【課題】生物配列断片のインデックス作成処理の高速化を図るアセンブリング前処理装置を提供する。
【解決手段】生物配列情報の先頭から、K（Kは任意の整数）文字の文字列である部分配列情報を１文字ずつずらして取得する取得部と、アセンブリング前処理を実行するプロセスが部分配列情報に関するアセンブリング前処理を担当するか否かを判定する担当判定部と、プロセスが部分配列情報に関するアセンブリング前処理を担当すると判定された場合、生物配列情報における部分配列情報の位置を示す位置情報を配列位置格納部に登録する登録部と、を備えるアセンブリング前処理装置により、上記課題の解決を図る。 （もっと読む）

【課題】ＦＭＯ法を用いて算出されるフラグメント間の相互作用エネルギーの計算の精度を高めることのできる相互作用エネルギー算出システム、相互作用エネルギー算出方法、及び相互作用エネルギー算出プログラムを提供する。
【解決手段】ＩＦＩＥ計算手段１２Ｄは、三体相互作用エネルギーのうちで特定のダイマーの寄与する分を二体相互作用エネルギーに加えることによって該二体相互作用エネルギーを補正し、当該補正された二体相互作用エネルギーを特定のダイマーにおけるフラグメント間の相互作用エネルギーとして出力する。 （もっと読む）

【課題】生体高分子を含む系の動力学的な挙動を予測するシミュレーションにおいて、計算精度を向上させかつ計算時間を短縮することを可能とする。
【解決手段】シミュレーション装置１０において、質点系の構造を記述する質点座標ｘに基づいて、中継座標Ｒ_Ｓおよび非中継座標Ｒ_Ｆを設定する座標設定手段１６と、非中継座標Ｒ_Ｆを中継座標Ｒ_Ｓに従属させることにより非中継座標の構成Ｒ_Ｆ（Ｒ_Ｓ）を求め、中継座標Ｒ_Ｓの変化に伴う非中継座標Ｒ_Ｆの変化が中継座標Ｒ_Ｓに与える影響を考慮しながら、集団座標ｑ^†の関数としての中継座標の構成Ｒ_Ｓ（ｑ^†）を求める座標抽出手段１８と、運動方程式の解として得られる集団座標ｑ^†（ｔ）、中継座標の上記構成Ｒ_Ｓ（ｑ^†）および非中継座標の上記構成Ｒ_Ｆ（Ｒ_Ｓ）に基づいて、質点座標ｘの時間発展を予測する逆変換手段２０とを備える。 （もっと読む）

【課題】高分子構造を分子レベルで捉えるコンピュータシミュレーションにより、架橋可能なポリマーを単純なビーズスプリングモデルとして精度良くモデル化するポリマーモデル作成方法を提供することを目的とする。
【解決手段】コンピュータ４００により、架橋可能なポリマーをビーズとスプリングで表現可能なビーズスプリングモデルとしてモデル化するポリマーモデル作成方法であって、結合したビーズ間の距離の変化によりポテンシャルが変化するＦＥＮＥポテンシャルＵ^ＦＥＮＥ、結合していないビーズ間の距離の変化によりポテンシャルが変化するLennard-JonesポテンシャルＵ^ＬＪ、及び、結合した３つのビーズの間にできるなす角の変化によりポテンシャルが変化するＡｎｇｌｅポテンシャルＵ^{ＡＮＧＬＥ}をビーズスプリングモデルのシミュレーションに導入して、ポリマーの架橋構造モデルを作成する。 （もっと読む）

【課題】ＳＭＤシミュレーションで実現される非平衡過程おいて、状態変化に沿った構造揺らぎの変化を解析することを可能とする方法、装置、プログラムを提供する。
【解決手段】反応座標上の一の地点の複数の構造の各々を、基準構造に重ね合わせる構造重ね合わせ部２１と、前記基準構造への重ね合わせが行われた、前記反応座標上の一の地点における複数の構造から、着目する原子の揺らぎを計算する揺らぎ計算部２２と、を備え、前記反応座標上の複数の地点について、前記構造重ね合わせ部による構造の重ね合わせと、前記揺らぎ計算部による前記揺らぎの計算を行い、前記揺らぎ計算部による前記反応座標上の複数の地点での前記揺らぎを記憶する揺らぎ記憶部３１と、前記揺らぎ記憶部に記憶された、前記反応座標の前記複数の地点の前記揺らぎから、前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する揺らぎ推移作成部２３と、を含む。 （もっと読む）

【課題】 本発明の課題は、溶媒中での高分子化合物と化合物の結合に関する自由エネルギー差の計算を高速化することを目的とする。
【解決手段】 上記課題は、コンピュータが化合物間の自由エネルギー差を予測する自由エネルギー差予測方法であって、該コンピュータが、記憶部に格納される、標的化合物と該標的化合物と結合する第１候補化合物間の結合状態を指定する結合定数の値毎の部分自由エネルギー差を参照することによって、前記結合定数の領域から前記部分自由エネルギー差が所定変化値以上となる変化領域を特定し、第２候補化合物の前記変化領域の前記部分自由エネルギー差を、前記前後領域について求めた前記部分自由エネルギー差に基づいて、近似関数を用いて補間することを特徴とする自由エネルギー差予測方法により達成される。 （もっと読む）

【課題】リード候補生体分子と、生体高分子であることが多い潜在的な反応物質分子の間の有害交差反応を予測して、対象とする病気または生物学的な状態に関する安全性および薬効の点でリード候補をよりよく特徴付け、リード候補分子のさらなる最適化を容易にして、所望の標的との結合特異性を改善し、他の無関係な生体分子との有害な、かつ／またはその他の点で不測の交差反応を回避する方法を提供する。
【解決手段】計算システムでは、適切な環境において反応をモデル化して、リード候補分子と潜在的な反応物質分子の間の反応プロファイルを求め、次いで、各リードと複数の潜在的な反応物質分子についての複数の反応プロファイルに基づいて、各リードごとにリスク評価を生成する。 （もっと読む）

【課題】タンパク質におけるアミノ酸置換部位を適切に選択可能で、高機能な変異型タンパク質を得ることができる、タンパク質分子のアミノ酸置換部位選択装置を提供する。
【解決手段】タンパク質とリガンドとの複合体の立体構造を取得する手段１０２と、前記構造の各原子に力場パラメータを付与する手段１３０と、分子シミュレーションを実施する手段１４０と、前記リガンドと接触可能なアミノ酸残基のリストを作成する手段１５０と、前記アミノ酸残基と前記リガンドとの静電的相互作用エネルギーとファン・デル・ワールス斥力エネルギーとの和エネルギーを計算する手段１６０と、前記各アミノ酸残基と前記各和エネルギーとを対応させたリストを作成する手段１７０と、前記和エネルギーが大きいアミノ酸残基から順に優先的にアミノ酸置換部位として選択する手段１８０とを含むアミノ酸置換部位選択装置。 （もっと読む）

【課題】相互作用する物体の立体配座空間を探索する改良された方法を提供する。
【解決手段】本発明は、相互作用対に関する立体配座空間をサンプリングする方法であって、相互作用対が、（ａ）接近物体四元数によって特徴付けられる接近物体と、（ｂ）中心物体四元数によって特徴付けられる中心物体とを備え、相互作用対が、エネルギーおよび質量中心ベクトルによって特徴付けられる方法であって、（ｉ）オフ格子変換により接近物体四元数を変えることによってエネルギーの第１の最小化を行うステップと、続いて、（ｉｉ）質量中心ベクトルに沿って、中心物体に向けて接近物体の第１の並進を行うステップとを含み、並進がオン格子変換からなる方法。 （もっと読む）

本発明は、個体において腫瘍を処置するための複数の薬物の相対的有効性を予測する方法であって、腫瘍の分子特性決定及び脱制御された標的遺伝子のパーセンテージに本質的に基づいて複数の薬物のスコアを算出することを含む方法に関する。 （もっと読む）