前立腺癌のリスクに寄与する遺伝子変異体
【課題】早期段階前立腺癌検出及び予後を容易にするであろう改良された診断法、ならびに該疾患の予防的及び治癒的治療における補助に対する大きな要求が明白に存在する。加えて、前立腺癌の進行性形態を有する可能性がある患者を、前立腺内に局在して残り及び罹患率又は死亡率には有意に寄与しない、前立腺癌のより良性な形態を有する可能性が高い患者からより良好に識別するためのツールを開発することが要求されている。
【解決手段】本発明は、前立腺癌についての感受性変異体である、ある種の遺伝子変異体により特徴付けられる。本発明は、こうした変異体を使用し、前立腺癌に対する増加した感受性を決定する方法、ならびに、前立腺癌に対する減少した感受性を決定する方法に関する。本発明はさらに、前立腺癌に対する感受性を決定するためのキットに関する。
【解決手段】本発明は、前立腺癌についての感受性変異体である、ある種の遺伝子変異体により特徴付けられる。本発明は、こうした変異体を使用し、前立腺癌に対する増加した感受性を決定する方法、ならびに、前立腺癌に対する減少した感受性を決定する方法に関する。本発明はさらに、前立腺癌に対する感受性を決定するためのキットに関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト個体において前立腺癌に対する感受性を決定するための方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーが表７〜１１に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択され、及び該少なくとも一つのアレルの存在が前立腺癌に対する感受性を示す、前記方法。
【請求項２】
ヒト個体において前立腺癌に対する感受性を決定するための方法であって、該個体に由来する遺伝子型データセット中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーが表７〜１１に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択され、及び該少なくとも一つのアレルの存在が前立腺癌に対する感受性を示す、前記方法。
【請求項３】
該少なくとも一つの多型マーカーが、マーカーｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項５】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表１１に示したマーカーから選択される、請求項４の方法。
【請求項６】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項７】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表７に示したマーカーから選択される、請求項６の方法。
【請求項８】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３いずれかの方法。
【請求項９】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表８に示したマーカーの群から選択される、請求項８の方法。
【請求項１０】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項１１】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表９に示したマーカーの群から選択される、請求項１０の方法。
【請求項１２】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項１３】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表１０に示したマーカーの群から選択される、請求項１２の方法。
【請求項１４】
該少なくとも一つの多型マーカーが、０．２より大きな連鎖不均衡尺度ｒ2の値によりＴＣＦ２遺伝子に関連するマーカーから選択される、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項１５】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表１３に示したマーカーから選択される、請求項１４の方法。
【請求項１６】
さらに、該個体における少なくとも一つのハプロタイプの頻度を評価することを含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項１７】
該感受性が、増加した感受性である、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項１８】
マーカーｒｓ３９２３６０３中のアレルＡ、ｒｓ７５０１９３９中のアレルＣ、ｒｓ１８５９９６２中のアレルＧ、ｒｓ５９４５５７２中のアレルＡ、ｒｓ２７１０６４６中のアレルＡ、ｒｓ３７６０５１１中のアレルＣ、ｒｓ４４３０７９６中のアレルＡ、ｒｓ７２１４４７９中のアレルＴ、ｒｓ６５０１４５５中のアレルＡ、ｒｓ９８３０８５中のアレルＣ、ｒｓ５９４５６０５中のアレルＴ又はｒｓ７２１０４８中のアレルＡの存在が、前立腺癌に対する増加した感受性を示す、請求項１７の方法。
【請求項１９】
該少なくとも一つのアレル又はハプロタイプの存在が、少なくとも１．２の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する増加した感受性を示す、請求項１７又は１８の方法。
【請求項２０】
該少なくとも一つのアレル又はハプロタイプの存在が、少なくとも１．３の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する増加した感受性を示す、請求項１７又は１９の方法。
【請求項２１】
該感受性が、減少した感受性である、請求項１〜１６のいずれかの方法。
【請求項２２】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプが、０．９未満の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する、請求項２１の方法。
【請求項２３】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプが、０．８未満の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する、請求項２１又は２２の方法。
【請求項２４】
該前立腺癌が進行性前立腺癌である、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項２５】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在が、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す、請求項１〜２３のいずれかの方法。
【請求項２６】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、特定の治療モダリティーへの対象の異なった応答率を示す、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項２７】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在が、腫瘍又はその前駆体における体細胞再編成への素因を示す、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項２８】
該体細胞再編成が、増幅、転座、挿入及び欠失から成る群より選択される、請求項２７の方法。
【請求項２９】
前立腺癌に対する感受性を評価することにおいて使用するためのマーカーの同定法であって、
ａ．表７、８、９、１０又は１１（配列番号１〜３６２）のいずれかに示したマーカーの少なくとも一つと連鎖不均衡にある、少なくとも一つの多型マーカーを同定すること；
ｂ．前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体のサンプルの遺伝子型状態を決定すること；及び
ｃ．対照個体のサンプルの遺伝子型状態を決定すること；
を含んでなり、前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の有意な相違が（対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較して）、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する感受性を評価するために有用であることを示す、前記方法。
【請求項３０】
連鎖不均衡が、０．２より大きなｒ2及び／又は０．８より大きな｜Ｄ’｜の数値により特徴付けられる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項３１】
前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の増加が（対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較して）、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する増加した感受性を評価するために有用であることを示す、請求項２９又は請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の減少が（対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較して）、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する減少した感受性を評価するために有用であることを示す、請求項２９〜３１のいずれかの方法。
【請求項３３】
前立腺癌のリスクがある、又は前立腺癌と診断されたヒト個体から得られた核酸サンプルの遺伝子型同定の方法であって、該サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つのマーカーは表７〜１１（配列番号１〜３６２）に示したマーカー、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、及び該少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在は、前立腺癌に対する感受性を示す、前記方法。
【請求項３４】
該少なくとも一つのマーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項３３の方法。
【請求項３５】
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の数値により決定される、請求項３３又は３４の方法。
【請求項３６】
遺伝子型同定が、該少なくとも一つの多型マーカーに隣接するヌクレオチドプライマー対を使用し、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により該少なくとも一つの多型マーカーを含んでなる核酸のセグメントを増幅することを含んでなる、請求項３３〜３５のいずれかの方法。
【請求項３７】
遺伝子型同定が、アレル特異的プローブハイブリダイゼーション、アレル特異的プライマー伸張、アレル特異的増幅、核酸シークエンシング、５’−エキソヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、及び一本鎖配座解析から選択されるプロセスを使用して実施される、請求項３３〜３６のいずれかの方法。
【請求項３８】
該プロセスがアレル特異的プローブハイブリダイゼーションを含んでなる、請求項３７の方法。
【請求項３９】
該プロセスがＤＮＡシークエンシングを含んでなる、請求項３７の方法。
【請求項４０】
請求項３３〜３９のいずれかに記載の方法であって、
１）該核酸のコピーと検出オリゴヌクレオチドプローブ及びエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブを、該核酸と該オリゴヌクレオチドプローブの特異的ハイブリダイゼーションのための条件下で接触させること；
ここで
ａ）該検出オリゴヌクレオチドプローブは５〜１００ヌクレオチド長であり、そのヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号３６２のいずれか一つにより与えられる核酸の第一のセグメントに特異的にハイブリダイズし；
ｂ）該検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能標識を、及びその５’末端にクエンチング部分を含んでなり；
ｃ）該エンハンサーオリゴヌクレオチドは５〜１００ヌクレオチド長であり、両方のオリゴヌクレオチドが該核酸にハイブリダイズされた時、該エンハンサーオリゴヌクレオチドが該検出オリゴヌクレオチドプローブに関して３’に位置されるように、該オリゴヌクレオチドプローブに関して５’にある該ヌクレオチド配列の第二のセグメントに相補的であり；及び
ｄ）該オリゴヌクレオチドプローブ及びエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが両方とも該核酸にハイブリダイズされた時、該オリゴヌクレオチド間に単一塩基ギャップが存在するように、第一のセグメント及び第二のセグメント間に単一塩基ギャップが存在する；
２）検出プローブが該核酸にハイブリダイズされた時、該検出プローブの３’末端から検出可能標識を切断して遊離検出可能標識を放出するであろうエンドヌクレアーゼで該核酸を処理すること；及び
３）遊離検出可能標識を測定すること、ここで遊離検出可能標識の存在は、該検出プローブが該核酸の第一のセグメントへ特異的にハイブリダイズされたことを示し、及び検出プローブの補体としての多型部位の配列を示す、前記方法。
【請求項４１】
該核酸のコピーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による増幅により提供される、請求項４０の方法。
【請求項４２】
該感受性が、増加した感受性である、請求項３３〜４１のいずれかの方法。
【請求項４３】
該感受性が、減少した感受性である、請求項３３〜４２のいずれかの方法。
【請求項４４】
該前立腺癌が、進行性前立腺癌である、請求項３３〜４３のいずれかの方法。
【請求項４５】
前立腺癌に関連する症状を予防する及び／又は寛解するための療法剤への応答の可能性について個体を評価する方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーは、表７〜１１（配列番号１〜３６２）に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、該少なくとも一つのマーカーの該少なくとも一つのアレルの存在は、該療法剤への陽性反応の可能性を示す、前記方法。
【請求項４６】
癌と診断された個体の予後を予測する方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーは、表７〜１１に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、該少なくとも一つのアレルの存在は該個体における癌のより悪い予後を示す、前記方法。
【請求項４７】
前立腺癌について治療されている個体における治療の進行をモニタリングする方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーは表７〜１１にリストした多型マーカー（配列番号１〜３６２）及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、該少なくとも一つのアレルの存在は、該個体の治療結果を示す、前記方法。
【請求項４８】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項４６又は４７に記載の方法。
【請求項４９】
いずれか二つのマーカー間の連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の値により特徴付けられる、請求項４５〜４８のいずれかの方法。
【請求項５０】
該前立腺癌が、進行性前立腺癌である、請求項４５〜４９のいずれかの方法。
【請求項５１】
さらに、該個体からのサンプル中の少なくとも一つのバイオマーカーを評価することを含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項５２】
該サンプルが、血液サンプル又は癌バイオプシーサンプルである、請求項５１の方法。
【請求項５３】
さらに、ヒト個体からのゲノムＤＮＡを含んでなるサンプル、又はヒト個体に由来する遺伝子型データセットを、表７〜１１に示したマーカーのいずれか一つとも連鎖不均衡にはない、前立腺癌のための少なくとも一つのアットリスク変異体の少なくとも一つのアットリスクアレルの存在又は不存在について分析することを含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項５４】
該前立腺癌のための少なくとも一つのアットリスク変異体がｒｓ１０５０５４８３、ｒｓ１４４７２９５、ｒｓ６９８３２６７及びｒｓ１０８９６４５０、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項５３の方法。
【請求項５５】
ｒｓ１０５０５４８３中のアレルＡ、ｒｓ１４４７２９５中のアレルＡ、ｒｓ６９８３２６７中のアレルＧ及びｒｓ１０８９６４５０中のアレルＧの存在が、前立腺癌の増加した感受性を示す、請求項５４の方法。
【請求項５６】
表７〜１１に示した多型マーカー、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーの群より選択される少なくとも二つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも二つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在が、前立腺癌に対する増加した感受性を示す、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項５７】
マーカーｒｓ１０５０５４８３、ｒｓ１４４７２９５、ｒｓ１８５９９６２、ｒｓ２７１０６４６、ｒｓ４４３０７９６、ｒｓ５９４５５７２及びｒｓ６９８３２６７の各々のアットリスクアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなる、請求項５３〜５６のいずれかの方法。
【請求項５８】
マーカーｒｓ１０５０５４８３、ｒｓ１４４７２９５、ｒｓ１８５９９６２、ｒｓ２７１０６４６、ｒｓ４４３０７９６、ｒｓ５９４５５７２、ｒｓ６９８３２６７及びｒｓ１０８９６４５０の各々のアットリスクアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなる、請求項５３〜５７いずれかの方法。
【請求項５９】
該アットリスクアレルが、ｒｓ１０５０５４８３中のアレルＡ、ｒｓ１４４７２９５中のアレルＡ、ｒｓ６９８３２６７中のアレルＧ、ｒｓ１０８９６４５０中のアレルＧ、ｒｓ１８５９９６２中のアレルＧ、ｒｓ２７１０６４６中のアレルＡ、ｒｓ４４３０７９６中アレルＡの及びｒｓ５９４５５７２中のアレルＡである、請求項５８の方法。
【請求項６０】
該個体のリスク評価、診断又は予後診断を行うため、非遺伝的情報を分析することをさらに含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項６１】
非遺伝的情報が年齢、性別、民族性、社会経済的地位、既往症診断、対象の病歴、癌の家族歴、生化学的測定及び臨床的測定から選択される、請求項６０の方法。
【請求項６２】
さらに統合リスクを計算することを含んでなる、請求項５３〜６１のいずれかの方法。
【請求項６３】
ヒト個体における前立腺癌に対する感受性を評価するためのキットであって、該個体のゲノム中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルを選択的に検出するために必要な試薬を含んでなり、該多型マーカーは、表７〜１１に示したマーカー（配列番号１〜３６２）及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択され、該少なくとも一つのアレルの存在は、前立腺癌に対する感受性を示す、前記キット。
【請求項６４】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項６３のキット。
【請求項６５】
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の値により特徴付けられる、請求項６３又は請求項６４のキット。
【請求項６６】
該前立腺癌が、進行性前立腺癌である、請求項６３〜６５のいずれかのキット。
【請求項６７】
該試薬が、該少なくとも一つの多型マーカーを含んでなる該個体のゲノムの断片へハイブリダイズする少なくとも一つの隣接するオリゴヌクレオチド、緩衝液及び検出可能な標識を含んでなる、請求項６３〜６６のいずれかのキット。
【請求項６８】
該試薬が、対象から得られたゲノム核酸セグメントの反対鎖にハイブリダイズする少なくとも一つのオリゴヌクレオチドの対を含んでなり、各オリゴヌクレオチドプライマー対が、一つの多型マーカーを含む該個体のゲノムの断片を選択的に増幅するように設計されており、及び該断片が少なくとも３０塩基対のサイズである、請求項６３〜６７のいずれかのキット。
【請求項６９】
該少なくとも一つのオリゴヌクレオチドが、該個体のゲノムと完全に相補的である、請求項６８又は６９ののキット。
【請求項７０】
該オリゴヌクレオチドが、約１８〜約５０ヌクレオチド長である、請求項６７〜６９のいずれかのキット。
【請求項７１】
オリゴヌクレオチドが、２０〜３０ヌクレオチド長である、請求項６７〜７０のいずれかのキット。
【請求項７２】
請求項６７〜７１のいずれかのキットであって、
ａ．５〜１００ヌクレオチド長である検出オリゴヌクレオチドプローブ；
ｂ．５〜１００ヌクレオチド長であるエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブ；及び
ｃ．エンドヌクレアーゼ酵素；を含んでなり；
該検出オリゴヌクレオチドプローブは、そのヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号３６２のいずれか一つにより与えられている核酸の第一のセグメントへ特異的にハイブリダイズし；及び
該検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能な標識及びその５’末端にクエンチング部分を含んでなり；
該エンハンサーオリゴヌクレオチドは、５〜１００ヌクレオチド長であり、そして両方のオリゴヌクレオチドが該核酸にハイブリダイズされた時、該エンハンサーオリゴヌクレオチドが該検出オリゴヌクレオチドプローブに関して３’に位置されるように、該オリゴヌクレオチドプローブに関して５’にある該ヌクレオチド配列の第二のセグメントに相補的であり；
該オリゴヌクレオチドプローブ及びエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが両方とも該核酸にハイブリダイズされた時、該オリゴヌクレオチド間に単一塩基ギャップが存在するように、第一のセグメント及び第二のセグメント間に単一塩基ギャップが存在し；及び
該核酸をエンドヌクレアーゼで処理することは、該検出プローブが該核酸にハイブリダイズされた時、該検出プローブの３’末端から検出可能標識を切断して遊離検出可能標識を放出するであろう、前記キット。
【請求項７３】
ヒト個体において前立腺癌を診断する及び／又は前立腺癌に対する感受性を評価するための試薬の製造におけるオリゴヌクレオチドプローブの使用であって、該プローブは、そのヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号３６２のいずれか一つにより与えられる核酸のセグメントにハイブリダイズし、該プローブは１５〜５００ヌクレオチド長である、前記使用。
【請求項７４】
コンピューター可読媒体であって、
ａ．少なくとも一つの多型マーカーのための識別子；
ｂ．前立腺癌と診断された多数の個体における、前記少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの頻度の指標；及び
ｃ．多数の基準個体における、前記少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの頻度の指標；を保存し；
該少なくとも一つの多型マーカーが、表７〜１１に示した多型マーカー、及びそれらと連鎖不均衡にある多型から選択される、前記媒体。
【請求項７５】
該多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号：３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項７４に記載の媒体。
【請求項７６】
さらに多数の個体の祖先についての情報を含んでなる、請求項７４又は７５の媒体。
【請求項７７】
ヒト個体において前立腺癌のための遺伝的指標を決定するための装置であって、
コンピューター可読可能メモリー；及び
コンピューター可読可能メモリー上に保存されたルーチン；を含んでなり；
該ルーチンは、表７〜１１に示したマーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される少なくとも一つの多型マーカーに関する少なくとも一つのヒト個体についてのマーカー及び／又はハプロタイプ情報を分析するためのプロセッサーで実行されるように、及び該マーカー又はハプロタイプ情報に基づいた出力を発生するように適応しており、該出力が該ヒト個体についての前立腺癌の遺伝的指標としての、少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプのリスク尺度を含んでなる、前記装置。
【請求項７８】
該ルーチンが、前立腺癌と診断された多数の個体における、少なくとも一つの多型マーカー又は少なくとも一つのハプロタイプの少なくとも一つのアレルの頻度の指標、及び多数の基準個体における、少なくとも一つの多型マーカー又は少なくとも一つのハプロタイプの少なくとも一つのアレルの頻度の指標をさらに含んでなり、リスク尺度が、前立腺癌と診断された多数の個体の少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプ情報の頻度の指標に対する、ヒト個体の少なくとも一つのマーカー及び／又はハプロタイプ状態の比較に基づいている、請求項７７の装置。
【請求項７９】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項７７又は７８の装置。
【請求項８０】
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の値により特徴付けられる、請求項７４〜７９のいずれかに記載の装置又は媒体。
【請求項８１】
該リスク尺度がオッズ比（ＯＲ）又は相対リスク（ＲＲ）により特徴付けられる、請求項７７〜８０いずれかの装置。
【請求項１】
ヒト個体において前立腺癌に対する感受性を決定するための方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーが表７〜１１に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択され、及び該少なくとも一つのアレルの存在が前立腺癌に対する感受性を示す、前記方法。
【請求項２】
ヒト個体において前立腺癌に対する感受性を決定するための方法であって、該個体に由来する遺伝子型データセット中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーが表７〜１１に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択され、及び該少なくとも一つのアレルの存在が前立腺癌に対する感受性を示す、前記方法。
【請求項３】
該少なくとも一つの多型マーカーが、マーカーｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項５】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表１１に示したマーカーから選択される、請求項４の方法。
【請求項６】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項７】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表７に示したマーカーから選択される、請求項６の方法。
【請求項８】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３いずれかの方法。
【請求項９】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表８に示したマーカーの群から選択される、請求項８の方法。
【請求項１０】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項１１】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表９に示したマーカーの群から選択される、請求項１０の方法。
【請求項１２】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）又はそれらと連鎖不均衡にあるマーカーである、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項１３】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表１０に示したマーカーの群から選択される、請求項１２の方法。
【請求項１４】
該少なくとも一つの多型マーカーが、０．２より大きな連鎖不均衡尺度ｒ2の値によりＴＣＦ２遺伝子に関連するマーカーから選択される、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項１５】
該少なくとも一つの多型マーカーが、表１３に示したマーカーから選択される、請求項１４の方法。
【請求項１６】
さらに、該個体における少なくとも一つのハプロタイプの頻度を評価することを含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項１７】
該感受性が、増加した感受性である、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項１８】
マーカーｒｓ３９２３６０３中のアレルＡ、ｒｓ７５０１９３９中のアレルＣ、ｒｓ１８５９９６２中のアレルＧ、ｒｓ５９４５５７２中のアレルＡ、ｒｓ２７１０６４６中のアレルＡ、ｒｓ３７６０５１１中のアレルＣ、ｒｓ４４３０７９６中のアレルＡ、ｒｓ７２１４４７９中のアレルＴ、ｒｓ６５０１４５５中のアレルＡ、ｒｓ９８３０８５中のアレルＣ、ｒｓ５９４５６０５中のアレルＴ又はｒｓ７２１０４８中のアレルＡの存在が、前立腺癌に対する増加した感受性を示す、請求項１７の方法。
【請求項１９】
該少なくとも一つのアレル又はハプロタイプの存在が、少なくとも１．２の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する増加した感受性を示す、請求項１７又は１８の方法。
【請求項２０】
該少なくとも一つのアレル又はハプロタイプの存在が、少なくとも１．３の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する増加した感受性を示す、請求項１７又は１９の方法。
【請求項２１】
該感受性が、減少した感受性である、請求項１〜１６のいずれかの方法。
【請求項２２】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプが、０．９未満の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する、請求項２１の方法。
【請求項２３】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプが、０．８未満の相対リスク（ＲＲ）又はオッズ比（ＯＲ）を有する、請求項２１又は２２の方法。
【請求項２４】
該前立腺癌が進行性前立腺癌である、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項２５】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在が、より進行性の前立腺癌及び／又はより悪い予後を示す、請求項１〜２３のいずれかの方法。
【請求項２６】
該マーカー又はハプロタイプの存在が、特定の治療モダリティーへの対象の異なった応答率を示す、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項２７】
該少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプの存在が、腫瘍又はその前駆体における体細胞再編成への素因を示す、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項２８】
該体細胞再編成が、増幅、転座、挿入及び欠失から成る群より選択される、請求項２７の方法。
【請求項２９】
前立腺癌に対する感受性を評価することにおいて使用するためのマーカーの同定法であって、
ａ．表７、８、９、１０又は１１（配列番号１〜３６２）のいずれかに示したマーカーの少なくとも一つと連鎖不均衡にある、少なくとも一つの多型マーカーを同定すること；
ｂ．前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体のサンプルの遺伝子型状態を決定すること；及び
ｃ．対照個体のサンプルの遺伝子型状態を決定すること；
を含んでなり、前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の有意な相違が（対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較して）、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する感受性を評価するために有用であることを示す、前記方法。
【請求項３０】
連鎖不均衡が、０．２より大きなｒ2及び／又は０．８より大きな｜Ｄ’｜の数値により特徴付けられる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項３１】
前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の増加が（対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較して）、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する増加した感受性を評価するために有用であることを示す、請求項２９又は請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前立腺癌と診断された又は前立腺癌に対する感受性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の減少が（対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較して）、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する減少した感受性を評価するために有用であることを示す、請求項２９〜３１のいずれかの方法。
【請求項３３】
前立腺癌のリスクがある、又は前立腺癌と診断されたヒト個体から得られた核酸サンプルの遺伝子型同定の方法であって、該サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つのマーカーは表７〜１１（配列番号１〜３６２）に示したマーカー、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、及び該少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在は、前立腺癌に対する感受性を示す、前記方法。
【請求項３４】
該少なくとも一つのマーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項３３の方法。
【請求項３５】
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の数値により決定される、請求項３３又は３４の方法。
【請求項３６】
遺伝子型同定が、該少なくとも一つの多型マーカーに隣接するヌクレオチドプライマー対を使用し、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により該少なくとも一つの多型マーカーを含んでなる核酸のセグメントを増幅することを含んでなる、請求項３３〜３５のいずれかの方法。
【請求項３７】
遺伝子型同定が、アレル特異的プローブハイブリダイゼーション、アレル特異的プライマー伸張、アレル特異的増幅、核酸シークエンシング、５’−エキソヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、及び一本鎖配座解析から選択されるプロセスを使用して実施される、請求項３３〜３６のいずれかの方法。
【請求項３８】
該プロセスがアレル特異的プローブハイブリダイゼーションを含んでなる、請求項３７の方法。
【請求項３９】
該プロセスがＤＮＡシークエンシングを含んでなる、請求項３７の方法。
【請求項４０】
請求項３３〜３９のいずれかに記載の方法であって、
１）該核酸のコピーと検出オリゴヌクレオチドプローブ及びエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブを、該核酸と該オリゴヌクレオチドプローブの特異的ハイブリダイゼーションのための条件下で接触させること；
ここで
ａ）該検出オリゴヌクレオチドプローブは５〜１００ヌクレオチド長であり、そのヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号３６２のいずれか一つにより与えられる核酸の第一のセグメントに特異的にハイブリダイズし；
ｂ）該検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能標識を、及びその５’末端にクエンチング部分を含んでなり；
ｃ）該エンハンサーオリゴヌクレオチドは５〜１００ヌクレオチド長であり、両方のオリゴヌクレオチドが該核酸にハイブリダイズされた時、該エンハンサーオリゴヌクレオチドが該検出オリゴヌクレオチドプローブに関して３’に位置されるように、該オリゴヌクレオチドプローブに関して５’にある該ヌクレオチド配列の第二のセグメントに相補的であり；及び
ｄ）該オリゴヌクレオチドプローブ及びエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが両方とも該核酸にハイブリダイズされた時、該オリゴヌクレオチド間に単一塩基ギャップが存在するように、第一のセグメント及び第二のセグメント間に単一塩基ギャップが存在する；
２）検出プローブが該核酸にハイブリダイズされた時、該検出プローブの３’末端から検出可能標識を切断して遊離検出可能標識を放出するであろうエンドヌクレアーゼで該核酸を処理すること；及び
３）遊離検出可能標識を測定すること、ここで遊離検出可能標識の存在は、該検出プローブが該核酸の第一のセグメントへ特異的にハイブリダイズされたことを示し、及び検出プローブの補体としての多型部位の配列を示す、前記方法。
【請求項４１】
該核酸のコピーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による増幅により提供される、請求項４０の方法。
【請求項４２】
該感受性が、増加した感受性である、請求項３３〜４１のいずれかの方法。
【請求項４３】
該感受性が、減少した感受性である、請求項３３〜４２のいずれかの方法。
【請求項４４】
該前立腺癌が、進行性前立腺癌である、請求項３３〜４３のいずれかの方法。
【請求項４５】
前立腺癌に関連する症状を予防する及び／又は寛解するための療法剤への応答の可能性について個体を評価する方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーは、表７〜１１（配列番号１〜３６２）に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、該少なくとも一つのマーカーの該少なくとも一つのアレルの存在は、該療法剤への陽性反応の可能性を示す、前記方法。
【請求項４６】
癌と診断された個体の予後を予測する方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーは、表７〜１１に示した多型マーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、該少なくとも一つのアレルの存在は該個体における癌のより悪い予後を示す、前記方法。
【請求項４７】
前立腺癌について治療されている個体における治療の進行をモニタリングする方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも一つの多型マーカーは表７〜１１にリストした多型マーカー（配列番号１〜３６２）及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、該少なくとも一つのアレルの存在は、該個体の治療結果を示す、前記方法。
【請求項４８】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項４６又は４７に記載の方法。
【請求項４９】
いずれか二つのマーカー間の連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の値により特徴付けられる、請求項４５〜４８のいずれかの方法。
【請求項５０】
該前立腺癌が、進行性前立腺癌である、請求項４５〜４９のいずれかの方法。
【請求項５１】
さらに、該個体からのサンプル中の少なくとも一つのバイオマーカーを評価することを含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項５２】
該サンプルが、血液サンプル又は癌バイオプシーサンプルである、請求項５１の方法。
【請求項５３】
さらに、ヒト個体からのゲノムＤＮＡを含んでなるサンプル、又はヒト個体に由来する遺伝子型データセットを、表７〜１１に示したマーカーのいずれか一つとも連鎖不均衡にはない、前立腺癌のための少なくとも一つのアットリスク変異体の少なくとも一つのアットリスクアレルの存在又は不存在について分析することを含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項５４】
該前立腺癌のための少なくとも一つのアットリスク変異体がｒｓ１０５０５４８３、ｒｓ１４４７２９５、ｒｓ６９８３２６７及びｒｓ１０８９６４５０、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項５３の方法。
【請求項５５】
ｒｓ１０５０５４８３中のアレルＡ、ｒｓ１４４７２９５中のアレルＡ、ｒｓ６９８３２６７中のアレルＧ及びｒｓ１０８９６４５０中のアレルＧの存在が、前立腺癌の増加した感受性を示す、請求項５４の方法。
【請求項５６】
表７〜１１に示した多型マーカー、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーの群より選択される少なくとも二つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなり、該少なくとも二つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在が、前立腺癌に対する増加した感受性を示す、請求項１〜３のいずれかの方法。
【請求項５７】
マーカーｒｓ１０５０５４８３、ｒｓ１４４７２９５、ｒｓ１８５９９６２、ｒｓ２７１０６４６、ｒｓ４４３０７９６、ｒｓ５９４５５７２及びｒｓ６９８３２６７の各々のアットリスクアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなる、請求項５３〜５６のいずれかの方法。
【請求項５８】
マーカーｒｓ１０５０５４８３、ｒｓ１４４７２９５、ｒｓ１８５９９６２、ｒｓ２７１０６４６、ｒｓ４４３０７９６、ｒｓ５９４５５７２、ｒｓ６９８３２６７及びｒｓ１０８９６４５０の各々のアットリスクアレルの存在又は不存在を決定することを含んでなる、請求項５３〜５７いずれかの方法。
【請求項５９】
該アットリスクアレルが、ｒｓ１０５０５４８３中のアレルＡ、ｒｓ１４４７２９５中のアレルＡ、ｒｓ６９８３２６７中のアレルＧ、ｒｓ１０８９６４５０中のアレルＧ、ｒｓ１８５９９６２中のアレルＧ、ｒｓ２７１０６４６中のアレルＡ、ｒｓ４４３０７９６中アレルＡの及びｒｓ５９４５５７２中のアレルＡである、請求項５８の方法。
【請求項６０】
該個体のリスク評価、診断又は予後診断を行うため、非遺伝的情報を分析することをさらに含んでなる、前記請求項のいずれかの方法。
【請求項６１】
非遺伝的情報が年齢、性別、民族性、社会経済的地位、既往症診断、対象の病歴、癌の家族歴、生化学的測定及び臨床的測定から選択される、請求項６０の方法。
【請求項６２】
さらに統合リスクを計算することを含んでなる、請求項５３〜６１のいずれかの方法。
【請求項６３】
ヒト個体における前立腺癌に対する感受性を評価するためのキットであって、該個体のゲノム中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルを選択的に検出するために必要な試薬を含んでなり、該多型マーカーは、表７〜１１に示したマーカー（配列番号１〜３６２）及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択され、該少なくとも一つのアレルの存在は、前立腺癌に対する感受性を示す、前記キット。
【請求項６４】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項６３のキット。
【請求項６５】
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の値により特徴付けられる、請求項６３又は請求項６４のキット。
【請求項６６】
該前立腺癌が、進行性前立腺癌である、請求項６３〜６５のいずれかのキット。
【請求項６７】
該試薬が、該少なくとも一つの多型マーカーを含んでなる該個体のゲノムの断片へハイブリダイズする少なくとも一つの隣接するオリゴヌクレオチド、緩衝液及び検出可能な標識を含んでなる、請求項６３〜６６のいずれかのキット。
【請求項６８】
該試薬が、対象から得られたゲノム核酸セグメントの反対鎖にハイブリダイズする少なくとも一つのオリゴヌクレオチドの対を含んでなり、各オリゴヌクレオチドプライマー対が、一つの多型マーカーを含む該個体のゲノムの断片を選択的に増幅するように設計されており、及び該断片が少なくとも３０塩基対のサイズである、請求項６３〜６７のいずれかのキット。
【請求項６９】
該少なくとも一つのオリゴヌクレオチドが、該個体のゲノムと完全に相補的である、請求項６８又は６９ののキット。
【請求項７０】
該オリゴヌクレオチドが、約１８〜約５０ヌクレオチド長である、請求項６７〜６９のいずれかのキット。
【請求項７１】
オリゴヌクレオチドが、２０〜３０ヌクレオチド長である、請求項６７〜７０のいずれかのキット。
【請求項７２】
請求項６７〜７１のいずれかのキットであって、
ａ．５〜１００ヌクレオチド長である検出オリゴヌクレオチドプローブ；
ｂ．５〜１００ヌクレオチド長であるエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブ；及び
ｃ．エンドヌクレアーゼ酵素；を含んでなり；
該検出オリゴヌクレオチドプローブは、そのヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号３６２のいずれか一つにより与えられている核酸の第一のセグメントへ特異的にハイブリダイズし；及び
該検出オリゴヌクレオチドプローブは、その３’末端に検出可能な標識及びその５’末端にクエンチング部分を含んでなり；
該エンハンサーオリゴヌクレオチドは、５〜１００ヌクレオチド長であり、そして両方のオリゴヌクレオチドが該核酸にハイブリダイズされた時、該エンハンサーオリゴヌクレオチドが該検出オリゴヌクレオチドプローブに関して３’に位置されるように、該オリゴヌクレオチドプローブに関して５’にある該ヌクレオチド配列の第二のセグメントに相補的であり；
該オリゴヌクレオチドプローブ及びエンハンサーオリゴヌクレオチドプローブが両方とも該核酸にハイブリダイズされた時、該オリゴヌクレオチド間に単一塩基ギャップが存在するように、第一のセグメント及び第二のセグメント間に単一塩基ギャップが存在し；及び
該核酸をエンドヌクレアーゼで処理することは、該検出プローブが該核酸にハイブリダイズされた時、該検出プローブの３’末端から検出可能標識を切断して遊離検出可能標識を放出するであろう、前記キット。
【請求項７３】
ヒト個体において前立腺癌を診断する及び／又は前立腺癌に対する感受性を評価するための試薬の製造におけるオリゴヌクレオチドプローブの使用であって、該プローブは、そのヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号３６２のいずれか一つにより与えられる核酸のセグメントにハイブリダイズし、該プローブは１５〜５００ヌクレオチド長である、前記使用。
【請求項７４】
コンピューター可読媒体であって、
ａ．少なくとも一つの多型マーカーのための識別子；
ｂ．前立腺癌と診断された多数の個体における、前記少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの頻度の指標；及び
ｃ．多数の基準個体における、前記少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの頻度の指標；を保存し；
該少なくとも一つの多型マーカーが、表７〜１１に示した多型マーカー、及びそれらと連鎖不均衡にある多型から選択される、前記媒体。
【請求項７５】
該多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号：３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項７４に記載の媒体。
【請求項７６】
さらに多数の個体の祖先についての情報を含んでなる、請求項７４又は７５の媒体。
【請求項７７】
ヒト個体において前立腺癌のための遺伝的指標を決定するための装置であって、
コンピューター可読可能メモリー；及び
コンピューター可読可能メモリー上に保存されたルーチン；を含んでなり；
該ルーチンは、表７〜１１に示したマーカー及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される少なくとも一つの多型マーカーに関する少なくとも一つのヒト個体についてのマーカー及び／又はハプロタイプ情報を分析するためのプロセッサーで実行されるように、及び該マーカー又はハプロタイプ情報に基づいた出力を発生するように適応しており、該出力が該ヒト個体についての前立腺癌の遺伝的指標としての、少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプのリスク尺度を含んでなる、前記装置。
【請求項７８】
該ルーチンが、前立腺癌と診断された多数の個体における、少なくとも一つの多型マーカー又は少なくとも一つのハプロタイプの少なくとも一つのアレルの頻度の指標、及び多数の基準個体における、少なくとも一つの多型マーカー又は少なくとも一つのハプロタイプの少なくとも一つのアレルの頻度の指標をさらに含んでなり、リスク尺度が、前立腺癌と診断された多数の個体の少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプ情報の頻度の指標に対する、ヒト個体の少なくとも一つのマーカー及び／又はハプロタイプ状態の比較に基づいている、請求項７７の装置。
【請求項７９】
該少なくとも一つの多型マーカーが、ｒｓ３９２３６０３（配列番号１）、ｒｓ４４３０７９６（配列番号２）、ｒｓ７５０１９３９（配列番号３）、ｒｓ１８５９９６２（配列番号４）、Ｄ１７Ｓ１３５０（配列番号５）、ｒｓ５９４５５７２（配列番号６）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号７）、ｒｓ２７１０６４６（配列番号８）、ｒｓ３７６０５１１（配列番号５６）、ｒｓ７２１４４７９（配列番号１３４）、ｒｓ６５０１４４５（配列番号１４６）、ｒｓ９８３０８５（配列番号１５０）、ｒｓ５９４５６０５（配列番号１７８）及びｒｓ７２１０４８（配列番号３４４）、及びそれらと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される、請求項７７又は７８の装置。
【請求項８０】
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ2の数値及び／又は少なくとも０．８の｜Ｄ’｜の値により特徴付けられる、請求項７４〜７９のいずれかに記載の装置又は媒体。
【請求項８１】
該リスク尺度がオッズ比（ＯＲ）又は相対リスク（ＲＲ）により特徴付けられる、請求項７７〜８０いずれかの装置。
【図１】
【公表番号】特表２０１０−５２０７４５（Ｐ２０１０−５２０７４５Ａ）
【公表日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−５４８８０１（Ｐ２００９−５４８８０１）
【出願日】平成２０年２月７日（２００８．２．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＳ２００８／０００００３
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０９６３７５
【国際公開日】平成２０年８月１４日（２００８．８．１４）
【出願人】（５０７３８１６７３）
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年２月７日（２００８．２．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＳ２００８／０００００３
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０９６３７５
【国際公開日】平成２０年８月１４日（２００８．８．１４）
【出願人】（５０７３８１６７３）
【Ｆターム（参考）】
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