膀胱の移行上皮癌を検出するための非侵襲性ｉｎｖｉｔｒｏ方法
本発明は、尿分析により個体における膀胱の移行上皮癌を検出するため、個体における該癌の病期または重篤度を決定するため、または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するための非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、尿分析による個体の尿中の膀胱の移行上皮癌の存在を検出するための非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法、ならびに選択されたタンパク質に由来するペプチド配列の使用およびこの方法を行うためのキットに関する。
【０００２】
発明の背景
膀胱癌は尿路の最もよく起こる癌であり；それは男性においては４番目によく起こる癌でありそして女性では８番目によく起こる癌である。それは、膀胱の移行上皮癌（ＢＴＣＣ、９０％）、扁平上皮癌（７％）、腺癌（２％）および未分化癌（１％）を含む種々の組織学的タイプの腫瘍の広いスペクトルを含む。
【０００３】
腫瘍のグレードおよび病期は、ＢＴＣＣの最善の予後の指標である。膀胱腫瘍は、世界保健機関（ＷＨＯ）に従って減少した分化の状態および増加した疾患の攻撃性においてＧ１（低グレード）からＧ３（高グレード）まで細胞形態学的に類別されている。病期または浸潤性に関しては、ＢＴＣＣは表在性乳頭状（superficial papillary）（ＴａおよびＴ１）、筋肉浸潤性（muscle invasive）（Ｔ２〜Ｔ４）、または異常内癌（uncommon in situ carcinoma）もしくは内腫瘍（tumor in situ）（ＴＩＳ）として分類される。
【０００４】
低グレード腫瘍は、通常粘膜に限定されるかまたは表面層に浸潤する（病期ＴａおよびＴ１）。最も高いグレードの腫瘍は、少なくともＴ１病期で検出される（固有層に浸潤）。診断された膀胱癌症例の約７５％は表在性である。残りの２５％は、診断時に筋肉浸潤性である。表在性ＢＴＣＣを有する患者は、良好な予後を有するが、７０％の再発のリスクを有する。この高いリスクにもかかわらず、Ｔａ腫瘍は、低グレードである傾向がありそして１０〜１５％のみが２年以内に筋肉浸潤に進行する。しかしながら、Ｔ２病期に進行するＴ１腫瘍の百分率はより高い（３０〜５０％）。
【０００５】
現在、個体における膀胱癌のための最善の診断システムが膀胱鏡検査法および経尿道生検によりまたは切除術により確立され、この両者は侵襲性手順を表す。
【０００６】
可動性膀胱鏡は、この技術をより攻撃的でなくするが、侵襲性かつ高度に不快なままであり、依然としてある形態の麻酔を必要とする。
【０００７】
ＢＴＣＣの診断のための広く普及している非侵襲性技術は、尿中の細胞の形態学的検査により新形成細胞を同定することである。従って、現在は膀胱癌を有すると診断されそして膀胱癌について処置された患者を監視するのに細胞学が使用される。尿細胞学は、膀胱鏡検査法により検出できない内腫瘍ならびに膀胱の上端部または上部尿路、即ち、尿管、骨盤および腎臓に位置した腫瘍を検出することができるけれども、いくつかの研究は、細胞学は膀胱癌診断における非常に低い感度を有しており、腫瘍の５０％までを見落とすことを示している。細胞学からの所見は、微妙であり、そして反応性プロセスまたは変性プロセスと混同させることがある。細胞学の研究は専門的な個々の評価を必要とし、これは結果の入手可能性を遅延させそして更に最終結果に主観と変動を持ち込む。実際には、膀胱癌を診断するのに利用可能な高感度で且つ特異的な非侵襲性方法はない（Boman H. et al., J Urol 2002, 167: 80-83）。
【０００８】
非侵襲性癌検出を改良するために多くの努力がなされた。プロテオーム技術、高分解能二次元電気泳動および質量分析法による癌細胞の発現プロファイリングの最近の進歩は、核マトリックスタンパク質ＮＭＰ２２（Soloway M. S. et al., J Urol 1996, 156:363-367）、ヒアルロン酸およびヒアルロニダーゼ（Pharm H. T. et al., Cancer Res 1997, 57: 778-783）、基底膜複合体（BTA, Pode D. et al., J Urol 1999, 161: 443-446）、癌胎児性抗原（CEA, Halim A. B. et al., Int J Biol Markers, 1992; 7: 234-239）、ウロプラキンＩＩ（Wu X. R. et al., Cancer Res 1998; 58:1291-1297）、細胞分散因子／肝細胞増殖因子（SF/HGF, Gohji K. et al., J Clin Oncol 2000; 18:2963-2971）、サイトケラチン２０のようなケラチン／サイトケラチンファミリーのタンパク質（Buchumensky V. et al., J Urol 1998, 160: 1971-1974）、サイトケラチン１８（Sanchez-Carbayo M. et al., Clin Cancer Res 2000, 6: 3585-3594）、乳癌８−Ｋａタンパク質（MAT-8, Morrison B. W. et al., J Biol Chem 1995, 270: 2176-2182）およびテロメラーゼ（Lee D.H. et al., Clinical Cancer Research 1998, 4: 535-538）などの膀胱癌のための腫瘍マーカーとして候補タンパク質を同定することを可能とした。
【０００９】
Memon A. A et al. （Cancer Detect Prev 2005, 29:249-255）は、細胞系および生検からの膀胱癌中の７つのディファレンシャルに発現されるタンパク質を同定している。しかしながら、比較のためのコントロールは使用されていない。Langbein, S. et al （Technol Cancer Res Treat 2006, 67-71）は、２Ｄ−ＰＡＧＥおよびＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ技術を使用した膀胱癌患者からの生検のタンパク質プロファイリングを開示している。
【００１０】
Rasmussen H. H. et al. （J Urol 1996, 155 : 2113-2119）は、膀胱癌を有する患者の尿中に存在する最も豊富なタンパク質のデータベースを開示してる。Celis J. E. et al （Electrophoresis 1999, 300-309）は、膀胱癌患者からの生検中に存在するタンパク質のデータベースを記載している。それにもかかわらず、これらの参考文献のいずれにおいてもマーカーは同定されていない。何故ならば、著者は、健常サンプル対腫瘍サンプルにおけるタンパク質の定量化されたディファレンシャルプロファイルを示していないからである。
【００１１】
更に、膀胱癌の予後および程度を予想するためのマーカーが臨床試験で有用であることが証明されたことはない（Miyake H. et al., J Urol 2002, 167: 1282-1287）。
【００１２】
発明の説明
本発明は、ＢＴＣＣと関連したタンパク質に関する高感度で効率的で迅速な非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法を提供する。本発明は更に、尿サンプルの分析によるＢＴＣＣの診断、予後および監視のための方法に関する。本発明は、驚くべきことに、尿分析によるＢＴＣＣの検出のための膀胱癌バイオマーカーを提供する。本発明の好ましい態様は、ＢＴＣＣの検出、診断、予後および／または監視のために非常に価値のある尿分析によるＢＴＣＣの検出のための４０個の膀胱癌バイオマーカーに関する。
【００１３】
アミノアシラーゼ−１（ＡＣＹ１）は、アシル化されたＬ−アミノ酸のＬ−アミノ酸とアシル基への加水分解を触媒する細胞質ゾルのホモダイマー亜鉛結合酵素であり、そしてアシル化されたアミノ酸の異化作用および再利用において機能すると仮定されている。ＡＣＹ１は、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）においてホモ接合性に減じた領域である染色体３ｐ２１．１に割り当てられ、そしてその発現はＳＣＬＣ細胞系および腫瘍において減少しているかまたは検出できないことが報告された。ＡＣＹ１は亜鉛結合酵素の新たなファミリーの最初のメンバーである。
【００１４】
アルデヒドレダクターゼ（ＡＫＲ１Ａ１）は、アルド／ケトレダクターゼファミリーに属し、それは生体および生体異物アルデヒドの還元に関与しておりそして実質的にすべての組織に存在している。
【００１５】
フルクトース１−ホスフェートアルドラーゼとも呼ばれるアルドラーゼＢ（ＡＬＤＯＢ）は、肝臓、腎臓および脳において産生される。それはフルクトースの分解のために必要である。
【００１６】
α−アミラーゼ（ＡＭＹ）カルチノイド、すい臓α−アミラーゼおよびα−アミラーゼ１Ａはグリコシルヒドロラーゼ１３ファミリーに属しそしてオリゴ糖および多糖における１，４−α−グルコシド結合を加水分解し、従って食物デンプンおよびグリコ−ゲンの消化の第１工程を触媒する。ヒトゲノムは、唾液腺またはすい臓において高レベルで発現されるいくつかのアミラーゼ遺伝子のクラスターを有する。
【００１７】
アネキシンＩＶ（ＡＮＸＡ４）は、カルシウム依存性リン脂質結合タンパク質のアネキシンファミリーに属する。それらの機能はまだ明らかには規定されていないけれども、アネキシンファミリーのいくつかのメンバーは、エキソサイトーシス経路およびエンドサイトーシス経路に沿った膜関連事象に関係付けられている。ＡＮＸＡ４は、殆ど排他的に上皮細胞で発現される。
【００１８】
アポリポタンパク質Ａ−Ｉ（ＡＰＯＡ１）は、アポリポタンパク質Ａ１／Ａ４／Ｅファミリーに属しそして、組織からのコレステロール流出を促進しそしてレシチンコレステロールアシルトランスフェラーゼ（ＬＣＡＴ）のための補因子として作用することにより排出のための組織から肝臓へのコレステロールの逆輸送に関与する。
【００１９】
ビリベルジンレダクターゼＡ（ＢＩＥＡ）は、ｇｆｏ／ｉｄｈ／ｍｏｃａファミリーおよびビリベルジンレダクターゼサブファミリーに属し、そして開環テトラピロール、ビリベルジンＩＸα、のγ−メテン架橋を還元して、ＮＡＤＨまたはＮＡＤＰＨの付随する酸化を伴ってビリルビンとする。
【００２０】
フラビンレダクターゼ（ＢＬＶＲＢ）は、還元されたピリジンヌクレオチドからフラビンおよびメチレンブルー、ピロロキノリン、キノン、リボフラビンまたはメトヘモグロビンへの電子伝達を触媒する。ＢＬＶＲＢは、酸化損傷から細胞を保護することまたは鉄代謝を調節することにおいて可能な役割を有する。肝臓では、それはビリベルジンをビリルビンに転換する。それは、主として肝臓および赤血球において優勢に発現され、そして心臓、肺、副腎および大脳においてより低いレベルで発現される。
【００２１】
カテプシンＤ（ＣＡＴＤ）は、ペプチダーゼＡ１ファミリーに属しそして細胞内タンパク質分解を活性化する酸性プロテアーゼである。それは、膀胱癌（Ozer E., et al., Urology 1999, 54:50-5 and Ioachim E., et al., Anticancer Res 2002, 22:3383-8）、乳がんおよびおそらくアルツハイマー病などのいくつかの疾患の病因に関与している。カテプシンＤは、１４ｋＤａの２つのポリペプチド（ＣＡＴＤ Ｈ）および３４ｋＤａの１つのポリペプチド（ＣＡＴＤ Ｋ）から形成された５２ｋＤａの不活性前駆体として合成される。不活性ペプチドは、Ｎ末端のタンパク質分解により活性化されて４８ｋＤａの酵素的に活性なタンパク質が生じる。
【００２２】
補体Ｃ３前駆体（ＣＯ３）は、補体系の活性化において中心的な役割を演じる。Ｃ３転換酵素によるそのプロセッシングは、両補体経路における中心的反応である。ＣＯ３は、尿生殖器腫瘍に関係付けられている（Dunzendorfer U., et al., Eur Urol 1980, 6:232-6）。
【００２３】
細胞質ゾル非特異的ジペプチダーゼ（ＣＰＧＬ１）は、ペプチダーゼＭ２０Ａファミリーに属しそして組織カルノシナーゼおよびペプチダーゼＡとしても知られている。それは選択的カルノシナーゼというよりはむしろ非特異的ジペプチダーゼである。
【００２４】
α−エノラーゼ（ＥＮＯＡ）は、解糖におけるその役割および、成長制御、低酸素耐性およびアレルギー応答などの種々のプロセスにおける役割を演じる多機能性酵素である。それは、白血球およびニューロンなどのいくつかの細胞型の細胞表面におけるプラスミノーゲンのレセプターおよびアクチベーターとして作用するその能力により、血管内および細胞周囲の繊溶系において機能することもできる。哺乳動物エノラーゼは、３つのアイソザイムサブユニット、α、βおよびγから構成され、これらは細胞型および発生特異的なホモダイマーまたはヘテロダイマーを形成することができる。ＥＮＯＡは、ニューロン形質膜においてＰＬＧと相互作用しそしてその活性化を促進する。それは、多くの腫瘍のための診断マーカーとして使用され、そしてヘテロダイマー形態、α／γ、で心停止後の低酸素脳損傷のためのマーカーとして使用される。それは、膀胱癌に関係付けられている（Iczkowski K.A., et al., Histopathology 1999, 35: 150-6）。
【００２５】
フェリチン軽鎖（ＦＲＩＬ）は、フェリチンファミリーに属しそして原核生物および真核生物における主要な細胞内鉄貯蔵タンパク質である。それは、重および軽フェリチン鎖の２４個のサブユニットから構成される。フェリチンサブユニット組成の変動は、種々の組織における鉄の取り込みおよび放出の速度に影響を与えることができる。フェリチンの主要な機能は、可溶性且つ無毒状態の鉄の貯蔵である。
【００２６】
Ｒａｂ ＧＤＰ解離抑制因子β（ＧＤＩＢ）は、ｒａｂ ｇｄｉファミリーに属しそして細胞小器官間の分子の小胞輸送に関与するｒａｂファミリーのメンバー、ｒａｓスーパーファミリーの低分子量ＧＴＰ結合タンパク質、のＧＤＰ／ＧＴＰ交換反応を調節する。ＧＤＩＢは遍在的に発現される。血漿グルタチオンペルオキシダーゼ（ＧＰＸ３）はグルタチオンペルオキシダーゼファミリーに属し、そして還元グルタチオンによる過酸化水素、有機ヒドロペルオキシドおよび脂質ペルオキシドの還元を触媒し、そして酸化損傷に対する細胞の保護において機能する。ヒト血漿グルタチオンペルオキシダーゼは、セレン含有酵素であることが示された。ＧＰＸ３発現は組織特異的であるようである。
【００２７】
グルタチオンシンテターゼ（ＧＳＨＢ）は、遊離基による酸化損傷からの細胞の保護、生体異物の解毒および膜輸送を含む、種々の生物学的機能のために重要である。
【００２８】
ゲルゾリン（ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０）は、アクチンモノマーまたはフィラメントのプラス端に結合してモノマー交換を防止する（末端ブロッキングまたはキャッピング）、カルシウムで調節されたアクチン調節タンパク質である。それは、モノマーのフィラメントへの集合（核形成）を促進し、そして既存のフィラメントを切断することができる。更に、このタンパク質はアクチンに結合しそしてフィブロネクチンに結合する。それは、バイオマーカーとしては記載されていない、即ち、その発現レベルは健常個体対癌患者において比較および定量されていないが、それは膀胱癌に関係付けられている（Rasmussen, H. H. et al., J Urol 1996, 155:2113-2119; Haga K, Hokkaido Igaku Zasshi 2003, 78: 29-37; Celis A et al., Electrophoresis 1999, 20:355-61）。
【００２９】
グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴＰ１）は、多くの疎水性および求電子性化合物の還元グルタチオンとのコンジュゲーションを触媒することにより解毒において重要な役割を演じる酵素のファミリーに属する。
【００３０】
細胞質イソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＤＨＣ）は、イソクエン酸およびイソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼファミリーに属し、そしてイソクエン酸の酸化的脱炭酸を触媒してα−ケトグルタル酸を形成する。
【００３１】
小胞内在性膜タンパク質ＶＩＰ３６前駆体（ＬＭＡＮ２）は、初期分泌経路における細胞内レクチンとしての役割を演じる。Ｎ−アセチル−Ｄ−ガラクトサミンおよび高マンノース型グリカンと相互作用しそしてＯ結合型されたグリカンに結合することもできる。それは、高マンノース型グリカンを有する糖タンパク質の輸送およびソーティングに関与する。
【００３２】
Ｌｙ抗原６複合体、ローカス６Ｇ６Ｅ（ＬＹ６Ｇ６Ｅ）は、Ｌｙ抗原６スーパーファミリーに属する。このファミリーのメンバーは、システインに富んでおり、一般に、明確なまたは推定の免疫関連役割を有するＧＰＩアンカー型細胞表面タンパク質である。その特異的機能は未知である。マンナン結合レクチンセリンプロテアーゼ２前駆体（ＭＡＳＰ２）は、ペプチダーゼｓ１ファミリーに属し、そしておそらくマンノース結合レクチン（ＭＢＬ）補体活性化経路の開始において重要な役割を演じるトリプシンプロテアーゼである。活性化の後、それはＣ４を開裂してＣ４ＡおよびＣ４Ｂを生成させる。
【００３３】
ニコチン酸−ヌクレオチドピロホスホリラーゼ（ＮＡＤＣ）は、ｎａｄＣ／ｍｏｄＤファミリーに属し、そしてトリプトファンからのＮＡＤのｄｅ ｎｏｖｏ合成経路における中間体でありそしてニューロンにおけるＮ−メチルＤ−アスパラギン酸（ＮＭＤＡ）レセプターの過剰刺激により強力な内因性興奮毒として作用する。脳におけるＮＡＤＣレベルの上昇は、癲癇、アルツハイマー病およびハンチントン病などの神経変性障害の病因に関連付けられている。それは、まだ癌に関連付けられていない。
【００３４】
ナプシンＡ（ＮＡＰＳＡ）は、ペプチダーゼａ１ファミリーに属し、そしてそれは腎臓で最も高いレベルで、肺で中程度のレベルでそして脾臓および脂肪組織で低いレベルで発現される。それは肺細胞界面活性物質前駆体のプロセッシングに関与している可能性がある。
【００３５】
増殖関連タンパク質２Ｇ４（ＰＡ２Ｇ４）は、ペプチダーゼｍ２４ｃファミリーに属する、核移行における細胞周期特異的変動を示す一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質である。このタンパク質はマイトジェン刺激に応答して発現されるので、それは、増殖している細胞の細胞周期活性を維持する細胞周期調節タンパク質または複製タンパク質の大きなファミリーに属しうる。
【００３６】
癌遺伝子ＤＪ１（ＰＡＲＫ７）は、すい臓、腎臓、骨格筋、肝臓、精巣および心臓において高度に発現され、そしてアンドロゲンレセプター依存性転写の正の調節因子として作用する。それは、レドックス感受性シャペロンとしておよび酸化ストレスに対するセンサーとして機能することができる。それは、ＳＮＣＡの凝集を防止しそして酸化ストレスおよび細胞死に対してニューロンを保護する。
【００３７】
ポリ（ｒｃ）結合タンパク質１（ＰＣＰＢ１）は、オリゴｄＣに優先的に結合する一本鎖核酸結合タンパク質である。それは、核と細胞質との間で往復することができる。それは、骨格筋、胸腺および末梢血白血球において豊富に発現されるが、前立腺、脾臓、精巣、卵巣、小腸、心臓、肝臓、副腎および甲状腺ではより低い発現が観察される。
【００３８】
プログラム細胞死６相互作用タンパク質（ＰＤＣ６Ｉ）は、脳、心臓、胎盤、肺、腎臓、すい臓、肝臓、骨格筋および蝸牛において発現され、そしてアポトーシスおよび細胞増殖の両方の調節において役割を演じることができる。それは、ＰＤＣＤ６／ＡＬＧ−２およびＳＨ３ＫＢＰ１と相互作用する。
【００３９】
リソソーム酸性ホスファターゼ前駆体（ＰＰＡＬ）は、ヒスチジン酸性ホスファターゼファミリーに属し、そしてオルトリン酸モノエステルをアルコールおよびリン酸に加水分解する。ペルオキシレドキシン２（ＰＲＤＸ２）はａｈｐｃ／ｔｓａファミリーに属し、そして細胞のレドックス調節に関与している。それは、チオレドキシン系により与えられる還元当量によりペルオキシドを還元する。それは、グルタレドキシンから電子を受け取ることができない。それは、代謝期間中に生成したペルオキシドの除去において重要な役割を演じることができる。それは、Ｈ２Ｏ２の細胞内濃度を調節することにより増殖因子および腫瘍壊死因子αのシグナリングカスケードに関与している可能性がある。それはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞活性を増強させる。
【００４０】
グルタミニル−ペプチドシクロトランスフェラーゼ（ＱＰＣＴ）は、ピログルタミルペプチドの生合成を担っている。それはＮ末端グルタミン酸に隣接した酸性およびトリプトファン残基に対する偏りを有する。
【００４１】
血漿レチノール結合タンパク質（ＲＥＴＢＰ）は、リポカリンファミリーに属し、そして血液中のレチノール（ビタミンＡアルコール）のための特異的キャリアーである。それは、肝臓貯蔵から末梢組織にレチノールを送達する。血漿では、ＲＢＰ−レチノール複合体は、トランスチレチンと相互作用し、これは腎糸球体を通るろ過によるその損失を防止する。ビタミンＡの欠乏は、翻訳後に結合タンパク質の分泌を妨害しそして表皮細胞への送達および供給の欠損をもたらす。
【００４２】
セレン結合タンパク質（ＳＢＰ１）は、セレン結合タンパク質ファミリーに属する。セレンは、強力な抗癌性を示す必須の栄養素であり；セレンの欠乏は、特定の神経疾患を引き起こすことがある。癌および神経疾患の防止におけるセレンの効果は、セレン結合タンパク質により媒介されうることが提唱された。
【００４３】
ストレス誘導リン酸化タンパク質１（ＳＴＩＰ１）は、分子シャペロンＨＳＣ７０およびＨＳＰ９０（ＨＳＰＣＡおよびＨＳＰＣＢ）の会合を媒介するアダプタータンパク質である。
【００４４】
トランスアルドラーゼ（ＴＡＬＤＯ）は、トランスアルドラーゼファミリーに属し、そして核酸合成のためのリボース−５−リン酸および脂質生合成のためのＮＡＤＰＨを与える非酸化的ペントースリン酸経路の鍵酵素である。この経路は、還元状態にグルタチオンを維持することもでき、従って、酸素ラジカルからスルフヒドリル基および細胞完全性を保護することができる。
【００４５】
トランスチレチン（ＴＴＨＹ、以前はプレアルブミン）は、脊椎動物の血液中に見出される３つの甲状腺ホルモン結合タンパク質の１つである。それは、肝臓において産生されそして血流中に循環し、血流中でそれはレチノールおよびチロキシンに結合する。
【００４６】
ＷＤリピートタンパク質１（ＷＤＲ１）は、ｗｄリピートａｉｐ１ファミリーに属し、そしてＡＤＦ／コフィリンファミリータンパク質と共同してアクチンフィラメントの分解を誘導する。
【００４７】
癌は、試験尿サンプルにおける少なくとも１つの膀胱癌バイオマーカーの発現パターンを分析することにより検出されうる。従って、正常な尿と比較しての尿試験サンプル中の少なくとも１つのディファレンシャルに発現されるタンパク質の検出はＢＴＣＣを示す。
【００４８】
尿サンプルは組成が非常に多様である。従って、正規化は、総タンパク質濃度の差を説明するためおよびサンプル間の偏りを除くために必須である。
【００４９】
尿中のその含量が常に一定であるコントロールタンパク質の発現レベルを、シグナルレベルを正規化するのに使用することができる。文献には、これらの非変動性タンパク質の多くの例がある。本発明では、トランスフェリンが非変動性タンパク質であることが示された。
【００５０】
本発明で同定された代表的な膀胱癌タンパク質またはバイオマーカーは、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰ（４０個の膀胱癌バイオマーカーとも呼ばれる）を含むが、これらに限定されない。
【００５１】
本発明の１つの局面は、ａ）個体からの尿試験サンプル中に存在する１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量すること；およびｂ）正常な尿における対応する標準値に対して試験尿サンプルのａ）で得られた発現測定値を比較することを含み、正常な尿における対応する標準値に比較してのａ）で得られた測定値の変化はＢＴＣＣを示す、非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。この方法は、ＢＴＣＣの存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するためのスクリーニングに適合させることができる。
【００５２】
更に、この方法は、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用することもできる。
【００５３】
本発明の別の局面は、尿分析によりＢＴＣＣの存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するための、尿中に存在するバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【００５４】
本発明の別の局面は、ＢＴＣＣを処置するための治療剤のスクリーニング、同定、開発および該治療剤の有効性の評価のための方法における、４０個の膀胱癌バイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来する１つ以上のヌクレオチドまたはペプチド配列の、単独でのまたは任意の組み合わせでの使用に関する。
【００５５】
本発明は、更に、このような膀胱癌バイオマーカーに対する抗体を提供する。これらの抗体は、例えば可溶性形態、基材上に固定化された形態または薬学的に許容される担体との組み合わせを含む特定の使用のために適当な種々の形態で提供されうる。
【００５６】
本発明の別の局面は、１）尿中の１つの癌バイオマーカーを特異的に認識する少なくとも１つの抗体および２）担体を適当なパッケージング中に含む前記した方法を行うためのキットに関する。
【００５７】
本発明の別の局面は、１つ以上の膀胱癌バイオマーカーの発現のパターンを含むＢＴＣＣ参照発現プロファイルに関する。異なるＢＴＣＣ参照発現プロファイルを確立しそして異なる癌病期に相関させることができる。
【００５８】
本発明の目的で、下記の定義が使用された：
用語「癌」は、典型的には、隣接した組織に浸潤することができそして遠位の器官に伝播することができる異常なまたは調節されていない細胞成長により特徴付けられる疾患を指す。用語「癌腫」は、異常なまたは調節されていない細胞成長から生じる組織を指す。用語「膀胱の移行上皮癌」またはその略号「ＢＴＣＣ」は、膀胱上皮細胞における任意の悪性の増殖性障害を指す。用語「腫瘍」は、これが良性（非癌性）であろうと悪性（癌性）であろうと、新形成プロセスにより生成した組織の任意の異常な塊を指す。
【００５９】
用語「膀胱癌タンパク質またはバイオマーカー」は、ＢＴＣＣにおいてディファレンシャルに発現されるタンパク質、即ち、ＢＴＣＣを有する患者からの尿に比較して健常個体からの尿において異なって発現されるタンパク質を指す。本発明においては、ディファレンシャルに発現されるタンパク質に含まれるタンパク質の群は、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰを含む群より選ばれる４０個のバイオマーカー、およびその割合が２つの異なる尿サンプル：即ち健常個体からの尿サンプルおよび移行上皮癌の患者からの尿サンプルを比較するとき（この定量はイメージアナライザーソフトウエア、例えばＰｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアにより行われる）、少なくとも２倍変化する尿サンプルの任意のタンパク質の両方を含む。本明細書に記載された膀胱癌バイオマーカーは、任意の長さであることができ、そして更にネイティブタンパク質および／または異種配列に由来する追加の配列、任意の転写変異体もしくは翻訳後変異体ならびに上記配列と少なくとも９５％の同一性を有する任意の配列（この同一性は、２つの配列間で同一である残基の百分率として定義される）を含む。当業者は、これらの他の部分または変異体も癌の処置および検出において有用でありうることを認識するであろう。
【００６０】
用語「１つ以上のバイオマーカーを検出する」は、１つ以上のバイオマーカーの存在を決定することを意味し、これに対して用語「１つ以上のバイオマーカーを定量する」は、１つ以上のバイオマーカーの存在を値として（例えば強度値として）表すことを意味する。用語「ＢＴＣＣを示す」は、正常な尿における対応する標準値と比較しての試験尿サンプルにおける１つ以上のバイオマーカーの測定値において見出される変化がＢＴＣＣの存在の証明として役立つことを意味する。用語「変化」は、タンパク質の発現のレベルの変化を指す。
【００６１】
用語「ディファレンシャルに発現されるタンパク質」は、その発現パターンが、健常個体からの尿に比較してＢＴＣＣ有する患者からの尿において変化する（増加するかまたは減少する）タンパク質を指す。用語「逆に発現された」は、２つのディファレンシャルに発現されるタンパク質であって、その発現パターンが反対である（即ち、サンプルにおいて一方は過剰発現されるが、他方は抑制される、またはその逆）タンパク質を指す。
【００６２】
用語「タンパク質抽出物」は、尿サンプルの遠心後に得られた上清に相当する。
【００６３】
用語「個体」は、哺乳動物として分類される動物のすべての種を指し、そして家畜動物および農場動物、霊長類およびヒトを含むが、それらに限定されず、そして好ましくは、任意の年齢または人種の男性または女性のヒトを指す。用語「健常個体」は、ＢＴＣＣに罹患していない個体を指し、そして他の泌尿器疾患を有する患者を含むことができる。用語「以前に診断された」は、ＢＴＣＣについて最初の陽性の診断を既に受けている個体に関する。用語「以前に診断されていない」は、ＢＴＣＣについて最初の陽性の診断（ｄｅ ｎｏｖｏ診断）を受けたことのない個体に関する。
【００６４】
用語「正常な尿における標準値」は、ＢＴＣＣに罹患していないことが知られている個体の単一尿サンプルにおいて検出される１つ以上のバイオマーカーの平均発現レベルの定量に関する。
【００６５】
用語、ＢＴＣＣの「診断」は、１つ以上のＢＴＣＣバイオマーカーの評価によりＢＴＣＣの性質および原因を同定するかまたは決定する方法に関する。用語「予後」は、疾患のありうる結果または経過、即ち、回復または再発の見込みを指す。用語「監視」は、異なる時点での個体におけるＢＴＣＣの存在または非存在を評価することを意味する。用語「処置」は、個体の状態を直接または間接に改善する目的で個体を医学的手当てに供する、任意のプロセス、作用、適用等を指す。
【００６６】
用語「特異性」は、疾患が真に存在しない場合に疾患の存在を排除する試験の能力を指す。特異性は、真の陰性と正しくない陽性試験が存在する健常個体（この群は偽陽性と呼ばれる）の数の和で割った、正しい陰性試験が存在する健常個体（この群は真陰性と呼ばれる）の数として表される。用語「感度」は、疾患が真に存在する場合に疾患を検出する試験の能力を指す。感度は、真の陽性と正しくない陰性試験が存在する罹病患者（この群は偽陰性と呼ばれる）の数の和で割った正しい陽性試験が存在する罹病患者（この群は真陽性と呼ばれる）の数として表される。用語「ロバスト性（robustness）」は、最初のサンプルにおける変動性にもかかわらず同じ結果を与えるための数値的方法の能力を定義する。
【００６７】
用語「遺伝子」は、タンパク質をコードしそしてコード配列の一部または完全なコード配列を表すことができるデオキシリボヌクレオチドの分子鎖の領域を指す。用語「タンパク質」は、共有結合または非共有結合により分子間で連結されたアミノ酸の少なくとも１つの分子鎖を指す。この用語は、翻訳後タンパク質修飾のすべての形態、例えば、グリコシル化、リン酸化またはアセチル化を含む。用語「ペプチド」および「ポリペプチド」は、タンパク質フラグメントを表すアミノ酸の分子鎖を指す。用語「タンパク質」および「ペプチド」は、区別できない。
【００６８】
用語「抗体」は、抗原刺激、例えば外来性タンパク質、バクテリア、ウイルス、寄生虫または移植された器官に応答して血液またはリンパ液中に分泌されそして「抗原」と呼ばれるターゲット分子に対する特異的結合活性を示す、Ｂ細胞の表面におけるＹ字状タンパク質（免疫グロブリンとして知られている）を指す。免疫グロブリンの抗原結合領域は、Ｆ（ａｂ’）２またはＦａｂフラグメントに分割されうる。用語「抗体」は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体（インタクトなまたはそれらに由来するフラグメント）を含み；そしてヒト抗体、ヒト化抗体および非ヒト起源の抗体を含む。「非ヒト抗体」は、Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ以外の動物種により生成された抗体である。「ヒト化抗体」は、マウス抗体からの最小マウス部分がヒト抗体に融合されている遺伝子操作抗体である。一般に、ヒト化抗体は、５〜１０％マウスおよび９０〜９５％ヒトである。「ヒト抗体」は、ヒト抗体遺伝子を有するトランスジェニックマウスに由来するかまたはヒト細胞に由来する抗体である。「モノクローナル抗体」は、ターゲット分子の単一の抗原性部位または「抗原決定基」に対する均一な、高度に特異的な抗体集団である。「ポリクローナル抗体」は、ターゲット分子の異なる抗原決定基に対する不均一な抗体集団を含む。用語「特異的抗体」は、特異的タンパク質（この場合には特定の膀胱癌マーカーに対する）に対して生成された抗体を指す。用語「抗体−タンパク質複合体」は、抗原とその特異的抗体により形成された複合体を指す。用語「コンビボディ（combibody」（コンビナトリアル抗体）は、バクテリアまたは真核生物系を使用する抗体産生および精製の必要なしに、細胞表面反応性抗体の発現のためのｃＤＮＡライブラリーの直接スクリーニングを可能とする繊維状ファージ上にディスプレーされた抗体を指す。用語「Ｆａｂ組換え抗体」は、一価のＦａｂフラグメントのみを含有しそして抗体がその抗原に対する非常に高いアフィニティーを有するときに有用である組換え抗体を指す。それらは、タンパク質配列が既知であるならば組換えに得られうる。用語「ＳｃＦｖ抗体フラグメント」は、バクテリア培養物中に発現されうる単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）を指す。
【００６９】
用語「エピトープ」は、特異的抗体が認識するタンパク質のアミノ酸の配列であるタンパク質の抗原決定基を指す。このようなエピトープは、アミノ酸の連続したストレッチ（直線的エピトープ）または、ポリペプチド鎖の三次元折たたみによって互いに近接させられる不連続アミノ酸（不連続エピトープ）から構成されることができる。用語「固相」は、抗体を結合させることができる非水性マトリックスを指す。固相のための材料の例は、ガラス、多糖（例えばアガロース）、ポリアクリルアミド、ポリスチレン、ポリビニルアルコールおよびシリコーンを含むが、それらに限定されない。固相形態の例は、プレートのウエルまたは精製カラムである。
【００７０】
用語「ディップスティック」は、液体のある性質（化学的、物理的等）を決定および／または定量することができるある種の試験を行うために液体に浸漬される装置を指す。この種のディップスティックは、通常紙または厚紙から作られ、そしてその色の変化が液体のある特徴を示す試薬が含浸させられている。用語「キャリアー」は、それによって何かが運搬されるかまたは導かれる機構または装置を指す。用語「パッケージング」は、製品の購入および使用を促進することを主な目的とする販売の前の封じ込めおよび包装を指す。
【００７１】
用語「バイオチップ」は、より高いスループットおよび速度を達成するために、多くの試験を同時に行うことを可能とする固体基材上に配置された小型化された試験部位の集まり（マイクロアレー）を指す。
【００７２】
本発明の１つの態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、個体からの尿試験サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰ（４０個の膀胱癌バイオマーカーとも呼ばれる）またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７３】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、個体からの尿試験サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７４】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも２つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも３つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも４つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも５つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００７５】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７６】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１およびＳＴＩＰ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７７】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７８】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７９】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００８０】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＰＯＡ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８１】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＧＳＮ４０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８２】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＥＮＯＡまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８３】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８４】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の、ＣＡＴＤ Ｋ、ＧＳＮ８０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８５】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８６】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８７】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８８】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８９】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣおよびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９０】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９１】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９２】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９３】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９４】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカー、ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９５】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９６】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、ＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９７】
別の態様は、個体からの試験尿サンプル中の４０個の膀胱癌バイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる２つの異なるバイオマーカー間の１つ以上の割合を定量すること、および正常な尿における対応する標準値に対して試験尿サンプルで得られた測定値を比較することを含み、その変化はＢＴＣＣを示す、非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。
【００９８】
別の態様では、本方法は、同じタンパク質（１つまたは複数）を、ＢＴＣＣ進展内の異なる時点に同じ患者から得られた異なるサンプルから比較する、疾患の進行を決定することを可能とする。
【００９９】
別の態様では、本発明のバイオマーカーの１つ以上を使用して薬理学的処置または外科的処置の有効性を監視することができる。
【０１００】
別の態様では、分析されるべきサンプルは、以前にＢＴＣＣを有すると診断されていない個体から得られる。
【０１０１】
別の態様では、分析されるべきサンプルは、以前にＢＴＣＣを有すると診断された個体から得られる。
【０１０２】
別の態様では、分析されるべきサンプルは、ＢＴＣＣに対する処置を現在受けている個体から得られる。
【０１０３】
別の態様では、この方法は、サンプルのタンパク質の抽出物を得ることを含む。
【０１０４】
測定は、典型的には、分光法またはイムノアッセイを含む。分光法は、典型的には、表面増強レーザー脱離／イオン化（ＳＥＬＤＩ）質量分析法またはマトリックス支援レーザー脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析法である。イムノアッセイは、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）、競合ＥＩＡ（競合エンザイムイムノアッセイ）、ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ）、免疫細胞化学または免疫組織化学技術、特異的抗体を含むバイオチップもしくはタンパク質マイクロアレーの使用に基づく技術、ディップスティックなどの形態のコロイド金の沈殿に基づくアッセイ；またはアフィニティークロマトグラフィー技術、リガンド結合アッセイもしくはレクチン結合アッセイを含む。
【０１０５】
別の態様では、癌を検出するための方法は、尿サンプルを膀胱癌バイオマーカーに特異的に結合する分子と接触させること、およびこの結合を定量することを含む。
【０１０６】
別の態様では、タンパク質の検出および定量は、サンプルのタンパク質抽出物をタンパク質（１つまたは複数）の１つ以上のエピトープに対する１つ以上の特異的抗体の組成物と接触させる第１工程、および抗体とタンパク質により形成された複合体を定量する第２工程を含む。
【０１０７】
別の態様では、タンパク質の検出のために使用される特異的抗体は、ヒト起源であるか、ヒト化されているかまたは非ヒト起源であり、そしてモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体、抗体のインタクトなフラグメントまたは組換えフラグメント、コンビボディおよびＦａｂまたはｓｃＦｖ抗体フラグメントから選ばれる。
【０１０８】
別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１０９】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１０】
本発明の別の態様は、癌バイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用であって、正常な尿における対応する標準値と比較しての尿試験サンプルにおけるこれらのバイオマーカーの測定値の変化がＢＴＣＣを示す、使用に関する。
【０１１１】
別の態様では、尿中に存在する少なくとも２つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。別の態様では、尿中に存在する少なくとも３つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。別の態様では、尿中に存在する少なくとも４つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。別の態様では、尿中に存在する少なくとも５つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。
【０１１２】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１３】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１およびＳＴＩＰ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１４】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１５】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２、およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１６】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１７】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＰＯＡ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１１８】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＧＳＮ４０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１１９】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＥＮＯＡまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２０】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２１】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｋ、ＧＳＮ８０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２２】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２３】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２４】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２５】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２６】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣおよびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２７】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２８】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２９】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１３０】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３１】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３２】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３３】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３４】
別の態様は、１）これらのタンパク質の１つ以上を特異的に認識する抗体の任意の組み合わせおよび２）担体を適当なパッケージング中に含む前記した方法を行うためのキットであって、ＢＴＣＣの存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用されるキットに関する。
【０１３５】
上記キットは、尿サンプル中に存在するバイオマーカーに結合する少なくとも１つの作用物質を収容するための容器；およびＢＴＣＣの状態を決定するための少なくとも１つの作用物質の使用のための説明書を含むことができる。このようなキットは、各々がこの方法で使用されるべき別々のエレメントの１つを含むバイアル、チューブ等のような１つ以上の容器を受けいれるために区画化されている、キャリアー、パッケージまたは容器を含むことができる。例えば、容器（１つまたは複数）は、標識されそして更に検出されるかまたはされうるプローブを含むことができる。プローブは、それぞれ、膀胱癌タンパク質または膀胱癌遺伝子に対して特異的な抗体またはポリヌクレオチドであることができる。あるいは、キットは、質量分析法（ＭＳ）プローブを含むことができる。キットは、ターゲット核酸配列の増幅またはサイレンシングのためのヌクレオチド（１つまたは複数）を含む容器および／または検出可能な標識、例えば、酵素標識、蛍光標識または放射性同位元素標識に結合されたレポーター手段、例えば、ビオチン結合タンパク質、例えば、アビジンまたはストレプトアビジンを含む容器を含むこともできる。キットは、膀胱癌バイオマーカーのアミノ酸配列またはこのようなアミノ酸配列をコードする核酸分子のすべてまたは一部を含むことができる。本発明のキットは、典型的には、上記した容器、ならびにバッファー、希釈剤、フィルター、針、注射器および使用するための指示を有するパッケージ挿入物を含む商業的観点および使用者の観点から望ましい材料を含む１つ以上の他の容器を含むであろう。更に、ラベルを、組成物が特定の治療または非治療用途に使用されることを示すために容器上に設けることができ、そしてラベルは使用のための指図、例えば上記した指図を示すこともできる。指図およびまたは他の情報は、キットと共に含まれる挿入物上に含ませることもできる。
【０１３６】
別の態様は、バイオチップを含む前記した方法を行うためのキットに関する。
【０１３７】
別の態様は、バイオチップを含む前記した方法を行うためのキットであって、該バイオチップは、４０個の膀胱癌バイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーの検出のための抗体を含む、キットに関する。
【０１３８】
特異的抗原−抗体複合体の形成を検出および／または定量するために利用可能な広範な免疫学的アッセイがあり；多数の競合または非競合タンパク質結合アッセイが以前に記載されておりそしてこれらの大多数は市販されている。従って、タンパク質は、例えば、タンパク質に対して特異的なモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、これらのインタクトなフラグメントまたは組換えフラグメント、コンビボディおよび抗体のＦａｂまたはｓｃＦｖフラグメントなどの抗体を用いて定量されうる。これらの抗体は、ヒト起源であるか、ヒト化されているかまたは動物起源であることができる。他方、それらは、標識されていてもよくまたは標識されていなくてもよく、そして広範なアッセイで使用されうる。抗体を標識するのに使用されうるマーカー分子は、放射性核種、酵素、フルオロフォア、化学発光試薬、酵素基質または補因子、酵素阻害剤、粒子、着色剤および誘導体を含む。抗体結合特異性が高ければ高いほど、検出されうる抗原濃度は低い。
【０１３９】
標識されていない抗体（一次抗体）および標識された抗体（二次抗体）を使用する、本発明で使用されうる当業者に周知の広範なアッセイがあり；これらの技術は、ウエスタンブロットまたはウエスタントランスファー、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）、競合ＥＩＡ（競合エンザイムイムノアッセイ）、ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ）、免疫細胞化学または免疫組織化学技術、特異的抗体を含むバイオチップもしくはタンパク質マイクロアレーまたはディップスティックなどの形態のコロイド沈殿の使用に基づく技術を含むが、それらに限定されない。タンパク質を検出および／または定量するための他の方法は、アフィニティークロマトグラフィー技術、リガンド結合アッセイまたはレクチン結合アッセイを含む。本発明のこの局面の好ましい態様は、タンパク質マイクロアレーおよび二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）である。これらのイムノアッセイにおいて、本発明の４０個のタンパク質の１つ以上のエピトープに対して特異的な任意の抗体または抗体の組み合わせを使用することができる。このアッセイの多くの可能な形態の１つの例として、本発明の４０個のタンパク質の１つ以上のエピトープを認識するモノクローナル抗体もしくはポリクローナル抗体またはこの抗体のフラグメントまたはこれらの抗体の組み合わせを、固相支持体の表面に結合させそして分析されるべきサンプルと接触させそして特定の時間適切な条件でインキュベーションして抗原−抗体複合体を形成させる。非特異的複合体を除去するのに適切な条件下で洗浄した後、シグナル生成分子に結合した、モノクローナル抗体もしくはポリクローナル抗体またはこの抗体のフラグメントまたはこれらの組み合わせからなりそして本発明の４０個のタンパク質の１つ以上のエピトープを認識する指示試薬を時間および温度の適切な条件において抗原−抗体複合体とインキュベーションする。分析されるべきサンプル中の本発明の４０個のタンパク質から選ばれる１つ以上のタンパク質の存在を検出しそして定量しそして生成したシグナルを測定する。サンプル間の全タンパク質濃度の差によるシグナル変動を防止するために、すべての測定値を正規化する。
【０１４０】
上記したとおり、本発明の方法は、尿サンプル内のディファレンシャルに発現される可溶性タンパク質を特異的抗体により定量することにより膀胱癌の病期を監視することを含む。当業者により認識されるとおり、これらのタンパク質を特異的に同定しそして定量するための任意の手段が意図される。
【０１４１】
下記の説明において、ヒト尿サンプル（ここではサンプルと呼ばれる）の全タンパク質含有物を得そして分析するための一般化された方法を開示する。この方法は、サンプルの処理、サンプル内のタンパク質を分離するための２Ｄ電気泳動の使用、異なるサンプルの画像分析および統計学によるディファレンシャルに発現されるタンパク質の選択および膀胱癌マーカーとして使用されるべきタンパク質特異的抗体を生成するための本発明のディファレンシャルに発現されるタンパク質の１つ以上の使用を含む。
【０１４２】
膀胱癌の種々の病期においておよび膀胱癌進行期間中ディファレンシャルに発現されるタンパク質を同定する試みにおいて、健常個体から得られたサンプル（コントロール）と、ＢＴＣＣを有すると診断された患者（Ｔａ、Ｔ１低グレード、Ｔ１高グレードおよびＴ２）から得られたサンプルとの間の比較プロテオーム分析を行った。ディファレンシャルな発現を示したすべてのタンパク質の中でも、４０個のタンパク質は２倍より大きく再現性よく変化した。それらは、質量分析法およびデータベースサーチを使用するペプチドマスフィンガープリンティングにより同定された。
【０１４３】
本発明を下記の実施例により更に説明する。これらの実施例は説明のためにのみ与えられたものであり、限定するものとみなすべきではない。
ディファレンシャルに発現されるタンパク質の同定
膀胱癌の進行に沿ってディファレンシャルに発現されるタンパク質を同定するために、健常尿のタンパク質プロファイルを、プロテオームアプローチを使用して早期および進行膀胱腫瘍患者のタンパク質プロファイルと比較した。
【０１４４】
尿サンプル（合計１５０個）を健常個体および、Ｓｐａｎｉｓｈ Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｎｅｔｗｏｒｋに属するＵｒｏｌｏｇｙ ｕｎｉｔｓ ｏｆ Ｈｏｓｐｉｔａｌｓに来診した移行性膀胱癌を有する患者から集めた。これらのサンプルを下記のとおり分類した：
ａ）以下を含む癌腫なし（６３サンプル）：
−コントロール（ＣＶ、３２サンプル）：膀胱癌を有していたことがありそして腫瘍を切除されておりそして管理されている患者（膀胱鏡検査法は他の疾患を示さなかった）、
−他の泌尿路疾患を有する患者（３１サンプル、とりわけ前立腺良性過形成、前立腺癌を含む）。
ｂ）ＢＴＣＣ（８７サンプル）：以下を含む発達の異なる病期の疾患を有すると診断された患者：
−Ｔａ（２１サンプル）、
−Ｔ１低グレード（２９サンプル）、
−Ｔ１高グレード（１９サンプル）、
−Ｔ２（１８サンプル）
【０１４５】
サンプルのＢＴＣＣ群は、膀胱癌の発達の病期におけるそれらの分類のための重要事項である生検を伴った。
【０１４６】
Ａ．尿サンプルの処理およびタンパク質の分離
尿サンプルを−８０℃で凍結しそして低音連鎖を中断することなくドライアイス中で実験室に輸送した。サンプルを、それらを処理するまで−８０℃に保った。サンプルは、きわめて不均一であり、淡黄色尿から血液凝集塊を含む赤色尿までの範囲にあり、透明であるかまたは懸濁液中に組織を含有した。全容積も、５〜１００mLと非常に多様であった。サンプルのタンパク質濃度は２０μg/mL〜２mg/mLの範囲にあった（１５０μg／mLが平均濃度であった）。タンパク質含有物を得るために、サンプルを氷上で解凍しそして２０００×ｇで４℃で５分間遠心した。上清を使用してタンパク質の濃度を決定した。タンパク質１００μgを沈殿させるのに必要な容積は、トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）１５％ｗ／ｖによるタンパク質沈殿の効率が７５％であることを考慮に入れて計算した。尿サンプルの残りを−８０℃で再び凍結しそして更なる２Ｄ電気泳動（必要であれば）のために貯蔵した。ＴＣＡおよび尿を氷上で１時間混合し、次いで１６０００×ｇで４℃で２０分間遠心して、沈殿したタンパク質のペレットを得た。このペレットをアセトンで洗浄し、−２０℃で貯蔵しそして溶媒蒸発により乾燥した。
【０１４７】
二次元（２Ｄ）電気泳動実験を行うために、一次元目はＩＥＦ（等電点電気泳動）であり（ここでタンパク質はそれらの電荷（ｐｌ）により分離される）；二次元目はＳＤＳ−ＰＡＧＥであった（ここでタンパク質はそれらの分子量により分離される）。一次元目を行うために、タンパク質の乾燥したペレットを再水和バッファー（尿素７M、チオ尿素２M、ＣＨＡＰＳ２％、ＩＰＧバッファー２％、ブロモフェノールブルー０．００２％）４５０μLで室温にて１時間再懸濁させた。ＩＥＦがpH３〜１０の範囲にあるようにＩＰＧバッファー（Ａｍｅｒｓｈａｍ，ｒｅｆ＃ １７−６００−８８）を使用した。ＩＥＦでは、ＡｍｅｒｓｈａｍからのＥｔｔａｎ（商標）ＩＰＧｐｈｏｒ（商標）Ｉｓｏｅｌｅｃｔｒｉｃ Ｆｏｃｕｓｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍを、製造者の指図に従って使用した。Ａｍｅｒｓｈａｍから購入したＩＰＧストリップと名付けられた固定化されたpH勾配（ｒｅｆ＃ １７−６００２−４５）においてＩＥＦを行った。可溶化されたタンパク質を、一次元目においてゲルの１６時間の能動的再水和の後に該ストリップにおいて３０Ｖで泳動させた。次いで電圧を８０００Ｖに増加させ、強度はゲル当たり５０μＡより決して高くしなかった。電圧が９００００Ｖ時に達したときＩＥＦを終了した。
【０１４８】
二次元目には、２６×２０ｃｍ１２．５％アクリルアミドを、ＡｍｅｒｓｈａｍからのＥｔｔａｎ ＤＡＬＴ ｔｗｅｌｖｅ Ｇｅｌ Ｃａｓｔｅｒを使用して実験室で重合した。ゲルをＥｔｔａｎ ＤＡＬＴ ｔｗｅｌｖｅ Ｌａｒｇｅ Ｆｏｒｍａｔ Ｖｅｒｔｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍ において、製造者の指示に従って電気泳動の最前部がゲルから出るまで泳動した。ゲルを、製造者の指図に従ってＡｍｅｒｓｈａｍからの染料キット（１７−１１５０−０１）を使用して硝酸銀染色した。次いでゲルを乾燥しそしてその後のタンパク質スポットの画像分析（図１Ａ）のために貯蔵した。いくらかの尿サンプルについて、１つより多くの２Ｄゲルを泳動した。
【０１４９】
Ｂ．ゲル上のタンパク質スポットの分析
すべてのゲルをスキャンして画像分析のためのスポットのマップを得た。Ｎｏｎｌｉｎｅａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ（ＵＫ）からのＰｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアを使用して３００ｄｐｉ（ドット／インチ）フォーマットおよび８ビット／チャンネルで画像フアイルを分析した。解像度を増加するために、ゲルの分散した区域で分析を行った。Ａ（図１Ｂ）、Ｋ（図１Ｃ）、Ｒ（図１Ｄ）およびＳ（図１Ｅ）と名付けられた各区域について、最善のゲルを選びそして画像分析のためにスキャンした。Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアは、平坦な画像の情報を３Ｄ画像に変換し、ここで各スポットの強度は、その容積と相関しそして個体の尿中の対応するタンパク質の相対的量と相関していた。ソフトウエア表によって、各スポットについての強度を各ゲルで得た。これらの生のデータはその後の統計分析のための基礎であった。
【０１５０】
各々の個々のスポットの統計分析を行いそして２つの異なる群（例えばＣＶおよびＴａ）においてその強度を比較するために、データのこれらのブロックにおいて正規分布が証明されなければならなかった。２つの群に属するスポットを比較するために、スチューデントｔ検定を適用しそしてｐ値を得た：これは、スポットを１つのサブグループまたは別のサブグループに割り当てることの理論的誤差であった。ｐ値≦０．０５を有するスポットのみを選んだ。これらのスポットのフォールド変化（fold change）または平均割合を計算し、これらを１）サンプルの全スポット容積（即ち、理論的全タンパク質含量）、または２）一定に発現されるタンパク質（その量はすべてのサンプルにおいて一定である）、または３）同じサンプルの第２のディファレンシャルに発現されるタンパク質という。
【０１５１】
ｎ値またはサンプル数も考慮した。
【０１５２】
４０個のタンパク質は、コントロール患者からの尿サンプルを移行性膀胱癌を有すると診断された患者からの尿サンプルと比較するとき、それらのフォールド変化における統計学的有意性およびロバスト性を示した。
【０１５３】
これらのスポットの同定は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型）分析法により行った。その２Ｄ電気泳動が統計学的に有意なスポットを示したこれらの尿サンプルを再び２Ｄ電気泳動に付し、そしてスポットをゲルから切り出した。タンパク質を消化しそしてＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ分光計により分析した。ペプチドマスフィンガープリントは、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰ（表１参照）として同定された４０個のタンパク質の同定を可能とした。かくして、ＢＴＣＣを有すると診断された患者においてディファレンシャルに発現されることが証明されたこれらの４０個のタンパク質は、疾患の診断、予後、監視および処置のために非常に価値のある生物学的マーカーとして同定された。
【０１５４】
【表１】
【０１５５】
例として、図２は、健常個体の尿サンプル（図２Ａ）、Ｔａ病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｂ）、Ｔ１低グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｃ）、Ｔ１高グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｄ）およびＴ２病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｅ）から得られた二次元電気泳動（２Ｄ）ゲルのＲ区域におけるＢＩＥＡに対応するスポットＲ２１１を示す。スポットＲ２１１の強度は、健常尿サンプルと比較すると、異なる病期の癌を有する患者のサンプルにおいて明らかに減少していることが分かる。これらの差は、Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアによる統計分析の後に有意であることが示された。図３は、サンプルＣＶ、Ｔａ、Ｔ１低グレード、Ｔ１高グレードおよびＴ２におけるスポットＲ２１１の強度を示す。各群のサンプル数を括弧内に示す。図４は、異なる尿サンプルにおけるスポットＲ２１１についての強度測定のロバスト性を示す。これは、分析したすべてのゲルにおけるスポットＲ２１１の存在または非存在を維持するゲルの百分率として表現される。各群のサンプル数を再び括弧内に示す。表２は、非癌個体（ＣＶ）のサンプルに比較しての癌の異なる病期のサンプルにおけるスポットＲ２１１についての統計分析のｐ値およびフォールド変化値を示す。スポットＲ２１１のフォールド変化を、各々の個々のゲルの全スポット容積（ＴＳＶ）により正規化した。
【０１５６】
【表２】
【０１５７】
ＩＩ尿サンプルに見出されたタンパク質のための抗体発生
入手可能なポリクローナルおよび／またはモノクローナル抗体（商業的に購入または免疫感作プロトコールに従って生成）を、反応性および感度について試験し、この方法は、一般に、監視されるべきタンパク質についての標準（「用量応答」）曲線の作成を含む。
【０１５８】
Ａ．免疫感作プロトコール
１．ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗血清は、標準方法、例えば当該分野で入手可能な多数のテキストに開示された方法および一般に当業者に知られている方法を使用して所定のタンパク質に対して惹起させることができる。この実施例では、雄ニュージーランド白色ウサギを、最初に完全フロイントアジュバント（Ｇｉｂｃｏ，Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ Ｎ．Ｙ）中のタンパク質調製物で免疫感作し、次いで毎月不完全アジュバントを用いてタンパク質で３ヶ月間免疫感作させる。融合前のウサギ血清およびマウスからの血清をポリクローナル抗血清として使用しそしてタンパク質調製物と反応性であることが標準ウエスタンブロット技術により示される。
【０１５９】
２．組換えタンパク質発生
免疫感作のためには少なすぎる量でゲル中に見出されたタンパク質を、Ｅ．ｃｏｌｉにおいてｐＥＴ２８ｂ（＋）クローニングベクターを使用してクローニングしそして発現させる。粗抽出物を以前に記載されたとおりに得（Boronat A., et al., J. Bacteriol. 1981, 147:181-85）そしてＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルで泳動する。組換えタンパク質をゲルから切り出しそしてアクリルアミドから遊離させる。組換えタンパク質に対する抗体の発生のために、遊離させたタンパク質を直接使用して上記したとおりにウサギを免疫感作する。
【０１６０】
Ｂ．ウエスタンブロット実験
タンパク質サンプル（全タンパク質２０μg）を５％β−メルカプトエタノールを補充したＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルローディングバッファーと混合し、そして１００℃で５分間インキュベーションし、その後６％ポリアクリルアミドゲル上にローディングした。電気泳動の後に、タンパク質をニトロセルロース膜に移した。二連のゲルを泳動しそしてブロッティングした。１つの膜を、本発明の選ばれた４０個のタンパク質の１つ以上に対して惹起された抗体（Santa Cruz Biotech. Inc., Santa Curz, CA, USA） を用いて調べ、一方第２の膜を、タンパク質ローディングのためのコントロールとしてのアクチン（Amersham, Little Chalfont, UK）に対して惹起された抗体を用いて調べた。最後に、膜を、ペルオキシダーゼとコンジュゲーションされた二次抗体（Amersham）とハイブリッド形成させ、そして化学発光シグナルを高性能化学発光フイルム（Hyperfilm ECL, Amersham）と共にＥＣＬシステム（Amersham）を使用して検出した。
【０１６１】
ＩＩＩ．ウエスタンブロット実験を使用する尿試験サンプルの評価
いくつかのバイオマーカーを、
ａ）癌腫なし（１２サンプル）
ｂ）以下を含むＢＴＣＣ：Ｔａ（８サンプル）、Ｔ１低グレード（６サンプル）、Ｔ１高グレード（６サンプル）およびＴ２（８サンプル）、
を含む４０個の盲検尿サンプルに関して試験した。
【０１６２】
感度、特異性および精度の得られた値を表３に示す。感度、特異性および精度の値は、これらの式：
【数１】
を使用して計算した。
【０１６３】
例えば、バイオマーカーＡＭＹは、８５％の精度値について８９％の感度および７５％の特異性を示す。
【０１６４】
【表３】
【０１６５】
これらの実験において得られたデータの二項ロジスティック回帰により、表４に示されたとおり、診断方法の感度および特異性を一般に増加させるバイオマーカーの異なる組み合わせを得ることが可能であった。
【０１６６】
【表４】
【図面の簡単な説明】
【０１６７】
【図１】尿サンプルから得られそして４つの異なる研究した区域Ａ、Ｋ、ＲおよびＳ（図１Ａ）、区域Ａ（図１Ｂ）、区域Ｋ（図１Ｃ）、区域Ｒ（図１Ｄ）および区域Ｓ（図１Ｅ）を示す二次元電気泳動（２Ｄ）ゲル。
【図２】健常個体の尿サンプル（図２Ａ）、Ｔａ病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｂ）、Ｔ１低グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（Ｔ１−ＬＧ、図２Ｃ）、Ｔ１高グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（Ｔ１−ＨＧ、図２Ｄ）およびＴ２病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｅ）から得られた二次元電気泳動（２Ｄ）ゲルのＲ区域におけるＢＩＥＡに対応するスポットＲ２１１。
【図３】サンプルＣＶ、Ｔａ、Ｔ１低グレード（Ｔ１−ＬＧ）、Ｔ１高グレード（Ｔ１−ＨＧ）およびＴ２におけるスポットＲ２１１の強度。各群のサンプル数を括弧内に示す。
【図４】異なる尿サンプルにおけるスポットＲ２１１についての強度測定のロバスト性。これは、分析したすべてのゲルにおけるスポットＲ２１１の存在または非存在を維持するゲルの百分率として表現される。各群のサンプル数を括弧内に示す。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【図２Ｅ】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、尿分析による個体の尿中の膀胱の移行上皮癌の存在を検出するための非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法、ならびに選択されたタンパク質に由来するペプチド配列の使用およびこの方法を行うためのキットに関する。
【０００２】
発明の背景
膀胱癌は尿路の最もよく起こる癌であり；それは男性においては４番目によく起こる癌でありそして女性では８番目によく起こる癌である。それは、膀胱の移行上皮癌（ＢＴＣＣ、９０％）、扁平上皮癌（７％）、腺癌（２％）および未分化癌（１％）を含む種々の組織学的タイプの腫瘍の広いスペクトルを含む。
【０００３】
腫瘍のグレードおよび病期は、ＢＴＣＣの最善の予後の指標である。膀胱腫瘍は、世界保健機関（ＷＨＯ）に従って減少した分化の状態および増加した疾患の攻撃性においてＧ１（低グレード）からＧ３（高グレード）まで細胞形態学的に類別されている。病期または浸潤性に関しては、ＢＴＣＣは表在性乳頭状（superficial papillary）（ＴａおよびＴ１）、筋肉浸潤性（muscle invasive）（Ｔ２〜Ｔ４）、または異常内癌（uncommon in situ carcinoma）もしくは内腫瘍（tumor in situ）（ＴＩＳ）として分類される。
【０００４】
低グレード腫瘍は、通常粘膜に限定されるかまたは表面層に浸潤する（病期ＴａおよびＴ１）。最も高いグレードの腫瘍は、少なくともＴ１病期で検出される（固有層に浸潤）。診断された膀胱癌症例の約７５％は表在性である。残りの２５％は、診断時に筋肉浸潤性である。表在性ＢＴＣＣを有する患者は、良好な予後を有するが、７０％の再発のリスクを有する。この高いリスクにもかかわらず、Ｔａ腫瘍は、低グレードである傾向がありそして１０〜１５％のみが２年以内に筋肉浸潤に進行する。しかしながら、Ｔ２病期に進行するＴ１腫瘍の百分率はより高い（３０〜５０％）。
【０００５】
現在、個体における膀胱癌のための最善の診断システムが膀胱鏡検査法および経尿道生検によりまたは切除術により確立され、この両者は侵襲性手順を表す。
【０００６】
可動性膀胱鏡は、この技術をより攻撃的でなくするが、侵襲性かつ高度に不快なままであり、依然としてある形態の麻酔を必要とする。
【０００７】
ＢＴＣＣの診断のための広く普及している非侵襲性技術は、尿中の細胞の形態学的検査により新形成細胞を同定することである。従って、現在は膀胱癌を有すると診断されそして膀胱癌について処置された患者を監視するのに細胞学が使用される。尿細胞学は、膀胱鏡検査法により検出できない内腫瘍ならびに膀胱の上端部または上部尿路、即ち、尿管、骨盤および腎臓に位置した腫瘍を検出することができるけれども、いくつかの研究は、細胞学は膀胱癌診断における非常に低い感度を有しており、腫瘍の５０％までを見落とすことを示している。細胞学からの所見は、微妙であり、そして反応性プロセスまたは変性プロセスと混同させることがある。細胞学の研究は専門的な個々の評価を必要とし、これは結果の入手可能性を遅延させそして更に最終結果に主観と変動を持ち込む。実際には、膀胱癌を診断するのに利用可能な高感度で且つ特異的な非侵襲性方法はない（Boman H. et al., J Urol 2002, 167: 80-83）。
【０００８】
非侵襲性癌検出を改良するために多くの努力がなされた。プロテオーム技術、高分解能二次元電気泳動および質量分析法による癌細胞の発現プロファイリングの最近の進歩は、核マトリックスタンパク質ＮＭＰ２２（Soloway M. S. et al., J Urol 1996, 156:363-367）、ヒアルロン酸およびヒアルロニダーゼ（Pharm H. T. et al., Cancer Res 1997, 57: 778-783）、基底膜複合体（BTA, Pode D. et al., J Urol 1999, 161: 443-446）、癌胎児性抗原（CEA, Halim A. B. et al., Int J Biol Markers, 1992; 7: 234-239）、ウロプラキンＩＩ（Wu X. R. et al., Cancer Res 1998; 58:1291-1297）、細胞分散因子／肝細胞増殖因子（SF/HGF, Gohji K. et al., J Clin Oncol 2000; 18:2963-2971）、サイトケラチン２０のようなケラチン／サイトケラチンファミリーのタンパク質（Buchumensky V. et al., J Urol 1998, 160: 1971-1974）、サイトケラチン１８（Sanchez-Carbayo M. et al., Clin Cancer Res 2000, 6: 3585-3594）、乳癌８−Ｋａタンパク質（MAT-8, Morrison B. W. et al., J Biol Chem 1995, 270: 2176-2182）およびテロメラーゼ（Lee D.H. et al., Clinical Cancer Research 1998, 4: 535-538）などの膀胱癌のための腫瘍マーカーとして候補タンパク質を同定することを可能とした。
【０００９】
Memon A. A et al. （Cancer Detect Prev 2005, 29:249-255）は、細胞系および生検からの膀胱癌中の７つのディファレンシャルに発現されるタンパク質を同定している。しかしながら、比較のためのコントロールは使用されていない。Langbein, S. et al （Technol Cancer Res Treat 2006, 67-71）は、２Ｄ−ＰＡＧＥおよびＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ技術を使用した膀胱癌患者からの生検のタンパク質プロファイリングを開示している。
【００１０】
Rasmussen H. H. et al. （J Urol 1996, 155 : 2113-2119）は、膀胱癌を有する患者の尿中に存在する最も豊富なタンパク質のデータベースを開示してる。Celis J. E. et al （Electrophoresis 1999, 300-309）は、膀胱癌患者からの生検中に存在するタンパク質のデータベースを記載している。それにもかかわらず、これらの参考文献のいずれにおいてもマーカーは同定されていない。何故ならば、著者は、健常サンプル対腫瘍サンプルにおけるタンパク質の定量化されたディファレンシャルプロファイルを示していないからである。
【００１１】
更に、膀胱癌の予後および程度を予想するためのマーカーが臨床試験で有用であることが証明されたことはない（Miyake H. et al., J Urol 2002, 167: 1282-1287）。
【００１２】
発明の説明
本発明は、ＢＴＣＣと関連したタンパク質に関する高感度で効率的で迅速な非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法を提供する。本発明は更に、尿サンプルの分析によるＢＴＣＣの診断、予後および監視のための方法に関する。本発明は、驚くべきことに、尿分析によるＢＴＣＣの検出のための膀胱癌バイオマーカーを提供する。本発明の好ましい態様は、ＢＴＣＣの検出、診断、予後および／または監視のために非常に価値のある尿分析によるＢＴＣＣの検出のための４０個の膀胱癌バイオマーカーに関する。
【００１３】
アミノアシラーゼ−１（ＡＣＹ１）は、アシル化されたＬ−アミノ酸のＬ−アミノ酸とアシル基への加水分解を触媒する細胞質ゾルのホモダイマー亜鉛結合酵素であり、そしてアシル化されたアミノ酸の異化作用および再利用において機能すると仮定されている。ＡＣＹ１は、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）においてホモ接合性に減じた領域である染色体３ｐ２１．１に割り当てられ、そしてその発現はＳＣＬＣ細胞系および腫瘍において減少しているかまたは検出できないことが報告された。ＡＣＹ１は亜鉛結合酵素の新たなファミリーの最初のメンバーである。
【００１４】
アルデヒドレダクターゼ（ＡＫＲ１Ａ１）は、アルド／ケトレダクターゼファミリーに属し、それは生体および生体異物アルデヒドの還元に関与しておりそして実質的にすべての組織に存在している。
【００１５】
フルクトース１−ホスフェートアルドラーゼとも呼ばれるアルドラーゼＢ（ＡＬＤＯＢ）は、肝臓、腎臓および脳において産生される。それはフルクトースの分解のために必要である。
【００１６】
α−アミラーゼ（ＡＭＹ）カルチノイド、すい臓α−アミラーゼおよびα−アミラーゼ１Ａはグリコシルヒドロラーゼ１３ファミリーに属しそしてオリゴ糖および多糖における１，４−α−グルコシド結合を加水分解し、従って食物デンプンおよびグリコ−ゲンの消化の第１工程を触媒する。ヒトゲノムは、唾液腺またはすい臓において高レベルで発現されるいくつかのアミラーゼ遺伝子のクラスターを有する。
【００１７】
アネキシンＩＶ（ＡＮＸＡ４）は、カルシウム依存性リン脂質結合タンパク質のアネキシンファミリーに属する。それらの機能はまだ明らかには規定されていないけれども、アネキシンファミリーのいくつかのメンバーは、エキソサイトーシス経路およびエンドサイトーシス経路に沿った膜関連事象に関係付けられている。ＡＮＸＡ４は、殆ど排他的に上皮細胞で発現される。
【００１８】
アポリポタンパク質Ａ−Ｉ（ＡＰＯＡ１）は、アポリポタンパク質Ａ１／Ａ４／Ｅファミリーに属しそして、組織からのコレステロール流出を促進しそしてレシチンコレステロールアシルトランスフェラーゼ（ＬＣＡＴ）のための補因子として作用することにより排出のための組織から肝臓へのコレステロールの逆輸送に関与する。
【００１９】
ビリベルジンレダクターゼＡ（ＢＩＥＡ）は、ｇｆｏ／ｉｄｈ／ｍｏｃａファミリーおよびビリベルジンレダクターゼサブファミリーに属し、そして開環テトラピロール、ビリベルジンＩＸα、のγ−メテン架橋を還元して、ＮＡＤＨまたはＮＡＤＰＨの付随する酸化を伴ってビリルビンとする。
【００２０】
フラビンレダクターゼ（ＢＬＶＲＢ）は、還元されたピリジンヌクレオチドからフラビンおよびメチレンブルー、ピロロキノリン、キノン、リボフラビンまたはメトヘモグロビンへの電子伝達を触媒する。ＢＬＶＲＢは、酸化損傷から細胞を保護することまたは鉄代謝を調節することにおいて可能な役割を有する。肝臓では、それはビリベルジンをビリルビンに転換する。それは、主として肝臓および赤血球において優勢に発現され、そして心臓、肺、副腎および大脳においてより低いレベルで発現される。
【００２１】
カテプシンＤ（ＣＡＴＤ）は、ペプチダーゼＡ１ファミリーに属しそして細胞内タンパク質分解を活性化する酸性プロテアーゼである。それは、膀胱癌（Ozer E., et al., Urology 1999, 54:50-5 and Ioachim E., et al., Anticancer Res 2002, 22:3383-8）、乳がんおよびおそらくアルツハイマー病などのいくつかの疾患の病因に関与している。カテプシンＤは、１４ｋＤａの２つのポリペプチド（ＣＡＴＤ Ｈ）および３４ｋＤａの１つのポリペプチド（ＣＡＴＤ Ｋ）から形成された５２ｋＤａの不活性前駆体として合成される。不活性ペプチドは、Ｎ末端のタンパク質分解により活性化されて４８ｋＤａの酵素的に活性なタンパク質が生じる。
【００２２】
補体Ｃ３前駆体（ＣＯ３）は、補体系の活性化において中心的な役割を演じる。Ｃ３転換酵素によるそのプロセッシングは、両補体経路における中心的反応である。ＣＯ３は、尿生殖器腫瘍に関係付けられている（Dunzendorfer U., et al., Eur Urol 1980, 6:232-6）。
【００２３】
細胞質ゾル非特異的ジペプチダーゼ（ＣＰＧＬ１）は、ペプチダーゼＭ２０Ａファミリーに属しそして組織カルノシナーゼおよびペプチダーゼＡとしても知られている。それは選択的カルノシナーゼというよりはむしろ非特異的ジペプチダーゼである。
【００２４】
α−エノラーゼ（ＥＮＯＡ）は、解糖におけるその役割および、成長制御、低酸素耐性およびアレルギー応答などの種々のプロセスにおける役割を演じる多機能性酵素である。それは、白血球およびニューロンなどのいくつかの細胞型の細胞表面におけるプラスミノーゲンのレセプターおよびアクチベーターとして作用するその能力により、血管内および細胞周囲の繊溶系において機能することもできる。哺乳動物エノラーゼは、３つのアイソザイムサブユニット、α、βおよびγから構成され、これらは細胞型および発生特異的なホモダイマーまたはヘテロダイマーを形成することができる。ＥＮＯＡは、ニューロン形質膜においてＰＬＧと相互作用しそしてその活性化を促進する。それは、多くの腫瘍のための診断マーカーとして使用され、そしてヘテロダイマー形態、α／γ、で心停止後の低酸素脳損傷のためのマーカーとして使用される。それは、膀胱癌に関係付けられている（Iczkowski K.A., et al., Histopathology 1999, 35: 150-6）。
【００２５】
フェリチン軽鎖（ＦＲＩＬ）は、フェリチンファミリーに属しそして原核生物および真核生物における主要な細胞内鉄貯蔵タンパク質である。それは、重および軽フェリチン鎖の２４個のサブユニットから構成される。フェリチンサブユニット組成の変動は、種々の組織における鉄の取り込みおよび放出の速度に影響を与えることができる。フェリチンの主要な機能は、可溶性且つ無毒状態の鉄の貯蔵である。
【００２６】
Ｒａｂ ＧＤＰ解離抑制因子β（ＧＤＩＢ）は、ｒａｂ ｇｄｉファミリーに属しそして細胞小器官間の分子の小胞輸送に関与するｒａｂファミリーのメンバー、ｒａｓスーパーファミリーの低分子量ＧＴＰ結合タンパク質、のＧＤＰ／ＧＴＰ交換反応を調節する。ＧＤＩＢは遍在的に発現される。血漿グルタチオンペルオキシダーゼ（ＧＰＸ３）はグルタチオンペルオキシダーゼファミリーに属し、そして還元グルタチオンによる過酸化水素、有機ヒドロペルオキシドおよび脂質ペルオキシドの還元を触媒し、そして酸化損傷に対する細胞の保護において機能する。ヒト血漿グルタチオンペルオキシダーゼは、セレン含有酵素であることが示された。ＧＰＸ３発現は組織特異的であるようである。
【００２７】
グルタチオンシンテターゼ（ＧＳＨＢ）は、遊離基による酸化損傷からの細胞の保護、生体異物の解毒および膜輸送を含む、種々の生物学的機能のために重要である。
【００２８】
ゲルゾリン（ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０）は、アクチンモノマーまたはフィラメントのプラス端に結合してモノマー交換を防止する（末端ブロッキングまたはキャッピング）、カルシウムで調節されたアクチン調節タンパク質である。それは、モノマーのフィラメントへの集合（核形成）を促進し、そして既存のフィラメントを切断することができる。更に、このタンパク質はアクチンに結合しそしてフィブロネクチンに結合する。それは、バイオマーカーとしては記載されていない、即ち、その発現レベルは健常個体対癌患者において比較および定量されていないが、それは膀胱癌に関係付けられている（Rasmussen, H. H. et al., J Urol 1996, 155:2113-2119; Haga K, Hokkaido Igaku Zasshi 2003, 78: 29-37; Celis A et al., Electrophoresis 1999, 20:355-61）。
【００２９】
グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴＰ１）は、多くの疎水性および求電子性化合物の還元グルタチオンとのコンジュゲーションを触媒することにより解毒において重要な役割を演じる酵素のファミリーに属する。
【００３０】
細胞質イソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＤＨＣ）は、イソクエン酸およびイソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼファミリーに属し、そしてイソクエン酸の酸化的脱炭酸を触媒してα−ケトグルタル酸を形成する。
【００３１】
小胞内在性膜タンパク質ＶＩＰ３６前駆体（ＬＭＡＮ２）は、初期分泌経路における細胞内レクチンとしての役割を演じる。Ｎ−アセチル−Ｄ−ガラクトサミンおよび高マンノース型グリカンと相互作用しそしてＯ結合型されたグリカンに結合することもできる。それは、高マンノース型グリカンを有する糖タンパク質の輸送およびソーティングに関与する。
【００３２】
Ｌｙ抗原６複合体、ローカス６Ｇ６Ｅ（ＬＹ６Ｇ６Ｅ）は、Ｌｙ抗原６スーパーファミリーに属する。このファミリーのメンバーは、システインに富んでおり、一般に、明確なまたは推定の免疫関連役割を有するＧＰＩアンカー型細胞表面タンパク質である。その特異的機能は未知である。マンナン結合レクチンセリンプロテアーゼ２前駆体（ＭＡＳＰ２）は、ペプチダーゼｓ１ファミリーに属し、そしておそらくマンノース結合レクチン（ＭＢＬ）補体活性化経路の開始において重要な役割を演じるトリプシンプロテアーゼである。活性化の後、それはＣ４を開裂してＣ４ＡおよびＣ４Ｂを生成させる。
【００３３】
ニコチン酸−ヌクレオチドピロホスホリラーゼ（ＮＡＤＣ）は、ｎａｄＣ／ｍｏｄＤファミリーに属し、そしてトリプトファンからのＮＡＤのｄｅ ｎｏｖｏ合成経路における中間体でありそしてニューロンにおけるＮ−メチルＤ−アスパラギン酸（ＮＭＤＡ）レセプターの過剰刺激により強力な内因性興奮毒として作用する。脳におけるＮＡＤＣレベルの上昇は、癲癇、アルツハイマー病およびハンチントン病などの神経変性障害の病因に関連付けられている。それは、まだ癌に関連付けられていない。
【００３４】
ナプシンＡ（ＮＡＰＳＡ）は、ペプチダーゼａ１ファミリーに属し、そしてそれは腎臓で最も高いレベルで、肺で中程度のレベルでそして脾臓および脂肪組織で低いレベルで発現される。それは肺細胞界面活性物質前駆体のプロセッシングに関与している可能性がある。
【００３５】
増殖関連タンパク質２Ｇ４（ＰＡ２Ｇ４）は、ペプチダーゼｍ２４ｃファミリーに属する、核移行における細胞周期特異的変動を示す一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質である。このタンパク質はマイトジェン刺激に応答して発現されるので、それは、増殖している細胞の細胞周期活性を維持する細胞周期調節タンパク質または複製タンパク質の大きなファミリーに属しうる。
【００３６】
癌遺伝子ＤＪ１（ＰＡＲＫ７）は、すい臓、腎臓、骨格筋、肝臓、精巣および心臓において高度に発現され、そしてアンドロゲンレセプター依存性転写の正の調節因子として作用する。それは、レドックス感受性シャペロンとしておよび酸化ストレスに対するセンサーとして機能することができる。それは、ＳＮＣＡの凝集を防止しそして酸化ストレスおよび細胞死に対してニューロンを保護する。
【００３７】
ポリ（ｒｃ）結合タンパク質１（ＰＣＰＢ１）は、オリゴｄＣに優先的に結合する一本鎖核酸結合タンパク質である。それは、核と細胞質との間で往復することができる。それは、骨格筋、胸腺および末梢血白血球において豊富に発現されるが、前立腺、脾臓、精巣、卵巣、小腸、心臓、肝臓、副腎および甲状腺ではより低い発現が観察される。
【００３８】
プログラム細胞死６相互作用タンパク質（ＰＤＣ６Ｉ）は、脳、心臓、胎盤、肺、腎臓、すい臓、肝臓、骨格筋および蝸牛において発現され、そしてアポトーシスおよび細胞増殖の両方の調節において役割を演じることができる。それは、ＰＤＣＤ６／ＡＬＧ−２およびＳＨ３ＫＢＰ１と相互作用する。
【００３９】
リソソーム酸性ホスファターゼ前駆体（ＰＰＡＬ）は、ヒスチジン酸性ホスファターゼファミリーに属し、そしてオルトリン酸モノエステルをアルコールおよびリン酸に加水分解する。ペルオキシレドキシン２（ＰＲＤＸ２）はａｈｐｃ／ｔｓａファミリーに属し、そして細胞のレドックス調節に関与している。それは、チオレドキシン系により与えられる還元当量によりペルオキシドを還元する。それは、グルタレドキシンから電子を受け取ることができない。それは、代謝期間中に生成したペルオキシドの除去において重要な役割を演じることができる。それは、Ｈ２Ｏ２の細胞内濃度を調節することにより増殖因子および腫瘍壊死因子αのシグナリングカスケードに関与している可能性がある。それはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞活性を増強させる。
【００４０】
グルタミニル−ペプチドシクロトランスフェラーゼ（ＱＰＣＴ）は、ピログルタミルペプチドの生合成を担っている。それはＮ末端グルタミン酸に隣接した酸性およびトリプトファン残基に対する偏りを有する。
【００４１】
血漿レチノール結合タンパク質（ＲＥＴＢＰ）は、リポカリンファミリーに属し、そして血液中のレチノール（ビタミンＡアルコール）のための特異的キャリアーである。それは、肝臓貯蔵から末梢組織にレチノールを送達する。血漿では、ＲＢＰ−レチノール複合体は、トランスチレチンと相互作用し、これは腎糸球体を通るろ過によるその損失を防止する。ビタミンＡの欠乏は、翻訳後に結合タンパク質の分泌を妨害しそして表皮細胞への送達および供給の欠損をもたらす。
【００４２】
セレン結合タンパク質（ＳＢＰ１）は、セレン結合タンパク質ファミリーに属する。セレンは、強力な抗癌性を示す必須の栄養素であり；セレンの欠乏は、特定の神経疾患を引き起こすことがある。癌および神経疾患の防止におけるセレンの効果は、セレン結合タンパク質により媒介されうることが提唱された。
【００４３】
ストレス誘導リン酸化タンパク質１（ＳＴＩＰ１）は、分子シャペロンＨＳＣ７０およびＨＳＰ９０（ＨＳＰＣＡおよびＨＳＰＣＢ）の会合を媒介するアダプタータンパク質である。
【００４４】
トランスアルドラーゼ（ＴＡＬＤＯ）は、トランスアルドラーゼファミリーに属し、そして核酸合成のためのリボース−５−リン酸および脂質生合成のためのＮＡＤＰＨを与える非酸化的ペントースリン酸経路の鍵酵素である。この経路は、還元状態にグルタチオンを維持することもでき、従って、酸素ラジカルからスルフヒドリル基および細胞完全性を保護することができる。
【００４５】
トランスチレチン（ＴＴＨＹ、以前はプレアルブミン）は、脊椎動物の血液中に見出される３つの甲状腺ホルモン結合タンパク質の１つである。それは、肝臓において産生されそして血流中に循環し、血流中でそれはレチノールおよびチロキシンに結合する。
【００４６】
ＷＤリピートタンパク質１（ＷＤＲ１）は、ｗｄリピートａｉｐ１ファミリーに属し、そしてＡＤＦ／コフィリンファミリータンパク質と共同してアクチンフィラメントの分解を誘導する。
【００４７】
癌は、試験尿サンプルにおける少なくとも１つの膀胱癌バイオマーカーの発現パターンを分析することにより検出されうる。従って、正常な尿と比較しての尿試験サンプル中の少なくとも１つのディファレンシャルに発現されるタンパク質の検出はＢＴＣＣを示す。
【００４８】
尿サンプルは組成が非常に多様である。従って、正規化は、総タンパク質濃度の差を説明するためおよびサンプル間の偏りを除くために必須である。
【００４９】
尿中のその含量が常に一定であるコントロールタンパク質の発現レベルを、シグナルレベルを正規化するのに使用することができる。文献には、これらの非変動性タンパク質の多くの例がある。本発明では、トランスフェリンが非変動性タンパク質であることが示された。
【００５０】
本発明で同定された代表的な膀胱癌タンパク質またはバイオマーカーは、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰ（４０個の膀胱癌バイオマーカーとも呼ばれる）を含むが、これらに限定されない。
【００５１】
本発明の１つの局面は、ａ）個体からの尿試験サンプル中に存在する１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量すること；およびｂ）正常な尿における対応する標準値に対して試験尿サンプルのａ）で得られた発現測定値を比較することを含み、正常な尿における対応する標準値に比較してのａ）で得られた測定値の変化はＢＴＣＣを示す、非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。この方法は、ＢＴＣＣの存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するためのスクリーニングに適合させることができる。
【００５２】
更に、この方法は、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用することもできる。
【００５３】
本発明の別の局面は、尿分析によりＢＴＣＣの存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するための、尿中に存在するバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【００５４】
本発明の別の局面は、ＢＴＣＣを処置するための治療剤のスクリーニング、同定、開発および該治療剤の有効性の評価のための方法における、４０個の膀胱癌バイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来する１つ以上のヌクレオチドまたはペプチド配列の、単独でのまたは任意の組み合わせでの使用に関する。
【００５５】
本発明は、更に、このような膀胱癌バイオマーカーに対する抗体を提供する。これらの抗体は、例えば可溶性形態、基材上に固定化された形態または薬学的に許容される担体との組み合わせを含む特定の使用のために適当な種々の形態で提供されうる。
【００５６】
本発明の別の局面は、１）尿中の１つの癌バイオマーカーを特異的に認識する少なくとも１つの抗体および２）担体を適当なパッケージング中に含む前記した方法を行うためのキットに関する。
【００５７】
本発明の別の局面は、１つ以上の膀胱癌バイオマーカーの発現のパターンを含むＢＴＣＣ参照発現プロファイルに関する。異なるＢＴＣＣ参照発現プロファイルを確立しそして異なる癌病期に相関させることができる。
【００５８】
本発明の目的で、下記の定義が使用された：
用語「癌」は、典型的には、隣接した組織に浸潤することができそして遠位の器官に伝播することができる異常なまたは調節されていない細胞成長により特徴付けられる疾患を指す。用語「癌腫」は、異常なまたは調節されていない細胞成長から生じる組織を指す。用語「膀胱の移行上皮癌」またはその略号「ＢＴＣＣ」は、膀胱上皮細胞における任意の悪性の増殖性障害を指す。用語「腫瘍」は、これが良性（非癌性）であろうと悪性（癌性）であろうと、新形成プロセスにより生成した組織の任意の異常な塊を指す。
【００５９】
用語「膀胱癌タンパク質またはバイオマーカー」は、ＢＴＣＣにおいてディファレンシャルに発現されるタンパク質、即ち、ＢＴＣＣを有する患者からの尿に比較して健常個体からの尿において異なって発現されるタンパク質を指す。本発明においては、ディファレンシャルに発現されるタンパク質に含まれるタンパク質の群は、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰを含む群より選ばれる４０個のバイオマーカー、およびその割合が２つの異なる尿サンプル：即ち健常個体からの尿サンプルおよび移行上皮癌の患者からの尿サンプルを比較するとき（この定量はイメージアナライザーソフトウエア、例えばＰｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアにより行われる）、少なくとも２倍変化する尿サンプルの任意のタンパク質の両方を含む。本明細書に記載された膀胱癌バイオマーカーは、任意の長さであることができ、そして更にネイティブタンパク質および／または異種配列に由来する追加の配列、任意の転写変異体もしくは翻訳後変異体ならびに上記配列と少なくとも９５％の同一性を有する任意の配列（この同一性は、２つの配列間で同一である残基の百分率として定義される）を含む。当業者は、これらの他の部分または変異体も癌の処置および検出において有用でありうることを認識するであろう。
【００６０】
用語「１つ以上のバイオマーカーを検出する」は、１つ以上のバイオマーカーの存在を決定することを意味し、これに対して用語「１つ以上のバイオマーカーを定量する」は、１つ以上のバイオマーカーの存在を値として（例えば強度値として）表すことを意味する。用語「ＢＴＣＣを示す」は、正常な尿における対応する標準値と比較しての試験尿サンプルにおける１つ以上のバイオマーカーの測定値において見出される変化がＢＴＣＣの存在の証明として役立つことを意味する。用語「変化」は、タンパク質の発現のレベルの変化を指す。
【００６１】
用語「ディファレンシャルに発現されるタンパク質」は、その発現パターンが、健常個体からの尿に比較してＢＴＣＣ有する患者からの尿において変化する（増加するかまたは減少する）タンパク質を指す。用語「逆に発現された」は、２つのディファレンシャルに発現されるタンパク質であって、その発現パターンが反対である（即ち、サンプルにおいて一方は過剰発現されるが、他方は抑制される、またはその逆）タンパク質を指す。
【００６２】
用語「タンパク質抽出物」は、尿サンプルの遠心後に得られた上清に相当する。
【００６３】
用語「個体」は、哺乳動物として分類される動物のすべての種を指し、そして家畜動物および農場動物、霊長類およびヒトを含むが、それらに限定されず、そして好ましくは、任意の年齢または人種の男性または女性のヒトを指す。用語「健常個体」は、ＢＴＣＣに罹患していない個体を指し、そして他の泌尿器疾患を有する患者を含むことができる。用語「以前に診断された」は、ＢＴＣＣについて最初の陽性の診断を既に受けている個体に関する。用語「以前に診断されていない」は、ＢＴＣＣについて最初の陽性の診断（ｄｅ ｎｏｖｏ診断）を受けたことのない個体に関する。
【００６４】
用語「正常な尿における標準値」は、ＢＴＣＣに罹患していないことが知られている個体の単一尿サンプルにおいて検出される１つ以上のバイオマーカーの平均発現レベルの定量に関する。
【００６５】
用語、ＢＴＣＣの「診断」は、１つ以上のＢＴＣＣバイオマーカーの評価によりＢＴＣＣの性質および原因を同定するかまたは決定する方法に関する。用語「予後」は、疾患のありうる結果または経過、即ち、回復または再発の見込みを指す。用語「監視」は、異なる時点での個体におけるＢＴＣＣの存在または非存在を評価することを意味する。用語「処置」は、個体の状態を直接または間接に改善する目的で個体を医学的手当てに供する、任意のプロセス、作用、適用等を指す。
【００６６】
用語「特異性」は、疾患が真に存在しない場合に疾患の存在を排除する試験の能力を指す。特異性は、真の陰性と正しくない陽性試験が存在する健常個体（この群は偽陽性と呼ばれる）の数の和で割った、正しい陰性試験が存在する健常個体（この群は真陰性と呼ばれる）の数として表される。用語「感度」は、疾患が真に存在する場合に疾患を検出する試験の能力を指す。感度は、真の陽性と正しくない陰性試験が存在する罹病患者（この群は偽陰性と呼ばれる）の数の和で割った正しい陽性試験が存在する罹病患者（この群は真陽性と呼ばれる）の数として表される。用語「ロバスト性（robustness）」は、最初のサンプルにおける変動性にもかかわらず同じ結果を与えるための数値的方法の能力を定義する。
【００６７】
用語「遺伝子」は、タンパク質をコードしそしてコード配列の一部または完全なコード配列を表すことができるデオキシリボヌクレオチドの分子鎖の領域を指す。用語「タンパク質」は、共有結合または非共有結合により分子間で連結されたアミノ酸の少なくとも１つの分子鎖を指す。この用語は、翻訳後タンパク質修飾のすべての形態、例えば、グリコシル化、リン酸化またはアセチル化を含む。用語「ペプチド」および「ポリペプチド」は、タンパク質フラグメントを表すアミノ酸の分子鎖を指す。用語「タンパク質」および「ペプチド」は、区別できない。
【００６８】
用語「抗体」は、抗原刺激、例えば外来性タンパク質、バクテリア、ウイルス、寄生虫または移植された器官に応答して血液またはリンパ液中に分泌されそして「抗原」と呼ばれるターゲット分子に対する特異的結合活性を示す、Ｂ細胞の表面におけるＹ字状タンパク質（免疫グロブリンとして知られている）を指す。免疫グロブリンの抗原結合領域は、Ｆ（ａｂ’）２またはＦａｂフラグメントに分割されうる。用語「抗体」は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体（インタクトなまたはそれらに由来するフラグメント）を含み；そしてヒト抗体、ヒト化抗体および非ヒト起源の抗体を含む。「非ヒト抗体」は、Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ以外の動物種により生成された抗体である。「ヒト化抗体」は、マウス抗体からの最小マウス部分がヒト抗体に融合されている遺伝子操作抗体である。一般に、ヒト化抗体は、５〜１０％マウスおよび９０〜９５％ヒトである。「ヒト抗体」は、ヒト抗体遺伝子を有するトランスジェニックマウスに由来するかまたはヒト細胞に由来する抗体である。「モノクローナル抗体」は、ターゲット分子の単一の抗原性部位または「抗原決定基」に対する均一な、高度に特異的な抗体集団である。「ポリクローナル抗体」は、ターゲット分子の異なる抗原決定基に対する不均一な抗体集団を含む。用語「特異的抗体」は、特異的タンパク質（この場合には特定の膀胱癌マーカーに対する）に対して生成された抗体を指す。用語「抗体−タンパク質複合体」は、抗原とその特異的抗体により形成された複合体を指す。用語「コンビボディ（combibody」（コンビナトリアル抗体）は、バクテリアまたは真核生物系を使用する抗体産生および精製の必要なしに、細胞表面反応性抗体の発現のためのｃＤＮＡライブラリーの直接スクリーニングを可能とする繊維状ファージ上にディスプレーされた抗体を指す。用語「Ｆａｂ組換え抗体」は、一価のＦａｂフラグメントのみを含有しそして抗体がその抗原に対する非常に高いアフィニティーを有するときに有用である組換え抗体を指す。それらは、タンパク質配列が既知であるならば組換えに得られうる。用語「ＳｃＦｖ抗体フラグメント」は、バクテリア培養物中に発現されうる単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）を指す。
【００６９】
用語「エピトープ」は、特異的抗体が認識するタンパク質のアミノ酸の配列であるタンパク質の抗原決定基を指す。このようなエピトープは、アミノ酸の連続したストレッチ（直線的エピトープ）または、ポリペプチド鎖の三次元折たたみによって互いに近接させられる不連続アミノ酸（不連続エピトープ）から構成されることができる。用語「固相」は、抗体を結合させることができる非水性マトリックスを指す。固相のための材料の例は、ガラス、多糖（例えばアガロース）、ポリアクリルアミド、ポリスチレン、ポリビニルアルコールおよびシリコーンを含むが、それらに限定されない。固相形態の例は、プレートのウエルまたは精製カラムである。
【００７０】
用語「ディップスティック」は、液体のある性質（化学的、物理的等）を決定および／または定量することができるある種の試験を行うために液体に浸漬される装置を指す。この種のディップスティックは、通常紙または厚紙から作られ、そしてその色の変化が液体のある特徴を示す試薬が含浸させられている。用語「キャリアー」は、それによって何かが運搬されるかまたは導かれる機構または装置を指す。用語「パッケージング」は、製品の購入および使用を促進することを主な目的とする販売の前の封じ込めおよび包装を指す。
【００７１】
用語「バイオチップ」は、より高いスループットおよび速度を達成するために、多くの試験を同時に行うことを可能とする固体基材上に配置された小型化された試験部位の集まり（マイクロアレー）を指す。
【００７２】
本発明の１つの態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、個体からの尿試験サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰ（４０個の膀胱癌バイオマーカーとも呼ばれる）またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７３】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、個体からの尿試験サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７４】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも２つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも３つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも４つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の少なくとも５つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００７５】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７６】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１およびＳＴＩＰ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７７】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７８】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００７９】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００８０】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＰＯＡ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８１】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＧＳＮ４０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８２】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＥＮＯＡまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８３】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８４】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中の、ＣＡＴＤ Ｋ、ＧＳＮ８０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８５】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８６】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８７】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８８】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００８９】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣおよびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９０】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９１】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９２】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を測定することを含む。
【００９３】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９４】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、試験尿サンプル中のＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカー、ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９５】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９６】
別の態様では、膀胱癌を評価するための方法の第１工程は、ＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを測定することを含む。
【００９７】
別の態様は、個体からの試験尿サンプル中の４０個の膀胱癌バイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる２つの異なるバイオマーカー間の１つ以上の割合を定量すること、および正常な尿における対応する標準値に対して試験尿サンプルで得られた測定値を比較することを含み、その変化はＢＴＣＣを示す、非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。
【００９８】
別の態様では、本方法は、同じタンパク質（１つまたは複数）を、ＢＴＣＣ進展内の異なる時点に同じ患者から得られた異なるサンプルから比較する、疾患の進行を決定することを可能とする。
【００９９】
別の態様では、本発明のバイオマーカーの１つ以上を使用して薬理学的処置または外科的処置の有効性を監視することができる。
【０１００】
別の態様では、分析されるべきサンプルは、以前にＢＴＣＣを有すると診断されていない個体から得られる。
【０１０１】
別の態様では、分析されるべきサンプルは、以前にＢＴＣＣを有すると診断された個体から得られる。
【０１０２】
別の態様では、分析されるべきサンプルは、ＢＴＣＣに対する処置を現在受けている個体から得られる。
【０１０３】
別の態様では、この方法は、サンプルのタンパク質の抽出物を得ることを含む。
【０１０４】
測定は、典型的には、分光法またはイムノアッセイを含む。分光法は、典型的には、表面増強レーザー脱離／イオン化（ＳＥＬＤＩ）質量分析法またはマトリックス支援レーザー脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析法である。イムノアッセイは、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）、競合ＥＩＡ（競合エンザイムイムノアッセイ）、ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ）、免疫細胞化学または免疫組織化学技術、特異的抗体を含むバイオチップもしくはタンパク質マイクロアレーの使用に基づく技術、ディップスティックなどの形態のコロイド金の沈殿に基づくアッセイ；またはアフィニティークロマトグラフィー技術、リガンド結合アッセイもしくはレクチン結合アッセイを含む。
【０１０５】
別の態様では、癌を検出するための方法は、尿サンプルを膀胱癌バイオマーカーに特異的に結合する分子と接触させること、およびこの結合を定量することを含む。
【０１０６】
別の態様では、タンパク質の検出および定量は、サンプルのタンパク質抽出物をタンパク質（１つまたは複数）の１つ以上のエピトープに対する１つ以上の特異的抗体の組成物と接触させる第１工程、および抗体とタンパク質により形成された複合体を定量する第２工程を含む。
【０１０７】
別の態様では、タンパク質の検出のために使用される特異的抗体は、ヒト起源であるか、ヒト化されているかまたは非ヒト起源であり、そしてモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体、抗体のインタクトなフラグメントまたは組換えフラグメント、コンビボディおよびＦａｂまたはｓｃＦｖ抗体フラグメントから選ばれる。
【０１０８】
別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１０９】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１０】
本発明の別の態様は、癌バイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用であって、正常な尿における対応する標準値と比較しての尿試験サンプルにおけるこれらのバイオマーカーの測定値の変化がＢＴＣＣを示す、使用に関する。
【０１１１】
別の態様では、尿中に存在する少なくとも２つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。別の態様では、尿中に存在する少なくとも３つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。別の態様では、尿中に存在する少なくとも４つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。別の態様では、尿中に存在する少なくとも５つのバイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体が使用される。
【０１１２】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１３】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１およびＳＴＩＰ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１４】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１５】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＣＨ、ＭＡＳＰ２、およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１６】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１１７】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＰＯＡ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１１８】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＧＳＮ４０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１１９】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１およびＥＮＯＡまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２０】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２１】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｋ、ＧＳＮ８０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２２】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２３】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＩＤＨＣまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２４】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１およびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２５】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２６】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣおよびＰＲＤＸ２またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２７】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２８】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１２９】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の使用に関する。
【０１３０】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３１】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３２】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３３】
本発明の別の態様は、尿中に存在するＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の使用に関する。
【０１３４】
別の態様は、１）これらのタンパク質の１つ以上を特異的に認識する抗体の任意の組み合わせおよび２）担体を適当なパッケージング中に含む前記した方法を行うためのキットであって、ＢＴＣＣの存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用されるキットに関する。
【０１３５】
上記キットは、尿サンプル中に存在するバイオマーカーに結合する少なくとも１つの作用物質を収容するための容器；およびＢＴＣＣの状態を決定するための少なくとも１つの作用物質の使用のための説明書を含むことができる。このようなキットは、各々がこの方法で使用されるべき別々のエレメントの１つを含むバイアル、チューブ等のような１つ以上の容器を受けいれるために区画化されている、キャリアー、パッケージまたは容器を含むことができる。例えば、容器（１つまたは複数）は、標識されそして更に検出されるかまたはされうるプローブを含むことができる。プローブは、それぞれ、膀胱癌タンパク質または膀胱癌遺伝子に対して特異的な抗体またはポリヌクレオチドであることができる。あるいは、キットは、質量分析法（ＭＳ）プローブを含むことができる。キットは、ターゲット核酸配列の増幅またはサイレンシングのためのヌクレオチド（１つまたは複数）を含む容器および／または検出可能な標識、例えば、酵素標識、蛍光標識または放射性同位元素標識に結合されたレポーター手段、例えば、ビオチン結合タンパク質、例えば、アビジンまたはストレプトアビジンを含む容器を含むこともできる。キットは、膀胱癌バイオマーカーのアミノ酸配列またはこのようなアミノ酸配列をコードする核酸分子のすべてまたは一部を含むことができる。本発明のキットは、典型的には、上記した容器、ならびにバッファー、希釈剤、フィルター、針、注射器および使用するための指示を有するパッケージ挿入物を含む商業的観点および使用者の観点から望ましい材料を含む１つ以上の他の容器を含むであろう。更に、ラベルを、組成物が特定の治療または非治療用途に使用されることを示すために容器上に設けることができ、そしてラベルは使用のための指図、例えば上記した指図を示すこともできる。指図およびまたは他の情報は、キットと共に含まれる挿入物上に含ませることもできる。
【０１３６】
別の態様は、バイオチップを含む前記した方法を行うためのキットに関する。
【０１３７】
別の態様は、バイオチップを含む前記した方法を行うためのキットであって、該バイオチップは、４０個の膀胱癌バイオマーカーまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーの検出のための抗体を含む、キットに関する。
【０１３８】
特異的抗原−抗体複合体の形成を検出および／または定量するために利用可能な広範な免疫学的アッセイがあり；多数の競合または非競合タンパク質結合アッセイが以前に記載されておりそしてこれらの大多数は市販されている。従って、タンパク質は、例えば、タンパク質に対して特異的なモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、これらのインタクトなフラグメントまたは組換えフラグメント、コンビボディおよび抗体のＦａｂまたはｓｃＦｖフラグメントなどの抗体を用いて定量されうる。これらの抗体は、ヒト起源であるか、ヒト化されているかまたは動物起源であることができる。他方、それらは、標識されていてもよくまたは標識されていなくてもよく、そして広範なアッセイで使用されうる。抗体を標識するのに使用されうるマーカー分子は、放射性核種、酵素、フルオロフォア、化学発光試薬、酵素基質または補因子、酵素阻害剤、粒子、着色剤および誘導体を含む。抗体結合特異性が高ければ高いほど、検出されうる抗原濃度は低い。
【０１３９】
標識されていない抗体（一次抗体）および標識された抗体（二次抗体）を使用する、本発明で使用されうる当業者に周知の広範なアッセイがあり；これらの技術は、ウエスタンブロットまたはウエスタントランスファー、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）、競合ＥＩＡ（競合エンザイムイムノアッセイ）、ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ）、免疫細胞化学または免疫組織化学技術、特異的抗体を含むバイオチップもしくはタンパク質マイクロアレーまたはディップスティックなどの形態のコロイド沈殿の使用に基づく技術を含むが、それらに限定されない。タンパク質を検出および／または定量するための他の方法は、アフィニティークロマトグラフィー技術、リガンド結合アッセイまたはレクチン結合アッセイを含む。本発明のこの局面の好ましい態様は、タンパク質マイクロアレーおよび二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）である。これらのイムノアッセイにおいて、本発明の４０個のタンパク質の１つ以上のエピトープに対して特異的な任意の抗体または抗体の組み合わせを使用することができる。このアッセイの多くの可能な形態の１つの例として、本発明の４０個のタンパク質の１つ以上のエピトープを認識するモノクローナル抗体もしくはポリクローナル抗体またはこの抗体のフラグメントまたはこれらの抗体の組み合わせを、固相支持体の表面に結合させそして分析されるべきサンプルと接触させそして特定の時間適切な条件でインキュベーションして抗原−抗体複合体を形成させる。非特異的複合体を除去するのに適切な条件下で洗浄した後、シグナル生成分子に結合した、モノクローナル抗体もしくはポリクローナル抗体またはこの抗体のフラグメントまたはこれらの組み合わせからなりそして本発明の４０個のタンパク質の１つ以上のエピトープを認識する指示試薬を時間および温度の適切な条件において抗原−抗体複合体とインキュベーションする。分析されるべきサンプル中の本発明の４０個のタンパク質から選ばれる１つ以上のタンパク質の存在を検出しそして定量しそして生成したシグナルを測定する。サンプル間の全タンパク質濃度の差によるシグナル変動を防止するために、すべての測定値を正規化する。
【０１４０】
上記したとおり、本発明の方法は、尿サンプル内のディファレンシャルに発現される可溶性タンパク質を特異的抗体により定量することにより膀胱癌の病期を監視することを含む。当業者により認識されるとおり、これらのタンパク質を特異的に同定しそして定量するための任意の手段が意図される。
【０１４１】
下記の説明において、ヒト尿サンプル（ここではサンプルと呼ばれる）の全タンパク質含有物を得そして分析するための一般化された方法を開示する。この方法は、サンプルの処理、サンプル内のタンパク質を分離するための２Ｄ電気泳動の使用、異なるサンプルの画像分析および統計学によるディファレンシャルに発現されるタンパク質の選択および膀胱癌マーカーとして使用されるべきタンパク質特異的抗体を生成するための本発明のディファレンシャルに発現されるタンパク質の１つ以上の使用を含む。
【０１４２】
膀胱癌の種々の病期においておよび膀胱癌進行期間中ディファレンシャルに発現されるタンパク質を同定する試みにおいて、健常個体から得られたサンプル（コントロール）と、ＢＴＣＣを有すると診断された患者（Ｔａ、Ｔ１低グレード、Ｔ１高グレードおよびＴ２）から得られたサンプルとの間の比較プロテオーム分析を行った。ディファレンシャルな発現を示したすべてのタンパク質の中でも、４０個のタンパク質は２倍より大きく再現性よく変化した。それらは、質量分析法およびデータベースサーチを使用するペプチドマスフィンガープリンティングにより同定された。
【０１４３】
本発明を下記の実施例により更に説明する。これらの実施例は説明のためにのみ与えられたものであり、限定するものとみなすべきではない。
ディファレンシャルに発現されるタンパク質の同定
膀胱癌の進行に沿ってディファレンシャルに発現されるタンパク質を同定するために、健常尿のタンパク質プロファイルを、プロテオームアプローチを使用して早期および進行膀胱腫瘍患者のタンパク質プロファイルと比較した。
【０１４４】
尿サンプル（合計１５０個）を健常個体および、Ｓｐａｎｉｓｈ Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｎｅｔｗｏｒｋに属するＵｒｏｌｏｇｙ ｕｎｉｔｓ ｏｆ Ｈｏｓｐｉｔａｌｓに来診した移行性膀胱癌を有する患者から集めた。これらのサンプルを下記のとおり分類した：
ａ）以下を含む癌腫なし（６３サンプル）：
−コントロール（ＣＶ、３２サンプル）：膀胱癌を有していたことがありそして腫瘍を切除されておりそして管理されている患者（膀胱鏡検査法は他の疾患を示さなかった）、
−他の泌尿路疾患を有する患者（３１サンプル、とりわけ前立腺良性過形成、前立腺癌を含む）。
ｂ）ＢＴＣＣ（８７サンプル）：以下を含む発達の異なる病期の疾患を有すると診断された患者：
−Ｔａ（２１サンプル）、
−Ｔ１低グレード（２９サンプル）、
−Ｔ１高グレード（１９サンプル）、
−Ｔ２（１８サンプル）
【０１４５】
サンプルのＢＴＣＣ群は、膀胱癌の発達の病期におけるそれらの分類のための重要事項である生検を伴った。
【０１４６】
Ａ．尿サンプルの処理およびタンパク質の分離
尿サンプルを−８０℃で凍結しそして低音連鎖を中断することなくドライアイス中で実験室に輸送した。サンプルを、それらを処理するまで−８０℃に保った。サンプルは、きわめて不均一であり、淡黄色尿から血液凝集塊を含む赤色尿までの範囲にあり、透明であるかまたは懸濁液中に組織を含有した。全容積も、５〜１００mLと非常に多様であった。サンプルのタンパク質濃度は２０μg/mL〜２mg/mLの範囲にあった（１５０μg／mLが平均濃度であった）。タンパク質含有物を得るために、サンプルを氷上で解凍しそして２０００×ｇで４℃で５分間遠心した。上清を使用してタンパク質の濃度を決定した。タンパク質１００μgを沈殿させるのに必要な容積は、トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）１５％ｗ／ｖによるタンパク質沈殿の効率が７５％であることを考慮に入れて計算した。尿サンプルの残りを−８０℃で再び凍結しそして更なる２Ｄ電気泳動（必要であれば）のために貯蔵した。ＴＣＡおよび尿を氷上で１時間混合し、次いで１６０００×ｇで４℃で２０分間遠心して、沈殿したタンパク質のペレットを得た。このペレットをアセトンで洗浄し、−２０℃で貯蔵しそして溶媒蒸発により乾燥した。
【０１４７】
二次元（２Ｄ）電気泳動実験を行うために、一次元目はＩＥＦ（等電点電気泳動）であり（ここでタンパク質はそれらの電荷（ｐｌ）により分離される）；二次元目はＳＤＳ−ＰＡＧＥであった（ここでタンパク質はそれらの分子量により分離される）。一次元目を行うために、タンパク質の乾燥したペレットを再水和バッファー（尿素７M、チオ尿素２M、ＣＨＡＰＳ２％、ＩＰＧバッファー２％、ブロモフェノールブルー０．００２％）４５０μLで室温にて１時間再懸濁させた。ＩＥＦがpH３〜１０の範囲にあるようにＩＰＧバッファー（Ａｍｅｒｓｈａｍ，ｒｅｆ＃ １７−６００−８８）を使用した。ＩＥＦでは、ＡｍｅｒｓｈａｍからのＥｔｔａｎ（商標）ＩＰＧｐｈｏｒ（商標）Ｉｓｏｅｌｅｃｔｒｉｃ Ｆｏｃｕｓｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍを、製造者の指図に従って使用した。Ａｍｅｒｓｈａｍから購入したＩＰＧストリップと名付けられた固定化されたpH勾配（ｒｅｆ＃ １７−６００２−４５）においてＩＥＦを行った。可溶化されたタンパク質を、一次元目においてゲルの１６時間の能動的再水和の後に該ストリップにおいて３０Ｖで泳動させた。次いで電圧を８０００Ｖに増加させ、強度はゲル当たり５０μＡより決して高くしなかった。電圧が９００００Ｖ時に達したときＩＥＦを終了した。
【０１４８】
二次元目には、２６×２０ｃｍ１２．５％アクリルアミドを、ＡｍｅｒｓｈａｍからのＥｔｔａｎ ＤＡＬＴ ｔｗｅｌｖｅ Ｇｅｌ Ｃａｓｔｅｒを使用して実験室で重合した。ゲルをＥｔｔａｎ ＤＡＬＴ ｔｗｅｌｖｅ Ｌａｒｇｅ Ｆｏｒｍａｔ Ｖｅｒｔｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍ において、製造者の指示に従って電気泳動の最前部がゲルから出るまで泳動した。ゲルを、製造者の指図に従ってＡｍｅｒｓｈａｍからの染料キット（１７−１１５０−０１）を使用して硝酸銀染色した。次いでゲルを乾燥しそしてその後のタンパク質スポットの画像分析（図１Ａ）のために貯蔵した。いくらかの尿サンプルについて、１つより多くの２Ｄゲルを泳動した。
【０１４９】
Ｂ．ゲル上のタンパク質スポットの分析
すべてのゲルをスキャンして画像分析のためのスポットのマップを得た。Ｎｏｎｌｉｎｅａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ（ＵＫ）からのＰｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアを使用して３００ｄｐｉ（ドット／インチ）フォーマットおよび８ビット／チャンネルで画像フアイルを分析した。解像度を増加するために、ゲルの分散した区域で分析を行った。Ａ（図１Ｂ）、Ｋ（図１Ｃ）、Ｒ（図１Ｄ）およびＳ（図１Ｅ）と名付けられた各区域について、最善のゲルを選びそして画像分析のためにスキャンした。Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアは、平坦な画像の情報を３Ｄ画像に変換し、ここで各スポットの強度は、その容積と相関しそして個体の尿中の対応するタンパク質の相対的量と相関していた。ソフトウエア表によって、各スポットについての強度を各ゲルで得た。これらの生のデータはその後の統計分析のための基礎であった。
【０１５０】
各々の個々のスポットの統計分析を行いそして２つの異なる群（例えばＣＶおよびＴａ）においてその強度を比較するために、データのこれらのブロックにおいて正規分布が証明されなければならなかった。２つの群に属するスポットを比較するために、スチューデントｔ検定を適用しそしてｐ値を得た：これは、スポットを１つのサブグループまたは別のサブグループに割り当てることの理論的誤差であった。ｐ値≦０．０５を有するスポットのみを選んだ。これらのスポットのフォールド変化（fold change）または平均割合を計算し、これらを１）サンプルの全スポット容積（即ち、理論的全タンパク質含量）、または２）一定に発現されるタンパク質（その量はすべてのサンプルにおいて一定である）、または３）同じサンプルの第２のディファレンシャルに発現されるタンパク質という。
【０１５１】
ｎ値またはサンプル数も考慮した。
【０１５２】
４０個のタンパク質は、コントロール患者からの尿サンプルを移行性膀胱癌を有すると診断された患者からの尿サンプルと比較するとき、それらのフォールド変化における統計学的有意性およびロバスト性を示した。
【０１５３】
これらのスポットの同定は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型）分析法により行った。その２Ｄ電気泳動が統計学的に有意なスポットを示したこれらの尿サンプルを再び２Ｄ電気泳動に付し、そしてスポットをゲルから切り出した。タンパク質を消化しそしてＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ分光計により分析した。ペプチドマスフィンガープリントは、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰ（表１参照）として同定された４０個のタンパク質の同定を可能とした。かくして、ＢＴＣＣを有すると診断された患者においてディファレンシャルに発現されることが証明されたこれらの４０個のタンパク質は、疾患の診断、予後、監視および処置のために非常に価値のある生物学的マーカーとして同定された。
【０１５４】
【表１】
【０１５５】
例として、図２は、健常個体の尿サンプル（図２Ａ）、Ｔａ病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｂ）、Ｔ１低グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｃ）、Ｔ１高グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｄ）およびＴ２病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｅ）から得られた二次元電気泳動（２Ｄ）ゲルのＲ区域におけるＢＩＥＡに対応するスポットＲ２１１を示す。スポットＲ２１１の強度は、健常尿サンプルと比較すると、異なる病期の癌を有する患者のサンプルにおいて明らかに減少していることが分かる。これらの差は、Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＧ２２０ソフトウエアによる統計分析の後に有意であることが示された。図３は、サンプルＣＶ、Ｔａ、Ｔ１低グレード、Ｔ１高グレードおよびＴ２におけるスポットＲ２１１の強度を示す。各群のサンプル数を括弧内に示す。図４は、異なる尿サンプルにおけるスポットＲ２１１についての強度測定のロバスト性を示す。これは、分析したすべてのゲルにおけるスポットＲ２１１の存在または非存在を維持するゲルの百分率として表現される。各群のサンプル数を再び括弧内に示す。表２は、非癌個体（ＣＶ）のサンプルに比較しての癌の異なる病期のサンプルにおけるスポットＲ２１１についての統計分析のｐ値およびフォールド変化値を示す。スポットＲ２１１のフォールド変化を、各々の個々のゲルの全スポット容積（ＴＳＶ）により正規化した。
【０１５６】
【表２】
【０１５７】
ＩＩ尿サンプルに見出されたタンパク質のための抗体発生
入手可能なポリクローナルおよび／またはモノクローナル抗体（商業的に購入または免疫感作プロトコールに従って生成）を、反応性および感度について試験し、この方法は、一般に、監視されるべきタンパク質についての標準（「用量応答」）曲線の作成を含む。
【０１５８】
Ａ．免疫感作プロトコール
１．ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗血清は、標準方法、例えば当該分野で入手可能な多数のテキストに開示された方法および一般に当業者に知られている方法を使用して所定のタンパク質に対して惹起させることができる。この実施例では、雄ニュージーランド白色ウサギを、最初に完全フロイントアジュバント（Ｇｉｂｃｏ，Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ Ｎ．Ｙ）中のタンパク質調製物で免疫感作し、次いで毎月不完全アジュバントを用いてタンパク質で３ヶ月間免疫感作させる。融合前のウサギ血清およびマウスからの血清をポリクローナル抗血清として使用しそしてタンパク質調製物と反応性であることが標準ウエスタンブロット技術により示される。
【０１５９】
２．組換えタンパク質発生
免疫感作のためには少なすぎる量でゲル中に見出されたタンパク質を、Ｅ．ｃｏｌｉにおいてｐＥＴ２８ｂ（＋）クローニングベクターを使用してクローニングしそして発現させる。粗抽出物を以前に記載されたとおりに得（Boronat A., et al., J. Bacteriol. 1981, 147:181-85）そしてＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルで泳動する。組換えタンパク質をゲルから切り出しそしてアクリルアミドから遊離させる。組換えタンパク質に対する抗体の発生のために、遊離させたタンパク質を直接使用して上記したとおりにウサギを免疫感作する。
【０１６０】
Ｂ．ウエスタンブロット実験
タンパク質サンプル（全タンパク質２０μg）を５％β−メルカプトエタノールを補充したＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルローディングバッファーと混合し、そして１００℃で５分間インキュベーションし、その後６％ポリアクリルアミドゲル上にローディングした。電気泳動の後に、タンパク質をニトロセルロース膜に移した。二連のゲルを泳動しそしてブロッティングした。１つの膜を、本発明の選ばれた４０個のタンパク質の１つ以上に対して惹起された抗体（Santa Cruz Biotech. Inc., Santa Curz, CA, USA） を用いて調べ、一方第２の膜を、タンパク質ローディングのためのコントロールとしてのアクチン（Amersham, Little Chalfont, UK）に対して惹起された抗体を用いて調べた。最後に、膜を、ペルオキシダーゼとコンジュゲーションされた二次抗体（Amersham）とハイブリッド形成させ、そして化学発光シグナルを高性能化学発光フイルム（Hyperfilm ECL, Amersham）と共にＥＣＬシステム（Amersham）を使用して検出した。
【０１６１】
ＩＩＩ．ウエスタンブロット実験を使用する尿試験サンプルの評価
いくつかのバイオマーカーを、
ａ）癌腫なし（１２サンプル）
ｂ）以下を含むＢＴＣＣ：Ｔａ（８サンプル）、Ｔ１低グレード（６サンプル）、Ｔ１高グレード（６サンプル）およびＴ２（８サンプル）、
を含む４０個の盲検尿サンプルに関して試験した。
【０１６２】
感度、特異性および精度の得られた値を表３に示す。感度、特異性および精度の値は、これらの式：
【数１】
を使用して計算した。
【０１６３】
例えば、バイオマーカーＡＭＹは、８５％の精度値について８９％の感度および７５％の特異性を示す。
【０１６４】
【表３】
【０１６５】
これらの実験において得られたデータの二項ロジスティック回帰により、表４に示されたとおり、診断方法の感度および特異性を一般に増加させるバイオマーカーの異なる組み合わせを得ることが可能であった。
【０１６６】
【表４】
【図面の簡単な説明】
【０１６７】
【図１】尿サンプルから得られそして４つの異なる研究した区域Ａ、Ｋ、ＲおよびＳ（図１Ａ）、区域Ａ（図１Ｂ）、区域Ｋ（図１Ｃ）、区域Ｒ（図１Ｄ）および区域Ｓ（図１Ｅ）を示す二次元電気泳動（２Ｄ）ゲル。
【図２】健常個体の尿サンプル（図２Ａ）、Ｔａ病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｂ）、Ｔ１低グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（Ｔ１−ＬＧ、図２Ｃ）、Ｔ１高グレード病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（Ｔ１−ＨＧ、図２Ｄ）およびＴ２病期の癌に罹患している患者の尿サンプル（図２Ｅ）から得られた二次元電気泳動（２Ｄ）ゲルのＲ区域におけるＢＩＥＡに対応するスポットＲ２１１。
【図３】サンプルＣＶ、Ｔａ、Ｔ１低グレード（Ｔ１−ＬＧ）、Ｔ１高グレード（Ｔ１−ＨＧ）およびＴ２におけるスポットＲ２１１の強度。各群のサンプル数を括弧内に示す。
【図４】異なる尿サンプルにおけるスポットＲ２１１についての強度測定のロバスト性。これは、分析したすべてのゲルにおけるスポットＲ２１１の存在または非存在を維持するゲルの百分率として表現される。各群のサンプル数を括弧内に示す。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【図２Ｅ】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）個体からの尿試験サンプル中に存在する１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量すること；およびｂ）正常な尿の対応する標準値に対して試験尿サンプルのａ）で得られた発現測定値を比較することを含み、正常な尿の対応する標準値に比較してのａ）で得られた測定値の変化は膀胱の移行上皮癌を示す、非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項２】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ（配列番号１）、ＡＣＹ１（配列番号２）、ＡＫＲ１Ａ１（配列番号３）、ＡＬＤＯＢ（配列番号４）、ＡＮＸＡ４（配列番号５）、ＢＩＥＡ（配列番号６）、ＢＬＶＲＢ（配列番号７）、ＣＡＴＤ Ｈ（配列番号８）、ＣＡＴＤ Ｋ（配列番号９）、ＣＯ３（配列番号１０、配列番号１１）、ＣＰＧＬ１（配列番号１２）、ＥＮＯＡ（配列番号１３、配列番号１４）、ＦＲＩＬ（配列番号１５）、ＧＤＩＢ（配列番号１６）、ＧＰＸ３（配列番号１７）、ＧＳＨＢ（配列番号１８）、ＧＳＴＰ１（配列番号１９）、ＩＤＨＣ（配列番号２０）、ＬＭＡＮ２（配列番号２１）、ＬＹ６Ｇ６Ｅ（配列番号２２）、ＭＡＳＰ２（配列番号２３）、ＮＡＤＣ（配列番号２４）、ＮＡＰＳＡ（配列番号２５）、ＰＡ２Ｇ４（配列番号２６）、ＰＡＲＫ７（配列番号２７）、ＰＣＢＰ１（配列番号２８）、ＰＤＣ６Ｉ（配列番号２９）、ＰＰＡＬ（配列番号３０）、ＰＲＤＸ２（配列番号３１）、ＰＴＤ０１２（配列番号３２）、ＱＰＣＴ（配列番号３３）、ＳＢＰ１（配列番号３４）、ＳＴＩＰ１（配列番号３５）、ＴＡＬＤＯ（配列番号３６）、ＷＤＲ１（配列番号３７）、ＡＭＹ（配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０）、ＡＰＯＡ１（配列番号４１）、ＧＳＮ４０（配列番号４２）、ＧＳＮ８０（配列番号４３）およびＲＥＴＢＰ（配列番号４４）またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を含む組から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
工程ａ）が、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
工程ａ）が、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも２つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも３つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも４つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも５つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１４】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１５】
工程ａ）が、バイオマーカーＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１６】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１７】
膀胱の移行上皮癌の存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用される、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
分析されるべき尿サンプルが、膀胱の移行上皮癌を有すると以前に診断されていない個体から得られる、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
分析されるべき尿サンプルが、膀胱の移行上皮癌を有すると以前に診断された個体から得られる、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
分析されるべき尿サンプルが、膀胱の移行上皮癌に対する処置を現在受けている個体から得られる、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
タンパク質の検出および定量が、尿サンプルのタンパク質抽出物を請求項２に記載されるタンパク質の１つ以上のエピトープに特異的な１つ以上の特異的抗体の組成物と接触させる第１工程、および得られる抗体−タンパク質複合体を定量する第２工程を含むことを特徴とする、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記抗体が、ヒト起源であるか、ヒト化されているかまたは非ヒト起源であり、そしてモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体、抗体のインタクトなフラグメントまたは組換えフラグメント、コンビボディおよびＦａｂまたはｓｃＦｖ抗体フラグメントから選ばれることを特徴とする、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
得られる抗体−タンパク質複合体の検出および定量において、使用される技術が、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）、競合ＥＩＡ（競合エンザイムイムノアッセイ）、ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ）、免疫細胞化学または免疫組織化学技術、特異的抗体を含むバイオチップもしくはタンパク質マイクロアレーの使用に基づく技術、ディップスティックなどの形態のコロイド金の沈殿に基づくアッセイ；またはアフィニティークロマトグラフィー技術、リガンド結合アッセイもしくはレクチン結合アッセイを含む群から選ばれることを特徴とする、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
薬理学的処置または外科的処置の有効性を監視するために使用される、請求項１〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
同じタンパク質を、膀胱の移行上皮癌の進展内の異なる時点に得られた同じ患者からの異なる尿サンプルから比較する、疾患の進行を決定するために使用される請求項１〜２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
尿分析により膀胱の移行上皮癌の存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するための、尿中に存在するバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項２７】
ＴＴＨＹ（配列番号１）、ＡＣＹ１（配列番号２）、ＡＫＲ１Ａ１（配列番号３）、ＡＬＤＯＢ（配列番号４）、ＡＮＸＡ４（配列番号５）、ＢＩＥＡ（配列番号６）、ＢＬＶＲＢ（配列番号７）、ＣＡＴＤ Ｈ（配列番号８）、ＣＡＴＤ Ｋ（配列番号９）、ＣＯ３（配列番号１０、配列番号１１）、ＣＰＧＬ１（配列番号１２）、ＥＮＯＡ（配列番号１３、配列番号１４）、ＦＲＩＬ（配列番号１５）、ＧＤＩＢ（配列番号１６）、ＧＰＸ３（配列番号１７）、ＧＳＨＢ（配列番号１８）、ＧＳＴＰ１（配列番号１９）、ＩＤＨＣ（配列番号２０）、ＬＭＡＮ２（配列番号２１）、ＬＹ６Ｇ６Ｅ（配列番号２２）、ＭＡＳＰ２（配列番号２３）、ＮＡＤＣ（配列番号２４）、ＮＡＰＳＡ（配列番号２５）、ＰＡ２Ｇ４（配列番号２６）、ＰＡＲＫ７（配列番号２７）、ＰＣＢＰ１（配列番号２８）、ＰＤＣ６Ｉ（配列番号２９）、ＰＰＡＬ（配列番号３０）、ＰＲＤＸ２（配列番号３１）、ＰＴＤ０１２（配列番号３２）、ＱＰＣＴ（配列番号３３）、ＳＢＰ１（配列番号３４）、ＳＴＩＰ１（配列番号３５）、ＴＡＬＤＯ（配列番号３６）、ＷＤＲ１（配列番号３７）、ＡＭＹ（配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０）、ＡＰＯＡ１（配列番号４１）、ＧＳＮ４０（配列番号４２）、ＧＳＮ８０（配列番号４３）およびＲＥＴＢＰ（配列番号４４）またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２６に記載の使用。
【請求項２８】
ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項２９】
ＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３０】
ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列、ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３１】
ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３２】
ＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３３】
正常な尿の対応する標準値と比較しての尿試験サンプルのこれらのバイオマーカーの測定値の変化が、膀胱の移行上皮癌を示す、請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３４】
少なくとも２つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３５】
少なくとも３つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３６】
少なくとも４つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３７】
少なくとも５つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３８】
ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３９】
ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４０】
ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４１】
ＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４２】
ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４３】
膀胱の移行上皮癌を処置するための治療剤のスクリーニング、同定、開発および／または該治療剤の有効性の評価のための方法における、請求項２に記載される組から選ばれる１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のヌクレオチドまたはペプチド配列の、単独のまたは任意の組み合わせでの使用。
【請求項４４】
１）請求項２に記載されるタンパク質の１つを特異的に認識する少なくとも１つの抗体および２）担体を適当なパッケージンク中に含む、請求項１〜２５のいずれかに記載の方法を行うためのキット。
【請求項４５】
膀胱の移行上皮癌の存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用される、請求項４４に記載のキット。
【請求項４６】
バイオチップを含む請求項４４または４５に記載のキット。
【請求項４７】
バイオチップが、請求項２に記載される組から選ばれるタンパク質の検出のための抗体を含む、請求項４６に記載のキット。
【請求項１】
ａ）個体からの尿試験サンプル中に存在する１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量すること；およびｂ）正常な尿の対応する標準値に対して試験尿サンプルのａ）で得られた発現測定値を比較することを含み、正常な尿の対応する標準値に比較してのａ）で得られた測定値の変化は膀胱の移行上皮癌を示す、非侵襲性ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項２】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ（配列番号１）、ＡＣＹ１（配列番号２）、ＡＫＲ１Ａ１（配列番号３）、ＡＬＤＯＢ（配列番号４）、ＡＮＸＡ４（配列番号５）、ＢＩＥＡ（配列番号６）、ＢＬＶＲＢ（配列番号７）、ＣＡＴＤ Ｈ（配列番号８）、ＣＡＴＤ Ｋ（配列番号９）、ＣＯ３（配列番号１０、配列番号１１）、ＣＰＧＬ１（配列番号１２）、ＥＮＯＡ（配列番号１３、配列番号１４）、ＦＲＩＬ（配列番号１５）、ＧＤＩＢ（配列番号１６）、ＧＰＸ３（配列番号１７）、ＧＳＨＢ（配列番号１８）、ＧＳＴＰ１（配列番号１９）、ＩＤＨＣ（配列番号２０）、ＬＭＡＮ２（配列番号２１）、ＬＹ６Ｇ６Ｅ（配列番号２２）、ＭＡＳＰ２（配列番号２３）、ＮＡＤＣ（配列番号２４）、ＮＡＰＳＡ（配列番号２５）、ＰＡ２Ｇ４（配列番号２６）、ＰＡＲＫ７（配列番号２７）、ＰＣＢＰ１（配列番号２８）、ＰＤＣ６Ｉ（配列番号２９）、ＰＰＡＬ（配列番号３０）、ＰＲＤＸ２（配列番号３１）、ＰＴＤ０１２（配列番号３２）、ＱＰＣＴ（配列番号３３）、ＳＢＰ１（配列番号３４）、ＳＴＩＰ１（配列番号３５）、ＴＡＬＤＯ（配列番号３６）、ＷＤＲ１（配列番号３７）、ＡＭＹ（配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０）、ＡＰＯＡ１（配列番号４１）、ＧＳＮ４０（配列番号４２）、ＧＳＮ８０（配列番号４３）およびＲＥＴＢＰ（配列番号４４）またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体を含む組から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
工程ａ）が、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
工程ａ）が、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
工程ａ）が、ＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれる１つ以上のバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも２つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも３つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも４つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
工程ａ）が、請求項２に記載される組から選ばれる少なくとも５つのバイオマーカーを検出しそして定量することを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１４】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１５】
工程ａ）が、バイオマーカーＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１６】
工程ａ）が、バイオマーカーＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体を検出しそして定量することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１７】
膀胱の移行上皮癌の存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用される、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
分析されるべき尿サンプルが、膀胱の移行上皮癌を有すると以前に診断されていない個体から得られる、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
分析されるべき尿サンプルが、膀胱の移行上皮癌を有すると以前に診断された個体から得られる、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
分析されるべき尿サンプルが、膀胱の移行上皮癌に対する処置を現在受けている個体から得られる、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
タンパク質の検出および定量が、尿サンプルのタンパク質抽出物を請求項２に記載されるタンパク質の１つ以上のエピトープに特異的な１つ以上の特異的抗体の組成物と接触させる第１工程、および得られる抗体−タンパク質複合体を定量する第２工程を含むことを特徴とする、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記抗体が、ヒト起源であるか、ヒト化されているかまたは非ヒト起源であり、そしてモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体、抗体のインタクトなフラグメントまたは組換えフラグメント、コンビボディおよびＦａｂまたはｓｃＦｖ抗体フラグメントから選ばれることを特徴とする、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
得られる抗体−タンパク質複合体の検出および定量において、使用される技術が、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）、競合ＥＩＡ（競合エンザイムイムノアッセイ）、ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ）、免疫細胞化学または免疫組織化学技術、特異的抗体を含むバイオチップもしくはタンパク質マイクロアレーの使用に基づく技術、ディップスティックなどの形態のコロイド金の沈殿に基づくアッセイ；またはアフィニティークロマトグラフィー技術、リガンド結合アッセイもしくはレクチン結合アッセイを含む群から選ばれることを特徴とする、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
薬理学的処置または外科的処置の有効性を監視するために使用される、請求項１〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
同じタンパク質を、膀胱の移行上皮癌の進展内の異なる時点に得られた同じ患者からの異なる尿サンプルから比較する、疾患の進行を決定するために使用される請求項１〜２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
尿分析により膀胱の移行上皮癌の存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するための、尿中に存在するバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項２７】
ＴＴＨＹ（配列番号１）、ＡＣＹ１（配列番号２）、ＡＫＲ１Ａ１（配列番号３）、ＡＬＤＯＢ（配列番号４）、ＡＮＸＡ４（配列番号５）、ＢＩＥＡ（配列番号６）、ＢＬＶＲＢ（配列番号７）、ＣＡＴＤ Ｈ（配列番号８）、ＣＡＴＤ Ｋ（配列番号９）、ＣＯ３（配列番号１０、配列番号１１）、ＣＰＧＬ１（配列番号１２）、ＥＮＯＡ（配列番号１３、配列番号１４）、ＦＲＩＬ（配列番号１５）、ＧＤＩＢ（配列番号１６）、ＧＰＸ３（配列番号１７）、ＧＳＨＢ（配列番号１８）、ＧＳＴＰ１（配列番号１９）、ＩＤＨＣ（配列番号２０）、ＬＭＡＮ２（配列番号２１）、ＬＹ６Ｇ６Ｅ（配列番号２２）、ＭＡＳＰ２（配列番号２３）、ＮＡＤＣ（配列番号２４）、ＮＡＰＳＡ（配列番号２５）、ＰＡ２Ｇ４（配列番号２６）、ＰＡＲＫ７（配列番号２７）、ＰＣＢＰ１（配列番号２８）、ＰＤＣ６Ｉ（配列番号２９）、ＰＰＡＬ（配列番号３０）、ＰＲＤＸ２（配列番号３１）、ＰＴＤ０１２（配列番号３２）、ＱＰＣＴ（配列番号３３）、ＳＢＰ１（配列番号３４）、ＳＴＩＰ１（配列番号３５）、ＴＡＬＤＯ（配列番号３６）、ＷＤＲ１（配列番号３７）、ＡＭＹ（配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０）、ＡＰＯＡ１（配列番号４１）、ＧＳＮ４０（配列番号４２）、ＧＳＮ８０（配列番号４３）およびＲＥＴＢＰ（配列番号４４）またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２６に記載の使用。
【請求項２８】
ＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項２９】
ＴＴＨＹ、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３０】
ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＧＳＮ８０またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列、ならびにＴＴＨＹ、ＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＥＮＯＡ、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＲＤＸ２、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯおよびＷＤＲ１またはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３１】
ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＨＢ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列ならびにＡＣＹ１、ＡＫＲ１Ａ１、ＡＬＤＯＢ、ＡＮＸＡ４、ＢＩＥＡ、ＢＬＶＲＢ、ＣＯ３、ＣＰＧＬ１、ＦＲＩＬ、ＧＤＩＢ、ＧＰＸ３、ＬＭＡＮ２、ＬＹ６Ｇ６Ｅ、ＭＡＳＰ２、ＮＡＤＣ、ＮＡＰＳＡ、ＰＡ２Ｇ４、ＰＡＲＫ７、ＰＣＢＰ１、ＰＤＣ６Ｉ、ＰＰＡＬ、ＰＴＤ０１２、ＱＰＣＴ、ＳＢＰ１、ＳＴＩＰ１、ＴＡＬＤＯ、ＷＤＲ１、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３２】
ＴＴＨＹ、ＣＡＴＤ Ｈ、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＩＤＨＣ、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２、ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＲＥＴＢＰまたはその転写変異体もしくは翻訳後変異体から選ばれるバイオマーカーに由来する１つ以上のペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３３】
正常な尿の対応する標準値と比較しての尿試験サンプルのこれらのバイオマーカーの測定値の変化が、膀胱の移行上皮癌を示す、請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３４】
少なくとも２つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３５】
少なくとも３つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３６】
少なくとも４つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３７】
少なくとも５つのペプチド配列の請求項２７〜３２のいずれかに記載の使用。
【請求項３８】
ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項３９】
ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４０】
ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＧＳＮ４０、ＧＳＮ８０およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４１】
ＣＡＴＤ Ｈ、ＥＮＯＡ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＳＰ２、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４２】
ＡＭＹ、ＡＰＯＡ１、ＣＡＴＤ Ｋ、ＥＮＯＡ、ＩＤＨＣ、ＰＲＤＸ２およびＴＴＨＹまたはそのそれぞれの転写変異体もしくは翻訳後変異体に由来するペプチド配列の請求項２７に記載の使用。
【請求項４３】
膀胱の移行上皮癌を処置するための治療剤のスクリーニング、同定、開発および／または該治療剤の有効性の評価のための方法における、請求項２に記載される組から選ばれる１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のヌクレオチドまたはペプチド配列の、単独のまたは任意の組み合わせでの使用。
【請求項４４】
１）請求項２に記載されるタンパク質の１つを特異的に認識する少なくとも１つの抗体および２）担体を適当なパッケージンク中に含む、請求項１〜２５のいずれかに記載の方法を行うためのキット。
【請求項４５】
膀胱の移行上皮癌の存在を検出するため、該癌の病期または重篤度を決定するため、外科切除術の後の疾患の欠如を評価するため、該癌の診断および／または予後を確立するためおよび／または該癌に罹患している個体に行われた処置の効果を監視するために使用される、請求項４４に記載のキット。
【請求項４６】
バイオチップを含む請求項４４または４５に記載のキット。
【請求項４７】
バイオチップが、請求項２に記載される組から選ばれるタンパク質の検出のための抗体を含む、請求項４６に記載のキット。
【図３】
【図４】
【図４】
【公表番号】特表２００９−５１１０２８（Ｐ２００９−５１１０２８Ａ）
【公表日】平成２１年３月１９日（２００９．３．１９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５３４９１９（Ｐ２００８−５３４９１９）
【出願日】平成１８年１０月１０日（２００６．１０．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００６／００９７６８
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０４２２５６
【国際公開日】平成１９年４月１９日（２００７．４．１９）
【出願人】（５０１０４８４４６）ラボラトリオス・サルバト・ソシエダッド・アノニマ (8)
【氏名又は名称原語表記】ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＩＯＳ ＳＡＬＶＡＴ， Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年３月１９日（２００９．３．１９）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年１０月１０日（２００６．１０．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００６／００９７６８
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０４２２５６
【国際公開日】平成１９年４月１９日（２００７．４．１９）
【出願人】（５０１０４８４４６）ラボラトリオス・サルバト・ソシエダッド・アノニマ (8)
【氏名又は名称原語表記】ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＩＯＳ ＳＡＬＶＡＴ， Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
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