ＨＬＡ結合ペプチド及びその使用
本発明は、１以上のＭＨＣ分子と結合することができ、また系に免疫応答を誘導することができるものとして同定されている特定の病原体及び／又はヒトもしくはネズミの蛋白質中のペプチドを提供する。また、１以上のペプチドを含む組成物、及び当該組成物を系に投与することにより、当該系に免疫応答を誘導する方法を提供する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、主要組織適合性（ＭＨＣ）分子に結合するペプチド、及び免疫応答を誘導し、調節する当該ペプチドの使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
免疫系による、異質病原菌、異質細胞（例えば癌）又は自己細胞の認識は、概して、主要組織適合性（ＭＨＣ）分子を経て生じる。ＭＨＣ分子は、種々の免疫エフェクタ、すなわちＢ及びＴリンパ球の認識を可能にし、好適には当該エフェクタの刺激を可能にする、異質分子及び自己分子の特定の分子断片に存在する。ＭＨＣ分子は、クラスＩ又はクラスＩＩのいずれかに分類される。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、活性リンパ球及び抗原提示細胞上に一次的に発現する。ＣＤ４陽性Ｔリンパ球は、通常、マクロファージ又は樹状細胞等の抗原提示細胞上に見られるＭＨＣクラスＩＩ分子によって提供される特定のペプチド断片を認識して活性化される。しばしばヘルパーＴリンパ球（ＨＴＬ）として知られるＣＤ４陽性リンパ球は、ＩＬ−４及びＩＬ−１０の産生を経る抗体介在応答を支持するか、あるいはＩＬ−２及びＩＦＮ−γの産生を経る細胞介在応答を支持するサイトカインを増殖させ、分泌する。一方、ＭＨＣクラスＩ分子は、実質的には、全ての有核細胞上に発現する。ＭＨＣクラスＩ分子の文脈で提供されるペプチド断片は、ＣＤ８陽性Ｔリンパ球によって認識される。ＣＤ８陽性Ｔリンパ球は、しばしば、刺激抗原を発現する細胞を溶解することができる細胞毒性エフェクタに成熟する。別名、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬｓ）のＣＴＬｓは、腫瘍細胞の除去及びウイルス感染への対抗に特に効果がある。
【０００３】
Ｔリンパ球は、異質抗原そのものよりも、ＭＨＣクラスＩ分子又はクラスＩＩ分子に結合したペプチド断片の形態で、抗原を認識する。ＭＨＣクラスＩ分子によって提供される抗原は、典型的には、細胞（例えば細胞内病原菌）によって内生的に合成される抗原である。得られた細胞質抗原は、細胞中で、プロテオソームによって小断片に分解する（Niedermann et al., Immunity, 2: 289-99 (1995)）。当該小断片の中には、当該断片がクラスＩの重鎖と相互作用して、好適な折りたたみを促進し、またサブユニットβ２マクログロブリンと関連した結果、当該断片、ＭＨＣクラスＩ鎖及びβ２マクログロブリン間で安定な複合体を形成する小胞体に移送されるものもある。次いで、当該複合体は、発現と特定のＣＴＬｓによる潜在的な認識のために、細胞表面に移送される。ＭＨＣクラスＩＩ分子によって提供される抗原は、通常、食作用、飲作用又は受容体介在エンドサイトーシスによって抗原提示細胞に入る可溶性抗原である。一旦細胞中で、抗原は、エンドソーム中の酸依存的プロテアーゼによって部分的に分解される。得られたペプチド断片は、ＣＬＩＰ断片の放出後、ＭＨＣクラスＩＩ分子と結合し、その後に特定のＨＴＬｓによる潜在的な認識のために表面に移送される安定な複合体を形成する。Blum et al., Crit Rev. Immunol., 17: 411-17 (1997); Arndt et al., Immunol. Res., 16: 261-72 (1997)を参照されたい。
【０００４】
あるＭＨＣ複合体に結合するペプチドは、酸溶出法（Buus et al., Science 242: 1065(1988)）、クロマトグラフィー法（Jardetzky et al, Nature 353: 326 (1991)及びFalk et al., Nature 351: 290 (1991)）及び質量分析法（Hunt et al., Science 225: 1261 (1992)）によって確認できる。ＭＨＣクラスＩ分子と結合する自然処理ペプチドの総説は、Rotzschke and Falk, Immunol. Today 12: 447 (1991)に記載されている。
【０００５】
特定のＭＨＣアレルと高頻度で結合するペプチドは、モチーフ内に適合し、ペプチド内の特定の位置で特定の生化学的性質を有するアミノ酸残基を有する。当該残基は、通常、ＭＨＣアレルの生化学的性質の影響を受ける。ペプチド配列モチーフは、ＭＨＣ分子と結合することができるペプチドを選別するために用いることができ（Settle et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 3296 (1989)）、クラスＩ結合モチーフは動物モデルで潜在的な免疫原性ペプチドを同定したことが報告されている（De Bruijn et al., Eur. J. Immunol. 21: 2963-2970 (1991); Pamer et al., Nature 353: 852-955 (1991)）。また、特定のペプチドとＭＨＣ分子との結合は、当該ペプチドの免疫原性に関連している（Schaeffer et al., Proc. Natl. Sci. USA 86: 4649 (1989)）。
【０００６】
複雑な異質病原菌によってコードされる可能性のある多数のペプチドの中で、小分画のみが、ＭＨＣクラスＩ又はＩＩ抗原と結合することができるペプチドの形態に達し、そのためＴ細胞によって認識され得る。当該現象は、免疫優性として知られている（Yewdell et al., Ann. Rev. Immunol., 17: 51-88 (1997)）。すなわち、どのようにして全体的に天然抗原に対する免疫又は暴露が、天然抗原が有するあらゆるエピトープよりも、抗原の一つ又はいくつかの「主要」エピトープに対する免疫応答になるのかという現象を、免疫優性は説明するものである。免疫優性は、ＭＨＣペプチド親和性、抗原処理及び抗原有用性を含む種々の要因によって影響を受ける。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
従って、ＭＨＣ結合ペプチドの中には確認されているものもあるが、当該分野では、ＭＨＣ結合ペプチドが由来する病原体に対するワクチンにおいて、免疫応答を起こさせるために使用できる病原体由来の新規ＭＨＣ結合ペプチドを発見することが求められている。更に、当該分野では、多数の異種ＭＨＣ分子と結合することができるペプチドであって、ヒト異系交配群の広い範囲で、免疫原性であるようなペプチドを発見することが求められている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、ウイルス性疾患及び癌等の多数の病状を予防、治療又は診断するための組成物、及び方法に関する。従って、本明細書では、選ばれた主要組織適合性（ＭＨＣ）複合体分子と結合することができ、かつ免疫応答を誘導又は調節することができる新規ペプチドを提供する。開示のペプチドの中には、ＨＬＡ−ＤＲ及びＨＬＡ−ＤＱアレル等のヒトＭＨＣクラスＩＩ（ＨＬＡ）分子と結合することができるものがある。本明細書に開示の他のペプチドは、次の１以上を含み、ヒトクラスＩ分子に結合することができる；ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ２．１、ＨＬＡ−Ａ３．２、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４．１、ＨＬＡ−Ｂ７及びＨＡＬ−Ｂ４４分子。開示の他のペプチドは、ネズミのクラスＩ分子に結合することができる。
【０００９】
また、本発明は、ＭＨＣ分子に特異的な結合モチーフを有する免疫原性ペプチドを含む組成物を提供する。開示のペプチドと組成物は、免疫応答、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答又はヘルパーＴリンパ球（ＨＴＬ）応答、特に系に投与した場合に、当該応答を誘導するための方法に使用できる。本明細書に開示のペプチド及び組成物は、診断試薬としても有用である（例えば、四量体試薬；Beckman Coulter）。
【００１０】
定義
次の定義は、本明細書に開示された発明の好ましい態様のいくつかを当業者が理解できるように提供するものである。しかしながら、当該定義は例にすぎず、請求の範囲に記載の本発明の範囲を限定するために使用されるべきではないことが理解できよう。当業者は、以下の定義に若干の変更をすることができ、本明細書に開示の発明を理解し、実施するためにかかる変更した定義を使用できよう。当業者にとって明白であり、上記の請求の範囲に適用することができる当該変更は、本発明の範囲内にあると考えられる。この項に記載の定義は、特許、公表特許出願及び他の刊行物に記載の定義、並びに本明細書に参考として記載したＧｅｎＢａｎｋ及び他のデータベースにある配列と、反対あるいは不一致であるとしても、当該項に記載の定義は参考として記載した定義より優先する。
【００１１】
本明細書で使用するように、「ＨＬＡスパータイプ又はＨＬＡファミリー」の語は、共通のペプチド結合特性に基いて群分けされたＨＬＡ分子の集合を言う。ＨＬＡスーパーファミリー、ＨＬＡスーパータイプファミリー、ＨＬＡファミリー及びＨＬＡｘｘ型分子（ｘｘは特定のＨＬＡタイプを示す）の語は、同義語である。
【００１２】
本明細書で使用するように、「ＩＣ５０」の語は、対照ペプチドの結合の５０％阻害が観察される、結合試験におけるペプチド濃度を言う。試験を実施する条件によって（例えば制限ＭＨＣ蛋白質及び標識ペプチドの濃度）、当該値はＫＤ値に近づくだろう。
【００１３】
本明細書で使用するように、「ペプチド」の語は、一連の残基、典型的には一般的には隣接アミノ酸のα−アミノ基及びカルボキシル基間のペプチド結合によって互いに結合している一般的にはＬ−アミノ酸を示すために、本明細書で「エピトープ」と交換して使用し、これは指定されたＭＨＣアレルと結合する。
【００１４】
本明細書で使用するように、「薬学的に許容される」の語は、一般的に、非毒性で、不活性で、及び／又は生理学的に適合でき組成物を言う。
【００１５】
本明細書で使用するように、「保護免疫応答」又は「治療免疫応答」の語は、感染試薬又は癌抗原から得られる抗原に対するＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答であって、疾患の症状、副作用又は進行を、場合によっては回避し、あるいは少なくとも部分的には抑える応答を言う。免疫応答は、ヘルパーＴ細胞の刺激によって促進される抗体応答を含んでもよい。
【００１６】
本明細書で使用するように、「残基」の語は、アミド結合又は模倣アミド結合によってペプチドに組み込まれたアミノ酸又は模倣アミノ酸を言う。
【００１７】
本明細書で使用するように、「モチーフ」の語は、確定した長さのペプチド、通常、ＭＨＣクラスＩモチーフに関しては約８〜１３のアミノ酸のペプチド、ＭＨＣクラスＩＩモチーフに関しては約６〜２５のアミノ酸のペプチド、における残基の型を言い、特定のＭＨＣ分子によって認識される。ペプチドモチーフは、典型的には、各ＭＨＣアレルによってコードされる各蛋白質によって異なり、高保存され、かつ陰性（negative）の残基の型の点で異なる。
【００１８】
本明細書で使用するように、「スーパーモチーフ」の語は、２以上のＭＨＣアレルによってコードされるＭＨＣ分子によって共有される結合特性を付与するペプチドのアミノ酸配列を言う。好ましくは、スーパーモチーフ生成ペプチドは、２以上のＭＨＣ抗原によって、高度又は中等度の親和性（本明細書で定義されているように）で認識される。
【００１９】
本明細書で使用するように、「保存された残基」は、ペプチドの特定の位置でのランダム分布によって予想されるよりも、著しく高頻度で生成するアミノ酸を言う。典型的には、保存された残基は、ＭＨＣ構造が免疫原性ペプチドとの接触点を提供できる残基である。確定した長さのペプチド内の少なくとも１〜３以上、好ましくは２つの保存された残基は、免疫原性ペプチドのモチーフを特徴付ける。当該ペプチドは、典型的には、溝と結合するペプチドと近接し、その側鎖は、溝そのものの特定のポケットに埋まっている。典型的には、免疫原性ペプチドは、３つまでの保存された残基、より一般的には２つの保存された残基からなる。
【００２０】
本明細書で使用するように、「陰性の結合残基」は、仮に一定の位置（例えば９マーの１、３、６及び／又は７の位置）に存在するならば、非結合体又は低結合体であるペプチドを生じ、かつＣＴＬ応答を誘導するなどの免疫原性を示さないアミノ酸である。
【００２１】
本明細書で使用するように、「合成ペプチド」の語は、天然から得られず、化学的合成又は組換えＤＮＡ技術のような方法を用いて人為的に作られるペプチドである。
【００２２】
本明細書で使用するように、「免疫原性ペプチド」は、当該ペプチドがＭＨＣ分子に結合し、ＣＴＬ又はＨＴＬ応答を誘導するようなアレル特異的モチーを含むペプチドを言う。免疫原性応答は、in vitro及び／又はin vivoでＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答を刺激し、並びに特定のＴ細胞群での細胞死（又はアポトーシス）に関する指示された誘発によって、進行中の免疫応答を調節する応答、を含む。
【００２３】
本明細書で使用するように、「単離された」又は「生物学的に純粋な」の語句は、その材料の天然の状態で見られるような通常含まれる成分を、実質的に又は基本的に有さない材料を言う。従って、本発明のペプチドは、例えば抗原提示細胞上のＭＨＣ Ｉ分子等の、材料そのままの環境と一般的に関連する材料を含まない。蛋白質が同質又は主要なバンドとして単離される場合でさえも、所望の蛋白質を使って共精製される天然蛋白質の５〜１０％の範囲でわずかにコンタミが起こる。本発明の単離ペプチドは、このような内生的に共精製された蛋白質を含まない。
【００２４】
ペプチド化合物を記載するために用いる命名法では、一般的な慣例に従い、アミノ基は、各アミノ酸残基の左側（Ｎ末端）に、カルボキシル基は右側（Ｃ末端）に示す。本発明の選択された特定の具体例を表す式では、アミノ−及びカルボキシル末端基は、特に示さないが、特に断らない限り、生理的ｐＨで想定される形態にある。アミノ酸の構造式では、各残基は、一般的に、標準的な３文字記号又は１文字記号で表す。アミノ酸残基のＬ型は、大文字の１文字記号又は３文字記号の最初の大文字で表し、Ｄ型アミノ酸残基のＤ型は、小文字の１文字記号又は３文字記号の最初の小文字で表す。グリシンは不整炭素原子を有さず、単に「Ｇｌｙ」又はＧと表す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２５】
Ａ．ペプチド及びモチーフの同定
本発明は、アレル特異的ペプチド、及びヒトやネズミのＭＨＣアレルの結合ペプチドに関する。本発明のペプチド結合モチーフが各アレルにかなり特異的であることは、本発明に画されている。本発明の態様では、アレル特異的モチーフ及び結合蛋白質は、ヒト ＭＨＣ（又はＨＬＡ）クラスＩアレルに関するものである。ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃアレルを含む。本発明の別の態様では、アレル特異的モチーフ又は結合蛋白質は、ヒト ＭＨＣ（又はＨＬＡ）クラスＩＩアレルに関するものである。当該ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ−ＤＲ及びＨＬＡ−ＤＱアレルを含む。一定のアミノ酸モチーフを生成するペプチドに対して類似した結合親和性を共有するＨＬＡ分子は、ＨＬＡスーパータイプに群分けする。例えば、Stites, et al., Immunology, 8 th ED., Lange Publishing, Los Altos, CA (1994)を参照されたい。１以上のスーパータイプの１以上のアレルと結合するペプチドは、本発明の一部として画される。ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂ分子内のスーパータイプの例を図２に示す。更に別の態様では、アレル特異的モチーフ及び結合ペプチドは、ネズミのクラスＩ（又はＨ−２）ＭＨＣアレルである。当該Ｈ−２アレルは、Ｈ−２Ｄｄ、Ｈ−２Ｋｂ、Ｈ−２Ｋｄ、Ｈ−２Ｄｂ、Ｈ−２Ｌｄ及びＨ−２Ｋｋを含む。アレル特異的モチーフについて記載した具体的な表を以下に示す。ネズミのＭＨＣアレルの特定のスーパータイプ内の結合もまた、本発明に画されている。
【００２６】
本発明のぺプチドを特定するために、ＭＨＣペプチド複合体の単離、及び自然処理ペプチドの単離とアミノ酸配列決定は、関連出願に記載されているとおりにして実施できる。かかる出願は、１１／１０／９５に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１８９，７０２であって、３／４／９４に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／２０５，７１３のＣＩＰ出願、１１／２９／９３に出願の０８／１５９，１８４のＣＩＰ出願で現在は放棄されている、６／４／９３に出願の０８／０７３，２０５のＣＩＰ出願で現在は放棄されている、３／５／９３に出願の０８／０２７，１４６のＣＩＰ出願で現在は放棄されている出願に関連している。本出願はまた、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／２２６，７７５であって、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／８１５，３９６のＣＩＰ出願であり、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０１３，１１３の利益を主張しているが、現在は放棄されている出願に関連している。
更に、本出願は、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／０１７，７３５であって、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／５８９，１０８のＣＩＰ出願；Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／７５３，６２２、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／８２２，３８２、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０１３，９８０、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／４５４，０３３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１１６，４２４、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／３４９，１７７に関連している。本出願はまた、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／０１７，５２４、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／８２１，７３９、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０１３，８３３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／７５８，４０９、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／５８９，１０７、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／４５１，９１３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／１８６，２６６、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１１６，０６１及びＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／３４７，６１０であって、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／１５９，３３９のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／１０３，３９６のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／０２７，７４６のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０７／９２６，６６６のＣＩＰ出願に関連している。本出願はまた、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／０１７，７４３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／７５３，６１５；Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／５９０，２９８、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１１５，４００、及びＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／４５２，８４３であって、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／３４４，８２４のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／２７８，６３４のＣＩＰ出願に関連している。本出願は、仮出願Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０８７，１９２及びＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／００９，９５３であって、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０３６，７１３及び放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０３７，４３２のＣＩＰ出願にも関連している。
更に、本出願は、いずれも懸案の５／３０／００に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／５８３，２００、３／１／９９に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／２６０，７１４、及び１０／６／００に出願された、米国仮出願「異語幹変化アナローグ及び関連する方法」（代理人事件整理番号０１８６２３−０１５８１０ＵＳ）にも関連している。上記出願の全てについて参考として本明細書に記載した。
【００２７】
次に、かかるペプチドは、次のアレルＡ３．２、Ａ１、Ａ１１及びＡ２４．１の各々に特異的に結合するモチーフを明らかにするために使用する。当該モチーフは、前に記載した。以下の表１〜４の記載のモチーフは、関連出願に記載の自然処理ペプチドの蓄積アミノ酸配列決定データより明らかとなる。指摘されたＨＬＡスーパータイプのアンカー位置と関連する好適な（すなわち標準的）及び許容される（すなわち伸張された）残基を、図１及び表５に示す。
【００２８】
一つの態様では、ＨＬＡ−Ａ３．２のモチーフは、２の位置に、第一の保存された残基Ｌ、Ｍ、Ｉ、Ｖ、Ｓ、Ａ、Ｔ及びＦをＮ末端からＣ末端に含み、第二の保存された残基Ｋ、Ｒ又はＹをＣ末端に含む。他の第一の保存された残基は、Ｃ、Ｇ又はＤ及び他にＥである。他の第二の保存された残基は、Ｈ又はＦである。第一及び第二の保存された残基は、好ましくは６〜７残基離れている。他の態様では、ＨＬＡ−Ａ１のモチーフは、Ｎ末端からＣ末端に、第一の保存された残基Ｔ、Ｓ又はＭ、第二の保存された残基Ｄ又はＥ、そして第三の保存された残基はＹを含む。他の第二の保存された残基は、Ａ、Ｓ又はＴである。第一及び第二の残基は、隣接し、好ましくは第三の保存された残基から５〜６残基離れている。第二のモチーフは、第一の保存された残基Ｅ又はＤ及び第二の保存された残基Ｙからなる。第一及び第二の保存された残基は、５〜６残基離れている。
【００２９】
他の態様では、ＨＬＡ−Ａ１１のモチーフは、２の位置に、Ｔ、Ｖ、Ｍ、Ｌ、Ｉ、Ｓ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｃ、Ｄ又はＦをＮ末端からＣ末端に含み、さらにＣ末端の保存された残基Ｋ、Ｒ、Ｙ又はＨを含む。第一及び第二の保存された残基は、好ましくは６又は７残基離れている。一つの態様では、ＨＬＡ−Ａ２４．１のモチーフは、２の位置に、Ｙ、Ｆ又はＷをＮ末端からＣ末端に含み、更にＣ末端の保存された残基Ｆ、Ｉ、Ｗ、Ｍ又はＬを含む。第一及び第二の保存された残基は、好ましくは６〜７残基離れている。
【００３０】
【表１】
【００３１】
【表２】
【００３２】
【表３】
【００３３】
【表４】
【００３４】
本明細書で特定されたＭＨＣ結合ペプチドは、天然抗原のエピトープを表す。特定のアミノ酸配列に関し、エピトープは、特定の抗体又はＴ細胞受容体によって認識される一組のアミノ酸残基である。かかるエピトープは、一般的に、ＭＨＣペプチド複合体を経てリンパ球に提供される。エピトープは、抗体、Ｔ細胞又はＭＨＣ分子によって認識される部位を一緒に形成する、一次、二次及び四次ペプチド構造、並びに電荷等の分子の全体的な特徴を有する。しかしながら、本発明のエピトープよりも大きく、本発明のエピトープを含む単離された又は精製された蛋白質あるいはペプチド分子もやはり、本発明の範囲内であることは理解できよう。更に、合成ペプチドに、その免疫的効果を増大させる種々の生化学的変化を組み込めることは、本発明で画されている。
【００３５】
本発明のエピトープは、主要エピトープ、準主要エピトープ又はクリプティック（cryptic）エピトープである。主要エピトープは、天然抗原全体による免疫に対して免疫応答を誘導するエピトープである。例えば、Sercarz et al., Ann. Rev. Immunol. 11: 729-766 (1993)を参照されたい。かかるペプチドは、全抗原に対して応答を誘導するので、免疫原性と考えられる。一方、準主要エピトープは、エピトープを含む全抗原による免疫に対してほとんど又は全く応答を示さないエピトープであるが、応答は単離されたエピトープでの免疫によって得られる。準主要エピトープによる免疫は、天然抗原そのものに対する二次的応答を亢進する。クリプティック（cryptic）エピトープは、単離ペプチドによる免疫によって応答を示すが、全抗原を用いる次のチャレンジに対する二次的応答を亢進しない。
【００３６】
本発明のエピトープは、ＭＨＣアレル及びアレルのサブタイプとの相互作用では交差反応的でも非交差反応的でもよい。エピトープ（又はペプチド）の交差反応性により、エピトープは２以上のＨＬＡ分子と結合する。かかる交差反応性は、縮重結合としても知られている。非交差反応性エピトープは、特定のＭＨＣアレル又はアレルのサブタイプとの結合に限定されるだろう。
【００３７】
本発明のエピトープは好適な長さであればいずれの長さでもよい。クラスＩ分子結合ペプチドは、典型的には、約８〜１３のアミノ酸長であり、しばしば約９、１０、１１又は１２のアミノ酸長である。かかるペプチドは、Ｎ末端からの第二の位置及びＣ末端位等の一定の位置に保存されたアミノ酸を含む。また、当該ペプチドは、ペプチドとＨＬＡ分子との結合に悪影響を与える特定の位置では、アミノ酸を含まないことがある。例えば、当該ぺプチドは、しばしば、９アミノ酸長のペプチドの１、３、６及び／又は７の位置に、１０アミノ酸長のペプチドの１、３、４、５、７、８及び／又は９の位置にはアミノ酸を含まない。更に、ＨＬＡ結合ペプチドを選択する基準として利用できるペプチド配列内の位置は、本明細書で定義されている。当該定義された位置は、本明細書では結合「モチーフ」と言うことがある。
【００３８】
異なったＭＨＣアレルに特異的なモチーフの定義により、アミノ酸配列が周知の抗原性蛋白質由来の潜在的ペプチドエピトープを同定することができる。典型的には、潜在的ペプチドエピトープの同定は、まず、コンピュータを使って、モチーフの存在に対する所望の抗原のアミノ酸配列をスキャンすることによって実施する。次いで、当該エピトープ配列を合成する。
【００３９】
一般的に、クラスＩペプチド結合モチーフは、通常、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に第一の保存された残基を、Ｃ末端位（しばしば９又は１０）に第二の保存された残基を含む。特例として、ＨＬＡ Ａ＊０２０１クラスＩペプチド結合モチーフは、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に、Ｉ、Ｖ、Ａ及びＴからなる群より選ばれる第一の保存された残基を、Ｃ末端位に、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ａ及びＭからなる群より選ばれる第二の保存された残基を含む。あるいは、当該ペプチドは、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に、Ｉ、Ｍ、Ｉ、Ｖ、Ａ及びＴからなる群より選ばれる第一の保存された残基を、Ｃ末端位に、Ａ及びＭからなる群より選ばれる第二の保存された残基を有してもよい。当該ペプチドが１０残基を有する場合には、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に、Ｌ、Ｍ、Ｉ、Ｖ、Ａ及びＴからなる群より選ばれる第一の保存された残基を、Ｃ末端位に、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ａ及びＭからなる群より選ばれる第二の保存された残基を含み、第一の保存された残基及び第二の保存された残基は７残基離れている。
【００４０】
ＨＴＬ誘導ペプチドの一つの態様は、約５０残基長未満であり、一般的には約６〜約３０残基、より一般的には約１２〜２５残基、しばしば例えば１５、１６、１７、１８、１９又は２０のような約１５〜２０残基からなる。ＣＴＬ誘導ペプチドの一つの態様は、１３残基長以下であり、一般的には約８、９、１０又は１１残基、好ましくは９又は１０残基である。一つの態様では、ＨＬＡ−ＤＲ３ ａ結合は、位置１のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｆ又はＹ残基、及び位置４のＤ又はＥ残基を特徴とする。別の態様では、ＨＬＡ−ＤＲ３ ｂ結合は、位置１のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｙ又はＡ残基、及び位置６のＫ、Ｒ又はＨ残基を特徴とする。別の態様では、ＤＲスーパータイプ結合モチーフの鍵アンカー残基は、位置１のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｗ又はＹ残基、及び位置６のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｐ、Ｃ又はＡ残基である。表５を参照されたい。
【００４１】
【表５】
【００４２】
更に、別の態様では、ネズミのＤｂ結合は、位置５のＮ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｖ又はＭ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＫｂ結合は、位置５のＹ又はＦ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｖ又はＭ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＫｄ結合は、位置２のＹ又はＦ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｖ又はＭ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＫｋ結合は、位置２のＥ又はＤ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、Ｆ、Ｗ、Ｙ又はＡ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＬｄ結合は、位置２のＰ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、Ｆ、Ｗ又はＹ残基を特徴とする。表６を参照されたい。
【００４３】
【表６】
【００４４】
本発明のペプチドは、任意の好適な方法によって同定できる。例えば、ペプチドは、懸案の米国特許出願公開第09/894,018号明細書に記載の発明のアルゴリズムを用いて一般的に同定できる。当該アルゴリズムは、免疫原性ペプチドの選択を可能にする、評点を作る数学的手法である。典型的には、結合閾値を有するアルゴリズムの評点を使用して、一定の親和性で結合する高い可能性を有しその後免疫原性になるペプチドを選択することができる。当該アルゴリズムは、ペプチドの特定の位置の特定のアミノ酸のＭＨＣへの結合に与える効果、又はペプチドを含むモチーフの特定の置換のＭＨＣへの結合に与える効果のいずれかに基く。
【００４５】
分子結合試験や捕獲試験では、ペプチド配列を特徴付けることができ、ペプチド配列は種々の技術を用いて同定することができる。モチーフポジティブ配列は、Epimmune社で作られた特別注文のアプリケーションを用いて同定できる。配列は、マトリックス系アルゴリズムを用いても同定することができ、予測５０％阻害濃度（ＰＩＣ）値を生じる「パワー」モデルと組み合わせて使用する。後者の方法は、Epimmune社のHTML系エピトープ情報システム（ＥＩＳ）データベース上で操作する。記載の方法はすべて、結合試験を用いるＩＣ５０測定のためのペプチド配列選択において、実行可能な選択肢である。
【００４６】
本発明のペプチドの同定に有用な別の手段は、通常、Falk et al., Nature 351: 290 (1991)に開示された方法である。すなわち、当該方法は、好適な細胞又は細胞株から、典型的には、免疫沈降法又はアフィニティクロマトグラフィーによるＭＨＣクラスＩ分子の大規模な単離を含む。当業者に同様によく知られた所望のＭＨＣ分子の他の単離方法の例は、イオン交換クロマトグラフィー、レクチンクロマトグラフィー、サイズ排除法、高速液体クロマトグラフィー及び上記技術のいくつか又は全ての組み合わせを含む。
【００４７】
例えば、ＭＨＣクラスＩ分子に結合したペプチドの単離は、終夜、３７℃から２６℃に培地温度を下げて、β２マイクログロブリンを不安定化し、穏やかな酸処理を用いて細胞から内生ペプチドを剥ぎ取ることを含む。当該方法は、前もって結合されたペプチドを細胞外環境に放出し、新規な外因性ペプチドを空のクラスＩ分子に結合させることができる。低温インキュベーション法は、内生ペプチドをＭＨＣ複合体に効率的に結合させることができるが、細胞の代謝速度を遅くできる２６℃で、終夜インキュベーションをする必要がある。ＭＨＣ分子を活発に合成しない細胞（例えば休止期のＰＢＭＣ）は、当該低温手段によって、高含量の空の表面ＭＨＣ分子を産生しない可能性もある。
【００４８】
免疫沈降法は、所望のアレルを単離するためにも使用できる。使用する抗体の特異性によって、多数のプロトコールが使用できる。例えば、アレル特異的ｍＡｂ試薬は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ分子のアフィニティー精製のために使用できる。ＨＬＡ−Ａ分子の単離のための種々のｍＡｂ試薬が入手できる（表５）。モノクローナル抗体ＢＢ７．２はＨＬＡ−Ａ２分子の単離に好適である。従って、標的ＨＬＡ−Ａアレルの各々について、ＨＬＡ−Ａ分子の直接単離のために使用できる試薬が入手可能である。標準的方法により当該ｍＡｂｓで調製したアフィニティカラムは、各ＨＬＡ−Ａアレル産物を精製するために首尾よく使用できる。
【００４９】
アレ特異的ｍＡｂｓに加えて、Ｗ６/３２及びＢ９．１２．１等の広域反応性抗ＨＬＡ−Ａ、Ｂ、Ｃ ｍＡｂｓ及び１種の抗ＨＬＡ−Ｂ、ＣｍＡｂ、Ｂ１．２３．２は、本明細書に記載の特許及び特許出願に記載された代わりのアフィニティー精製プロトコールで使用できる。
【００５０】
【表７】
【００５１】
単離ＭＨＣ分子のペプチド結合溝に結合されたペプチドは、典型的には、酸処理を用いて溶出できる。当該ペプチドは、例えば熱、ｐＨ、界面活性剤、塩、カオトロピック剤、あるいは酸処理及び／又は更なる変性手段の組み合わせなどの種々の標準的変性手段によって、ＭＨＣ分子から解離することもできる。
【００５２】
ペプチド分画は、逆相高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によって、ＭＨＣ分子から更に分離でき、アミノ酸配列を決定できる。ペプチドは、濾過、限外濾過、電気泳動、サイズクロマトグラフィー、特定の抗体を用いる沈降法、イオン交換クロマトグラフィー、等電点電気泳動法など、当業者によく知られた種々の他の手段によって分離できる。
【００５３】
単離ペプチドのアミノ酸配列決定は、エドマン分解（Hunkapiller, M. W., et al., Methods Enzymol. 91, 399 (1983)）等の標準的技術に従って実施できる。アミノ酸配列決定のための他の好適な方法は、先述したように（Hunt, et al., Science 225: 1261 (1992)）、各ペプチドの質量分析配列決定法を含む。異なったＭＨＣ分子由来の大量の異質ペプチド（例えばプールしたＨＰＬＣ分画）のアミノ酸配列決定法は、典型的に、各ＭＨＣアレルに特徴的な配列モチーフを明らかにする。確定したＭＨＣ分子、特にＭＨＣクラスＩ分子を有する多数の細胞が知られ、実際に入手可能である。例えば、ヒトＥＢＶ形質転換Ｂ細胞株は、ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩ分子の単離のための優れた起源であることが判明している。非常に特徴的な細胞株は、American Type Culture Collection (“Catalogue of Cell Lines and Hybridomas”, 6th edition (1988) Manassas, Virginia, U.S.A.);National Institute of General Medical Sciences 1990/1991 Catalogue of Cell Lines (NIGMS) Human Genetic Mutant Cell Repository, Camden, NJ; and ASHI Repository, Brigham and Woman’s Hospital, 75 Francis Street, Boston, MA 02115等の私的な商業源から入手できる。表５は、ＨＬＡアレルの起源としての使用に適した数種のＢ細胞株を記載する。当該細胞株はすべて、大量に生育することができるため、ＭＨＣ分子の大規模生産に有用である。当業者であれば、当該細胞株が単なる細胞株の例示に過ぎず、他の多くの細胞起源が使用できることが理解できよう。本明細書に開示されたクラスＩＩ及びネズミペプチドを測定するために用いる特定の細胞株及び抗体は、表８及び９に記載されている。
【００５４】
【表８】
【００５５】
【表９】
【００５６】
本発明のペプチドは、合成的に、あるいは組換えＤＮＡ技術によって又は全ウイルス又は癌等の天然起源から調製できる。当該ペプチドは、他の天然起源の宿主細胞蛋白質及びその断片が実質的に存在しないことが好ましいが、ある態様では、当該ペプチドは、天然蛋白質断片又は粒子に合成的に又は自然に結合している。本発明のペプチドは、幅広い方法で調製できる。その比較的短いサイズのため、当該ペプチドは、一般的な技術に従って溶液中又は固相上で合成できる。種々の自動合成機は市販されており、公知のプロトコールに従って使用できる。例えば、Stewart and Young, 「固相ペプチド合成」, 2d. ed., Pierce Chemical Co. (1984), ラテン語を参照されたい。
【００５７】
Ｂ．ＭＨＣ結合試験
ＭＨＣ分子の結合能は、種々の異なった方法で測定できる。一つの方法は、上記の関連出願に記載のＭＨＣ結合試験である。文献に記載の他の方法は、抗原提示阻害を含む（Settle, et al., J. Immunol. 141: 3893 (1991), in vitro アセンブリ試験 (Townsend, et al., Cell 62: 285 (1990), 及びRMA.S等の変異細胞を使用するFACS系試験 (Melief, et al., Eur. J. Immunol. 21: 2963 (1991)）を含む。
【００５８】
捕獲試験：上記のＨＰＬＣ系分子結合試験とは異なり、ハイスループット・スクリーニング（「ＨＴＳ」）捕獲試験は、結合放射活性マーカーを非結合放射活性マーカーから分離するためのサイズ排除シリカカラムを使用しない。あるいは、乳白色の９６ウェルOptiplate（Packard）のウェルを３μｇ（１００μｌ＠３０μｇ/ｍｌ）のＨＬＡ特異的抗体（Ａｂ）で被覆し、分子結合試験プレートから、放射性同位体で標識したＭＨＣ及び非標識ペプチドの「捕獲」複合体を１００μｌの０．０５％ＮＰ４０/ＰＢＳで移す。３時間インキュベーション後、上清をろ過し、シンチレーション液（Microscint 20）を加える。捕獲複合体は、マイクロプレート・シンチレーション及び発光カウンター（TopCountNXTTM; Packard）で測定する。
【００５９】
結合測定の別の試験は、例えばＰＣＴ出願の国際公開第９４／２０１２７号パンフレット及び同９４／０３２０５号パンフレットに詳細に記載されている。結合データの結果は、ＩＣ５０値で表されることが多い。ＩＣ５０は、対照ペプチドの結合を５０％阻害する、結合試験でのペプチド濃度である。試験を行う条件が与えられていると（例えば、ＭＨＣ蛋白質及び標識ペプチドの濃度の制限など）、当該値はＫＤ値に近似する。試験条件が使用する特定の試薬によって変化するならば（例えばＭＨＣ調製など）、ＩＣ５０値は劇的に変化することがある。例えば、ＭＨＣ分子の過剰濃度は、特定のリガンドの見かけ測定ＩＣ５０値を増加させるだろう。あるいは、結合は対象ペプチドに関連して表すことができる。特定の試験の感度が上がる又は下がると、試験したペプチドのＩＣ５０値は若干変化するが、対照ペプチドに比較した結合は著しく変化しないだろう。例えば、対照ペプチドのＩＣ５０が１０倍に増加するような条件下で行われる試験では、試験ペプチドのＩＣ５０値も約１０倍に増加するだろう。そのため、あいまいさを避けるため、あるペプチドが完全な結合体であるか、中等度の結合体であるか、弱い結合体であるか、あるいは非結合性の結合体であるかの評価は、一般的に、標準的ペプチドのＩＣ５０に対する当該ペプチドのＩＣ５０に基く。
【００６０】
結合は、生細胞（例えば、Ceppellini et al., Nature 339: 392. 1989; Christnick et al., Nature 352: 67, 1991; Busch et al., Int. Immunol. 2: 443, 1990; Hill et al., J. Immunol. 147: 189, 1991; del Guercio et al., J. Immunol. 154: 685, 1995）、界面活性剤溶解物を用いる無細胞系（例えば、Cerundolo et al., J. Immunol. 21: 2069, 1991）、固定化精製ＭＨＣ（例えば、Hill et al., , 152, 2890, 1994; Marshall et al., J. Immunol. 152: 4946, 1994）、ＥＬＩＳＡシステム（例えば、Reay et al., EMBO J. 11: 2829, 1992）、表面プラスモン共鳴法（例えば、Khilko et al., J. Biol. Chem. 268: 15425, 1993）、高フラックス溶解相試験法（例えば、Hammer et al., J. Exp. Med. 180: 2353, 1994）、及びＭＨＣクラスＩの安定化又はアセンブリの測定（例えば、Ljunggren et al., Nature 346: 476, 1990; Schumacher et al., Cell 62: 563, 1990; Townsend et al., Cell 62: 285, 1990; Parker et al., J. Immunol. 149: 1896, 1992）の使用を含む他の試験システムを用いて測定してもよい。
【００６１】
ＨＬＡクラスＩ分子に関する高親和性は、５０ｎＭ以下のＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義され；ＨＬＡクラスＩ分子に関する中等親和性は、約５０〜約５００ｎＭのＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義される。ＨＬＡクラスＩＩ分子の結合に関する高親和性は、１００ｎＭ以下のＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義され；ＨＬＡクラスＩＩ分子の結合に関する中等親和性は、約１００〜約１０００ｎＭのＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義される。当該値は、上で引用した関連特許及び出願で前もって定義されているとおりである。
【００６２】
Ｃ．ペプチド組成物
本発明のポリペプチド又はペプチドは、いずれの長さでもよく、中性（非電荷）でもあるいは塩の形態でもよく、グリコシル化、側鎖の酸化等の修飾がなくてもあるいはホスホリル化又は当該修飾の１以上を含んでもよいが、当該修飾は、本明細書に記載のポリペプチドの生物活性を破壊しない条件に供するものである。
【００６３】
当該ペプチドは、できるだけ小さく、その上、なお大きなペプチドの生物活性の全てを実質的に維持していることが好ましい。一つの態様では、本発明のペプチドを、細胞表面上のＭＨＣクラス分子に結合された内生的に処理されたウイルス性ペプチド又は癌細胞ペプチドと大きさの点で釣り合いのとれた、９又は１０のアミノ酸残基の長さに最適化することが望ましい。別の態様では、本発明のペプチドを、細胞表面上のＭＨＣクラス分子に結合されたペプチドと釣り合いのとれた、約１５〜２０のアミノ酸残基に最適化することが望ましい。
【００６４】
所望の活性を有するペプチドは、例えば改善された薬理特性等の特定の所望特性を付与するように、必要に応じて修飾され、同時に、所望のＭＨＣ分子に結合し、好適なＴ細胞を活性化するように、非修飾ペプチドの生物活性の全てが増加され又は少なくとも実質的に維持される。例えば、当該ペプチドは、保存的又は非保存的のいずれかの置換等の種々の変化に供することができ、かかる変化は、改善ＭＨＣ結合等のペプチドの使用に一定の利点を与える。「保存的置換」は、アミノ酸残基を、生物学的に及び／又は化学的に類似した他の残基に例えば親水性残基を別の残基に、あるいは極性残基を別の残基に置き換えることを言う。当該置換は、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；及びＰｈｅ、Ｔｙｒ等の組み合わせを含む。一つのアミノ酸置換の効果は、Ｄ−アミノ酸を用いて精査してもよい。当該修飾は、例えば、Merrifield, Science 232: 341-347 (1986), Barany and Merrifield, 「ペプチド」, Gross and Meienhofer, eds, (N.Y., Academic Press), pp. 1-284 (1979); and Stewart and Young, 「固相ペプチド合成」, (Rockford, III., Pierce), 2d Ed. (1984)。
【００６５】
本発明のペプチドは、化合物のアミノ酸配列を伸張又は減少させること、例えばアミノ酸の付加又は削除等によっても修飾できる。本発明のペプチド又はアナローグは、特定の残基の順序又は組成物を変えることにより修飾することができるが、生物活性に必須の特定のアミノ酸残基、例えば重大な接触部位又は保存された残基が生物活性に逆効果を及ぼすことなく、通常変化することはできないことは容易に理解できる。重要でないアミノ酸は、Ｌ−α−アミノ酸又はそれらのＤ−異性体等の蛋白質中の天然由来のアミノ酸に限定される必要はないが、β−、γ−、δ−アミノ酸等の非天然アミノ酸、及びＬ−α−アミノ酸の多くの誘導体が含まれる。
【００６６】
典型的には、一つのアミノ酸置換を有する一連のペプチドは、結合に及ぼす帯電、疎水性等の効果を測定するために用いることができる。例えば、一連の正電荷アミノ酸（例えばＬｙｓ又はＡｒｇ）あるいは負電荷アミノ酸（例えばＧｌｕ）置換は、種々のＭＨＣ分子及びＴ細胞受容体について異種の感受性を呈するペプチドの長さに従って行う。更に、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ又は類似の残基等の小さく、比較的中性の部分を用いる多置換も使用できる。当該置換は、ホモ−オリゴマー又はヘテロ−オリゴマーでもよい。置換する又は付加する残基の数及び型は、必須の接触点間に必要な間隔と、求められている一定の機能特性（例えば疎水性対親水性）に依拠する。親ペプチドの親和性に比べてＭＨＣ分子又はＴ細胞受容体に対して増加した結合親和性は、かかる置換によって取得してもよい。いずれにしても、かかる置換は、例えば結合を阻む立体的及び電荷的な障害を避けるべく選ばれたアミノ酸残基又は他の分子断片を使用する必要がある。
【００６７】
置換、削除、挿入又はその任意の組み合わせは、最終ペプチドに到達するために組み合わせることができる。置換体は、ペプチドの少なくとも一つの残基が除去され、その位置に異なった残基が挿入されたものである。ペプチドの特性を最終的に修飾することが望ましい場合には、かかる置換は、一般的に、次の表１０に従って行う。
【００６８】
【表１０】
【００６９】
当該ペプチドは、ＭＨＣ結合ペプチド中に、２以上の等量線を含んでもよい。本明細書で定義する等量線とは、第一の配列の立体配置が第二の配列に特異的な結合部位に適合するために、第二の配列に置換され得る２以上の残基の配列である。特に当該語は、当業者によく知られたペプチド骨格の修飾を含む。当該修飾は、アミドの窒素原子、α−炭素原子、アミドカルボニルの修飾、アミド結合の完全な置換、伸張、削除又は骨格の架橋を含む。一般的には、Spatola, 「アミノ酸の化学及び生物化学、ペプチド及び蛋白質」, Vol. VII (Weinstein ed., 1983)を参照されたい。
【００７０】
種々の模倣アミノ酸又は非天然アミノ酸を有するペプチドの修飾は、in vivoのペプチドの安定性の増加に特に有用である。安定性は多数の方法で試験できる。例えば、ペプチダーゼやヒト血漿及び血清等の種々の生物的媒質が、安定性を試験するために使用されている。Verhoef et al., Eur. J. Drug Metab. Pharmacokin. 11: 291-302 (1986)参照されたい。本発明のペプチドの半減期は、通常、２５％ヒト血清（v/v）試験を用いて測定できる。プロトコールは、一般的に以下のとおりである。プールしたヒト血清（ＡＢ型、非加熱不活性化）は、使用前に遠心することにより脱脂される。次いで、当該血清をＲＰＭＩ組織培養培地で２５％に希釈し、ペプチド安定性を試験するために使用した。所定の時間間隔で、少量の反応溶液をとり、６％水溶性トリクロロ酢酸又はエタノールのいずれかに加える。不透明反応試料は１５分間（４℃で）冷却し、次いで、回転して、沈殿血清蛋白質をペレット成形した。次いで、ペプチドの存在は、安定性特異的クロマトグラフィーの条件を使用する逆相ＨＰＬＣによって測定する。
【００７１】
ＣＴＬ及び／又はＨＴＬ刺激活性を有する本発明のペプチド又はそのアナローグは、修飾して、改良血清半減期以外の所望の特性を付与してもよい。例えば、ペプチドのＣＴＬ活性を誘導する能力は、ＨＴＬ応答を誘導することができる少なくとも一つのエピトープを含む配列への結合によって増大できる。特に好ましい免疫原性ペプチド／Ｔヘルパー複合体は、スペーサー分子によって結合できる。当該スペーサーは、典型的には、実質的に生理的条件下で変化しない、アミノ酸又は模倣アミノ酸等の比較的小さな中性分子を含む。当該スペーサーは、典型的には、例えばＡｌａ、Ｇｌｙ、又は非極性アミノ酸もしくは中性の極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択できる。場合により、本スペーサーが同一の残基を含む必要がなく、ヘテロ−又はホモ−オリゴマーであってもよいことは理解できるだろう。スペーサーが存在する場合には、当該スペーサーは、一般的に少なくとも１又は２残基、より一般的には３〜６残基、例えば３、４、５又は６残基である。あるいは、ＣＴＬペプチドは、スペーサーなしでＨＴＬペプチドに結合することができる。免疫原性ペプチドは、ＣＴＬペプチドのアミノもしくはカルボキシ末端に、直接に又はスペーサーを介してＨＴＬペプチドに結合することができる。免疫原性ペプチド又はＨＴＬペプチドのいずれかのアミノ末端はアシル化することができる。具体的なＨＴＬペプチドは、破傷風トキソイド ８３０−８４３、インフルエンザ ３０７−３１９、マラリア・スポロゾイト ３８２−３９８及び３７８−３８９を含む。
【００７２】
更に、互いのペプチド結合の簡便さ、担体又はより大きなペプチドへの結合、ペプチドもしくはオリゴペプチドの物理的又は化学的性質の修飾などを提供すために、別のアミノ酸をペプチドの末端に付加することができる。チロシン、システイン、リジン、グルタミン酸又はアスパラギン酸等のアミノ酸は、ペプチド又はオリゴペプチドのＣ−もしくはＮ−末端に導入することができる。Ｃ−末端での修飾は、ペプチドの結合特性を変化させることがある。更に、ペプチド又はオリゴペプチド配列は、例えばアルカノイル（Ｃ１−Ｃ２０）もしくはチオグリコシルアセチル化等の末端−ＮＨ２−アシル化、例えばアンモニア、メチルアミン等の末端−カルボキシルアミデート化によって修飾されることにより、天然配列と区別することができる。ある例では、当該修飾は、担体又は他の分子に結合する部位を提供することができる。
【００７３】
あるいは、組換えＤＮＡ技術、すなわち注目する免疫原性ペプチドをコードするヌクレオチド配列を、発現ベクターに挿入し、好適な宿主細胞に形質転換又は導入し、発現のための好適な条件下で培養する、技術を使用してもよい。当該手段は、通常、Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (1982)に記載されているように、当該分野で一般的に知られている。従って、本発明の１以上のペプチド配列を含む融合蛋白質は、好適なＴ細胞エピトープを提供するために使用することができる。
【００７４】
本明細書で画されている長さのペプチドのコード配列は、好適な塩基を天然ペプチド配列をコードする塩基に単に置換することによって修飾しながら、例えばMatteucci et al., J. Am. Chem. Soc. 103: 3185 (1981)のホスホトリエステル法を用いる化学的手法によって合成することができる。次いで、当該コード配列は、好適なリンカーを付け、当該分野で一般的に入手可能な発現ベクター及び所望の融合蛋白質を産生する好適な宿主に形質転換するために使用されるベクターにライゲートすることができる。かかるベクター及び好適な宿主系の多くを現在では入手できる。融合蛋白質の発現のために、当該コード配列は、実施可能な結合開始コドンや停止コドン、プロモーターや終了領域、及び一般的には、所望の細胞性宿主中での発現のための発現ベクターを提供する複製系と共に与えられる。例えば、バクテリアの宿主と適合するプロモーター配列は、所望のコード配列の挿入のための簡易な制限酵素部位を含むプラスミド中に提供することができる。得られた発現ベクターは、好適なバクテリア宿主に形質転換することができる。勿論、当該分野で周知の好適なベクター及び制御配列を用いて、酵母又は哺乳動物細胞の宿主を使用してもよい。
【００７５】
本発明のペプチド組成物は、ＭＨＣ標的配列に実施可能に結合されたＭＨＣエピトープをコードすることができる。ＭＨＣ標的配列の使用は、ペプチドエピトープをＭＨＣ分子アセンブリ部位に導き、細胞表面に運ぶことによって、抗原そのものをデリバリーするよりも、抗原に対する免疫応答を増大させることができ、そのため、Ｔ細胞への結合及び活性化に利用できる、多数のＭＨＣ分子ペプチドエピトープ複合体を提供することができる。例えば細胞質ゾル経路又は小胞体にＭＨＣクラスＩエピトープペプチドをターゲットする配列などのＭＨＣクラスＩ標的配列は、本発明で使用することができる（例えばRammensee et al., Immunogenetics 41: 178-228 (1995)を参照されたい）。かかるＭＨＣクラスＩ標的配列は当該分野で周知であり、例えばＩｇ、組織プラスミノーゲン又はインシュリン等のシグナル配列を含む。例えばBonnerot et al., Immunity 3: 335-347 (1995)を参照されたい。好ましいシグナルペプチドは、ヒトＩｇκ鎖配列である。
【００７６】
小胞体シグナル配列は、ＭＨＣクラスＩＩエピトープを小胞体、ＭＨＣクラスＩ分子アセンブリ部位を標的とするために使用することもできる。例えば細胞質ゾル経路に対するペプチドを標的とする配列等のＭＨＣクラスＩＩ標的配列も、本発明で使用することができる。当該標的配列は、典型的に、細胞外抗原を細胞質ゾル経路に入るように指令され、当該抗原がＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するための抗原ペプチドに蛋白質分解的に開裂されるリソソーム区画に、当該抗原が運ばれることになる。例えば、ＭＨＣクラスＩＩ標的配列群は、ポリペプチドをリソソームに局在化するリソソーム標的配列である。リソソーム標的配列は、当該分野で周知であり、米国特許第５，６３３，２３４号明細書及びCopier et al., J. Immunol. 157: 1017-1027 (1996)に記載されている具体的な配列を含む。
【００７７】
機能の実質的な置換は（例えばＭＨＣ分子又はＴ細胞受容体の親和性）は、表１０に記載の置換よりも保存性が低い置換を選択することによって可能となる。例えば、（ａ）例えばシート構造又は螺旋構造等の、置換領域におけるペプチド骨格の構造、（ｂ）標的部位での分子の電荷又は疎水性、あるいは（ｃ）側鎖の嵩、の維持に与える置換効果が著しく相違する残基を選択することである。ペプチドの特性に最も大きな変化を生じると一般的に予測される置換は、（ａ）セリル等の親水性残基を、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル又はアラニル等の疎水性残基に（又はによって）置換し；（ｂ）リジル、アルギニル、又はヒスチジル等の陽極側鎖を有する残基を、グルタミル又はアスパルチル等の陰極残基に（又はによって）置換し；あるいは、（ｃ）フェニルアラニン等の嵩高い側鎖を有する残基を、グリシン等の側鎖を有さない残基に（又はによって）置換、である。
【００７８】
潜在的な標的蛋白質のいくつかのエピトープは、同定することができる。好適な抗原の例は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭ）、Ｂ型肝炎ウイルスコア抗原及び表面抗原（ＨＢＶｃ、ＨＢＶｓ）、Ｃ型肝炎抗原、悪性黒色腫抗原（ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−２、ＭＡＧＥ−３）、ＥＢウイルス、ヒト免疫不全１型（ＨＩＶ−１）、ヒト免疫不全２型（ＨＩＶ−２）、乳頭腫ウイルス、ラッサ熱ウイルス、マイコバクテリウム・チューバキュロウセス（ＭＴ）抗原、ｐ５３及びネズミｐ５３（ｍｐ５３）抗原、ＣＥＡ、ＨＥＲ２/ｎｅｕ、並びにチロシンキナーゼ関連蛋白質ファミリー（ＴＫＰ）のメンバーを含む。そのため、当該蛋白質は、in vivo及びex vivoでの治療的及び診断的応用のための医薬組成物に有用である。
【００７９】
Ｄ．in vitro及びin vivoのペプチド免疫原性
当該抗原由来のエピトープを含むペプチドは、合成することができ、次いで、例えば精製ＭＨＣ分子及び放射性ヨウ素化ペプチド及び／又は空のＭＨＣ分子を発現する細胞を使用するアッセイにおいて、例えば免疫蛍光染色法及びフロー・微蛍光測定法、ペプチド依存的クラスＩアセンブリ試験並びにペプチド組成物によるＣＴＬ又はＨＴＬの認識の阻害により、好適なＭＨＣ分子に結合するその能力を試験することができる。ＭＨＣ分子に結合する当該ペプチドは、更に、感染又は免疫された個体由来のＣＴＬｓ及び／又はＨＴＬｓの標的として役立つ能力、並びに可能な治療剤として、ウイルスによって感染した標的細胞又は癌細胞を反応させることができるＣＴＬ及び／又はＨＴＬ群を産生することができるin vitro又はin vivoでの一次Ｔ細胞応答を誘導する能力を評価することができる。
【００８０】
突然変異体細胞株は、ヒトＭＨＣアレルごとに存在しないので、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば穏やかな酸処理）の表面から内生的ＭＨＣ関連ペプチドを除去し、次いで得られた空のＭＨＣ分子を注目する免疫原性ペプチドを取り込むために、種々の技術を使用することが有利である。抗原提示細胞は、抹消血単核細胞又は樹状細胞等の標準的な細胞でよい（Inaba, et al., J. Exp. Med. 166: 182 (1987);Boog, Eur. J. Immunol. 18:219 (1988)）。Ex vivoＣＴＬ及び／又はＨＴＬ治療の開発に向けたＴ細胞誘導プロトコールの設計には、ＡＰＣ起源として、非形質転換（非発癌性）細胞、非感染細胞、好ましくは患者の自系細胞を使用することが望ましい。
【００８１】
あるいは、マウス細胞株ＲＭＡ−Ｓ（Karre, et al., Nature, 319: 675 (1986); Ljunggren, et al., Eur. J. Immunol. 21: 2963-2970 (1992)）及びヒトＴ体細胞ハイブリッド、Ｔ−２（Cerundo. et al., Nature 345-449-452 (1990)）等の内生的ペプチドでクラスＩ分子を取り込む能力に欠けた突然変異哺乳動物細胞株であって、好適なヒトクラスＩ遺伝子が導入された当該細胞株は、ペプチドをそこに添加する場合には、in vitroで一次ＣＴＬ応答を誘導するペプチドの能力を試験するために簡便に使用することができる。蚊の幼虫（例えば、ＡＴＣＣ細胞株ＣＣＬ １２５、１２６、１６６０、１５９１、６５８５、６５８６）、カイコ（例えば、ＡＴＴＣ ＣＲＬ ８８５１）、アルニカ（例えば、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １７１１）、蛾（例えば、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ８０）及びショウジョウバエ細胞株（例えば、Schneider細胞株（Schneider, J. Embryol. Exp. Morphol., 27: 353-365 (1927)を参照されたい））等の種々の昆虫細胞株を含む他の真核細胞株も使用することができる。
【００８２】
ＣＴＬ又はＨＴＬの特異性及びＭＨＣ限界は、好適な又は不適切なＭＨＣ分子を発現する異なったペプチド標的細胞に対する試験によって測定することができる。ＭＨＣ結合試験で陽性を示し、特定のＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答を生じるペプチドは、本明細書では免疫原性ペプチドと言う。
【００８３】
免疫原及び通常のリコール抗原に対するＣＴＬ及びＨＴＬ応答の解析法は、一般的に利用することができ、当該分野で知られている。使用する試験は、クロミウム遊離、リンホカイン分泌及びリンパ増殖試験を含む。当該測定で有用な試験は、Current Protocols in Immunology, J. E. Coligan, et al., eds., John Wiley & Sons Press (2000), Chapters 3, 4, 6, and 7に記載されている。
【００８４】
一つの態様では、好適な抗原提示細胞は、無血清培地で、好適な培養条件下で４時間、１０〜１００μＭのペプチドと共にインキュベートする。次いで、当該ペプチド取り込み抗原提示細胞は、最適培養条件下、in vitroで７〜１０日間、応答(responder)細胞群と共にインキュベートする。ＭＨＣクラスＩ提供ペプチドをスクリーニングする場合には、陽性ＣＴＬ活性化は、放射性標識標的細胞、特定のペプチドパルス標的、及び当該ペプチドが由来する関連ウイルス又は癌抗原の内生的形態を発現する標的細胞を殺すＣＴＬｓの存在を、培養物を試験することによって測定することができる。ＭＨＣクラスＩＩ提供ペプチドをスクリーニングする場合には、陽性ＨＴＬ活性化は、サイトカイン産生又は増殖を、培養物を試験することによって測定することができる。
【００８５】
一つの態様では、活性化される細胞、例えば前駆体ＣＤ８陽性細胞での促進細胞のインキュベーションの前に、抗原性ペプチドを、促進細胞表面上に発現する予定のヒトクラスＩ分子上に取り込むために十分な量で促進細胞培養液に添加する。本発明で、ペプチドの十分な量とは、約２００、好ましくは２００以上のヒトクラスＩＭＨＣ分子を、各促進細胞表面上に発現する予定のペプチドを取り込むことができる量である。好ましくは、当該促進細胞は２０μｇ/ｍｌを越えるペプチドでインキュベートすることができる。
【００８６】
次いで、静止又は前駆ＣＤ８陽性細胞は、ＣＤ８陽性細胞を活性化するために十分な時間、培地中で、好適な促進細胞と共にインキュベートする。好ましくは、ＣＤ８陽性細胞は抗原特異的な方法で活性化する。静止又は前駆ＣＤ８陽性エフェクタ細胞の刺激細胞に対する割合は、個体によって相違し、培養条件及び疾患症状の性質や重大さ又は記載した範囲内の治療系が使用される他の条件に個体のリンパ球を順応させるなどの変動に、更に依拠する。しかしながら、好ましくは、リンパ球：刺激細胞の割合は、約３０：１〜３００：１の範囲である。エフェクタ／刺激細胞の培養は、ＣＤ８陽性細胞の治療上使用可能又は有効な数を刺激するために必要な時間、維持することができる。
【００８７】
本発明のペプチドは、ＨＬＡ形質転換マウスを用いるin vivo免疫原性のために同定し、試験することができる。エピトープ同定の目的のためのＨＬＡ形質転換マウスの有用性（Settle et al., J Immunol, 153: 5586-92 (1994); Wentworth et al., Int Immunol, 8: 651-9 (1996); Engelhard et al., J Immunol, 146: 1226-32 (1991); Man et al., Int Immunol, 7: 597-605 (1995); Shirai et al., J Immunol, 154: 2733-42 (1995)及びワクチン開発(Ishioka et al., J Immunol,162: 3915-25 (1999))は、確立されている。公表論文のほとんどは、ＨＬＡ Ａ２．１/Ｋｂマウスの使用を研究したものであるが、Ｂ＊２７及びＢ＊３５０１マウスも利用できることに注目するべきである。
【００８８】
更に、ＨＬＡ Ａ＊１１/Ｋｂマウス（Alexander et al., J. Immunol., 159: 4753-61 (1997)及びＨＬＡ Ｂ７/ＫｂやＨＬＡ Ａ１/Ｋｂマウスも作製されている。３８種の可能なエピトープからのデータを解析し、Ａ２．１/Ｋｂ形質転換マウス及びＡ２．１+ヒトのＡ２．１制限ＣＴＬレパートリー間の重複レベルを決定する（Wentworth et al., Eur J Immunol, 26: 97-101 (1996)）。ヒト及びマウスでは、約５００ｎＭのＭＨＣペプチド結合親和性閾値は、in vivoでＣＴＬ応答を誘導するペプチド能力と関連がある。In vivoのヒトのデータとin vivoのマウスのデータとの高レベルの一致は、高結合ペプチドの８５％、中等結合体の５８％、そして低／負の結合体の８３％について観察できた。同様な結果は、ＨＬＡ Ａ１１及びＨＬＡ Ｂ７形質転換マウスでも観察できた（Alexander et al., J Immunol, Vol. 159 (10): 4753-61 (1997)）。従って、ＨＬＡ形質転換マウス及びヒトＣＴＬｓのＴ細胞受容体レパートリー間に存在する広範囲の重複のため、形質転換マウスは、本明細書に記載の多エピトープ・コンストラクトの免疫原性を評価するために有益である。ＭＨＣクラスＩＩアレルに結合するペプチドは、ＨＬＡ−ＤＲ形質転換マウスを用いて試験することができる（例えば、Taneja V., David C. S., Immunol Rev, 169: 67-79 (1999)を参照されたい）。
【００８９】
ＥＬＩＳＰＯＴ試験、細胞内サイトカイン染色及び四量体染色等のより感度の高い技術は、リンパ球抗原応答性を測定するために当該分野で利用可能になっている。古典的方法は、in vitroで増殖するＴ細胞の一部のみを測定し、事実、メモリーＴ細胞区画の１分画のみを代表するにすぎないので（Ogg G.S., McMichael A. J., Curr Opin Immunol, 10: 393-6 (1998)）、かかる新しい方法は、一般的なＣＴＬ及びＨＴＬ試験よりも１０〜１００倍の感度を有する（Murali-Krishna et al., Immunity, 8: 177-87 (1998)）と推定できる。特にＨＩＶの場合には、当該技方法、以前の方法では検出不可能であった患者由来の抗原特異的ＣＴＬ応答を測定するために使用することができる（Ogg et al., Science, 279: 2013-6 (1988); Gray et al., J Immunol, 162: 1780-8 (1999); Ogg et al., J Virol, 73: 9153-60 (1999); Kalams et al., J Virol, 73: 6721-8 (1999); Larsson et al., AIDS, 13: 767-77 (1999); Corne et al., J Acquir Immune Defic Syndr Hum Retrovirol, 20: 442-7 (1999)）。
【００９０】
本発明のペプチド、その医薬組成物及びワクチン組成物は、哺乳動物、特にヒトに投与して、ウイルス感染及び癌を治療及び／又は予防するのに有用である。本発明の免疫原性ペプチドを用いて治療することができる疾患の例は、前立腺癌、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ＡＩＤＳ、腎癌、頚癌、リンパ腫、ＣＭＶ及び尖圭コンジロームを含む。保護（又は予防）ワクチンは、病原体又は癌への将来的暴露に対して保護するものを含む。治療ワクチンは、病原体もしくは悪性腫瘍によって又はそれらに関連するものによって誘導される症候又は疾患症状を改善し、緩和しあるいは除去するものを含む。
【００９１】
保護ワクチンの効力が、長期間続くメモリー応答の誘導と主に関連する状況下では、休眠性試験は、ワクチン誘導免疫的応答をモニターするための最も好適で感度のよい方法である。反対に、治療ワクチンの場合には、活性の主な免疫的相関は、一次試験によって最も適切に測定されるエフェクタＴ細胞機能を誘導する。従って、感度の高い試験を使用すると、ワクチン効力の免疫的モニタリングのための最も好適な試験計画が可能になる。
【００９２】
ある態様では、本発明の医薬組成物中には、ＣＴＬを亢進する少なくとも一つの成分を含むことが望ましい。脂質は、ウイルス抗原に対してin vivoでＣＴＬを亢進することができる試薬として特定されている。次いで、脂質化されたポリヌクレオチドは、ミセル形態で直接注射することができ、リポソーム中にとりこまれるか、あるいは例えば不完全フロイントアジュバント等のアジュバント中に乳化される。
【００９３】
医薬組成物に関し、本発明の免疫原性ペプチドは、既に癌を患っている又は注目するウイルスに感染された個体に投与することができる。培養相又は急性の感染相にある個体は、別々にあるいは必要に応じて他の治療と併せて、免疫原性ペプチドで治療することができる。治療上の適用では、組成物は、ウイルスもしくは癌抗原に対して効率的なＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答を呈し、症状及び／又は病訴を治療あるいは少なくとも部分的に抑えるに十分な量で、患者に投与することができる。このようなことを成し遂げるに十分な量は、「治療上有効量」と定義される。当該使用のための有効量は、例えばペプチド組成物、投与方法、治療される疾患の段階及び重大さ、患者の体重及び一般的健康状態、並びに処方する医師の判断に依拠するだろうが、一般的には、７０ｋｇの患者に対して約１．０μｇ〜約５０００μｇのペプチド（例えば、１．０μｇ、１．５μｇ、２．０μｇ、２．５μｇ、３．０μｇ、３．５μｇ、４．０μｇ、４．５μｇ、５．０μｇ、７．５μｇ、１０μｇ、１２．５μｇ、１５μｇ、１７．５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、７５μｇ、１００μｇ、２５０μｇ、５００μｇ、７５０μｇ、１０００μｇ、１５００μｇ、２０００μｇ、２５００μｇ、３０００μｇ、３５００μｇ、４０００μｇ、４５００μｇ又は５０００μｇ）の初期免疫（治療的又は予防的投与のためのものである）の範囲を定め、次いで、患者の血液中の特定のＴ細胞活性を測定することによる患者の応答及び症状に基いた、数週間から数ヶ月の後押し投与計画に従って、約１．０μｇ〜約１０００μｇのペプチド（例えば、１．０μｇ、２．０μｇ、２．５μｇ、３．０μｇ、３．５μｇ、４．０μｇ、４．５μｇ、５．０μｇ、７．５μｇ、１０μｇ、１２．５μｇ、１５μｇ、１７．５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、７５μｇ、１００μｇ、２５０μｇ、５００μｇ、７５０μｇ、１０００μｇ、１５００μｇ、２０００μｇ、２５００μｇ、３０００μｇ、３５００μｇ、４０００μｇ、４５００μｇ又は５０００μｇ）の後押し投薬を行う。
【００９４】
本発明のペプチド及び組成物は、一般的に、深刻な疾患症状、すなわち命にかかわる状態又は命にかかわる可能性がある状態に用いることができることを記憶に止めておく必要がある。当該ケースでは、異物の最小化及び比較的非毒性のペプチドの観点で、当該ペプチド組成物の実質的過剰量を投与することは可能であり、当該ペプチド組成物の実質的過剰量を投与することが治療する医師によって切に望まれている。
【００９５】
ペプチド組成物は、慢性感染症の治療に、及び免疫系を刺激して、担体中のウイルス感染細胞を除去するためにも使用することができる。好適な応答を効率的に刺激するに十分な調合法及び投与方法で、ある免疫増強ペプチド量を提供することは重要である。従って、慢性感染症の治療においては、代表的な用量は、７０ｋｇの患者について、約１．０μｇ〜約５０００μｇ、好ましくは約５μｇ〜１０００μｇ（例えば、５．０μｇ、７．５μｇ、１０μｇ、１２．５μｇ、１５μｇ、１７．５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、７５μｇ、１００μｇ、２５０μｇ、３００μｇ、３５０μｇ、４００μｇ、４５０μｇ、５００μｇ、５５０μｇ、６００μｇ、６５０μｇ、７００μｇ、７５０μｇ、８００μｇ、９００μｇ、９５０μｇ又は１０００μｇ）／用量の範囲にある。
【００９６】
免疫用量、それに続く、決められた間隔、例えば１〜４週間での後押し用量は、おそらく、個体を効率的に免疫するのに十分な長時間が必要である。慢性感染症の場合には、少なくとも臨床症状あるいは臨床検査が、ウイルス感染が消失し又は実質的に弱まったことを示すまでは、投与は継続するべきであり、従って長期間継続するべきである。
【００９７】
治療のための医薬組成物は、非経口、局所、経口又は局部投与を意図している。好ましくは、医薬組成物は、例えば静脈内、皮下、皮内、筋肉内等の非経口的に投与する。従って、本発明は、許容される担体、好ましくは水溶性担体に溶解又は懸濁された免疫原性ペプチドの溶液を含む非経口投与のための組成物を提供する。水、緩衝液、０．８％生理食塩水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸等の種々の水溶性担体を使用することができる。当該組成物は、慣用的な周知の滅菌技術を用いて滅菌してもよく、滅菌ろ過してもよい。得られた水溶液は、使用のために梱包してもよく、凍結乾燥してもよく、凍結乾燥調製物は、投与前に滅菌溶液で混合して調製する。組成物は、ｐＨ調整剤、緩衝剤、弾力調整剤、湿潤剤等の生理的条件に近づけるために必要とされる薬学的に許容される補助物質、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ソルビタン・モノラウレート、トリエタノールアミン・オレエート等を含有してもよい。
【００９８】
本発明の医薬組成物は、本発明の１以上のＴ細胞促進ペプチドを含む。例えば、医薬組成物は、本発明の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０又はそれを越えるＴ細胞促進ペプチドを含む。更に、本発明の医薬組成物は、本発明の１以上のＴ細胞促進ペプチドを、１以上の他のＴ細胞促進ペプチドを組み合わせて含む。
【００９９】
医薬組成物中の本発明の特異な各Ｔ細胞促進ペプチドの濃度は、幅広く異なっていてもよく、例えば、約０．００１重量％、約０．００２重量％、約０．００３重量％、約０．００４重量％、約０．００５重量％、約０．００６重量％、約０．００７重量％、約０．００８重量％、約０．００９重量％、約０．０１重量％、約０．０２重量％、約０．０２５重量％、約０．０３重量％、約０．０４重量％、約０．０５重量％、約０．０６重量％、約０．０７重量％、約０．０８重量％、約０．０９重量％、約０．１重量％、約０．２重量％、約０．３重量％、約０．４重量％、約０．５重量％、約０．６重量％、約０．７重量％、約０．８重量％、約０．９重量％、約１重量％、約１．１重量％、約１．２重量％、約１．３重量％、約１．４重量％、約１．５重量％、約１．６重量％、約１．７重量％、約１．８重量％、約１．９重量％、約２重量％、約３重量％、約４重量％、約５重量％、約６重量％、約７重量％、約８重量％、約９重量％、約１０重量％、約２０重量％未満から約５０重量％以上であり、選択する特定の投与様式に従い、液量、粘度等により主に選択する。
【０１００】
好ましい態様では、医薬組成物中の本発明の特異な各Ｔ細胞促進ペプチドの濃度は、約０．００１重量％、約０．００２重量％、約０．００３重量％、約０．００４重量％、約０．００５重量％、約０．００６重量％、約０．００７重量％、約０．００８重量％、約０．００９重量％、約０．０１重量％、約０．０２重量％、約０．０２５重量％、約０．０３重量％、約０．０４重量％、約０．０５重量％、約０．０６重量％、約０．０７重量％、約０．０８重量％、約０．０９重量％、約０．１重量％、約０．２重量％、約０．３重量％、約０．４重量％、約０．５重量％、約０．６重量％、約０．７重量％、約０．８重量％、約０．９重量％、約１重量％である。
【０１０１】
更に好ましい態様では、医薬組成物中の本発明の特異な各Ｔ細胞促進ペプチドの濃度は、約０．０１重量％、約０．０２重量％、約０．０２５重量％、約０．０３重量％、約０．０４重量％、約０．０５重量％、約０．０６重量％、約０．０７重量％、約０．０８重量％、約０．０９重量％、約０．１重量％である。
【０１０２】
本発明のペプチドは、リンパ球又は選択的に標的とされた感染細胞等の特定の組織に対して当該ペプチドを標的とするために役立ち、また当該ペプチド組成物の半減期を増加させるために役立つリポソームによって投与してもよい。リポソームは、エマルション、泡、ミセル、不溶性単層、液晶、リン脂質分散、ラメラ層等を含む。当該調製物において、デリバリーされるペプチドは、リポソームの一部に、単独で、あるいは例えば、ＣＤ４５抗原に結合するモノクローナル抗体等のリンパ系細胞の間で一般的な受容体に結合する分子と結合して、又は他の治療的又は免疫原性組成物と結合して取り込まれる。従って、本発明の所望のペプチドで満たされた又は装飾されたリポソームは、リポソームが選ばれた治療的／免疫原性ペプチド組成物を後でデリバリーする、リンパ系細胞の部位に導くことができる。本発明で使用するためのリポソームは、通常、コレステロール等の中性及び負電荷のリン脂質及びステロールを含む、標準的な小胞形成脂質から得られる。脂質の選択は、一般的に、例えばリポソームの大きさ、酸不安定性及び血中のリポソーム安定性を考慮して行える。例えば、Szola et al., Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 9: 467 (1980)、米国特許第４，２３５，８７１号明細書、同４，５０１，７２８号明細書、同４，８３７，０２８号明細書及び同５，０１９，３６９号明細書に記載のように（これらの各々は本明細書に参考として記載しているが）、リポソームを調製ために多数の方法が利用できる。
【０１０３】
免疫細胞を標的とするためには、リポソームに取り込まれることになるリガンドは、例えば、所望の免疫系細胞の細胞表面決定基に特異的な抗体又はその断片等を含む。ペプチドを含むリポソーム懸濁液は、特に、投与方法、デリバリーされるペプチド及び治療される疾患の段階によって、変化する投薬量で、静脈内、局所（locally）、局所（topically）などに投与することができる。
【０１０４】
固体組成物に関しては、例えば製薬等級のマンニトール、ラクトース、でんぷん、ステアリン酸マグネシウム、サッカリン・ナトリウム、滑石粉、セルロース、グルコース、スクロース、マグネシウム・カーボネート等の一般的な非毒性固形担体を用いることができる。経口投与に関しては、薬学的に許容される非毒性組成物は、前に挙げた担体等の通常使用される任意の賦形剤を、一般的には、本発明の１以上のペプチドである活性成分の１０〜９５％、より好ましくは２５％〜７５％の濃度で取り込むことによって製造することができる。
【０１０５】
エアゾール投与に関しては、免疫原性ペプチドは、界面活性剤及び発射薬と共に細かく割いた形態で供給することができる。ペプチドの典型的な割合は、０．０１重量％〜２０重量％であり、好ましくは１重量％〜１０重量％である。勿論、界面活性剤は、非毒性で、好ましくは発射薬に溶解性である。かかる薬剤の代表例は、カプロン酸、オクタン酸、ラウリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、オレステリン酸、オレイン酸等の６〜２２の炭素原子を含む脂肪酸と脂肪族多価アルコール又はその環状無水物とのエステル又は部分エステルである。混合グリセリド又は天然グリセリド等の混合エステルを使用することができる。界面活性剤は、組成物の０．１重量％〜２０重量％、好ましくは０．２５〜５重量％を構成する。組成物の平衡は、通常発射薬である。必要ならば、鼻腔内デリバリーのためのレクチン等の担体を含むこともできる。
【０１０６】
別の態様では、本発明は、本明細書に記載の免疫原性ペプチドの免疫原性的に有効な量を活性成分として含むワクチンに関する。当該ペプチド（ペプチド類）は、ヒトを含む宿主に導入してもよく、それ自身の担体にあるいは活性ペプチド単位のホモポリマー又はヘテロポリマーとして結合してもよい。かかるポリマーは、増大した免疫学的反応という利点を有し、異種のペプチドをポリマーを形成するために使用する場合には、ウイルス又は癌細胞の異なった抗原決定基と反応する抗体及び／又はＣＴＬｓを誘導する別の能力という利点を有する。有用な担体は、当該分野で周知であり、例えばチログロブリン、ヒト血清アルブミン等のアルブミン、破傷風トキソイド、ポリ（リジン：グルタミン酸）等のポリアミノ酸、インフルエンザ、Ｂ型肝炎ウイルスコア蛋白質、Ｂ型肝炎ウイルス組換えワクチン等を含む。当該ワクチンは、水、リン酸緩衝生理食塩水又は食塩水等の生理的に寛容される（許容される）希釈剤を含んでもよく、更に典型的にはアジュバントを含む。不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム等のアジュバント又はアルムは、当該分野で周知の材料である。上記のように、ＣＴＬ応答は、Ｐ３ＣＳＳ等の脂質に本発明のペプチドを結合させることによって、亢進することができる。注射、エアゾール、経口、皮下又は他の方法によって本明細書に記載のペプチドで免疫した場合には、宿主の免疫系は、所望の抗原に特異的なＣＴＬｓの大容量を産生することによりワクチンに反応し、当該宿主はその後の感染に対して少なくとも部分的には免疫となるか、あるいは進行する慢性的感染に抵抗性になる。
【０１０７】
本発明のペプチドを含むワクチン組成物は、ウイルス感染もしくは癌に対する感受性が高いか又はその危険にある患者に投与して、抗原に対する免疫応答を誘導し、それによって患者の自己免疫応答能力を増大させることができる。かかる量は、「免疫的有効量」と定義する。当該使用では、その正確な量は、やはり、患者の健康状態及び体重、投与方法、製剤の性質等に依拠するが、一般的には患者７０ｋｇ当たり約１．０μｇ〜約５０００μｇ、より一般的には体重７０ｋｇ当たり約１０〜約５００μｇ（例えば、体重７０ｋｇ当たり１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、６０μｇ、７０μｇ、８０μｇ、９０μｇ、１００μｇ、１２５μｇ、１５０μｇ、１７５μｇ、２００μｇ、２２５μｇ、２５０μｇ、２７５μｇ、３００μｇ、３２５μｇ、３７５μｇ、４００μｇ、４２５μｇ、４５０μｇ、４７５μｇ又は５００μｇ）の範囲である。
【０１０８】
治療又は免疫の目的のために、本発明の１以上のペプチドをコードする核酸も患者に投与することができる。患者に当該核酸をデリバリーするために、多数の方法を簡便に使用することができる。例えば、当該核酸は、「裸のＤＮＡ」として直接デリバリーすることができる。例えば、当該方法は、Wolff et al., Science 247: 1465-1468 (1990)及び米国特許第５，５８０，８５９号明細書及び同５，５８９，４６６号明細書に記載されている。ＤＮＡを単に含む粒子も投与することができる。あるいは、ＤＮＡは、金粒子等の粒子に接着させることもできる。核酸もまた、カチオン性脂質等のカチオン性化合物に複合してデリバリーすることができる。脂質介在遺伝子デリバリー法は、例えば、国際公開第９６／１８３７２号パンフレット；同９３／２４６４０号パンフレット；Mannino and Gould-Fogerite (1988) BioTechniques 6 (7): 682-691；Rose 米国特許第５，２７９，８３３号明細書；国際公開第９１／０６３０９号パンフレット；and Felgner et al., (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84: 7413-7414に記載されている。本発明のペプチドは、ワクシニア又は鶏痘等の弱毒化ウイルス性宿主によって発現することもできる。当該方法は、ワクシニアウイルスを使用して、本発明のペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現することを含む。急性又は慢性の感染宿主にあるいは非感染宿主に導入した場合には、組換えワクシニアウイルス、免疫原性ペプチドを発現し、それによって宿主ＣＴＬ応答を誘導する。免疫プロトコールに有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、本明細書に参考として記載した米国特許第４，７２２，８４８号明細書に記載されている。別の好適なベクターは、ＢＣＧ（Bacille Calmette Guerin）である。ＢＣＧベクターは、例えばStover et al., (Nature 351: 456-460 (1991))に記載されている。本発明のペプチドの治療的投与又は免疫に有用な多数の他のベクター、例えばSalmonella typhiベクターなどは、本明細書の詳細な説明から当業者には明らかであろう。
【０１０９】
本発明のペプチドをコードする核酸の好ましい投与方法は、本発明の複数エピトープをコードするミニ遺伝子コンストラクトを使用する。ヒト細胞中に、発現のための、選ばれたＣＴＬエピトープ（ミニ遺伝子）をコードするＤＮＡ配列を作るために、エピトープのアミノ酸配列は逆翻訳することができる。ヒトコドン用法表は、各アミノ酸についてのコドン選択を可能にするために使用できる。ＤＮＡ配列コードペプチドがない、あるいはいくつかの又は全てのＤＮＡ配列コードペプチド間の種々のスペーサーをコードするＤＮＡ配列を含む、かかるエピトープコードＤＮＡ配列は、隣接して連続ポリペプチド配列を作る。発現及び／又は免疫原性を最適化するために、別の要素をミニ遺伝子の設計に取り込むことができる。逆翻訳され、ミニ遺伝子配列に含まれるアミノ酸配列の例は、ヘルパーＴリンパ球エピトープ、リーダー（シグナル）配列及び小胞体保持シグナルを含む。更に、ＣＴＬエピトープのＭＨＣ提示は、合成的配列（例えばポリアラニン）又はＣＴＬエピトープに隣接した天然由来のフランキング配列を含むことによって改善することができる。
【０１１０】
ある態様では、ミニ遺伝子コードエピトープ、及び免疫原性を増大させ又は減少させるために含有された第二蛋白質の生成を可能にするために、２シストロン性発現ベクターも使用することができる。共発現の場合には、免疫応答を有利に増大させるペプチド又はポリペプチドの例は、サイトカイン（例えばＩＬ２、ＩＬ１２、ＧＭ−ＣＳＦ）、サイトカイン誘導分子（例えばＬｅＩＦ）又は共促進分子を含む。ヘルパー（ＨＴＬ）エピトープは、細胞内標的シグナルに結合し、ＣＴＬエピトープから離れて発現することができる。このことは、ＣＴＬエピトープとは異なった細胞区画に、ＨＴＬエピトープを導くことができる。必要ならば、ＭＨＣクラスＩＩ経路へのＨＴＬエピトープのより効率的な導入を促進し、それによってＣＴＬ誘導を改善することができる。ＣＴＬ誘導に比較して、免疫抑制分子（例えばＴＧＦ−β）の共発現によって免疫応答を特に減ずることは、特定の疾患では有益であろう。
【０１１１】
本発明の免疫原性ペプチドは、モノクローナル抗体を作製するために使用してもよい。かかる抗体は、可能性のある診断剤又は治療剤として有用である。
【０１１２】
当該ペプチドは、診断試薬（例えば四量体；Beckman Coulter, San Diego, CA）としても有用である。例えば、本発明のペプチドは、当該ペプチド又は関連するペプチドを使用する治療計画に対する特定の個体の感受性を測定するために使用することができ、現行の治療プロトコールを修飾することに、あるいは患者の予後診断をすることに役立つ。更に、当該ペプチドは、個体が慢性的感染にかかる相当の危険があることを予測するためにも使用することができる。
【０１１３】
本発明は、ヒト及びネズミのＭＨＣアレルサブタイプのアレル特異的ペプチドモチーフの決定に関する。次いで、当該モチーフは、可能な抗原又は自己抗原の標的のアミノ酸配列が周知である任意の所望の抗原、特にヒトウイルス性疾患、癌又は自己免疫疾患に関連する抗原由来のＴ細胞エピトープを特徴付けるために用いることができる。上で引用した全ての文献の内容は本明細書に参考として記載した。
【０１１４】
表１１〜２９の簡単な説明
表１１：特定されたＨＬＡ−Ａ１アレル結合ペプチド。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１１５】
表１２：ＨＬＡ−Ａ１結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ１アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１１６】
表１３：特定されたＨＬＡ−Ａ２アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１１７】
表１４：ＨＬＡ−Ａ２結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ２アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１１８】
表１５：特定されたＨＬＡ−Ａ３アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１１９】
表１６：ＨＬＡ−Ａ３結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ３アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２０】
表１７：特定されたＨＬＡ−Ａ２４アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２１】
表１８：ＨＬＡ−Ａ２４結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ２４アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２２】
表１９：特定されたＨＬＡ−Ｂ７アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２３】
表２０：ＨＬＡ−Ｂ７結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ｂ７アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２４】
表２１：特定されたＨＬＡ−Ｂ４４アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２５】
表２２：ＨＬＡ−Ｂ４４結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ｂ４４アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２６】
表２３：特定されたＨＬＡ−ＤＱアレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２７】
表２４：ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−ＤＱアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２８】
表２５：特定されたＨＬＡ−ＤＲアレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２９】
表２６：ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−ＤＲアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１３０】
表２７：ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−ＤＲアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１３１】
表２８：特定されたネズミのＭＨＣクラスＩアレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１３２】
表２９：ネズミのＭＨＣクラスＩ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたネズミのＭＨＣクラスＩアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１３３】
【表１１】
【０１３４】
【表１２】
【０１３５】
【表１３】
【０１３６】
【表１４】
【０１３７】
【表１５】
【０１３８】
【表１６】
【０１３９】
【表１７】
【０１４０】
【表１８】
【０１４１】
【表１９】
【０１４２】
【表２０】
【０１４３】
【表２１】
【０１４４】
【表２２】
【０１４５】
【表２３】
【０１４６】
【表２４】
【０１４７】
【表２５】
【０１４８】
【表２６】
【０１４９】
【表２７】
【０１５０】
【表２８】
【０１５１】
【表２９】
【０１５２】
【表３０】
【０１５３】
【表３１】
【０１５４】
【表３２】
【０１５５】
【表３３】
【０１５６】
【表３４】
【０１５７】
【表３５】
【０１５８】
【表３６】
【０１５９】
【表３７】
【０１６０】
【表３８】
【０１６１】
【表３９】
【０１６２】
【表４０】
【０１６３】
【表４１】
【０１６４】
【表４２】
【０１６５】
【表４３】
【０１６６】
【表４４】
【０１６７】
【表４５】
【０１６８】
【表４６】
【０１６９】
【表４７】
【０１７０】
【表４８】
【０１７１】
【表４９】
【０１７２】
【表５０】
【０１７３】
【表５１】
【０１７４】
【表５２】
【０１７５】
【表５３】
【０１７６】
【表５４】
【０１７７】
【表５５】
【０１７８】
【表５６】
【０１７９】
【表５７】
【０１８０】
【表５８】
【０１８１】
【表５９】
【０１８２】
【表６０】
【０１８３】
【表６１】
【０１８４】
【表６２】
【０１８５】
【表６３】
【０１８６】
【表６４】
【０１８７】
【表６５】
【０１８８】
【表６６】
【０１８９】
【表６７】
【０１９０】
【表６８】
【０１９１】
【表６９】
【０１９２】
【表７０】
【０１９３】
【表７１】
【０１９４】
【表７２】
【０１９５】
【表７３】
【０１９６】
【表７４】
【０１９７】
【表７５】
【０１９８】
【表７６】
【０１９９】
【表７７】
【０２００】
【表７８】
【０２０１】
【表７９】
【０２０２】
【表８０】
【０２０３】
【表８１】
【０２０４】
【表８２】
【０２０５】
【表８３】
【０２０６】
【表８４】
【０２０７】
【表８５】
【０２０８】
【表８６】
【０２０９】
【表８７】
【０２１０】
【表８８】
【０２１１】
【表８９】
【０２１２】
【表９０】
【０２１３】
【表９１】
【０２１４】
【表９２】
【０２１５】
【表９３】
【０２１６】
【表９４】
【０２１７】
【表９５】
【０２１８】
【表９６】
【０２１９】
【表９７】
【０２２０】
【表９８】
【０２２１】
【表９９】
【０２２２】
【表１００】
【０２２３】
【表１０１】
【０２２４】
【表１０２】
【０２２５】
【表１０３】
【０２２６】
【表１０４】
【０２２７】
【表１０５】
【０２２８】
【表１０６】
【０２２９】
【表１０７】
【０２３０】
【表１０８】
【０２３１】
【表１０９】
【０２３２】
【表１１０】
【０２３３】
【表１１１】
【０２３４】
【表１１２】
【０２３５】
【表１１３】
【０２３６】
【表１１４】
【０２３７】
【表１１５】
【０２３８】
【表１１６】
【０２３９】
【表１１７】
【０２４０】
【表１１８】
【０２４１】
【表１１９】
【０２４２】
【表１２０】
【０２４３】
【表１２１】
【０２４４】
【表１２２】
【０２４５】
【表１２３】
【０２４６】
【表１２４】
【０２４７】
【表１２５】
【０２４８】
【表１２６】
【０２４９】
【表１２７】
【０２５０】
【表１２８】
【０２５１】
【表１２９】
【０２５２】
【表１３０】
【０２５３】
【表１３１】
【０２５４】
【表１３２】
【０２５５】
【表１３３】
【０２５６】
【表１３４】
【０２５７】
【表１３５】
【０２５８】
【表１３６】
【０２５９】
【表１３７】
【０２６０】
【表１３８】
【０２６１】
【表１３９】
【０２６２】
【表１４０】
【０２６３】
【表１４１】
【０２６４】
【表１４２】
【０２６５】
【表１４３】
【０２６６】
【表１４４】
【０２６７】
【表１４５】
【０２６８】
【表１４６】
【０２６９】
【表１４７】
【０２７０】
【表１４８】
【図面の簡単な説明】
【０２７１】
【図１】好ましいモチーフの表である。
【図２】ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂアレルのスーパーファミリーである。ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂの種々のアレルは、配列決定解析又は結合試験（確認されたスーパータイプメンバー）に基くスーパーファミリーに従って、あるいはＢ及びＦポケット構造（予測スーパータイプメンバー）に基いて分類できる。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、主要組織適合性（ＭＨＣ）分子に結合するペプチド、及び免疫応答を誘導し、調節する当該ペプチドの使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
免疫系による、異質病原菌、異質細胞（例えば癌）又は自己細胞の認識は、概して、主要組織適合性（ＭＨＣ）分子を経て生じる。ＭＨＣ分子は、種々の免疫エフェクタ、すなわちＢ及びＴリンパ球の認識を可能にし、好適には当該エフェクタの刺激を可能にする、異質分子及び自己分子の特定の分子断片に存在する。ＭＨＣ分子は、クラスＩ又はクラスＩＩのいずれかに分類される。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、活性リンパ球及び抗原提示細胞上に一次的に発現する。ＣＤ４陽性Ｔリンパ球は、通常、マクロファージ又は樹状細胞等の抗原提示細胞上に見られるＭＨＣクラスＩＩ分子によって提供される特定のペプチド断片を認識して活性化される。しばしばヘルパーＴリンパ球（ＨＴＬ）として知られるＣＤ４陽性リンパ球は、ＩＬ−４及びＩＬ−１０の産生を経る抗体介在応答を支持するか、あるいはＩＬ−２及びＩＦＮ−γの産生を経る細胞介在応答を支持するサイトカインを増殖させ、分泌する。一方、ＭＨＣクラスＩ分子は、実質的には、全ての有核細胞上に発現する。ＭＨＣクラスＩ分子の文脈で提供されるペプチド断片は、ＣＤ８陽性Ｔリンパ球によって認識される。ＣＤ８陽性Ｔリンパ球は、しばしば、刺激抗原を発現する細胞を溶解することができる細胞毒性エフェクタに成熟する。別名、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬｓ）のＣＴＬｓは、腫瘍細胞の除去及びウイルス感染への対抗に特に効果がある。
【０００３】
Ｔリンパ球は、異質抗原そのものよりも、ＭＨＣクラスＩ分子又はクラスＩＩ分子に結合したペプチド断片の形態で、抗原を認識する。ＭＨＣクラスＩ分子によって提供される抗原は、典型的には、細胞（例えば細胞内病原菌）によって内生的に合成される抗原である。得られた細胞質抗原は、細胞中で、プロテオソームによって小断片に分解する（Niedermann et al., Immunity, 2: 289-99 (1995)）。当該小断片の中には、当該断片がクラスＩの重鎖と相互作用して、好適な折りたたみを促進し、またサブユニットβ２マクログロブリンと関連した結果、当該断片、ＭＨＣクラスＩ鎖及びβ２マクログロブリン間で安定な複合体を形成する小胞体に移送されるものもある。次いで、当該複合体は、発現と特定のＣＴＬｓによる潜在的な認識のために、細胞表面に移送される。ＭＨＣクラスＩＩ分子によって提供される抗原は、通常、食作用、飲作用又は受容体介在エンドサイトーシスによって抗原提示細胞に入る可溶性抗原である。一旦細胞中で、抗原は、エンドソーム中の酸依存的プロテアーゼによって部分的に分解される。得られたペプチド断片は、ＣＬＩＰ断片の放出後、ＭＨＣクラスＩＩ分子と結合し、その後に特定のＨＴＬｓによる潜在的な認識のために表面に移送される安定な複合体を形成する。Blum et al., Crit Rev. Immunol., 17: 411-17 (1997); Arndt et al., Immunol. Res., 16: 261-72 (1997)を参照されたい。
【０００４】
あるＭＨＣ複合体に結合するペプチドは、酸溶出法（Buus et al., Science 242: 1065(1988)）、クロマトグラフィー法（Jardetzky et al, Nature 353: 326 (1991)及びFalk et al., Nature 351: 290 (1991)）及び質量分析法（Hunt et al., Science 225: 1261 (1992)）によって確認できる。ＭＨＣクラスＩ分子と結合する自然処理ペプチドの総説は、Rotzschke and Falk, Immunol. Today 12: 447 (1991)に記載されている。
【０００５】
特定のＭＨＣアレルと高頻度で結合するペプチドは、モチーフ内に適合し、ペプチド内の特定の位置で特定の生化学的性質を有するアミノ酸残基を有する。当該残基は、通常、ＭＨＣアレルの生化学的性質の影響を受ける。ペプチド配列モチーフは、ＭＨＣ分子と結合することができるペプチドを選別するために用いることができ（Settle et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 3296 (1989)）、クラスＩ結合モチーフは動物モデルで潜在的な免疫原性ペプチドを同定したことが報告されている（De Bruijn et al., Eur. J. Immunol. 21: 2963-2970 (1991); Pamer et al., Nature 353: 852-955 (1991)）。また、特定のペプチドとＭＨＣ分子との結合は、当該ペプチドの免疫原性に関連している（Schaeffer et al., Proc. Natl. Sci. USA 86: 4649 (1989)）。
【０００６】
複雑な異質病原菌によってコードされる可能性のある多数のペプチドの中で、小分画のみが、ＭＨＣクラスＩ又はＩＩ抗原と結合することができるペプチドの形態に達し、そのためＴ細胞によって認識され得る。当該現象は、免疫優性として知られている（Yewdell et al., Ann. Rev. Immunol., 17: 51-88 (1997)）。すなわち、どのようにして全体的に天然抗原に対する免疫又は暴露が、天然抗原が有するあらゆるエピトープよりも、抗原の一つ又はいくつかの「主要」エピトープに対する免疫応答になるのかという現象を、免疫優性は説明するものである。免疫優性は、ＭＨＣペプチド親和性、抗原処理及び抗原有用性を含む種々の要因によって影響を受ける。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
従って、ＭＨＣ結合ペプチドの中には確認されているものもあるが、当該分野では、ＭＨＣ結合ペプチドが由来する病原体に対するワクチンにおいて、免疫応答を起こさせるために使用できる病原体由来の新規ＭＨＣ結合ペプチドを発見することが求められている。更に、当該分野では、多数の異種ＭＨＣ分子と結合することができるペプチドであって、ヒト異系交配群の広い範囲で、免疫原性であるようなペプチドを発見することが求められている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、ウイルス性疾患及び癌等の多数の病状を予防、治療又は診断するための組成物、及び方法に関する。従って、本明細書では、選ばれた主要組織適合性（ＭＨＣ）複合体分子と結合することができ、かつ免疫応答を誘導又は調節することができる新規ペプチドを提供する。開示のペプチドの中には、ＨＬＡ−ＤＲ及びＨＬＡ−ＤＱアレル等のヒトＭＨＣクラスＩＩ（ＨＬＡ）分子と結合することができるものがある。本明細書に開示の他のペプチドは、次の１以上を含み、ヒトクラスＩ分子に結合することができる；ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ２．１、ＨＬＡ−Ａ３．２、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４．１、ＨＬＡ−Ｂ７及びＨＡＬ−Ｂ４４分子。開示の他のペプチドは、ネズミのクラスＩ分子に結合することができる。
【０００９】
また、本発明は、ＭＨＣ分子に特異的な結合モチーフを有する免疫原性ペプチドを含む組成物を提供する。開示のペプチドと組成物は、免疫応答、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答又はヘルパーＴリンパ球（ＨＴＬ）応答、特に系に投与した場合に、当該応答を誘導するための方法に使用できる。本明細書に開示のペプチド及び組成物は、診断試薬としても有用である（例えば、四量体試薬；Beckman Coulter）。
【００１０】
定義
次の定義は、本明細書に開示された発明の好ましい態様のいくつかを当業者が理解できるように提供するものである。しかしながら、当該定義は例にすぎず、請求の範囲に記載の本発明の範囲を限定するために使用されるべきではないことが理解できよう。当業者は、以下の定義に若干の変更をすることができ、本明細書に開示の発明を理解し、実施するためにかかる変更した定義を使用できよう。当業者にとって明白であり、上記の請求の範囲に適用することができる当該変更は、本発明の範囲内にあると考えられる。この項に記載の定義は、特許、公表特許出願及び他の刊行物に記載の定義、並びに本明細書に参考として記載したＧｅｎＢａｎｋ及び他のデータベースにある配列と、反対あるいは不一致であるとしても、当該項に記載の定義は参考として記載した定義より優先する。
【００１１】
本明細書で使用するように、「ＨＬＡスパータイプ又はＨＬＡファミリー」の語は、共通のペプチド結合特性に基いて群分けされたＨＬＡ分子の集合を言う。ＨＬＡスーパーファミリー、ＨＬＡスーパータイプファミリー、ＨＬＡファミリー及びＨＬＡｘｘ型分子（ｘｘは特定のＨＬＡタイプを示す）の語は、同義語である。
【００１２】
本明細書で使用するように、「ＩＣ５０」の語は、対照ペプチドの結合の５０％阻害が観察される、結合試験におけるペプチド濃度を言う。試験を実施する条件によって（例えば制限ＭＨＣ蛋白質及び標識ペプチドの濃度）、当該値はＫＤ値に近づくだろう。
【００１３】
本明細書で使用するように、「ペプチド」の語は、一連の残基、典型的には一般的には隣接アミノ酸のα−アミノ基及びカルボキシル基間のペプチド結合によって互いに結合している一般的にはＬ−アミノ酸を示すために、本明細書で「エピトープ」と交換して使用し、これは指定されたＭＨＣアレルと結合する。
【００１４】
本明細書で使用するように、「薬学的に許容される」の語は、一般的に、非毒性で、不活性で、及び／又は生理学的に適合でき組成物を言う。
【００１５】
本明細書で使用するように、「保護免疫応答」又は「治療免疫応答」の語は、感染試薬又は癌抗原から得られる抗原に対するＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答であって、疾患の症状、副作用又は進行を、場合によっては回避し、あるいは少なくとも部分的には抑える応答を言う。免疫応答は、ヘルパーＴ細胞の刺激によって促進される抗体応答を含んでもよい。
【００１６】
本明細書で使用するように、「残基」の語は、アミド結合又は模倣アミド結合によってペプチドに組み込まれたアミノ酸又は模倣アミノ酸を言う。
【００１７】
本明細書で使用するように、「モチーフ」の語は、確定した長さのペプチド、通常、ＭＨＣクラスＩモチーフに関しては約８〜１３のアミノ酸のペプチド、ＭＨＣクラスＩＩモチーフに関しては約６〜２５のアミノ酸のペプチド、における残基の型を言い、特定のＭＨＣ分子によって認識される。ペプチドモチーフは、典型的には、各ＭＨＣアレルによってコードされる各蛋白質によって異なり、高保存され、かつ陰性（negative）の残基の型の点で異なる。
【００１８】
本明細書で使用するように、「スーパーモチーフ」の語は、２以上のＭＨＣアレルによってコードされるＭＨＣ分子によって共有される結合特性を付与するペプチドのアミノ酸配列を言う。好ましくは、スーパーモチーフ生成ペプチドは、２以上のＭＨＣ抗原によって、高度又は中等度の親和性（本明細書で定義されているように）で認識される。
【００１９】
本明細書で使用するように、「保存された残基」は、ペプチドの特定の位置でのランダム分布によって予想されるよりも、著しく高頻度で生成するアミノ酸を言う。典型的には、保存された残基は、ＭＨＣ構造が免疫原性ペプチドとの接触点を提供できる残基である。確定した長さのペプチド内の少なくとも１〜３以上、好ましくは２つの保存された残基は、免疫原性ペプチドのモチーフを特徴付ける。当該ペプチドは、典型的には、溝と結合するペプチドと近接し、その側鎖は、溝そのものの特定のポケットに埋まっている。典型的には、免疫原性ペプチドは、３つまでの保存された残基、より一般的には２つの保存された残基からなる。
【００２０】
本明細書で使用するように、「陰性の結合残基」は、仮に一定の位置（例えば９マーの１、３、６及び／又は７の位置）に存在するならば、非結合体又は低結合体であるペプチドを生じ、かつＣＴＬ応答を誘導するなどの免疫原性を示さないアミノ酸である。
【００２１】
本明細書で使用するように、「合成ペプチド」の語は、天然から得られず、化学的合成又は組換えＤＮＡ技術のような方法を用いて人為的に作られるペプチドである。
【００２２】
本明細書で使用するように、「免疫原性ペプチド」は、当該ペプチドがＭＨＣ分子に結合し、ＣＴＬ又はＨＴＬ応答を誘導するようなアレル特異的モチーを含むペプチドを言う。免疫原性応答は、in vitro及び／又はin vivoでＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答を刺激し、並びに特定のＴ細胞群での細胞死（又はアポトーシス）に関する指示された誘発によって、進行中の免疫応答を調節する応答、を含む。
【００２３】
本明細書で使用するように、「単離された」又は「生物学的に純粋な」の語句は、その材料の天然の状態で見られるような通常含まれる成分を、実質的に又は基本的に有さない材料を言う。従って、本発明のペプチドは、例えば抗原提示細胞上のＭＨＣ Ｉ分子等の、材料そのままの環境と一般的に関連する材料を含まない。蛋白質が同質又は主要なバンドとして単離される場合でさえも、所望の蛋白質を使って共精製される天然蛋白質の５〜１０％の範囲でわずかにコンタミが起こる。本発明の単離ペプチドは、このような内生的に共精製された蛋白質を含まない。
【００２４】
ペプチド化合物を記載するために用いる命名法では、一般的な慣例に従い、アミノ基は、各アミノ酸残基の左側（Ｎ末端）に、カルボキシル基は右側（Ｃ末端）に示す。本発明の選択された特定の具体例を表す式では、アミノ−及びカルボキシル末端基は、特に示さないが、特に断らない限り、生理的ｐＨで想定される形態にある。アミノ酸の構造式では、各残基は、一般的に、標準的な３文字記号又は１文字記号で表す。アミノ酸残基のＬ型は、大文字の１文字記号又は３文字記号の最初の大文字で表し、Ｄ型アミノ酸残基のＤ型は、小文字の１文字記号又は３文字記号の最初の小文字で表す。グリシンは不整炭素原子を有さず、単に「Ｇｌｙ」又はＧと表す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２５】
Ａ．ペプチド及びモチーフの同定
本発明は、アレル特異的ペプチド、及びヒトやネズミのＭＨＣアレルの結合ペプチドに関する。本発明のペプチド結合モチーフが各アレルにかなり特異的であることは、本発明に画されている。本発明の態様では、アレル特異的モチーフ及び結合蛋白質は、ヒト ＭＨＣ（又はＨＬＡ）クラスＩアレルに関するものである。ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃアレルを含む。本発明の別の態様では、アレル特異的モチーフ又は結合蛋白質は、ヒト ＭＨＣ（又はＨＬＡ）クラスＩＩアレルに関するものである。当該ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ−ＤＲ及びＨＬＡ−ＤＱアレルを含む。一定のアミノ酸モチーフを生成するペプチドに対して類似した結合親和性を共有するＨＬＡ分子は、ＨＬＡスーパータイプに群分けする。例えば、Stites, et al., Immunology, 8 th ED., Lange Publishing, Los Altos, CA (1994)を参照されたい。１以上のスーパータイプの１以上のアレルと結合するペプチドは、本発明の一部として画される。ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂ分子内のスーパータイプの例を図２に示す。更に別の態様では、アレル特異的モチーフ及び結合ペプチドは、ネズミのクラスＩ（又はＨ−２）ＭＨＣアレルである。当該Ｈ−２アレルは、Ｈ−２Ｄｄ、Ｈ−２Ｋｂ、Ｈ−２Ｋｄ、Ｈ−２Ｄｂ、Ｈ−２Ｌｄ及びＨ−２Ｋｋを含む。アレル特異的モチーフについて記載した具体的な表を以下に示す。ネズミのＭＨＣアレルの特定のスーパータイプ内の結合もまた、本発明に画されている。
【００２６】
本発明のぺプチドを特定するために、ＭＨＣペプチド複合体の単離、及び自然処理ペプチドの単離とアミノ酸配列決定は、関連出願に記載されているとおりにして実施できる。かかる出願は、１１／１０／９５に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１８９，７０２であって、３／４／９４に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／２０５，７１３のＣＩＰ出願、１１／２９／９３に出願の０８／１５９，１８４のＣＩＰ出願で現在は放棄されている、６／４／９３に出願の０８／０７３，２０５のＣＩＰ出願で現在は放棄されている、３／５／９３に出願の０８／０２７，１４６のＣＩＰ出願で現在は放棄されている出願に関連している。本出願はまた、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／２２６，７７５であって、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／８１５，３９６のＣＩＰ出願であり、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０１３，１１３の利益を主張しているが、現在は放棄されている出願に関連している。
更に、本出願は、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／０１７，７３５であって、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／５８９，１０８のＣＩＰ出願；Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／７５３，６２２、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／８２２，３８２、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０１３，９８０、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／４５４，０３３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１１６，４２４、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／３４９，１７７に関連している。本出願はまた、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／０１７，５２４、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／８２１，７３９、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０１３，８３３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／７５８，４０９、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／５８９，１０７、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／４５１，９１３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／１８６，２６６、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１１６，０６１及びＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／３４７，６１０であって、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／１５９，３３９のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／１０３，３９６のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／０２７，７４６のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０７／９２６，６６６のＣＩＰ出願に関連している。本出願はまた、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／０１７，７４３、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／７５３，６１５；Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／５９０，２９８、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／１１５，４００、及びＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／４５２，８４３であって、Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／３４４，８２４のＣＩＰ出願、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０８／２７８，６３４のＣＩＰ出願に関連している。本出願は、仮出願Ｕ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０８７，１９２及びＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／００９，９５３であって、放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０３６，７１３及び放棄されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ６０／０３７，４３２のＣＩＰ出願にも関連している。
更に、本出願は、いずれも懸案の５／３０／００に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／５８３，２００、３／１／９９に出願されたＵ．Ｓ．Ｓ．Ｎ． ０９／２６０，７１４、及び１０／６／００に出願された、米国仮出願「異語幹変化アナローグ及び関連する方法」（代理人事件整理番号０１８６２３−０１５８１０ＵＳ）にも関連している。上記出願の全てについて参考として本明細書に記載した。
【００２７】
次に、かかるペプチドは、次のアレルＡ３．２、Ａ１、Ａ１１及びＡ２４．１の各々に特異的に結合するモチーフを明らかにするために使用する。当該モチーフは、前に記載した。以下の表１〜４の記載のモチーフは、関連出願に記載の自然処理ペプチドの蓄積アミノ酸配列決定データより明らかとなる。指摘されたＨＬＡスーパータイプのアンカー位置と関連する好適な（すなわち標準的）及び許容される（すなわち伸張された）残基を、図１及び表５に示す。
【００２８】
一つの態様では、ＨＬＡ−Ａ３．２のモチーフは、２の位置に、第一の保存された残基Ｌ、Ｍ、Ｉ、Ｖ、Ｓ、Ａ、Ｔ及びＦをＮ末端からＣ末端に含み、第二の保存された残基Ｋ、Ｒ又はＹをＣ末端に含む。他の第一の保存された残基は、Ｃ、Ｇ又はＤ及び他にＥである。他の第二の保存された残基は、Ｈ又はＦである。第一及び第二の保存された残基は、好ましくは６〜７残基離れている。他の態様では、ＨＬＡ−Ａ１のモチーフは、Ｎ末端からＣ末端に、第一の保存された残基Ｔ、Ｓ又はＭ、第二の保存された残基Ｄ又はＥ、そして第三の保存された残基はＹを含む。他の第二の保存された残基は、Ａ、Ｓ又はＴである。第一及び第二の残基は、隣接し、好ましくは第三の保存された残基から５〜６残基離れている。第二のモチーフは、第一の保存された残基Ｅ又はＤ及び第二の保存された残基Ｙからなる。第一及び第二の保存された残基は、５〜６残基離れている。
【００２９】
他の態様では、ＨＬＡ−Ａ１１のモチーフは、２の位置に、Ｔ、Ｖ、Ｍ、Ｌ、Ｉ、Ｓ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｃ、Ｄ又はＦをＮ末端からＣ末端に含み、さらにＣ末端の保存された残基Ｋ、Ｒ、Ｙ又はＨを含む。第一及び第二の保存された残基は、好ましくは６又は７残基離れている。一つの態様では、ＨＬＡ−Ａ２４．１のモチーフは、２の位置に、Ｙ、Ｆ又はＷをＮ末端からＣ末端に含み、更にＣ末端の保存された残基Ｆ、Ｉ、Ｗ、Ｍ又はＬを含む。第一及び第二の保存された残基は、好ましくは６〜７残基離れている。
【００３０】
【表１】
【００３１】
【表２】
【００３２】
【表３】
【００３３】
【表４】
【００３４】
本明細書で特定されたＭＨＣ結合ペプチドは、天然抗原のエピトープを表す。特定のアミノ酸配列に関し、エピトープは、特定の抗体又はＴ細胞受容体によって認識される一組のアミノ酸残基である。かかるエピトープは、一般的に、ＭＨＣペプチド複合体を経てリンパ球に提供される。エピトープは、抗体、Ｔ細胞又はＭＨＣ分子によって認識される部位を一緒に形成する、一次、二次及び四次ペプチド構造、並びに電荷等の分子の全体的な特徴を有する。しかしながら、本発明のエピトープよりも大きく、本発明のエピトープを含む単離された又は精製された蛋白質あるいはペプチド分子もやはり、本発明の範囲内であることは理解できよう。更に、合成ペプチドに、その免疫的効果を増大させる種々の生化学的変化を組み込めることは、本発明で画されている。
【００３５】
本発明のエピトープは、主要エピトープ、準主要エピトープ又はクリプティック（cryptic）エピトープである。主要エピトープは、天然抗原全体による免疫に対して免疫応答を誘導するエピトープである。例えば、Sercarz et al., Ann. Rev. Immunol. 11: 729-766 (1993)を参照されたい。かかるペプチドは、全抗原に対して応答を誘導するので、免疫原性と考えられる。一方、準主要エピトープは、エピトープを含む全抗原による免疫に対してほとんど又は全く応答を示さないエピトープであるが、応答は単離されたエピトープでの免疫によって得られる。準主要エピトープによる免疫は、天然抗原そのものに対する二次的応答を亢進する。クリプティック（cryptic）エピトープは、単離ペプチドによる免疫によって応答を示すが、全抗原を用いる次のチャレンジに対する二次的応答を亢進しない。
【００３６】
本発明のエピトープは、ＭＨＣアレル及びアレルのサブタイプとの相互作用では交差反応的でも非交差反応的でもよい。エピトープ（又はペプチド）の交差反応性により、エピトープは２以上のＨＬＡ分子と結合する。かかる交差反応性は、縮重結合としても知られている。非交差反応性エピトープは、特定のＭＨＣアレル又はアレルのサブタイプとの結合に限定されるだろう。
【００３７】
本発明のエピトープは好適な長さであればいずれの長さでもよい。クラスＩ分子結合ペプチドは、典型的には、約８〜１３のアミノ酸長であり、しばしば約９、１０、１１又は１２のアミノ酸長である。かかるペプチドは、Ｎ末端からの第二の位置及びＣ末端位等の一定の位置に保存されたアミノ酸を含む。また、当該ペプチドは、ペプチドとＨＬＡ分子との結合に悪影響を与える特定の位置では、アミノ酸を含まないことがある。例えば、当該ぺプチドは、しばしば、９アミノ酸長のペプチドの１、３、６及び／又は７の位置に、１０アミノ酸長のペプチドの１、３、４、５、７、８及び／又は９の位置にはアミノ酸を含まない。更に、ＨＬＡ結合ペプチドを選択する基準として利用できるペプチド配列内の位置は、本明細書で定義されている。当該定義された位置は、本明細書では結合「モチーフ」と言うことがある。
【００３８】
異なったＭＨＣアレルに特異的なモチーフの定義により、アミノ酸配列が周知の抗原性蛋白質由来の潜在的ペプチドエピトープを同定することができる。典型的には、潜在的ペプチドエピトープの同定は、まず、コンピュータを使って、モチーフの存在に対する所望の抗原のアミノ酸配列をスキャンすることによって実施する。次いで、当該エピトープ配列を合成する。
【００３９】
一般的に、クラスＩペプチド結合モチーフは、通常、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に第一の保存された残基を、Ｃ末端位（しばしば９又は１０）に第二の保存された残基を含む。特例として、ＨＬＡ Ａ＊０２０１クラスＩペプチド結合モチーフは、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に、Ｉ、Ｖ、Ａ及びＴからなる群より選ばれる第一の保存された残基を、Ｃ末端位に、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ａ及びＭからなる群より選ばれる第二の保存された残基を含む。あるいは、当該ペプチドは、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に、Ｉ、Ｍ、Ｉ、Ｖ、Ａ及びＴからなる群より選ばれる第一の保存された残基を、Ｃ末端位に、Ａ及びＭからなる群より選ばれる第二の保存された残基を有してもよい。当該ペプチドが１０残基を有する場合には、Ｎ末端（Ｎ末端残基は位置１である）から２番目の位置に、Ｌ、Ｍ、Ｉ、Ｖ、Ａ及びＴからなる群より選ばれる第一の保存された残基を、Ｃ末端位に、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ａ及びＭからなる群より選ばれる第二の保存された残基を含み、第一の保存された残基及び第二の保存された残基は７残基離れている。
【００４０】
ＨＴＬ誘導ペプチドの一つの態様は、約５０残基長未満であり、一般的には約６〜約３０残基、より一般的には約１２〜２５残基、しばしば例えば１５、１６、１７、１８、１９又は２０のような約１５〜２０残基からなる。ＣＴＬ誘導ペプチドの一つの態様は、１３残基長以下であり、一般的には約８、９、１０又は１１残基、好ましくは９又は１０残基である。一つの態様では、ＨＬＡ−ＤＲ３ ａ結合は、位置１のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｆ又はＹ残基、及び位置４のＤ又はＥ残基を特徴とする。別の態様では、ＨＬＡ−ＤＲ３ ｂ結合は、位置１のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｙ又はＡ残基、及び位置６のＫ、Ｒ又はＨ残基を特徴とする。別の態様では、ＤＲスーパータイプ結合モチーフの鍵アンカー残基は、位置１のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｗ又はＹ残基、及び位置６のＬ、Ｉ、Ｖ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｐ、Ｃ又はＡ残基である。表５を参照されたい。
【００４１】
【表５】
【００４２】
更に、別の態様では、ネズミのＤｂ結合は、位置５のＮ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｖ又はＭ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＫｂ結合は、位置５のＹ又はＦ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｖ又はＭ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＫｄ結合は、位置２のＹ又はＦ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｖ又はＭ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＫｋ結合は、位置２のＥ又はＤ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、Ｆ、Ｗ、Ｙ又はＡ残基を特徴とする。更に別の態様では、ネズミのＬｄ結合は、位置２のＰ残基、及びＣ末端位のＬ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、Ｆ、Ｗ又はＹ残基を特徴とする。表６を参照されたい。
【００４３】
【表６】
【００４４】
本発明のペプチドは、任意の好適な方法によって同定できる。例えば、ペプチドは、懸案の米国特許出願公開第09/894,018号明細書に記載の発明のアルゴリズムを用いて一般的に同定できる。当該アルゴリズムは、免疫原性ペプチドの選択を可能にする、評点を作る数学的手法である。典型的には、結合閾値を有するアルゴリズムの評点を使用して、一定の親和性で結合する高い可能性を有しその後免疫原性になるペプチドを選択することができる。当該アルゴリズムは、ペプチドの特定の位置の特定のアミノ酸のＭＨＣへの結合に与える効果、又はペプチドを含むモチーフの特定の置換のＭＨＣへの結合に与える効果のいずれかに基く。
【００４５】
分子結合試験や捕獲試験では、ペプチド配列を特徴付けることができ、ペプチド配列は種々の技術を用いて同定することができる。モチーフポジティブ配列は、Epimmune社で作られた特別注文のアプリケーションを用いて同定できる。配列は、マトリックス系アルゴリズムを用いても同定することができ、予測５０％阻害濃度（ＰＩＣ）値を生じる「パワー」モデルと組み合わせて使用する。後者の方法は、Epimmune社のHTML系エピトープ情報システム（ＥＩＳ）データベース上で操作する。記載の方法はすべて、結合試験を用いるＩＣ５０測定のためのペプチド配列選択において、実行可能な選択肢である。
【００４６】
本発明のペプチドの同定に有用な別の手段は、通常、Falk et al., Nature 351: 290 (1991)に開示された方法である。すなわち、当該方法は、好適な細胞又は細胞株から、典型的には、免疫沈降法又はアフィニティクロマトグラフィーによるＭＨＣクラスＩ分子の大規模な単離を含む。当業者に同様によく知られた所望のＭＨＣ分子の他の単離方法の例は、イオン交換クロマトグラフィー、レクチンクロマトグラフィー、サイズ排除法、高速液体クロマトグラフィー及び上記技術のいくつか又は全ての組み合わせを含む。
【００４７】
例えば、ＭＨＣクラスＩ分子に結合したペプチドの単離は、終夜、３７℃から２６℃に培地温度を下げて、β２マイクログロブリンを不安定化し、穏やかな酸処理を用いて細胞から内生ペプチドを剥ぎ取ることを含む。当該方法は、前もって結合されたペプチドを細胞外環境に放出し、新規な外因性ペプチドを空のクラスＩ分子に結合させることができる。低温インキュベーション法は、内生ペプチドをＭＨＣ複合体に効率的に結合させることができるが、細胞の代謝速度を遅くできる２６℃で、終夜インキュベーションをする必要がある。ＭＨＣ分子を活発に合成しない細胞（例えば休止期のＰＢＭＣ）は、当該低温手段によって、高含量の空の表面ＭＨＣ分子を産生しない可能性もある。
【００４８】
免疫沈降法は、所望のアレルを単離するためにも使用できる。使用する抗体の特異性によって、多数のプロトコールが使用できる。例えば、アレル特異的ｍＡｂ試薬は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ分子のアフィニティー精製のために使用できる。ＨＬＡ−Ａ分子の単離のための種々のｍＡｂ試薬が入手できる（表５）。モノクローナル抗体ＢＢ７．２はＨＬＡ−Ａ２分子の単離に好適である。従って、標的ＨＬＡ−Ａアレルの各々について、ＨＬＡ−Ａ分子の直接単離のために使用できる試薬が入手可能である。標準的方法により当該ｍＡｂｓで調製したアフィニティカラムは、各ＨＬＡ−Ａアレル産物を精製するために首尾よく使用できる。
【００４９】
アレ特異的ｍＡｂｓに加えて、Ｗ６/３２及びＢ９．１２．１等の広域反応性抗ＨＬＡ−Ａ、Ｂ、Ｃ ｍＡｂｓ及び１種の抗ＨＬＡ−Ｂ、ＣｍＡｂ、Ｂ１．２３．２は、本明細書に記載の特許及び特許出願に記載された代わりのアフィニティー精製プロトコールで使用できる。
【００５０】
【表７】
【００５１】
単離ＭＨＣ分子のペプチド結合溝に結合されたペプチドは、典型的には、酸処理を用いて溶出できる。当該ペプチドは、例えば熱、ｐＨ、界面活性剤、塩、カオトロピック剤、あるいは酸処理及び／又は更なる変性手段の組み合わせなどの種々の標準的変性手段によって、ＭＨＣ分子から解離することもできる。
【００５２】
ペプチド分画は、逆相高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によって、ＭＨＣ分子から更に分離でき、アミノ酸配列を決定できる。ペプチドは、濾過、限外濾過、電気泳動、サイズクロマトグラフィー、特定の抗体を用いる沈降法、イオン交換クロマトグラフィー、等電点電気泳動法など、当業者によく知られた種々の他の手段によって分離できる。
【００５３】
単離ペプチドのアミノ酸配列決定は、エドマン分解（Hunkapiller, M. W., et al., Methods Enzymol. 91, 399 (1983)）等の標準的技術に従って実施できる。アミノ酸配列決定のための他の好適な方法は、先述したように（Hunt, et al., Science 225: 1261 (1992)）、各ペプチドの質量分析配列決定法を含む。異なったＭＨＣ分子由来の大量の異質ペプチド（例えばプールしたＨＰＬＣ分画）のアミノ酸配列決定法は、典型的に、各ＭＨＣアレルに特徴的な配列モチーフを明らかにする。確定したＭＨＣ分子、特にＭＨＣクラスＩ分子を有する多数の細胞が知られ、実際に入手可能である。例えば、ヒトＥＢＶ形質転換Ｂ細胞株は、ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩ分子の単離のための優れた起源であることが判明している。非常に特徴的な細胞株は、American Type Culture Collection (“Catalogue of Cell Lines and Hybridomas”, 6th edition (1988) Manassas, Virginia, U.S.A.);National Institute of General Medical Sciences 1990/1991 Catalogue of Cell Lines (NIGMS) Human Genetic Mutant Cell Repository, Camden, NJ; and ASHI Repository, Brigham and Woman’s Hospital, 75 Francis Street, Boston, MA 02115等の私的な商業源から入手できる。表５は、ＨＬＡアレルの起源としての使用に適した数種のＢ細胞株を記載する。当該細胞株はすべて、大量に生育することができるため、ＭＨＣ分子の大規模生産に有用である。当業者であれば、当該細胞株が単なる細胞株の例示に過ぎず、他の多くの細胞起源が使用できることが理解できよう。本明細書に開示されたクラスＩＩ及びネズミペプチドを測定するために用いる特定の細胞株及び抗体は、表８及び９に記載されている。
【００５４】
【表８】
【００５５】
【表９】
【００５６】
本発明のペプチドは、合成的に、あるいは組換えＤＮＡ技術によって又は全ウイルス又は癌等の天然起源から調製できる。当該ペプチドは、他の天然起源の宿主細胞蛋白質及びその断片が実質的に存在しないことが好ましいが、ある態様では、当該ペプチドは、天然蛋白質断片又は粒子に合成的に又は自然に結合している。本発明のペプチドは、幅広い方法で調製できる。その比較的短いサイズのため、当該ペプチドは、一般的な技術に従って溶液中又は固相上で合成できる。種々の自動合成機は市販されており、公知のプロトコールに従って使用できる。例えば、Stewart and Young, 「固相ペプチド合成」, 2d. ed., Pierce Chemical Co. (1984), ラテン語を参照されたい。
【００５７】
Ｂ．ＭＨＣ結合試験
ＭＨＣ分子の結合能は、種々の異なった方法で測定できる。一つの方法は、上記の関連出願に記載のＭＨＣ結合試験である。文献に記載の他の方法は、抗原提示阻害を含む（Settle, et al., J. Immunol. 141: 3893 (1991), in vitro アセンブリ試験 (Townsend, et al., Cell 62: 285 (1990), 及びRMA.S等の変異細胞を使用するFACS系試験 (Melief, et al., Eur. J. Immunol. 21: 2963 (1991)）を含む。
【００５８】
捕獲試験：上記のＨＰＬＣ系分子結合試験とは異なり、ハイスループット・スクリーニング（「ＨＴＳ」）捕獲試験は、結合放射活性マーカーを非結合放射活性マーカーから分離するためのサイズ排除シリカカラムを使用しない。あるいは、乳白色の９６ウェルOptiplate（Packard）のウェルを３μｇ（１００μｌ＠３０μｇ/ｍｌ）のＨＬＡ特異的抗体（Ａｂ）で被覆し、分子結合試験プレートから、放射性同位体で標識したＭＨＣ及び非標識ペプチドの「捕獲」複合体を１００μｌの０．０５％ＮＰ４０/ＰＢＳで移す。３時間インキュベーション後、上清をろ過し、シンチレーション液（Microscint 20）を加える。捕獲複合体は、マイクロプレート・シンチレーション及び発光カウンター（TopCountNXTTM; Packard）で測定する。
【００５９】
結合測定の別の試験は、例えばＰＣＴ出願の国際公開第９４／２０１２７号パンフレット及び同９４／０３２０５号パンフレットに詳細に記載されている。結合データの結果は、ＩＣ５０値で表されることが多い。ＩＣ５０は、対照ペプチドの結合を５０％阻害する、結合試験でのペプチド濃度である。試験を行う条件が与えられていると（例えば、ＭＨＣ蛋白質及び標識ペプチドの濃度の制限など）、当該値はＫＤ値に近似する。試験条件が使用する特定の試薬によって変化するならば（例えばＭＨＣ調製など）、ＩＣ５０値は劇的に変化することがある。例えば、ＭＨＣ分子の過剰濃度は、特定のリガンドの見かけ測定ＩＣ５０値を増加させるだろう。あるいは、結合は対象ペプチドに関連して表すことができる。特定の試験の感度が上がる又は下がると、試験したペプチドのＩＣ５０値は若干変化するが、対照ペプチドに比較した結合は著しく変化しないだろう。例えば、対照ペプチドのＩＣ５０が１０倍に増加するような条件下で行われる試験では、試験ペプチドのＩＣ５０値も約１０倍に増加するだろう。そのため、あいまいさを避けるため、あるペプチドが完全な結合体であるか、中等度の結合体であるか、弱い結合体であるか、あるいは非結合性の結合体であるかの評価は、一般的に、標準的ペプチドのＩＣ５０に対する当該ペプチドのＩＣ５０に基く。
【００６０】
結合は、生細胞（例えば、Ceppellini et al., Nature 339: 392. 1989; Christnick et al., Nature 352: 67, 1991; Busch et al., Int. Immunol. 2: 443, 1990; Hill et al., J. Immunol. 147: 189, 1991; del Guercio et al., J. Immunol. 154: 685, 1995）、界面活性剤溶解物を用いる無細胞系（例えば、Cerundolo et al., J. Immunol. 21: 2069, 1991）、固定化精製ＭＨＣ（例えば、Hill et al., , 152, 2890, 1994; Marshall et al., J. Immunol. 152: 4946, 1994）、ＥＬＩＳＡシステム（例えば、Reay et al., EMBO J. 11: 2829, 1992）、表面プラスモン共鳴法（例えば、Khilko et al., J. Biol. Chem. 268: 15425, 1993）、高フラックス溶解相試験法（例えば、Hammer et al., J. Exp. Med. 180: 2353, 1994）、及びＭＨＣクラスＩの安定化又はアセンブリの測定（例えば、Ljunggren et al., Nature 346: 476, 1990; Schumacher et al., Cell 62: 563, 1990; Townsend et al., Cell 62: 285, 1990; Parker et al., J. Immunol. 149: 1896, 1992）の使用を含む他の試験システムを用いて測定してもよい。
【００６１】
ＨＬＡクラスＩ分子に関する高親和性は、５０ｎＭ以下のＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義され；ＨＬＡクラスＩ分子に関する中等親和性は、約５０〜約５００ｎＭのＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義される。ＨＬＡクラスＩＩ分子の結合に関する高親和性は、１００ｎＭ以下のＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義され；ＨＬＡクラスＩＩ分子の結合に関する中等親和性は、約１００〜約１０００ｎＭのＩＣ５０値又はＫＤ値を有する結合と定義される。当該値は、上で引用した関連特許及び出願で前もって定義されているとおりである。
【００６２】
Ｃ．ペプチド組成物
本発明のポリペプチド又はペプチドは、いずれの長さでもよく、中性（非電荷）でもあるいは塩の形態でもよく、グリコシル化、側鎖の酸化等の修飾がなくてもあるいはホスホリル化又は当該修飾の１以上を含んでもよいが、当該修飾は、本明細書に記載のポリペプチドの生物活性を破壊しない条件に供するものである。
【００６３】
当該ペプチドは、できるだけ小さく、その上、なお大きなペプチドの生物活性の全てを実質的に維持していることが好ましい。一つの態様では、本発明のペプチドを、細胞表面上のＭＨＣクラス分子に結合された内生的に処理されたウイルス性ペプチド又は癌細胞ペプチドと大きさの点で釣り合いのとれた、９又は１０のアミノ酸残基の長さに最適化することが望ましい。別の態様では、本発明のペプチドを、細胞表面上のＭＨＣクラス分子に結合されたペプチドと釣り合いのとれた、約１５〜２０のアミノ酸残基に最適化することが望ましい。
【００６４】
所望の活性を有するペプチドは、例えば改善された薬理特性等の特定の所望特性を付与するように、必要に応じて修飾され、同時に、所望のＭＨＣ分子に結合し、好適なＴ細胞を活性化するように、非修飾ペプチドの生物活性の全てが増加され又は少なくとも実質的に維持される。例えば、当該ペプチドは、保存的又は非保存的のいずれかの置換等の種々の変化に供することができ、かかる変化は、改善ＭＨＣ結合等のペプチドの使用に一定の利点を与える。「保存的置換」は、アミノ酸残基を、生物学的に及び／又は化学的に類似した他の残基に例えば親水性残基を別の残基に、あるいは極性残基を別の残基に置き換えることを言う。当該置換は、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；及びＰｈｅ、Ｔｙｒ等の組み合わせを含む。一つのアミノ酸置換の効果は、Ｄ−アミノ酸を用いて精査してもよい。当該修飾は、例えば、Merrifield, Science 232: 341-347 (1986), Barany and Merrifield, 「ペプチド」, Gross and Meienhofer, eds, (N.Y., Academic Press), pp. 1-284 (1979); and Stewart and Young, 「固相ペプチド合成」, (Rockford, III., Pierce), 2d Ed. (1984)。
【００６５】
本発明のペプチドは、化合物のアミノ酸配列を伸張又は減少させること、例えばアミノ酸の付加又は削除等によっても修飾できる。本発明のペプチド又はアナローグは、特定の残基の順序又は組成物を変えることにより修飾することができるが、生物活性に必須の特定のアミノ酸残基、例えば重大な接触部位又は保存された残基が生物活性に逆効果を及ぼすことなく、通常変化することはできないことは容易に理解できる。重要でないアミノ酸は、Ｌ−α−アミノ酸又はそれらのＤ−異性体等の蛋白質中の天然由来のアミノ酸に限定される必要はないが、β−、γ−、δ−アミノ酸等の非天然アミノ酸、及びＬ−α−アミノ酸の多くの誘導体が含まれる。
【００６６】
典型的には、一つのアミノ酸置換を有する一連のペプチドは、結合に及ぼす帯電、疎水性等の効果を測定するために用いることができる。例えば、一連の正電荷アミノ酸（例えばＬｙｓ又はＡｒｇ）あるいは負電荷アミノ酸（例えばＧｌｕ）置換は、種々のＭＨＣ分子及びＴ細胞受容体について異種の感受性を呈するペプチドの長さに従って行う。更に、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ又は類似の残基等の小さく、比較的中性の部分を用いる多置換も使用できる。当該置換は、ホモ−オリゴマー又はヘテロ−オリゴマーでもよい。置換する又は付加する残基の数及び型は、必須の接触点間に必要な間隔と、求められている一定の機能特性（例えば疎水性対親水性）に依拠する。親ペプチドの親和性に比べてＭＨＣ分子又はＴ細胞受容体に対して増加した結合親和性は、かかる置換によって取得してもよい。いずれにしても、かかる置換は、例えば結合を阻む立体的及び電荷的な障害を避けるべく選ばれたアミノ酸残基又は他の分子断片を使用する必要がある。
【００６７】
置換、削除、挿入又はその任意の組み合わせは、最終ペプチドに到達するために組み合わせることができる。置換体は、ペプチドの少なくとも一つの残基が除去され、その位置に異なった残基が挿入されたものである。ペプチドの特性を最終的に修飾することが望ましい場合には、かかる置換は、一般的に、次の表１０に従って行う。
【００６８】
【表１０】
【００６９】
当該ペプチドは、ＭＨＣ結合ペプチド中に、２以上の等量線を含んでもよい。本明細書で定義する等量線とは、第一の配列の立体配置が第二の配列に特異的な結合部位に適合するために、第二の配列に置換され得る２以上の残基の配列である。特に当該語は、当業者によく知られたペプチド骨格の修飾を含む。当該修飾は、アミドの窒素原子、α−炭素原子、アミドカルボニルの修飾、アミド結合の完全な置換、伸張、削除又は骨格の架橋を含む。一般的には、Spatola, 「アミノ酸の化学及び生物化学、ペプチド及び蛋白質」, Vol. VII (Weinstein ed., 1983)を参照されたい。
【００７０】
種々の模倣アミノ酸又は非天然アミノ酸を有するペプチドの修飾は、in vivoのペプチドの安定性の増加に特に有用である。安定性は多数の方法で試験できる。例えば、ペプチダーゼやヒト血漿及び血清等の種々の生物的媒質が、安定性を試験するために使用されている。Verhoef et al., Eur. J. Drug Metab. Pharmacokin. 11: 291-302 (1986)参照されたい。本発明のペプチドの半減期は、通常、２５％ヒト血清（v/v）試験を用いて測定できる。プロトコールは、一般的に以下のとおりである。プールしたヒト血清（ＡＢ型、非加熱不活性化）は、使用前に遠心することにより脱脂される。次いで、当該血清をＲＰＭＩ組織培養培地で２５％に希釈し、ペプチド安定性を試験するために使用した。所定の時間間隔で、少量の反応溶液をとり、６％水溶性トリクロロ酢酸又はエタノールのいずれかに加える。不透明反応試料は１５分間（４℃で）冷却し、次いで、回転して、沈殿血清蛋白質をペレット成形した。次いで、ペプチドの存在は、安定性特異的クロマトグラフィーの条件を使用する逆相ＨＰＬＣによって測定する。
【００７１】
ＣＴＬ及び／又はＨＴＬ刺激活性を有する本発明のペプチド又はそのアナローグは、修飾して、改良血清半減期以外の所望の特性を付与してもよい。例えば、ペプチドのＣＴＬ活性を誘導する能力は、ＨＴＬ応答を誘導することができる少なくとも一つのエピトープを含む配列への結合によって増大できる。特に好ましい免疫原性ペプチド／Ｔヘルパー複合体は、スペーサー分子によって結合できる。当該スペーサーは、典型的には、実質的に生理的条件下で変化しない、アミノ酸又は模倣アミノ酸等の比較的小さな中性分子を含む。当該スペーサーは、典型的には、例えばＡｌａ、Ｇｌｙ、又は非極性アミノ酸もしくは中性の極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択できる。場合により、本スペーサーが同一の残基を含む必要がなく、ヘテロ−又はホモ−オリゴマーであってもよいことは理解できるだろう。スペーサーが存在する場合には、当該スペーサーは、一般的に少なくとも１又は２残基、より一般的には３〜６残基、例えば３、４、５又は６残基である。あるいは、ＣＴＬペプチドは、スペーサーなしでＨＴＬペプチドに結合することができる。免疫原性ペプチドは、ＣＴＬペプチドのアミノもしくはカルボキシ末端に、直接に又はスペーサーを介してＨＴＬペプチドに結合することができる。免疫原性ペプチド又はＨＴＬペプチドのいずれかのアミノ末端はアシル化することができる。具体的なＨＴＬペプチドは、破傷風トキソイド ８３０−８４３、インフルエンザ ３０７−３１９、マラリア・スポロゾイト ３８２−３９８及び３７８−３８９を含む。
【００７２】
更に、互いのペプチド結合の簡便さ、担体又はより大きなペプチドへの結合、ペプチドもしくはオリゴペプチドの物理的又は化学的性質の修飾などを提供すために、別のアミノ酸をペプチドの末端に付加することができる。チロシン、システイン、リジン、グルタミン酸又はアスパラギン酸等のアミノ酸は、ペプチド又はオリゴペプチドのＣ−もしくはＮ−末端に導入することができる。Ｃ−末端での修飾は、ペプチドの結合特性を変化させることがある。更に、ペプチド又はオリゴペプチド配列は、例えばアルカノイル（Ｃ１−Ｃ２０）もしくはチオグリコシルアセチル化等の末端−ＮＨ２−アシル化、例えばアンモニア、メチルアミン等の末端−カルボキシルアミデート化によって修飾されることにより、天然配列と区別することができる。ある例では、当該修飾は、担体又は他の分子に結合する部位を提供することができる。
【００７３】
あるいは、組換えＤＮＡ技術、すなわち注目する免疫原性ペプチドをコードするヌクレオチド配列を、発現ベクターに挿入し、好適な宿主細胞に形質転換又は導入し、発現のための好適な条件下で培養する、技術を使用してもよい。当該手段は、通常、Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (1982)に記載されているように、当該分野で一般的に知られている。従って、本発明の１以上のペプチド配列を含む融合蛋白質は、好適なＴ細胞エピトープを提供するために使用することができる。
【００７４】
本明細書で画されている長さのペプチドのコード配列は、好適な塩基を天然ペプチド配列をコードする塩基に単に置換することによって修飾しながら、例えばMatteucci et al., J. Am. Chem. Soc. 103: 3185 (1981)のホスホトリエステル法を用いる化学的手法によって合成することができる。次いで、当該コード配列は、好適なリンカーを付け、当該分野で一般的に入手可能な発現ベクター及び所望の融合蛋白質を産生する好適な宿主に形質転換するために使用されるベクターにライゲートすることができる。かかるベクター及び好適な宿主系の多くを現在では入手できる。融合蛋白質の発現のために、当該コード配列は、実施可能な結合開始コドンや停止コドン、プロモーターや終了領域、及び一般的には、所望の細胞性宿主中での発現のための発現ベクターを提供する複製系と共に与えられる。例えば、バクテリアの宿主と適合するプロモーター配列は、所望のコード配列の挿入のための簡易な制限酵素部位を含むプラスミド中に提供することができる。得られた発現ベクターは、好適なバクテリア宿主に形質転換することができる。勿論、当該分野で周知の好適なベクター及び制御配列を用いて、酵母又は哺乳動物細胞の宿主を使用してもよい。
【００７５】
本発明のペプチド組成物は、ＭＨＣ標的配列に実施可能に結合されたＭＨＣエピトープをコードすることができる。ＭＨＣ標的配列の使用は、ペプチドエピトープをＭＨＣ分子アセンブリ部位に導き、細胞表面に運ぶことによって、抗原そのものをデリバリーするよりも、抗原に対する免疫応答を増大させることができ、そのため、Ｔ細胞への結合及び活性化に利用できる、多数のＭＨＣ分子ペプチドエピトープ複合体を提供することができる。例えば細胞質ゾル経路又は小胞体にＭＨＣクラスＩエピトープペプチドをターゲットする配列などのＭＨＣクラスＩ標的配列は、本発明で使用することができる（例えばRammensee et al., Immunogenetics 41: 178-228 (1995)を参照されたい）。かかるＭＨＣクラスＩ標的配列は当該分野で周知であり、例えばＩｇ、組織プラスミノーゲン又はインシュリン等のシグナル配列を含む。例えばBonnerot et al., Immunity 3: 335-347 (1995)を参照されたい。好ましいシグナルペプチドは、ヒトＩｇκ鎖配列である。
【００７６】
小胞体シグナル配列は、ＭＨＣクラスＩＩエピトープを小胞体、ＭＨＣクラスＩ分子アセンブリ部位を標的とするために使用することもできる。例えば細胞質ゾル経路に対するペプチドを標的とする配列等のＭＨＣクラスＩＩ標的配列も、本発明で使用することができる。当該標的配列は、典型的に、細胞外抗原を細胞質ゾル経路に入るように指令され、当該抗原がＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するための抗原ペプチドに蛋白質分解的に開裂されるリソソーム区画に、当該抗原が運ばれることになる。例えば、ＭＨＣクラスＩＩ標的配列群は、ポリペプチドをリソソームに局在化するリソソーム標的配列である。リソソーム標的配列は、当該分野で周知であり、米国特許第５，６３３，２３４号明細書及びCopier et al., J. Immunol. 157: 1017-1027 (1996)に記載されている具体的な配列を含む。
【００７７】
機能の実質的な置換は（例えばＭＨＣ分子又はＴ細胞受容体の親和性）は、表１０に記載の置換よりも保存性が低い置換を選択することによって可能となる。例えば、（ａ）例えばシート構造又は螺旋構造等の、置換領域におけるペプチド骨格の構造、（ｂ）標的部位での分子の電荷又は疎水性、あるいは（ｃ）側鎖の嵩、の維持に与える置換効果が著しく相違する残基を選択することである。ペプチドの特性に最も大きな変化を生じると一般的に予測される置換は、（ａ）セリル等の親水性残基を、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル又はアラニル等の疎水性残基に（又はによって）置換し；（ｂ）リジル、アルギニル、又はヒスチジル等の陽極側鎖を有する残基を、グルタミル又はアスパルチル等の陰極残基に（又はによって）置換し；あるいは、（ｃ）フェニルアラニン等の嵩高い側鎖を有する残基を、グリシン等の側鎖を有さない残基に（又はによって）置換、である。
【００７８】
潜在的な標的蛋白質のいくつかのエピトープは、同定することができる。好適な抗原の例は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭ）、Ｂ型肝炎ウイルスコア抗原及び表面抗原（ＨＢＶｃ、ＨＢＶｓ）、Ｃ型肝炎抗原、悪性黒色腫抗原（ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−２、ＭＡＧＥ−３）、ＥＢウイルス、ヒト免疫不全１型（ＨＩＶ−１）、ヒト免疫不全２型（ＨＩＶ−２）、乳頭腫ウイルス、ラッサ熱ウイルス、マイコバクテリウム・チューバキュロウセス（ＭＴ）抗原、ｐ５３及びネズミｐ５３（ｍｐ５３）抗原、ＣＥＡ、ＨＥＲ２/ｎｅｕ、並びにチロシンキナーゼ関連蛋白質ファミリー（ＴＫＰ）のメンバーを含む。そのため、当該蛋白質は、in vivo及びex vivoでの治療的及び診断的応用のための医薬組成物に有用である。
【００７９】
Ｄ．in vitro及びin vivoのペプチド免疫原性
当該抗原由来のエピトープを含むペプチドは、合成することができ、次いで、例えば精製ＭＨＣ分子及び放射性ヨウ素化ペプチド及び／又は空のＭＨＣ分子を発現する細胞を使用するアッセイにおいて、例えば免疫蛍光染色法及びフロー・微蛍光測定法、ペプチド依存的クラスＩアセンブリ試験並びにペプチド組成物によるＣＴＬ又はＨＴＬの認識の阻害により、好適なＭＨＣ分子に結合するその能力を試験することができる。ＭＨＣ分子に結合する当該ペプチドは、更に、感染又は免疫された個体由来のＣＴＬｓ及び／又はＨＴＬｓの標的として役立つ能力、並びに可能な治療剤として、ウイルスによって感染した標的細胞又は癌細胞を反応させることができるＣＴＬ及び／又はＨＴＬ群を産生することができるin vitro又はin vivoでの一次Ｔ細胞応答を誘導する能力を評価することができる。
【００８０】
突然変異体細胞株は、ヒトＭＨＣアレルごとに存在しないので、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば穏やかな酸処理）の表面から内生的ＭＨＣ関連ペプチドを除去し、次いで得られた空のＭＨＣ分子を注目する免疫原性ペプチドを取り込むために、種々の技術を使用することが有利である。抗原提示細胞は、抹消血単核細胞又は樹状細胞等の標準的な細胞でよい（Inaba, et al., J. Exp. Med. 166: 182 (1987);Boog, Eur. J. Immunol. 18:219 (1988)）。Ex vivoＣＴＬ及び／又はＨＴＬ治療の開発に向けたＴ細胞誘導プロトコールの設計には、ＡＰＣ起源として、非形質転換（非発癌性）細胞、非感染細胞、好ましくは患者の自系細胞を使用することが望ましい。
【００８１】
あるいは、マウス細胞株ＲＭＡ−Ｓ（Karre, et al., Nature, 319: 675 (1986); Ljunggren, et al., Eur. J. Immunol. 21: 2963-2970 (1992)）及びヒトＴ体細胞ハイブリッド、Ｔ−２（Cerundo. et al., Nature 345-449-452 (1990)）等の内生的ペプチドでクラスＩ分子を取り込む能力に欠けた突然変異哺乳動物細胞株であって、好適なヒトクラスＩ遺伝子が導入された当該細胞株は、ペプチドをそこに添加する場合には、in vitroで一次ＣＴＬ応答を誘導するペプチドの能力を試験するために簡便に使用することができる。蚊の幼虫（例えば、ＡＴＣＣ細胞株ＣＣＬ １２５、１２６、１６６０、１５９１、６５８５、６５８６）、カイコ（例えば、ＡＴＴＣ ＣＲＬ ８８５１）、アルニカ（例えば、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １７１１）、蛾（例えば、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ８０）及びショウジョウバエ細胞株（例えば、Schneider細胞株（Schneider, J. Embryol. Exp. Morphol., 27: 353-365 (1927)を参照されたい））等の種々の昆虫細胞株を含む他の真核細胞株も使用することができる。
【００８２】
ＣＴＬ又はＨＴＬの特異性及びＭＨＣ限界は、好適な又は不適切なＭＨＣ分子を発現する異なったペプチド標的細胞に対する試験によって測定することができる。ＭＨＣ結合試験で陽性を示し、特定のＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答を生じるペプチドは、本明細書では免疫原性ペプチドと言う。
【００８３】
免疫原及び通常のリコール抗原に対するＣＴＬ及びＨＴＬ応答の解析法は、一般的に利用することができ、当該分野で知られている。使用する試験は、クロミウム遊離、リンホカイン分泌及びリンパ増殖試験を含む。当該測定で有用な試験は、Current Protocols in Immunology, J. E. Coligan, et al., eds., John Wiley & Sons Press (2000), Chapters 3, 4, 6, and 7に記載されている。
【００８４】
一つの態様では、好適な抗原提示細胞は、無血清培地で、好適な培養条件下で４時間、１０〜１００μＭのペプチドと共にインキュベートする。次いで、当該ペプチド取り込み抗原提示細胞は、最適培養条件下、in vitroで７〜１０日間、応答(responder)細胞群と共にインキュベートする。ＭＨＣクラスＩ提供ペプチドをスクリーニングする場合には、陽性ＣＴＬ活性化は、放射性標識標的細胞、特定のペプチドパルス標的、及び当該ペプチドが由来する関連ウイルス又は癌抗原の内生的形態を発現する標的細胞を殺すＣＴＬｓの存在を、培養物を試験することによって測定することができる。ＭＨＣクラスＩＩ提供ペプチドをスクリーニングする場合には、陽性ＨＴＬ活性化は、サイトカイン産生又は増殖を、培養物を試験することによって測定することができる。
【００８５】
一つの態様では、活性化される細胞、例えば前駆体ＣＤ８陽性細胞での促進細胞のインキュベーションの前に、抗原性ペプチドを、促進細胞表面上に発現する予定のヒトクラスＩ分子上に取り込むために十分な量で促進細胞培養液に添加する。本発明で、ペプチドの十分な量とは、約２００、好ましくは２００以上のヒトクラスＩＭＨＣ分子を、各促進細胞表面上に発現する予定のペプチドを取り込むことができる量である。好ましくは、当該促進細胞は２０μｇ/ｍｌを越えるペプチドでインキュベートすることができる。
【００８６】
次いで、静止又は前駆ＣＤ８陽性細胞は、ＣＤ８陽性細胞を活性化するために十分な時間、培地中で、好適な促進細胞と共にインキュベートする。好ましくは、ＣＤ８陽性細胞は抗原特異的な方法で活性化する。静止又は前駆ＣＤ８陽性エフェクタ細胞の刺激細胞に対する割合は、個体によって相違し、培養条件及び疾患症状の性質や重大さ又は記載した範囲内の治療系が使用される他の条件に個体のリンパ球を順応させるなどの変動に、更に依拠する。しかしながら、好ましくは、リンパ球：刺激細胞の割合は、約３０：１〜３００：１の範囲である。エフェクタ／刺激細胞の培養は、ＣＤ８陽性細胞の治療上使用可能又は有効な数を刺激するために必要な時間、維持することができる。
【００８７】
本発明のペプチドは、ＨＬＡ形質転換マウスを用いるin vivo免疫原性のために同定し、試験することができる。エピトープ同定の目的のためのＨＬＡ形質転換マウスの有用性（Settle et al., J Immunol, 153: 5586-92 (1994); Wentworth et al., Int Immunol, 8: 651-9 (1996); Engelhard et al., J Immunol, 146: 1226-32 (1991); Man et al., Int Immunol, 7: 597-605 (1995); Shirai et al., J Immunol, 154: 2733-42 (1995)及びワクチン開発(Ishioka et al., J Immunol,162: 3915-25 (1999))は、確立されている。公表論文のほとんどは、ＨＬＡ Ａ２．１/Ｋｂマウスの使用を研究したものであるが、Ｂ＊２７及びＢ＊３５０１マウスも利用できることに注目するべきである。
【００８８】
更に、ＨＬＡ Ａ＊１１/Ｋｂマウス（Alexander et al., J. Immunol., 159: 4753-61 (1997)及びＨＬＡ Ｂ７/ＫｂやＨＬＡ Ａ１/Ｋｂマウスも作製されている。３８種の可能なエピトープからのデータを解析し、Ａ２．１/Ｋｂ形質転換マウス及びＡ２．１+ヒトのＡ２．１制限ＣＴＬレパートリー間の重複レベルを決定する（Wentworth et al., Eur J Immunol, 26: 97-101 (1996)）。ヒト及びマウスでは、約５００ｎＭのＭＨＣペプチド結合親和性閾値は、in vivoでＣＴＬ応答を誘導するペプチド能力と関連がある。In vivoのヒトのデータとin vivoのマウスのデータとの高レベルの一致は、高結合ペプチドの８５％、中等結合体の５８％、そして低／負の結合体の８３％について観察できた。同様な結果は、ＨＬＡ Ａ１１及びＨＬＡ Ｂ７形質転換マウスでも観察できた（Alexander et al., J Immunol, Vol. 159 (10): 4753-61 (1997)）。従って、ＨＬＡ形質転換マウス及びヒトＣＴＬｓのＴ細胞受容体レパートリー間に存在する広範囲の重複のため、形質転換マウスは、本明細書に記載の多エピトープ・コンストラクトの免疫原性を評価するために有益である。ＭＨＣクラスＩＩアレルに結合するペプチドは、ＨＬＡ−ＤＲ形質転換マウスを用いて試験することができる（例えば、Taneja V., David C. S., Immunol Rev, 169: 67-79 (1999)を参照されたい）。
【００８９】
ＥＬＩＳＰＯＴ試験、細胞内サイトカイン染色及び四量体染色等のより感度の高い技術は、リンパ球抗原応答性を測定するために当該分野で利用可能になっている。古典的方法は、in vitroで増殖するＴ細胞の一部のみを測定し、事実、メモリーＴ細胞区画の１分画のみを代表するにすぎないので（Ogg G.S., McMichael A. J., Curr Opin Immunol, 10: 393-6 (1998)）、かかる新しい方法は、一般的なＣＴＬ及びＨＴＬ試験よりも１０〜１００倍の感度を有する（Murali-Krishna et al., Immunity, 8: 177-87 (1998)）と推定できる。特にＨＩＶの場合には、当該技方法、以前の方法では検出不可能であった患者由来の抗原特異的ＣＴＬ応答を測定するために使用することができる（Ogg et al., Science, 279: 2013-6 (1988); Gray et al., J Immunol, 162: 1780-8 (1999); Ogg et al., J Virol, 73: 9153-60 (1999); Kalams et al., J Virol, 73: 6721-8 (1999); Larsson et al., AIDS, 13: 767-77 (1999); Corne et al., J Acquir Immune Defic Syndr Hum Retrovirol, 20: 442-7 (1999)）。
【００９０】
本発明のペプチド、その医薬組成物及びワクチン組成物は、哺乳動物、特にヒトに投与して、ウイルス感染及び癌を治療及び／又は予防するのに有用である。本発明の免疫原性ペプチドを用いて治療することができる疾患の例は、前立腺癌、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ＡＩＤＳ、腎癌、頚癌、リンパ腫、ＣＭＶ及び尖圭コンジロームを含む。保護（又は予防）ワクチンは、病原体又は癌への将来的暴露に対して保護するものを含む。治療ワクチンは、病原体もしくは悪性腫瘍によって又はそれらに関連するものによって誘導される症候又は疾患症状を改善し、緩和しあるいは除去するものを含む。
【００９１】
保護ワクチンの効力が、長期間続くメモリー応答の誘導と主に関連する状況下では、休眠性試験は、ワクチン誘導免疫的応答をモニターするための最も好適で感度のよい方法である。反対に、治療ワクチンの場合には、活性の主な免疫的相関は、一次試験によって最も適切に測定されるエフェクタＴ細胞機能を誘導する。従って、感度の高い試験を使用すると、ワクチン効力の免疫的モニタリングのための最も好適な試験計画が可能になる。
【００９２】
ある態様では、本発明の医薬組成物中には、ＣＴＬを亢進する少なくとも一つの成分を含むことが望ましい。脂質は、ウイルス抗原に対してin vivoでＣＴＬを亢進することができる試薬として特定されている。次いで、脂質化されたポリヌクレオチドは、ミセル形態で直接注射することができ、リポソーム中にとりこまれるか、あるいは例えば不完全フロイントアジュバント等のアジュバント中に乳化される。
【００９３】
医薬組成物に関し、本発明の免疫原性ペプチドは、既に癌を患っている又は注目するウイルスに感染された個体に投与することができる。培養相又は急性の感染相にある個体は、別々にあるいは必要に応じて他の治療と併せて、免疫原性ペプチドで治療することができる。治療上の適用では、組成物は、ウイルスもしくは癌抗原に対して効率的なＣＴＬ及び／又はＨＴＬ応答を呈し、症状及び／又は病訴を治療あるいは少なくとも部分的に抑えるに十分な量で、患者に投与することができる。このようなことを成し遂げるに十分な量は、「治療上有効量」と定義される。当該使用のための有効量は、例えばペプチド組成物、投与方法、治療される疾患の段階及び重大さ、患者の体重及び一般的健康状態、並びに処方する医師の判断に依拠するだろうが、一般的には、７０ｋｇの患者に対して約１．０μｇ〜約５０００μｇのペプチド（例えば、１．０μｇ、１．５μｇ、２．０μｇ、２．５μｇ、３．０μｇ、３．５μｇ、４．０μｇ、４．５μｇ、５．０μｇ、７．５μｇ、１０μｇ、１２．５μｇ、１５μｇ、１７．５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、７５μｇ、１００μｇ、２５０μｇ、５００μｇ、７５０μｇ、１０００μｇ、１５００μｇ、２０００μｇ、２５００μｇ、３０００μｇ、３５００μｇ、４０００μｇ、４５００μｇ又は５０００μｇ）の初期免疫（治療的又は予防的投与のためのものである）の範囲を定め、次いで、患者の血液中の特定のＴ細胞活性を測定することによる患者の応答及び症状に基いた、数週間から数ヶ月の後押し投与計画に従って、約１．０μｇ〜約１０００μｇのペプチド（例えば、１．０μｇ、２．０μｇ、２．５μｇ、３．０μｇ、３．５μｇ、４．０μｇ、４．５μｇ、５．０μｇ、７．５μｇ、１０μｇ、１２．５μｇ、１５μｇ、１７．５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、７５μｇ、１００μｇ、２５０μｇ、５００μｇ、７５０μｇ、１０００μｇ、１５００μｇ、２０００μｇ、２５００μｇ、３０００μｇ、３５００μｇ、４０００μｇ、４５００μｇ又は５０００μｇ）の後押し投薬を行う。
【００９４】
本発明のペプチド及び組成物は、一般的に、深刻な疾患症状、すなわち命にかかわる状態又は命にかかわる可能性がある状態に用いることができることを記憶に止めておく必要がある。当該ケースでは、異物の最小化及び比較的非毒性のペプチドの観点で、当該ペプチド組成物の実質的過剰量を投与することは可能であり、当該ペプチド組成物の実質的過剰量を投与することが治療する医師によって切に望まれている。
【００９５】
ペプチド組成物は、慢性感染症の治療に、及び免疫系を刺激して、担体中のウイルス感染細胞を除去するためにも使用することができる。好適な応答を効率的に刺激するに十分な調合法及び投与方法で、ある免疫増強ペプチド量を提供することは重要である。従って、慢性感染症の治療においては、代表的な用量は、７０ｋｇの患者について、約１．０μｇ〜約５０００μｇ、好ましくは約５μｇ〜１０００μｇ（例えば、５．０μｇ、７．５μｇ、１０μｇ、１２．５μｇ、１５μｇ、１７．５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、７５μｇ、１００μｇ、２５０μｇ、３００μｇ、３５０μｇ、４００μｇ、４５０μｇ、５００μｇ、５５０μｇ、６００μｇ、６５０μｇ、７００μｇ、７５０μｇ、８００μｇ、９００μｇ、９５０μｇ又は１０００μｇ）／用量の範囲にある。
【００９６】
免疫用量、それに続く、決められた間隔、例えば１〜４週間での後押し用量は、おそらく、個体を効率的に免疫するのに十分な長時間が必要である。慢性感染症の場合には、少なくとも臨床症状あるいは臨床検査が、ウイルス感染が消失し又は実質的に弱まったことを示すまでは、投与は継続するべきであり、従って長期間継続するべきである。
【００９７】
治療のための医薬組成物は、非経口、局所、経口又は局部投与を意図している。好ましくは、医薬組成物は、例えば静脈内、皮下、皮内、筋肉内等の非経口的に投与する。従って、本発明は、許容される担体、好ましくは水溶性担体に溶解又は懸濁された免疫原性ペプチドの溶液を含む非経口投与のための組成物を提供する。水、緩衝液、０．８％生理食塩水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸等の種々の水溶性担体を使用することができる。当該組成物は、慣用的な周知の滅菌技術を用いて滅菌してもよく、滅菌ろ過してもよい。得られた水溶液は、使用のために梱包してもよく、凍結乾燥してもよく、凍結乾燥調製物は、投与前に滅菌溶液で混合して調製する。組成物は、ｐＨ調整剤、緩衝剤、弾力調整剤、湿潤剤等の生理的条件に近づけるために必要とされる薬学的に許容される補助物質、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ソルビタン・モノラウレート、トリエタノールアミン・オレエート等を含有してもよい。
【００９８】
本発明の医薬組成物は、本発明の１以上のＴ細胞促進ペプチドを含む。例えば、医薬組成物は、本発明の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０又はそれを越えるＴ細胞促進ペプチドを含む。更に、本発明の医薬組成物は、本発明の１以上のＴ細胞促進ペプチドを、１以上の他のＴ細胞促進ペプチドを組み合わせて含む。
【００９９】
医薬組成物中の本発明の特異な各Ｔ細胞促進ペプチドの濃度は、幅広く異なっていてもよく、例えば、約０．００１重量％、約０．００２重量％、約０．００３重量％、約０．００４重量％、約０．００５重量％、約０．００６重量％、約０．００７重量％、約０．００８重量％、約０．００９重量％、約０．０１重量％、約０．０２重量％、約０．０２５重量％、約０．０３重量％、約０．０４重量％、約０．０５重量％、約０．０６重量％、約０．０７重量％、約０．０８重量％、約０．０９重量％、約０．１重量％、約０．２重量％、約０．３重量％、約０．４重量％、約０．５重量％、約０．６重量％、約０．７重量％、約０．８重量％、約０．９重量％、約１重量％、約１．１重量％、約１．２重量％、約１．３重量％、約１．４重量％、約１．５重量％、約１．６重量％、約１．７重量％、約１．８重量％、約１．９重量％、約２重量％、約３重量％、約４重量％、約５重量％、約６重量％、約７重量％、約８重量％、約９重量％、約１０重量％、約２０重量％未満から約５０重量％以上であり、選択する特定の投与様式に従い、液量、粘度等により主に選択する。
【０１００】
好ましい態様では、医薬組成物中の本発明の特異な各Ｔ細胞促進ペプチドの濃度は、約０．００１重量％、約０．００２重量％、約０．００３重量％、約０．００４重量％、約０．００５重量％、約０．００６重量％、約０．００７重量％、約０．００８重量％、約０．００９重量％、約０．０１重量％、約０．０２重量％、約０．０２５重量％、約０．０３重量％、約０．０４重量％、約０．０５重量％、約０．０６重量％、約０．０７重量％、約０．０８重量％、約０．０９重量％、約０．１重量％、約０．２重量％、約０．３重量％、約０．４重量％、約０．５重量％、約０．６重量％、約０．７重量％、約０．８重量％、約０．９重量％、約１重量％である。
【０１０１】
更に好ましい態様では、医薬組成物中の本発明の特異な各Ｔ細胞促進ペプチドの濃度は、約０．０１重量％、約０．０２重量％、約０．０２５重量％、約０．０３重量％、約０．０４重量％、約０．０５重量％、約０．０６重量％、約０．０７重量％、約０．０８重量％、約０．０９重量％、約０．１重量％である。
【０１０２】
本発明のペプチドは、リンパ球又は選択的に標的とされた感染細胞等の特定の組織に対して当該ペプチドを標的とするために役立ち、また当該ペプチド組成物の半減期を増加させるために役立つリポソームによって投与してもよい。リポソームは、エマルション、泡、ミセル、不溶性単層、液晶、リン脂質分散、ラメラ層等を含む。当該調製物において、デリバリーされるペプチドは、リポソームの一部に、単独で、あるいは例えば、ＣＤ４５抗原に結合するモノクローナル抗体等のリンパ系細胞の間で一般的な受容体に結合する分子と結合して、又は他の治療的又は免疫原性組成物と結合して取り込まれる。従って、本発明の所望のペプチドで満たされた又は装飾されたリポソームは、リポソームが選ばれた治療的／免疫原性ペプチド組成物を後でデリバリーする、リンパ系細胞の部位に導くことができる。本発明で使用するためのリポソームは、通常、コレステロール等の中性及び負電荷のリン脂質及びステロールを含む、標準的な小胞形成脂質から得られる。脂質の選択は、一般的に、例えばリポソームの大きさ、酸不安定性及び血中のリポソーム安定性を考慮して行える。例えば、Szola et al., Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 9: 467 (1980)、米国特許第４，２３５，８７１号明細書、同４，５０１，７２８号明細書、同４，８３７，０２８号明細書及び同５，０１９，３６９号明細書に記載のように（これらの各々は本明細書に参考として記載しているが）、リポソームを調製ために多数の方法が利用できる。
【０１０３】
免疫細胞を標的とするためには、リポソームに取り込まれることになるリガンドは、例えば、所望の免疫系細胞の細胞表面決定基に特異的な抗体又はその断片等を含む。ペプチドを含むリポソーム懸濁液は、特に、投与方法、デリバリーされるペプチド及び治療される疾患の段階によって、変化する投薬量で、静脈内、局所（locally）、局所（topically）などに投与することができる。
【０１０４】
固体組成物に関しては、例えば製薬等級のマンニトール、ラクトース、でんぷん、ステアリン酸マグネシウム、サッカリン・ナトリウム、滑石粉、セルロース、グルコース、スクロース、マグネシウム・カーボネート等の一般的な非毒性固形担体を用いることができる。経口投与に関しては、薬学的に許容される非毒性組成物は、前に挙げた担体等の通常使用される任意の賦形剤を、一般的には、本発明の１以上のペプチドである活性成分の１０〜９５％、より好ましくは２５％〜７５％の濃度で取り込むことによって製造することができる。
【０１０５】
エアゾール投与に関しては、免疫原性ペプチドは、界面活性剤及び発射薬と共に細かく割いた形態で供給することができる。ペプチドの典型的な割合は、０．０１重量％〜２０重量％であり、好ましくは１重量％〜１０重量％である。勿論、界面活性剤は、非毒性で、好ましくは発射薬に溶解性である。かかる薬剤の代表例は、カプロン酸、オクタン酸、ラウリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、オレステリン酸、オレイン酸等の６〜２２の炭素原子を含む脂肪酸と脂肪族多価アルコール又はその環状無水物とのエステル又は部分エステルである。混合グリセリド又は天然グリセリド等の混合エステルを使用することができる。界面活性剤は、組成物の０．１重量％〜２０重量％、好ましくは０．２５〜５重量％を構成する。組成物の平衡は、通常発射薬である。必要ならば、鼻腔内デリバリーのためのレクチン等の担体を含むこともできる。
【０１０６】
別の態様では、本発明は、本明細書に記載の免疫原性ペプチドの免疫原性的に有効な量を活性成分として含むワクチンに関する。当該ペプチド（ペプチド類）は、ヒトを含む宿主に導入してもよく、それ自身の担体にあるいは活性ペプチド単位のホモポリマー又はヘテロポリマーとして結合してもよい。かかるポリマーは、増大した免疫学的反応という利点を有し、異種のペプチドをポリマーを形成するために使用する場合には、ウイルス又は癌細胞の異なった抗原決定基と反応する抗体及び／又はＣＴＬｓを誘導する別の能力という利点を有する。有用な担体は、当該分野で周知であり、例えばチログロブリン、ヒト血清アルブミン等のアルブミン、破傷風トキソイド、ポリ（リジン：グルタミン酸）等のポリアミノ酸、インフルエンザ、Ｂ型肝炎ウイルスコア蛋白質、Ｂ型肝炎ウイルス組換えワクチン等を含む。当該ワクチンは、水、リン酸緩衝生理食塩水又は食塩水等の生理的に寛容される（許容される）希釈剤を含んでもよく、更に典型的にはアジュバントを含む。不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム等のアジュバント又はアルムは、当該分野で周知の材料である。上記のように、ＣＴＬ応答は、Ｐ３ＣＳＳ等の脂質に本発明のペプチドを結合させることによって、亢進することができる。注射、エアゾール、経口、皮下又は他の方法によって本明細書に記載のペプチドで免疫した場合には、宿主の免疫系は、所望の抗原に特異的なＣＴＬｓの大容量を産生することによりワクチンに反応し、当該宿主はその後の感染に対して少なくとも部分的には免疫となるか、あるいは進行する慢性的感染に抵抗性になる。
【０１０７】
本発明のペプチドを含むワクチン組成物は、ウイルス感染もしくは癌に対する感受性が高いか又はその危険にある患者に投与して、抗原に対する免疫応答を誘導し、それによって患者の自己免疫応答能力を増大させることができる。かかる量は、「免疫的有効量」と定義する。当該使用では、その正確な量は、やはり、患者の健康状態及び体重、投与方法、製剤の性質等に依拠するが、一般的には患者７０ｋｇ当たり約１．０μｇ〜約５０００μｇ、より一般的には体重７０ｋｇ当たり約１０〜約５００μｇ（例えば、体重７０ｋｇ当たり１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、６０μｇ、７０μｇ、８０μｇ、９０μｇ、１００μｇ、１２５μｇ、１５０μｇ、１７５μｇ、２００μｇ、２２５μｇ、２５０μｇ、２７５μｇ、３００μｇ、３２５μｇ、３７５μｇ、４００μｇ、４２５μｇ、４５０μｇ、４７５μｇ又は５００μｇ）の範囲である。
【０１０８】
治療又は免疫の目的のために、本発明の１以上のペプチドをコードする核酸も患者に投与することができる。患者に当該核酸をデリバリーするために、多数の方法を簡便に使用することができる。例えば、当該核酸は、「裸のＤＮＡ」として直接デリバリーすることができる。例えば、当該方法は、Wolff et al., Science 247: 1465-1468 (1990)及び米国特許第５，５８０，８５９号明細書及び同５，５８９，４６６号明細書に記載されている。ＤＮＡを単に含む粒子も投与することができる。あるいは、ＤＮＡは、金粒子等の粒子に接着させることもできる。核酸もまた、カチオン性脂質等のカチオン性化合物に複合してデリバリーすることができる。脂質介在遺伝子デリバリー法は、例えば、国際公開第９６／１８３７２号パンフレット；同９３／２４６４０号パンフレット；Mannino and Gould-Fogerite (1988) BioTechniques 6 (7): 682-691；Rose 米国特許第５，２７９，８３３号明細書；国際公開第９１／０６３０９号パンフレット；and Felgner et al., (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84: 7413-7414に記載されている。本発明のペプチドは、ワクシニア又は鶏痘等の弱毒化ウイルス性宿主によって発現することもできる。当該方法は、ワクシニアウイルスを使用して、本発明のペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現することを含む。急性又は慢性の感染宿主にあるいは非感染宿主に導入した場合には、組換えワクシニアウイルス、免疫原性ペプチドを発現し、それによって宿主ＣＴＬ応答を誘導する。免疫プロトコールに有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、本明細書に参考として記載した米国特許第４，７２２，８４８号明細書に記載されている。別の好適なベクターは、ＢＣＧ（Bacille Calmette Guerin）である。ＢＣＧベクターは、例えばStover et al., (Nature 351: 456-460 (1991))に記載されている。本発明のペプチドの治療的投与又は免疫に有用な多数の他のベクター、例えばSalmonella typhiベクターなどは、本明細書の詳細な説明から当業者には明らかであろう。
【０１０９】
本発明のペプチドをコードする核酸の好ましい投与方法は、本発明の複数エピトープをコードするミニ遺伝子コンストラクトを使用する。ヒト細胞中に、発現のための、選ばれたＣＴＬエピトープ（ミニ遺伝子）をコードするＤＮＡ配列を作るために、エピトープのアミノ酸配列は逆翻訳することができる。ヒトコドン用法表は、各アミノ酸についてのコドン選択を可能にするために使用できる。ＤＮＡ配列コードペプチドがない、あるいはいくつかの又は全てのＤＮＡ配列コードペプチド間の種々のスペーサーをコードするＤＮＡ配列を含む、かかるエピトープコードＤＮＡ配列は、隣接して連続ポリペプチド配列を作る。発現及び／又は免疫原性を最適化するために、別の要素をミニ遺伝子の設計に取り込むことができる。逆翻訳され、ミニ遺伝子配列に含まれるアミノ酸配列の例は、ヘルパーＴリンパ球エピトープ、リーダー（シグナル）配列及び小胞体保持シグナルを含む。更に、ＣＴＬエピトープのＭＨＣ提示は、合成的配列（例えばポリアラニン）又はＣＴＬエピトープに隣接した天然由来のフランキング配列を含むことによって改善することができる。
【０１１０】
ある態様では、ミニ遺伝子コードエピトープ、及び免疫原性を増大させ又は減少させるために含有された第二蛋白質の生成を可能にするために、２シストロン性発現ベクターも使用することができる。共発現の場合には、免疫応答を有利に増大させるペプチド又はポリペプチドの例は、サイトカイン（例えばＩＬ２、ＩＬ１２、ＧＭ−ＣＳＦ）、サイトカイン誘導分子（例えばＬｅＩＦ）又は共促進分子を含む。ヘルパー（ＨＴＬ）エピトープは、細胞内標的シグナルに結合し、ＣＴＬエピトープから離れて発現することができる。このことは、ＣＴＬエピトープとは異なった細胞区画に、ＨＴＬエピトープを導くことができる。必要ならば、ＭＨＣクラスＩＩ経路へのＨＴＬエピトープのより効率的な導入を促進し、それによってＣＴＬ誘導を改善することができる。ＣＴＬ誘導に比較して、免疫抑制分子（例えばＴＧＦ−β）の共発現によって免疫応答を特に減ずることは、特定の疾患では有益であろう。
【０１１１】
本発明の免疫原性ペプチドは、モノクローナル抗体を作製するために使用してもよい。かかる抗体は、可能性のある診断剤又は治療剤として有用である。
【０１１２】
当該ペプチドは、診断試薬（例えば四量体；Beckman Coulter, San Diego, CA）としても有用である。例えば、本発明のペプチドは、当該ペプチド又は関連するペプチドを使用する治療計画に対する特定の個体の感受性を測定するために使用することができ、現行の治療プロトコールを修飾することに、あるいは患者の予後診断をすることに役立つ。更に、当該ペプチドは、個体が慢性的感染にかかる相当の危険があることを予測するためにも使用することができる。
【０１１３】
本発明は、ヒト及びネズミのＭＨＣアレルサブタイプのアレル特異的ペプチドモチーフの決定に関する。次いで、当該モチーフは、可能な抗原又は自己抗原の標的のアミノ酸配列が周知である任意の所望の抗原、特にヒトウイルス性疾患、癌又は自己免疫疾患に関連する抗原由来のＴ細胞エピトープを特徴付けるために用いることができる。上で引用した全ての文献の内容は本明細書に参考として記載した。
【０１１４】
表１１〜２９の簡単な説明
表１１：特定されたＨＬＡ−Ａ１アレル結合ペプチド。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１１５】
表１２：ＨＬＡ−Ａ１結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ１アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１１６】
表１３：特定されたＨＬＡ−Ａ２アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１１７】
表１４：ＨＬＡ−Ａ２結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ２アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１１８】
表１５：特定されたＨＬＡ−Ａ３アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１１９】
表１６：ＨＬＡ−Ａ３結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ３アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２０】
表１７：特定されたＨＬＡ−Ａ２４アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２１】
表１８：ＨＬＡ−Ａ２４結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ａ２４アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２２】
表１９：特定されたＨＬＡ−Ｂ７アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２３】
表２０：ＨＬＡ−Ｂ７結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ｂ７アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２４】
表２１：特定されたＨＬＡ−Ｂ４４アレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２５】
表２２：ＨＬＡ−Ｂ４４結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−Ｂ４４アレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２６】
表２３：特定されたＨＬＡ−ＤＱアレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２７】
表２４：ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−ＤＱアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１２８】
表２５：特定されたＨＬＡ−ＤＲアレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１２９】
表２６：ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−ＤＲアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１３０】
表２７：ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたＨＬＡ−ＤＲアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１３１】
表２８：特定されたネズミのＭＨＣクラスＩアレル結合ペプチド。ペプチドは、ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号、ペプチド（ＡＡ）中のアミノ酸の数、ペプチドの起源（生物）、起源蛋白質の確認、蛋白質配列内のペプチドの位置及アナローグ状況によって特定できる。ここで、アナローグは、任意の天然起源のペプチド配列のアミノ酸配列が１以上のアミノ酸残基の置換によって修飾される、本発明のペプチドである。
【０１３２】
表２９：ネズミのＭＨＣクラスＩ結合ペプチドの結合親和性。ペプチドは、アミノ酸配列、配列番号及び指定されたネズミのＭＨＣクラスＩアレルに対する結合親和性（ＩＣ５０として表わされる）によって特定できる。
【０１３３】
【表１１】
【０１３４】
【表１２】
【０１３５】
【表１３】
【０１３６】
【表１４】
【０１３７】
【表１５】
【０１３８】
【表１６】
【０１３９】
【表１７】
【０１４０】
【表１８】
【０１４１】
【表１９】
【０１４２】
【表２０】
【０１４３】
【表２１】
【０１４４】
【表２２】
【０１４５】
【表２３】
【０１４６】
【表２４】
【０１４７】
【表２５】
【０１４８】
【表２６】
【０１４９】
【表２７】
【０１５０】
【表２８】
【０１５１】
【表２９】
【０１５２】
【表３０】
【０１５３】
【表３１】
【０１５４】
【表３２】
【０１５５】
【表３３】
【０１５６】
【表３４】
【０１５７】
【表３５】
【０１５８】
【表３６】
【０１５９】
【表３７】
【０１６０】
【表３８】
【０１６１】
【表３９】
【０１６２】
【表４０】
【０１６３】
【表４１】
【０１６４】
【表４２】
【０１６５】
【表４３】
【０１６６】
【表４４】
【０１６７】
【表４５】
【０１６８】
【表４６】
【０１６９】
【表４７】
【０１７０】
【表４８】
【０１７１】
【表４９】
【０１７２】
【表５０】
【０１７３】
【表５１】
【０１７４】
【表５２】
【０１７５】
【表５３】
【０１７６】
【表５４】
【０１７７】
【表５５】
【０１７８】
【表５６】
【０１７９】
【表５７】
【０１８０】
【表５８】
【０１８１】
【表５９】
【０１８２】
【表６０】
【０１８３】
【表６１】
【０１８４】
【表６２】
【０１８５】
【表６３】
【０１８６】
【表６４】
【０１８７】
【表６５】
【０１８８】
【表６６】
【０１８９】
【表６７】
【０１９０】
【表６８】
【０１９１】
【表６９】
【０１９２】
【表７０】
【０１９３】
【表７１】
【０１９４】
【表７２】
【０１９５】
【表７３】
【０１９６】
【表７４】
【０１９７】
【表７５】
【０１９８】
【表７６】
【０１９９】
【表７７】
【０２００】
【表７８】
【０２０１】
【表７９】
【０２０２】
【表８０】
【０２０３】
【表８１】
【０２０４】
【表８２】
【０２０５】
【表８３】
【０２０６】
【表８４】
【０２０７】
【表８５】
【０２０８】
【表８６】
【０２０９】
【表８７】
【０２１０】
【表８８】
【０２１１】
【表８９】
【０２１２】
【表９０】
【０２１３】
【表９１】
【０２１４】
【表９２】
【０２１５】
【表９３】
【０２１６】
【表９４】
【０２１７】
【表９５】
【０２１８】
【表９６】
【０２１９】
【表９７】
【０２２０】
【表９８】
【０２２１】
【表９９】
【０２２２】
【表１００】
【０２２３】
【表１０１】
【０２２４】
【表１０２】
【０２２５】
【表１０３】
【０２２６】
【表１０４】
【０２２７】
【表１０５】
【０２２８】
【表１０６】
【０２２９】
【表１０７】
【０２３０】
【表１０８】
【０２３１】
【表１０９】
【０２３２】
【表１１０】
【０２３３】
【表１１１】
【０２３４】
【表１１２】
【０２３５】
【表１１３】
【０２３６】
【表１１４】
【０２３７】
【表１１５】
【０２３８】
【表１１６】
【０２３９】
【表１１７】
【０２４０】
【表１１８】
【０２４１】
【表１１９】
【０２４２】
【表１２０】
【０２４３】
【表１２１】
【０２４４】
【表１２２】
【０２４５】
【表１２３】
【０２４６】
【表１２４】
【０２４７】
【表１２５】
【０２４８】
【表１２６】
【０２４９】
【表１２７】
【０２５０】
【表１２８】
【０２５１】
【表１２９】
【０２５２】
【表１３０】
【０２５３】
【表１３１】
【０２５４】
【表１３２】
【０２５５】
【表１３３】
【０２５６】
【表１３４】
【０２５７】
【表１３５】
【０２５８】
【表１３６】
【０２５９】
【表１３７】
【０２６０】
【表１３８】
【０２６１】
【表１３９】
【０２６２】
【表１４０】
【０２６３】
【表１４１】
【０２６４】
【表１４２】
【０２６５】
【表１４３】
【０２６６】
【表１４４】
【０２６７】
【表１４５】
【０２６８】
【表１４６】
【０２６９】
【表１４７】
【０２７０】
【表１４８】
【図面の簡単な説明】
【０２７１】
【図１】好ましいモチーフの表である。
【図２】ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂアレルのスーパーファミリーである。ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂの種々のアレルは、配列決定解析又は結合試験（確認されたスーパータイプメンバー）に基くスーパーファミリーに従って、あるいはＢ及びＦポケット構造（予測スーパータイプメンバー）に基いて分類できる。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
表１１〜２９のいずれかに記載の１以上のペプチドを含む組成物。
【請求項２】
表１１〜２９のいずれかに記載の１以上のペプチドをコードする核酸を含む組成物。
【請求項３】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ＨＴＬエピトープである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項４】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ＣＴＬエピトープである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項５】
更にＨＴＬエピトープを含む、請求項４記載の組成物。
【請求項６】
更にスペーサー分子を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項７】
更に担体を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項８】
更にＭＨＣ標的配列を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項９】
更に脂質を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１０】
前記１以上のペプチドが、リポソームの一部として組み込まれている、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１１】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ヘテロポリマーである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１２】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ホモポリマーである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１３】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）抗原、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）抗原、悪性黒色腫抗原（ＭＡＧＥ）、ＥＢウイルス、ヒト免疫不全１型（ＨＩＶ−１）、ヒト免疫不全２型（ＨＩＶ−２）、乳頭腫ウイルス、ラッサ熱ウイルス、マイコバクテリウム・チューバキュロウセス（ＭＴ）、ｐ５３、ネズミｐ５３（ｍｐ５３）、ＣＥＡ、ＨＥＲ２/ｎｅｕ及びチロシンキナーゼ関連蛋白質（ＴＫＰ）からなる群より選ばれる抗原由来のペプチドである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１４】
活性成分を含む医薬組成物であって、当該活性成分が請求項１又は２記載の組成物を含む、前記組成物。
【請求項１５】
活性成分を含むワクチン組成物であって、当該活性成分が請求項１又は２記載の組成物を含む、前記組成物。
【請求項１６】
請求項１、２、１４又は１５のいずれか１項に記載の組成物の使用であって、前記組成物がウイルス感染又は癌の予防のための予防組成物である、前記使用。
【請求項１７】
請求項１、２、１４又は１５のいずれか１項に記載の組成物の使用であって、前記組成物がウイルス感染又は癌の治療のための治療組成物である、前記使用。
【請求項１８】
請求項１又は２記載の組成物を含む診断試薬。
【請求項１９】
前立腺癌、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ＡＩＤＳ、腎癌、頚癌、リンパ腫、ＣＭＶ又は尖圭コンジロームの治療のための、請求項１７記載の使用。
【請求項１】
表１１〜２９のいずれかに記載の１以上のペプチドを含む組成物。
【請求項２】
表１１〜２９のいずれかに記載の１以上のペプチドをコードする核酸を含む組成物。
【請求項３】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ＨＴＬエピトープである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項４】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ＣＴＬエピトープである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項５】
更にＨＴＬエピトープを含む、請求項４記載の組成物。
【請求項６】
更にスペーサー分子を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項７】
更に担体を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項８】
更にＭＨＣ標的配列を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項９】
更に脂質を含む、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１０】
前記１以上のペプチドが、リポソームの一部として組み込まれている、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１１】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ヘテロポリマーである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１２】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、ホモポリマーである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１３】
前記１以上のペプチドの少なくとも一つが、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）抗原、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）抗原、悪性黒色腫抗原（ＭＡＧＥ）、ＥＢウイルス、ヒト免疫不全１型（ＨＩＶ−１）、ヒト免疫不全２型（ＨＩＶ−２）、乳頭腫ウイルス、ラッサ熱ウイルス、マイコバクテリウム・チューバキュロウセス（ＭＴ）、ｐ５３、ネズミｐ５３（ｍｐ５３）、ＣＥＡ、ＨＥＲ２/ｎｅｕ及びチロシンキナーゼ関連蛋白質（ＴＫＰ）からなる群より選ばれる抗原由来のペプチドである、請求項１又は２記載の組成物。
【請求項１４】
活性成分を含む医薬組成物であって、当該活性成分が請求項１又は２記載の組成物を含む、前記組成物。
【請求項１５】
活性成分を含むワクチン組成物であって、当該活性成分が請求項１又は２記載の組成物を含む、前記組成物。
【請求項１６】
請求項１、２、１４又は１５のいずれか１項に記載の組成物の使用であって、前記組成物がウイルス感染又は癌の予防のための予防組成物である、前記使用。
【請求項１７】
請求項１、２、１４又は１５のいずれか１項に記載の組成物の使用であって、前記組成物がウイルス感染又は癌の治療のための治療組成物である、前記使用。
【請求項１８】
請求項１又は２記載の組成物を含む診断試薬。
【請求項１９】
前立腺癌、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ＡＩＤＳ、腎癌、頚癌、リンパ腫、ＣＭＶ又は尖圭コンジロームの治療のための、請求項１７記載の使用。
【図１】
【図２】
【図２】
【公表番号】特表２００６−５１２３００（Ｐ２００６−５１２３００Ａ）
【公表日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５４２０７３（Ｐ２００４−５４２０７３）
【出願日】平成１５年１０月３日（２００３．１０．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３１３０８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０３１２１１
【国際公開日】平成１６年４月１５日（２００４．４．１５）
【出願人】（５００５２１０３８）エピミューン インコーポレイテッド (5)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年１０月３日（２００３．１０．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３１３０８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０３１２１１
【国際公開日】平成１６年４月１５日（２００４．４．１５）
【出願人】（５００５２１０３８）エピミューン インコーポレイテッド (5)
【Ｆターム（参考）】
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