生物学的機能のネットワークを解析するための方法およびシステム
本発明は、生物学的実体（例えば、細胞）内の、生物学的機能（例えば、転写因子、構造遺伝子、細胞マーカー、細胞表面マーカー、細胞の形状、細胞小器官の形状、細胞の運動性、酵素活性、代謝産物の濃度および細胞の構成要素の局在）のネットワークを解析する方法およびシステムを提供する。詳しくは、本発明の目的は、細胞を複雑系と見なして、改変を加えずに全体的な様式で生物学的な情報を提示するシステムおよび方法を提供することである。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法であって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記生物学的実体が細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記摂動因子が、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡおよびリボザイムを含むＲＮＡ、化合物、ｃＤＮＡ、抗体、ポリペプチド、光、音、圧力変化、放射、熱ならびにガスからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記摂動因子が、前記機能レポーターの機能を特異的に調節し得るｓｉＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記機能レポーターが測定可能なシグナルを伝達し得る、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記機能レポーターが、転写因子、調節遺伝子、構造遺伝子、細胞マーカー、細胞表面マーカー、細胞の形状、細胞小器官の形状、細胞の運動性、酵素活性、代謝産物の濃度および細胞の構成要素の局在からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法であって、前記集合論による処理が、前記少なくとも２種類の機能レポーターのうち、２種類の特定の機能レポーターを、
ａ）独立、
ｂ）包含、および
ｃ）共通部分、
からなる群より選択される関係へ分類する工程を包含し、
ここで、該関係が独立であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、前記ネットワーク内で関係を有さないと決定され、
該関係が包含であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方に含まれると決定され、かつ該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方の下流に位置し、
該関係が共通部分であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、別の共通の機能から分岐した下流に位置すると決定される、
方法。
【請求項８】
前記集合論による処理が、前記機能レポーターごとに、前記摂動因子による応答の有無をマッピングする工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記レポーター間の関係の計算が、独立、包含および共通部分に分類された、各々の機能レポーター間の相関を含み、該相関の一覧を作成する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
１つの細胞内パスウェイを等しく標的化するのに十分な個数の前記摂動因子が調製される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記影響が、閾値に関して、以下の３つの群：
ポジティブな影響＝＋；
影響なし＝０および
ネガティブな影響＝−
に分類される、方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づき、ここで、前記集合論による処理は、以下の工程を包含する：
ａ）該影響と該機能レポーターについての閾値とを比較し、
ポジティブな影響＝＋、影響なし＝０、およびネガティブな影響＝−
の３つの群に分類することにより、該情報を３つのカテゴリに分類する工程、
ｂ）該機能レポーターのうちの２種類が、同一の型の影響を有する共通の摂動因子を有するか否かを決定する工程であって、ここで、
このような共通の摂動因子が存在しない場合、該２種類の機能レポーターに対応する２種類の機能は、互いに異なる摂動因子の下に配置され、
このような共通の摂動因子が存在する場合、以下の工程ｃ）を実施する、工程
ｃ）該２種類の機能のうちの一方の機能に対する摂動因子の集合が、該２種類の機能のうちの他方の機能に対する摂動因子の集合に完全に包含されるか否かを決定する工程であって、ここで、
このことが真である場合、より大きな集合を有する一方の機能が、より小さな集合を有する他方の機能の下に配置され、
このことが真ではない場合、該２種類の機能が、同一の摂動因子の下に並行して配置される、工程、
ｄ）該機能レポーターの全ての組合せを調べるか否かを決定する工程であって、ここで、
このことが真である場合、該機能の関係の全てを統合して、現時点での全体的な摂動影響ネットワークにし、
このことが真ではない場合、工程ａ）〜工程ｃ）を反復する、
方法。
【請求項１４】
前記３つの群が、＋１、０および−１に分類される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記工程ａ）〜工程ｃ）が、Ｍ×Ｎ行列を作製することによって判断され、ここでＭは機能レポーターの個数を指し、Ｎは摂動因子の個数を指す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
実際の生物学的実験を実行することによって、前記作製されたネットワークを解析する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記解析工程が、該機能に特異的な調節因子の使用を包含する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記調節因子がｓｉＲＮＡである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ネットワークが、シグナル伝達経路および細胞パスウェイを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記ネットワークが、バイオマーカーの同定、創薬ターゲットの解析、副作用解析、細胞機能の診断、細胞パスウェイ解析、化合物の生物影響評価および感染症診断からなる群より選択される使用のために使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
生物学的実体内の生物学的機能のネットワーク解析システムであって、該システムは：
Ａ）生物学的実体に対する、少なくとも１種類の摂動因子、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る手段、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作製する手段、
を備える、システム。
【請求項２２】
前記生物学的実体が細胞である、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２３】
前記摂動因子が、ｓｉＲＮＡ、化合物、ｃＤＮＡ、抗体、ポリペプチド、光、音、圧力変化、放射、熱ならびにガスからなる群より選択される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２４】
前記摂動因子が、前記機能レポーターの機能を特異的に調節し得るｓｉＲＮＡを含む、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２５】
前記機能レポーターが測定可能なシグナルを伝達し得る、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２６】
前記機能レポーターが、転写因子、構造遺伝子、細胞マーカー、細胞表面マーカー、細胞の形状、細胞小器官の形状、細胞の運動性、酵素活性、代謝産物の濃度および細胞の構成要素の局在からなる群より選択される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２７】
請求項２１に記載のシステムであって、前記集合論による処理が、前記少なくとも２種類の機能レポーターのうち、２種類の特定の機能レポーターを、以下からなる群より選択される関係へ分類する工程を包含する：
ａ）独立、
ｂ）包含、および
ｃ）共通部分、
ここで、該関係が独立であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、前記ネットワーク内で関係を有さないと決定され、
該関係が包含であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方に含まれると決定され、かつ該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方の下流に位置し、
該関係が共通部分であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、別の共通の機能から分岐した下流に位置すると決定される、
システム。
【請求項２８】
前記集合論による処理が、前記機能レポーターごとに、前記摂動因子による応答の有無をマッピングする工程を包含する、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２９】
前記レポーター間の関係の計算が、独立、包含および共通部分に分類された、各々の機能レポーター間の相関を含み、該相関の一覧を作成する工程を包含する、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３０】
１つの細胞内パスウェイを等しく標的化するのに十分な個数の前記摂動因子が調製される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３１】
情報を得るための前記手段は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づく、前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報を得るための手段を備える、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３２】
請求項２１に記載のシステムであって、前記影響が、閾値に関して、ポジティブな影響＝＋、影響なし＝０、およびネガティブな影響＝−の３つの群に分類される、システム。
【請求項３３】
請求項２１に記載のシステムであって、前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づき、ここで、該得られた情報を集合論による処理に供する手段は、以下の手段を備える：
ａ）該影響と該機能レポーターについての閾値とを比較し、ポジティブな影響＝＋、影響なし＝０、およびネガティブな影響＝−の３つの群に分類することにより、該情報を３つのカテゴリに分類するための手段、
ｂ）該機能レポーターのうちの２種類が、同一の型の影響を有する共通の摂動因子を有するか否かを決定するための手段であって、ここで、
このような共通の摂動因子が存在しない場合、該２種類の機能レポーターに対応する２種類の機能は、互いに異なる摂動因子の下に配置され、
このような共通の摂動因子が存在する場合、以下の工程ｃ）を実施する、手段
ｃ）該２種類の機能のうちの一方の機能に対する摂動因子の集合が、該２種類の機能のうちの他方の機能に対する摂動因子の集合に完全に包含されるか否かを決定するための手段であって、ここで、
このことが真である場合、より大きな集合を有する一方の機能が、より小さな集合を有する他方の機能の下に配置され、
このことが真ではない場合、該２種類の機能が、同一の摂動因子の下に並行して配置される、手段、
ｄ）該機能レポーターの全ての組合せを調べるか否かを決定するための手段であって、ここで、
このことが真である場合、該機能の関係の全てを統合して、現時点での全体的な摂動影響ネットワークにし、
このことが真ではない場合、工程ａ）〜工程ｃ）を反復する、
システム。
【請求項３４】
前記３つの群が、＋１、０および−１に分類される、請求項３３に記載のシステム。
【請求項３５】
前記手段ａ）〜手段ｃ）が、Ｍ×Ｎ行列を作製することによって実行され、ここでＭは機能レポーターの個数を指し、Ｎは摂動因子の個数を指す、請求項３３に記載のシステム。
【請求項３６】
実際の生物学的実験を実行することによって、前記作製されたネットワークを解析するための手段をさらに備える、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３７】
前記解析するための手段が、該機能に特異的な調節因子を含む、請求項３６に記載のシステム。
【請求項３８】
前記調節因子がｓｉＲＮＡである、請求項３７に記載のシステム。
【請求項３９】
前記ネットワークが、シグナル伝達経路を含む、請求項２１に記載のシステム。
【請求項４０】
前記ネットワークが、バイオマーカーの同定、創薬ターゲットの解析、副作用解析、細胞機能の診断、細胞パスウェイ解析、化合物の生物影響評価および感染症診断からなる群より選択される使用のために使用される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項４１】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法を、コンピュータ上で実行するコンピュータプログラムであって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、コンピュータプログラム。
【請求項４２】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法を、コンピュータ上で実行するコンピュータプログラムを含む記憶媒体であって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、記憶媒体。
【請求項４３】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法を、コンピュータ上で実行するコンピュータプログラムを含む通信媒体であって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、通信媒体。
【請求項１】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法であって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記生物学的実体が細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記摂動因子が、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡおよびリボザイムを含むＲＮＡ、化合物、ｃＤＮＡ、抗体、ポリペプチド、光、音、圧力変化、放射、熱ならびにガスからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記摂動因子が、前記機能レポーターの機能を特異的に調節し得るｓｉＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記機能レポーターが測定可能なシグナルを伝達し得る、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記機能レポーターが、転写因子、調節遺伝子、構造遺伝子、細胞マーカー、細胞表面マーカー、細胞の形状、細胞小器官の形状、細胞の運動性、酵素活性、代謝産物の濃度および細胞の構成要素の局在からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法であって、前記集合論による処理が、前記少なくとも２種類の機能レポーターのうち、２種類の特定の機能レポーターを、
ａ）独立、
ｂ）包含、および
ｃ）共通部分、
からなる群より選択される関係へ分類する工程を包含し、
ここで、該関係が独立であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、前記ネットワーク内で関係を有さないと決定され、
該関係が包含であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方に含まれると決定され、かつ該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方の下流に位置し、
該関係が共通部分であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、別の共通の機能から分岐した下流に位置すると決定される、
方法。
【請求項８】
前記集合論による処理が、前記機能レポーターごとに、前記摂動因子による応答の有無をマッピングする工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記レポーター間の関係の計算が、独立、包含および共通部分に分類された、各々の機能レポーター間の相関を含み、該相関の一覧を作成する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
１つの細胞内パスウェイを等しく標的化するのに十分な個数の前記摂動因子が調製される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記影響が、閾値に関して、以下の３つの群：
ポジティブな影響＝＋；
影響なし＝０および
ネガティブな影響＝−
に分類される、方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づき、ここで、前記集合論による処理は、以下の工程を包含する：
ａ）該影響と該機能レポーターについての閾値とを比較し、
ポジティブな影響＝＋、影響なし＝０、およびネガティブな影響＝−
の３つの群に分類することにより、該情報を３つのカテゴリに分類する工程、
ｂ）該機能レポーターのうちの２種類が、同一の型の影響を有する共通の摂動因子を有するか否かを決定する工程であって、ここで、
このような共通の摂動因子が存在しない場合、該２種類の機能レポーターに対応する２種類の機能は、互いに異なる摂動因子の下に配置され、
このような共通の摂動因子が存在する場合、以下の工程ｃ）を実施する、工程
ｃ）該２種類の機能のうちの一方の機能に対する摂動因子の集合が、該２種類の機能のうちの他方の機能に対する摂動因子の集合に完全に包含されるか否かを決定する工程であって、ここで、
このことが真である場合、より大きな集合を有する一方の機能が、より小さな集合を有する他方の機能の下に配置され、
このことが真ではない場合、該２種類の機能が、同一の摂動因子の下に並行して配置される、工程、
ｄ）該機能レポーターの全ての組合せを調べるか否かを決定する工程であって、ここで、
このことが真である場合、該機能の関係の全てを統合して、現時点での全体的な摂動影響ネットワークにし、
このことが真ではない場合、工程ａ）〜工程ｃ）を反復する、
方法。
【請求項１４】
前記３つの群が、＋１、０および−１に分類される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記工程ａ）〜工程ｃ）が、Ｍ×Ｎ行列を作製することによって判断され、ここでＭは機能レポーターの個数を指し、Ｎは摂動因子の個数を指す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
実際の生物学的実験を実行することによって、前記作製されたネットワークを解析する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記解析工程が、該機能に特異的な調節因子の使用を包含する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記調節因子がｓｉＲＮＡである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ネットワークが、シグナル伝達経路および細胞パスウェイを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記ネットワークが、バイオマーカーの同定、創薬ターゲットの解析、副作用解析、細胞機能の診断、細胞パスウェイ解析、化合物の生物影響評価および感染症診断からなる群より選択される使用のために使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
生物学的実体内の生物学的機能のネットワーク解析システムであって、該システムは：
Ａ）生物学的実体に対する、少なくとも１種類の摂動因子、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る手段、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作製する手段、
を備える、システム。
【請求項２２】
前記生物学的実体が細胞である、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２３】
前記摂動因子が、ｓｉＲＮＡ、化合物、ｃＤＮＡ、抗体、ポリペプチド、光、音、圧力変化、放射、熱ならびにガスからなる群より選択される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２４】
前記摂動因子が、前記機能レポーターの機能を特異的に調節し得るｓｉＲＮＡを含む、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２５】
前記機能レポーターが測定可能なシグナルを伝達し得る、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２６】
前記機能レポーターが、転写因子、構造遺伝子、細胞マーカー、細胞表面マーカー、細胞の形状、細胞小器官の形状、細胞の運動性、酵素活性、代謝産物の濃度および細胞の構成要素の局在からなる群より選択される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２７】
請求項２１に記載のシステムであって、前記集合論による処理が、前記少なくとも２種類の機能レポーターのうち、２種類の特定の機能レポーターを、以下からなる群より選択される関係へ分類する工程を包含する：
ａ）独立、
ｂ）包含、および
ｃ）共通部分、
ここで、該関係が独立であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、前記ネットワーク内で関係を有さないと決定され、
該関係が包含であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方に含まれると決定され、かつ該２種類の特定の機能レポーターのうちの一方が、該２種類の特定の機能レポーターのうちの他方の下流に位置し、
該関係が共通部分であると決定される場合、該２種類の特定の機能レポーターが、別の共通の機能から分岐した下流に位置すると決定される、
システム。
【請求項２８】
前記集合論による処理が、前記機能レポーターごとに、前記摂動因子による応答の有無をマッピングする工程を包含する、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２９】
前記レポーター間の関係の計算が、独立、包含および共通部分に分類された、各々の機能レポーター間の相関を含み、該相関の一覧を作成する工程を包含する、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３０】
１つの細胞内パスウェイを等しく標的化するのに十分な個数の前記摂動因子が調製される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３１】
情報を得るための前記手段は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づく、前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報を得るための手段を備える、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３２】
請求項２１に記載のシステムであって、前記影響が、閾値に関して、ポジティブな影響＝＋、影響なし＝０、およびネガティブな影響＝−の３つの群に分類される、システム。
【請求項３３】
請求項２１に記載のシステムであって、前記少なくとも２種類の機能レポーターについての情報は、所望の時間後の前記摂動因子の影響に基づき、ここで、該得られた情報を集合論による処理に供する手段は、以下の手段を備える：
ａ）該影響と該機能レポーターについての閾値とを比較し、ポジティブな影響＝＋、影響なし＝０、およびネガティブな影響＝−の３つの群に分類することにより、該情報を３つのカテゴリに分類するための手段、
ｂ）該機能レポーターのうちの２種類が、同一の型の影響を有する共通の摂動因子を有するか否かを決定するための手段であって、ここで、
このような共通の摂動因子が存在しない場合、該２種類の機能レポーターに対応する２種類の機能は、互いに異なる摂動因子の下に配置され、
このような共通の摂動因子が存在する場合、以下の工程ｃ）を実施する、手段
ｃ）該２種類の機能のうちの一方の機能に対する摂動因子の集合が、該２種類の機能のうちの他方の機能に対する摂動因子の集合に完全に包含されるか否かを決定するための手段であって、ここで、
このことが真である場合、より大きな集合を有する一方の機能が、より小さな集合を有する他方の機能の下に配置され、
このことが真ではない場合、該２種類の機能が、同一の摂動因子の下に並行して配置される、手段、
ｄ）該機能レポーターの全ての組合せを調べるか否かを決定するための手段であって、ここで、
このことが真である場合、該機能の関係の全てを統合して、現時点での全体的な摂動影響ネットワークにし、
このことが真ではない場合、工程ａ）〜工程ｃ）を反復する、
システム。
【請求項３４】
前記３つの群が、＋１、０および−１に分類される、請求項３３に記載のシステム。
【請求項３５】
前記手段ａ）〜手段ｃ）が、Ｍ×Ｎ行列を作製することによって実行され、ここでＭは機能レポーターの個数を指し、Ｎは摂動因子の個数を指す、請求項３３に記載のシステム。
【請求項３６】
実際の生物学的実験を実行することによって、前記作製されたネットワークを解析するための手段をさらに備える、請求項２１に記載のシステム。
【請求項３７】
前記解析するための手段が、該機能に特異的な調節因子を含む、請求項３６に記載のシステム。
【請求項３８】
前記調節因子がｓｉＲＮＡである、請求項３７に記載のシステム。
【請求項３９】
前記ネットワークが、シグナル伝達経路を含む、請求項２１に記載のシステム。
【請求項４０】
前記ネットワークが、バイオマーカーの同定、創薬ターゲットの解析、副作用解析、細胞機能の診断、細胞パスウェイ解析、化合物の生物影響評価および感染症診断からなる群より選択される使用のために使用される、請求項２１に記載のシステム。
【請求項４１】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法を、コンピュータ上で実行するコンピュータプログラムであって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、コンピュータプログラム。
【請求項４２】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法を、コンピュータ上で実行するコンピュータプログラムを含む記憶媒体であって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、記憶媒体。
【請求項４３】
生物学的実体における生物学的機能のネットワークを解析するための方法を、コンピュータ上で実行するコンピュータプログラムを含む通信媒体であって、該方法は：
Ａ）生物学的実体を少なくとも１種類の摂動因子に供する工程、
Ｂ）該生物学的実体内の、生物学的機能を反映する機能レポーターのうち、少なくとも２種類についての情報を得る工程、および
Ｃ）該得られた情報を集合論による処理に供し、該機能レポーター間の関係を計算して、該生物学的機能のネットワークの関係を作成する工程、
を包含する、通信媒体。
【図７】
【図１０】
【図１２】
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図８】
【図９】
【図１１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図１０】
【図１２】
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図８】
【図９】
【図１１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【公表番号】特表２００８−５１８３１９（Ｐ２００８−５１８３１９Ａ）
【公表日】平成２０年５月２９日（２００８．５．２９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５３７４７１（Ｐ２００７−５３７４７１）
【出願日】平成１７年１０月２８日（２００５．１０．２８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００５／０５３５３７
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０４６２１７
【国際公開日】平成１８年５月４日（２００６．５．４）
【出願人】（３０１０２１５３３）独立行政法人産業技術総合研究所 (6,529)
【出願人】（５０５３８０６９２）株式会社サイトパスファインダー (11)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年５月２９日（２００８．５．２９）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年１０月２８日（２００５．１０．２８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００５／０５３５３７
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０４６２１７
【国際公開日】平成１８年５月４日（２００６．５．４）
【出願人】（３０１０２１５３３）独立行政法人産業技術総合研究所 (6,529)
【出願人】（５０５３８０６９２）株式会社サイトパスファインダー (11)
【Ｆターム（参考）】
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