炎症性疾患活動性を測定およびモニタリングするためのバイオマーカーおよび方法
炎症性疾患の診断および評価に有用なバイオマーカーを、その発現を測定するためのキットと共に提供する。本発明はまた、該バイオマーカーに基づく予測モデル、ならびに、サンプルをスコア化しかつ任意で分類するためのコンピュータシステムおよび該モデルのソフトウェア態様を提供する。該バイオマーカーには、DAIMRKグループから選択される少なくとも2つのバイオマーカーが含まれ、スコアは、疾患活動性指標（DAI）である。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、サンプルをスコア化する方法：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取る段階であって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定する段階であって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。
【請求項２】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項4または5記載の方法。
【請求項７】
前記臨床評価がDASである、請求項4〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項4〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項5〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
以下の段階をさらに含む、請求項1〜2または15のいずれか一項記載の方法：
第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが、異なる時点で第1の対象から得られたものである、段階；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定する段階；および
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定する段階であって、該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す、段階。
【請求項１７】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
前記DAIスコアの変化の速度を決定する段階をさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測する段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定する段階をさらに含む、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項1または2記載の方法。
【請求項２２】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項1または2記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項1または2記載の方法。
【請求項２４】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項1〜3または15〜23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項1記載の方法。
【請求項２８】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項26または27記載の方法。
【請求項２９】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
以下の段階を含む、対象における関節リウマチの有無を判定する方法：
請求項0記載の方法に従い、集団内の対象に関するDAIスコアを決定する段階であって、該対象が、関節リウマチに関して陰性である、段階；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得る段階；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較する段階；および
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する段階。
【請求項３１】
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ以下の段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法：
請求項1記載の方法に従い、第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階であって、第2の対象が第1の対象と同じ種であり、かつ第2の対象が関節リウマチの治療を受けている、段階；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較する段階；および
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する段階。
【請求項３２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３４】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項24〜35のいずれか一項記載の方法。
【請求項３７】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項36記載の方法。
【請求項３９】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４０】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４３】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５２】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５３】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５５】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５６】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５７】
前記DAIスコアを第1の対象に報告する段階をさらに含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５８】
コンピュータにより実行される、サンプルをスコア化する方法であって、以下の段階を含む、方法：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取る段階であって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階；ならびに
コンピュータプロセッサにより、解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定する段階であって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。
【請求項５９】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項58記載の方法。
【請求項６０】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測する段階をさらに含む、請求項58記載の方法。
【請求項６１】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項６２】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項61記載の方法。
【請求項６３】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項61または62記載の方法。
【請求項６４】
前記臨床評価がDASである、請求項61〜63のいずれか一項記載の方法。
【請求項６５】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項61〜63のいずれか一項記載の方法。
【請求項６６】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項65記載の方法。
【請求項６７】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項６８】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項６９】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項７０】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項７１】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項62〜70のいずれか一項記載の方法。
【請求項７２】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項58〜60のいずれか一項記載の方法。
【請求項７３】
以下の段階をさらに含む、請求項58〜59または72のいずれか一項記載の方法：
第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが、異なる時点で第1の対象から得られたものである、段階；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定する段階；および
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定する段階であって、該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す、段階。
【請求項７４】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項73記載の方法。
【請求項７５】
前記DAIスコアの変化の速度を決定する段階をさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項73記載の方法。
【請求項７６】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測する段階をさらに含む、請求項73記載の方法。
【請求項７７】
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定する段階をさらに含む、請求項76記載の方法。
【請求項７８】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項58または59記載の方法。
【請求項７９】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項58または59記載の方法。
【請求項８０】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項58または59記載の方法。
【請求項８１】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項58〜60または72〜80のいずれか一項記載の方法。
【請求項８２】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項81記載の方法。
【請求項８３】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項58記載の方法。
【請求項８４】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項58記載の方法。
【請求項８５】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項83または84記載の方法。
【請求項８６】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項８７】
コンピュータにより実行される、対象における関節リウマチの有無を判定する方法であって、以下の段階を含む、方法：
請求項58記載の方法に従い、集団内の対象に関するDAIスコアを決定する段階であって、該対象が、関節リウマチに関して陰性である、段階；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得る段階；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較する段階；および
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する段階。
【請求項８８】
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ以下の段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法：
請求項58記載の方法に従い、第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階であって、第2の対象が第1の対象と同じ種であり、かつ第2の対象が関節リウマチの治療を受けている、段階；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較する段階；および
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する段階。
【請求項８９】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９０】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９１】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９３】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項81〜92のいずれか一項記載の方法。
【請求項９４】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項93記載の方法。
【請求項９５】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項93記載の方法。
【請求項９６】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項９７】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項９８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項９９】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１００】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０２】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０３】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１２】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１３】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１４】
前記DAIスコアを第1の対象に報告する段階をさらに含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１５】
以下を含む、サンプルをスコア化するためのシステム：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを記録するための記録メモリであって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、記録メモリ；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定するための、該記録メモリに通信可能に接続されたプロセッサであって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、プロセッサ。
【請求項１１６】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項115記載のシステム。
【請求項１１７】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測するようにさらに構成されている、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１１８】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１１９】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項118記載のシステム。
【請求項１２０】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項118または119記載のシステム。
【請求項１２１】
前記臨床評価がDASである、請求項118〜120のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２２】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項118〜120のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２３】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項122記載のシステム。
【請求項１２４】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２５】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２６】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２７】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２８】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項119〜127のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２９】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項115〜117のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１３０】
前記記録メモリが、第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを記録するように構成されており、ここで第1のサンプルと第2のサンプルは、異なる時点で第1の対象から得られたものであり；かつ
前記コンピュータプロセッサが、
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定し；かつ
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定し、ここで該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す
ように構成されている、請求項115、116、または129のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１３１】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項130記載のシステム。
【請求項１３２】
前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアの変化の速度を決定するようにさらに構成されており、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項130記載のシステム。
【請求項１３３】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測するようにさらに構成されている、請求項130記載のシステム。
【請求項１３４】
前記コンピュータプロセッサが、前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定するようにさらに構成されている、請求項133記載のシステム。
【請求項１３５】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１３６】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１３７】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１３８】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項115、116、または129〜137のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１３９】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項138記載のシステム。
【請求項１４０】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項115記載のシステム。
【請求項１４１】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項115記載のシステム。
【請求項１４２】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項140または141記載のシステム。
【請求項１４３】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４４】
前記記録メモリが、複数のデータセットを記録するように構成されており、該複数のデータセットの各々が、集団内の複数の対象から得られた複数のサンプルと関連し、かつ、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含み；
前記コンピュータプロセッサが、
該集団内の、関節リウマチに関して陰性である該複数の対象の各々に関するDAIスコアを決定し；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得；
該総計DAI値と第1のDAIスコアを比較し；かつ
該比較に基づき、第1の対象における関節リウマチの有無を判定する
ようにさらに構成されている、請求項115記載のシステム。
【請求項１４５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４６】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４７】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４８】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４９】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項138〜148のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１５０】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項149記載のシステム。
【請求項１５１】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項149記載のシステム。
【請求項１５２】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５３】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項115記載のシステム。
【請求項１５４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６２】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６３】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６５】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６６】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６８】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６９】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１７０】
前記記録媒体が、前記DAIスコアを記録するように構成されている、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１７１】
コンピュータ実行可能なプログラムコードを記録する、非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該プログラムコードが、
アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取り；かつ
第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する第1のDAIスコアを、第1のデータセットから、解釈関数を使用して決定する
ためのプログラムコードを含む、記録媒体。
【請求項１７２】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７３】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７４】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７５】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項174記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７６】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項174または175記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７７】
前記臨床評価がDASである、請求項174〜176のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７８】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項174〜176のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７９】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項178記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８０】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８１】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８２】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８３】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８４】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項175〜183のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８５】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項171〜173のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８６】
第1のサンプルとは異なる時点で第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する、第2のデータセットを受け取り；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定し；かつ
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示すDAIスコアの変化を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、請求項171〜172または185のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８７】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項186記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８８】
前記DAIスコアの変化の速度を決定することをさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項186記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８９】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測することをさらに含む、請求項186記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９０】
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定することをさらに含む、請求項189記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９１】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９２】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９３】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９４】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項171〜173または185〜193のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９５】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項194記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９６】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９７】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９８】
スケール化されたDAIスコアを決定することをさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項196または197記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９９】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２００】
集団内の、関節リウマチに関して陰性である対象に関するDAIスコアを決定し；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定し；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較し；かつ
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０１】
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ、
第1の対象と同じ種であり関節リウマチの治療を受けている第2の対象に関する、第2のDAIスコアを決定し；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較し；かつ
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０３】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０４】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けすることをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０６】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項194〜205のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０７】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項206記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０８】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項206記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０９】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１０】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１２】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１３】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２２】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２３】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２５】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２６】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２７】
前記DAIスコアを表示するためのプログラムコードをさらに含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１】
以下の段階を含む、サンプルをスコア化する方法：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取る段階であって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定する段階であって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。
【請求項２】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項4または5記載の方法。
【請求項７】
前記臨床評価がDASである、請求項4〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項4〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項5〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
以下の段階をさらに含む、請求項1〜2または15のいずれか一項記載の方法：
第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが、異なる時点で第1の対象から得られたものである、段階；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定する段階；および
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定する段階であって、該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す、段階。
【請求項１７】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
前記DAIスコアの変化の速度を決定する段階をさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測する段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定する段階をさらに含む、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項1または2記載の方法。
【請求項２２】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項1または2記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項1または2記載の方法。
【請求項２４】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項1〜3または15〜23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項1記載の方法。
【請求項２８】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項26または27記載の方法。
【請求項２９】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
以下の段階を含む、対象における関節リウマチの有無を判定する方法：
請求項0記載の方法に従い、集団内の対象に関するDAIスコアを決定する段階であって、該対象が、関節リウマチに関して陰性である、段階；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得る段階；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較する段階；および
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する段階。
【請求項３１】
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ以下の段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法：
請求項1記載の方法に従い、第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階であって、第2の対象が第1の対象と同じ種であり、かつ第2の対象が関節リウマチの治療を受けている、段階；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較する段階；および
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する段階。
【請求項３２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３４】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項24〜35のいずれか一項記載の方法。
【請求項３７】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項36記載の方法。
【請求項３９】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４０】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４３】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５２】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５３】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５５】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５６】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５７】
前記DAIスコアを第1の対象に報告する段階をさらに含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５８】
コンピュータにより実行される、サンプルをスコア化する方法であって、以下の段階を含む、方法：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取る段階であって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階；ならびに
コンピュータプロセッサにより、解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定する段階であって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。
【請求項５９】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項58記載の方法。
【請求項６０】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測する段階をさらに含む、請求項58記載の方法。
【請求項６１】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項６２】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項61記載の方法。
【請求項６３】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項61または62記載の方法。
【請求項６４】
前記臨床評価がDASである、請求項61〜63のいずれか一項記載の方法。
【請求項６５】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項61〜63のいずれか一項記載の方法。
【請求項６６】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項65記載の方法。
【請求項６７】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項６８】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項６９】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項７０】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項61〜66のいずれか一項記載の方法。
【請求項７１】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項62〜70のいずれか一項記載の方法。
【請求項７２】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項58〜60のいずれか一項記載の方法。
【請求項７３】
以下の段階をさらに含む、請求項58〜59または72のいずれか一項記載の方法：
第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが、異なる時点で第1の対象から得られたものである、段階；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定する段階；および
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定する段階であって、該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す、段階。
【請求項７４】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項73記載の方法。
【請求項７５】
前記DAIスコアの変化の速度を決定する段階をさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項73記載の方法。
【請求項７６】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測する段階をさらに含む、請求項73記載の方法。
【請求項７７】
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定する段階をさらに含む、請求項76記載の方法。
【請求項７８】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項58または59記載の方法。
【請求項７９】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項58または59記載の方法。
【請求項８０】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項58または59記載の方法。
【請求項８１】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項58〜60または72〜80のいずれか一項記載の方法。
【請求項８２】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項81記載の方法。
【請求項８３】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項58記載の方法。
【請求項８４】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項58記載の方法。
【請求項８５】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項83または84記載の方法。
【請求項８６】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項８７】
コンピュータにより実行される、対象における関節リウマチの有無を判定する方法であって、以下の段階を含む、方法：
請求項58記載の方法に従い、集団内の対象に関するDAIスコアを決定する段階であって、該対象が、関節リウマチに関して陰性である、段階；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得る段階；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較する段階；および
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する段階。
【請求項８８】
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ以下の段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法：
請求項58記載の方法に従い、第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階であって、第2の対象が第1の対象と同じ種であり、かつ第2の対象が関節リウマチの治療を受けている、段階；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較する段階；および
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する段階。
【請求項８９】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９０】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９１】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９３】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項81〜92のいずれか一項記載の方法。
【請求項９４】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項93記載の方法。
【請求項９５】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項93記載の方法。
【請求項９６】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項９７】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項９８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項９９】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１００】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０２】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０３】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１０９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１２】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１３】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１４】
前記DAIスコアを第1の対象に報告する段階をさらに含む、請求項58または59記載の方法。
【請求項１１５】
以下を含む、サンプルをスコア化するためのシステム：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを記録するための記録メモリであって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、記録メモリ；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定するための、該記録メモリに通信可能に接続されたプロセッサであって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、プロセッサ。
【請求項１１６】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項115記載のシステム。
【請求項１１７】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測するようにさらに構成されている、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１１８】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１１９】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項118記載のシステム。
【請求項１２０】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項118または119記載のシステム。
【請求項１２１】
前記臨床評価がDASである、請求項118〜120のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２２】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項118〜120のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２３】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項122記載のシステム。
【請求項１２４】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２５】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２６】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２７】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項118〜123のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２８】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項119〜127のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１２９】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項115〜117のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１３０】
前記記録メモリが、第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを記録するように構成されており、ここで第1のサンプルと第2のサンプルは、異なる時点で第1の対象から得られたものであり；かつ
前記コンピュータプロセッサが、
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定し；かつ
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定し、ここで該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す
ように構成されている、請求項115、116、または129のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１３１】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項130記載のシステム。
【請求項１３２】
前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアの変化の速度を決定するようにさらに構成されており、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項130記載のシステム。
【請求項１３３】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測するようにさらに構成されている、請求項130記載のシステム。
【請求項１３４】
前記コンピュータプロセッサが、前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定するようにさらに構成されている、請求項133記載のシステム。
【請求項１３５】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１３６】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１３７】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１３８】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項115、116、または129〜137のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１３９】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項138記載のシステム。
【請求項１４０】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項115記載のシステム。
【請求項１４１】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項115記載のシステム。
【請求項１４２】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項140または141記載のシステム。
【請求項１４３】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４４】
前記記録メモリが、複数のデータセットを記録するように構成されており、該複数のデータセットの各々が、集団内の複数の対象から得られた複数のサンプルと関連し、かつ、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含み；
前記コンピュータプロセッサが、
該集団内の、関節リウマチに関して陰性である該複数の対象の各々に関するDAIスコアを決定し；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得；
該総計DAI値と第1のDAIスコアを比較し；かつ
該比較に基づき、第1の対象における関節リウマチの有無を判定する
ようにさらに構成されている、請求項115記載のシステム。
【請求項１４５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４６】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４７】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４８】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１４９】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項138〜148のいずれか一項記載のシステム。
【請求項１５０】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項149記載のシステム。
【請求項１５１】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項149記載のシステム。
【請求項１５２】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５３】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項115記載のシステム。
【請求項１５４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１５９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６２】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６３】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６５】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６６】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６８】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１６９】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１７０】
前記記録媒体が、前記DAIスコアを記録するように構成されている、請求項115または116記載のシステム。
【請求項１７１】
コンピュータ実行可能なプログラムコードを記録する、非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該プログラムコードが、
アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取り；かつ
第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する第1のDAIスコアを、第1のデータセットから、解釈関数を使用して決定する
ためのプログラムコードを含む、記録媒体。
【請求項１７２】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７３】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７４】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７５】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項174記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７６】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項174または175記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７７】
前記臨床評価がDASである、請求項174〜176のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７８】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項174〜176のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７９】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項178記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８０】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８１】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８２】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８３】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項174〜179のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８４】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項175〜183のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８５】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項171〜173のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８６】
第1のサンプルとは異なる時点で第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する、第2のデータセットを受け取り；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定し；かつ
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示すDAIスコアの変化を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、請求項171〜172または185のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８７】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項186記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８８】
前記DAIスコアの変化の速度を決定することをさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項186記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８９】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測することをさらに含む、請求項186記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９０】
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定することをさらに含む、請求項189記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９１】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９２】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９３】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９４】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項171〜173または185〜193のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９５】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項194記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９６】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９７】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９８】
スケール化されたDAIスコアを決定することをさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項196または197記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１９９】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２００】
集団内の、関節リウマチに関して陰性である対象に関するDAIスコアを決定し；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定し；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較し；かつ
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０１】
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ、
第1の対象と同じ種であり関節リウマチの治療を受けている第2の対象に関する、第2のDAIスコアを決定し；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較し；かつ
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、請求項171記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０３】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０４】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けすることをさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０６】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項194〜205のいずれか一項記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０７】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項206記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０８】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項206記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２０９】
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１０】
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１２】
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１３】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１５】
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１６】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１７】
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１８】
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１９】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２０】
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２１】
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２２】
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２３】
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２４】
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２５】
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２６】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２７】
前記DAIスコアを表示するためのプログラムコードをさらに含む、請求項171または172記載の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７−１】
【図１７−２】
【図１７−３】
【図１７−４】
【図１８−１】
【図１８−２】
【図１８−３】
【図１８−４】
【図１８−５】
【図１８−６】
【図１９−１】
【図１９−２】
【図１９−３】
【図１９−４】
【図１９−５】
【図１９−６】
【図１９−７】
【図２０−１】
【図２０−２】
【図２０−３】
【図２０−４】
【図２０−５】
【図２０−６】
【図２１−１】
【図２１−２】
【図２１−３】
【図２１−４】
【図２１−５】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７−１】
【図１７−２】
【図１７−３】
【図１７−４】
【図１８−１】
【図１８−２】
【図１８−３】
【図１８−４】
【図１８−５】
【図１８−６】
【図１９−１】
【図１９−２】
【図１９−３】
【図１９−４】
【図１９−５】
【図１９−６】
【図１９−７】
【図２０−１】
【図２０−２】
【図２０−３】
【図２０−４】
【図２０−５】
【図２０−６】
【図２１−１】
【図２１−２】
【図２１−３】
【図２１−４】
【図２１−５】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【公表番号】特表２０１３−５０８６８７（Ｐ２０１３−５０８６８７Ａ）
【公表日】平成２５年３月７日（２０１３．３．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５３４４３１（Ｐ２０１２−５３４４３１）
【出願日】平成２２年１０月１５日（２０１０．１０．１５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５２９７０
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０４７３５８
【国際公開日】平成２３年４月２１日（２０１１．４．２１）
【出願人】（５１２０９７８０２）クレッシェンド バイオサイエンス インコーポレイテッド (1)
【出願人】（５９４００３６７６）オクラホマ メディカル リサーチ ファウンデーション (14)
【氏名又は名称原語表記】ＯＫＬＡＨＯＭＡ ＭＥＤＩＣＡＬ ＲＥＳＥＡＲＣＨ ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮ
【住所又は居所原語表記】８２５ Ｎ．Ｅ． １３ｔｈ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｏｋｌａｈｏｍａ Ｃｉｔｙ，Ｏｋｌａｈｏｍａ ７３１０４，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２５年３月７日（２０１３．３．７）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年１０月１５日（２０１０．１０．１５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５２９７０
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０４７３５８
【国際公開日】平成２３年４月２１日（２０１１．４．２１）
【出願人】（５１２０９７８０２）クレッシェンド バイオサイエンス インコーポレイテッド (1)
【出願人】（５９４００３６７６）オクラホマ メディカル リサーチ ファウンデーション (14)
【氏名又は名称原語表記】ＯＫＬＡＨＯＭＡ ＭＥＤＩＣＡＬ ＲＥＳＥＡＲＣＨ ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮ
【住所又は居所原語表記】８２５ Ｎ．Ｅ． １３ｔｈ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｏｋｌａｈｏｍａ Ｃｉｔｙ，Ｏｋｌａｈｏｍａ ７３１０４，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ
【Ｆターム（参考）】
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