アスパラギン酸由来のアミノ酸（例えば、メチオニン、リシン、スレオニン、イソロイシン、及びＳ−アデノシルメチオニン（Ｓ−ＡＭ））及びシステインを含むアミノ酸、及び関連代謝産物の産生を増大させるように作成される細菌株について開示する。この菌株は、ポリペプチド（例えば、宿主細胞に対して異種または相同であるポリペプチド）をコードする１以上の核酸分子（例えば、組換え核酸分子）を保有するように遺伝子操作して創ることができ、及び／またはそれらは（例えば、内因性核酸配列の突然変異によって）ポリペプチドの発現及び／または活性を増加または減少させるように創ることができる。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
腸内細菌科またはコリネ型細菌であって、
（ａ）細菌スルフェートＡＢＣ輸送担体ＡＴＰ結合ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂ）細菌スルフェート輸送系パーミアーゼＷポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｃ）細菌スルフェート・チオスルフェート輸送系パーミアーゼＴポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｄ）細菌スルフェートアデニリルトランスフェラーゼサブユニット１ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｅ）細菌スルフェートアデニリルトランスフェラーゼサブユニット２ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｆ）細菌アデニリルスルフェートキナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｇ）細菌ホスホアデノシンホスホスルフェートレダクターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｈ）細菌スルファイトレダクターゼαサブユニットポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｉ）細菌スルファイトレダクターゼヘモポリペプチドベータ成分ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｊ）細菌スルファイトレダクターゼ（ＮＡＤＰＨ）、フラボポリペプチドβサブユニットポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｋ）細菌アデニリル−スルフェートレダクターゼαサブユニットポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｌ）細菌ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｍ）細菌ホスホセリントランスアミナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｎ）細菌ホスホセリンホスファターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｏ）細菌セリンＯ−アセチルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｐ）細菌システインシンターゼＡポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｑ）細菌システインシンターゼＢポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｒ）細菌ＡＢＣ型ビタミンＢ１２輸送担体パーミアーゼ成分ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｓ）細菌ＡＢＣ型ビタミンＢ１２輸送担体ＡＴＰａｓｅ成分ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｔ）細菌ＡＢＣ型コバラミン／Ｆｅ^３＋シデロフォア輸送系ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｕ）細菌アデノシルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｖ）細菌ＧＴＰシクロヒドロラーゼＩポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｗ）細菌ｐｈｏＡ、ｐｓｉＡ、またはｐｓｉＦ遺伝子産物ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｘ）細菌ジヒドロネオプテリンアルドラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｙ）細菌７，８−ジヒドロ−６−ヒドロキシメチルプテリン−ピロホスホキナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｚ）細菌ジヒドロプテロエートシンターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａａ）細菌ジヒドロ葉酸シンテターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｂ）細菌ジヒドロ葉酸レダクターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｃ）細菌フォリルポリグルタメートシンテターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｄ）推定細菌メチオニン（ＡＰＣ輸送担体スーパーファミリー）パーミアーゼ（ＹｊｅＨ）ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｅ）ＭｅｔＥ／Ｈポリペプチドの細菌転写アクチベータまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｆ）細菌６−ホスホグルコネートデヒドロゲナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｇ）細菌Ｓ−メチルメチオニンホモシステインメチルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｈ）細菌Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｉ）細菌部位特異的ＤＮＡメチラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｊ）細菌メチオニン搬出系タンパク質１ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｋ）細菌メチオニン搬出系タンパク質２ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｌ）細菌ＡＢＣ輸送系ＡＴＰ結合タンパク質（ＭｅｔＮ）ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｍ）細菌ＡＢＣ輸送系パーミアーゼタンパク質（ＭｅｔＰ）ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｎ）細菌ＡＢＣ輸送系基質結合タンパク質（ＭｅｔＱ）ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｏ）細菌アスパルトキナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｐ）細菌アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｑ）細菌ホモセリンデヒドロゲナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｒ）細菌Ｏ−ホモセリンアセチルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｓ）細菌Ｏ−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｔ）細菌コバラミン依存性メチオニンシンターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｕ）細菌コバラミン非依存性メチオニンシンターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｖ）細菌ホモセリンキナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｗ）細菌メチオニンアデノシルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｘ）細菌Ｏ−スクシニルホモセリン（チオ）−リアーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｙ）細菌シスタチオニンβ−リアーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ａｚ）細菌５，１０−メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂａ）細菌ジヒドロジピコリン酸シンターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｂ）細菌ピルビン酸カルボキシラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｃ）細菌グルタミン酸デヒドロゲナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｄ）細菌ジアミノピメレートデヒドロゲナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｅ）細菌メチオニン及びシステイン生合成レプレッサー（ＭｃｂＲ）ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｆ）細菌リシンエクスポータータンパク質ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｇ）細菌ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｈ）細菌ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｉ）細菌グリシンデヒドロゲナーゼ（脱カルボキシル化）ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｊ）（グリシン切断系に関与する）細菌Ｈポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｋ）細菌アミノメチルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｌ）細菌ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｍ）細菌リポエート−タンパク質リガーゼＡポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｎ）細菌リポ酸シンターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｏ）細菌リポイル−［アシル−キャリア−タンパク質］−タンパク質−Ｎ−リポイルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｐ）細菌フルクトース１，６ビスホスファターゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｑ）細菌グルコース６ホスフェートデヒドロゲナーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
（ｂｒ）グルコース−６−ホスフェートイソメラーゼポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；及び
（ｂｓ）細菌ＮＣｇｌ２６４０ポリペプチドまたはその機能的変異体をコードする配列を含む核酸分子；
よりなる群から選択される少なくとも１つの単離核酸分子を含む細菌。
【請求項２】
前記細菌が核酸分子（ａ）乃至（ｂｓ）の内の少なくとも２つを含む請求項１の細菌。
【請求項３】
前記細菌が核酸分子（ａ）乃至（ｂｓ）の内の少なくとも３つを含む請求項１の細菌。
【請求項４】
前記細菌が核酸分子（ａ）乃至（ｂｓ）の内の少なくとも４つを含む請求項１の細菌。
【請求項５】
前記細菌が核酸分子（ａ）乃至（ｂｓ）の内の少なくとも５つを含む請求項１の細菌。
【請求項６】
前記ポリペプチドの内の少なくとも１つが前記細菌に対して異種である請求項１の細菌。
【請求項７】
前記ポリペプチドの内の少なくとも２つが前記細菌に対して異種である請求項１の細菌。
【請求項８】
前記細菌がＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ細菌である請求項１の細菌。
【請求項９】
前記細菌が（ａｊ）及び（ａｋ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１０】
前記細菌が（ｒ）、（ｓ）及び（ｔ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１１】
前記細菌が（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１２】
前記細菌が（ｄ）及び（ｅ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１３】
前記細菌が（ｉ）及び（ｊ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１４】
前記細菌が（ｌ）及び（ｏ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１５】
前記細菌が（ｐ）及び（ｑ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１６】
前記細菌が（ｂｉ）、（ｂｊ）及び（ｂｋ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１７】
前記細菌が（ｂｉ）、（ｂｊ）、（ｂｋ）及び（ｂｌ）を含む請求項１の細菌。
【請求項１８】
前記細菌が（ｂｉ）、（ｂｊ）、（ｂｋ）並びに、
（１）（ｂｍ）または（２）（ｂｎ）と（ｏ）の少なくとも１つ
を含む請求項１の細菌。
【請求項１９】
前記細菌が（ｂｉ）、（ｂｊ）、（ｂｋ）、（ｂｌ）並びに、
（１）（ｂｍ）または（２）（ｂｎ）と（ｂｏ）の内の少なくとも１つ
を含む請求項１の細菌。
【請求項２０】
アミノ酸または関連代謝産物を産生する方法において、
前記アミノ酸または前記関連代謝産物を産生できるようにした条件下で請求項１の細菌を培養し、次いで、培養物から前記アミノ酸または前記関連代謝産物を含む組成物を収集することを含む、前記方法。
【請求項２１】
前記アミノ酸がメチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、リシン、スレオニン及びシステインから選択される請求項１の方法。
【請求項２２】
（ａ）乃至（ａｎ）よりなる群から選択される少なくとも１つの単離核酸分子、及び（ａｏ）乃至（ｂｓ）よりなる群から選択される少なくとも１つの単離核酸分子を含む請求項１の細菌。
【請求項２３】
（ａ）乃至（ａｎ）よりなる群から選択される少なくとも１つの単離核酸分子、及び（ａｏ）乃至（ｂｓ）よりなる群から選択される少なくとも２つの単離核酸分子を含む請求項１の細菌。
【請求項２４】
（ａ）乃至（ａｎ）よりなる群から選択される少なくとも２つの単離核酸分子、及び（ａｏ）乃至（ｂｓ）よりなる群から選択される少なくとも１つの単離核酸分子を含む請求項１の細菌。
【請求項２５】
（ａ）乃至（ａｎ）よりなる群から選択される少なくとも２つの単離核酸分子、及び（ａｏ）乃至（ｂｓ）よりなる群から選択される少なくとも２つの単離核酸分子を含む請求項１の細菌。
【請求項２６】
フィードバック阻害が低減された変異アスパルトキナーゼをコードする単離核酸分子、フィードバック阻害が低減された変異ホモセリンデヒドロゲナーゼ、またはフィードバック阻害が低減された変異Ｏ−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼを含む請求項１の細菌。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４Ａ】

【図４Ｂ】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４Ａ】

【図１４Ｂ−１】

【図１４Ｂ−２】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３−１】

【図３３−２】

【図３３−３】

【図３３−４】

【図３３−５】

【図３３−６】

【図３３−７】

【図３３−８】

【図３３−９】

【図３３−１０】

【図３３−１１】

【図３３−１２】

【図３３−１３】

【図３３−１４】

【図３３−１５】

【図３３−１６】

【図３３−１７】

【図３３−１８】

【図３３−１９】

【図３３−２０】

【図３３−２１】

【図３３−２２】

【図３３−２３】

【図３３−２４】

【図３３−２５】

【図３３−２６】

【図３３−２７】

【図３３−２８】

【図３３−２９】

【図３３−３０】

【図３３−３１】

【図３３−３２】

【図３３−３３】

【図３３−３４】

【図３３−３５】

【図３３−３６】

【図３３−３７】

【図３３−３８】

【図３３−３９】

【図３３−４０】

【図３３−４１】

【図３３−４２】

【図３３−４３】

【図３３−４４】

【図３３−４５】

【図３３−４６】

【図３３−４７】

【図３３−４８】

【図３３−４９】

【図３３−５０】

【図３３−５１】

【図３３−５２】

【図３３−５３】

【図３３−５４】

【図３３−５５】

【図３３−５６】

【図３３−５７】

【図３３−５８】

【図３３−５９】

【図３３−６０】

【図３３−６１】

【図３３−６２】

【図３３−６３】

【図３３−６４】

【図３３−６５】

【図３３−６６】

【図３３−６７】

【図３３−６８】

【図３３−６９】

【図３３−７０】

【図３３−７１】

【図３３−７２】

【図３３−７３】

【図３３−７４】

【図３３−７５】

【図３３−７６】

【図３３−７７】

【図３３−７８】

【図３３−７９】

【図３３−８０】

【図３３−８１】

【図３３−８２】

【図３３−８３】

【図３３−８４】

【図３３−８５】

【図３３−８６】

【図３３−８７】

【図３３−８８】

【図３３−８９】

【図３３−９０】

【図３３−９１】

【図３３−９２】

【図３３−９３】

【図３３−９４】

【図３３−９５】

【図３３−９６】

【図３３−９７】

【図３３−９８】

【図３３−９９】

【図３３−１００】

【図３３−１０１】

【図３３−１０２】

【図３３−１０３】

【図３３−１０４】

【図３３−１０５】

【図３３−１０６】

【図３３−１０７】

【図３３−１０８】

【図３３−１０９】

【図３３−１１０】

【図３３−１１１】

【図３３−１１２】

【図３３−１１３】

【図３３−１１４】

【図３３−１１５】

【図３３−１１６】

【図３３−１１７】

【図３３−１１８】

【図３３−１１９】

【図３３−１２０】

【図３３−１２１】

【図３３−１２２】

【図３３−１２３】

【図３３−１２４】

【図３４−１】

【図３４−２】

【図３４−３】

【図３４−４】

【図３４−５】

【図３４−６】

【図３４−７】

【図３４−８】

【図３４−９】

【図３４−１０】

【図３４−１１】

【図３４−１２】

【図３４−１３】

【図３４−１４】

【図３４−１５】

【図３４−１６】

【図３４−１７】

【図３４−１８】

【図３４−１９】

【図３４−２０】

【図３４−２１】

【図３４−２２】

【図３４−２３】

【図３４−２４】

【図３４−２５】

【図３４−２６】

【図３４−２７】

【図３４−２８】

【図３４−２９】

【図３４−３０】

【図３４−３１】

【図３４−３２】

【図３４−３３】

【図３４−３４】

【図３４−３５】

【図３４−３６】

【図３４−３７】

【図３４−３８】

【図３４−３９】

【図３４−４０】

【図３４−４１】

【図３４−４２】

【図３４−４３】

【図３４−４４】

【図３４−４５】

【図３４−４６】

【図３４−４７】

【図３４−４８】

【図３４−４９】

【図３４−５０】

【図３４−５１】

【図３４−５２】

【図３４−５３】

【図３４−５４】

【図３４−５５】

【図３４−５６】

【図３４−５７】

【図３４−５８】

【図３４−５９】

【図３４−６０】

【図３４−６１】

【図３４−６２】

【図３４−６３】

【図３４−６４】

【図３４−６５】

【図３４−６６】

【図３４−６７】

【図３４−６８】

【図３４−６９】

【図３４−７０】

【図３４−７１】

【図３４−７２】

【図３４−７３】

【図３４−７４】

【図３４−７５】

【図３４−７６】

【図３４−７７】

【図３４−７８】

【図３４−７９】

【図３４−８０】

【図３４−８１】

【図３４−８２】

【図３４−８３】

【図３４−８４】

【図３４−８５】

【図３４−８６】

【図３４−８７】

【図３４−８８】

【図３４−８９】

【図３４−９０】

【図３４−９１】

【図３４−９２】

【図３４−９３】

【図３４−９４】

【図３４−９５】

【図３４−９６】

【図３４−９７】

【図３４−９８】

【図３４−９９】

【図３４−１００】

【図３４−１０１】

【図３４−１０２】

【図３４−１０３】

【図３４−１０４】

【図３４−１０５】

【図３４−１０６】

【図３４−１０７】

【図３４−１０８】

【図３４−１０９】

【図３４−１１０】

【図３４−１１１】

【図３４−１１２】

【図３４−１１３】

【図３４−１１４】

【図３４−１１５】

【図３４−１１６】

【図３４−１１７】

【図３４−１１８】

【図３４−１１９】

【図３４−１２０】

【図３４−１２１】

【図３４−１２２】

【図３４−１２３】

【図３４−１２４】

【図３４−１２５】

【図３４−１２６】

【図３４−１２７】

【図３４−１２８】

【図３４−１２９】

【図３４−１３０】

【図３４−１３１】

【図３４−１３２】

【図３４−１３３】

【図３４−１３４】

【図３４−１３５】

【図３４−１３６】

【図３４−１３７】

【図３４−１３８】

【図３４−１３９】

【図３４−１４０】

【図３４−１４１】

【図３４−１４２】

【図３４−１４３】

【図３４−１４４】

【図３４−１４５】

【図３４−１４６】

【図３４−１４７】

【図３４−１４８】

【図３４−１４９】

【図３４−１５０】

【図３４−１５１】

【図３４−１５２】

【図３４−１５３】

【図３４−１５４】

【図３４−１５５】

【図３４−１５６】

【図３４−１５７】

【図３４−１５８】

【図３４−１５９】

【図３４−１６０】

【図３４−１６１】

【図３４−１６２】

【図３４−１６３】

【図３４−１６４】

【図３４−１６５】

【図３４−１６６】

【図３４−１６７】

【図３４−１６８】

【図３４−１６９】

【図３４−１７０】

【図３４−１７１】

【図３４−１７２】

【図３４−１７３】

【図３４−１７４】

【図３４−１７５】

【図３４−１７６】

【図３４−１７７】

【図３４−１７８】

【図３４−１７９】

【図３４−１８０】

【図３４−１８１】

【図３４−１８２】

【図３４−１８３】

【図３４−１８４】

【図３４−１８５】

【図３４−１８６】

【図３４−１８７】

【図３４−１８８】

【図３４−１８９】

【図３４−１９０】

【図３４−１９１】

【公表番号】特表２００９−５０１５１２（Ｐ２００９−５０１５１２Ａ）
【公表日】平成２１年１月２２日（２００９．１．２２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５１７１９８（Ｐ２００８−５１７１９８）
【出願日】平成１８年６月１９日（２００６．６．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２３６９４
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１３８６８９
【国際公開日】平成１８年１２月２８日（２００６．１２．２８）
【出願人】（５０３２２６３３８）アイアンウッド　ファーマシューティカルズ　インコーポレイテッド (13)
【氏名又は名称原語表記】ＩＲＯＮＷＯＯＤ　ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ，ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】