敗血症の検出方法
患者由来試料における敗血症の方法を提供する。敗血症と関連する１種以上のマイクロＲＮＡの発現の変化を検出する方法も提供する。組成物およびキットも提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における敗血症の存在を検出する方法であって、前記対象由来の試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出することを含み、ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡは、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、
ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい前記試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルは前記対象における敗血症の存在を示す、方法。
【請求項２】
前記方法が、前記試料中の前記少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルと比較することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対象における敗血症の検出を容易にする方法であって、
（ａ）前記対象由来の試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出すること、ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡは、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、と
（ｂ）前記対象が敗血症を有するかどうかを決定する目的で検出結果を医療実施者に報告することと、を含む方法。
【請求項４】
試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出することが、
（ａ）前記試料の核酸を前記試料中の標的ＲＮＡに相補的な少なくとも１種のポリヌクレオチドまたはその相補体とハイブリダイズさせることと、
（ｂ）標的ＲＮＡ、標的ＲＮＡのＤＮＡアンプリコン、および標的ＲＮＡの相補体から選択される少なくとも１つの核酸にハイブリダイズしたポリヌクレオチドを含む少なくとも１つの複合体を検出することと
を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
対象における敗血症の存在を検出する方法であって、
（ａ）前記対象から試料を得ることと、
（ｂ）前記試料を前記試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出する実験室に提供すること、ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡは、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、と、
（ｃ）前記試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを示す報告を前記実験室から受け取ることと、を含み、
ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルは敗血症の存在を示す、方法。
【請求項６】
前記方法が前記試料から核酸を単離することをさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記核酸がＤＮＡから分離されたＲＮＡを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
その成熟形態の少なくとも１種の標的ＲＮＡが３０個未満のヌクレオチドを含む、前述の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡがマイクロＲＮＡである、前述の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも２種の標的ＲＮＡのレベルが検出され、ここで、前記標的ＲＮＡのうちの少なくとも２種は、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、
ここで、前記少なくとも２種の標的ＲＮＡは別々のものである
前述の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも２種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも２種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも３種の標的ＲＮＡのレベルが検出され、ここで、前記標的ＲＮＡのうちの少なくとも３種は、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、
ここで、前記少なくとも３種の標的ＲＮＡは別々のものである
請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも２種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも２種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも３種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも３種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも５種の標的ＲＮＡが検出される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にはハイブリダイズしないか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含まず、かつ
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含まない
少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルが検出される、請求項１０〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、ウイルス感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陰性細菌の感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（a）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（b）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌の感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌またはマイコバクテリアの感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌感染、ウイルス感染、または両方によって生じた非メチル化ＣｐＧ核酸の存在を示す、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、ウイルス由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌由来分子、マイコバクテリア由来分子、または両方を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌感染、ウイルス感染、または両方によって生じる非メチル化ＣｐＧ核酸を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、配列番号２２６〜２８９、５６５〜６０４、および８６３〜８６８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、配列番号２３１、２３６、２３７、２４２、２４５、２５３、２６０、２６１、２６２、２６３、２６６、２６９、２７５、２８７、３０３、３４２、３５２、５６６、５６７、５６８、５７１、５７０、５７３、５７４、５７５、５７７、５７９、５８０、５８１、５８８、５９１、５９８、６０１、６０８、６１２、６１３、６２４、６２６、６２９、６３２、６３５、６３７、６４１、６４２、６４４、および６４８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、配列番号２３１、２３６、２４２、２６０、２６１、２６６、２８７、５６６、５６７、５６８、５７１、５７０、５７４、５８０、５８１、５８８、５９８、６０１、６０８、６２４、６２６、６２９、および６３２から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記対象由来の試料が血液試料である、前述の請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記試料が単球である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
第１の領域を含む合成ポリヌクレオチドであって、前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列を含む、合成ポリヌクレオチド。
【請求項４９】
前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列を含む、請求項４８に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５０】
前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列を含む、請求項４８に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５１】
前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列を含む、請求項４８に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５２】
前記ポリヌクレオチドが検出可能な標識を含む、請求項４８〜５１のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５３】
前記検出可能な標識がＦＲＥＴ標識である、請求項５２に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５４】
前記第１の領域が、標的ＲＮＡの領域と同一または相補的である、請求項４８〜５３のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５５】
前記ポリヌクレオチドが、前記標的ＲＮＡの領域と同一または相補的でない第２の領域をさらに含む、請求項５４に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５６】
少なくとも１種のポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含む、複数の合成ポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項５７】
前記複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも２種のポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含み、かつ前記少なくとも２種のポリヌクレオチドの第１の領域が別々のものである、請求項５６に記載の組成物。
【請求項５８】
前記複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも３種の合成ポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含み、かつ前記少なくとも３種のポリヌクレオチドの第１の領域が別々のものである、請求項５６に記載の組成物。
【請求項５９】
前記複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも５種の合成ポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含み、かつ前記少なくとも５種のポリヌクレオチドの第１の領域が別々のものである、請求項５６に記載の組成物。
【請求項６０】
請求項４８〜５５のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチドを含むキット。
【請求項６１】
請求項５６〜５９のいずれか一項に記載の組成物を含むキット。
【請求項６２】
前記キットが、少なくとも１種のポリメラーゼをさらに含む、請求項６０または請求項６１に記載のキット。
【請求項６３】
前記キットがｄＮＴＰをさらに含む、請求項６０〜６２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１】
対象における敗血症の存在を検出する方法であって、前記対象由来の試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出することを含み、ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡは、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、
ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい前記試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルは前記対象における敗血症の存在を示す、方法。
【請求項２】
前記方法が、前記試料中の前記少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルと比較することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対象における敗血症の検出を容易にする方法であって、
（ａ）前記対象由来の試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出すること、ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡは、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、と
（ｂ）前記対象が敗血症を有するかどうかを決定する目的で検出結果を医療実施者に報告することと、を含む方法。
【請求項４】
試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出することが、
（ａ）前記試料の核酸を前記試料中の標的ＲＮＡに相補的な少なくとも１種のポリヌクレオチドまたはその相補体とハイブリダイズさせることと、
（ｂ）標的ＲＮＡ、標的ＲＮＡのＤＮＡアンプリコン、および標的ＲＮＡの相補体から選択される少なくとも１つの核酸にハイブリダイズしたポリヌクレオチドを含む少なくとも１つの複合体を検出することと
を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
対象における敗血症の存在を検出する方法であって、
（ａ）前記対象から試料を得ることと、
（ｂ）前記試料を前記試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを検出する実験室に提供すること、ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡは、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、と、
（ｃ）前記試料中の少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルを示す報告を前記実験室から受け取ることと、を含み、
ここで、前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルは敗血症の存在を示す、方法。
【請求項６】
前記方法が前記試料から核酸を単離することをさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記核酸がＤＮＡから分離されたＲＮＡを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
その成熟形態の少なくとも１種の標的ＲＮＡが３０個未満のヌクレオチドを含む、前述の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡがマイクロＲＮＡである、前述の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも２種の標的ＲＮＡのレベルが検出され、ここで、前記標的ＲＮＡのうちの少なくとも２種は、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、
ここで、前記少なくとも２種の標的ＲＮＡは別々のものである
前述の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも２種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも２種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも３種の標的ＲＮＡのレベルが検出され、ここで、前記標的ＲＮＡのうちの少なくとも３種は、
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含むか、または
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、
ここで、前記少なくとも３種の標的ＲＮＡは別々のものである
請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも２種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも２種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも３種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも３種の標的ＲＮＡのレベルの検出が敗血症の存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも５種の標的ＲＮＡが検出される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
（ｉ）配列番号１〜８６から選択される配列を有する核酸に特異的にはハイブリダイズしないか、または
（ｉｉ）配列番号１〜８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含まず、かつ
（ｉｉｉ）配列番号１９６〜３９９、５６５〜７０７、および８６３〜８９７から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含まない
少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルが検出される、請求項１０〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、ウイルス感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陰性細菌の感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（a）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（b）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌の感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌またはマイコバクテリアの感染によって引き起こされた敗血症の存在を示す、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌感染、ウイルス感染、または両方によって生じた非メチル化ＣｐＧ核酸の存在を示す、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号１、２、３、４、５、７、１０、１２、１６、１８、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３１、３２、３５、３６、３７、４１、４２、４３、４４、５３、５４、５５、６０、６１、６３、６５、６６、６８、７１、７７、８０、８１、８２、８３および８５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、ウイルス由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、８、１１、１３、１４、１５、１７、１９、２０、２１、２３、２７、２９、３０、３３、３４、３５、３８、３９、４５、４６、４７、４８、４９、５２、５６、５７、５８、５９、６０、６２、６３、６４、６５、６７、６９、７１、７３、７４、７６、７８、７９、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号６、１１、１３、１５、１７、１９、２０、２１、２７、２９、３３、３４、３５、３８、４５、４６、４７、４８、４９、５６、５８、６９、７１、７３、７６、８４および８６から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号２３、３０、３９、５２、５７、６０、６５、６７および７９から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌由来分子を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号８、１４、５９、６２、６３、６４、７４および７８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、グラム陽性細菌由来分子、マイコバクテリア由来分子、または両方を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、
（ａ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列に特異的にハイブリダイズすることが可能であるか、または
（ｂ）配列番号９、５０、５１、７０、７２および７５から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドに相補的な配列を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも１種の標的ＲＮＡの正常レベルよりも大きい少なくとも１種の標的ＲＮＡのレベルの検出が、細菌感染、ウイルス感染、または両方によって生じる非メチル化ＣｐＧ核酸を認識する少なくとも１種のｔｏｌｌ様受容体の刺激を示す、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、配列番号２２６〜２８９、５６５〜６０４、および８６３〜８６８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、配列番号２３１、２３６、２３７、２４２、２４５、２５３、２６０、２６１、２６２、２６３、２６６、２６９、２７５、２８７、３０３、３４２、３５２、５６６、５６７、５６８、５７１、５７０、５７３、５７４、５７５、５７７、５７９、５８０、５８１、５８８、５９１、５９８、６０１、６０８、６１２、６１３、６２４、６２６、６２９、６３２、６３５、６３７、６４１、６４２、６４４、および６４８から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
少なくとも１種の標的ＲＮＡが、配列番号２３１、２３６、２４２、２６０、２６１、２６６、２８７、５６６、５６７、５６８、５７１、５７０、５７４、５８０、５８１、５８８、５９８、６０１、６０８、６２４、６２６、６２９、および６３２から選択される配列の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記対象由来の試料が血液試料である、前述の請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記試料が単球である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
第１の領域を含む合成ポリヌクレオチドであって、前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列を含む、合成ポリヌクレオチド。
【請求項４９】
前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列を含む、請求項４８に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５０】
前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列を含む、請求項４８に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５１】
前記第１の領域が、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つの少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列を含む、請求項４８に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５２】
前記ポリヌクレオチドが検出可能な標識を含む、請求項４８〜５１のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５３】
前記検出可能な標識がＦＲＥＴ標識である、請求項５２に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５４】
前記第１の領域が、標的ＲＮＡの領域と同一または相補的である、請求項４８〜５３のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５５】
前記ポリヌクレオチドが、前記標的ＲＮＡの領域と同一または相補的でない第２の領域をさらに含む、請求項５４に記載の合成ポリヌクレオチド。
【請求項５６】
少なくとも１種のポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも８個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含む、複数の合成ポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項５７】
前記複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも２種のポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも９個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含み、かつ前記少なくとも２種のポリヌクレオチドの第１の領域が別々のものである、請求項５６に記載の組成物。
【請求項５８】
前記複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも３種の合成ポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含み、かつ前記少なくとも３種のポリヌクレオチドの第１の領域が別々のものである、請求項５６に記載の組成物。
【請求項５９】
前記複数の合成ポリヌクレオチドの少なくとも５種の合成ポリヌクレオチドが、配列番号１〜６７および２１５〜３９９のうちの１つまたは複数の少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列と同一または相補的な少なくとも１２個の連続するヌクレオチドの配列を含む第１の領域を含み、かつ前記少なくとも５種のポリヌクレオチドの第１の領域が別々のものである、請求項５６に記載の組成物。
【請求項６０】
請求項４８〜５５のいずれか一項に記載の合成ポリヌクレオチドを含むキット。
【請求項６１】
請求項５６〜５９のいずれか一項に記載の組成物を含むキット。
【請求項６２】
前記キットが、少なくとも１種のポリメラーゼをさらに含む、請求項６０または請求項６１に記載のキット。
【請求項６３】
前記キットがｄＮＴＰをさらに含む、請求項６０〜６２のいずれか一項に記載のキット。
【図１】
【公表番号】特表２０１２−５１６６８８（Ｐ２０１２−５１６６８８Ａ）
【公表日】平成２４年７月２６日（２０１２．７．２６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５４８４００（Ｐ２０１１−５４８４００）
【出願日】平成２２年２月２日（２０１０．２．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２２８８５
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０８８６６８
【国際公開日】平成２２年８月５日（２０１０．８．５）
【出願人】（５０４０１９９２８）
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年７月２６日（２０１２．７．２６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年２月２日（２０１０．２．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２２８８５
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０８８６６８
【国際公開日】平成２２年８月５日（２０１０．８．５）
【出願人】（５０４０１９９２８）
【Ｆターム（参考）】
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