治療的介入の標的としての、ｍｉＲ−２００によって調節される遺伝子および経路
本発明は、miR-200によって調節される遺伝子もしくは遺伝子経路を同定するための方法および組成物、ならびにmiR-200を使用して遺伝子もしくは遺伝子経路を調節するための方法および組成物、このプロファイルを使用して患者の状態を評価するための方法および組成物、および/または適切なmiRNAによって患者を治療するための方法および組成物に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
miR-200の核酸配列を含む単離核酸を、表1、表3、表4、または表5に特定された1種類または複数の遺伝子の発現を調節するのに十分な量で細胞に投与する段階を含む、細胞における遺伝子発現を調節する方法。
【請求項２】
細胞が、代謝性の疾患もしくは状態、免疫性の疾患もしくは状態、感染性の疾患もしくは状態、心血管の疾患もしくは状態、消化性の疾患もしくは状態、内分泌腺の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、尿生殖器の疾患もしくは状態、血液の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、神経系の疾患もしくは状態、先天性の疾患もしくは状態、呼吸器の疾患もしくは状態、皮膚の疾患もしくは状態、または癌性の疾患もしくは状態を有するか、これらの疾患もしくは状態を有することが疑われるか、またはこれらの疾患もしくは状態を発生するリスクのある対象に存在する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
感染性の疾患または状態が、寄生虫性、細菌性、ウイルス性、または真菌性の感染である、請求項2記載の方法。
【請求項４】
癌性の状態が、未分化大細胞リンパ腫、乳癌、B細胞リンパ腫、子宮頚癌、慢性リンパ芽球性白血病、結腸直腸癌、神経膠腫、膠芽腫、胃癌、肝細胞癌、白血病、肺癌、脂肪腫、多発性骨髄腫、中皮腫、非小細胞肺癌、卵巣癌、食道癌、骨肉腫、膵臓癌、前立腺癌、横紋筋肉腫、頭頸部扁平上皮癌、甲状腺癌、精巣腫瘍である方法であって、1種類または複数の遺伝子の調節が治療反応に十分である、請求項2記載の方法。
【請求項５】
遺伝子の発現が下方制御される、請求項1記載の方法。
【請求項６】
細胞が、上皮、間質、または粘膜の細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項７】
細胞が、脳、グリア、ニューロン、血液、子宮頚部、食道、肺、心血管、肝臓、乳房、骨、甲状腺、腺、副腎、膵臓、胃、腸管、腎臓、膀胱、前立腺、子宮、卵巣、精巣、脾臓、皮膚、脂肪、中皮、上皮、平滑筋、心筋、または横紋筋の細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
細胞が癌細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
癌細胞が、ニューロン、グリア、肺、肝臓、脳、乳房、膀胱、血液、白血病、結腸、子宮内膜、上皮、腸管、中皮、胃、皮膚、卵巣、脂肪、骨、子宮頚部、食道、膵臓、前立腺、腎臓、または甲状腺の細胞である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
miR-200の単離核酸が組換え核酸である、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
組換え核酸がRNAである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
組換え核酸がDNAである、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
組換え核酸が、miR-200の発現カセットを含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
発現カセットがウイルスベクターまたはプラスミドDNAベクター中に含まれる、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
ウイルスベクターが、1投与量あたりウイルス粒子1×105〜1×1014個の用量で投与されるか、またはプラスミドDNAベクターが、患者1人あたり100 mg〜4000 mgの用量で投与される、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
miR-200の核酸が合成核酸である、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
核酸が、体重1 kgあたり0.01 mg〜10 mgの用量で投与される、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
miR-200がhsa-miR-200である、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
miR-200が、miR-200a、miR-200b、またはmiR-200cである、請求項1記載の方法。
【請求項２０】
核酸が経腸投与または非経口投与される、請求項1記載の方法。
【請求項２１】
経腸投与が経口投与である、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
非経口投与が、血管内投与、頭蓋内投与、胸膜内投与、腫瘍内投与、腹腔内投与、筋肉内投与、リンパ内投与、腺内投与、皮下投与、局所投与、気管支内投与、気管内投与、鼻腔内投与、吸入投与、または滴下投与である、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
核酸が薬学的製剤中に含まれる、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
薬学的製剤が脂質組成物である、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
表1、表3、表4、もしくは表5に特定された1種類もしくは複数の遺伝子、または表1、表3、表4、もしくは表5に特定された1種類もしくは複数の遺伝子に関連する遺伝子産物を含む、miR-200の核酸配列を含む単離核酸を、細胞経路または生理学的経路を調節するのに十分な量で細胞に投与する段階を含む、細胞経路または生理学的経路を調節する方法。
【請求項２６】
2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、またはそれより多いmiRNAを投与する段階をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
miRNAが単一の組成物中に含まれる、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも2つの細胞経路または生理学的経路が調節される、請求項23記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも1種類の遺伝子が複数のmiRNAによって調節される、請求項26記載の方法。
【請求項３０】
遺伝子または遺伝子産物の発現が下方制御される、請求項25記載の方法。
【請求項３１】
遺伝子または遺伝子産物の発現が下方制御される、請求項25記載の方法。
【請求項３２】
細胞が癌細胞である、請求項25記載の方法。
【請求項３３】
細胞の生存能が低下するか、細胞の増殖が低下するか、細胞の転移が減少するか、または治療に対する細胞の感受性が高められる、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
癌細胞が、ニューロン、グリア、肺、肝臓、脳、乳房、膀胱、血液、白血病、結腸、子宮内膜、上皮、腸管、中皮、胃、皮膚、卵巣、脂肪、骨、子宮頚部、食道、膵臓、前立腺、腎臓、または甲状腺の細胞である、請求項32記載の方法。
【請求項３５】
miR-200の単離核酸が組換え核酸である、請求項25記載の方法。
【請求項３６】
組換え核酸がDNAである、請求項34記載の方法。
【請求項３７】
組換え核酸がウイルスベクターまたはプラスミドDNAである、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
組換え核酸が合成核酸である、請求項34記載の方法。
【請求項３９】
以下の段階を含む、miRNAによって調節される遺伝子に関連する病理学的状態もしくは疾患を有すると診断されたか、または有することが疑われるか、または発生することが疑われる患者を治療する方法：
(a)miR-200の核酸配列を含む単離核酸を、細胞経路または生理学的経路を調節するのに十分な量で患者に投与する段階；および
(b)細胞経路または生理学的経路の調節により患者が第2の治療に対して感作される、第2の治療を投与する段階。
【請求項４０】
1つまたは複数の細胞経路または生理学的経路が、表1、表3、表4、または表5に特定された1種類または複数の遺伝子を含む、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
以下の段階を含む、病理学的状態もしくは疾患を有するか、有することが疑われるか、または発生する傾向を有する対象に投与されるmiRNAを選択する方法：
(a)表1、表3、表4、または表5から選択される1種類または複数の遺伝子の発現プロファイルを決定する段階；
(b)発現プロファイルに基づいてmiRNA治療に対する対象の感受性を評価する段階；および
(c)評価された感受性に基づいて1種類または複数のmiRNAを選択する段階。
【請求項４２】
1種類、2種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、またはそれより多いmiRNAによって対象を治療する段階をさらに含む、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
各miRNAが個別に投与されるか、または1種類もしくは複数の組み合わせで投与される、請求項42記載の方法。
【請求項４４】
miRNAが単一の組成物中にある、請求項43記載の方法。
【請求項４５】
少なくとも1つの試料中において、表1、表3、表4、または表5に由来する1種類または複数の遺伝子の発現の評価と組み合わせて、miR-200の発現を評価する段階を含む、細胞、組織、または対象を評価する方法。
【請求項４６】
以下の段階を含む、試料中のmiR-200の状態を評価する方法：
(a)試料中における、表1、表3、表4、または表5に由来する1種類または複数の遺伝子の発現を評価する段階；および
(b)試料中におけるmiR-200の発現のレベルに基づいてmiR-200の状態を決定する段階。
【請求項１】
miR-200の核酸配列を含む単離核酸を、表1、表3、表4、または表5に特定された1種類または複数の遺伝子の発現を調節するのに十分な量で細胞に投与する段階を含む、細胞における遺伝子発現を調節する方法。
【請求項２】
細胞が、代謝性の疾患もしくは状態、免疫性の疾患もしくは状態、感染性の疾患もしくは状態、心血管の疾患もしくは状態、消化性の疾患もしくは状態、内分泌腺の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、尿生殖器の疾患もしくは状態、血液の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、神経系の疾患もしくは状態、先天性の疾患もしくは状態、呼吸器の疾患もしくは状態、皮膚の疾患もしくは状態、または癌性の疾患もしくは状態を有するか、これらの疾患もしくは状態を有することが疑われるか、またはこれらの疾患もしくは状態を発生するリスクのある対象に存在する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
感染性の疾患または状態が、寄生虫性、細菌性、ウイルス性、または真菌性の感染である、請求項2記載の方法。
【請求項４】
癌性の状態が、未分化大細胞リンパ腫、乳癌、B細胞リンパ腫、子宮頚癌、慢性リンパ芽球性白血病、結腸直腸癌、神経膠腫、膠芽腫、胃癌、肝細胞癌、白血病、肺癌、脂肪腫、多発性骨髄腫、中皮腫、非小細胞肺癌、卵巣癌、食道癌、骨肉腫、膵臓癌、前立腺癌、横紋筋肉腫、頭頸部扁平上皮癌、甲状腺癌、精巣腫瘍である方法であって、1種類または複数の遺伝子の調節が治療反応に十分である、請求項2記載の方法。
【請求項５】
遺伝子の発現が下方制御される、請求項1記載の方法。
【請求項６】
細胞が、上皮、間質、または粘膜の細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項７】
細胞が、脳、グリア、ニューロン、血液、子宮頚部、食道、肺、心血管、肝臓、乳房、骨、甲状腺、腺、副腎、膵臓、胃、腸管、腎臓、膀胱、前立腺、子宮、卵巣、精巣、脾臓、皮膚、脂肪、中皮、上皮、平滑筋、心筋、または横紋筋の細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
細胞が癌細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
癌細胞が、ニューロン、グリア、肺、肝臓、脳、乳房、膀胱、血液、白血病、結腸、子宮内膜、上皮、腸管、中皮、胃、皮膚、卵巣、脂肪、骨、子宮頚部、食道、膵臓、前立腺、腎臓、または甲状腺の細胞である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
miR-200の単離核酸が組換え核酸である、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
組換え核酸がRNAである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
組換え核酸がDNAである、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
組換え核酸が、miR-200の発現カセットを含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
発現カセットがウイルスベクターまたはプラスミドDNAベクター中に含まれる、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
ウイルスベクターが、1投与量あたりウイルス粒子1×105〜1×1014個の用量で投与されるか、またはプラスミドDNAベクターが、患者1人あたり100 mg〜4000 mgの用量で投与される、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
miR-200の核酸が合成核酸である、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
核酸が、体重1 kgあたり0.01 mg〜10 mgの用量で投与される、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
miR-200がhsa-miR-200である、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
miR-200が、miR-200a、miR-200b、またはmiR-200cである、請求項1記載の方法。
【請求項２０】
核酸が経腸投与または非経口投与される、請求項1記載の方法。
【請求項２１】
経腸投与が経口投与である、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
非経口投与が、血管内投与、頭蓋内投与、胸膜内投与、腫瘍内投与、腹腔内投与、筋肉内投与、リンパ内投与、腺内投与、皮下投与、局所投与、気管支内投与、気管内投与、鼻腔内投与、吸入投与、または滴下投与である、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
核酸が薬学的製剤中に含まれる、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
薬学的製剤が脂質組成物である、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
表1、表3、表4、もしくは表5に特定された1種類もしくは複数の遺伝子、または表1、表3、表4、もしくは表5に特定された1種類もしくは複数の遺伝子に関連する遺伝子産物を含む、miR-200の核酸配列を含む単離核酸を、細胞経路または生理学的経路を調節するのに十分な量で細胞に投与する段階を含む、細胞経路または生理学的経路を調節する方法。
【請求項２６】
2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、またはそれより多いmiRNAを投与する段階をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
miRNAが単一の組成物中に含まれる、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも2つの細胞経路または生理学的経路が調節される、請求項23記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも1種類の遺伝子が複数のmiRNAによって調節される、請求項26記載の方法。
【請求項３０】
遺伝子または遺伝子産物の発現が下方制御される、請求項25記載の方法。
【請求項３１】
遺伝子または遺伝子産物の発現が下方制御される、請求項25記載の方法。
【請求項３２】
細胞が癌細胞である、請求項25記載の方法。
【請求項３３】
細胞の生存能が低下するか、細胞の増殖が低下するか、細胞の転移が減少するか、または治療に対する細胞の感受性が高められる、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
癌細胞が、ニューロン、グリア、肺、肝臓、脳、乳房、膀胱、血液、白血病、結腸、子宮内膜、上皮、腸管、中皮、胃、皮膚、卵巣、脂肪、骨、子宮頚部、食道、膵臓、前立腺、腎臓、または甲状腺の細胞である、請求項32記載の方法。
【請求項３５】
miR-200の単離核酸が組換え核酸である、請求項25記載の方法。
【請求項３６】
組換え核酸がDNAである、請求項34記載の方法。
【請求項３７】
組換え核酸がウイルスベクターまたはプラスミドDNAである、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
組換え核酸が合成核酸である、請求項34記載の方法。
【請求項３９】
以下の段階を含む、miRNAによって調節される遺伝子に関連する病理学的状態もしくは疾患を有すると診断されたか、または有することが疑われるか、または発生することが疑われる患者を治療する方法：
(a)miR-200の核酸配列を含む単離核酸を、細胞経路または生理学的経路を調節するのに十分な量で患者に投与する段階；および
(b)細胞経路または生理学的経路の調節により患者が第2の治療に対して感作される、第2の治療を投与する段階。
【請求項４０】
1つまたは複数の細胞経路または生理学的経路が、表1、表3、表4、または表5に特定された1種類または複数の遺伝子を含む、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
以下の段階を含む、病理学的状態もしくは疾患を有するか、有することが疑われるか、または発生する傾向を有する対象に投与されるmiRNAを選択する方法：
(a)表1、表3、表4、または表5から選択される1種類または複数の遺伝子の発現プロファイルを決定する段階；
(b)発現プロファイルに基づいてmiRNA治療に対する対象の感受性を評価する段階；および
(c)評価された感受性に基づいて1種類または複数のmiRNAを選択する段階。
【請求項４２】
1種類、2種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、またはそれより多いmiRNAによって対象を治療する段階をさらに含む、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
各miRNAが個別に投与されるか、または1種類もしくは複数の組み合わせで投与される、請求項42記載の方法。
【請求項４４】
miRNAが単一の組成物中にある、請求項43記載の方法。
【請求項４５】
少なくとも1つの試料中において、表1、表3、表4、または表5に由来する1種類または複数の遺伝子の発現の評価と組み合わせて、miR-200の発現を評価する段階を含む、細胞、組織、または対象を評価する方法。
【請求項４６】
以下の段階を含む、試料中のmiR-200の状態を評価する方法：
(a)試料中における、表1、表3、表4、または表5に由来する1種類または複数の遺伝子の発現を評価する段階；および
(b)試料中におけるmiR-200の発現のレベルに基づいてmiR-200の状態を決定する段階。
【公表番号】特表２０１０−５０４３５０（Ｐ２０１０−５０４３５０Ａ）
【公表日】平成２２年２月１２日（２０１０．２．１２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−５２９３６３（Ｐ２００９−５２９３６３）
【出願日】平成１９年９月１９日（２００７．９．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０７８８９４
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０３６７４１
【国際公開日】平成２０年３月２７日（２００８．３．２７）
【出願人】（５０９０７８６０９）アシュラジェン インコーポレイテッド (6)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年２月１２日（２０１０．２．１２）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年９月１９日（２００７．９．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０７８８９４
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０３６７４１
【国際公開日】平成２０年３月２７日（２００８．３．２７）
【出願人】（５０９０７８６０９）アシュラジェン インコーポレイテッド (6)
【Ｆターム（参考）】
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