ナイセリア・ゴノロエアエ検出のための試薬および方法
本発明はリピート配列に関連するプローブおよびプライマーを用いて、試料中のナイセリア・ゴノロエアエ（Neisseria gonorrhoeae）を検出するための組成物および方法を提供する。本発明はまた関連する反応混合物、キット、システム、およびコンピュータも提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号３〜２７およびその相補体からなる群より選ばれる配列をもつ核酸からなるオリゴヌクレオチド。
【請求項２】
配列番号３〜２７およびその相補体からなる群より選ばれる配列をもつ核酸を含んでなるオリゴヌクレオチドであって、１００以下のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
プローブ核酸またはプライマー核酸を含んでなる、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項４】
少なくとも一つの修飾されたヌクレオチドを含んでなる、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項５】
少なくとも一つの標識および／または少なくとも一つのクエンチャー成分を含んでなる、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
４０以下のヌクレオチドを有している、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項７】
配列番号３〜２７のうちの一つまたはその相補体に対し、少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸を含んでなるオリゴヌクレオチドであって、１００以下のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
前記核酸が、配列番号３〜２７のうちの一つまたはその相補体に対し、少なくとも９５％の配列同一性を有している、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
少なくとも一つの修飾されたヌクレオチドを含んでなる、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
少なくとも一つの標識および／または少なくとも一つのクエンチャー成分を含んでなる、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
４０以下のヌクレオチドを有している、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドは少なくとも一つの保存的に修飾されたバリエーションを含んでなる、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエ（Neisseria gonorrhoeae）を検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸を、少なくとも一つの核酸増幅反応において、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体からなる群より選ばれる、少なくとも一つの核酸を含んでなるプライマー核酸の第１のペアと接触させること；および
（ｂ）前記核酸および／またはその１若しくは複数のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出すること、
を含んでなる方法。
【請求項１４】
前記核酸および／またはそのアンプリコンが、配列番号２８〜３３からなる群より選ばれる少なくとも一つの配列を含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項１５】
（ａ）が、前記試料由来の核酸を、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）核酸に対し少なくとも部分的に相補的なプライマー核酸の第二のペアと接触させることを含んでなり、（ｂ）が、１又は複数の追加のアンプリコンを（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のクラミジア・トラコマチスを検出することを含んでなる請求項１３の方法。
【請求項１６】
少なくとも一つの前記プライマー核酸が、修飾されたプライマー核酸を含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項１７】
少なくとも一つの前記プライマー核酸が、少なくとも一つの標識を含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項１８】
（ｂ）が、標識により発生した検出可能なシグナルを検出すること、または、標識により発生した検出可能なシグナルを増幅して増幅シグナルを発生させ、そして前記増幅シグナルを検出することを含んでなる請求項１７の方法。
【請求項１９】
（ｂ）が、前記アンプリコンと、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し検出可能に結合する１又は複数の核酸検出試薬との間の結合をモニターすることを含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項２０】
少なくとも一つの核酸検出試薬が：配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する核酸を含んでなる、請求項１９の方法。
【請求項２１】
少なくとも一つの前記核酸検出試薬がオリゴヌクレオチドを含んでなる、請求項１９の方法。
【請求項２２】
少なくとも一つの前記核酸検出試薬が、少なくとも一つの標識および／または少なくとも一つのクエンチャー成分を含んでなる、請求項１９の方法。
【請求項２３】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸を、少なくとも一つの核酸増幅反応において、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸と選択的に結合する少なくとも一つのプライマー核酸の第１のペアと接触させること；
（ｂ）前記核酸および／またはその１若しくは複数のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出すること、
を含んでなる方法。
【請求項２４】
前記核酸および／またはそのアンプリコンが、配列番号２８〜３３からなる群より選ばれる少なくとも一つの配列を含んでなる、請求項２３の方法。
【請求項２５】
（ａ）が、試料由来の核酸を、クラミジア・トラコマチス核酸に対し少なくとも部分的に相補的であるプライマー核酸の少なくとも一つの第２のペアと接触させることを含んでなり、かつ（ｂ）が、１又は複数の追加のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のクラミジア・トラコマチスを検出すること、を含んでなる請求項２３の方法。
【請求項２６】
少なくとも一つの前記プライマー核酸が、修飾されたプライマー核酸を含んでなる、請求項２３の方法。
【請求項２７】
（ｂ）が、前記アンプリコンと、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し検出可能に結合する１又は複数の核酸検出試薬との間の結合をモニターすることを含んでなる、請求項２３の方法。
【請求項２８】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定する方法であって、
（ａ）前記試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンを、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し選択的に結合する１又は複数のオリゴヌクレオチドと接触させること；並びに
（ｂ）前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の結合をモニターすること、を含んで成り、
ここで、前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の検出可能な結合が前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定する、方法。
【請求項２９】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が、（ａ）の前には不明であるか、または実証されていない、請求項２８の方法。
【請求項３０】
（ａ）が、核酸および／またはそのアンプリコンを、溶液中の前記オリゴヌクレオチドと、少なくとも４２℃の温度において、少なくとも１５分間接触させることを含んでなり、前記溶液の全重量が、約５０％のホルマリンを含んでなり、かつヘパリンを約１ｍｇ／ｍｌの濃度で含んでなる請求項２８の方法。
【請求項３１】
少なくとも一つの追加の試料を用いて（ａ）と（ｂ）を少なくとも１回以上繰返すこと、および、（ｂ）の、核酸および／またはそのアンプリコンとオリゴヌクレオチドとの間の結合を、少なくとも１回繰返された（ｂ）と比較することを含んでなる請求項２８の方法。
【請求項３２】
前記核酸の少なくとも一つのセグメントが、アンプリコンを生成するための少なくとも一つの核酸増幅技術を用いて（ａ）の前または間に増幅され、かつ（ｂ）が、前記核酸および／またはそのアンプリコンと、前記オリゴヌクレオチドとの間の結合を、増幅の間または後にモニターすることを含んでなる請求項２８の方法。
【請求項３３】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸を、プライマー核酸の少なくとも一つの第１のペアと、少なくとも一つの核酸増幅反応において接触させること、ここで、各々の前記プライマー核酸が１２〜１００の間のヌクレオチドを有しており、かつ少なくとも一つのプライマー核酸が、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の部分配列（ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅ）と、少なくとも９０％の配列同一性を含んでなり；並びに
（ｂ）前記核酸および／またはその１若しくは複数のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出すること、
を含んでなる方法。
【請求項３４】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が、（ａ）の前には不明であるか、または実証されていない請求項３３の方法。
【請求項３５】
１又は複数の前記プライマー核酸が、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する請求項３３の方法。
【請求項３６】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンを、１２〜１００の間のヌクレオチドを有する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の部分配列と、少なくとも９０％の配列同一性を含んでなるオリゴヌクレオチドと接触させること、
（ｂ）前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の結合をモニターすること、を含んで成り、
ここで、前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の検出可能な結合が前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定する、方法。
【請求項３７】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が、（ａ）の前には不明であるか、または実証されていない請求項３６の方法。
【請求項３８】
１又は複数の前記プライマー核酸が、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する請求項３６の方法。
【請求項３９】
被検者に由来する試料と、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し選択的に結合する１又は複数の核酸検出試薬とを含んでなる組成物。
【請求項４０】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が不明であるか、または実証されていない請求項３９の組成物。
【請求項４１】
クラミジア・トラコマチス核酸に対し検出可能に結合する少なくとも一つの追加の核酸検出試薬をさらに含んでなる、請求項３９の組成物。
【請求項４２】
前記核酸検出試薬が、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体からなる群より選ばれる配列を有する、少なくとも一つの核酸を含んでなる請求項３９の組成物。
【請求項４３】
配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体の部分配列に相当する配列を有するアンプリコンであって、ターミネーターヌクレオチドを欠失しているアンプリコンのセットを含んでなる反応混合物。
【請求項４４】
クラミジア・トラコマチス核酸配列に相当する配列を含んでなるアンプリコンの、追加のセットをさらに含んでなる、請求項４３の反応混合物。
【請求項４５】
アンプリコンのセットの少なくとも一つのサブセットが、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する少なくとも一つのプライマー核酸を用いて産生される、請求項４３の反応混合物。
【請求項４６】
（ａ）１２〜１００の間、またはそれより少ないヌクレオチドを有する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の部分配列と少なくとも９０％の配列同一性を含んでなるオリゴヌクレオチド；並びに１又は複数の：
（ｂ）試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の結合をモニターすることにより、不明であるか、または実証されていない試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定するための説明書：あるいは
（ｃ）少なくとも一つのオリゴヌクレオチドを梱包するための少なくとも一つの容器、
を含んでなるキット。
【請求項４７】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体からなる群より選ばれる配列を有している請求項４６のキット。
【請求項４８】
クラミジア・トラコマチス核酸に対し検出可能に結合する１又は複数の核酸検出試薬をさらに含んでなる、請求項４６のキット。
【請求項４９】
少なくとも一つの酵素をさらに含んでなる、請求項４６のキット。
【請求項５０】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出するためのシステムであって：
（ａ）１２〜１００の間、またはそれより少ないヌクレオチドを有する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の配列と少なくとも９０％の配列同一性を含んでなるオリゴヌクレオチド；
（ｂ）前記試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンと、前記オリゴヌクレオチドとの間の結合を検出する少なくとも一つの検出器；並びに
（ｃ）前記検出器と作用可能に接続した少なくとも一つのコントローラであって、検出器によって検出された結合を、試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在と互いに関係づける、１又は複数のインストラクションセットを含んでなるコントローラ、
を含んでなるシステム。
【請求項５１】
（ａ）配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、またはその変異体の相補体の一つ、の部分配列に対応する複数の配列に対応する、複数の文字列を含んでなるデータセットを含んでなる、コンピュータまたはコンピュータ読取り可能な媒体；並びに
（ｂ）コンピュータまたはコンピュータ読取り可能な媒体の出力端子と連結した自動合成装置であって、データセットにおける１又は複数の文字列に対応する１又は複数の核酸の合成を指示する、コンピュータまたはコンピュータ読取り可能な媒体からのインストラクションを受ける自動合成装置、
を含んでなるシステム。
【請求項１】
配列番号３〜２７およびその相補体からなる群より選ばれる配列をもつ核酸からなるオリゴヌクレオチド。
【請求項２】
配列番号３〜２７およびその相補体からなる群より選ばれる配列をもつ核酸を含んでなるオリゴヌクレオチドであって、１００以下のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
プローブ核酸またはプライマー核酸を含んでなる、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項４】
少なくとも一つの修飾されたヌクレオチドを含んでなる、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項５】
少なくとも一つの標識および／または少なくとも一つのクエンチャー成分を含んでなる、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
４０以下のヌクレオチドを有している、請求項２のオリゴヌクレオチド。
【請求項７】
配列番号３〜２７のうちの一つまたはその相補体に対し、少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸を含んでなるオリゴヌクレオチドであって、１００以下のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
前記核酸が、配列番号３〜２７のうちの一つまたはその相補体に対し、少なくとも９５％の配列同一性を有している、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
少なくとも一つの修飾されたヌクレオチドを含んでなる、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
少なくとも一つの標識および／または少なくとも一つのクエンチャー成分を含んでなる、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
４０以下のヌクレオチドを有している、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドは少なくとも一つの保存的に修飾されたバリエーションを含んでなる、請求項７のオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエ（Neisseria gonorrhoeae）を検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸を、少なくとも一つの核酸増幅反応において、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体からなる群より選ばれる、少なくとも一つの核酸を含んでなるプライマー核酸の第１のペアと接触させること；および
（ｂ）前記核酸および／またはその１若しくは複数のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出すること、
を含んでなる方法。
【請求項１４】
前記核酸および／またはそのアンプリコンが、配列番号２８〜３３からなる群より選ばれる少なくとも一つの配列を含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項１５】
（ａ）が、前記試料由来の核酸を、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）核酸に対し少なくとも部分的に相補的なプライマー核酸の第二のペアと接触させることを含んでなり、（ｂ）が、１又は複数の追加のアンプリコンを（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のクラミジア・トラコマチスを検出することを含んでなる請求項１３の方法。
【請求項１６】
少なくとも一つの前記プライマー核酸が、修飾されたプライマー核酸を含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項１７】
少なくとも一つの前記プライマー核酸が、少なくとも一つの標識を含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項１８】
（ｂ）が、標識により発生した検出可能なシグナルを検出すること、または、標識により発生した検出可能なシグナルを増幅して増幅シグナルを発生させ、そして前記増幅シグナルを検出することを含んでなる請求項１７の方法。
【請求項１９】
（ｂ）が、前記アンプリコンと、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し検出可能に結合する１又は複数の核酸検出試薬との間の結合をモニターすることを含んでなる、請求項１３の方法。
【請求項２０】
少なくとも一つの核酸検出試薬が：配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する核酸を含んでなる、請求項１９の方法。
【請求項２１】
少なくとも一つの前記核酸検出試薬がオリゴヌクレオチドを含んでなる、請求項１９の方法。
【請求項２２】
少なくとも一つの前記核酸検出試薬が、少なくとも一つの標識および／または少なくとも一つのクエンチャー成分を含んでなる、請求項１９の方法。
【請求項２３】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸を、少なくとも一つの核酸増幅反応において、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸と選択的に結合する少なくとも一つのプライマー核酸の第１のペアと接触させること；
（ｂ）前記核酸および／またはその１若しくは複数のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出すること、
を含んでなる方法。
【請求項２４】
前記核酸および／またはそのアンプリコンが、配列番号２８〜３３からなる群より選ばれる少なくとも一つの配列を含んでなる、請求項２３の方法。
【請求項２５】
（ａ）が、試料由来の核酸を、クラミジア・トラコマチス核酸に対し少なくとも部分的に相補的であるプライマー核酸の少なくとも一つの第２のペアと接触させることを含んでなり、かつ（ｂ）が、１又は複数の追加のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のクラミジア・トラコマチスを検出すること、を含んでなる請求項２３の方法。
【請求項２６】
少なくとも一つの前記プライマー核酸が、修飾されたプライマー核酸を含んでなる、請求項２３の方法。
【請求項２７】
（ｂ）が、前記アンプリコンと、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し検出可能に結合する１又は複数の核酸検出試薬との間の結合をモニターすることを含んでなる、請求項２３の方法。
【請求項２８】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定する方法であって、
（ａ）前記試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンを、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し選択的に結合する１又は複数のオリゴヌクレオチドと接触させること；並びに
（ｂ）前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の結合をモニターすること、を含んで成り、
ここで、前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の検出可能な結合が前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定する、方法。
【請求項２９】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が、（ａ）の前には不明であるか、または実証されていない、請求項２８の方法。
【請求項３０】
（ａ）が、核酸および／またはそのアンプリコンを、溶液中の前記オリゴヌクレオチドと、少なくとも４２℃の温度において、少なくとも１５分間接触させることを含んでなり、前記溶液の全重量が、約５０％のホルマリンを含んでなり、かつヘパリンを約１ｍｇ／ｍｌの濃度で含んでなる請求項２８の方法。
【請求項３１】
少なくとも一つの追加の試料を用いて（ａ）と（ｂ）を少なくとも１回以上繰返すこと、および、（ｂ）の、核酸および／またはそのアンプリコンとオリゴヌクレオチドとの間の結合を、少なくとも１回繰返された（ｂ）と比較することを含んでなる請求項２８の方法。
【請求項３２】
前記核酸の少なくとも一つのセグメントが、アンプリコンを生成するための少なくとも一つの核酸増幅技術を用いて（ａ）の前または間に増幅され、かつ（ｂ）が、前記核酸および／またはそのアンプリコンと、前記オリゴヌクレオチドとの間の結合を、増幅の間または後にモニターすることを含んでなる請求項２８の方法。
【請求項３３】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸を、プライマー核酸の少なくとも一つの第１のペアと、少なくとも一つの核酸増幅反応において接触させること、ここで、各々の前記プライマー核酸が１２〜１００の間のヌクレオチドを有しており、かつ少なくとも一つのプライマー核酸が、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の部分配列（ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅ）と、少なくとも９０％の配列同一性を含んでなり；並びに
（ｂ）前記核酸および／またはその１若しくは複数のアンプリコンを、（ａ）の間または後の核酸増幅反応から検出し、それにより前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出すること、
を含んでなる方法。
【請求項３４】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が、（ａ）の前には不明であるか、または実証されていない請求項３３の方法。
【請求項３５】
１又は複数の前記プライマー核酸が、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する請求項３３の方法。
【請求項３６】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出する方法であって：
（ａ）前記試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンを、１２〜１００の間のヌクレオチドを有する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の部分配列と、少なくとも９０％の配列同一性を含んでなるオリゴヌクレオチドと接触させること、
（ｂ）前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の結合をモニターすること、を含んで成り、
ここで、前記核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の検出可能な結合が前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定する、方法。
【請求項３７】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が、（ａ）の前には不明であるか、または実証されていない請求項３６の方法。
【請求項３８】
１又は複数の前記プライマー核酸が、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する請求項３６の方法。
【請求項３９】
被検者に由来する試料と、配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体からなる配列をもつ核酸に対し選択的に結合する１又は複数の核酸検出試薬とを含んでなる組成物。
【請求項４０】
前記試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在が不明であるか、または実証されていない請求項３９の組成物。
【請求項４１】
クラミジア・トラコマチス核酸に対し検出可能に結合する少なくとも一つの追加の核酸検出試薬をさらに含んでなる、請求項３９の組成物。
【請求項４２】
前記核酸検出試薬が、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体からなる群より選ばれる配列を有する、少なくとも一つの核酸を含んでなる請求項３９の組成物。
【請求項４３】
配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、または前記変異体の相補体の部分配列に相当する配列を有するアンプリコンであって、ターミネーターヌクレオチドを欠失しているアンプリコンのセットを含んでなる反応混合物。
【請求項４４】
クラミジア・トラコマチス核酸配列に相当する配列を含んでなるアンプリコンの、追加のセットをさらに含んでなる、請求項４３の反応混合物。
【請求項４５】
アンプリコンのセットの少なくとも一つのサブセットが、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体、からなる群より選ばれる配列を有する少なくとも一つのプライマー核酸を用いて産生される、請求項４３の反応混合物。
【請求項４６】
（ａ）１２〜１００の間、またはそれより少ないヌクレオチドを有する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の部分配列と少なくとも９０％の配列同一性を含んでなるオリゴヌクレオチド；並びに１又は複数の：
（ｂ）試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンと前記オリゴヌクレオチドとの間の結合をモニターすることにより、不明であるか、または実証されていない試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在を決定するための説明書：あるいは
（ｃ）少なくとも一つのオリゴヌクレオチドを梱包するための少なくとも一つの容器、
を含んでなるキット。
【請求項４７】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号３〜２７、実質的に同一なその変異体であって配列番号３〜２７のうちの一つに対し少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体、並びに配列番号３〜２７および前記変異体の相補体からなる群より選ばれる配列を有している請求項４６のキット。
【請求項４８】
クラミジア・トラコマチス核酸に対し検出可能に結合する１又は複数の核酸検出試薬をさらに含んでなる、請求項４６のキット。
【請求項４９】
少なくとも一つの酵素をさらに含んでなる、請求項４６のキット。
【請求項５０】
試料中のナイセリア・ゴノロエアエを検出するためのシステムであって：
（ａ）１２〜１００の間、またはそれより少ないヌクレオチドを有する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、配列番号１、配列番号２、またはその相補体の配列と少なくとも９０％の配列同一性を含んでなるオリゴヌクレオチド；
（ｂ）前記試料由来の核酸および／またはそのアンプリコンと、前記オリゴヌクレオチドとの間の結合を検出する少なくとも一つの検出器；並びに
（ｃ）前記検出器と作用可能に接続した少なくとも一つのコントローラであって、検出器によって検出された結合を、試料中のナイセリア・ゴノロエアエの存在と互いに関係づける、１又は複数のインストラクションセットを含んでなるコントローラ、
を含んでなるシステム。
【請求項５１】
（ａ）配列番号１、配列番号２、実質的に同一なその変異体であって配列番号１または２のうちの一つと少なくとも９０％の配列同一性を有している変異体、あるいは配列番号１、配列番号２、またはその変異体の相補体の一つ、の部分配列に対応する複数の配列に対応する、複数の文字列を含んでなるデータセットを含んでなる、コンピュータまたはコンピュータ読取り可能な媒体；並びに
（ｂ）コンピュータまたはコンピュータ読取り可能な媒体の出力端子と連結した自動合成装置であって、データセットにおける１又は複数の文字列に対応する１又は複数の核酸の合成を指示する、コンピュータまたはコンピュータ読取り可能な媒体からのインストラクションを受ける自動合成装置、
を含んでなるシステム。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図１Ｆ】
【図１Ｇ】
【図１Ｈ】
【図２】
【図３】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図８Ｄ】
【図９】
【図１０】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図１Ｆ】
【図１Ｇ】
【図１Ｈ】
【図２】
【図３】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図８Ｄ】
【図９】
【図１０】
【公表番号】特表２００７−５１４４２７（Ｐ２００７−５１４４２７Ａ）
【公表日】平成１９年６月７日（２００７．６．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５４４３４４（Ｐ２００６−５４４３４４）
【出願日】平成１６年１２月１６日（２００４．１２．１６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１４３６６
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５９１８２
【国際公開日】平成１７年６月３０日（２００５．６．３０）
【出願人】（５９１００３０１３）エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー (1,754)
【氏名又は名称原語表記】Ｆ． ＨＯＦＦＭＡＮＮ−ＬＡ ＲＯＣＨＥ ＡＫＴＩＥＮＧＥＳＥＬＬＳＣＨＡＦＴ
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年６月７日（２００７．６．７）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年１２月１６日（２００４．１２．１６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１４３６６
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５９１８２
【国際公開日】平成１７年６月３０日（２００５．６．３０）
【出願人】（５９１００３０１３）エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー (1,754)
【氏名又は名称原語表記】Ｆ． ＨＯＦＦＭＡＮＮ−ＬＡ ＲＯＣＨＥ ＡＫＴＩＥＮＧＥＳＥＬＬＳＣＨＡＦＴ
【Ｆターム（参考）】
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