セラノーシスのためのバイオマーカー
診断方法、治療関連方法、または予後判定方法に関して、病態もしくは疾患、または疾患の病期もしくは進行等の表現型を同定するために、バイオマーカーを評価することができる。生理学的状態のプロファイリングまたは表現型の決定において、体液由来の循環バイオマーカーを使用することができる。これらには、核酸、タンパク質、および、小胞等の循環構造物が含まれる。バイオマーカーを、疾患、病態、病期、および病態の段階に対する治療レジメンの候補を選択するためにセラノーシス（theranosis）目的に使用することができ、かつ治療効果を決定するために使用することもできる。バイオマーカーは、小胞およびマイクロRNAを含む循環バイオマーカーであってよい。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、それを必要とする対象において疾患または障害のセラノーシス（theranosis）を行う方法：
（a）対象由来の試料における小胞集団のバイオシグネチャーを同定する工程であって、該バイオシグネチャーが、1つもしくは複数の細胞特異的バイオマーカーの存在もしくはレベル、および／または1つもしくは複数の疾患特異的バイオマーカーの存在もしくはレベル、および1つもしくは複数の一般的小胞バイオマーカーの存在もしくはレベルを含む、工程；ならびに
（b）該バイオシグネチャーを参照と比較する工程であって、該比較が、該対象は治療剤に対する応答者と非応答者のどちらであるのかを示し、それによって、該疾患または障害のセラノーシスを行う工程。
【請求項２】
前記対象が前記治療剤に曝露されたことがない、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記セラノーシスが、治療効果を決定する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記同定する工程が1回のアッセイ法で行われる、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記試料が体液を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胚盤胞腔液、または臍帯血を含む、請求項5記載の方法。
【請求項７】
前記体液が血清または血漿を含む、請求項5記載の方法。
【請求項８】
前記小胞集団が直径20nm〜800nmの小胞を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
前記小胞集団が直径20nm〜200nmの小胞を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
前記小胞集団を、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、イムノアッセイ法、マイクロ流体工学分離、またはこれらの組み合わせに供する、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記1つまたは複数の細胞特異的バイオマーカー、1つまたは複数の疾患特異的バイオマーカー、および1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーがタンパク質を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記1つまたは複数の疾患特異的バイオマーカーが、EpCAM、B7H3、CD24、Tissue Factor、またはこれらの組み合わせを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、MFG-E8、アネキシンV、またはこれらの組み合わせを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記バイオシグネチャーが結合物質を用いた解析を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオシグネチャーを同定する工程が、前記試料を3種の異なる分析物に特異的な少なくとも3種の結合物質と接触させる工程を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
前記結合物質が、抗原、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸（PNA）、ロックド（locked）核酸（LNA）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、または化学物質を含む、請求項14または15記載の方法。
【請求項１７】
前記バイオシグネチャーを同定する工程が、1つまたは複数の核酸の評価を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
前記1つまたは複数の核酸が、DNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNA、またはshRNAを含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
前記1つまたは複数の核酸が、miR-21、miR-205、miR-92、miR-147、miR-141、またはmiR-574のうちの1つまたは複数を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２０】
前記バイオシグネチャーを同定する工程が、1つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質、および／またはプロテオグリカンの評価を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２１】
前記1つまたは複数の核酸が、図3〜6、19〜24、26〜30、32、33、36、40〜42、47、51、53〜57、および／または60におけるマイクロRNAのうち1つまたは複数を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２２】
前記1つまたは複数の核酸が、miR-21、miR-205、miR-92、miR-147、またはmiR-574より選択されるマイクロRNAのうち1つまたは複数を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２３】
前記対象が前記疾患または障害に対して現在治療を受けていない、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
前記対象が前記疾患または障害に対して既存の治療を受けている、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記対象に前記治療剤を投与する工程をさらに含む、請求項2記載の方法。
【請求項２６】
前記対象を前記治療剤に対する非応答者または応答者として同定することが、該対象の前記小胞バイオシグネチャーを、該治療剤に対する以前に同定された応答者および非応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットに関連付けることを含む、請求項2記載の方法。
【請求項２７】
前記対象の小胞バイオシグネチャーが、以前に同定された非応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットよりも密接に、以前に同定された応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットと相関している場合、該対象が応答者として同定される、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記対象の小胞バイオシグネチャーが、以前に同定された応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットよりも密接に、以前に同定された非応答者からの小胞バイオシグネチャーのセットと相関している場合、該対象が非応答者として同定される、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
前記対象を前記治療剤に対する非応答者または応答者として同定することが、以前に同定された応答者および非応答者を用いて訓練を受けた分類器に対して、該対象の前記小胞バイオシグネチャーを分類することを含む、請求項2記載の方法。
【請求項３０】
前記疾患または障害が、前立腺癌、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、または黒色腫を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
前記疾患または障害が前立腺癌を含み、前記バイオシグネチャーがPCSAおよびPSMAのうちの1つまたは複数、ならびにB7H3およびEpCamのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
前記疾患または障害が前立腺癌を含み、前記バイオシグネチャーがPCSAを含む、請求項30記載の方法。
【請求項３３】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがDR3、STEAP、Epha2、TMEM211、unc93A、A33、CD24、NGAL、EpCam、MUC17、TROP2、およびTETSのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３４】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、EGFR、CD63、MUC1、TGM2、CD81、TIMP、EPHA2、TMEM211、UNC93A、CD66e、CD24、フェリチン、EpCAM、NGAL、GPR30、p53、MUC17、NCAM、およびB7H3のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３５】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、EPHA2、EGFR、CD63、MUC1、TGM2、CD81、TIMP1、GPR110、MMP9、TMEM211、UNC93、CD66e、CD24、Ngal、EpCAM、GPR30、OPN、MUC17、p53、MUC2、Ncam、およびTSG101のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３６】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがTMEM211およびCD24を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３７】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがEpCamおよびCD66を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３８】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがEGFR、EPHA2、p53、およびKRASのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３９】
前記疾患または障害が乳癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、HSP70、Gal3、MIS、EGFR、ER、ICB3、CD63、B7H4、MUC1、DLL4、CD81、ERB3、VEGF、BCA225、BRCA、CA125、CD174、CD24、ERB2、NGAL、GPR30、CYFRA21、CD31、cMET、MUC2、およびERB4のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４０】
前記疾患または障害が乳癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、EphA2、EGFR、B7H3、PSMA、PCSA、CD63、STEAP、CD81、B7H3、STEAP1、ICAM1（CD54）、A33、DR3、CD66e、MFG-e8、ヘプシン、TMEM211、TROP-2、EGFR、マンマグロビン、ヘプシン、NPGP/NPFF2、PSCA、5T4、NGAL、NK-2、EpCam、NK-1R、5T4、PAI-1、およびCD45のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４１】
前記疾患または障害が乳癌を含み、前記バイオシグネチャーがBRCA、cMET、DLL4、EphA2、EGFR、ER、ERB2、ERB3、ERB4、およびVEGFのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４２】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがSPB、SPC、TFF3、PGP9.5、CD9、MS4A1、NDUFB7、Cal3、iC3b、CD63、MUC1、TGM2、CD81、B7H3、DR3、MACC1、TrkB、Tissue Factor（TF）、TIMP1、GPCR（GPR110）、MMP9、MMP7、TMEM211、TWEAK、CDADC1、UNC93、APC、A33、CD66e、CD24、ErbB2、CD10、BDNF、フェリチン、セプラーゼ、NGAL、EpCam、ErbB2、オステオポンチン（OPN）、LDH、HSP70、MUC2、NCAM、CXCL12、ハプトグロビン（HAP）、CRP、およびGro-αのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４３】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがEPHA2、CD24、EGFR、およびCEAのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４４】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがSPB、SPC、NSE、PGP9.5、CD9、P2RX7、NDUFB7、NSE、Gal3、オステオポンチン、CHI3L1、EGFR、B7H3、iC3b、MUC1、メソテリン、SPA、TPA、PCSA、CD63、AQP5、DLL4、CD81、DR3、PSMA、GPCR 110（GPR110）、EPHA2、CEACAM、PTP、CABYR、TMEM211、ADAM28、UNC93a、A33、CD24、CD10、NGAL、EpCam、MUC17、TROP2、およびMUC2のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４５】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがSPB、SPC、PSP9.5、NDUFB7、Gal3、iC3b、MUC1、GPCR 110、CABYR、およびMUC17のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４６】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、CD63、CD81、B7H3、PRO GRP、CYTO 18、FTH1、TGM2、CENPH、アネキシンI、アネキシンV、ERB2、EGFR、CRP、VEGF、CYTO 19、CCL2、オステオポンチン（OST19）、オステオポンチン（OST22）、BTUB、CD45、TIMP、NACC1、MMP9、BRCA1、P27、NSE、M2PK、HCG、MUC1、CEA、CEACAM、CYTO 7、EPCAM、MS4A1、MUC1、MUC2、PGP9、SPA、SPA、SPD、P53、GPCR（GPR110）、SFTPC、UNCR2、NSE、INGA3、INTG b4、MMP1、PNT、RACK1、NAP2、HLA、BMP2、PTH1R、PAN ADH、NCAM、CD151、CKS1、FSHR、HIF、KRAS、LAMP2、SNAIL、TRIM29、TSPAN1、TWIST1、ASPH、およびAURKBのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４７】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがASPH、BRCA1、EGFR、EPHA2、ErbB2、HIF、KRAS、MS4A1、P27、P53、ADH、PGP9、PGP9.5、およびVEGFのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４８】
前記疾患または障害が癌を含み、前記バイオシグネチャーがABCC1、ABCG2、ACE2、ADA、ADH1C、ADH4、AGT、AR、AREG、ASNS、BCL2、BCRP、BDCA1、βIIIチューブリン、BIRC5、B-RAF、BRCA1、BRCA2、CA2、カベオリン、CD20、CD25、CD33、CD52、CDA、CDKN2A、CDKN1A、CDKN1B、CDK2、CDW52、CES2、CK 14、CK 17、CK 5/6、c-KIT、c-Met、c-Myc、COX-2、サイクリンD1、DCK、DHFR、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、E-カドヘリン、ECGF1、EGFR、EML4- ALK融合体、EPHA2、エピレグリン、ER、ERBR2、ERCC1、ERCC3、EREG、ESR1、FLT1、葉酸受容体、FOLR1、FOLR2、FSHB、FSHPRH1、FSHR、FYN、GART、GNRH1、GNRHR1、GSTP1、HCK、HDAC1、hENT-1、Her2/Neu、HGF、HIF1A、HIG1、HSP90、HSP90AA1、HSPCA、IGF-1R、IGFRBP、IGFRBP3、IGFRBP4、IGFRBP5、IL13RA1、IL2RA、KDR、Ki67、KIT、K-RAS、LCK、LTB、リンホトキシンβ受容体、LYN、MET、MGMT、MLH1、MMR、MRP1、MS4A1、MSH2、MSH5、Myc、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、ODC1、OGFR、p16、p21、p27、p53、p95、PARP-1、PDGFC、PDGFR、PDGFRA、PDGFRB、PGP、PGR、PI3K、POLA、POLA1、PPARG、PPARGC1、PR、PTEN、PTGS2、RAF1、RARA、RRM1、RRM2、RRM2B、RXRB、RXRG、SPARC、SRC、SSTR1、SSTR2、SSTR3、SSTR4、SSTR5、サバイビン、TK1、TLE3、TNF、TOP1、TOP2A、TOP2B、TS、TXN、TXNRD1、TYMS、VDR、VEGF、VEGFA、VEGFC、VHL、YES1、およびZAP70のうちの1つまたは複数を含む、請求項2記載の方法。
【請求項４９】
参照と比較した（a）の1つまたは複数のマーカーの過剰発現、過小発現、または突然変異を用いて、前記治療剤を選択する、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
（a）の1つまたは複数のマーカーがKRASを含み、野生型参照と比較したKRASにおける突然変異を用いて、治療剤を選択する、請求項48記載の方法。
【請求項５１】
KRASにおける突然変異を、KRAS mRNAの配列決定によって判定する、請求項50記載の方法。
【請求項５２】
前記KRAS mRNAが前記小胞集団内に負荷されている、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、1つまたは複数のテトラスパニンを含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５４】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、CD9、CD63、およびCD81のうちの1つまたは複数を含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５５】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、MFG-E8、およびアネキシンVのうちの1つまたは複数を含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５６】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、表3に挙げられた1つまたは複数のマーカーを含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５７】
前記前記疾患または障害が、癌、前癌状態、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患もしくは障害、心血管疾患もしくは障害、神経疾患もしくは障害、感染症、または疼痛を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５８】
前記癌が、乳癌、卵巣癌、肺癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、結腸癌、過形成性ポリープ、腺腫、結腸直腸癌、高度異形成、低度異形成、前立腺肥大症、前立腺癌、黒色腫、膵臓癌、脳腫瘍、神経膠芽腫、肝細胞癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、食道癌、消化管間質腫瘍（GIST）、腎細胞癌（RCC）、胃癌、結腸直腸癌（CRC）、CRCデュークスB、CRCデュークスC-D、血液悪性腫瘍、B細胞慢性リンパ球性白血病、B細胞リンパ腫-DLBCL、B細胞リンパ腫-DLBCL-胚中心様、B細胞リンパ腫-DLBCL-活性化B細胞様、またはバーキットリンパ腫を含む、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
前記癌が、急性リンパ芽球性白血病；急性骨髄性白血病；副腎皮質癌；AIDS関連癌；AIDS関連リンパ腫；肛門癌；虫垂癌；星状細胞腫；非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；基底細胞癌；膀胱癌；脳幹部神経膠腫；脳腫瘍（脳幹部神経膠腫、中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、星状細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣芽腫、上衣腫、髄芽腫、上衣細胞腫、中間型松果体実質腫瘍、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、および松果体芽腫を含む）；乳癌；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；原発不明癌；カルチノイド腫瘍；原発不明癌；中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；中枢神経系胚芽腫；子宮頸癌；小児癌；脊索腫；慢性リンパ球性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；結腸癌；結腸直腸癌；頭蓋咽頭腫；皮膚T細胞リンパ腫；内分泌膵島細胞腫瘍；子宮内膜癌；上衣芽腫；上衣腫；食道癌；嗅神経芽細胞腫；ユーイング肉腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；肝臓外胆管癌；胆嚢癌；胃癌；消化管カルチノイド腫瘍；消化管間質細胞腫瘍；消化管間質腫瘍（GIST）；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫；毛様細胞性白血病；頭頸部癌；心臓癌；ホジキンリンパ腫；下咽頭癌；眼内黒色腫；膵島腫瘍；カポジ肉腫；腎臓癌；ランゲルハンス細胞組織球症；喉頭癌；口唇癌；肝臓癌；悪性線維性組織球腫；骨癌；髄芽腫；上衣細胞腫；黒色腫；メルケル細胞癌；メルケル細胞皮膚癌；中皮腫；原発不明転移性扁平上皮性頸部癌；口腔癌；多発性内分泌腫瘍症候群；多発性骨髄腫；形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄増殖性腫瘍；鼻腔癌；鼻咽頭癌；神経芽細胞腫；非ホジキンリンパ腫；非黒色腫皮膚癌；非小細胞肺癌；口腔癌；口腔癌；口腔咽頭癌；骨肉腫；その他の脳および脊髄の癌；卵巣癌；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵臓癌；乳頭腫症；副鼻腔癌；副甲状腺癌；骨盤癌；陰茎癌；咽頭癌；中間型松果体実質腫瘍；松果体芽腫；下垂体腫瘍；形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫；胸膜胚芽腫；原発性中枢神経系（CNS）リンパ腫；原発性肝細胞肝癌；前立腺癌；直腸癌；腎臓癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌；気道癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；唾液腺癌；セザリー症候群；小細胞肺癌；小腸癌；軟部組織肉腫；扁平上皮癌；頸部扁平上皮癌；胃癌；テント上原始神経外胚葉性腫瘍；T細胞リンパ腫；精巣癌；咽頭癌；胸腺癌；胸腺腫；甲状腺癌；移行上皮癌；腎盂と尿管の移行上皮癌；絨毛性腫瘍；尿管癌；尿道癌；子宮癌；子宮肉腫；膣癌；外陰癌；ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症；またはウィルムス腫瘍を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６０】
前記前癌状態が、日光角化症、萎縮性胃炎、白斑症、紅色肥厚症、リンパ腫様肉芽腫症、前白血病、線維症、頸部異形成、子宮頸部異形成、色素性乾皮症、バレット食道、結腸直腸ポリープ、悪性転換性ウイルス感染症、HIV、またはHPVを含む、請求項57記載の方法。
【請求項６１】
前記自己免疫疾患が、炎症性腸疾患（IBD）、クローン病（CD）、潰瘍性大腸炎（UC）、骨盤炎症、血管炎、乾癬、糖尿病、自己免疫性肝炎、多発性硬化症、重症筋無力症、I型糖尿病、関節リウマチ、乾癬、全身性エリテマトーデス（SLE）、橋本甲状腺炎、グレーブス病、強直性脊椎炎、シェーグレン病、CREST症候群、強皮症、リウマチ性疾患、臓器拒絶反応、原発性硬化性胆管炎、または敗血症を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６２】
前記心血管疾患が、アテローム性動脈硬化症、鬱血性心不全、不安定プラーク、脳卒中、虚血、高血圧症、狭窄症、血管閉塞症、または血栓症事象を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６３】
前記神経疾患が、多発性硬化症（MS）、パーキンソン病（PD）、アルツハイマー病（AD）、統合失調症、双極性障害、うつ病、自閉症、プリオン病、ピック病、認知症、ハンチントン病（HD）、ダウン症候群、脳血管疾患、ラスムッセン脳炎、ウイルス性髄膜炎、神経精神医学的全身性エリテマトーデス（NPSLE）、筋萎縮性側索硬化症、クロイツフェルト-ヤコブ病、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、伝達性海綿状脳症、虚血再灌流障害（例えば脳卒中）、脳外傷、微生物感染症、または慢性疲労症候群を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６４】
前記疼痛が、線維筋痛症、慢性神経因性疼痛、または末梢神経因性疼痛を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６５】
前記感染症が、細菌感染、ウイルス感染、酵母菌感染、ウィップル病、プリオン病、肝硬変、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌、HIV、HCV、肝炎、梅毒、髄膜炎、マラリア、結核、インフルエンザを含む、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
以下の工程を含む、それを必要とする対象において疾患または障害のセラノーシスを行う方法：
（a）対象由来の試料における小胞集団のバイオシグネチャーを同定する工程であって、該バイオシグネチャーがKRAS、BRAF、PIK3CA、および／またはc-kitの突然変異を含む工程；ならびに
（b）該バイオシグネチャーを参照と比較して、KRAS、BRAF、PIK3CA、および／またはc-kitにおける突然変異の存在を同定し、それによって該疾患または障害のセラノーシスを行う工程。
【請求項６７】
前記小胞集団から単離されたmRNAにおいて突然変異が検出される、請求項66記載の方法。
【請求項６８】
前記バイオシグネチャーがKRASにおける突然変異を含む、請求項66または67記載の方法。
【請求項６９】
インビトロで行われる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項７０】
前記請求項のいずれか一項記載の方法を実施するための試薬の使用。
【請求項７１】
請求項1〜69のいずれか一項記載の方法を実施するための試薬を含むキット。
【請求項１】
以下の工程を含む、それを必要とする対象において疾患または障害のセラノーシス（theranosis）を行う方法：
（a）対象由来の試料における小胞集団のバイオシグネチャーを同定する工程であって、該バイオシグネチャーが、1つもしくは複数の細胞特異的バイオマーカーの存在もしくはレベル、および／または1つもしくは複数の疾患特異的バイオマーカーの存在もしくはレベル、および1つもしくは複数の一般的小胞バイオマーカーの存在もしくはレベルを含む、工程；ならびに
（b）該バイオシグネチャーを参照と比較する工程であって、該比較が、該対象は治療剤に対する応答者と非応答者のどちらであるのかを示し、それによって、該疾患または障害のセラノーシスを行う工程。
【請求項２】
前記対象が前記治療剤に曝露されたことがない、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記セラノーシスが、治療効果を決定する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記同定する工程が1回のアッセイ法で行われる、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記試料が体液を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胚盤胞腔液、または臍帯血を含む、請求項5記載の方法。
【請求項７】
前記体液が血清または血漿を含む、請求項5記載の方法。
【請求項８】
前記小胞集団が直径20nm〜800nmの小胞を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
前記小胞集団が直径20nm〜200nmの小胞を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
前記小胞集団を、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、イムノアッセイ法、マイクロ流体工学分離、またはこれらの組み合わせに供する、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記1つまたは複数の細胞特異的バイオマーカー、1つまたは複数の疾患特異的バイオマーカー、および1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーがタンパク質を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記1つまたは複数の疾患特異的バイオマーカーが、EpCAM、B7H3、CD24、Tissue Factor、またはこれらの組み合わせを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、MFG-E8、アネキシンV、またはこれらの組み合わせを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記バイオシグネチャーが結合物質を用いた解析を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオシグネチャーを同定する工程が、前記試料を3種の異なる分析物に特異的な少なくとも3種の結合物質と接触させる工程を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
前記結合物質が、抗原、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸（PNA）、ロックド（locked）核酸（LNA）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、または化学物質を含む、請求項14または15記載の方法。
【請求項１７】
前記バイオシグネチャーを同定する工程が、1つまたは複数の核酸の評価を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
前記1つまたは複数の核酸が、DNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNA、またはshRNAを含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
前記1つまたは複数の核酸が、miR-21、miR-205、miR-92、miR-147、miR-141、またはmiR-574のうちの1つまたは複数を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２０】
前記バイオシグネチャーを同定する工程が、1つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質、および／またはプロテオグリカンの評価を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２１】
前記1つまたは複数の核酸が、図3〜6、19〜24、26〜30、32、33、36、40〜42、47、51、53〜57、および／または60におけるマイクロRNAのうち1つまたは複数を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２２】
前記1つまたは複数の核酸が、miR-21、miR-205、miR-92、miR-147、またはmiR-574より選択されるマイクロRNAのうち1つまたは複数を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２３】
前記対象が前記疾患または障害に対して現在治療を受けていない、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
前記対象が前記疾患または障害に対して既存の治療を受けている、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記対象に前記治療剤を投与する工程をさらに含む、請求項2記載の方法。
【請求項２６】
前記対象を前記治療剤に対する非応答者または応答者として同定することが、該対象の前記小胞バイオシグネチャーを、該治療剤に対する以前に同定された応答者および非応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットに関連付けることを含む、請求項2記載の方法。
【請求項２７】
前記対象の小胞バイオシグネチャーが、以前に同定された非応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットよりも密接に、以前に同定された応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットと相関している場合、該対象が応答者として同定される、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記対象の小胞バイオシグネチャーが、以前に同定された応答者由来の小胞バイオシグネチャーのセットよりも密接に、以前に同定された非応答者からの小胞バイオシグネチャーのセットと相関している場合、該対象が非応答者として同定される、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
前記対象を前記治療剤に対する非応答者または応答者として同定することが、以前に同定された応答者および非応答者を用いて訓練を受けた分類器に対して、該対象の前記小胞バイオシグネチャーを分類することを含む、請求項2記載の方法。
【請求項３０】
前記疾患または障害が、前立腺癌、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、または黒色腫を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
前記疾患または障害が前立腺癌を含み、前記バイオシグネチャーがPCSAおよびPSMAのうちの1つまたは複数、ならびにB7H3およびEpCamのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
前記疾患または障害が前立腺癌を含み、前記バイオシグネチャーがPCSAを含む、請求項30記載の方法。
【請求項３３】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがDR3、STEAP、Epha2、TMEM211、unc93A、A33、CD24、NGAL、EpCam、MUC17、TROP2、およびTETSのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３４】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、EGFR、CD63、MUC1、TGM2、CD81、TIMP、EPHA2、TMEM211、UNC93A、CD66e、CD24、フェリチン、EpCAM、NGAL、GPR30、p53、MUC17、NCAM、およびB7H3のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３５】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、EPHA2、EGFR、CD63、MUC1、TGM2、CD81、TIMP1、GPR110、MMP9、TMEM211、UNC93、CD66e、CD24、Ngal、EpCAM、GPR30、OPN、MUC17、p53、MUC2、Ncam、およびTSG101のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３６】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがTMEM211およびCD24を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３７】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがEpCamおよびCD66を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３８】
前記疾患または障害が結腸直腸癌を含み、前記バイオシグネチャーがEGFR、EPHA2、p53、およびKRASのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３９】
前記疾患または障害が乳癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、HSP70、Gal3、MIS、EGFR、ER、ICB3、CD63、B7H4、MUC1、DLL4、CD81、ERB3、VEGF、BCA225、BRCA、CA125、CD174、CD24、ERB2、NGAL、GPR30、CYFRA21、CD31、cMET、MUC2、およびERB4のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４０】
前記疾患または障害が乳癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、EphA2、EGFR、B7H3、PSMA、PCSA、CD63、STEAP、CD81、B7H3、STEAP1、ICAM1（CD54）、A33、DR3、CD66e、MFG-e8、ヘプシン、TMEM211、TROP-2、EGFR、マンマグロビン、ヘプシン、NPGP/NPFF2、PSCA、5T4、NGAL、NK-2、EpCam、NK-1R、5T4、PAI-1、およびCD45のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４１】
前記疾患または障害が乳癌を含み、前記バイオシグネチャーがBRCA、cMET、DLL4、EphA2、EGFR、ER、ERB2、ERB3、ERB4、およびVEGFのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４２】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがSPB、SPC、TFF3、PGP9.5、CD9、MS4A1、NDUFB7、Cal3、iC3b、CD63、MUC1、TGM2、CD81、B7H3、DR3、MACC1、TrkB、Tissue Factor（TF）、TIMP1、GPCR（GPR110）、MMP9、MMP7、TMEM211、TWEAK、CDADC1、UNC93、APC、A33、CD66e、CD24、ErbB2、CD10、BDNF、フェリチン、セプラーゼ、NGAL、EpCam、ErbB2、オステオポンチン（OPN）、LDH、HSP70、MUC2、NCAM、CXCL12、ハプトグロビン（HAP）、CRP、およびGro-αのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４３】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがEPHA2、CD24、EGFR、およびCEAのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４４】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがSPB、SPC、NSE、PGP9.5、CD9、P2RX7、NDUFB7、NSE、Gal3、オステオポンチン、CHI3L1、EGFR、B7H3、iC3b、MUC1、メソテリン、SPA、TPA、PCSA、CD63、AQP5、DLL4、CD81、DR3、PSMA、GPCR 110（GPR110）、EPHA2、CEACAM、PTP、CABYR、TMEM211、ADAM28、UNC93a、A33、CD24、CD10、NGAL、EpCam、MUC17、TROP2、およびMUC2のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４５】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがSPB、SPC、PSP9.5、NDUFB7、Gal3、iC3b、MUC1、GPCR 110、CABYR、およびMUC17のうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４６】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがCD9、CD63、CD81、B7H3、PRO GRP、CYTO 18、FTH1、TGM2、CENPH、アネキシンI、アネキシンV、ERB2、EGFR、CRP、VEGF、CYTO 19、CCL2、オステオポンチン（OST19）、オステオポンチン（OST22）、BTUB、CD45、TIMP、NACC1、MMP9、BRCA1、P27、NSE、M2PK、HCG、MUC1、CEA、CEACAM、CYTO 7、EPCAM、MS4A1、MUC1、MUC2、PGP9、SPA、SPA、SPD、P53、GPCR（GPR110）、SFTPC、UNCR2、NSE、INGA3、INTG b4、MMP1、PNT、RACK1、NAP2、HLA、BMP2、PTH1R、PAN ADH、NCAM、CD151、CKS1、FSHR、HIF、KRAS、LAMP2、SNAIL、TRIM29、TSPAN1、TWIST1、ASPH、およびAURKBのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４７】
前記疾患または障害が肺癌を含み、前記バイオシグネチャーがASPH、BRCA1、EGFR、EPHA2、ErbB2、HIF、KRAS、MS4A1、P27、P53、ADH、PGP9、PGP9.5、およびVEGFのうちの1つまたは複数を含む、請求項30記載の方法。
【請求項４８】
前記疾患または障害が癌を含み、前記バイオシグネチャーがABCC1、ABCG2、ACE2、ADA、ADH1C、ADH4、AGT、AR、AREG、ASNS、BCL2、BCRP、BDCA1、βIIIチューブリン、BIRC5、B-RAF、BRCA1、BRCA2、CA2、カベオリン、CD20、CD25、CD33、CD52、CDA、CDKN2A、CDKN1A、CDKN1B、CDK2、CDW52、CES2、CK 14、CK 17、CK 5/6、c-KIT、c-Met、c-Myc、COX-2、サイクリンD1、DCK、DHFR、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、E-カドヘリン、ECGF1、EGFR、EML4- ALK融合体、EPHA2、エピレグリン、ER、ERBR2、ERCC1、ERCC3、EREG、ESR1、FLT1、葉酸受容体、FOLR1、FOLR2、FSHB、FSHPRH1、FSHR、FYN、GART、GNRH1、GNRHR1、GSTP1、HCK、HDAC1、hENT-1、Her2/Neu、HGF、HIF1A、HIG1、HSP90、HSP90AA1、HSPCA、IGF-1R、IGFRBP、IGFRBP3、IGFRBP4、IGFRBP5、IL13RA1、IL2RA、KDR、Ki67、KIT、K-RAS、LCK、LTB、リンホトキシンβ受容体、LYN、MET、MGMT、MLH1、MMR、MRP1、MS4A1、MSH2、MSH5、Myc、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、ODC1、OGFR、p16、p21、p27、p53、p95、PARP-1、PDGFC、PDGFR、PDGFRA、PDGFRB、PGP、PGR、PI3K、POLA、POLA1、PPARG、PPARGC1、PR、PTEN、PTGS2、RAF1、RARA、RRM1、RRM2、RRM2B、RXRB、RXRG、SPARC、SRC、SSTR1、SSTR2、SSTR3、SSTR4、SSTR5、サバイビン、TK1、TLE3、TNF、TOP1、TOP2A、TOP2B、TS、TXN、TXNRD1、TYMS、VDR、VEGF、VEGFA、VEGFC、VHL、YES1、およびZAP70のうちの1つまたは複数を含む、請求項2記載の方法。
【請求項４９】
参照と比較した（a）の1つまたは複数のマーカーの過剰発現、過小発現、または突然変異を用いて、前記治療剤を選択する、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
（a）の1つまたは複数のマーカーがKRASを含み、野生型参照と比較したKRASにおける突然変異を用いて、治療剤を選択する、請求項48記載の方法。
【請求項５１】
KRASにおける突然変異を、KRAS mRNAの配列決定によって判定する、請求項50記載の方法。
【請求項５２】
前記KRAS mRNAが前記小胞集団内に負荷されている、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、1つまたは複数のテトラスパニンを含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５４】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、CD9、CD63、およびCD81のうちの1つまたは複数を含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５５】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、MFG-E8、およびアネキシンVのうちの1つまたは複数を含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５６】
前記1つまたは複数の一般的小胞バイオマーカーが、表3に挙げられた1つまたは複数のマーカーを含む、請求項1〜3のいずれか一項または請求項31〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５７】
前記前記疾患または障害が、癌、前癌状態、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患もしくは障害、心血管疾患もしくは障害、神経疾患もしくは障害、感染症、または疼痛を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５８】
前記癌が、乳癌、卵巣癌、肺癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、結腸癌、過形成性ポリープ、腺腫、結腸直腸癌、高度異形成、低度異形成、前立腺肥大症、前立腺癌、黒色腫、膵臓癌、脳腫瘍、神経膠芽腫、肝細胞癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、食道癌、消化管間質腫瘍（GIST）、腎細胞癌（RCC）、胃癌、結腸直腸癌（CRC）、CRCデュークスB、CRCデュークスC-D、血液悪性腫瘍、B細胞慢性リンパ球性白血病、B細胞リンパ腫-DLBCL、B細胞リンパ腫-DLBCL-胚中心様、B細胞リンパ腫-DLBCL-活性化B細胞様、またはバーキットリンパ腫を含む、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
前記癌が、急性リンパ芽球性白血病；急性骨髄性白血病；副腎皮質癌；AIDS関連癌；AIDS関連リンパ腫；肛門癌；虫垂癌；星状細胞腫；非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；基底細胞癌；膀胱癌；脳幹部神経膠腫；脳腫瘍（脳幹部神経膠腫、中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、星状細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣芽腫、上衣腫、髄芽腫、上衣細胞腫、中間型松果体実質腫瘍、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、および松果体芽腫を含む）；乳癌；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；原発不明癌；カルチノイド腫瘍；原発不明癌；中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；中枢神経系胚芽腫；子宮頸癌；小児癌；脊索腫；慢性リンパ球性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；結腸癌；結腸直腸癌；頭蓋咽頭腫；皮膚T細胞リンパ腫；内分泌膵島細胞腫瘍；子宮内膜癌；上衣芽腫；上衣腫；食道癌；嗅神経芽細胞腫；ユーイング肉腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；肝臓外胆管癌；胆嚢癌；胃癌；消化管カルチノイド腫瘍；消化管間質細胞腫瘍；消化管間質腫瘍（GIST）；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫；毛様細胞性白血病；頭頸部癌；心臓癌；ホジキンリンパ腫；下咽頭癌；眼内黒色腫；膵島腫瘍；カポジ肉腫；腎臓癌；ランゲルハンス細胞組織球症；喉頭癌；口唇癌；肝臓癌；悪性線維性組織球腫；骨癌；髄芽腫；上衣細胞腫；黒色腫；メルケル細胞癌；メルケル細胞皮膚癌；中皮腫；原発不明転移性扁平上皮性頸部癌；口腔癌；多発性内分泌腫瘍症候群；多発性骨髄腫；形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄増殖性腫瘍；鼻腔癌；鼻咽頭癌；神経芽細胞腫；非ホジキンリンパ腫；非黒色腫皮膚癌；非小細胞肺癌；口腔癌；口腔癌；口腔咽頭癌；骨肉腫；その他の脳および脊髄の癌；卵巣癌；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵臓癌；乳頭腫症；副鼻腔癌；副甲状腺癌；骨盤癌；陰茎癌；咽頭癌；中間型松果体実質腫瘍；松果体芽腫；下垂体腫瘍；形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫；胸膜胚芽腫；原発性中枢神経系（CNS）リンパ腫；原発性肝細胞肝癌；前立腺癌；直腸癌；腎臓癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌；気道癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；唾液腺癌；セザリー症候群；小細胞肺癌；小腸癌；軟部組織肉腫；扁平上皮癌；頸部扁平上皮癌；胃癌；テント上原始神経外胚葉性腫瘍；T細胞リンパ腫；精巣癌；咽頭癌；胸腺癌；胸腺腫；甲状腺癌；移行上皮癌；腎盂と尿管の移行上皮癌；絨毛性腫瘍；尿管癌；尿道癌；子宮癌；子宮肉腫；膣癌；外陰癌；ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症；またはウィルムス腫瘍を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６０】
前記前癌状態が、日光角化症、萎縮性胃炎、白斑症、紅色肥厚症、リンパ腫様肉芽腫症、前白血病、線維症、頸部異形成、子宮頸部異形成、色素性乾皮症、バレット食道、結腸直腸ポリープ、悪性転換性ウイルス感染症、HIV、またはHPVを含む、請求項57記載の方法。
【請求項６１】
前記自己免疫疾患が、炎症性腸疾患（IBD）、クローン病（CD）、潰瘍性大腸炎（UC）、骨盤炎症、血管炎、乾癬、糖尿病、自己免疫性肝炎、多発性硬化症、重症筋無力症、I型糖尿病、関節リウマチ、乾癬、全身性エリテマトーデス（SLE）、橋本甲状腺炎、グレーブス病、強直性脊椎炎、シェーグレン病、CREST症候群、強皮症、リウマチ性疾患、臓器拒絶反応、原発性硬化性胆管炎、または敗血症を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６２】
前記心血管疾患が、アテローム性動脈硬化症、鬱血性心不全、不安定プラーク、脳卒中、虚血、高血圧症、狭窄症、血管閉塞症、または血栓症事象を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６３】
前記神経疾患が、多発性硬化症（MS）、パーキンソン病（PD）、アルツハイマー病（AD）、統合失調症、双極性障害、うつ病、自閉症、プリオン病、ピック病、認知症、ハンチントン病（HD）、ダウン症候群、脳血管疾患、ラスムッセン脳炎、ウイルス性髄膜炎、神経精神医学的全身性エリテマトーデス（NPSLE）、筋萎縮性側索硬化症、クロイツフェルト-ヤコブ病、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、伝達性海綿状脳症、虚血再灌流障害（例えば脳卒中）、脳外傷、微生物感染症、または慢性疲労症候群を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６４】
前記疼痛が、線維筋痛症、慢性神経因性疼痛、または末梢神経因性疼痛を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６５】
前記感染症が、細菌感染、ウイルス感染、酵母菌感染、ウィップル病、プリオン病、肝硬変、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌、HIV、HCV、肝炎、梅毒、髄膜炎、マラリア、結核、インフルエンザを含む、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
以下の工程を含む、それを必要とする対象において疾患または障害のセラノーシスを行う方法：
（a）対象由来の試料における小胞集団のバイオシグネチャーを同定する工程であって、該バイオシグネチャーがKRAS、BRAF、PIK3CA、および／またはc-kitの突然変異を含む工程；ならびに
（b）該バイオシグネチャーを参照と比較して、KRAS、BRAF、PIK3CA、および／またはc-kitにおける突然変異の存在を同定し、それによって該疾患または障害のセラノーシスを行う工程。
【請求項６７】
前記小胞集団から単離されたmRNAにおいて突然変異が検出される、請求項66記載の方法。
【請求項６８】
前記バイオシグネチャーがKRASにおける突然変異を含む、請求項66または67記載の方法。
【請求項６９】
インビトロで行われる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項７０】
前記請求項のいずれか一項記載の方法を実施するための試薬の使用。
【請求項７１】
請求項1〜69のいずれか一項記載の方法を実施するための試薬を含むキット。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図１Ｆ】
【図１Ｇ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【図２Ｅ】
【図２Ｆ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図７−０１】
【図７−０２】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１２Ｄ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図１９Ｃ】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２０Ｃ】
【図２１Ａ】
【図２１Ｂ】
【図２２】
【図２３Ａ】
【図２３Ｂ】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２４Ｃ】
【図２５】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１】
【図３２】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０Ａ】
【図４１】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１Ａ】
【図５１Ｂ】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５−０１】
【図５５−０２】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９Ａ】
【図５９Ｂ】
【図５９Ｃ】
【図５９Ｄ】
【図５９Ｅ】
【図５９Ｆ】
【図５９Ｇ】
【図５９Ｈ】
【図６０Ａ】
【図６０Ｂ】
【図６１Ａ】
【図６１Ｂ】
【図６２】
【図６３】
【図６４Ａ】
【図６４Ｂ】
【図６４Ｃ】
【図６４Ｄ】
【図６４Ｅ】
【図６５Ａ】
【図６５Ｂ】
【図６６】
【図６７Ａ】
【図６７Ｂ】
【図６８Ａ】
【図６８Ｂ】
【図６８Ｃ】
【図６８Ｄ】
【図６９Ａ】
【図６９Ｂ】
【図６９Ｃ】
【図７０Ａ】
【図７０Ｂ】
【図７１Ａ】
【図７１Ｂ】
【図７１Ｃ】
【図７１Ｄ】
【図７１Ｅ】
【図７１Ｆ】
【図７２Ａ】
【図７２Ｂ】
【図７２Ｃ】
【図７２Ｄ】
【図７２Ｅ】
【図７２Ｆ】
【図７３Ａ】
【図７３Ｂ】
【図７３Ｃ】
【図７３Ｄ】
【図７３Ｅ】
【図７４Ａ】
【図７４Ｂ】
【図７４Ｃ】
【図７４Ｄ】
【図７４Ｅ】
【図７４Ｆ】
【図７５Ａ】
【図７５Ｂ】
【図７５Ｃ】
【図７６Ａ】
【図７６Ｂ】
【図７７】
【図７８】
【図７９】
【図８０】
【図８１】
【図８２】
【図８３】
【図８４】
【図８５】
【図８６】
【図８７】
【図８８】
【図８９】
【図８９Ａ】
【図８９Ｂ】
【図８９Ｃ】
【図８９Ｄ】
【図８９Ｅ】
【図８９Ｆ】
【図９０】
【図９１】
【図９２】
【図９３】
【図９４】
【図９５】
【図９６】
【図９７】
【図９８Ａ】
【図９８Ｂ】
【図９８Ｃ】
【図９８Ｄ】
【図９９Ａ】
【図９９Ｂ】
【図９９Ｃ】
【図９９Ｄ】
【図１００Ａ】
【図１００Ｂ】
【図１００Ｃ】
【図１０１】
【図１０２Ａ】
【図１０３Ａ】
【図１０３Ｂ】
【図１０３Ｃ】
【図１０３Ｄ】
【図１０３Ｅ】
【図１０４】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図１Ｆ】
【図１Ｇ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【図２Ｅ】
【図２Ｆ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図７−０１】
【図７−０２】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１２Ｄ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図１９Ｃ】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２０Ｃ】
【図２１Ａ】
【図２１Ｂ】
【図２２】
【図２３Ａ】
【図２３Ｂ】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２４Ｃ】
【図２５】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１】
【図３２】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０Ａ】
【図４１】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１Ａ】
【図５１Ｂ】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５−０１】
【図５５−０２】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９Ａ】
【図５９Ｂ】
【図５９Ｃ】
【図５９Ｄ】
【図５９Ｅ】
【図５９Ｆ】
【図５９Ｇ】
【図５９Ｈ】
【図６０Ａ】
【図６０Ｂ】
【図６１Ａ】
【図６１Ｂ】
【図６２】
【図６３】
【図６４Ａ】
【図６４Ｂ】
【図６４Ｃ】
【図６４Ｄ】
【図６４Ｅ】
【図６５Ａ】
【図６５Ｂ】
【図６６】
【図６７Ａ】
【図６７Ｂ】
【図６８Ａ】
【図６８Ｂ】
【図６８Ｃ】
【図６８Ｄ】
【図６９Ａ】
【図６９Ｂ】
【図６９Ｃ】
【図７０Ａ】
【図７０Ｂ】
【図７１Ａ】
【図７１Ｂ】
【図７１Ｃ】
【図７１Ｄ】
【図７１Ｅ】
【図７１Ｆ】
【図７２Ａ】
【図７２Ｂ】
【図７２Ｃ】
【図７２Ｄ】
【図７２Ｅ】
【図７２Ｆ】
【図７３Ａ】
【図７３Ｂ】
【図７３Ｃ】
【図７３Ｄ】
【図７３Ｅ】
【図７４Ａ】
【図７４Ｂ】
【図７４Ｃ】
【図７４Ｄ】
【図７４Ｅ】
【図７４Ｆ】
【図７５Ａ】
【図７５Ｂ】
【図７５Ｃ】
【図７６Ａ】
【図７６Ｂ】
【図７７】
【図７８】
【図７９】
【図８０】
【図８１】
【図８２】
【図８３】
【図８４】
【図８５】
【図８６】
【図８７】
【図８８】
【図８９】
【図８９Ａ】
【図８９Ｂ】
【図８９Ｃ】
【図８９Ｄ】
【図８９Ｅ】
【図８９Ｆ】
【図９０】
【図９１】
【図９２】
【図９３】
【図９４】
【図９５】
【図９６】
【図９７】
【図９８Ａ】
【図９８Ｂ】
【図９８Ｃ】
【図９８Ｄ】
【図９９Ａ】
【図９９Ｂ】
【図９９Ｃ】
【図９９Ｄ】
【図１００Ａ】
【図１００Ｂ】
【図１００Ｃ】
【図１０１】
【図１０２Ａ】
【図１０３Ａ】
【図１０３Ｂ】
【図１０３Ｃ】
【図１０３Ｄ】
【図１０３Ｅ】
【図１０４】
【公表番号】特表２０１３−５２１５０２（Ｐ２０１３−５２１５０２Ａ）
【公表日】平成２５年６月１０日（２０１３．６．１０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５５６１８５（Ｐ２０１２−５５６１８５）
【出願日】平成２３年３月１日（２０１１．３．１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２６７５０
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／１０９４４０
【国際公開日】平成２３年９月９日（２０１１．９．９）
【出願人】（５１１１０７２１２）カリス ライフ サイエンシズ ルクセンブルク ホールディングス (3)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２５年６月１０日（２０１３．６．１０）
【国際特許分類】
【出願日】平成２３年３月１日（２０１１．３．１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２６７５０
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／１０９４４０
【国際公開日】平成２３年９月９日（２０１１．９．９）
【出願人】（５１１１０７２１２）カリス ライフ サイエンシズ ルクセンブルク ホールディングス (3)
【Ｆターム（参考）】
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