エピジェネティク・マーカーを使用して組織または細胞タイプを鑑別するための方法および組成物
本発明は特に、メチル化可変CpG位置(MVP)とゲノムDNAサンプルタイプとの間の相関を含む全ゲノム的なエピゲノム地図(epigenomic map)を生成させる新規な方法に関する。MVPはサンプルタイプ間で定量的メチル化レベルに差が生じやすいCpG位置である。特定の関心ゲノム領域(ROI)は好ましくは近接した複数のMVPを含む、サンプルタイプの識別に役立つ好ましい新規のマーカー配列をもたらす。該エピゲノム地図は、たとえばサンプルタイプの特定またはサンプルタイプ間の鑑別など、幅広い用途分野がある。特定の好ましい実施態様では、エピゲノム地図は主要組織適合性遺伝子複合体(MHC)内のメチル化可変領域(MVP)に基づき、またたとえばゲノムDNAの由来源としての細胞または組織を特定したり、単数または複数の細胞または組織タイプを他の細胞または組織タイプから識別したりするのに役立つ。本発明のエピゲノム地図に基づく単数または複数の核酸配列の新規なエピジェネティク特性の分析は、該核酸の由来源の特定を可能にする。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
全ゲノム的メチル化地図を生成するための、次のステップを含む方法:
a) 少なくとも2タイプの生体サンプルについてタイプごとに、ゲノムDNAをもつ複数のまたは一群の生体サンプルを獲得するステップ;
b) 該サンプルまたは該サンプルから単離したDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品と接触させることにより、該サンプルのゲノムDNAを前処理するステップ;
c) 前処理したDNAのセグメントを増幅して、増幅セグメントが全ゲノムまたはその一部分を表し、かつ各々の場合に、対応する非処理ゲノムDNA中のCpG位置に対応する少なくとも1つのジヌクレオチド配列位置を含むようにするステップであって、該増幅に使用されるプライマー分子は、対応する非処理ゲノムDNA中のCpG位置に対応するジヌクレオチド配列位置を含まないことを特徴とするステップ;
d) 増幅後の前処理核酸の配列を決定するステップ;
e) 該配列を分析して特定CpG位置のメチル化レベルを定量するステップ;
f) 特定CpG位置の該定量メチル化レベルを、少なくとも2タイプの生体サンプルに対応する種々のサンプル群間で比較するステップ; および
g) 種々のサンプル群間で定量メチル化レベルに検出可能な差異が存在するゲノムCpG位置であるメチル化可変位置を特定し、以って全ゲノムまたはその一部分にわたるエピゲノム地図が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項２】
生体サンプルのタイプが組織、臓器または細胞である請求項1に記載の方法。
【請求項３】
ステップc)において、対応する非処理ゲノムDNA中のCpG位置に対応するジヌクレオチド配列位置はCpGまたはTpGジヌクレオチド配列位置である請求項1に記載の方法。
【請求項４】
ステップd)の配列決定はメチル化レベルの定量に使用するための配列トレースまたはエレクトロフェログラムを生成させるステップを含む請求項1に記載の方法。
【請求項５】
ステップe)の配列分析は全ゲノムまたはその一部にわたる定量メチル化レベルのプロファイルを生成させるステップを含む請求項1に記載の方法。
【請求項６】
ステップe)におけるメチルレベルの定量はそのための好適なソフトウェアプログラムの使用を伴うことを特徴とする先行請求項のいずれか1項に記載の方法。
【請求項７】
好適なソフトウェアプログラムは、亜硫酸水素塩処理DNA中の不均等な塩基分布を考慮または斟酌し、配列トレース(エレクトロフェログラム)を正規化して、配列トレース内のメチル化シグナルの定量を可能にするESMEであることを特徴とする請求項6に記載の方法。
【請求項８】
ステップb)の一薬品または一連の薬品は亜硫酸水素塩試薬を含む請求項1に記載の方法。
【請求項９】
ステップb)の一薬品または一連の薬品は酵素を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
ステップb)の前処理はシトシンのウラシルへの修飾を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１１】
ステップc)の増幅は遺伝子の調節領域内にある、または調節領域を含む、1セグメント以上の増幅を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１２】
ステップc)の増幅はポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法の使用を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１３】
SEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーであって、該連続配列は少なくとも1つのメチル化可変位置を、または少なくとも1つのCpG、tpGまたはCpaジヌクレオチド配列を含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とする核酸またはオリゴマー。
【請求項１４】
第1オリゴマーと第2オリゴマーとを含むオリゴマーセットであって、第1オリゴマーと第2オリゴマーはそれぞれ、第1オリゴマーの場合にはSEQ ID NOS: 1〜136からなる第1配列群より選択される、また第2オリゴマーの場合には第1配列群の配列の相補配列からなる群より選択される、前処理ゲノムDNAと相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とするオリゴマーセット。
【請求項１５】
核酸増幅産物生成用として好適である請求項14に記載のオリゴマーセット。
【請求項１６】
SEQ ID NOS: 137〜204およびSEQ ID NOS: 206〜221からなる群より選択される配列を含む核酸またはオリゴマー。
【請求項１７】
SEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134およびSEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136;およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーであって、該連続配列は少なくとも1つのメチル化可変位置を、または少なくとも1つのCpG、tpGまたはCpaジヌクレオチド配列を含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とする核酸またはオリゴマー。
【請求項１８】
第1オリゴマーと第2オリゴマーとを含むオリゴマーセットであって、第1オリゴマーと第2オリゴマーはそれぞれ、第1オリゴマーの場合にはSEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134およびSEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136からなる4配列編成下位群で構成される第1配列群より選択される、また第2オリゴマーの場合には第1配列群を構成する各下位群配列の相補配列からなる4配列編成下位群で構成される第2配列群より選択される、前処理ゲノムDNAと相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とするオリゴマーセット。
【請求項１９】
核酸増幅産物生成用として好適である請求項18に記載のオリゴマーセット。
【請求項２０】
肝細胞、臓器または組織を特定する、肝細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肝細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、肝細胞、臓器または組織を特定する、肝細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肝細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２１】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項20に記載の方法: SEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２２】
脳細胞、臓器または組織を特定する、脳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または脳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、脳細胞、臓器または組織を特定する、脳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または脳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２３】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項22に記載の方法: SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２４】
乳細胞、臓器または組織を特定する、乳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または乳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、乳細胞、臓器または組織を特定する、乳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または乳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２５】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項24に記載の方法: SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２６】
筋細胞、臓器または組織を特定する、筋細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または筋細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、筋細胞、臓器または組織を特定する、筋細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または筋細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２７】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項26に記載の方法: SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２８】
肺細胞、臓器または組織を特定する、肺細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肺細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および該
c) 1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、肺細胞、臓器または組織を特定する、肺細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肺細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２９】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項28に記載の方法: SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項３０】
肝細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肝細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３１】
肝細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肝細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 137, 138; 143, 144; 145, 146; 147, 148; 149, 150; 161, 162; 163, 164; 171, 172; 173, 174; 187, 188; 189, 190; 19, 196からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３２】
脳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての脳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３３】
脳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての脳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 139, 140; 153, 154; 155, 156; 157, 158; 165, 166; 185, 186; 193, 194; 197, 198; 203, 204からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３４】
乳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての乳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３５】
乳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての乳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 139, 140; 141, 142; 151, 152; 155, 156; 157, 158; 159, 160; 165, 166, 175, 176; 177, 178; 181, 182; 199, 200; 201, 202; 203, 204からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３６】
筋細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての筋細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３７】
筋細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての筋細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 152, 152; 155, 156; 157, 158; 163, 164; 165, 166; 179, 180; 181, 182; 183, 184; 191, 192; 193, 194; 199, 200からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３８】
肺細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肺細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３９】
肺細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肺細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 155, 156; 157, 158; 165, 166; 167, 168; 169, 170; 191, 192からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項４０】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 155および156からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳、脳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肝、肺および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４１】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 157および158からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳、肝および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺および脳細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４２】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 163および164からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は肝および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は脳および肺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４３】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 165および166からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳、脳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４４】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 175および176からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および前立腺細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は脳、肺および肝細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４５】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; 63, 64, 131, 132; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 181, 182, 199および200からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺、脳、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４６】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 203および204からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および脳細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺、筋、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４７】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 193および194からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は脳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺、乳、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４８】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 153および154からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および肺細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は脳、筋、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４９】
疾患関連細胞または組織中の、または体液由来サンプル中のゲノムDNAの1つまたは複数のメチル化可変位置の特定のメチル化レベルまたはメチル化状態を特徴とする症状または疾患を診断するための、次のステップを含む方法:
a) その1つまたは複数の領域内に1つまたは複数のメチル化可変位置をもつゲノムDNAを含む検査細胞、組織サンプルまたは体液サンプルを獲得するステップ;
b) 該1つまたは複数のメチル化可変位置のメチル化状態または定量メチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該メチル化状態またはレベルを請求項1に記載の、対応する正常または病変細胞または組織のうちの少なくとも1つに関するメチル化レベル値を含む全ゲノム的メチル化地図のそれと比較し、以って症状または疾患の診断が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項５０】
臓器、細胞タイプまたは組織における病状の存在または不存在を検出するための、次のステップを含む方法:
a) 体液サンプルを回収するステップ;
b) SEQ ID NOS: 1〜204、SEQ ID NOS: 206〜221およびそれらの相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーの使用により、組織-、臓器-または細胞-特有のDNAメチル化パターンを示す浮遊DNAの量または存否の少なくとも一方を決定するステップ; および
c) 該組織、細胞タイプまたは臓器に由来する、異常レベルの浮遊DNAの存否を決定し、それを以って該組織、細胞タイプまたは臓器に関連する病状の存在または非存在について結論を下すステップ。
【請求項５１】
個人の体液中の臓器-または組織-特異的浮遊DNAの存在を特徴とする該個人の症状または疾患を診断するための、次のステップを含む方法:
a) 体液サンプルを回収するステップ;
b) SEQ ID NOS: 1〜204、SEQ ID NOS: 206〜221およびそれらの相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーの使用により、組織-、臓器-または細胞-特有のDNAメチル化パターンを示す浮遊DNAの量または存否の少なくとも一方を決定するステップ; および
c) 該組織、細胞タイプまたは臓器に由来する、異常レベルの浮遊DNAの存否をさらに決定し、少なくとも部分的にはそれを以って、該組織、細胞タイプまたは臓器に関連する病状の存在または非存在について結論を下すステップ。
【請求項５２】
個人の体液中の臓器-または組織-特異的浮遊DNAの存在を特徴とする該個人の症状または疾患を診断するための、次のステップを含む方法:
a) 体液サンプルを回収するステップ;
b) SEQ ID NOS: 1〜204、SEQ ID NOS: 206〜221およびそれらの相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマー内のMVPのメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ;
c) 該メチル化状態またはメチル化レベルを、複数の正常な臓器、細胞または組織の対応する核酸のメチル化レベル値を含む請求項1に記載の全ゲノム的メチル化地図のそれと比較するステップ; および
d) ステップb)のメチル化状態またはメチル化レベルが既知の値に匹敵するかどうか、また特定の臓器または組織が支配的であるかどうかを決定し、以って症状または疾患の診断が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項５３】
浮遊DNAは肺、肝臓、筋肉、乳房、脳または前立腺からなる群より選択される組織または臓器に由来する、請求項49〜52に記載の方法。
【請求項５４】
治療コースの選択または監視のうち少なくとも一方を行うための方法であって、請求項49〜52の要領で診断を確定し、以って治療コースの選択または監視のうち少なくとも一方が、少なくとも部分的にもたらされるようにするステップを含む方法。
【請求項５５】
請求項49〜53のうちいずれか1項に記載の方法の、個人の疾患の診断、個人の症状の診断、個人の疾患の予後診断、疾患の進行監視、治療反応の監視、治療副作用の発生の監視、または細胞増殖性疾患の分類、鑑別、悪性度評価、病期評価または診断への、またはそれらの組み合わせへの、使用。
【請求項５６】
ある臓器、細胞または組織タイプの特定、または核酸サンプルの由来源としてのある臓器、細胞または組織タイプを別のものからの識別のうち少なくとも一方を行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAをもつ核酸サンプルを獲得するステップ;
b) 5位非メチル化シトシン塩基をウラシルに、またはハイブリダイゼーション特性がシトシンとは検出可能に異なる別の塩基へと変換するための1つまたは複数の薬品で該ゲノムDNAまたはその断片を前処理するステップ;
c) 前処理ゲノムDNAまたはその断片を増幅酵素および少なくとも1セットのプライマーと接触させて、前処理ゲノムDNAまたはその断片が増幅されて1つまたは複数の増幅産物を生成するかまたは増幅されずに終わるようにするステップであって、該プライマーセットは各々第1および第2プライマーを含み、各プライマーは第1プライマーの場合にはSEQ ID NOS: 1〜136からなる第1群より選択される配列と、また第2プライマーの場合には第1群の配列の相補配列からなる第2群より選択される配列と、それぞれ相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をもつことを特徴とするステップ; および
d) 該増幅産物の存否または特性に基づき、前処理版SEQ ID NO:205内の、またはその連続領域内の、少なくとも1つのMVPのメチル化状態またはレベルを、あるいは前処理版SEQ ID NO:205内の、またはその連続領域内の、複数のMVPの平均メチル化状態または平均メチル化状態を反映する値を、決定し、以ってある臓器、細胞または組織タイプの特定、または核酸サンプルの由来源としてのある臓器、細胞または組織タイプを別のものからの識別のうち少なくとも一方が、少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項５７】
ゲノムDNAまたはその断片を処理するステップb)において亜硫酸水素塩、亜硫酸水素、二亜硫酸塩およびそれらの組み合わせからなる群より選択される溶液の使用を含む、請求項56に記載の方法。
【請求項５８】
接触させるステップc)または決定するステップd)の少なくとも一方はMSP、MethyLight（登録商標）、HeavyMethyl（登録商標）、MS-SNuPE（登録商標）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される方法の使用を含む請求項56または57のどちらか1項に記載の方法。
【請求項５９】
プライマーのうち少なくとも1つはSEQ ID NOS: 137〜204からなる群より選択される配列を含む、請求項56または57のどちらか1項に記載の方法。
【請求項６０】
プライマーのうちの1つまたは複数は連続配列に少なくとも1つの5'-CG-3'、5'-tG-3'または5'-Ca-3'ジヌクレオチドを含む、請求項56〜58のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６１】
請求項54のステップb)における前処理の前にはCGジヌクレオチドであった1つまたは複数の5'-CG-3'、5'-tG-3'または5’-Ca-3’ジヌクレオチドをもつ鎖長16ヌクレオチド以上の連続配列を含む少なくとも1つのオリゴマーの使用をステップc)においてさらに含む請求項55〜59のいずれか1項に記載の方法であって、該オリゴマーの連続配列はSEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される配列と相補的であるかまたは一致し、また該オリゴマーはそのハイブリダイジング相手たる核酸の増幅を抑制することを特徴とする使用。
【請求項６２】
メチル化状態、メチル化レベル、平均メチル化状態または平均メチル化レベルを決定するステップは、1つまたは複数の5'-CG-3'、5'-TG-3'または5'-CA-3'ジヌクレオチドと、前処理前には5'-CG-3'ジヌクレオチドであった位置でハイブリダイズする少なくとも1つのレポーターまたはプローブ・オリゴマーの使用を含み、以って1つまたは複数の標的配列の増幅が少なくとも部分的にもたらされるようにすることを特徴とする請求項56〜61のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６３】
細胞増殖性疾患またはその素因の分析、特性解析、分類、鑑別、悪性度評価、病期評価、診断または予後診断、またはそれらの組み合わせへの、請求項56〜62のいずれか1項に記載の方法の使用。
【請求項６４】
前立腺がん、乳がん、肺がん、肝がんまたは脳腫瘍の、または各タイプのがん・腫瘍の素因の、分析、特性解析、分類、鑑別、悪性度評価、病期評価、診断またはそれらの組み合わせへの、請求項56〜62のいずれか1項に記載の方法の使用。
【請求項６５】
核酸の由来源としてのある組織、臓器または細胞タイプを特定するための、または組織、臓器または細胞タイプ群からある組織、臓器または細胞タイプを核酸の由来源として識別するためのキットであって、
a) 亜硫酸水素塩試薬またはメチル化感受性デアミナーゼ; および
b) SEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長9ヌクレオチド以上の連続配列を各々含む少なくとも1つのオリゴマー;
を含むキット。
【請求項６６】
組織タイプ群は前立腺、乳房、肺、肝臓、筋肉および脳からなる群より選択される少なくとも2つの組織タイプを含むことを特徴とする請求項65に記載のキット。
【請求項６７】
前立腺、乳房、肺、肝臓、筋肉および脳の細胞増殖性疾患を発見、診断、予後診断または鑑別するための、または前立腺、乳房、肺、肝臓、筋肉および脳の細胞増殖性疾患を識別するためのキットであって、
a) 亜硫酸水素塩試薬またはメチル化感受性デアミナーゼ; および
b) SEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長9ヌクレオチド以上の連続配列を各々含む少なくとも1つのオリゴマー;
を含むキット。
【請求項６８】
MS-SNuPE（登録商標）、MSP、MethylLight（登録商標）、HeavyMethyl（登録商標）、COBRA（登録商標）、核酸配列分析法およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメチル化アッセイ法を行うための標準試薬をさらに含む請求項65〜67のいずれか1項に記載のキット。
【請求項６９】
がんに関する診断情報を提供する、次のステップを含む方法:
a) 細胞増殖性疾患を患っていると疑われる患者の体液サンプル中の全浮遊DNA量に対する特定臓器または組織に由来する浮遊DNAの相対量を決定するステップであって、該体液サンプル中の、表37〜70で特定される群より選択される少なくとも3つのMVPまたはCpGsのメチル化レベルの決定を含み、またメチル化パターンが提供されることを特徴とするステップ;
b) 該メチル化パターンを、他臓器または組織群に由来する特定臓器または組織に特有的であることがすでに判明しているような、複数のサンプルで見られるメチル化パターンと比較するステップ;
c) 健康なドナーな由来するサンプルとの関連で、ステップa)で決定されるメチル化パターンが該体液サンプル中の全浮遊DNA量に対する特定臓器または組織に由来する浮遊DNAの相対量の増加を示すかどうかを判定し、以って該患者はがん発症のリスクが高いかどうかの結論が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項７０】
ステップa)のメチル化パターンは少なくとも5つのCpG位置のメチル化レベルを含む請求項69に記載の方法。
【請求項７１】
メチル化レベルが決定されるMVPまたはCpG位置のうち少なくとも3つは500bpのゲノム領域内に位置する請求項69に記載の方法。
【請求項７２】
組織検体に関する情報を会員に提供するための、
A) 特性を共有する被検者集合の部分集合に由来する1つ以上の組織タイプに対応する組織サンプルを獲得するステップ;
B) 組織サンプルの各々のゲノムDNAを、好適なメチル化アッセイ法で検査するステップ;
C) ステップB)での検査に基づき組織タイプごとに、1つまたは複数のメチル化CpG位置のメチル化レベルに関する数値の分布を決定するステップ;
D) ステップC)の数値分布ごとに平均指数を計算するステップ;
E) 平均指数および分散指数をデータベースに保存するステップ; および
F) ユーザーまたは会員に対して、会費と引き換えに、該データベース中の該平均指数および分散指数へのアクセスを提供するステップ;
を含むコンピューター実装型の方法であって、ステップA)のサンプル数は、該指数が該集合全体に関するそうした指数の統計的に有意な表示に対応するに足る数であることを特徴とするコンピューター実装型の方法。
【請求項７３】
組織サンプルは正常組織を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７４】
組織サンプルは異常組織を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７５】
組織サンプルは同じ組織タイプの異常および正常組織を含み、数値分布および対応する指数の決定では、正常組織に由来するデータを使用して正常組織に関する数値の分布および対応する指数を決定し、また異常組織に由来するデータを使用して異常組織に関する数値の分布および対応する指数を決定することを特徴とする請求項72に記載の方法。
【請求項７６】
組織タイプは乳房を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７７】
組織タイプは肝臓を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７８】
組織タイプは前立腺を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７９】
組織タイプは筋肉を含む請求項72に記載の方法。
【請求項８０】
組織タイプは脳を含む請求項72に記載の方法。
【請求項８１】
組織タイプは肺を含む請求項72に記載の方法。
【請求項１】
全ゲノム的メチル化地図を生成するための、次のステップを含む方法:
a) 少なくとも2タイプの生体サンプルについてタイプごとに、ゲノムDNAをもつ複数のまたは一群の生体サンプルを獲得するステップ;
b) 該サンプルまたは該サンプルから単離したDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品と接触させることにより、該サンプルのゲノムDNAを前処理するステップ;
c) 前処理したDNAのセグメントを増幅して、増幅セグメントが全ゲノムまたはその一部分を表し、かつ各々の場合に、対応する非処理ゲノムDNA中のCpG位置に対応する少なくとも1つのジヌクレオチド配列位置を含むようにするステップであって、該増幅に使用されるプライマー分子は、対応する非処理ゲノムDNA中のCpG位置に対応するジヌクレオチド配列位置を含まないことを特徴とするステップ;
d) 増幅後の前処理核酸の配列を決定するステップ;
e) 該配列を分析して特定CpG位置のメチル化レベルを定量するステップ;
f) 特定CpG位置の該定量メチル化レベルを、少なくとも2タイプの生体サンプルに対応する種々のサンプル群間で比較するステップ; および
g) 種々のサンプル群間で定量メチル化レベルに検出可能な差異が存在するゲノムCpG位置であるメチル化可変位置を特定し、以って全ゲノムまたはその一部分にわたるエピゲノム地図が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項２】
生体サンプルのタイプが組織、臓器または細胞である請求項1に記載の方法。
【請求項３】
ステップc)において、対応する非処理ゲノムDNA中のCpG位置に対応するジヌクレオチド配列位置はCpGまたはTpGジヌクレオチド配列位置である請求項1に記載の方法。
【請求項４】
ステップd)の配列決定はメチル化レベルの定量に使用するための配列トレースまたはエレクトロフェログラムを生成させるステップを含む請求項1に記載の方法。
【請求項５】
ステップe)の配列分析は全ゲノムまたはその一部にわたる定量メチル化レベルのプロファイルを生成させるステップを含む請求項1に記載の方法。
【請求項６】
ステップe)におけるメチルレベルの定量はそのための好適なソフトウェアプログラムの使用を伴うことを特徴とする先行請求項のいずれか1項に記載の方法。
【請求項７】
好適なソフトウェアプログラムは、亜硫酸水素塩処理DNA中の不均等な塩基分布を考慮または斟酌し、配列トレース(エレクトロフェログラム)を正規化して、配列トレース内のメチル化シグナルの定量を可能にするESMEであることを特徴とする請求項6に記載の方法。
【請求項８】
ステップb)の一薬品または一連の薬品は亜硫酸水素塩試薬を含む請求項1に記載の方法。
【請求項９】
ステップb)の一薬品または一連の薬品は酵素を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
ステップb)の前処理はシトシンのウラシルへの修飾を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１１】
ステップc)の増幅は遺伝子の調節領域内にある、または調節領域を含む、1セグメント以上の増幅を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１２】
ステップc)の増幅はポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法の使用を含む請求項1に記載の方法。
【請求項１３】
SEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーであって、該連続配列は少なくとも1つのメチル化可変位置を、または少なくとも1つのCpG、tpGまたはCpaジヌクレオチド配列を含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とする核酸またはオリゴマー。
【請求項１４】
第1オリゴマーと第2オリゴマーとを含むオリゴマーセットであって、第1オリゴマーと第2オリゴマーはそれぞれ、第1オリゴマーの場合にはSEQ ID NOS: 1〜136からなる第1配列群より選択される、また第2オリゴマーの場合には第1配列群の配列の相補配列からなる群より選択される、前処理ゲノムDNAと相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とするオリゴマーセット。
【請求項１５】
核酸増幅産物生成用として好適である請求項14に記載のオリゴマーセット。
【請求項１６】
SEQ ID NOS: 137〜204およびSEQ ID NOS: 206〜221からなる群より選択される配列を含む核酸またはオリゴマー。
【請求項１７】
SEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134およびSEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136;およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーであって、該連続配列は少なくとも1つのメチル化可変位置を、または少なくとも1つのCpG、tpGまたはCpaジヌクレオチド配列を含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とする核酸またはオリゴマー。
【請求項１８】
第1オリゴマーと第2オリゴマーとを含むオリゴマーセットであって、第1オリゴマーと第2オリゴマーはそれぞれ、第1オリゴマーの場合にはSEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134およびSEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136からなる4配列編成下位群で構成される第1配列群より選択される、また第2オリゴマーの場合には第1配列群を構成する各下位群配列の相補配列からなる4配列編成下位群で構成される第2配列群より選択される、前処理ゲノムDNAと相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、また前処理はゲノムDNAを、非メチル化シトシンは修飾するがメチル化シトシンは基本的に非修飾状態のままにしておく一薬品または一連の薬品で処理するステップを含むことを特徴とするオリゴマーセット。
【請求項１９】
核酸増幅産物生成用として好適である請求項18に記載のオリゴマーセット。
【請求項２０】
肝細胞、臓器または組織を特定する、肝細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肝細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、肝細胞、臓器または組織を特定する、肝細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肝細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２１】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項20に記載の方法: SEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２２】
脳細胞、臓器または組織を特定する、脳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または脳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、脳細胞、臓器または組織を特定する、脳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または脳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２３】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項22に記載の方法: SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２４】
乳細胞、臓器または組織を特定する、乳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または乳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、乳細胞、臓器または組織を特定する、乳細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または乳細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２５】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項24に記載の方法: SEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２６】
筋細胞、臓器または組織を特定する、筋細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または筋細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、筋細胞、臓器または組織を特定する、筋細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または筋細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２７】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項26に記載の方法: SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項２８】
肺細胞、臓器または組織を特定する、肺細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肺細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAを含む1つ以上の細胞、組織、体液または他のサンプルを獲得するステップ;
b) 該1つ以上のサンプルについて、好適なアッセイ法を用いて、SEQ ID NO:205、鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ; および該
c) 1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを好適な標準または対照と比較する、または該1つ以上のメチル化状態またはメチル化レベルを、サンプルの、対応するメチル化可変位置間で比較することにより、肺細胞、臓器または組織を特定する、肺細胞、臓器または組織を1つまたは複数の他細胞または組織タイプから識別する、または肺細胞、臓器または組織をDNAサンプルの由来源として特定する、のうち少なくとも1つを少なくとも部分的に可能にするステップ。
【請求項２９】
ステップb)の決定ステップにおいて、次のうち少なくとも一方の使用を含む請求項28に記載の方法: SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をそれぞれ少なくとも1つ含む1つまたは複数の核酸またはオリゴマーの使用; またはSEQ ID NO:205、鎖長16ヌクレオチド以上のその断片、SEQ ID NO:205と相補的であるかまたは中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列および鎖長16連続ヌクレオチド以上のその断片からなる群より選択されるゲノムDNA配列へのメチル化感受性制限酵素の使用。
【請求項３０】
肝細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肝細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 1, 2, 69, 70; SEQ ID NOS: 7, 8, 75, 76; SEQ ID NOS: 9, 10, 77, 78; SEQ ID NOS: 11, 12, 79, 80; SEQ ID NOS: 13, 14, 81, 82; SEQ ID NOS: 25, 26, 93, 94; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 35, 36, 103, 104; SEQ ID NOS: 37, 38, 105, 106; SEQ ID NOS: 51, 52, 119, 120; SEQ ID NOS: 53, 54, 121, 122; SEQ ID NOS: 59, 60, 127, 128; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３１】
肝細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肝細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 137, 138; 143, 144; 145, 146; 147, 148; 149, 150; 161, 162; 163, 164; 171, 172; 173, 174; 187, 188; 189, 190; 19, 196からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３２】
脳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての脳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 49, 50, 117, 118; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 61, 62, 129, 130; SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３３】
脳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての脳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 139, 140; 153, 154; 155, 156; 157, 158; 165, 166; 185, 186; 193, 194; 197, 198; 203, 204からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３４】
乳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての乳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 3, 4, 71, 72; SEQ ID NOS: 5, 6, 73, 74; SEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 23, 24, 91, 92; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108; SEQ ID NOS: 41, 42, 109, 110; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; SEQ ID NOS: 65, 66, 133, 134SEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３５】
乳細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての乳細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 139, 140; 141, 142; 151, 152; 155, 156; 157, 158; 159, 160; 165, 166, 175, 176; 177, 178; 181, 182; 199, 200; 201, 202; 203, 204からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３６】
筋細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての筋細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 15, 16, 83, 84; SEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88; SEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 43, 44, 111, 112; SEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; SEQ ID NOS: 47, 48, 115, 116; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; SEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; SEQ ID NOS: 63, 64, 131, 132; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３７】
筋細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての筋細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 152, 152; 155, 156; 157, 158; 163, 164; 165, 166; 179, 180; 181, 182; 183, 184; 191, 192; 193, 194; 199, 200からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項３８】
肺細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肺細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90; SEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98; SEQ ID NOS: 31, 32, 99, 100; SEQ ID NOS: 33, 34, 101, 102; SEQ ID NOS: 55, 56, 123, 124; およびその相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は該配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化レベルを決定するステップを含むことを特徴とする使用。
【請求項３９】
肺細胞、臓器または組織、またはそれらに由来する核酸を特定または識別するための、または該核酸の由来源としての肺細胞、臓器または組織を特定するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 155, 156; 157, 158; 165, 166; 167, 168; 169, 170; 191, 192からなる群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むことを特徴とする使用。
【請求項４０】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 19, 20, 87, 88およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 155および156からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳、脳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肝、肺および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４１】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 21, 22, 89, 90およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 157および158からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳、肝および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺および脳細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４２】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 27, 28, 95, 96およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 163および164からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は肝および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は脳および肺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４３】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 29, 30, 97, 98およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 165および166からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳、脳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４４】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 39, 40, 107, 108およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 175および176からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および前立腺細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は脳、肺および肝細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４５】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 45, 46, 113, 114; 63, 64, 131, 132; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 181, 182, 199および200からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺、脳、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４６】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 67, 68, 135, 136; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 203および204からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および脳細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺、筋、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４７】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 57, 58, 125, 126; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 193および194からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は脳および筋細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は肺、乳、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４８】
核酸サンプルの由来源としての第1組織または細胞群を第2組織または細胞群から識別するための方法への核酸またはオリゴマーの使用であって、該核酸またはオリゴマーはSEQ ID NOS: 17, 18, 85, 86; およびその相補配列からなる第1群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含むかまたはSEQ ID NOS: 153および154からなる第2群より選択される鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含み、該方法は第1配列群の1つまたは複数の配列内の少なくとも1つのメチル化可変位置(MVP)のメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップを含み、また第1組織または細胞群は乳および肺細胞または組織を含み、第2組織または細胞群は脳、筋、肝および前立腺細胞または組織を含むことを特徴とする使用。
【請求項４９】
疾患関連細胞または組織中の、または体液由来サンプル中のゲノムDNAの1つまたは複数のメチル化可変位置の特定のメチル化レベルまたはメチル化状態を特徴とする症状または疾患を診断するための、次のステップを含む方法:
a) その1つまたは複数の領域内に1つまたは複数のメチル化可変位置をもつゲノムDNAを含む検査細胞、組織サンプルまたは体液サンプルを獲得するステップ;
b) 該1つまたは複数のメチル化可変位置のメチル化状態または定量メチル化レベルを決定するステップ; および
c) 該メチル化状態またはレベルを請求項1に記載の、対応する正常または病変細胞または組織のうちの少なくとも1つに関するメチル化レベル値を含む全ゲノム的メチル化地図のそれと比較し、以って症状または疾患の診断が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項５０】
臓器、細胞タイプまたは組織における病状の存在または不存在を検出するための、次のステップを含む方法:
a) 体液サンプルを回収するステップ;
b) SEQ ID NOS: 1〜204、SEQ ID NOS: 206〜221およびそれらの相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーの使用により、組織-、臓器-または細胞-特有のDNAメチル化パターンを示す浮遊DNAの量または存否の少なくとも一方を決定するステップ; および
c) 該組織、細胞タイプまたは臓器に由来する、異常レベルの浮遊DNAの存否を決定し、それを以って該組織、細胞タイプまたは臓器に関連する病状の存在または非存在について結論を下すステップ。
【請求項５１】
個人の体液中の臓器-または組織-特異的浮遊DNAの存在を特徴とする該個人の症状または疾患を診断するための、次のステップを含む方法:
a) 体液サンプルを回収するステップ;
b) SEQ ID NOS: 1〜204、SEQ ID NOS: 206〜221およびそれらの相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマーの使用により、組織-、臓器-または細胞-特有のDNAメチル化パターンを示す浮遊DNAの量または存否の少なくとも一方を決定するステップ; および
c) 該組織、細胞タイプまたは臓器に由来する、異常レベルの浮遊DNAの存否をさらに決定し、少なくとも部分的にはそれを以って、該組織、細胞タイプまたは臓器に関連する病状の存在または非存在について結論を下すステップ。
【請求項５２】
個人の体液中の臓器-または組織-特異的浮遊DNAの存在を特徴とする該個人の症状または疾患を診断するための、次のステップを含む方法:
a) 体液サンプルを回収するステップ;
b) SEQ ID NOS: 1〜204、SEQ ID NOS: 206〜221およびそれらの相補配列からなる群より選択される前処理ゲノムDNA配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列を少なくとも1つ含む核酸またはオリゴマー内のMVPのメチル化状態またはメチル化レベルを決定するステップ;
c) 該メチル化状態またはメチル化レベルを、複数の正常な臓器、細胞または組織の対応する核酸のメチル化レベル値を含む請求項1に記載の全ゲノム的メチル化地図のそれと比較するステップ; および
d) ステップb)のメチル化状態またはメチル化レベルが既知の値に匹敵するかどうか、また特定の臓器または組織が支配的であるかどうかを決定し、以って症状または疾患の診断が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項５３】
浮遊DNAは肺、肝臓、筋肉、乳房、脳または前立腺からなる群より選択される組織または臓器に由来する、請求項49〜52に記載の方法。
【請求項５４】
治療コースの選択または監視のうち少なくとも一方を行うための方法であって、請求項49〜52の要領で診断を確定し、以って治療コースの選択または監視のうち少なくとも一方が、少なくとも部分的にもたらされるようにするステップを含む方法。
【請求項５５】
請求項49〜53のうちいずれか1項に記載の方法の、個人の疾患の診断、個人の症状の診断、個人の疾患の予後診断、疾患の進行監視、治療反応の監視、治療副作用の発生の監視、または細胞増殖性疾患の分類、鑑別、悪性度評価、病期評価または診断への、またはそれらの組み合わせへの、使用。
【請求項５６】
ある臓器、細胞または組織タイプの特定、または核酸サンプルの由来源としてのある臓器、細胞または組織タイプを別のものからの識別のうち少なくとも一方を行うための、次のステップを含む方法:
a) ゲノムDNAをもつ核酸サンプルを獲得するステップ;
b) 5位非メチル化シトシン塩基をウラシルに、またはハイブリダイゼーション特性がシトシンとは検出可能に異なる別の塩基へと変換するための1つまたは複数の薬品で該ゲノムDNAまたはその断片を前処理するステップ;
c) 前処理ゲノムDNAまたはその断片を増幅酵素および少なくとも1セットのプライマーと接触させて、前処理ゲノムDNAまたはその断片が増幅されて1つまたは複数の増幅産物を生成するかまたは増幅されずに終わるようにするステップであって、該プライマーセットは各々第1および第2プライマーを含み、各プライマーは第1プライマーの場合にはSEQ ID NOS: 1〜136からなる第1群より選択される配列と、また第2プライマーの場合には第1群の配列の相補配列からなる第2群より選択される配列と、それぞれ相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長16ヌクレオチド以上の連続塩基配列をもつことを特徴とするステップ; および
d) 該増幅産物の存否または特性に基づき、前処理版SEQ ID NO:205内の、またはその連続領域内の、少なくとも1つのMVPのメチル化状態またはレベルを、あるいは前処理版SEQ ID NO:205内の、またはその連続領域内の、複数のMVPの平均メチル化状態または平均メチル化状態を反映する値を、決定し、以ってある臓器、細胞または組織タイプの特定、または核酸サンプルの由来源としてのある臓器、細胞または組織タイプを別のものからの識別のうち少なくとも一方が、少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項５７】
ゲノムDNAまたはその断片を処理するステップb)において亜硫酸水素塩、亜硫酸水素、二亜硫酸塩およびそれらの組み合わせからなる群より選択される溶液の使用を含む、請求項56に記載の方法。
【請求項５８】
接触させるステップc)または決定するステップd)の少なくとも一方はMSP、MethyLight（登録商標）、HeavyMethyl（登録商標）、MS-SNuPE（登録商標）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される方法の使用を含む請求項56または57のどちらか1項に記載の方法。
【請求項５９】
プライマーのうち少なくとも1つはSEQ ID NOS: 137〜204からなる群より選択される配列を含む、請求項56または57のどちらか1項に記載の方法。
【請求項６０】
プライマーのうちの1つまたは複数は連続配列に少なくとも1つの5'-CG-3'、5'-tG-3'または5'-Ca-3'ジヌクレオチドを含む、請求項56〜58のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６１】
請求項54のステップb)における前処理の前にはCGジヌクレオチドであった1つまたは複数の5'-CG-3'、5'-tG-3'または5’-Ca-3’ジヌクレオチドをもつ鎖長16ヌクレオチド以上の連続配列を含む少なくとも1つのオリゴマーの使用をステップc)においてさらに含む請求項55〜59のいずれか1項に記載の方法であって、該オリゴマーの連続配列はSEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される配列と相補的であるかまたは一致し、また該オリゴマーはそのハイブリダイジング相手たる核酸の増幅を抑制することを特徴とする使用。
【請求項６２】
メチル化状態、メチル化レベル、平均メチル化状態または平均メチル化レベルを決定するステップは、1つまたは複数の5'-CG-3'、5'-TG-3'または5'-CA-3'ジヌクレオチドと、前処理前には5'-CG-3'ジヌクレオチドであった位置でハイブリダイズする少なくとも1つのレポーターまたはプローブ・オリゴマーの使用を含み、以って1つまたは複数の標的配列の増幅が少なくとも部分的にもたらされるようにすることを特徴とする請求項56〜61のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６３】
細胞増殖性疾患またはその素因の分析、特性解析、分類、鑑別、悪性度評価、病期評価、診断または予後診断、またはそれらの組み合わせへの、請求項56〜62のいずれか1項に記載の方法の使用。
【請求項６４】
前立腺がん、乳がん、肺がん、肝がんまたは脳腫瘍の、または各タイプのがん・腫瘍の素因の、分析、特性解析、分類、鑑別、悪性度評価、病期評価、診断またはそれらの組み合わせへの、請求項56〜62のいずれか1項に記載の方法の使用。
【請求項６５】
核酸の由来源としてのある組織、臓器または細胞タイプを特定するための、または組織、臓器または細胞タイプ群からある組織、臓器または細胞タイプを核酸の由来源として識別するためのキットであって、
a) 亜硫酸水素塩試薬またはメチル化感受性デアミナーゼ; および
b) SEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長9ヌクレオチド以上の連続配列を各々含む少なくとも1つのオリゴマー;
を含むキット。
【請求項６６】
組織タイプ群は前立腺、乳房、肺、肝臓、筋肉および脳からなる群より選択される少なくとも2つの組織タイプを含むことを特徴とする請求項65に記載のキット。
【請求項６７】
前立腺、乳房、肺、肝臓、筋肉および脳の細胞増殖性疾患を発見、診断、予後診断または鑑別するための、または前立腺、乳房、肺、肝臓、筋肉および脳の細胞増殖性疾患を識別するためのキットであって、
a) 亜硫酸水素塩試薬またはメチル化感受性デアミナーゼ; および
b) SEQ ID NOS: 1〜136およびその相補配列からなる群より選択される配列と相補的であるような、または中程度にストリンジェントなあるいはストリンジェントな条件下でハイブリダイズするような、鎖長9ヌクレオチド以上の連続配列を各々含む少なくとも1つのオリゴマー;
を含むキット。
【請求項６８】
MS-SNuPE（登録商標）、MSP、MethylLight（登録商標）、HeavyMethyl（登録商標）、COBRA（登録商標）、核酸配列分析法およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメチル化アッセイ法を行うための標準試薬をさらに含む請求項65〜67のいずれか1項に記載のキット。
【請求項６９】
がんに関する診断情報を提供する、次のステップを含む方法:
a) 細胞増殖性疾患を患っていると疑われる患者の体液サンプル中の全浮遊DNA量に対する特定臓器または組織に由来する浮遊DNAの相対量を決定するステップであって、該体液サンプル中の、表37〜70で特定される群より選択される少なくとも3つのMVPまたはCpGsのメチル化レベルの決定を含み、またメチル化パターンが提供されることを特徴とするステップ;
b) 該メチル化パターンを、他臓器または組織群に由来する特定臓器または組織に特有的であることがすでに判明しているような、複数のサンプルで見られるメチル化パターンと比較するステップ;
c) 健康なドナーな由来するサンプルとの関連で、ステップa)で決定されるメチル化パターンが該体液サンプル中の全浮遊DNA量に対する特定臓器または組織に由来する浮遊DNAの相対量の増加を示すかどうかを判定し、以って該患者はがん発症のリスクが高いかどうかの結論が少なくとも部分的にもたらされるようにするステップ。
【請求項７０】
ステップa)のメチル化パターンは少なくとも5つのCpG位置のメチル化レベルを含む請求項69に記載の方法。
【請求項７１】
メチル化レベルが決定されるMVPまたはCpG位置のうち少なくとも3つは500bpのゲノム領域内に位置する請求項69に記載の方法。
【請求項７２】
組織検体に関する情報を会員に提供するための、
A) 特性を共有する被検者集合の部分集合に由来する1つ以上の組織タイプに対応する組織サンプルを獲得するステップ;
B) 組織サンプルの各々のゲノムDNAを、好適なメチル化アッセイ法で検査するステップ;
C) ステップB)での検査に基づき組織タイプごとに、1つまたは複数のメチル化CpG位置のメチル化レベルに関する数値の分布を決定するステップ;
D) ステップC)の数値分布ごとに平均指数を計算するステップ;
E) 平均指数および分散指数をデータベースに保存するステップ; および
F) ユーザーまたは会員に対して、会費と引き換えに、該データベース中の該平均指数および分散指数へのアクセスを提供するステップ;
を含むコンピューター実装型の方法であって、ステップA)のサンプル数は、該指数が該集合全体に関するそうした指数の統計的に有意な表示に対応するに足る数であることを特徴とするコンピューター実装型の方法。
【請求項７３】
組織サンプルは正常組織を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７４】
組織サンプルは異常組織を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７５】
組織サンプルは同じ組織タイプの異常および正常組織を含み、数値分布および対応する指数の決定では、正常組織に由来するデータを使用して正常組織に関する数値の分布および対応する指数を決定し、また異常組織に由来するデータを使用して異常組織に関する数値の分布および対応する指数を決定することを特徴とする請求項72に記載の方法。
【請求項７６】
組織タイプは乳房を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７７】
組織タイプは肝臓を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７８】
組織タイプは前立腺を含む請求項72に記載の方法。
【請求項７９】
組織タイプは筋肉を含む請求項72に記載の方法。
【請求項８０】
組織タイプは脳を含む請求項72に記載の方法。
【請求項８１】
組織タイプは肺を含む請求項72に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【公表番号】特表２００７−５０２１１３（Ｐ２００７−５０２１１３Ａ）
【公表日】平成１９年２月８日（２００７．２．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５２３３４３（Ｐ２００６−５２３３４３）
【出願日】平成１６年８月１２日（２００４．８．１２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２６０７１
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０１９４７７
【国際公開日】平成１７年３月３日（２００５．３．３）
【出願人】（５０６０５１２７８）エピゲノミクス アクチェンゲゼルシャフト (2)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年２月８日（２００７．２．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年８月１２日（２００４．８．１２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２６０７１
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０１９４７７
【国際公開日】平成１７年３月３日（２００５．３．３）
【出願人】（５０６０５１２７８）エピゲノミクス アクチェンゲゼルシャフト (2)
【Ｆターム（参考）】
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