情報処理装置、情報処理方法及びそのプログラム
【課題】 要求に応じて利用者端末に視覚的にパスウェイを示すことができ、かつ、そのパスウェイを利用者端末において簡便に編集する環境を提供することができる情報処理装置、情報処理方法、及びそのプログラムを提供する。
【解決手段】 パスウェイ情報データベース１２は、タンパク質、アミノ酸、遺伝子などのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末３において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納する。検索処理部１４は、パスウェイ情報データベース１２に対して、検索要求受信部１３が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する。検索結果送信処理部１５は、検索処理部１４の検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末３へ送信する。
【解決手段】 パスウェイ情報データベース１２は、タンパク質、アミノ酸、遺伝子などのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末３において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納する。検索処理部１４は、パスウェイ情報データベース１２に対して、検索要求受信部１３が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する。検索結果送信処理部１５は、検索処理部１４の検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末３へ送信する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、複数の対象物間の関係を視覚的に表示するパスウェイに関する処理を行う情報処理装置、情報処理方法及びそのプログラムに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
生体を構成する遺伝子やタンパク質同士の関係を表現する方法のひとつとして、遺伝子やタンパク質をノードとして、そのノード間の相互作用をコントロールとして視覚的に表すパスウェイが用いられている。パスウェイとは細胞内に多数存在する蛋白質がお互いに関連を持ちながら一つの現象を行う（たとえば細胞接着や細胞分裂、神経伝達物質の放出など）過程のことである。この過程において人では約３万種ある蛋白質のうち特定のものが特定の時期に働き、一つのパスウェイを形成する。そして、このパスウェイを利用することにより疾患のメカニズム等を解析することに役立てている。
【０００３】
ところで、パスウェイ情報のデータベースは既に多く公開されており、公開されている情報に所定のツールを用いることでグラフ化して表示をすることもできる。例えば、サーバ上のデータベースに対してクライアントから目的とする疾患のメカニズム等を指示することにより、対応するパスウェイを画像で表示するシステムが開示されている（例えば、非特許文献１を参照。）。ここでは研究等によって人手で解明されてきたパスウェイ情報がデータベースに格納されており、それらの情報を簡単に表示できるというものである。
【０００４】
この非特許文献１に対して、例えば、その前提となるパスウェイ情報の登録について人手に頼らず、自動化するシステムについて開示されている（例えば、特許文献１を参照。）。特許文献１では、データベースに蓄えられた膨大な論文から、相互関係を有するサブスタンス（遺伝子等）の名前を抽出し、それに基づいてサブスタンス間の新たな相互作用を導出して表示するシステムが提案されている。サブスタンスの名前と、ファンクションに関するキーワードに基づいて機械的に相互関係を抽出している。
【０００５】
特許文献１では、既に確立されているパスウェイをＧＩＦ等の画像フォーマットで作成しておき、要求があったときに当該画像を表示するということが行われている。したがって、ユーザはデータベースに登録されているパスウェイをグラフィカルに表示することはできても、それを加工して別の表示をしたり、新たな相互関係を持つ遺伝子等の情報を追加したりすることも出来ないという問題がある。
【０００６】
そのような中、例えば、一部の製品では、パスウェイ情報をＸＭＬ形式で取り出すための技術が利用されている（例えば、非特許文献２を参照。）。非特許文献２におけるＸＭＬ形式でのパスウェイ情報は、単にコントロールとノードとの関連性を定義しただけであって、ユーザが視覚的に認識しやすいようなグラフィカルに表示するための定義が含まれておらず、ＸＭＬ形式で取り出したパスウェイ情報はそのままでは把握しにくいという問題がある。そのため非特許文献２では、取り出したＸＭＬ形式のパスウェイ情報をグラフィカルな表示をするために専用ソフトウェア等で描画の加工をしなければならない。
【０００７】
更に、遺伝子解析の分野では、解明されたパスウェイ等を積極的に公開して、公開されたパスウェイに更なる研究や解析が繰り返し行われることで、効率的な遺伝子解析が促進される。例えば非特許文献２のようにＸＭＬでパスウェイが取り出せることによってパスウェイ情報そのものが編集しやすくなり、新たな相互関係を追加しやすい環境が出来つつある。しかし、非特許文献２では、取り出したＸＭＬ情報がテキストデータとしてだけの利用しかできなく、視覚的な認識ができないという不便さがある。また当該システムがスタンドアローンでしか動作しないため、積極的にパスウェイ情報を公開するには不都合であるという問題がある。
【０００８】
【特許文献１】特開２００３−１８６８９４号公報
【非特許文献１】“医薬分子設計研究所”、［ｏｎｌｉｎｅ］、株式会社医薬分子設計研究所、［平成１６年１０月５日検索］、インターネット＜ＵＲＬ：http://www.immd.co.jp/product_1.html＞
【非特許文献２】“PathwayAssist, software for pathway analysis and visualization.”、［ｏｎｌｉｎｅ］、Ariadne Genomics Inc.、［平成１６年１０月５日検索］、インターネット＜ＵＲＬ：http://www.ariadnegenomics.com/products/pathway.html＞
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
上述したように、従来のパスウェイ提供装置は、視覚的に把握できる情報であるパスウェイを表示することはできてもそれを編集できないという問題がある。更に、編集可能なテキストデータとしてＸＭＬ等のフォーマットでパスウェイの情報が取り出せたとしても、編集中に視覚的にパスウェイの状態を確認できないので不便であるという問題や、編集後のパスウェイ情報であるＸＭＬデータはテキストデータなので、視覚的なパスウェイとして公開することが出来ないという問題がある。
【００１０】
本発明は、上述した事情を考慮してなされたもので、要求に応じて利用者端末に視覚的にパスウェイを示すことができ、かつ、そのパスウェイを利用者端末において簡便に編集する環境を提供することができる情報処理装置、情報処理方法、及びそのプログラムを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
この発明は、上述した課題を解決すべくなされたもので、本発明による情報処理装置においてはネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置であって、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースと、利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信手段と、パスウェイ情報データベースに対して、検索要求受信手段が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する検索手段と、検索手段の検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末へ送信可能な検索結果送信手段とを具備することを特徴とする。
【００１２】
これにより、本発明による情報処理装置は、利用者端末の要求に応じて利用者端末にパスウェイを視覚的に示すことができるとともに、視覚的に示したパスウェイの編集を可能とする環境を利用者端末に提供することができる。
【００１３】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記検索結果送信手段は、検索手段の検索結果で特定されるパスウェイの属性情報を利用者端末へ更に送信することを特徴とする。
これにより、利用者は、属性情報に含まれるパスウェイに関する詳細な情報や、パスウェイを構成するノードやコントロールに関する情報を参照することができる。
【００１４】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記編集プログラムは、利用者端末において視覚的に示されたパスウェイに含まれるノードやコントロールに対して属性情報を入力する機能を更に備えることを特徴とする。
これにより、利用者は、新規に追加するコントロールやノードに対して属性情報を付与することができる。
【００１５】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記パスウェイ情報データベースに格納される属性情報は、生物の構造に応じた階層情報を含むことを特徴とする。
これにより、生物の構造に応じた例えば臓器−組織−細胞をそれぞれ特定する階層情報を属性情報に含むため、遺伝子やタンパク質に関するパスウェイを効果的に分類することができる。
【００１６】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記利用者端末における編集作業に応じた編集結果を、ネットワークを介して利用者端末から受信する編集結果受信手段と、パスウェイ情報データベースに対して、編集結果受信手段が受信した編集結果を反映させる編集反映処理手段とを更に具備することを特徴とする。
これにより、随時編集結果を反映したパスウェイ情報データベースを、ネットワークを介して公開することができる。
【００１７】
また、本発明による情報処理方法においては、ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置を用いた情報処理方法であって、利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、検索要求受信ステップで受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末へ送信する検索結果送信ステップとを有することを特徴とする。
【００１８】
また、本発明によるプログラムは、ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置用のプログラムであって、利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、検索要求受信ステップで受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末へ送信する検索結果送信ステップとをコンピュータに実行させるためのプログラムである。
【発明の効果】
【００１９】
本発明による情報処理装置、情報処理方法及びそのプログラムによれば、パスウェイ情報を簡便に編集でき、かつ、編集後のパスウェイを公開することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２０】
以下、本発明の実施の形態を説明する。
本発明の一実施形態におけるサーバ（情報処理装置）は、ネットワークを介して利用者端末に視覚的なパスウェイ情報を編集可能な状態で提供するサーバであり、以下にその概略構成について説明を行う。尚、本実施形態のパスウェイは、遺伝子、たんぱく質、ＤＮＡ（Ｄｅｏｘｙｒｉｂｏ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ）、アミノ酸、及びそれらのグループのいずれかをノードで示し、ノード間の相互関係をコントロールで示すパスウェイである。図１は、本実施形態におけるサーバ及びそのサーバを含むシステムの概略構成を示す図である。
【００２１】
図１において、１は、サーバであり、遺伝子やたんぱく質の関係を示すパスウェイに関するパスウェイ情報を管理すると共に、後述するネットワーク２を介して後述する利用者端末３に対して、パスウェイ情報を編集可能な状態で提供する。２は、ネットワークであり、例えばインターネットである。３は、利用者端末Ａ、利用者端末Ｂ、利用者端末Ｃ、…（以下、単に利用者端末３とする）であり、ネットワーク２を介してサーバ１にアクセス可能なコンピュータ端末である。尚、利用者端末３は、図示していないが、マウスやキーボードなどの入力装置と、ＣＲＴ（Ｃａｔｈｏｄｅ Ｒａｙ Ｔｕｂｅ）や液晶ディスプレイなどの表示装置を具備している。
【００２２】
サーバ１が、利用者端末３に提供するパスウェイとは、例えば図２に示すような視覚的にノードの相互関係を把握できる画像である。図２は、本実施形態にけるパスウェイ例を示す図である。図２において、２０は、パスウェイであり、遺伝子、たんぱく質、ＤＮＡ、アミノ酸、及びそれらのグループいずれかを示すノードと、ノード間の相互関係を示すコントロールとから構成される相互関係図である。パスウェイ２０は、ノード２１〜２４と、コントロール２５〜２８を含む構成である。
【００２３】
図２において、ノード２１、２２、２４とノード２３の形が異なるように、ノードの形は、例えば遺伝子なら円、たんぱく質なら六角形というように、ノードが何を示すものであるかにより定義されている。また、各ノード２１、２２、２４には、Ａ、Ｂ、Ｄという遺伝子やたんぱく質の名称（又は識別コードなど）が付与されている。また、図２のコントロール２５〜２８に示すように、コントロールの形も、各ノード間の相互関係の種類、強さにより異なる。図２では、コントロールの形として、実線や点線の違いの他に、線の中央部分に四角や丸のマークが付与することで、コントロールにおける種々の違いを示している。
【００２４】
また、利用者端末３の利用者は、ウェブブラウザや後述する編集プログラム上に表示されたパスウェイ２０において、各ノード２１〜２４のいずれかをクリックすることで、クリックしたノードに関する情報（ノード属性情報）を参照することができる。同様に、利用者端末３の利用者は、表示されたパスウェイ２０において、各コントロール２５〜２８のいずれかをクリックすることで、クリックしたコントロールに関する情報（コントロール属性情報）を参照することができる。
【００２５】
本実施形態のサーバ１は、図２に示したようなパスウェイ２０を、要求に応じて利用者端末３に送信すると共に、利用者端末３の画面上で直接パスウェイ２０のノードやコントロールを編集可能な環境を提供し、更に、編集結果を自身が管理するパスウェイ情報に反映することができるという特徴を有する。これにより、例えば、ネットワーク２がインターネットであれば、世界中の研究者が、サーバ１に格納されるパスウェイの編集を行うことができ、サーバ１は、その編集結果を反映したパスウェイを提供できる。すなわち、最新の研究結果や理論等が反映された種々のパスウェイのデータベースを構築できる。
【００２６】
次に、図１に示すサーバ１の機能構成について説明する。１１は、制御部であり、サーバ１内の各処理部の制御やデータの流れの制御などを行う。１２は、パスウェイ情報データベースであり、図２で示したパスウェイ２０のような視覚的なパスウェイを表示するために必要なデータ（以下、パスウェイデータとする）、パスウェイの属性情報、及びパスウェイを構成するコントロールやノードのそれぞれの属性情報（コントロール属性情報及びノード属性情報）などを、パスウェイを識別する識別子に関連付けて格納している。また、パスウェイデータは、パスウェイを構成するコントロール情報及びノード情報からなり、当該コントロール情報／ノード情報の位置情報を定義する情報を含ませて全体として１つの相互関係を視覚的に示すデータである。尚、パスウェイ情報データベース１２の詳細なデータ構成については後述する。
【００２７】
１３は、検索要求受信部であり、利用者端末３から、所望のパスウェイの検索条件を含む検索要求を、ネットワーク２及び後述する送受信処理部１Ａを介して受信する。１４は、検索処理部であり、パスウェイ情報データベース１２から、検索要求受信部１３が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイデータを含むパスウェイ情報を検索して検索結果を出力する。
【００２８】
１５は、検索結果送信処理部であり、検索処理部１４が出力する検索結果を、上記検索要求の送信元である利用者端末３へ送信する。また、検索結果送信処理部１５は、利用者端末３において、パスウェイデータを基にパスウェイ２０が表示された場合に、表示されたパスウェイに対してコントロールやノードの追加や削除などの編集を行うことができる編集プログラムを検索結果と合わせて送信する機能も備える。
【００２９】
１６は、編集支援処理部であり、利用者端末３において編集プログラムが実行され、編集作業が行われている間に、利用者端末３から編集に必要な情報などの要求を受けると、この要求に対応して必要な情報を提供するなどの、利用者端末３における編集の支援処理を行う。例えば、利用者端末３において、パスウェイに追加しようとしている特定のノードがある場合に、その特定のノードに関する情報を提供する。
【００３０】
１７は、編集結果受信部であり、利用者端末３からパスウェイに対する編集結果を、ネットワーク２及び後述する送受信処理部１Ａを介して受信する。１８は、編集反映処理部であり、パスウェイ情報データベース１２に対して、編集結果受信部１７が受信した編集結果を反映する処理を行う。これにより、利用者端末３が検索要求により当該編集結果を反映したパスウェイを参照することができるようになる。また、編集反映処理部１８は、編集結果を反映する際に、編集結果により新たに追加、削除、又は変更された内容に応じて、更新したパスウェイ情報に対して、パスウェイ情報データベース１２内のデータ構造に適した属性を付与する機能を更に備えてもよい。
【００３１】
１９は、データベース管理部であり、パスウェイ情報データベース１２に格納しているパスウェイ情報に対する、更新履歴や更新内容を特定する情報を保存して、パスウェイ情報の更新管理を行なう。後述するとおり、本実施の形態ではパスウェイ情報データベース１２に格納されているパスウェイ情報が読み出されたり、編集して反映されたりするが、その際「いつ」「誰が」格納したパスウェイに対して読み出し・書き込みが行われるかが重要な情報となる。従って、データベース管理部１９においては、パスウェイのＩＤ毎に更新履歴が管理される。１Ａは、送受信処理部であり、ネットワーク２を介して例えば利用者端末３と通信を行う。
【００３２】
次に、図１に示したパスウェイ情報データベース１２のデータ構成の概念について説明する。図３−１は、図１に示したパスウェイ情報データベース１２における１つのパスウェイのデータ構成例を示す図である。図３−１に示すように、パスウェイ情報データベース１２に格納されるパスウェイの情報は、各パスウェイを識別する情報である「パスウェイＩＤ」に関連付けて、以下に示す情報を格納する。「パスウェイ属性情報」３０は、「パスウェイＩＤ」で特定されるパスウェイの属性に関する情報として、例えば人体のどの部分の細胞に関するのかや、どの疾患に関するのかなどの情報である。尚、本実施形態における「パスウェイ属性情報」３０の詳細については後述する。
【００３３】
「パスウェイデータ」４０は、図２に示したように視覚的にパスウェイを表示するために必要なデータであり、本実施形態ではＸＭＬをベースとするベクター・グラフィックス言語であるＳＶＧ（Ｓｃａｌａｂｌｅ Ｖｅｃｔｏｒ Ｇｒａｐｈｉｃｓ）を用いて記述されたデータである。このように、本実施形態においてパスウェイのデータ形式は、ＸＭＬ等のマークアップ言語を用い、特に、ＳＶＧ等の画像表示に有効な形式で格納することを特徴とする。
【００３４】
「ノード属性情報」５０は、「パスウェイデータ」４０に含まれる各ノードの属性に関する情報である。ノードの属性の情報とは、例えばたんぱく質を示すノードであれば、たんぱく質であることを示す情報、たんぱく質名、化学構造情報、関連するＤＮＡや化合物に関する情報やその情報の参照先の情報（ＵＲＬなど）など、ノードが示すものに関する情報であれば種々の情報を格納して好適である。
【００３５】
「コントロール属性情報」６０は、「パスウェイデータ」４０に含まれる各コントロールの属性に関する情報である。コントロールの属性の情報とは、コントロールの種類に関する情報（どのような意味付けで相互関連しているかを示す情報）、コントロールが結ぶ両ノードの相互作用や関連性の強さを示す情報、コントロールの信頼性を示す情報（相互関連を裏付ける実験データや文献など）、コントロールが成立する（ノード間の相互作用が起こる）場合の条件に関する情報などである。
【００３６】
次に、図３−１に示したパスウェイ情報データベース１２の格納する「パスウェイ属性情報」３０のＸＭＬデータ例を示して、その詳細を説明する。図３−２は、図３−１に示したパスウェイ情報データベース１２における「パスウェイ属性情報」３０のＸＭＬデータ例を示す図である。図３−２に示すように、「パスウェイ属性情報」３０は、ＸＭＬを用いて記述されており、“＜ｐａｔｈｗａｙ ・・・＞”と“＜／ｐａｔｈｗａｙ＞”のタグで囲まれた範囲が、図３−１で示した１つのパスウェイ情報として定義されている。つまり図３−２では、２つのパスウェイのＸＭＬデータが示されている。
【００３７】
本実施形態におけるパスウェイ情報データベース１２は、「パスウェイ属性情報」３０として、生物体（本実施形態では人間の体）の構造に応じた階層情報（例えば、図３−２の階層情報３１）を有する点に特徴がある。これは、例えば、同じアミノ酸であっても、心臓の表皮細胞における他のタンパク質との関わりと、腎臓の尿細管上皮細胞における他のタンパク質との関わりとが異なる（＝異なるパスウェイとなる）場合に有効な特徴である。本実施形態のパスウェイの属性情報は、生物の構造に応じた階層情報を有するので、上記のような場合でも、効率良くパスウェイを分類して格納することが可能である。
【００３８】
本実施形態における生物体の構造に応じた階層情報とは、階層情報３１に示すように、個体における特定の臓器を示す臓器情報、各臓器における特定の組織を示す組織情報、各組織における特定の細胞を示す細胞情報、及び各細胞における特定の構成要素（例えば、細胞質、細胞膜、核など）を示す細胞要素情報の４つの情報から構成される。尚、生物体の構造に応じた階層情報の構成としては、上述した限りではなく、例えば、個体情報−臓器情報−組織情報−細胞情報という構成など、種々の構成を用いて好適である。ここで個体情報とは、生物の種別（例えば、人間、猿、犬などの種類）を特定する情報である。
【００３９】
図３−２に示すように、「パスウェイ属性情報」３０は、「パスウェイＩＤ」で特定されるパスウェイに関する以下の情報を含む構成である。階層情報３１は、上述したように臓器情報−組織情報−細胞情報−細胞要素情報の各階層を特定する情報を示している。登録者情報３２は、このパスウェイを登録した登録者の名称情報である。所属情報３３は、登録者の所属する組織に関する情報である。バージョン情報３４は、このパスウェイのバージョンに関する情報である。即ち、パスウェイは、随時更新されてバージョンアップするものである。パスウェイ名３５は、このパスウェイの名称である。疾患情報３６は、このパスウェイが関係する疾患に関する情報である。機能情報３７は、このパスウェイが関連する他のパスウェイなどに関する情報である。
【００４０】
同様に、図３−３は、図３−１に示した「パスウェイデータ」４０、「ノード属性情報」５０、「コントロール属性情報」６０などパスウェイ情報を構成する他のデータについての例を示す図である。
【００４１】
「パスウェイデータ」４０である“＜ｓｖｇ・・・＞”と“＜／ｓｖｇ＞”のタグで囲まれた範囲には、後述するノードやコントロールをグラフィカルに表示するための情報が記載されている部分であり、本実施の形態ではＳＶＧを用いて記載している。例えば、“＜ｌｉｎｅ ｉｄ＝"Ｌ１"・・・・・＞”では、コントロールＬ１の線を表示するための始点・終点と色情報が定義され、更にそれを囲むように記載されている“＜ａ ｘｌｉｎｋ：ｈｒｅｆ＝"ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．・・・・・"＞”と“＜／ａ＞”により、文献へのハイパーリンク情報が埋め込まれている。同様にノードＮ１やＮ２の座標や、文字列“Ｎ１”、“Ｎ２”を表示するための定義などが記載されている。
【００４２】
次に「ノード属性情報」５０である“＜ｎｏｄｅｓ＞”と“＜／ｎｏｄｅｓ＞”とで囲まれた範囲には、複数のノードに関する情報が定義されている。この中で例えば、“＜ａｔｔｒ ｎａｍｅ＝"ＮｏｄｅＴｙｐｅ" ｖａｌｕｅ＝"・・・・・・"＞”の部分は、このノードのタイプを示すものであり「タンパク質（Ｐｒｏｔｅｉｎ）」やタンパク質等の「複合体（Ｃｏｍｐｌｅｘ）」などと定義されている。
【００４３】
また「コントロール属性情報」６０である“＜ｃｏｎｔｒｏｌｓ＞”と“＜／ｃｏｎｔｒｏｌｓ＞”とで囲まれた範囲には、複数のコントロールに関する情報が定義されている。このコントロールがどのノード間を接続しているか、或はその接続関係を裏付ける参考論文や実験に関するデータがどこに公開されているかというＵＲＬ情報に関する情報が定義される。
【００４４】
このように、パスウェイのデータはＸＭＬやＳＶＧ等のフォーマットで記載され、パスウェイ情報データベース１２に格納されている。上述したデータは１つのパスウェイ１つにつき、全ての情報を１つのファイルに納めてもよいし、或は任意の単位で分けて複数ファイルで納めておいてもよい。なお、ここに示したのはあくまでも一例であり、パスウェイに関する情報はこれに限られるものではない。
【００４５】
次に、図１に示したサーバ１におけるパスウェイ提供処理について説明する。
図４は、図１に示したサーバ１におけるパスウェイ提供処理を示すフロー図である。図４に示すように、まず、ステップＳ１において、検索要求受信部１３は、利用者端末３からネットワーク２及び送受信処理部２０を介してパスウェイの検索要求（検索条件を含む）を受信する。
【００４６】
次に、ステップＳ２において、検索処理部１４は、検索要求受信部１３が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイをパスウェイ情報データベース１２から検索する。次に、ステップＳ３において、検索結果送信処理部１５は、検索処理部１４が出力する検索結果及びその検索結果に含まれるパスウェイを編集するための編集プログラムを検索要求元の利用者端末３へ送信する。これにより、利用者端末３においては、図２に示したパスウェイ２０のような視覚的なパスウェイが表示され、かつ、表示されたパスウェイに対して編集作業を行うことができる。なお、編集プログラムは一度利用者端末３へ送信された後は、毎回送信する必要はなくなるので、利用者の要求に応じて必要な場合にのみ送信すれば良い。また、複数のパスウェイが検索結果として抽出された場合は、まず結果リストを利用者端末３へ送信し、その中から利用者が選択したパスウェイについて表示するようにしても良い。
【００４７】
次に、ステップＳ４において、編集支援処理部１６は、利用者端末３から編集支援要求を受信したか否かを判断する。ここで、編集支援要求を受信したと判断した場合（ステップＳ４のＹＥＳ）には、ステップＳ５に進み、編集支援処理部１６は、受信した編集支援要求に応じた支援情報を利用者端末３へ送信する。ここで編集支援要求とは、例えば利用者が新たな「ノードａ」をパスウェイに追加する場合に、利用者端末３は、パスウェイ情報データベース１２に格納されている「ノードａ」の属性情報を参照するための編集支援要求をサーバ１へ送信する。
【００４８】
次に、ステップＳ４において編集支援要求を受信していないと判断した場合（ステップＳ４のＮＯ）には、ステップＳ６において、編集結果受信部１７は、編集結果を利用者端末３から受信したか否かを判断する。ここで、編集結果を受信していない場合（ステップＳ６のＮＯ）には、ステップＳ４の処理に戻る。また、編集結果を受信した場合ステップＳ６のＹＥＳ）は、ステップＳ７において、編集反映処理部１８は、パスウェイ情報データベース１２に対して、編集結果受信部１７が受信した編集結果を反映する処理を行う。
【００４９】
編集プログラムは、利用者端末３へ送信された後、利用者端末３上で動作するように自動または手動でインストールされる。編集プログラムでは、視覚的に表示されたパスウェイに直接的にコントロールやノードを追加／削除できる。例えば新たにコントロールとノードを追加する際には、コントロールやノードの追加ボタンを押下することでまだパスウェイに接続されていないコントロール／ノードの一覧が画面上に表示され、マウス等のポインティングデバイスにより利用者が所望の位置に所望のコントロール／ノードを接続することができる。そして、追加したコントロールやノードについてそれぞれの属性情報を記入することにより、サーバ１から受信したパスウェイにコントロールやノードを追加する一連の処理が終わる。
【００５０】
なお、上記編集処理のユーザインターフェースは一例であり、コントロールやノードで表されるグラフ（パスウェイ）を編集する機能であれば良い。また、上記編集の例ではコントロールやノードの追加について説明したが、追加だけでなく削除したり、接続位置を変更したりするなど様々な機能が設けられる。
【００５１】
更に、サーバ１から受信したパスウェイデータは、ＳＶＧ等の言語で記載されるものであるので、上記視覚的な編集ではなくＸＭＬやＳＶＧを文字列で編集しても構わない。
【００５２】
編集プログラムで編集が成されたパスウェイ情報は、図３−２でも説明した通り、登録者情報３２として、登録者名情報も含まれる。
【００５３】
以上に示したように、サーバ１は、パスウェイ情報データベース１２に格納する視覚的に把握できるパスウェイをネットワーク２経由で公開しつつ、かつ、そのパスウェイに対して編集できる編集プログラムも提供している。更に、サーバ１は、パスウェイに対する編集結果を随時パスウェイ情報データベース１２に格納されるパスウェイ情報に反映することができる。これにより、本実施形態のサーバ１は、パスウェイ情報を簡便に閲覧／編集できる環境を提供し、かつ、編集後のパスウェイを公開することができる。
【００５４】
ここで、図４に示したステップＳ７において、編集反映処理部１８が行うパスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映させる処理の詳細について説明する。
図５は、図４に示したステップＳ７において、編集反映処理部１８が行うパスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映させる処理の詳細の一例を示す図である。図５に示すように、まず、ステップＳ１１において、編集反映処理部１８は、編集結果受信部１７が受信した編集結果で編集対象としているパスウェイに関する情報を、パスウェイ情報データベース１２から読み出す。
【００５５】
パスウェイ情報データベース１２からパスウェイに関する情報を読み出す際には、データベース管理部１９で管理されている更新履歴が使用される。例えばあるＩＤのパスウェイについて、ノードやコントロールが複数の利用者により次々に登録された場合、それらは、図３−２で示したパスウェイ属性情報３０のなかの、日付やバージョン番号として記録される。そして、サーバ１側では、この更新履歴を用いて、公開する範囲を設定することが出来るようになる。この範囲指定は、日付で制限をかけたりバージョン番号で制限をかけたり、サーバ１側で任意に設定できるようになっている。
【００５６】
次に、ステップＳ１２において、編集反映処理部１８は、読み出したパスウェイの属性情報と、編集結果に含まれる属性情報を比較することで、編集結果を反映しても属性情報に矛盾が生じないか等を確認する確認処理を行う。矛盾が生じると考えられるケースとしては、「胃」由来のパスウェイとして公開されたにも拘らず、利用者が「肺」由来のタンパク質に関するノードとコントロールを追加編集して返信してくる事などがある。本実施形態では図３−２でも説明したように、生物体の構造に応じた階層情報としてパスウェイの情報をパスウェイ情報データベース１２に格納しているため、パスウェイ情報データベース１２上のデータと利用者から返信されてきたパスウェイの属性情報同士を比較することにより効率的に矛盾を排除できるようになった。
【００５７】
次に、ステップＳ１３において、編集反映処理部１８は、ステップＳ１２の処理において属性情報に矛盾が生じないことを確認した場合は、ステップＳ１４に進み、編集反映処理部１８は、ステップＳ１１で読み出したパスウェイに対して、編集結果を基に編集及び更新を行う。次に、ステップＳ１５において、編集反映処理部１８は、更新後のパスウェイを要求に応じて閲覧可能な状態でパスウェイ情報データベース１２に格納する。これにより、更新後のパスウェイは、ネットワーク２を介して公開された状態となる。
【００５８】
また、ステップＳ１２の処理において属性情報に矛盾が生じないことを確認した場合は、編集反映処理部１８は、反映処理を終了する。すなわち、ステップＳ１２のＮＯの場合には、編集反映処理部１８は、パスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映しないようにする。これにより、例えば形式的に誤った内容を含む編集結果をパスウェイ情報データベース１２に反映してしまうことを防ぐことができる。
【００５９】
以上に説明したように、本実施形態におけるサーバ１は、ＳＶＧ形式のパスウェイ情報を格納し、利用者端末３からの要求に応じて当該パスウェイ情報を送信するが、この限りではなく、例えば公開することを許可しているパスウェイ情報のみを要求に応じて送信するようにしてもよい。
【００６０】
また、公開されたパスウェイ情報に対しては、容易にコントロールやノードを追加する等の編集作業が可能であり、その編集結果はサーバ１のパスウェイ情報データベース１２に反映される。このように、ネットワークを介して多くの研究者が、公開されたパスウェイ情報の更新を行うことが可能であるので、サーバ１の管理するパスウェイ情報データベース１２は、より有益なパスウェイのデータベースになることが期待できる。
【００６１】
［応用例］
次に、上述したパスウェイ情報を編集可能な状態で提供するサーバ１の応用例として、利用者毎にパスウェイに関する情報の公開可能な範囲を制限する公開制限サービスや、利用者の指定した情報が更新された場合にその更新内容を通知する更新通知サービスや、利用者のパスウェイ情報データベースへの新規情報の登録の契機を促すポイントサービスなどの機能を更に有するサーバ１ａについて説明する。
【００６２】
図６は、応用例であるサーバ１ａの機能構成を示すブロック図である。図６において、図１と同じ符号が付与されたブロックは、同様の機能を有するものであり、説明を省略する。尚、図６においては、利用者端末３を省略しているが、図１と同様に、ネットワーク２には利用者端末３が接続されているとする。以下、図１に示したサーバ１と異なる機能ブロックについて説明する。
【００６３】
パスウェイ情報データベース１２ａは、図３−１に示した情報に加えて、上記公開制限サービスを実現するために公開制限テーブルを格納する。この公開制限テーブルは、各パスウェイ情報や、各パスウェイデータ、各ノード属性情報などの必要に応じた範囲の情報に対して、利用者ＩＤ別の公開可能か否かを定めるフラグ（公開可能判別フラグ）を格納するテーブルである。また、公開制限テーブルには、有効期間が設定されている。この公開制限テーブルは、利用者は自身が登録したパスウェイに関する新規情報に対して設定可能である。これにより、他の利用者への登録した新規情報の開示を、任意の情報範囲、任意の期間、任意の使用レベル（書き込み可能か、印刷可能か、複写可能かなどを定めるレベル）で制限することができる。
【００６４】
検索処理部１４ａは、上述したパスウェイ情報データベース１２ａから、検索条件に応じたパスウェイデータを含むパスウェイ情報を検索して検索結果を出力する機能に加えて、検索時に公開制限テーブルを参照して検索要求元の利用者に公開可能な情報のみを開示する検索結果を出力する機能を更に有する。図８は、利用者端末３に表示される検索処理部１４ａの検索結果表示例を示す図である。図８に示すように、利用者端末３に表示される検索結果画面８０には、ｍＫＩＡＡｘｘ０５、ｍＫＩＡＡｘｘ０７、ｍＫＩＡＡｘｘ１８というコードの３つの遺伝子に関する情報の表示例が示されている。検索結果画面８０に示す破線８１で囲む領域が非表示領域（利用者が情報を閲覧できない領域）となっている。このように、サーバ１ａは、公開制限テーブルを参照して検索要求元である利用者に公開可能な情報のみを、利用者端末３に検索結果として画面表示させることができる。
【００６５】
データベース管理部１９ａは、上述したパスウェイ情報データベース１２ａに格納しているパスウェイ情報の更新管理の機能に加えて、後述する利用者情報データベース６０に格納している利用者情報に関する管理機能を更に有する。また、データベース管理部１９ａは、利用者情報データベース６０に格納する後述する要求情報を参照して、更新されたパスウェイ情報（又はその一部）が、利用者が更新の通知を希望する情報であると判断した場合には、後述する更新通知処理部６５へ当該情報が更新された旨を通知する。
【００６６】
利用者情報データベース６０は、利用者に関する種々の情報を格納する。
図７は、図６に示した利用者情報データベース６０のデータ構成例を示す図である。図７に示すように、利用者情報として利用者を特定する利用者ＩＤに関連付けて、認証処理に必要な「認証情報」、上述した公開制限サービスを含む登録処理に関する情報である「登録情報」、上述した更新通知サービスに関する設定情報である「要求情報」、上述したポイントサービスに利用するポイントに関する情報である「ポイント情報」などを格納する。
【００６７】
「認証情報」には、例えば、利用者ＩＤで特定される利用者の利用者名、パスワード、パスワードの有効期限など利用者を特定し、認証するために必要な情報が含まれている。このように、利用者を特定することで、利用者別に、公開制限サービスや更新通知サービスを行うことができると共に、サーバ１ａのセキュリティ性を向上している。
【００６８】
「登録情報」には、利用者ＩＤで特定される利用者が、過去に新規情報（遺伝子情報やタンパク質情報など）を登録したパスウェイ情報データベース１２ａに格納されるパスウェイ情報を特定するパスウェイＩＤ、パスウェイＩＤで特定されるパスウェイ情報に登録した新規情報の概要や内容に関する情報、パスウェイＩＤで特定されるパスウェイ情報に新規情報を登録した日時、及び登録した新規情報に対する公開制限情報が含まれる。
【００６９】
また、公開制限情報は、登録した新規情報の閲覧を許可する（公開対象とする）対象者（利用者）やその公開する度合いを定める公開許可レベルに関する情報と、公開を制限する期間に関する情報などが含まれる。尚、この公開制限情報に基づいて、上記公開制限テーブルが生成される。
【００７０】
「要求情報」には、更新通知サービスに関する設定情報が含まれる。具体的には、図７に示すように、更新時に通知を希望する情報を特定する情報である通知希望情報、通知希望情報で通知を希望する情報が更新された際に、更新内容を通知する方法を特定する通知方法情報などが含まれる。本実施形態では、更新内容の通知方法として、利用者がログインした際にポップアップウィンドウやログイン後の初期画面において、更新内容又は更新が有った旨と更新内容へのリンクを提示する第１の方法と、電子メールにて利用者に通知する第２の方法があり、利用者は任意の方法を選択できる。
【００７１】
「ポイント情報」には、利用者ＩＤで特定される利用者が過去に新規登録したことにより蓄積したポイントに関する情報が含まれる。尚、ポイント情報に含まれるポイントとは、上述したポイントサービスに利用されるものである。ここで、ポイントサービスとは、例えば一定以上のポイントを貯めた利用者には優先的に所定の情報を公開するなどのサービスである。
【００７２】
利用者認証処理部６１は、利用者端末３から認証要求を受けた際に、利用者情報データベース６０から「認証情報」を参照して、利用者の認証を行う。制限設定処理部６２は、図３に示す処理により利用者から新規情報がパスウェイ情報に対して登録された場合に、当該新規情報に対して公開を制限するための設定画面を利用者端末３に表示し、利用者に公開制限情報の入力を促す。また、制限設定処理部６２は、その設定画面において利用者が設定した公開制限情報を利用者情報データベース６０に格納すると共に、その公開制限情報を基に公開制限テーブルを生成して、パスウェイ情報データベース１２ａ内の公開制限テーブルに反映させる。
【００７３】
要求設定処理部６３は、利用者端末３から更新通知サービスの利用要求を受けた際に、更新通知サービスの利用に必要な情報（要求情報）を入力する設定画面を利用者端末３に表示し、利用者に要求情報の入力を促す。また、要求設定処理部６３は、その設定画面において利用者が設定した要求情報を利用者情報データベース６０に格納する。
【００７４】
ポイント管理部６４は、上述したポイントサービスを提供するポイントであって、利用者情報データベース６０に格納されているポイント情報を管理する。具体的には、利用者が、パスウェイ情報データベース１２ａに新規情報を登録した際に、ポイント加算を行い、ポイントサービスを利用した際には、サービスの対価として所定のポイントを減算する。
【００７５】
更新通知処理部６５は、データベース管理部１９ａから利用者が更新通知を希望する情報の更新の旨を受信した場合に、利用者情報データベース６０から要求情報を参照して、要求情報に含まれる通知方法情報に応じた通知を行うよう処理する。尚、更新通知処理部６５は、更新内容を通知する前に、公開制限テーブルを参照して、通知先の利用者に対して当該更新内容の公開許可があるかを確認する。ここで、公開許可がなければ、通知しないようにしてもよいし、更新があった旨及び公開許可を申し込む申込み先（更新内容の登録者）に関する情報を提供してもよい。
【００７６】
以上に示した構成により、サーバ１ａは、公開制限サービスを実現することで、安心して利用者が新規情報を登録できる環境を提供することができる。また、更新通知サービスを実現することで、利用者が必要とする情報をタイムリーに提供することができる。また、ポイントサービスを実現することで、利用者へパスウェイ情報データベース１２ａへの新規情報登録による利点を認識させ、より積極的な新規情報の登録を促すことができる。
【００７７】
次に、図６に示したサーバ１ａにおける登録処理、更新通知処理、及び更新通知設定処理の動作について説明する。図９は、図６に示したサーバ１ａにおける登録処理や更新通知に関する処理の動作例を示すフローチャートである。尚、以下の説明では、ログイン後の初期画面で更新通知の情報があれば通知するように要求情報が設定されているとする。図９に示すように、ステップＳ２１において、利用者認証処理部６１は、ログインを要求してきた利用者端末３の利用者の認証を行う。ここで、利用者が認証された場合には、次のステップＳ２２へ進む。
【００７８】
ステップＳ２２において、更新通知処理部６５は、更新通知の設定に応じて、更新通知すべき情報（以下、更新情報とする）があれば、ステップＳ２３に進み、その更新情報をログイン後の初期画面にて通知する。また、更新通知処理部６５は、通知すべき更新情報が無い場合には、次のステップＳ２４に進む。
【００７９】
ステップＳ２４において、利用者はログイン後の初期画面において、新規情報を登録する登録処理か、更新通知に関する設定を行う更新通知かのいずれかを選択し、この選択に関する情報（登録処理ｏｒ更新通知の選択を示す情報）をサーバ１ａが受信したとする。ここで、登録処理の選択を示す情報を受信した場合には、ステップＳ２５へ進み、更新通知の選択を示す情報を受信した場合には、ステップＳ２９へ進む。
【００８０】
ステップＳ２５において、サーバ１ａは、図４を用いて説明したパスウェイ提供処理と同様の処理を行う。但し、本実施形態において、上述した図４の処理と異なる点は、ステップＳ２〜Ｓ３における、検索処理及び検索結果の出力処理において、公開制限テーブルを参照して、公開制限されている情報は検索結果に含めないようにする処理を行う点である。
【００８１】
次に、ステップＳ２６において、制限設定処理部６２は、ステップＳ２５で登録した新規情報に対して公開制限を設定するための設定画面を利用者端末３に表示する。この設定画面において利用者が入力した情報を公開制限情報として、制限設定処理部６２は、利用者情報データベース６０に格納する。
【００８２】
次に、ステップＳ２７において、制限設定処理部６２は、利用者情報データベース６０に格納した公開制限情報を基に、公開制限テーブルを生成する。生成された公開制限テーブルは、パスウェイ情報データベース１２ａの対応する情報に紐付けて格納される。次に、ステップＳ２８において、ポイント管理部６４は、パスウェイ情報データベース１２ａに新規に登録された情報の重要度や信頼度などに応じたポイントを利用者のその時点のポイントに加算する。以上により、登録処理が終了する。
【００８３】
次に、更新通知の設定処理について説明する。ステップＳ２９において、要求設定処理部６３は、更新通知サービスの利用に必要な情報（要求情報）を入力する設定画面を利用者端末３に表示し、利用者に要求情報の入力を促す。この際、既に設定済みの要求情報があれば、その情報を修正可能な状態で設定画面に含めて表示してもよい。次に、ステップＳ３０において、要求設定処理部６３は、その設定画面において利用者が設定した要求情報を利用者情報データベース６０に格納する。以上により更新通知に関する設定処理が終了する。
【００８４】
以上に説明したように、本実施形態のサーバ１ａは、公開制限テーブルを生成することで、公開制限テーブルを用いて利用者毎にパスウェイに関する情報の公開可能な範囲を制限する公開制限サービスを実現することができる。また、サーバ１ａは、要求情報を利用者情報データベース６０に格納することで、利用者が望む更新情報を提供することができる。また、サーバ１ａは、利用者毎のポイントを利用者情報データベース６０に蓄積することで、ポイントサービスを提供することができる。
【００８５】
また、上述した実施形態において、図１及び図６に示したサーバ１及びサーバ１ａの各処理部は、ハードウェアとしてはメモリ及びＣＰＵ（中央演算装置）により構成され、各処理部の機能を実現する為のプログラムをメモリに読み込んでＣＰＵが実行することによりその機能を実現させるものである。また、これに限定されるものではなく、各処理部の一部の処理又は全部の処理を専用のハードウェアにより実現されるものであってもよい。
【００８６】
また、上記メモリは、ハードディスク装置や光磁気ディスク装置、フラッシュメモリ等の不揮発性のメモリや、ＣＤ−ＲＯＭ等の読み出しのみが可能な記録媒体、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）のような揮発性のメモリ、あるいはこれらの組合せによるコンピュータ読み取り、書き込み可能な記録媒体より構成されるものとする。
【００８７】
また、図１及び図６に示したサーバ１及びサーバ１ａの各処理部は、上述したようにコンピュータがプログラムを実行することによって実現しているが、そのプログラムをコンピュータに供給するための手段、例えばかかるプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体又はかかるプログラムを伝送する伝送媒体も本発明の実施形態として適用することができる。また、上記のプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体等のプログラムプロダクトも本発明の実施形態として適用することができる。上記のプログラム、記録媒体、伝送媒体及びプログラムプロダクトは、本発明の範疇に含まれる。
【００８８】
また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。さらに「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、インターネット等のネットワークや電話回線等の通信回線を介してプログラムが送信された場合のサーバやクライアントとなるコンピュータシステム内部の揮発メモリ（ＲＡＭ）のように、一定時間プログラムを保持しているものも含むものとする。
【００８９】
また、上記プログラムは、このプログラムを記憶装置等に格納したコンピュータシステムから、伝送媒体を介して、あるいは、伝送媒体中の伝送波により他のコンピュータシステムに伝送されてもよい。ここで、プログラムを伝送する「伝送媒体」は、インターネット等のネットワーク（通信網）や電話回線等の通信回線（通信線）のように情報を伝送する機能を有する媒体のことをいう。
【００９０】
また、上記プログラムは、前述した機能の一部を実現する為のものであっても良い。さらに、前述した機能をコンピュータシステムに既に記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるもの、いわゆる差分ファイル（差分プログラム）であっても良い。
【００９１】
以上、この発明の実施形態について図面を参照して詳述してきたが、具体的な構成はこの実施形態に限られるものではなく、この発明の要旨を逸脱しない範囲の設計等も含まれる。
【図面の簡単な説明】
【００９２】
【図１】本実施形態におけるサーバ及びそのサーバを含むシステムの概略構成を示す図である。
【図２】本実施形態にけるパスウェイ例を示す図である。
【図３−１】図１に示したパスウェイ情報データベース１２におけるデータ構成例を示す図である。
【図３−２】図３−１に示したパスウェイ情報データベース１２における「パスウェイ属性情報」３０のＸＭＬデータ例を示す図である。
【図３−３】図３−１に示した「パスウェイデータ」４０、「ノード属性情報」５０、「コントロール属性情報」６０などの構成例を示す図である。
【図４】図１に示したサーバ１におけるパスウェイ提供処理を示すフロー図である。
【図５】図４に示したステップＳ７において、編集反映処理部１８が行うパスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映させる処理の詳細の一例を示す図である。
【図６】応用例であるサーバ１ａの機能構成を示すブロック図である。
【図７】図６に示した利用者情報データベース６０のデータ構成例を示す図である。
【図８】利用者端末３に表示される検索処理部１４ａの検索結果表示例を示す図である。
【図９】図６に示したサーバ１ａにおける登録処理や更新通知設定処理の動作例を示すフローチャートである。
【符号の説明】
【００９３】
１ 情報処理装置
２ ネットワーク
３ 利用者端末Ａ、Ｂ、Ｃ、…（利用者端末３）
１１ 制御部
１２ パスウェイ情報データベース
１３ 検索要求受信部
１４ 検索処理部
１５ 検索結果送信処理部
１６ 編集支援処理部
１７ 編集結果受信部
１８ 編集反映処理部
１９ データベース管理部
２０ 送受信処理部
１２ａ パスウェイ情報データベース
１４ａ 検索処理部
１９ａ データベース管理部
６１ 利用者認証処理部
６２ 制限設定処理部
６３ 要求設定処理部
６４ ポイント管理部
６５ 更新通知処理部
【技術分野】
【０００１】
本発明は、複数の対象物間の関係を視覚的に表示するパスウェイに関する処理を行う情報処理装置、情報処理方法及びそのプログラムに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
生体を構成する遺伝子やタンパク質同士の関係を表現する方法のひとつとして、遺伝子やタンパク質をノードとして、そのノード間の相互作用をコントロールとして視覚的に表すパスウェイが用いられている。パスウェイとは細胞内に多数存在する蛋白質がお互いに関連を持ちながら一つの現象を行う（たとえば細胞接着や細胞分裂、神経伝達物質の放出など）過程のことである。この過程において人では約３万種ある蛋白質のうち特定のものが特定の時期に働き、一つのパスウェイを形成する。そして、このパスウェイを利用することにより疾患のメカニズム等を解析することに役立てている。
【０００３】
ところで、パスウェイ情報のデータベースは既に多く公開されており、公開されている情報に所定のツールを用いることでグラフ化して表示をすることもできる。例えば、サーバ上のデータベースに対してクライアントから目的とする疾患のメカニズム等を指示することにより、対応するパスウェイを画像で表示するシステムが開示されている（例えば、非特許文献１を参照。）。ここでは研究等によって人手で解明されてきたパスウェイ情報がデータベースに格納されており、それらの情報を簡単に表示できるというものである。
【０００４】
この非特許文献１に対して、例えば、その前提となるパスウェイ情報の登録について人手に頼らず、自動化するシステムについて開示されている（例えば、特許文献１を参照。）。特許文献１では、データベースに蓄えられた膨大な論文から、相互関係を有するサブスタンス（遺伝子等）の名前を抽出し、それに基づいてサブスタンス間の新たな相互作用を導出して表示するシステムが提案されている。サブスタンスの名前と、ファンクションに関するキーワードに基づいて機械的に相互関係を抽出している。
【０００５】
特許文献１では、既に確立されているパスウェイをＧＩＦ等の画像フォーマットで作成しておき、要求があったときに当該画像を表示するということが行われている。したがって、ユーザはデータベースに登録されているパスウェイをグラフィカルに表示することはできても、それを加工して別の表示をしたり、新たな相互関係を持つ遺伝子等の情報を追加したりすることも出来ないという問題がある。
【０００６】
そのような中、例えば、一部の製品では、パスウェイ情報をＸＭＬ形式で取り出すための技術が利用されている（例えば、非特許文献２を参照。）。非特許文献２におけるＸＭＬ形式でのパスウェイ情報は、単にコントロールとノードとの関連性を定義しただけであって、ユーザが視覚的に認識しやすいようなグラフィカルに表示するための定義が含まれておらず、ＸＭＬ形式で取り出したパスウェイ情報はそのままでは把握しにくいという問題がある。そのため非特許文献２では、取り出したＸＭＬ形式のパスウェイ情報をグラフィカルな表示をするために専用ソフトウェア等で描画の加工をしなければならない。
【０００７】
更に、遺伝子解析の分野では、解明されたパスウェイ等を積極的に公開して、公開されたパスウェイに更なる研究や解析が繰り返し行われることで、効率的な遺伝子解析が促進される。例えば非特許文献２のようにＸＭＬでパスウェイが取り出せることによってパスウェイ情報そのものが編集しやすくなり、新たな相互関係を追加しやすい環境が出来つつある。しかし、非特許文献２では、取り出したＸＭＬ情報がテキストデータとしてだけの利用しかできなく、視覚的な認識ができないという不便さがある。また当該システムがスタンドアローンでしか動作しないため、積極的にパスウェイ情報を公開するには不都合であるという問題がある。
【０００８】
【特許文献１】特開２００３−１８６８９４号公報
【非特許文献１】“医薬分子設計研究所”、［ｏｎｌｉｎｅ］、株式会社医薬分子設計研究所、［平成１６年１０月５日検索］、インターネット＜ＵＲＬ：http://www.immd.co.jp/product_1.html＞
【非特許文献２】“PathwayAssist, software for pathway analysis and visualization.”、［ｏｎｌｉｎｅ］、Ariadne Genomics Inc.、［平成１６年１０月５日検索］、インターネット＜ＵＲＬ：http://www.ariadnegenomics.com/products/pathway.html＞
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
上述したように、従来のパスウェイ提供装置は、視覚的に把握できる情報であるパスウェイを表示することはできてもそれを編集できないという問題がある。更に、編集可能なテキストデータとしてＸＭＬ等のフォーマットでパスウェイの情報が取り出せたとしても、編集中に視覚的にパスウェイの状態を確認できないので不便であるという問題や、編集後のパスウェイ情報であるＸＭＬデータはテキストデータなので、視覚的なパスウェイとして公開することが出来ないという問題がある。
【００１０】
本発明は、上述した事情を考慮してなされたもので、要求に応じて利用者端末に視覚的にパスウェイを示すことができ、かつ、そのパスウェイを利用者端末において簡便に編集する環境を提供することができる情報処理装置、情報処理方法、及びそのプログラムを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
この発明は、上述した課題を解決すべくなされたもので、本発明による情報処理装置においてはネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置であって、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースと、利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信手段と、パスウェイ情報データベースに対して、検索要求受信手段が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する検索手段と、検索手段の検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末へ送信可能な検索結果送信手段とを具備することを特徴とする。
【００１２】
これにより、本発明による情報処理装置は、利用者端末の要求に応じて利用者端末にパスウェイを視覚的に示すことができるとともに、視覚的に示したパスウェイの編集を可能とする環境を利用者端末に提供することができる。
【００１３】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記検索結果送信手段は、検索手段の検索結果で特定されるパスウェイの属性情報を利用者端末へ更に送信することを特徴とする。
これにより、利用者は、属性情報に含まれるパスウェイに関する詳細な情報や、パスウェイを構成するノードやコントロールに関する情報を参照することができる。
【００１４】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記編集プログラムは、利用者端末において視覚的に示されたパスウェイに含まれるノードやコントロールに対して属性情報を入力する機能を更に備えることを特徴とする。
これにより、利用者は、新規に追加するコントロールやノードに対して属性情報を付与することができる。
【００１５】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記パスウェイ情報データベースに格納される属性情報は、生物の構造に応じた階層情報を含むことを特徴とする。
これにより、生物の構造に応じた例えば臓器−組織−細胞をそれぞれ特定する階層情報を属性情報に含むため、遺伝子やタンパク質に関するパスウェイを効果的に分類することができる。
【００１６】
また、本発明による情報処理装置の一態様例においては、上記利用者端末における編集作業に応じた編集結果を、ネットワークを介して利用者端末から受信する編集結果受信手段と、パスウェイ情報データベースに対して、編集結果受信手段が受信した編集結果を反映させる編集反映処理手段とを更に具備することを特徴とする。
これにより、随時編集結果を反映したパスウェイ情報データベースを、ネットワークを介して公開することができる。
【００１７】
また、本発明による情報処理方法においては、ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置を用いた情報処理方法であって、利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、検索要求受信ステップで受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末へ送信する検索結果送信ステップとを有することを特徴とする。
【００１８】
また、本発明によるプログラムは、ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置用のプログラムであって、利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つのノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、検索要求受信ステップで受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイのパスウェイデータ及び属性情報を利用者端末へ送信する検索結果送信ステップとをコンピュータに実行させるためのプログラムである。
【発明の効果】
【００１９】
本発明による情報処理装置、情報処理方法及びそのプログラムによれば、パスウェイ情報を簡便に編集でき、かつ、編集後のパスウェイを公開することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２０】
以下、本発明の実施の形態を説明する。
本発明の一実施形態におけるサーバ（情報処理装置）は、ネットワークを介して利用者端末に視覚的なパスウェイ情報を編集可能な状態で提供するサーバであり、以下にその概略構成について説明を行う。尚、本実施形態のパスウェイは、遺伝子、たんぱく質、ＤＮＡ（Ｄｅｏｘｙｒｉｂｏ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ）、アミノ酸、及びそれらのグループのいずれかをノードで示し、ノード間の相互関係をコントロールで示すパスウェイである。図１は、本実施形態におけるサーバ及びそのサーバを含むシステムの概略構成を示す図である。
【００２１】
図１において、１は、サーバであり、遺伝子やたんぱく質の関係を示すパスウェイに関するパスウェイ情報を管理すると共に、後述するネットワーク２を介して後述する利用者端末３に対して、パスウェイ情報を編集可能な状態で提供する。２は、ネットワークであり、例えばインターネットである。３は、利用者端末Ａ、利用者端末Ｂ、利用者端末Ｃ、…（以下、単に利用者端末３とする）であり、ネットワーク２を介してサーバ１にアクセス可能なコンピュータ端末である。尚、利用者端末３は、図示していないが、マウスやキーボードなどの入力装置と、ＣＲＴ（Ｃａｔｈｏｄｅ Ｒａｙ Ｔｕｂｅ）や液晶ディスプレイなどの表示装置を具備している。
【００２２】
サーバ１が、利用者端末３に提供するパスウェイとは、例えば図２に示すような視覚的にノードの相互関係を把握できる画像である。図２は、本実施形態にけるパスウェイ例を示す図である。図２において、２０は、パスウェイであり、遺伝子、たんぱく質、ＤＮＡ、アミノ酸、及びそれらのグループいずれかを示すノードと、ノード間の相互関係を示すコントロールとから構成される相互関係図である。パスウェイ２０は、ノード２１〜２４と、コントロール２５〜２８を含む構成である。
【００２３】
図２において、ノード２１、２２、２４とノード２３の形が異なるように、ノードの形は、例えば遺伝子なら円、たんぱく質なら六角形というように、ノードが何を示すものであるかにより定義されている。また、各ノード２１、２２、２４には、Ａ、Ｂ、Ｄという遺伝子やたんぱく質の名称（又は識別コードなど）が付与されている。また、図２のコントロール２５〜２８に示すように、コントロールの形も、各ノード間の相互関係の種類、強さにより異なる。図２では、コントロールの形として、実線や点線の違いの他に、線の中央部分に四角や丸のマークが付与することで、コントロールにおける種々の違いを示している。
【００２４】
また、利用者端末３の利用者は、ウェブブラウザや後述する編集プログラム上に表示されたパスウェイ２０において、各ノード２１〜２４のいずれかをクリックすることで、クリックしたノードに関する情報（ノード属性情報）を参照することができる。同様に、利用者端末３の利用者は、表示されたパスウェイ２０において、各コントロール２５〜２８のいずれかをクリックすることで、クリックしたコントロールに関する情報（コントロール属性情報）を参照することができる。
【００２５】
本実施形態のサーバ１は、図２に示したようなパスウェイ２０を、要求に応じて利用者端末３に送信すると共に、利用者端末３の画面上で直接パスウェイ２０のノードやコントロールを編集可能な環境を提供し、更に、編集結果を自身が管理するパスウェイ情報に反映することができるという特徴を有する。これにより、例えば、ネットワーク２がインターネットであれば、世界中の研究者が、サーバ１に格納されるパスウェイの編集を行うことができ、サーバ１は、その編集結果を反映したパスウェイを提供できる。すなわち、最新の研究結果や理論等が反映された種々のパスウェイのデータベースを構築できる。
【００２６】
次に、図１に示すサーバ１の機能構成について説明する。１１は、制御部であり、サーバ１内の各処理部の制御やデータの流れの制御などを行う。１２は、パスウェイ情報データベースであり、図２で示したパスウェイ２０のような視覚的なパスウェイを表示するために必要なデータ（以下、パスウェイデータとする）、パスウェイの属性情報、及びパスウェイを構成するコントロールやノードのそれぞれの属性情報（コントロール属性情報及びノード属性情報）などを、パスウェイを識別する識別子に関連付けて格納している。また、パスウェイデータは、パスウェイを構成するコントロール情報及びノード情報からなり、当該コントロール情報／ノード情報の位置情報を定義する情報を含ませて全体として１つの相互関係を視覚的に示すデータである。尚、パスウェイ情報データベース１２の詳細なデータ構成については後述する。
【００２７】
１３は、検索要求受信部であり、利用者端末３から、所望のパスウェイの検索条件を含む検索要求を、ネットワーク２及び後述する送受信処理部１Ａを介して受信する。１４は、検索処理部であり、パスウェイ情報データベース１２から、検索要求受信部１３が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイデータを含むパスウェイ情報を検索して検索結果を出力する。
【００２８】
１５は、検索結果送信処理部であり、検索処理部１４が出力する検索結果を、上記検索要求の送信元である利用者端末３へ送信する。また、検索結果送信処理部１５は、利用者端末３において、パスウェイデータを基にパスウェイ２０が表示された場合に、表示されたパスウェイに対してコントロールやノードの追加や削除などの編集を行うことができる編集プログラムを検索結果と合わせて送信する機能も備える。
【００２９】
１６は、編集支援処理部であり、利用者端末３において編集プログラムが実行され、編集作業が行われている間に、利用者端末３から編集に必要な情報などの要求を受けると、この要求に対応して必要な情報を提供するなどの、利用者端末３における編集の支援処理を行う。例えば、利用者端末３において、パスウェイに追加しようとしている特定のノードがある場合に、その特定のノードに関する情報を提供する。
【００３０】
１７は、編集結果受信部であり、利用者端末３からパスウェイに対する編集結果を、ネットワーク２及び後述する送受信処理部１Ａを介して受信する。１８は、編集反映処理部であり、パスウェイ情報データベース１２に対して、編集結果受信部１７が受信した編集結果を反映する処理を行う。これにより、利用者端末３が検索要求により当該編集結果を反映したパスウェイを参照することができるようになる。また、編集反映処理部１８は、編集結果を反映する際に、編集結果により新たに追加、削除、又は変更された内容に応じて、更新したパスウェイ情報に対して、パスウェイ情報データベース１２内のデータ構造に適した属性を付与する機能を更に備えてもよい。
【００３１】
１９は、データベース管理部であり、パスウェイ情報データベース１２に格納しているパスウェイ情報に対する、更新履歴や更新内容を特定する情報を保存して、パスウェイ情報の更新管理を行なう。後述するとおり、本実施の形態ではパスウェイ情報データベース１２に格納されているパスウェイ情報が読み出されたり、編集して反映されたりするが、その際「いつ」「誰が」格納したパスウェイに対して読み出し・書き込みが行われるかが重要な情報となる。従って、データベース管理部１９においては、パスウェイのＩＤ毎に更新履歴が管理される。１Ａは、送受信処理部であり、ネットワーク２を介して例えば利用者端末３と通信を行う。
【００３２】
次に、図１に示したパスウェイ情報データベース１２のデータ構成の概念について説明する。図３−１は、図１に示したパスウェイ情報データベース１２における１つのパスウェイのデータ構成例を示す図である。図３−１に示すように、パスウェイ情報データベース１２に格納されるパスウェイの情報は、各パスウェイを識別する情報である「パスウェイＩＤ」に関連付けて、以下に示す情報を格納する。「パスウェイ属性情報」３０は、「パスウェイＩＤ」で特定されるパスウェイの属性に関する情報として、例えば人体のどの部分の細胞に関するのかや、どの疾患に関するのかなどの情報である。尚、本実施形態における「パスウェイ属性情報」３０の詳細については後述する。
【００３３】
「パスウェイデータ」４０は、図２に示したように視覚的にパスウェイを表示するために必要なデータであり、本実施形態ではＸＭＬをベースとするベクター・グラフィックス言語であるＳＶＧ（Ｓｃａｌａｂｌｅ Ｖｅｃｔｏｒ Ｇｒａｐｈｉｃｓ）を用いて記述されたデータである。このように、本実施形態においてパスウェイのデータ形式は、ＸＭＬ等のマークアップ言語を用い、特に、ＳＶＧ等の画像表示に有効な形式で格納することを特徴とする。
【００３４】
「ノード属性情報」５０は、「パスウェイデータ」４０に含まれる各ノードの属性に関する情報である。ノードの属性の情報とは、例えばたんぱく質を示すノードであれば、たんぱく質であることを示す情報、たんぱく質名、化学構造情報、関連するＤＮＡや化合物に関する情報やその情報の参照先の情報（ＵＲＬなど）など、ノードが示すものに関する情報であれば種々の情報を格納して好適である。
【００３５】
「コントロール属性情報」６０は、「パスウェイデータ」４０に含まれる各コントロールの属性に関する情報である。コントロールの属性の情報とは、コントロールの種類に関する情報（どのような意味付けで相互関連しているかを示す情報）、コントロールが結ぶ両ノードの相互作用や関連性の強さを示す情報、コントロールの信頼性を示す情報（相互関連を裏付ける実験データや文献など）、コントロールが成立する（ノード間の相互作用が起こる）場合の条件に関する情報などである。
【００３６】
次に、図３−１に示したパスウェイ情報データベース１２の格納する「パスウェイ属性情報」３０のＸＭＬデータ例を示して、その詳細を説明する。図３−２は、図３−１に示したパスウェイ情報データベース１２における「パスウェイ属性情報」３０のＸＭＬデータ例を示す図である。図３−２に示すように、「パスウェイ属性情報」３０は、ＸＭＬを用いて記述されており、“＜ｐａｔｈｗａｙ ・・・＞”と“＜／ｐａｔｈｗａｙ＞”のタグで囲まれた範囲が、図３−１で示した１つのパスウェイ情報として定義されている。つまり図３−２では、２つのパスウェイのＸＭＬデータが示されている。
【００３７】
本実施形態におけるパスウェイ情報データベース１２は、「パスウェイ属性情報」３０として、生物体（本実施形態では人間の体）の構造に応じた階層情報（例えば、図３−２の階層情報３１）を有する点に特徴がある。これは、例えば、同じアミノ酸であっても、心臓の表皮細胞における他のタンパク質との関わりと、腎臓の尿細管上皮細胞における他のタンパク質との関わりとが異なる（＝異なるパスウェイとなる）場合に有効な特徴である。本実施形態のパスウェイの属性情報は、生物の構造に応じた階層情報を有するので、上記のような場合でも、効率良くパスウェイを分類して格納することが可能である。
【００３８】
本実施形態における生物体の構造に応じた階層情報とは、階層情報３１に示すように、個体における特定の臓器を示す臓器情報、各臓器における特定の組織を示す組織情報、各組織における特定の細胞を示す細胞情報、及び各細胞における特定の構成要素（例えば、細胞質、細胞膜、核など）を示す細胞要素情報の４つの情報から構成される。尚、生物体の構造に応じた階層情報の構成としては、上述した限りではなく、例えば、個体情報−臓器情報−組織情報−細胞情報という構成など、種々の構成を用いて好適である。ここで個体情報とは、生物の種別（例えば、人間、猿、犬などの種類）を特定する情報である。
【００３９】
図３−２に示すように、「パスウェイ属性情報」３０は、「パスウェイＩＤ」で特定されるパスウェイに関する以下の情報を含む構成である。階層情報３１は、上述したように臓器情報−組織情報−細胞情報−細胞要素情報の各階層を特定する情報を示している。登録者情報３２は、このパスウェイを登録した登録者の名称情報である。所属情報３３は、登録者の所属する組織に関する情報である。バージョン情報３４は、このパスウェイのバージョンに関する情報である。即ち、パスウェイは、随時更新されてバージョンアップするものである。パスウェイ名３５は、このパスウェイの名称である。疾患情報３６は、このパスウェイが関係する疾患に関する情報である。機能情報３７は、このパスウェイが関連する他のパスウェイなどに関する情報である。
【００４０】
同様に、図３−３は、図３−１に示した「パスウェイデータ」４０、「ノード属性情報」５０、「コントロール属性情報」６０などパスウェイ情報を構成する他のデータについての例を示す図である。
【００４１】
「パスウェイデータ」４０である“＜ｓｖｇ・・・＞”と“＜／ｓｖｇ＞”のタグで囲まれた範囲には、後述するノードやコントロールをグラフィカルに表示するための情報が記載されている部分であり、本実施の形態ではＳＶＧを用いて記載している。例えば、“＜ｌｉｎｅ ｉｄ＝"Ｌ１"・・・・・＞”では、コントロールＬ１の線を表示するための始点・終点と色情報が定義され、更にそれを囲むように記載されている“＜ａ ｘｌｉｎｋ：ｈｒｅｆ＝"ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．・・・・・"＞”と“＜／ａ＞”により、文献へのハイパーリンク情報が埋め込まれている。同様にノードＮ１やＮ２の座標や、文字列“Ｎ１”、“Ｎ２”を表示するための定義などが記載されている。
【００４２】
次に「ノード属性情報」５０である“＜ｎｏｄｅｓ＞”と“＜／ｎｏｄｅｓ＞”とで囲まれた範囲には、複数のノードに関する情報が定義されている。この中で例えば、“＜ａｔｔｒ ｎａｍｅ＝"ＮｏｄｅＴｙｐｅ" ｖａｌｕｅ＝"・・・・・・"＞”の部分は、このノードのタイプを示すものであり「タンパク質（Ｐｒｏｔｅｉｎ）」やタンパク質等の「複合体（Ｃｏｍｐｌｅｘ）」などと定義されている。
【００４３】
また「コントロール属性情報」６０である“＜ｃｏｎｔｒｏｌｓ＞”と“＜／ｃｏｎｔｒｏｌｓ＞”とで囲まれた範囲には、複数のコントロールに関する情報が定義されている。このコントロールがどのノード間を接続しているか、或はその接続関係を裏付ける参考論文や実験に関するデータがどこに公開されているかというＵＲＬ情報に関する情報が定義される。
【００４４】
このように、パスウェイのデータはＸＭＬやＳＶＧ等のフォーマットで記載され、パスウェイ情報データベース１２に格納されている。上述したデータは１つのパスウェイ１つにつき、全ての情報を１つのファイルに納めてもよいし、或は任意の単位で分けて複数ファイルで納めておいてもよい。なお、ここに示したのはあくまでも一例であり、パスウェイに関する情報はこれに限られるものではない。
【００４５】
次に、図１に示したサーバ１におけるパスウェイ提供処理について説明する。
図４は、図１に示したサーバ１におけるパスウェイ提供処理を示すフロー図である。図４に示すように、まず、ステップＳ１において、検索要求受信部１３は、利用者端末３からネットワーク２及び送受信処理部２０を介してパスウェイの検索要求（検索条件を含む）を受信する。
【００４６】
次に、ステップＳ２において、検索処理部１４は、検索要求受信部１３が受信した検索要求に含まれる検索条件に応じたパスウェイをパスウェイ情報データベース１２から検索する。次に、ステップＳ３において、検索結果送信処理部１５は、検索処理部１４が出力する検索結果及びその検索結果に含まれるパスウェイを編集するための編集プログラムを検索要求元の利用者端末３へ送信する。これにより、利用者端末３においては、図２に示したパスウェイ２０のような視覚的なパスウェイが表示され、かつ、表示されたパスウェイに対して編集作業を行うことができる。なお、編集プログラムは一度利用者端末３へ送信された後は、毎回送信する必要はなくなるので、利用者の要求に応じて必要な場合にのみ送信すれば良い。また、複数のパスウェイが検索結果として抽出された場合は、まず結果リストを利用者端末３へ送信し、その中から利用者が選択したパスウェイについて表示するようにしても良い。
【００４７】
次に、ステップＳ４において、編集支援処理部１６は、利用者端末３から編集支援要求を受信したか否かを判断する。ここで、編集支援要求を受信したと判断した場合（ステップＳ４のＹＥＳ）には、ステップＳ５に進み、編集支援処理部１６は、受信した編集支援要求に応じた支援情報を利用者端末３へ送信する。ここで編集支援要求とは、例えば利用者が新たな「ノードａ」をパスウェイに追加する場合に、利用者端末３は、パスウェイ情報データベース１２に格納されている「ノードａ」の属性情報を参照するための編集支援要求をサーバ１へ送信する。
【００４８】
次に、ステップＳ４において編集支援要求を受信していないと判断した場合（ステップＳ４のＮＯ）には、ステップＳ６において、編集結果受信部１７は、編集結果を利用者端末３から受信したか否かを判断する。ここで、編集結果を受信していない場合（ステップＳ６のＮＯ）には、ステップＳ４の処理に戻る。また、編集結果を受信した場合ステップＳ６のＹＥＳ）は、ステップＳ７において、編集反映処理部１８は、パスウェイ情報データベース１２に対して、編集結果受信部１７が受信した編集結果を反映する処理を行う。
【００４９】
編集プログラムは、利用者端末３へ送信された後、利用者端末３上で動作するように自動または手動でインストールされる。編集プログラムでは、視覚的に表示されたパスウェイに直接的にコントロールやノードを追加／削除できる。例えば新たにコントロールとノードを追加する際には、コントロールやノードの追加ボタンを押下することでまだパスウェイに接続されていないコントロール／ノードの一覧が画面上に表示され、マウス等のポインティングデバイスにより利用者が所望の位置に所望のコントロール／ノードを接続することができる。そして、追加したコントロールやノードについてそれぞれの属性情報を記入することにより、サーバ１から受信したパスウェイにコントロールやノードを追加する一連の処理が終わる。
【００５０】
なお、上記編集処理のユーザインターフェースは一例であり、コントロールやノードで表されるグラフ（パスウェイ）を編集する機能であれば良い。また、上記編集の例ではコントロールやノードの追加について説明したが、追加だけでなく削除したり、接続位置を変更したりするなど様々な機能が設けられる。
【００５１】
更に、サーバ１から受信したパスウェイデータは、ＳＶＧ等の言語で記載されるものであるので、上記視覚的な編集ではなくＸＭＬやＳＶＧを文字列で編集しても構わない。
【００５２】
編集プログラムで編集が成されたパスウェイ情報は、図３−２でも説明した通り、登録者情報３２として、登録者名情報も含まれる。
【００５３】
以上に示したように、サーバ１は、パスウェイ情報データベース１２に格納する視覚的に把握できるパスウェイをネットワーク２経由で公開しつつ、かつ、そのパスウェイに対して編集できる編集プログラムも提供している。更に、サーバ１は、パスウェイに対する編集結果を随時パスウェイ情報データベース１２に格納されるパスウェイ情報に反映することができる。これにより、本実施形態のサーバ１は、パスウェイ情報を簡便に閲覧／編集できる環境を提供し、かつ、編集後のパスウェイを公開することができる。
【００５４】
ここで、図４に示したステップＳ７において、編集反映処理部１８が行うパスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映させる処理の詳細について説明する。
図５は、図４に示したステップＳ７において、編集反映処理部１８が行うパスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映させる処理の詳細の一例を示す図である。図５に示すように、まず、ステップＳ１１において、編集反映処理部１８は、編集結果受信部１７が受信した編集結果で編集対象としているパスウェイに関する情報を、パスウェイ情報データベース１２から読み出す。
【００５５】
パスウェイ情報データベース１２からパスウェイに関する情報を読み出す際には、データベース管理部１９で管理されている更新履歴が使用される。例えばあるＩＤのパスウェイについて、ノードやコントロールが複数の利用者により次々に登録された場合、それらは、図３−２で示したパスウェイ属性情報３０のなかの、日付やバージョン番号として記録される。そして、サーバ１側では、この更新履歴を用いて、公開する範囲を設定することが出来るようになる。この範囲指定は、日付で制限をかけたりバージョン番号で制限をかけたり、サーバ１側で任意に設定できるようになっている。
【００５６】
次に、ステップＳ１２において、編集反映処理部１８は、読み出したパスウェイの属性情報と、編集結果に含まれる属性情報を比較することで、編集結果を反映しても属性情報に矛盾が生じないか等を確認する確認処理を行う。矛盾が生じると考えられるケースとしては、「胃」由来のパスウェイとして公開されたにも拘らず、利用者が「肺」由来のタンパク質に関するノードとコントロールを追加編集して返信してくる事などがある。本実施形態では図３−２でも説明したように、生物体の構造に応じた階層情報としてパスウェイの情報をパスウェイ情報データベース１２に格納しているため、パスウェイ情報データベース１２上のデータと利用者から返信されてきたパスウェイの属性情報同士を比較することにより効率的に矛盾を排除できるようになった。
【００５７】
次に、ステップＳ１３において、編集反映処理部１８は、ステップＳ１２の処理において属性情報に矛盾が生じないことを確認した場合は、ステップＳ１４に進み、編集反映処理部１８は、ステップＳ１１で読み出したパスウェイに対して、編集結果を基に編集及び更新を行う。次に、ステップＳ１５において、編集反映処理部１８は、更新後のパスウェイを要求に応じて閲覧可能な状態でパスウェイ情報データベース１２に格納する。これにより、更新後のパスウェイは、ネットワーク２を介して公開された状態となる。
【００５８】
また、ステップＳ１２の処理において属性情報に矛盾が生じないことを確認した場合は、編集反映処理部１８は、反映処理を終了する。すなわち、ステップＳ１２のＮＯの場合には、編集反映処理部１８は、パスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映しないようにする。これにより、例えば形式的に誤った内容を含む編集結果をパスウェイ情報データベース１２に反映してしまうことを防ぐことができる。
【００５９】
以上に説明したように、本実施形態におけるサーバ１は、ＳＶＧ形式のパスウェイ情報を格納し、利用者端末３からの要求に応じて当該パスウェイ情報を送信するが、この限りではなく、例えば公開することを許可しているパスウェイ情報のみを要求に応じて送信するようにしてもよい。
【００６０】
また、公開されたパスウェイ情報に対しては、容易にコントロールやノードを追加する等の編集作業が可能であり、その編集結果はサーバ１のパスウェイ情報データベース１２に反映される。このように、ネットワークを介して多くの研究者が、公開されたパスウェイ情報の更新を行うことが可能であるので、サーバ１の管理するパスウェイ情報データベース１２は、より有益なパスウェイのデータベースになることが期待できる。
【００６１】
［応用例］
次に、上述したパスウェイ情報を編集可能な状態で提供するサーバ１の応用例として、利用者毎にパスウェイに関する情報の公開可能な範囲を制限する公開制限サービスや、利用者の指定した情報が更新された場合にその更新内容を通知する更新通知サービスや、利用者のパスウェイ情報データベースへの新規情報の登録の契機を促すポイントサービスなどの機能を更に有するサーバ１ａについて説明する。
【００６２】
図６は、応用例であるサーバ１ａの機能構成を示すブロック図である。図６において、図１と同じ符号が付与されたブロックは、同様の機能を有するものであり、説明を省略する。尚、図６においては、利用者端末３を省略しているが、図１と同様に、ネットワーク２には利用者端末３が接続されているとする。以下、図１に示したサーバ１と異なる機能ブロックについて説明する。
【００６３】
パスウェイ情報データベース１２ａは、図３−１に示した情報に加えて、上記公開制限サービスを実現するために公開制限テーブルを格納する。この公開制限テーブルは、各パスウェイ情報や、各パスウェイデータ、各ノード属性情報などの必要に応じた範囲の情報に対して、利用者ＩＤ別の公開可能か否かを定めるフラグ（公開可能判別フラグ）を格納するテーブルである。また、公開制限テーブルには、有効期間が設定されている。この公開制限テーブルは、利用者は自身が登録したパスウェイに関する新規情報に対して設定可能である。これにより、他の利用者への登録した新規情報の開示を、任意の情報範囲、任意の期間、任意の使用レベル（書き込み可能か、印刷可能か、複写可能かなどを定めるレベル）で制限することができる。
【００６４】
検索処理部１４ａは、上述したパスウェイ情報データベース１２ａから、検索条件に応じたパスウェイデータを含むパスウェイ情報を検索して検索結果を出力する機能に加えて、検索時に公開制限テーブルを参照して検索要求元の利用者に公開可能な情報のみを開示する検索結果を出力する機能を更に有する。図８は、利用者端末３に表示される検索処理部１４ａの検索結果表示例を示す図である。図８に示すように、利用者端末３に表示される検索結果画面８０には、ｍＫＩＡＡｘｘ０５、ｍＫＩＡＡｘｘ０７、ｍＫＩＡＡｘｘ１８というコードの３つの遺伝子に関する情報の表示例が示されている。検索結果画面８０に示す破線８１で囲む領域が非表示領域（利用者が情報を閲覧できない領域）となっている。このように、サーバ１ａは、公開制限テーブルを参照して検索要求元である利用者に公開可能な情報のみを、利用者端末３に検索結果として画面表示させることができる。
【００６５】
データベース管理部１９ａは、上述したパスウェイ情報データベース１２ａに格納しているパスウェイ情報の更新管理の機能に加えて、後述する利用者情報データベース６０に格納している利用者情報に関する管理機能を更に有する。また、データベース管理部１９ａは、利用者情報データベース６０に格納する後述する要求情報を参照して、更新されたパスウェイ情報（又はその一部）が、利用者が更新の通知を希望する情報であると判断した場合には、後述する更新通知処理部６５へ当該情報が更新された旨を通知する。
【００６６】
利用者情報データベース６０は、利用者に関する種々の情報を格納する。
図７は、図６に示した利用者情報データベース６０のデータ構成例を示す図である。図７に示すように、利用者情報として利用者を特定する利用者ＩＤに関連付けて、認証処理に必要な「認証情報」、上述した公開制限サービスを含む登録処理に関する情報である「登録情報」、上述した更新通知サービスに関する設定情報である「要求情報」、上述したポイントサービスに利用するポイントに関する情報である「ポイント情報」などを格納する。
【００６７】
「認証情報」には、例えば、利用者ＩＤで特定される利用者の利用者名、パスワード、パスワードの有効期限など利用者を特定し、認証するために必要な情報が含まれている。このように、利用者を特定することで、利用者別に、公開制限サービスや更新通知サービスを行うことができると共に、サーバ１ａのセキュリティ性を向上している。
【００６８】
「登録情報」には、利用者ＩＤで特定される利用者が、過去に新規情報（遺伝子情報やタンパク質情報など）を登録したパスウェイ情報データベース１２ａに格納されるパスウェイ情報を特定するパスウェイＩＤ、パスウェイＩＤで特定されるパスウェイ情報に登録した新規情報の概要や内容に関する情報、パスウェイＩＤで特定されるパスウェイ情報に新規情報を登録した日時、及び登録した新規情報に対する公開制限情報が含まれる。
【００６９】
また、公開制限情報は、登録した新規情報の閲覧を許可する（公開対象とする）対象者（利用者）やその公開する度合いを定める公開許可レベルに関する情報と、公開を制限する期間に関する情報などが含まれる。尚、この公開制限情報に基づいて、上記公開制限テーブルが生成される。
【００７０】
「要求情報」には、更新通知サービスに関する設定情報が含まれる。具体的には、図７に示すように、更新時に通知を希望する情報を特定する情報である通知希望情報、通知希望情報で通知を希望する情報が更新された際に、更新内容を通知する方法を特定する通知方法情報などが含まれる。本実施形態では、更新内容の通知方法として、利用者がログインした際にポップアップウィンドウやログイン後の初期画面において、更新内容又は更新が有った旨と更新内容へのリンクを提示する第１の方法と、電子メールにて利用者に通知する第２の方法があり、利用者は任意の方法を選択できる。
【００７１】
「ポイント情報」には、利用者ＩＤで特定される利用者が過去に新規登録したことにより蓄積したポイントに関する情報が含まれる。尚、ポイント情報に含まれるポイントとは、上述したポイントサービスに利用されるものである。ここで、ポイントサービスとは、例えば一定以上のポイントを貯めた利用者には優先的に所定の情報を公開するなどのサービスである。
【００７２】
利用者認証処理部６１は、利用者端末３から認証要求を受けた際に、利用者情報データベース６０から「認証情報」を参照して、利用者の認証を行う。制限設定処理部６２は、図３に示す処理により利用者から新規情報がパスウェイ情報に対して登録された場合に、当該新規情報に対して公開を制限するための設定画面を利用者端末３に表示し、利用者に公開制限情報の入力を促す。また、制限設定処理部６２は、その設定画面において利用者が設定した公開制限情報を利用者情報データベース６０に格納すると共に、その公開制限情報を基に公開制限テーブルを生成して、パスウェイ情報データベース１２ａ内の公開制限テーブルに反映させる。
【００７３】
要求設定処理部６３は、利用者端末３から更新通知サービスの利用要求を受けた際に、更新通知サービスの利用に必要な情報（要求情報）を入力する設定画面を利用者端末３に表示し、利用者に要求情報の入力を促す。また、要求設定処理部６３は、その設定画面において利用者が設定した要求情報を利用者情報データベース６０に格納する。
【００７４】
ポイント管理部６４は、上述したポイントサービスを提供するポイントであって、利用者情報データベース６０に格納されているポイント情報を管理する。具体的には、利用者が、パスウェイ情報データベース１２ａに新規情報を登録した際に、ポイント加算を行い、ポイントサービスを利用した際には、サービスの対価として所定のポイントを減算する。
【００７５】
更新通知処理部６５は、データベース管理部１９ａから利用者が更新通知を希望する情報の更新の旨を受信した場合に、利用者情報データベース６０から要求情報を参照して、要求情報に含まれる通知方法情報に応じた通知を行うよう処理する。尚、更新通知処理部６５は、更新内容を通知する前に、公開制限テーブルを参照して、通知先の利用者に対して当該更新内容の公開許可があるかを確認する。ここで、公開許可がなければ、通知しないようにしてもよいし、更新があった旨及び公開許可を申し込む申込み先（更新内容の登録者）に関する情報を提供してもよい。
【００７６】
以上に示した構成により、サーバ１ａは、公開制限サービスを実現することで、安心して利用者が新規情報を登録できる環境を提供することができる。また、更新通知サービスを実現することで、利用者が必要とする情報をタイムリーに提供することができる。また、ポイントサービスを実現することで、利用者へパスウェイ情報データベース１２ａへの新規情報登録による利点を認識させ、より積極的な新規情報の登録を促すことができる。
【００７７】
次に、図６に示したサーバ１ａにおける登録処理、更新通知処理、及び更新通知設定処理の動作について説明する。図９は、図６に示したサーバ１ａにおける登録処理や更新通知に関する処理の動作例を示すフローチャートである。尚、以下の説明では、ログイン後の初期画面で更新通知の情報があれば通知するように要求情報が設定されているとする。図９に示すように、ステップＳ２１において、利用者認証処理部６１は、ログインを要求してきた利用者端末３の利用者の認証を行う。ここで、利用者が認証された場合には、次のステップＳ２２へ進む。
【００７８】
ステップＳ２２において、更新通知処理部６５は、更新通知の設定に応じて、更新通知すべき情報（以下、更新情報とする）があれば、ステップＳ２３に進み、その更新情報をログイン後の初期画面にて通知する。また、更新通知処理部６５は、通知すべき更新情報が無い場合には、次のステップＳ２４に進む。
【００７９】
ステップＳ２４において、利用者はログイン後の初期画面において、新規情報を登録する登録処理か、更新通知に関する設定を行う更新通知かのいずれかを選択し、この選択に関する情報（登録処理ｏｒ更新通知の選択を示す情報）をサーバ１ａが受信したとする。ここで、登録処理の選択を示す情報を受信した場合には、ステップＳ２５へ進み、更新通知の選択を示す情報を受信した場合には、ステップＳ２９へ進む。
【００８０】
ステップＳ２５において、サーバ１ａは、図４を用いて説明したパスウェイ提供処理と同様の処理を行う。但し、本実施形態において、上述した図４の処理と異なる点は、ステップＳ２〜Ｓ３における、検索処理及び検索結果の出力処理において、公開制限テーブルを参照して、公開制限されている情報は検索結果に含めないようにする処理を行う点である。
【００８１】
次に、ステップＳ２６において、制限設定処理部６２は、ステップＳ２５で登録した新規情報に対して公開制限を設定するための設定画面を利用者端末３に表示する。この設定画面において利用者が入力した情報を公開制限情報として、制限設定処理部６２は、利用者情報データベース６０に格納する。
【００８２】
次に、ステップＳ２７において、制限設定処理部６２は、利用者情報データベース６０に格納した公開制限情報を基に、公開制限テーブルを生成する。生成された公開制限テーブルは、パスウェイ情報データベース１２ａの対応する情報に紐付けて格納される。次に、ステップＳ２８において、ポイント管理部６４は、パスウェイ情報データベース１２ａに新規に登録された情報の重要度や信頼度などに応じたポイントを利用者のその時点のポイントに加算する。以上により、登録処理が終了する。
【００８３】
次に、更新通知の設定処理について説明する。ステップＳ２９において、要求設定処理部６３は、更新通知サービスの利用に必要な情報（要求情報）を入力する設定画面を利用者端末３に表示し、利用者に要求情報の入力を促す。この際、既に設定済みの要求情報があれば、その情報を修正可能な状態で設定画面に含めて表示してもよい。次に、ステップＳ３０において、要求設定処理部６３は、その設定画面において利用者が設定した要求情報を利用者情報データベース６０に格納する。以上により更新通知に関する設定処理が終了する。
【００８４】
以上に説明したように、本実施形態のサーバ１ａは、公開制限テーブルを生成することで、公開制限テーブルを用いて利用者毎にパスウェイに関する情報の公開可能な範囲を制限する公開制限サービスを実現することができる。また、サーバ１ａは、要求情報を利用者情報データベース６０に格納することで、利用者が望む更新情報を提供することができる。また、サーバ１ａは、利用者毎のポイントを利用者情報データベース６０に蓄積することで、ポイントサービスを提供することができる。
【００８５】
また、上述した実施形態において、図１及び図６に示したサーバ１及びサーバ１ａの各処理部は、ハードウェアとしてはメモリ及びＣＰＵ（中央演算装置）により構成され、各処理部の機能を実現する為のプログラムをメモリに読み込んでＣＰＵが実行することによりその機能を実現させるものである。また、これに限定されるものではなく、各処理部の一部の処理又は全部の処理を専用のハードウェアにより実現されるものであってもよい。
【００８６】
また、上記メモリは、ハードディスク装置や光磁気ディスク装置、フラッシュメモリ等の不揮発性のメモリや、ＣＤ−ＲＯＭ等の読み出しのみが可能な記録媒体、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）のような揮発性のメモリ、あるいはこれらの組合せによるコンピュータ読み取り、書き込み可能な記録媒体より構成されるものとする。
【００８７】
また、図１及び図６に示したサーバ１及びサーバ１ａの各処理部は、上述したようにコンピュータがプログラムを実行することによって実現しているが、そのプログラムをコンピュータに供給するための手段、例えばかかるプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体又はかかるプログラムを伝送する伝送媒体も本発明の実施形態として適用することができる。また、上記のプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体等のプログラムプロダクトも本発明の実施形態として適用することができる。上記のプログラム、記録媒体、伝送媒体及びプログラムプロダクトは、本発明の範疇に含まれる。
【００８８】
また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。さらに「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、インターネット等のネットワークや電話回線等の通信回線を介してプログラムが送信された場合のサーバやクライアントとなるコンピュータシステム内部の揮発メモリ（ＲＡＭ）のように、一定時間プログラムを保持しているものも含むものとする。
【００８９】
また、上記プログラムは、このプログラムを記憶装置等に格納したコンピュータシステムから、伝送媒体を介して、あるいは、伝送媒体中の伝送波により他のコンピュータシステムに伝送されてもよい。ここで、プログラムを伝送する「伝送媒体」は、インターネット等のネットワーク（通信網）や電話回線等の通信回線（通信線）のように情報を伝送する機能を有する媒体のことをいう。
【００９０】
また、上記プログラムは、前述した機能の一部を実現する為のものであっても良い。さらに、前述した機能をコンピュータシステムに既に記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるもの、いわゆる差分ファイル（差分プログラム）であっても良い。
【００９１】
以上、この発明の実施形態について図面を参照して詳述してきたが、具体的な構成はこの実施形態に限られるものではなく、この発明の要旨を逸脱しない範囲の設計等も含まれる。
【図面の簡単な説明】
【００９２】
【図１】本実施形態におけるサーバ及びそのサーバを含むシステムの概略構成を示す図である。
【図２】本実施形態にけるパスウェイ例を示す図である。
【図３−１】図１に示したパスウェイ情報データベース１２におけるデータ構成例を示す図である。
【図３−２】図３−１に示したパスウェイ情報データベース１２における「パスウェイ属性情報」３０のＸＭＬデータ例を示す図である。
【図３−３】図３−１に示した「パスウェイデータ」４０、「ノード属性情報」５０、「コントロール属性情報」６０などの構成例を示す図である。
【図４】図１に示したサーバ１におけるパスウェイ提供処理を示すフロー図である。
【図５】図４に示したステップＳ７において、編集反映処理部１８が行うパスウェイ情報データベース１２に対して編集結果を反映させる処理の詳細の一例を示す図である。
【図６】応用例であるサーバ１ａの機能構成を示すブロック図である。
【図７】図６に示した利用者情報データベース６０のデータ構成例を示す図である。
【図８】利用者端末３に表示される検索処理部１４ａの検索結果表示例を示す図である。
【図９】図６に示したサーバ１ａにおける登録処理や更新通知設定処理の動作例を示すフローチャートである。
【符号の説明】
【００９３】
１ 情報処理装置
２ ネットワーク
３ 利用者端末Ａ、Ｂ、Ｃ、…（利用者端末３）
１１ 制御部
１２ パスウェイ情報データベース
１３ 検索要求受信部
１４ 検索処理部
１５ 検索結果送信処理部
１６ 編集支援処理部
１７ 編集結果受信部
１８ 編集反映処理部
１９ データベース管理部
２０ 送受信処理部
１２ａ パスウェイ情報データベース
１４ａ 検索処理部
１９ａ データベース管理部
６１ 利用者認証処理部
６２ 制限設定処理部
６３ 要求設定処理部
６４ ポイント管理部
６５ 更新通知処理部
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置であって、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つの前記ノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを前記利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、前記パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースと、
前記利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信手段と、
前記パスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信手段が受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイを検索する検索手段と、
前記検索手段の検索結果で特定されるパスウェイの前記パスウェイデータと、前記利用者端末において実行可能なプログラムであって、前記利用者端末において視覚的に示されたパスウェイに対して編集作業を可能とする編集プログラムとを前記利用者端末へ送信可能な検索結果送信手段と
を具備することを特徴とする情報処理装置。
【請求項２】
前記検索結果送信手段は、前記検索手段の検索結果で特定されるパスウェイの属性情報を前記利用者端末へ更に送信することを特徴とする請求項１に記載の情報処理装置。
【請求項３】
前記編集プログラムは、前記利用者端末において視覚的に示された前記パスウェイに含まれるノードやコントロールに対して属性情報を入力する機能を更に備えることを特徴とする請求項２に記載の情報処理装置。
【請求項４】
前記パスウェイ情報データベースに格納される前記属性情報は、生物の構造に応じた階層情報を含むことを特徴とする請求項１〜３のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項５】
前記利用者端末における前記編集作業に応じた編集結果を、前記ネットワークを介して前記利用者端末から受信する編集結果受信手段と、
前記パスウェイ情報データベースに対して、前記編集結果受信手段が受信した前記編集結果を反映させる編集反映処理手段と
を更に具備することを特徴とする請求項１〜４のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項６】
ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置を用いた情報処理方法であって、
前記利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つの前記ノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを前記利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、前記パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信ステップで受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、
前記検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイの前記パスウェイデータ及び前記属性情報を前記利用者端末へ送信する検索結果送信ステップと
を有することを特徴とする情報処理方法。
【請求項７】
ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置用のプログラムであって、
前記利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つの前記ノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを前記利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、前記パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信ステップで受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、
前記検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイの前記パスウェイデータ及び前記属性情報を前記利用者端末へ送信する検索結果送信ステップと
をコンピュータに実行させるためのプログラム。
【請求項８】
前記パスウェイ情報データベースは、前記パスウェイ情報データベースに格納されている各種情報に対する前記利用者別のアクセス制限に関する情報として制限情報テーブルを更に格納し、
前記検索手段は、前記パスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信手段が受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイであって、かつ、前記制限情報テーブルを参照して前記検索要求元の利用者がアクセス許可されているパスウェイを検索することを特徴とする請求項１〜５のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項９】
前記パスウェイ情報データベースにおいて特定の情報が更新された場合に、当該更新が行われた旨及び／又は当該更新内容を、所定の通知方法で所定の通知先に通知する更新通知手段を更に具備し、
前記特定の情報、前記所定の通知方法、及び前記通知先においては、利用者が指定可能であることを特徴とする請求項１〜５のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項１０】
前記編集反映処理手段により前記パスウェイ情報データベースに対して前記編集結果を反映した場合に、前記編集を行った利用者を識別する利用者識別情報に関連付けて、前記利用者にポイントを付与するポイント付与手段を更に具備することを特徴とする請求項５に記載の情報処理装置。
【請求項１】
ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置であって、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つの前記ノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを前記利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、前記パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースと、
前記利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信手段と、
前記パスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信手段が受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイを検索する検索手段と、
前記検索手段の検索結果で特定されるパスウェイの前記パスウェイデータと、前記利用者端末において実行可能なプログラムであって、前記利用者端末において視覚的に示されたパスウェイに対して編集作業を可能とする編集プログラムとを前記利用者端末へ送信可能な検索結果送信手段と
を具備することを特徴とする情報処理装置。
【請求項２】
前記検索結果送信手段は、前記検索手段の検索結果で特定されるパスウェイの属性情報を前記利用者端末へ更に送信することを特徴とする請求項１に記載の情報処理装置。
【請求項３】
前記編集プログラムは、前記利用者端末において視覚的に示された前記パスウェイに含まれるノードやコントロールに対して属性情報を入力する機能を更に備えることを特徴とする請求項２に記載の情報処理装置。
【請求項４】
前記パスウェイ情報データベースに格納される前記属性情報は、生物の構造に応じた階層情報を含むことを特徴とする請求項１〜３のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項５】
前記利用者端末における前記編集作業に応じた編集結果を、前記ネットワークを介して前記利用者端末から受信する編集結果受信手段と、
前記パスウェイ情報データベースに対して、前記編集結果受信手段が受信した前記編集結果を反映させる編集反映処理手段と
を更に具備することを特徴とする請求項１〜４のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項６】
ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置を用いた情報処理方法であって、
前記利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つの前記ノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを前記利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、前記パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信ステップで受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、
前記検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイの前記パスウェイデータ及び前記属性情報を前記利用者端末へ送信する検索結果送信ステップと
を有することを特徴とする情報処理方法。
【請求項７】
ネットワークを介して利用者端末からアクセス可能な情報処理装置用のプログラムであって、
前記利用者端末から所望のパスウェイを検索するための検索条件を含む検索要求を受信する検索要求受信ステップと、
タンパク質、アミノ酸、遺伝子、その他遺伝子に関する物質、又はそれらのグループのいずれかを示すシンボルである複数のノードと、２つの前記ノード間における関連性を示す線であるコントロールとから構成されるパスウェイを前記利用者端末において視覚的に示すためのパスウェイデータと、前記パスウェイに関する属性情報とを少なくとも格納するパスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信ステップで受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイを検索する検索ステップと、
前記検索ステップの検索結果で特定されるパスウェイの前記パスウェイデータ及び前記属性情報を前記利用者端末へ送信する検索結果送信ステップと
をコンピュータに実行させるためのプログラム。
【請求項８】
前記パスウェイ情報データベースは、前記パスウェイ情報データベースに格納されている各種情報に対する前記利用者別のアクセス制限に関する情報として制限情報テーブルを更に格納し、
前記検索手段は、前記パスウェイ情報データベースに対して、前記検索要求受信手段が受信した前記検索要求に含まれる前記検索条件に応じたパスウェイであって、かつ、前記制限情報テーブルを参照して前記検索要求元の利用者がアクセス許可されているパスウェイを検索することを特徴とする請求項１〜５のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項９】
前記パスウェイ情報データベースにおいて特定の情報が更新された場合に、当該更新が行われた旨及び／又は当該更新内容を、所定の通知方法で所定の通知先に通知する更新通知手段を更に具備し、
前記特定の情報、前記所定の通知方法、及び前記通知先においては、利用者が指定可能であることを特徴とする請求項１〜５のいずれか１項に記載の情報処理装置。
【請求項１０】
前記編集反映処理手段により前記パスウェイ情報データベースに対して前記編集結果を反映した場合に、前記編集を行った利用者を識別する利用者識別情報に関連付けて、前記利用者にポイントを付与するポイント付与手段を更に具備することを特徴とする請求項５に記載の情報処理装置。
【図１】
【図２】
【図３−１】
【図３−２】
【図３−３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図２】
【図３−１】
【図３−２】
【図３−３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【公開番号】特開２００６−１８５４１２（Ｐ２００６−１８５４１２Ａ）
【公開日】平成１８年７月１３日（２００６．７．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００５−２０３４０４（Ｐ２００５−２０３４０４）
【出願日】平成１７年７月１２日（２００５．７．１２）
【出願人】（５９６１７５８１０）財団法人かずさディー・エヌ・エー研究所 (40)
【出願人】（０００１９１０７６）新日鉄ソリューションズ株式会社 (136)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１８年７月１３日（２００６．７．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年７月１２日（２００５．７．１２）
【出願人】（５９６１７５８１０）財団法人かずさディー・エヌ・エー研究所 (40)
【出願人】（０００１９１０７６）新日鉄ソリューションズ株式会社 (136)
【Ｆターム（参考）】
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