【課題】オリゴヌクレオチドからアミノ保護基を除去する方法。
【解決手段】アミド保護基を有するオリゴヌクレオチドに、ポリアミン、PEHA、PEG-NH₂、短鎖PEG-NH₂、シクロアルキルアミン、ヒドロキシシクロアルキルアミン、ヒドロキシアミン、K₂CO₃／MeOHマイクロ波、チオアルキルアミン、チオール化アミン、β−アミノ−エチル−スルホン酸またはβ−アミノ−エチルスルホン酸の硫酸ナトリウムを混合する工程を含む。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
オリゴヌクレオチドからアミノ保護基を除去する方法であって、アミド保護基を有するオリゴヌクレオチドに、ポリアミン、PEHA、PEG-NH₂、短鎖PEG-NH₂、シクロアルキルアミン、ヒドロキシシクロアルキルアミン、ヒドロキシアミン、K₂CO₃／MeOHマイクロ波、チオアルキルアミン、チオール化アミン、β−アミノ−エチル−スルホン酸またはβ−アミノ−エチルスルホン酸の硫酸ナトリウムを混合する工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記オリゴヌクレオチドはリボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項３】
オリゴヌクレオチドからシリル保護基を除去する方法であって、シリル保護基を有するオリゴヌクレオチドに、ピリジン−HF、DMAP-HF、尿素−HF、TSAF、DAST、ポリビニルピリジン−HF、または、下記の構造式AAで表されるアリールアミン−HF反応試薬を混合する工程を含むことを特徴とする方法。
【化１】

（ここで、
R¹ は、アルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R² は、アルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
R³ は、アリールまたはヘテロアリールである。）
【請求項４】
前記オリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項３記載の方法。
【請求項５】
反応は、マイクロ波照射下で行うことを特徴とする請求項３記載の方法。
【請求項６】
ホスホジエステル化合物の調製法であって、H−ホスホナート、アルコールおよび活性化剤を混合してホスホジエステル化合物を調製する工程を含み、該活性化剤は、C8〜C20アルキルカルボニルクロリド、アリールカルボニルクロリドおよびアラルキルカルボニルクロリドより成る群から選択されることを特徴とする調製法。
【請求項７】
前記活性化剤は、デカノイルクロリド、ドデカノイルクロリド、ベンゾイルクロリド、1,2−ジベンジルエタノイルクロリド、ナフトイルクロリド、アントラセンカルボニルクロリドまたはフルオレンカルボニルクロリドであることを特徴とする請求項６記載の調製法。
【請求項８】
前記H−ホスホナートは、下記の構造式Iで表されることを特徴とする請求項６記載の調製法。
【化２】

（ここで、
R¹ は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルである。）
【請求項９】
R¹は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項８記載の調製法。
【請求項１０】
R¹は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項８記載の調製法。
【請求項１１】
R¹は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項８記載の調製法。
【請求項１２】
R¹は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項８記載の調製法。
【請求項１３】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項６記載の調製法。
【請求項１４】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項６記載の調製法。
【請求項１５】
前記アルコールは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項６記載の調製法。
【請求項１６】
前記アルコールは、R⁵−OHで表され、ここで、R⁵は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(C(R⁶)₂)_pヘテロシクロアルキルであり；R⁶は、Hまたはアルキルであり；さらに、pは、1、2、3、4、5、6、7、または8であることを特徴とする請求項６記載の調製法。
【請求項１７】
前記ホスホジエステルは下記の構造式Jで表されることを特徴とする請求項６記載の調製法。
【化３】

（ここで、
R¹は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R²は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR⁶ )₂)_p−ヘテロシクロアルキルであり；R⁶は、Hまたはアルキルであり；さらに、 pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項１８】
R¹は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項１９】
R¹は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項２０】
R¹は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項２１】
R¹は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項２２】
R²は、−(CR⁶ )₂)_p−ヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項２３】
R²は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項２４】
R²は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項２５】
R²は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１７記載の調製法。
【請求項２６】
オリゴヌクレオチドの精製法であって、第一のオリゴヌクレオチドを第二のオリゴヌクレオチドにアニールさせて二本鎖オリゴヌクレオチドを形成させ、該二本鎖オリゴヌクレオチドをクロマトグラフィー精製にかける工程を含むことを特徴とする精製法。
【請求項２７】
前記クロマトグラフィー精製は、液体クロマトグラフィーであることを特徴とする請求項２６記載の精製法。
【請求項２８】
前記クロマトグラフィー精製は、高速液体クロマトグラフィーであることを特徴とする請求項２６記載の精製法。
【請求項２９】
前記第一のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項２６記載の精製法。
【請求項３０】
前記第二のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項２６記載の精製法。
【請求項３１】
前記第一のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであり、さらに、前記第二のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項２６記載の精製法。
【請求項３２】
保護基の除去法であって、C2位に保護基を有する必要に応じて置換されたリボースに酵素を混合し、C2位に水酸基を有する必要に応じて置換されたリボースを生成させる工程を含むことを特徴とする除去法。
【請求項３３】
前記保護基はアラルキルエステルであることを特徴とする請求項３２記載の除去法。
【請求項３４】
前記保護基は、−O₂CCH₂Rという構造式で表され、ここで、Rは、フェニル、ピリジニル、アニリン、キノリンまたはイソキノリンであることを特徴とする請求項３２記載の除去法。
【請求項３５】
前記酵素は、ペニシリンGアシラーゼであることを特徴とする請求項３２記載の除去法。
【請求項３６】
前記リボースはリボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項３２記載の除去法。
【請求項３７】
ジヌクレオシドユニットを含むオリゴヌクレオチドを調製する方法であって、液相化学によってジヌクレオシド基を合成し、該ジヌクレオシド基を支持体に結合させてプライマーを形成し、さらに、固相合成法を用いて該プライマーにさらにヌクレオチドを結合させる工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項３８】
前記ジヌクレオシド基の各ヌクレオシド残基は、それぞれ別異に、天然または非天然のヌクレオシドであることを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらはそれぞれ別異に、糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、D−リボースもしくはD−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であることを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４０】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらはそれぞれ別異に、糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、L−リボースもしくはL−デオキシリボースであり、該ヌクレオベース基は、天然もしくは非天然由来であることを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４１】
前記ジヌクレオシド基は、2個のチミジン残基を含むことを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４２】
前記ジヌクレオシド基は、2個のデオキシチミジン残基を含むことを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４３】
前記ジヌクレオシド基は、2個の2'−修飾5−メチルウリジンもしくはウリジン残基を含み、ここで、2'−修飾体は、2'−OTBDMS、2'−OMe、2'−F、2'−O−CH₂−CH₂−O−Meまたは2'−O−アルキルアミノ誘導体であることを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４４】
前記ジヌクレオシド基は、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、アルキルホスホナート結合またはボラノホスフェート結合を有することを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４５】
前記ジヌクレオシド基は、ホスホロチオエート結合、アルキルホスホナート結合またはボラノホスフェート結合を有し；さらに、前記ジヌクレオシド基は、リン原子に関して単一の立体異性体であることを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４６】
前記ジヌクレオシド基のヌクレオシド残基間の結合は、3'−5'結合であることを特徴とする請求項３７記載の方製法。
【請求項４７】
前記ジヌクレオシド基のヌクレオシド残基間の結合は2'−5'結合であることを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４８】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらは、それぞれ別異に糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、D−リボースもしくはD−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であり；さらに、前記ジヌクレオチド基のヌクレオシド残基間の結合は、非天然かつ非ホスフェート性であることを特徴とする請求項３７記載の方法。
【請求項４９】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらは、それぞれ別異に糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、L−リボースもしくはL−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であり；さらに、前記ジヌクレオチド基のヌクレオシド残基間の結合は、MMI、アミド結合またはグアニジニウム結合であることを特徴とする請求項３７記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１１】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【図３４】

【図３５】

【図３６】

【図３７】

【図３８】

【図３９】

【図４０】

【図４１】

【図４２】

【図４４】

【図４５】

【図４６】

【図４７】

【図４８】

【図４９】

【図５０】

【図５１】

【図１０】

【図１２】

【図４３】

【公開番号】特開２００８−１９５７３１（Ｐ２００８−１９５７３１Ａ）
【公開日】平成２０年８月２８日（２００８．８．２８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−１０４３３９（Ｐ２００８−１０４３３９）
【出願日】平成２０年４月１４日（２００８．４．１４）
【分割の表示】特願２００７−５０７４３１（Ｐ２００７−５０７４３１）の分割
【原出願日】平成１７年４月５日（２００５．４．５）
【出願人】（５０６３３６７２８）アルニラム　ファーマスーティカルズ　インコーポレイテッド (13)
【氏名又は名称原語表記】ＡＬＮＹＬＡＭ　ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ，　ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】