高純度のプラスミドＤＮＡ調製物及びその調製方法
本開示は一般に、低レベル又は検出不能なレベルのコラン酸及び他のコンタミネーション物質を有する高純度のプラスミド組成物、並びにこれらを調製する方法に関する。このような方法において有用なポリペプチドもまた説明される。本明細書に記載の方法及び組成物は、生物テロリズム、環境科学、食品科学、法医学、分子生物学、並びに衛生及び医療の分野における多様な適用を含め、広範囲にわたり使用される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡと、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のコラン酸とを含む、グラム陰性菌のプラスミド組成物。
【請求項２】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のコラン酸を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
検出可能なコラン酸を含まない、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
ビシンコニン酸（ＢＣＡ）アッセイによる測定で検出可能なコラン酸を含まない、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のウロン酸をさらに含む、請求項１〜４のいずれかに記載の組成物。
【請求項６】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のウロン酸をさらに含む、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
【請求項７】
検出可能なウロン酸を含まない、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
【請求項８】
ウロン酸アッセイによる測定で検出可能なウロン酸を含まない、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
【請求項９】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のフコースをさらに含む、請求項１〜８のいずれかに記載の組成物。
【請求項１０】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のフコースをさらに含む、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
【請求項１１】
検出可能なフコースを含まない、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
【請求項１２】
フコースアッセイによる測定で検出可能なフコースを含まない、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
【請求項１３】
多糖選択的標識剤と混合したとき、目視により検出可能な多糖を含まない、請求項１〜１２のいずれかに記載の組成物。
【請求項１４】
多糖選択的標識剤が、（４，６−ジクロロトリアジニル）アミノフルオレセイン（ＤＴＡＦ）である、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のコラン酸、及びグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のウロン酸を含む、グラム陰性菌のプラスミド組成物。
【請求項１６】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のフコースをさらに含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
検出可能なコラン酸、ウロン酸、及びフコースを含まない、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡと、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のコラン酸と、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のフコース酸とを含む、グラム陰性菌のプラスミド組成物。
【請求項１９】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のウロン酸をさらに含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２０】
検出可能なコラン酸、フコース、ウロン酸、染色体若しくはゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、及び／又はエンドトキシンコンタミネーション物質をさらに含まない、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
プラスミドＤＮＡを含有する水性組成物を、ポリペプチドにより処理してコラン酸を消化させるステップと、処理された水性組成物から、前記プラスミドＤＮＡを分離するステップとを含むプラスミドＤＮＡの精製方法。
【請求項２２】
水性組成物が、粗細菌溶解物、部分精製された細菌溶解物、及び抽出された細菌核酸を含有する水溶液から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
水性組成物が、粗細菌溶解物である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
水性組成物が、部分精製された細菌溶解物である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
水性組成物が、抽出された細菌核酸を含有する水溶液である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
分離するステップが、処理された水性組成物を、クロマトグラフィー材料と混合することを含む、請求項２１〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
クロマトグラフィー材料が、陰イオン交換クロマトグラフィー樹脂、陽イオン交換クロマトグラフィー樹脂、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂、及びアフィニティークロマトグラフィー樹脂からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
分離するステップが、処理された水性組成物をアフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合することと、その後、前記処理された水性組成物を疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合することとを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
ポリペプチドによる処理前に水性組成物を前処理して、前記水性組成物からエンドトキシンを部分的に除去し、前記前処理が、前記水性組成物をクロマトグラフィー材料と混合するステップを含む、請求項２１〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸ベースの化合物又はボロン酸含有化合物を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
クロマトグラフィー材料が陰イオン交換樹脂である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
陰イオン交換樹脂が四級アンモニウム樹脂を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
水性組成物を濾過して、プラスミドＤＮＡからエンドトキシンをさらに分離するステップをさらに含む、請求項２１〜３３のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
濾過するステップが、クロマトグラフィー材料から、処理された水性組成物を溶出させた後で実施される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項２１〜３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
水溶性組成物からエンドトキシンを部分的に除去するために、前記水溶性組成物をポリペプチドによる処理前に前処理し、前記前処理が、前記水溶性組成物をクロマトグラフィー材料と混合するステップを含み；前記ポリペプチドによる処理後にアフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合し、その後、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合し；前記疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂からプラスミドＤＮＡを溶出した後で、前記プラスミドＤＮＡからエンドトキシンをさらに分離するために、濾過することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項３７】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
プラスミドＤＮＡがグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
（ａ）プラスミドＤＮＡを含有する水性組成物を、陰イオン交換樹脂と混合することにより、前記水性組成物を前処理するステップと、
（ｂ）前記前処理された水性組成物をポリペプチドにより処理して、コラン酸を消化させるステップと、
（ｃ）前記プラスミドＤＮＡを、前記処理された水性組成物から分離するステップであり、前記処理された水性組成物をアフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合すること、及び、その後、前記処理された水性組成物を疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合することを含むステップと、
（ｄ）前記プラスミドＤＮＡを濾過するステップと
を含むプラスミドＤＮＡの精製方法。
【請求項４３】
陰イオン交換樹脂が四級アンモニウム樹脂を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸ベースの化合物又はボロン酸含有化合物を含む、請求項４２又は４３に記載の方法。
【請求項４５】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４８】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
プラスミドＤＮＡがグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡである、請求項４２〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項４２〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５１】
配列番号１に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を含むポリペプチド。
【請求項５２】
アミノ酸配列が、配列番号１に対して少なくとも９５％の相同性、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５３】
アミノ酸配列が、配列番号１に対して少なくとも９８％の相同性、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５４】
アミノ酸配列が、配列番号１に対して少なくとも９９％の相同性、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５５】
アミノ酸配列が配列番号１である、請求項５１〜５４のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項５６】
配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項５７】
アミノ酸配列が、配列番号２に対して少なくとも９５％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項５８】
アミノ酸配列が、配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項５９】
アミノ酸配列が、配列番号２に対して少なくとも９９％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項６０】
アミノ酸配列が配列番号２である、請求項５６〜５９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６１】
精製ポリペプチドである、請求項５１〜６０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６２】
組換えポリペプチドである、請求項５１〜６１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６３】
配列番号７又はその相補配列と少なくとも９０％の配列同一性を共有する核酸配列を含む単離ポリヌクレオチド。
【請求項６４】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９５％の配列同一性を共有する、請求項６３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６５】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９８％の配列同一性を共有する、請求項６３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６６】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項６３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６７】
核酸配列が配列番号７である、請求項６３〜６６のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
【請求項６８】
配列番号８又はその相補配列と少なくとも９０％の配列同一性を共有する核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６９】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９５％の配列同一性を共有する、請求項６８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７０】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９８％の配列同一性を共有する、請求項６８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７１】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項６８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７２】
核酸配列が配列番号８である、請求項６８〜７１のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
【請求項７３】
プラスミド、ウイルス、及びバクテリオファージからなる群から選択される、請求項６３に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項７４】
プラスミド又はバクテリオファージである、請求項７３に記載のベクター。
【請求項７５】
バクテリオファージである、請求項７３に記載のベクター。
【請求項７６】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項７３に記載のベクター。
【請求項７７】
核酸配列が配列番号７である、請求項７３〜７６のいずれかに記載のベクター。
【請求項７８】
プラスミド、ウイルス、及びバクテリオファージからなる群から選択される、請求項６８に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項７９】
プラスミド又はバクテリオファージである、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８０】
バクテリオファージである、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８１】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８２】
核酸配列が配列番号８である、請求項７８〜８１のいずれかに記載のベクター。
【請求項８３】
組換え発現ベクターである、請求項７３に記載のベクター。
【請求項８４】
組換え発現ベクターである、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８５】
生物学的材料中におけるコラン酸を消化させる方法であって、前記生物学的材料を、コラン酸を消化することが可能なポリペプチドと接触させるステップを含む方法。
【請求項８６】
生物学的材料が細菌粘液である、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
生物学的材料が、粗細菌溶解物、部分精製された細菌溶解物、及び抽出された細菌核酸を含有する水溶液から選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項８８】
生物学的材料が、粗細菌溶解物である、請求項８５に記載の方法。
【請求項８９】
生物学的材料が、部分精製された細菌溶解物である、請求項８５に記載の方法。
【請求項９０】
生物学的材料が、抽出された細菌核酸を含有する水溶液である、請求項８５に記載の方法。
【請求項９１】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項８５〜９０のいずれかに記載の方法。
【請求項９２】
コラン酸が細菌の細胞膜内に存在する、請求項８６に記載の方法。
【請求項９３】
生物学的材料が生物膜である、請求項８５に記載の方法。
【請求項９４】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９５】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９６】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９７】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９８】
細菌高分子を含有する水性組成物からのエンドトキシンの除去方法であって、前記水性組成物中におけるコラン酸を消化させるステップと、その後、前記水性組成物を、クロマトグラフィー材料と混合し、前記細菌高分子からエンドトキシンを分離するステップとを含む方法。
【請求項９９】
水性組成物が細菌溶解物に由来する、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
ポリペプチドによる処理前に細菌溶解物を前処理して、前記溶解物からエンドトキシンを部分的に除去する、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前処理が、細菌溶解物をクロマトグラフィー材料と混合するステップを含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
細菌高分子がプラスミドＤＮＡを含む、請求項９８〜１０１のいずれかに記載の方法。
【請求項１０３】
プラスミドＤＮＡがグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡである、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
水性組成物を、コラン酸分解活性を有するポリペプチドで処理することによりコラン酸を消化させる、請求項９８〜１０４のいずれかに記載の方法。
【請求項１０５】
クロマトグラフィー材料が、陰イオン交換クロマトグラフィー樹脂、陽イオン交換クロマトグラフィー樹脂、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂、及びアフィニティークロマトグラフィー樹脂からなる群から選択される、請求項９８〜１０４のいずれかに記載の方法。
【請求項１０６】
クロマトグラフィー材料が陰イオン交換樹脂である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０７】
陰イオン交換樹脂が四級アンモニウム樹脂を含む、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸樹脂又はボロン酸ベースの樹脂を含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０９】
クロマトグラフィー材料から生体高分子を溶出させた後で、水性組成物を濾過して、前記生体高分子からエンドトキシンをさらに分離するステップをさらに含む、請求項９８〜１０８のいずれかに記載の方法。
【請求項１１０】
水性組成物を、まず、アフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合し、その後、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合する、請求項９８に記載の方法。
【請求項１１１】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸樹脂又はボロン酸ベースの樹脂を含む、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項９８〜１１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１１３】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１４】
組換えポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１５】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１６】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡと、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のコラン酸とを含む、グラム陰性菌のプラスミド組成物。
【請求項２】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のコラン酸を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
検出可能なコラン酸を含まない、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
ビシンコニン酸（ＢＣＡ）アッセイによる測定で検出可能なコラン酸を含まない、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のウロン酸をさらに含む、請求項１〜４のいずれかに記載の組成物。
【請求項６】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のウロン酸をさらに含む、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
【請求項７】
検出可能なウロン酸を含まない、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
【請求項８】
ウロン酸アッセイによる測定で検出可能なウロン酸を含まない、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
【請求項９】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のフコースをさらに含む、請求項１〜８のいずれかに記載の組成物。
【請求項１０】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のフコースをさらに含む、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
【請求項１１】
検出可能なフコースを含まない、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
【請求項１２】
フコースアッセイによる測定で検出可能なフコースを含まない、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
【請求項１３】
多糖選択的標識剤と混合したとき、目視により検出可能な多糖を含まない、請求項１〜１２のいずれかに記載の組成物。
【請求項１４】
多糖選択的標識剤が、（４，６−ジクロロトリアジニル）アミノフルオレセイン（ＤＴＡＦ）である、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のコラン酸、及びグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のウロン酸を含む、グラム陰性菌のプラスミド組成物。
【請求項１６】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．１ｍｇ未満のフコースをさらに含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
検出可能なコラン酸、ウロン酸、及びフコースを含まない、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡと、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のコラン酸と、グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のフコース酸とを含む、グラム陰性菌のプラスミド組成物。
【請求項１９】
グラム陰性菌のプラスミドＤＮＡ１ｍｇ当たり約０．０５ｍｇ未満のウロン酸をさらに含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２０】
検出可能なコラン酸、フコース、ウロン酸、染色体若しくはゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、及び／又はエンドトキシンコンタミネーション物質をさらに含まない、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
プラスミドＤＮＡを含有する水性組成物を、ポリペプチドにより処理してコラン酸を消化させるステップと、処理された水性組成物から、前記プラスミドＤＮＡを分離するステップとを含むプラスミドＤＮＡの精製方法。
【請求項２２】
水性組成物が、粗細菌溶解物、部分精製された細菌溶解物、及び抽出された細菌核酸を含有する水溶液から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
水性組成物が、粗細菌溶解物である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
水性組成物が、部分精製された細菌溶解物である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
水性組成物が、抽出された細菌核酸を含有する水溶液である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
分離するステップが、処理された水性組成物を、クロマトグラフィー材料と混合することを含む、請求項２１〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
クロマトグラフィー材料が、陰イオン交換クロマトグラフィー樹脂、陽イオン交換クロマトグラフィー樹脂、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂、及びアフィニティークロマトグラフィー樹脂からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
分離するステップが、処理された水性組成物をアフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合することと、その後、前記処理された水性組成物を疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合することとを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
ポリペプチドによる処理前に水性組成物を前処理して、前記水性組成物からエンドトキシンを部分的に除去し、前記前処理が、前記水性組成物をクロマトグラフィー材料と混合するステップを含む、請求項２１〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸ベースの化合物又はボロン酸含有化合物を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
クロマトグラフィー材料が陰イオン交換樹脂である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
陰イオン交換樹脂が四級アンモニウム樹脂を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
水性組成物を濾過して、プラスミドＤＮＡからエンドトキシンをさらに分離するステップをさらに含む、請求項２１〜３３のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
濾過するステップが、クロマトグラフィー材料から、処理された水性組成物を溶出させた後で実施される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項２１〜３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
水溶性組成物からエンドトキシンを部分的に除去するために、前記水溶性組成物をポリペプチドによる処理前に前処理し、前記前処理が、前記水溶性組成物をクロマトグラフィー材料と混合するステップを含み；前記ポリペプチドによる処理後にアフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合し、その後、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合し；前記疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂からプラスミドＤＮＡを溶出した後で、前記プラスミドＤＮＡからエンドトキシンをさらに分離するために、濾過することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項３７】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項２１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
プラスミドＤＮＡがグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
（ａ）プラスミドＤＮＡを含有する水性組成物を、陰イオン交換樹脂と混合することにより、前記水性組成物を前処理するステップと、
（ｂ）前記前処理された水性組成物をポリペプチドにより処理して、コラン酸を消化させるステップと、
（ｃ）前記プラスミドＤＮＡを、前記処理された水性組成物から分離するステップであり、前記処理された水性組成物をアフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合すること、及び、その後、前記処理された水性組成物を疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合することを含むステップと、
（ｄ）前記プラスミドＤＮＡを濾過するステップと
を含むプラスミドＤＮＡの精製方法。
【請求項４３】
陰イオン交換樹脂が四級アンモニウム樹脂を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸ベースの化合物又はボロン酸含有化合物を含む、請求項４２又は４３に記載の方法。
【請求項４５】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４８】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項４２〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
プラスミドＤＮＡがグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡである、請求項４２〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項４２〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５１】
配列番号１に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を含むポリペプチド。
【請求項５２】
アミノ酸配列が、配列番号１に対して少なくとも９５％の相同性、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５３】
アミノ酸配列が、配列番号１に対して少なくとも９８％の相同性、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５４】
アミノ酸配列が、配列番号１に対して少なくとも９９％の相同性、及び配列番号１の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５５】
アミノ酸配列が配列番号１である、請求項５１〜５４のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項５６】
配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項５７】
アミノ酸配列が、配列番号２に対して少なくとも９５％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項５８】
アミノ酸配列が、配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項５９】
アミノ酸配列が、配列番号２に対して少なくとも９９％の相同性、及び配列番号２の保存的アミノ酸置換を有する、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項６０】
アミノ酸配列が配列番号２である、請求項５６〜５９のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６１】
精製ポリペプチドである、請求項５１〜６０のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６２】
組換えポリペプチドである、請求項５１〜６１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項６３】
配列番号７又はその相補配列と少なくとも９０％の配列同一性を共有する核酸配列を含む単離ポリヌクレオチド。
【請求項６４】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９５％の配列同一性を共有する、請求項６３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６５】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９８％の配列同一性を共有する、請求項６３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６６】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項６３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６７】
核酸配列が配列番号７である、請求項６３〜６６のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
【請求項６８】
配列番号８又はその相補配列と少なくとも９０％の配列同一性を共有する核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６９】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９５％の配列同一性を共有する、請求項６８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７０】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９８％の配列同一性を共有する、請求項６８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７１】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項６８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７２】
核酸配列が配列番号８である、請求項６８〜７１のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
【請求項７３】
プラスミド、ウイルス、及びバクテリオファージからなる群から選択される、請求項６３に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項７４】
プラスミド又はバクテリオファージである、請求項７３に記載のベクター。
【請求項７５】
バクテリオファージである、請求項７３に記載のベクター。
【請求項７６】
核酸配列が、配列番号７又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項７３に記載のベクター。
【請求項７７】
核酸配列が配列番号７である、請求項７３〜７６のいずれかに記載のベクター。
【請求項７８】
プラスミド、ウイルス、及びバクテリオファージからなる群から選択される、請求項６８に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項７９】
プラスミド又はバクテリオファージである、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８０】
バクテリオファージである、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８１】
核酸配列が、配列番号８又はその相補配列と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８２】
核酸配列が配列番号８である、請求項７８〜８１のいずれかに記載のベクター。
【請求項８３】
組換え発現ベクターである、請求項７３に記載のベクター。
【請求項８４】
組換え発現ベクターである、請求項７８に記載のベクター。
【請求項８５】
生物学的材料中におけるコラン酸を消化させる方法であって、前記生物学的材料を、コラン酸を消化することが可能なポリペプチドと接触させるステップを含む方法。
【請求項８６】
生物学的材料が細菌粘液である、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
生物学的材料が、粗細菌溶解物、部分精製された細菌溶解物、及び抽出された細菌核酸を含有する水溶液から選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項８８】
生物学的材料が、粗細菌溶解物である、請求項８５に記載の方法。
【請求項８９】
生物学的材料が、部分精製された細菌溶解物である、請求項８５に記載の方法。
【請求項９０】
生物学的材料が、抽出された細菌核酸を含有する水溶液である、請求項８５に記載の方法。
【請求項９１】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項８５〜９０のいずれかに記載の方法。
【請求項９２】
コラン酸が細菌の細胞膜内に存在する、請求項８６に記載の方法。
【請求項９３】
生物学的材料が生物膜である、請求項８５に記載の方法。
【請求項９４】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９５】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９６】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９７】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項８５〜９３のいずれかに記載の方法。
【請求項９８】
細菌高分子を含有する水性組成物からのエンドトキシンの除去方法であって、前記水性組成物中におけるコラン酸を消化させるステップと、その後、前記水性組成物を、クロマトグラフィー材料と混合し、前記細菌高分子からエンドトキシンを分離するステップとを含む方法。
【請求項９９】
水性組成物が細菌溶解物に由来する、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
ポリペプチドによる処理前に細菌溶解物を前処理して、前記溶解物からエンドトキシンを部分的に除去する、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前処理が、細菌溶解物をクロマトグラフィー材料と混合するステップを含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
細菌高分子がプラスミドＤＮＡを含む、請求項９８〜１０１のいずれかに記載の方法。
【請求項１０３】
プラスミドＤＮＡがグラム陰性菌のプラスミドＤＮＡである、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
水性組成物を、コラン酸分解活性を有するポリペプチドで処理することによりコラン酸を消化させる、請求項９８〜１０４のいずれかに記載の方法。
【請求項１０５】
クロマトグラフィー材料が、陰イオン交換クロマトグラフィー樹脂、陽イオン交換クロマトグラフィー樹脂、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂、及びアフィニティークロマトグラフィー樹脂からなる群から選択される、請求項９８〜１０４のいずれかに記載の方法。
【請求項１０６】
クロマトグラフィー材料が陰イオン交換樹脂である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０７】
陰イオン交換樹脂が四級アンモニウム樹脂を含む、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸樹脂又はボロン酸ベースの樹脂を含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０９】
クロマトグラフィー材料から生体高分子を溶出させた後で、水性組成物を濾過して、前記生体高分子からエンドトキシンをさらに分離するステップをさらに含む、請求項９８〜１０８のいずれかに記載の方法。
【請求項１１０】
水性組成物を、まず、アフィニティークロマトグラフィー樹脂と混合し、その後、疎水性相互作用クロマトグラフィー樹脂と混合する、請求項９８に記載の方法。
【請求項１１１】
アフィニティークロマトグラフィー樹脂が、ボロン酸樹脂又はボロン酸ベースの樹脂を含む、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
ポリペプチドが組換えポリペプチドである、請求項９８〜１１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１１３】
ポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１４】
組換えポリペプチドが、配列番号１又は配列番号２に対して少なくとも９８％の相同性を有するアミノ酸配列、及び配列番号１又は配列番号２の保存的アミノ酸置換を含む、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１５】
ポリペプチドが配列番号１である、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１６】
ポリペプチドが配列番号２である、請求項９８〜１１２のいずれかに記載の方法。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【公表番号】特表２０１１−５１９５６０（Ｐ２０１１−５１９５６０Ａ）
【公表日】平成２３年７月１４日（２０１１．７．１４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５０７６５９（Ｐ２０１１−５０７６５９）
【出願日】平成２１年４月３０日（２００９．４．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４２３８２
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１３５０４８
【国際公開日】平成２１年１１月５日（２００９．１１．５）
【出願人】（５１０２８５７７９）グラダリス インク． (4)
【氏名又は名称原語表記】ＧＲＡＤＡＬＩＳ，ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年７月１４日（２０１１．７．１４）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年４月３０日（２００９．４．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４２３８２
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１３５０４８
【国際公開日】平成２１年１１月５日（２００９．１１．５）
【出願人】（５１０２８５７７９）グラダリス インク． (4)
【氏名又は名称原語表記】ＧＲＡＤＡＬＩＳ，ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
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