の存在を示す。
【請求項３１】
被験者における肺癌の検出を容易にする方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；ならびに、
（ｂ） 被験者が肺癌を有するかどうかを決定する目的で、検出結果を医師に通知すること。
【請求項３２】
方法は、以下のことをさらに含む、請求項３１に記載の方法
（ａ） 被験者からの試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルを検出すること、そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
（ｂ） 被験者が肺癌を有するかどうかを決定する目的で、検出結果を医師に通知すること。
【請求項３３】
試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出は以下のことを含む、請求項２８から３２のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 試料の核酸が、試料中の標的ＲＮＡまたはそれらの相補配列と相補的である少なくとも一つのポリヌクレオチドとハイブリッド形成すること；ならびに、
（ｂ） 標的ＲＮＡ、標的ＲＮＡのＤＮＡアンプリコン、および標的ＲＮＡの相補配列から選択される少なくとも一つの核酸とハイブリッド形成をするポリヌクレオチドを含む少なくとも一つの複合体を検出すること。
【請求項３４】
被験者における肺癌の存在を検出する方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者から試料を得ること；
（ｂ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出するために、試料を研究室に提供すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２、から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２、から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；ならびに、
（ｃ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを示す通知を研究室から受け取ること；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルと比較して減少する、少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルが、肺癌の存在を示す。
【請求項３５】
試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルを検出するために、試料は研究室に提供される、請求項３４に記載の方法、そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む。
【請求項３６】
方法は、試料から核酸を単離することをさらに含む、請求項２８から３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
核酸は、ＤＮＡから分離されたＲＮＡを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
成熟形の少なくとも一つの標的ＲＮＡは、３０未満のヌクレオチドを含む、請求項２８から３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
少なくとも一つの標的ＲＮＡがミクロＲＮＡである、請求項２８から３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
第一の領域を含む合成ポリヌクレオチドであり、第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列を、含む。
【請求項４１】
第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列を含む、請求項４０に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４２】
第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列を含む、請求項４０に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４３】
第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列を含む、請求項４０に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４４】
ポリヌクレオチドは、検出可能な標識を含む、請求項４０から４３のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４５】
検出可能な標識は、ＦＲＥＴ標識である、請求項４４に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４６】
第一の領域は、標的ＲＮＡの領域と同一であるまたは相補的である、請求項４０から４５のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４７】
ポリヌクレオチドは、標的ＲＮＡの領域と同一ではないまたは相補的ではない第二の領域をさらに含む、請求項４６に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４８】
複数の合成ポリヌクレオチドを含む組成物であり、少なくとも一つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む。
【請求項４９】
複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも二つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む、ならびに少なくとも二つのポリヌクレオチドの第一の領域は異なる、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも三つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む、ならびに少なくとも三つのポリヌクレオチドの第一の領域は異なる、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５１】
複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも五つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む、ならびに少なくとも五つのポリヌクレオチドの第一の領域は異なる、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５２】
請求項４０から４７のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチドを含むキット。
【請求項５３】
請求項４８から５１のいずれか一項に記載の組成物を含むキット。
【請求項５４】
キットは、少なくとも一つのポリメラーゼをさらに含む、請求項５２または請求項５３に記載のキット。
【請求項５５】
キットは、ｄＮＴＰをさらに含む、請求項５２から５４に記載のキット。
【請求項１】
被験者における肺癌の存在を検出する方法であり、方法は、被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出を含み、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルは、被験者における肺癌の存在を示す。
【請求項２】
方法は、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルと、少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルとを、比較することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
被験者における肺癌の検出を容易にする方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
（ｂ） 被験者が肺癌を有するかどうかを決定する目的で、検出結果を医師に通知すること。
【請求項４】
試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出は以下のことを含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 試料の核酸が、試料中の標的ＲＮＡまたはそれらの相補配列と相補的である少なくとも一つのポリヌクレオチドとハイブリッド形成すること；ならびに、
（ｂ） 標的ＲＮＡ、標的ＲＮＡのＤＮＡアンプリコン、および標的ＲＮＡの相補配列から選択される少なくとも一つの核酸とハイブリッド形成したポリヌクレオチドを含む少なくとも一つの複合体を検出すること。
【請求項５】
被験者における肺癌の存在を検出する方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者から試料を得ること、
（ｂ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出するために、該試料を研究室に提供すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
（ｃ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを示す通知を研究室から受け取ること；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルが、少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きいことは、肺癌の存在を示す。
【請求項６】
方法は、試料から核酸を単離することをさらに含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
核酸は、ＤＮＡから分離されたＲＮＡを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
成熟形の少なくとも一つの標的ＲＮＡは、３０未満のヌクレオチドを含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも一つの標的ＲＮＡがミクロＲＮＡである、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも二つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法、そこで少なくとも二つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
そこで少なくとも二つの標的ＲＮＡは異なっている。
【請求項１１】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも二つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも二つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも三つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１０に記載の方法、そこで少なくとも三つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
そこで少なくとも三つの標的ＲＮＡは異なっている。
【請求項１４】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも二つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも二つの標的ＲＮＡの検出レベルが、肺癌の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
、少なくとも三つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも三つの標的ＲＮＡの検出レベルが肺癌の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも五つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも一つの標的ＲＮＡにレベルが検出される、請求項１０から１７のいずれか一項に記載の方法、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成しない；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含まない；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含まない。
【請求項１９】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表６のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表６のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２０】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、非小細胞肺癌の存在を示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表７のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表７のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２２】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、扁平上皮癌の存在を示す、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表８のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表８のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２４】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、腺癌の存在を示す、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表９のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表９のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２６】
少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルを超える、少なくとも一つの標的ＲＮＡの検出レベルが、高悪性度肺癌の存在を示す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
少なくとも一つの標的ＲＮＡは、以下の特徴を有する、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 表３２または表３３のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリッド形成することができる； あるいは、
（ｂ） 表３２または表３３のポリヌクレオチド配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む。
【請求項２８】
被験者における肺癌の存在を検出する方法であり、方法は、被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出を含み、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルと比較して減少している、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルが、被験者における肺癌の存在を示す。
【請求項２９】
方法は、試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルと、少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルとを、比較することをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
被験者からの試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルの検出を含む、請求項２８または請求項２９に記載の方法、そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；
そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡの正常レベルを超える、試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルが、被験者における肺癌の存在を示す。
【請求項３１】
被験者における肺癌の検出を容易にする方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者からの試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；ならびに、
（ｂ） 被験者が肺癌を有するかどうかを決定する目的で、検出結果を医師に通知すること。
【請求項３２】
方法は、以下のことをさらに含む、請求項３１に記載の方法
（ａ） 被験者からの試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルを検出すること、そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む；ならびに、
（ｂ） 被験者が肺癌を有するかどうかを決定する目的で、検出結果を医師に通知すること。
【請求項３３】
試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルの検出は以下のことを含む、請求項２８から３２のいずれか一項に記載の方法：
（ａ） 試料の核酸が、試料中の標的ＲＮＡまたはそれらの相補配列と相補的である少なくとも一つのポリヌクレオチドとハイブリッド形成すること；ならびに、
（ｂ） 標的ＲＮＡ、標的ＲＮＡのＤＮＡアンプリコン、および標的ＲＮＡの相補配列から選択される少なくとも一つの核酸とハイブリッド形成をするポリヌクレオチドを含む少なくとも一つの複合体を検出すること。
【請求項３４】
被験者における肺癌の存在を検出する方法は、以下のことを含む：
（ａ） 被験者から試料を得ること；
（ｂ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを検出するために、試料を研究室に提供すること、そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２、から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号 １から３９７、１３６３から１７０７、および２３１２から２４５２、から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；ならびに、
（ｃ） 試料中の少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルを示す通知を研究室から受け取ること；
そこで少なくとも一つの標的ＲＮＡの正常レベルと比較して減少する、少なくとも一つの標的ＲＮＡのレベルが、肺癌の存在を示す。
【請求項３５】
試料中の少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡのレベルを検出するために、試料は研究室に提供される、請求項３４に記載の方法、そこで少なくとも一つの第二の標的ＲＮＡは：
（ｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリッド形成することができる；あるいは、
（ｉｉ） 配列番号１から３９７、１０６３から１２１０、２０６４から２１８３、２６７３から２６８０、および２６８９から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドと相補的である配列を含む；あるいは、
（ｉｉｉ） 配列番号７９４から１０４３、２５７６から２６７２、および２６９２から選択される配列の少なくとも１５の隣接するヌクレオチドを含む。
【請求項３６】
方法は、試料から核酸を単離することをさらに含む、請求項２８から３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
核酸は、ＤＮＡから分離されたＲＮＡを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
成熟形の少なくとも一つの標的ＲＮＡは、３０未満のヌクレオチドを含む、請求項２８から３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
少なくとも一つの標的ＲＮＡがミクロＲＮＡである、請求項２８から３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
第一の領域を含む合成ポリヌクレオチドであり、第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列を、含む。
【請求項４１】
第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列を含む、請求項４０に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４２】
第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列を含む、請求項４０に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４３】
第一の領域は、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つの少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列を含む、請求項４０に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４４】
ポリヌクレオチドは、検出可能な標識を含む、請求項４０から４３のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４５】
検出可能な標識は、ＦＲＥＴ標識である、請求項４４に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４６】
第一の領域は、標的ＲＮＡの領域と同一であるまたは相補的である、請求項４０から４５のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４７】
ポリヌクレオチドは、標的ＲＮＡの領域と同一ではないまたは相補的ではない第二の領域をさらに含む、請求項４６に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項４８】
複数の合成ポリヌクレオチドを含む組成物であり、少なくとも一つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも８の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む。
【請求項４９】
複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも二つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも９の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む、ならびに少なくとも二つのポリヌクレオチドの第一の領域は異なる、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも三つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１０の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む、ならびに少なくとも三つのポリヌクレオチドの第一の領域は異なる、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５１】
複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも五つのポリヌクレオチドは、配列番号 １から１６５、２５４から３６０、１０６３から１０８１、１０９０から１１９０、２０６４から２０９１、２１０７から ２１６８、１３６３から１６５９、２３１２から２４４０、および２５７６から２６８０の一つまたはそれ以上の少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列と同一であるまたは相補的である、少なくとも１２の隣接するヌクレオチドの配列を含む第一の領域を含む、ならびに少なくとも五つのポリヌクレオチドの第一の領域は異なる、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５２】
請求項４０から４７のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチドを含むキット。
【請求項５３】
請求項４８から５１のいずれか一項に記載の組成物を含むキット。
【請求項５４】
キットは、少なくとも一つのポリメラーゼをさらに含む、請求項５２または請求項５３に記載のキット。
【請求項５５】
キットは、ｄＮＴＰをさらに含む、請求項５２から５４に記載のキット。
【図１】
【公表番号】特表２０１２−５１８４２１（Ｐ２０１２−５１８４２１Ａ）
【公表日】平成２４年８月１６日（２０１２．８．１６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５５１３２３（Ｐ２０１１−５５１３２３）
【出願日】平成２２年２月２５日（２０１０．２．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２５４４６
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０９９３４２
【国際公開日】平成２２年９月２日（２０１０．９．２）
【出願人】（５０４０１９９２８）
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年８月１６日（２０１２．８．１６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年２月２５日（２０１０．２．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２５４４６
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０９９３４２
【国際公開日】平成２２年９月２日（２０１０．９．２）
【出願人】（５０４０１９９２８）
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]