【課題】赤かび病抵抗性イネ科植物の判定キット、および赤かび病抵抗性イネ科植物の判定方法を提供する。
【解決手段】Russia６とH.E.S.４の交配から育成したＲＩ系統（ＲＨＩ集団）、Harbin 2-rowとTurkey 6の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ２集団）、およびはるな二条とＨ６０２の交配から育成したＤＨ系統（ＤＨＨＳ集団）を材料として、赤かび病抵抗性に関するＱＴＬ解析を行なった結果、２Ｈ、４Ｈ、５Ｈおよび６Ｈ染色体上に、ＱＴＬをそれぞれ検出した。さらに当該ＱＴＬに連鎖する遺伝マーカーを見出した。本発明は上記遺伝マーカーを増幅するためのプライマーセットを含む赤かび病抵抗性イネ科植物の判定キット、および当該プライマーセットを用いた赤かび病抵抗性イネ科植物の判定方法である。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明はムギ類をはじめとするイネ科植物、特にオオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、かつ赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座、赤かび病抵抗性を付与する遺伝子）に連鎖する遺伝マーカー、およびその利用に関するものである。より具体的には上記遺伝マーカーを増幅するためのプライマーセットを含む赤かび病抵抗性イネ科植物の判定キット、および当該プライマーセットを用いた赤かび病抵抗性イネ科植物の判定方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
オオムギの赤かび病は、オオムギの品質、収穫量を低下させるのみならず、人体にも有害なデオキシニバレノールなどのカビ毒を生じさせる重大な病害であることが知られている。現在、世界中でその感染が増加しているため、赤かび病抵抗性品種の育成が強く望まれている。
【０００３】
オオムギの赤かび病は、Fusarium graminearum（フザリウム・グラミネアルム）, F.roseum（フザリウム・ロゼウム）, F.culmorum（フサリウム・クルモルム）等の一般的にみられる腐生菌が原因となって起こる病害である。当該病原菌は、不完全世代においてイネ科雑草、稲ワラ、麦ワラ、地中の有機物などに腐生的に寄生しているが、温度や日長などの条件が整うと子のう殻を形成する。かかる子のう殻が、水にぬれて膨張・裂開すると子のう胞子が飛散してオオムギ等のムギ類に感染する。ムギ類への感染は、開花期前後の比較的短い期間に起こり、罹病性穂に形成される分生子が第２の感染源となって感染をさらに広げる。また分生子は粘物質を有するため、雨露によって懸濁液となって拡散し、さらに感染を拡大する。オオムギの赤かび病の感染機構は、頴の中に残った葯の残骸や退化した組織を通じて最初の感染が起こり、菌糸が成長して殻粒に侵入するか、あるいは頴よりはみ出した葯を通じて侵入するなど、いずれにせよ葯がその感染に大きく関わっていることがわかっている。
【０００４】
また、オオムギの中には、赤かび病に対する抵抗性を有する品種が存在している。かかるオオムギの赤かび病抵抗性品種の抵抗性機構について研究がなされ、条性・穂長・出穂時期・穂軸節間長等の形質の関与が示唆されている（例えば、非特許文献１ないし５参照）。またオオムギには赤かび病に対する免疫的抵抗性は無いとされ、比較的少数の遺伝子がその抵抗性に関与する量的形質であることがいわれている（例えば非特許文献６参照）。
【０００５】
ところで、従来、農業作物の優良品種の育種は、目標形質を有する品種や野生種等を交配し、多数の個体を実際に栽培して目標形質を有する個体を選抜し、当該目標形質を遺伝的に固定化しなければならなかった。したがって広大な圃場や多大な人力、相当の年月が必要であった。例えば、赤かび病抵抗性を目標形質とした場合には、選抜対象集団を栽培し、各個体毎に赤かび病抵抗性を評価することにより、選抜すべき個体を特定しなければならなかった。また、目標形質が栽培環境因子に影響を受けやすい形質であれば、選抜個体が発現している目標形質が遺伝子の表現型であるか否かの判定が困難であった。
【０００６】
そこで、近年は育種期間の短縮、労働力および圃場面積の縮減、有用遺伝子の確実な選抜を図るため、遺伝マーカーを指標とした選抜による育種法が用いられるようになってきた。このような遺伝マーカーによる育種では、マーカーの遺伝子型により幼苗段階で選抜が可能となり、目標形質の有無の確認も容易となる。したがって、遺伝マーカーを利用すれば効率的な育種が実現可能である。そして、遺伝マーカーを利用した育種を実現するためには、目標形質に強く連鎖した遺伝マーカーの開発が必須となる。
【０００７】
ところで、農業上重要な形質の多くは、雑種後代で連続的な変異を示すものが多い。このような形質は、重さや長さなどの量的な尺度で測定されるので量的形質と呼ばれている。量的形質は一般に、単一主働遺伝子支配の形質ではなく、複数の遺伝子の作用によって決定されている場合が多い。作物の育種において改良対象とされる形質の多く、例えば収量や品質・食味等はこの量的形質であることが多い。
【０００８】
このような量的形質を司る遺伝子が染色体上に占める遺伝的な位置をＱＴＬ（Quantitative Trait Loci、量的形質遺伝子座）と称する。ＱＴＬを推定する方法として、ＱＴＬの近傍に存在する遺伝マーカーを利用するＱＴＬ解析が用いられる。１９８０年代後半に遺伝マーカーが登場すると、遺伝マーカー利用による詳細な連鎖地図作成が大きく進み、その地図に基づいて多くの生物でＱＴＬ解析が行われるようになった。
【０００９】
以上のように、目標形質に連鎖する遺伝マーカーの開発は、染色体全体をカバーできる詳細な連鎖地図に基づいた精度の高いＱＴＬ解析により可能となり、得られた遺伝マーカーを利用することにより、効率的な育種が実現できるといえる。
【００１０】
上記遺伝マーカーに関する技術としては、オオムギを例に挙げると、１）オオムギにアルミニウム耐性を付与する遺伝子に連鎖する遺伝マーカーとその利用に関する技術（特許文献１参照）や、２）オオムギ染色体由来の核酸マーカーをコムギの背景で検出するための新規なプライマーセット（特許文献２参照）とその利用に関する技術等が、本発明者らによって提案されている。
【非特許文献１】Steffen BJ. 1998. “Fusarium head blight of barley: epidemics, impact, and breeding for resistance.” NBAA Tech Quart 35: 177-184.
【非特許文献２】Stuchlakova E and Sip V. 1996. “Resistance of Czech and Slovak winter wheat varieties to Fusarium head blight.“ Genet a Slecht Praha (Genetics and plant Breeding ) 32:79-94.
【非特許文献３】部田 英雄、日浦 運治．１９６２.「赤かび病に対する抵抗性の品種間差異．オオムギの耐病性に関する研究 第１３報」農学研究 ４９：１７７−１８７
【非特許文献４】武田 和義、部田 英雄．１９８９.「オオムギにおける赤かび病検定法の開発と耐病性品種の検索」育種学雑誌 ３９
【非特許文献５】Zhu, H., L. Gilchrist, P. Hayes, A. Kleinhofs, D. Kudruna, Z. Liu, L. Porm, B. Steffenson, T. Toojinda, P. Vivar. 1999. “Does function follow form ? Principal QTLs for Fusarium head bright (FHB) resistance are coincident with QTLs for inflorescence trits and plant height in a doubled-haploide population of barley.”Theor Appl Genet 99: 1221-1232.
【非特許文献６】堀 真雄．１９８５．「コムギおよびオオムギ赤かび病の発生生態と防除法」農業および園芸 ６０：４３１−４３６
【特許文献１】特開２００２−２９１４７４号公報（２００２（平成１４）年１０月８日公開）
【特許文献２】特開２００３−１１１５９３号公報（２００３（平成１５）年４月１５日公開）
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
オオムギの赤かび病抵抗性品種の抵抗性機構について研究がなされているが、オオムギの赤かび病抵抗性に関与する遺伝子および抵抗性のメカニズムの詳細についてはいまだ明らかにされていない。
【００１２】
そこで本発明は上記課題に鑑みてなされたものであり、その目的は、オオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、かつ赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する遺伝マーカーを見いだすことによって、オオムギの赤かび病抵抗性に関与する遺伝子の単離、オオムギ赤かび病抵抗性のメカニズム解明、赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の育種、および赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の判定法等その利用方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
本発明者等は、上記課題を解決すべく、赤かび病に対する抵抗性が大きく異なるオオムギ品種Russia６（二条、抵抗性）とH.E.S.４（六条、罹病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統（以下、適宜「ＲＨＩ集団」という））を材料として、赤かび病抵抗性にかかわるＱＴＬ解析を行なった。
【００１４】
その結果、赤かび病抵抗性に関するＱＴＬを２Ｈ染色体上に２つ、５Ｈ染色体上に１つ検出した。ただし２Ｈ染色体で検出されたＱＴＬのうち１つは、公知の条性遺伝子（ｖｒｓ１）の位置と一致したことより、ｖｒｓ１遺伝子の多面発現の可能性が示唆された。よってそれ以外の赤かび病抵抗性に関するＱＴＬに着目して解析を進め、これらＱＴＬにそれぞれ連鎖する遺伝マーカー（ＤＮＡマーカー等）を見いだした。
【００１５】
また本発明者らは、上記ＲＨＩ集団、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（以下、「ＲＩ２集団」という）、およびはるな二条（抵抗性）とＨ６０２（罹病性）の交配から育成した倍加半数体系統（以下、倍加半数対系統の略称を「ＤＨ」、当該系統を「ＤＨＨＳ集団」という）を材料として、赤かび病抵抗性にかかわるＱＴＬ解析をさらに行なった。
【００１６】
その結果、新たにＲＨＩ集団では２Ｈおよび４Ｈ染色体に、ＲＩ２集団では２Ｈ、４Ｈおよび６Ｈ染色体に、ＤＨＨＳ集団では２Ｈ、４Ｈおよび５Ｈ染色体に、それぞれ１つずつのＱＴＬを検出した。また当該ＱＴＬに連鎖する遺伝マーカーを見出した。本発明は上記検討に基づき完成されたものである。すなわち本発明は以下の発明を包含する。
【００１７】
赤かび病抵抗性イネ科植物を判定するために用いられる赤かび病抵抗性イネ科植物の判定キットであって、以下に示される第十五および十六プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上が含まれることを特徴とする当該判定キット：
配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセット；
配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセット。
【００１８】
また上記判定キットは、以下に示される第一〜十三および十七〜十八プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上がさらに含まれていてもよい：
配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセット；
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセット；
配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセット；
配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセット；
配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセット；
配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセット；
配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセット；
配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセット；
配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセット；
配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセット；
配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセット；
配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセット；および
配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセット。
【００１９】
また本発明にかかる赤かび病抵抗性イネ科植物の判定方法は、イネ科植物のゲノムＤＮＡを鋳型とし、以下に示される第十五および十六プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上のプライマーセットを用いて増幅される増幅断片の多型を検出する工程を含むことを特徴とする赤かび病抵抗性イネ科植物の判定方法である：
配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセット；
配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセット。
【００２０】
また上記判定方法は以下に示される第一〜十三および十七〜十八プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上をさらに用いることを特徴とする方法であってもよい：
配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセット；
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセット；
配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセット；
配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセット；
配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセット；
配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセット；
配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセット；
配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセット；
配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセット；
配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセット；
配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセット；
配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセット；および
配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセット。
【００２１】
また本発明には、以下の発明も含まれる。すなわち本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、イネ科植物のゲノムＤＮＡ中に存在し、赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカーであって、上記赤かび病抵抗性因子から０ないし１０センチモルガンの範囲内の距離に位置することを特徴としている。
【００２２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記イネ科植物がムギ類であってもよい。
【００２３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記ムギ類がオオムギであってもよい。
【００２４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記ゲノムＤＮＡが２Ｈ染色体であることを特徴とするものであってもよい。
【００２５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００２６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、上記赤かび病抵抗性因子から約０センチモルガンの距離に位置するものであってもよい。
【００２７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００２８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、上記赤かび病抵抗性因子から約０．６センチモルガンの距離に位置するものであってもよい。
【００２９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号８に示される塩基配列、または配列番号９に示される塩基配列を有するものであってもよい。
【００３０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００３１】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００３２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００３３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記ゲノムＤＮＡが５Ｈ染色体であることを特徴とするものであってもよい。
【００３４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００３５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、上記赤かび病抵抗性因子から約９センチモルガンの距離に位置するものであってもよい。
【００３６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号１０に示される塩基配列、または配列番号１１に示される塩基配列を有するものであってもよい。
【００３７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００３８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、上記赤かび病抵抗性因子から約９センチモルガンの距離に位置するものであってもよい。
【００３９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号１２に示される塩基配列、または配列番号１３に示される塩基配列を有するものであってもよい。
【００４０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、イネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号１６および１７に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号１４および１５に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号１９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号１８に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００４１】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、上記赤かび病抵抗性因子から約２．２センチモルガンの距離に位置するものであってもよい。
【００４２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００４３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００４４】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記ゲノムＤＮＡが４Ｈ染色体であることを特徴とするものであってもよい。
【００４５】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、イネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号１６および１７に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号１４および１５に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号１９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号１８に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とするものであってもよい。
【００４６】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、イネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号１６および１７に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号１４および１５に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号１９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号１８に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００４７】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、イネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号１６および１７に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号１４および１５に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号１９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号１８に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とするものであってもよい。
【００４８】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００４９】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００５０】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００５１】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記ゲノムＤＮＡが６Ｈ染色体であることを特徴とするものであってもよい。
【００５２】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、イネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、配列番号１６および１７に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びに配列番号１４および１５に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片を配列番号１９に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよび配列番号１８に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片を配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００５３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、上記課題を解決するために、上記構成に加え、配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いて増幅されるものであってもよい。
【００５４】
上記本発明にかかる遺伝マーカーは、イネ科植物、特にムギ類（オオムギ）のゲノムＤＮＡ中に存在し、かつ赤かび病抵抗性因子（例えば、赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖している。つまり当該遺伝マーカーと赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座間で分離して組み換えが起こる確率は低い。それゆえ上記遺伝マーカーを用いることによって、赤かび病抵抗性因子（例えば赤かび病抵抗性に関与する遺伝子）を含むＤＮＡ断片の取得、赤かび病抵抗性の有無の判定、赤かび病抵抗性イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類）の判定等を行なうことが可能となる。
【００５５】
一方、本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法は、上記いずれかの本発明にかかる遺伝マーカーを用いて目的のＤＮＡ断片を単離する工程を含んでいる。上記遺伝マーカーは、赤かび病抵抗性因子（例えば、赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖しているため、上記ＤＮＡを目標にクローニングを行なえば、目的とするＤＮＡ断片を容易に単離することが可能となる。
【００５６】
一方、本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の生産方法は、上記本発明にかかるＤＮＡ断片の単離方法により得られた上記赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を、植物のゲノムＤＮＡに導入する工程を含むことを特徴としている。
【００５７】
また、本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の生産方法は、上記植物がイネ科植物であってもよい。
【００５８】
また、本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の生産方法は、上記イネ科植物がムギ類であってもよい。
【００５９】
また、本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の生産方法は、上記ムギ類がオオムギであってもよい。
【００６０】
上記いずれかの赤かび病抵抗性植物の生産方法は、上記赤かび病抵抗性因子（例えば、赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））のゲノムＤＮＡ中に導入する工程を含んでいる。赤かび病抵抗性因子（例えば、赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片は、赤かび病に対する抵抗性を付与する特性を有するため、赤かび病に対して罹病性の植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））に抵抗性を付与、または抵抗性を増強することが可能となる。
【００６１】
一方、本発明にかかる赤かび病抵抗性植物は、上記いずれかの本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の生産方法によって得られた赤かび病抵抗性植物である。
【００６２】
上記本発明にかかる赤かび病抵抗性植物は、上記赤かび病抵抗性植物の生産方法によって得られた植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））である。それゆえ赤かびによる病害を防止することができ、該植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））の収穫量の向上、品質の向上等を図ることができる。
【００６３】
一方、本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の判定方法は、上記いずれかの本発明にかかる遺伝マーカーを検出する工程を含むことを特徴としている。
【００６４】
上記本発明にかかる遺伝マーカーは、赤かび病抵抗性因子（例えば、赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖しているものであり、当該遺伝マーカーを検出することによって、試験対象植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））が赤かび病抵抗性植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））か否かを容易かつ高確率で判定することができる。また上記判定方法は、幼苗段階で判断できるため労力をかけることなく、迅速な判定を行なうことができる。
【００６５】
一方、本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の判定キットは、上記赤かび病抵抗性植物の判定方法を行なうために用いられるものである。
【００６６】
上記赤かび病抵抗性植物の判定方法を行なうために必要な試薬、酵素類をキット化することによって、赤かび病抵抗性植物の判定キットを構成することが可能である。よって、当該赤かび病抵抗性植物の判定キットによれば、より簡便に赤かび病抵抗性植物を判定（判別）することできるという効果を奏する。
【００６７】
一方、本発明にかかる遺伝子検出器具は、上記の本発明にかかる遺伝マーカーのうち、少なくとも一つ以上が、固定されていることを特徴としている。
【００６８】
上記本発明にかかる遺伝子検出器具に対して、試験対象の植物から調製したプローブを反応させ、その時に発するシグナルを検出することで、複数の本発明にかかる遺伝マーカーを容易かつ同時に検出することが可能である。したがって当該遺伝子検出器具は、本発明にかかる遺伝マーカーの多型を検出する手段として用いることができ、例えば赤かび病抵抗性植物（例えば、イネ科植物）の判定を容易に行なうことができるという効果を奏する。
【００６９】
一方、本発明にかかるプライマー群は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを検出するために用いられるプライマー群であって、配列番号１〜７及び配列番号２０〜４７のいずれかに示される塩基配列を有するプライマーのうち、少なくとも２つ以上のプライマーを包含することを特徴としている。
【００７０】
上記本発明にかかるプライマーセットによれば、上記本発明にかかる遺伝マーカーをＰＣＲ等の増幅反応によって増幅することが可能となる。それゆえ、本発明にかかる遺伝マーカーの多型を検出することにより、例えば赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定を容易に行なうことができるという効果を奏する。
【発明の効果】
【００７１】
本発明にかかる赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカーおよびその利用によれば、赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を単離することができる。それゆえ当該ＤＮＡ断片を用いることによってオオムギの赤かび病抵抗性に関与する遺伝子、および赤かび病抵抗性のメカニズム等の解明を行なうことが可能となるという効果を奏する。
【００７２】
また本発明によれば、赤かび病抵抗性を有する植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））または赤かび病抵抗性がさらに増強された植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））を生産することができる。それゆえ食用作物として重要なオオムギ等の赤かび病によるオオムギの収穫量の低下、および品質低下等の被害を減少させることが可能となるという効果を奏する。
【００７３】
また本発明にかかる遺伝マーカーは、赤かび病抵抗性因子に連鎖するため、当該遺伝マーカーを指標として赤かび病抵抗性イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類）の育種を可能とする。したがって、赤かび病抵抗性イネ科植物の効率的な育種が実現できるという効果を奏する。より具体的には、幼苗段階で目的個体を選抜できるため、実際に植物個体の赤かび病抵抗性を評価した後に目的の個体を選抜する必要がなくなり、育種期間を短縮できるという効果を奏する。また、複数の遺伝子座を同時に選抜できるために、観察によって選抜するよりも、確実に目的とする遺伝子型を得ることができる。さらに、労働力および圃場面積を縮減できるという効果を奏する。
【００７４】
さらに、本発明にかかる遺伝マーカーを指標として選抜育種を行なえば、栽培環境因子による表現型への影響を排除することが可能となる。したがって、有用遺伝子（遺伝子座）の確実な選抜ができるという効果を奏する。
【００７５】
本発明のさらに他の目的、特徴、および優れた点は、以下に示す記載によって十分わかるであろう。また、本発明の利益は、次の説明で明白になるであろう。
【発明を実施するための最良の形態】
【００７６】
〔実施の形態１〕
本発明の一実施形態について図１ないし図７に基づいて説明すると以下の通りであるが、本発明はこれに限定されるものではない。
【００７７】
本発明は、赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカー（例えば、ＤＮＡマーカー）およびその利用の一例に関するものである。以下それぞれについて説明を加える。
【００７８】
〔１．本発明にかかる遺伝マーカー〕
本発明にかかる遺伝マーカーは、イネ科植物（ムギ類（例えばオオムギ））のゲノムＤＮＡ中に存在し、赤かび病抵抗性因子に連鎖している。
【００７９】
なお本発明においてムギ類とは、例えばオオムギ、コムギ、ライムギ、ライコムギ等を意味する。
【００８０】
＜１−１．赤かび病および赤かび病抵抗性因子＞
「赤かび病」とは、前述のとおりフザリウム属菌類がムギ類に感染して起こる病害である。該赤かび病は、登熟不良・減収を引き起こすばかりでなく、カビ毒（例えば、デオキシニバレノール）を生産し、発病したムギを食用・飼料にすると中毒症状を起こすという重大な病害である。
【００８１】
オオムギには、かかる赤かび病に対して抵抗性を示す品種が存在している。赤かび病抵抗性の詳細なメカニズムは明らかにされていないが、これまでの研究によって、条性・穂長・出穂時期・穂軸節間長等の形質の関与が示唆されている。またオオムギには赤かび病に対する免疫的抵抗性は無いとされ、比較的少数の遺伝子がその抵抗性に関与する量的形質であることがいわれている。このようにオオムギのゲノムＤＮＡ中に存在し、赤かび病に対する抵抗性を付与する特性を有する遺伝子、または赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座のことを本発明において「赤かび病抵抗性因子」という。
【００８２】
赤かび病抵抗性因子の検索の手段としては、ＱＴＬ解析が好適である。上述したごとく、発明者等は該赤かび病抵抗性因子を検索するため、オオムギの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬ解析を行なっている。具体的には、以下のとおりである。材料としては、赤かび病に対する抵抗性が大きく異なるオオムギ品種Russia６（二条、抵抗性）とH.E.S.４（六条、罹病性）の交配から育種した組み換え近交系統（ＲＩ系統）を用いて行なっている。また赤かび病抵抗性の評価方法は、「切り穂検定法」（非特許文献４参照）を改変した０（抵抗性）〜１０（罹病性）のスコアで評価している。また解析のアルゴリズムには、simple interval mapping （ＳＩＭ）とcomposite interval mapping （ＣＩＭ）を用い、解析ソフトウエアにはそれぞれ、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬとＱＴＬ Ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒを用いて行なっている。
【００８３】
かかるＱＴＬ解析の結果、オオムギの２Ｈ染色体上に２つ、５Ｈ染色体上に１つの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬが検出されている。オオムギの２Ｈ染色体で検出されたＱＴＬのうち１つは、公知の条性遺伝子（ｖｒｓ１）の位置と一致したことより、ｖｒｓ１遺伝子の多面発現の可能性が示唆されている。この結果は、これまでの赤かび病抵抗性に対する条性の関与を支持するする結果である。しかし上記ｖｒｓ１遺伝子が存在するＱＴＬ以外の遺伝子座に存在するであろう赤かび病抵抗性因子については未知であり、条性遺伝子以外の赤かび病抵抗性因子が存在しているものと考えられる。ここで特にオオムギの２Ｈ染色体上に存在しｖｒｓ１遺伝子の位置とは異なる遺伝子座に存在する赤かび病抵抗性因子を「２Ｈ―２因子」と命名し、オオムギの５Ｈ染色体上に座乗するそれを「５Ｈ―１因子」と命名する。なお、オオムギの２Ｈ染色体上に存在しｖｒｓ１遺伝子の位置と一致した赤かび病抵抗性因子を便宜上「２Ｈ−１因子」と称する。
【００８４】
＜１−２．遺伝マーカー＞
発明者等が作成した高密度連鎖地図の情報を元に、上記赤かび病抵抗性因子２Ｈ―２因子、５Ｈ−１因子の遺伝子座の近傍に位置する遺伝マーカーを検索し、特に上記赤かび抵抗因子に強連鎖する遺伝マーカー、すなわち本発明にかかる遺伝マーカーを発見するに至った。また該遺伝マーカーのクローニングを行なってＳＴＳ化し、その情報からそれぞれの遺伝マーカーを増幅するためのプライマーを設計した。
【００８５】
より具体的には、２Ｈ−２因子に連鎖する遺伝マーカーとしてＭＭ３１４、ＦＭ６７７を発見した。
【００８６】
ＭＭ３１４は、ＡＧＡＧＡＴＣＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＧ（配列番号１）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＴＣＧＴＡＴＴＡＡＧＧＣＣＧＣＡＴＡＧＧ（配列番号２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、２Ｈ−２因子から約０センチモルガン（以下ｃＭと表示する）の距離に位置している、つまり２Ｈ−２因子にほぼオーバーラップする位置に座乗するものである。
【００８７】
またＦＭ６７７は、ＧＣＡＣＧＴＡＧＣＧＴＴＣＡＡＣＡＴＣＡ（配列番号３）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＡＣＴＴＴＴＣＣＣＡＡＣＣＣＴＴＴＣＣ（配列番号４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、２Ｈ−２因子から約０．６ｃＭの距離に座乗するものである。
【００８８】
また上記第二のプライマーセットを用いて増幅されるＦＭ６７７には、赤かび病に対して抵抗性型と罹病性型が存在し、それぞれの塩基配列は配列番号８および配列番号９に示されるものである。
【００８９】
一方、５Ｈ−１因子に連鎖する遺伝マーカーとしてＦＭ４２６、ＭＭ１０５７を発見した。
【００９０】
ＦＭ４２６は、ＣＣＧＴＧＴＧＴＣＧＴＣＴＡＧＧＴＣＡＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマーおよびＣＡＡＣＴＴＴＧＧＴＧＧＧＡＣＧＴＡＧＧ（配列番号６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット、またはＣＣＧＴＧＴＧＴＣＧＴＣＴＡＧＧＴＣＡＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマーおよびＧＴＴＴＴＣＧＣＣＡＴＣＡＣＴＣＴＴＣＣ（配列番号７）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、５Ｈ−１因子から約９ｃＭの距離に座乗するものである。
【００９１】
また上記第三のプライマーセットを用いて増幅されるＦＭ４２６には、赤かび病に対して抵抗性型と罹病性型が存在し、それぞれの塩基配列は配列番号１０および配列番号１１に示されるものである。
【００９２】
また上記第四のプライマーセットを用いて増幅されるＦＭ４２６には、赤かび病に対して抵抗性型と罹病性型が存在し、それぞれの塩基配列は配列番号１２および配列番号１３に示されるものである。
【００９３】
またＭＭ１０５７は、５Ｈ−１因子から約２．２ｃＭの距離に座乗するものである。
【００９４】
上記遺伝マーカーと赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子，５Ｈ−１因子）との位置関係を図１に示す。図１（ａ）には２Ｈ染色体上の遺伝マーカーおよび２Ｈ−２因子の位置関係を示し、図１（ｂ）には５Ｈ染色体上の遺伝マーカーおよび５Ｈ−１因子の位置関係を示している。なお、図中左側は染色体上の短腕（５’端）を示し、右側は長腕（３’端）を示す。また２Ｈ−２因子または５Ｈ−１因子の座から短腕側にある遺伝マーカーの位置をマイナス値で示し、長腕側にある遺伝マーカーの位置をプラス値で示す。
【００９５】
図１（ａ）によるとＭＭ３１４は２Ｈ−２因子とほぼオーバーラップする位置（約０ｃＭ）に座乗し、ＦＭ６７７は２Ｈ−２因子に対して長腕側に約０．６ｃＭの位置に座乗していることがわかる。一方、図１（ｂ）によるとＦＭ４２６は５Ｈ−１因子に対して短腕側に約９ｃＭの位置（約−９ｃＭ）に座乗し、ＭＭ１０５７は５Ｈ−１因子に対して長腕側に約２．２ｃＭの位置に座乗していることがわかる。
【００９６】
ここで、モルガン（Ｍ）について説明する。１モルガン（Ｍ）とは、減数分裂１回あたり平均１回の交叉を起こす染色体上の距離の単位である。例えば、２．２ｃＭは、赤かび病抵抗性因子と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の２２回乗換えが起こることを示している。すなわちこの時は、約２．２％の組み換え率であることを示している。
【００９７】
ところで、増幅に際して鋳型として用いられるゲノムＤＮＡは、オオムギの植物体より従来公知の方法で抽出可能である。具体的には、植物体からゲノムＤＮＡを抽出するための一般法（Murray,M.G. and W.F.Thompson(1980) Nucleic Acids Res.8:4321-4325. など参照）が好適な例として挙げられる。また、上記のゲノムＤＮＡは、根、茎、葉、生殖器官など、オオムギの植物体を構成するいずれの組織を用いても抽出可能である。また、場合によってはオオムギのカルスから抽出してもよい。なお、上記生殖器官には、花器官（雄性・雌性生殖器官を含む）や種子も含まれる。ゲノムＤＮＡの抽出は、例えば、オオムギの芽生え期の葉を用いて行われる。この理由としては、組織の摩砕が比較的容易であり、多糖類などの不純物の混合割合が比較的少なく、また、種子から短期間で育成可能である点が挙げられる。
【００９８】
またオオムギのゲノムＤＮＡを鋳型とし、上記プライマーの組み合わせを用いて増幅する方法は、従来公知のＤＮＡ増幅法を採用することができる。一般には、ＰＣＲ法（ポリメラ−ゼ連鎖反応法）や、その改変法が用いられる。ＰＣＲ法や、その改変法を用いる際の反応条件は特に限定されるものではなく、通常と同様の条件下で増幅することができる。
【００９９】
本発明にかかる遺伝マーカーを用いることによって、赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子）を含むＤＮＡ断片を単離することが可能となり、上記ＤＮＡ断片を用いることによって、オオムギの赤かび病抵抗性に関与する遺伝子、および赤かび病抵抗性のメカニズムの解明に利用が可能である。また上記ＤＮＡ断片を植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）のゲノムＤＮＡの導入することによって赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）を生産（育種）することが可能となる。
【０１００】
また上記遺伝マーカーは、赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子）に連鎖しているため、試験対象である植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）のゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、該植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が赤かび病抵抗性因子を有するか否かを判定することが可能となる。また同様に赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子）に連鎖しているため、試験対象である植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）のゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、該植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が、赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）であるか否かを判定することができる。また、上記遺伝マーカーを増幅することができるプライマーまたは、上記遺伝マーカーを固定したＤＮＡマイクロアレイをキット化すれば、植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の赤かび病抵抗性因子の有無判定キット、および赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の判定キットを提供することが可能となる。
【０１０１】
上述のごとく、本発明にかかる遺伝マーカーは、様々な用途に利用が可能であることは明らかである。上述した本発明にかかる遺伝マーカーの用途の一例については、後に詳細に説示する。
〔２．本発明にかかる遺伝マーカーの利用〕
＜２−１．本発明にかかる赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片の単離方法＞
上述のとおり本発明にかかる遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７）は、赤かび病抵抗性因子のうち２Ｈ−２因子に連鎖するものである。一方本発明にかかる遺伝マーカー（ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７）は、赤かび病抵抗性因子のうち５Ｈ−１因子に連鎖するものである。よって、ＭＭ３１４、ＦＭ６７７の遺伝マーカーを用いることによって２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片を単離することができ、ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７の遺伝マーカーを用いることによって５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片を単離することができる。
【０１０２】
本発明の遺伝マーカーを用いて赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を単離する方法としては特に限定されるものではないが、例えば次のような方法を挙げることができる。
【０１０３】
オオムギではゲノムＤＮＡのＢＡＣライブラリーが１種類作成されており、現在複数のＢＡＣライブラリーが開発中である。そこで、このようなＢＡＣライブラリーを用いて、従来公知のマップベースクローニングの手法にしたがって、赤かび病抵抗性因子と該因子に連鎖する本発明の遺伝マーカーとで当該マーカーを含むＢＡＣクローンを同定し、そこからＢＡＣのコンティグを作成して塩基配列を確定することにより、最終的に赤かび病抵抗性因子に到達することができる。
【０１０４】
なお、上記方法をはじめとする赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を単離する際には、目的とする赤かび病抵抗性因子に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを選択して用いることが好ましい。目的とする赤かび病抵抗性因子と遺伝マーカーの間で組み換えが起こる確率がより低くなり、より確実に該赤かび病抵抗性因子を単離することができるからである。例えば、２Ｈ−２因子をＭＭ３１４（２Ｈ−２因子からの距離：約０ｃＭ）、ＦＭ６７７（２Ｈ−２因子からの距離：約０．６ｃＭ）を用いて単離する場合は、ＭＭ３１４の方がＦＭ６７７より好適であるといえる。また５Ｈ−１因子をＦＭ４２６（５Ｈ−１因子からの距離：約９ｃＭ）、ＭＭ１０５７（５Ｈ−１因子からの距離：約２．２ｃＭ）を用いて単離する場合は、ＭＭ１０５７の方がＦＭ４２６より好適であるといえる。
【０１０５】
＜２−２．本発明にかかる赤かび病抵抗性植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））の生産方法、および該生産方法によって得られた赤かび病抵抗性植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））＞
上記本発明にかかる赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片の単離方法によって得られた赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を植物のゲノムＤＮＡに導入することによって、赤かび病抵抗性植物を生産することが可能である。また特にイネ科植物のゲノムＤＮＡに、上記ＤＮＡ断片を導入することによって、赤かび病抵抗性イネ科植物を生産することが可能である。さらにオオムギのゲノムＤＮＡに、上記ＤＮＡ断片を導入することによって、赤かび病抵抗性オオムギを生産することが可能である。
【０１０６】
より具体的には、公知の方法（例えばアグロバクテリウム法またはパーティクルガン法）を用いて植物（例えば、イネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））のゲノムＤＮＡに導入することによって赤かび病抵抗性植物を生産すればよい。これにより、赤かび病抵抗性品種が得られることとなる。例えば、雑誌The Plant Journal(1997) 11(6),1369-1376 には、Sonia Tingay等により、Agrobacterium tumefaciens を用いてオオムギを形質転換する方法が開示されており、この方法を利用して形質転換オオムギを生産可能である。
【０１０７】
またオオムギ以外に赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を導入する植物としては、特に限定されるものではないが、例えば、食用作物、果実や野菜、花・木その他の有効樹木を含む園芸作物、工芸作物、さらには飼肥料作物等が挙げられる。なお、上述した食用作物園芸作物、工芸作物、飼肥料作物にそれぞれ含まれる具体的な作物については、例えば、農学大辞典改訂第４版（養賢堂・１９９７年４月３０日発行）の目次８〜１６頁にも詳細に記載されている。赤かび病は、特にムギ類（オオムギ、コムギ、ライムギ、ライコムギ等）の植物で問題となっており、このような植物について本発明を適用することはさらに有効である。
【０１０８】
また、植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））に導入する赤かび病抵抗性因子は、２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片または５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片のうちいずれか一方単独であっても赤かび病抵抗性植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））を生産することは可能であるが、両者のＤＮＡ断片（２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片、５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片）が同一植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））のゲノムＤＮＡに導入されることによれば、さらに赤かび病に対する抵抗性をさらに向上させることができるため、より好ましい。
【０１０９】
また２Ｈ−２因子以外に２Ｈ染色体上に存在する赤かび病抵抗性因子２Ｈ−１因子（条性遺伝子ｖｒｓ１の遺伝子座と一致した赤かび病抵抗性因子）を、上記２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片または５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片をそれぞれ単独導入した植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）に導入しても赤かび病抵抗性が単独導入の場合に比して向上する。さらには、上記２Ｈ−１因子を、上記２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片および５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片とを両方を導入した植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）に導入しても赤かび病抵抗性が２つの赤かび病抵抗性因子を導入した場合に比べてさらに向上する。
【０１１０】
本発明者等は上記２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片または５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片のいずれかのＤＮＡ断片を単独で導入した場合のオオムギの赤かび病抵抗性に対する効果と、両者のＤＮＡ断片を導入した場合のそれ、並びに上記３つの赤かび病抵抗性因子を導入した場合のそれを解析ソフトウエア（ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬおよびＱＴＬ Ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒ）を用いて計算し比較している。以下表１にＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬを用いて解析した結果の一例を示す。
【０１１１】
【表１】

表１は、２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片または５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片のいずれかのＤＮＡ断片を単独で導入した場合のオオムギの赤かび病抵抗性を向上させる効果と、両者のＤＮＡ断片を導入した場合それを示している。さらに２Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片、または２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片、または５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片のいずれかのＤＮＡ断片を単独で導入した場合のオオムギの赤かび病抵抗性を向上させる効果と、上記３つのＤＮＡ断片を全て導入した場合それを示している。
【０１１２】
表１の結果より、上記２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片を単独で導入した場合のオオムギの赤かび病抵抗性を向上させる効果は１．８０７６であり、５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片のいずれかのＤＮＡ断片を単独で導入した場合のオオムギの赤かび病抵抗性を向上させる効果は，１．１７３３であるのに対して、両者のＤＮＡ断片を導入した場合は、２．７３３８と明らかな累積効果が見られるということがわかる。さらに２Ｈ−１因子を加えて３つの赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を導入することで顕著に赤かび病抵抗性が向上することがわかる（２Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片単独導入の場合１．３２３４、２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片単独導入の場合１．５３１９、５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片単独導入の場合１．６０８３、上記３因子を含むＤＮＡ断片の導入の場合３．６７５９）。なお、表１中の「赤かび病抵抗性を向上させる効果」の値が大きいほど当該効果が大きいということを示している。
【０１１３】
上記方法によって得られた本発明にかかる赤かび病抵抗性オオムギをはじめとする赤かび病抵抗性植物によれば、これまで赤かび病によって品質・収穫量の低下、赤かび病に感染した植物を食することによる人体・家畜への危害を効果的に回避することが可能となり、農業・畜産業等に極めて有効である。また食糧難の問題も改善することができる。
【０１１４】
なお上記「赤かび病抵抗性植物」、「赤かび病抵抗性イネ科植物」および「赤かび病抵抗性オオムギ」とは、赤かび病に対して全く抵抗性を有していなかった植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））に赤かび病の抵抗性を付与することによって生産された植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））、および元来赤かび病に抵抗性を有する植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））に赤かび病抵抗性をさらに増強させることによって生産された植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））を含む意味である。
【０１１５】
＜２−３.本発明にかかる赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカーの検出方法＞
上述のごとく本発明者等は赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカーを発見し、該遺伝マーカーの増幅用プライマーの設計を行なっている。
【０１１６】
具体的には、ＭＭ３１４は、ＡＧＡＧＡＴＣＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＧ（配列番号１）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＴＣＧＴＡＴＴＡＡＧＧＣＣＧＣＡＴＡＧＧ（配列番号２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーである。該遺伝マーカーは２Ｈ−２因子に連鎖している。
【０１１７】
またＦＭ６７７は、ＧＣＡＣＧＴＡＧＣＧＴＴＣＡＡＣＡＴＣＡ（配列番号３）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＡＣＴＴＴＴＣＣＣＡＡＣＣＣＴＴＴＣＣ（配列番号４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーである。該遺伝マーカーは２Ｈ−２因子に連鎖している。
【０１１８】
またＦＭ４２６は、ＣＣＧＴＧＴＧＴＣＧＴＣＴＡＧＧＴＣＡＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマーおよびＣＡＡＣＴＴＴＧＧＴＧＧＧＡＣＧＴＡＧＧ（配列番号６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット、またはＣＣＧＴＧＴＧＴＣＧＴＣＴＡＧＧＴＣＡＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマーおよびＧＴＴＴＴＣＧＣＣＡＴＣＡＣＴＣＴＴＣＣ（配列番号７）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーである。該遺伝マーカーは５Ｈ−１因子に連鎖している。
【０１１９】
よって上記第一プライマーセットないし第四プライマーセットのいずれかを用いて増幅反応を行なうことによって、赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子または５Ｈ−１因子）に連鎖する遺伝マーカーを検出することができる。特に第一プライマーセットを用いることによって２Ｈ−２因子に連鎖するＭＭ３１４を検出することができ、第二プライマーセットを用いることによって２Ｈ−２因子に連鎖するＦＭ６７７を検出することができる。また第三プライマーセットまたは第四プライマーセットを用いることによって５Ｈ−１因子に連鎖するＦＭ４２６を検出することができる。
【０１２０】
したがってプライマーセットは、上記４セットのうち少なくとも一組を用いることによって上記いずれかの遺伝マーカーを検出することが可能であるが、第一プライマーセットおよび／または第二プライマーセットを用い、かつ第三プライマーセットおよび／または第四プライマーセットを用いることによって、２Ｈ−２因子および５Ｈ−１因子を両者検出することができるためより好ましい。
【０１２１】
上記赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカーの検出を行なうことによって、以下に示す赤かび病抵抗性因子の有無の判定および赤かび病抵抗性植物の判定を行なうことができる。なお上記赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカーの検出の具体的方法は、「本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法」および「赤かび病抵抗性植物の判定方法」においてあわせて説明する。
【０１２２】
（２−３−１．本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法）
本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法（以下適宜「本抵抗性因子判定方法」と称する）は、上記本発明にかかる赤かび病抵抗性因子に連鎖する遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７、ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７）の検出方法において検出された遺伝マーカーのうち、少なくとも１つの遺伝マーカーについて多型を検出することによって行なう。かかる遺伝マーカーは赤かび病抵抗性因子に連鎖するため、試験対象である植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）のゲノムＤＮＡ中に赤かび病抵抗性型の遺伝マーカーが存在すれば、試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が赤かび病抵抗性因子を有するか否かを高確率で判定することができる。ここで、ＭＭ３１４またはＦＭ６７７の多型を検出することで２Ｈ−２因子の有無を判定することができ、ＦＭ４２６またはＭＭ１０５７の多型を検出することで５Ｈ−１因子を検出することができるということは言うまでもない。
【０１２３】
なお本抵抗性因子判定方法は、在来のオオムギについて行なってもよいし、薬剤等で変異処理をしたオオムギや交配によって育種されたオオムギ（植物）について行なってもよい。また上記２−２で説示した赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子）を含むＤＮＡ断片が導入されてなるオオムギおよび植物に適用することが可能である。よって本抵抗性因子判定方法は、幅広く植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）に適用することができる。
【０１２４】
ここで本抵抗性因子判定方法の判定の精度（確率）については、以下のとおりである。赤かび病抵抗性因子から２．２ｃＭの距離に位置する遺伝マーカーは、赤かび病抵抗性因子と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の２２回乗換えが起こる。すなわち約２．２％の確率で組み換えが起こる。よってこの遺伝マーカーうち赤かび病抵抗性型のものを検出すれば、９７．８％の確率で赤かび病抵抗性因子を有しているということがいえる。よって赤かび病抵抗性因子と遺伝マーカーとの距離が近いほど、高確率をもって赤かび病抵抗性因子の有無を判定することができるといえる。
【０１２５】
よって上記理由により、多型を検出する遺伝マーカーは、上記遺伝マーカーのいずれであっても赤かび病抵抗性因子の有無を判定することが可能であるが、各赤かび病抵抗性因子に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを検出することが好ましい。すなわち本抵抗性因子判定方法において２Ｈ−２因子を検出する場合は、ＭＭ３１４（２Ｈ−２因子からの距離：約０ｃＭ）の方がＦＭ６７７（２Ｈ−２因子からの距離：約０．６ｃＭ）より好適であるといえる。特にＭＭ３１４は２Ｈ−２因子にほぼ一致するため、該遺伝マーカーの多型を検出すればほぼ１００％の確率をもって判定することができる。また５Ｈ−１因子を検出する場合は、ＭＭ１０５７（５Ｈ−１因子からの距離：約２．２ｃＭ）のほうがＦＭ４２６（５Ｈ−１因子からの距離：約９ｃＭ）より好適であるといえる。
【０１２６】
また本検出方法においては、複数の遺伝マーカーの多型を検出してもよい。特に判定の精度（確率）を向上させるためには、赤かび病抵抗性因子を挟む関係にある遺伝マーカーを選択して多型を検出すればよい。ここで２Ｈ−２因子を挟む関係にある遺伝マーカーの組み合わせとしては、ＭＭ３１４とＦＭ６７７がある（図１（ａ）参照）。他方、５Ｈ−１因子を挟む関係にある遺伝マーカーの組み合わせとしては、ＦＭ４２６とＭＭ１０５７がある（図１（ｂ）参照）。
【０１２７】
ＦＭ４２６とＭＭ１０５７を例にして、該遺伝マーカーをそれぞれ単独で多型を検出した場合と、両方の多型を検出した場合とにおける本抵抗性因子判定方法の精度（確率）についてより具体的に説明する。ＦＭ４２６は、５Ｈ−１因子から短腕側に約９ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で検出したときの本判定方法の精度（確率）は、（１−９０÷１０００）×１００＝約９１％である。一方ＭＭ１０５７は、５Ｈ−１因子から長腕側に約２．２ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で多型を検出したときの本抵抗性因子判定方法の精度（確率）を同様に計算すると９７．８％である。当該２つの遺伝マーカーの多型を両方検出すると、（１−（９０÷１０００）×（２２÷１０００））×１００＝９９．８０２％となり高確率を持って５Ｈ−１の有無を判定することができる。よって、本抵抗性因子判定方法において上記赤かび病抵抗性因子を挟む関係にある遺伝マーカーを検出して判定することは好ましい。
【０１２８】
ここで本抵抗性因子判定方法において遺伝マーカーの検出には、従来公知のＤＮＡ増幅法を採用することができる。一般には、ＰＣＲ法（ポリメラ−ゼ連鎖反応法）や、その改変法が用いられる。ＰＣＲ法や、その改変法を用いる際の反応条件は特に限定されるものではなく、通常と同様の条件下で増幅することができる。上記増幅反応によって得られた遺伝マーカーが抵抗性型か罹病性型かを判断することにより試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が赤かび病抵抗性因子を有するか否かを判定することができるというものである。
【０１２９】
本発明にかかる遺伝マーカーは前述のとおり、以下のプライマーの組み合わせによって増幅することが可能である。
【０１３０】
ＭＭ３１４は、ＡＧＡＧＡＴＣＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＧ（配列番号１）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＴＣＧＴＡＴＴＡＡＧＧＣＣＧＣＡＴＡＧＧ（配列番号２）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いてゲノムＤＮＡを鋳型として増幅することができる。
【０１３１】
またＦＭ６７７は、ＧＣＡＣＧＴＡＧＣＧＴＴＣＡＡＣＡＴＣＡ（配列番号３）に示される塩基配列を有するプライマー、およびＡＡＣＴＴＴＴＣＣＣＡＡＣＣＣＴＴＴＣＣ（配列番号４）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いてゲノムＤＮＡを鋳型として増幅することができる。
【０１３２】
またＦＭ４２６は、ＣＣＧＴＧＴＧＴＣＧＴＣＴＡＧＧＴＣＡＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマーおよびＣＡＡＣＴＴＴＧＧＴＧＧＧＡＣＧＴＡＧＧ（配列番号６）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット、またはＣＣＧＴＧＴＧＴＣＧＴＣＴＡＧＧＴＣＡＡ（配列番号５）に示される塩基配列を有するプライマーおよびＧＴＴＴＴＣＧＣＣＡＴＣＡＣＴＣＴＴＣＣ（配列番号７）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅することができる。
【０１３３】
以下表２に上記プライマーの組み合わせを用いた増幅反応によって増幅されてくるＤＮＡ断片長（増幅断片サイズ）を示す。
【０１３４】
【表２】

上記プライマーの組み合わせによって増幅されてくるＤＮＡ断片には、赤かび病抵抗性オオムギ品種のRussia６、Harbin２等を鋳型とした場合に増幅されてくる抵抗性型のもの（多型）と、赤かび病罹病性オオムギ品種のH.E.S.４、Turkey６等を鋳型とした場合に増幅されてくる罹病性型）のもの（多型）が存在する。本抵抗性因子判定方法において抵抗性型の遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７、ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７）が検出されてくれば、試験対象植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））が赤かび病抵抗性因子を有すると判断することができる。一方罹病性型の遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７、ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７）が検出されてくれば、試験対象植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））が赤かび病抵抗性因子を有しないと判断することができる。
【０１３５】
ここでＭＭ３１４の場合のように両者間で増幅断片サイズに差が有るものについては、アガロースゲル電気泳動等を用いてその断片サイズを比較することにより、増幅されてきたＭ３１４が抵抗性型か罹病性型かを容易に判定することが可能である。つまり、＞５２４ｂｐの増幅断片が確認された場合は、抵抗性型のＭＭ３１４が増幅されてきたことがわかり、試験対象の植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））が赤かび病抵抗性因子を有すると判断することができる。一方、＞５８１ｂｐの増幅断片が確認された場合は、罹病性型のＭＭ３１４が増幅されてきたことがわかり、試験対象の植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））が赤かび病抵抗性因子を有しないと判断することが可能である。このことについては後述する実施例２においてさらに説明する。
【０１３６】
しかしＦＭ６７７、ＦＭ４２６については、表２から明らかなように増幅断片サイズに差が無いため、アガロースゲル電気泳動等では増幅された遺伝マーカーが抵抗性型か罹病性型かを容易に判断することが困難である。この場合は増幅断片についてシークエンスを行ない、その塩基配列情報から抵抗性型か罹病性型かを確認することによって判断すればよい。あるいは、遺伝マーカーの制限酵素サイト情報から増幅断片が抵抗性型か罹病性型かを判断してもよい。
【０１３７】
上記塩基配列情報および制限酵素サイト情報を利用して、増幅断片が抵抗性型か罹病性型かを判断する方法について、図２を用いて具体的に説明する。図２（ａ）には抵抗性型（Harbin２）のＦＭ６７７の全塩基配列（配列番号８）を示し、図２（ｂ）には罹病性型（Turkey６）のＦＭ６７７の全塩基配列（配列番号９）を示している。また図２(ｃ)には抵抗性型（Russia６）のＦＭ４２６の全塩基配列（配列番号１０）を示し、図２（ｄ）には罹病性型（H.E.S.４）のＦＭ４２６の全塩基配列（配列番号１１）を示している。図２（ａ）および（ｂ）中の下線部はセンスプライマー（配列番号３）設定部分を示しており、２重下線部はアンチセンスプライマー（配列番号４の相補配列）の設定部分を示している。一方、図２（ｃ）および（ｄ）の下線部はセンスプライマー（配列番号５）設定部分を示しており、２重下線部はアンチセンスプライマー（配列番号６の相補配列）設定部分を示しており、波下線部は同じくアンチセンスプライマー（配列番号７の相補配列）設定配列を示している。図２（ａ）〜（ｄ）における四角囲み文字で示した塩基は、抵抗性型と罹病性型間での塩基配列の異なる箇所を示している。よって増幅反応によって得られた増幅断片のシークエンスを行なえば、その増幅断片が抵抗性型のものか罹病性型のものかを判断できるということである。
【０１３８】
また図２（ｂ）中の破線部分は制限酵素ＡｌｕＩの認識配列を示し、図２（ｃ）中の破線部分は制限酵素ＨｈａＩの認識配列を示し、図２（ｄ）中の破線部分は制限酵素ＡｃｉＩの認識配列を示している。また図２（ｂ）の矢印で示す箇所は制限酵素ＡｌｕＩの切断箇所を示し、図２（ｃ）の矢印で示す箇所は制限酵素ＨｈａＩの切断箇所を示し、図２（ｄ）の矢印で示す箇所は制限酵素ＡｃｉＩの切断箇所を示している。よって、抵抗性型のＦＭ６７７にはＡｌｕＩサイトは無く、罹病性型のＦＭ６７７にはＡｌｕＩサイトが１つ存在するということがわかる。一方、抵抗性型のＦＭ４２６にはＨｈａＩサイトが１つ存在し、罹病性型のＦＭ４２６にはＡｃｉＩサイトが１つ存在するということがわかる。
【０１３９】
これらの情報をもとにして、配列番号３および配列番号４に示す第二プライマーセットを用いた増幅反応、つまりＦＭ６７７を検出するために行なった増幅反応で得られた増幅断片についてＡｌｕＩで消化した際に、切断されずに２０８ｂｐの断片のみが検出されれば抵抗性型のＦＭ６７７であると判断でき、１箇所切断され１１８ｂｐと９０ｂｐの断片が検出されれば罹病性型のＦＭ６７７であると判断することができる。
【０１４０】
他方、配列番号５および配列番号６に示す第三プライマーセットを用いた増幅反応、つまりＦＭ４２６を検出するために行なった増幅反応で得られた増幅断片（３３５ｂｐ）についてＨｈａＩで消化した際に、一箇所切断され１９４ｂｐと１４１ｂｐの断片が検出されれば抵抗性型のＦＭ４２６であると判断でき、切断されずに３３５ｂｐの断片のみが検出されれば罹病性型のＦＭ４２６であると判断することができる。
【０１４１】
逆に同様の増幅反応で得られた増幅断片についてＡｃｉＩで消化した際に切断されずに３３５ｂｐの断片のみが検出されれば抵抗性型のＦＭ４２６であると判断でき、一箇所切断され１９６ｂｐと１３９ｂｐの断片が検出されれば罹病性型のＦＭ４２６であると判断することができる。
【０１４２】
また配列番号５および配列番号７に示す第四プライマーセットを用いた増幅反応を用いてもＦＭ４２６を検出することができる。この増幅反応で得られた増幅断片（２５４ｂｐ）についてＨｈａＩで消化した際に、一箇所切断され１９４ｂｐと６０ｂｐの断片が検出されれば抵抗性型のＦＭ４２６であると判断でき、切断されずに２５４ｂｐの断片のみが検出されれば罹病性型のＦＭ４２６であると判断することができる。
【０１４３】
逆に同様の増幅反応で得られた増幅断片についてＡｃｉＩで消化した際に切断されずに２５４ｂｐの断片のみが検出されれば抵抗性型のＦＭ４２６であると判断でき、一箇所切断され１９６ｂｐと５８ｂｐの断片が検出されれば罹病性型のＦＭ４２６であると判断することができる。
【０１４４】
上記事項については後述する実施例２においてより具体的に説明する。
【０１４５】
また、遺伝マーカーの多型を検出する方法として、ＡＦＬＰ（Amplified Fragment Length Polymorphisms）分析を用いることも可能である。以下に本発明にかかる遺伝マーカーＭＭ１０５７についてＡＦＬＰ分析を行なって、該遺伝マーカーの多型を検出することについて説明する。
【０１４６】
ＡＦＬＰ分析の手順は特に限定されるものではないが、例えば文献（Pieter Vos, Rene Hogers, Marjo Bleeker, Martin Reijans, Theo van de Lee, Miranda Hornes, Adrie Frijters, Jerina Pot, Johan Peleman, Martin Kuiper and Marc Zabeau. (1995) AFLP:a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Asids Research. 23:21:4407-4414.）の方法またはその改変法に従って行なえばよい。以下に発明者等が遺伝マーカーＭＭ１０５７についてＡＦＬＰ分析を行なった一例を示す。
【０１４７】
５０ｎｇのゲノムＤＮＡを各１.５ＵのＥｃｏＲＩ(タカラバイオ社製)およびＭｓｅＩ(NEW ENGLAND BioLabs社製)により、合計２５μｌの反応系において３７℃で１２時間ダブルダイジェストを行なった。制限酵素処理後のＤＮＡに５μＭ ＥｃｏＲＩアダプター（塩基配列は配列番号１４および配列番号１５に示す）と５０μＭ ＭｓｅＩアダプター（塩基配列は配列番号１６および配列番号１７に示す）を２５ＵのＴ４ ｌｉｇａｓｅ（タカラバイオ社製）によって３７℃、３時間ライゲーションを行なった。上記ライゲーション後のＤＮＡ断片をＥｃｏＲＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号１８に示す）とＭｓｅＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号１９に示す）を用いてプレアンプリフィケーションを行なった。０.０６ｎｇ／μｌプレアンプリフィケーションの反応溶液について、配列番号２０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号２１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応を行なった。なお上記配列番号２０に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号２１に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーとの組み合わせを、特に「第五プライマーセット」と称する。
【０１４８】
上記増幅反応によって得られたＤＮＡ断片について電気泳動を行った結果を図７に示す。図７中で「Ｒ」を付したレーンが赤かび病抵抗性オオムギ品種であるRussia６について上記ＡＦＬＰ分析を行なった結果を示す図であり、同図中「Ｈ」を付したレーンは、赤かび病罹病性オオムギ品種のH.E.S.４について上記ＡＦＬＰ分析を行なった結果を示す図である。その他のレーンについては、Russia６とH.E.S.４の交配から育種した組み換え近交系統（ＲＩ系統）について上記ＡＦＬＰ分析を行った結果を示している。
【０１４９】
図７のRussia６の結果とH.E.S.４の結果を比較すると、赤かび病抵抗性オオムギ品種のRussia６のみに約１０５７ｂｐ（同図中の矢印で示す）のＤＮＡ断片が確認された。つまり赤かび病抵抗性品種と赤かび病罹病性品種とで多型があるということである。この多型を示す遺伝マーカーをＭＭ１０５７と称する。よってＲＩ系統についてＡＦＬＰ分析を行なって約１０５７ｂｐのサイズのＤＮＡ断片が確認されれば、そのＲＩ系統は赤かび病抵抗抵抗性因子を有すると判断することができ、逆に該ＤＮＡ断片が確認されなければそのＲＩ系統は赤かび病抵抗性因子を有しないと判断することができる。なお、図７中でＭを付したレーンはＤＮＡサイズマーカーである。
【０１５０】
（２−３−２．本発明にかかる赤かび病抵抗性植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））の判定方法）
上記本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法（本抵抗性因子判定方法）と同様にして、試験対象の植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））が赤かび病抵抗性か否かを判断することができる。赤かび病抵抗性因子を有する植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））は赤かび病抵抗性を有することから、上記本抵抗性因子判定方法を行なうことによって、該植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））が、赤かび病抵抗性植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））であるか否かを判定することができるといえる。換言すれば、本抵抗性因子判定方法を用いて赤かび病抵抗性因子の有無を判定することによって赤かび病抵抗性植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））の判定方法（以下適宜「本判定方法」と称する）とすることができるということである。
【０１５１】
本判定方法は、赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の育種の際の有効なスクリーニング手段として利用することができる。例えば、上記２−２において説示した本発明にかかる赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の生産方法を行なった際に、赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片が導入された形質転換体植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）を多数の形質転換体候補から容易にスクリーニングすることができる。その他薬剤等の変異処理、交配などの育種処理を行なった植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）のスクリーニング手段としても利用可能である。
【０１５２】
また本別方法は、本判定方法の項において説明したように２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子の有無をそれぞれ別個に判断することができるため、２Ｈ−２因子を含むＤＮＡ断片または５Ｈ−１因子を含むＤＮＡ断片がそれぞれ単独で導入されている植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）であるか、両者が導入されている植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）であるかまで区別して赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）判定することができる。
【０１５３】
なお本判定方法の精度（確率）は、上記本抵抗性因子判定方法の項において説示したものと同様である。要するになるべく赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子）の近傍に位置する遺伝マーカーを検出することによって、試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）であるか否かをより高い精度（確率）をもって判定することができるということである。さらには、赤かび病抵抗性因子を挟む関係にある遺伝マーカーを選択して検出すれば、さらに高い精度（確率）をもって試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）であるか否かを判定することができるといえる。
【０１５４】
＜２−４．本発明にかかるプライマー群＞
本発明にかかるプライマー群は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを検出するために用いられるプライマー群であって、配列番号１〜７及び配列番号２０〜４７のいずれかに示される塩基配列を有するプライマーのうち、少なくとも２つ以上包含することを特徴としている。
【０１５５】
本発明にかかるプライマー群に含まれるプライマーの組み合わせは、特に限定されるものではないが、例えば、配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセット；配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセット；配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット；配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセット；配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセット；配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセット；配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセット；配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセット；配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセット；配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセット；配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセット；配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセット；配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセット；配列番号３８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセット；配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセット；配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセット；配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセット；および配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットのいずれかのプライマーセットが、少なくとも１セット以上含まれていることが好ましい。
【０１５６】
本発明にかかるプライマー群は、赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子等）に連鎖する遺伝マーカーを検出するために用いられるプライマー群である。
【０１５７】
上述のごとく、第一プライマーセットを用いることによって２Ｈ−２因子に連鎖するＭＭ３１４を増幅し検出することができ、第二プライマーセットを用いることによって２Ｈ−２因子に連鎖するＦＭ６７７を増幅し検出することができる。また第三プライマーセットまたは第四プライマーセットを用いることによって５Ｈ−１因子に連鎖するＦＭ４２６を増幅し検出することができる。また第五プライマーセットを用いることによって、５Ｈ−１因子に連鎖するＭＭ１０５７を検出することができる。なお、第六プライマーセット〜第十八プライマーセットを用いて検出することができる遺伝マーカーについては〔実施の形態２〕において後述する。
【０１５８】
したがって本発明にかかるプライマー群は、上記１８セットのうち少なくとも１組からなれば上記いずれかの遺伝マーカーを検出することが可能であるが、例えば本発明にかかるプライマー群が、第一プライマーセットおよび第二プライマーセットのうち少なくとも１組と、第三プライマーセットおよび第四プライマーセットのうち少なくとも１組とからなれば、２Ｈ−２因子に連鎖する遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７）および５Ｈ−１因子連鎖する遺伝マーカー（ＦＭ４２６）を両者増幅し、検出することができるためより好ましい。また本発明にかかるプライマー群が上記全てのプライマーセットからなれば、本発明にかかる全ての遺伝マーカーが増幅し、検出することができるために最も好ましい。
【０１５９】
上記本発明にかかるプライマー群は、本発明にかかる遺伝マーカーを検出することができるため、上述の「２−３−１．本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法」および「２−３−２．本発明にかかる赤かび病抵抗性植物の判定方法」にＤＮＡ増幅するためのプライマーとして利用することが可能である。それゆえ本発明にかかるプライマー群を含むことによって、後述する赤かび病抵抗性因子の有無判定キット、および赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の判定キットとすることができる。
【０１６０】
＜２−５．本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無判定キット、および赤かび病抵抗性植物の判定キット＞
本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無判定キット（以下適宜「本抵抗性因子判定キット」と称する）は、上述の「２−３−１．本発明にかかる赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法」に用いられるキットであって、遺伝マーカーを増幅するためのプライマーセットとして上記「２−４．本発明にかかるプライマー群」含むことよりなる。
【０１６１】
よって上述のごとく、例えば第一プライマーセットが本抵抗性因子判定キットに含まれることによって２Ｈ−２因子に連鎖するＭＭ３１４を検出することができ、第二プライマーセットが本抵抗性因子判定キットに含まれることによって２Ｈ−２因子に連鎖するＦＭ６７７を検出することができる。また第三プライマーセットまたは第四プライマーセットが本抵抗性因子判定キットに含まれることによって、５Ｈ−１因子に連鎖するＦＭ４２６を検出することができる。また第五プライマーセットが本抵抗性因子判定キットに含まれることによって、５Ｈ−１因子に連鎖するＭＭ１０５７を検出することができる。
【０１６２】
したがって本抵抗性因子判定キットに含まれるプライマー群は、上記１８セットのうち少なくとも１組からなれば上記いずれかの遺伝マーカーを検出することが可能であるが、例えば、第一プライマーセットおよび第二プライマーセットのうち少なくとも１組と、第三プライマーセット、第四プライマーセットおよび第五プライマーセットのうち少なくとも１組とからなれば、２Ｈ−２因子に連鎖する遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７）および５Ｈ−１因子連鎖する遺伝マーカー（ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７）を両者検出することができるためより好ましい。また本発明にかかるプライマー群が上記全てのプライマーセットからなれば、本発明にかかる全ての遺伝マーカーが検出することができるために最も好ましい。
【０１６３】
この他本判定キットには、ＰＣＲを行なうための酵素、試薬類が含まれていてもよいし、鋳型となるゲノムＤＮＡの調製するために必要な試薬、バッファー類、遠心チューブが含まれていてもよいし、目的のＤＮＡサイズバンドの検出に必要となる遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７、ＦＭ４２６等）または、適当なＤＮＡサイズマーカーが含まれていてもよい。
【０１６４】
なお、本判定キットと同じ構成によって赤かび病抵抗性植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））の判定キットとすることができる。このことについては、上述したとおり本抵抗性因子判定キットを用いて赤かび病抵抗性因子の有無を判定することにより、試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が赤かび病抵抗性因子を持っているか否かを判定、すなわち赤かび病抵抗性植物（例えばイネ科植物（オオムギをはじめとするムギ類））であるかどうかを判定できるということに起因する。
【０１６５】
＜２−６．本発明にかかる遺伝子検出器具＞
本発明にかかる遺伝子検出器具（例えば、ＤＮＡマイクロアレイ）（以下適宜、「本遺伝子検出器具」と称する）は、本発明にかかる遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７、ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７）を適当な基板（ガラス、シリコンウエハ、ナイロンメンブレン等）上に固定されてなる。本遺伝子検出器具に対して、試験対象の植物から調製したプローブを反応させ、その時に発するシグナルを検出することで、複数の遺伝マーカーを容易かつ同時に検出することが可能である。したがって本遺伝子検出器具は、本発明にかかる遺伝マーカーの多型を検出する手段として用いることができる。よって、赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法、赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の判定方法における検出手段として利用可能である。また、本遺伝子検出器具を赤かび病抵抗性因子の有無判定キット、または赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の判定キットに加えることもできる。なお上記キットには遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ）からのシグナルを検出するために用いる試薬・器具・装置等が含まれていてもよい。
【０１６６】
本遺伝子検出器具の基板上には、本発明にかかる遺伝マーカー（ＭＭ３１４、ＦＭ６７７、ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７等）のうち少なくとも１つ以上の遺伝マーカーが固定されていればよい。また抵抗性型の遺伝マーカー、罹病性型の遺伝マーカーのいずれか一方もしくは両方が固定されてもよい。さらにより高精度（確率）をもって赤かび病抵抗性因子の有無を判断するためには、各赤かび病抵抗性因子（２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子等）を挟む関係にある複数の遺伝マーカーの組み合わせが固定されていることが好ましい。より具体的には、２Ｈ−２因子を挟む関係にある遺伝マーカーの組み合わせとしては、ＭＭ３１４とＦＭ６７７の組み合わせがあり、５Ｈ−１因子を挟む関係にある遺伝マーカーの組み合わせとしては、ＦＭ４２６とＭＭ１０５７の組み合わせがある。
【０１６７】
また上記組み合わせのうち少なくとも１つ以上の組み合わせが基板上に固定されていれば、２Ｈ−２因子または５Ｈ-１因子の有無を判定することが可能であるが、２Ｈ−２因子および５Ｈ−１因子ともに検出することができるという意味では、ＭＭ３１４とＦＭ６７７の組み合わせが基板上に固定され、かつＦＭ４２６とＭＭ１０５７の組み合わせが含まれていることが最も好ましい。
【０１６８】
上記複数の遺伝マーカーが固定された本遺伝子検出器具を用いることによって、一度の試行で複数の遺伝マーカーを簡便に検出することができる。さらに赤かび病抵抗性因子の有無の判断を高い精度（確率）をもって行なうことができる。
【０１６９】
なお、本遺伝子検出器具には、本発明にかかる遺伝マーカーのみならずその近傍に位置するその他の遺伝マーカーが固定されていてもよい。
【０１７０】
さらに本遺伝子検出器具には、本発明にかかる遺伝マーカーがオオムギの染色体上に並んでいる順序で固定されているか、あるいはオオムギの染色体上に並んでいる順序に対応する配列位置情報が付与されて固定されていることが好ましい。試験対象がオオムギである際に検出の精度をさらに向上させることが可能となるからである。つまり、従来のＤＮＡマイクロアレイ等の遺伝子検出器具を用いた解析において、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合、本当に検出しようとする遺伝マーカーが存在しないのか、または解析の実験上のミスによりシグナルが得られていないのかについては、改めて確認しなければ正確には判定することはできなかった。これに対して、上記本遺伝子検出器具を用いる場合においては、固定化されている遺伝マーカーの染色体上の順序が確認できるように配列されているため、上記のような実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となる。
【０１７１】
具体的には、例えば、シグナルが得られなかったスポットの前後のスポットでシグナルが得られたとする。本発明にかかるアレイでは、各スポットは、染色体上に並んでいる順序が確認できるように配列されている。通常、染色体上に直線上に近接して並んでいる遺伝子のうち一つの遺伝子のみが組み換わるためには２つの組み換えがごく近傍で起こらなくてはならない。このような現象が起こる確率が極めて低いため、シグナルを得られなかったという結果は、実験上のミスによるものであると判断される。このように、本遺伝子検出器具では、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合でも、実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となるため、解析の精度を向上することができる。
【０１７２】
なお本発明は、以下の発明をも包含する。
【０１７３】
（１）ムギ類のゲノムＤＮＡ中に存在し、赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーであって、
赤かび病抵抗性因子から約０ないし９センチモルガンの範囲内の距離に位置することを特徴とするＤＮＡマーカー。
【０１７４】
（２）上記ムギ類がオオムギであることを特徴とする（１）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１７５】
（３）上記ゲノムＤＮＡが２Ｈ染色体であることを特徴とする（２）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１７６】
（４）配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする（１）ないし（３）のいずれかに記載のＤＮＡマーカー。
【０１７７】
（５）上記赤かび病抵抗性因子から約０センチモルガンの距離に位置することを特徴とする（４）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１７８】
（６）配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする（１）ないし（３）のいずれかに記載のＤＮＡマーカー。
【０１７９】
（７）上記赤かび病抵抗性因子から約０．６センチモルガンの距離に位置することを特徴とする（６）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８０】
（８）配列番号８に示される塩基配列、または配列番号９に示される塩基配列を有する（７）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８１】
（９）上記ゲノムＤＮＡが５Ｈ染色体であることを特徴とする（２）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８２】
（１０）配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする（１）または（２）または（９）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８３】
（１１）上記赤かび病抵抗性因子から約９センチモルガンの距離に位置することを特徴とする（１０）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８４】
（１２）配列番号１０に示される塩基配列、または配列番号１１に示される塩基配列を有する（１１）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８５】
（１３）配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットを用いて増幅されることを特徴とする（１）または（２）または（９）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８６】
（１４）上記赤かび病抵抗性因子から約９センチモルガンの距離に位置することを特徴とする（１３）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８７】
（１５）配列番号１２に示される塩基配列、または配列番号１３に示される塩基配列を有する（１４）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８８】
（１６）上記赤かび病抵抗性因子から約２．２センチモルガンの距離に位置することを特徴とする（９）に記載のＤＮＡマーカー。
【０１８９】
（１７）上記（１）ないし（１６）のいずれかのＤＮＡマーカーを用いて赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を単離することを特徴とするＤＮＡ断片の単離方法。
【０１９０】
（１８）上記（１７）の単離方法により得られた赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を、植物のゲノムＤＮＡに導入することを特徴とする赤かび病抵抗性植物の生産方法。
【０１９１】
（１９）上記植物がムギ類であることを特徴とする（１８）に記載の赤かび病抵抗性植物の生産方法。
【０１９２】
（２０）上記ムギ類がオオムギであることを特徴とする（１９）に記載の赤かび病抵抗性植物の生産方法。
【０１９３】
（２１）上記（１８）ないし（２０）のいずれかの赤かび病抵抗性植物の生産方法によって得られた赤かび病抵抗性植物。
【０１９４】
（２２）上記（１）ないし（１６）のいずれかのＤＮＡマーカーのうち、少なくとも１つのＤＮＡマーカーが基板上に固定されていることを特徴とするＤＮＡマイクロアレイ。
【０１９５】
（２３）植物のゲノムＤＮＡ中から赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーを検出する方法であって、
配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセット、
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセット、
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット、および
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットのうち、
少なくとも１組のプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡを、赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーとすることを特徴とするＤＮＡマーカーの検出方法。
【０１９６】
（２４）上記第一プライマーセットおよび第二プライマーセットのうちの少なくとも１組を用いるとともに、
上記第三プライマーセットおよび第四プライマーセットのうちの少なくとも１組を用いることを特徴とする（２３）に記載のＤＮＡマーカーの検出方法。
【０１９７】
（２５）上記植物がムギ類であることを特徴とする（２３）または（２４）に記載のＤＮＡマーカーの検出方法。
【０１９８】
（２６）上記ムギ類がオオムギであることを特徴とする（２５）に記載のＤＮＡマーカーの検出方法。
【０１９９】
（２７）上記（２３）ないし（２６）のいずれかの検出方法により植物のゲノムＤＮＡ中から検出されるＤＮＡマーカーのうち、少なくとも１つのＤＮＡマーカーについて多型を検出することを特徴とする赤かび病抵抗性因子の有無の判定方法。
【０２００】
（２８）上記（２３）ないし（２６）のいずれかのＤＮＡマーカーの検出方法により植物のゲノムＤＮＡ中から検出されるＤＮＡマーカーのうち、少なくとも１つのＤＮＡマーカーについて多型を検出することを特徴とする赤かび病抵抗性植物の判別方法。
【０２０１】
（２９）配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセット、
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセット、
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット、および
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセットのうち、
少なくとも１組からなることを特徴とするプライマー群。
【０２０２】
（３０）上記第一プライマーセットおよび第二プライマーセットのうちの少なくとも１組と、
上記第三プライマーセットおよび第四プライマーセットのうちの少なくとも１組とからなることを特徴とする（２９）記載のプライマー群。
【０２０３】
（３１）赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーについて多型を検出することにより、赤かび病抵抗性因子の有無を判定する判定方法に用いられるキットであって、
ＤＮＡマーカーを増幅するためのプライマーセットとして、（２９）または（３０）に記載のプライマー群を含むことを特徴とする、赤かび病抵抗性因子の有無の判定キット。
【０２０４】
（３２）赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーについて多型を検出することにより、赤かび病抵抗性植物を判別するために用いられるキットであって、
ＤＮＡマーカーを増幅するためのプライマーセットとして、（２９）または（３０）に記載のプライマー群を含むことを特徴とする、赤かび病抵抗性植物の判別キット。
【０２０５】
上記（１）ないし（１６）のＤＮＡマーカーは、ムギ類（オオムギ）のゲノムＤＮＡ中に存在し、かつ赤かび病抵抗性因子に連鎖している。つまり該ＤＮＡマーカーと赤かび病抵抗性因子間で分離して組み換えが起こる確率は低い。それゆえ上記ＤＮＡマーカーを用いることによって、例えば赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片の取得、赤かび病抵抗性因子の有無の判定、赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の判別等を行なうことが可能となる。
【０２０６】
上記（１７）の赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片の単離方法は、上記（１）ないし（１６）のいずれかのＤＮＡマーカーを用いて該ＤＮＡ断片を単離することよりなる。上記ＤＮＡマーカーは、赤かび病抵抗性因子に連鎖しているため、上記ＤＮＡを目標にクローニングを行なえば、目的とするＤＮＡ断片を容易に単離することが可能となる。
【０２０７】
上記（１８）ないし（２０）のいずれかの赤かび病抵抗性植物の生産方法は、上記赤かび病抵抗性因子を含むＤＮＡ断片を植物（ムギ類、オオムギ）のゲノムＤＮＡ中に導入することよりなる。赤かび病抵抗性因子は、赤かび病に対する抵抗性を付与する特性を有する遺伝子であるため、赤かび病に対して罹病性の植物（ムギ類、オオムギ）に抵抗性を付与、または抵抗性を増強することが可能となる。
【０２０８】
上記（２１）の赤かび病抵抗性植物は、上記赤かび病抵抗性植物の生産方法によって得られた植物（ムギ類、オオムギ）である。それゆえ赤かびによる病害を防止することができ、該植物（ムギ類、オオムギ）の収穫量の向上、品質の向上等を図ることができる。
【０２０９】
上記（２２）のＤＮＡマイクロアレイは、（１）ないし（１６）に記載のＤＮＡマーカーが基板上に固定されていることよりなる。かかるＤＮＡマイクロアレイによれば、１回の試行で複数のＤＮＡマーカーの検出が可能となり、少ない労力でより大量の試料をより短時間で処理することが可能となる。
【０２１０】
上記（２３）のＤＮＡマーカーの検出方法において、第一プライマーセットまたは、第二プライマーセットを用いて増幅反応を行なえば２Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーを検出することが可能であり、第三プライマーセットまたは第四プライマーセットを用いて増幅反応を行なえば５Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーを検出することが可能である。
【０２１１】
また（２４）に記載のＤＮＡマーカーの検出方法によれば、上記第一プライマーセットおよび第二プライマーセットのうちの少なくとも１組を用いるとともに、上記第三プライマーセットまたは第四プライマーセットのうちの少なくとも１組を用いることよりなるため、２Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカー、および５Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーをともに検出することが可能となる。
【０２１２】
なお上記（２５）または（２６）に記載のＤＮＡマーカーの検出方法は、上記（２３）または（２４）の検出方法をムギ類またはオオムギに適用することよりなる。検出する上記ＤＮＡマーカーは、オオムギをはじめとするムギ類のゲノムＤＮＡ中に存在し赤かび病抵抗性因子に連鎖しているため、当該ＤＮＡマーカーの検出方法はオオムギをはじめとするムギ類に好適に用いることができる。
【０２１３】
上記（２７）の赤かび病抵抗性因子の有無判定方法は、上記（２３）ないし（２６）のいずれかの検出方法により植物のゲノムＤＮＡ中から検出されるＤＮＡマーカーのうち、少なくとも１つのＤＮＡマーカーについて多型（赤かび病抵抗性型か赤かび病罹病性型か）を検出することによって、試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）中の赤かび病抵抗性因子の有無を判断している。該ＤＮＡマーカーは赤かび病抵抗性因子に連鎖しているため、該マーカーの型を指標とすれば、高確率で赤かび病抵抗性因子の有無を判定することが可能となる。
【０２１４】
上記（２８）の赤かび病抵抗性植物の判別方法は、上記（２３）ないし（２６）のいずれかの検出方法により植物のゲノムＤＮＡ中から検出されるＤＮＡマーカーのうち、少なくとも１つのＤＮＡマーカーについて多型（赤かび病抵抗性型か赤かび病罹病性型か）を検出することによって、試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）か否かを判別している。該ＤＮＡマーカーは赤かび病抵抗性因子に連鎖しているため、該マーカーの型を指標とすれば、高確率で赤かび病抵抗性植物か否かを判別することが可能となる。
【０２１５】
上記（２９）または（３０）のプライマー群は、２Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーの検出、および／または５Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーの検出に用いることが可能となり、上記赤かび病抵抗性因子の有無の判定、赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）の判別等に利用が可能である。
【０２１６】
上記（３１）に記載の赤かび病抵抗性因子の有無判定キットは、２Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーの増幅、および／または５Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーの増幅に用いるためのプライマーが含まれてなる。それゆえ試験対象植物中の赤かび病抵抗性因子の有無の判定をより簡便に行なうことが可能となる。
【０２１７】
上記（３２）に記載の赤かび病抵抗性植物の判別キットは、２Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーの増幅、および／または５Ｈ染色体中に存在する赤かび病抵抗性因子に連鎖するＤＮＡマーカーの増幅に用いるためのプライマーが含まれてなる。それゆえ試験対象植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）が、赤かび病抵抗性植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）か否かの判別をより簡便に行なうことが可能となる。
【０２１８】
〔実施の形態２〕
本発明の他の実施形態について図８ないし図２２に基づいて説明すれば以下の通りである。
【０２１９】
本発明は、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座等）に連鎖する遺伝マーカーおよびその利用の一例に関するものである。以下それぞれについて説明を加える。
【０２２０】
（１）本発明にかかる遺伝マーカー
本発明にかかる遺伝マーカーは、イネ科植物のゲノムＤＮＡ中に存在し、赤かび病抵抗性に連鎖しているものであればよい。イネ科植物としてはムギ類であることが好ましく、オオムギであることが特に好ましい。イネ科植物とは、オオムギ属、コムギ属、イネ等の植物であればよく、特に限定されるものではない。また、ムギ類とは、例えばオオムギ、コムギ、ライムギ、ライコムギ等を意味する。
【０２２１】
「赤かび病」とは、前述のとおりフザリウム属菌類がムギ類に感染して起こる病害である。該赤かび病は、登熟不良・減収を引き起こすばかりでなく、カビ毒（例えば、デオキシニバレノール）を生産し、発病したムギを食用・飼料にすると中毒症状を起こすという重大な病害である。
【０２２２】
オオムギには、かかる赤かび病に対して抵抗性を示す品種が存在している。赤かび病抵抗性の詳細なメカニズムは明らかにされていないが、これまでの研究によって、条性・穂長・出穂時期・穂軸節間長等の形質の関与が示唆されている。またオオムギには赤かび病に対する免疫的抵抗性は無いとされ、比較的少数の遺伝子がその抵抗性に関与する量的形質であることがいわれている。
【０２２３】
かかる量的形質はＱＴＬ解析により、当該量的形質に関与している遺伝子座の染色体上の位置を推定することができる。以下本発明者らがオオムギにおいて開発した赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座と連鎖する遺伝マーカーについて詳細に説明する。なお本発明にかかる遺伝マーカーはこれらに限定されるものではない。
【０２２４】
発明者等は該赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を検索するため、オオムギの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬ解析を行なった。具体的には、以下のとおりである。材料としては、Russia６（二条、抵抗性）とH.E.S.４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＨＩ集団）、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ２集団）、およびはるな二条（抵抗性）とＨ６０２（罹病性）の交配から育成したDH系統（ＤＨＨＳ集団）を用いて行なった。また赤かび病抵抗性の評価方法は、「切り穂検定法」（非特許文献４参照）を改変した０（抵抗性）〜１０（罹病性）のスコアで評価している。また解析のアルゴリズムには、composite interval mapping （ＣＩＭ）を用い、解析ソフトウエアにはそれぞれ、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬとＱＴＬ Ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒを用いて行なっている。
【０２２５】
かかるＱＴＬ解析の結果、ＲＨＩ集団では２Ｈ、４Ｈ染色体に、ＲＩ２集団では２Ｈ、４Ｈ、６Ｈ染色体に、ＤＨＨＳ集団では２Ｈ、４Ｈ、５Ｈ染色体に、それぞれ１つずつのＱＴＬを検出した。これら検出したＱＴＬのうち、ＲＨＩ集団から検出された２Ｈ染色体上で検出されたものは、上記〔実施の形態１〕において説示したものと一致するものであった。
【０２２６】
それぞれの分離集団について発明者らが作成した高密度連鎖地図の情報を元に、上記赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規な遺伝マーカーを見出した。
【０２２７】
ＲＨＩ集団から検出された４Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「MMtgaEatc128」、「FMgcgEatc530」が挙げられる。
【０２２８】
「MMtgaEatc128」は、オオムギ等のイネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、GACGATGAGTCCTGAG（配列番号１６）およびTACTCAGGACTCAT（配列番号１７）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにCTCGTAGACTGCGTACC（配列番号１４）およびAATTGGTACGCAGTCTAC（配列番号１５）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片をGATGAGTCCTGAGTAA（配列番号１９）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびGACTGCGTACCAATTC（配列番号１８）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をGATGAGTCCTGAGTAAATC（配列番号３２）に示される塩基配列を有するプライマーと、GACTGCGTACCAATTCTGA（配列番号３３）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Amplified Fragment Length Polymorphisms）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側（５’末端側）に約０．１センチモルガン（以下ｃＭと表示する）の位置に座乗している。
【０２２９】
なお上記ＡＦＬＰ、および以下の説明におけるＡＦＬＰの検出の手順は特に限定されるものではなく、例えば文献（Pieter Vos, Rene Hogers, Marjo Bleeker, Martin Reijans, Theo van de Lee, Miranda Hornes, Adrie Frijters, Jerina Pot, Johan Peleman, Martin Kuiper and Marc Zabeau. (1995) AFLP:a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Asids Research. 23:21:4407-4414.）の方法またはその改変法に従って行なえばよい。またＰＣＲ等の増幅反応の諸条件は、通常の条件で行なうか、あるいは最適な条件を検討の上、適宜採用すればよい。
【０２３０】
上記第十一プライマーセットを用いて最終的に増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）と罹病性型（H.E.S.４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Russia６型）のものが約１２８ｂｐであり、罹病性型（H.E.S.４型）のものは０ｂｐである。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）は、約１２８ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（H.E.S.４型）は約１２８ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２３１】
また「FMgcgEatc530」は、オオムギ等のイネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、GACGATGAGTCCTGAG（配列番号１６）およびTACTCAGGACTCAT（配列番号１７）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにCTCGTAGACTGCGTACC（配列番号１４）およびAATTGGTACGCAGTCTAC（配列番号１５）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片をGATGAGTCCTGAGTAA（配列番号１９）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびGACTGCGTACCAATTC（配列番号１８）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をGATGAGTCCTGAGTAAATC（配列番号３４）に示される塩基配列を有するプライマーと、GACTGCGTACCAATTCGCG（配列番号３５）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Amplified Fragment Length Polymorphisms）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から長腕側（３’末端側）に約８．０ｃＭの位置に座乗している。
【０２３２】
上記第十二プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）と罹病性型（H.E.S.４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Russia６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（H.E.S.４型）のものは約５３０ｂｐである。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）は約５３０ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（H.E.S.４型）は約５３０ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２３３】
また、ＲＩ２集団から検出された２Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「FXLRRfor_XLRRrev119」が挙げられる。
【０２３４】
「FXLRRfor_XLRRrev119」は、CCGTTGGACAGGAAGGAG（配列番号２２）に示される塩基配列を有するプライマー、およびCCCATAGACCGGACTGTT（配列番号２３）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセットを用いて増幅される遺伝マーカー、いわゆるＲＧＡ（Resistant Gene Analogs）マーカーであり、上記２Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約０．２ｃＭの距離に座乗するものである。なお、上記プライマー配列は、イネ縞葉枯病抵抗性遺伝子Ｘａ２１の塩基配列情報（gene bank Accession No:U37133）から設計した。
【０２３５】
なお上記ＲＧＡマーカーの検出の手順は特に限定されるものではないが、例えば文献（Chen XM, Line RF, Leung H (1998) Genome scanning for resistance-gene analogs in rice, barley, and wheat by high-resolution electrophoresis. Theor Appl Genet 98: 345-355）の方法またはその改変法に従って行なえばよい。またＰＣＲ等の増幅反応の諸条件は、通常の条件で行なうか、あるいは最適な条件を検討の上、適宜採用すればよい。
【０２３６】
上記第六プライマーセットによって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row 型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約１１９ｂｐである。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）は約１１９ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Turkey 6型）は約１１９ｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該２Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２３７】
また、ＲＩ２集団から検出された４Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「FMacgEcgt288」、「HVM67」が挙げられる。
【０２３８】
「FMacgEcgt288」は、オオムギ等のイネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、GACGATGAGTCCTGAG（配列番号１６）およびTACTCAGGACTCAT（配列番号１７）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにCTCGTAGACTGCGTACC（配列番号１４）およびAATTGGTACGCAGTCTAC（配列番号１５）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片をGATGAGTCCTGAGTAA（配列番号１９）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびGACTGCGTACCAATTC（配列番号１８）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をGATGAGTCCTGAGTAAACG（配列番号３６）に示される塩基配列を有するプライマーと、GACTGCGTACCAATTCCGT（配列番号３７）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Amplified Fragment Length Polymorphisms）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約０．３ｃＭの位置に座乗している。
【０２３９】
上記第十三プライマーセットによって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約２８８ｂｐである。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）は約２８８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Turkey 6型）は約２８８ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２４０】
また「HVM67」は、GTCGGGCTCCATTGCTCT（配列番号３８）に示される塩基配列を有するプライマー、およびCCGGTACCCAGTGACGAC（配列番号３９）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十四プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から長腕側に約４６．８ｃＭの距離に座乗するものである。当該遺伝マーカーは、いわゆるＳＳＲ（Simple Sequence Repeat）マーカーである。
【０２４１】
「HVM67」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２４２】
上記第十四プライマーセットによって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row型）のものが１６０ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約１４０ｂｐである。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２４３】
また、ＲＩ２集団から検出された６Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「FMataEagc408」、「HVM11」が挙げられる。
【０２４４】
「FMataEagc408」は、オオムギ等のイネ科植物のゲノムＤＮＡを制限酵素ＭｓｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化して得られるＤＮＡ断片に、GACGATGAGTCCTGAG（配列番号１６）およびTACTCAGGACTCAT（配列番号１７）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩアダプター、並びにCTCGTAGACTGCGTACC（配列番号１４）およびAATTGGTACGCAGTCTAC（配列番号１５）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩアダプターをライゲーションし、前記ライゲーション後のＤＮＡ断片をGATGAGTCCTGAGTAA（配列番号１９）に示される塩基配列を有するＭｓｅＩユニバーサルプライマーおよびGACTGCGTACCAATTC（配列番号１８）に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩユニバーサルプライマーを用いて予備増幅を行ない、さらに、前記予備増幅によって得られた予備増幅断片をGATGAGTCCTGAGTAAATA（配列番号４４）に示される塩基配列を有するプライマーと、GACTGCGTACCAATTCAGC（配列番号４５）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセットを用いて増幅される、いわゆるＡＦＬＰ（Amplified Fragment Length Polymorphisms）によって検出される遺伝マーカーである。当該遺伝マーカーは、上記６Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約４．１ｃＭの位置に座乗している。
【０２４５】
上記第十七プライマーセットによって最終的に増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約４０８ｂｐである。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）は約４０８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Turkey 6型）は約４０８ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、上記ＡＦＬＰの検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該６Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２４６】
また「HVM11」は、CCGGTCGGTGCAGAAGAG（配列番号４６）に示される塩基配列を有するプライマーと、AAATGAAAGCTAAATGGGCGATAT（配列番号４７）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記６Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から長腕側に約９．４ｃＭの距離に座乗するものである。当該遺伝マーカーは、いわゆるＳＳＲ（Simple Sequence Repeat）マーカーである。
【０２４７】
「HVM11」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２４８】
上記第十八プライマーセットによって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row型）のものが１４４ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約１００ｂｐ−１６０ｂｐに増幅断片が見られる。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該６Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２４９】
また、ＤＨＨＳ集団から検出された２Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「Bmag125」、「k04002」が挙げられる。
【０２５０】
「Bmag125」は、AATTAGCGAGAACAAAATCAC（配列番号２４）に示される塩基配列を有するプライマー、およびAGATAACGATGCACCACC（配列番号２５）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記２Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約０ｃＭの距離に座乗するものである。当該遺伝マーカーは、いわゆるＳＳＲ（Simple Sequence Repeat）マーカーである。
【０２５１】
「Bmag125」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２５２】
上記第七プライマーセットによって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（はるな二条型）のものが約１４２ｂｐであり、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは約１３４ｂｐに増幅断片が見られる。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該２Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２５３】
また「k04002」は、GACACAGGACCTGAAGCACA（配列番号２６）に示される塩基配列を有するプライマー、およびCGGCAGGCTCTACTATGAGG（配列番号２７）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記２Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から長腕側に約１０ｃＭの距離に座乗するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：bah32c06、配列番号５５、５６）に基づいて設計されている。なお配列番号４０は、５’末端側からの塩基配列を示し、配列番号４１は、３’末端側からの塩基配列を示す。
【０２５４】
「k04002」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２５５】
上記第八プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、抵抗性型（はるな二条型）の増幅断片の断片長が約３５０ｂｐであるのに対し、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは約４４０ｂｐに増幅断片が見られる。よって、上記検出操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該２Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２５６】
また、ＤＨＨＳ集団から検出された４Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「k05042」、「k03289」が挙げられる。
【０２５７】
「k05042」は、ATACATGCATGCCATTGTGG（配列番号４０）に示される塩基配列を有するプライマー、およびATCCATCCACTGTTTGAGGG（配列番号４１）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約１．２ｃＭの距離に座乗するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：basd1e04、配列番号４８）に基づいて設計されている。
【０２５８】
「k05042」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２５９】
また上記第十五プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型と罹病性型が存在し、両者間にＳＮＰ（single nucleotide polymorphism；一塩基多型）がある。図２１に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。下が罹病性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号５１）であり、上が抵抗性型（Ｈ６０２型）の塩基配列（配列番号５２）である。□で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を示す。図２１から明らかなように、抵抗性型の増幅産物は制限酵素ＨａｐＩＩの認識配列（ＣＣＧＧ）を有しているためＨａｐＩＩで切断されるが、罹病性型の増幅産物は上記認識配列部分のＣがＡに変異しているため（ＣＡＧＧ）、制限酵素ＨａｐＩＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーk05042は、ＣＡＰＳ（cleaved amplified polymorphic sequence）マーカーであり、上記第十五プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＨａｐＩＩ切断により、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２６０】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）は、赤かび病罹病性型品種であるＨ６０２が有する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【０２６１】
また「k03289」は、TGCTCTGCATTTCATTCAGC（配列番号４２）に示される塩基配列を有するプライマー、およびCAGCGTTACAGGCATTCTCA（配列番号４３）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座から長腕側に約４．０ｃＭの距離に座乗するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：bags3h19、配列番号４９）に基づいて設計されている。
【０２６２】
「k03289」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２６３】
また上記第十六プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型と罹病性型が存在し、両者間にＳＮＰ（single nucleotide polymorphisms；一塩基多型）がある。図２２に両者の増幅産物の塩基配列のうち、上記ＳＮＰを含む部分の塩基配列を示した。下が罹病性型（はるな二条型）の塩基配列（配列番号５３）であり、上が抵抗性型（Ｈ６０２）の塩基配列（配列番号５４）である。□で囲んだ塩基がＳＮＰである。下線部が制限酵素ＳａｃＩＩの認識配列（ＣＣＧＣＧＧ）を示す。図２２から明らかなように、罹病性の増幅産物は制限酵素ＳａｃＩＩの認識配列（ＣＣＧＣＧＧ）を有しているためＳａｃＩＩで切断されるが、抵抗性型の増幅産物は上記認識配列部分のＣがＴに変異しているため（ＣＣＧＴＧＧ）、制限酵素ＳａｃＩＩで切断されない。すなわち、本遺伝マーカーk03289は、ＣＡＰＳマーカーであり、上記第十六プライマーセットによる増幅と、増幅産物の制限酵素ＳａｃＩＩ切断により、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２６４】
なお、本遺伝マーカーが連鎖する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）は、赤かび病罹病性型品種であるＨ６０２が有する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【０２６５】
また、ＤＨＨＳ集団から検出された５Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する新規遺伝マーカーとしては、「HvLOX」、「k00835」が挙げられる。
【０２６６】
「HvLOX」は、CAGCATATCCATCTGATCTG（配列番号２８）に示される塩基配列を有するプライマー、およびCACCCTTATTTATTGCCTTAA（配列番号２９）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記５Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約０．５ｃＭの距離に座乗するものである。当該遺伝マーカーは、いわゆるＳＳＲ（Simple Sequence Repeat）マーカーである。
【０２６７】
「HvLOX」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２６８】
上記第九プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（はるな二条型）のものが約１５５ｂｐであり、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは約１５７ｂｐである。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該５Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２６９】
また「k00835」は、TCCATGTTCCCAGCTACACA（配列番号３０）に示される塩基配列を有するプライマー、およびAGGAACACATTGGTTCTGGC（配列番号３１）に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセットを用いてオオムギゲノムＤＮＡを鋳型として増幅される遺伝マーカーであり、上記５Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から長腕側に約１．９ｃＭの距離に座乗するものである。上記プライマー配列は、発明者らが独自に開発したオオムギＥＳＴ配列の１つ（ＥＳＴクローン名：baak46e06、配列番号５０）に基づいて設計されている。
【０２７０】
「k00835」の増幅方法は特に限定されるものではなく、適宜最適な条件を検討の上、採用すればよい。
【０２７１】
上記第十プライマーセットを用いて増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（はるな二条型）のものが約９００ｂｐであり、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは約８８０ｂｐである。よって、上記操作によって得られた増幅産物の断片長を電気泳動等の公知の手段を用いて確認することにより、対象植物個体が当該５Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０２７２】
ここで、モルガン（Ｍ）について説明する。１モルガン（Ｍ）とは、減数分裂１回あたり平均１回の交叉を起こす染色体上の距離の単位である。例えば、２．２ｃＭは、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の２２回乗換えが起こることを示している。すなわちこの時は、約２．２％の組み換え率であることを示している。
【０２７３】
ところで、増幅に際して鋳型として用いられるゲノムＤＮＡは、オオムギの植物体より従来公知の方法で抽出可能である。具体的には、植物体からゲノムＤＮＡを抽出するための一般法（Murray,M.G. and W.F.Thompson(1980) Nucleic Acids Res.8:4321-4325. など参照）が好適な例として挙げられる。また、上記のゲノムＤＮＡは、根、茎、葉、生殖器官など、オオムギの植物体を構成するいずれの組織を用いても抽出可能である。また、場合によってはオオムギのカルスから抽出してもよい。なお、上記生殖器官には、花器官（雄性・雌性生殖器官を含む）や種子も含まれる。ゲノムＤＮＡの抽出は、例えば、オオムギの芽生え期の葉を用いて行われる。この理由としては、組織の摩砕が比較的容易であり、多糖類などの不純物の混合割合が比較的少なく、また、種子から短期間で育成可能である点が挙げられる。
【０２７４】
またオオムギのゲノムＤＮＡを鋳型とし、上記プライマーの組み合わせを用いて増幅する方法は、従来公知のＤＮＡ増幅法を採用することができる。一般には、ＰＣＲ法（ポリメラ−ゼ連鎖反応法）や、その改変法が用いられる。ＰＣＲ法や、その改変法を用いる際の反応条件は特に限定されるものではなく、通常と同様の条件下で増幅することができる。
【０２７５】
本発明にかかる遺伝マーカーを用いることによって、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を単離することが可能となり、上記ＤＮＡ断片を用いることによって、オオムギの赤かび病抵抗性に関与する遺伝子、および赤かび病抵抗性のメカニズムの解明に利用が可能である。また上記ＤＮＡ断片を植物（特にイネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））のゲノムＤＮＡの導入することによって赤かび病抵抗性植物（特にイネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））を生産（育種）することが可能となる。
【０２７６】
また上記遺伝マーカーは、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖しているため、試験対象である植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））のゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、該植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））が赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を有するか否かを判定することが可能となる。また同様に赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖しているため、試験対象である植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））のゲノムＤＮＡ中における該遺伝マーカーの多型を検出することによって、該植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））が、赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））であるか否かを判定することができる。また、上記遺伝マーカーを増幅することができるプライマーまたは、上記遺伝マーカーを固定したＤＮＡマイクロアレイをキット化すれば、植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の有無判定キット、および赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の判定キットを提供することが可能となる。
【０２７７】
上述のごとく、本発明にかかる遺伝マーカーは、様々な用途に利用が可能であることは明らかである。上述した本発明にかかる遺伝マーカーの用途の一例については、後に詳細に説示する。
【０２７８】
（２）本発明にかかる遺伝マーカーの利用
＜赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片の単離方法＞
上述のとおり本発明にかかる遺伝マーカー、「FXLRRfor_XLRRrev119」、「Bmag125」、「k04002」はオオムギ２Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖するものであり、「MMtgaEatc128」、「FMgcgEatc530」、「FMacgEcgt288」、「HVM67」、「k05042」、「k03289」はオオムギ４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖するものであり、「HvLOX」、「k00835」はオオムギ５Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖するものであり、「FMataEagc408」、「HVM11」はオオムギ６Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖するものである。
【０２７９】
よって、「FXLRRfor_XLRRrev119」、「Bmag125」、「k04002」の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ２Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を単離することができ、「MMtgaEatc128」、「FMgcgEatc530」、「FMacgEcgt288」、「HVM67」、「k05042」、「k03289」の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ４Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を単離することができ、「HvLOX」、「k00835」の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ５Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を単離することができ、「FMataEagc408」、「HVM11」の遺伝マーカーを用いることによってオオムギ６Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を単離することができる。
【０２８０】
単離とは、目的のＤＮＡ断片、すなわち赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片をクローニングすることを意味することはいうまでもないが、広義には交雑Ｆ１集団から戻し交配等により、両親のうち一方の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を有する個体を選抜し、その遺伝子座領域のみを目的品種に導入する同質遺伝子系統の作製も単離に含まれる。
【０２８１】
本発明にかかる遺伝マーカーを用いて赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を単離する方法としては特に限定されるものではないが、例えば次のような方法を挙げることができる。
【０２８２】
オオムギでは本発明者らが開発を進めている「はるな二条」を含めて、ゲノムＤＮＡのＢＡＣライブラリーが２種類作成されており、現在複数のＢＡＣライブラリーが開発中である。そこで、このようなＢＡＣライブラリーを用いて、従来公知のマップベースクローニングの手法にしたがって、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）と当該遺伝子座に連鎖する本発明の遺伝マーカーとで当該マーカーを含むＢＡＣクローンを同定し、そこからＢＡＣのコンティグを作成して塩基配列を確定することにより、最終的に赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に到達することができる。
【０２８３】
また、上述のように、交雑Ｆ１に一方の親を戻し交配することにより、他方の親の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を目的品種に導入して（広義の）単離をすることができる。
【０２８４】
なお、上記方法をはじめとする赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を単離する際には、目的とする赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを選択して用いることが好ましい。目的とする赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）と遺伝マーカーの間で組み換えが起こる確率がより低くなり、より確実に赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含む断片を単離することができるからである。
【０２８５】
＜赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の生産方法、および当該生産方法によって得られた赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）＞
上記本発明にかかる赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片の単離方法によって得られた赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を植物（イネ科植物）のゲノムＤＮＡに導入することによって、赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）を生産することが可能である。植物としてはイネ科植物が好ましく、また当該イネ科植物としてはムギ類であることが好ましく、オオムギであることが特に好ましい。また、例えば、オオムギから単離された赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片をオオムギ以外の植物（イネ科植物）に導入することも可能であり、同一属間のみでの単離、導入に限定されるものではない。
【０２８６】
上記ＤＮＡ断片を導入する方法は特に限定されるものではなく、公知の方法を適宜選択して用いることができる。より具体的には、例えばアグロバクテリウムまたはパーティクルガンを用いて植物（イネ科植物）のゲノムＤＮＡに導入することによって生産すればよく、これにより、赤かび病抵抗性品種が得られることとなる。例えば、雑誌The Plant Journal(1997) 11(6),1369-1376 には、Sonia Tingay等により、Agrobacterium tumefaciens を用いてオオムギを形質転換する方法が開示されており、この方法を利用して形質転換オオムギを生産可能である。
【０２８７】
また、目的とする赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を有する植物個体と、当該ＤＮＡ断片を導入しようとする植物個体との交雑により、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片を、植物に導入することも可能である。この方法では、交雑が可能である限りにおいて、他の種や属の植物が有する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片の導入が可能である。
【０２８８】
本発明にかかる赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）は、上記本発明にかかる生産方法により得られるものである。当該赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）は、赤かび病抵抗性の表現型（赤かび病抵抗性型）を有する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を導入した場合には、元の品種の赤かび病抵抗性より高い品種となり、赤かび病罹病性の表現型（赤かび病罹病性型）を有する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を導入した場合には、元の品種の赤かび病抵抗性より弱い品種となる。よって、赤かび病抵抗性型を有する遺伝子座を含むＤＮＡ断片を導入することが好ましい。
【０２８９】
また、植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類）に導入する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片は、２Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、４Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、５Ｈ染色体上のＤＮＡ断片、６Ｈ染色体上のＤＮＡ断片の内、いずれのＤＮＡ断片であっても赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））を生産することは可能であるが、複数のＤＮＡ断片を同一の植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））のゲノムＤＮＡに導入されることによって、さらに赤かび病抵抗性が向上した植物（イネ科植物）を生産することが可能である。
【０２９０】
本発明者等は、条性遺伝子ｖｒｓ１の遺伝子座と一致した赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片（以下、ｖｒｓ１断片という。）を、２Ｈ染色体上のＤＮＡ断片または５Ｈ染色体上のＤＮＡ断片をそれぞれ単独導入したオオムギに導入することによって赤かび病抵抗性が単独導入の場合に比して向上することを確かめている。さらには、上記ｖｒｓ１断片を、２Ｈ染色体上のＤＮＡ断片および５Ｈ染色体上のＤＮＡ断片を両方導入したオオムギに導入すると、さらに赤かび病抵抗性が向上することを確かめている。
【０２９１】
上記方法によって得られた本発明にかかる赤かび病抵抗性オオムギをはじめとする赤かび病抵抗性イネ科植物によれば、これまで赤かび病によって品質・収穫量の低下、赤かび病に感染した植物を食することによる人体・家畜への危害を効果的に回避することが可能となり、農業・畜産業等に極めて有効である。また食糧難の問題も改善することができる。
【０２９２】
なお上記「赤かび病抵抗性植物」、「赤かび病抵抗性イネ科植物」および「赤かび病抵抗性オオムギ」とは、赤かび病に対して全く抵抗性を有していなかった植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））に赤かび病の抵抗性を付与することによって生産された植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））、および元来赤かび病に抵抗性を有する植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））に赤かび病抵抗性をさらに増強させることによって生産された植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））を含む意味である。
【０２９３】
＜赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定方法＞
本発明にかかる赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定方法（選抜方法）は、上記本発明にかかる遺伝マーカーを検出する工程を含む方法であればよく、その他の工程、条件、材料等は特に限定されるものではない。例えば、従来公知の作物育種法を利用することができる。
【０２９４】
より具体的には、例えば、交配等により作出した植物のゲノムＤＮＡを抽出し、本発明に係る遺伝マーカーの遺伝子型を指標として植物を判定（選抜）する方法が挙げられる。遺伝マーカーを検出する手段としては、例えば、対象とする植物から抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として上記第一ないし第十八プライマーセットのいずれかを用いて増幅したＤＮＡ断片について、断片長または断片の制限酵素消化パターンの観察を挙げることができる。増幅断片から試験対象植物個体が、赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを、各遺伝マーカーを指標として判定する方法については、上記本発明にかかる遺伝マーカーの項で説明したとおりである。
【０２９５】
ここで本判定方法の判定の精度（確率）については、以下のとおりである。赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から１．２ｃＭの距離に位置する遺伝マーカーは、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）と遺伝マーカーとの間で染色分体あたり平均して１０００分の１２回乗換えが起こる。すなわち約１．２％の確率で組み換えが起こる。よってこの遺伝マーカーのうち赤かび病抵抗性型のものを検出すれば、９８．８％の確率で赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を有しているということがいえる。よって赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）と遺伝マーカーとの距離が近いほど、高確率をもって赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の有無を判定することができる、すなわち赤かび病抵抗性イネ科植物を判定（選抜）することができるといえる。
【０２９６】
上記理由により、多型を検出する遺伝マーカーは、上記遺伝マーカーのいずれであっても赤かび病抵抗性の有無を判定することが可能であるが、各赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に対してなるべく近傍に座乗する遺伝マーカーを検出することが好ましい。例えば、本判定方法において４Ｈ染色体上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）に連鎖する遺伝マーカーを検出する場合は、「k05042」（赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）からの距離：約１．２ｃＭ）の方が「ｋ03289」（赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）からの距離：約４．０ｃＭ）より好適であるといえる。
【０２９７】
また本検出方法においては、複数の遺伝マーカーの多型を検出してもよい。特に判定の精度（確率）を向上させるためには、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を挟む関係にある遺伝マーカーを選択して多型を検出すればよい。例えば、「k05042」（赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約１．２ｃＭ）と「k03289」（赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）からの距離：約４．０ｃＭ）との組み合わせが有る。かかる組み合わせを例にして、該遺伝マーカーをそれぞれ単独で多型を検出した場合と、両方の多型を検出した場合とにおける本判定方法の精度（確率）についてより具体的に説明する。
【０２９８】
「k05042」は赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）から短腕側に約１．２ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で検出したときの本判定方法の精度（確率）は、（１−１２÷１０００）×１００＝約９８．８％である。一方「ｋ03289」は赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）からの距離：約４．０ｃＭの位置に座乗しており、該遺伝マーカーの多型を単独で多型を検出したときの本判定方法の精度（確率）を同様に計算すると９６．０％である。当該２つの遺伝マーカーの多型を両方検出すると、（１−（１２÷１０００）×（４０÷１０００））×１００＝９９．９５２％となり高確率を持って４Ｈ上の赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の有無を判定することができる。
【０２９９】
したがって赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を挟む関係にある遺伝マーカーを検出して判定することは好ましい。上記「k05042」と「k03289」以外の組み合わせとしては、「MMtgaEatc128」と「FMgcgEatc530」との組み合わせ、「FMacgEcgt288」と「HVM67」との組み合わせ、「FMataEagc408」と「HVM11」との組み合わせ、「Bmag125」と「k04002」との組み合わせ、「HvLOX」と「k00835」との組み合わせ等が挙げられる。
【０３００】
なお本判定方法は、赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の育種の際の有効なスクリーニング手段として利用することができる。例えば、上記本発明にかかる赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の生産方法を行なった際に、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を含むＤＮＡ断片が導入された形質転換体植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））を多数の形質転換体候補から容易にスクリーニングすることができる。その他薬剤等の変異処理、交配などの育種処理を行なった植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））のスクリーニング手段としても利用可能である。
【０３０１】
＜赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定キット＞
また上記「赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定方法」を行なうために必要な試薬、酵素類をキット化することによって、赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定キット（以下適宜「判定キット」と称する）を構成することが可能である。上記「赤かび病抵抗性植物（イネ科植物の判定方法）」の項で説示したごとく、本発明にかかる遺伝マーカーを利用することによって、試験対象イネ科植物個体が、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定することができる。すなわち、試験対象植物個体（試験対象イネ科植物固体）が赤かび病抵抗性か罹病性であるかを判断することができるということである。よって、当該判定キットによれば、より簡便に赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）を判定できるという効果を奏する。
【０３０２】
なお当該判定キットには、少なくとも本発明にかかる遺伝マーカーを検出することができる、プライマーセット（第一から第十八プライマーセット）が少なくとも一つ以上含まれていることが好ましい。さらに好ましくは、上記プライマーセット（第一から第十八プライマーセット）全てが含まれていることが好ましい。この他、公知の赤かび病抵抗性に連鎖するマーカーを検出するために必要なプライマーが含まれていてもよい。
【０３０３】
さらには当該判定キットには、ＰＣＲを行なうための酵素、試薬類が含まれていてもよいし、鋳型となるゲノムＤＮＡの調製するために必要な試薬、バッファー類、遠心チューブが含まれていてもよいし、目的のＤＮＡサイズバンドの検出に必要となる遺伝マーカー（MMtgaEatc128、FMgcgEatc530、FXLRRfor_XLRRrev119、FMacgEcgt288、HVM67、FMataEagc408、HVM11、Bmag125、k04002、k05042、k03289、HvLOX、k00835等）または適当なＤＮＡサイズマーカーが含まれていてもよい。
【０３０４】
＜遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）＞
本発明にかかる遺伝マーカー（MMtgaEatc128、FMgcgEatc530、FXLRRfor_XLRRrev119、FMacgEcgt288、HVM67、FMataEagc408、HVM11、Bmag125、k04002、k05042、k03289、HvLOX、k00835等）を適当な基板（ガラス、シリコンウエハ、ナイロンメンブレン等）上に固定さることによって、ＤＮＡマイクロアレイを始めとする遺伝子検出器具を構成することができる。当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）に対して、試験対象の植物から調製したプローブを反応させ、その時に発するシグナルを検出することで、複数の本発明にかかる遺伝マーカーを容易かつ同時に検出することが可能である。したがって当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）は、本発明にかかる遺伝マーカーの多型を検出する手段として用いることができる。よって、上記赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定方法における検出手段として利用可能である。また、当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）を上記赤かび病抵抗性植物（イネ科植物）の判定キットに加えることもできる。この場合、当該キットには遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）からのシグナルを検出するために用いる試薬・器具・装置等が含まれていてもよい。
【０３０５】
本遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）の基板上には、本発明にかかる遺伝マーカー（MMtgaEatc128、FMgcgEatc530、FXLRRfor_XLRRrev119、FMacgEcgt288、HVM67、FMataEagc408、HVM11、Bmag125、k04002、k05042、k03289、HvLOX、k00835等）のうち少なくとも１つ以上の遺伝マーカーが固定されていればよい。また抵抗性型の遺伝マーカー、罹病性型の遺伝マーカーのいずれか一方もしくは両方が固定されてもよい。さらにより高精度（確率）をもって赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の有無を判断するためには、赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）を挟む関係にある複数の遺伝マーカーの組み合わせが固定されていることが好ましい。かかる遺伝マーカーの組み合わせとしては、例えば、「k05042」と「k03289」の組み合わせ、「MMtgaEatc128」と「FMgcgEatc530」との組み合わせ、「FMacgEcgt288」と「HVM67」との組み合わせ、「FMataEagc408」と「HVM11」との組み合わせ、「Bmag125」と「k04002」との組み合わせ、「HvLOX」と「k00835」との組み合わせ等が挙げられる。全ての遺伝マーカー（抵抗性型および罹病性型）が固定されている事が最も好ましいことはいうまでもない。
【０３０６】
上記複数の遺伝マーカーが固定された遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）を用いることによって、一度の試行で複数の遺伝マーカーを簡便に検出することができる。さらに赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の有無の判断を高い精度（確率）をもって行なうことができる。
【０３０７】
なお、上記遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）には、本発明にかかる遺伝マーカーのみならずその近傍に位置するその他の遺伝マーカーが固定されていてもよい。
【０３０８】
さらに上記遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）には、本発明にかかる遺伝マーカーがオオムギの染色体上に並んでいる順序で固定されているか、あるいはオオムギの染色体上に並んでいる順序に対応する配列位置情報が付与されて固定されていることが好ましい。試験対象がオオムギである際に検出の精度をさらに向上させることが可能となるからである。つまり、従来のＤＮＡマイクロアレイを用いた解析において、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合、本当に検出しようとする遺伝マーカーが存在しないのか、または解析の実験上のミスによりシグナルが得られていないのかについては、改めて確認しなければ正確には判定することはできなかった。これに対して、上記のごとく遺伝マーカーがオオムギの染色体上に並んでいる順序で固定されているか、あるいはオオムギの染色体上に並んでいる順序に対応する配列位置情報が付与されて固定されている遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）を用いる場合においては、固定化されている遺伝マーカーの染色体上の順序が確認できるように配列されているため、上記のような実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となる。
【０３０９】
具体的には、例えば、シグナルが得られなかったスポットの前後のスポットでシグナルが得られたとする。当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）では、各スポットは、染色体上に並んでいる順序が確認できるように配列されている。通常、染色体上に直線上に近接して並んでいる遺伝子のうち一つの遺伝子のみが組み換わるためには２つの組み換えがごく近傍で起こらなくてはならない。このような現象が起こる確率が極めて低いため、シグナルを得られなかったという結果は、実験上のミスによるものであると判断される。このように、当該遺伝子検出器具（ＤＮＡマイクロアレイ等）では、あるスポットに対するシグナルが得られなかった場合でも、実験上でのミスか否かを容易に判定することが可能となるため、解析の精度を向上することができる。
【０３１０】
なお本発明の説明において使用したプライマー等の塩基配列は、本発明にかかる遺伝マーカーを増幅することができるものであれば、１または数個の塩基が置換、欠失、付加がされた塩基配列を有するプライマーを用いてもよいことは言うまでもない。
【実施例】
【０３１１】
以下実施例を用いて本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。
【０３１２】
〔実施例１：オオムギの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬ解析〕
オオムギの赤かび病抵抗性因子を検索するためにＱＴＬ解析を行なった。
【０３１３】
＜材料＞赤かび病に対する抵抗性が大きく異なるオオムギ品種Russia６（二条、抵抗性）とH.E.S.４（六条、罹病性）の交配から育種した組み換え近交系統（ＲＩ系統）を用いて行なった。
【０３１４】
＜赤かび病抵抗性の評価方法＞
「切り穂検定法」（非特許文献４参照）の改変法で評価した。簡単には以下のとおりにして行なった。
【０３１５】
材料を慣行法で栽培し、それぞれの系統の開花期に止葉をつけて上から２番目の節間で穂を切り取ったものを、水道水をかけ流しにしたステンレス製のバットに立てた。これに対して、赤かび病菌の分生子が顕微鏡２００倍視野当たり１５個程度になるように調整した懸濁液を十分に噴霧した。分生子接種後２日間は２５℃・湿度１００％の条件下、その後の６日間は１８℃・湿度９０％前後の人工気象室にて栽培した。光条件は日長１４時間・照度約１０，０００ｌｕｘとした。分生子接種後８日目に肉眼で観察して黄褐色に変色した頴花を罹病粒として罹病性小穂歩合を調査し、表３に示す基準に従って０（抵抗性）〜１０（罹病性）のスコアで評価している。
【０３１６】
【表３】

またＱＴＬ解析のアルゴリズムには、simple interval mapping （ＳＩＭ）とcomposite interval mapping （ＣＩＭ）を用い、解析ソフトウエアにはそれぞれ、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬとＱＴＬ Ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒを用いて行なった。
【０３１７】
上記ＱＴＬ解析の結果、特にＣＩＭの結果を図３に示す。ＱＴＬ解析は同じ集団について２回行なっており、それぞれの結果を示している（１回目の結果を実線で、２回目の結果を破線で示す）。図３（ａ）は２Ｈ染色体についてのＱＴＬ解析の結果を示し、図３（ｂ）は５Ｈ染色体についてＱＴＬ解析を行なった結果を示している。また横軸は染色体上の座を示し、左側が短腕側（５’端側）で右側が長腕側（３’端側）を示している。一方縦軸はＬＯＤスコア（LOD score：対数尤度）を示している。このＬＯＤスコアは、赤かび病抵抗性の形質を支配する遺伝子（赤かび病抵抗性因子）とその座に存在する遺伝マーカーの連鎖の尺度であり、一般にＬＯＤスコアが２または３を超えた場合に、その遺伝マーカーとＱＴＬと連鎖関係にあることが推定される。つまりその遺伝子座に赤かび病抵抗性因子が存在すると推定することができるということである。
【０３１８】
図３（ａ）の結果より、オオムギの２Ｈ染色体上に２つ赤かび病抵抗性に関するＱＴＬが検出され、図３（ｂ）の結果より５Ｈ染色体上に１つの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬが検出された。オオムギの２Ｈ染色体で検出されたＱＴＬのうち１つは、公知の条性遺伝子（ｖｒｓ１）の位置（図３（ａ）矢印で示す）と一致したことより、ｖｒｓ１遺伝子の多面発現の可能性が示唆された。この結果は、これまでの赤かび病抵抗性に対する条性の関与を支持する結果であった。しかしその他のＱＴＬの遺伝子座に存在する遺伝子については未知であり、条性遺伝子以外の赤かび病抵抗性因子が存在しているものと考えられた。ここで特にオオムギの２Ｈ染色体上に存在しｖｒｓ１遺伝子の位置とは異なる遺伝子座に存在する赤かび病抵抗性因子を「２Ｈ―２因子」と命名し、オオムギの５Ｈ染色体上に座乗するそれを「５Ｈ―１因子」と命名した。
【０３１９】
発明者等が作成した高密度連鎖地図の情報をもとに、上記赤かび病抵抗性因子２Ｈ―２因子、５Ｈ−１因子の遺伝子座の近傍に位置する遺伝マーカーを検索し、特に上記赤かび抵抗因子に強連鎖する遺伝マーカー、すなわち本発明にかかる遺伝マーカーを発見するに至った。２Ｈ−２因子に連鎖する遺伝マーカーとして、ＭＭ３１４およびＦＭ６７７を発見した。また５Ｈ−１因子に連鎖する遺伝マーカーとして、ＦＭ４２６、ＭＭ１０５７を発見した。
【０３２０】
これらの遺伝マーカーはいずれもＡＦＬＰマーカーであるため、それぞれをＳＴＳ化し、そのシークエンス情報から各遺伝マーカーの増幅用プライマーを設計した。ＭＭ３１４は配列番号１および配列番号２に示す第一プライマーセットを用いて増幅することができ、ＦＭ６７７は配列番号３および配列番号４に示す第二プライマーセットを用いて増幅することができる。一方ＦＭ４２６は配列番号５および配列番号６に示す第三プライマーセット、または配列番号５および配列番号７に示す第四プライマーセットを用いて増幅することができる。
【０３２１】
〔実施例２：遺伝マーカーの検出による赤かび病抵抗性因子の有無の判断（赤かび病抵抗性オオムギの判定）〕
本発明にかかる遺伝マーカーを検出することによって、試験対象オオムギが赤かび病抵抗性因子を有するか否かを判断した。またその結果から赤かび病抵抗性オオムギの判定を行なった。
【０３２２】
＜試験対象オオムギ＞
赤かび病に対する抵抗性が大きく異なるオオムギ品種Russia６（二条、抵抗性）とH.E.S.４（六条、罹病性）の交配から育種した組み換え近交系統（ＲＩ系統）を用いた。
【０３２３】
＜ＤＮＡの抽出＞
温室で育成した前記ＲＩ系統の葉身からLanbrigeらの方法（Peter Langrige, Angelo Karakousis and Jan Nield. (1997) Practical Workshop in Basic Recombinant DNA Techniques Course Manual. Waite Agricultural Research Institute University of Adelaide.参照）によってＤＮＡを抽出した。ＤＮＡ濃度は分光光度計および１％アガロースゲル電気泳動によって測定し、ＲＮａｓｅと１×ＴＥを加えて１μｇ／μｌに調整した。
【０３２４】
＜ＰＣＲ＞
ＰＣＲ反応液の組成は５Ｕ／μｌ ＴａＫａＲａ Ｅｘ Ｔａｑ^TM（タカラバイオ社製）０．０５μｌ, １０×ＰＣＲ Ｂｕｆｆｅｒ １μｌ,２．５ｍＭ ｄＮＴＰｓ ０．８μｌ,１０μＭ Ｐｒｉｍｅｒ(センスプライマー、アンチセンスプライマー) 各０．２５μｌ，鋳型ＤＮＡ１μｌを混合し、蒸留水にて全量１０．０μｌとした。
【０３２５】
増幅反応は、図４に示す条件にて行なった。
【０３２６】
＜ＨｈａＩ消化＞
ＰＣＲ産物１０μｌ、１０×Ｍ ｂｕｆｆｅｒ（タカラバイオ社製） １μｌ、ＨｈａＩ（タカラバイオ社製） ０．２μｌを混合し、蒸留水にて全量１０μｌとした。
【０３２７】
反応は、３７℃で一晩行なった。
【０３２８】
＜ＤＮＡバンドの検出＞
ＰＣＲ産物に等量のホルムアミドダイを加え９５℃・５分間加熱後、氷中で急冷した。このサンプルを７％ポリアクリルアミドゲル（アクリルアミド：ビスアクリルアミド＝１９：１、尿素：８．５Ｍ、０．５×ＴＢＥ）で電気泳動（２８０Ｖ、３時間）を行なった。ＤＮＡの染色は、TMVistra Green nucleic acid gel stain (Amersham pharmacia biotech co.) により行なった。また、ＤＮＡバンドの検出には、LAS-1000plus （富士フィルム社製）を用いる方法か、あるいはsil-Best Stain for Protein/PAGE （ナカライテスク社製）を用いた銀染色法（菅野 康吉、１９９７、「増幅断片の検出と標識５ 銀染色、ＰＣＲ法最前線 基礎技術から応用まで」、関谷 剛男・藤永 編、共立出版、ｐ８５〜８７参照）により行なった。
【０３２９】
なお、必要に応じてＰＣＲ産物を適当な制限酵素で消化したものを上記方法によりＤＮＡバンドを検出した。
【０３３０】
＜結果＞
配列番号１および２に記載のプライマーを用いて、Russia６、H.E.S.４、およびＲＩ系統からのゲノムＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行ない、得られたＰＣＲ産物について電気泳動を行なった結果を図５（ａ）に示した。
【０３３１】
図５（ａ）は配列番号１および配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーを用いてＰＣＲを行なった結果であることより、本発明にかかる遺伝マーカーＭＭ３１４の多型を検出したものである。図５（ａ）の左のレーンから順にRussia６、H.E.S.４、および各ＲＩ系統（RI lines）の結果を示している。よって抵抗性のRussia６のレーンに見られる＞５２４ｂｐの断片が抵抗性型のＭＭ３１４である。よってＲＩ系統においてかかる＞５２４ｂｐの断片が検出されれば、そのＲＩ系統は２Ｈ−２因子を持つ可能性が高いということが判断でき、さらにはそのＲＩ系統は赤かび病抵抗性オオムギである可能性が高いということが判断できる。すなわち、図５（ａ）中のＲＩ系統のうちａ１、ａ２、ａ４およびａ５は、２Ｈ−２因子を持つ可能性が高いということが判断でき、さらにはそのＲＩ系統は赤かび病抵抗性オオムギである可能性が高いということが判断できた。
【０３３２】
一方、罹病性のH.E.S.４のレーンで見られる＞５８１ｂｐの断片を持つＲＩ系統は、２Ｈ−２因子を持っていない可能性が高く、赤かび病罹病性オオムギである可能性が高いと判断できる。すなわち、図５（ａ）中のＲＩ系統のうちａ３は、２Ｈ−２因子を持っていない可能性が高く、赤かび病罹病性オオムギである可能性が高いと判断できた。
【０３３３】
次に配列番号５および配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーを用いて、Russia６、H.E.S.４、およびＲＩ系統からのゲノムＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行ない得られたＰＣＲ産物をＨｈａＩ消化したものについて電気泳動を行なった結果を図５（ｂ）に示した。
【０３３４】
配列番号５および配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーを用いてＰＣＲを行なっていることより、本発明にかかる遺伝マーカーＦＭ４２６の多型を検出したものである。ただしＦＭ４２６は、表２に示したように得られる増幅断片のサイズが同一であるため、増幅産物そのものを電気泳動にかけても該遺伝マーカーの多型を検出することができない。そこで図２（ｃ）、（ｄ）に示したように、赤かび病抵抗性オオムギRussia６の増幅産物を切断するが赤かび病に対する罹病性オオムギH.E.S.４の増幅産物を切断しない制限酵素、つまりＨｈａＩにて消化を行ない、その切断断片のサイズを確認することによって、本発明にかかる遺伝マーカーであるか否かを判断することとした。
【０３３５】
より具体的には、この増幅反応で得られた増幅断片（２５４ｂｐ）についてＨｈａＩで消化した際に、一箇所切断され１９４ｂｐと６０ｂｐの断片が検出されれば抵抗性型の遺伝マーカー（ＦＭ４２６）であると判断でき、切断されずに２５４ｂｐの断片のみが検出されれば罹病性型の遺伝マーカー（ＦＭ４２６）であると判断することができる。
【０３３６】
図５（ｂ）には、上記各増幅断片のＨｈａＩ消化物の電気泳動結果を示しており、左のレーンから順にRussia６、H.E.S.４、および各ＲＩ系統（RI lines）の結果を示している。図５（ｂ）の結果によれば、抵抗性オオムギ品種であるRussia６のレーンには、確かに１９４ｂｐと６０ｂｐの断片が見られ、罹病性オオムギ品種であるH.E.S.４のレーンでは２５４ｂｐの断片のみが見られるということがわかる。よって各ＲＩ系統においてかかる１９４ｂｐと６０ｂｐの断片が検出されれば、そのＲＩ系統は５Ｈ−１因子を持つ可能性が高いということが判断でき、さらにはそのＲＩ系統は赤かび病抵抗性オオムギである可能性が高いということが判断できる。すなわち、図５（ｂ）中のＲＩ系統のうちｂ３およびｂ４は、５Ｈ−１因子を持つ可能性が高いということが判断でき、さらにはそのＲＩ系統は赤かび病抵抗性オオムギである可能性が高いということが判断できる。
【０３３７】
一方、２５４ｂｐの断片を持つＲＩ系統は、５Ｈ−１因子を持っていない可能性が高く、赤かび病罹病性オオムギである可能性が高いと判断できる。すなわち、図５（ｂ）中の各ＲＩ系統のうちｂ１、ｂ２およびｂ５は、５Ｈ−１因子を持っていない可能性が高く、赤かび病罹病性オオムギである可能性が高いと判断できる。
【０３３８】
〔実施例３：本発明にかかる赤かび病抵抗性オオムギの判定結果と赤かび病抵抗性スコアとの関係〕
遺伝マーカーを指標として赤かび病抵抗性オオムギか否かを判断した結果と、赤かび病抵抗性スコアの関係を検討した。
【０３３９】
＜試験対象オオムギ＞
赤かび病に対する抵抗性が大きく異なるオオムギ品種Russia６（二条、抵抗性）とH.E.S.４（六条、罹病性）の交配から育種した組み換え近交系統（ＲＩ系統）を用いた（ｎ＝１２１）。
【０３４０】
＜赤かび病抵抗性スコア＞
赤かび病抵抗性スコア（Ｓｃａｂ ｓｃｏｒｅ）は、「切り穂検定法」（非特許文献４参照）の改変法で評価した。簡単には以下のとおりにして行なった。
【０３４１】
試験対象オオムギ（ＲＩ系統）をそれぞれ慣行法で栽培し、それぞれの系統の開花期に止葉をつけて上から２番目の節間で穂を切り取ったものを水道水をかけ流しにしたステンレス製のバットに立てた。これに対して、赤かび病菌の分生子が顕微鏡２００倍視野当たり１５個程度になるように調整した懸濁液を十分に噴霧した。分生子接種後２日間は２５℃・湿度１００％の条件下、その後の６日間は１８℃・湿度９０％前後の人工気象室にて栽培した。光条件は日長１４時間、照度約１０，０００ｌｕｘとした。分生子接種後８日目に肉眼で観察して黄褐色に変色した頴花を罹病粒として罹病性小穂歩合を調査し、表３に示す基準に従って０（抵抗性）〜１０（罹病性）のスコアで評価した（表３参照）。
【０３４２】
＜遺伝マーカーの検出＞
遺伝マーカーを上記実施例２に示した方法と同様にして遺伝マーカーが抵抗性型か、罹病性型かを判断することによって行なった。判断対象とする赤かび病抵抗性因子は、２Ｈ−２因子、５Ｈ−１因子およびｖｒｓ１遺伝子について行なった。
【０３４３】
＜結果＞
図６に結果を示す。図６の横軸は赤かび病抵抗性スコア(Scab score)を示し、縦軸は個体数(No. of RI lines)を示している。また矢印赤かび病抵抗性のRussia６、および赤かび病に罹病性のH.E.S.４の赤かび病抵抗性スコアを示している。また図中黒塗りのシンボルは３つ全ての遺伝マーカーが赤かび病抵抗性型を示したＲＩ系統についての赤かび病抵抗性スコアの結果を示し、斜線のシンボルは３つ全ての遺伝マーカーが罹病性型を示したＲＩ系統についての赤かび病抵抗性スコアを示し、白抜きのシンボルは、遺伝マーカーが抵抗性型、罹病性型の両方混在していたＲＩ系統についての赤かび病抵抗性スコアを示している。
【０３４４】
図６の結果によると、３つ全ての遺伝マーカーが赤かび病抵抗性型を示したＲＩ系統は赤かび病抵抗性スコア値が低い、つまり赤かび病抵抗性品種である確率が高く、逆に３つ全ての遺伝マーカーが罹病性を示したＲＩ系統は赤かび病抵抗性スコアが高い、つまり赤かび病に対して罹病性品種である確率が高いということがわかった。
【０３４５】
よって、本発明にかかる遺伝マーカーを指標として、赤かび病抵抗性オオムギか否かを判断する方法は極めて有効であるということがわかった。
【０３４６】
〔実施例４：オオムギの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬ解析〕
オオムギの赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座を検索するためにＱＴＬ解析を行なった。
【０３４７】
＜材料＞
赤かび病に対する抵抗性が異なるオオムギ品種Russia６（二条、抵抗性）とH.E.S.４（六条、罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＨＩ集団）、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＲＩ２集団）、およびはるな二条（抵抗性）とＨ６０２（罹病性）の交配から育成したＲＩ系統（ＤＨＨＳ集団）を用いた。
【０３４８】
＜赤かび病抵抗性の評価方法＞
「切り穂検定法」（非特許文献４参照）の改変法で評価した。簡単には以下のとおりにして行なった。
【０３４９】
材料を慣行法で栽培し、それぞれの系統の開花期に止葉をつけて上から２番目の節間で穂を切り取ったものに対し、水道水をかけ流しにしたステンレス製のバットに立てた。これに対して、赤かび病菌の分生子が顕微鏡２００倍視野当たり１５個程度になるように調整した懸濁液を十分に噴霧した。分生子接種後２日間は２５℃・湿度１００％の条件下、その後の６日間は１８℃・湿度９０％前後の人工気象室にて栽培した。光条件は日長１４時間・照度約１０、０００ｌｕｘとした。分生子接種後８日目に肉眼で観察して黄褐色に変色した頴花を罹病粒として罹病性小穂歩合を調査し、表１に示す基準に従って０（抵抗性）〜１０（罹病性）のスコアで評価している。
【０３５０】
【表４】

またＱＴＬ解析のアルゴリズムには、composite interval mapping （ＣＩＭ）を用い、解析ソフトウエアにはそれぞれ、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬとＱＴＬ Ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒを用いて行なった。ＬＯＤスコアの閾値を２に設定し、ＬＯＤスコアが２を超えた場合に当該２つのマーカー区間内の最もＬＯＤの大きな位置にＱＴＬの存在を推定した。
【０３５１】
＜結果＞
ＲＨＩ集団の結果を表５に、ＲＩ２集団の結果を表６に、ＤＨＨＳ集団の結果を表７に示した。
【０３５２】
【表５】

表５から明らかなように、ＲＨＩ集団において、赤かび病抵抗性に関与するＱＴＬを２Ｈ染色体上に１つ、４Ｈ染色体上に１つ検出した。このうち２Ｈ染色体上に検出された赤かび病抵抗性に関与するＱＴＬは、発明者らのこれまでの検討により既に検出したものであった。したがって、今回の検討によって、新たに４Ｈ染色体上に１つ赤かび病抵抗性に関与するＱＴＬを発見したことになる。
【０３５３】
上記ＱＴＬは、遺伝マーカーMMtgaEatc128から０．０ｃＭの距離、遺伝マーカーFMgcgEatc530から短腕側に８．０ｃＭの距離で、両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．７である。このＱＴＬで表現型の分散の１２．４％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で上記「切り穂検定法」のスコアが１．１下がる（すなわち抵抗性が上がる）。
【０３５４】
【表６】

ＲＩ２集団については２回ＱＴＬ解析を行なっており、１回目のＱＴＬ解析では、赤かび病抵抗性に関与するＱＴＬを２Ｈ染色体上に１つ検出した。また２回目のＱＴＬ解析により、４Ｈ染色体上に１つ、６Ｈ染色体上に１つ検出した。
【０３５５】
上記２Ｈ染色体上に検出したＱＴＬは、遺伝マーカーFXLRRfor_XLRRrev119から長腕側に０．２ｃＭの距離で、遺伝マーカーFegtaMacg677から短腕側に３．３ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．６である。このＱＴＬで表現型の分散の１０．１％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で上記「切り穂検定法」のスコアが１．３下がる（すなわち抵抗性が上がる）。
【０３５６】
また上記４Ｈ染色体上に検出したＱＴＬは、遺伝マーカーFMacgEcgt288から長腕側に０．３ｃＭの距離で、遺伝マーカーHVM67から短腕側に４６．８ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．２である。このＱＴＬで表現型の分散の２５．５％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で上記「切り穂検定法」のスコアが０．９下がる（すなわち抵抗性が上がる）。
【０３５７】
また上記６Ｈ染色体上に検出したＱＴＬは、遺伝マーカーFMataEagc408から長腕側に４．１ｃＭの距離で、遺伝マーカーHVM11から短腕側に９．４ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコア２．７である。このＱＴＬで表現型の分散の２８．６％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で上記「切り穂検定法」のスコアが１．０下がる（すなわち抵抗性が上がる）。
【０３５８】
【表７】

表７から明らかなように、ＤＨＨＳ集団においては、赤かび病抵抗性に関与するＱＴＬを２Ｈ染色体上に１つ、４Ｈ染色体上に１つ、５Ｈ染色体上に１つ検出した。
【０３５９】
上記２Ｈ染色体上に検出したＱＴＬは、遺伝マーカーBmag125から０．０ｃＭの距離で、遺伝マーカーk04002から短腕側に１０．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは２．０である。このＱＴＬで表現型の分散の１２．２％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で上記「切り穂検定法」のスコアが２．２下がる（すなわち抵抗性が上がる）。
【０３６０】
また上記４Ｈ染色体上に検出したＱＴＬは、遺伝マーカーk05042から長腕側に１．２ｃＭの距離で、遺伝マーカーk03289から短腕側に４．０ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコアは３．２である。このＱＴＬで表現型の分散の２７．７％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で上記「切り穂検定法」のスコアが２．８上がる（すなわち抵抗性が下がる）。
【０３６１】
また上記５Ｈ染色体上に検出したＱＴＬは、遺伝マーカーHvLoxから長腕側に０．５ｃＭの距離で、遺伝マーカーｋ00835から短腕側に１．９ｃＭの距離で両遺伝マーカーに挟まれる位置に座乗しており、ＬＯＤスコア３．１である。このＱＴＬで表現型の分散の１９．７％を説明できる。また、このＱＴＬの存在で上記「切り穂検定法」のスコアが２．４下がる（すなわち抵抗性が上がる）。
【０３６２】
なお上記表５〜７中の「Chromosome」は「遺伝マーカーが座上する染色体」を意味し、「Marker interval(M1-A-QTL-B-M2)」は「ＱＴＬの近傍に座上し、該ＱＴＬを挟む２つの遺伝マーカー（Ｍ１、Ｍ２）」を意味し、「Distance(cM)A+B」は「ＱＴＬを挟む２つの遺伝マーカー間の距離」を意味し、「Position^a」(cM)A」は「遺伝マーカーＭ１とＱＴＬ間の距離」を意味し、「Position(cM)B」は「遺伝マーカーＭ２とＱＴＬ間の距離」を意味し、「LOD^b」Score」は「ＬＯＤスコアのピーク値」を意味し、「Var.(%)^c」」は「ＱＴＬの存在により表現型の分散の何（％）を説明することができるかを示す値」を意味し、「Weight^d)」は「ＱＴＬの存在により上記『切り穂検定法』のスコアがどれだけ上がるかを示す値」を意味している。
【０３６３】
〔実施例５：遺伝マーカー「MMtgaEatc128」の検出〕
（方法）
５０ｎｇの試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを各１.５ＵのＥｃｏＲＩ(タカラバイオ社製)およびＭｓｅＩ(NEW ENGLAND BioLabs社製)により、合計２５μｌの反応系において３７℃で１２時間ダブルダイジェストを行なった。制限酵素処理後のＤＮＡに５μＭ ＥｃｏＲＩアダプター（塩基配列は配列番号１４および配列番号１５に示す）と５０μＭ ＭｓｅＩアダプター（塩基配列は配列番号１６および配列番号１７に示す）を２５ＵのＴ４ ｌｉｇａｓｅ（タカラバイオ社製）によって３７℃、３時間ライゲーションを行なった。上記ライゲーション後のＤＮＡ断片をＥｃｏＲＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号１８に示す）とＭｓｅＩのユニバーサルプライマー（塩基配列は配列番号１９に示す）を用いてプレアンプリフィケーション（予備増幅）を行なった。０．０７ｍｇ／ｍｌプレアンプリフィケーションの反応溶液について、配列番号３３に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３２に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なった。なお増殖反応には、TaKaRa Ex Taq（タカラバイオ社製）を用いた。
【０３６４】
上記予備増幅の反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→５６℃１分間→７２℃１分間の工程を２０回行なった。
【０３６５】
また本増幅の反応サイクルは、９４℃３０秒間→６８℃３０秒間→７２℃１分間の後、９４℃３０秒間→６８℃３０秒間→７２℃３０秒間→９４℃３０秒間→６７．３℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６６．６℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６５．９℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６５．２℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６４．５℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６３．８℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６３．１℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６２．４℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６１．７℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６１．０℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→６０．３℃３０秒→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５９．６℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５８．９℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５８．２℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５７．５℃３０秒間→７２℃１分間→９４℃３０秒間→５６．８℃３０秒間→７２℃１分間の後、９４℃３０秒間→５６℃３０秒間→７２℃１分間の工程を２３回行なった。
【０３６６】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図８に示す。図８中の左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種であるRussia６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のH.E.S.４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Russia６とH.E.S.４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＨＩ集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０３６７】
図８の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）と罹病性型（H.E.S.４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Russia６型）のものが約１２８ｂｐ（図中矢印で示す）であり、罹病性型（H.E.S.４型）のものは０ｂｐである。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）は、約１２８ｂｐの増幅断片が得られるのに対して、罹病性型（H.E.S.４型）は約１２８ｂｐの増幅断片が得られないということである。よって、試験対象植物について上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約１２８ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３６８】
〔実施例６：遺伝マーカー「FMgcgEatc530」の検出〕
（方法）
方法については、配列番号３５に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３４に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例５に示した方法と同様にした。
【０３６９】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図９に示す。図９中の左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種であるRussia６について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のH.E.S.４について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示す。その他のレーンについては、Russia６とH.E.S.４の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＨＩ集団について上記ＡＦＬＰの検出を行なった結果を示している。
【０３７０】
図９の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）と罹病性型（H.E.S.４型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Russia６型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（H.E.S.４型）のものは約５３０ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Russia６型）は、約５３０ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（H.E.S.４型）は約５３０ｂｐの増幅断片が得られるということである。よって、試験対象植物について上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約５３０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３７１】
〔実施例７：遺伝マーカー「FXLRRfor_XLRRrev119」〕の検出〕
（方法）
配列番号２２および２３に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃５分間の後、９４℃１分間→４５℃１分間→７２℃２分間を４５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０３７２】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１０に示す。図１０中の左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種であるHarbin 2-rowについての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のTurkey 6の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団についての増幅断片の結果を示している。
【０３７３】
図１０の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row 型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約１１９ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）は約１１９ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Turkey 6型）は約１１９ｐの増幅断片が得られるということである。よって、試験対象植物について上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約１１９ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該２Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３７４】
〔実施例８：遺伝マーカー「FmacgEcgt288」の検出〕
（方法）
方法については、配列番号３７に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号３６に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例５に示した方法と同様にした。
【０３７５】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１１に示す。図１１中の左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種であるHarbin 2-rowについての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のTurkey 6の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団についての増幅断片の結果を示している。
【０３７６】
図１１の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row 型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約２８８ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）は約２８８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Turkey 6型）は約２８８ｐの増幅断片が得られるということである。よって、試験対象植物について上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約２８８ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３７７】
〔実施例９：遺伝マーカー「HVM67」の検出〕
（方法）
配列番号３８および３９に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃３分間の後、９４℃１分間→６４℃１分間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃１分間を１０回行なった後、９４℃１分間→５５℃１分間→７２℃１分間を３０回行なった後、７２℃５分間とした。
【０３７８】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１２に示す。図１２中の左端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種であるHarbin 2-rowについての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のTurkey 6の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団についての増幅断片の結果を示している。
【０３７９】
図１２の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row型）のものが１６０ｂｐ（図中矢印で示す）であり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約１４０ｂｐ（図中白抜き矢印で示す）である。よって、試験対象植物について上記の検出操作を行ない、約１６０ｂｐあるいは約１４０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３８０】
〔実施例１０：遺伝マーカー「FMataEagc408」の検出〕
（方法）
方法については、配列番号４５に示される塩基配列を有するＥｃｏＲＩのセレクティブプライマー、および配列番号４４に示される塩基配列を有するＭｓｅＩのセレクティブプライマーを用いて増幅反応（本増幅）を行なう以外は、上記実施例５に示した方法と同様にした。
【０３８１】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１３に示す。図１３中の左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、同図中左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種であるHarbin 2-rowについての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のTurkey 6の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団についての増幅断片の結果を示している。
【０３８２】
図１３の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row 型）のものが０ｂｐであり、罹病性型（Turkey 6型）のものは約４０８ｂｐ（図中矢印で示す）である。換言すれば、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row 型）は約４０８ｂｐの増幅断片が得られないのに対して、罹病性型（Turkey 6型）は約４０８ｐの増幅断片が得られるということである。よって、試験対象植物について上記ＡＦＬＰの検出操作を行ない、約４０８ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該６Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３８３】
〔実施例１１：遺伝マーカー「HVM11」の検出〕
（方法）
配列番号４６および４７に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃３分間の後、９４℃１分間→６４℃１分間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃１分間を１０回行なった後、９４℃１分間→５５℃１分間→７２℃１分間を３０回行なった後、７２℃５分間とした。
【０３８４】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１４に示す。図１４中右端レーンは赤かび病抵抗性オオムギ品種であるHarbin 2-rowについての増幅断片の結果を示し、同図中右端レーンから２レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のTurkey 6の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、Harbin 2-row（抵抗性）とTurkey 6（羅病性）の交配から育成した組み換え近交系統（ＲＩ系統）ＲＩ２集団についての増幅断片の結果を示している。
【０３８５】
図１４の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（Harbin 2-row型）と罹病性型（Turkey 6型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（Harbin 2-row型）のものが１４４ｂｐ（図中矢印で示す）であり、罹病性型（Turkey 6型）のものは罹病性型のものは約１００ｂｐ−１６０ｂｐ（図中白抜き矢印で示す）に増幅断片が見られる。よって、試験対象植物について上記検出操作を行ない、約１４４ｂｐあるいは約１００ｂｐ−１６０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該６Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３８６】
〔実施例１２：遺伝マーカー「Bmag125」の検出〕
（方法）
配列番号２４および２５に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃３分間、５５℃１分間、７２℃１分間の後、９４℃１分間→５５℃１分間→７２℃１分間を３０回行なった後、７２℃５分間とした。
【０３８７】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１５に示す。図１５中左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種である、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示し、４レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳについての増幅断片の結果を示している。
【０３８８】
図１５の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（はるな二条型）のものが１４２ｂｐ（図中矢印で示す）であり、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは罹病性型のものは約１３４ｂｐ（図中白抜き矢印で示す）に増幅断片が見られる。よって、試験対象植物について上記の検出操作を行ない、約１４２ｂｐあるいは約１３４ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該２Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３８９】
〔実施例１３：遺伝マーカー「k04002」の検出〕
（方法）
配列番号２６および２７に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０３９０】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１６に示す。図１６中左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種である、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示し、４レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳについての増幅断片の結果を示している。
【０３９１】
図１６の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（はるな二条型）のものが約３５０ｂｐ（図中矢印で示す）であり、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは罹病性型のものは約４４０ｂｐ（図中白抜き矢印で示す）に増幅断片が見られる。よって、試験対象植物について上記検出操作を行ない、約３５０ｂｐあるいは約４４０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該２Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３９２】
〔実施例１４：遺伝マーカー「k05042」の検出〕
（方法）
配列番号４０および４１に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０３９３】
上記増幅産物を１．６ＵのＨａｐＩＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０３９４】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１７に示す。図１７中左端レーンは赤かび病抵抗性オオムギ品種である、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから２レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示し、３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条とＨ６０２の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳについての増幅断片の結果を示している。
【０３９５】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＨａｐＩＩ）の消化パターンが異なる。図１７の結果によれば、上記操作による消化断片には、赤かび病に対してはるな二条型と抵抗性型Ｈ６０２型が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約１５０ｂｐ、約３５０ｂｐ、約５００ｂｐであり、Ｈ６０２型のものは約３００ｂｐ、約３４０ｂｐ、約３６０ｂｐに増幅断片が見られる。なお、Ｈ６０２型の約３４０ｂｐ、約３６０ｂｐの増幅断片は電気泳動の解像度が低い場合重複して見える場合がある。よって、試験対象植物について上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０３９６】
ただし既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）は、赤かび病罹病性型品種であるＨ６０２が有する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）である。よって、本遺伝マーカーを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【０３９７】
〔実施例１５：遺伝マーカー「k03289」の検出〕
（方法）
配列番号４２および４３に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０３９８】
上記増幅産物を１．６ＵのＳａｃＩＩ（タカラバイオ社製）を用いて、３７℃１５時間制限酵素消化を行なった。
【０３９９】
（結果）
上記制限酵素消化後の増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１８に示す。図１８中右端レーンは、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図中右端レーンから２レーン目はＨ６０２の増幅断片の結果を示し、３レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳについての増幅断片の結果を示している。
【０４００】
当該遺伝マーカーは、既述の通りＣＡＰＳマーカーである。よって、制限酵素（ＳａｃＩＩ）の消化パターンが異なる。図１８の結果によれば、上記操作による消化断片には、赤かび病に対してはるな二条型とＨ６０２型が存在し、それぞれの消化断片の断片長は、はるな二条型のものが約２５０ｂｐ、約２５０ｂｐであり、Ｈ６０２型のものは約５００ｂｐに増幅断片が見られる。よって、試験対象植物について上記操作を行ない、消化断片のパターンを指標にすれば、対象植物個体が当該４Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０４０１】
ただし、既述の通り、本遺伝マーカーが連鎖する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）は、赤かび病罹病性型品種であるＨ６０２が有する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）である。よって、本遺伝マーカを検出する場合は、はるな二条型が罹病性型となり、Ｈ６０２型が抵抗性型となる。
【０４０２】
〔実施例１６：遺伝マーカー「HvLOX」の検出〕
（方法）
配列番号２８および２９に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃３分間、５８℃１分間、７２℃１分間の後、９４℃３０秒間→５８℃３０秒間→７２℃３０秒間を３０回行なった後、７２℃５分間とした。
【０４０３】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図１９に示す。図１９中左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種である、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳについての増幅断片の結果を示している。
【０４０４】
図１９の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（はるな二条型）のものが１５５ｂｐ（図中矢印で示す）であり、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは約１５７ｂｐ（図中白抜き矢印で示す）に増幅断片が見られる。よって、試験対象植物について上記の検出操作を行ない、約１５５ｂｐあるいは約１５７ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該５Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０４０５】
〔実施例１７：遺伝マーカー「ｋ00835」の検出〕
（方法）
配列番号３０および３１に示される塩基配列を有するプライマーを用い、試験対象オオムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、増幅反応を行なった。反応サイクルは、９４℃２分間の後、９４℃３０秒間→６５℃３０秒間（１サイクルごとに１℃低下させる）→７２℃２分間を５回行なった後、９４℃３０秒間→６０℃３０秒間→７２℃２分間を３５回行なった後、７２℃７分間とした。
【０４０６】
（結果）
上記増幅反応によって得られた増幅断片について電気泳動を行なった結果を図２０に示す。図２０中左端レーンおよび右端レーンはサイズマーカーを示し、左端レーンから２レーン目は赤かび病抵抗性オオムギ品種である、はるな二条についての増幅断片の結果を示し、同図中左端レーンから３レーン目は赤かび病罹病性オオムギ品種のＨ６０２の増幅断片の結果を示し、４レーン目はこれらのＦ１の増幅断片の結果を示す。その他のレーンについては、はるな二条（抵抗性）とＨ６０２（羅病性）の交配から育成した倍加半数体系統（ＤＨ系統）ＤＨＨＳについての増幅断片の結果を示している。
【０４０７】
図２０の結果によれば、上記操作によって増幅される増幅断片には、赤かび病に対して抵抗性型（はるな二条型）と罹病性型（Ｈ６０２型）が存在し、それぞれの増幅断片の断片長は、抵抗性型（はるな二条型）のものが約９００ｂｐ（図中矢印で示す）であり、罹病性型（Ｈ６０２型）のものは約８８０ｂｐ（図中白抜き矢印で示す）に増幅断片が見られる。よって、試験対象植物について上記の検出操作を行ない、約９００ｂｐあるいは約８８０ｂｐの増幅断片の有無を指標にすれば、対象植物個体が当該５Ｈ染色体に座乗する赤かび病抵抗性因子（赤かび病抵抗性に関与する遺伝子座）の対立遺伝子について、抵抗性の遺伝子型を有するか、罹病性の遺伝子型を有するかを判定できる。
【０４０８】
なお本発明は、以上説示した各構成に限定されるものではなく、特許請求の範囲に示した範囲で種々の変更が可能であり、異なる実施形態や実施例にそれぞれ開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態についても本発明の技術的範囲に含まれる。
【産業上の利用可能性】
【０４０９】
本発明によれば、オオムギの赤かび病抵抗性のメカニズムの解明；赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の生産；赤かび病抵抗性因子の有無の判断；赤かび病抵抗性植物（イネ科植物（例えばオオムギをはじめとするムギ類））の判定等を行なうことが可能となる。よって、これまで赤かびが原因で収穫量の低下・品質の低下・人体被害等を被っていたオオムギをはじめとする植物（イネ科植物）に対して適用すればその病害を減少させることができる。従って、園芸農業をはじめとする農業全般に利用可能である。さらには、オオムギ等を原料とする食品産業においても有効に利用可能である。
【図面の簡単な説明】
【０４１０】
【図１（ａ）】２Ｈ染色体上のＤＮＡマーカー（ＭＭ３１４，ＦＭ６７７）および２Ｈ−２因子の位置関係を示す図である。
【図１（ｂ）】５Ｈ染色体上のＤＮＡマーカー（ＦＭ４２６，ＭＭ１０５７）および５Ｈ−１因子の位置関係を示す図である。
【図２（ａ）】抵抗性型（Harbin２）のＦＭ６７７の全塩基配列（配列番号８）を示す図である。
【図２（ｂ）】罹病性型（Turkey６）のＦＭ６７７の全塩基配列（配列番号９）を示す図である。
【図２（ｃ）】抵抗性型（Russia６）のＦＭ４２６の全塩基配列（配列番号１０）を示す図である。
【図２（ｄ）】罹病性型（H.E.S.４）のＦＭ４２６の全塩基配列（配列番号１１）を示す図である。
【図３（ａ）】オオムギの２Ｈ染色体について、オオムギの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬ解析（ＣＩＭ）を行なった結果を示すグラフである。
【図３（ｂ）】オオムギの５Ｈ染色体について、オオムギの赤かび病抵抗性に関するＱＴＬ解析（ＣＩＭ）を行なった結果を示すグラフである。
【図４】実施例２におけるＰＣＲの反応条件を示す図である。
【図５（ａ）】配列番号１および２に記載のプライマーを用いて、Russia６、H.E.S.４、およびＲＩ系統からのゲノムＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行なった際に得られたＰＣＲ産物について電気泳動を行なった結果を示す写真図である。
【図５（ｂ）】配列番号５および７に記載のプライマーを用いて、Russia６、H.E.S.４、およびＲＩ系統からのゲノムＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行なった際に得られたＰＣＲ産物を、さらにＨｈａＩ消化したものについて電気泳動を行なった結果を示す写真図である。
【図６】ＤＮＡマーカーを指標として赤かび病抵抗性オオムギか否かを判断した結果と、赤かび病抵抗性スコアの関係を示すヒストグラムである。
【図７】遺伝マーカー「ＭＭ１０５７」についてＡＦＬＰ分析を行なって多型検出を行った結果を示す電気泳動図である。
【図８】実施例５において遺伝マーカー「MMtgaEatc128」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図９】実施例６において遺伝マーカー「FMgcgEatc530」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１０】実施例７において遺伝マーカー「FXLRRfor_XLRRrev119」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１１】実施例８において遺伝マーカー「FmacgEcgt288」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１２】実施例９において遺伝マーカー「HVM67」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１３】実施例１０において遺伝マーカー「FMataEagc408」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１４】実施例１１において遺伝マーカー「HVM11」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１５】実施例１２において遺伝マーカー「Bmag125」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１６】実施例１３において遺伝マーカー「k04002」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１７】実施例１４において遺伝マーカー「k05042」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１８】実施例１５において遺伝マーカー「k03289」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図１９】実施例１６において遺伝マーカー「HvLOX」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２０】実施例１７において遺伝マーカー「ｋ00835」の多型検出を行なった結果を示す電気泳動図である。
【図２１】遺伝マーカー「k05042」における、はるな二条とＨ６０２間のＳＮＰ、およびＳＮＰ周辺の塩基配列を示す図である。
【図２２】遺伝マーカー「k03289」における、はるな二条とＨ６０２間のＳＮＰ、およびＳＮＰ周辺の塩基配列を示す図である。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
赤かび病抵抗性イネ科植物を判定するために用いられる赤かび病抵抗性イネ科植物の判定キットであって、
以下に示される第十五および十六プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上が含まれることを特徴とする当該判定キット：
配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセット；
配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセット。
【請求項２】
以下に示される第一〜十三および十七〜十八プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上がさらに含まれることを特徴とする請求項１に記載の赤かび病抵抗性イネ科植物の判定キット：
配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセット；
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセット；
配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセット；
配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセット；
配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセット；
配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセット；
配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセット；
配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセット；
配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセット；
配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセット；
配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセット；
配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセット；および
配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセット。
【請求項３】
イネ科植物のゲノムＤＮＡを鋳型とし、
以下に示される第十五および十六プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上のプライマーセットを用いて増幅される増幅断片の多型を検出する工程を含むことを特徴とする赤かび病抵抗性イネ科植物の判定方法：
配列番号４０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十五プライマーセット；
配列番号４２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十六プライマーセット。
【請求項４】
イネ科植物のゲノムＤＮＡを鋳型とし、
以下に示される第一〜十三および十七〜十八プライマーセットのうち、少なくとも１つ以上を用いて増幅される増幅断片の多型を検出する工程をさらに含むことを特徴とする請求項３に記載の赤かび病抵抗性イネ科植物の判定方法：
配列番号１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第一プライマーセット；
配列番号３に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第二プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号６に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第三プライマーセット；
配列番号５に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第四プライマーセット；
配列番号２１に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第五プライマーセット；
配列番号２２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第六プライマーセット；
配列番号２４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第七プライマーセット；
配列番号２６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第八プライマーセット；
配列番号２８に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号２９に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第九プライマーセット；
配列番号３０に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３１に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十プライマーセット；
配列番号３２に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３３に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十一プライマーセット；
配列番号３４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十二プライマーセット；
配列番号３６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号３７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十三プライマーセット；
配列番号４４に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４５に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十七プライマーセット；および
配列番号４６に示される塩基配列を有するプライマーと、配列番号４７に示される塩基配列を有するプライマーとの組み合わせである第十八プライマーセット。

【図１（ａ）】

【図１（ｂ）】

【図２（ａ）】

【図２（ｂ）】

【図２（ｃ）】

【図２（ｄ）】

【図３（ａ）】

【図３（ｂ）】

【図４】

【図５（ｂ）】

【図６】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図５（ａ）】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【公開番号】特開２００７−３１２７９５（Ｐ２００７−３１２７９５Ａ）
【公開日】平成１９年１２月６日（２００７．１２．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−２３２０９８（Ｐ２００７−２３２０９８）
【出願日】平成１９年９月６日（２００７．９．６）
【分割の表示】特願２００５−５１７２８６（Ｐ２００５−５１７２８６）の分割
【原出願日】平成１７年１月２１日（２００５．１．２１）
【出願人】（５０３３６０１１５）独立行政法人科学技術振興機構 (1,734)
【Ｆターム（参考）】