説明

核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置

本発明は、多数の微量試料を、重合酵素連鎖反応のような核酸増幅反応を行いつつ、反応中に生成される反応産物の生成を実時間でモニタリングするための核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置に関する。具体的に、本発明は、励起光と蛍光の干渉を効率的に分離するために、偏光子(Polarizer)、偏光ビーム分割器(Polarizing Beam Splitter)、偏光変換器(Polarization Converting System)などを含む生化学反応の実時間モニタリング装置に関する。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置に関し、より詳細には、多数の微量試料を、重合酵素(ポリメラーゼ)連鎖反応((Polymerase Chain Reaction, PCR)のような核酸増幅反応を行いつつ、反応中に生成される反応産物の生成を実時間でモニタリングするための核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置に関する。
【背景技術】
【0002】
近来、重合酵素連鎖反応を行いつつ、反応産物を実時間でモニタリングできる実時間重合酵素連鎖反応(real-time PCR)方法が開発された。この方法は、ゲル上における電気泳動が必要なく、反応サイクルの途中に増幅産物を確認することができ、定量的な結果を得ることができる利点がある方法である。このような実時間PCRのために使用される装置は、PCR反応のための温度循環装置(thermal cycler)と反応物の実時間検出のための蛍光分析器(fluorometer)とを合体した機器である。
【0003】
通常実時間PCRのモニタリングは、蛍光試薬を利用した蛍光検出が使用されるが、代表的には以下の方法が挙げられる。
【0004】
1)Interchelating法であって、二本鎖DNAに結合して蛍光を示す試薬(Interchelator; 例えば、SYBR Green I, EtBrなど)を反応系に添加して、増幅と共に発色する蛍光を検出する方法であって、重合酵素反応で合成された二本鎖DNAにinterchelatorが結合すると、蛍光を表すが、この蛍光強度を検出して、定量だけではなく、増幅DNAの融解温度を測定することができる。
【0005】
2)TaqMan(登録商標)probe法であって、5'末端を蛍光物質(FAMなど)で、3'末端をquencher物質(TAMRAなど)で修飾したオリゴヌクレオチドを添加する。アニーリング条件下でTaqManTM probe鋳型DNAと特異的に混成化するが、蛍光は、quencherにより抑制されている。拡張反応時、Taq DNA重合酵素が有した5'-> 3' エキソヌクレアーゼ(exonuclease)活性により鋳型が分解されて、captureによる抑制が解消されて表れる蛍光を検出する方法である。
【0006】
3)Molecular Beacon法であって、両末端を蛍光物質(FAM, TAMRAなど)とquencher物質(DABCYLなど)で修飾したヘアーピン状2次構造を形成するオリゴヌクレオチド(Molecular Beacon probe)を反応に添加する。Molecular Beacon probeは、アニーリング条件下で鋳型と相補的な領域に特異的に混成化する。この際、蛍光物質とquencher物質との距離が離れて、quencher物質による抑制が解消されて表れる蛍光を検出する方法である。また、混成化しなかったMolecular Beacon probeは、2次構造を有しており、quencher物質により抑制されて蛍光を表さない。
【0007】
従来の実時間(real-time)PCRのための装置は、図1に示したように、熱電素子(1c)、試料が入っている反応チューブ(2a)に熱を伝達するためのブロック1と、反応チューブ内部の試料に光を照射するための照射光源11、そして試料から発光される蛍光を受光するための受光部78から構成されている(米国登録特許第6,818,437号)。前記技術の作動原理は、チューブ内の核酸試料溶液を反応させるために、熱電素子1cを利用して冷却または加熱サイクルを反復的に行いながら、各サイクルが終わる度に照射光源11と受光部78を作動して、試料から発光する蛍光量を測定し、反応の程度を実時間で表示するようにする。照射光源11は、白色光源であって、使用する蛍光プローブに合う波長の励起光を発生させるためにバンドパスフィルター(band pass filter)7を使用する。ダイクロイックビームスプリッター(dichroic beam splitter)6は、励起光と蛍光を分離するための素子であって、図1の場合、特定波長より低い波長は反射をして、高い波長に対しては通過させる特性を有している。もう一つのバンドパスフィルター8は、試料から出た蛍光のみを選択的に受光素子78に伝達するためのフィルターである。その他、励起光を平行にするためにフレネルレンズ(Fresnel lens)3が使用された。
【0008】
近来に入って様々な色の蛍光プローブを同時に使用する実時間PCR実験が導入されている。しかしながら、従来技術の場合、使用される蛍光プローブの波長が異なる場合、ダイクロイックビームスプリッター(dichroic beam splitter)6を、蛍光プローブによってそれぞれ異なるものを使用しなければならない。したがって、従来技術の場合は、バンドパスフィルター7,8とダイクロイックビームスプリッター(dichroic beam splitter)6が一つのモジュール形態から構成され、蛍光プローブに合わせて同時に変わりつつデータを獲得した。この場合、例えば、5種類のバンドパスフィルターを使用する場合、そのバンドパスフィルターに合わせて5種類のダイクロイックビームスプリッターを使用しなければならない。
【0009】
また、従来の技術に使用したダイクロイックビームスプリッターの場合、普通、励起光が、試料から出る蛍光に比べて約10倍程度明るくて、励起光と蛍光を完全に分離できない問題点があり、励起光の光路上にある光学部品による励起光の反射(reflection)光が受光部に入射されて、試料から発生する蛍光と干渉を起こすようになる。
【0010】
励起光の反射が起こる要素としては、
1)励起光を平行にするために使用されるフレネルレンズ(Fresnel lens)3と、2)反応チューブ2a内の試料の蒸発を防ぐために使用される蓋2bまたは透明テープと、3)反応チューブ2a自体から生じる要素がある。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0011】
本発明は、上記の問題点を解決するために提案されたもので、光の偏光(polarizing)特性を利用し、励起光と蛍光にそれぞれ異なる方向の偏光成分を持たせて、従来技術で励起光と蛍光を分離するために使用されたダイクロイックビームスプリッターを使用することなく、励起光と蛍光とを波長に関係なく効果的に分離して、励起光の反射光が受光部に入射されることを除去することを目的としている。
【課題を解決するための手段】
【0012】
上記の目的を達成するために、本発明による核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置は、核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置において、光源100から励起された励起光を偏光させる偏光変換器102と、前記偏光変換器102から変換された偏光を集光する集光レンズ103と、前記集光レンズ103により集光された偏光を均一な面光源に変換して伝達する光導波管104と、前記光導波管104から伝達された面光源の偏光であって、蛍光プローブの励起特性に整合した特定波長を有する偏光のみを通過させる第1バンドパスフィルター105と、前記第1バンドパスフィルター105を通過した特定波長の偏光された光を偏光特性に合わせて分離する偏光ビーム分割器108と、前記偏光ビーム分割器108から特定方向に分離された偏光された励起光を試料に伝達して、試料から発生した蛍光を反射して偏光ビーム分割器108に伝達する表面鏡109と、前記表面鏡109により反射された蛍光が前記偏光ビーム分割器108に伝達されて、励起光と異なる方向の偏光成分のみが反射されて受光部113に伝達されて、前記偏光変換器102により変換された偏光と同じ成分を有するように偏光させる第1偏光子111と、試料から発生する蛍光を受光する受光部113とを含んでなることを特徴とする。
【0013】
さらに、本発明は、偏光された励起光が反射されて受光部に入射されることを防止するために、前記偏光変換器102及び第1偏光子111と反対成分を有するように偏光させる第2偏光子107をさらに含んでなることを特徴とする。
【0014】
また、本発明は、前記第1偏光子111を通過した、偏光された励起光により発生する蛍光を、蛍光プローブの蛍光特性に合わせて特定波長の光を通過させる第2バンドパスフィルター112をさらに含んでなることを特徴とする。
【0015】
また、本発明は、前記光源100と前記偏光変換器102との間に備えられて、紫外線及び赤外線を遮断する紫外線及び赤外線遮断フィルター101をさらに含んでなることを特徴とする。
【0016】
さらに、本発明は、前記試料が収容される試料容器がさらに備えられたことを特徴とする。
【0017】
前記試料容器は、チューブまたは1〜1536個のウェルを備えたウェルプレート(well plate)、ペトリディッシュ(Petri dish;細菌培養皿)、スライド(slide)、フィルター(filter)、テラサキプレート(Terasaki plate)、PCRプレート(PCR plate)から選択されるいずれか一つからなることが好ましい。
【図面の簡単な説明】
【0018】
【図1】従来技術の核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置を示した図である。
【図2】本発明の核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置を示した斜視図である。
【図3】光の偏光特性を示す図である。
【図4】偏光ビーム分割器(Polarizing Beam Splitter)の偏光特性を示した図である。
【図5】非偏光光学系を使用した場合、受光部で反応チューブ(プレート)を撮影した写真である。
【図6】本発明の光学系を使用した場合、受光部で反応チューブ(プレート)を撮影した写真である。
【発明を実施するための形態】
【0019】
上記のように構成される本発明による核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置の好ましい実施例を、添付の図面を参照して詳細に説明する。
【0020】
本発明は、光の偏光性質を利用し、励起光と試料から出る蛍光とを効果的に分離するための装置を提供する。
【0021】
図2は、本発明の核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置を示した斜視図であり、図3は、光の偏光特性を示す図であり、図4は、偏光ビーム分割器(Polarizing Beam Splitter)の偏光特性を示した図であって、図5は、非偏光光学系を使用した場合、受光部で反応チューブ(プレート)を撮影した写真であり、図6は、本発明の光学系を使用した場合、受光部で反応チューブ(プレート)を撮影した写真である。
【0022】
図示されたように、本発明による核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置は、光源100から励起された励起光を偏光させる偏光変換器102と、前記偏光変換器102から変換された偏光を集光する集光レンズ103と、前記集光レンズ103により集光された偏光を均一な面光源に変換して伝達する光導波管104と、前記光導波管104から伝達された偏光を通過させる第1バンドパスフィルター105と、前記第1バンドパスフィルター105を通過した偏光を分離する偏光ビーム分割器108と、前記偏光ビーム分割器108から分離された特定方向のみの偏光を試料に伝達して、試料から発生した蛍光を反射させる表面鏡109と、前記表面鏡109により反射された蛍光を偏光させる第2偏光子107と、前記第2偏光子107から伝達された、偏光された蛍光であって、前記蛍光プローブの発光特性に整合した特定波長を有する蛍光のみを通過させる第2バンドパスフィルター112と、前記第2バンドパスフィルター112を通過した蛍光を受光する受光部113とから構成される。
【0023】
本発明による実時間PCRのモニタリングは、本出願人が出願して公開された特許公開公報第2006−0009246号(発明の名称:生化学的反応の実時間モニタリング装置)に開示された蛍光試薬を利用した蛍光検出を利用する。
【0024】
前記光源100は、従来一般に使用するタングステンハロゲンランプ、ゼノン放電ランプなどの白色光源とレーザーなどの単色光源が光源として使用でき、特定レーザーの場合、自体的に偏光された光を放出する製品もある。
【0025】
励起光を発生させる光源100から放出された光は、平行光の性質を有して、非偏光特性を有する。この光は、図2のように、S波とP波成分を両方とも有している。即ち、進行する方向に対して互いに垂直であるS波とP波から構成される。
【0026】
また、光源100から放出された光は、可視光線の領域だけではなく、普段紫外線と赤外線の成分も有している。したがって、光学系で要らない領域である紫外線と赤外線の成分を除去するために、紫外線及び赤外線遮断フィルター101を設けて、紫外線と赤外線の成分を除去することが好ましい。
【0027】
前記偏光変換器(Polarizing converting system)は、励起光を、特定な方向の極性のみを有するように変換させる役割をする。即ち、入射された非偏光ビームを一種類の極性を有するように変換させる役割をする。前記偏光変換器102を使用する理由は、光がS波とP波とから構成されるが、一方の極性のみを得るために他の極性を除去すると、全体光量が50%以下に減るため、除去すべき極性の偏光成分を使用目的の偏光成分に変換して、光の使用効率を高めることができる利点があるからである。
【0028】
前記集光レンズ103は、前記偏光変換器102から変換された偏光を集光し、大きさの小さい光導波管(Light tunnel)104に変換された偏光を入射させる役割をする。
【0029】
前記光導波管104は、国際特許公開番号WO 2004/088291号に開示されたように、均一な面光源を作るための手段として使用される。
【0030】
前記第1バンドパスフィルター105は、前記光導波管104から伝達された偏光された励起光を、蛍光プローブの励起特性に合わせて特定波長の偏光された励起光のみを通過させる役割をする。
【0031】
本発明は、従来技術の場合、様々な種類の蛍光プローブを使用する場合、各蛍光プローブによってそれぞれ異なる種類のバンドパスフィルターを使用しなければならないが、さらに、これによってそれぞれ異なる種類のダイクロイックビームスプリッター(図1の符号6参照)を使用しなければならない問題点(例えば、バンドパスフィルターが5セットあれば、ダイクロイックビームスプリッターも5個が必要である)を改善して、ダイクロイックビームスプリッターを使用せずに蛍光と励起光を分離することができるようになる。
【0032】
前記偏光ビーム分割器108は、偏光されなかった光が入射されると、一つの偏光成分を有する光と、その他の偏光成分を有する光とを互いに90度になるように分離する特性を有した光学部品である。即ち、偏光されなかった励起光は、図2において、A方向に分離される。
【0033】
前記偏光ビーム分割器108は、前記第1バンドパスフィルター105を通過した特定波長の励起光をそれぞれの偏光成分に分離する役割をする。
【0034】
前記偏光ビーム分割器108により分離された偏光は、表面鏡109に伝達されて、その他の偏光は、受光部113の反対方向、即ち、A方向に分離される。
【0035】
本発明では、説明のために、偏光変換器102が非偏光ビームをS波に変換すると仮定する。無論、P波に変換しても、その状況に合わせて偏光子と偏光ビーム分割器の角度のみを調節すれば、同一な効果を得ることができる。
【0036】
したがって、前記偏光ビーム分割器108を通じて、励起光成分の中、S波は通過されて、少量のP波は90度反射されてA方向に入射されて、前記偏光ビーム分割器108を通過したS波成分の励起光のみが表面鏡(Surface Mirror)109を通じて試料に伝達される。
【0037】
この際、前記試料が収容される試料容器がさらに備えられることが好ましい。
【0038】
前記試料容器は、チューブまたは1〜1536個のウェルを備えたウェルプレート(well plate)、ペトリディッシュ(Petri dish;細菌培養皿)、スライド(slide)、フィルター(filter)、テラサキプレート(Terasaki plate)、PCRプレート(PCR plate)から選択されるいずれか一つからなることが好ましく、試料を収容して測定できる試料容器であれば、いずれも使用可能である。
【0039】
さらに、前記第1バンドパスフィルター105と前記偏光ビーム分割器108との間に試料が収容された試料容器の大きさに合わせて均一な面光源に広げる役割をする結像レンズ106が備えられることが好ましい。前記結像レンズ106は、蛍光を検出しようとする試料が入っているチューブ(プレート)に励起光が到達した時、励起光の強度が均一になるように励起光を広げる役割をする。
【0040】
前記表面鏡109は、前記偏光ビーム分割器108から分割された偏光を試料に伝達して、試料から発生した蛍光を反射させて偏光ビーム分割器108に伝達する役割をするもので、前記表面鏡109は、ただ光の光路を変換させる役割をする。
【0041】
フレネルレンズ110は、前記表面鏡109により反射された励起光を、試料の入っているチューブによく到達するように平行光にするために使用される。このように入射された励起光は、蛍光プローブを励起させて蛍光を発するようになる。試料から発生した蛍光は、再びフレネルレンズ、偏光ビーム分割器を通じて受光部に入射される。
【0042】
前記第1偏光子111は、前記偏光変換器102により偏光された励起光が光学部品(集光レンズ103、光導波管104、結像レンズ106など)を通過する時、偏光特性が乱れる可能性があるため、偏光ビーム分割器108に励起光を入射させる前に、要らない方向の偏光成分を最大限除去するための役割をする。即ち、偏光されたS波成分の励起光が光路を経つつ、偏光が乱れて生じえる少量のP波成分を除去するための役割をする。
【0043】
試料から発生した蛍光の場合も、非偏光の特性を有して、S波とP波成分を両方とも有している。このような特性の蛍光が図4のように偏光ビーム分割器108に入射されると、P波は反射されて受光部113に入って、S波は偏光ビーム分割器108を通過して励起光源側に入射される。第2偏光子107は、第1偏光子111と同じ種類であるが、方向を90度回転させて、今度はP波のみが通過するように設けた。したがって、第2偏光子107は、偏光ビーム分割器108で完全に分離できなかったS波成分の光を除去する役割をする。
【0044】
ここで、励起光が光路上で反射を起こして受光部113側に入射するとしても、S波特性を有するため、偏光ビーム分割器108を通じて再び励起光源側に入射されて、さらに第2偏光子107により遮断されるため、受光部113には入射できない特性を有する。
【0045】
前記表面鏡109で反射された蛍光は、前記偏光ビーム分割器108に伝達されて、前記第1偏光子111及び前記偏光変換器102により変換された偏光と反対成分を有するようにして、即ち、励起光と蛍光にそれぞれ異なる極性を持たせて、励起光の干渉が蛍光に影響を与えられないようにすることにより、蛍光を効果的に分離することができるようになる。
【0046】
このように、本発明は、励起光に対して一つの偏光成分を有するようにして、試料から出る蛍光を収集する受光部では、一つの偏光成分を除去して、その他の偏光成分のみを通過させて受光センサーに伝達すると、励起光を効果的に除去することができるようになる。
【0047】
前記第2バンドパスフィルター112は、前記第2偏光子107から伝達された偏光された蛍光であって、前記蛍光プローブの発光特性に整合した特定波長を有する蛍光を通過させる役割をする。
【0048】
前記受光部113は、前記第2バンドパスフィルター112を通過した蛍光を受光する役割をして、蛍光プローブ(図示せず)が備えられ、試料から出る蛍光を収集するようになる。前記受光部113に備えられた受光レンズ114は、試料から発生した蛍光をイメージセンサーに像が結ばれるようにする役割をする。
【0049】
さらに、本発明は、前記偏光変換器102により変換されなかった励起光を偏光させる第1偏光子111をさらに備えることが好ましい。前記第1偏光子111は、偏光された光が光学部品などを経つつ偏光特性が崩れる可能性があるため、偏光ビーム分割器108のビーム分離効率を高めるために、偏光ビーム分割器108を通過させる前に使用されるフリー偏光子であって、偏光特性を生かせる役割をする。
【0050】
また、本発明は、前記光源100と前記偏光変換器102との間に備えられ、紫外線及び赤外線を遮断する紫外線及び赤外線遮断フィルター101をさらに含んでなることを特徴とする。
【0051】
本発明は、光の偏光特性を利用し、励起光が、光路上の特定光学部品あるいは試料の蒸発を防ぐために使用された蓋(図1の符号2b参照)または透明テープと反応チューブ(図1の符号2a参照)などにより反射されて受光部に入射することを防止するために、励起光と蛍光にそれぞれ異なる偏光特性を持たせて、励起光による蛍光の干渉を最小化することを特徴とする。反射された偏光光の場合もやはり同じ偏光特性を有するため、本発明では励起光と蛍光を効率的に分離することができる。
【0052】
図5は、非偏光の励起光源と非偏光の蛍光を利用した光学系において、受光部で反応チューブ(プレート)を撮影した写真である。この写真の場合、中央の左右側は、蛍光プローブを含んだウェル(well)であり、中央の多数のウェル(well)にかけて明るく見えるのが反射光によるものである。
【0053】
図6の場合は、本発明のように偏光された励起光源と偏光された蛍光を受光部で撮影したイメージである。図から分かるように、中央の下端部分の反射光が完全に消えている。
【産業上の利用可能性】
【0054】
以上説明したように、本発明による核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置は、従来の実時間(real-time)PCR装置の場合、励起光が、光路上に位置した光学部品(例えば、フレネルレンズあるいはガラスヒーターなど)と試料の蒸発を防ぐために使用された蓋または透明テープと反応チューブなどにより反射されて受光部に入射され、試料から発生される蛍光のみを収集することができない問題点がある。大量の試料を処理する場合、試料の容量が減って、試料から発生する蛍光の量も少なくなり、さらに問題となる。
【0055】
励起光による干渉の問題点を改善して、本発明では、光の偏光特性を利用し、励起光と蛍光にそれぞれ異なる極性を持たせて、励起光の干渉が蛍光に影響を与えられないようにする利点を有している。また、本発明は、従来のようにダイクロイックビームスプリッターを使用することなく、バンドパスフィルターの波長及び数に係らず蛍光と励起光を分離するために、ただ一つの偏光ビーム分割器(Polarizing Beam Splitter)のみを使用して蛍光を受光することができるため、多数のダイクロイックビームスプリッターを設ける必要がなく、入れ替え作業が要らないと共に、波長別にダイクロイックビームスプリッターをセッティングする機具物が不要であって、非常に経済的な利点がある。
【符号の説明】
【0056】
100 光源
101 紫外線及び赤外線遮断フィルター
102 偏光変換器(Polarizing converting system)
103 集光レンズ
104 光導波管(Light tunnel)
105 第1バンドパスフィルター
106 結像レンズ
107 第2偏光子(Polarizer)
108 偏光ビーム分割器(Polarizing Beam Splitter)
109 表面鏡(Surface Mirror)
110 フレネルレンズ(Fresnel lens)
111 第1偏光子(Polarizer)
112 第2バンドパスフィルター
113 受光部
114 受光レンズ

【特許請求の範囲】
【請求項1】
核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置であって、
光源100から発生する励起光を集光する集光レンズ103と、
前記集光レンズ103により集光された励起光を均一な面光源に変換して伝達する光導波管104と、
前記光導波管104から伝達された面光源の偏光であって、蛍光プローブの励起特性に整合した特定波長を有する偏光を通過させる第1バンドパスフィルター105と、
前記第1バンドパスフィルター105を通過した特定波長の励起光を偏光させる第1偏光子111と、
前記第1偏光子111を通過した特定波長の偏光を分離する偏光ビーム分割器108と、
前記偏光ビーム分割器108から分離された偏光を試料に伝達して、試料から発生した蛍光を反射して偏光ビーム分割器108に伝達する表面鏡109と、
前記表面鏡109により反射された蛍光を、前記偏光ビーム分割器108に伝達され前記第1偏光子111により変換された偏光と反対成分を有するように偏光させる第2偏光子107と、
前記第2偏光子107から伝達された、偏光された蛍光であって、前記蛍光プローブの発光特性に整合した特定波長を有する蛍光を通過させる第2バンドパスフィルター112と、
前記第2バンドパスフィルター112を通過した蛍光を受光する受光部113と、
を含んでなることを特徴とする、核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置。
【請求項2】
前記第1偏光子111により除去される偏光成分を有する励起光を、前記第1偏光子111を通過できる偏光成分を有する励起光に変換する偏光変換器102をさらに含んでなることを特徴とする、請求項1に記載の核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置。
【請求項3】
前記試料が収容される試料容器をさらに備えていることを特徴とする、請求項1または2に記載の核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置。
【請求項4】
前記試料容器は、チューブまたは1〜1536個のウェルを備えたウェルプレート(well plate)、ペトリディッシュ(Petri dish)、スライド(slide)、テラサキプレート(Terasaki plate)、PCRプレート(PCR plate)から選択されるいずれかからなることを特徴とする、請求項3に記載の核酸増幅反応産物の実時間モニタリング装置。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【公表番号】特表2010−530762(P2010−530762A)
【公表日】平成22年9月16日(2010.9.16)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−514605(P2010−514605)
【出願日】平成20年6月17日(2008.6.17)
【国際出願番号】PCT/KR2008/003408
【国際公開番号】WO2009/002034
【国際公開日】平成20年12月31日(2008.12.31)
【出願人】(502235773)バイオニア コーポレーション (14)
【Fターム(参考)】