シクロヘキサノンの産生のための生物
非天然微生物は、シクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する。経路には、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、2-ケト-シクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、及び2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼから選択される酵素を含む。経路には、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、及びシクロヘキサノン脱水素酵素から選択される酵素を含む。経路には、アジパートセミアルデヒドデヒドラターゼ、シクロヘキサン-1,2-ジオール脱水素酵素、及びシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼを含む。経路には、3-オキソピメラートデカルボキシラーゼ、4-アセチルブチラートデヒドラターゼ、3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素、2-シクロヘキセノンヒドラターゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに、3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼ、3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼから選択される酵素を含む。これらの各経路には、PEPカルボキシキナーゼを含むことができる。シクロヘキサノンを産生する方法には、これらの非天然微生物を培養することを含む。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、及び2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼからなる群から選択される酵素を含む、非天然微生物。
【請求項２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項５】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項６】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項７】
前記微生物が、未変性ピメロイル-CoA経路を有する、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項９】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、badI、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、syn_01309、及びmenBからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１０】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１１】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１２】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１３】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１４】
前記微生物がさらに、ピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現するピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むピメロイル-CoA経路を含み、該ピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素、3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼ、及びピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項１５】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１６】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１７】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１８】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１９】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２０】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２１】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２２】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２３】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２４】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２５】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２６】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２７】
前記ピメロイル-CoA脱水素酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２８】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、及びシクロヘキサノン脱水素酵素からなる群から選択される酵素を含む、非天然微生物。
【請求項２９】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３０】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３１】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３３】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３４】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３５】
前記微生物が、未変性3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路を有する、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３６】
前記シクロヘキサノン経路が、1セットのシクロヘキサノン経路酵素を含み、該セットのシクロヘキサノン経路酵素が下記からなる群から選択される、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の非天然微生物：
（a）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；
（b）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；並びに
（c）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、及び2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）からなる群から選択される酵素。
【請求項３７】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項３８】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、bzdY、oah、bamA、syn_01653、syn_02400、syn_03076、及びsyn_01309からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項３９】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４０】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４１】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４２】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４３】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４４】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO-CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４５】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AFl211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４６】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４７】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４８】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４９】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項５０】
前記微生物がさらに、3-ヒドロキシピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路を含み、前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、及び3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項５１】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５２】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５３】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５４】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５５】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSDl7B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５６】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５７】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５８】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５９】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項６０】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、アジパートセミアルデヒドデヒドラターゼ、シクロヘキサン-1,2-ジオール脱水素酵素、及びシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼを含む、非天然微生物。
【請求項６１】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６４】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６５】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６６】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６７】
前記シクロへキサン-1,2-ジオール脱水素酵素が、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びYIR036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６８】
前記シクロへキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼが、pddC、pddB、pddA、pduC、pduD、pduE、dhaB、dhaC、dhaE、dhaB1、dhaB2、rdhtA、rdhtB、ilvD、iolE、ddrA、ddrB、pduG、及びpduHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６９】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、3-オキソピメラートデカルボキシラーゼ、4-アセチルブチラートデヒドラターゼ、3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素、2-シクロヘキセノンヒドラターゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼ、3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素を含む、非天然微生物。
【請求項７０】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７１】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７６】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７７】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７９】
前記3-オキソピメラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８０】
前記3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素が、YMR226c、YDR368w、YOR120w、YGL157w、YGL039w、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びY1R036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８１】
前記2-シクロヘキセノンヒドラターゼが、aroD、aroQ、HIDH、及びHIDMからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８２】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８３】
前記3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８４】
前記3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼが、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８５】
前記3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８６】
前記微生物がさらに、3-オキソピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-オキソピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-オキソピメロイル-CoA経路を含み、該3-オキソピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、及びオキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼを含む、請求項６８〜７４のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項８７】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項８８】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項８９】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９０】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９１】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９２】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９３】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９４】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、及び2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼからなる群から選択される酵素を含む、シクロヘキサノンを産生する方法。
【請求項９５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記微生物が、未変性ピメロイル-CoA経路を有する、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０１】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０２】
前記2-ケトシクロヘキサンカルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、badI、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、syn_01309、及びmenBからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０３】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０４】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０５】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０６】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０７】
前記微生物がさらに、ピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現するピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むピメロイル-CoA経路を含み、該ピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素、3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼ、及びピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項９３〜９６のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項１０８】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１０】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１１】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１２】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１３】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１４】
前記3-ヒドロキシアシル-CoA脱水素酵素アセトアセチルCoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１５】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１６】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１７】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１８】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１９】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１２０】
前記ピメロイル-CoA脱水素酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる。請求項１０７に記載の方法。
【請求項１２１】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、1セットのシクロヘキサノン経路酵素を含み、該セットのシクロヘキサノン経路酵素が下記からなる群から選択される、シクロヘキサノンを産生する方法：
（a）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；
（b）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；並びに
（c）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-Cに作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）からなる群から選択される酵素。
【請求項１２２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２６】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２７】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２９】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、bzdY、oah、bamA、syn_01653、syn_02400、syn_03076、及びsyn_01309からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３０】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３１】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３２】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３３】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３４】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３５】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３６】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211, AF1983, scs, PAE3250, sucC, sucD, aliA, phl, phlB, paaF, 及び bioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３７】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３８】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３９】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１４０】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１４１】
前記微生物がさらに、3-ヒドロキシピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路を含み、該3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、及び3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項１２０〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４２】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４４】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４５】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４６】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４７】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４８】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４９】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１５０】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１５１】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、アジパートセミアルデヒドデヒドラターゼ、シクロヘキサン-1,2-ジオール脱水素酵素、及びシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼを含む、シクロヘキサノンを産生する方法。
【請求項１５２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５６】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５７】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpck4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５９】
前記シクロへキサン-1,2-ジオール脱水素酵素が、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びYIR036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１６０】
前記シクロへキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼが、pddC、pddB、pddA、pduC、pduD、pduE、dhaB、dhaC、dhaE、dhaBl、dhaB2、rdhtA、rdhtB、ilvD、iolE、ddrA、ddrB、pduG、及びpduHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１６１】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、3-オキソピメラートデカルボキシラーゼ、4-アセチルブチラートデヒドラターゼ、3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素、2-シクロヘキセノンヒドラターゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに、3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼ、3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素を含む、シクロヘキサノンを産生する方法。
【請求項１６２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６６】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６７】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６８】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６９】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７０】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７１】
前記3-オキソピメラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７２】
前記3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素が、YMR226c、YDR368w、YOR120w、YGL157w、YGL039w、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びY1R036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７３】
前記2-シクロヘキセノンヒドラターゼが、aroD、aroQ、HIDH、及びHIDMからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７４】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７５】
前記3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７６】
前記3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７７】
前記3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７８】
前記微生物がさらに、3-オキソピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-オキソピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-オキソピメロイル-CoA経路を含み、該3-オキソピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、及びオキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼを含む、請求項１６０〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７９】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８０】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８１】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８２】
前記アセトアセチル-CoAが、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８３】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８４】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８５】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、及び2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼからなる群から選択される酵素を含む、非天然微生物。
【請求項２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項５】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項６】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項７】
前記微生物が、未変性ピメロイル-CoA経路を有する、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項９】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、badI、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、syn_01309、及びmenBからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１０】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１１】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１２】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１３】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１に記載の非天然微生物。
【請求項１４】
前記微生物がさらに、ピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現するピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むピメロイル-CoA経路を含み、該ピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素、3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼ、及びピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項１５】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１６】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１７】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１８】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項１９】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２０】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２１】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２２】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２３】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２４】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２５】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２６】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２７】
前記ピメロイル-CoA脱水素酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４に記載の非天然微生物。
【請求項２８】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、及びシクロヘキサノン脱水素酵素からなる群から選択される酵素を含む、非天然微生物。
【請求項２９】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３０】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３１】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３３】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３４】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３５】
前記微生物が、未変性3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路を有する、請求項２８に記載の非天然微生物。
【請求項３６】
前記シクロヘキサノン経路が、1セットのシクロヘキサノン経路酵素を含み、該セットのシクロヘキサノン経路酵素が下記からなる群から選択される、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の非天然微生物：
（a）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；
（b）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；並びに
（c）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、及び2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）からなる群から選択される酵素。
【請求項３７】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項３８】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、bzdY、oah、bamA、syn_01653、syn_02400、syn_03076、及びsyn_01309からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項３９】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４０】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４１】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４２】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４３】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４４】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO-CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４５】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AFl211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４６】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４７】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４８】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項４９】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の非天然微生物。
【請求項５０】
前記微生物がさらに、3-ヒドロキシピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路を含み、前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、及び3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項５１】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５２】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５３】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５４】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５５】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSDl7B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５６】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５７】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５８】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項５９】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項５０に記載の非天然微生物。
【請求項６０】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、アジパートセミアルデヒドデヒドラターゼ、シクロヘキサン-1,2-ジオール脱水素酵素、及びシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼを含む、非天然微生物。
【請求項６１】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６４】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６５】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６６】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６７】
前記シクロへキサン-1,2-ジオール脱水素酵素が、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びYIR036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６８】
前記シクロへキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼが、pddC、pddB、pddA、pduC、pduD、pduE、dhaB、dhaC、dhaE、dhaB1、dhaB2、rdhtA、rdhtB、ilvD、iolE、ddrA、ddrB、pduG、及びpduHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６０に記載の非天然微生物。
【請求項６９】
シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むシクロヘキサノン経路を有する微生物を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、3-オキソピメラートデカルボキシラーゼ、4-アセチルブチラートデヒドラターゼ、3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素、2-シクロヘキセノンヒドラターゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼ、3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素を含む、非天然微生物。
【請求項７０】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７１】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７６】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７７】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項７９】
前記3-オキソピメラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８０】
前記3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素が、YMR226c、YDR368w、YOR120w、YGL157w、YGL039w、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びY1R036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８１】
前記2-シクロヘキセノンヒドラターゼが、aroD、aroQ、HIDH、及びHIDMからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８２】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８３】
前記3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８４】
前記3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼが、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８５】
前記3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項６９に記載の非天然微生物。
【請求項８６】
前記微生物がさらに、3-オキソピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-オキソピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-オキソピメロイル-CoA経路を含み、該3-オキソピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、及びオキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼを含む、請求項６８〜７４のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項８７】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項８８】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項８９】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９０】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９１】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９２】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９３】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項８６に記載の非天然微生物。
【請求項９４】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、及び2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼからなる群から選択される酵素を含む、シクロヘキサノンを産生する方法。
【請求項９５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記微生物が、未変性ピメロイル-CoA経路を有する、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０１】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０２】
前記2-ケトシクロヘキサンカルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、badI、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、syn_01309、及びmenBからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０３】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０４】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０５】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０６】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０７】
前記微生物がさらに、ピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現するピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むピメロイル-CoA経路を含み、該ピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素、3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼ、及びピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項９３〜９６のいずれか一項に記載の非天然微生物。
【請求項１０８】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１０】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１１】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１２】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１３】
前記微生物が、ピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１４】
前記3-ヒドロキシアシル-CoA脱水素酵素アセトアセチルCoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１５】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１６】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１７】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１８】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１９】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１２０】
前記ピメロイル-CoA脱水素酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる。請求項１０７に記載の方法。
【請求項１２１】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、1セットのシクロヘキサノン経路酵素を含み、該セットのシクロヘキサノン経路酵素が下記からなる群から選択される、シクロヘキサノンを産生する方法：
（a）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；
（b）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素；並びに
（c）PEPカルボキシキナーゼ、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-Cに作用）、6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼ、並びに、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼ、2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）からなる群から選択される酵素。
【請求項１２２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２６】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２７】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２９】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（C-C結合に作用）が、bzdY、oah、bamA、syn_01653、syn_02400、syn_03076、及びsyn_01309からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３０】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３１】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３２】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３３】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシル-CoA還元酵素が、bcd、etfA、etfB、TER、TDE0597、syn_02587、syn_02586、syn_01146、syn_00480、syn_02128、syn_01699、syn_02637、syn_02636、pimC、pimD、acad1、及びacadからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３４】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３５】
前記6-ケトシクロヘキサ-1-エン-1-カルボキシラート還元酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３６】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAシンテターゼが、AF1211, AF1983, scs, PAE3250, sucC, sucD, aliA, phl, phlB, paaF, 及び bioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３７】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３８】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３９】
前記2-ケトシクロヘキサン-1-カルボキシラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１４０】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１４１】
前記微生物がさらに、3-ヒドロキシピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路を含み、該3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA還元酵素、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼ、及び3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素を含む、請求項１２０〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４２】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４４】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４５】
前記微生物が、3-ヒドロキシピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４６】
前記アセトアセチル-CoA還元酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４７】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４８】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４９】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１５０】
前記3-ヒドロキシピメロイル-CoA脱水素酵素が、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１５１】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、アジパートセミアルデヒドデヒドラターゼ、シクロヘキサン-1,2-ジオール脱水素酵素、及びシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼを含む、シクロヘキサノンを産生する方法。
【請求項１５２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５６】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５７】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５８】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpck4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５９】
前記シクロへキサン-1,2-ジオール脱水素酵素が、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びYIR036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１６０】
前記シクロへキサン-1,2-ジオールデヒドラターゼが、pddC、pddB、pddA、pduC、pduD、pduE、dhaB、dhaC、dhaE、dhaBl、dhaB2、rdhtA、rdhtB、ilvD、iolE、ddrA、ddrB、pduG、及びpduHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１６１】
シクロヘキサノン経路を有する非天然微生物を培養することを含み、該経路が、シクロヘキサノンを産生する条件下及び十分な時間で、シクロヘキサノンを産生するのに十分な量で発現するシクロヘキサノン経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該シクロヘキサノン経路が、PEPカルボキシキナーゼ、3-オキソピメラートデカルボキシラーゼ、4-アセチルブチラートデヒドラターゼ、3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素、2-シクロヘキセノンヒドラターゼ、シクロヘキサノン脱水素酵素、並びに、3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼ、3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）、及び3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼからなる群から選択される酵素を含む、シクロヘキサノンを産生する方法。
【請求項１６２】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６４】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６５】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする5つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６６】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする6つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６７】
前記微生物が、シクロヘキサノン経路酵素を各々コードする7つの外来性核酸を含む、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６８】
前記少なくとも1つの外来性核酸が、異種性核酸である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６９】
前記非天然微生物が、実質的に嫌気性培地中にある、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７０】
前記PEPカルボキシキナーゼが、PCK1、pck、及びpckAからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７１】
前記3-オキソピメラートデカルボキシラーゼが、adc、cbei_3835、CLL_A2135、及びRBAM_030030からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７２】
前記3-ヒドロキシシクロヘキサノン脱水素酵素が、YMR226c、YDR368w、YOR120w、YGL157w、YGL039w、chnA、Rmet_1335、PP_1946、ARA1、BDH1、GCY1、YPR1、GRE3、及びY1R036cからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７３】
前記2-シクロヘキセノンヒドラターゼが、aroD、aroQ、HIDH、及びHIDMからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７４】
前記シクロヘキサノン脱水素酵素が、NtRed1、AtDBR1、P2、PulR、PtPPDBR、YML131W、ispR、AT3G61220、cbr、CBR1、CHO‐CR、YIR036C、enr、及びfadHからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７５】
前記3-オキソピメロイル-CoAシンテターゼが、AF1211、AF1983、scs、PAE3250、sucC、sucD、aliA、phl、phlB、paaF、及びbioWからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７６】
前記3-オキソピメロイル-CoAヒドロラーゼ（チオエステルに作用）が、acot12、gctA、gctB、及びACH1からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７７】
前記3-オキソピメロイル-coAトランスフェラーゼが、pcaI、pcaJ、catI、catJ、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、OXCT2、ctfA、ctfB、atoA、及びatoDからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１７８】
前記微生物がさらに、3-オキソピメロイル-CoAを産生するのに十分な量で発現する3-オキソピメロイル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む3-オキソピメロイル-CoA経路を含み、該3-オキソピメロイル-CoA経路が、アセトアセチル-CoA、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼ、グルタリル-CoA脱水素酵素、及びオキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼを含む、請求項１６０〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７９】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする2つの外来性核酸を含む、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８０】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする3つの外来性核酸を含む、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８１】
前記微生物が、3-オキソピメロイル-CoA経路酵素を各々コードする4つの外来性核酸を含む、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８２】
前記アセトアセチル-CoAが、Fox2、phaB、phbB、hbd、Msed_1423、Msed_0399、Msed_0389、Msed_1993、Hbd2、Hbd1、HSD17B10、pimF、fadB、syn_01310、及びsyn_01680からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８３】
前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドラターゼが、crt、crt1、pimF、syn_01309、syn_01653、syn_01654、syn_02400、syn_03076、ech、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、paaG、fadA、fadB、fadI、fadJ、及びfadRからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８４】
前記グルタリル-CoA脱水素酵素が、gcdH、gcdR、PP_0157、gcvA、gcd、gcdR、syn_00480、syn_01146、gcdA、gcdC、gcdD、gcdB、FN0200、FN0201、FN204、syn_00479、syn_00481、syn_01431、及びsyn_00480からなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８５】
前記オキソピメロイル-CoA：グルタリル-CoAアシルトランスフェラーゼが、bktB、pimB、syn_02642、phaA、h16_A1713、pcaF、h16_B1369、h16_A0170、h16_A0462、h16_A1528、h16_B0381、h16_B0662、h16_B0759、h16_B0668、h16_A1720、h16_A1887、phbA、Rmet_1362、Bphy_0975、atoB、thlA、thlB、ERG10、及びcatFからなる群から選択される1つ以上の遺伝子によってコードされる、請求項１７８に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【公表番号】特表２０１２−５２６５６１（Ｐ２０１２−５２６５６１Ａ）
【公表日】平成２４年１１月１日（２０１２．１１．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５１１０５９（Ｐ２０１２−５１１０５９）
【出願日】平成２２年５月１４日（２０１０．５．１４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０３５０１５
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／１３２８４５
【国際公開日】平成２２年１１月１８日（２０１０．１１．１８）
【出願人】（５１１０６２８１８）ゲノマチカ， インク． (10)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年１１月１日（２０１２．１１．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年５月１４日（２０１０．５．１４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０３５０１５
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／１３２８４５
【国際公開日】平成２２年１１月１８日（２０１０．１１．１８）
【出願人】（５１１０６２８１８）ゲノマチカ， インク． (10)
【Ｆターム（参考）】
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