インフルエンザワクチン、肺炎球菌ワクチン、および／またはＲＳＶワクチンが、免疫原性効力を保持しながら、組み合わせワクチンとして投与される。この組み合わせは、これらの２つの下気道感染に対する免疫化を単純化する。肺炎球菌ワクチンは、理想的には、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む。本発明はまた、インフルエンザウイルス免疫原と肺炎球菌免疫原とを混合する工程を含む、免疫原性組成物を調製するためのプロセスを提供する。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２００９年９月１０日に出願された米国仮出願６１／２４１，２６４、および２００９年９月１１日に出願された米国仮出願６１／２４１，４８５の利益を主張し、上記米国仮出願の両方の全容は、本明細書によって、全ての目的について、参考として本明細書に援用される。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、下気道および／または上気道疾患に対する免疫化の分野にある。
【背景技術】
【０００３】
（背景分野）
異なる呼吸器ワクチンを被験体に同時に共投与する、例えば、インフルエンザワクチンと同時に肺炎球菌ワクチンを投与することは知られている（例えば、特許文献１、非特許文献１〜３（参考文献１〜４））。２つ以上のワクチンが混合物として投与される組み合わせワクチンもまた知られており、例えば、特許文献２（参考文献５）は、肺炎球菌糖類（結合体型または非結合体型）をＲＳウイルス（ＲＳＶ）抗原と組み合わせ、さらに、インフルエンザウイルス抗原などのいくつかの他の抗原を加え得ることも推測した。特許文献３（参考文献６）は、ＲＳＶの融合（Ｆ）タンパク質、付着（Ｇ）タンパク質、およびマトリックス（Ｍ）タンパク質のインフルエンザワクチンとの組み合わせを開示している。非特許文献４（参考文献７）は、プラスミドを投与することに基づいた、インフルエンザＡウイルスおよびＲＳＶに対する組み合わせワクチンを開示している。
【０００４】
下気道および／または上気道疾患に対する免疫化を単純化することが本発明の目的である。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】米国特許出願公開第２００９／０２０８５２３号明細書
【特許文献２】国際公開第００／６２８０１号
【特許文献３】国際公開第００／３５４８１号
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｈｉｌｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｒｅｖ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ． （１９８１） ３ Ｓｕｐｐｌ：Ｓ３１−４２．
【非特許文献２】ＭｃＣｕｅ， Ｊ Ｆａｍ Ｐｒａｃｔ． （１９８１） １３（２）：１７５−７．
【非特許文献３】Ｈｏｎｋａｎｅｎ， Ａｒｃｈ Ｉｎｔｅｒｎ Ｍｅｄ． （１９９６） １５６（２）：２０５−８．
【非特許文献４】Ｔａｌａａｔ ｅｔ ａｌ．， Ｖａｃｃｉｎｅ （２００１） ２０：５３８−４４．
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（発明の開示）
参考文献１〜４（および様々な他の文献）は、別々のインフルエンザワクチンおよび肺炎球菌ワクチンを共投与しているが、本発明者らは、そのようなワクチンを、免疫原性効力を保持しながら、組み合わせワクチンとして投与することができることを見出した。参考文献５はＲＳＶ抗原を含んだが、本発明者らは、必ずしもＲＳＶ成分を含まずに、インフルエンザワクチンおよび肺炎球菌ワクチンの組み合わせを提供する。さらに、参考文献５とは対照的に、本発明者らは、肺炎球菌糖類抗原だけに頼るのではなく、肺炎球菌タンパク質抗原を含むことを選ぶ。また、肺炎球菌免疫原（タンパク質成分および／または糖類成分を含む）の含有によって、参考文献６および７のワクチンを向上させることができる。これらの知見は、これらの異なる下気道感染に対する免疫化が単純化され、かつ向上され得ることを意味する。
【０００８】
インフルエンザワクチンと肺炎球菌ワクチンとを組み合わせることはありふれたことではない。現在の肺炎球菌ワクチン（例えば、ＰＲＥＶＮＡＲ^ＴＭ製品およびＳＹＮＦＬＯＲＩＸ^ＴＭ製品）は、固定化された組成を有し、１年のうちのいつでも投与されるが、インフルエンザワクチンの組成はシーズンごとに異なり、そのワクチンは冬の初めに投与される。したがって、その２つのワクチンは直感的には両立しないものであるが、本発明者らはその組み合わせが実行可能であることを示している。
【０００９】
このように、本発明は、インフルエンザウイルス免疫原および肺炎球菌免疫原を含む免疫原性組成物を提供する。これらの組成物は、インフルエンザウイルスおよび肺炎球菌の両方に対する免疫化に適している。肺炎球菌免疫原は、典型的には、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む。組成物は、ＲＳＶ免疫原を含んでもよいが、いくつかの実施形態において、組成物はＲＳＶ免疫原を含まない。
【００１０】
本発明はまた、（ｉ）少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む肺炎球菌免疫原、ならびに（ｉｉ）インフルエンザウイルス免疫原および／またはＲＳＶ免疫原を含む免疫原性組成物を提供する。いくつかの実施形態において、組成物はＲＳＶ免疫原を含まず、いくつかの実施形態においては、組成物はインフルエンザウイルス免疫原を含まないが、いくつかの実施形態においては、ＲＳＶ免疫原およびインフルエンザウイルス免疫原の両方を含む。
【００１１】
本発明はまた、インフルエンザウイルス免疫原と肺炎球菌免疫原とを混合する工程を含む、免疫原性組成物を調製するためのプロセスを提供する。肺炎球菌免疫原は、典型的には、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む。免疫原性組成物は、ＲＳＶ免疫原を含まない組成物であり得る。
【００１２】
本発明はまた、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む肺炎球菌免疫原を、ＲＳＶ免疫原およびインフルエンザウイルス免疫原の１つまたは両方と混合する工程を含む、免疫原性組成物を調製するためのプロセスを提供する。組成物が、肺炎球菌免疫原、ＲＳＶ免疫原、およびインフルエンザウイルス免疫原の３つ全てを含む場合、これらの成分を任意の順序で混合してもよい。
【００１３】
本発明のこれらのプロセスは、０．５ｍｌの単位用量容積を有する組成物を提供することができる。
【００１４】
本発明の組成物はまた、追加としてＢ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ；ＧＢＳ）に対して免疫化するのにも適するようにすることができる。したがって、いくつかの実施形態において、組成物はまた、ＧＢＳ免疫原を含み、例えば、（ＲＳＶ免疫原を含むか、または含まない）インフルエンザ免疫原、肺炎球菌免疫原、およびＧＢＳ免疫原の組み合わせである。本発明のプロセスは、ＧＢＳ免疫原を、（ｉ）インフルエンザウイルス免疫原、（ｉｉ）肺炎球菌免疫原、（ｉｉｉ）ＲＳＶ免疫原、ならびに／または（ｉｖ）インフルエンザウイルス免疫原、肺炎球菌免疫原、およびＲＳＶ免疫原の任意の１つ、２つもしくは３つの混合物と混合する工程を含んでもよい。
【００１５】
（インフルエンザウイルス免疫原）
インフルエンザウイルス免疫原は、様々な形をとることができる。インフルエンザワクチンは、一般的に、生のウイルスまたは不活性化ウイルスのいずれかに基づいており、本発明は、好ましくは、インフルエンザ免疫原として不活性化ウイルスを用いる。不活性化ウイルス免疫原は、ビリオン全体、「スプリット」ビリオンに基づいてもよいし、精製された表面抗原（赤血球凝集素を含み、通常、ノイラミニダーゼも含む）に基づいてもよい。本発明と共に用いることができる別の型のインフルエンザウイルス免疫原は、ビロソームである。本発明はまた、インフルエンザウイルス免疫原として組換え赤血球凝集素および／またはノイラミニダーゼ糖タンパク質（複数可）を用いてもよい。さらに有用な型のインフルエンザウイルス免疫原は、Ｍ２マトリックスタンパク質である。生の弱毒化ワクチンは、本発明と共に用いることができるが、典型的には、生の弱毒化ＲＳＶワクチンと組み合わせてのみ、用いられる。
【００１６】
不活性化ウイルス免疫原の調製について、ウイルスを不活性化するための化学的手段には、有効量の以下の作用物質の１つまたは複数での処理が挙げられる：界面活性剤、ホルムアルデヒド、β−プロピオラクトン、メチレンブルー、ソラレン、カルボキシフラーレン（Ｃ６０）、バイナリーエチルアミン、アセチルエチレンイミン、またはそれらの組み合わせ。ウイルス不活性化の非化学的方法は、当技術分野において知られており、例えば、ＵＶ光またはγ線照射などがある。
【００１７】
ビリオンは、様々な方法によってウイルス含有液から収集することができる。例えば、精製プロセスは、ビリオンを破壊するための界面活性剤を含む直線的スクロース勾配溶液を用いるゾーン遠心分離法を含み得る。その後、抗原は、任意の希釈後、ダイアフィルトレーションによって精製することができる。
【００１８】
スプリットビリオンは、精製ビリオンを界面活性剤で処理して、サブビリオン調製物を生じることによって得られる（例えば、「Ｔｗｅｅｎ−エーテル」スプリッティングプロセス）。インフルエンザウイルスをスプリッティングする方法は、当技術分野においてよく知られており、例えば、参考文献８〜１３などを参照されたい。ウイルスのスプリッティングは、典型的には、ウイルス全体を、感染性か非感染性かにかかわらず、破壊濃度のスプリッティング剤で破壊または断片化することによって行われる。破壊によってウイルスタンパク質の完全または部分的可溶化が生じ、ウイルスの完全性が変化する。好ましいスプリッティング剤は、非イオン性およびイオン性（例えば、陽イオン性）サーファクタント、例えば、エチルエーテル、デオキシコレート、リン酸トリ−Ｎ−ブチル、Ｔｅｒｇｉｔｏｌ ＮＰ９、アルキルグリコシド、アルキルチオグリコシド、アシル糖、スルホベタイン、ベタイン、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、Ｎ，Ｎ−ジアルキル−グルカミド、Ｈｅｃａｍｅｇ、アルキルフェノキシ−ポリエトキシエタノール、第四級アンモニウム化合物、サルコシル、ＣＴＡＢ（臭化セチルトリメチルアンモニウム、例えば、Ｃｅｔａｖｌｏｎ）、リン酸トリ−Ｎ−ブチル、ミリスチルトリメチルアンモニウム塩、リポフェクチン、リポフェクタミン、およびＤＯＴＭＡ、オクチルフェノキシポリオキシエタノールまたはノニルフェノキシポリオキシエタノール（例えば、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００またはＴｒｉｔｏｎ Ｎ１０１などのＴｒｉｔｏｎサーファクタント）、ポリオキシエチレンソルビタンエステル（Ｔｗｅｅｎサーファクタント、例えば、ポリソルベート８０）、ポリオキシエチレンエーテル、ポリオキシエチレンエステルなどである。１つの有用なスプリッティング手順は、デオキシコール酸ナトリウムおよびホルムアルデヒドの連続効果を用い、スプリッティングは、最初のビリオン精製中に（例えば、スクロース密度勾配溶液中で）起こり得る。したがって、スプリッティングプロセスは、（非ビリオン材料を除去するための）ビリオン含有材料の清澄、（例えば、ＣａＨＰＯ_４吸着などの吸着方法を用いる）収集されたビリオンの濃縮、ビリオン全体の非ビリオン材料からの分離、（例えば、デオキシコール酸ナトリウムなどのスプリッティング剤を含むスクロース勾配を用いる）密度勾配遠心分離工程におけるスプリッティング剤を用いるビリオンのスプリッティング、およびその後の望ましくない材料を除去するための濾過（例えば、限外濾過）を含むことができる。スプリットビリオンは、有用には、リン酸ナトリウム緩衝等張塩化ナトリウム溶液中に再懸濁することができる。ＢＥＧＲＩＶＡＣ^ＴＭ製品、ＦＬＵＡＲＩＸ^ＴＭ製品、ＦＬＵＺＯＮＥ^ＴＭ製品、およびＦＬＵＳＨＩＥＬＤ^ＴＭ製品は、スプリットワクチンである。
【００１９】
精製された表面抗原は、インフルエンザ表面抗原の赤血球凝集素を含み、典型的にはノイラミニダーゼも含む。それらは、これらの糖タンパク質をインフルエンザビリオンから精製することによって得られる。これらのタンパク質を精製された形で調製するためのプロセスは当技術分野においてよく知られている。ＦＬＵＶＩＲＩＮ^ＴＭ製品、ＡＧＲＩＰＰＡＬ^ＴＭ製品、およびＩＮＦＬＵＶＡＣ^ＴＭ製品は、サブユニットワクチンである。
【００２０】
別の有用なインフルエンザ抗原は、ＩＮＦＬＥＸＡＬ Ｖ^ＴＭ製品およびＩＮＶＡＶＡＣ^ＴＭ製品中にあるような、ビロソーム［１４］（すなわち、核酸を含まないウイルス様リポソーム粒子）である。ビロソームは、インフルエンザウイルスの界面活性剤での可溶化、続いて、ヌクレオカプシドの除去、そしてウイルス糖タンパク質を含む膜の再構成によって調製することができる。ビロソームを調製するための代替方法は、ウイルス膜糖タンパク質を過剰量のリン脂質に加えて、膜中にウイルスタンパク質を有するリポソームを生成することを含む。
【００２１】
インフルエンザビリオン由来の材料からインフルエンザワクチンを作製することの代わりの方法として、異種性組換え宿主内にタンパク質を発現させることも知られている。例えば、ＨＡは、バキュロウイルスベクターを用いて昆虫細胞系に発現することができ［１５、１６］、ノイラミニダーゼも同様にできる［１７］。精製された組換え赤血球凝集素および／またはノイラミニダーゼ糖タンパク質（複数可）は、本発明で免疫原として用いることができる。これらの組換え抗原は完全長であってもよいし、例えば、ＨＡ外部ドメインを含む、完全長タンパク質由来のエピトープを含んでもよい。
【００２２】
さらに有用な型のインフルエンザウイルス免疫原は、Ｍ２マトリックスタンパク質である。インフルエンザに対して免疫化するためにＭ２外部ドメイン（Ｍ２ｅ；２０〜２５アミノ酸長）を用いることは知られている。Ｍ２ｅは、表面にＭ２抗原を提示する免疫原性粒子を供給するためにＢ型肝炎コア抗原（ＨＢｃ）などのタンパク質と融合させることができる。ＧＣＮ４などのタンパク質への融合によってまた、オリゴマーＭ２ｅを供給することもできる。そのような組換えＭ２ｅ融合タンパク質は本発明と共に用いることができる。
【００２３】
インフルエンザウイルス免疫原が赤血球凝集素を含む場合、１つより多い赤血球凝集素が含まれてもよい。循環インフルエンザウイルスの赤血球凝集素は、経時的に変化し、それゆえ、ワクチン免疫原は、シーズンごとに最新に保たれる。したがって、インフルエンザウイルス免疫原は、多価であってもよく、例えば、少なくとも１つのインフルエンザＡウイルス赤血球凝集素および少なくとも１つのインフルエンザＢウイルス赤血球凝集素を含むか、少なくとも２つの異なるインフルエンザＡウイルス赤血球凝集素を含むか、少なくとも２つの異なるインフルエンザＢウイルス赤血球凝集素を含むなどである。例えば、組成物は、２つのインフルエンザＡ株（Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２）および１つのインフルエンザＢ株由来の赤血球凝集素を含んでもよい。異なる亜型（例えば、Ｈ１およびＨ３）由来の２つのインフルエンザＡウイルス赤血球凝集素が含まれる場合、ノイラミニダーゼが含まれるならば、理想的には、２つの異なるノイラミニダーゼ亜型もまた含まれる（例えば、Ｎ１およびＮ２）。しかし、いくつかの実施形態において、異なる赤血球凝集素亜型であるが、同一のノイラミニダーゼ亜型が含まれる（例えば、Ｈ１Ｎ１およびＨ５Ｎ１の組み合わせ）。
【００２４】
他の実施形態において、赤血球凝集素含有インフルエンザウイルス免疫原は、一価、すなわち、１つだけのインフルエンザウイルス株由来の赤血球凝集素を含んでもよい。そのような一価免疫原は、典型的には、インフルエンザＡウイルス由来、例えば、亜型Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、またはＨ１６のいずれか１つ由来である。一価免疫原は、Ｈ２、Ｈ５、Ｈ７、またはＨ９亜型インフルエンザＡウイルス株などのワクチンレシピエントおよび一般的なヒト集団が免疫学的にナイーブである株を含む、パンデミック株について特に有用である。
【００２５】
より一般的には、インフルエンザウイルス免疫原は、以下由来の赤血球凝集素を含んでもよい：（ｉ）赤血球凝集素亜型Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、および／もしくはＨ１６の１つもしくは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれ以上）のインフルエンザＡウイルス株；ならびに／または（ｉｉ）１つもしくは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれ以上）のインフルエンザＢウイルス株。１つより多いインフルエンザＢウイルス赤血球凝集素が含まれる場合、Ｂ／Ｖｉｃｔｏｒｉａ／２／８７様株およびＢ／Ｙａｍａｇａｔａ／１６／８８様株のそれぞれ由来の赤血球凝集素を含むことが有用である。これらの２つの型の株は、通常、抗原性で区別されるが、アミノ酸配列の違いもまた、その２つの系統を区別するために記載されており、例えば、Ｂ／Ｙａｍａｇａｔａ／１６／８８様株は、アミノ酸残基１６４（「Ｌｅｅ４０」ＨＡ配列に対して番号付けられた）での欠失を有するＨＡタンパク質を有することが（常にではないが）多い［１８］。
【００２６】
本発明と共に用いるのに適したインフルエンザウイルス免疫原の特定の実施形態は、以下由来の赤血球凝集素を含む免疫原を含むが、それらに限定されない：（ｉ）Ｈ１Ｎ１インフルエンザＡウイルス、Ｈ３Ｎ２インフルエンザＡウイルス、およびインフルエンザＢウイルスの三価の組み合わせ；（ｉｉ）一価のＨ５Ｎ１インフルエンザＡウイルス；（ｉｉｉ）Ｈ１Ｎ１インフルエンザＡウイルス、Ｈ３Ｎ２インフルエンザＡウイルス、Ｂ／Ｖｉｃｔｏｒｉａ／２／８７様インフルエンザＢウイルス、およびＢ／Ｙａｍａｇａｔａ／１６／８８様インフルエンザＢウイルスの四価の組み合わせ；（ｉｖ）Ｈ１Ｎ１インフルエンザＡウイルス、Ｈ３Ｎ２インフルエンザＡウイルス、Ｈ５Ｎ１インフルエンザＡウイルス、およびインフルエンザＢウイルスの四価の組み合わせ。
【００２７】
赤血球凝集素（ＨＡ）は、現在の不活性化インフルエンザワクチンにおける主要なインフルエンザウイルス免疫原であり、それらのワクチンの全てがＨＡを含み、ワクチン用量は、典型的にはＳＲＩＤにより測定される、ＨＡレベルを参照することによって標準化される。既存のワクチンは、典型的には、株あたり約１５μｇのＨＡを含むが、例えば、子ども用に、またはパンデミック状況において、またはアジュバントを用いる場合、より低い用量を用いることができる。より高い用量（例えば、３×または９×用量［２１、２２］）と同様に、１／２（すなわち、株あたり７．５μｇのＨＡ）、１／４、および１／８などの分割量が用いられている［１９、２０］。したがって、ワクチンは、インフルエンザ株あたり０．１〜１５０μｇのＨＡ、好ましくは、０．１μｇ〜５０μｇ、例えば、０．１〜２０μｇ、０．１〜１５μｇ、０．１〜１０μｇ、０．１〜７．５μｇ、０．５〜５μｇなどを含み得る。特定の用量としては、例えば、株あたり約４５、約３０、約１５、約１０、約７．５、約５、約３．８、約１．９、約１．５などが挙げられる。例えば、各株についてのＨＡ質量が株あたりの平均ＨＡ質量の１０％以内、好ましくは平均の５％以内であるように、ワクチンに含まれる各株について実質的に同じ質量のＨＡを用いることが好ましい。
【００２８】
インフルエンザウイルス免疫原における赤血球凝集素は、野生型ウイルスに見出されるような天然ＨＡであってもよいし、改変ＨＡであってもよい。例えば、ウイルスをトリ種において高病原性にしている決定因子（例えば、ＨＡ１／ＨＡ２切断部位の周囲の超塩基性領域）を除去するためにＨＡを改変することは知られている。
【００２９】
インフルエンザウイルス免疫原における赤血球凝集素は、理想的には、Ｓｉａ（α２，３）Ｇａｌ末端二糖を有するオリゴ糖と比較して、Ｓｉａ（α２，６）Ｇａｌ末端二糖を有するオリゴ糖への結合優先を有する。ヒトインフルエンザウイルスは、Ｓｉａ（α２，６）Ｇａｌ末端二糖（シアル酸がガラクトースにα−２，６結合している）を有する受容体オリゴ糖に結合するが、卵およびベロ細胞は、Ｓｉａ（α２，３）Ｇａｌ末端二糖を有する受容体オリゴ糖を有する。卵継代と違って、ＭＤＣＫなどの細胞におけるヒトインフルエンザウイルスの増殖により、天然のＳｉａ（α２，６）Ｇａｌ結合を維持するように赤血球凝集素に選択圧が与えられる。ウイルスが、Ｓｉａ（α２，３）Ｇａｌ末端二糖を有するオリゴ糖と比較してＳｉａ（α２，６）Ｇａｌ末端二糖を有するオリゴ糖への結合優先を有するか否かを決定するために、様々なアッセイを用いることができる。例えば、参考文献２３は、親和定数の高感度かつ定量的な測定を与えるインフルエンザウイルス受容体結合活性についての固相酵素結合アッセイを記載する。参考文献２４は、ウイルスの２つの異なるシアリル糖タンパク質（Ｓｉａ（α２，３）Ｇａｌ決定基を有するオボムコイド；およびＳｉａ（α２，６）Ｇａｌ決定基を有するブタα_２−マクログロブリン）への結合が評価される固相アッセイを用いており、それはまた、ウイルスの結合が、２つの受容体類似体：遊離シアル酸（Ｎｅｕ５Ａｃ）および３’−シアリルラクトース（Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−４Ｇｌｃ）に対して評価されたアッセイも記載する。参考文献２５は、α２，３結合またはα２，６結合への受容体優先を明らかに識別することができたグリカンアレイを用いるアッセイを報告している。参考文献２６は、Ｓｉａ（α２，６）ＧａｌかまたはＳｉａ（α２，３）Ｇａｌのいずれかを含むように酵素的に改変されたヒト赤血球の凝集に基づいたアッセイを報告している。アッセイの型に依存して、アッセイは、ウイルス自体を用いて直接実施される場合もあるし、ウイルスから精製された赤血球凝集素を用いて間接的に実施することもできる。
【００３０】
いくつかの実施形態において、赤血球凝集素（およびインフルエンザウイルス免疫原に存在する他のインフルエンザウイルス糖タンパク質（複数可））は、卵由来のウイルスとは異なるグリコシル化パターンを有する。したがって、糖タンパク質は、ニワトリ卵に見られないグリコフォームを含む。
【００３１】
インフルエンザウイルス免疫原がインフルエンザビリオンから調製される場合、これらは適切な培養基において生成される。インフルエンザウイルスを増殖させるために現在用いられている培養基には、卵および細胞培養物が挙げられる。インフルエンザウイルス増殖のための現在の標準的方法は、特定病原体除去（ＳＰＦ）孵化鶏卵を用い、ビリオンが卵内容物（尿膜腔液）から精製される。しかしながら、代替方法として、ウイルスを動物細胞培養物で増殖させており、速度および患者のアレルギーという理由で、この増殖方法が好まれる。
【００３２】
そのような細胞培養方法について、ウイルスを通常、哺乳動物起源の細胞系において増殖させる。適切な起源の哺乳動物細胞には、非限定的に、ハムスター細胞、ウシ細胞、（ヒトおよびサルを含む）霊長類細胞、およびイヌ細胞が挙げられるが、霊長類細胞の使用は好ましくない。腎細胞、線維芽細胞、網膜細胞、肺細胞などの様々な細胞型を用いてもよい。適切なハムスター細胞の例は、ＢＨＫ２１またはＨＫＣＣという名前をもつ細胞系である。適切なサル細胞は、例えば、ベロ細胞系におけるような腎細胞などのアフリカミドリザル細胞である［２７−２９］。適切なイヌ細胞は、例えば、ＣＬＤＫおよびＭＤＣＫ細胞系におけるような腎細胞である。
【００３３】
したがって、適切な細胞系には、ＭＤＣＫ、ＣＨＯ、ＣＬＤＫ、ＨＫＣＣ、２９３Ｔ、ＢＨＫ、Ｖｅｒｏ、ＭＲＣ−５、ＰＥＲ．Ｃ６［３０］、ＦＲｈＬ２、ＷＩ−３８などが挙げられるが、それらに限定されない。適切な細胞系は、例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（ＡＴＣＣ）コレクション［３１］、Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｉｅｓ［３２］、またはＥｕｒｏｐｅａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＥＣＡＣＣ）からなど、いろいろな所から入手できる。例えば、ＡＴＣＣは、カタログ番号ＣＣＬ−８１、ＣＣＬ−８１．２、ＣＲＬ−１５８６、およびＣＲＬ−１５８７において様々な異なるベロ細胞を供給し、カタログ番号ＣＣＬ−３４においてＭＤＣＫ細胞を供給している。ＰＥＲ．Ｃ６は、寄託番号９６０２２９４０においてＥＣＡＣＣから入手できる。
【００３４】
最も好ましい細胞系は、哺乳動物型グリコシル化を有するものである。あまり好ましくないが、哺乳動物細胞系に代わるものとして、ウイルスを、アヒル（例えば、アヒル網膜）または雌鳥由来の細胞系を含むトリ細胞系で増殖させることができる［例えば、参考文献３３〜３５］。トリ細胞系の例には、トリ胚性幹細胞［３３、３６］およびアヒル網膜細胞［３４］が挙げられる。適切なトリ胚性幹細胞には、ニワトリ胚性幹細胞由来のＥＢｘ細胞系、ＥＢ４５、ＥＢ１４、およびＥＢ１４−０７４が挙げられる［３７］。ニワトリ胚線維芽細胞（ＣＥＦ）もまた用いることができる。しかしながら、トリ細胞を用いるのではなく、哺乳動物細胞を用いることは、ワクチンがトリＤＮＡおよび（オボアルブミンおよびオボムコイドなどの）卵タンパク質を含まず、それによってアレルゲン性を低下させ得ることを意味する。
【００３５】
インフルエンザウイルスを増殖させるための最も好ましい細胞系は、Ｍａｄｉｎ Ｄａｒｂｙイヌ腎臓由来のＭＤＣＫ細胞系［３８−４１］である。オリジナルのＭＤＣＫ細胞系は、ＣＣＬ−３４としてＡＴＣＣから入手できるが、この細胞系の派生物もまた用いてもよい。例えば、参考文献３８は、懸濁培養における増殖に適応したＭＤＣＫ細胞系（ＤＳＭ ＡＣＣ ２２１９として寄託された「ＭＤＣＫ ３３０１６」）を開示する。同様に、参考文献４２は、無血清培養において懸濁状態で増殖するＭＤＣＫ由来細胞系（ＦＥＲＭ ＢＰ−７４４９として寄託された「Ｂ−７０２」）を開示する。参考文献４３は、「ＭＤＣＫ−Ｓ」（ＡＴＣＣ ＰＴＡ−６５００）、「ＭＤＣＫ−ＳＦ１０１」（ＡＴＣＣ ＰＴＡ−６５０１）、「ＭＤＣＫ−ＳＦ１０２」（ＡＴＣＣ ＰＴＡ−６５０２）、および「ＭＤＣＫ−ＳＦ１０３」（ＰＴＡ−６５０３）を含む非腫瘍形成性ＭＤＣＫ細胞を開示する。参考文献４４は、「ＭＤＣＫ．５Ｆ１」細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ−１２０４２）を含む、感染に対して高感受性を有するＭＤＣＫ細胞を開示する。これらのＭＤＣＫ細胞系のいずれでも用いることができる。
【００３６】
ウイルスは、付着培養中の細胞上でも懸濁状態の細胞上でも増殖することができる。マイクロキャリア培養もまた用いることができる。したがって、いくつかの実施形態において、細胞を、懸濁状態での増殖に適応させてもよい。
【００３７】
好ましくは、細胞系を、無血清培養培地および／または無タンパク質培地中で増殖させる。ヒトまたは動物起源の血清由来の添加物がない培地は、本発明の関連においては、無血清培地と呼ばれる。そのような培養物中で増殖する細胞は、当然、それ自体のタンパク質を含むが、無タンパク質培地は、細胞の増殖がタンパク質、増殖因子、他のタンパク質添加物および非血清タンパク質を排除して起こっているものを意味すると理解され、しかし任意で、ウイルス増殖に必要である場合があるトリプシンまたは他のプロテアーゼなどのタンパク質を含むことができる。
【００３８】
インフルエンザウイルス複製を支持する細胞系を、好ましくは、ウイルス複製中、３７℃より下で［４５］（例えば、３０〜３６℃、すなわち、約３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃で）増殖させる。
【００３９】
培養細胞中でインフルエンザウイルスを増殖させるための方法は、一般的に、増殖されるべき菌株の接種材料を細胞の培養物に接種する工程、例えば、ウイルス力価または抗原発現によって決定されるようなウイルス繁殖のために望ましい期間（例えば、接種後２４時間〜１６８時間）、感染細胞を培養する工程、および繁殖したウイルスを収集する工程を含む。培養細胞は、１：５００〜１：１、好ましくは１：１００〜１：５、より好ましくは１：５０〜１：１０の（ＰＦＵまたはＴＣＩＤ_５０により測定される）ウイルス対細胞の比で接種される。ウイルスを細胞の懸濁物に加えるか、または細胞の単層にアプライし、ウイルスを、少なくとも６０分間、ただし、通常は３００分未満、好ましくは９０分〜２４０分間、２５℃〜４０℃、好ましくは２８℃〜３７℃で、細胞に吸収させる。感染細胞培養物（例えば、単層）を、凍結融解によるかまたは酵素作用によるかのいずれかで除去し、収集培養物上清のウイルス含有量を増加させてもよい。その後、収集された流体を不活性化するかまたは凍結保存する。培養細胞を、約０．０００１〜１０、好ましくは０．００２〜５、より好ましくは０．００１〜２の感染多重度（「ｍ．ｏ．ｉ」）で感染させてもよい。さらにより好ましくは、細胞を、約０．０１のｍ．ｏ．ｉ．で感染させる。感染細胞を感染から３０〜６０時間後に収集してもよい。好ましくは、細胞を、感染から３４〜４８時間後に収集する。さらにより好ましくは、細胞を感染から３８〜４０時間後に収集する。一般的には、プロテアーゼ（典型的にはトリプシン）を細胞培養中に加えて、ウイルスを放出させることができ、プロテアーゼは、培養中の任意の適切な工程で、例えば、接種前、接種と同時に、または接種後、加えることができる［４５］。
【００４０】
好ましい実施形態において、特にＭＤＣＫ細胞に関して、細胞系を、４０の集団倍化レベルを超えるマスターワーキング細胞バンクから継代しない。
【００４１】
ウイルス接種材料およびウイルス培養物は、好ましくは、単純ヘルペスウイルス、ＲＳウイルス、パラインフルエンザウイルス３、ＳＡＲＳコロナウイルス、アデノウイルス、ライノウイルス、レオウイルス、ポリオーマウイルス、ビルナウイルス、サーコウイルス、および／またはパルボウイルスを含まない（すなわち、それらについて検査されて、それらによる汚染について陰性結果が示されている）［４６］。単純ヘルペスウイルスの非存在は、特に好ましい。
【００４２】
ウイルスが細胞系で増殖している場合、最終ワクチン中の残留細胞系ＤＮＡの量を最小限にすることは、そのＤＮＡのいかなる腫瘍形成活性をも最小限にするために、標準的な慣行である。したがって、培養増殖したインフルエンザウイルスから調製された組成物は、極めて微量の宿主細胞ＤＮＡが存在する可能性はあるにしても、好ましくは、用量あたり１０ｎｇ未満（好ましくは１ｎｇ未満、より好ましくは１００ｐｇ未満）の残留宿主細胞ＤＮＡを含む。１５μｇの赤血球凝集素あたり＜１０ｎｇ（例えば、＜１ｎｇ、＜１００ｐｇ）の宿主細胞ＤＮＡを含むワクチンが好ましく、０．２５ｍｌの容積あたり＜１０ｎｇ（例えば、＜１ｎｇ、＜１００ｐｇ）の宿主細胞ＤＮＡを含むワクチンも同様である。５０μｇの赤血球凝集素あたり＜１０ｎｇ（例えば、＜１ｎｇ、＜１００ｐｇ）の宿主細胞ＤＮＡを含むワクチンはより好ましく、０．５ｍｌの容積あたり＜１０ｎｇ（例えば、＜１ｎｇ、＜１００ｐｇ）の宿主細胞ＤＮＡを含むワクチンも同様である。
【００４３】
任意の残留宿主細胞ＤＮＡの平均の長さは５００ｂｐ未満、例えば、４００ｂｐ未満、３００ｂｐ未満、２００ｂｐ未満、１００ｂｐ未満などであることが好ましい。
【００４４】
混入ＤＮＡは、標準的精製手順、例えば、クロマトグラフィーなどを用いてワクチン調製中に除去することができる。残留宿主細胞ＤＮＡの除去は、ヌクレアーゼ処理により、例えば、ＤＮアーゼを用いることによって、促進することができる。宿主細胞ＤＮＡ混入を低減するための便利な方法は、参考文献４７および４８に開示されており、まず、ウイルス増殖中に用いてもよいＤＮアーゼ（例えば、Ｂｅｎｚｏｎａｓｅ）を使用する工程、およびその後、ビリオン破壊中に用いてもよい陽イオン性界面活性剤（例えば、ＣＴＡＢ）を使用する工程の２工程処理を含む。β−プロピオラクトン処理による除去もまた用いることができる。
【００４５】
残留宿主細胞ＤＮＡの測定は、今や、生物製剤（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）についての日常的な規制的要求事項であり、当業者の標準能力の範囲内である。ＤＮＡを測定するために用いられるアッセイは、典型的には、検証されたアッセイである［４９、５０］。検証されたアッセイの性能特性は、数学的かつ数量化可能な用語で記載することができ、その可能性のある誤差原因は同定されている。アッセイは、一般的に、正確さ、精度、特異性などの特性について試験されている。いったん、アッセイが、（例えば、宿主細胞ＤＮＡの既知の標準量に対して）検定され、試験されたら、定量的ＤＮＡ測定は、日常的に実施することができる。ＤＮＡ定量化についての以下の３つの主な技術を用いることができる：サザンブロットまたはスロットブロットなどのハイブリダイゼーション法［５１］；Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ^ＴＭシステムなどのイムノアッセイ法［５２］；および定量的ＰＣＲ［５３］。これらの方法は全て、当業者に熟知されているが、各方法の正確な特性、例えば、ハイブリダイゼーションのためのプローブの選択、増幅のためのプライマーおよび／またはプローブの選択などは、問題の宿主細胞に依存し得る。Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ製のＴｈｒｅｓｈｏｌｄ^ＴＭシステムは、ピコグラムレベルの全ＤＮＡについての定量的アッセイであり、生物医薬品中の混入ＤＮＡのレベルをモニターするために用いられている［５２］。典型的アッセイは、ビオチン化ｓｓＤＮＡ結合タンパク質、ウレアーゼ結合型抗ｓｓＤＮＡ抗体とＤＮＡとの間の反応複合体の非配列特異的形成を含む。全てのアッセイ成分は、製造会社から入手可能な完全な全ＤＮＡアッセイキットに含まれる。様々な商業的製造会社が、残留宿主細胞ＤＮＡを検出するための定量的ＰＣＲアッセイを提供しており、例えば、ＡｐｐＴｅｃ^ＴＭＬａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、ＢｉｏＲｅｌｉａｎｃｅ^ＴＭ、Ａｌｔｈｅａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓなどがある。ヒトウイルスワクチンの宿主細胞ＤＮＡ混入を測定することについての化学ルミネセンスハイブリダイゼーションアッセイと全ＤＮＡ Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ^ＴＭシステムとの比較は、参考文献５４に見出すことができる。
【００４６】
免疫原が調製されるインフルエンザウイルスは、野生型株、またはより典型的には、再集合（ｒｅａｓｓｏｒｔａｎｔ）株であってもよい。そのような再集合株は、逆遺伝学技術によって得られた可能性がある。逆遺伝学技術［例えば、５５〜５９］によって、所望のゲノムセグメントを有するインフルエンザウイルスを、プラスミドなどの発現構築物を用いてインビトロで調製することが可能になる。典型的には、それらは、（ａ）例えば、ｐｏｌＩプロモーターから、所望のウイルスＲＮＡ分子をコードするＤＮＡ分子を、および（ｂ）例えば、ｐｏｌＩＩプロモーターから、ウイルスタンパク質をコードするＤＮＡ分子を発現させることを含み、それにより、両方の型のＤＮＡの細胞における発現が、完全なインタクト感染性ビリオンのアッセンブリをもたらす。そのＤＮＡは、好ましくは、ウイルスＲＮＡおよびタンパク質の全てを供給するが、そのＲＮＡおよびタンパク質の一部を提供するためにヘルパーウイルスを用いることも可能である。各ウイルスＲＮＡを産生するために別々のプラスミドを用いるプラスミドに基づいた方法が好ましく［６０〜６２］、これらの方法はまた、ウイルスタンパク質の全部または一部（例えば、ＰＢ１、ＰＢ２、ＰＡ、およびＮＰタンパク質だけ）を発現するプラスミドの使用を含み、いくつかの方法においては、最高１２個までのプラスミドが用いられている。必要とされるプラスミドの数を減らすために、１つのアプローチ［６３］は、同じプラスミド上の（ウイルスＲＮＡ合成のための）複数のＲＮＡポリメラーゼＩ転写カセット（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、または８個全てのインフルエンザＡ ｖＲＮＡセグメントをコードする配列）、および別のプラスミド上のＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターを含む複数のタンパク質コード領域（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、または８個全てのインフルエンザＡ ｍＲＮＡ転写産物をコードする配列）を組み合わせている。参考文献６３の好ましい態様の方法は、（ａ）単一のプラスミド上のＰＢ１、ＰＢ２、およびＰＡ ｍＲＮＡコード領域；ならびに（ｂ）単一のプラスミド上の８個全てのｖＲＮＡコードセグメントを含む。単一の鋳型においてウイルスＲＮＡおよび発現可能なｍＲＮＡを同時にコードするために、２つのｐｏｌＩおよびｐｏｌＩＩプロモーターを用いることが可能である［６４、６５］。
【００４７】
したがって、ウイルスは、特にウイルスが卵中で増殖する場合、Ａ／ＰＲ／８／３４ウイルス由来の１つまたは複数のＲＮＡセグメントを含んでもよい（典型的には、６個のセグメントはＡ／ＰＲ／８／３４由来であり、ＨＡおよびＮセグメントはワクチン株に由来しており、すなわち、６：２再集合である）。それはまた、Ａ／ＷＳＮ／３３ウイルス由来、またはワクチン調製のための再集合ウイルスを作製するのに有用な任意の他のウイルス株由来の１つまたは複数のＲＮＡセグメントを含んでもよい。典型的には、本発明は、ヒトからヒトへ伝染する能力がある株から防御し、それゆえ、その株のゲノムは通常、哺乳動物（例えば、ヒト）インフルエンザウイルスを起源とする少なくとも１つのＲＮＡセグメントを含む。それは、トリインフルエンザウイルスを起源とするＮＳセグメントを含んでもよい。
【００４８】
（肺炎球菌免疫原）
肺炎球菌免疫原は、様々な形をとることができる。例えば、それは、肺炎球菌由来の莢膜糖類および／またはポリペプチドを含んでもよい。好ましい実施形態において、肺炎球菌免疫原は、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む。
【００４９】
現在の肺炎球菌ワクチンは、キャリアタンパク質に結合体化しているか、または結合体化していない形かのいずれかでの、莢膜糖類に基づいている。肺炎球菌免疫原は、１つまたは複数のそのような莢膜糖類を含み得るが、いくつかの実施形態において、肺炎球菌免疫原は、肺炎球菌莢膜糖類を含まない。存在する場合、糖類は、細菌からの糖類の精製中に生じるサイズを有する多糖であってもよいし、そのような多糖の断片化によって得られるオリゴ糖であってもよい。例えば、７価のＰＲＥＶＮＡＲ^ＴＭ製品において、その糖類のうちの６個は、インタクトな多糖として存在するが、１個（１８Ｃ血清型）はオリゴ糖として存在する。
【００５０】
肺炎球菌免疫原は、以下の肺炎球菌血清型の１つまたは複数由来の莢膜糖類を含んでもよい：１、２、３、４、５、６Ａ、６Ｂ、７Ｆ、８、９Ｎ、９Ｖ、１０Ａ、１１Ａ、１２Ｆ、１４、１５Ｂ、１７Ｆ、１８Ｃ、１９Ａ、１９Ｆ、２０、２２Ｆ、２３Ｆ、および／または３３Ｆ。免疫原は、複数の血清型、例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、またはそれ以上の異なる血清型由来の糖類を含んでもよい。７価、９価、１０価、１１価、および１３価の結合体型組み合わせは当技術分野においてすでに知られており、２３価の非結合体化型組み合わせも知られており、これらのいずれかを本発明と共に用いてもよい。例えば、７価組み合わせ（ＰＲＥＶＮＡＲ^ＴＭ製品など）は、血清型４、６Ｂ、９Ｖ、１４、１８Ｃ、１９Ｆ、および２３Ｆ由来の糖類を含み得る。１０価組み合わせ（ＳＹＮＦＬＯＲＩＸ^ＴＭ製品など）は、血清型１、４、５、６Ｂ、７Ｆ、９Ｖ、１４、１８Ｃ、１９Ｆ、および２３Ｆ由来の糖類を含み得る。１１価組み合わせはさらに、血清型３由来の糖類を含み得る。１２価組み合わせは、１０価混合物に血清型６Ａおよび１９Ａ；６Ａおよび２２Ｆ；１９Ａおよび２２Ｆ；６Ａおよび１５Ｂ；１９Ａおよび１５Ｂ；ｒ ２２Ｆおよび１５Ｂを加え得る。１３価組み合わせは、１１価混合物に血清型１９Ａおよび２２Ｆ；８および１２Ｆ；８および１５Ｂ；８および１９Ａ；８および２２Ｆ；１２Ｆおよび１５Ｂ；１２Ｆおよび１９Ａ；１２Ｆおよび２２Ｆ；１５Ｂおよび１９Ａ；１５Ｂおよび２２Ｆなどを加え得る。１つの有用な１３価組み合わせは、血清型１、３、４、５、６Ａ、６Ｂ、７Ｆ、９Ｖ、１４、１８Ｃ、１９、１９Ｆ、および２３Ｆ由来の莢膜糖類を含む。１個より多い血清型が用いられる場合、血清型１、５、および１４のうちの１個、２個、または３個を含むことが有用である。
【００５１】
莢膜糖類が肺炎球菌免疫原として用いられる場合には、それは、好ましくは、キャリアタンパク質に結合体化している。キャリアは、ＲｒｇＢ、ｓｐｒ００５７、ｓｐｒ００９６、およびｓｐｒ２０２１などの肺炎球菌抗原、またはニューモリシン［６６］、またはその無毒性誘導体［６７］、または肺炎球菌表面タンパク質ＰｓｐＡ［６８］であってもよい。しかし、他の実施形態において、キャリアは、肺炎球菌抗原ではなく、例えば、細菌トキシンまたはトキソイドであってもよい。典型的なキャリアタンパク質は、ジフテリアトキソイドもしくは破傷風トキソイド、またはそれらの変異体である。ＣＲＭ_１９７ジフテリアトキシン変異体［６９］は有用であり、ＰＲＥＶＮＡＲ^ＴＭ製品におけるキャリアである。他の適切なキャリアタンパク質には、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜タンパク質複合体［７０］、合成ペプチド［７１、７２］、熱ショックタンパク質［７３、７４］、百日咳タンパク質［７５、７６］、サイトカイン［７７］、リンホカイン［７７］、ホルモン［７７］、増殖因子［７７］、様々な病原体由来抗原からの複数のヒトＣＤ^４＋ Ｔ細胞エピトープを含む人工タンパク質［７８］、例えば、Ｎ１９［７９］、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のタンパク質Ｄ［８０〜８２］、鉄取り込みタンパク質［８３］、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ由来のトキシンＡまたはＢ［８４］、組換えＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａエキソプロテインＡ（ｒＥＰＡ）［８５］などが挙げられる。
【００５２】
組成物が、１個より多い結合体を含む場合、各結合体は、同じキャリアタンパク質を用いてもよいし、異なるキャリアタンパク質を用いてもよい。参考文献８６は、多価肺炎球菌結合体ワクチンにおいて異なるキャリアタンパク質を用いる場合の考えられる利点を記載する。
【００５３】
いくつかの実施形態において、単一の結合体は、複数の血清型由来の糖類を有してもよい［８７］。しかしながら、通常、各結合体は単一の血清型由来の糖類を含む。
【００５４】
結合体は、過剰のキャリア（ｗ／ｗ）または過剰の糖類（ｗ／ｗ）を有してもよい。いくつかの実施形態において、結合体はそれぞれの等重量を含み得る。
【００５５】
キャリア分子は、キャリアに直接、またはリンカーを介して、共有結合性に結合体化し得る。タンパク質への直接的結合は、例として、例えば参考文献８８および８９に記載されているように、糖類とキャリアとの間の還元的アミノ化によって、達成することができる。糖類は、最初、例えば酸化によって、活性化を必要とする場合がある。リンカー群を介する結合は、任意の公知の手順、例えば、参考文献９０および９１に記載された手順を用いて、形成することができる。好ましい型の結合は、アジピン酸リンカーであり、それは、（例えば、アミノ化によってグルカンに導入された）遊離−ＮＨ_２基をアジピン酸に（例えば、ジイミド活性化を用いて）連結し、その後、生じた糖類−アジピン酸中間体にタンパク質を連結することによって、形成され得る［９２、９３］。別の好ましい型の結合は、カルボニルリンカーであり、それは、糖類の遊離ヒドロキシル基のＣＤＩとの反応［９４、９５］、続いてタンパク質との反応によるカルバメート結合の形成によって形成され得る。他のリンカーには、β−プロピオンアミド［９６］、ニトロフェニル−エチルアミン［９７］、ハロアシルハライド［９８］、グリコシド結合［９９］、６−アミノカプロン酸［１００］、ＡＤＨ［１０１］、Ｃ_４〜Ｃ_１２部分［１０２］などが挙げられる。カルボジイミド縮合もまた用いることができる［１０３］。
【００５６】
肺炎球菌免疫原は、以下の肺炎球菌ポリペプチドの１つまたは複数を含んでもよい：（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ０５６５抗原；（３）ｓｐｒ１０９８抗原；（４）ｓｐｒ１４１６抗原；（５）ｓｐｒ１４１８抗原；（６）ｓｐｒ０８６７抗原；（７）ｓｐｒ１４３１抗原；（８）ｓｐｒ１７３９抗原；（９）ｓｐｒ２０２１抗原；（１０）ｓｐｒ００９６抗原；（１１）ｓｐｒ１７０７抗原；（１２）ｓｐｒ１８７５抗原；（１３）ｓｐｒ０８８４抗原；および／または（１４）ＲｒｇＢ抗原。同様に、肺炎球菌免疫原は、以下の肺炎球菌ポリペプチドの１つまたは複数を含んでもよい：（１）ＣｌｐＰ；（２）ＬｙｔＡ；（３）ＰｈｔＡ；（４）ＰｈｔＢ；（５）ＰｈｔＤ；（６）ＰｈｔＥ；（７）ＺｍｐＢ；（８）ＣｂｐＤ；（９）ＣｂｐＧ；（１０）ＰｖａＡ；（１１）ＣＰＬ１；（１２）ＰｓｐＣ；（１３）ＰｓｐＡ；（１４）ＰｓａＡ；（１５）ＰｒｔＡ；（１６）Ｓｐ１３３；（１７）ＰｉａＡ；（１８）ＰｉｕＡ；（１９）ＣｂｉＯ；および／または（２０）３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ８。これらの抗原は、別々のポリペプチドとして存在してもよいし、融合ポリペプチド、例えば、ｓｐｒ００５７−ｓｐｒ００９６融合体またはｓｐｒ００９６−ｓｐｒ２０２１融合体、ｓｐｒ０５６５−ＰｈｔＤ融合体、ＲｒｇＢ−ｓｐｒ００５７融合体などとして存在してもよい。
【００５７】
オリジナルの「ｓｐｒ００５７」配列は、参考文献１０４において「β−Ｎ−アセチル−ヘキソサミニダーゼ前駆体」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０２１０１参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ００５７のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号２３として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ００５７ポリペプチドは、（ａ）配列番号２３と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２３の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ００５７タンパク質は、配列番号２３の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２３由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号２３のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。１つの適切な断片は配列番号３８であり、それは、天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列を削除している。別の適切な断片は配列番号２４であり、それは、Ｎ末端切断およびＣ末端切断を有する。配列番号２７は、異なる野生型株に基づいた、配列番号２４の改変体であり、本発明と共に用いるのに有用なｓｐｒ００５７配列である。
【００５８】
オリジナルの「ｓｐｒ０５６５」配列は、参考文献１０４において「β−ガラクトシダーゼ前駆体」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０２６０９参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ０５６５のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号２５として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ０５６５ポリペプチドは、（ａ）配列番号２５と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２５の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ０５６５タンパク質は、配列番号２５の改変体（例えば、配列番号４５；下記参照）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号２５のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。１つの適切な断片は配列番号４２であり、それは、天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列を削除している。他の適切な断片は配列番号４３および４４である。これらのｓｐｒ０５６５の短縮型は、天然のポリペプチドが非常に長い（＞２０００アミノ酸）ため、特に有用である。ｓｐｒ０５６５の改変型は本明細書では配列番号４５である。この改変型を免疫化のために用いることは、参考文献１０５（その文献中では、配列番号１７８）に報告されている。したがって、有用なｓｐｒ０５６５ポリペプチドは、（ａ）配列番号４５と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４５の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含み得る。これらのポリペプチドは配列番号４５の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号４５のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。配列番号４５の免疫原性断片は、参考文献１０５の表１に同定されている。
【００５９】
オリジナルの「ｓｐｒ１０９８」配列は、参考文献１０４において「ソルターゼ」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０３１４１参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ１０９８のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号２６として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ１０９８ポリペプチドは、（ａ）配列番号２６と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２６の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１０９８タンパク質は、配列番号２６の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２６由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号２６のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。１つの適切な断片は配列番号４６であり、それは、天然のリーダーペプチド配列を削除している。
【００６０】
オリジナルの「ｓｐｒ１４１６」配列は、参考文献１０４において「仮定的タンパク質」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０３４５９参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ１４１６のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号２８として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ１４１６ポリペプチドは、（ａ）配列番号２８と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２８の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１４１６タンパク質は、配列番号２８の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２８由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号２８のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。
【００６１】
オリジナルの「ｓｐｒ１４１８」配列は、参考文献１０４において「仮定的タンパク質」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０３４６１参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ１４１８のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号２９として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ１４１８ポリペプチドは、（ａ）配列番号２９と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２９の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１４１８タンパク質は、配列番号２９の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２９由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号２９のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。
【００６２】
オリジナルの「ｓｐｒ０８６７」配列は、参考文献１０４において「エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０２９１１参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ０８６７のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号３０として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ０８６７ポリペプチドは、（ａ）配列番号３０と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３０の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ０８６７タンパク質は、配列番号３０の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３０由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３０のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。１つの適切な断片は配列番号４８であり、それは、天然のリーダーペプチド配列を削除している。
【００６３】
オリジナルの「ｓｐｒ１４３１」配列は、参考文献１０４において「１，４−β−Ｎ−アセチルムラミダーゼ」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０３４７４参照）。それはまた「ＬｙｔＣ」としても知られており、免疫化のためにそれを用いることは、参考文献１２６に報告されている。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ１４３１のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号３１として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ１４３１ポリペプチドは、（ａ）配列番号３１と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３１の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１４３１タンパク質は、配列番号３１の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３１由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３１のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。１つの適切な断片は配列番号４９であり、それは、天然のリーダーペプチド配列を削除している。
【００６４】
「ｓｐｒ１７３９」ポリペプチドは、ニューモリシンである（例えば、ＧＩ：１５９０３７８１参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ１７３９のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号３２として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ１７３９ポリペプチドは、（ａ）配列番号３２と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３２の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１７３９タンパク質は、配列番号３２の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３２由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３２のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ワクチン接種用のニューモリシンの変異体型は当技術分野において知られており［６７、１０６〜１１１］、これらの変異体型は本発明と共に用いることができる。解毒は、Ｃ末端切断（例えば、参考文献１１２参照）、例えば、３４個のアミノ酸、４５個のアミノ酸、７個のアミノ酸を欠失する［１１３］ことなどによって達成することができる。さらなる変異には、配列番号３２に従って番号付けすれば、Ｐｒｏ３２５→Ｌｅｕ（例えば、配列番号５０）および／またはＴｒｐ４３３→Ｐｈｅ（例えば、配列番号５１）が挙げられる。これらの変異を、Ｃ末端切断と組み合わせてもよく、例えば、Ｐｒｏ３２５→Ｌｅｕ変異を７−ｍｅｒ切断と組み合わせること（例えば、配列番号５２）である。
【００６５】
オリジナルの「ｓｐｒ２０２１」配列は、参考文献１０４において「一般的なストレスタンパク質ＧＳＰ−７８１」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０４０６２参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ２０２１のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号３３として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ２０２１ポリペプチドは、（ａ）配列番号３３と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３３の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ２０２１タンパク質は、配列番号３３の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３３由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３３のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。１つの適切な断片は配列番号５３であり、それは、天然のリーダーペプチド配列を削除している。参考文献１０５は、ｓｐｒ２０２１を、ＧｂｐＢとの相同性を有する分泌性４５ｋＤａタンパク質として注釈を付けており、それを免疫原として用いることを開示している（その文献中では、配列番号２４３；ＳＰ２２１６）。ｓｐｒ２０２１の免疫原性断片は参考文献１０５の表１（７３ページ）に同定されている。ｓｐｒ２０２１の別の有用な断片は、参考文献１１４の配列番号１として開示されている（本明細書では配列番号３３のアミノ酸２８〜２７８）。
【００６６】
オリジナルの「ｓｐｒ００９６」配列は、参考文献１０４において「仮定的タンパク質」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０２１４０参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ００９６のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号３４として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ００９６ポリペプチドは、（ａ）配列番号３４と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３４の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ００９６タンパク質は、配列番号３４の改変体（例えば、配列番号４０）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３４由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３４のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。配列番号３４と比較してそのＣ末端近くに挿入物を有する、ｓｐｒ００９６の改変型は、本明細書では配列番号５４である。この改変体を免疫化に用いることは、参考文献１０５に報告されており（その文献中では、配列番号１５０）、その文献中では、それは、ＬｙｓＭドメインタンパク質として注釈を付けられている。したがって、本発明と共に用いるｓｐｒ００９６は、（ａ）配列番号５４と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５４の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含み得る。これらのポリペプチドは、配列番号５４の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５４由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号５４のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。配列番号５４の免疫原性断片は、参考文献１０５の表１に同定されている。ｓｐｒ００９６ポリペプチドは、二量体、例えば、ホモ二量体の形で用いてもよい。
【００６７】
オリジナルの「ｓｐｒ１７０７」配列は、参考文献１０４において「ＡＢＣトランスポーター基質結合タンパク質−オリゴペプチドトランスポート」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０３７４９参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ１７０７のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号３６として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ１７０７ポリペプチドは、（ａ）配列番号３６と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３６の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１７０７タンパク質は、配列番号３６の改変体（例えば、配列番号１００；下記参照）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３６由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３６のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。配列番号３６と４個のアミノ酸だけ異なる、ｓｐｒ１７０７の改変型は、本明細書では配列番号５５である。配列番号５５を免疫化に用いることは、参考文献１０５に報告されている（その文献中では、配列番号２２０）。したがって、本発明と共に用いるｓｐｒ１７０７ポリペプチドは、（ａ）配列番号５５と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５５の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含み得る。これらのポリペプチドは、配列番号５５の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号５５のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。配列番号５５の免疫原性断片は、参考文献１０５の表１に同定されている。
【００６８】
オリジナルの「ｓｐｒ１８７５」配列は、参考文献１０４において「仮定的タンパク質」として注釈を付けられた（ＧＩ：１５９０３９１６参照）。参考として、Ｒ６株に見出されるような完全長ｓｐｒ１８７５のアミノ酸配列は、本明細書に配列番号３５として示されている。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ１８７５ポリペプチドは、（ａ）配列番号３５と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３５の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１８７５タンパク質は、配列番号３５の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３５のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。
【００６９】
「ｓｐｒ０８８４」タンパク質は、ペプチジルプロリルイソメラーゼであり、プロテアーゼ成熟タンパク質としても知られている。参考として、完全長ｓｐｒ０８８４のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号３７である。本発明と共に用いるのに好ましいｓｐｒ０８８４ポリペプチドは、（ａ）配列番号３７と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３７の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ０８８４タンパク質は、配列番号３７の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３７由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３７のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。１つの適切な断片は配列番号５６であり、それは、天然のリーダーペプチド配列を削除している。ｓｐｒ０８８４を免疫化に用いることは参考文献１１５に報告されている。
【００７０】
ＣｌｐＰは、ＡＴＰ依存性Ｃｌｐプロテアーゼタンパク質分解サブユニットである。参考として、完全長ＣｌｐＰのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号５８である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＣｌｐＰはｓｐｒ０６５６である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＣｌｐＰポリペプチドは、（ａ）配列番号５８と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５８の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＣｌｐＰタンパク質は、配列番号５８の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５８由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号５８のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＣｌｐＰを免疫化に用いることは参考文献１１６および１１７に報告されている。それは、有利には、ＰｓｐＡおよびＰｓａＡおよび／またはＰｓｐＣと組み合わせて用いてもよい［１１６］。
【００７１】
ＬｙｔＡは、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（自己溶菌素）である。参考として、完全長ＬｙｔＡのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号５９である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＬｙｔＡはｓｐｒ１７５４である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＬｙｔＡポリペプチドは、（ａ）配列番号５９と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５９の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＬｙｔＡタンパク質は、配列番号５９の改変体（例えば、ＧＩ：１８５６８３５４）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５９由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号５９のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＬｙｔＡを免疫化に用いることは参考文献１１８に報告されており、特に、異種性無差別（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ）Ｔヘルパーエピトープに融合したＬｙｔＡコリン結合ドメインを含む形で用いられる。
【００７２】
ＰｈｔＡは、肺炎球菌ヒスチジン三つ組プロテインＡである。参考として、完全長ＰｈｔＡ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号６０である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｈｔＡはｓｐｒ１０６１である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｈｔＡポリペプチドは、（ａ）配列番号６０と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６０の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＡタンパク質は、配列番号６０の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６０由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号６０のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｈｔＡを免疫化に用いることは参考文献１１９および１２０に報告されている。
【００７３】
ＰｈｔＢは、肺炎球菌ヒスチジン三つ組プロテインＢである。参考として、完全長ＰｈｔＢ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号６１である。残基５７８におけるＸアミノ酸はリジンであり得る。本発明と共に用いるのに好ましいＰｈｔＢポリペプチドは、（ａ）配列番号６１と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６１の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＢタンパク質は、配列番号６１の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６１由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号６１のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｈｔＢを免疫化に用いることは参考文献１１９、１２０、および１２１に報告されている。
【００７４】
ＰｈｔＤは、肺炎球菌ヒスチジン三つ組プロテインＤである。参考として、完全長ＰｈｔＤ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号６２である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｈｔＤはｓｐｒ０９０７である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｈｔＤポリペプチドは、（ａ）配列番号６２と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６２の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＤタンパク質は、配列番号６２の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６２由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号６２のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｈｔＤを免疫化に用いることは参考文献１１９、１２０、および１２２に報告されている。
【００７５】
ＰｈｔＥは、肺炎球菌ヒスチジン三つ組プロテインＥである。参考として、完全長ＰｈｔＥ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号６３である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｈｔＥはｓｐｒ０９０８である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｈｔＥポリペプチドは、（ａ）配列番号６３と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６３の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＥタンパク質は、配列番号６３の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６３由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号６３のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｈｔＥを免疫化に用いることは参考文献１１９および１２０に報告されている。
【００７６】
ＺｍｐＢは、亜鉛メタロプロテアーゼである。参考として、完全長ＺｍｐＢのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号６４である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＺｍｐＢはｓｐｒ０５８１である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＺｍｐＢポリペプチドは、（ａ）配列番号６４と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６４の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＺｍｐＢタンパク質は、配列番号６４の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６４由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号６４のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。
【００７７】
ＣｂｐＤは、コリン結合タンパク質Ｄである。参考として、完全長ＣｂｐＤのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号６５である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＣｂｐＤはｓｐｒ２００６である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＣｂｐＤポリペプチドは、（ａ）配列番号６５と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６５の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＣｂｐＤタンパク質は、配列番号６５の改変体（例えば、配列番号５７；下記参照）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号６５のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＣｂｐＤを免疫化に用いることは参考文献１２６に報告されている。配列番号６５の改変体は本明細書では配列番号５７である。配列番号５７を免疫化に用いることは参考文献１０５に報告されている（その文献中では配列番号２４１）。したがって、本発明と共に用いるＣｂｐＤポリペプチドは、（ａ）配列番号５７と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５７の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含み得る。これらのＣｂｐＤタンパク質は、配列番号５７の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５７由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号５７のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。配列番号５７の免疫原性断片は、参考文献１０５の表１に同定されている。
【００７８】
ＣｂｐＧは、コリン結合タンパク質Ｇである。参考として、完全長ＣｂｐＧのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号４７である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＣｂｐＧはｓｐｒ０３５０である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＣｂｐＧポリペプチドは、（ａ）配列番号４７と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４７の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＣｂｐＧタンパク質は、配列番号４７の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４７由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号４７のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＣｂｐＧを免疫化に用いることは参考文献１２６に報告されている。
【００７９】
ＰｖａＡ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ肺炎球菌ワクチン抗原Ａ）は、ｓｐ１０１としても知られている。参考として、完全長ＰｖａＡのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号４１である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｖａＡはｓｐｒ０９３０である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｖａＡポリペプチドは、（ａ）配列番号４１と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４１の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｖａＡタンパク質は、配列番号４１の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４１由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号４１のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｖａＡを免疫化に用いることは参考文献１２３および１２４に報告されている。
【００８０】
ＣＰＬ１は、肺炎球菌ファージＣＰ１リゾチームである。参考として、完全長ＣＰＬ１のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号３９である。本発明と共に用いるのに好ましいＣＰＬ１ポリペプチドは、（ａ）配列番号３９と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３９の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＣＰＬ１タンパク質は、配列番号３９の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３９由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号３９のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＣＰＬ１を免疫化に用いることは参考文献１１８に報告されており、特に、異種性無差別Ｔヘルパーエピトープに融合したＣＰＬ１コリン結合ドメインを含む形で用いられる。
【００８１】
ＰｓｐＣは、肺炎球菌表面プロテインＣであり［１２５］、コリン結合プロテインＡ（ＣｂｐＡ）としても知られている。それを免疫化に用いることは参考文献１２３および１２６に報告されている。Ｒ６株において、それはｓｐｒ１９９５であり、参考として、完全長ｓｐｒ１９９５のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号２２である。本発明と共に用いるのに好ましいＰｓｐＣポリペプチドは、（ａ）配列番号２２と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２２の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１９９５タンパク質は、配列番号２２の改変体（例えば、配列番号２０；下記参照）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２２由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号２２のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。
【００８２】
ＰｓｐＣの改変体は「Ｈｉｃ」として知られている。それは、参考文献１２７の図１に示されているように、ＰｓｐＣと類似しており、その文献中で、Ｈ因子（ｆＨ）に結合することが報告されている。参考として、完全長Ｈｉｃのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号２０である。Ｈｉｃタンパク質は、ＰｓｐＣポリペプチドに加えて、またはその代わりに、本発明と共に用いてもよい。本発明と共に用いるのに好ましいＨｉｃポリペプチドは、（ａ）配列番号２０と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２０の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＨｉｃタンパク質は、配列番号２０の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２０由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号２０のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｓｐＣおよび／またはＨｉｃは、有利には、ＰｓｐＡおよび／またはＰｓａＡと組み合わせて用いてもよい。
【００８３】
ＰｓｐＡは、肺炎球菌表面プロテインＡである。参考として、完全長ＰｓｐＡのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１８である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｓｐＡはｓｐｒ０１２１である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｓｐＡポリペプチドは、（ａ）配列番号１８と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１８の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｓｐＡタンパク質は、配列番号１８の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１８由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号１８のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｓｐＡを免疫化に用いることは、とりわけ参考文献１２８に報告されている。それは、有利には、ＰｓｐＣと組み合わせて投与することができる。
【００８４】
ＰｓａＡは、肺炎球菌表面アドヘシンである。参考として、完全長ＰｓａＡのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１６である。本発明と共に用いるのに好ましいＰｓａＡポリペプチドは、（ａ）配列番号１６と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１６の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｓａＡタンパク質は、配列番号１６の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１６由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号１６のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。有用なＰｓａＡの断片は、参考文献１１４において配列番号３として開示されている（本明細書における配列番号１６のアミノ酸２１〜３０９に相当）。ＰｓａＡを免疫化に用いることは、参考文献１２９に報告されている。それは、ＰｓｐＡおよび／またはＰｓｐＣと組み合わせて用いることができる。
【００８５】
ＰｒｔＡは、細胞壁結合型セリンプロテイナーゼである。それはまた、ｓｐ１２８およびｓｐ１３０として知られており、サブチリシン様セリンプロテアーゼに含まれる。参考として、完全長ＰｒｔＡ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１４である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｒｔＡはｓｐｒ０５６１である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｒｔＡポリペプチドは、（ａ）配列番号１４と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１４の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｒｔＡタンパク質は、配列番号１４の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１４由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号１４のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｒｔＡを免疫化に用いることは、参考文献１３０および１３１に、ならびに参考文献１２３にも報告されている。
【００８６】
Ｓｐ１３３は、保存された肺炎球菌抗原である。参考として、完全長Ｓｐ１３３のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１２である。Ｒ６ゲノムにおいて、Ｓｐ１３３はｓｐｒ０９３１である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＳｐ１３３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１２の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＳｐ１３３タンパク質は、配列番号１２の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１２由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号１２のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。Ｓｐ１３３を免疫化に用いることは、参考文献１３２に報告されている。
【００８７】
ＰｉａＡは、肺炎球菌による鉄獲得に関与する膜パーミアーゼである。参考として、完全長ＰｉａＡのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号１０である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｉａＡはｓｐｒ０９３５である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｉａＡポリペプチドは、（ａ）配列番号１０と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１０の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｉａＡタンパク質は、配列番号１０の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１０由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号１０のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｉａＡを免疫化に用いることは、参考文献１３３、１３４、および１３５に報告されており、特に、ＰｉｕＡと組み合わせて用いている。
【００８８】
ＰｉｕＡは、第二鉄輸送のためのＡＢＣトランスポーター基質結合タンパク質である。それはまた、ＦａｔＢとしても知られている。参考として、完全長ＰｉｕＡのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号９である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＰｉｕＡはｓｐｒ１６８７である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＰｉｕＡポリペプチドは、（ａ）配列番号９と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号９の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＰｉｕＡタンパク質は、配列番号９の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号９由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号９のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。ＰｉｕＡを免疫化に用いることは、参考文献１３３〜１３５に報告されており、特に、ＰｉａＡと組み合わせて用いている。
【００８９】
ＣｂｉＯは、コバルトトランスポーターＡＴＰ結合サブユニットとして注釈を付けられている。参考として、完全長ＣｂｉＯのアミノ酸配列は、本明細書では配列番号８である。Ｒ６ゲノムにおいて、ＣｂｉＯはｓｐｒ２０２５である［１０４］。ＣｂｉＯを免疫化に用いることは参考文献１３６に報告されている（その文献中では、「ＩＤ２」）。本発明と共に用いるのに好ましいＣｂｉＯポリペプチドは、（ａ）配列番号８と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＣｂｉＯタンパク質は、配列番号８の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号８のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。
【００９０】
参考として、３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ８のアミノ酸配列は、本明細書では配列番号７である。Ｒ６ゲノムにおいて、Ｓ８サブユニットはｓｐｒ０２０３である［１０４］。本発明と共に用いるのに好ましいＳ８ポリペプチドは、（ａ）配列番号７と６０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７の少なくとも「ｎ」個の連続したアミノ酸の断片を含む（ただし、「ｎ」は７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である）、アミノ酸配列を含む。これらのＳ８タンパク質は、配列番号７の改変体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、配列番号７のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを削除している。
【００９１】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、以下をコードする７個の遺伝子を有する１４−ｋｂのｉｓｌｅｔ（ＰＩ−１）によってコードされる線毛−１（ｐｉｌｕｓ−１）として知られた線毛を有する：ＲｌｒＡ転写調節因子、ＬＰＸＴＧ型細胞壁ソーティングシグナルを有する３つの線毛サブユニット、および３つのソルターゼ酵素。ＲｒｇＢは、構造のバックボーンを形成する主要なサブユニットである［１３７〜１４０］。ＲｒｇＢサブユニットは、本発明と共に肺炎球菌免疫原として用いることができる。それは少なくとも３つのクレイドを有する。３つのクレイドについての参照アミノ酸配列は、本明細書では配列番号１、２、および３である。クレイドは、それらのＮ末端およびＣ末端でよく保存されているが、その間においては異なっている（ｄｅｖｉａｔｅ）。所定のＲｒｇＢクレイドに対して産生された血清は、そのクレイドを発現する肺炎球菌に対して活性があるが、その他の２つのクレイドの１つを発現する株に対しては活性がなく、すなわち、クレイド内交差防御はあるが、クレイド間交差防御はないことが見出されている。したがって、肺炎球菌免疫原は、ＲｒｇＢの少なくとも２つの異なるクレイドを含んでもよい。これらは、別々のポリペプチドとして免疫原性組成物中に存在してもよいし、単一のポリペプチド鎖として融合されていてもよい。
【００９２】
したがって、肺炎球菌免疫原は、以下のうちの１つ、２つ、または３つを含んでもよい：
（ａ）第１のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチドであって、上記第１のアミノ酸配列が、（ｉ）配列番号１と少なくともａ％の配列同一性を有し、かつ／もしくは（ｉｉ）配列番号１由来の少なくともｘ個の連続したアミノ酸の断片からなる、アミノ酸配列を含む、第１のポリペプチド；
（ｂ）第２のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドであって、上記第２のアミノ酸配列が、（ｉ）配列番号２と少なくともｂ％の配列同一性を有し、かつ／もしくは（ｉｉ）配列番号２由来の少なくともｙ個の連続したアミノ酸の断片からなる、アミノ酸配列を含む、第２のポリペプチド；ならびに／または
（ｃ）第３のアミノ酸配列を含む第３のポリペプチドであって、上記第３のアミノ酸配列が、（ｉ）配列番号３と少なくともｃ％の配列同一性を有し、かつ／もしくは（ｉｉ）配列番号３由来の少なくともｚ個の連続したアミノ酸の断片からなる、アミノ酸配列を含む、第３のポリペプチド。
【００９３】
ａの値は、少なくとも７５、例えば、８０、８５、９０、９２、９４、９５、９６、９７、９８、９９、またはそれ以上である。ｂの値は、少なくとも７５、例えば、８０、８５、９０、９２、９４、９５、９６、９７、９８、９９、またはそれ以上である。ｃの値は、少なくとも７５、例えば、８０、８５、９０、９２、９４、９５、９６、９７、９８、９９、またはそれ以上である。ａ、ｂ、およびｃの値は、同じであってもよいし、異なっていてもよい。いくつかの実施形態において、ａ、ｂ、およびｃは同一である。典型的には、ａ、ｂ、およびｃは少なくとも９０、例えば、少なくとも９５である。
【００９４】
ｘの値は、少なくとも７、例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２２５、２５０である。ｙの値は、少なくとも７、例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２２５、２５０である。ｚの値は、少なくとも７、例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２２５、２５０である。ｘ、ｙ、およびｚの値は、同じであってもよいし、異なっていてもよい。いくつかの実施形態において、ｘ、ｙ、およびｚは同一である。
【００９５】
好ましくは、断片は、それぞれの配列番号の配列由来のエピトープを含む。他の有用な断片は、それぞれの配列番号の少なくとも１つのエピトープを保持しながら、それぞれの配列番号のＣ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠き、かつ／またはＮ末端から１個もしくは複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、またはそれ以上）のアミノ酸を欠く。Ｎ末端における２０〜２５個のアミノ酸の切断、例えば、配列番号１〜３のいずれかのアミノ酸１〜２３の除去が、都合がよい。配列番号１の適切な断片は配列番号４である。配列番号２の適切な断片は配列番号５である。配列番号３の適切な断片は配列番号６である。
【００９６】
配列番号１由来の少なくともｘ個の連続したアミノ酸の断片はまた、配列番号２内にも配列番号３内にも存在すべきではない。同様に、配列番号２由来の少なくともｙ個の連続したアミノ酸の断片はまた、配列番号１内にも配列番号３内にも存在すべきではない。同様に、配列番号３由来の少なくともｚ個の連続したアミノ酸の断片はまた、配列番号１内にも配列番号２内にも存在すべきではない。したがって、いくつかの実施形態において、配列番号１の断片は、好ましくは、配列番号１のアミノ酸３１〜６１４に由来する；配列番号２の断片は、好ましくは、配列番号２のアミノ酸３１〜５９３に由来する；および配列番号３の断片は、好ましくは、配列番号３のアミノ酸３１〜６０３に由来する。いくつかの実施形態において、配列番号１〜３のうちの１つ由来の断片を、その他の２つの配列番号に対して連続した配列として整列させた場合、その断片とその他の２つの配列番号のそれぞれとの間の同一性は、７５％未満、例えば、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満である。
【００９７】
第１のアミノ酸配列を含むポリペプチドは、被験体に投与された場合、アミノ酸配列、配列番号１を有する野生型肺炎球菌タンパク質（株ＴＩＧＲ４）に結合する抗体を含む抗体応答を誘発する。いくつかの実施形態において、これらの抗体は、アミノ酸配列、配列番号２を有する野生型肺炎球菌タンパク質にもアミノ酸配列、配列番号３を有する野生型肺炎球菌タンパク質にも結合しない。
【００９８】
第２のアミノ酸配列を含むポリペプチドは、被験体に投与された場合、アミノ酸配列、配列番号２を有する野生型肺炎球菌タンパク質（株Ｆｉｎｌａｎｄ^６Ｂ−１２）に結合する抗体を含む抗体応答を誘発する。いくつかの実施形態において、これらの抗体は、アミノ酸配列、配列番号１を有する野生型肺炎球菌タンパク質にもアミノ酸配列、配列番号３を有する野生型肺炎球菌タンパク質にも結合しない。
【００９９】
第３のアミノ酸配列を含むポリペプチドは、被験体に投与された場合、アミノ酸配列、配列番号３を有する野生型肺炎球菌タンパク質（株Ｔａｉｗａｎ^２３Ｆ−１５）に結合する抗体を含む抗体応答を誘発する。いくつかの実施形態において、これらの抗体は、アミノ酸配列、配列番号１を有する野生型肺炎球菌タンパク質にもアミノ酸配列、配列番号２を有する野生型肺炎球菌タンパク質にも結合しない。
【０１００】
第１、第２、および第３のアミノ酸配列はいくつかの配列を共有し得るが、全体として、それらは異なるアミノ酸配列を有する。
【０１０１】
本発明が２つのＲｒｇＢクレイドのみを用いる場合、組成物またはポリペプチドは、（ａ）上記で定義された第１のアミノ酸配列、および（ｂ）上記で定義された第２のアミノ酸配列の両方を含むことができる。代替の実施形態において、組成物は、（ａ）上記で定義された第１のアミノ酸配列、および（ｂ）上記で定義された第３のアミノ酸配列の両方を含む。代替の実施形態において、組成物は、（ａ）上記で定義された第２のアミノ酸配列、および（ｂ）上記で定義された第３のアミノ酸配列の両方を含む。
【０１０２】
本発明と共に用いられるＲｒｇＢアミノ酸配列は、配列番号１、２、または３と比較して、１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０など）の保存的アミノ酸置き換え、すなわち、１つのアミノ酸の、関連側鎖を有する別のものとの置き換えを含んでもよい。遺伝的にコードされているアミノ酸は、一般的に、以下の４つのファミリーに分けられる：（１）酸性、すなわち、アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性、すなわち、リジン、アルギニン、ヒスチジン；（３）無極性、すなわち、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；および（４）無荷電の極性、すなわち、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは一緒に、芳香族アミノ酸として分類されることがある。一般的に、これらのファミリー内での単一アミノ酸の置換は、生物活性に大きな影響を生じることはない。ポリペプチドは、参照配列に対して、１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０など）の単一アミノ酸欠失を有してもよい。ポリペプチドはまた、参照配列に対して、１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０など）の挿入（例えば、それぞれ１個、２個、３個、４個、または５個のアミノ酸）を含んでもよい。
【０１０３】
本発明と共に用いられる肺炎球菌免疫原は、１つより多いそのようなポリペプチドを含み得る。例えば、免疫原は、（ａ）ｓｐｒ００５７、ｓｐｒ００９６、およびｓｐｒ２０２１の混合物；（ｂ）ｓｐｒ００５７、ｓｐｒ０５６５、およびｓｐｒ２０２１の混合物；（ｃ）ｓｐｒ００５７、ｓｐｒ００９６、およびｓｐｒ０５６０の混合物；（ｄ）ｓｐｒ００５７、ｓｐｒ００９６、ｓｐｒ０５６５、およびｓｐｒ２０２１の混合物；（ｅ）ｓｐｒ１４１８、ｓｐｒ０８８４、およびｓｐｒ００９６の混合物；（ｆ）ｓｐｒ１４１８、ｓｐｒ０８８４、およびｓｐｒ２０２１の混合物；（ｇ）ｓｐｒ１４１８、ｓｐｒ０８８４、ｓｐｒ００９６、およびｓｐｒ２０２１の混合物；（ｈ）ｓｐｒ０８８４、ｓｐｒ１４１６、およびｓｐｒ００５７の混合物；（ｈ）ｓｐｒ０８８４、ｓｐｒ１４１６、およびｓｐｒ００９６の混合物；（ｈ）ｓｐｒ０８８４、ｓｐｒ１４１６、ｓｐｒ００５７、およびｓｐｒ００９６の混合物；または（ｉ）ｓｐｒ１４１８、ｓｐｒ１４３１、およびｓｐｒ０５６５の混合物であってもよい。これらの混合物（ａ）〜（ｉ）のいずれも、１つまたは複数のＲｒｇＢクレイドをさらに含んでもよい。
【０１０４】
（異なるＲｒｇＢクレイドを含む）異なるポリペプチドは、別々のポリペプチドとして存在する必要はなく、代わりに、融合ポリペプチド鎖として発現することができる。有用な融合タンパク質は、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１からなる群から選択されるアミノ酸を含む。配列番号１５のアミノ酸１〜１７９３を含むポリペプチドが好ましい。
【０１０５】
（ＲＳＶ免疫原）
様々なＲＳＶ免疫原が本発明と共に用いることができる。これらは、典型的には、ウイルスのＦ、Ｇ、Ｍ（融合、付着、およびマトリックス）抗原、またはそれらの断片の１つ、２つ、または３つを含む。
【０１０６】
参考文献１４１は、１つまたは複数のＧタンパク質またはその断片を含むサブユニットワクチンを開示し、それらが、免疫病理学的応答を誘発することなく防御免疫を誘発するのに用いることができることを教示している。
【０１０７】
参考文献１４２は、支持ペプチドに連結したＧタンパク質または断片に基づいたワクチンを開示している。Ｇタンパク質に基づいたワクチンを、ミクロスフェア内にカプセル化してもよい［１４３］。
【０１０８】
３つのＦ、Ｇ、およびＭ抗原を含む有用な免疫原は参考文献１４４に開示されており、最良の結果は、アルミニウム塩アジュバントを含まない組成物を用いる場合に得られている。ＲＳＶ抗原のＦ／Ｇ／Ｍ三つ組はまた、参考文献６にも開示された。
【０１０９】
別のアプローチは、ＲＳＶエピトープを含むウイルス様粒子（ＶＬＰ）またはカプソマーを用いる［１４５］。ＶＬＰは、キメラパピローマウイルスＬ１ポリペプチドに基づいてもよい。
【０１１０】
弱毒化生ＲＳＶワクチンもまた知られており（例えば、参考文献１４６参照）、これらが本発明と共に用いられる場合には、それらは、最も有用には、弱毒化生インフルエンザワクチン（例えば、ＦＬＵＭＩＳＴ^ＴＭ製品）と組み合わせることができる。
【０１１１】
（ＧＢＳ免疫原）
ＧＢＳ免疫原は、莢膜糖類および／またはＧＢＳタンパク質を含み得る。典型的なタンパク質には、参考文献１４７〜１５０に開示されたものが挙げられる。結合体化莢膜糖類に基づいたワクチンは参考文献１５１に論じられている。結合体化糖類が含まれる場合、ＧＢＳ血清型Ｉａ、Ｉｂ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、および／またはＶの１つまたは複数由来の糖類を含むことが好ましい。有用なＧＢＳ免疫原は、「ＧＢＳ８０」タンパク質（配列番号６７）またはその免疫原性断片を含み得る。
【０１１２】
（好ましい免疫原）
本発明と共に用いるのに好ましいインフルエンザ免疫原は、不活性化ウイルス由来免疫原であり、理想的には、スプリットウイルスワクチンかまたは精製インフルエンザウイルス表面抗原ワクチンかのいずれかである。理想的には、ウイルスを、卵またはＭＤＣＫ細胞培養物において増殖させる。２つのインフルエンザＡ株（Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２）および１つのインフルエンザＢ株由来の赤血球凝集素を含むインフルエンザ免疫原が有用である。インフルエンザ免疫原に、例えば、サブミクロンの液滴を有する水中油型エマルジョンアジュバントを用いて、アジュバント添加してもよい。
【０１１３】
本発明と共に用いるための別の好ましいインフルエンザ免疫原は、２つのインフルエンザＡ株（Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２）および２つのインフルエンザＢ株（Ｂ／Ｖｉｃｔｏｒｉａ／２／８７様インフルエンザＢウイルスおよびＢ／Ｙａｍａｇａｔａ／１６／８８様インフルエンザＢウイルス）由来の赤血球凝集素を含む、不活性化ウイルス由来免疫原で、理想的には、スプリットウイルスワクチンかまたは精製インフルエンザウイルス表面抗原ワクチンかのいずれかである。インフルエンザ免疫原に、例えば、サブミクロンの液滴を有する水中油型エマルジョンアジュバントを用いて、アジュバント添加してもよい。このアジュバント添加された４価組み合わせは、月齢６ヶ月以下の乳児において特に有用である。
【０１１４】
好ましい肺炎球菌免疫原（「Ｐｎｅｕｍｏ−３」）は参考文献１５２に開示されており、抗原「ＳＰ２２１６−１」（参考文献１５２では配列番号１；本明細書では配列番号６８）、「ＳＰ １７３２−３」（参考文献１５２では配列番号２；本明細書では配列番号６９）、および任意で、ＰｓａＡ（参考文献１５２では配列番号３；本明細書では配列番号７０）を含む。これらの配列番号の免疫原性断片を含むポリペプチドは、実際に開示された配列番号の代わりに用いることができ、例えば、配列番号６８および６９のそれぞれ由来の少なくとも１つの免疫原性断片を含むポリペプチドである。
【０１１５】
別の好ましい肺炎球菌免疫原は、ｓｐｒ００９６およびｓｐｒ２０２１抗原の両方、特に、ｓｐｒ００９６およびｓｐｒ２０２１の両方を含む融合タンパク質（例えば、配列番号６６を含む）を含む。
【０１１６】
別の好ましい肺炎球菌免疫原は、３つの異なるＲｒｇＢクレイドのそれぞれを含む。したがって、それは、（ａ）（ｉ）配列番号１と少なくともａ％の配列同一性を有し、かつ／もしくは（ｉｉ）配列番号１由来の少なくともｘ個の連続したアミノ酸の断片からなる、アミノ酸配列を含む、第１のアミノ酸配列；（ｂ）（ｉ）配列番号２と少なくともｂ％の配列同一性を有し、かつ／もしくは（ｉｉ）配列番号２由来の少なくともｙ個の連続したアミノ酸の断片からなる、アミノ酸配列を含む、第２のアミノ酸配列；ならびに（ｃ）（ｉ）配列番号３と少なくともｃ％の配列同一性を有し、かつ／もしくは（ｉｉ）配列番号３由来の少なくともｚ個の連続したアミノ酸の断片からなる、アミノ酸配列を含む、第３のアミノ酸配列を含み得る。配列（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）は、理想的には、例えば、配列番号１１、１３、１５、１７、１９、および２１においてのように、同じポリペプチド鎖の一部である（「ＲｒｇＢ三重融合体」）。
【０１１７】
可能な肺炎球菌免疫原（それがまた、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含むならば好ましい）は、７価または１０価または１３価の結合体ワクチンである。
【０１１８】
（免疫原性組成物）
本発明は、ワクチンとして用いることができる免疫原性組成物を提供する。これらのワクチンは予防的（すなわち、感染を防ぐために）または治療的（すなわち、感染を処置するために）のいずれでもあり得るが、典型的には予防的である。
【０１１９】
したがって、組成物は薬学的に許容され得る。それらは、通常、肺炎球菌免疫原およびインフルエンザ免疫原に加えて成分を含み、例えば、それらには、典型的には、１つまたは複数の薬学的キャリア（複数可）および／または賦形剤（複数可）が挙げられる。そのような成分の徹底的な議論は、参考文献２２８で入手できる。
【０１２０】
組成物は、一般的に、水性の形で哺乳動物に投与される。しかしながら、組成物は、投与前に非水性の形である場合もある。例えば、水性の形で製造され、その後、同様に水性の形で、充填され、配布され、投与されるワクチンもあれば、製造中に凍結乾燥され、使用時点で水性の形へ再構成されるワクチンもある。したがって、本発明の組成物は、凍結乾燥処方物などのように乾燥していてもよい。
【０１２１】
組成物は、チオメルサールまたは２−フェノキシエタノールなどの保存剤を含んでもよい。しかしながら、ワクチンは、水銀物質を実質的に含まないことが好ましく（すなわち、５μｇ／ｍｌ未満）、例えば、チオメルサールを含まないものであるべきである。水銀を含まないワクチンがより好ましい。保存剤を含まないワクチンは特に好ましい。
【０１２２】
張性を調節するために、ナトリウム塩などの生理的塩を含むことが好ましい。塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）が好ましく、それは、１ｍｇ／ｍｌ〜２０ｍｇ／ｍｌで存在し得、例えば、約１０±２ｍｇ／ｍｌのＮａＣｌである。存在し得る他の塩には、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、無水リン酸二ナトリウム、塩化マグネシウム、塩化カルシウムなどが挙げられる。
【０１２３】
組成物は、一般的に、２００ｍＯｓｍ／ｋｇ〜４００ｍＯｓｍ／ｋｇ、好ましくは、２４０〜３６０ｍＯｓｍ／ｋｇの重量オスモル濃度を有し、より好ましくは、２９０〜３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲内にある。
【０１２４】
組成物は、１つまたは複数の緩衝剤を含んでもよい。典型的な緩衝剤として、リン酸緩衝剤、Ｔｒｉｓ緩衝剤、ホウ酸緩衝剤、コハク酸緩衝剤、ヒスチジン緩衝剤（特に、水酸化アルミニウムアジュバントと共に）、またはクエン酸緩衝剤が挙げられる。緩衝剤は、典型的には、５〜２０ｍＭの範囲で含まれる。
【０１２５】
組成物のｐＨは、一般的には、５．０〜８．１であり、より典型的には、６．０〜８．０、例えば、６．５〜７．５、または７．０〜７．８である。
【０１２６】
組成物は、好ましくは無菌性である。組成物は、好ましくは、非発熱性であり、例えば、用量あたり＜１ＥＵ（エンドトキシン単位、標準的尺度）、好ましくは用量あたり＜０．１ＥＵを含む。組成物は、好ましくはグルテンを含まない。
【０１２７】
組成物は、単回免疫化のための材料を含んでもよいし、複数回免疫化のための材料（すなわち、「複数回用量」キット）を含んでもよい。保存剤の含有は、複数回用量の用意においては好ましい。複数回用量組成物に保存剤を含むことの代わりとして（またはそれに加えて）、組成物は、材料の取り出しのための無菌性アダプターを有する容器に含まれてもよい。
【０１２８】
ヒトワクチンは、典型的には、約０．５ｍｌの単位投薬容積で投与されるが、半用量（すなわち、約０．２５ｍｌ）が子どもに投与される場合がある。
【０１２９】
本発明の免疫原性組成物はまた、１つまたは複数の免疫調節剤を含んでもよい。好ましくは、１つまたは複数の免疫調節剤は、１つまたは複数のアジュバントを含む。本発明の組成物中に用いることができるアジュバントには、以下が挙げられるが、それらに限定されない。
【０１３０】
（Ａ．ミネラル含有組成物）
本発明においてアジュバントとして用いるのに適したミネラル含有組成物には、アルミニウム塩およびカルシウム塩などのミネラル塩が挙げられる。本発明は、水酸化物（例えば、オキシ水酸化物）、リン酸塩（例えば、ヒドロキシリン酸塩、オルトリン酸塩）、硫酸塩などのミネラル塩［例えば、参考文献１５６の８章および９章参照］、または異なるミネラル化合物の混合物を含み、化合物は任意の適切な形（例えば、ゲル、結晶、非晶質）をとり、かつ吸着が好ましい。ミネラル含有組成物をまた、金属塩の粒子として処方してもよい。
【０１３１】
「水酸化アルミニウム」として知られたアジュバントは、典型的には、オキシ水酸化アルミニウム塩であり、それは通常、少なくとも部分的に結晶である。式ＡｌＯ（ＯＨ）によって表すことができるオキシ水酸化アルミニウムは、水酸化アルミニウムＡｌ（ＯＨ）_３などの他のアルミニウム化合物と、赤外（ＩＲ）分光学、特に１０７０ｃｍ^−１における吸着（ａｄｓｏｒｐｔｉｏｎ）バンドおよび３０９０〜３１００ｃｍ^−１における強い肩の存在によって区別することができる［参考文献１５６の９章］。水酸化アルミニウムアジュバントの結晶度は、半値高における回折バンドの幅（（ｗｉｄｔｈ ｏｆ ｔｈｅ ｄｉｆｆｒａｃｔｉｏｎ ｂａｎｄ ａｔ ｈａｌｆ ｈｅｉｇｈｔ）ＷＨＨ）によって反映され、結晶性が弱い粒子は、より小さい結晶サイズのために、より大きな線の広がりを示す。ＷＨＨが増加するにつれて、表面積は増加し、より高いＷＨＨ値を有するアジュバントは、抗原吸着についてより大きな能力を有すると見られている。（例えば、透過型電子顕微鏡写真に見られるような）線維状形態は、水酸化アルミニウムアジュバントについて典型である。水酸化アルミニウムアジュバントのｐＩは、典型的には、約１１であり、すなわち、アジュバント自体は、生理的ｐＨにおいて正の表面電荷を有する。ｐＨ７．４における１ｍｇのＡｌ^＋＋＋あたり１．８〜２．６ｍｇのタンパク質の吸着能力が水酸化アルミニウムアジュバントについて報告されている。
【０１３２】
「リン酸アルミニウム」として知られたアジュバントは、典型的には、ヒドロキシリン酸アルミニウムであり、少量の硫酸塩も含む（すなわち、ヒドロキシリン酸アルミニウム硫酸塩）場合も多い。それらは沈殿によって得ることができ、沈殿中の反応条件および濃度は、塩においてヒドロキシルに代わってホスフェートが置換する程度に影響する。ヒドロキシリン酸塩は、一般的に、０．３から１．２のＰＯ_４／Ａｌモル比を有する。ヒドロキシリン酸塩は、ヒドロキシル基の存在によって厳密なＡｌＰＯ_４とは区別することができる。例えば、３１６４ｃｍ^−１（例えば、２００℃で）におけるＩＲスペクトルバンドは、構造的ヒドロキシルの存在を示す［参考文献１５６の９章］。
【０１３３】
リン酸アルミニウムアジュバントのＰＯ_４／Ａｌ^３＋モル比は、一般的に、０．３から１．２、好ましくは０．８から１．２、より好ましくは０．９５±０．１である。リン酸アルミニウムは一般的に、特にヒドロキシリン酸塩については、非晶質である。典型的なアジュバントは、０．６ｍｇ Ａｌ^３＋／ｍｌで含まれる、０．８４から０．９２のＰＯ_４／Ａｌモル比をもつ非晶質ヒドロキシリン酸アルミニウムである。リン酸アルミニウムは、一般的に粒状（例えば、透過型電子顕微鏡写真で見られるようにプレート状形態）である。粒子の典型的な直径は、任意の抗原吸着後、０．５〜２０μｍの範囲（例えば、約５〜１０μｍ）である。ｐＨ７．４における１ｍｇのＡｌ^＋＋＋あたりの０．７〜１．５ｍｇのタンパク質の吸着能力が、リン酸アルミニウムアジュバントについて報告されている。
【０１３４】
リン酸アルミニウムのゼロ電荷点（ＰＺＣ）は、ヒドロキシルに代わってのホスフェートの置換度に逆相関し、この置換度は、その塩を沈殿によって調製するのに用いられる反応条件および反応物の濃度に依存して異なり得る。ＰＺＣはまた、溶液中の遊離リン酸イオンの濃度を変化させることによって（より多いホスフェート＝より酸性ＰＺＣ）、またはヒスチジン緩衝剤などの緩衝剤を加えることによって（ＰＺＣをより塩基性にさせる）、変化する。本発明に従って用いられるリン酸アルミニウムは、一般的に、４．０から７．０、より好ましくは５．０から６．５、例えば、約５．７のＰＺＣを有する。
【０１３５】
本発明の組成物を調製するために用いられるアルミニウム塩の懸濁物は、緩衝剤（例えば、リン酸緩衝剤またはヒスチジン緩衝剤またはＴｒｉｓ緩衝剤）を含んでもよいが、これは常に必要とは限らない。懸濁物は、好ましくは、無菌で発熱物質を含まない。懸濁物は、遊離水性リン酸イオンを含んでもよいが、例えば、１．０ｍＭから２０ｍＭ、好ましくは５ｍＭから１５ｍＭ、より好ましくは約１０ｍＭの濃度で存在する。懸濁物はまた、塩化ナトリウムを含んでもよい。
【０１３６】
一実施形態において、アジュバント成分には、水酸化アルミニウムおよびリン酸アルミニウムの両方の混合物が挙げられる。この場合、水酸化アルミニウムより多いリン酸アルミニウムが存在してもよく、例えば、少なくとも２：１、例えば、≧５：１、≧６：１、≧７：１、≧８：１、≧９：１などの重量比である。
【０１３７】
公知のＰＲＥＶＮＡＲ^ＴＭおよびＳＹＮＦＬＯＲＩＸ^ＴＭワクチンは、どちらもリン酸アルミニウムアジュバントを含む。このアジュバントは、インフルエンザワクチンと共に用いるのには理想的ではなく、また、肺炎球菌のタンパク質抗原より糖類抗原に適し得る。したがって、組成物がインフルエンザウイルス免疫原および肺炎球菌タンパク質免疫原の両方を含むいくつかの実施形態において、組成物はリン酸アルミニウムアジュバントを含まない場合がある。しかし、リン酸アルミニウムアジュバントが存在する場合には、それは、第２のアジュバント、例えば、３ｄＭＰＬまたは水中油型エマルジョンとの組み合わせであり得る。単独のアジュバントとしてのリン酸アルミニウム塩の含有は、このようにして避けることができる。
【０１３８】
患者への投与用の組成物におけるＡｌ^＋＋＋の濃度は、好ましくは、１０ｍｇ／ｍｌ未満、例えば、≦５ｍｇ／ｍｌ、≦４ｍｇ／ｍｌ、≦３ｍｇ／ｍｌ、≦２ｍｇ／ｍｌ、≦１ｍｇ／ｍｌなどである。好ましい範囲は、０．３ｍｇ／ｍｌから１ｍｇ／ｍｌである。＜０．８５ｍｇ／用量の最大量が好ましい。
【０１３９】
（Ｂ．油エマルジョン）
本発明においてアジュバントとして用いるのに適した油エマルジョン組成物には、ＭＦ５９などのスクアレン−水のエマルジョンが挙げられる［参考文献１５６の１０章；参考文献１５３も参照］（マイクロフルイダイザーを用いてサブミクロン粒子へ処方された５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ ８０、および０．５％Ｓｐａｎ ８５）。完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）もまた用いてもよい。
【０１４０】
様々な適切な水中油型エマルジョンが知られており、それらは、典型的には、少なくとも１つの油および少なくとも１つのサーファクタントを含み、油（複数可）およびサーファクタント（複数可）は生分解性（代謝可能）かつ生体適合性である。エマルジョン中の油滴は、一般的に、直径が５μｍ未満であり、有利には、エマルジョンは、サブミクロンの直径をもつ油滴を含み、これらの小さいサイズはマイクロフルイダイザーを用いて得られ、安定なエマルジョンを提供する。２２０ｎｍ未満のサイズをもつ液滴は、それらを濾過滅菌に供することができるので、好ましい。
【０１４１】
本発明は、（魚などの）動物供給源または植物供給源由来のものなどの油と共に用いることができる。植物油の供給源には、堅果、種子、および穀物が挙げられる。最も一般的に入手可能な落花生油、大豆油、ココナッツ油、およびオリーブ油は、堅果油を例示するものである。ホホバ油を用いることができ、例えば、それはホホバ豆から得られる。種子油には、紅花油、綿実油、ヒマワリ種子油、ゴマ種子油などが挙げられる。穀物群において、コーン油が最も容易に入手できるが、小麦、オート麦、ライ麦、米、テフ、ライコムギなどの他の穀物の油もまた用いてもよい。グリセロールおよび１，２−プロパンジオールの６〜１０個の炭素の脂肪酸エステルは、種油中に天然では存在しないが、堅果油および種子油から始まる適切な材料の加水分解、分離、およびエステル化によって調製することができる。哺乳動物の乳由来の脂肪および油は代謝可能であり、それゆえに、本発明の実施に用いてもよい。動物供給源から純粋な油を得るのに必要な分離、精製、鹸化、および他の手段についての手順は当技術分野においてよく知られている。たいていの魚は、容易に収集することができる代謝可能な油を含む。例えば、タラ肝油、サメ肝油、および鯨蝋などの鯨油は、本明細書で用いることができる魚油のいくつかを例示するものである。いくつかの分岐鎖油は、５炭素イソプレン単位で生化学的に合成され、一般的にテルペノイドと呼ばれる。サメ肝油は、スクアレン、２，６，１０，１５，１９，２３−ヘキサメチル−２，６，１０，１４，１８，２２−テトラコサヘキサエンとして知られた分岐型不飽和テルペノイドを含む。他の好ましい油はトコフェロールである（下記参照）。スクアレンを含む水中油型エマルジョンは特に好ましい。油の混合物を用いることができる。
【０１４２】
サーファクタントは、それらの「ＨＬＢ（親水性／親油性バランス）」によって分類することができる。本発明の好ましいサーファクタントは、少なくとも１０、好ましくは少なくとも１５、より好ましくは少なくとも１６のＨＬＢを有する。本発明は、非限定的に、ポリオキシエチレンソルビタンエステルサーファクタント（一般的に、Ｔｗｅｅｎと呼ばれる）、特にポリソルベート２０およびポリソルベート８０；ＤＯＷＦＡＸ^ＴＭの商品名で販売されているエチレンオキシド（ＥＯ）、プロピレンオキシド（ＰＯ）、および／またはブチレンオキシド（ＢＯ）のコポリマー（例えば、線状ＥＯ／ＰＯブロックコポリマー）；オクトキシノール（繰り返すエトキシ（オキシ−１，２−エタンジイル）基の数が様々であり得、オクトキシノール−９（Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００、またはｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール）が特に関心対象である）；（オクチルフェノキシ）ポリエトキシエタノール（ＩＧＥＰＡＬ ＣＡ−６３０／ＮＰ−４０）；ホスファチジルコリン（レシチン）などのリン脂質；（Ｂｒｉｊサーファクタントとして知られた）ラウリル、セチル、ステアリル、およびオレイルアルコール由来のポリオキシエチレン脂肪エーテル、例えば、トリエチレングリコールモノラウリルエーテル（Ｂｒｉｊ ３０）；ならびに（一般的にＳＰＡＮとして知られた）ソルビタンエステル、例えば、ソルビタントリオレエート（Ｓｐａｎ ８５）およびソルビタンモノラウレートを含むサーファクタントと共に用いることができる。エマルジョンに含まれるのに好ましいサーファクタントは、Ｔｗｅｅｎ ８０（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート）、Ｓｐａｎ ８５（ソルビタントリオレエート）、レシチン、およびＴｒｉｔｏｎ Ｘ−１００である。上記で述べられているように、Ｔｗｅｅｎ ８０などの界面活性剤は、下記の実施例に見られる熱安定性に寄与する可能性がある。
【０１４３】
サーファクタントの混合物、例えば、Ｔｗｅｅｎ ８０／Ｓｐａｎ ８５混合物を用いることができる。ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Ｔｗｅｅｎ ８０）などのポリオキシエチレンソルビタンエステル、およびｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００）などのオクトキシノールの組み合わせもまた適している。別の有用な組み合わせは、ポリオキシエチレンソルビタンエステルおよび／またはオクトキシノールに加えたラウレス９を含む。
【０１４４】
サーファクタントの好ましい量（重量％）は以下である：ポリオキシエチレンソルビタンエステル（Ｔｗｅｅｎ ８０など）０．０１〜１％、特に約０．１％；オクチルフェノキシポリオキシエタノールまたはノニルフェノキシポリオキシエタノール（Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００、またはＴｒｉｔｏｎシリーズにおける他の界面活性剤など）０．００１〜０．１％、特に０．００５〜０．０２％；ポリオキシエチレンエーテル（ラウレス９など）０．１〜２０％、好ましくは０．１〜１０％、特に０．１〜１％または約０．５％。
【０１４５】
本発明に関して有用な特定の水中油型エマルジョンアジュバントには以下が挙げられるが、それらに限定されない。
【０１４６】
・スクアレン、Ｔｗｅｅｎ ８０、およびＳｐａｎ ８５のサブミクロンエマルジョン。容積によるエマルジョンの組成は、約５％のスクアレン、約０．５％のポリソルベート８０、および約０．５％のＳｐａｎ ８５であり得る。重量に置き換えれば、これらの比率は、４．３％のスクアレン、０．５％のポリソルベート８０、および０．４８％のＳｐａｎ ８５になる。このアジュバントは、参考文献１５６の１０章および参考文献１５７の１２章により詳細に記載されているように、「ＭＦ５９」として知られている［１５３〜１５５］。ＭＦ５９エマルジョンは、有利には、クエン酸イオン、例えば、１０ｍＭのクエン酸ナトリウム緩衝剤を含む。
【０１４７】
・スクアレン、α−トコフェロール、およびポリソルベート８０を含むエマルジョン。これらのエマルジョンは、２〜１０％のスクアレン、２〜１０％のトコフェロール、および０．３〜３％のＴｗｅｅｎ ８０を有し得、スクアレン：トコフェロールの重量比は、好ましくは≦１（例えば、０．９０）である（これがより安定なエマルジョンを提供するため）。スクアレンおよびＴｗｅｅｎ ８０は、約５：２の容積比、または約１１：５の重量比で存在してもよい。１つのそのようなエマルジョンは、Ｔｗｅｅｎ ８０をＰＢＳ中に溶解して、２％の溶液を生じ、その後、９０ｍｌのこの溶液を（５ｇのＤＬ−α−トコフェロールおよび５ｍｌのスクアレン）の混合物と混合し、その後、その混合物をマイクロフルイダイズすることによって作製することができる。生じたエマルジョンは、サブミクロンの油滴、例えば、１００ｎｍから２５０ｎｍ、好ましくは約１８０ｎｍの平均直径をもつ油滴であり得る。
【０１４８】
・スクアレン、トコフェロール、およびＴｒｉｔｏｎ界面活性剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）のエマルジョン。エマルジョンはまた、３ｄ−ＭＰＬを含んでもよい（下記参照）。エマルジョンはリン酸緩衝剤を含んでもよい。
【０１４９】
・ポリソルベート（例えば、ポリソルベート８０）、Ｔｒｉｔｏｎ界面活性剤（例えば、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００）、およびトコフェロール（例えば、コハク酸α−トコフェロール）を含むエマルジョン。エマルジョンは、これらの３つの成分を約７５：１１：１０の質量比（例えば、７５０μｇ／ｍｌのポリソルベート８０、１１０μｇ／ｍｌのＴｒｉｔｏｎ Ｘ−１００、および１００μｇ／ｍｌのコハク酸α−トコフェロール）で含んでもよく、これらの濃度は、抗原由来のこれらの成分のいかなる寄与も含むべきである。エマルジョンはまた、スクアレンを含んでもよい。エマルジョンはまた、３ｄ−ＭＰＬを含んでもよい（下記参照）。水性相はリン酸緩衝剤を含んでもよい。
【０１５０】
・スクアラン、ポリソルベート８０、およびポロキサマー４０１（「Ｐｌｕｒｏｎｉｃ^ＴＭ Ｌ１２１」）のエマルジョン。エマルジョンは、リン酸緩衝食塩水、ｐＨ７．４中に処方することができる。このエマルジョンは、ムラミルジペプチドについての有用な送達ビヒクルであり、「ＳＡＦ−１」アジュバント［１５８］（０．０５〜１％のＴｈｒ−ＭＤＰ、５％のスクアラン、２．５％のＰｌｕｒｏｎｉｃ Ｌ１２１、および０．２％のポリソルベート８０）においてスレオニル−ＭＤＰと共に用いられている。それはまた、「ＡＦ」アジュバント［１５９］（５％のスクアラン、１．２５％のＰｌｕｒｏｎｉｃ Ｌ１２１、および０．２％のポリソルベート８０）においてのように、Ｔｈｒ−ＭＤＰなしで用いることもできる。マイクロフルイダイゼーションが好ましい。
【０１５１】
・スクアレン、水性溶媒、ポリオキシエチレンアルキルエーテル親水性非イオン性サーファクタント（例えば、ポリオキシエチレン（１２）セトステアリルエーテル）、および疎水性非イオン性サーファクタント（例えば、ソルビタンモノオレエート（ｍｏｎｏｌｅａｔｅ）または「Ｓｐａｎ ８０」などのソルビタンエステルまたはマンニドエステル）を含むエマルジョン。エマルジョンは、好ましくは、熱可逆性であり、および／または２００ｎｍ未満のサイズをもつ油滴を（容積で）少なくとも９０％有する［１６０］。エマルジョンはまた、アルジトール、凍結保護剤（例えば、ドデシルマルトシドおよび／またはスクロースなどの糖）、および／またはアルキルポリグリコシドのうちの１つまたは複数を含んでもよい。そのようなエマルジョンを凍結乾燥してもよい。
【０１５２】
・０．５〜５０％の油、０．１〜１０％のリン脂質、および０．０５〜５％の非イオン性サーファクタントを有するエマルジョン。参考文献１６１に記載されているように、好ましいリン脂質成分は、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、およびカルジオリピンである。サブミクロンの液滴サイズが有利である。
【０１５３】
・非代謝型油（例えば、軽油）および少なくとも１つのサーファクタント（例えば、レシチン、Ｔｗｅｅｎ ８０、またはＳｐａｎ ８０）のサブミクロンの水中油型エマルジョン。ＱｕｉｌＡサポニン、コレステロール、サポニン親油性結合体（例えば、グルクロン酸のカルボキシル基を介しての脂肪族アミンのデスアシルサポニンへの付加によって生成される、参考文献１６２に記載されるＧＰＩ−０１００）、ジメチルジオクタデシルアンモニウム（ｄｉｍｅｔｈｙｉｄｉｏｃｔａｄｅｃｙｌａｍｍｏｎｉｕｍ）ブロミド、および／またはＮ，Ｎ−ジオクタデシル−Ｎ，Ｎ−ビス（２−ヒドロキシエチル）プロパンジアミンなどの添加物を含んでもよい。
【０１５４】
・ミネラルオイル、非イオン性親油性エトキシル化脂肪アルコール、および非イオン性親水性サーファクタント（例えば、エトキシル化脂肪アルコールおよび／またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー）を含むエマルジョン［１６３］。
【０１５５】
・ミネラルオイル、非イオン性親水性エトキシル化脂肪アルコール、および非イオン性親油性サーファクタント（例えば、エトキシル化脂肪アルコールおよび／またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー）を含むエマルジョン［１６３］。
【０１５６】
・サポニン（例えば、ＱｕｉｌＡまたはＱＳ２１）およびステロール（例えば、コレステロール）がらせん状ミセルとして会合しているエマルジョン［１６４］。
【０１５７】
本発明と共にアジュバントとして水中油型エマルジョンを用いることは、子どもにおいて特に有用である。これらのアジュバントは、少なくとも６ヶ月間、インフルエンザウイルスに対する高くかつ持続性の抗体力価を与えることができ、誘発された免疫応答は、循環インフルエンザウイルス株の変動改変体に対して交差反応性がある［１６５］。月齢６ヶ月未満の乳児のインフルエンザ入院率は、現在、あらゆる年齢群の中でも最も高く、したがって、この年齢群において効果的な予防の必要性がある。
【０１５８】
組成物中の抗原およびアジュバントは、典型的には、患者への送達時点で混合された状態である。エマルジョンを、製造中に、または送達時に即席で、抗原と混合してもよい。したがって、アジュバントおよび抗原は、使用時に最終処方物にする準備が整った状態で、パッケージ化されたワクチンまたは配布されるワクチン内で別々に保持されてもよい。ワクチンが２つの液体を混合することによって最終的に調製されるように、抗原は、一般的に、水性の形である。混合のための２つの液体の容積比は様々であり得るが（例えば、５：１から１：５）、一般的に約１：１である。
【０１５９】
（Ｃ．サポニン処方物［参考文献１５６の２２章］）
サポニン処方物もまた、本発明においてアジュバントとして用いてもよい。サポニンは、広範囲の植物種の樹皮、葉、茎、根、さらに花にも見出されるステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの異種群である。Ｑｕｉｌｌａｉａ ｓａｐｏｎａｒｉａ Ｍｏｌｉｎａの木の樹皮由来のサポニンがアジュバントとして広く研究されている。サポニンはまた、商業的には、Ｓｍｉｌａｘ ｏｒｎａｔａ（サルサパリラ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（ブライズベール）、およびＳａｐｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（ソープルート）から得ることができる。サポニンアジュバント処方物には、ＱＳ２１などの精製された処方物、およびＩＳＣＯＭなどの脂質処方物が挙げられる。ＱＳ２１はＳｔｉｍｕｌｏｎ^ＴＭとして市販されている。
【０１６０】
サポニン組成物は、ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＨＰＬＣを用いて精製されている。これらの技術を用いた、特定の精製画分は同定されており、それらにはＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−Ｂ、およびＱＨ−Ｃが挙げられる。好ましくは、サポニンはＱＳ２１である。ＱＳ２１の製造方法は、参考文献１６６に開示されている。サポニン処方物はまた、コレステロールなどのステロールを含んでもよい［１６７］。
【０１６１】
サポニンおよびコレステロールの組み合わせは、免疫賦活性複合体（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれる独特な粒子を形成するために用いることができる［参考文献１５６の２３章］。ＩＳＣＯＭはまた、典型的には、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンなどのリン脂質を含む。任意の公知のサポニンをＩＳＣＯＭに用いることができる。好ましくは、ＩＳＣＯＭは、ＱｕｉｌＡ、ＱＨＡ、およびＱＨＣの１つまたは複数を含む。ＩＳＣＯＭは、参考文献１６７〜１６９にさらに記載されている。任意で、ＩＳＣＯＭはさらなる界面活性剤を欠いてもよい［１７０］。
【０１６２】
サポニンに基づいたアジュバントの開発の概論は、参考文献１７１および１７２に見出すことができる。
【０１６３】
（Ｄ．細菌または微生物の誘導体）
本発明に用いるのに適したアジュバントには、腸内細菌性リポ多糖（ＬＰＳ）の無毒性誘導体、リピドＡ誘導体、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、ならびにＡＤＰリボシル化毒およびその解毒化誘導体などの細菌または微生物の誘導体が挙げられる。
【０１６４】
ＬＰＳの無毒性誘導体には、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が挙げられる。３ｄＭＰＬは、４つ、５つ、または６つのアシル化鎖を有する３デ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡの混合物である。３デ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡの好ましい「小粒子」の形は、参考文献１７３に開示されている。そのような３ｄＭＰＬの「小粒子」は、０．２２μｍの膜を通って滅菌濾過されるのに十分小さい［１７３］。他の無毒性ＬＰＳ誘導体には、リン酸アミノアルキルグルコサミニド誘導体、例えば、ＲＣ−５２９などのモノホスホリルリピドＡ模倣体が挙げられる［１７４、１７５］。
【０１６５】
リピドＡ誘導体には、ＯＭ−１７４などの大腸菌由来のリピドＡの誘導体が挙げられる。ＯＭ−１７４は、例えば、参考文献１７６および１７７に記載されている。
【０１６６】
本発明においてアジュバントとして用いるのに適した免疫賦活性オリゴヌクレオチドには、ＣｐＧモチーフ（リン酸結合によってグアノシンに連結した非メチル化シトシンを含むジヌクレオチド配列）を含むヌクレオチド配列が挙げられる。パリンドローム配列またはポリ（ｄＧ）配列を含む二本鎖ＲＮＡおよびオリゴヌクレオチドもまた、免疫賦活性であることが示されている。
【０１６７】
ＣｐＧは、ホスホロチオエート修飾体などのヌクレオチド修飾体／類似体を含み得、二本鎖または一本鎖であり得る。参考文献１７８、１７９、および１８０は、可能な類似体置換、例えば、グアノシンの２’−デオキシ−７−デアザグアノシンでの置き換えを開示している。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、参考文献１８１〜１８６にさらに考察されている。
【０１６８】
ＣｐＧ配列は、ＴＬＲ９に向けられ得、例えば、モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴがある［１８７］。ＣｐＧ配列は、Ｔｈ１免疫応答の誘導に特異的である場合があり、（例えば、ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮ）、またはＢ細胞応答の誘導に、より特異的である場合もある（例えば、ＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮ）。ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮおよびＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮは参考文献１８８〜１９０に考察されている。好ましくは、ＣｐＧはＣｐＧ−Ａ ＯＤＮである。
【０１６９】
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’末端が受容体認識のためにアクセス可能であるように構築される。任意で、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列を、それらの３’末端で付着して、「イムノマー」を形成してもよい。例えば、参考文献１８７、および１９１〜１９３参照。
【０１７０】
免疫賦活性オリゴヌクレオチドに基づいた特に有用なアジュバントは、ＩＣ−３１^ＴＭとして知られている［１９４〜１９６］。したがって、本発明と共に用いられるアジュバントは、（ｉ）少なくとも１つ（好ましくは複数）のＣｐＩモチーフ（すなわち、シトシンがイノシンに連結してジヌクレオチドを形成している）を含むオリゴヌクレオチド（例えば、１５〜４０個のヌクレオチド）、および（ｉｉ）少なくとも１つ（好ましくは複数）のＬｙｓ−Ａｒｇ−Ｌｙｓトリペプチド配列を含むオリゴペプチド（例えば、５〜２０個のアミノ酸）などのポリカチオン性ポリマーの混合物を含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、２６−ｍｅｒの配列５’−（ＩＣ）_１３−３’（配列番号７１）を含むデオキシヌクレオチドであってもよい。ポリカチオン性ポリマーは、１１−ｍｅｒのアミノ酸配列ＫＬＫＬＬＬＬＬＫＬＫ（配列番号７２）を含むペプチドであってもよい。配列番号７１と配列番号７２のこの組み合わせは、ＩＣ−３１^ＴＭアジュバントを提供する。
【０１７１】
細菌ＡＤＰリボシル化トキシンおよびその解毒化誘導体は、本発明においてアジュバントとして用いてもよい。好ましくは、そのタンパク質は、大腸菌（大腸菌熱不安定性エンテロトキシン「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または百日咳（「ＰＴ」）に由来する。解毒化ＡＤＰリボシル化トキシンを粘膜アジュバントとして用いることは、参考文献１９７に記載され、参考文献１９８においては非経口アジュバントとして記載されている。そのトキシンまたはトキソイドは、好ましくは、ＡサブユニットおよびＢサブユニットの両方を含むホロトキシンの形をとる。好ましくは、Ａサブユニットは、解毒性変異を含む；好ましくは、Ｂサブユニットは変異されていない。好ましくは、アジュバントは、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２、およびＬＴ−Ｇ１９２などの解毒化ＬＴ変異体である。ＡＤＰリボシル化トキシンおよびそれらの解毒化誘導体、特にＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２をアジュバントとして用いることは、参考文献１９９〜２０６に見出すことができる。有用なＣＴ変異体はＣＴ−Ｅ２９Ｈである［２０７］。アミノ酸置換に関する数的基準は、好ましくは、全体が参考として本明細書に明確に組み入れられた参考文献２０８に示されたＡＤＰリボシル化トキシンのＡサブユニットおよびＢサブユニットのアラインメントに基づいている。
【０１７２】
（Ｅ．ヒト免疫調節物質）
本発明においてアジュバントとして用いるのに適したヒト免疫調節物質には、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２［２０９］など）［２１０］、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子などのサイトカインが挙げられる。好ましい免疫調節物質はＩＬ−１２である。
【０１７３】
（Ｆ．生体接着剤（ｂｉｏａｄｈｅｓｉｖｅ）および粘膜接着剤（ｍｕｃｏａｄｈｅｓｉｖｅ））
生体接着剤および粘膜接着剤もまた、本発明においてアジュバントとして用いてもよい。適切な生体接着剤には、エステル化ヒアルロン酸ミクロスフェア［２１１］、またはポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖、およびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体などの粘膜接着剤が挙げられる。キトサンおよびその誘導体もまた本発明においてアジュバントとして用いてもよい［２１２］。
【０１７４】
（Ｇ．微粒子）
微粒子もまた、本発明においてアジュバントとして用いてもよい。生分解性かつ無毒性である材料（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）が好ましい）から形成された微粒子（すなわち、直径約１００ｎｍ〜約１５０μｍ、より好ましくは直径約２００ｎｍ〜約３０μｍ、最も好ましくは直径約５００ｎｍ〜約１０μｍの粒子）は、任意で、負荷電表面（例えば、ＳＤＳを用いて）または正荷電表面（例えば、ＣＴＡＢなどの陽イオン性界面活性剤を用いて）を有するように処理される。
【０１７５】
（Ｈ．リポソーム（参考文献１５６の１３章および１４章））
アジュバントとして用いるのに適したリポソーム処方物の例は、参考文献２１３〜２１５に記載されている。
【０１７６】
（Ｉ．イミダゾキノロン化合物）
本発明においてアジュバントとして用いるのに適したイミダゾキノロン化合物の例には、イミキモドおよびその同族体（例えば、「レシキモド ３Ｍ」）が挙げられ、それらは参考文献２１６および２１７にさらに記載されている。
【０１７７】
本発明はまた、上記で同定されたアジュバントの１つまたは複数の態様の組み合わせを含んでもよい。例えば、以下のアジュバント組成物を本発明に用いてもよい：（１）サポニンおよび水中油型エマルジョン［２１８］；（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋無毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）［２１９］；（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋無毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（任意で、＋ステロール）［２２０］；（５）３ｄＭＰＬの、例えば、ＱＳ２１および／または水中油型エマルジョンとの組み合わせ［２２１］；（６）サブミクロンエマルジョンへマイクロフルイダイズされたか、またはより大きな粒子サイズエマルジョンを生じるようにボルテックスされたかのいずれかの、１０％のスクアレン、０．４％のＴｗｅｅｎ ８０^ＴＭ、５％のプルロニック−ブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含むＳＡＦ；（７）２％のスクアラン、０．２％のＴｗｅｅｎ ８０、ならびにモノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群からの１つまたは複数の細菌細胞壁成分、好ましくはＭＰＬ＋ＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ^ＴＭ）を含む、Ｒｉｂｉ^ＴＭアジュバント系（ＲＡＳ）（Ｒｉｂｉ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；ならびに（８）１つまたは複数のミネラル塩（例えば、アルミニウム塩）＋ＬＰＳの無毒性誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）。
【０１７８】
免疫賦活剤として作用する他の物質は参考文献１５６の７章に開示されている。
【０１７９】
水酸化アルミニウムアジュバントは有用であり、抗原は、一般的にこの塩に吸着される。サブミクロンの油滴を有する、スクアレンを含む水中油型エマルジョンもまた、特に高齢者において、好ましい。有用なアジュバント組み合わせには、ＣｐＧとアルミニウム塩、またはレシキモドとアルミニウム塩などのＴｈ１アジュバントとＴｈ２アジュバントとの組み合わせが挙げられる。アルミニウム塩と３ｄＭＰＬとの組み合わせを用いてもよい。
【０１８０】
ワクチンとして用いられる免疫原性組成物は、免疫的有効量の肺炎球菌免疫原およびインフルエンザ免疫原、加えて、必要に応じて、任意の他の成分を含む。「免疫的有効量」とは、単回投与で、または一連の一部として、のいずれかでのその量の個体への投与が、処置または予防に効果的であることを意味する。この量は、処置されるべき個体の健康状態および身体的状態、年齢、処置されるべき個体の分類群（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、個体の免疫系の抗体を合成する能力、望まれる防御の程度、ワクチンの処方、処置を行う医者の医学的状況の評価、および他の関連因子によって異なる。量は、日常的試行を通して決定することができる比較的広い範囲になることが予想される。投薬ガイダンスは、認可されたヒト肺炎球菌ワクチンおよびインフルエンザワクチンからすでに入手可能である。
【０１８１】
肺炎球菌感染およびインフルエンザ感染は、身体の様々な領域に影響を及ぼし得、それゆえに、本発明の組成物は様々な形に調製してもよい。例えば、組成物は、液体溶液かまたは懸濁物かのいずれかとしての注射剤（ｉｎｊｅｃｔａｂｌｅｓ）として調製されてもよい。注射前の液体ビヒクルにおける溶液または懸濁物に適した固体の形でもまた調製することができる（例えば、凍結乾燥した組成物、または噴霧凍結乾燥した組成物）。組成物は、局所投与用に、例えば、軟膏、クリーム、または粉末として、調製されてもよい。組成物は、経口投与用に、例えば、錠剤またはカプセルとして、スプレーとして、またはシロップ（任意で、矯味矯臭する）として、調製されてもよい。組成物は、肺への投与用に、例えば、微粉またはスプレーを用いる吸入器として、調製されてもよい。組成物は、坐剤またはペッサリーとして調製されてもよい。組成物は、鼻、耳、または眼への投与用に、例えば、滴剤として、調製されてもよい。しかし、通常、組成物は、筋肉内注射に適した注射液であり、それは、不活性化インフルエンザワクチンおよび肺炎球菌ワクチンの両方についての現在の投与経路であり、通常、０．５ｍｌの単位投薬容積で用いられる。
【０１８２】
インフルエンザワクチンはシーズンを基準として調製されるが、肺炎球菌ワクチンはそうではないため、本発明の免疫原性組成物を提供するように使用時点で組み合わせることができる成分を含むキットを配布することが、都合がよい場合がある。この用意により、例えば、肺炎球菌ワクチンまたはＲＳＶワクチンをインフルエンザのシーズンとシーズンとの間に保存することができる。したがって、本発明は、（ｉ）インフルエンザウイルス免疫原を含む第１のキット成分および（ｉｉ）肺炎球菌免疫原を含む第２のキット成分を含む、キットを提供する。その２つのキット成分を混合することによって、本発明の組成物が提供される。第２のキット成分は、乾燥した形であり得、その場合、それは、インフルエンザウイルス免疫原によって再構成されて、本発明の組成物を提供することができる。第１の成分および第２の成分の両方が液体の形である場合には、それらの免疫原は、それらの混合によって最終投薬濃度へと相互希釈されるように、所望の最終濃度より濃縮されているべきである。例えば、２つの液体免疫原は、１：１（容積）混合が、要求される最終濃度を与えるように、２倍濃度で供給することができる。
【０１８３】
そのようなキットが提供される場合、それは２つのバイアルを含んでもよいし、１つの充填済みのシリンジおよび１つのバイアルを含んでもよく、シリンジの内容物は、注射前にバイアルの内容物を再活性化するために用いられる。他の用意もまた可能である。
【０１８４】
２つの免疫原がキットの形で存在する場合、一方または両方がアジュバントを含み得る。しかしながら、他の実施形態において、キットは、アジュバントを含む第３のキット成分を含み、その場合、第３の成分を、アジュバント無添加の第１の成分および第２の成分と組み合わせて、最終のアジュバント添加組成物を提供することができる。１つの有用なキットにおいて、インフルエンザ免疫原が（例えば、水中油型エマルジョンアジュバントで）アジュバント添加され、一方、肺炎球菌免疫原はアジュバントを添加されず、それらの混合により、本発明のアジュバント添加組成物が提供される。別の有用なキットにおいて、インフルエンザ免疫原はアジュバントを添加されず、一方、肺炎球菌免疫原はアジュバント添加され、それらの混合により、本発明のアジュバント添加組成物が提供される。別の有用なキットにおいて、インフルエンザ免疫原および肺炎球菌免疫原は両方ともアジュバント添加されるが、異なるアジュバントが添加される。
【０１８５】
（処置方法およびワクチンの投与）
本発明はまた、有効量の本発明の免疫原性組成物を投与する工程を含む、哺乳動物において免疫応答を起こす方法を提供する。免疫応答は、好ましくは、防御的であり、好ましくは、抗体および／または細胞媒介免疫を含む。上記方法はブースター応答を起こし得る。
【０１８６】
本発明はまた、例えば、哺乳動物において免疫応答を起こすのに用いる、組み合わせ医薬として使用するためのインフルエンザウイルス免疫原および肺炎球菌免疫原を提供する。肺炎球菌免疫原は、典型的には、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む。医薬はまた、ＲＳＶ免疫原を含んでもよいが、いくつかの実施形態において、医薬はＲＳＶ免疫原を含まない。
【０１８７】
本発明はまた、例えば、哺乳動物において免疫応答を起こすのに用いる、組み合わせ医薬として使用するための、（ｉ）少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む肺炎球菌免疫原、ならびに（ｉｉ）インフルエンザウイルス免疫原および／またはＲＳＶ免疫原を提供する。
【０１８８】
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を起こすための組み合わせ医薬の製造におけるインフルエンザウイルス免疫原および肺炎球菌免疫原の使用を提供する。肺炎球菌免疫原は、典型的には、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む。医薬はまた、ＲＳＶ免疫原を含んでもよいが、いくつかの実施形態において、医薬はＲＳＶ免疫原を含まない。
【０１８９】
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を起こすための組み合わせ医薬の製造における（ｉ）少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む肺炎球菌免疫原、ならびに（ｉｉ）インフルエンザウイルス免疫原および／またはＲＳＶ免疫原の使用を提供する。
【０１９０】
これらの使用および方法によって哺乳動物において免疫応答を起こすことにより、哺乳動物は、肺炎球菌およびインフルエンザの両方に対して防御することができる。したがって、組成物は、（ａ）Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅにより引き起こされる侵襲性疾患（例えば、菌血症、敗血症、髄膜炎、菌血症性肺炎、および／または急性中耳炎を含む）、ならびに（ｂ）特にインフルエンザウイルスＡ型およびＢ型によって引き起こされる、インフルエンザウイルス疾患および／または感染に対する能動免疫のために用いることができる。したがって、相まって、その組み合わせは、複数の下気道疾患に対して効果的であり得る。
【０１９１】
本発明はまた、本発明の免疫原性組成物であらかじめ充填された送達デバイスを提供する。適切な送達デバイスには、プレフィルドシリンジが挙げられる。
【０１９２】
哺乳動物は好ましくはヒトである。ワクチンが予防用である場合、ヒトは好ましくは、子ども（例えば、幼児または乳児）またはティーンエイジャーである；ワクチンが治療用である場合、ヒトは好ましくはティーンエイジャーまたは成人である。子ども用に意図されたワクチンもまた、成人に、例えば、安全性、投薬量、免疫原性などを評価するために投与されてもよい。本発明に従って調製されたワクチンは、子どもおよび成人のどちらを処置するのにも用いることができる。したがって、ヒト患者は、１歳未満、５歳未満、１〜５歳、５〜１５歳、１５〜５５歳、または少なくとも５５歳であってもよい。そのワクチンを受けるのに好ましい患者は、高齢者（例えば、≧５０歳、≧６０歳、および好ましくは≧６５歳）である。しかしながら、そのワクチンは、これらの年齢群だけに適しているのではなく、より一般的に、幼い者（例えば、≦５歳）、入院患者、医療従事者、軍人および兵士、妊婦、慢性疾病患者または免疫不全の患者を含む集団に用いてもよい。
【０１９３】
治療的処置の効力を調べる１つの方法は、本発明の組成物の投与後、肺炎球菌感染またはインフルエンザ感染をモニターすることを含む。予防的処置の効力を調べる１つの方法は、標準的検査において免疫後血清を検査することを含む。例えば、抗肺炎球菌性免疫を調べるために、血清を、オプソニン作用性死滅アッセイ（（ｏｐｓｏｎｏｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ ｋｉｌｌｉｎｇ ａｓｓａｙ）ＯＰＫＡ）において検査し得、肺炎球菌をオプソニン化する能力は、防御効力を示している。予防的な抗肺炎球菌処置の効力を調べる別の方法は、肺炎球菌感染の動物モデル、例えば、モルモットまたはマウスにおける免疫後のチャレンジを含む。１つのそのようなモデルは参考文献２２２に記載されている。抗インフルエンザ免疫を調べるために、赤血球凝集力価またはマイクロ中和力価を試験するなどの標準のインビトロ試験を用いることができる。好ましい本発明の組成物は、子どもに投与されるとしても、各インフルエンザ株について成人効力のＣＰＭＰ判定基準の１、２、または３を満たす。これらの基準は、（１）≧７０％の血清防御；（２）≧４０％のセロコンバージョンもしくは有意な増加；および／または（３）≧２．５倍のＧＭＴ増加である。高齢者（＞６０歳）においては、これらの判定基準は、（１）≧６０％の血清防御；（２）≧３０％のセロコンバージョン；および／または（３）≧２倍のＧＭＴ増加である。これらのＣＰＭＰ判定基準は、少なくとも５０人の患者での非盲検研究に基づく。
【０１９４】
本発明の組成物は、医療的看病を必要とする発熱性疾病、急性中耳炎、および／または下気道感染（肺炎を含む）を低減するのに適し得る。
【０１９５】
本発明の組成物は、一般的に、患者へ直接、投与される。直接的送達は、非経口注射（例えば、皮下に、腹腔内に、静脈内に、筋肉内に、または組織の間質腔へ）により、または直腸、経口（例えば、錠剤、スプレー）、膣、局所、経皮（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）もしくは経皮（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）、鼻腔内、眼、耳、肺、もしくは他の粘膜投与によるなどの粘膜を通して、達成することができる。上記で論じられているように、筋肉内投与が典型的である。
【０１９６】
本発明は、全身性免疫および／または粘膜免疫を誘発するために、好ましくは全身性免疫および／または粘膜免疫の増強を誘発するために、用いることができる。
【０１９７】
投薬は、単回投与スケジュールまたは複数回投与スケジュールによるものであり得る。複数回投与は、一次免疫スケジュールおよび／またはブースター免疫スケジュールに用いることができる。複数回投与スケジュールにおいて、様々な投与を、同じ経路かまたは異なる経路、例えば、非経口で一次免疫および粘膜でブースター、粘膜で一次免疫および非経口でブースターなどによって与えることができる。複数回投与は、典型的には、少なくとも１週間（例えば、約２週間、約３週間、約４週間、約６週間、約８週間、約１０週間、約１２週間、約１６週間など）離して投与される。本発明の免疫原性組成物は、同じ患者に、毎年、２年ごと、３年ごとなどで、投与することができる。
【０１９８】
本発明の組成物を（例えば、＜１５歳の子ども、または＞５５歳の高齢者において）用いる１つの方法は、本明細書に定義されているような（例えば、肺炎球菌免疫原およびインフルエンザ免疫原を含む）組み合わせワクチンを投与すること、およびその後、それに続くシーズン中に組み合わせではないインフルエンザワクチン（例えば、通常の三価シーズン性インフルエンザワクチン）を与えることである。本発明は、（ｉ）本発明の免疫原性組成物を投与する工程であって、前記組成物がインフルエンザウイルス免疫原を含む、工程、その後、少なくとも３ヶ月後、（ｉｉ）インフルエンザウイルス免疫原が唯一の免疫原性成分である免疫原性組成物を投与する工程を含む、患者を免疫化するための方法を提供する。本発明はまた、インフルエンザウイルス免疫原が唯一の免疫原性成分である免疫原性組成物を患者へ投与する工程であって、前記患者が以前、インフルエンザウイルス免疫原を含む本発明の免疫原性組成物で免疫化されている、工程を含む、患者を免疫化するための方法を提供する。
【０１９９】
本発明により作製されたワクチンは、他のワクチンと実質的に同時に（例えば、同じ診察中に、またはヘルスケアの専門家もしくは予防接種センターへの同じ訪問中に）、例えば、麻疹ワクチン、流行性耳下腺炎ワクチン、風疹ワクチン、ＭＭＲワクチン、水痘ワクチン、ＭＭＲＶワクチン、ジフテリアワクチン、破傷風ワクチン、百日咳ワクチン、ＤＴＰワクチン、結合体型Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ｂ型ワクチン、不活性化ポリオウイルスワクチン、Ｂ型肝炎ウイルスワクチン、髄膜炎菌結合体ワクチン（四価Ａ−Ｃ−Ｗ１３５−Ｙワクチンなど）、ＲＳウイルスワクチンなどと実質的に同時に、患者に投与されてもよい。
【０２００】
本発明の組成物を（例えば、＜１歳の子どもにおいて）用いる１つの方法は、２ヶ月間間隔をあけた３回の投与を、例えば、生後２ヶ月目、４ヶ月目、および６ヶ月目に、施すことである。これらの免疫化は、他の小児用ワクチンと同時に、例えば、ＤＴＰ含有ワクチン（ＤＴａＰ含有ワクチンなど）と同時に、与えることができる。したがって、子どもにおける三価インフルエンザワクチンの典型的な用法とは違って、本発明の組成物は、シーズン的なスケジュールではなく、年齢に基づいたスケジュールで用いることができる。この投与スケジュールは、肺炎球菌ポリペプチド、Ｈ１Ｎ１インフルエンザＡウイルス、Ｈ３Ｎ２インフルエンザＡウイルス、Ｂ／Ｖｉｃｔｏｒｉａ／２／８７様インフルエンザＢウイルス、およびＢ／Ｙａｍａｇａｔａ／１６／８８様インフルエンザＢウイルスのそれぞれ由来の赤血球凝集素、ならびに水中油型エマルジョンアジュバントを含むワクチンに関して特に有用である。
【０２０１】
（ポリペプチド）
本発明と共に用いられるポリペプチドは（例えば、肺炎球菌免疫原の一部として）、多くの方法で、例えば、化学合成により（全部または一部において）、より長いポリペプチドをプロテアーゼを用いて消化することにより、ＲＮＡからの翻訳により、細胞培養物から（例えば、組換え発現から）の精製により、生物体自体から（例えば、細菌培養後、または患者から直接）などで調製することができる。＜４０個のアミノ酸長のペプチドの作製のための好ましい方法は、インビトロの化学合成を含む［２２３、２２４］。ｔＢｏｃまたはＦｍｏｃ［２２５］化学に基づいた方法などの固相ペプチド合成が特に好ましい。酵素合成［２２６］もまた、部分的に、または全部に用いてもよい。化学合成の代替として、生物学的合成を用いてもよく、例えば、ポリペプチドは翻訳によって産生することができる。これは、インビトロでもインビボでも行うことができる。生物学的方法は、一般的に、Ｌ−アミノ酸に基づいたポリペプチドの産生に制限されるが、翻訳機構の（例えば、アミノアシルｔＲＮＡ分子の）操作を用いて、Ｄ−アミノ酸の（またはヨードチロシン、もしくはメチルフェニルアラニン、アジドホモアラニンなどの他の非天然アミノ酸の）導入を可能にすることができる［２２７］。しかしながら、Ｄ−アミノ酸が含まれる場合、化学合成を用いることが好ましい。ポリペプチドは、Ｃ末端および／またはＮ末端に共有結合的修飾を有してもよい。
【０２０２】
ポリペプチドは、様々な形（例えば、天然、グリコシル化、非グリコシル化、脂質付加、脂質付加なし、リン酸化、非リン酸化、ミリストイル化、非ミリストイル化、単量体、多量体、粒子性、変性など）をとることができる。
【０２０３】
ポリペプチドは、好ましくは、精製されたか、または実質的に精製された形、すなわち、他のポリペプチドを実質的に含まない（例えば、天然のポリペプチドを含まない）、特に、他の肺炎球菌ポリペプチドまたは宿主細胞ポリペプチドを含まない形で提供され、一般的に、少なくとも約５０（重量）％純粋、通常、少なくとも約９０％純粋であり、すなわち、組成物の約５０％未満、より好ましくは約１０％未満（例えば、５％以下）が、他の発現したポリペプチドで構成されている。
【０２０４】
用語「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸ポリマーを指す。ポリマーは、線状でも分岐型でもよく、それは、修飾アミノ酸を含んでもよく、非アミノ酸によって中断されていてもよい。その用語はまた、自然に、または介入によって、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質付加、アセチル化、リン酸化、または標識成分との結合体化などの任意の他の操作もしくは改変によって、改変されているアミノ酸ポリマーも含む。例えば、アミノ酸の１つまたは複数の類似体（例えば、非天然アミノ酸などを含む）、および当技術分野において公知の他の改変を含むポリペプチドもまた、その定義内に含まれる。ポリペプチドは、一本鎖または会合した鎖として生じることができる。ポリペプチドは、自然にグリコシル化するか、または非自然的にグリコシル化することができる（すなわち、ポリペプチドは、対応する天然に生じているポリペプチドに見出されるグリコシル化パターンとは異なるグリコシル化パターンを有する）。
【０２０５】
ポリペプチドの発現は連鎖球菌で起こり得るが、本発明は、通常、組換え発現のための異種性宿主を用いる。異種性宿主は、原核生物（例えば、細菌）であってもよいし、真核生物であってもよい。それは通常、大腸菌であるが、他の適切な宿主として、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などが挙げられる。
【０２０６】
（全般）
本発明の実施は、他に指示がない限り、当技術分野の技能範囲内の、化学、生化学、分子生物学、免疫学、および薬理学の通常の方法を用いる。そのような技術は、文献に完全に説明されている。例えば、参考文献２２８〜２３５など参照。
【０２０７】
「ＧＩ」番号付けは上記で用いられている。ＧＩ番号、または「ＧｅｎＩｎｆｏ識別名」は、配列がデータベースに加えられたときに、ＮＣＢＩによって処理される各配列記録に連続的に割り当てられる一連の数字である。ＧＩ番号は、配列記録のアクセッション番号との類似点はない。配列が（例えば、訂正のために、またはより多くのアノテーションもしくは情報を加えるために）アップデートされるとき、配列は新しいＧＩ番号を受け取る。したがって、所定のＧＩ番号に関連した配列は決して変更されない。
【０２０８】
本発明が「エピトープ」に関係する場合、このエピトープは、Ｂ細胞エピトープおよび／またはＴ細胞エピトープであり得る。そのようなエピトープは、実験的に（例えば、ＰＥＰＳＣＡＮ［２３６、２３７］または類似した方法を用いて）同定することができ、または（例えば、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原インデックス［２３８］、マトリックスに基づいたアプローチ［２３９］、ＭＡＰＩＴＯＰＥ［２４０］、ＴＥＰＩＴＯＰＥ［２４１、２４２］、神経ネットワーク（ｎｅｕｒａｌ ｎｅｔｗｏｒｋ）［２４３］、ＯｐｔｉＭｅｒ ＆ ＥｐｉＭｅｒ［２４４、２４５］、ＡＤＥＰＴ［２４６］、Ｔｓｉｔｅｓ［２４７］、親水性［２４８］、抗原インデックス［２４９］、または参考文献２５０〜２５４に開示された方法などを用いて）予測することができる。エピトープは、抗体またはＴ細胞受容体によって認識され、それらの抗原結合部位に結合する抗原の一部であり、「抗原決定基」と呼ばれる場合もある。
【０２０９】
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えば、Ｘを「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」組成物は、排他的にＸだけからなる場合もあるし、追加のものを含む、例えば、Ｘ＋Ｙである場合もある。
【０２１０】
用語「実質的に」は、「完全に」を排除せず、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを全く含まなくてもよい。必要な場合、用語「実質的に」は、本発明の定義から省略されてもよい。
【０２１１】
数値ｘに関しての用語「約」は、任意であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【０２１２】
具体的に記述がない限り、２つ以上の成分を混合する工程を含むプロセスは、いかなる特定の混合順序も必要としない。したがって、成分は、任意の順序で混合することができる。３つの成分がある場合、２つの成分をお互いに組み合わせることができ、その後、その組み合わせを第３の成分と組み合わせてもよいなど。
【０２１３】
抗体は、一般的に、それらの標的に特異的である。したがって、それらは、ウシ血清アルブミンなどの無関係の対照タンパク質に対してよりも、その標的に高い親和性を有する。
【０２１４】
２つのアミノ酸配列間のパーセンテージ配列同一性への言及は、整列させた場合、その２つの配列を比較すると、そのパーセンテージのアミノ酸が同じであることを意味する。このアラインメントおよびパーセント相同性または配列同一性は、当技術分野において公知のソフトウェアプログラム、例えば、参考文献２５５のセクション７．７．１８に記載されたものを用いて決定することができる。好ましいアラインメントは、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより、１２のギャップオープンペナルティおよび２のギャップ伸長ペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスでのアフィンギャップ検索を用いて決定する。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは参考文献２５６に開示されている。
【図面の簡単な説明】
【０２１５】
【図１】図１は、１１個の試験群のマウス由来の血清を用いた５０％中和力価を示す。各群は、Ａ／Ｈ１Ｎ１（左）およびＡ／Ｈ３Ｎ２（右）に対するＭＮ力価を表す、２つのバーのデータを有する。１１個の群は、左から右へ、ＲｒｇＢ−３２１＋ＭＦ５９；ＲｒｇＢ−２１３＋ＭＦ５９；インフルエンザ単独；インフルエンザ＋ＭＦ５９；ＲｒｇＢ−３２１＋インフルエンザ／ＭＦ５９；ＲｒｇＢ−２１３＋インフルエンザ／ＭＦ５９；ＭＦ５９単独；インフルエンザ＋水酸化アルミニウム；ＲｒｇＢ−３２１＋インフルエンザ／水酸化アルミニウム；ＲｒｇＢ−２１３＋インフルエンザ／水酸化アルミニウム；緩衝剤である。
【図２】図２は、図１と同じ１１個の試験群についてのＨＩ力価（ＧＭＴ、ｌｏｇ−２スケール）を示す。各群は、Ａ／Ｈ１Ｎ１（左）、Ａ／Ｈ３Ｎ２（中央）、またはＢ（右）に対するＭＮ力価を表す、３つのバーのデータを有する。
【図３】図３は、血清の示された希釈度を用いたＯＰＫＡ結果（％死滅）を示す。線は、６個の群についてのデータを示し、１／１２希釈度について上から下へ：○ Ｐｒｅｖｎａｒ対照；△ 抗−６Ｂ対照；◇ ＲｒｇＢ−３２１＋ＭＦ５９；△ ＲｒｇＢ−３２１＋インフルエンザ＋ＭＦ５９；□ ＲｒｇＢ−３２１＋インフルエンザ＋水酸化アルミニウム；および△ インフルエンザ単独である。
【発明を実施するための形態】
【０２１６】
（予備実験）
６週齢のＢａｌＢ／ｃマウス（群あたり８匹のマウス）を０日目、１４日目、および２８日目に免疫化する。組成物を筋肉内に投与する。その後、マウスを肺炎球菌のＴＩＧＲ４株で鼻腔内チャレンジし、インビボ防御（死亡率）およびインビトロ防御（オプソニン作用性死滅アッセイ）について評価する。そのチャレンジ前にマウスから血液を採取し、インフルエンザセロコンバージョンについて評価する。
【０２１７】
第１の実験は、肺炎球菌免疫原（２０μｇの「ＲｒｇＢ三重融合体」タンパク質および／またはポリペプチドあたり５０μｇでの１５０μｇの「Ｐｎｅｕｍｏ−３」組み合わせ）、インフルエンザ免疫原（０．１μｇ／株でのＡｇｒｉｐｐａｌ^ＴＭ製品またはＦｌｕａｄ^ＴＭ製品）、またはその２つの混合物を与える１１群のマウスを用いる。組成物に水酸化アルミニウムでアジュバント添加し、さらなる対照群には、アジュバントのみを与える。１１群には以下のとおりに免疫原を与える：
１．ＲｒｇＢ三重融合体＋アジュバント
２．Ｐｎｅｕｍｏ−３＋アジュバント
３．Ａｇｒｉｐｐａｌ^ＴＭ＋アジュバント
４．ＲｒｇＢ三重融合体＋Ｐｎｅｕｍｏ−３＋Ａｇｒｉｐｐａｌ^ＴＭ＋アジュバント
５．ＲｒｇＢ三重融合体＋Ｐｎｅｕｍｏ−３＋アジュバント
６．Ｐｎｅｕｍｏ−３＋Ａｇｒｉｐｐａｌ^ＴＭ＋アジュバント
７．ＲｒｇＢ＋Ａｇｒｉｐｐａｌ^ＴＭ＋アジュバント
８．アジュバント
９．Ａｇｒｉｐｐａｌ^ＴＭ
１０．Ｆｌｕａｄ^ＴＭ
１１．ＲｒｇＢ三重融合体＋Ｐｎｅｕｍｏ−３＋Ｆｌｕａｄ^ＴＭ。
【０２１８】
第２の実験は、肺炎球菌免疫原、インフルエンザ免疫原、またはその２つの混合物を与える８群のマウスを用いる。組成物にＭＦ５９でアジュバント添加する。８群は以下である：
１．ＲｒｇＢ三重融合体＋ＭＦ５９
２．Ｐｎｅｕｍｏ−３＋ＭＦ５９
３．Ｆｌｕａｄ^ＴＭ
４．ＲｒｇＢ三重融合体＋Ｐｎｅｕｍｏ−３＋Ｆｌｕａｄ^ＴＭ＋ＭＦ５９
５．ＲｒｇＢ三重融合体＋Ｐｎｅｕｍｏ−３＋ＭＦ５９
６．Ｐｎｅｕｍｏ−３＋Ｆｌｕａｄ^ＴＭ＋ＭＦ５９
７．ＲｒｇＢ三重融合体＋Ｆｌｕａｄ^ＴＭ＋ＭＦ５９
８．ＭＦ５９。
【０２１９】
（組み合わせワクチンでの機能的免疫学アッセイ）
「２１３」（配列番号２１）または「３２１」（配列番号１５）と呼ばれる２つの異なるＲｒｇＢ三重融合体を、アジュバント添加されていないか、またはＭＦ５９かもしくは水酸化アルミニウムのいずれかでアジュバント添加された、三価シーズン性インフルエンザワクチンと組み合わせる。これらの組み合わせを、マウスを免疫化するのに用いる。
【０２２０】
マウスをＲｒｇＢ三重融合体およびインフルエンザワクチンの異なる組み合わせで、筋肉内で免疫化する。免疫化されたマウス由来の血清を、インフルエンザ赤血球凝集抑制（ＨＩ）アッセイおよびマイクロ中和（ＭＮ）アッセイにより、およびオプソニン作用性死滅アッセイ（ＯＰＫＡ）においても評価する。合計１１群である。０日目に、マウスに、ＭＦ５９かまたは水酸化アルミニウムのいずれかでアジュバント添加されたＲｒｇＢ三重融合体（２０μｇ）の１つを与える。対照マウスには、ＭＦ５９単独かまたは緩衝剤単独を与える。１４日目に、マウスに、アジュバント添加されていないか、またはＭＦ５９もしくは水酸化アルミニウムでアジュバント添加されたかのいずれかのＲｒｇＢ三重融合体（２０μｇ）を、０．１μｇのインフルエンザワクチンと共に、またはインフルエンザワクチン無しで、与える。対照マウスには、緩衝剤単独を、またはアジュバント添加されていないか、ＭＦ５９もしくは水酸化アルミニウムでアジュバント添加されたかのいずれかのインフルエンザワクチンを与える。２８日目に、マウスに、再び１４日目と同じ組成物を与える。
【０２２１】
ＭＮアッセイについて、ＭＤＣＫ細胞を、２０，０００細胞／ウェルの濃度で９６ウェルプレートに入れた。次の日、マウス血清を、９６ウェルプレートにおいて連続希釈し、一定量のインフルエンザウイルス（各株について３００ ＴＣＩＤ５０／ウェル）と３７℃で１時間、インキュベートする。その後、血清／ウイルスの混合物を、トリプシンの存在下でプレートに入れておいたＭＤＣＫ細胞へ加え（１：２５０最終）、３７℃でインキュベートする。一晩のインキュベーション後、感染細胞を、ＥＬＩＳＡに基づいたアッセイで同定する。ＭＤＣＫ細胞をＰＦＡ２％で固定し、透過処理し、各ウイルスに特異的であるＦＩＴＣ結合型抗Ｍ／ＮＰ抗体で標識する。１時間のインキュベーション後、細胞を、ＰＯＤ結合型抗ＦＩＴＣ抗体で染色する。１時間後、ＰＯＤ基質を加え、４５０ｎｍでの吸光度を評価する。吸光度の強さは、感染細胞の数に正比例する。各試料希釈物について得られたデータは、４パラメーターのフィッティング曲線で内挿され、ＭＮ力価は、感染を５０％低下させるのに必要とされる血清希釈度の逆数として表示される。
【０２２２】
ＨＩアッセイについて、血清を個々に分析し、結果は、幾何平均力価（ＧＭＴ）として表される。ＨＩアッセイは、シチメンチョウの赤血球を用いる標準手順に従って実行される。力価は、赤血球凝集の抑制を与える最後の血清希釈度として読み取られる。１０の力価が、試験された最初（１：２０）の希釈度で陰性結果を示した血清に割り当てられる。
【０２２３】
ＯＰＫＡアッセイについて、４２日目の血清から得られたデータは、血清型６Ｂ肺炎球菌に対して試験される。簡単に述べると、熱不活性化マウス抗血清の連続希釈でオプソニン化された細菌を、寒天上へ蒔く前に、新生仔ウサギ補体および食細胞（分化型ヒト前白血病（ｐｒｏｌｅｕｋｅｍｉａ）細胞）と３７℃で１時間、混合する。一晩のインキュベーション後、生存しているコロニーを数え、結果は、血清無しの対照に対する、ＯＰＫＡにおいて死滅した細菌のパーセンテージとして表示される。
【０２２４】
ＭＮ（図１）およびＨＩ（図２）の両方に関する結果は、水酸化アルミニウムを用いるよりＭＦ５９の存在下において全体的に良好な応答を示している。一般的に、インフルエンザワクチンの「３２１」融合体との組み合わせで免疫化されたマウスは、インフルエンザワクチン単独に匹敵するＨＩ力価およびＭＮ力価を示し、一方、インフルエンザワクチンの「２１３」融合体との組み合わせで免疫化されたマウスは、３つのシーズン性株に対してＨＩ力価およびＭＮ力価の有意な減少を示す。同様の結果はインフルエンザＢウイルスについて見られた。
【０２２５】
同様に、ＯＰＡアッセイ（図３）は、組み合わせワクチンに対して産生された抗体が、ＲｒｇＢ融合体単独に対して産生された抗体に類似した死滅効力を有することを示している。加えて、死滅は、ＭＦ５９でアジュバント添加された「３２１」キメラを含む組み合わせから得られた抗血清に関して、より高かった。
【０２２６】
結論として、これらの前臨床データより、肺炎球菌ポリペプチド抗原およびインフルエンザウイルス抗原の組み合わせが、下気道感染を標的にする効果的な免疫化ストラテジーを提供できることが示されている。水中油型エマルジョンアジュバントを用いる効力の向上は、このアプローチが月齢６ヶ月未満の乳児において特に役立つことを指し示している［１６５］。
【０２２７】
本発明は例としてのみ記載されているのであって、本発明の範囲および精神の中に留まりながら改変がなされ得ることは理解される。
【０２２８】
【数１】

【０２２９】
【数２】

【０２３０】
【数３】

【０２３１】
【数４】

【０２３２】
【数５】

【０２３３】
【数６】

【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）インフルエンザウイルス免疫原および肺炎球菌免疫原、
（ｂ）ＲＳＶ免疫原および肺炎球菌免疫原、または
（ｃ）インフルエンザウイルス免疫原、ＲＳＶ免疫原、および肺炎球菌免疫原
を含む免疫原性組成物であって、該肺炎球菌免疫原は、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む、免疫原性組成物。
【請求項２】
アジュバントを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記アジュバントが水中油型エマルジョンを含む、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
Ｂ群連鎖球菌免疫原を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５】
０．５ｍｌの単位用量容積を有するものである、前述の請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
前記インフルエンザウイルス免疫原が、Ｈ１Ｎ１インフルエンザＡウイルス、Ｈ３Ｎ２インフルエンザＡウイルス、Ｂ／Ｖｉｃｔｏｒｉａ／２／８７様インフルエンザＢウイルス、およびＢ／Ｙａｍａｇａｔａ／１６／８８様インフルエンザＢウイルス由来の赤血球凝集素を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
インフルエンザウイルス免疫原、肺炎球菌免疫原、および／またはＲＳＶ免疫原の２つ以上を混合する工程であって、該肺炎球菌免疫原が肺炎球菌ポリペプチドを含む、工程を含む、請求項１に記載の免疫原性組成物を調製するためのプロセス。
【請求項８】
ＧＢＳ免疫原を混合する工程を含む、請求項７に記載のプロセス。
【請求項９】
０．５ｍｌの単位用量容積を有する組成物を生じる、請求項７または請求項８に記載のプロセス。
【請求項１０】
（ｉ）インフルエンザウイルス免疫原を含む第１のキット成分、および
（ｉｉ）肺炎球菌免疫原を含む第２のキット成分であって、該肺炎球菌免疫原は、少なくとも１つの肺炎球菌ポリペプチドを含む、第２のキット成分
を含む、キット。
【請求項１１】
前記第２のキット成分が乾燥した形をとる、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
前記第１のキット成分がアジュバントを含む、請求項１０または請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
前記インフルエンザ免疫原が、スプリットウイルスワクチンまたは精製されたインフルエンザウイルス表面抗原ワクチンであり、該スプリットウイルスワクチンまたは該精製されたインフルエンザウイルス表面抗原ワクチンが、２つのインフルエンザＡ株（Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２）および１つのインフルエンザＢ株由来の赤血球凝集素を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の組成物またはプロセスまたはキット。
【請求項１４】
前記肺炎球菌免疫原が、
（ａ）
（ｉ）配列番号１と少なくとも７５％の配列同一性を有し、かつ／または
（ｉｉ）配列番号１由来の少なくとも７個の連続したアミノ酸の断片からなる
アミノ酸配列を含む、第１のアミノ酸配列；
（ｂ）
（ｉ）配列番号２と少なくとも７５％の配列同一性を有し、かつ／または
（ｉｉ）配列番号２由来の少なくとも７個の連続したアミノ酸の断片からなる
アミノ酸配列を含む、第２のアミノ酸配列；ならびに
（ｃ）
（ｉ）配列番号３と少なくとも７５％の配列同一性を有し、かつ／または
（ｉｉ）配列番号３由来の少なくとも７個の連続したアミノ酸の断片からなる
アミノ酸配列を含む、第３のアミノ酸配列
を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の組成物またはプロセスまたはキット。
【請求項１５】
（ａ）請求項１〜６のいずれか一項に記載の免疫原性組成物の有効量を哺乳動物に投与する工程、または
（ｂ）請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のキットの第１の成分および第２の成分を混合し、該混合された内容物の単位用量を哺乳動物に投与する工程
を含む、哺乳動物において免疫応答を起こすための方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【公表番号】特表２０１３−５０４５５６（Ｐ２０１３−５０４５５６Ａ）
【公表日】平成２５年２月７日（２０１３．２．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５２８４６６（Ｐ２０１２−５２８４６６）
【出願日】平成２２年９月１０日（２０１０．９．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２０１０／００２４０１
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０３０２１８
【国際公開日】平成２３年３月１７日（２０１１．３．１７）
【出願人】（５０４３８９９９１）ノバルティス　アーゲー (806)
【Ｆターム（参考）】