黒毛和種の判定

【課題】黒毛和種であるか否かを判定できる判定方法及び判定キット、並びに、それらに有用なマイクロサテライト及びそれを増幅させるためのプライマー等を提供すること。
【解決手段】DIK5321、DIK5394、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、及びDIK8066から選択される２つのマイクロサテライトペア、あるいは、128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30、及びIDVGA-39から選択される２つのマイクロサテライトペアは、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、又はヘレフォード種との判定に有用である。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、肉や血液などの判定対象物が、黒毛和種であるかどうかを判定する判定方法及び判定キット、並びにその方法及びキットにおいて利用する新規マイクロサテライト、並びにそのマイクロサテライトを増幅させるためのプライマーに関する。
【背景技術】
【０００２】
従来、ウシの品種の鑑別、特に、黒毛和種か否かについての鑑別に有用な遺伝子の多型マーカーの同定が行なわれている（例えば、特許文献１参照）。
【０００３】
しかしながら、黒毛和種であるか否かの判定に有用なマイクロサテライトを用いた判別方法は未だ開発されていない。
【特許文献１】特開２００５−２７６５５号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
本発明は、黒毛和種であるか否かを判定できる判定方法及び判定キット、並びに、それらに有用なマイクロサテライト及びそれを増幅させるためのプライマー等を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明者らは、上記課題を解決すべく鋭意努力した結果、ウシ７番染色体上のマイクロサテライト（DIK5321(GenBank Accession No.AB166318)、DIK5394(GenBank Accession No.AB166375)、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、DIK8066）間及びウシ２１番染色体上のマイクロサテライト（128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30(GenBank Accession No.X85049)、IDVGA-39(GenBank Accession No.X85054)）間に連鎖不平衡が観察され、これを利用して、各マイクロサテライトのアリルを特定して各ハプロタイプを推定することにより、ウシの血液が黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、又はヘレフォード種とのうち、いずれのものであるかを判定することができること、さらに複数のハプロタイプを利用することにより、判定精度が向上することを見出し、本発明を完成するに至った。
【０００６】
本発明に係る判定方法は、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する方法であって、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含む。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
【０００７】
また、本発明に係る判定方法は、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する方法であって、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、及び(e)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含む。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【０００８】
さらに、本発明に係る判定方法は、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する方法であって、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせと、以下の(o)、(p)、(q)、(r)、及び(s)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせのうち、２つ以上の組み合わせを含む。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
(o) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(p) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(q) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(r) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(s) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【０００９】
上述の判定方法は、例えば、判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、マイクロサテライトを増幅させるプライマー対を用いてＰＣＲ法を行い、増幅された断片の長さを測定してマイクロサテライトのアリルを特定してもよい。
【００１０】
なお、上述の判定方法は、例えば、前記選ばれた工程の組み合わせにおいて特定される２つのマイクロサテライトのアリルからなるハプロタイプに関する、あらかじめ得られた頻度情報を用いて、黒毛和種である事後確率を算出し、あらかじめ定めた閾値と比較する工程をさらに含んでもよい。
【００１１】
本発明に係るマイクロサテライトは、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、(l)などである。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）
【００１２】
また、本発明に係るマイクロサテライトは、以下の(a)、(b)、(c)などである。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）
【００１３】
本発明に係る判定キットは、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定するものであって、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対を含む。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）を増幅させるプライマー対
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）を増幅させるプライマー対
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）を増幅させるプライマー対
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）を増幅させるプライマー対
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）を増幅させるプライマー対
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）を増幅させるプライマー対
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）を増幅させるプライマー対
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）を増幅させるプライマー対
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）を増幅させるプライマー対
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）を増幅させるプライマー対
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）を増幅させるプライマー対
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）を増幅させるプライマー対
(m) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）を増幅させるプライマー対
(n) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）を増幅させるプライマー対
【００１４】
また、本発明に係る判定キットは、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定するものであって、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、及び(e)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対を含む。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）を増幅させるプライマー対
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）を増幅させるプライマー対
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）を増幅させるプライマー対
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）を増幅させるプライマー対
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）を増幅させるプライマー対
【００１５】
さらに、本発明に係る判定キットは、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定するものであって、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対の組み合わせと、以下の(o)、(p)、(q)、(r)、及び(s)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対の組み合わせのうち、２つ以上の組み合わせを含む。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）を増幅させるプライマー対
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）を増幅させるプライマー対
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）を増幅させるプライマー対
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）を増幅させるプライマー対
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）を増幅させるプライマー対
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）を増幅させるプライマー対
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）を増幅させるプライマー対
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）を増幅させるプライマー対
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）を増幅させるプライマー対
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）を増幅させるプライマー対
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）を増幅させるプライマー対
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）を増幅させるプライマー対
(m) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）を増幅させるプライマー対
(n) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）を増幅させるプライマー対
(o) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）を増幅させるプライマー対
(p) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）を増幅させるプライマー対
(q) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）を増幅させるプライマー対
(r) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）を増幅させるプライマー対
(s) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）を増幅させるプライマー対
【００１６】
本発明に係るプライマーは、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、(l)などである。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）を増幅させるためのプライマー
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）を増幅させるためのプライマー
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）を増幅させるためのプライマー
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）を増幅させるためのプライマー
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）を増幅させるためのプライマー
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）を増幅させるためのプライマー
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）を増幅させるためのプライマー
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）を増幅させるためのプライマー
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）を増幅させるためのプライマー
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）を増幅させるためのプライマー
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）を増幅させるためのプライマー
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）を増幅させるためのプライマー
【００１７】
また、本発明に係るプライマーは、以下の(a)、(b)、(c)などである。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）を増幅させるためのプライマー
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）を増幅させるためのプライマー
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）を増幅させるためのプライマー
【００１８】
本発明に係る黒毛和種と未知の種との判定方法は、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含む。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
【００１９】
また、本発明に係る黒毛和種と未知の種との判定方法は、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、及び(e)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含む。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【００２０】
さらに、本発明に係る黒毛和種と未知の種との判定方法は、以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせと、以下の(o)、(p)、(q)、(r)、及び(s)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせのうち、２つ以上の組み合わせを含む。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
(o) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(p) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(q) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(r) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(s) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【００２１】
上述の判定方法は、例えば、判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、マイクロサテライトを増幅させるプライマー対を用いてＰＣＲ法を行い、増幅された断片の長さを測定してマイクロサテライトのアリルを特定してもよい。
【００２２】
なお、上述の判定方法は、前記未知の種において、前記選ばれた工程の組み合わせにおいて特定される２つのマイクロサテライトのアリルからなるハプロタイプの頻度情報を得る工程をさらに含んでもよい。また、前記ハプロタイプの頻度情報を用いて、黒毛和種である事後確率を算出し、あらかじめ定めた閾値と比較する工程をさらに含んでもよい。
【発明の効果】
【００２３】
本発明によれば、黒毛和種であるか否かを判定できる判定方法及び判定キット、並びに、それらに有用なマイクロサテライト及びそれを増幅させるためのプライマー等を提供することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２４】
以下、本発明の実施の形態を、実施例を挙げながら詳細に説明する。実施の形態及び実施例に特に説明がない場合には、J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis (Ed.), Molecular cloning, a laboratory manual (3rd edition), Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (2001); F. M. Ausubel, R. Brent, R. E. Kingston, D. D. Moore, J.G. Seidman, J. A. Smith, K. Struhl (Ed.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons Ltd.などの標準的なプロトコール集に記載の方法、あるいはそれを修飾したり、改変した方法を用いる。また、市販の試薬キットや測定装置を用いている場合には、特に説明が無い場合、それらに添付のプロトコールを用いる。
【００２５】
なお、本発明の目的、特徴、利点、及びそのアイデアは、本明細書の記載により、当業者には明らかであり、本明細書の記載から、当業者であれば、容易に本発明を再現できる。以下に記載された発明の実施の形態及び具体的な実施例などは、本発明の好ましい実施態様を示すものであり、例示又は説明のために示されているのであって、本発明をそれらに限定するものではない。本明細書で開示されている本発明の意図並びに範囲内で、本明細書の記載に基づき、様々な改変並びに修飾ができることは、当業者にとって明らかである。
【００２６】
＝＝マイクロサテライトにおけるアリルの決定方法＝＝
ウシのゲノムＤＮＡにおいて、DIK5321、DIK5394、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、DIK8066などのウシ７番染色体上のマイクロサテライトから任意の２つを選択し、あるいは、128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30、IDVGA-39などのウシ２１番染色体上のマイクロサテライトから任意の２つを選択し、それぞれのアリルを決定する方法を記載する。
【００２７】
まず、ウシの判定対象物からゲノムＤＮＡを単離する。判定対象物は、肉、血液、組織、器官、その他、加工食品など、ゲノムＤＮＡを単離できるものであれば何でもよい。なお、判定対象物からのウシのゲノムＤＮＡの単離（抽出）は、常法（例えば、フェノール抽出法、臭化セチルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）法、アルカリＳＤＳ法など）により行うことができる。
【００２８】
上記マイクロサテライトは、以下の図１及び図２に示したプライマーを用い、ウシゲノムＤＮＡを鋳型として増幅させたＤＮＡ断片に含まれる繰り返し配列として定義される。
【００２９】
各マイクロサテライトは、例えば、そのマイクロサテライトを含む領域をＰＣＲにより特異的に増幅させることができるプライマー対を用いて増幅させ、増幅断片の長さ又は塩基配列などを解析することにより調べることができる。なお、DIK5321、DIK5394、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、DIK8066、128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30、IDVGA-39などのマイクロサテライトを含む領域としては、配列番号３９〜５７に示される塩基配列からなるＤＮＡをそれぞれ例示することができるが、これらに限定されるものではなく、上記繰り返し配列を含むものであれば何でもよい。また、上記プライマー対は、マイクロサテライトを挟んで、当該マイクロサテライトを増幅させられるものであれば何でもよいが、特に、図１及び図２に示したプライマー対が好ましい。
【００３０】
ＰＣＲによって増幅させた断片の長さは、例えば、アガロースゲルやポリアクリルアミドゲルなどを用いた電気泳動法、DNAシークエンシング法、サザンハイブリダイゼーション法、SSCP（Single Strand Conformation Polymorphism）法などの既知の方法に準じて測定することができる。また、増幅断片の塩基配列の解析は、例えば、DNAシークエンサーなどの既存の装置を用いて行うことができる。こうして測定された長さにより、アリルが決定される。
【００３１】
＝＝ウシ品種の判定方法＝＝
まず、予め、黒毛和種集団、及び、ホルスタイン種集団、アンガス種集団、又はヘレフォード種集団に属する多数のウシを用いて、上記のようにして各マイクロサテライトにおけるアリルの頻度を決定し、マイクロサテライトペアより成る各ハプロタイプの頻度をＥＭアルゴリズムで推定しておく。黒毛和種集団に対して判別する相手の種が上記以外の場合であっても、予め、その種の中で、以下の計算に使用するハプロタイプの頻度を求めておくことにより、同様にして特定の個体が黒毛和種かどうかを判別することができる。
【００３２】
ここで、例えば、いずれかの品種においては高い頻度で観察され、もう一方の品種においては全く観察されないような排他的なハプロタイプの場合、判定対象のゲノムＤＮＡが、そのハプロタイプに属するアリルのみを有していれば、その個体の品種は、そのハプロタイプが観察される方の品種であると判定できる。
【００３３】
しかし、アリルが複数検出された場合などでは、以下の統計処理を行って、判定対象のウシ品種を容易に判定できる。
【００３４】
（１）黒毛和種、及び、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種の判別方法（１つのハプロタイプを用いる場合）
本実施の形態においては、黒毛和種及びホルスタイン種の判別方法を例に挙げて説明する。
【００３５】
まず、判定対象のウシが黒毛和種またはホルスタイン種であることがわかっている場合、同様に、用いるマイクロサテイトペア（Ａ、Ｂ）における遺伝子型を決定し、ここではＡ_１、Ａ_２，Ｂ_１，Ｂ_２が得られたとする。上述のように推定したハプロタイプ頻度の情報に基づいて、判別対象物が黒毛和種である事後確率Ｐ_１を、以下の条件付き確率の式（式(1)及び式(2)）より算出する。
【数１】

【００３６】
その後、上記事後確率Ｐ_１の分布により、ホルスタイン種の頻度がほぼ「０」となり、かつ、黒毛和種の頻度がほぼ「０」となるように設定した閾値と、算出した事後確率Ｐ_１とを比較し、Ｐ_１の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定し、Ｐ_１の値がθ未満である場合にホルスタイン種と判定する。なお、黒毛和種と、アンガス種又はヘレフォード種との判別についても上述の方法と同様にして行うことができる。
【００３７】
（２）黒毛和種、及び、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種の判別方法（２つのハプロタイプを用いる場合）
本実施の形態においては、黒毛和種及びホルスタイン種の判別方法を例に挙げて説明する。
【００３８】
また、本実施の形態においては、ハプロタイプを形成するマイクロサテライトペアを２組用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、ホルスタイン種であるかを判定する方法を述べる。２組のマイクロサテライトペアを用いることにより、より正確な品種判定が可能になる。
【００３９】
上記（１）において選択したマイクロサテライトペア（Ａ、Ｂ）とは異なるマイクロサテライトペア（Ｃ、Ｄ）をウシ７番染色体あるいはウシ２１番染色体から選択し、上記と同様にして、遺伝子型Ｃ_１、Ｃ_２，Ｄ_１，Ｄ_２をそれぞれ決定する。次に、上述のハプロタイプ頻度情報に基づいて、判別対象物が黒毛和種である事後確率Ｐ_２を、以下の条件付き確率の式（式(3)及び式(4)）より算出する。
【数２】

【００４０】
その後、「ハプロタイプ頻度情報を利用した黒毛和種である事後確率」Ｐ₂を上述の閾値θと比較し、Ｐ₂の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定する。なお、黒毛和種と、アンガス種又はヘレフォード種との判別についても上述の方法と同様にして行うことができる。
【００４１】
（３）黒毛和種及びＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）の判別方法（１つのハプロタイプを用いる場合）
ここでは、黒毛和種及び黒毛和種×ホルスタイン種のＦ１を判別する方法を記述する。
【００４２】
上記（１）と同様に、ハプロタイプを形成するマイクロサテライトペア（Ａ、Ｂ）における遺伝子型を決定し、ここではＡ_１、Ａ_２，Ｂ_１，Ｂ_２が得られたとする。次に、上述のように推定したハプロタイプ頻度情報に基づいて、判別対象物が黒毛和種である事後確率Ｐ_１ＡＢを、以下の条件付き確率の式（式(5)及び式(6)）より算出する。
【数３】

【００４３】
その後、「ハプロタイプ頻度情報を利用した黒毛和種である事後確率」Ｐ_１ＡＢを上述の閾値θと比較し、Ｐ_１ＡＢの値がθ以上である場合に黒毛和種と判定する。
【００４４】
（４）黒毛和種及びＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）の判別方法（２つのハプロタイプを用いる場合）
ここでは、ハプロタイプを形成するマイクロサテライトペアを２組用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、Ｆ１交雑種であるかを判定する方法を述べる。２組のマイクロサテライトペアを用いることにより、より正確な品種判定が可能になる。
【００４５】
上記（３）において選択したマイクロサテライトペア（Ａ、Ｂ）とは異なるマイクロサテライトペア（Ｃ、Ｄ）をウシ７番染色体あるいはウシ２１番染色体から選択し、上記と同様にして、遺伝子型Ｃ_１、Ｃ_２，Ｄ_１，Ｄ_２をそれぞれ決定する。次に、上述のハプロタイプ頻度情報に基づいて、判別対象物が黒毛和種である事後確率Ｐ_{１ＡＢＣＤ}を、以下の条件付き確率の式（式(7)及び式(8)）より算出する。
【数４】

【００４６】
その後、「ハプロタイプ頻度情報を利用した黒毛和種である事後確率」Ｐ_{１ＡＢＣＤ}を上述の閾値θと比較し、Ｐ_{１ＡＢＣＤ}の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定する。
【００４７】
（５）黒毛和種及びＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）の判別方法（３つのハプロタイプを用いる場合）
ここでは、３組のマイクロサテライトペアを用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、Ｆ１交雑種であるかを判定する方法を述べる。３組のマイクロサテライトを用いることにより、さらに正確な品種判定が可能になる。
【００４８】
上記（３）及び（４）において選択したマイクロサテライト（Ａ、Ｂ及びＣ、Ｄ）とは異なるマイクロサテライトペア（Ｅ、Ｆ）をウシ７番染色体あるいはウシ２１番染色体から選択し、上記と同様にして、遺伝子型Ｅ_１、Ｅ_２，Ｆ_１，Ｆ_２をそれぞれ決定する。次に、上述のハプロタイプ頻度情報に基づいて、判別対象物が黒毛和種である事後確率Ｐ_{１ＡＢＣＤＥＦ}を、上述と同様に、以下の条件付き確率の式（式(9)及び式(10)）より算出する。
【数５】

【００４９】
その後、「ハプロタイプ頻度情報を利用した黒毛和種である事後確率」Ｐ_{１ＡＢＣＤＥＦ}を上述の閾値θと比較し、Ｐ_{１ＡＢＣＤＥＦ}の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定する。
【００５０】
なお、以上のような判定方法を組み合わせることにより、種が未知の判定対象物が黒毛和種のものであるかどうかを判定することが可能となる。
【００５１】
＝＝判定キット＝＝
本発明に係る判定キットは、上述の品種の判定において用いられる２以上のマイクロサテライトを特定するために使用する２以上のプライマー対（例えば、図１及び図２に示したプライマー対など）を含むものであればどのようなものでもよく、その他、ＰＣＲを行うための試薬（例えば、ｄＮＴＰ、ＰＣＲ緩衝液、適当なＤＮＡポリメラーゼなど）、判定対象物からウシのゲノムＤＮＡを単離（抽出）するための試薬（例えば、プロテインキナーゼ、抽出・沈殿用溶媒など）、マイクロサテライトを特定するための試薬（例えば、アガロースゲル、ポリアクリルアミドゲル）などを含んでもよい。
【実施例】
【００５２】
以下、本発明を実施例によって具体的に説明する。なお、これらの実施例は本発明を説明するためのものであって、本発明の範囲を限定するものではない。
【００５３】
［実施例１］ハプロタイプ頻度の推定
自動核酸分離装置NA-1000（クラボウ社製）を用いて、黒毛和種個体１９２頭（半きょうだいを最大１０頭まで含む）、ホルスタイン種個体９５頭（半きょうだいを含まない）、アンガス種個体５１頭（半きょうだいを含まない）、あるいは、ヘレフォード種個体４５頭（半きょうだいを最大２頭まで含む）の各血液からゲノムＤＮＡをそれぞれ調製した。調製したゲノムＤＮＡ（20ng）を鋳型とし、図１及び図２に示す所定のプライマー対（各6.25mM）、Tris-HCl（pH 8.3；10mM）、KCl（50mM）、MgCl₂（1.5mM）、dATP（0.21mM）、dCTP（0.21mM）、dGTP（0.21mM）、dTTP（0.21mM）、Taqポリメラーゼ（0.375unit）、及び滅菌蒸留水（適量）を混合し（総反応液量15μl）、同表に示す反応条件でGeneAmp PCR System 9700（Applied Biosystems社製）によりＰＣＲを行った。得られた各ＰＣＲ増幅断片の長さを3700 DNA Analyzer（Applied Biosystems社製）により測定し、各マイクロサテライトにおけるアリル頻度を求めた。
【００５４】
こうして得られた各マイクロサテライトに対する各アリルの頻度情報に基づいて、図１及び図２に示す任意の２つのマイクロサテライトの連鎖不平衡係数を計算したところ、図１及び図２に示すマイクロサテライトが、それぞれハプロタイプブロックを形成していることが明らかになった。
【００５５】
そこで、以下の実施例では、図１及び図２に示す任意のマイクロサテライトペアを用いた、黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する方法の例を記述する。そのため、予め、上記アリル頻度を用い、ハプロタイプ頻度を、ＥＭアルゴリズム（Expectation Maximization Algorithm）法（A. Dempster, N. Laird and D. Rubin, "Maximum likelihood from incomplete data via the EM algorithm," J. Roy. Statist. Soc. B, Vol. 39, pp. 1-38, 1977.）により推定した。
【００５６】
ここで、EMアルゴリズムとは、情報の欠損を含む観測データについて最尤推定を行うときに一般的に用いられる計算アルゴリズムを意味する。尤度最大化と尤度の評価の２ステップを反復することにより最尤推定値を得ることができる。
【００５７】
ハプロタイプ頻度推定の際には、個体によっては２つのハプロタイプの組み合わせ（ディプロタイプ）が不明なことが「情報の欠損」に相当する。以下、マイクロサテライトペアにおけるハプロタイプ頻度推定法を示す。
【００５８】
マイクロサテライトＡ及びＢにはアリルがそれぞれ２種類、すなわちA1、A2、B1、B2が存在するものとする。
【００５９】
ある個体が取り得る遺伝子型の組み合わせは９通り（A1A1B1B1、A1A1B1B2、A1A1B2B2、A1A2B1B1、A1A2B1B2、A1A2B2B2、A2A2B1B1、A2A2B1B2、A2A2B2B2）である。
【００６０】
個体が取り得るハプロタイプは4通り（A1B1、A1B2、A2B1、A2B2）である。
【００６１】
ある集団においてマイクロサテライトの型を検査して、上述の遺伝子型を有する個体頭数が判明したとする。
【００６２】
ある個体がA1A2B1B2以外の遺伝子型を有するとき、その個体が有するディプロタイプが確定する。たとえば遺伝子型A1A1B1B2を有する個体は必ずハプロタイプA1B1とA1B2を有する。個体が遺伝子型A1A2B1B2を有するとき、ディプロタイプはA1B1/A2B2とA1B2/A2B1との２通りの可能性があり確定できない。そのため集団における上記４種類のハプロタイプ頻度も確定できない。
【００６３】
そこで、例えば、集団内で遺伝子型A1A1B1B1を有する個体頭数をn_A1A1B1B1と表現し、また、集団内におけるハプロタイプA1B1の頻度をf_A1B1と表現し、さらに、反復計算を行うためのハプロタイプA1B1の頻度の初期値をg_A1B1と表現し、仮の値としてg_A1B1，g_A1B2，g_A2B1，g_A2B2を0.25とし、集団の個体頭数を N として、４種類のハプロタイプ頻度f_A1B1, f_A1B2, f_A2B1, f_A2B2の最尤推定値を以下の式(11)〜(14)により算出する。その後、得られたf_A1B1, f_A1B2, f_A2B1, f_A2B2をふたたびg_A1B1, g_A1B2, g_A2B1, g_A2B2として採用し、f_A1B1, f_A1B2, f_A2B1, f_A2B2の計算結果が一定の値に収束するまで計算を反復する。
【数６】

【００６４】
以下、DIK5394とDIK8036とのマイクロサテライトペアを用いた場合を例に挙げて、ホルスタイン種集団９５頭におけるハプロタイプ頻度を推定した結果を示す。
【００６５】
DIK5394は155, 157の２種類のアリルが観測され、DIK8036は182, 198, 212, 218の４種類のアリルが観測された。個体は３０通りの遺伝子型の組み合わせを取り得るが、それぞれ表１に示す頭数だけ観測された。
【表１】

【００６６】
次に、DIK5394とDIK8036とのマイクロサテライトペアが取り得る８種類のハプロタイプの頻度を、上述の方法を用いてg_AiBjに適当な初期値を与え、値が収束するまで反復計算を行い、推定した（表２）。
【表２】

【００６７】
なお、各マイクロサテライトペア（DIK5321、DIK5394、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、及びDIK8066からなるグループから選ばれるマイクロサテライトから２つを任意に選択したマイクロサテライトペア、あるいは、128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30、及びIDVGA-39からなるグループから選ばれるマイクロサテライトから２つを任意に選択したマイクロサテライトペア）を用いた場合の、黒毛和種集団、ホルスタイン種集団、アンガス種集団、ヘレフォード種集団におけるハプロタイプ頻度を、上述の方法と同様に推定した結果を図３〜図１０３に示す。
【００６８】
［実施例２］黒毛和種と、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種との判別
本実施例では、上記任意の２つのマイクロサテライトを用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種であるかを判定した。
【００６９】
実施の形態「ウシ品種の判定方法（１）黒毛和種、及び、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種の判別方法（１つのハプロタイプを用いる場合）」に記載した方法を用い、実施例１で用いた個体を対象にし、黒毛和種と、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種との判別を行なった。マーカーとしてのマイクロサテライトペア（ハプロタイプ）は、図１０４〜図１０６に示したものを用い、ＰＣＲには図１及び図２に記載のプライマーを用い、実施例１と同様に、マイクロサテライトペアにおけるアリルを決定した。
【００７０】
なお、各マイクロサテライトペアの推定頻度情報は、図３〜図１０３に示したものを用いた。閾値θ＝０．２と設定し、各マイクロサテライトペアに対して算出した事後確率Ｐ_１とを比較し、Ｐ_１の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定し、Ｐ_１の値がθ未満である場合にホルスタイン種と判定した。
【００７１】
判定の結果、図１０４〜図１０６に示すように、ウシ７番染色体におけるDIK5321、DIK5394、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、及びDIK8066からなるグループから選ばれる２つのマイクロサテライト、あるいは、ウシ２１番染色体における128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30、及びIDVGA-39からなるグループから選ばれる２つのマイクロサテライトを用いることにより、６５．２％以上の確率で黒毛和種とホルスタイン種との品種を、８２．１％以上の確率で黒毛和種とアンガス種との品種を、８４．１％以上の確率で黒毛和種とヘレフォード種との品種をそれぞれ正しく判別することができることがわかった。
【００７２】
［実施例３］黒毛和種と、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種との判別
本実施例では、２組のマイクロサテライトペアを用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種であるかを判定した。
【００７３】
実施の形態「ウシ品種の判定方法（２）黒毛和種、及び、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種の判別方法（２つのハプロタイプを用いる場合）」に記載した方法を用い、実施例１で用いた個体を対象にし、黒毛和種と、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種との判別を行なった。マーカーとしては、任意の２組のマイクロサテライトペア（ハプロタイプ）を用い、ＰＣＲには図１及び図２に記載のプライマーを用い、実施例１と同様に、マイクロサテライトペアにおけるアリルを決定した。
【００７４】
なお、各マイクロサテライトペアの推定頻度情報は、図３〜図１０３に示したものを用いた。閾値θ＝０．２と設定し、各マイクロサテライトペアに対して算出した事後確率Ｐ_２とを比較し、Ｐ_２の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定し、Ｐ_２の値がθ未満である場合にホルスタイン種と判定した。図１０７〜図１０９に、黒毛和種と、ホルスタイン種、アンガス種、又はヘレフォード種との判定精度が、最も優れていたものの一部と、最も低い３０個のデータをそれぞれ示す。
【００７５】
判定の結果、図１０７〜図１０９に示すように、ウシ７番染色体におけるDIK5321、DIK5394、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、及びDIK8066からなるグループから選ばれる２つのマイクロサテライトの組み合わせと、ウシ２１番染色体における128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30、及びIDVGA-39からなるグループから選ばれる２つのマイクロサテライトの組み合わせのうち、２つの組み合わせを用いることにより、７０．２％以上の確率で黒毛和種とホルスタイン種との品種を、７８．４％以上の確率で黒毛和種とアンガス種との品種を、８５．５％以上の確率で黒毛和種とヘレフォード種との品種をそれぞれ正しく判別することができることがわかった。また、特定の２組のマイクロサテライトを用いることにより、より正確な品種判定が可能となることがわかった。
【００７６】
［実施例４］黒毛和種とＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）との判別
本実施例では、上記任意の２つのマイクロサテライトを用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、黒毛和種×ホルスタイン種のＦ１交雑種であるかを判定した。
【００７７】
実施の形態「ウシ品種の判定方法（３）黒毛和種及びＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）の判別方法（１つのハプロタイプを用いる場合）」に記載した方法を用い、黒毛和種個体１９２頭（半きょうだいを最大１０頭まで含む）及びＦ１個体９６頭（半きょうだいを最大５頭含む）を対象にし、黒毛和種とＦ１交雑種との判別を行なった。マーカーとしてのマイクロサテライトペア（ハプロタイプ）は、図１１０に示したものを用い、ＰＣＲには図１及び図２に記載のプライマーを用い、実施例１と同様に、マイクロサテライトペアにおけるアリルを決定した。
【００７８】
なお、各マイクロサテライトペアの推定頻度情報は、図３〜図１０３に示した黒毛和種とホルスタイン種とにおけるハプロタイプの出現頻度情報を用いた。閾値θ＝０．２と設定し、各マイクロサテライトペアに対して算出した事後確率Ｐ_１ＡＢとを比較し、Ｐ_１ＡＢの値がθ以上である場合に黒毛和種と判定し、Ｐ_１ＡＢの値がθ未満である場合にＦ１交雑種と判定した。
【００７９】
判定の結果、図１１０に示すように、ウシ７番染色体におけるDIK5321、DIK5394、DIK8001、DIK8007、DIK8031、DIK8034、DIK8036、DIK8038、DIK8044、DIK8045、DIK8052、DIK8060、DIK8061、及びDIK8066からなるグループから選ばれる２つのマイクロサテライト、あるいは、ウシ２１番染色体における128H16.MS1、184A21.MS3、64A5.MS1、IDVGA-30、及びIDVGA-39からなるグループから選ばれる２つのマイクロサテライトを用いることにより、６５．９％以上の確率で黒毛和種を正しく判別できた。
【００８０】
［実施例５］黒毛和種とＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）との判別
本実施例では、２組のマイクロサテライトペアを用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、Ｆ１交雑種であるかを判定した。
【００８１】
実施の形態「ウシ品種の判定方法（４）黒毛和種及びＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）の判別方法（２つのハプロタイプを用いる場合）」に記載した方法を用い、実施例４で用いた２８８個体を対象にし、黒毛和種とＦ１交雑種との判別を行なった。マーカーとしては、任意の２組のマイクロサテライトペア（ハプロタイプ）を用い、ＰＣＲには図１及び図２に記載のプライマーを用い、実施例１と同様に、マイクロサテライトペアにおけるアリルを決定した。
【００８２】
なお、各マイクロサテライトペアの推定頻度情報は、図３〜図１０３に示した黒毛和種とホルスタイン種とにおけるハプロタイプの出現頻度情報を用いた。閾値θ＝０．２と設定し、各マイクロサテライトペアに対して算出した事後確率Ｐ_{１ＡＢＣＤ}とを比較し、Ｐ_{１ＡＢＣＤ}の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定し、Ｐ_{１ＡＢＣＤ}の値がθ未満である場合にＦ１交雑種と判定した。図１１１に、黒毛和種とＦ１交雑種との判定精度が、最も高い１７個のデータと、最も低い２９個のデータをそれぞれ示す。
【００８３】
判定の結果、図１１１に示すように、２組のマイクロサテライトペアを用いることにより、６４．６％以上の確率で黒毛和種を正しく判別できることがわかった。また、特定の２組のマイクロサテライトを用いることにより、より正確な品種判定が可能となることがわかった。
【００８４】
［実施例６］黒毛和種とＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）との判別
本実施例では、３組のマイクロサテライトペアを用いて、判定対象物が黒毛和種であるか、あるいは、Ｆ１交雑種であるかを判定した。
【００８５】
実施の形態「ウシ品種の判定方法（５）黒毛和種及びＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）の判別方法（３つのハプロタイプを用いる場合）」に記載した方法を用い、実施例４で用いた２８８個体を対象にし、黒毛和種とＦ１交雑種との判別を行なった。マーカーとしては、任意の３組のマイクロサテライトペア（ハプロタイプ）を用い、ＰＣＲには図１及び図２に記載のプライマーを用い、実施例１と同様に、マイクロサテライトペアにおけるアリルを決定した。
【００８６】
なお、各マイクロサテライトペアの推定頻度情報は、図３〜図１０３に示した黒毛和種とホルスタイン種とにおけるハプロタイプの出現頻度情報を用いた。閾値θ＝０．２と設定し、各マイクロサテライトペアに対して算出した事後確率Ｐ_{１ＡＢＣＤＥＦ}とを比較し、Ｐ_{１ＡＢＣＤＥＦ}の値がθ以上である場合に黒毛和種と判定し、Ｐ_{１ＡＢＣＤＥＦ}の値がθ未満である場合にＦ１交雑種と判定した。図１１２に、黒毛和種とＦ１交雑種との判定精度が最も高い８個のデータを示す。
【００８７】
判定の結果、３組のマイクロサテライトペアを用いることにより、より高い確率で黒毛和種を正しく判別できることがわかった。また、図１１２に示す各３組のマイクロサテライトペアを用いることにより、１００％で黒毛和種とＦ１交雑種とを判別できることがわかった。
【００８８】
以上のことから、用いるマイクロサテライトペアの数を増やすほど、黒毛和種とＦ１交雑種との品種判別をより精度よく行うことができることが明らかになった。従って、上記ハプロタイプのうち、利用するハプロタイプの数は、１つ以上であれば特に限定されることなく、数を増やすほど、より良い結果を得られることになる。
【図面の簡単な説明】
【００８９】
【図１】本発明の一実施形態において、ウシ７番染色体上のマイクロサテライトのＰＣＲ反応条件及び使用したプライマー対を示す図である。
【図２】本発明の一実施形態において、ウシ２１番染色体上のマイクロサテライトをＰＣＲ反応条件及び使用したプライマー対を示す図である。
【図３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8034とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8036とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６−２】図６−１の続きを示す図である。
【図７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９−２】図９−１の続きを示す図である。
【図１０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5321とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK5321とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8031とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8034とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１４】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8036とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１６】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１９】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK5394とDIK8066とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK5321とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK5394とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２４】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8007とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8031とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２６】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8034とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8036とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図２９】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３４】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8001とDIK8066とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK5321とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３６】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK5394とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8031とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8034とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図３９】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8036とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４１−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４１−２】図４１−１の続きを示す図である。
【図４２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４４−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４４−２】図４４−１の続きを示す図である。
【図４５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４６】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8007とDIK8066とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK5321とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8034とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図４９】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8036とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５１−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５１−２】図５１−１の続きを示す図である。
【図５２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５４−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５４−２】図５４−１の続きを示す図である。
【図５５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8031とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５６】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8034とDIK8036とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8034とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５８−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8034とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５８−２】図５８−１の続きを示す図である。
【図５９−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8034とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図５９−２】図５９−１の続きを示す図である。
【図６０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8034とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６１−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8034とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６１−２】図６１−１の続きを示す図である。
【図６２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8034とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8036とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６４−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8036とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６４−２】図６４−１の続きを示す図である。
【図６５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8036とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６６】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8036とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8036とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8036とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図６９】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8038とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8038とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8038とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8038とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8038とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７４−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8044とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７４−２】図７４−１の続きを示す図である。
【図７５−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8044とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７５−２】図７５−１の続きを示す図である。
【図７６−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8044とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７６−２】図７６−１の続きを示す図である。
【図７７−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8044とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７７−２】図７７−１の続きを示す図である。
【図７８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8045とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７９−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8045とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図７９−２】図７９−１の続きを示す図である。
【図８０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8045とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８１−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8060とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８１−２】図８１−１の続きを示す図である。
【図８２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8060とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8061とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８４】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK5321とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８５】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8031とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８６】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8034とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８７】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8036とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８８】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8038とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８９−１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8044とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図８９−２】図８９−１の続きを示す図である。
【図９０】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8045とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９１】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8052とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９２】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8060とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９３】本発明の一実施例において、ウシ７番染色体上のDIK8066とDIK8061とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９４】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上の184A21.MS3と128H16.MS1とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９５】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上の184A21.MS3と64A5.MS1とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９６−１】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上の184A21.MS3とIDVGA-30とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９６−２】図９６−１の続きを示す図である。
【図９６−３】図９６−２の続きを示す図である。
【図９７−１】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上の64A5.MS1と128H16.MS1とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９７−２】図９７−１の続きを示す図である。
【図９８−１】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上の64A5.MS1とIDVGA-30とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９８−２】図９８−１の続きを示す図である。
【図９８−３】図９８−２の続きを示す図である。
【図９９−１】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上のIDVGA-30と128H16.MS1とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図９９−２】図９９−１の続きを示す図である。
【図１００】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上のIDVGA-39と128H16.MS1とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１０１】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上のIDVGA-39と184A21.MS3とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１０２】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上のIDVGA-39と64A5.MS1とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１０３−１】本発明の一実施例において、ウシ２１番染色体上のIDVGA-39とIDVGA-30とのマイクロサテライトペアによるハプロタイプ及び各品種におけるハプロタイプの出現頻度情報を示す図である。
【図１０３−２】図１０３−１の続きを示す図である。
【図１０４】本発明の一実施例において、各マイクロサテライトペアによる黒毛和種とホルスタイン種との判定成功率の結果を示す図である。
【図１０５】本発明の一実施例において、各マイクロサテライトペアによる黒毛和種とアンガス種との判定成功率の結果を示す図である。
【図１０６】本発明の一実施例において、各マイクロサテライトペアによる黒毛和種とヘレフォード種との判定成功率の結果を示す図である。
【図１０７】本発明の一実施例において、任意の２組のマイクロサテライトペアによる黒毛和種とホルスタイン種との判定成功率の一部の結果を示す図である。
【図１０８】本発明の一実施例において、任意の２組のマイクロサテライトペアによる黒毛和種とアンガス種との判定成功率の一部の結果を示す図である。
【図１０９】本発明の一実施例において、任意の２組のマイクロサテライトペアによる黒毛和種とヘレフォード種との判定成功率の一部の結果を示す図である。
【図１１０】本発明の一実施例において、各マイクロサテライトペアによる黒毛和種とＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）との判定成功率の結果を示す図である。
【図１１１】本発明の一実施例において、任意の２組のマイクロサテライトペアによる黒毛和種とＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）との判定成功率の一部の結果を示す図である。
【図１１２】本発明の一実施例において、任意の３組のマイクロサテライトペアによる黒毛和種とＦ１（黒毛和種×ホルスタイン種）との判定成功率の一部の結果を示す図である。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する方法であって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含むことを特徴とする判定方法。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
【請求項２】
黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する方法であって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、及び(e)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含むことを特徴とする判定方法。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【請求項３】
黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する方法であって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせと、
以下の(o)、(p)、(q)、(r)、及び(s)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせのうち、
２つ以上の組み合わせを含むことを特徴とする判定方法。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
(o) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(p) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(q) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(r) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(s) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【請求項４】
判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、マイクロサテライトを増幅させるプライマー対を用いてＰＣＲ法を行い、増幅された断片の長さを測定してマイクロサテライトのアリルを特定することを特徴とする請求項１〜３のいずれかに記載の判定方法。
【請求項５】
前記選ばれた工程の組み合わせにおいて特定される２つのマイクロサテライトのアリルからなるハプロタイプに関する、あらかじめ得られた頻度情報を用いて、黒毛和種である事後確率を算出し、あらかじめ定めた閾値と比較する工程を含むことを特徴とする請求項１〜４のいずれかに記載の判定方法。
【請求項６】
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、及び(l)からなるグループから選ばれるいずれかのマイクロサテライト。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）
【請求項７】
以下の(a)、(b)、及び(c)からなるグループから選ばれるいずれかのマイクロサテライト。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）
【請求項８】
黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する判定キットであって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対を含むことを特徴とする判定キット。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）を増幅させるプライマー対
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）を増幅させるプライマー対
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）を増幅させるプライマー対
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）を増幅させるプライマー対
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）を増幅させるプライマー対
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）を増幅させるプライマー対
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）を増幅させるプライマー対
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）を増幅させるプライマー対
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）を増幅させるプライマー対
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）を増幅させるプライマー対
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）を増幅させるプライマー対
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）を増幅させるプライマー対
(m) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）を増幅させるプライマー対
(n) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）を増幅させるプライマー対
【請求項９】
黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する判定キットであって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、及び(e)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対を含むことを特徴とする判定キット。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）を増幅させるプライマー対
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）を増幅させるプライマー対
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）を増幅させるプライマー対
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）を増幅させるプライマー対
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）を増幅させるプライマー対
【請求項１０】
黒毛和種と、ホルスタイン種、黒毛和種及びホルスタイン種のＦ１交雑種、アンガス種、並びにヘレフォード種からなるグループから選ばれるいずれかの種とを判定する判定キットであって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対の組み合わせと、
以下の(o)、(p)、(q)、(r)、及び(s)のプライマー対からなるグループから選ばれる２のプライマー対の組み合わせのうち、
２つ以上の組み合わせを含むことを特徴とする判定キット。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）を増幅させるプライマー対
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）を増幅させるプライマー対
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）を増幅させるプライマー対
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）を増幅させるプライマー対
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）を増幅させるプライマー対
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）を増幅させるプライマー対
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）を増幅させるプライマー対
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）を増幅させるプライマー対
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）を増幅させるプライマー対
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）を増幅させるプライマー対
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）を増幅させるプライマー対
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）を増幅させるプライマー対
(m) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）を増幅させるプライマー対
(n) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）を増幅させるプライマー対
(o) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）を増幅させるプライマー対
(p) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）を増幅させるプライマー対
(q) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）を増幅させるプライマー対
(r) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）を増幅させるプライマー対
(s) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）を増幅させるプライマー対
【請求項１１】
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、及び(l)からなるグループから選ばれるいずれかのプライマー。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）を増幅させるためのプライマー
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）を増幅させるためのプライマー
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）を増幅させるためのプライマー
(d) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）を増幅させるためのプライマー
(e) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）を増幅させるためのプライマー
(f) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）を増幅させるためのプライマー
(g) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）を増幅させるためのプライマー
(h) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）を増幅させるためのプライマー
(i) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）を増幅させるためのプライマー
(j) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）を増幅させるためのプライマー
(k) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）を増幅させるためのプライマー
(l) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）を増幅させるためのプライマー
【請求項１２】
以下の(a)、(b)、及び(c)からなるグループから選ばれるいずれかのプライマー。
(a) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）を増幅させるためのプライマー
(b) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）を増幅させるためのプライマー
(c) ウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）を増幅させるためのプライマー
【請求項１３】
黒毛和種と未知の種とを判定する方法であって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含むことを特徴とする判定方法。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
【請求項１４】
黒毛和種と未知の種とを判定する方法であって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、及び(e)の工程からなるグループから選ばれる２の工程を含むことを特徴とする判定方法。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【請求項１５】
黒毛和種と未知の種とを判定する方法であって、
以下の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i) 、(j) 、(k) 、(l) 、(m) 、及び(n)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせと、
以下の(o)、(p)、(q)、(r)、及び(s)の工程からなるグループから選ばれる２の工程の組み合わせのうち、
２つ以上の組み合わせを含むことを特徴とする判定方法。
(a) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5321）のアリルを特定する工程
(b) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK5394）のアリルを特定する工程
(c) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8001）のアリルを特定する工程
(d) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8007）のアリルを特定する工程
(e) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8031）のアリルを特定する工程
(f) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8034）のアリルを特定する工程
(g) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8036）のアリルを特定する工程
(h) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8038）のアリルを特定する工程
(i) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号１８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8044）のアリルを特定する工程
(j) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号１９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8045）のアリルを特定する工程
(k) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8052）のアリルを特定する工程
(l) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8060）のアリルを特定する工程
(m) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8061）のアリルを特定する工程
(n) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号２８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（DIK8066）のアリルを特定する工程
(o) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号２９に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３０に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（128H16.MS1）のアリルを特定する工程
(p) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３１に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３２に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（184A21.MS3）のアリルを特定する工程
(q) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３３に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３４に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（64A5.MS1）のアリルを特定する工程
(r) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３５に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３６に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-30）のアリルを特定する工程
(s) 判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、配列番号３７に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号３８に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのプライマー対を用いてＰＣＲ（polymerase chain reaction）を行うことにより増幅される断片に含まれるマイクロサテライト（IDVGA-39）のアリルを特定する工程
【請求項１６】
判定対象のウシのゲノムＤＮＡを鋳型とし、マイクロサテライトを増幅させるプライマー対を用いてＰＣＲ法を行い、増幅された断片の長さを測定してマイクロサテライトのアリルを特定することを特徴とする請求項１３〜１５のいずれかに記載の判定方法。
【請求項１７】
前記未知の種において、前記選ばれた工程の組み合わせにおいて特定される２つのマイクロサテライトのアリルからなるハプロタイプの頻度情報を得る工程をさらに含むことを特徴とする請求項１３〜１６のいずれかに記載の判定方法。
【請求項１８】
前記ハプロタイプの頻度情報を用いて、黒毛和種である事後確率を算出し、あらかじめ定めた閾値と比較する工程を含むことを特徴とする請求項１７に記載の判定方法。

【図１】