高処理能検定システム
【課題】プローブの反復アレイを使用して生物学的検定または化学的検定多数を高処理能に、同時並行的に行うために有用な構成物、装置および方法を提供する。
【解決手段】本発明のコンビネーションは試験領域複数を有する表面を含む。その試験領域複数の中で少なくとも２個、好適な態様では少なくとも２０個が実質的に同等であり、その試験領域は各々一般的なアンカー分子のアレイを有する。このアンカーは双官能リンカー分子に関連する。この双官能リンカー分子にはアンカー少なくとも１種に特異的な部分と目的とする標的に特異的なプローブである部分とを各々含む。得られるプローブのアレイを使用してそのプローブと特異的に相互作用する標的分子１種またはそれ以上の存在を分析するか、または活性を試験する。好適な態様では、被検サンプルにヌクレアーゼ保護処理を施した後に本発明のコンビネーションと接触させる。
【解決手段】本発明のコンビネーションは試験領域複数を有する表面を含む。その試験領域複数の中で少なくとも２個、好適な態様では少なくとも２０個が実質的に同等であり、その試験領域は各々一般的なアンカー分子のアレイを有する。このアンカーは双官能リンカー分子に関連する。この双官能リンカー分子にはアンカー少なくとも１種に特異的な部分と目的とする標的に特異的なプローブである部分とを各々含む。得られるプローブのアレイを使用してそのプローブと特異的に相互作用する標的分子１種またはそれ以上の存在を分析するか、または活性を試験する。好適な態様では、被検サンプルにヌクレアーゼ保護処理を施した後に本発明のコンビネーションと接触させる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含む、少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
ここで、少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触し、
そして、該細胞サンプルは溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液と接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記検出方法に使用する、方法。
【請求項２】
該溶解液において、ホルムアミドの量が、約１０から約３０％ｖ／ｖである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該溶解液において、ＳＤＳの量が、約０．０３から約０．１０％ｗ／ｖである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以下の温度で、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方が該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以上の温度で、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項５】
少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む表面と、該ヌクレアーゼ保護断片が該表面に結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以下の温度で、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方が該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以上の温度で、溶解有効量である約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項７】
該溶解液が、以下（１）−（８）：
（１）溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５〜６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液；
（２）ホルムアミドの量が、約１０〜約３０％ｖ／ｖである、（１）に記載の溶解液；
（３）ＳＤＳの量が、約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、（１）に記載の溶解液；（４）緩衝液が、約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、（１）に記載の溶解液；
（５）ＳＤＳの量が、約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、（２）に記載の溶解液；（６）緩衝液が、約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、（５）に記載の溶解液；
（７）緩衝液が、約３ＸＳＳＣ緩衝液である、（１）に記載の溶解液；
（８）緩衝液が、約３ＸＳＳＣ緩衝液である、（６）に記載の溶解液；
のいずれかに記載の溶解液である、請求項４−６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
該溶解液を含む該サンプル溶液が、該溶液が一本鎖核酸を消化する該ヌクレアーゼの機能を阻害しないように希釈される、請求項４−７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項１０】
該溶解液において、ホルムアミドの量が約１０〜約３０％ｖ／ｖである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
該溶解液において、ＳＤＳの量が約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
該溶解液において、緩衝液が約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
該溶解液において、ＳＤＳの量が約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
該溶解液において、緩衝液が約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む表面と、該ヌクレアーゼ保護断片が該表面に結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項１８】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前に、
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
を含むコンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルを、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約１０５℃〜１１５℃の高められた温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、そして、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項１９】
少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む表面と、該ヌクレアーゼ保護断片が該表面に結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約１０５℃〜１１５℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、そして、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項２１】
該溶解用の溶液を含む該サンプル溶液が、該溶液が一本鎖核酸を消化する該ヌクレアーゼの機能を阻害しないように希釈される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
該溶解用の溶液を含む該サンプル溶液が、該溶液が一本鎖核酸を消化する該ヌクレアーゼの機能を阻害しないように希釈される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
該細胞サンプルを、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させ、そして、その後、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約１０５℃〜１１５℃の高められた温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２４】
該細胞サンプルを、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で放出される約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させ、そして、その後、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃〜１１５℃の高められた温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させる、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも１つの核酸標的を含むかもしれない細胞サンプル中に存在する該少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を検出するために該細胞の核酸をハイブリダイズする工程の前に、該細胞サンプルを、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させること（ここで、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液は、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで使用される）、
サンプルを、該溶液への接触により接近可能となった、該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を消化するのに有効なヌクレアーゼに接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触する、方法。
【請求項２６】
該溶液において、ホルムアミドの量が、約１０〜約３０％ｖ／ｖである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
該溶液において、緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
該細胞が、表面、組織中、または生物中にある、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも１つの核酸標的を含むかもしれない細胞サンプル中に存在する該少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を検出するために該細胞の核酸をハイブリダイズする工程の前に、該細胞サンプルを、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させること（ここで、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液は、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで使用される）、
サンプルを、該溶液への接触により接近可能となった、該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を消化するのに有効なヌクレアーゼに接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含む、方法。
【請求項３０】
該溶液において、ホルムアミドの量が、約１０〜約３０％ｖ／ｖである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
該細胞が、表面、組織中、または生物中にある、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
該溶液において、緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項２９に記載の方法。
【請求項１】
標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含む、少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
ここで、少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触し、
そして、該細胞サンプルは溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液と接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記検出方法に使用する、方法。
【請求項２】
該溶解液において、ホルムアミドの量が、約１０から約３０％ｖ／ｖである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該溶解液において、ＳＤＳの量が、約０．０３から約０．１０％ｗ／ｖである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以下の温度で、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方が該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以上の温度で、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項５】
少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む表面と、該ヌクレアーゼ保護断片が該表面に結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以下の温度で、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方が該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃またはそれ以上の温度で、溶解有効量である約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項７】
該溶解液が、以下（１）−（８）：
（１）溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５〜６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液；
（２）ホルムアミドの量が、約１０〜約３０％ｖ／ｖである、（１）に記載の溶解液；
（３）ＳＤＳの量が、約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、（１）に記載の溶解液；（４）緩衝液が、約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、（１）に記載の溶解液；
（５）ＳＤＳの量が、約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、（２）に記載の溶解液；（６）緩衝液が、約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、（５）に記載の溶解液；
（７）緩衝液が、約３ＸＳＳＣ緩衝液である、（１）に記載の溶解液；
（８）緩衝液が、約３ＸＳＳＣ緩衝液である、（６）に記載の溶解液；
のいずれかに記載の溶解液である、請求項４−６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
該溶解液を含む該サンプル溶液が、該溶液が一本鎖核酸を消化する該ヌクレアーゼの機能を阻害しないように希釈される、請求項４−７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項１０】
該溶解液において、ホルムアミドの量が約１０〜約３０％ｖ／ｖである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
該溶解液において、ＳＤＳの量が約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
該溶解液において、緩衝液が約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
該溶解液において、ＳＤＳの量が約０．０３〜約０．１０％ｗ／ｖである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
該溶解液において、緩衝液が約２〜約４ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む表面と、該ヌクレアーゼ保護断片が該表面に結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、溶解有効量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶解液に接触させ、そして、該細胞サンプルを溶解液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項１８】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前に、
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
を含むコンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルを、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約１０５℃〜１１５℃の高められた温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、そして、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項１９】
少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を含んでいるかもしれない細胞サンプルを該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を有効に消化するヌクレアーゼと接触させること、および、
得られるサンプルを、該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む表面と、該ヌクレアーゼ保護断片が該表面に結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、該細胞サンプルは、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、および／または、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約１０５℃〜１１５℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液であって、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させ、そして、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液を、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで上記方法に使用する、方法。
【請求項２１】
該溶解用の溶液を含む該サンプル溶液が、該溶液が一本鎖核酸を消化する該ヌクレアーゼの機能を阻害しないように希釈される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
該溶解用の溶液を含む該サンプル溶液が、該溶液が一本鎖核酸を消化する該ヌクレアーゼの機能を阻害しないように希釈される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
該細胞サンプルを、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させ、そして、その後、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で利用可能にされる約１０５℃〜１１５℃の高められた温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２４】
該細胞サンプルを、実質的にｍＲＮＡだけがＤＮＡなしで該保護断片に結合する形態で放出される約９０℃〜１００℃の温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させ、そして、その後、ｍＲＮＡおよびＤＮＡの両方がそれぞれ該保護断片に結合する形態で放出される約１０５℃〜１１５℃の高められた温度で浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させる、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも１つの核酸標的を含むかもしれない細胞サンプル中に存在する該少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を検出するために該細胞の核酸をハイブリダイズする工程の前に、該細胞サンプルを、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させること（ここで、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液は、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで使用される）、
サンプルを、該溶液への接触により接近可能となった、該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を消化するのに有効なヌクレアーゼに接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含み、
ここで、少なくとも１個のロカスにあるアンカーが、異なるヌクレアーゼ保護断片、および、よって異なる標的、特異性を有する、約２〜約４個の異なる双官能性リンカーに接触する、方法。
【請求項２６】
該溶液において、ホルムアミドの量が、約１０〜約３０％ｖ／ｖである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
該溶液において、緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
該細胞が、表面、組織中、または生物中にある、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも１つの核酸標的を含むかもしれない細胞サンプル中に存在する該少なくとも１つの核酸標的を検出する方法であって、
該標的を検出するために該細胞の核酸をハイブリダイズする工程の前に、該細胞サンプルを、浸透可能化および／または溶解に有効な量の、約８〜約６０％ｖ／ｖのホルムアミド、約０．０１〜約０．５％ｗ／ｖのＳＤＳおよび０．５−６ＸＳＳＣ緩衝液を含む溶液に接触させること（ここで、該細胞サンプルを浸透可能化および／または溶解用の溶液に接触させることにより得られた溶液は、その後さらに他の細胞成分を取り除く精製をしないで使用される）、
サンプルを、該溶液への接触により接近可能となった、該標的に特異的で該標的と結合するヌクレアーゼ保護断片と接触させること、
サンプルを、一本鎖核酸を消化するのに有効なヌクレアーゼに接触させること、および、
得られるサンプルを、該サンプル添加前は下記を含む：
ｉ）空間的に区別された、少なくともその２個が実質的に同一な領域を多数含む表面；ここにその各領域は次項を含む：
ｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーの少なくとも２個の異なるロカス；各アンカーは次項と会合している：
ｉｉｉ）オリゴヌクレオチドアンカーに特異的な第一部分および該ヌクレアーゼ保護断片に特異的なプローブを含む第二部分を有する双官能性リンカー；
コンビネーションと、
該ヌクレアーゼ保護断片が該コンビネーションに結合するために有効な条件下で接触させること、
を含む、方法。
【請求項３０】
該溶液において、ホルムアミドの量が、約１０〜約３０％ｖ／ｖである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
該細胞が、表面、組織中、または生物中にある、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
該溶液において、緩衝液が約３ＸＳＳＣ緩衝液である、請求項２９に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【公開番号】特開２０１０−２００７５７（Ｐ２０１０−２００７５７Ａ）
【公開日】平成２２年９月１６日（２０１０．９．１６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−１１０３４３（Ｐ２０１０−１１０３４３）
【出願日】平成２２年５月１２日（２０１０．５．１２）
【分割の表示】特願２００３−５０９１１１（Ｐ２００３−５０９１１１）の分割
【原出願日】平成１４年６月２６日（２００２．６．２６）
【出願人】（５０４００３２５９）ハイ・スループット・ジェノミックス・インコーポレイテッド (1)
【氏名又は名称原語表記】ＨＩＧＨ ＴＨＲＯＵＧＨＰＵＴ ＧＥＮＯＭＩＣＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２２年９月１６日（２０１０．９．１６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年５月１２日（２０１０．５．１２）
【分割の表示】特願２００３−５０９１１１（Ｐ２００３−５０９１１１）の分割
【原出願日】平成１４年６月２６日（２００２．６．２６）
【出願人】（５０４００３２５９）ハイ・スループット・ジェノミックス・インコーポレイテッド (1)
【氏名又は名称原語表記】ＨＩＧＨ ＴＨＲＯＵＧＨＰＵＴ ＧＥＮＯＭＩＣＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
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