細菌フェロモンおよびその使用
【課題】病原性菌の潜伏状態は医療的に深刻な問題となるが、休眠の後に細菌の蘇生を刺激する新しいクラスのフェロモン、ピコモル濃度で活性を発揮することができる蘇生因子を提供する。
【解決手段】ＲＰ因子、その同系レセプター、変換酵素、その個々の遺伝子および阻害剤または模倣物、特に、ＲＰ因子およびそのレセプター／変換酵素に基づく抗体、薬学的組成物および治療、診断方法。
【解決手段】ＲＰ因子、その同系レセプター、変換酵素、その個々の遺伝子および阻害剤または模倣物、特に、ＲＰ因子およびそのレセプター／変換酵素に基づく抗体、薬学的組成物および治療、診断方法。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたＲＰ因子。
【請求項２】
分泌型ＲＰ因子である、請求項１に記載の因子。
【請求項３】
非分泌型ＲＰ因子（例えば、細胞結合型因子または細胞質因子）である、請求項１に記載の因子。
【請求項４】
細菌（例えば、病原性細菌）から得られる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の因子。
【請求項５】
（ｉ）Ｇ＋Ｃ含有量が高いグラム陽性細菌；または
（ii）Ｇ＋Ｃ含有量が低いグラム陽性細菌（例えば、Streptococcus spp.、Staphylococcus spp.、Listeria spp.、Bacillus spp.、Clostridium spp.およびLactobacillus spp.）
から得られる、請求項４に記載の因子。
【請求項６】
（ａ）Micrococcus spp.（例えば、M.luteus）；または
（ｂ）Mycobacterium spp.（例えば、増殖が早いマイコバクテリアまたは増殖が遅いマイコバクテリア、例えば、M.tuberculosis、M.leprae、M.smegmatisまたはM.bovis）；または
（ｃ）Streptomyces spp.（例えば、S.rimosusおよびS.coelicolor）；または
（ｄ）Corynebacterium spp.（例えば、C.glutamicum）
から得られる、請求項５（ｉ）に記載の因子。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の因子のホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体。
【請求項８】
ＲＰ因子シグナル伝達ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子シグナル伝達ドメインからなる）、請求項１〜７のいずれか一項に記載の因子。
【請求項９】
ＲＰ因子特異性決定ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子特異性決定ドメインからなる）、請求項１〜８のいずれか一項に記載の因子。
【請求項１０】
ＲＰ因子が、例えば、請求項１〜９のいずれか一項に記載のものである、組換えＲＰ因子。
【請求項１１】
活性成分としてのＲＰ因子（例えば、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体））を含み、このＲＰ因子は、例えば、薬学的組成物に生物学的活性を与えるのに十分な濃度で存在する、薬学的組成物（例えば、ワクチン）。
【請求項１２】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
ＲＰ因子（例えば、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）または薬学的組成物）。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）に特異的な抗体（または抗体誘導体）。
【請求項１４】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、請求項１３に記載の抗体。
【請求項１５】
単離されたＲＰ因子レセプターまたは変換酵素。
【請求項１６】
請求項４〜６のいずれか一項に記載の供給源から得られる、請求項１５に記載のレセプター／変換酵素。
【請求項１７】
請求項１５または請求項１６に記載のレセプター／変換酵素のホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体。
【請求項１８】
前記レセプター／変換酵素が、例えば、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載のものである、組換えＲＰ因子レセプター／変換酵素。
【請求項１９】
請求項１５〜１８のいずれか一項に記載のレセプター／変換酵素（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）を含む薬学的組成物（例えば、ワクチン）。
【請求項２０】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項１５〜１９のいずれか一項に記載のレセプター／変換酵素（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）または薬学的組成物。
【請求項２１】
請求項１５〜２０のいずれか一項に記載のレセプター（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）に特異的な抗体（または抗体誘導体）。
【請求項２２】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項２１に記載の抗体。
【請求項２３】
ＲＰ因子のアンタゴニスまたは阻害剤。
【請求項２４】
（ａ）請求項１３、請求項１４、請求項２１または請求項２２に記載の抗体；および／または
（ｂ）請求項１５〜２０に記載のいずれか一項に記載のレセプター；および／または
（ｃ）変更されたＲＰ因子特異性決定ドメインを含むか、または機能的なシグナル伝達ドメインを有さないＲＰ因子ムテイン、
を含む、請求項２３に記載のアンタゴニストまたは阻害剤。
【請求項２５】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項２３または請求項２４に記載のアンタゴニストまたは阻害剤。
【請求項２６】
ＲＰ因子のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項２７】
（ａ）請求項２１または請求項２２に記載の抗体；および／または
（ｂ）ＲＰ因子特異性決定ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子特異性決定ドメインからなる）ＲＰ因子ムテイン；および／または
（ｃ）ＲＰ因子シグナル伝達ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子シグナル伝達ドメインからなる）ＲＰ因子ムテイン；および／または
（ｄ）ＲＰ因子変換酵素；および／または
（ｅ）（ａ）〜（ｄ）のいずれか１つの機能的に連結した組合せ、
を含む、請求項２６に記載のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項２８】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項２７に記載のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項２９】
（例えば、抗生物質と組み合わせた）補助的治療において使用される請求項２８に記載のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項３０】
請求項１〜２９のいずれか一項に記載のＲＰ因子（あるいはそのホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）またはＲＰ因子レセプターをコードする単離された核酸。
【請求項３１】
請求項３０に記載の核酸を含むベクター（例えば、発現ベクター）。
【請求項３２】
請求項３１に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項３３】
ＲＰ因子（例えば、請求項１〜３２のいずれか一項に記載のＲＰ因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）を含み、例えば、ＲＰ因子を含有する培養上清を含む培養培地または輸送培地。
【請求項３４】
請求項３０に記載の核酸に相補的な核酸を含む核酸プローブ。
【請求項３５】
請求項１〜３４のいずれか一項に記載のＲＰ因子（あるいはそのホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）、レセプター、抗体、プローブ、培養上清または培養培地を含む診断キット。
【請求項３６】
請求項３０に記載の核酸に対応するアンチセンスＤＮＡ。
【請求項３７】
抗菌性薬物を製造するための方法であって、
（ａ）ＲＰ因子レセプターを提供する工程；
（ｂ）候補薬物を提供する工程；
（ｃ）ＲＰ因子レセプターを候補薬物の１つと接触させ、そしてＲＰ因子レセプターに関する候補薬物の親和性を測定し、この親和性を抗菌活性の指標とすることによって候補薬物をスクリーニングする工程；および、必要に応じて、
（ｄ）工程（ｃ）でスクリーニングされた候補薬物の同定に基づいて、抗菌活性を有する薬物の合成または精製を行う工程、
を含む、方法。
【請求項３８】
抗菌性薬物を製造するための方法であって、
（ａ）ＲＰ因子レセプターを提供する工程；
（ｂ）候補薬物を提供する工程；
（ｃ）ＲＰ因子を提供する工程；
（ｄ）ＲＰ因子レセプターをＲＰ因子の存在下で候補薬物の１つと接触させ、次いでＲＰ因子レセプターに対する結合についてＲＰ因子と非生産的に競合する候補薬物の能力を測定し、この競合的結合能を抗菌活性の指標とすることによって候補薬物をスクリーニングする工程；および、必要に応じて、
（ｅ）工程（ｄ）でスクリーニングされた候補薬物の同定に基づいて、抗菌活性を有する薬物の合成または精製を行う工程、
を含む、方法。
【請求項３９】
請求項３７または請求項３８の方法によって製造される（あるいは、それによって得ることができる）抗菌性薬剤またはその誘導体。
【請求項４０】
製品（例えば、食品、薬学的調製物または医療製品）の微生物学的品質を測定するための方法であって、製品サンプルをＲＰ因子（例えば、請求項１〜３９のいずれか一項に記載のＲＰ因子）と接触させる工程を含む、方法。
【請求項４１】
細菌（例えば、マイコバクテリア）細胞を培養する方法であって、ＲＰ因子（例えば、請求項１〜４０のいずれか一項に記載のＲＰ因子）を含む培養培地で細胞をインキュベーションする工程を含む、方法。
【請求項４２】
生物学的サンプルをＲＰ因子（例えば、請求項１〜３９のいずれか一項に記載のＲＰ因子）と接触させる工程を含むエクスビボ診断方法。
【請求項４３】
前記生物学的サンプルを、請求項３３において規定される培養培地または輸送培地でインキュベーションする、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
（ａ）微生物の増殖を刺激し；かつ／または
（ｂ）休眠、仮死または潜伏している微生物を蘇生させる方法であって、微生物をＲＰ因子（例えば、請求項１〜４３のいずれか一項に記載のＲＰ因子）と接触させる工程を含む、方法。
【請求項４５】
本発明のＲＰ因子またはＲＰ因子レセプターを製造するための方法であって、
（ａ）請求項３２に記載の宿主細胞を培養する工程；および
（ｂ）培養された宿主細胞から因子またはレセプターを（例えば、培養上清または細胞の画分から）精製する工程、
を含む、方法。
【請求項４６】
本発明のＲＰ因子またはレセプターを製造するための方法であって、
（ａ）核酸プローブに対して選択的にハイブリダイゼーションする遺伝子を同定するシグナルを得るために、請求項３０に記載の核酸と選択的にハイブリダイゼーションすることができる核酸プローブを用いて遺伝子ライブラリーを探索する工程；
（ｂ）工程（ａ）で同定された遺伝子を（例えば、宿主細胞へのクローニングを、例えば請求項４５において規定される方法に従って行うことによって）発現させて、因子またはレセプターを製造する工程、
を含む、方法。
【請求項４７】
請求項４５または請求項４６の方法によって得ることができるＲＰ因子またはレセプター。
【請求項４８】
生体分子のライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）サンプル（例えば、土壌、海水、食品、淡水、組織または生物由来）を提供する工程；
（ｂ）ＲＰ因子（例えば、請求項１〜４７のいずれか一項に記載のＲＰ因子、またはＲＰ因子を含む培養上清）を含む培養培地でサンプルをインキュベーションして、微生物の培養物を得る工程；
（ｃ）工程（ｂ）の培養物から微生物を単離する工程、
を含む、方法。
【請求項４９】
単離された微生物を、１つまたは複数の目的の生体分子（例えば、代謝物、酵素、抗生物質（例えば、抗ウイルス剤、抗菌剤または抗真菌剤あるいはトキシン）を産生する微生物についてスクリーニングする工程をさらに含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
請求項４８または請求項４９の方法によって製造される（あるいは、それによって得ることができる）生体分子またはその誘導体。
【請求項５１】
微生物（例えば、細菌）のライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）サンプル（例えば、土壌、海水、食品、淡水、組織または生物由来サンプル）を提供する工程；
（ｂ）ＲＰ因子（例えば、請求項１〜５０のいずれか一項に記載のＲＰ因子、またはＲＰ因子を含む培養上清）を含む培養培地でサンプルをインキュベーションして、微生物の培養物を得る工程；
（ｃ）工程（ｂ）の培養物から微生物を単離する工程；および必要に応じて、
（ｄ）微生物の培養および／または変異誘発処理を行う工程、
を含む、方法。
【請求項５２】
請求項５１の方法によって製造される（あるいは、それによって得ることができる）微生物またはその誘導体（例えば、変異体）。
【請求項５３】
ＲＰ因子を含有する培養上清（あるいはその分画物または抽出物）の使用であって、
（ａ）診断、予防または治療；または
（ｂ）（例えば、請求項５１に記載の方法による）微生物ライブラリーの製造；または
（ｃ）（例えば、請求項４８に記載の方法による）生物分子ライブラリーの製造；および／または
（ｄ）（例えば、請求項４４（ｂ）に記載の方法による）休眠病原体、仮死病原体または潜伏病原体の蘇生、
を行うための使用。
【請求項５４】
治療、予防または診断における使用のために必要なＲＰ因子含有培養上清（あるいはその分画物または抽出物）。
【請求項５５】
培養によりサンプルからの微生物の回収を促進するのに十分な濃度のＲＰ因子（あるいは、請求項１〜５４のいずれか一項に記載のＲＰ因子）を含有する培養上清（あるいはその分画物または抽出物）とともにサンプルをインキュベーションする工程を含むエクスビボ(ex vivo)診断方法。
【請求項５６】
前記サンプルが、
（ｉ）採取可能な身体部位、例えば、膣、肛門、鼻、尿道、頸部、皮膚、結膜、口腔または喉に由来する；および／または
（ii）流体または半固体（例えば、体液あるいは半固体、例えば、排泄物、嘔吐物、分泌物、排出物(excrete)、痰または血液）を含む；および／または
（iii）固体（例えば、便、組織、食物または生検サンプル）を含む；および／または
（iv）培養物（微生物培養物）
を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
１つまたは複数のＲＰ因子をコードする（あるいは、その発現または活性を調節する）遺伝子において変異を有する弱毒化微生物を含む、生ワクチン。
【請求項５８】
前記微生物は、放線菌、マイコバクテリア（例えば、M.tuberculosis、M.leprae、M.bovis（例えば、M.bovis BCG）およびM.avium）、Corynebacterium spp.（例えば、Corynebacterium diphtheriae）、Tropheryma whippelii、Nocardia spp.（例えば、Nocardia asteroidesおよびNocardia brasiliensis）、Streptomyces spp.（例えば、Streptomyces griseus、Streptomyces paraguayensisおよびStreptomyces somaliensis）、Actinomadura spp.、Nocardiopsis spp.、Rhodococcus spp.、Gordona spp.、Tsukamurella spp.およびOerskovia spp.、Ｇ＋Ｃ含有量が高い病原性グラム陽性細菌およびＧ＋Ｃ含有量が低い病原性グラム陽性細菌（例えば、Streptococcus spp.、Staphylococcus spp.、Listeria spp.、Bacillus spp.、Clostridium spp.およびLactobacillus spp.）のいずれかより選択される、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項５９】
前記変異が、フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異および／または置換変異のいずれかより選択される、請求項５７または請求項５８に記載のワクチン。
【請求項６０】
前記変異が、
（ａ）ヌル変異（例えば、非復帰性ヌル変異）を含み；および／または
（ｂ）微生物の増殖を妨げる；および／または
（ｃ）変更された特異性を有し（例えば、特異性決定ドメインは変異を受けているか、または改変されている）、かつ／または機能的なシグナル伝達ドメインを有さない変異型ＲＰ因子の発現をもたらす、
請求項５７〜５９のいずれか一項に記載のワクチン。
【請求項１】
単離されたＲＰ因子。
【請求項２】
分泌型ＲＰ因子である、請求項１に記載の因子。
【請求項３】
非分泌型ＲＰ因子（例えば、細胞結合型因子または細胞質因子）である、請求項１に記載の因子。
【請求項４】
細菌（例えば、病原性細菌）から得られる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の因子。
【請求項５】
（ｉ）Ｇ＋Ｃ含有量が高いグラム陽性細菌；または
（ii）Ｇ＋Ｃ含有量が低いグラム陽性細菌（例えば、Streptococcus spp.、Staphylococcus spp.、Listeria spp.、Bacillus spp.、Clostridium spp.およびLactobacillus spp.）
から得られる、請求項４に記載の因子。
【請求項６】
（ａ）Micrococcus spp.（例えば、M.luteus）；または
（ｂ）Mycobacterium spp.（例えば、増殖が早いマイコバクテリアまたは増殖が遅いマイコバクテリア、例えば、M.tuberculosis、M.leprae、M.smegmatisまたはM.bovis）；または
（ｃ）Streptomyces spp.（例えば、S.rimosusおよびS.coelicolor）；または
（ｄ）Corynebacterium spp.（例えば、C.glutamicum）
から得られる、請求項５（ｉ）に記載の因子。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の因子のホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体。
【請求項８】
ＲＰ因子シグナル伝達ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子シグナル伝達ドメインからなる）、請求項１〜７のいずれか一項に記載の因子。
【請求項９】
ＲＰ因子特異性決定ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子特異性決定ドメインからなる）、請求項１〜８のいずれか一項に記載の因子。
【請求項１０】
ＲＰ因子が、例えば、請求項１〜９のいずれか一項に記載のものである、組換えＲＰ因子。
【請求項１１】
活性成分としてのＲＰ因子（例えば、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体））を含み、このＲＰ因子は、例えば、薬学的組成物に生物学的活性を与えるのに十分な濃度で存在する、薬学的組成物（例えば、ワクチン）。
【請求項１２】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
ＲＰ因子（例えば、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）または薬学的組成物）。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）に特異的な抗体（または抗体誘導体）。
【請求項１４】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、請求項１３に記載の抗体。
【請求項１５】
単離されたＲＰ因子レセプターまたは変換酵素。
【請求項１６】
請求項４〜６のいずれか一項に記載の供給源から得られる、請求項１５に記載のレセプター／変換酵素。
【請求項１７】
請求項１５または請求項１６に記載のレセプター／変換酵素のホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体。
【請求項１８】
前記レセプター／変換酵素が、例えば、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載のものである、組換えＲＰ因子レセプター／変換酵素。
【請求項１９】
請求項１５〜１８のいずれか一項に記載のレセプター／変換酵素（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）を含む薬学的組成物（例えば、ワクチン）。
【請求項２０】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項１５〜１９のいずれか一項に記載のレセプター／変換酵素（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）または薬学的組成物。
【請求項２１】
請求項１５〜２０のいずれか一項に記載のレセプター（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）に特異的な抗体（または抗体誘導体）。
【請求項２２】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項２１に記載の抗体。
【請求項２３】
ＲＰ因子のアンタゴニスまたは阻害剤。
【請求項２４】
（ａ）請求項１３、請求項１４、請求項２１または請求項２２に記載の抗体；および／または
（ｂ）請求項１５〜２０に記載のいずれか一項に記載のレセプター；および／または
（ｃ）変更されたＲＰ因子特異性決定ドメインを含むか、または機能的なシグナル伝達ドメインを有さないＲＰ因子ムテイン、
を含む、請求項２３に記載のアンタゴニストまたは阻害剤。
【請求項２５】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項２３または請求項２４に記載のアンタゴニストまたは阻害剤。
【請求項２６】
ＲＰ因子のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項２７】
（ａ）請求項２１または請求項２２に記載の抗体；および／または
（ｂ）ＲＰ因子特異性決定ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子特異性決定ドメインからなる）ＲＰ因子ムテイン；および／または
（ｃ）ＲＰ因子シグナル伝達ドメインを含む（あるいは、ＲＰ因子シグナル伝達ドメインからなる）ＲＰ因子ムテイン；および／または
（ｄ）ＲＰ因子変換酵素；および／または
（ｅ）（ａ）〜（ｄ）のいずれか１つの機能的に連結した組合せ、
を含む、請求項２６に記載のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項２８】
（ａ）治療法（例えば、免疫療法）、診断または予防において使用される；および／または
（ｂ）薬学的賦形剤、ユニット投薬形態であるか、あるいは局所投与または全身投与に適する形態である、
請求項２７に記載のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項２９】
（例えば、抗生物質と組み合わせた）補助的治療において使用される請求項２８に記載のアゴニスト、活性化因子または模倣物。
【請求項３０】
請求項１〜２９のいずれか一項に記載のＲＰ因子（あるいはそのホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）またはＲＰ因子レセプターをコードする単離された核酸。
【請求項３１】
請求項３０に記載の核酸を含むベクター（例えば、発現ベクター）。
【請求項３２】
請求項３１に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項３３】
ＲＰ因子（例えば、請求項１〜３２のいずれか一項に記載のＲＰ因子（あるいはホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）を含み、例えば、ＲＰ因子を含有する培養上清を含む培養培地または輸送培地。
【請求項３４】
請求項３０に記載の核酸に相補的な核酸を含む核酸プローブ。
【請求項３５】
請求項１〜３４のいずれか一項に記載のＲＰ因子（あるいはそのホモログ、誘導体、対立遺伝子型形態、種変異体、ムテインまたは等価体）、レセプター、抗体、プローブ、培養上清または培養培地を含む診断キット。
【請求項３６】
請求項３０に記載の核酸に対応するアンチセンスＤＮＡ。
【請求項３７】
抗菌性薬物を製造するための方法であって、
（ａ）ＲＰ因子レセプターを提供する工程；
（ｂ）候補薬物を提供する工程；
（ｃ）ＲＰ因子レセプターを候補薬物の１つと接触させ、そしてＲＰ因子レセプターに関する候補薬物の親和性を測定し、この親和性を抗菌活性の指標とすることによって候補薬物をスクリーニングする工程；および、必要に応じて、
（ｄ）工程（ｃ）でスクリーニングされた候補薬物の同定に基づいて、抗菌活性を有する薬物の合成または精製を行う工程、
を含む、方法。
【請求項３８】
抗菌性薬物を製造するための方法であって、
（ａ）ＲＰ因子レセプターを提供する工程；
（ｂ）候補薬物を提供する工程；
（ｃ）ＲＰ因子を提供する工程；
（ｄ）ＲＰ因子レセプターをＲＰ因子の存在下で候補薬物の１つと接触させ、次いでＲＰ因子レセプターに対する結合についてＲＰ因子と非生産的に競合する候補薬物の能力を測定し、この競合的結合能を抗菌活性の指標とすることによって候補薬物をスクリーニングする工程；および、必要に応じて、
（ｅ）工程（ｄ）でスクリーニングされた候補薬物の同定に基づいて、抗菌活性を有する薬物の合成または精製を行う工程、
を含む、方法。
【請求項３９】
請求項３７または請求項３８の方法によって製造される（あるいは、それによって得ることができる）抗菌性薬剤またはその誘導体。
【請求項４０】
製品（例えば、食品、薬学的調製物または医療製品）の微生物学的品質を測定するための方法であって、製品サンプルをＲＰ因子（例えば、請求項１〜３９のいずれか一項に記載のＲＰ因子）と接触させる工程を含む、方法。
【請求項４１】
細菌（例えば、マイコバクテリア）細胞を培養する方法であって、ＲＰ因子（例えば、請求項１〜４０のいずれか一項に記載のＲＰ因子）を含む培養培地で細胞をインキュベーションする工程を含む、方法。
【請求項４２】
生物学的サンプルをＲＰ因子（例えば、請求項１〜３９のいずれか一項に記載のＲＰ因子）と接触させる工程を含むエクスビボ診断方法。
【請求項４３】
前記生物学的サンプルを、請求項３３において規定される培養培地または輸送培地でインキュベーションする、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
（ａ）微生物の増殖を刺激し；かつ／または
（ｂ）休眠、仮死または潜伏している微生物を蘇生させる方法であって、微生物をＲＰ因子（例えば、請求項１〜４３のいずれか一項に記載のＲＰ因子）と接触させる工程を含む、方法。
【請求項４５】
本発明のＲＰ因子またはＲＰ因子レセプターを製造するための方法であって、
（ａ）請求項３２に記載の宿主細胞を培養する工程；および
（ｂ）培養された宿主細胞から因子またはレセプターを（例えば、培養上清または細胞の画分から）精製する工程、
を含む、方法。
【請求項４６】
本発明のＲＰ因子またはレセプターを製造するための方法であって、
（ａ）核酸プローブに対して選択的にハイブリダイゼーションする遺伝子を同定するシグナルを得るために、請求項３０に記載の核酸と選択的にハイブリダイゼーションすることができる核酸プローブを用いて遺伝子ライブラリーを探索する工程；
（ｂ）工程（ａ）で同定された遺伝子を（例えば、宿主細胞へのクローニングを、例えば請求項４５において規定される方法に従って行うことによって）発現させて、因子またはレセプターを製造する工程、
を含む、方法。
【請求項４７】
請求項４５または請求項４６の方法によって得ることができるＲＰ因子またはレセプター。
【請求項４８】
生体分子のライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）サンプル（例えば、土壌、海水、食品、淡水、組織または生物由来）を提供する工程；
（ｂ）ＲＰ因子（例えば、請求項１〜４７のいずれか一項に記載のＲＰ因子、またはＲＰ因子を含む培養上清）を含む培養培地でサンプルをインキュベーションして、微生物の培養物を得る工程；
（ｃ）工程（ｂ）の培養物から微生物を単離する工程、
を含む、方法。
【請求項４９】
単離された微生物を、１つまたは複数の目的の生体分子（例えば、代謝物、酵素、抗生物質（例えば、抗ウイルス剤、抗菌剤または抗真菌剤あるいはトキシン）を産生する微生物についてスクリーニングする工程をさらに含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
請求項４８または請求項４９の方法によって製造される（あるいは、それによって得ることができる）生体分子またはその誘導体。
【請求項５１】
微生物（例えば、細菌）のライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）サンプル（例えば、土壌、海水、食品、淡水、組織または生物由来サンプル）を提供する工程；
（ｂ）ＲＰ因子（例えば、請求項１〜５０のいずれか一項に記載のＲＰ因子、またはＲＰ因子を含む培養上清）を含む培養培地でサンプルをインキュベーションして、微生物の培養物を得る工程；
（ｃ）工程（ｂ）の培養物から微生物を単離する工程；および必要に応じて、
（ｄ）微生物の培養および／または変異誘発処理を行う工程、
を含む、方法。
【請求項５２】
請求項５１の方法によって製造される（あるいは、それによって得ることができる）微生物またはその誘導体（例えば、変異体）。
【請求項５３】
ＲＰ因子を含有する培養上清（あるいはその分画物または抽出物）の使用であって、
（ａ）診断、予防または治療；または
（ｂ）（例えば、請求項５１に記載の方法による）微生物ライブラリーの製造；または
（ｃ）（例えば、請求項４８に記載の方法による）生物分子ライブラリーの製造；および／または
（ｄ）（例えば、請求項４４（ｂ）に記載の方法による）休眠病原体、仮死病原体または潜伏病原体の蘇生、
を行うための使用。
【請求項５４】
治療、予防または診断における使用のために必要なＲＰ因子含有培養上清（あるいはその分画物または抽出物）。
【請求項５５】
培養によりサンプルからの微生物の回収を促進するのに十分な濃度のＲＰ因子（あるいは、請求項１〜５４のいずれか一項に記載のＲＰ因子）を含有する培養上清（あるいはその分画物または抽出物）とともにサンプルをインキュベーションする工程を含むエクスビボ(ex vivo)診断方法。
【請求項５６】
前記サンプルが、
（ｉ）採取可能な身体部位、例えば、膣、肛門、鼻、尿道、頸部、皮膚、結膜、口腔または喉に由来する；および／または
（ii）流体または半固体（例えば、体液あるいは半固体、例えば、排泄物、嘔吐物、分泌物、排出物(excrete)、痰または血液）を含む；および／または
（iii）固体（例えば、便、組織、食物または生検サンプル）を含む；および／または
（iv）培養物（微生物培養物）
を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
１つまたは複数のＲＰ因子をコードする（あるいは、その発現または活性を調節する）遺伝子において変異を有する弱毒化微生物を含む、生ワクチン。
【請求項５８】
前記微生物は、放線菌、マイコバクテリア（例えば、M.tuberculosis、M.leprae、M.bovis（例えば、M.bovis BCG）およびM.avium）、Corynebacterium spp.（例えば、Corynebacterium diphtheriae）、Tropheryma whippelii、Nocardia spp.（例えば、Nocardia asteroidesおよびNocardia brasiliensis）、Streptomyces spp.（例えば、Streptomyces griseus、Streptomyces paraguayensisおよびStreptomyces somaliensis）、Actinomadura spp.、Nocardiopsis spp.、Rhodococcus spp.、Gordona spp.、Tsukamurella spp.およびOerskovia spp.、Ｇ＋Ｃ含有量が高い病原性グラム陽性細菌およびＧ＋Ｃ含有量が低い病原性グラム陽性細菌（例えば、Streptococcus spp.、Staphylococcus spp.、Listeria spp.、Bacillus spp.、Clostridium spp.およびLactobacillus spp.）のいずれかより選択される、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項５９】
前記変異が、フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異および／または置換変異のいずれかより選択される、請求項５７または請求項５８に記載のワクチン。
【請求項６０】
前記変異が、
（ａ）ヌル変異（例えば、非復帰性ヌル変異）を含み；および／または
（ｂ）微生物の増殖を妨げる；および／または
（ｃ）変更された特異性を有し（例えば、特異性決定ドメインは変異を受けているか、または改変されている）、かつ／または機能的なシグナル伝達ドメインを有さない変異型ＲＰ因子の発現をもたらす、
請求項５７〜５９のいずれか一項に記載のワクチン。
【図１Ａ−１】
【図１Ａ−２】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図３ａ】
【図３ｂ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１Ａ−２】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図３ａ】
【図３ｂ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【公開番号】特開２０１０−１１８５２（Ｐ２０１０−１１８５２Ａ）
【公開日】平成２２年１月２１日（２０１０．１．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−１８０９６５（Ｐ２００９−１８０９６５）
【出願日】平成２１年８月３日（２００９．８．３）
【分割の表示】特願平１１−５０１８５２の分割
【原出願日】平成１０年６月３日（１９９８．６．３）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０９２１８８４７）アバリストウィス、ユニバーシティ (1)
【氏名又は名称原語表記】ＡＢＥＲＹＳＴＷＹＴＨ ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２２年１月２１日（２０１０．１．２１）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年８月３日（２００９．８．３）
【分割の表示】特願平１１−５０１８５２の分割
【原出願日】平成１０年６月３日（１９９８．６．３）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０９２１８８４７）アバリストウィス、ユニバーシティ (1)
【氏名又は名称原語表記】ＡＢＥＲＹＳＴＷＹＴＨ ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ
【Ｆターム（参考）】
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