低分子ＲＮＡを検出するための組成物および方法、ならびにその使用
低分子ＲＮＡ標的核酸、好ましくは、ｍｉＲＮＡ標的核酸を検出するための組成物および方法であって、該標的核酸の高感度で特異的な検出をもたらす組成物および方法が提供される。該組成物および方法は、好ましくはエクステンダープライマーである第１の増幅オリゴマーと、好ましくは少なくとも部分的に二本鎖の標的捕捉オリゴマーと、プロモータープライマー／プロモータープロバイダーと、好ましくはユニバーサルプライマーであるリバースプライマーと、検出プローブとのうちの１または複数を用いるステップを包含する。該組成物および方法は、診断、予後診断、処置有効性のモニタリング、および／または処置の決定に有用である。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中における標的核酸の存在を検出する方法であって、
（ａ）捕捉領域および末端領域と、それらが両側に位置する内部の標的ハイブリダイズ配列とで構成される、部分的に二本鎖のヘアピン構造をハイブリダイズ条件下において形成する標的捕捉プローブを供給するステップであって、前記末端領域は、前記捕捉領域に結合して、前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成し、前記標的ハイブリダイズ領域は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成するステップと、
（ｂ）ｍｉＲ−２２１標的核酸を含有することが疑われる試料を、前記捕捉プローブと混合するステップと、
（ｃ）前記捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列を、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズさせるステップと、
（ｄ）特異的結合対のメンバーを併せて結合させることにより、前記捕捉領域を、捕捉支持体に結合させた固定化プローブに結合させ、これにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体を形成させるステップと、
（ｅ）前記捕捉支持体に結合させた前記捕捉ハイブリッド体を、前記試料中における他の成分から分離するステップと、
（ｆ）前記ｍｉＲ−２２１標的核酸を、前記捕捉ハイブリッド体からリリースするステップと、
（ｇ）前記リリースされたｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記標的捕捉プローブとを含む混合物に、その一部が、前記標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも第１の増幅オリゴマーを供給するステップと、
（ｈ）あるセットの条件をもたらし、前記第１の増幅オリゴマーを前記ｍｉＲ−２２１標的核酸にハイブリダイズさせて増幅反応を引き起こし、前記標的捕捉プローブを部分的に二本鎖でヘアピン形成させるステップと、
（ｉ）増幅反応において検出可能な増幅産物を生成させるステップであって、前記第１の増幅オリゴマーにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸からｃＤＮＡ鎖を生成させるステップと、
（ｊ）前記増幅産物を検出して、前記試料中におけるｍｉＲ−２２１標的核酸の存在を示すステップと
を含む、方法。
【請求項２】
試料中における標的核酸の存在を検出する方法であって、
（ａ）捕捉領域および末端領域と、それらが両側に位置する内部の標的ハイブリダイズ配列とで構成される、部分的に二本鎖のヘアピン構造をハイブリダイズ条件下において形成する標的捕捉プローブを供給するステップであって、前記末端領域は、前記捕捉領域に結合して、前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成し、前記標的ハイブリダイズ領域は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成するステップと、
（ｂ）ｍｉＲ−２２１標的核酸を含有することが疑われる試料を、前記捕捉プローブと混合するステップと、
（ｃ）前記捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列を、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズさせるステップと、
（ｄ）特異的結合対のメンバーを併せて結合させることにより、前記捕捉領域を、捕捉支持体に結合させた固定化プローブに結合させ、これにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体を形成させるステップと、
（ｅ）前記捕捉支持体に結合させた前記捕捉ハイブリッド体を、前記試料中における他の成分から分離するステップと、
（ｆ）前記ｍｉＲ−２２１標的核酸を前記捕捉ハイブリッド体からリリースし、あるセットの条件をもたらし、前記標的捕捉プローブを、部分的に二本鎖のヘアピン構造とするステップと、
（ｇ）前記リリースされたｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記標的捕捉プローブとを含む混合物に、複数の増幅オリゴマーを供給するステップであって、前記複数のオリゴマーは、少なくとも第１の増幅オリゴマーと、プロモーターベースのオリゴマーとを含み、前記第１の増幅オリゴマーは、その一部が、前記標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含み、前記プロモーターベースのオリゴマーは、その一部が、前記標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、複数の増幅オリゴマーを供給するステップと、
（ｈ）あるセットの条件をもたらし、前記ヘアピン捕捉プローブの存在下において、前記第１の増幅オリゴマーを、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸にハイブリダイズさせるステップと、
（ｉ）前記複数の増幅オリゴマーを用いて増幅反応を実施し、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸から増幅産物を生成させるステップと、
（ｊ）前記増幅産物を検出して、前記試料中におけるｍｉＲ−２２１標的核酸の存在を示すステップと
を含む、方法。
【請求項３】
試料中における標的核酸の存在を特異的に検出する多重増幅法であって、
（ａ）ｍｉＲ−２２１標的核酸を捕捉する標的捕捉プローブと、ｍｉＲ−１８２標的核酸を捕捉する標的捕捉プローブとを供給するステップであって、前記標的捕捉プローブの各々は、捕捉領域および末端領域と、それらが両側に位置する内部の標的ハイブリダイズ配列とで構成され、前記末端領域は、前記捕捉領域に結合して、ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成し、前記標的ハイブリダイズ領域は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列は、ｍｉＲ−２２１配列の全部または一部と実質的に相補的であり、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列は、ｍｉＲ−１８２配列の全部または一部と実質的に相補的であるステップと、
（ｂ）ｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸を含有することが疑われる試料を、前記捕捉プローブと混合するステップと、
（ｃ）前記捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列を、それら各々の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズさせるステップと、
（ｄ）特異的結合対のメンバーを併せて結合させることにより、前記捕捉領域を、捕捉支持体に結合させた固定化プローブに結合させ、これにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体、ならびに前記ｍｉＲ−１８２標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体を形成させるステップと、
（ｅ）前記捕捉ハイブリッド体を、前記試料中における他の成分から分離するステップと、
（ｆ）前記ｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸を前記捕捉ハイブリッド体からリリースし、あるセットの条件をもたらし、前記標的捕捉プローブを、部分的に二本鎖のヘアピン構造とするステップと、
（ｇ）前記リリースされたｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸ならびに前記標的捕捉プローブを含む混合物に、複数の増幅オリゴマーを供給するステップであって、前記複数のオリゴマーは、
（ｉ）少なくとも第１の増幅オリゴマーと、ｍｉＲ−２２１標的核酸またはそのｃＤＮＡ鎖に特異的にハイブリダイズするプロモーターベースのオリゴマーとを含み、前記第１の増幅オリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含み、前記プロモーターベースのオリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｉｉ）少なくとも第１の増幅オリゴマーと、ｍｉＲ−１８２標的核酸またはそのｃＤＮＡ鎖にハイブリダイズするプロモーターベースのオリゴマーとを含み、前記第１の増幅オリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含み、前記プロモーターベースのオリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、
複数の増幅オリゴマーを供給するステップと、
（ｈ）あるセットの条件をもたらし、前記第１の増幅オリゴマーを、それら各々の標的核酸にハイブリダイズさせるステップと、
（ｉ）前記複数の増幅オリゴマーを用いて増幅反応を実施し、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸から増幅産物を生成させるステップと、
（ｊ）前記増幅産物を検出して、前記試料中におけるｍｉＲ−２２１標的核酸、ｍｉＲ−１８２標的核酸、またはこれらの両方の存在を示すステップと
を含む、方法。
【請求項４】
前記捕捉領域が、前記標的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の３’端に接合される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記捕捉領域が、前記標的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の５’端に接合される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記捕捉領域を前記固定化プローブに結合させるステップが、前記捕捉領域および前記固定化プローブの相補的配列をハイブリダイズさせる結果として生じる、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記捕捉領域が、ｄＴ０〜３Ａ１０〜３０からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記捕捉領域が、ｄＡ１２である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記標的核酸を、前記捕捉ハイブリッド体からリリースするステップにより、前記捕捉プローブが、前記固定化プローブからさらにリリースされる、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする前記標的捕捉プローブが、配列番号２４と少なくとも９５％同一なヌクレオチド配列を有する、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする前記標的捕捉プローブが、配列番号４４と少なくとも９５％相補的な標的ハイブリダイズ配列を有する、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする前記標的捕捉プローブが、配列番号２４である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、その各々の標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、配列番号４９と少なくとも９５％同一な伸長核酸配列を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列の５’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に同一である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、配列番号４９と少なくとも９５％同一な伸長核酸配列を有する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉オリゴマーが、配列番号２４である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１７である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
プロモーターベースのオリゴマーと、リバースプライマーオリゴマーとを、ステップ（ｇ）の混合物に供給し、ステップ（ｈ）の増幅反応に関与させる、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ領域の３’端における１７以上の連続核酸と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項２または請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、配列番号４９と少なくとも９５％同一なヌクレオチド配列を有する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉オリゴマーが、配列番号２４である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記プロモーターベースの増幅オリゴマーが、配列番号１１である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
リバースプライマーオリゴマーを、ステップ（ｇ）の混合物に供給し、ステップ（ｉ）の増幅反応に関与させる、請求項２に記載の方法。
【請求項２６】
前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
リバースプライマーオリゴマーを、ステップ（ｇ）の混合物に供給し、ステップ（ｉ）の増幅反応に関与させる、請求項３に記載の方法。
【請求項２８】
ｍｉＲ−２２１を標的とする前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項２７に記載の方法。
【請求項２８】
ｍｉＲ−１８２を標的とする前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記伸長核酸配列が、配列番号４９と少なくとも９５％同一である、請求項２４から２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記リバースプライマーが、ユニバーサルプライマーである、請求項１９から２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記リバースプライマーが、配列番号２０である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップを含み、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含むプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の５’端における１７以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを供給するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップ、ならびに３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含むプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の５’端における１７以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを供給するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項３４】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップを含み、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含む、ｍｉＲ−２２１標的核酸のｃＤＮＡ鎖にハイブリダイズするプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の５’端における１２以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを提供するステップをさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項３５】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−１８２標的核酸に特異的にハイブリダイズする第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−１８２標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップを含み、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含む、ｍｉＲ−１８２標的核酸のｃＤＮＡ鎖にハイブリダイズするプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−１８２標的核酸の５’端における１２以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを提供するステップをさらに含む、請求項３または請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ｍｉＲ−２２１標的核酸を捕捉するように構成された前記標的捕捉プローブが、配列番号４４と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項３２から３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
ｍｉＲ−１８２標的核酸を捕捉するように構成された前記標的捕捉プローブが、配列番号４１と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項３、３５、または３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記増幅反応を、標的捕捉プローブの存在下において実施し、前記増幅反応の条件を、前記標的捕捉プローブのヘアピン形成を維持するように構成する、請求項３２から３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記増幅反応が、等温増幅反応である、請求項３２から３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
増幅産物を、検出プローブオリゴマーを用いて検出する、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記検出プローブオリゴマーが、直鎖検出プローブである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記検出プローブオリゴマーが、ヘアピン検出プローブである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記検出プローブオリゴマーを標識する、請求項４１または請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記検出プローブオリゴマーを二重標識する、請求項４１または請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
前記標的核酸の検出が、リアルタイムの検出である、請求項１から４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記標的核酸の検出が、がんの診断、がんに関連する予後診断の提供、がん処置の有効性のモニタリング、またはこれらの組合せに有用である、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記がんが、前立腺がんである、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
配列番号４４の全部または一部と実質的に相補的な内部の標的ハイブリダイズ配列を包含する連続直鎖配列で構成される、ヘアピン構造である少なくとも部分的な二本鎖構造をハイブリダイズ条件下において形成する標的捕捉プローブであって、前記内部の標的ハイブリダイズ配列は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、捕捉領域と、前記捕捉領域に結合して前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成する末端領域とが両側に位置し、前記捕捉領域は、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含み、前記末端領域は、前記捕捉領域配列と相補的な、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含むプローブを含む、組成物。
【請求項４９】
前記捕捉領域の配列が、ｄＴ０〜３Ａ１０〜３０からなる群より選択される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
前記捕捉プローブが、配列番号２４と少なくとも９５％同一である、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５１】
（ａ）配列番号４４の全部または一部と実質的に相補的な内部の標的ハイブリダイズ配列を包含する連続直鎖配列で構成される、ヘアピン構造である少なくとも部分的な二本鎖構造をハイブリダイズ条件下において形成するｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブであって、前記内部の標的ハイブリダイズ配列は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、かつ捕捉領域と、前記捕捉領域に結合して前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成する末端領域とが両側に位置し、また、前記捕捉領域は、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含み、前記末端領域は、前記捕捉領域配列と相補的な、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含むプローブと、
（ｂ）３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−２２１標的核酸にハイブリダイズするように構成された第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列は、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列の５’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーと
を含む、増幅反応混合物。
【請求項５２】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの３’端における１２以上の連続核酸と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、プロモーターベースのオリゴマーをさらに含む、請求項５１に記載の増幅反応混合物。
【請求項５３】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１１と少なくとも９５％同一である、請求項５２に記載の増幅反応混合物。
【請求項５４】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１１である、請求項５２に記載の増幅反応混合物。
【請求項５５】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブが、配列番号２４と少なくとも９５％同一である、請求項５１から５４のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５６】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブが、配列番号２４である、請求項５１から５４のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５７】
前記ｍｉＲ−２２１エクステンダープライマーが、配列番号１７と少なくとも９５％同一である、請求項５１から５６のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５８】
前記ｍｉＲ−２２１エクステンダープライマーが、配列番号１７である、請求項５１から５６のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５９】
リバースプライマーをさらに含む、請求項５１から５８のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６０】
前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な配列の一部を標的とする、請求項５９に記載の増幅反応混合物。
【請求項６１】
前記リバースプライマーが、配列番号２０である、請求項５９に記載の増幅反応混合物。
【請求項６２】
前記標的捕捉プローブが、前記標的ハイブリダイズ配列内において、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ残基を含む、請求項５１から６１のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６３】
配列番号４１の全部または一部と実質的に相補的な内部の標的ハイブリダイズ配列を包含する連続直鎖配列で構成される、ヘアピン構造である少なくとも部分的な二本鎖構造をハイブリダイズ条件下において形成するｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブであって、前記内部の標的ハイブリダイズ配列は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、かつ捕捉領域と、前記捕捉領域に結合して前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成する末端領域とが両側に位置し、前記捕捉領域は、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含み、前記末端領域は、前記捕捉領域配列と相補的な、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含むプローブをさらに含む、請求項５１から６２のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６４】
３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−１８２標的核酸にハイブリダイズするように構成された第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列の５’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーをさらに含む、請求項５１から６３のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６５】
前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの３’端における１２以上の連続核酸と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、プロモーターベースのオリゴマーをさらに含む、請求項６４に記載の増幅反応混合物。
【請求項６６】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１０と少なくとも９５％同一である、請求項６５に記載の増幅反応混合物。
【請求項６７】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１０である、請求項６５に記載の増幅反応混合物。
【請求項６８】
前記ｍｉＲ−１８２捕捉プローブが、配列番号２３と少なくとも９５％同一である、請求項６４から６７のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６９】
前記ｍｉＲ−１８２捕捉プローブが、配列番号２３である、請求項６４から６７のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７０】
前記ｍｉＲ−１８２エクステンダープライマーが、配列番号１６と少なくとも９５％同一である、請求項６４から６９のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７１】
前記ｍｉＲ−１８２エクステンダープライマーが、配列番号１６である、請求項６４から６９のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７２】
リバースプライマーをさらに含む、請求項６４から７１のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７３】
前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な配列の一部を標的とする、請求項７２に記載の増幅反応混合物。
【請求項７４】
前記リバースプライマーが、配列番号２０である、請求項７２に記載の増幅反応混合物。
【請求項７５】
前記標的捕捉プローブが、前記標的ハイブリダイズ配列内において、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ残基を含む、請求項６４から７４のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項１】
試料中における標的核酸の存在を検出する方法であって、
（ａ）捕捉領域および末端領域と、それらが両側に位置する内部の標的ハイブリダイズ配列とで構成される、部分的に二本鎖のヘアピン構造をハイブリダイズ条件下において形成する標的捕捉プローブを供給するステップであって、前記末端領域は、前記捕捉領域に結合して、前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成し、前記標的ハイブリダイズ領域は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成するステップと、
（ｂ）ｍｉＲ−２２１標的核酸を含有することが疑われる試料を、前記捕捉プローブと混合するステップと、
（ｃ）前記捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列を、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズさせるステップと、
（ｄ）特異的結合対のメンバーを併せて結合させることにより、前記捕捉領域を、捕捉支持体に結合させた固定化プローブに結合させ、これにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体を形成させるステップと、
（ｅ）前記捕捉支持体に結合させた前記捕捉ハイブリッド体を、前記試料中における他の成分から分離するステップと、
（ｆ）前記ｍｉＲ−２２１標的核酸を、前記捕捉ハイブリッド体からリリースするステップと、
（ｇ）前記リリースされたｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記標的捕捉プローブとを含む混合物に、その一部が、前記標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも第１の増幅オリゴマーを供給するステップと、
（ｈ）あるセットの条件をもたらし、前記第１の増幅オリゴマーを前記ｍｉＲ−２２１標的核酸にハイブリダイズさせて増幅反応を引き起こし、前記標的捕捉プローブを部分的に二本鎖でヘアピン形成させるステップと、
（ｉ）増幅反応において検出可能な増幅産物を生成させるステップであって、前記第１の増幅オリゴマーにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸からｃＤＮＡ鎖を生成させるステップと、
（ｊ）前記増幅産物を検出して、前記試料中におけるｍｉＲ−２２１標的核酸の存在を示すステップと
を含む、方法。
【請求項２】
試料中における標的核酸の存在を検出する方法であって、
（ａ）捕捉領域および末端領域と、それらが両側に位置する内部の標的ハイブリダイズ配列とで構成される、部分的に二本鎖のヘアピン構造をハイブリダイズ条件下において形成する標的捕捉プローブを供給するステップであって、前記末端領域は、前記捕捉領域に結合して、前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成し、前記標的ハイブリダイズ領域は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成するステップと、
（ｂ）ｍｉＲ−２２１標的核酸を含有することが疑われる試料を、前記捕捉プローブと混合するステップと、
（ｃ）前記捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列を、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズさせるステップと、
（ｄ）特異的結合対のメンバーを併せて結合させることにより、前記捕捉領域を、捕捉支持体に結合させた固定化プローブに結合させ、これにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体を形成させるステップと、
（ｅ）前記捕捉支持体に結合させた前記捕捉ハイブリッド体を、前記試料中における他の成分から分離するステップと、
（ｆ）前記ｍｉＲ−２２１標的核酸を前記捕捉ハイブリッド体からリリースし、あるセットの条件をもたらし、前記標的捕捉プローブを、部分的に二本鎖のヘアピン構造とするステップと、
（ｇ）前記リリースされたｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記標的捕捉プローブとを含む混合物に、複数の増幅オリゴマーを供給するステップであって、前記複数のオリゴマーは、少なくとも第１の増幅オリゴマーと、プロモーターベースのオリゴマーとを含み、前記第１の増幅オリゴマーは、その一部が、前記標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含み、前記プロモーターベースのオリゴマーは、その一部が、前記標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、複数の増幅オリゴマーを供給するステップと、
（ｈ）あるセットの条件をもたらし、前記ヘアピン捕捉プローブの存在下において、前記第１の増幅オリゴマーを、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸にハイブリダイズさせるステップと、
（ｉ）前記複数の増幅オリゴマーを用いて増幅反応を実施し、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸から増幅産物を生成させるステップと、
（ｊ）前記増幅産物を検出して、前記試料中におけるｍｉＲ−２２１標的核酸の存在を示すステップと
を含む、方法。
【請求項３】
試料中における標的核酸の存在を特異的に検出する多重増幅法であって、
（ａ）ｍｉＲ−２２１標的核酸を捕捉する標的捕捉プローブと、ｍｉＲ−１８２標的核酸を捕捉する標的捕捉プローブとを供給するステップであって、前記標的捕捉プローブの各々は、捕捉領域および末端領域と、それらが両側に位置する内部の標的ハイブリダイズ配列とで構成され、前記末端領域は、前記捕捉領域に結合して、ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成し、前記標的ハイブリダイズ領域は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列は、ｍｉＲ−２２１配列の全部または一部と実質的に相補的であり、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列は、ｍｉＲ−１８２配列の全部または一部と実質的に相補的であるステップと、
（ｂ）ｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸を含有することが疑われる試料を、前記捕捉プローブと混合するステップと、
（ｃ）前記捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列を、それら各々の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズさせるステップと、
（ｄ）特異的結合対のメンバーを併せて結合させることにより、前記捕捉領域を、捕捉支持体に結合させた固定化プローブに結合させ、これにより、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体、ならびに前記ｍｉＲ−１８２標的核酸と、前記捕捉プローブと、前記捕捉支持体に結合させた前記固定化プローブとで構成される捕捉ハイブリッド体を形成させるステップと、
（ｅ）前記捕捉ハイブリッド体を、前記試料中における他の成分から分離するステップと、
（ｆ）前記ｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸を前記捕捉ハイブリッド体からリリースし、あるセットの条件をもたらし、前記標的捕捉プローブを、部分的に二本鎖のヘアピン構造とするステップと、
（ｇ）前記リリースされたｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸ならびに前記標的捕捉プローブを含む混合物に、複数の増幅オリゴマーを供給するステップであって、前記複数のオリゴマーは、
（ｉ）少なくとも第１の増幅オリゴマーと、ｍｉＲ−２２１標的核酸またはそのｃＤＮＡ鎖に特異的にハイブリダイズするプロモーターベースのオリゴマーとを含み、前記第１の増幅オリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含み、前記プロモーターベースのオリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｉｉ）少なくとも第１の増幅オリゴマーと、ｍｉＲ−１８２標的核酸またはそのｃＤＮＡ鎖にハイブリダイズするプロモーターベースのオリゴマーとを含み、前記第１の増幅オリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に同一な標的ハイブリダイズ配列を含み、前記プロモーターベースのオリゴマーは、その一部が、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ領域の一部と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、
複数の増幅オリゴマーを供給するステップと、
（ｈ）あるセットの条件をもたらし、前記第１の増幅オリゴマーを、それら各々の標的核酸にハイブリダイズさせるステップと、
（ｉ）前記複数の増幅オリゴマーを用いて増幅反応を実施し、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸およびｍｉＲ−１８２標的核酸から増幅産物を生成させるステップと、
（ｊ）前記増幅産物を検出して、前記試料中におけるｍｉＲ−２２１標的核酸、ｍｉＲ−１８２標的核酸、またはこれらの両方の存在を示すステップと
を含む、方法。
【請求項４】
前記捕捉領域が、前記標的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の３’端に接合される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記捕捉領域が、前記標的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の５’端に接合される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記捕捉領域を前記固定化プローブに結合させるステップが、前記捕捉領域および前記固定化プローブの相補的配列をハイブリダイズさせる結果として生じる、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記捕捉領域が、ｄＴ０〜３Ａ１０〜３０からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記捕捉領域が、ｄＡ１２である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記標的核酸を、前記捕捉ハイブリッド体からリリースするステップにより、前記捕捉プローブが、前記固定化プローブからさらにリリースされる、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする前記標的捕捉プローブが、配列番号２４と少なくとも９５％同一なヌクレオチド配列を有する、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする前記標的捕捉プローブが、配列番号４４と少なくとも９５％相補的な標的ハイブリダイズ配列を有する、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする前記標的捕捉プローブが、配列番号２４である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、その各々の標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、配列番号４９と少なくとも９５％同一な伸長核酸配列を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列の５’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に同一である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、配列番号４９と少なくとも９５％同一な伸長核酸配列を有する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉オリゴマーが、配列番号２４である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１７である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
プロモーターベースのオリゴマーと、リバースプライマーオリゴマーとを、ステップ（ｇ）の混合物に供給し、ステップ（ｈ）の増幅反応に関与させる、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ領域の３’端における１７以上の連続核酸と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項２または請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ｍｉＲ−２２１の第１の増幅オリゴマーが、配列番号４９と少なくとも９５％同一なヌクレオチド配列を有する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉オリゴマーが、配列番号２４である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記プロモーターベースの増幅オリゴマーが、配列番号１１である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
リバースプライマーオリゴマーを、ステップ（ｇ）の混合物に供給し、ステップ（ｉ）の増幅反応に関与させる、請求項２に記載の方法。
【請求項２６】
前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
リバースプライマーオリゴマーを、ステップ（ｇ）の混合物に供給し、ステップ（ｉ）の増幅反応に関与させる、請求項３に記載の方法。
【請求項２８】
ｍｉＲ−２２１を標的とする前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項２７に記載の方法。
【請求項２８】
ｍｉＲ−１８２を標的とする前記第１の増幅オリゴマーが、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーであり、前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な核酸増幅産物の一部を標的とする、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記伸長核酸配列が、配列番号４９と少なくとも９５％同一である、請求項２４から２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記リバースプライマーが、ユニバーサルプライマーである、請求項１９から２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記リバースプライマーが、配列番号２０である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップを含み、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含むプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の５’端における１７以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを供給するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップ、ならびに３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含むプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の５’端における１７以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを供給するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項３４】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−２２１標的核酸に特異的にハイブリダイズする第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップを含み、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含む、ｍｉＲ−２２１標的核酸のｃＤＮＡ鎖にハイブリダイズするプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−２２１標的核酸の５’端における１２以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを提供するステップをさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項３５】
ステップ（ｇ）が、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−１８２標的核酸に特異的にハイブリダイズする第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−１８２標的核酸の３’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に相補的であるオリゴマーを供給するステップを含み、３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側のプロモーター配列とを含む、ｍｉＲ−１８２標的核酸のｃＤＮＡ鎖にハイブリダイズするプロモーターベースの増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−１８２標的核酸の５’端における１２以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーを提供するステップをさらに含む、請求項３または請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ｍｉＲ−２２１標的核酸を捕捉するように構成された前記標的捕捉プローブが、配列番号４４と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項３２から３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
ｍｉＲ−１８２標的核酸を捕捉するように構成された前記標的捕捉プローブが、配列番号４１と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項３、３５、または３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記増幅反応を、標的捕捉プローブの存在下において実施し、前記増幅反応の条件を、前記標的捕捉プローブのヘアピン形成を維持するように構成する、請求項３２から３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記増幅反応が、等温増幅反応である、請求項３２から３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
増幅産物を、検出プローブオリゴマーを用いて検出する、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記検出プローブオリゴマーが、直鎖検出プローブである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記検出プローブオリゴマーが、ヘアピン検出プローブである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記検出プローブオリゴマーを標識する、請求項４１または請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記検出プローブオリゴマーを二重標識する、請求項４１または請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
前記標的核酸の検出が、リアルタイムの検出である、請求項１から４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記標的核酸の検出が、がんの診断、がんに関連する予後診断の提供、がん処置の有効性のモニタリング、またはこれらの組合せに有用である、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記がんが、前立腺がんである、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
配列番号４４の全部または一部と実質的に相補的な内部の標的ハイブリダイズ配列を包含する連続直鎖配列で構成される、ヘアピン構造である少なくとも部分的な二本鎖構造をハイブリダイズ条件下において形成する標的捕捉プローブであって、前記内部の標的ハイブリダイズ配列は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、捕捉領域と、前記捕捉領域に結合して前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成する末端領域とが両側に位置し、前記捕捉領域は、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含み、前記末端領域は、前記捕捉領域配列と相補的な、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含むプローブを含む、組成物。
【請求項４９】
前記捕捉領域の配列が、ｄＴ０〜３Ａ１０〜３０からなる群より選択される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
前記捕捉プローブが、配列番号２４と少なくとも９５％同一である、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５１】
（ａ）配列番号４４の全部または一部と実質的に相補的な内部の標的ハイブリダイズ配列を包含する連続直鎖配列で構成される、ヘアピン構造である少なくとも部分的な二本鎖構造をハイブリダイズ条件下において形成するｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブであって、前記内部の標的ハイブリダイズ配列は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、かつ捕捉領域と、前記捕捉領域に結合して前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成する末端領域とが両側に位置し、また、前記捕捉領域は、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含み、前記末端領域は、前記捕捉領域配列と相補的な、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含むプローブと、
（ｂ）３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−２２１標的核酸にハイブリダイズするように構成された第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列は、前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列の５’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーと
を含む、増幅反応混合物。
【請求項５２】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブの３’端における１２以上の連続核酸と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、プロモーターベースのオリゴマーをさらに含む、請求項５１に記載の増幅反応混合物。
【請求項５３】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１１と少なくとも９５％同一である、請求項５２に記載の増幅反応混合物。
【請求項５４】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１１である、請求項５２に記載の増幅反応混合物。
【請求項５５】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブが、配列番号２４と少なくとも９５％同一である、請求項５１から５４のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５６】
前記ｍｉＲ−２２１標的捕捉プローブが、配列番号２４である、請求項５１から５４のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５７】
前記ｍｉＲ−２２１エクステンダープライマーが、配列番号１７と少なくとも９５％同一である、請求項５１から５６のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５８】
前記ｍｉＲ−２２１エクステンダープライマーが、配列番号１７である、請求項５１から５６のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項５９】
リバースプライマーをさらに含む、請求項５１から５８のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６０】
前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な配列の一部を標的とする、請求項５９に記載の増幅反応混合物。
【請求項６１】
前記リバースプライマーが、配列番号２０である、請求項５９に記載の増幅反応混合物。
【請求項６２】
前記標的捕捉プローブが、前記標的ハイブリダイズ配列内において、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ残基を含む、請求項５１から６１のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６３】
配列番号４１の全部または一部と実質的に相補的な内部の標的ハイブリダイズ配列を包含する連続直鎖配列で構成される、ヘアピン構造である少なくとも部分的な二本鎖構造をハイブリダイズ条件下において形成するｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブであって、前記内部の標的ハイブリダイズ配列は、前記ヘアピン構造の一本鎖ループ部分を形成し、かつ捕捉領域と、前記捕捉領域に結合して前記ヘアピン構造の二本鎖ステム部分を形成する末端領域とが両側に位置し、前記捕捉領域は、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含み、前記末端領域は、前記捕捉領域配列と相補的な、実質的にホモポリマーの核酸配列をさらに含むプローブをさらに含む、請求項５１から６２のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６４】
３’側の標的ハイブリダイズ配列と、５’側の伸長核酸配列とを含むエクステンダープライマーである、ｍｉＲ−１８２標的核酸にハイブリダイズするように構成された第１の増幅オリゴマーであって、前記３’側の標的ハイブリダイズ配列が、前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの前記標的ハイブリダイズ配列の５’端における約９つ以上の連続核酸と実質的に同一であるオリゴマーをさらに含む、請求項５１から６３のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６５】
前記ｍｉＲ−１８２標的捕捉プローブの３’端における１２以上の連続核酸と実質的に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含む、プロモーターベースのオリゴマーをさらに含む、請求項６４に記載の増幅反応混合物。
【請求項６６】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１０と少なくとも９５％同一である、請求項６５に記載の増幅反応混合物。
【請求項６７】
前記プロモーターベースのオリゴマーが、配列番号１０である、請求項６５に記載の増幅反応混合物。
【請求項６８】
前記ｍｉＲ−１８２捕捉プローブが、配列番号２３と少なくとも９５％同一である、請求項６４から６７のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項６９】
前記ｍｉＲ−１８２捕捉プローブが、配列番号２３である、請求項６４から６７のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７０】
前記ｍｉＲ−１８２エクステンダープライマーが、配列番号１６と少なくとも９５％同一である、請求項６４から６９のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７１】
前記ｍｉＲ−１８２エクステンダープライマーが、配列番号１６である、請求項６４から６９のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７２】
リバースプライマーをさらに含む、請求項６４から７１のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【請求項７３】
前記リバースプライマーが、前記伸長核酸配列と相補的な配列の一部を標的とする、請求項７２に記載の増幅反応混合物。
【請求項７４】
前記リバースプライマーが、配列番号２０である、請求項７２に記載の増幅反応混合物。
【請求項７５】
前記標的捕捉プローブが、前記標的ハイブリダイズ配列内において、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ残基を含む、請求項６４から７４のいずれか一項に記載の増幅反応混合物。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７−１】
【図７−２】
【図８】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７−１】
【図７−２】
【図８】
【公表番号】特表２０１２−５０９６７５（Ｐ２０１２−５０９６７５Ａ）
【公表日】平成２４年４月２６日（２０１２．４．２６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５３７７２９（Ｐ２０１１−５３７７２９）
【出願日】平成２１年１１月２５日（２００９．１１．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０６５８３５
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０６８４７３
【国際公開日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【出願人】（５００５０６５３０）ジェン−プロウブ インコーポレイテッド (58)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年４月２６日（２０１２．４．２６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年１１月２５日（２００９．１１．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０６５８３５
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０６８４７３
【国際公開日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【出願人】（５００５０６５３０）ジェン−プロウブ インコーポレイテッド (58)
【Ｆターム（参考）】
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