細菌の同定に用いる組成物
本発明は、分子量および塩基組成分析による細菌の迅速な同定および定量化のための組成物、キット、ならびに方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
SEQ ID NO:456と少なくとも70%配列同一性を含む、14〜35核酸塩基長のオリゴヌクレオチドプライマー。
【請求項２】
SEQ ID NO:1261と少なくとも70%配列同一性を含む、14〜35核酸塩基長のオリゴヌクレオチドプライマー。
【請求項３】
請求項1記載のプライマーを含む組成物。
【請求項４】
SEQ ID NO:1261と少なくとも70%配列同一性を含む、14〜35核酸塩基長のオリゴヌクレオチドプライマーをさらに含む、請求項3記載の組成物。
【請求項５】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む、請求項4記載の組成物。
【請求項６】
修飾核酸塩基が5-プロピニルウラシルまたは5-プロピニルシトシンである、請求項5記載の組成物。
【請求項７】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つのユニバーサル核酸塩基を含む、請求項4記載の組成物。
【請求項８】
ユニバーサル核酸塩基がイノシンである、請求項7記載の組成物。
【請求項９】
プライマーの一方または両方が5'末端上に非鋳型性T残基をさらに含む、請求項4記載の組成物。
【請求項１０】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つの非鋳型タグを含む、請求項4記載の組成物。
【請求項１１】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つの分子量改変タグを含む、請求項4記載の組成物。
【請求項１２】
請求項4記載の組成物を含むキット。
【請求項１３】
1つまたは複数のプライマー対の各要素が14〜35核酸塩基の長さであり、かつSEQ ID NO: 288:1269、698:1420、217:1167、399:1041、430:1321、174:853、および172:1360により表されるプライマー対の群からの対応する要素と70%〜100%配列同一性を有する、1つまたは複数のプライマー対をさらに含む、請求項12記載のキット。
【請求項１４】
1つまたは複数の較正ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項12記載のキット。
【請求項１５】
磁気ビーズに連結された少なくとも1つの陰イオン交換官能基をさらに含む、請求項12記載のキット。
【請求項１６】
以下の段階を含む、試料中の黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)の株の同定のための方法：
増幅産物を得るために請求項4記載の組成物を用いて黄色ブドウ球菌の該株由来の核酸を増幅する段階；
該増幅産物の分子量を測定する段階；
任意で、該分子量から該増幅産物の塩基組成を決定する段階；および
該分子量または該塩基組成を、請求項4記載の組成物により限定された黄色ブドウ球菌の株の既知の増幅産物の複数の分子量または塩基組成と比較する段階であって、該分子量または塩基組成と該複数の分子量または塩基組成の要素との間の一致により、黄色ブドウ球菌の該株が同定される段階。
【請求項１７】
少なくとも1つの追加のプライマー対を用いた増幅段階、測定段階、任意での決定段階、および比較段階を繰り返すことをさらに含み、該少なくとも1つの追加のプライマー対の各要素が14〜35核酸塩基の長さであり、かつSEQ ID NO: 288:1269、698:1420、217:1167、399:1041、430:1321、174:853、および172:1360により表されるプライマー対の群からの対応する要素と70%〜100%配列同一性を有する、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
黄色ブドウ球菌の株が病原性株である、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
黄色ブドウ球菌の株が病原性株である、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
以下の段階を含む、試料中の黄色ブドウ球菌の株の量の測定のための方法：
該試料を、請求項4記載の組成物、および較正配列を含む既知量の較正ポリヌクレオチドと接触させる段階；
細菌生物因子（bacterial bioagent）同定単位複製配列を含む第一増幅産物および較正単位複製配列を含む第二増幅産物を得るために、請求項4記載の組成物を用いて該試料中の黄色ブドウ球菌の該株由来の核酸および該較正ポリヌクレオチド由来の核酸を同時に増幅する段階；
該細菌生物因子同定単位複製配列および該較正単位複製配列についての分子量ならびに存在量を測定する段階；ならびに
分子量に基づいて該細菌生物因子同定単位複製配列と該較正単位複製配列を区別する段階であって、細菌生物因子同定単位複製配列の存在量と較正単位複製配列の存在量との比較により、該試料中の黄色ブドウ球菌の該株の量が示される段階。
【請求項１】
SEQ ID NO:456と少なくとも70%配列同一性を含む、14〜35核酸塩基長のオリゴヌクレオチドプライマー。
【請求項２】
SEQ ID NO:1261と少なくとも70%配列同一性を含む、14〜35核酸塩基長のオリゴヌクレオチドプライマー。
【請求項３】
請求項1記載のプライマーを含む組成物。
【請求項４】
SEQ ID NO:1261と少なくとも70%配列同一性を含む、14〜35核酸塩基長のオリゴヌクレオチドプライマーをさらに含む、請求項3記載の組成物。
【請求項５】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む、請求項4記載の組成物。
【請求項６】
修飾核酸塩基が5-プロピニルウラシルまたは5-プロピニルシトシンである、請求項5記載の組成物。
【請求項７】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つのユニバーサル核酸塩基を含む、請求項4記載の組成物。
【請求項８】
ユニバーサル核酸塩基がイノシンである、請求項7記載の組成物。
【請求項９】
プライマーの一方または両方が5'末端上に非鋳型性T残基をさらに含む、請求項4記載の組成物。
【請求項１０】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つの非鋳型タグを含む、請求項4記載の組成物。
【請求項１１】
プライマーの一方または両方が少なくとも1つの分子量改変タグを含む、請求項4記載の組成物。
【請求項１２】
請求項4記載の組成物を含むキット。
【請求項１３】
1つまたは複数のプライマー対の各要素が14〜35核酸塩基の長さであり、かつSEQ ID NO: 288:1269、698:1420、217:1167、399:1041、430:1321、174:853、および172:1360により表されるプライマー対の群からの対応する要素と70%〜100%配列同一性を有する、1つまたは複数のプライマー対をさらに含む、請求項12記載のキット。
【請求項１４】
1つまたは複数の較正ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項12記載のキット。
【請求項１５】
磁気ビーズに連結された少なくとも1つの陰イオン交換官能基をさらに含む、請求項12記載のキット。
【請求項１６】
以下の段階を含む、試料中の黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)の株の同定のための方法：
増幅産物を得るために請求項4記載の組成物を用いて黄色ブドウ球菌の該株由来の核酸を増幅する段階；
該増幅産物の分子量を測定する段階；
任意で、該分子量から該増幅産物の塩基組成を決定する段階；および
該分子量または該塩基組成を、請求項4記載の組成物により限定された黄色ブドウ球菌の株の既知の増幅産物の複数の分子量または塩基組成と比較する段階であって、該分子量または塩基組成と該複数の分子量または塩基組成の要素との間の一致により、黄色ブドウ球菌の該株が同定される段階。
【請求項１７】
少なくとも1つの追加のプライマー対を用いた増幅段階、測定段階、任意での決定段階、および比較段階を繰り返すことをさらに含み、該少なくとも1つの追加のプライマー対の各要素が14〜35核酸塩基の長さであり、かつSEQ ID NO: 288:1269、698:1420、217:1167、399:1041、430:1321、174:853、および172:1360により表されるプライマー対の群からの対応する要素と70%〜100%配列同一性を有する、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
黄色ブドウ球菌の株が病原性株である、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
黄色ブドウ球菌の株が病原性株である、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
以下の段階を含む、試料中の黄色ブドウ球菌の株の量の測定のための方法：
該試料を、請求項4記載の組成物、および較正配列を含む既知量の較正ポリヌクレオチドと接触させる段階；
細菌生物因子（bacterial bioagent）同定単位複製配列を含む第一増幅産物および較正単位複製配列を含む第二増幅産物を得るために、請求項4記載の組成物を用いて該試料中の黄色ブドウ球菌の該株由来の核酸および該較正ポリヌクレオチド由来の核酸を同時に増幅する段階；
該細菌生物因子同定単位複製配列および該較正単位複製配列についての分子量ならびに存在量を測定する段階；ならびに
分子量に基づいて該細菌生物因子同定単位複製配列と該較正単位複製配列を区別する段階であって、細菌生物因子同定単位複製配列の存在量と較正単位複製配列の存在量との比較により、該試料中の黄色ブドウ球菌の該株の量が示される段階。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【公表番号】特表２００８−５３８５０５（Ｐ２００８−５３８５０５Ａ）
【公表日】平成２０年１０月３０日（２００８．１０．３０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５０７９３２（Ｐ２００８−５０７９３２）
【出願日】平成１８年４月２１日（２００６．４．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１５１６０
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１１６１２７
【国際公開日】平成１８年１１月２日（２００６．１１．２）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＵＮＩＸ
２．ＷＩＮＤＯＷＳ
３．ＰＥＮＴＩＵＭ
【出願人】（５０５４２２０２８）アイシス ファーマシューティカルズ インコーポレイティッド (16)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年１０月３０日（２００８．１０．３０）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年４月２１日（２００６．４．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１５１６０
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１１６１２７
【国際公開日】平成１８年１１月２日（２００６．１１．２）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＵＮＩＸ
２．ＷＩＮＤＯＷＳ
３．ＰＥＮＴＩＵＭ
【出願人】（５０５４２２０２８）アイシス ファーマシューティカルズ インコーポレイティッド (16)
【Ｆターム（参考）】
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