試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定するための組成物、方法およびキット
【課題】Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに特異的な高感度アッセイのための臨床的な必要性に対する解決策を提供すること。
【解決手段】試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのハイブリダイゼーションアッセイプローブであって、プローブは第一標的結合領域を有する第一オリゴヌクレオチドを含み、第一標的結合領域の塩基配列は、特定の塩基配列の核酸を含んでおり、第一標的結合領域は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができ、プローブは、条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができない。
【解決手段】試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのハイブリダイゼーションアッセイプローブであって、プローブは第一標的結合領域を有する第一オリゴヌクレオチドを含み、第一標的結合領域の塩基配列は、特定の塩基配列の核酸を含んでおり、第一標的結合領域は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができ、プローブは、条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができない。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのハイブリダイゼーションアッセイプローブであって、該プローブは第一標的結合領域を有する第一オリゴヌクレオチドを含み、ここで、該第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７および配列番号８からなる郡から選択される塩基配列からなるか、または、これらの中に含まれており、
ここで、該第一標的結合領域は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができ、
ここで、該プローブは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができず、そして、
ここで、該プローブは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍから由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第一標的結合領域と重復する別の塩基配列領域も、該第一標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
ハイブリダイゼーションアッセイプローブ。
【請求項２】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７または配列番号８の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項３】
請求項１に記載のプローブであって、ここで前記第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列を含む、
プローブ。
【請求項４】
請求項３に記載のプローブであって、ここで、前記第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項５】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７または配列番号８の塩基配列からなるか、あるいは、これらの中に含まれる、
プローブ。
【請求項６】
請求項５に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７または配列番号８の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項７】
請求項５に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列を含む、
プローブ。
【請求項８】
請求項７に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項９】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記プローブが、前記第一標的結合領域に加えて少なくとも一つの塩基配列領域を含む、
プローブ。
【請求項１０】
請求項９に記載のプローブであって、ここで、前記プローブが、前記条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸にハイブリダイズされない場合、該プローブは互いにハイブリダイズする一対の塩基配列領域を含む、
プローブ。
【請求項１１】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記第一標的結合領域は、リボフラノシル部分に対する２’−Ｏ−メチル置換を含むように改変された、少なくとも一つのリボヌクレオチドを含む、
プローブ。
【請求項１２】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、偽ペプチド骨格が、前記第一標的結合領域の塩基の少なくとも一部分と結合する、
プローブ。
【請求項１３】
検出可能な標識をさらに含む、請求項１に記載のプローブ。
【請求項１４】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記条件は、５０ｍＭ コハク酸、１％（ｗ／ｖ）ＬＬＳ、７．５ｍＭ アルドリチオール（ａｌｄｒｉｔｈｉｏｌ）−２、０．６Ｍ ＬｉＣｌ、５０ｍＭ ＬｉＯＨ、１０ｍＭ ＥＤＴＡ、１．５％（ｖ／ｖ）エチルアルコール（無水）、５．０と６．０との間のｐＨ、そして、約６０℃の温度を含む、プローブ。
【請求項１５】
前記条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸にハイブリダイズされた請求項１に記載のプローブを含む、組成物。
【請求項１６】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍが試験サンプル中に存在するか否かを決定するための方法であって、該方法は以下の工程：
ａ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項１に記載のプローブと試験サンプルとを接触させる工程であって、その結果、該プローブは、該試験サンプル中に存在するＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成し、かつ該試験サンプル中に存在するＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸とは検出可能なハイブリッドを形成しない、工程；および
ｂ）該ハイブリッドが、該試験サンプル中に存在するか否かを、該試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在または非存在の指標として決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１７】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍが、試験サンプル中に存在するか否かを決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５および配列番号３６からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含む第２オリゴヌクレオチドと該試験サンプルとを接触させる工程であって、ここで、該オリゴヌクレオチドは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、工程；
ｂ）Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸中に存在する標的配列を増幅するために十分な条件に対し、該試験サンプルを暴露する工程；および
ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項１に記載のプローブを該試験サンプルに提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の方法であって、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成できる捕捉プローブを前記試験サンプルに提供する工程をさらに包含する、
方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、ここで、前記捕捉プローブは、第３標的結合領域を含み、ここで、該第３標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該捕捉プローブは、前記ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第３標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第３標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
方法。
【請求項２０】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍが、試験サンプル中に存在するか否かを決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドと該試験サンプルとを接触させる工程であって、ここで：
該第２オリゴヌクレオチドは、４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含み；そして
該第３オリゴヌクレオチドは、４０塩基長までであり、そして、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択された塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第３標的結合領域を含み、ここで、該第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、工程；
ｂ）Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸中に存在する標的配列を増幅するために十分な条件に対し、該試験サンプルを暴露する工程；および
ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項１に記載のプローブを該試験サンプルに提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の方法であって、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成できる捕捉プローブを前記試験サンプルに提供する工程をさらに包含する、
方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、ここで、前記捕捉プローブは、第４標的結合領域を含み、ここで、該第４標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択された塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該捕捉プローブは、前記ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第４標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第４標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
方法。
【請求項２３】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載のプローブ；および
４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含む第２オリゴヌクレオチドであって、ここで、該第２オリゴヌクレオチドは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、第２オリゴヌクレオチド、
をパッケージされた組み合せの中に含む、キット。
【請求項２４】
第３オリゴヌクレオチドをさらに含む請求項２３に記載のキットであって、該第３オリゴヌクレオチドは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択された塩基配列に対し、少なくとも８５％相同である塩基配列を有する第３標的結合領域を含み、ここで、該第３オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第３オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第３標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第３標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
キット。
【請求項２５】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載のプローブ；および
４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含む、第２オリゴヌクレオチド；および
４０塩基長までであり、そして、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第３標的結合領域を含む第３オリゴヌクレオチドであって、ここで、該第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、第３オリゴヌクレオチド、
をパッケージされた組み合せの中に含む、キット。
【請求項２６】
第４オリゴヌクレオチドをさらに含む請求項２５に記載のキットであって、該第４オリゴヌクレオチドは、第４標的結合領域を含み、ここで、該第４標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該第４標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第４オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第４オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第４標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第４標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
キット。
【請求項２７】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載のプローブ；および
第２オリゴヌクレオチドであって、該第２オリゴヌクレオチドは第２標的結合領域を含み、ここで、該第２標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該第２標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第２オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第２標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第２標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、第２オリゴヌクレオチド、
をパッケージされた組み合せの中に含む、キット。
【請求項１】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのハイブリダイゼーションアッセイプローブであって、該プローブは第一標的結合領域を有する第一オリゴヌクレオチドを含み、ここで、該第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７および配列番号８からなる郡から選択される塩基配列からなるか、または、これらの中に含まれており、
ここで、該第一標的結合領域は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができ、
ここで、該プローブは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成することができず、そして、
ここで、該プローブは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍから由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第一標的結合領域と重復する別の塩基配列領域も、該第一標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
ハイブリダイゼーションアッセイプローブ。
【請求項２】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７または配列番号８の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項３】
請求項１に記載のプローブであって、ここで前記第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列を含む、
プローブ。
【請求項４】
請求項３に記載のプローブであって、ここで、前記第一標的結合領域の塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項５】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７または配列番号８の塩基配列からなるか、あるいは、これらの中に含まれる、
プローブ。
【請求項６】
請求項５に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号５、配列番号６、配列番号７または配列番号８の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項７】
請求項５に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列を含む、
プローブ。
【請求項８】
請求項７に記載のプローブであって、ここで、前記プローブの塩基配列は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の塩基配列からなる、
プローブ。
【請求項９】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記プローブが、前記第一標的結合領域に加えて少なくとも一つの塩基配列領域を含む、
プローブ。
【請求項１０】
請求項９に記載のプローブであって、ここで、前記プローブが、前記条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸にハイブリダイズされない場合、該プローブは互いにハイブリダイズする一対の塩基配列領域を含む、
プローブ。
【請求項１１】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記第一標的結合領域は、リボフラノシル部分に対する２’−Ｏ−メチル置換を含むように改変された、少なくとも一つのリボヌクレオチドを含む、
プローブ。
【請求項１２】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、偽ペプチド骨格が、前記第一標的結合領域の塩基の少なくとも一部分と結合する、
プローブ。
【請求項１３】
検出可能な標識をさらに含む、請求項１に記載のプローブ。
【請求項１４】
請求項１に記載のプローブであって、ここで、前記条件は、５０ｍＭ コハク酸、１％（ｗ／ｖ）ＬＬＳ、７．５ｍＭ アルドリチオール（ａｌｄｒｉｔｈｉｏｌ）−２、０．６Ｍ ＬｉＣｌ、５０ｍＭ ＬｉＯＨ、１０ｍＭ ＥＤＴＡ、１．５％（ｖ／ｖ）エチルアルコール（無水）、５．０と６．０との間のｐＨ、そして、約６０℃の温度を含む、プローブ。
【請求項１５】
前記条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸にハイブリダイズされた請求項１に記載のプローブを含む、組成物。
【請求項１６】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍが試験サンプル中に存在するか否かを決定するための方法であって、該方法は以下の工程：
ａ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項１に記載のプローブと試験サンプルとを接触させる工程であって、その結果、該プローブは、該試験サンプル中に存在するＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成し、かつ該試験サンプル中に存在するＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸とは検出可能なハイブリッドを形成しない、工程；および
ｂ）該ハイブリッドが、該試験サンプル中に存在するか否かを、該試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在または非存在の指標として決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１７】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍが、試験サンプル中に存在するか否かを決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５および配列番号３６からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含む第２オリゴヌクレオチドと該試験サンプルとを接触させる工程であって、ここで、該オリゴヌクレオチドは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、工程；
ｂ）Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸中に存在する標的配列を増幅するために十分な条件に対し、該試験サンプルを暴露する工程；および
ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項１に記載のプローブを該試験サンプルに提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の方法であって、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成できる捕捉プローブを前記試験サンプルに提供する工程をさらに包含する、
方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、ここで、前記捕捉プローブは、第３標的結合領域を含み、ここで、該第３標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該捕捉プローブは、前記ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第３標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第３標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
方法。
【請求項２０】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍが、試験サンプル中に存在するか否かを決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドと該試験サンプルとを接触させる工程であって、ここで：
該第２オリゴヌクレオチドは、４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含み；そして
該第３オリゴヌクレオチドは、４０塩基長までであり、そして、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択された塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第３標的結合領域を含み、ここで、該第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、工程；
ｂ）Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸中に存在する標的配列を増幅するために十分な条件に対し、該試験サンプルを暴露する工程；および
ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項１に記載のプローブを該試験サンプルに提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の方法であって、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成できる捕捉プローブを前記試験サンプルに提供する工程をさらに包含する、
方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、ここで、前記捕捉プローブは、第４標的結合領域を含み、ここで、該第４標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択された塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該捕捉プローブは、前記ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第４標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第４標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
方法。
【請求項２３】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載のプローブ；および
４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含む第２オリゴヌクレオチドであって、ここで、該第２オリゴヌクレオチドは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、第２オリゴヌクレオチド、
をパッケージされた組み合せの中に含む、キット。
【請求項２４】
第３オリゴヌクレオチドをさらに含む請求項２３に記載のキットであって、該第３オリゴヌクレオチドは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択された塩基配列に対し、少なくとも８５％相同である塩基配列を有する第３標的結合領域を含み、ここで、該第３オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第３オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第３標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第３標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
キット。
【請求項２５】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載のプローブ；および
４０塩基長までであり、そして、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第２標的結合領域を含む、第２オリゴヌクレオチド；および
４０塩基長までであり、そして、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８０％相同である塩基配列を有する第３標的結合領域を含む第３オリゴヌクレオチドであって、ここで、該第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、必要に応じて、ＲＮＡポリメラ−ゼによって認識されるかまたはＲＮＡポリメラ−ゼによる開始もしくは伸長を高める５’配列を含む、第３オリゴヌクレオチド、
をパッケージされた組み合せの中に含む、キット。
【請求項２６】
第４オリゴヌクレオチドをさらに含む請求項２５に記載のキットであって、該第４オリゴヌクレオチドは、第４標的結合領域を含み、ここで、該第４標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該第４標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第４オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第４オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第４標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第４標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
キット。
【請求項２７】
試験サンプル中でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍの存在を決定する際に使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載のプローブ；および
第２オリゴヌクレオチドであって、該第２オリゴヌクレオチドは第２標的結合領域を含み、ここで、該第２標的結合領域の塩基配列は、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対し、少なくとも８５％相同であり、ここで、該第２標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができ、そして、ここで、該第２オリゴヌクレオチドは、該条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成することができる該第２標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も該第２標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、第２オリゴヌクレオチド、
をパッケージされた組み合せの中に含む、キット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【公開番号】特開２００６−８７４３８（Ｐ２００６−８７４３８Ａ）
【公開日】平成１８年４月６日（２００６．４．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００５−３１２０４６（Ｐ２００５−３１２０４６）
【出願日】平成１７年１０月２６日（２００５．１０．２６）
【分割の表示】特願２００３−５４２８９５（Ｐ２００３−５４２８９５）の分割
【原出願日】平成１４年１０月３１日（２００２．１０．３１）
【出願人】（５００５０６５３０）ジェン−プロウブ インコーポレイテッド (58)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１８年４月６日（２００６．４．６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年１０月２６日（２００５．１０．２６）
【分割の表示】特願２００３−５４２８９５（Ｐ２００３−５４２８９５）の分割
【原出願日】平成１４年１０月３１日（２００２．１０．３１）
【出願人】（５００５０６５３０）ジェン−プロウブ インコーポレイテッド (58)
【Ｆターム（参考）】
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