本発明は核酸同定および核酸検出のための組成物および方法に関する。本発明の組成物および方法は、試料からターゲット核酸を抽出し、フラグメント化し、フラグメント化されたターゲット核酸を使ってターゲット核酸テンプレートを作製し、それらターゲット核酸テンプレートを増幅法に付して核酸ナノボールを形成させることを含む。本発明は、ライゲーションによるシーケンシング法を含むさまざまなシーケンシング応用を使って、配列を検出し同定する方法も包含する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の検出位置を含むターゲット配列の検出位置における第1ヌクレオチドの実体を決定する方法であって、
（a）複数のコンカテマーを含む面を提供するステップ、ここで、各コンカテマーは複数のモノマーを含み、各モノマーは、
i）ターゲット検出位置の第1セットを含む前記ターゲット配列の第1ターゲットドメイン、
ii）少なくとも、
1）第1アンカー部位；および
2）第2隣接アンカー部位；
を含む第1アダプター、
を含む；
b）第1アンカープローブを前記第1アンカー部位にハイブリダイズさせるステップ；
c）第2アンカープローブを前記第2アンカー部位にハイブリダイズさせるステップ、ここで、前記第2アンカープローブは、前記第2アンカー部位外の配列にもハイブリダイズする；
d）少なくとも第1シーケンシングプローブを、前記第1ターゲットドメインに、ユニークヌクレオチドが前記第1ヌクレオチドに相補的であるならばシーケンシングプローブが前記コンカテマーにハイブリダイズするような条件下で、ハイブリダイズさせるステップ、ここで、前記第1シーケンシングプローブは、
i）前記ターゲットドメインに相補的な第1プローブドメイン、
ii）第1照合位置にあるユニークヌクレオチド、および
iii）ラベル
を含む；ならびに、
e）前記アンカープローブと前記シーケンシングプローブとをライゲートするステップ；
f）前記第1ヌクレオチドを同定するステップ；
を含む方法。
【請求項２】
シーケンシングプローブのセットを前記面と接触させ、各シーケンシングプローブが、
a）前記ターゲットドメインに相補的な第1プローブドメイン；
b）第1照合位置にあるユニークヌクレオチド；および
c）ラベル
を含み、ここで、前記セットの各ラベルが前記ユニークヌクレオチドに対応する、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記モノマーのそれぞれが複数のアダプターを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記アダプターの少なくとも1つが少なくとも1つのタイプIIsエンドヌクレアーゼ認識部位を含む、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
第2検出位置にある第2ヌクレオチドを同定するためにステップb）〜e）が繰り返される、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
前記第2アンカープローブが、前記第2アンカー部位外の前記配列にハイブリダイズする少なくとも3つの縮重塩基を含む第2アンカープローブのセットを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
前記第2アンカープローブが、ライゲーションのために選択的に活性化することができる少なくとも1つの末端を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
前記面が官能化される、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
前記官能化された面が、アミン、シラン、およびヒドロキシルからなる群より選択される官能成分を含む、請求項8に記載の方法。
【請求項１０】
前記面が、前記固定化されたコンカテマーを含む複数の空間的に異なる領域を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１１】
前記コンカテマーが、捕捉プローブを使って前記面上に固定化される、請求項1に記載の方法。
【請求項１２】
ゲノム核酸をフラグメント化してターゲット配列を形成させることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１３】
前記ターゲット配列がゲノム核酸配列である、請求項1に記載の方法。
【請求項１４】
前記ゲノム核酸配列がヒト配列である、請求項13に記載の基体。

【図１】

【図２−１】

【図２−２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【図３４】

【図３５】

【図３６】

【図３７】

【図３８】

【公表番号】特表２０１１−５２０４２０（Ｐ２０１１−５２０４２０Ａ）
【公表日】平成２３年７月２１日（２０１１．７．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５３７１３１（Ｐ２０１０−５３７１３１）
【出願日】平成２０年１２月５日（２００８．１２．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０８５７４１
【国際公開番号】ＷＯ２００９／０７６２３８
【国際公開日】平成２１年６月１８日（２００９．６．１８）
【出願人】（５１０１５８９４５）コンプリート・ジェノミックス・インコーポレイテッド (1)
【住所又は居所原語表記】ＣＯＭＰＬＥＴＥ　ＧＥＮＯＭＩＣＳ，　ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】