ｃ−Ａｂ１チロシン・キナーゼ・ドメインの結晶及び構造
本発明は、Ａｂ１ＫＤ及びバリアント、並びに結合ポケットを含むそのサブセットの３次元分子構造座標を記録された機械が読み取り可能な媒体を提供し、阻害剤及び活性剤を含むアフェクターを同定及び設計するために当該構造を使用する方法、並びにＡｂ１ＫＤ結晶、及びＡｂ１活性に影響する化合物及び組成物を提供する。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
結晶形態のＡｂ１又はＡｂ１ＫＤタンパク質、或いは機能性Ａｂ１ＫＤタンパク質サブユニット。
【請求項２】
前記結晶が重原子誘導体結晶である、請求項１に記載の結晶タンパク質又は機能性タンパク質サブユニット。
【請求項３】
Ａｂ１ＫＤタンパク質が突然変異体である、請求項２に記載の結晶タンパク質又は機能性タンパク質サブユニット。
【請求項４】
図３、４、５、又は６の構造座標のセットに実質的に類似する構造座標のセットにより特徴付けられる、請求項３に記載の結晶タンパク質。
【請求項５】
Ａｂ１ＫＤタンパク質及びリガンドを含む結晶。
【請求項６】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合するリガンドの同定方法であって、以下の：
ａ） 試験リガンドとＡｂ１ＫＤタンパク質の共結晶を形成し；
ｂ） Ｘ線結晶学を使用して当該共結晶を分析し；そして
ｃ） 当該分析を使用して、当該試験リガンドがＡｂ１ＫＤタンパク質に結合するかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項７】
前記試験リガンドを含む溶液中にＡｂ１ＫＤタンパク質結晶を浸すことにより、前記共結晶が得られる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記共結晶が、前記試験リガンドの存在下でＡｂ１ＫＤタンパク質を共結晶化することにより得られる、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
請求項１に記載の結晶タンパク質の３次元構造表示に相当する情報を記録された機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１０】
図３、４、５、又は６の分子構造座標、或いはその少なくとも５０％の構造座標を記録された、請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１１】
図３、４、５、又は６の分子構造座標、或いはその少なくとも８０％の座標を記録された、請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１２】
Ａｂ１ＫＤタンパク質結合ポケットを含むタンパク質分子の分子構造座標を記録された請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体であって、ここで、当該結合ポケットが、図３、４、５、又は６の構造座標を有するＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５若しくはＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３のアミノ酸を含むAb1KDタンパク質結合ポケット、或いは当該結合ポケットとその結合ポケットホモログとのアミノ酸残基の骨格原子の標準偏差が、２．０Å未満である結合ポケットホモログの構造座標によるAb1KDタンパク質結合ポケットを含むタンパク質分子の分子構造座標で記録される、前記媒体。
【請求項１３】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいて、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５若しくはＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項１２に記載の機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１４】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいて、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項１３に記載の機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１５】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいて、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項１３に記載の機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１６】
請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体中に記録される情報の全て又は一部を電気的に伝達する方法。
【請求項１７】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの３次元分子構造座標を含むコンピューター読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、当該方法が以下の：
ａ） 当該タンパク質の結晶から、当該タンパク質又は当該タンパク質の結合ポケットを規定する３次元構造座標を取得し；そして
ｂ） 当該構造座標を、コンピューター中に導入して、当該タンパク質又はその結合ポケットの分子構造座標を含むデーターベースを作成する
を含む、前記方法。
【請求項１８】
前記タンパク質の結合ポケットが、少なくとも１のリガンドとの共複合体の一部である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記結合ポケットが、アミノ酸Ｌｅｕ、Ｔｈｒ又はＩｌｅ、Ｍｅｔ、及びＬｅｕを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記コンピューターが、前記構造座標を使用して、前記結合ポケットを含む３次元分子構造を利用又は表示できる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記結合ポケットが、さらにＧｌｕ、Ａｓｎ、及びＡｓｐに対応するアミノ酸を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記結合ポケットが、さらにＴｙｒ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、及びＰｈｅに対応するアミノ酸を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいてＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ってＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ってＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記結合ポケットが、活性部位を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２８】
請求項１７により作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項２９】
請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を、電子的に伝達することを含む方法。
【請求項３０】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合できる化合物を表示することを含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースの作成方法であって、当該方法が以下の：
ａ） 請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースをコンピューター・プログラム中に導入し、
ｂ） 当該コンピューター・プログラム中で、当該Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの３次元表示を作成し、
ｃ） 少なくとも１の結合試験化合物の３次元モデルを、当該結合ポケットの表示上に重ね合わせ、
ｄ） 当該試験化合物モデルが、当該Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケット中に空間的に適合するかを評価し、そして
ｅ） 結合ポケット中に適合する化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項３１】
前記ｅ）において、前記表示が、請求項１７により作成されたデーターベース中に記憶される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式若しくは分子式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記結合ポケットの３次元表示の作成が、図３、４、５、又は６に従った対応する残基の構造座標から、少なくとも２.０Å未満の結合ポケットのアミノ酸残基の骨格原子の標準偏差を有する構造座標の使用を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記少なくとも１の結合試験化合物が、以下の：
（ｉ） 低分子データーベースから化合物を選択し、
（ii） Ａｂ１ＫＤの既知の阻害剤、基質、反応中間体、又は反応産物、或いはその一部を改変し、
（iii） 化学断片又は化学基を、化合物に組み立て、
（iv） 当該化合物の新規のリガンドを設計する
から選ばれる方法により選ばれる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
試験化合物モデルが適合するかの前記評価が、当該モデルを、前記Ａｂ１ＫＤ結合ポケットの表示にドッキングし、及び／又はエネルギーの最小化を行うことによる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】
以下の：
ｆ） 前記コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に表される結合試験化合物を製造し、
ｇ） 結合アッセイにおいて、当該化合物を、前記Ａｂ１ＫＤタンパク質結合ポケットを含むタンパク質と接触し；
ｈ） 該試験化合物が、当該アッセイにおける該タンパク質に結合するかを決定し；そして
ｉ） 当該アッセイにおいて当該タンパク質に結合する化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に導入する
をさらに含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３７】
前記ｉ）において、前記表示が、前記データーベース中に記憶される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
化合物との共結晶状態のＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの表示を含む、コンピューターが読み取り可能データーベースを作成する方法であって、当該方法が以下の：
ａ） 請求項３０により提供されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に表される結合試験化合物を製造し、
ｂ） 当該化合物とＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを含むタンパク質との共結晶を形成し；
ｃ） 当該共結晶状態の当該結合ポケットの構造座標を取得し、そして
ｄ） 当該結合ポケット又は当該共結晶の構造座標を、コンピューターが読み取り可能なデーターベースに導入する
を含む方法。
【請求項４０】
前記共結晶状態の前記化合物の構造座標を、前記データーベース中に導入することをさらに含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記結合ポケットが、アミノ酸、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ又はＩｌｅ、Ｍｅｔ、及びＬｅｕを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４２】
前記コンピューターが、前記構造座標を使用して前記結合ポケットの３次元分子構造を利用又は表示できる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記結合ポケットが、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、及びＡｓｐに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記結合ポケットが、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、及びＰｈｅに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により定義される結合ポケットを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４６】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項５０】
制球項３０により作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項５１】
請求項１７に記載の方法を使用して、作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達する方法。
【請求項５２】
前記Ａｂ１ＫＤを化合物と接触させることを含む、Ａｂ１ＫＤタンパク質活性の調節方法であって、当該化合物が、請求項３０に記載の方法により作成されたデーターベース中に表される、前記方法。
【請求項５３】
請求項３０により作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に含まれる座標により表示される３次元分子構造を含む化合物の作成方法であって、当該化合物を合成することを含み、ここで当該化合物がＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合する、前記方法。
【請求項５４】
Ａｂ１ＫＤタンパク質活性の調節方法であって、当該Ａｂ１ＫＤタンパク質を、請求項５３により作成された化合物と接触することを含む、前記方法。
【請求項５５】
Ａｂ１ＫＤ活性部位又は結合ポケットを含むタンパク質の活性化剤又は阻害剤を同定する方法であって、以下の：
ａ） 請求項５３に記載される化合物を作成し
ｂ） 当該化合物を、Ａｂ１ＫＤ活性部位又は結合ポケットを含むタンパク質と接触し；そして
ｃ） 当該潜在的な調節薬が、当該タンパク質の活性部位を活性化するか又は阻害するかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項５６】
請求項５５により同定される活性剤又は阻害剤を作成する方法。
【請求項５７】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合できるように合理的に設計された化合物の表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースをコンピューター・プログラムに導入し、
ｂ） 当該コンピューター・プログラム中に当該Ａｂ１ＫＤタンパク質又はその結合ポケットの3次元表示を作成し；
ｃ） 当該表示の結合ポケットのアミノ酸と非共有結合を形成する化合物の３次元モデルを設計し；そして
ｄ） 当該化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項５８】
前記表示が、化合物名、当該化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元構造情報からなる群から選ばれる、請求項５８に記載の方法。
【請求項５９】
以下の：
ｅ） 前記コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に含まれる構造座標により表される３次元分子構造を含む、結合試験化合物を製造し；
ｆ） 当該化合物を、Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを含むタンパク質と、結合アッセイにおいて接触させ、
ｇ） 当該試験化合物が、当該アッセイにおけるタンパク質に結合するかを決定し；そして
ｈ） 当該アッセイにおけるタンパク質に結合する化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベースに導入する
をさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記表示が、化合物名、当該化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元構造情報からなる群から選ばれる、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記結合ポケットを結合できるように合理的に設計された化合物との共結晶状態のＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、当該方法が以下の；
ａ） 請求項５７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に表される結合試験化合物を製造し、
ｂ） Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを含むタンパク質との当該化合物の共結晶を形成し、
ｃ） 当該共結晶における当該結合ポケットの構造座標を取得し；そして
ｄ） 当該結合ポケット又は当該共結晶の構造座標をコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に導入する
を含む、前記方法。
【請求項６２】
前記共結晶状態の前記化合物の構造座標を、前記データーベースに導入することをさらに含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記結合ポケットが、アミノ酸、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ又はＩｌｅ、Ｍｅｔ、及びＬｅｕを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６４】
前記結合ポケットが、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、及びＡｓｐに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記結合ポケットが、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、及びＰｈｅに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６７】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項７１】
請求項５７に記載される方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項７２】
請求項５７に記載される方法を使用して作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達することを含む方法。
【請求項７３】
未知の構造の分子又は分子複合体についての構造情報を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 当該分子又は分子複合体の結晶化形態からのＸ線回折パターンを作成し；
ｂ） 分子置換法を使用して、前記分子の構造を解明し、ここで、当該分子置換法が、請求項１の結晶タンパク質の構造座標、又は図３、４、５、若しくは６、又は結合ポケットを含むそのサブセットの構造座標、図３、４、５、又は６の結合ポケットの構造座標、或いは上記構造座標のα炭素原子について約２.０Å未満の標準偏差を有する構造座標を使用し、そして
ｃ） 得られた構造の座標を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項７４】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７９】
請求項７３に記載される方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項８０】
請求項７３により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達することを含む方法。
【請求項８１】
Ａｂ１ＫＤタンパク質ホモログの構造のホモロジーモデリング方法であって、以下の：
ａ） Ａｂ１ＫＤタンパク質ホモログのアミノ酸配列を、Ａｂ１ＫＤタンパク質のアミノ酸配列と配列比較をし、
ｂ） Ａｂ１ＫＤタンパク質の構造のモデル中にＡｂ１ＫＤタンパク質ホモログの配列を取り込み、ここで該モデルは、請求項１に記載の結晶タンパク質の構造座標又は図３、４、５、６の構造座標と同じ構造座標を有するか、又はここで当該モデルのα炭素原子の構造座標が、図３、４、５、又は６の構造座標から２.０Å未満の標準偏差を有して、該ホモログの予備的モデルを産生し、
ｃ） 該予備的モデルを、エネルギー最小化にかけて、エネルギー最小化モデルを産生し；そして
ｄ） 立体化学の制約が破られるエネルギー最小化モデルの領域を再構築して、上記ホモログの最終モデルを作り出す
を含む、前記方法。
【請求項８２】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合する化合物の同定方法であって、以下の
ａ） コンピューター・モデリング・プログラムに、請求項１に記載の結晶タンパク質の結合ポケット又はそのホモログを含む分子の構造座標セット又は３次元立体構造を提供し
ｂ） 当該コンピューターモデリング・プログラムに、化学物質の構造座標のセットを提供し、
ｃ） 当該コンピューター・モデリング・プログラムを使用して、当該化学物質と当該結合ポケットとの間の潜在的な結合又は妨害相互作用を評価し、
ｄ） 当該化学物質が、潜在的に当該タンパク質又はホモログと結合又は妨害するかを決定する、
を含む前記方法。
【請求項８３】
以下のステップ：
ｅ） 前記化学物質の構造座標又は３次元立体構造をコンピューターにより改変して、当該結合ポケットへの結合の可能性を改良し；そして
ｂ） 当該改変された化学物質が、潜在的に前記タンパク質又はホモログに結合又は妨害するかを決定する
をさらに含む請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記化学物質が前記分子に潜在的に結合するかの決定が、当該化学物質と前記タンパク質又はホモログの結合ポケットとの間の適合操作を行うこと、並びに適合操作の結果をコンピューターにより分析して、当該化学物質と結合ポケットとの間の会合又は妨害を定量することを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
化学物質の構造座標のライブラリーが、結合する化合物を同定するために使用される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８６】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合する化合物の設計方法であって、
ａ） コンピューター・モデリング・プログラムに、請求項１に記載される結晶タンパク質又はそのホモログの結合ポケットの構造座標を含む結合ポケットを含む分子についての構造座標のセット、或いはそこから派生される３次元立体構造を提供し；
ｂ） 構造座標のセットにより表される化学物質をコンピューターにより構築し；そして
ｃ） 当該化学物質が上記分子と結合が予期されるかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項８７】
前記化学物質が、前記分子に潜在的に結合するかを決定することが、
当該化学物質と当該分子の結合ポケットとの間の適合操作を行い；そして
適合操作の結果をコンピューターにより分析して、当該化学物質と当該結合ポケットとの間の会合を定量するためにする
を含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８９】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９２】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項９３】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に関して改変された性質を有する突然変異Ａｂ１ＫＤタンパク質を作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１に記載の結晶タンパク質の構造座標、図３、４、５、又は６の構造座標、及び図３、４、５、又は６の構造座標に比較したとき、２.０Å未満の当該タンパク質のα炭素原子の標準偏差を有するタンパク質の構造座標からなる群から選ばれる構造座標を有するＡｂ１ＫＤタンパク質の３次元構造を構築し、
ｂ） モデリング法を使用して、構造部分における変化が前記変化された性質をもたらすと予期されるＡｂ１ＫＤタンパク質分子の少なくとも１の構造部分を３次元構造において同定し、
ｃ） 改変された配列であって、当該構造部分に対応する位置で１以上のアミノ酸の欠失、挿入、又は置換をコードする配列を有するＡｂ１ＫＤ突然変異タンパク質をコードする核酸分子を提供し、
ｄ） 当該核酸分子を発現して、上記突然変異体を産生する
を含み、ここで当該突然変異体が、親タンパク質に対して少なくとも１の改変された性質を有する、前記方法。
【請求項９４】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に対して改変された性質を有する突然変異Ａｂ１ＫＤタンパク質の作成方法であって、以下の：
ａ） 結合ポケットを含む分子の３次元構造を構築し、ここで当該結合ポケットは、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２であって、請求項１に記載の結晶タンパク質の構造座標、図３、４、５、又は６の構造座標又は結合ポケットホモログの構造座標、ここで当該結合ポケット及び結合ポケットホモログのアミノ酸残基の骨格原子の標準偏差が２.０Å未満である、を有するものからなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸を含み
ｂ） モデリング法を使用して、当該結合ポケットの少なくとも１部であって、当該部分の変化が当該改変された性質をもたらすことが予期され部分の３次元構造を同定し、
ｃ） 当該タンパク質に対応する部分での１以上のアミノ酸の欠失、挿入、又は置換をコードする改変された配列を有する突然変異体Ａｂ１ＫＤタンパク質をコードする核酸分子を提供し；そして
ｄ） 当該核酸分子を発現して、上記突然変異を提供する
を含み、ここで当該突然変異が、親タンパク質に対して少なくとも１の改変された性質を有する、前記方法。
【請求項９５】
タンパク質分子の活性部位又は結合ポケットに結合できる化合物の３次元分子構造座標を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、当該方法は以下の：
ａ） コンピューター・プログラムに、請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースを導入し；
ｂ） Ａｂ１ＫＤタンパク質の活性部位又は結合ポケットの３次元表示を、当該コンピューター・プログラム中で作成し；
ｃ） 当該活性部位又は結合ポケットの当該表示上に少なくとも１の結合試験化合物の３次元モデルを重ね合わせ、
ｄ） 前記試験化合物モデルが、空間的に当該Ａｂ１ＫＤタンパク質の活性部位又は結合ポケットに適合するかを評価し；
ｅ） 適合する化合物が、別のタンパク質の３次元モデルであって、その構造座標がまた、前記コンピューター・プログラム中に導入され、そして他のタンパク質の３次元表示を作るために使用されるモデルに適合するかを評価し、
ｆ） 他のタンパク質に適合しないモデルの３次元分子構造座標を、コンピューターが読み取ることができるデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項９６】
化合物が、Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合するかを測定する方法であって、以下の：
ａ） コンピューター・モデリング・プログラムに、請求項１に記載の結晶タンパク質、Ａｂ１ＫＤタンパク質、又はそのホモログを含む分子の構造座標のセット又は３次元立体構造を提供し；
ｂ） 当該コンピューター・モデリング・プログラムに、化学物質の構造座標のセットを提供し；
ｃ） 当該コンピューター・モデリング・プログラムを使用して、当該化学物質と当該結合ポケットとの間の潜在的な結合又は妨害相互作用を評価し；そして
ｄ） 当該化学物質が、潜在的に上記タンパク質又はホモログと結合するか又は妨害するかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項９７】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合できる化合物の表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースを、コンピューター・プログラムに導入し；
ｂ） 当該結合ポケット内に適合するファーマコフォアを決定し；
ｃ） 複数の化合物をコンピューターによりスクリーニングして、どの化合物（単数又は複数）又はその部分（単数又は複数）が、当該ファーマコフォアに適合するかを決定し；
ｄ） 当該化合物（単数又は複数）又はその部分（単数又は複数）の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項９８】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別表示、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０４】
請求項９７に記載の方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項１０５】
請求項９７に記載の方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電気的に伝達することを含む方法。
【請求項１０６】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを結合できる化合物の表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１７に作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベースを、コンピューター・プログラム中に導入し：
ｂ） 当該結合ポケットと相互作用する化学物質を決定し；
ｃ） 複数の化合物をコンピューターによりスクリーニングして、どの化合物（単数又は複数）が、当該化合物（単数又は複数）の部分構造としての部分を含むかを決定し；そして、
ｄ） 当該部分構造を含む化合物（単数又は複数）の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項１０７】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別表示、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０９】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１２】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１１３】
請求項１０６に記載される方法を使用して、作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項１１４】
請求項１０６に記載される方法を使用して、作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達することを含む方法。
【請求項１１５】
結晶化できるＡｂ１ＫＤタンパク質。
【請求項１１６】
ヒスチジンタグに結合されたＡｂ１タンパク質の製造方法であって、以下の：
ａ） Ａｂ１タンパク質についてのコード配列であって、ヒスチジンタグに結合された配列を含む翻訳ベクターを取得し
ｂ） サイズ排除クロマトグラフィーを行い；そして
ｃ） ニッケル・キレート・カラム・クロマトグラフィーを行う
を含む、前記方法。
【請求項１１７】
精製されたＡｂ１ＫＤ又はＡｂ１ＫＤバリアント・ポリペプチド。
【請求項１１８】
前記ポリペプチドが、９８％の純度である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
前記ポリペプチドが、リン酸化されていない、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２０】
Ａｂ１ポリペプチドの精製方法であって、以下：
Ａｂ１を昆虫細胞中で発現させ；
当該昆虫細胞から可溶性タンパク質画分を取得し；
２回のカラム・クロマトグラフィー手順を使用押して、精製されたＡｂ１を取得する
を含む、前記方法。
【請求項１２１】
Ｔ３１５Ｉ及びＹ３９３Ｆからなる群から選ばれる、結晶可能なＡｂ１ＫＤバリアント・タンパク質。
【請求項１２２】
前記Ａｂ１ＫＤタンパク質が、Ａｂ１ＫＤ Ｔ３１５Ｉ又はＡｂ１ＫＤＹ３９３Ｆである、請求項５に記載の結晶。
【請求項１２３】
薬剤発見のための、請求項６〜１２２のいずれか１項に記載される方法の使用。
【請求項１】
結晶形態のＡｂ１又はＡｂ１ＫＤタンパク質、或いは機能性Ａｂ１ＫＤタンパク質サブユニット。
【請求項２】
前記結晶が重原子誘導体結晶である、請求項１に記載の結晶タンパク質又は機能性タンパク質サブユニット。
【請求項３】
Ａｂ１ＫＤタンパク質が突然変異体である、請求項２に記載の結晶タンパク質又は機能性タンパク質サブユニット。
【請求項４】
図３、４、５、又は６の構造座標のセットに実質的に類似する構造座標のセットにより特徴付けられる、請求項３に記載の結晶タンパク質。
【請求項５】
Ａｂ１ＫＤタンパク質及びリガンドを含む結晶。
【請求項６】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合するリガンドの同定方法であって、以下の：
ａ） 試験リガンドとＡｂ１ＫＤタンパク質の共結晶を形成し；
ｂ） Ｘ線結晶学を使用して当該共結晶を分析し；そして
ｃ） 当該分析を使用して、当該試験リガンドがＡｂ１ＫＤタンパク質に結合するかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項７】
前記試験リガンドを含む溶液中にＡｂ１ＫＤタンパク質結晶を浸すことにより、前記共結晶が得られる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記共結晶が、前記試験リガンドの存在下でＡｂ１ＫＤタンパク質を共結晶化することにより得られる、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
請求項１に記載の結晶タンパク質の３次元構造表示に相当する情報を記録された機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１０】
図３、４、５、又は６の分子構造座標、或いはその少なくとも５０％の構造座標を記録された、請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１１】
図３、４、５、又は６の分子構造座標、或いはその少なくとも８０％の座標を記録された、請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１２】
Ａｂ１ＫＤタンパク質結合ポケットを含むタンパク質分子の分子構造座標を記録された請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体であって、ここで、当該結合ポケットが、図３、４、５、又は６の構造座標を有するＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５若しくはＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３のアミノ酸を含むAb1KDタンパク質結合ポケット、或いは当該結合ポケットとその結合ポケットホモログとのアミノ酸残基の骨格原子の標準偏差が、２．０Å未満である結合ポケットホモログの構造座標によるAb1KDタンパク質結合ポケットを含むタンパク質分子の分子構造座標で記録される、前記媒体。
【請求項１３】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいて、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５若しくはＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項１２に記載の機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１４】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいて、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項１３に記載の機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１５】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいて、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項１３に記載の機械が読み取り可能な媒体。
【請求項１６】
請求項９に記載される機械が読み取り可能な媒体中に記録される情報の全て又は一部を電気的に伝達する方法。
【請求項１７】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの３次元分子構造座標を含むコンピューター読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、当該方法が以下の：
ａ） 当該タンパク質の結晶から、当該タンパク質又は当該タンパク質の結合ポケットを規定する３次元構造座標を取得し；そして
ｂ） 当該構造座標を、コンピューター中に導入して、当該タンパク質又はその結合ポケットの分子構造座標を含むデーターベースを作成する
を含む、前記方法。
【請求項１８】
前記タンパク質の結合ポケットが、少なくとも１のリガンドとの共複合体の一部である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記結合ポケットが、アミノ酸Ｌｅｕ、Ｔｈｒ又はＩｌｅ、Ｍｅｔ、及びＬｅｕを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記コンピューターが、前記構造座標を使用して、前記結合ポケットを含む３次元分子構造を利用又は表示できる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記結合ポケットが、さらにＧｌｕ、Ａｓｎ、及びＡｓｐに対応するアミノ酸を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記結合ポケットが、さらにＴｙｒ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、及びＰｈｅに対応するアミノ酸を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいてＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ってＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ってＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記結合ポケットが、活性部位を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２８】
請求項１７により作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項２９】
請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を、電子的に伝達することを含む方法。
【請求項３０】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合できる化合物を表示することを含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースの作成方法であって、当該方法が以下の：
ａ） 請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースをコンピューター・プログラム中に導入し、
ｂ） 当該コンピューター・プログラム中で、当該Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの３次元表示を作成し、
ｃ） 少なくとも１の結合試験化合物の３次元モデルを、当該結合ポケットの表示上に重ね合わせ、
ｄ） 当該試験化合物モデルが、当該Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケット中に空間的に適合するかを評価し、そして
ｅ） 結合ポケット中に適合する化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項３１】
前記ｅ）において、前記表示が、請求項１７により作成されたデーターベース中に記憶される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式若しくは分子式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記結合ポケットの３次元表示の作成が、図３、４、５、又は６に従った対応する残基の構造座標から、少なくとも２.０Å未満の結合ポケットのアミノ酸残基の骨格原子の標準偏差を有する構造座標の使用を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記少なくとも１の結合試験化合物が、以下の：
（ｉ） 低分子データーベースから化合物を選択し、
（ii） Ａｂ１ＫＤの既知の阻害剤、基質、反応中間体、又は反応産物、或いはその一部を改変し、
（iii） 化学断片又は化学基を、化合物に組み立て、
（iv） 当該化合物の新規のリガンドを設計する
から選ばれる方法により選ばれる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
試験化合物モデルが適合するかの前記評価が、当該モデルを、前記Ａｂ１ＫＤ結合ポケットの表示にドッキングし、及び／又はエネルギーの最小化を行うことによる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】
以下の：
ｆ） 前記コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に表される結合試験化合物を製造し、
ｇ） 結合アッセイにおいて、当該化合物を、前記Ａｂ１ＫＤタンパク質結合ポケットを含むタンパク質と接触し；
ｈ） 該試験化合物が、当該アッセイにおける該タンパク質に結合するかを決定し；そして
ｉ） 当該アッセイにおいて当該タンパク質に結合する化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に導入する
をさらに含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３７】
前記ｉ）において、前記表示が、前記データーベース中に記憶される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
化合物との共結晶状態のＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの表示を含む、コンピューターが読み取り可能データーベースを作成する方法であって、当該方法が以下の：
ａ） 請求項３０により提供されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に表される結合試験化合物を製造し、
ｂ） 当該化合物とＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを含むタンパク質との共結晶を形成し；
ｃ） 当該共結晶状態の当該結合ポケットの構造座標を取得し、そして
ｄ） 当該結合ポケット又は当該共結晶の構造座標を、コンピューターが読み取り可能なデーターベースに導入する
を含む方法。
【請求項４０】
前記共結晶状態の前記化合物の構造座標を、前記データーベース中に導入することをさらに含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記結合ポケットが、アミノ酸、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ又はＩｌｅ、Ｍｅｔ、及びＬｅｕを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４２】
前記コンピューターが、前記構造座標を使用して前記結合ポケットの３次元分子構造を利用又は表示できる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記結合ポケットが、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、及びＡｓｐに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記結合ポケットが、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、及びＰｈｅに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により定義される結合ポケットを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４６】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項５０】
制球項３０により作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項５１】
請求項１７に記載の方法を使用して、作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達する方法。
【請求項５２】
前記Ａｂ１ＫＤを化合物と接触させることを含む、Ａｂ１ＫＤタンパク質活性の調節方法であって、当該化合物が、請求項３０に記載の方法により作成されたデーターベース中に表される、前記方法。
【請求項５３】
請求項３０により作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に含まれる座標により表示される３次元分子構造を含む化合物の作成方法であって、当該化合物を合成することを含み、ここで当該化合物がＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合する、前記方法。
【請求項５４】
Ａｂ１ＫＤタンパク質活性の調節方法であって、当該Ａｂ１ＫＤタンパク質を、請求項５３により作成された化合物と接触することを含む、前記方法。
【請求項５５】
Ａｂ１ＫＤ活性部位又は結合ポケットを含むタンパク質の活性化剤又は阻害剤を同定する方法であって、以下の：
ａ） 請求項５３に記載される化合物を作成し
ｂ） 当該化合物を、Ａｂ１ＫＤ活性部位又は結合ポケットを含むタンパク質と接触し；そして
ｃ） 当該潜在的な調節薬が、当該タンパク質の活性部位を活性化するか又は阻害するかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項５６】
請求項５５により同定される活性剤又は阻害剤を作成する方法。
【請求項５７】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合できるように合理的に設計された化合物の表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースをコンピューター・プログラムに導入し、
ｂ） 当該コンピューター・プログラム中に当該Ａｂ１ＫＤタンパク質又はその結合ポケットの3次元表示を作成し；
ｃ） 当該表示の結合ポケットのアミノ酸と非共有結合を形成する化合物の３次元モデルを設計し；そして
ｄ） 当該化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項５８】
前記表示が、化合物名、当該化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元構造情報からなる群から選ばれる、請求項５８に記載の方法。
【請求項５９】
以下の：
ｅ） 前記コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に含まれる構造座標により表される３次元分子構造を含む、結合試験化合物を製造し；
ｆ） 当該化合物を、Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを含むタンパク質と、結合アッセイにおいて接触させ、
ｇ） 当該試験化合物が、当該アッセイにおけるタンパク質に結合するかを決定し；そして
ｈ） 当該アッセイにおけるタンパク質に結合する化合物の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベースに導入する
をさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記表示が、化合物名、当該化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別情報、及び化合物の３次元構造情報からなる群から選ばれる、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記結合ポケットを結合できるように合理的に設計された化合物との共結晶状態のＡｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットの表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、当該方法が以下の；
ａ） 請求項５７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に表される結合試験化合物を製造し、
ｂ） Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを含むタンパク質との当該化合物の共結晶を形成し、
ｃ） 当該共結晶における当該結合ポケットの構造座標を取得し；そして
ｄ） 当該結合ポケット又は当該共結晶の構造座標をコンピューターが読み取り可能なデーターベース中に導入する
を含む、前記方法。
【請求項６２】
前記共結晶状態の前記化合物の構造座標を、前記データーベースに導入することをさらに含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記結合ポケットが、アミノ酸、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ又はＩｌｅ、Ｍｅｔ、及びＬｅｕを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６４】
前記結合ポケットが、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、及びＡｓｐに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記結合ポケットが、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、及びＰｈｅに対応するアミノ酸をさらに含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６７】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項７１】
請求項５７に記載される方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項７２】
請求項５７に記載される方法を使用して作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達することを含む方法。
【請求項７３】
未知の構造の分子又は分子複合体についての構造情報を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 当該分子又は分子複合体の結晶化形態からのＸ線回折パターンを作成し；
ｂ） 分子置換法を使用して、前記分子の構造を解明し、ここで、当該分子置換法が、請求項１の結晶タンパク質の構造座標、又は図３、４、５、若しくは６、又は結合ポケットを含むそのサブセットの構造座標、図３、４、５、又は６の結合ポケットの構造座標、或いは上記構造座標のα炭素原子について約２.０Å未満の標準偏差を有する構造座標を使用し、そして
ｃ） 得られた構造の座標を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項７４】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に基づいたＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７９】
請求項７３に記載される方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項８０】
請求項７３により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達することを含む方法。
【請求項８１】
Ａｂ１ＫＤタンパク質ホモログの構造のホモロジーモデリング方法であって、以下の：
ａ） Ａｂ１ＫＤタンパク質ホモログのアミノ酸配列を、Ａｂ１ＫＤタンパク質のアミノ酸配列と配列比較をし、
ｂ） Ａｂ１ＫＤタンパク質の構造のモデル中にＡｂ１ＫＤタンパク質ホモログの配列を取り込み、ここで該モデルは、請求項１に記載の結晶タンパク質の構造座標又は図３、４、５、６の構造座標と同じ構造座標を有するか、又はここで当該モデルのα炭素原子の構造座標が、図３、４、５、又は６の構造座標から２.０Å未満の標準偏差を有して、該ホモログの予備的モデルを産生し、
ｃ） 該予備的モデルを、エネルギー最小化にかけて、エネルギー最小化モデルを産生し；そして
ｄ） 立体化学の制約が破られるエネルギー最小化モデルの領域を再構築して、上記ホモログの最終モデルを作り出す
を含む、前記方法。
【請求項８２】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合する化合物の同定方法であって、以下の
ａ） コンピューター・モデリング・プログラムに、請求項１に記載の結晶タンパク質の結合ポケット又はそのホモログを含む分子の構造座標セット又は３次元立体構造を提供し
ｂ） 当該コンピューターモデリング・プログラムに、化学物質の構造座標のセットを提供し、
ｃ） 当該コンピューター・モデリング・プログラムを使用して、当該化学物質と当該結合ポケットとの間の潜在的な結合又は妨害相互作用を評価し、
ｄ） 当該化学物質が、潜在的に当該タンパク質又はホモログと結合又は妨害するかを決定する、
を含む前記方法。
【請求項８３】
以下のステップ：
ｅ） 前記化学物質の構造座標又は３次元立体構造をコンピューターにより改変して、当該結合ポケットへの結合の可能性を改良し；そして
ｂ） 当該改変された化学物質が、潜在的に前記タンパク質又はホモログに結合又は妨害するかを決定する
をさらに含む請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記化学物質が前記分子に潜在的に結合するかの決定が、当該化学物質と前記タンパク質又はホモログの結合ポケットとの間の適合操作を行うこと、並びに適合操作の結果をコンピューターにより分析して、当該化学物質と結合ポケットとの間の会合又は妨害を定量することを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
化学物質の構造座標のライブラリーが、結合する化合物を同定するために使用される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８６】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合する化合物の設計方法であって、
ａ） コンピューター・モデリング・プログラムに、請求項１に記載される結晶タンパク質又はそのホモログの結合ポケットの構造座標を含む結合ポケットを含む分子についての構造座標のセット、或いはそこから派生される３次元立体構造を提供し；
ｂ） 構造座標のセットにより表される化学物質をコンピューターにより構築し；そして
ｃ） 当該化学物質が上記分子と結合が予期されるかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項８７】
前記化学物質が、前記分子に潜在的に結合するかを決定することが、
当該化学物質と当該分子の結合ポケットとの間の適合操作を行い；そして
適合操作の結果をコンピューターにより分析して、当該化学物質と当該結合ポケットとの間の会合を定量するためにする
を含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８９】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９２】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項９３】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に関して改変された性質を有する突然変異Ａｂ１ＫＤタンパク質を作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１に記載の結晶タンパク質の構造座標、図３、４、５、又は６の構造座標、及び図３、４、５、又は６の構造座標に比較したとき、２.０Å未満の当該タンパク質のα炭素原子の標準偏差を有するタンパク質の構造座標からなる群から選ばれる構造座標を有するＡｂ１ＫＤタンパク質の３次元構造を構築し、
ｂ） モデリング法を使用して、構造部分における変化が前記変化された性質をもたらすと予期されるＡｂ１ＫＤタンパク質分子の少なくとも１の構造部分を３次元構造において同定し、
ｃ） 改変された配列であって、当該構造部分に対応する位置で１以上のアミノ酸の欠失、挿入、又は置換をコードする配列を有するＡｂ１ＫＤ突然変異タンパク質をコードする核酸分子を提供し、
ｄ） 当該核酸分子を発現して、上記突然変異体を産生する
を含み、ここで当該突然変異体が、親タンパク質に対して少なくとも１の改変された性質を有する、前記方法。
【請求項９４】
Ａｂ１ＫＤタンパク質に対して改変された性質を有する突然変異Ａｂ１ＫＤタンパク質の作成方法であって、以下の：
ａ） 結合ポケットを含む分子の３次元構造を構築し、ここで当該結合ポケットは、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２であって、請求項１に記載の結晶タンパク質の構造座標、図３、４、５、又は６の構造座標又は結合ポケットホモログの構造座標、ここで当該結合ポケット及び結合ポケットホモログのアミノ酸残基の骨格原子の標準偏差が２.０Å未満である、を有するものからなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸を含み
ｂ） モデリング法を使用して、当該結合ポケットの少なくとも１部であって、当該部分の変化が当該改変された性質をもたらすことが予期され部分の３次元構造を同定し、
ｃ） 当該タンパク質に対応する部分での１以上のアミノ酸の欠失、挿入、又は置換をコードする改変された配列を有する突然変異体Ａｂ１ＫＤタンパク質をコードする核酸分子を提供し；そして
ｄ） 当該核酸分子を発現して、上記突然変異を提供する
を含み、ここで当該突然変異が、親タンパク質に対して少なくとも１の改変された性質を有する、前記方法。
【請求項９５】
タンパク質分子の活性部位又は結合ポケットに結合できる化合物の３次元分子構造座標を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、当該方法は以下の：
ａ） コンピューター・プログラムに、請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースを導入し；
ｂ） Ａｂ１ＫＤタンパク質の活性部位又は結合ポケットの３次元表示を、当該コンピューター・プログラム中で作成し；
ｃ） 当該活性部位又は結合ポケットの当該表示上に少なくとも１の結合試験化合物の３次元モデルを重ね合わせ、
ｄ） 前記試験化合物モデルが、空間的に当該Ａｂ１ＫＤタンパク質の活性部位又は結合ポケットに適合するかを評価し；
ｅ） 適合する化合物が、別のタンパク質の３次元モデルであって、その構造座標がまた、前記コンピューター・プログラム中に導入され、そして他のタンパク質の３次元表示を作るために使用されるモデルに適合するかを評価し、
ｆ） 他のタンパク質に適合しないモデルの３次元分子構造座標を、コンピューターが読み取ることができるデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項９６】
化合物が、Ａｂ１ＫＤタンパク質に結合するかを測定する方法であって、以下の：
ａ） コンピューター・モデリング・プログラムに、請求項１に記載の結晶タンパク質、Ａｂ１ＫＤタンパク質、又はそのホモログを含む分子の構造座標のセット又は３次元立体構造を提供し；
ｂ） 当該コンピューター・モデリング・プログラムに、化学物質の構造座標のセットを提供し；
ｃ） 当該コンピューター・モデリング・プログラムを使用して、当該化学物質と当該結合ポケットとの間の潜在的な結合又は妨害相互作用を評価し；そして
ｄ） 当該化学物質が、潜在的に上記タンパク質又はホモログと結合するか又は妨害するかを決定する
を含む、前記方法。
【請求項９７】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットに結合できる化合物の表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１７により作成されたコンピューターが読み取り可能なデーターベースを、コンピューター・プログラムに導入し；
ｂ） 当該結合ポケット内に適合するファーマコフォアを決定し；
ｃ） 複数の化合物をコンピューターによりスクリーニングして、どの化合物（単数又は複数）又はその部分（単数又は複数）が、当該ファーマコフォアに適合するかを決定し；
ｄ） 当該化合物（単数又は複数）又はその部分（単数又は複数）の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項９８】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別表示、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０４】
請求項９７に記載の方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項１０５】
請求項９７に記載の方法を使用して作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電気的に伝達することを含む方法。
【請求項１０６】
Ａｂ１ＫＤタンパク質の結合ポケットを結合できる化合物の表示を含むコンピューターが読み取り可能なデーターベースを作成する方法であって、以下の：
ａ） 請求項１７に作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベースを、コンピューター・プログラム中に導入し：
ｂ） 当該結合ポケットと相互作用する化学物質を決定し；
ｃ） 複数の化合物をコンピューターによりスクリーニングして、どの化合物（単数又は複数）が、当該化合物（単数又は複数）の部分構造としての部分を含むかを決定し；そして、
ｄ） 当該部分構造を含む化合物（単数又は複数）の表示を、コンピューターが読み取り可能なデーターベース中に記憶する
を含む、前記方法。
【請求項１０７】
前記表示が、化合物名、化合物の化学式又は分子式、化合物の化学構造、化合物の識別表示、及び化合物の３次元分子構造座標からなる群から選ばれる、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
前記結合ポケットが、Ｌｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、Ｌｅｕ３７０、Ｇｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、Ａｓｐ３８１、Ｔｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２からなる群から選ばれる少なくとも３個のアミノ酸の構造座標により規定される結合ポケットを含む、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０９】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＬｅｕ２４８、Ｔｈｒ３１５又はＩｌｅ３１５、Ｍｅｔ３１８、及びＬｅｕ３７０を含む、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＧｌｕ３１６、Ａｓｎ３２２、及びＡｓｐ３８１をさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記結合ポケットが、図３、４、５、又は６の配列に従ったＴｙｒ２５３、Ｐｈｅ３１７、Ｇｌｙ３２１、及びＰｈｅ３８２をさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１２】
前記結合ポケットが活性部位を含む、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１１３】
請求項１０６に記載される方法を使用して、作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベース。
【請求項１１４】
請求項１０６に記載される方法を使用して、作成されるコンピューターが読み取り可能なデーターベースの全て又は一部を電子的に伝達することを含む方法。
【請求項１１５】
結晶化できるＡｂ１ＫＤタンパク質。
【請求項１１６】
ヒスチジンタグに結合されたＡｂ１タンパク質の製造方法であって、以下の：
ａ） Ａｂ１タンパク質についてのコード配列であって、ヒスチジンタグに結合された配列を含む翻訳ベクターを取得し
ｂ） サイズ排除クロマトグラフィーを行い；そして
ｃ） ニッケル・キレート・カラム・クロマトグラフィーを行う
を含む、前記方法。
【請求項１１７】
精製されたＡｂ１ＫＤ又はＡｂ１ＫＤバリアント・ポリペプチド。
【請求項１１８】
前記ポリペプチドが、９８％の純度である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
前記ポリペプチドが、リン酸化されていない、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２０】
Ａｂ１ポリペプチドの精製方法であって、以下：
Ａｂ１を昆虫細胞中で発現させ；
当該昆虫細胞から可溶性タンパク質画分を取得し；
２回のカラム・クロマトグラフィー手順を使用押して、精製されたＡｂ１を取得する
を含む、前記方法。
【請求項１２１】
Ｔ３１５Ｉ及びＹ３９３Ｆからなる群から選ばれる、結晶可能なＡｂ１ＫＤバリアント・タンパク質。
【請求項１２２】
前記Ａｂ１ＫＤタンパク質が、Ａｂ１ＫＤ Ｔ３１５Ｉ又はＡｂ１ＫＤＹ３９３Ｆである、請求項５に記載の結晶。
【請求項１２３】
薬剤発見のための、請求項６〜１２２のいずれか１項に記載される方法の使用。
【図１】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図３Ｅ】
【図３Ｆ】
【図３Ｇ】
【図３Ｈ】
【図３Ｉ】
【図３Ｊ】
【図３Ｋ】
【図３Ｌ】
【図３Ｍ】
【図３Ｎ】
【図３Ｏ】
【図３Ｐ】
【図３Ｑ】
【図３Ｒ】
【図３Ｓ】
【図３Ｔ】
【図３Ｕ】
【図３Ｖ】
【図３Ｗ】
【図３Ｘ】
【図３Ｙ】
【図３Ｚ】
【図３ＡＡ】
【図３ＢＢ】
【図３ＣＣ】
【図３ＤＤ】
【図３ＥＥ】
【図３ＦＦ】
【図３ＧＧ】
【図３ＨＨ】
【図３ＩＩ】
【図３ＪＪ】
【図３ＫＫ】
【図３ＬＬ】
【図３ＭＭ】
【図３ＮＮ】
【図３ＯＯ】
【図３ＰＰ】
【図３ＱＱ】
【図３ＲＲ】
【図３ＳＳ】
【図３ＴＴ】
【図３ＵＵ】
【図３ＶＶ】
【図３ＷＷ】
【図３ＸＸ】
【図３ＹＹ】
【図３ＺＺ】
【図３ＡＡＡ】
【図３ＢＢＢ】
【図３ＣＣＣ】
【図３ＤＤＤ】
【図３ＥＥＥ】
【図３ＦＦＦ】
【図３ＧＧＧ】
【図３ＨＨＨ】
【図３ＩＩＩ】
【図３ＪＪＪ】
【図３ＫＫＫ】
【図３ＬＬＬ】
【図３ＭＭＭ】
【図３ＮＮＮ】
【図３ＯＯＯ】
【図３ＰＰＰ】
【図３ＱＱＱ】
【図３ＲＲＲ】
【図３ＳＳＳ】
【図３ＴＴＴ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図４Ｅ】
【図４Ｆ】
【図４Ｇ】
【図４Ｈ】
【図４Ｉ】
【図４Ｊ】
【図４Ｋ】
【図４Ｌ】
【図４Ｍ】
【図４Ｎ】
【図４Ｏ】
【図４Ｐ】
【図４Ｑ】
【図４Ｒ】
【図４Ｓ】
【図４Ｔ】
【図４Ｕ】
【図４Ｖ】
【図４Ｗ】
【図４Ｘ】
【図４Ｙ】
【図４Ｚ】
【図４ＡＡ】
【図４ＢＢ】
【図４ＣＣ】
【図４ＤＤ】
【図４ＥＥ】
【図４ＦＦ】
【図４ＧＧ】
【図４ＨＨ】
【図４ＩＩ】
【図４ＪＪ】
【図４ＫＫ】
【図４ＬＬ】
【図４ＭＭ】
【図４ＮＮ】
【図４ＯＯ】
【図４ＰＰ】
【図４ＱＱ】
【図４ＲＲ】
【図４ＳＳ】
【図４ＴＴ】
【図４ＵＵ】
【図４ＶＶ】
【図４ＷＷ】
【図４ＸＸ】
【図４ＹＹ】
【図４ＺＺ】
【図４ＡＡＡ】
【図４ＢＢＢ】
【図４ＣＣＣ】
【図４ＤＤＤ】
【図４ＥＥＥ】
【図４ＦＦＦ】
【図４ＧＧＧ】
【図４ＨＨＨ】
【図４ＩＩＩ】
【図４ＪＪＪ】
【図４ＫＫＫ】
【図４ＬＬＬ】
【図４ＭＭＭ】
【図４ＮＮＮ】
【図４ＯＯＯ】
【図４ＰＰＰ】
【図４ＱＱＱ】
【図４ＲＲＲ】
【図４ＳＳＳ】
【図４ＴＴＴ】
【図４ＵＵＵ】
【図４ＶＶＶ】
【図４ＷＷＷ】
【図４ＸＸＸ】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図５Ｅ】
【図５Ｆ】
【図５Ｇ】
【図５Ｈ】
【図５Ｉ】
【図５Ｊ】
【図５Ｋ】
【図５Ｌ】
【図５Ｍ】
【図５Ｎ】
【図５Ｏ】
【図５Ｐ】
【図５Ｑ】
【図５Ｒ】
【図５Ｓ】
【図５Ｔ】
【図５Ｕ】
【図５Ｖ】
【図５Ｗ】
【図５Ｘ】
【図５Ｙ】
【図５Ｚ】
【図５ＡＡ】
【図５ＢＢ】
【図５ＣＣ】
【図５ＤＤ】
【図５ＥＥ】
【図５ＦＦ】
【図５ＧＧ】
【図５ＨＨ】
【図５ＩＩ】
【図５ＪＪ】
【図５ＫＫ】
【図５ＬＬ】
【図５ＭＭ】
【図５ＮＮ】
【図５ＯＯ】
【図５ＰＰ】
【図５ＱＱ】
【図５ＲＲ】
【図５ＳＳ】
【図５ＴＴ】
【図５ＵＵ】
【図５ＶＶ】
【図５ＷＷ】
【図５ＸＸ】
【図５ＹＹ】
【図５ＺＺ】
【図５ＡＡＡ】
【図５ＢＢＢ】
【図５ＣＣＣ】
【図５ＤＤＤ】
【図５ＥＥＥ】
【図５ＦＦＦ】
【図５ＧＧＧ】
【図５ＨＨＨ】
【図５ＩＩＩ】
【図５ＪＪＪ】
【図５ＫＫＫ】
【図５ＬＬＬ】
【図５ＭＭＭ】
【図５ＮＮＮ】
【図５ＯＯＯ】
【図５ＰＰＰ】
【図５ＱＱＱ】
【図５ＲＲＲ】
【図５ＳＳＳ】
【図５ＴＴＴ】
【図５ＵＵＵ】
【図５ＶＶＶ】
【図５ＷＷＷ】
【図５ＸＸＸ】
【図５ＹＹＹ】
【図５ＺＺＺ】
【図５ＡＡＡＡ】
【図５ＢＢＢＢ】
【図５ＣＣＣＣ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図６Ｅ】
【図６Ｆ】
【図６Ｇ】
【図６Ｈ】
【図６Ｉ】
【図６Ｊ】
【図６Ｋ】
【図６Ｌ】
【図６Ｍ】
【図６Ｎ】
【図６Ｏ】
【図６Ｐ】
【図６Ｑ】
【図６Ｒ】
【図６Ｓ】
【図６Ｔ】
【図６Ｕ】
【図６Ｖ】
【図６Ｗ】
【図６Ｘ】
【図６Ｙ】
【図６Ｚ】
【図６ＡＡ】
【図６ＢＢ】
【図６ＣＣ】
【図６ＤＤ】
【図６ＥＥ】
【図６ＦＦ】
【図６ＧＧ】
【図６ＨＨ】
【図６ＩＩ】
【図６ＪＪ】
【図６ＫＫ】
【図６ＬＬ】
【図６ＭＭ】
【図６ＮＮ】
【図６ＯＯ】
【図６ＰＰ】
【図６ＱＱ】
【図６ＲＲ】
【図６ＳＳ】
【図６ＴＴ】
【図６ＵＵ】
【図６ＶＶ】
【図６ＷＷ】
【図６ＸＸ】
【図６ＹＹ】
【図６ＺＺ】
【図６ＡＡＡ】
【図６ＢＢＢ】
【図６ＣＣＣ】
【図６ＤＤＤ】
【図６ＥＥＥ】
【図６ＦＦＦ】
【図６ＧＧＧ】
【図６ＨＨＨ】
【図６ＩＩＩ】
【図６ＪＪＪ】
【図６ＫＫＫ】
【図６ＬＬＬ】
【図６ＭＭＭ】
【図６ＮＮＮ】
【図６ＯＯＯ】
【図６ＰＰＰ】
【図６ＱＱＱ】
【図６ＲＲＲ】
【図６ＳＳＳ】
【図６ＴＴＴ】
【図６ＵＵＵ】
【図６ＶＶＶ】
【図６ＷＷＷ】
【図７】
【図８】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図３Ｅ】
【図３Ｆ】
【図３Ｇ】
【図３Ｈ】
【図３Ｉ】
【図３Ｊ】
【図３Ｋ】
【図３Ｌ】
【図３Ｍ】
【図３Ｎ】
【図３Ｏ】
【図３Ｐ】
【図３Ｑ】
【図３Ｒ】
【図３Ｓ】
【図３Ｔ】
【図３Ｕ】
【図３Ｖ】
【図３Ｗ】
【図３Ｘ】
【図３Ｙ】
【図３Ｚ】
【図３ＡＡ】
【図３ＢＢ】
【図３ＣＣ】
【図３ＤＤ】
【図３ＥＥ】
【図３ＦＦ】
【図３ＧＧ】
【図３ＨＨ】
【図３ＩＩ】
【図３ＪＪ】
【図３ＫＫ】
【図３ＬＬ】
【図３ＭＭ】
【図３ＮＮ】
【図３ＯＯ】
【図３ＰＰ】
【図３ＱＱ】
【図３ＲＲ】
【図３ＳＳ】
【図３ＴＴ】
【図３ＵＵ】
【図３ＶＶ】
【図３ＷＷ】
【図３ＸＸ】
【図３ＹＹ】
【図３ＺＺ】
【図３ＡＡＡ】
【図３ＢＢＢ】
【図３ＣＣＣ】
【図３ＤＤＤ】
【図３ＥＥＥ】
【図３ＦＦＦ】
【図３ＧＧＧ】
【図３ＨＨＨ】
【図３ＩＩＩ】
【図３ＪＪＪ】
【図３ＫＫＫ】
【図３ＬＬＬ】
【図３ＭＭＭ】
【図３ＮＮＮ】
【図３ＯＯＯ】
【図３ＰＰＰ】
【図３ＱＱＱ】
【図３ＲＲＲ】
【図３ＳＳＳ】
【図３ＴＴＴ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図４Ｅ】
【図４Ｆ】
【図４Ｇ】
【図４Ｈ】
【図４Ｉ】
【図４Ｊ】
【図４Ｋ】
【図４Ｌ】
【図４Ｍ】
【図４Ｎ】
【図４Ｏ】
【図４Ｐ】
【図４Ｑ】
【図４Ｒ】
【図４Ｓ】
【図４Ｔ】
【図４Ｕ】
【図４Ｖ】
【図４Ｗ】
【図４Ｘ】
【図４Ｙ】
【図４Ｚ】
【図４ＡＡ】
【図４ＢＢ】
【図４ＣＣ】
【図４ＤＤ】
【図４ＥＥ】
【図４ＦＦ】
【図４ＧＧ】
【図４ＨＨ】
【図４ＩＩ】
【図４ＪＪ】
【図４ＫＫ】
【図４ＬＬ】
【図４ＭＭ】
【図４ＮＮ】
【図４ＯＯ】
【図４ＰＰ】
【図４ＱＱ】
【図４ＲＲ】
【図４ＳＳ】
【図４ＴＴ】
【図４ＵＵ】
【図４ＶＶ】
【図４ＷＷ】
【図４ＸＸ】
【図４ＹＹ】
【図４ＺＺ】
【図４ＡＡＡ】
【図４ＢＢＢ】
【図４ＣＣＣ】
【図４ＤＤＤ】
【図４ＥＥＥ】
【図４ＦＦＦ】
【図４ＧＧＧ】
【図４ＨＨＨ】
【図４ＩＩＩ】
【図４ＪＪＪ】
【図４ＫＫＫ】
【図４ＬＬＬ】
【図４ＭＭＭ】
【図４ＮＮＮ】
【図４ＯＯＯ】
【図４ＰＰＰ】
【図４ＱＱＱ】
【図４ＲＲＲ】
【図４ＳＳＳ】
【図４ＴＴＴ】
【図４ＵＵＵ】
【図４ＶＶＶ】
【図４ＷＷＷ】
【図４ＸＸＸ】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図５Ｅ】
【図５Ｆ】
【図５Ｇ】
【図５Ｈ】
【図５Ｉ】
【図５Ｊ】
【図５Ｋ】
【図５Ｌ】
【図５Ｍ】
【図５Ｎ】
【図５Ｏ】
【図５Ｐ】
【図５Ｑ】
【図５Ｒ】
【図５Ｓ】
【図５Ｔ】
【図５Ｕ】
【図５Ｖ】
【図５Ｗ】
【図５Ｘ】
【図５Ｙ】
【図５Ｚ】
【図５ＡＡ】
【図５ＢＢ】
【図５ＣＣ】
【図５ＤＤ】
【図５ＥＥ】
【図５ＦＦ】
【図５ＧＧ】
【図５ＨＨ】
【図５ＩＩ】
【図５ＪＪ】
【図５ＫＫ】
【図５ＬＬ】
【図５ＭＭ】
【図５ＮＮ】
【図５ＯＯ】
【図５ＰＰ】
【図５ＱＱ】
【図５ＲＲ】
【図５ＳＳ】
【図５ＴＴ】
【図５ＵＵ】
【図５ＶＶ】
【図５ＷＷ】
【図５ＸＸ】
【図５ＹＹ】
【図５ＺＺ】
【図５ＡＡＡ】
【図５ＢＢＢ】
【図５ＣＣＣ】
【図５ＤＤＤ】
【図５ＥＥＥ】
【図５ＦＦＦ】
【図５ＧＧＧ】
【図５ＨＨＨ】
【図５ＩＩＩ】
【図５ＪＪＪ】
【図５ＫＫＫ】
【図５ＬＬＬ】
【図５ＭＭＭ】
【図５ＮＮＮ】
【図５ＯＯＯ】
【図５ＰＰＰ】
【図５ＱＱＱ】
【図５ＲＲＲ】
【図５ＳＳＳ】
【図５ＴＴＴ】
【図５ＵＵＵ】
【図５ＶＶＶ】
【図５ＷＷＷ】
【図５ＸＸＸ】
【図５ＹＹＹ】
【図５ＺＺＺ】
【図５ＡＡＡＡ】
【図５ＢＢＢＢ】
【図５ＣＣＣＣ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図６Ｅ】
【図６Ｆ】
【図６Ｇ】
【図６Ｈ】
【図６Ｉ】
【図６Ｊ】
【図６Ｋ】
【図６Ｌ】
【図６Ｍ】
【図６Ｎ】
【図６Ｏ】
【図６Ｐ】
【図６Ｑ】
【図６Ｒ】
【図６Ｓ】
【図６Ｔ】
【図６Ｕ】
【図６Ｖ】
【図６Ｗ】
【図６Ｘ】
【図６Ｙ】
【図６Ｚ】
【図６ＡＡ】
【図６ＢＢ】
【図６ＣＣ】
【図６ＤＤ】
【図６ＥＥ】
【図６ＦＦ】
【図６ＧＧ】
【図６ＨＨ】
【図６ＩＩ】
【図６ＪＪ】
【図６ＫＫ】
【図６ＬＬ】
【図６ＭＭ】
【図６ＮＮ】
【図６ＯＯ】
【図６ＰＰ】
【図６ＱＱ】
【図６ＲＲ】
【図６ＳＳ】
【図６ＴＴ】
【図６ＵＵ】
【図６ＶＶ】
【図６ＷＷ】
【図６ＸＸ】
【図６ＹＹ】
【図６ＺＺ】
【図６ＡＡＡ】
【図６ＢＢＢ】
【図６ＣＣＣ】
【図６ＤＤＤ】
【図６ＥＥＥ】
【図６ＦＦＦ】
【図６ＧＧＧ】
【図６ＨＨＨ】
【図６ＩＩＩ】
【図６ＪＪＪ】
【図６ＫＫＫ】
【図６ＬＬＬ】
【図６ＭＭＭ】
【図６ＮＮＮ】
【図６ＯＯＯ】
【図６ＰＰＰ】
【図６ＱＱＱ】
【図６ＲＲＲ】
【図６ＳＳＳ】
【図６ＴＴＴ】
【図６ＵＵＵ】
【図６ＶＶＶ】
【図６ＷＷＷ】
【図７】
【図８】
【公表番号】特表２００７−５２２７９２（Ｐ２００７−５２２７９２Ａ）
【公表日】平成１９年８月１６日（２００７．８．１６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５３３３３１（Ｐ２００６−５３３３３１）
【出願日】平成１６年５月２１日（２００４．５．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１６１８８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／１０７１１４
【国際公開日】平成１６年１２月９日（２００４．１２．９）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．Ｌｉｎｕｘ
【出願人】（５０５３７７９２４）エスジーエックス ファーマシューティカルズ，インコーポレイティド (3)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年８月１６日（２００７．８．１６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年５月２１日（２００４．５．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１６１８８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／１０７１１４
【国際公開日】平成１６年１２月９日（２００４．１２．９）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．Ｌｉｎｕｘ
【出願人】（５０５３７７９２４）エスジーエックス ファーマシューティカルズ，インコーポレイティド (3)
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]