σＤ因子抑制解除株及びそれを用いたタンパク質の製造方法
【課題】新規な微生物、及び当該微生物を用いたタンパク質の製造方法の提供。
【解決手段】異種タンパク質をコードする遺伝子を、σＤ因子依存型プロモーターの制御下に連結して導入した宿主微生物において、σＤ因子の抑制を解除すること。
【解決手段】異種タンパク質をコードする遺伝子を、σＤ因子依存型プロモーターの制御下に連結して導入した宿主微生物において、σＤ因子の抑制を解除すること。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、σＤ因子抑制解除株、及びそれを用いたタンパク質の製造方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
微生物による有用物質の工業的生産は、アルコール飲料や味噌、醤油等の食品の醸造をはじめとして、アミノ酸、有機酸、核酸関連物質、抗生物質、糖質、脂質、タンパク質等の工業的生産など、多岐に渡って実施されている。またその用途も、食品をはじめとして、医薬、洗剤、化粧品等の日用品、あるいは各種化成品原料に至るまで、幅広い分野に広がっている。
【０００３】
微生物を用いた有用物質の工業的生産における一つの重要課題として、当該有用物質の生産性向上が挙げられる。従来、当該課題を解決するため、突然変異等の遺伝学的手法による高生産菌の育種が行われてきた。特に最近では、微生物遺伝学、バイオテクノロジーの発展により、遺伝子組換え技術等を用いた、より効率的な高生産菌の育種が行われている。更に、近年のゲノム解析技術の急速な発展を受け、対象とする微生物のゲノム情報を解読し、これらを積極的に産業に応用する試みもなされている。
【０００４】
近年、枯草菌ゲノムに存在する約４１００種類の遺伝子の破壊株が網羅的に研究され、２７１個の遺伝子が成育に必須であることが報告されている（非特許文献１）。また、本出願人は、枯草菌の遺伝子破壊株を網羅的に解析し、枯草菌ゲノムの大領域を欠失させ、各種酵素の生産性に優れた変異株の創出に成功している（特許文献１）。
【０００５】
σ（シグマ）因子とは、σサブユニットとも呼ばれており、真正細菌においてＤＮＡ上で転写を開始する場所を決定するタンパク質である。σ因子はＲＮＡポリメラーゼのコア酵素と結合することでホロ酵素となり、遺伝子上流のプロモーター領域を認識しＲＮＡ合成を開始する。プロモーター領域には特定の遺伝子のグループごとにコンセンサス配列が２ヶ所存在し、これらは−１０と−３５の領域と呼ばれ、これらの配列がσ因子によって認識される。
【０００６】
通常、生物はσ因子を多数有し、環境に応じてその存在比率を変化させることで、その環境に適した遺伝子群の転写・発現を制御している。σ因子のうち、増殖に必須なものを主要σ因子と称し、それに構造が酷似するが必須でないものを非主要σ因子と称する。また、枯草菌の胞子形成σ因子のように、類似性が低いが胞子形成や熱ストレスなどの特殊環境において機能するσ因子を副次的σ因子と称する。枯草菌においては、主要σ因子としてσＡ、副次的σ因子は胞子形成σとしてσＥ、σＦ、σＧ、σＨ、σＫ、鞭毛形成σ因子としてσＤ、熱ショックσ因子としてσＩ、ストレス応答σ因子としてσＢ、ＥＣＦσ因子としてσＭ、σＶ、σＷ、σＸ、σＹ、σＺなどが報告されている。生育に必須な遺伝子群（ハウスキーピング遺伝子群）は通常、σＡ因子により制御されており、遺伝子組換えによるタンパク質生産も、通常このσＡ因子により制御されている。
【０００７】
σ因子の存在比率の変化は、σ因子の制御因子であるアンチσ因子の作用によりなされる。アンチσ因子は対応するσ因子に特異的に結合してホロ酵素形成を妨げることで、その活性を抑制する。大腸菌のアンチσ因子としては、σＦに対するＦｌｇＭ、σＥに対するＲｓｅ、σＳに対するＲｓｄなどが知られている。枯草菌のアンチσ因子としては、σＤに対するＦｌｇＭ、σＢに対するＲｓｂＷなどが知られている。また、アンチσ因子により強く結合することでσ因子の抑制を解除するアンチアンチσ因子の存在も知られている。例えば、σＢのアンチσ因子であるＲｓｂＷにアンチアンチσ因子であるＲｓｂＶが結合すると、σＢが活性化する。このように、σ因子は多くの制御因子によって複雑に制御されている。
【０００８】
このような知見を基に、σ因子の制御によりタンパク質生産の効率を向上させる試みが、従来なされてきた。例えば、特許文献２では、σＡタンパク質の遺伝子の上流に、主に培養後期で機能するσＨ依存型プロモーターを挿入してσＡの量を培養後期でも多い状態にした結果、既存のσＡ依存型プロモーターと比較し、タンパク質の生産量が１４６％にまで向上したことを報告している。特許文献３では、発現させる遺伝子のプロモーターをσＡ＋σＥ依存型プロモーターに置換することにより、既存のσＡ依存型プロモーターと比較し、タンパク質の生産量が、１６５％にまで向上したことを報告している。特許文献４では、σＢ遺伝子やσＤ遺伝子等を欠失させることにより、プロテアーゼの生産量が野生株に対して１５０〜３００％にまで向上したことを報告している。但しこれらのタンパク質発現系はいずれも、主にσＡ因子に依存したタンパク質の発現であり、その他のσ因子に依存したタンパク質の発現系の構築に関するものではない。
【０００９】
σＤは鞭毛形成σ因子とも呼ばれ、鞭毛遺伝子群と細胞壁分解関連の遺伝子の転写に関与する。鞭毛が形成されない場合でもσＤ因子は弱く発現しており、その場合には、アンチσ因子であるＦｌｇＭがσＤに結合し、ＲＮＡポリメラーゼホロ酵素形成を抑えることでその機能を阻害しており（非特許文献１から３）、その裏付けとして、σＤ依存型プロモーターｈａｇの制御下にｌａｃＺ遺伝子を連結させた発現系において、ｆｌｇＭの遺伝子を削除すると、当該ｈａｇプロモーターの活性が向上することが報告されている（非特許文献４及び５）。
【００１０】
しかしながら、σＤ因子依存型のタンパク質発現系に関する報告は少なく、更には、σＤ因子依存型の発現系がその抑制因子であるｆｌｇＭ遺伝子の削除によりσＡ依存型発現系よりも高い発現量を示すことや、ｆｌｇＭ遺伝子以外の遺伝子も併せて削除することで更に抑制が解除されてタンパク生産効率の向上に結びつくことは何ら報告されていない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１１】
【特許文献１】特開２００７−１３００１３号公報
【特許文献２】特開２００５−２７８６４５号公報
【特許文献３】特開２００５−２７８６４４号公報
【特許文献４】特開２００９−２２５８０４号公報
【非特許文献】
【００１２】
【非特許文献１】Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９４）１７６，４４９２−４５００
【非特許文献２】Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９８）２７４，１２１０３−１２１０７
【非特許文献３】Ｋ．Ｋｏｂａｙａｓｈｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１００，４６７８−４６８３，２００３
【非特許文献４】Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９６）１７８，３１１３−３１１８
【非特許文献５】Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（２０００）１８２，３０５５−３０６２
【非特許文献６】Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，２，１３５（１９９９）
【非特許文献７】Ｇｅｎｅ ３２９(２００４)１２５-１３６
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１３】
本発明は、新規な微生物、及び当該微生物を用いたタンパク質の製造方法に関する。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明者らは、異種タンパク質をコードする遺伝子を、σＤ因子依存型プロモーターの制御下に連結して導入した宿主微生物において、σＤ因子の抑制を解除することにより、当該異種タンパク質の生産が顕著に向上することを見出し、本発明を完成させるに至った。
【００１５】
すなわち本発明は、以下の（１）から（９）に係るものである。
（１） σＤ因子依存型プロモーターの制御下にある、ＬａｃＺ以外の異種タンパク質をコードする遺伝子を導入した微生物であって、σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制が解除された微生物。
（２） 前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれら遺伝子に相当する遺伝子のうち、少なくともｆｌｇＭ遺伝子又はこれに相当する遺伝子を含む１以上の欠失又不活性化、又はｃｓｒＡ遺伝子及びｆｌｇＭ遺伝子又はこれらに相当する遺伝子を含む２つ以上の欠失又は不活性化によりなされる、上記（１）記載の微生物。
（３） 前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれらの遺伝子に相当する遺伝子群を含んでなる染色体領域の欠失又は不活性化によりなされる、上記（２）記載の微生物。
（４） 前記σＤ因子依存型プロモーターが、下記に記載の−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列を含むいずれかのプロモーターであることを特徴とする、上記（１）から（３）のいずれか1項記載の微生物。
【００１６】
【表１】
（５） 前記σＤ因子依存型プロモーターが、枯草菌ｃｈｅＶ、ｄｅｇＲ、ｄｌｔＡ，ｅｐｒ、ｆｌｇＢ、ｆｌｉＨ、ｆｌｉＫ、ｆｌｉＬ、ｈａｇ、ｌｙｔＡ、ｌｙｔＤ、ｌｙｔＦ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＢ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｎｆｒＡ、ｓｉｇＡ、ｔｌｐＡ、ｔｌｐＢ、ｔｌｐＣ、ｘｆｍＴ、ｙｂｄＯ、ｙｆｍＴ、ｈｅｍＡＴ、ｙｊｂＪ、ｙｊｃＰ、ｙｊｆＢ、ｙｌｑＢ、ｙｏａＨ、ｙｓｃｂ、ｙｖｙＣ、ｙｖｙＦ、ｙｗｔＤ及びｙｘｋＣらなる群から選ばれる遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターである、上記（１）から（４）のいずれか１項記載の微生物。
（６） バチルス属細菌である上記（１）から（５）のいずれか１項記載の微生物。
（７） 前記バチルス属細菌が枯草菌である、上記（６）記載の微生物。
（８） 上記（１）から（７）のいずれか１項記載の微生物を用いた、ＬａｃＺ以外の目的タンパク質の製造方法。
【発明の効果】
【００１７】
本願発明の微生物を用いれば、目的の異種タンパク質を効率よく大量生産することが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】ＳＯＥ−ＰＣＲによるｆｌｇＭ遺伝子欠失用ＤＮＡ断片の調製、及び当該ＤＮＡ断片を用いて標的遺伝子を欠失させる（スペクチノマイシン耐性遺伝子と置換）方法を模式的に示す図。
【図２】ＳＯＥ−ＰＣＲによるｃｓｒＡ遺伝子欠失用ＤＮＡ断片の調製、及び当該ＤＮＡ断片を用いて標的遺伝子を欠失させる（クロラムフェニコール耐性遺伝子と置換）方法を模式的に示す図。
【図３】Ｆｌａ領域削除株（マーカーレス）の構築方法を模式的に示す図。
【図４】ＳｉｇＤ依存型のプロモーター配列を導入したアルカリセルラーゼ発現用プラスミドの構築方法を模式的に示す図。
【図５】培養２日目の各種変異株の菌体増殖、セルラーゼ生産量を示すグラフ。数値はそれぞれ培養を３回行い得られた値の平均値を示し、エラーバーは標準偏差を示す（Ｎ＝３）。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
本願発明では、宿主微生物に導入されるＬａｃＺ以外の異種タンパク質をコードする遺伝子が、σＤ因子により転写が制御されるσＤ因子依存型プロモーターの制御下にあることを特徴とする。前記σＤ因子依存型プロモーターは下記表２に記載の配列を−３５領域及び−１０領域に含むコンセンサス配列を有するプロモーターである（非特許文献６、非特許文献７、ＤＢＴＢＳ（ｈｔｔｐ:／／ｄｂｔｂｓ.ｈｇｃ.ｊｐ／）。
【００２０】
【表２】
【００２１】
当該σＤ因子依存型プロモーターの例としては、枯草菌ｃｈｅＶ、ｄｅｇＲ、ｄｌｔＡ，ｅｐｒ、ｆｌｇＢ、ｆｌｉＨ、ｆｌｉＫ、ｆｌｉＬ、ｈａｇ、ｌｙｔＡ、ｌｙｔＤ、ｌｙｔＦ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＢ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｎｆｒＡ、ｓｉｇＡ、ｔｌｐＡ、ｔｌｐＢ、ｔｌｐＣ、ｘｆｍＴ、ｙｂｄＯ、ｙｆｍＴ、ｈｅｍＡＴ、ｙｊｂＪ、ｙｊｃＰ、ｙｊｆＢ、ｙｌｑＢ、ｙｏａＨ、ｙｓｃｂ、ｙｖｙＣ、ｙｖｙＦ、ｙｗｔＤ及びｙｘｋＣなどの遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターが挙げられる（非特許文献６、非特許文献７、ＤＢＴＢＳ（ｈｔｔｐ:／／ｄｂｔｂｓ.ｈｇｃ.ｊｐ／）が、目的タンパク質の生産性向上の観点から、タイリングアレイ解析結果（（ＤＮＡ ＲＥＳＥＡＲＣＨ １５，７３−８１（２００８））において転写量が高いｃｈｅＶ、ｅｐｒ、ｈａｇ、ｈｅｍＡＴ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｙｊｂＪ、ｙｊｆＢ、ｙｊｃＰ、ｙｌｑＢ遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターが好ましく、その中でも特にｈａｇ遺伝子のプロモーター又はこれに相当するプロモーターが好ましい。
【００２２】
枯草菌以外であって遺伝子の名称が異なる場合であっても、鞭毛遺伝子群と細胞壁分解関連の遺伝子の転写に関与するσ因子依存的に発現する遺伝子のプロモーターを用いることができる。
【００２３】
例えば枯草菌ｈａｇにおいて、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｈａｇ（ＢＬ０３３７４）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｈａｇ（ＢＭＤ＿１０９８）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｈａｇ（ＢＢＲ４７＿５３３５０）又はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｋ−１２ではｆｌｉＣ（ｂ１９２３）遺伝子のプロモーターが相当するプロモーターである。
【００２４】
本願発明に係る微生物は、σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制が解除されることを特徴とする。σＤ因子とは、細胞内に多数存在するσ因子の一つであり、例えば枯草菌のσＤ因子は鞭毛形成、走化性や細胞壁溶解などに関わる細胞表層タンパクをコードする遺伝子の転写を制御することが知られている。
【００２５】
本願では枯草菌σＤ因子を例として記載するが、他の菌においては例えばＢａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｓｉｇＤ（ＢＬ０１２４６）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｓｉｇＤ（ＢＭＤ＿４１５４）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｓｉｇＤ（ＢＢＲ４７＿３４５４０）又はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｋ−１２ではｆｌｉＡ（ｂ１９２２）の遺伝子が枯草菌σＤ因子に相当する因子をコードする。
【００２６】
σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除は、宿主微生物において、ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれらに相当する遺伝子のうち、少なくともｆｌｇＭ遺伝子又はこれに相当する遺伝を含む１つ以上の遺伝子を欠失又は不活性化する、又はｃｓｒＡ遺伝子及びｆｌｇＭ遺伝子又はこれらに相当する遺伝子を含む２つ以上の遺伝子を、欠失又は不活性化することよりなされ、好ましくは、上記枯草菌ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれらに相当する遺伝子群を全て含んでなる固有の染色体領域（以下Ｆｌａ領域という）の欠失又は不活性化によりなされる。なお、ｃｓｒＡ遺伝子は、ｓｉｇＤ遺伝子の転写産物（ｍＲＮＡ）に結合してその翻訳を阻害すると推察されるＣｓｒＡタンパク質をコードする遺伝子であり、一方ｆｌｇＭ遺伝子は、転写・翻訳を経て合成されたσＤタンパク質と結合することにより、その活性を抑制するＦｌｇＭタンパク質をコードする遺伝子である。
【００２７】
例えばＢａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｃｓｒＡ（ＢＬ０３３７３）及びｆｌｇＭ（ＢＬ０３３６７）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｃｓｒＡ（ＢＭＤ＿５０９６）及びｆｌｇＭ（ＢＭＤ＿５１０１）、Ｂｒｅｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｃｓｒＡ（ＢＢＲ４７＿５３３６０）及びｆｌｇＭ（ＢＢＲ４７＿５３４２０）又はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｋ−１２ではｃｓｒＡ（ｂ２６９６）及びｆｌｇＭ（ｂ１０７１）が相当する遺伝子である。
【００２８】
また、Ｆｌａ領域については、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｆｌｉＴＳＤ〜ｙｖｙＦ領域が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｆｌｉＴＳＤ〜ｙｖｙＦ領域が、Ｂｒｅｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｈａｇからｙｖｙＦまでの領域が相当する領域である。
【００２９】
本発明における、上記の遺伝子領域の削除又は不活性化の具体例として、ＳＯＥ（ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｂｙ ｏｖｅｒｌａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１（１９８９））によって調製される削除用ＤＮＡ断片を用いた二重交差法による削除方法を例示するが、本発明における遺伝子削除又は不活性化方法はこの方法に限定されない。
【００３０】
本方法で用いる削除用ＤＮＡ断片は、削除対象遺伝子又は遺伝子領域の上流に隣接する約０．２〜３ｋｂ断片と、同じく下流に隣接する約０．２〜３ｋｂ断片の間に、薬剤耐性マーカー遺伝子断片を挿入して構築した断片である。まず、１回目のＰＣＲによって、削除対象遺伝子又は遺伝子領域の上流断片及び下流断片、並びに薬剤耐性マーカー遺伝子断片の３断片を調製するが、この際、例えば、上流断片の下流末端に薬剤耐性マーカー遺伝子の上流側１０〜３０塩基対配列、逆に下流断片の上流末端には薬剤耐性マーカー遺伝子の下流側１０〜３０塩基対配列が付加されるようにデザインされたプライマーを用いる（図１又は図２）。
【００３１】
次いで、１回目に調製した３種類のＰＣＲ断片を鋳型とし、上流断片の上流側プライマーと下流断片の下流側プライマーを用いて２回目のＰＣＲを行うことによって、上流断片の下流末端及び下流断片の上流末端に付加した薬剤耐性マーカー遺伝子配列において、薬剤耐性マーカー遺伝子断片とのアニーリングが生じ、ＰＣＲ増幅の結果、上流側断片と下流側断片の間に、薬剤耐性マーカー遺伝子が挿入されたＤＮＡ断片が得られる（図１又は図２）。
【００３２】
適切なプライマーセットと適切な鋳型ＤＮＡを用い、Ｐｙｒｏｂｅｓｔ ＤＮＡポリメーラーゼ（宝酒造）などの一般のＰＣＲ用酵素キット等を用いて、“ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”，Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｂ．Ａ．Ｗｈｉｔｅ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，ｐｐ２５１（１９９３）、Ｇｅｎｅ，７７，６１，（１９８９）等に示される通常の条件によりＳＯＥ−ＰＣＲを行うことによって、各遺伝子の削除用ＤＮＡ断片が得られる。
【００３３】
かくして得られた削除用ＤＮＡ断片を、コンピテント法等によって細胞内に導入すると、削除対象遺伝子又は遺伝子領域の上流及び下流の、上記削除用ＤＮＡ断片との相同領域おいて、細胞内での遺伝子組換えが生じ、削除対象遺伝子又は遺伝子領域が薬剤耐性遺伝子で置換された細胞を、薬剤耐性マーカーによる選抜により単離できる。薬剤を含む寒天培地上に生育するコロニーを単離し、目的の遺伝子が削除されて薬剤耐性遺伝子と置換していることを、ゲノムを鋳型としたＰＣＲ法などによって確認すればよい。
【００３４】
本発明で使用される宿主微生物としては、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属細菌や、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）属細菌等のグラム陽性細菌が挙げられ、中でもバチルス属細菌が好ましい。バチルス属細菌としてはＢａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ又はＢａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ等を挙げることができるが、全ゲノム情報が明らかにされ、遺伝子工学、ゲノム工学技術が確立されている点、またタンパク質を菌体外に分泌生産させる能力を有する点から、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）がより好ましい。
【００３５】
枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）とは、好気性のグラム陽性桿菌で、芽胞を形成する真正細菌の一種である。枯草菌は、全ゲノム情報が明らかにされ、遺伝子工学、ゲノム工学技術が確立されており、またタンパク質と菌体外に分泌生産させる能力を有するため、本願発明にとり有用な微生物といえる。
【００３６】
本願発明において用いる枯草菌としては特に限定されないが、異種タンパク質をコードする遺伝子の発現量増強の観点から、具体的には、枯草菌Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ Ｍａｒｂｕｒｇ Ｎｏ．１６８（枯草菌１６８株）、又は当該株を基に、そのゲノムの大領域を欠失させて構築した枯草菌ＭＧＢ８７４株が挙げられる（特許文献１）。
【００３７】
なお、ポリペプチドとは一般に、直鎖状に連結したアミノ酸のポリマーを指し、タンパク質とは一般に、５０以上のアミノ酸からなる１つ以上のポリペプチドのことを指すが、本願におけるタンパク質にはポリペプチドも含まれるものとし、これらの用語は交換可能に用いられるものとする。
【００３８】
異種タンパク質をコードする遺伝子を宿主微生物の細胞内で発現させるためには、当該遺伝子を含むＤＮＡ断片を、適切なベクターに挿入した発現プラスミドを構築し、当該発現プラスミドを宿主に導入して形質転換する必要がある。当該発現ベクターとしては、宿主微生物として枯草菌を用いる場合、枯草菌体内で自立複製可能なベクターが好適であり、例えばシャトルベクターｐＨＹ３００ＰＬＫ等が挙げられるが、特に限定されない。あるいは、当該ＤＮＡ断片に宿主ゲノムとの適当な相同領域を結合したＤＮＡ断片を用い、宿主ゲノムに直接組み込むことによって組換え枯草菌を得てもよい。
【００３９】
本発明の微生物を用いて生産する異種タンパク質としては、ＬａｃＺ以外の異種タンパク質であって例えば食品用、医薬用、化粧用、洗浄用、繊維処理用、検査用に用いられる各種産業用酵素や、生理活性ペプチドなどが挙げられる。また、産業用酵素の機能別には、酸化還元酵素（オキシドレダクターゼ）、転移酵素（トランスフェラーゼ）、加水分解酵素（ヒドロラーゼ）、脱離酵素（リアーゼ）、異性化酵素（イソメラーゼ）、合成酵素（リガーゼ／シンセターゼ）等が含まれるが、好適にはセルラーゼ、α−アミラーゼ、プロテアーゼ等の加水分解酵素が挙げられ、より好ましくはセルラーゼが挙げられる。また、前記各種酵素は菌体外に分泌生産されることが好ましい。
【００４０】
本願発明の宿主微生物を用いて異種タンパク質を製造する場合、上記目的タンパク質の遺伝子の上流に、当該遺伝子の転写、翻訳、分泌を制御する制御領域を、適切な形で結合させるのが望ましい。かかる制御領域としては、プロモーター及び転写開始点を含む転写開始制御領域、リボソーム結合部位及び開始コドンを含む翻訳開始領域並びに分泌シグナルペプチド領域から選ばれる１以上の領域などが挙げられる。当該転写開始制御領域には、上記のσＤ因子依存型プロモーターが少なくとも含まれるが、更にその他のプロモーターを作動可能に連結させてもよい。
【００４１】
上記の微生物を用いた異種タンパク質の製造は、上記異種タンパク質の遺伝子を上記のとおり宿主となる微生物に導入して得られる菌株を、例えば同化性の炭素源、窒素源、その他の必須成分を含む培地に接種して培養して行うことができる。培養方法は、原則的には一般的な微生物の培養方法であってもよく、通常、液体培養による振盪培養、通気撹拌培養等の好気的条件下で実施するのが好ましい。培養終了後、培養液を遠心分離し、得られる上清又は菌体から、目的の異種タンパク質を、硫安沈殿やクロマトグラフィなどを適宜組み合わせ、常法に従い抽出・精製することにより得ることができる。以下の実施例において、本発明の方法について説明するが、本願発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【実施例】
【００４２】
以下に、本発明の微生物の作製方法及び当該微生物を用いたタンパク質の製造方法について枯草菌を例として具体的に説明するが、当該発明は枯草菌に限定されるものではない。
【００４３】
枯草菌１６８株のゲノム領域から、下記の配列番号で示される一対のオリゴヌクレオチドセット（表３）により挟み込まれる領域を欠失したゲノム構造を有する枯草菌変異株
（ｆｌｇＭ＋ｃｓｒＡ二重欠失株：配列番号１及び２（ｆｌｇＭ遺伝子欠失用）、及び配列番号３及び４（ｃｓｒＡ遺伝子欠失用）；Ｆｌａ領域欠失株：配列番号５及び６）を作製した。
【００４４】
【表３】
【００４５】
以下の実施例におけるＤＮＡ断片増幅のためのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）には、ＧｅｎｅＡｍｐ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（アプライドバイオシステムズ社製）を使用し、ＰｒｉｍｅＳＴＡＲ Ｐｒｅｍｉｘ（タカラバイオ社製）と付属の試薬類を用いてＤＮＡ増幅を行った。ＰＣＲの反応液組成は、適宜希釈した鋳型ＤＮＡを１μＬ、センスプライマー及びアンチセンスプライマーを各々２０ｐｍｏｌ、及びＰｒｉｍｅＳＴＡＲ Ｍａｘ Ｐｒｅｍｉｘを２５μＬ添加して、反応液総量を５０μＬとした。ＰＣＲの反応条件は、９８℃で１０秒間、５７℃で３０秒間及び７２℃で１〜５分間（目的増幅産物に応じて調整。目安は１ｋｂあたり１分）の３段階の温度変化を３０回繰り返し、とした。
【００４６】
また、以下の実施例において、遺伝子の上流とは、複製開始点からの位置ではなく、各操作・工程において対象となる遺伝子の開始コドンの５’側に続く領域を意味し、一方下流とは、各操作・工程において対象となる遺伝子の終始コドンの３’側に続く領域を意味する。
【００４７】
以下の実施例における各遺伝子及び遺伝子領域の名称は、Ｎａｔｕｒｅ，３９０，２４９−２５６，（１９９７）で報告され、ＪＡＦＡＮ：Ｊａｐａｎ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｎｅｔｗｏｒｋ ｆｏｒ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ（ＢＳＯＲＦ ＤＢ）でインターネット公開（ｈｔｔｐ：／／ｂａｃｉｌｌｕｓ．ｇｅｎｏｍｅ．ａｄ．ｊｐ／、２００４年３月１０日更新）された枯草菌ゲノムデータに基づいて記載したものである。
【００４８】
枯草菌の形質転換はコンピテントセル法（Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，９３，１９２５（１９６７））にて行った。すなわち、枯草菌をＳＰＩ培地（０．２０％硫酸アンモニウム、１．４０％リン酸水素二カリウム、０．６０％リン酸二水素カリウム、０．１０％クエン酸三ナトリウム二水和物、０．５０％グルコース、０．０２％カザミノ酸（Ｄｉｆｃｏ社製）、５ｍＭ硫酸マグネシウム、０．２５μＭ塩化マンガン、５０μｇ／ｍＬトリプトファン）において３７℃で、生育度（ＯＤ600）の値が１程度になるまで振盪培養し、振盪培養後、培養液の一部を９倍量のＳＰＩＩ培地（０．２０％硫酸アンモニウム、１．４０％リン酸水素二カリウム、０．６０％リン酸二水素カリウム、０．１０％クエン酸三ナトリウム二水和物、０．５０％グルコース、０．０１％カザミノ酸（Ｄｉｆｃｏ社製）、５ｍＭ硫酸マグネシウム、０．４０μＭ塩化マンガン、５μｇ／ｍＬトリプトファン）に接種し、更に生育度（ＯＤ600）の値が０．４程度になるまで振盪培養することで、枯草菌のコンピテントセルを調製した。
【００４９】
次いで調製したコンピテントセル懸濁液（ＳＰＩＩ培地における培養液）１００μＬに各種ＤＮＡ断片を含む溶液（ＳＯＥ−ＰＣＲの反応液等）５μＬを添加し、３７℃で１時間振盪培養後、適切な薬剤を含むＬＢ寒天培地（１％ トリプトン、０．５％ 酵母エキス、１％ ＮａＣｌ、１．５％ 寒天）に全量を塗沫した。３７℃における静置培養の後、生育したコロニーを形質転換体として分離した。得られた形質転換体のゲノムを抽出し、これを鋳型とするＰＣＲによって目的とするゲノム構造の改変が為されたことを確認した。
【００５０】
目的のタンパク質を発現するプラスミドの宿主微生物への導入は、プロトプラスト形質転換法（Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．，１６８，１１１（１９７９））により行った。組換え微生物によるタンパク質生産の際の培養には、ＬＢ培地（１％ トリプトン、０．５％ 酵母エキス、１％ ＮａＣｌ）、２×Ｌ−マルトース培地（２％ トリプトン、１％ 酵母エキス、１％ ＮａＣｌ、７．５％ マルトース、７．５ｐｐｍ硫酸マンガン４−５水和物）を用いた。
【００５１】
実施例１（ｆｌｇＭ遺伝子欠失株の構築）：
枯草菌σＤのアンチシグマとして知られているＦｌｇＭをコードする遺伝子ｆｌｇＭの欠失株は、以下の方法により構築した。枯草菌１６８株から抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として、表２に示すプライマーｆｌｇＭ−Ｆ１（配列番号７）とｆｌｇＭ−Ｒ１（配列番号８）、ｆｌｇＭ−Ｆ２（配列番号９）とｆｌｇＭ−Ｒ２（配列番号１０）の各プライマーセットを用いて、ゲノム上のｆｌｇＭ遺伝子領域の上流（Ａ）と下流（Ｂ）に隣接するそれぞれ約５００ｂｐの断片をＰＣＲにより増幅した。また、スペクチノマイシン耐性遺伝子を有するプラスミドｐＡＰＮＣ２１３（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１４８，３５３９−３５５２（２００２））を鋳型として、表２に示すｒＰＣＲ−ｓｐｅｃＦ（配列番号２３）とｒＰＣＲ−ｓｐｅｃＲ（配列番号２４）のプライマーセットを用いてスペクチノマイシン耐性遺伝子カセット（Ｃ）をＰＣＲにより増幅した。次に、得られた（Ａ）（Ｂ）（Ｃ）３断片を混合して鋳型とし、ｆｌｇＭ−Ｆ１とｆｌｇＭ−Ｒ２のプライマーを用いてＳＯＥ（ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｂｙ ｏｖｅｒｌａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１（１９８９））を行ない、３断片を（Ａ）−（Ｃ）−（Ｂ）の順になる様に結合させ、遺伝子欠失用のＤＮＡ断片を得た（図１）。このＤＮＡ断片を用いて、コンピテントセル法により枯草菌１６８株の形質転換を行い、スペクチノマイシン（１００ｍｇ／Ｌ）を含むＬＢ寒天培地上に生育したコロニーを形質転換体として分離した。得られた形質転換体からゲノムＤＮＡを抽出し、これを鋳型とするＰＣＲによってｆｌｇＭ遺伝子がクロラムフェニコール耐性遺伝子と置換されていることを確認した。以上のようにして得られた変異株をｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株とした。
【００５２】
実施例２（ｃｓｒＡ遺伝子欠失株の構築）：
大腸菌でｍＲＮＡからの翻訳制御因子として知られているＣｓｒＡをコードするｃｓｒＡ遺伝子の欠失株は、以下の方法により構築した。枯草菌１６８株から抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として表２に示すプライマーｃｓｒＡ−Ｆ１（配列番号１１）とｃｓｒＡ−Ｒ１（配列番号１２）、ｃｓｒＡ−Ｆ２（配列番号１３）とｃｓｒＡ−Ｒ２（配列番号１４）の各プライマーセットを用いて、ゲノム上のｃｓｒＡ遺伝子領域の上流（Ａ）と下流（Ｂ）に隣接するそれぞれ約５００ｂｐの断片をＰＣＲにより増幅した。また、クロラムフェニコール耐性遺伝子を有するプラスミドｐＤＬＴ３（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１４８，３５３９−３５５２（２００２））を鋳型として、表４に示すｒＰＣＲ−ＣｍＦ（配列番号２５）とｒＰＣＲ−ＣｍＲ（配列番号２６）のプライマーセットを用いてクロラムフェニコール耐性遺伝子カセット（Ｃ）をＰＣＲにより増幅した。次に、得られた（Ａ）（Ｂ）（Ｃ）３断片を混合して鋳型とし、ｃｓｒＡ−Ｆ１とｃｓｒＡ−Ｒ２のプライマーを用いてＳＯＥ（ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｂｙ ｏｖｅｒｌａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１，１９８９）を行ない、３断片を（Ａ）−（Ｃ）−（Ｂ）の順になる様に結合させ、遺伝子欠失用のＤＮＡ断片を得た（図２）。このＤＮＡ断片を用いて、コンピテントセル法により枯草菌１６８株と実施例１で作製したｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株の形質転換を行い、クロラムフェニコール（５ｍｇ／Ｌ）を含むＬＢ寒天培地上に生育したコロニーを形質転換体として分離した。得られた形質転換体からゲノムＤＮＡを抽出し、これを鋳型とするＰＣＲによって、ｃｓｒＡ遺伝子がスペクチノマイシン耐性遺伝子と置換されていることを確認した。以上のようにして得られた変異株をそれぞれｃｓｒＡ：：ｃｍ株と１６８ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株とした。
【００５３】
実施例３（Ｆｌａ領域マーカーレス削除株の構築）：
本実施例では、枯草菌１６８株のゲノム上のｙｖｙＤ遺伝子とｃｏｍＦＣ遺伝子に挟まれる領域で、走化性に関与する遺伝子群領域（以後、Ｆｌａ領域）を欠失させた変異株を、森本らの方法（Ｇｅｎｅｓ＆Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ，８４，３１５（２００９））に従い作製した。またそのフローを図３に示す。
【００５４】
＜選択マーカー遺伝子カセットＤＮＡの増幅＞：
枯草菌ＴＭＯ３１０株（Ｇｅｎｅｓ＆Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ，８４，３１５（２００９））の染色体ＤＮＡを鋳型として、ＡＰＮＣ−Ｆプライマー（配列番号２７）とｃｈｐＡ−Ｒプライマー（配列番号２８）を用いて、ＰＣＲにより選択マーカー遺伝子カセットＤＮＡ断片を増幅した。
【００５５】
＜供与体ＤＮＡの作製＞：
枯草菌１６８株の染色体ＤＮＡを鋳型として、欠失対象領域の５’外側領域（断片Ａ）、欠失対象領域の３’外側領域（断片Ｂ）の２断片を、それぞれＦｌａ−ＤＦ１（配列番号１５）とＦｌａ−ＤＲ１（配列番号１６）、及びＦｌａ−ＤＦ２（配列番号１７）とＦｌａ−ＤＲ２（配列番号１８）のプライマーセットを用いて、ＰＣＲにより増幅した（図３）。また、Ｆｌａ−ＩＦ（配列番号１９）とＦｌａ−ＩＲ（配列番号２０）のプライマーセットを用いて、ＰＣＲによりＦｌａ領域内部配列（断片Ｃ）を増幅した（図３）。
【００５６】
これらＰＣＲによって得られた選択マーカー遺伝子カセット、５’外側領域（断片Ａ）、３’外側領域（断片Ｂ）及びＦｌａ領域内部配列（断片Ｃ）の４断片、並びに、Ｆｌａ−ＤＦ１（配列番号１５）とＦｌａ−ＩＲ（配列番号２０）のプライマーセットを用いて、ＳＯＥ−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１（１９８９））を行った。これにより、図３に示すような、５’外側領域（断片Ａ）、３’外側領域（断片Ｂ）、選択マーカー遺伝子カセット及びＦｌａ領域内部配列（断片Ｃ）がこの順で配置したＤＮＡ断片を得ることができた。本実施例では、このＤＮＡ断片を供与体ＤＮＡとして使用した。
【００５７】
＜形質転換＞：
上述のように取得された供与体ＤＮＡを用いて、枯草菌１６８株を形質転換した。形質転換は、コンピテントセル形質転換法により行い、１μｇ以上のＰＣＲ産物（供与体ＤＮＡ）を４００μｌのコンピテントセルに添加し、更に１．５時間培養し、第１相同組み換え（図３）を行った。
【００５８】
組み換えにより導入されたスペクチノマイシン耐性遺伝子を用いて、形質転換体を選抜した。具体的には、上記形質転換処理後の細胞を、１００μｇ／ｍＬのスペクチノマイシンを含むＬＢ寒天平板培地にて３７℃で一晩培養してコロニーを形成させ、生存可能な菌株を取得した。すなわち、相同組み換えによって供与体ＤＮＡが組み込まれ、スペクチノマイシン耐性を獲得した枯草菌のみが、この培養により生育し、コロニーを形成する。取得した株を１６８（Ｆｌａ：：ｓｐｅｃ，ｌａｃＩ，Ｐｓｐａｃ−ｃｈｐＡ）株とした。
【００５９】
＜１６８（Ｆｌａ：：ｓｐｅｃ，ｌａｃＩ，Ｐｓｐａｃ−ｃｈｐＡ）株のゲノム内相同組換え＞：
１６８（Ｆｌａ：：ｓｐｅｃ，ｌａｃＩ，Ｐｓｐａｃ−ｃｈｐＡ）株を、ＬＢ液体培地で一晩培養した。培養液を希釈後、１ｍＭ ＩＰＴＧを添加したＬＢ寒天プレートに塗布した結果、コロニー形成が確認された。ＩＰＴＧ含有ＬＢ寒天プレート上で生存し、コロニー形成が確認されたこれらの形質転換枯草菌は、ゲノム内相同組み換えによって上記供与体ＤＮＡとともにＡ断片とＢ断片に挟まれる領域がゲノムＤＮＡから欠失したものである（図３）。更に、本実施例では、以上により得られた形質転換枯草菌の単コロニーについて、欠失対象領域（Ｆｌａ領域）の欠失を、Ｆｌａ−ｃｈｅｃｋＦプライマー（配列番号２１）とＦｌａ−ｃｈｅｃｋＲプライマー（配列番号２２）を用いて、ＰＣＲにより確認した（図３）。得られた株を１６８ΔＦｌａ株とした。
【００６０】
【表４】
【００６１】
実施例４（アルカリセルラーゼ生産用プラスミドの作製）：
図４に示すように、アルカリセルラーゼ遺伝子上流領域にＳｉｇＤ依存型のプロモーター配列を挿入したプラスミドを構築し。具体的には、枯草菌１６８株から抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として、表５に示すＢ−Ｐｈａｇ Ｆｗ（配列番号２９）とＰｈａｇ−Ｓｓｉｇ Ｒｖ（配列番号３０）のプライマーセットを用いて、ゲノム上のｈａｇ遺伝子領域の上流に隣接する約０．３ｋｂｐ断片（Ａ）をそれぞれ調製した。また、シャトルベクターｐＨＹ３００ＰＬＫのＢａｍＨＩ制限酵素切断点に、バチルス属細菌 ＫＳＭ−Ｓ２３７株（ＦＥＲＭ ＢＰ−７８７５）由来のＳ２３７アルカリセルラーゼ遺伝子（特開２０００−２１００８１号公報参照）をコードするＤＮＡ断片を挿入した組換えプラスミドｐＨＹ−Ｓ２３７を鋳型とし、表３に示すＰｈａｇ−Ｓｓｉｇ Ｆｗ（配列番号３１）とＢ−Ｓｔｅｒ Ｒｖ（配列番号３２）のプライマーセットを用いて、約２．４ｋｂｐ断片（Ｂ）を調製した。次いで、得られた（Ａ）（Ｂ）２断片を混合して鋳型とし、表３に示すＢ−Ｐｈａｇ Ｆｗ（配列番号２９）とＢ−Ｓｔｅｒ Ｒｖ（配列番号３２）のプライマーセットを用い、ＳＯＥ−ＰＣＲを行い、２断片が（Ａ）（Ｂ）の順に結合した約２．７ｋｂｐのＤＮＡ断片（Ｃ）を得た。得られたＤＮＡ断片（Ｃ）を、シャトルベクターｐＨＹ３００ＰＬＫのＢａｍＨＩ制限酵素切断点に挿入し、組換えプラスミドｐＨＹ−Ｐｈａｇ−Ｓ２３７を構築した。
【００６２】
【表５】
【００６３】
実施例５（セルラーゼ生産量評価）：
実施例１から実施例３で構築したｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株、ｃｓｒＡ：：ｃｍ株、１６８ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株、１６８ΔＦｌａ株、及び枯草菌１６８株に、実施例５で構築したアルカリセルラーゼ遺伝子発現用プラスミドを導入した。また、ＳｉｇＡ依存型プロモーターであるＳ２３７プロモーター領域の下流にＳ２３７セルラーゼ遺伝子を挿入したプラスミドｐＨＹ−Ｓ２３７を枯草菌１６８株に導入し、コントロールとして用いた。
【００６４】
得られた菌株を、５ｍＬのＬＢ培地で３０℃で１５時間振盪培養し、更にこの培養液０．６ｍＬを３０ｍＬの２×Ｌ−マルトース培地（２％トリプトン、１％酵母エキス、１％塩化ナトリウム、７．５％マルトース、７．５ｐｐｍ硫酸マンガン４−５水和物、１５ｐｐｍテトラサイクリン）に接種し、３０℃で２日間振盪培養した（測定誤差を算出するため、培養を３回行った）。２日間培養後、遠心分離によって菌体を除き、得られた培養液上清のアルカリセルラーゼ活性を測定した。セルラーゼ活性は、１／７．５Ｍ リン酸緩衝液（ｐＨ７．４ 和光純薬社製）で適宜希釈したサンプル溶液５０μＬに０．４ｍＭ ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−セロトリオシド（生化学工業社製）を５０μＬ添加して混合し、３０℃にて反応を行った際に遊離するｐ−ニトロフェノール量を４２０ｎｍにおける吸光度（ＯＤ420）変化を測定することにより定量した。アルカリセルラーゼの活性値は、１分間に１μｍｏｌのｐ−ニトロフェノールを遊離させる酵素量を１Ｕと定義した。培養の結果を図５に示す。また、表４には培養３日目の各株のセルラーゼ生産量を、１６８株にｐＨＹ−Ｓ２３７を導入した株（コントロール株）の生産量に対する相対値として表わした（表４；表の値は平均値±標準偏差（Ｎ＝３）を示す）。
【００６５】
１６８株にｐＨＹ−Ｓ２３７を形質転換したコントロール株の場合では、４０００Ｕ／Ｌ程度の生産性が観察された。これに対し、ｐＨＹ−Ｐｈａｇ−Ｓ２３７で形質転換した場合では、１６８株では約２０００Ｕ／Ｌの生産性しか観察できなかったが、ｃｓｒＡ：：ｃｍ株、ｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株、ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株、ΔＦｌａ株の順に生産性が向上し、ΔＦｌａ株を用いた場合ではコントロールの約２．５倍の、約１００００Ｕ／Ｌのアルカリセルラーゼ生産性を示すことが明らかとなった（図５、表６）。
【００６６】
以上の結果より、σＤにより転写制御されるプロモーターの下流に目的タンパク質の遺伝子を配置したプラスミドを用い、１６８ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株、１６８ΔＦｌａ株を用いてタンパク質の生産を行うことで、１６８株の場合やｆｌｇＭ遺伝子の単独削除株の場合よりも高いタンパク質生産性を示すことが明らかとなり、従来から使用されるσＡ依存型の発現系よりも高いタンパク質生産性を示すことも明らかとなった。
【００６７】
【表６】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、σＤ因子抑制解除株、及びそれを用いたタンパク質の製造方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
微生物による有用物質の工業的生産は、アルコール飲料や味噌、醤油等の食品の醸造をはじめとして、アミノ酸、有機酸、核酸関連物質、抗生物質、糖質、脂質、タンパク質等の工業的生産など、多岐に渡って実施されている。またその用途も、食品をはじめとして、医薬、洗剤、化粧品等の日用品、あるいは各種化成品原料に至るまで、幅広い分野に広がっている。
【０００３】
微生物を用いた有用物質の工業的生産における一つの重要課題として、当該有用物質の生産性向上が挙げられる。従来、当該課題を解決するため、突然変異等の遺伝学的手法による高生産菌の育種が行われてきた。特に最近では、微生物遺伝学、バイオテクノロジーの発展により、遺伝子組換え技術等を用いた、より効率的な高生産菌の育種が行われている。更に、近年のゲノム解析技術の急速な発展を受け、対象とする微生物のゲノム情報を解読し、これらを積極的に産業に応用する試みもなされている。
【０００４】
近年、枯草菌ゲノムに存在する約４１００種類の遺伝子の破壊株が網羅的に研究され、２７１個の遺伝子が成育に必須であることが報告されている（非特許文献１）。また、本出願人は、枯草菌の遺伝子破壊株を網羅的に解析し、枯草菌ゲノムの大領域を欠失させ、各種酵素の生産性に優れた変異株の創出に成功している（特許文献１）。
【０００５】
σ（シグマ）因子とは、σサブユニットとも呼ばれており、真正細菌においてＤＮＡ上で転写を開始する場所を決定するタンパク質である。σ因子はＲＮＡポリメラーゼのコア酵素と結合することでホロ酵素となり、遺伝子上流のプロモーター領域を認識しＲＮＡ合成を開始する。プロモーター領域には特定の遺伝子のグループごとにコンセンサス配列が２ヶ所存在し、これらは−１０と−３５の領域と呼ばれ、これらの配列がσ因子によって認識される。
【０００６】
通常、生物はσ因子を多数有し、環境に応じてその存在比率を変化させることで、その環境に適した遺伝子群の転写・発現を制御している。σ因子のうち、増殖に必須なものを主要σ因子と称し、それに構造が酷似するが必須でないものを非主要σ因子と称する。また、枯草菌の胞子形成σ因子のように、類似性が低いが胞子形成や熱ストレスなどの特殊環境において機能するσ因子を副次的σ因子と称する。枯草菌においては、主要σ因子としてσＡ、副次的σ因子は胞子形成σとしてσＥ、σＦ、σＧ、σＨ、σＫ、鞭毛形成σ因子としてσＤ、熱ショックσ因子としてσＩ、ストレス応答σ因子としてσＢ、ＥＣＦσ因子としてσＭ、σＶ、σＷ、σＸ、σＹ、σＺなどが報告されている。生育に必須な遺伝子群（ハウスキーピング遺伝子群）は通常、σＡ因子により制御されており、遺伝子組換えによるタンパク質生産も、通常このσＡ因子により制御されている。
【０００７】
σ因子の存在比率の変化は、σ因子の制御因子であるアンチσ因子の作用によりなされる。アンチσ因子は対応するσ因子に特異的に結合してホロ酵素形成を妨げることで、その活性を抑制する。大腸菌のアンチσ因子としては、σＦに対するＦｌｇＭ、σＥに対するＲｓｅ、σＳに対するＲｓｄなどが知られている。枯草菌のアンチσ因子としては、σＤに対するＦｌｇＭ、σＢに対するＲｓｂＷなどが知られている。また、アンチσ因子により強く結合することでσ因子の抑制を解除するアンチアンチσ因子の存在も知られている。例えば、σＢのアンチσ因子であるＲｓｂＷにアンチアンチσ因子であるＲｓｂＶが結合すると、σＢが活性化する。このように、σ因子は多くの制御因子によって複雑に制御されている。
【０００８】
このような知見を基に、σ因子の制御によりタンパク質生産の効率を向上させる試みが、従来なされてきた。例えば、特許文献２では、σＡタンパク質の遺伝子の上流に、主に培養後期で機能するσＨ依存型プロモーターを挿入してσＡの量を培養後期でも多い状態にした結果、既存のσＡ依存型プロモーターと比較し、タンパク質の生産量が１４６％にまで向上したことを報告している。特許文献３では、発現させる遺伝子のプロモーターをσＡ＋σＥ依存型プロモーターに置換することにより、既存のσＡ依存型プロモーターと比較し、タンパク質の生産量が、１６５％にまで向上したことを報告している。特許文献４では、σＢ遺伝子やσＤ遺伝子等を欠失させることにより、プロテアーゼの生産量が野生株に対して１５０〜３００％にまで向上したことを報告している。但しこれらのタンパク質発現系はいずれも、主にσＡ因子に依存したタンパク質の発現であり、その他のσ因子に依存したタンパク質の発現系の構築に関するものではない。
【０００９】
σＤは鞭毛形成σ因子とも呼ばれ、鞭毛遺伝子群と細胞壁分解関連の遺伝子の転写に関与する。鞭毛が形成されない場合でもσＤ因子は弱く発現しており、その場合には、アンチσ因子であるＦｌｇＭがσＤに結合し、ＲＮＡポリメラーゼホロ酵素形成を抑えることでその機能を阻害しており（非特許文献１から３）、その裏付けとして、σＤ依存型プロモーターｈａｇの制御下にｌａｃＺ遺伝子を連結させた発現系において、ｆｌｇＭの遺伝子を削除すると、当該ｈａｇプロモーターの活性が向上することが報告されている（非特許文献４及び５）。
【００１０】
しかしながら、σＤ因子依存型のタンパク質発現系に関する報告は少なく、更には、σＤ因子依存型の発現系がその抑制因子であるｆｌｇＭ遺伝子の削除によりσＡ依存型発現系よりも高い発現量を示すことや、ｆｌｇＭ遺伝子以外の遺伝子も併せて削除することで更に抑制が解除されてタンパク生産効率の向上に結びつくことは何ら報告されていない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１１】
【特許文献１】特開２００７−１３００１３号公報
【特許文献２】特開２００５−２７８６４５号公報
【特許文献３】特開２００５−２７８６４４号公報
【特許文献４】特開２００９−２２５８０４号公報
【非特許文献】
【００１２】
【非特許文献１】Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９４）１７６，４４９２−４５００
【非特許文献２】Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９８）２７４，１２１０３−１２１０７
【非特許文献３】Ｋ．Ｋｏｂａｙａｓｈｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１００，４６７８−４６８３，２００３
【非特許文献４】Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９６）１７８，３１１３−３１１８
【非特許文献５】Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（２０００）１８２，３０５５−３０６２
【非特許文献６】Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，２，１３５（１９９９）
【非特許文献７】Ｇｅｎｅ ３２９(２００４)１２５-１３６
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１３】
本発明は、新規な微生物、及び当該微生物を用いたタンパク質の製造方法に関する。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明者らは、異種タンパク質をコードする遺伝子を、σＤ因子依存型プロモーターの制御下に連結して導入した宿主微生物において、σＤ因子の抑制を解除することにより、当該異種タンパク質の生産が顕著に向上することを見出し、本発明を完成させるに至った。
【００１５】
すなわち本発明は、以下の（１）から（９）に係るものである。
（１） σＤ因子依存型プロモーターの制御下にある、ＬａｃＺ以外の異種タンパク質をコードする遺伝子を導入した微生物であって、σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制が解除された微生物。
（２） 前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれら遺伝子に相当する遺伝子のうち、少なくともｆｌｇＭ遺伝子又はこれに相当する遺伝子を含む１以上の欠失又不活性化、又はｃｓｒＡ遺伝子及びｆｌｇＭ遺伝子又はこれらに相当する遺伝子を含む２つ以上の欠失又は不活性化によりなされる、上記（１）記載の微生物。
（３） 前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれらの遺伝子に相当する遺伝子群を含んでなる染色体領域の欠失又は不活性化によりなされる、上記（２）記載の微生物。
（４） 前記σＤ因子依存型プロモーターが、下記に記載の−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列を含むいずれかのプロモーターであることを特徴とする、上記（１）から（３）のいずれか1項記載の微生物。
【００１６】
【表１】
（５） 前記σＤ因子依存型プロモーターが、枯草菌ｃｈｅＶ、ｄｅｇＲ、ｄｌｔＡ，ｅｐｒ、ｆｌｇＢ、ｆｌｉＨ、ｆｌｉＫ、ｆｌｉＬ、ｈａｇ、ｌｙｔＡ、ｌｙｔＤ、ｌｙｔＦ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＢ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｎｆｒＡ、ｓｉｇＡ、ｔｌｐＡ、ｔｌｐＢ、ｔｌｐＣ、ｘｆｍＴ、ｙｂｄＯ、ｙｆｍＴ、ｈｅｍＡＴ、ｙｊｂＪ、ｙｊｃＰ、ｙｊｆＢ、ｙｌｑＢ、ｙｏａＨ、ｙｓｃｂ、ｙｖｙＣ、ｙｖｙＦ、ｙｗｔＤ及びｙｘｋＣらなる群から選ばれる遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターである、上記（１）から（４）のいずれか１項記載の微生物。
（６） バチルス属細菌である上記（１）から（５）のいずれか１項記載の微生物。
（７） 前記バチルス属細菌が枯草菌である、上記（６）記載の微生物。
（８） 上記（１）から（７）のいずれか１項記載の微生物を用いた、ＬａｃＺ以外の目的タンパク質の製造方法。
【発明の効果】
【００１７】
本願発明の微生物を用いれば、目的の異種タンパク質を効率よく大量生産することが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】ＳＯＥ−ＰＣＲによるｆｌｇＭ遺伝子欠失用ＤＮＡ断片の調製、及び当該ＤＮＡ断片を用いて標的遺伝子を欠失させる（スペクチノマイシン耐性遺伝子と置換）方法を模式的に示す図。
【図２】ＳＯＥ−ＰＣＲによるｃｓｒＡ遺伝子欠失用ＤＮＡ断片の調製、及び当該ＤＮＡ断片を用いて標的遺伝子を欠失させる（クロラムフェニコール耐性遺伝子と置換）方法を模式的に示す図。
【図３】Ｆｌａ領域削除株（マーカーレス）の構築方法を模式的に示す図。
【図４】ＳｉｇＤ依存型のプロモーター配列を導入したアルカリセルラーゼ発現用プラスミドの構築方法を模式的に示す図。
【図５】培養２日目の各種変異株の菌体増殖、セルラーゼ生産量を示すグラフ。数値はそれぞれ培養を３回行い得られた値の平均値を示し、エラーバーは標準偏差を示す（Ｎ＝３）。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
本願発明では、宿主微生物に導入されるＬａｃＺ以外の異種タンパク質をコードする遺伝子が、σＤ因子により転写が制御されるσＤ因子依存型プロモーターの制御下にあることを特徴とする。前記σＤ因子依存型プロモーターは下記表２に記載の配列を−３５領域及び−１０領域に含むコンセンサス配列を有するプロモーターである（非特許文献６、非特許文献７、ＤＢＴＢＳ（ｈｔｔｐ:／／ｄｂｔｂｓ.ｈｇｃ.ｊｐ／）。
【００２０】
【表２】
【００２１】
当該σＤ因子依存型プロモーターの例としては、枯草菌ｃｈｅＶ、ｄｅｇＲ、ｄｌｔＡ，ｅｐｒ、ｆｌｇＢ、ｆｌｉＨ、ｆｌｉＫ、ｆｌｉＬ、ｈａｇ、ｌｙｔＡ、ｌｙｔＤ、ｌｙｔＦ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＢ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｎｆｒＡ、ｓｉｇＡ、ｔｌｐＡ、ｔｌｐＢ、ｔｌｐＣ、ｘｆｍＴ、ｙｂｄＯ、ｙｆｍＴ、ｈｅｍＡＴ、ｙｊｂＪ、ｙｊｃＰ、ｙｊｆＢ、ｙｌｑＢ、ｙｏａＨ、ｙｓｃｂ、ｙｖｙＣ、ｙｖｙＦ、ｙｗｔＤ及びｙｘｋＣなどの遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターが挙げられる（非特許文献６、非特許文献７、ＤＢＴＢＳ（ｈｔｔｐ:／／ｄｂｔｂｓ.ｈｇｃ.ｊｐ／）が、目的タンパク質の生産性向上の観点から、タイリングアレイ解析結果（（ＤＮＡ ＲＥＳＥＡＲＣＨ １５，７３−８１（２００８））において転写量が高いｃｈｅＶ、ｅｐｒ、ｈａｇ、ｈｅｍＡＴ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｙｊｂＪ、ｙｊｆＢ、ｙｊｃＰ、ｙｌｑＢ遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターが好ましく、その中でも特にｈａｇ遺伝子のプロモーター又はこれに相当するプロモーターが好ましい。
【００２２】
枯草菌以外であって遺伝子の名称が異なる場合であっても、鞭毛遺伝子群と細胞壁分解関連の遺伝子の転写に関与するσ因子依存的に発現する遺伝子のプロモーターを用いることができる。
【００２３】
例えば枯草菌ｈａｇにおいて、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｈａｇ（ＢＬ０３３７４）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｈａｇ（ＢＭＤ＿１０９８）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｈａｇ（ＢＢＲ４７＿５３３５０）又はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｋ−１２ではｆｌｉＣ（ｂ１９２３）遺伝子のプロモーターが相当するプロモーターである。
【００２４】
本願発明に係る微生物は、σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制が解除されることを特徴とする。σＤ因子とは、細胞内に多数存在するσ因子の一つであり、例えば枯草菌のσＤ因子は鞭毛形成、走化性や細胞壁溶解などに関わる細胞表層タンパクをコードする遺伝子の転写を制御することが知られている。
【００２５】
本願では枯草菌σＤ因子を例として記載するが、他の菌においては例えばＢａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｓｉｇＤ（ＢＬ０１２４６）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｓｉｇＤ（ＢＭＤ＿４１５４）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｓｉｇＤ（ＢＢＲ４７＿３４５４０）又はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｋ−１２ではｆｌｉＡ（ｂ１９２２）の遺伝子が枯草菌σＤ因子に相当する因子をコードする。
【００２６】
σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除は、宿主微生物において、ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれらに相当する遺伝子のうち、少なくともｆｌｇＭ遺伝子又はこれに相当する遺伝を含む１つ以上の遺伝子を欠失又は不活性化する、又はｃｓｒＡ遺伝子及びｆｌｇＭ遺伝子又はこれらに相当する遺伝子を含む２つ以上の遺伝子を、欠失又は不活性化することよりなされ、好ましくは、上記枯草菌ｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群又はこれらに相当する遺伝子群を全て含んでなる固有の染色体領域（以下Ｆｌａ領域という）の欠失又は不活性化によりなされる。なお、ｃｓｒＡ遺伝子は、ｓｉｇＤ遺伝子の転写産物（ｍＲＮＡ）に結合してその翻訳を阻害すると推察されるＣｓｒＡタンパク質をコードする遺伝子であり、一方ｆｌｇＭ遺伝子は、転写・翻訳を経て合成されたσＤタンパク質と結合することにより、その活性を抑制するＦｌｇＭタンパク質をコードする遺伝子である。
【００２７】
例えばＢａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｃｓｒＡ（ＢＬ０３３７３）及びｆｌｇＭ（ＢＬ０３３６７）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｃｓｒＡ（ＢＭＤ＿５０９６）及びｆｌｇＭ（ＢＭＤ＿５１０１）、Ｂｒｅｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｃｓｒＡ（ＢＢＲ４７＿５３３６０）及びｆｌｇＭ（ＢＢＲ４７＿５３４２０）又はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｋ−１２ではｃｓｒＡ（ｂ２６９６）及びｆｌｇＭ（ｂ１０７１）が相当する遺伝子である。
【００２８】
また、Ｆｌａ領域については、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＡＴＣＣ１４５８０ではｆｌｉＴＳＤ〜ｙｖｙＦ領域が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ ＤＳＭ３１９ではｆｌｉＴＳＤ〜ｙｖｙＦ領域が、Ｂｒｅｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓではｈａｇからｙｖｙＦまでの領域が相当する領域である。
【００２９】
本発明における、上記の遺伝子領域の削除又は不活性化の具体例として、ＳＯＥ（ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｂｙ ｏｖｅｒｌａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１（１９８９））によって調製される削除用ＤＮＡ断片を用いた二重交差法による削除方法を例示するが、本発明における遺伝子削除又は不活性化方法はこの方法に限定されない。
【００３０】
本方法で用いる削除用ＤＮＡ断片は、削除対象遺伝子又は遺伝子領域の上流に隣接する約０．２〜３ｋｂ断片と、同じく下流に隣接する約０．２〜３ｋｂ断片の間に、薬剤耐性マーカー遺伝子断片を挿入して構築した断片である。まず、１回目のＰＣＲによって、削除対象遺伝子又は遺伝子領域の上流断片及び下流断片、並びに薬剤耐性マーカー遺伝子断片の３断片を調製するが、この際、例えば、上流断片の下流末端に薬剤耐性マーカー遺伝子の上流側１０〜３０塩基対配列、逆に下流断片の上流末端には薬剤耐性マーカー遺伝子の下流側１０〜３０塩基対配列が付加されるようにデザインされたプライマーを用いる（図１又は図２）。
【００３１】
次いで、１回目に調製した３種類のＰＣＲ断片を鋳型とし、上流断片の上流側プライマーと下流断片の下流側プライマーを用いて２回目のＰＣＲを行うことによって、上流断片の下流末端及び下流断片の上流末端に付加した薬剤耐性マーカー遺伝子配列において、薬剤耐性マーカー遺伝子断片とのアニーリングが生じ、ＰＣＲ増幅の結果、上流側断片と下流側断片の間に、薬剤耐性マーカー遺伝子が挿入されたＤＮＡ断片が得られる（図１又は図２）。
【００３２】
適切なプライマーセットと適切な鋳型ＤＮＡを用い、Ｐｙｒｏｂｅｓｔ ＤＮＡポリメーラーゼ（宝酒造）などの一般のＰＣＲ用酵素キット等を用いて、“ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”，Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｂ．Ａ．Ｗｈｉｔｅ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，ｐｐ２５１（１９９３）、Ｇｅｎｅ，７７，６１，（１９８９）等に示される通常の条件によりＳＯＥ−ＰＣＲを行うことによって、各遺伝子の削除用ＤＮＡ断片が得られる。
【００３３】
かくして得られた削除用ＤＮＡ断片を、コンピテント法等によって細胞内に導入すると、削除対象遺伝子又は遺伝子領域の上流及び下流の、上記削除用ＤＮＡ断片との相同領域おいて、細胞内での遺伝子組換えが生じ、削除対象遺伝子又は遺伝子領域が薬剤耐性遺伝子で置換された細胞を、薬剤耐性マーカーによる選抜により単離できる。薬剤を含む寒天培地上に生育するコロニーを単離し、目的の遺伝子が削除されて薬剤耐性遺伝子と置換していることを、ゲノムを鋳型としたＰＣＲ法などによって確認すればよい。
【００３４】
本発明で使用される宿主微生物としては、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属細菌や、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）属細菌等のグラム陽性細菌が挙げられ、中でもバチルス属細菌が好ましい。バチルス属細菌としてはＢａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ又はＢａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ等を挙げることができるが、全ゲノム情報が明らかにされ、遺伝子工学、ゲノム工学技術が確立されている点、またタンパク質を菌体外に分泌生産させる能力を有する点から、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）がより好ましい。
【００３５】
枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）とは、好気性のグラム陽性桿菌で、芽胞を形成する真正細菌の一種である。枯草菌は、全ゲノム情報が明らかにされ、遺伝子工学、ゲノム工学技術が確立されており、またタンパク質と菌体外に分泌生産させる能力を有するため、本願発明にとり有用な微生物といえる。
【００３６】
本願発明において用いる枯草菌としては特に限定されないが、異種タンパク質をコードする遺伝子の発現量増強の観点から、具体的には、枯草菌Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ Ｍａｒｂｕｒｇ Ｎｏ．１６８（枯草菌１６８株）、又は当該株を基に、そのゲノムの大領域を欠失させて構築した枯草菌ＭＧＢ８７４株が挙げられる（特許文献１）。
【００３７】
なお、ポリペプチドとは一般に、直鎖状に連結したアミノ酸のポリマーを指し、タンパク質とは一般に、５０以上のアミノ酸からなる１つ以上のポリペプチドのことを指すが、本願におけるタンパク質にはポリペプチドも含まれるものとし、これらの用語は交換可能に用いられるものとする。
【００３８】
異種タンパク質をコードする遺伝子を宿主微生物の細胞内で発現させるためには、当該遺伝子を含むＤＮＡ断片を、適切なベクターに挿入した発現プラスミドを構築し、当該発現プラスミドを宿主に導入して形質転換する必要がある。当該発現ベクターとしては、宿主微生物として枯草菌を用いる場合、枯草菌体内で自立複製可能なベクターが好適であり、例えばシャトルベクターｐＨＹ３００ＰＬＫ等が挙げられるが、特に限定されない。あるいは、当該ＤＮＡ断片に宿主ゲノムとの適当な相同領域を結合したＤＮＡ断片を用い、宿主ゲノムに直接組み込むことによって組換え枯草菌を得てもよい。
【００３９】
本発明の微生物を用いて生産する異種タンパク質としては、ＬａｃＺ以外の異種タンパク質であって例えば食品用、医薬用、化粧用、洗浄用、繊維処理用、検査用に用いられる各種産業用酵素や、生理活性ペプチドなどが挙げられる。また、産業用酵素の機能別には、酸化還元酵素（オキシドレダクターゼ）、転移酵素（トランスフェラーゼ）、加水分解酵素（ヒドロラーゼ）、脱離酵素（リアーゼ）、異性化酵素（イソメラーゼ）、合成酵素（リガーゼ／シンセターゼ）等が含まれるが、好適にはセルラーゼ、α−アミラーゼ、プロテアーゼ等の加水分解酵素が挙げられ、より好ましくはセルラーゼが挙げられる。また、前記各種酵素は菌体外に分泌生産されることが好ましい。
【００４０】
本願発明の宿主微生物を用いて異種タンパク質を製造する場合、上記目的タンパク質の遺伝子の上流に、当該遺伝子の転写、翻訳、分泌を制御する制御領域を、適切な形で結合させるのが望ましい。かかる制御領域としては、プロモーター及び転写開始点を含む転写開始制御領域、リボソーム結合部位及び開始コドンを含む翻訳開始領域並びに分泌シグナルペプチド領域から選ばれる１以上の領域などが挙げられる。当該転写開始制御領域には、上記のσＤ因子依存型プロモーターが少なくとも含まれるが、更にその他のプロモーターを作動可能に連結させてもよい。
【００４１】
上記の微生物を用いた異種タンパク質の製造は、上記異種タンパク質の遺伝子を上記のとおり宿主となる微生物に導入して得られる菌株を、例えば同化性の炭素源、窒素源、その他の必須成分を含む培地に接種して培養して行うことができる。培養方法は、原則的には一般的な微生物の培養方法であってもよく、通常、液体培養による振盪培養、通気撹拌培養等の好気的条件下で実施するのが好ましい。培養終了後、培養液を遠心分離し、得られる上清又は菌体から、目的の異種タンパク質を、硫安沈殿やクロマトグラフィなどを適宜組み合わせ、常法に従い抽出・精製することにより得ることができる。以下の実施例において、本発明の方法について説明するが、本願発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【実施例】
【００４２】
以下に、本発明の微生物の作製方法及び当該微生物を用いたタンパク質の製造方法について枯草菌を例として具体的に説明するが、当該発明は枯草菌に限定されるものではない。
【００４３】
枯草菌１６８株のゲノム領域から、下記の配列番号で示される一対のオリゴヌクレオチドセット（表３）により挟み込まれる領域を欠失したゲノム構造を有する枯草菌変異株
（ｆｌｇＭ＋ｃｓｒＡ二重欠失株：配列番号１及び２（ｆｌｇＭ遺伝子欠失用）、及び配列番号３及び４（ｃｓｒＡ遺伝子欠失用）；Ｆｌａ領域欠失株：配列番号５及び６）を作製した。
【００４４】
【表３】
【００４５】
以下の実施例におけるＤＮＡ断片増幅のためのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）には、ＧｅｎｅＡｍｐ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（アプライドバイオシステムズ社製）を使用し、ＰｒｉｍｅＳＴＡＲ Ｐｒｅｍｉｘ（タカラバイオ社製）と付属の試薬類を用いてＤＮＡ増幅を行った。ＰＣＲの反応液組成は、適宜希釈した鋳型ＤＮＡを１μＬ、センスプライマー及びアンチセンスプライマーを各々２０ｐｍｏｌ、及びＰｒｉｍｅＳＴＡＲ Ｍａｘ Ｐｒｅｍｉｘを２５μＬ添加して、反応液総量を５０μＬとした。ＰＣＲの反応条件は、９８℃で１０秒間、５７℃で３０秒間及び７２℃で１〜５分間（目的増幅産物に応じて調整。目安は１ｋｂあたり１分）の３段階の温度変化を３０回繰り返し、とした。
【００４６】
また、以下の実施例において、遺伝子の上流とは、複製開始点からの位置ではなく、各操作・工程において対象となる遺伝子の開始コドンの５’側に続く領域を意味し、一方下流とは、各操作・工程において対象となる遺伝子の終始コドンの３’側に続く領域を意味する。
【００４７】
以下の実施例における各遺伝子及び遺伝子領域の名称は、Ｎａｔｕｒｅ，３９０，２４９−２５６，（１９９７）で報告され、ＪＡＦＡＮ：Ｊａｐａｎ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｎｅｔｗｏｒｋ ｆｏｒ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ（ＢＳＯＲＦ ＤＢ）でインターネット公開（ｈｔｔｐ：／／ｂａｃｉｌｌｕｓ．ｇｅｎｏｍｅ．ａｄ．ｊｐ／、２００４年３月１０日更新）された枯草菌ゲノムデータに基づいて記載したものである。
【００４８】
枯草菌の形質転換はコンピテントセル法（Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，９３，１９２５（１９６７））にて行った。すなわち、枯草菌をＳＰＩ培地（０．２０％硫酸アンモニウム、１．４０％リン酸水素二カリウム、０．６０％リン酸二水素カリウム、０．１０％クエン酸三ナトリウム二水和物、０．５０％グルコース、０．０２％カザミノ酸（Ｄｉｆｃｏ社製）、５ｍＭ硫酸マグネシウム、０．２５μＭ塩化マンガン、５０μｇ／ｍＬトリプトファン）において３７℃で、生育度（ＯＤ600）の値が１程度になるまで振盪培養し、振盪培養後、培養液の一部を９倍量のＳＰＩＩ培地（０．２０％硫酸アンモニウム、１．４０％リン酸水素二カリウム、０．６０％リン酸二水素カリウム、０．１０％クエン酸三ナトリウム二水和物、０．５０％グルコース、０．０１％カザミノ酸（Ｄｉｆｃｏ社製）、５ｍＭ硫酸マグネシウム、０．４０μＭ塩化マンガン、５μｇ／ｍＬトリプトファン）に接種し、更に生育度（ＯＤ600）の値が０．４程度になるまで振盪培養することで、枯草菌のコンピテントセルを調製した。
【００４９】
次いで調製したコンピテントセル懸濁液（ＳＰＩＩ培地における培養液）１００μＬに各種ＤＮＡ断片を含む溶液（ＳＯＥ−ＰＣＲの反応液等）５μＬを添加し、３７℃で１時間振盪培養後、適切な薬剤を含むＬＢ寒天培地（１％ トリプトン、０．５％ 酵母エキス、１％ ＮａＣｌ、１．５％ 寒天）に全量を塗沫した。３７℃における静置培養の後、生育したコロニーを形質転換体として分離した。得られた形質転換体のゲノムを抽出し、これを鋳型とするＰＣＲによって目的とするゲノム構造の改変が為されたことを確認した。
【００５０】
目的のタンパク質を発現するプラスミドの宿主微生物への導入は、プロトプラスト形質転換法（Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．，１６８，１１１（１９７９））により行った。組換え微生物によるタンパク質生産の際の培養には、ＬＢ培地（１％ トリプトン、０．５％ 酵母エキス、１％ ＮａＣｌ）、２×Ｌ−マルトース培地（２％ トリプトン、１％ 酵母エキス、１％ ＮａＣｌ、７．５％ マルトース、７．５ｐｐｍ硫酸マンガン４−５水和物）を用いた。
【００５１】
実施例１（ｆｌｇＭ遺伝子欠失株の構築）：
枯草菌σＤのアンチシグマとして知られているＦｌｇＭをコードする遺伝子ｆｌｇＭの欠失株は、以下の方法により構築した。枯草菌１６８株から抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として、表２に示すプライマーｆｌｇＭ−Ｆ１（配列番号７）とｆｌｇＭ−Ｒ１（配列番号８）、ｆｌｇＭ−Ｆ２（配列番号９）とｆｌｇＭ−Ｒ２（配列番号１０）の各プライマーセットを用いて、ゲノム上のｆｌｇＭ遺伝子領域の上流（Ａ）と下流（Ｂ）に隣接するそれぞれ約５００ｂｐの断片をＰＣＲにより増幅した。また、スペクチノマイシン耐性遺伝子を有するプラスミドｐＡＰＮＣ２１３（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１４８，３５３９−３５５２（２００２））を鋳型として、表２に示すｒＰＣＲ−ｓｐｅｃＦ（配列番号２３）とｒＰＣＲ−ｓｐｅｃＲ（配列番号２４）のプライマーセットを用いてスペクチノマイシン耐性遺伝子カセット（Ｃ）をＰＣＲにより増幅した。次に、得られた（Ａ）（Ｂ）（Ｃ）３断片を混合して鋳型とし、ｆｌｇＭ−Ｆ１とｆｌｇＭ−Ｒ２のプライマーを用いてＳＯＥ（ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｂｙ ｏｖｅｒｌａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１（１９８９））を行ない、３断片を（Ａ）−（Ｃ）−（Ｂ）の順になる様に結合させ、遺伝子欠失用のＤＮＡ断片を得た（図１）。このＤＮＡ断片を用いて、コンピテントセル法により枯草菌１６８株の形質転換を行い、スペクチノマイシン（１００ｍｇ／Ｌ）を含むＬＢ寒天培地上に生育したコロニーを形質転換体として分離した。得られた形質転換体からゲノムＤＮＡを抽出し、これを鋳型とするＰＣＲによってｆｌｇＭ遺伝子がクロラムフェニコール耐性遺伝子と置換されていることを確認した。以上のようにして得られた変異株をｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株とした。
【００５２】
実施例２（ｃｓｒＡ遺伝子欠失株の構築）：
大腸菌でｍＲＮＡからの翻訳制御因子として知られているＣｓｒＡをコードするｃｓｒＡ遺伝子の欠失株は、以下の方法により構築した。枯草菌１６８株から抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として表２に示すプライマーｃｓｒＡ−Ｆ１（配列番号１１）とｃｓｒＡ−Ｒ１（配列番号１２）、ｃｓｒＡ−Ｆ２（配列番号１３）とｃｓｒＡ−Ｒ２（配列番号１４）の各プライマーセットを用いて、ゲノム上のｃｓｒＡ遺伝子領域の上流（Ａ）と下流（Ｂ）に隣接するそれぞれ約５００ｂｐの断片をＰＣＲにより増幅した。また、クロラムフェニコール耐性遺伝子を有するプラスミドｐＤＬＴ３（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１４８，３５３９−３５５２（２００２））を鋳型として、表４に示すｒＰＣＲ−ＣｍＦ（配列番号２５）とｒＰＣＲ−ＣｍＲ（配列番号２６）のプライマーセットを用いてクロラムフェニコール耐性遺伝子カセット（Ｃ）をＰＣＲにより増幅した。次に、得られた（Ａ）（Ｂ）（Ｃ）３断片を混合して鋳型とし、ｃｓｒＡ−Ｆ１とｃｓｒＡ−Ｒ２のプライマーを用いてＳＯＥ（ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｂｙ ｏｖｅｒｌａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１，１９８９）を行ない、３断片を（Ａ）−（Ｃ）−（Ｂ）の順になる様に結合させ、遺伝子欠失用のＤＮＡ断片を得た（図２）。このＤＮＡ断片を用いて、コンピテントセル法により枯草菌１６８株と実施例１で作製したｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株の形質転換を行い、クロラムフェニコール（５ｍｇ／Ｌ）を含むＬＢ寒天培地上に生育したコロニーを形質転換体として分離した。得られた形質転換体からゲノムＤＮＡを抽出し、これを鋳型とするＰＣＲによって、ｃｓｒＡ遺伝子がスペクチノマイシン耐性遺伝子と置換されていることを確認した。以上のようにして得られた変異株をそれぞれｃｓｒＡ：：ｃｍ株と１６８ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株とした。
【００５３】
実施例３（Ｆｌａ領域マーカーレス削除株の構築）：
本実施例では、枯草菌１６８株のゲノム上のｙｖｙＤ遺伝子とｃｏｍＦＣ遺伝子に挟まれる領域で、走化性に関与する遺伝子群領域（以後、Ｆｌａ領域）を欠失させた変異株を、森本らの方法（Ｇｅｎｅｓ＆Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ，８４，３１５（２００９））に従い作製した。またそのフローを図３に示す。
【００５４】
＜選択マーカー遺伝子カセットＤＮＡの増幅＞：
枯草菌ＴＭＯ３１０株（Ｇｅｎｅｓ＆Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ，８４，３１５（２００９））の染色体ＤＮＡを鋳型として、ＡＰＮＣ−Ｆプライマー（配列番号２７）とｃｈｐＡ−Ｒプライマー（配列番号２８）を用いて、ＰＣＲにより選択マーカー遺伝子カセットＤＮＡ断片を増幅した。
【００５５】
＜供与体ＤＮＡの作製＞：
枯草菌１６８株の染色体ＤＮＡを鋳型として、欠失対象領域の５’外側領域（断片Ａ）、欠失対象領域の３’外側領域（断片Ｂ）の２断片を、それぞれＦｌａ−ＤＦ１（配列番号１５）とＦｌａ−ＤＲ１（配列番号１６）、及びＦｌａ−ＤＦ２（配列番号１７）とＦｌａ−ＤＲ２（配列番号１８）のプライマーセットを用いて、ＰＣＲにより増幅した（図３）。また、Ｆｌａ−ＩＦ（配列番号１９）とＦｌａ−ＩＲ（配列番号２０）のプライマーセットを用いて、ＰＣＲによりＦｌａ領域内部配列（断片Ｃ）を増幅した（図３）。
【００５６】
これらＰＣＲによって得られた選択マーカー遺伝子カセット、５’外側領域（断片Ａ）、３’外側領域（断片Ｂ）及びＦｌａ領域内部配列（断片Ｃ）の４断片、並びに、Ｆｌａ−ＤＦ１（配列番号１５）とＦｌａ−ＩＲ（配列番号２０）のプライマーセットを用いて、ＳＯＥ−ＰＣＲ法（Ｇｅｎｅ，７７，６１（１９８９））を行った。これにより、図３に示すような、５’外側領域（断片Ａ）、３’外側領域（断片Ｂ）、選択マーカー遺伝子カセット及びＦｌａ領域内部配列（断片Ｃ）がこの順で配置したＤＮＡ断片を得ることができた。本実施例では、このＤＮＡ断片を供与体ＤＮＡとして使用した。
【００５７】
＜形質転換＞：
上述のように取得された供与体ＤＮＡを用いて、枯草菌１６８株を形質転換した。形質転換は、コンピテントセル形質転換法により行い、１μｇ以上のＰＣＲ産物（供与体ＤＮＡ）を４００μｌのコンピテントセルに添加し、更に１．５時間培養し、第１相同組み換え（図３）を行った。
【００５８】
組み換えにより導入されたスペクチノマイシン耐性遺伝子を用いて、形質転換体を選抜した。具体的には、上記形質転換処理後の細胞を、１００μｇ／ｍＬのスペクチノマイシンを含むＬＢ寒天平板培地にて３７℃で一晩培養してコロニーを形成させ、生存可能な菌株を取得した。すなわち、相同組み換えによって供与体ＤＮＡが組み込まれ、スペクチノマイシン耐性を獲得した枯草菌のみが、この培養により生育し、コロニーを形成する。取得した株を１６８（Ｆｌａ：：ｓｐｅｃ，ｌａｃＩ，Ｐｓｐａｃ−ｃｈｐＡ）株とした。
【００５９】
＜１６８（Ｆｌａ：：ｓｐｅｃ，ｌａｃＩ，Ｐｓｐａｃ−ｃｈｐＡ）株のゲノム内相同組換え＞：
１６８（Ｆｌａ：：ｓｐｅｃ，ｌａｃＩ，Ｐｓｐａｃ−ｃｈｐＡ）株を、ＬＢ液体培地で一晩培養した。培養液を希釈後、１ｍＭ ＩＰＴＧを添加したＬＢ寒天プレートに塗布した結果、コロニー形成が確認された。ＩＰＴＧ含有ＬＢ寒天プレート上で生存し、コロニー形成が確認されたこれらの形質転換枯草菌は、ゲノム内相同組み換えによって上記供与体ＤＮＡとともにＡ断片とＢ断片に挟まれる領域がゲノムＤＮＡから欠失したものである（図３）。更に、本実施例では、以上により得られた形質転換枯草菌の単コロニーについて、欠失対象領域（Ｆｌａ領域）の欠失を、Ｆｌａ−ｃｈｅｃｋＦプライマー（配列番号２１）とＦｌａ−ｃｈｅｃｋＲプライマー（配列番号２２）を用いて、ＰＣＲにより確認した（図３）。得られた株を１６８ΔＦｌａ株とした。
【００６０】
【表４】
【００６１】
実施例４（アルカリセルラーゼ生産用プラスミドの作製）：
図４に示すように、アルカリセルラーゼ遺伝子上流領域にＳｉｇＤ依存型のプロモーター配列を挿入したプラスミドを構築し。具体的には、枯草菌１６８株から抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として、表５に示すＢ−Ｐｈａｇ Ｆｗ（配列番号２９）とＰｈａｇ−Ｓｓｉｇ Ｒｖ（配列番号３０）のプライマーセットを用いて、ゲノム上のｈａｇ遺伝子領域の上流に隣接する約０．３ｋｂｐ断片（Ａ）をそれぞれ調製した。また、シャトルベクターｐＨＹ３００ＰＬＫのＢａｍＨＩ制限酵素切断点に、バチルス属細菌 ＫＳＭ−Ｓ２３７株（ＦＥＲＭ ＢＰ−７８７５）由来のＳ２３７アルカリセルラーゼ遺伝子（特開２０００−２１００８１号公報参照）をコードするＤＮＡ断片を挿入した組換えプラスミドｐＨＹ−Ｓ２３７を鋳型とし、表３に示すＰｈａｇ−Ｓｓｉｇ Ｆｗ（配列番号３１）とＢ−Ｓｔｅｒ Ｒｖ（配列番号３２）のプライマーセットを用いて、約２．４ｋｂｐ断片（Ｂ）を調製した。次いで、得られた（Ａ）（Ｂ）２断片を混合して鋳型とし、表３に示すＢ−Ｐｈａｇ Ｆｗ（配列番号２９）とＢ−Ｓｔｅｒ Ｒｖ（配列番号３２）のプライマーセットを用い、ＳＯＥ−ＰＣＲを行い、２断片が（Ａ）（Ｂ）の順に結合した約２．７ｋｂｐのＤＮＡ断片（Ｃ）を得た。得られたＤＮＡ断片（Ｃ）を、シャトルベクターｐＨＹ３００ＰＬＫのＢａｍＨＩ制限酵素切断点に挿入し、組換えプラスミドｐＨＹ−Ｐｈａｇ−Ｓ２３７を構築した。
【００６２】
【表５】
【００６３】
実施例５（セルラーゼ生産量評価）：
実施例１から実施例３で構築したｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株、ｃｓｒＡ：：ｃｍ株、１６８ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株、１６８ΔＦｌａ株、及び枯草菌１６８株に、実施例５で構築したアルカリセルラーゼ遺伝子発現用プラスミドを導入した。また、ＳｉｇＡ依存型プロモーターであるＳ２３７プロモーター領域の下流にＳ２３７セルラーゼ遺伝子を挿入したプラスミドｐＨＹ−Ｓ２３７を枯草菌１６８株に導入し、コントロールとして用いた。
【００６４】
得られた菌株を、５ｍＬのＬＢ培地で３０℃で１５時間振盪培養し、更にこの培養液０．６ｍＬを３０ｍＬの２×Ｌ−マルトース培地（２％トリプトン、１％酵母エキス、１％塩化ナトリウム、７．５％マルトース、７．５ｐｐｍ硫酸マンガン４−５水和物、１５ｐｐｍテトラサイクリン）に接種し、３０℃で２日間振盪培養した（測定誤差を算出するため、培養を３回行った）。２日間培養後、遠心分離によって菌体を除き、得られた培養液上清のアルカリセルラーゼ活性を測定した。セルラーゼ活性は、１／７．５Ｍ リン酸緩衝液（ｐＨ７．４ 和光純薬社製）で適宜希釈したサンプル溶液５０μＬに０．４ｍＭ ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−セロトリオシド（生化学工業社製）を５０μＬ添加して混合し、３０℃にて反応を行った際に遊離するｐ−ニトロフェノール量を４２０ｎｍにおける吸光度（ＯＤ420）変化を測定することにより定量した。アルカリセルラーゼの活性値は、１分間に１μｍｏｌのｐ−ニトロフェノールを遊離させる酵素量を１Ｕと定義した。培養の結果を図５に示す。また、表４には培養３日目の各株のセルラーゼ生産量を、１６８株にｐＨＹ−Ｓ２３７を導入した株（コントロール株）の生産量に対する相対値として表わした（表４；表の値は平均値±標準偏差（Ｎ＝３）を示す）。
【００６５】
１６８株にｐＨＹ−Ｓ２３７を形質転換したコントロール株の場合では、４０００Ｕ／Ｌ程度の生産性が観察された。これに対し、ｐＨＹ−Ｐｈａｇ−Ｓ２３７で形質転換した場合では、１６８株では約２０００Ｕ／Ｌの生産性しか観察できなかったが、ｃｓｒＡ：：ｃｍ株、ｆｌｇＭ：：ｓｐｅｃ株、ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株、ΔＦｌａ株の順に生産性が向上し、ΔＦｌａ株を用いた場合ではコントロールの約２．５倍の、約１００００Ｕ／Ｌのアルカリセルラーゼ生産性を示すことが明らかとなった（図５、表６）。
【００６６】
以上の結果より、σＤにより転写制御されるプロモーターの下流に目的タンパク質の遺伝子を配置したプラスミドを用い、１６８ΔｆｌｇＭΔｃｓｒＡ株、１６８ΔＦｌａ株を用いてタンパク質の生産を行うことで、１６８株の場合やｆｌｇＭ遺伝子の単独削除株の場合よりも高いタンパク質生産性を示すことが明らかとなり、従来から使用されるσＡ依存型の発現系よりも高いタンパク質生産性を示すことも明らかとなった。
【００６７】
【表６】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
σＤ因子依存型プロモーターの制御下にある、ＬａｃＺ以外の異種タンパク質をコードする遺伝子を導入した微生物であって、σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制が解除された微生物。
【請求項２】
前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌のｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群、又はこれら遺伝子に相当する遺伝子群のうち、少なくともｆｌｇＭ又はこれに相当する遺伝子の一つ以上の欠失又は不活性化によりなされる、又はｃｓｒＡ遺伝子及びｆｌｇＭ遺伝子又はこれらに相当する遺伝子を含む２つ以上の欠失又は不活性化によりなされる、請求項１記載の微生物。
【請求項３】
前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌のｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群またはこれらに相当する遺伝子群を含んでなる染色体領域の欠失又は不活性化によりなされる、請求項２記載の微生物。
【請求項４】
前記σＤ因子依存型プロモーターが、下記に記載の−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列を含むいずれかのプロモーターであることを特徴とする、請求項１から３のいずれか１項記載の微生物。
【表１】
【請求項５】
前記σＤ因子依存型プロモーターが、ｃｈｅＶ、ｄｅｇＲ、ｄｌｔＡ，ｅｐｒ、ｆｌｇＢ、ｆｌｉＨ、ｆｌｉＫ、ｆｌｉＬ、ｈａｇ、ｌｙｔＡ、ｌｙｔＤ、ｌｙｔＦ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＢ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｎｆｒＡ、ｓｉｇＡ、ｔｌｐＡ、ｔｌｐＢ、ｔｌｐＣ、ｘｆｍＴ、ｙｂｄＯ、ｙｆｍＴ、ｈｅｍＡＴ、ｙｊｂＪ、ｙｊｃＰ、ｙｊｆＢ、ｙｌｑＢ、ｙｏａＨ、ｙｓｃｂ、ｙｖｙＣ、ｙｖｙＦ、ｙｗｔＤ及びｙｘｋＣからなる群から選ばれる遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターである、請求項１から４のいずれか１項記載の微生物。
【請求項６】
バチルス属細菌である請求項１から５のいずれか１項記載の微生物。
【請求項７】
前記バチルス属細菌が枯草菌である、請求項６記載の微生物。
【請求項８】
請求項１から７のいずれか１項記載の微生物を用いた、目的タンパク質の製造方法。
【請求項１】
σＤ因子依存型プロモーターの制御下にある、ＬａｃＺ以外の異種タンパク質をコードする遺伝子を導入した微生物であって、σＤ因子の翻訳抑制及び／又は活性抑制が解除された微生物。
【請求項２】
前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌のｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群、又はこれら遺伝子に相当する遺伝子群のうち、少なくともｆｌｇＭ又はこれに相当する遺伝子の一つ以上の欠失又は不活性化によりなされる、又はｃｓｒＡ遺伝子及びｆｌｇＭ遺伝子又はこれらに相当する遺伝子を含む２つ以上の欠失又は不活性化によりなされる、請求項１記載の微生物。
【請求項３】
前記翻訳抑制及び／又は活性抑制の解除が、枯草菌のｆｌｉＴＳＤ、ｙｖｙＣ、ｈａｇ、ｃｓｒＡ、ｙｖｉＦＥ、ｆｌｇＬＫ、ｙｖｙＧ、ｆｌｇＭ及びｙｖｙＦからなる遺伝子群またはこれらに相当する遺伝子群を含んでなる染色体領域の欠失又は不活性化によりなされる、請求項２記載の微生物。
【請求項４】
前記σＤ因子依存型プロモーターが、下記に記載の−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列を含むいずれかのプロモーターであることを特徴とする、請求項１から３のいずれか１項記載の微生物。
【表１】
【請求項５】
前記σＤ因子依存型プロモーターが、ｃｈｅＶ、ｄｅｇＲ、ｄｌｔＡ，ｅｐｒ、ｆｌｇＢ、ｆｌｉＨ、ｆｌｉＫ、ｆｌｉＬ、ｈａｇ、ｌｙｔＡ、ｌｙｔＤ、ｌｙｔＦ、ｍｃｐＡ、ｍｃｐＢ、ｍｃｐＣ、ｍｏｔＡ、ｎｆｒＡ、ｓｉｇＡ、ｔｌｐＡ、ｔｌｐＢ、ｔｌｐＣ、ｘｆｍＴ、ｙｂｄＯ、ｙｆｍＴ、ｈｅｍＡＴ、ｙｊｂＪ、ｙｊｃＰ、ｙｊｆＢ、ｙｌｑＢ、ｙｏａＨ、ｙｓｃｂ、ｙｖｙＣ、ｙｖｙＦ、ｙｗｔＤ及びｙｘｋＣからなる群から選ばれる遺伝子のプロモーター又はこれらに相当するプロモーターである、請求項１から４のいずれか１項記載の微生物。
【請求項６】
バチルス属細菌である請求項１から５のいずれか１項記載の微生物。
【請求項７】
前記バチルス属細菌が枯草菌である、請求項６記載の微生物。
【請求項８】
請求項１から７のいずれか１項記載の微生物を用いた、目的タンパク質の製造方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【公開番号】特開２０１３−６６４４６（Ｐ２０１３−６６４４６Ａ）
【公開日】平成２５年４月１８日（２０１３．４．１８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−２０８８９２（Ｐ２０１１−２０８８９２）
【出願日】平成２３年９月２６日（２０１１．９．２６）
【出願人】（００００００９１８）花王株式会社 (8,290)
【出願人】（５０４１４３４４１）国立大学法人 奈良先端科学技術大学院大学 (226)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２５年４月１８日（２０１３．４．１８）
【国際特許分類】
【出願日】平成２３年９月２６日（２０１１．９．２６）
【出願人】（００００００９１８）花王株式会社 (8,290)
【出願人】（５０４１４３４４１）国立大学法人 奈良先端科学技術大学院大学 (226)
【Ｆターム（参考）】
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