リスク層別化のための方法および組成物
本発明は、単一細胞における複数のタンパク質の活性化状態の同時定量のためのアプローチを提供する。本アプローチは、活性化状態に基づいて、複合体細胞集団における異種性の迅速検出を可能にし、細胞集団の活性化における関連した変化を示す細胞のサブセットを同定する。そのうえ、本アプローチは、細胞の活性または特性を相関することができる。加えて、細胞の活性化の増強剤の使用により、このような経路および細胞集団の特徴付けができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
a)第一および第二の活性化可能なタンパク質を含む細胞集団を提供する工程;
b)i)該第一の活性化可能なタンパク質の第一のアイソフォームと結合する第一の活性化状態特異的結合エレメント、および、
ii)該第二の活性化可能なタンパク質の第一のアイソフォームと結合する第二の活性化状態特異的結合エレメント
を含む複数の活性化状態特異的結合エレメントと該細胞集団を接触させる工程;ならびに
c)フローサイトメトリーを使用して、該第一および第二の結合エレメントの結合の有無を検出し、該第一および第二の活性化可能なタンパク質の活性化状態を決定する工程
を含む、単一細胞内の少なくとも該第一と該第二の活性化可能なタンパク質の活性化状態を検出する方法。
【請求項2】
第一の結合エレメントが第一の標識で標識されており、第二の結合エレメントが第二の標識で標識されており、かつ該第一および第二の標識が異なっている、請求項1記載の方法。
【請求項3】
細胞集団が初代細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項4】
第一および第二の活性化可能なタンパク質の活性化状態情報を使用して、少なくとも1つの細胞の細胞状態を決定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項5】
細胞の状態が薬物感受性である、請求項4記載の方法。
【請求項6】
結合エレメントと接触させる前に、前記集団を候補薬剤と接触させる工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項7】
候補薬剤が増強剤である、請求項6記載の方法。
【請求項8】
増強剤がサイトカインである、請求項7記載の方法。
【請求項9】
増強剤が成長因子である、請求項7記載の方法。
【請求項10】
活性化状態がリン酸化状態である、請求項1記載の方法。
【請求項11】
少なくとも1つの活性化可能なタンパク質がキナーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項12】
少なくとも1つの活性化可能なタンパク質がカスパーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項13】
a)少なくとも第一の活性化可能なタンパク質を含む細胞集団を提供する工程;
b)該細胞集団を、該細胞集団内の該第一の活性化可能なタンパク質によって修飾される少なくとも1つの第一の基質を含む複数の基質と接触させる工程;および
c)フローサイトメトリーを使用して、該活性化可能なタンパク質の活性化状態を検出する工程
を含む、単一細胞内の少なくとも第一の活性化可能なタンパク質の活性化状態を検出する方法。
【請求項1】
a)第一および第二の活性化可能なタンパク質を含む細胞集団を提供する工程;
b)i)該第一の活性化可能なタンパク質の第一のアイソフォームと結合する第一の活性化状態特異的結合エレメント、および、
ii)該第二の活性化可能なタンパク質の第一のアイソフォームと結合する第二の活性化状態特異的結合エレメント
を含む複数の活性化状態特異的結合エレメントと該細胞集団を接触させる工程;ならびに
c)フローサイトメトリーを使用して、該第一および第二の結合エレメントの結合の有無を検出し、該第一および第二の活性化可能なタンパク質の活性化状態を決定する工程
を含む、単一細胞内の少なくとも該第一と該第二の活性化可能なタンパク質の活性化状態を検出する方法。
【請求項2】
第一の結合エレメントが第一の標識で標識されており、第二の結合エレメントが第二の標識で標識されており、かつ該第一および第二の標識が異なっている、請求項1記載の方法。
【請求項3】
細胞集団が初代細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項4】
第一および第二の活性化可能なタンパク質の活性化状態情報を使用して、少なくとも1つの細胞の細胞状態を決定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項5】
細胞の状態が薬物感受性である、請求項4記載の方法。
【請求項6】
結合エレメントと接触させる前に、前記集団を候補薬剤と接触させる工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項7】
候補薬剤が増強剤である、請求項6記載の方法。
【請求項8】
増強剤がサイトカインである、請求項7記載の方法。
【請求項9】
増強剤が成長因子である、請求項7記載の方法。
【請求項10】
活性化状態がリン酸化状態である、請求項1記載の方法。
【請求項11】
少なくとも1つの活性化可能なタンパク質がキナーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項12】
少なくとも1つの活性化可能なタンパク質がカスパーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項13】
a)少なくとも第一の活性化可能なタンパク質を含む細胞集団を提供する工程;
b)該細胞集団を、該細胞集団内の該第一の活性化可能なタンパク質によって修飾される少なくとも1つの第一の基質を含む複数の基質と接触させる工程;および
c)フローサイトメトリーを使用して、該活性化可能なタンパク質の活性化状態を検出する工程
を含む、単一細胞内の少なくとも第一の活性化可能なタンパク質の活性化状態を検出する方法。
【図5】
【図6A】
【図6B】
【図6C】
【図6D】
【図6E】
【図6F】
【図7A】
【図7B】
【図8A】
【図8A−1】
【図8A−2】
【図8B】
【図8C】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図10C】
【図10D】
【図10E】
【図11】
【図12】
【図13A】
【図13B】
【図13C】
【図13D】
【図14A】
【図14B】
【図14C】
【図15A】
【図15B】
【図15C】
【図15D】
【図15E】
【図15F】
【図16A】
【図16B】
【図16C】
【図17A】
【図17B】
【図18A】
【図18B】
【図19A】
【図19B】
【図19C】
【図19D】
【図19E】
【図20A】
【図20B】
【図20C】
【図21A】
【図21B】
【図21C】
【図22A】
【図22B】
【図22C】
【図22D】
【図22E】
【図22F】
【図23A】
【図23B】
【図23C】
【図23D】
【図23E】
【図23F】
【図24A】
【図24B】
【図24C】
【図24D】
【図24E】
【図25A】
【図25B】
【図25C】
【図25D】
【図25E】
【図25F】
【図26A】
【図26B】
【図27A】
【図27B】
【図27C】
【図27D】
【図27E】
【図28A】
【図28B】
【図28C】
【図29A】
【図29B】
【図30A】
【図30B】
【図30C】
【図30D】
【図31A】
【図31B】
【図31C】
【図31D】
【図31E】
【図31F】
【図32A】
【図32B】
【図32C】
【図33A】
【図33B】
【図33C】
【図33D】
【図33E】
【図33F】
【図33G】
【図33H】
【図34A】
【図34B】
【図34C】
【図34D】
【図34E】
【図34F】
【図34G】
【図34H】
【図34I】
【図35A】
【図35B】
【図35C】
【図35D】
【図35E】
【図36】
【図37】
【図38A】
【図38A−1】
【図38A−2】
【図38A−3】
【図38A−4】
【図38B】
【図38C】
【図39】
【図40A】
【図40B】
【図41A】
【図41B】
【図41C】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45A】
【図45B−1】
【図45B−2】
【図46A】
【図46B】
【図46C】
【図6A】
【図6B】
【図6C】
【図6D】
【図6E】
【図6F】
【図7A】
【図7B】
【図8A】
【図8A−1】
【図8A−2】
【図8B】
【図8C】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図10C】
【図10D】
【図10E】
【図11】
【図12】
【図13A】
【図13B】
【図13C】
【図13D】
【図14A】
【図14B】
【図14C】
【図15A】
【図15B】
【図15C】
【図15D】
【図15E】
【図15F】
【図16A】
【図16B】
【図16C】
【図17A】
【図17B】
【図18A】
【図18B】
【図19A】
【図19B】
【図19C】
【図19D】
【図19E】
【図20A】
【図20B】
【図20C】
【図21A】
【図21B】
【図21C】
【図22A】
【図22B】
【図22C】
【図22D】
【図22E】
【図22F】
【図23A】
【図23B】
【図23C】
【図23D】
【図23E】
【図23F】
【図24A】
【図24B】
【図24C】
【図24D】
【図24E】
【図25A】
【図25B】
【図25C】
【図25D】
【図25E】
【図25F】
【図26A】
【図26B】
【図27A】
【図27B】
【図27C】
【図27D】
【図27E】
【図28A】
【図28B】
【図28C】
【図29A】
【図29B】
【図30A】
【図30B】
【図30C】
【図30D】
【図31A】
【図31B】
【図31C】
【図31D】
【図31E】
【図31F】
【図32A】
【図32B】
【図32C】
【図33A】
【図33B】
【図33C】
【図33D】
【図33E】
【図33F】
【図33G】
【図33H】
【図34A】
【図34B】
【図34C】
【図34D】
【図34E】
【図34F】
【図34G】
【図34H】
【図34I】
【図35A】
【図35B】
【図35C】
【図35D】
【図35E】
【図36】
【図37】
【図38A】
【図38A−1】
【図38A−2】
【図38A−3】
【図38A−4】
【図38B】
【図38C】
【図39】
【図40A】
【図40B】
【図41A】
【図41B】
【図41C】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45A】
【図45B−1】
【図45B−2】
【図46A】
【図46B】
【図46C】
【公表番号】特表2008−507286(P2008−507286A)
【公表日】平成20年3月13日(2008.3.13)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−522799(P2007−522799)
【出願日】平成17年7月21日(2005.7.21)
【国際出願番号】PCT/US2005/026026
【国際公開番号】WO2006/012507
【国際公開日】平成18年2月2日(2006.2.2)
【出願人】(505190208)ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ リランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー (4)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成20年3月13日(2008.3.13)
【国際特許分類】
【出願日】平成17年7月21日(2005.7.21)
【国際出願番号】PCT/US2005/026026
【国際公開番号】WO2006/012507
【国際公開日】平成18年2月2日(2006.2.2)
【出願人】(505190208)ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ リランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー (4)
【Fターム(参考)】
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