ゲノム情報と臨床情報との統合データベースシステム、および、これが備えるデータベースの製造方法
【課題】ゲノム情報の提供者を特定不可能であるというガイドラインを遵守しつつ、従来とは逆に、ゲノム情報を臨床情報データベースへ取り込むことによって、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムを提供する。
【解決手段】複数の患者の臨床情報１０ａと、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報１０ｃとを記憶するデータ記憶部を含む情報データベース１０を備え、前記データ記憶部において、前記臨床情報１０ａは、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同じ患者のゲノム情報１０ｃと臨床情報１０ａとが、当該患者個人を特定不可能なリンク情報１０ｂによって関連付けられて記憶されている。
【解決手段】複数の患者の臨床情報１０ａと、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報１０ｃとを記憶するデータ記憶部を含む情報データベース１０を備え、前記データ記憶部において、前記臨床情報１０ａは、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同じ患者のゲノム情報１０ｃと臨床情報１０ａとが、当該患者個人を特定不可能なリンク情報１０ｂによって関連付けられて記憶されている。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ゲノム情報を臨床情報データベースに取り込むことにより、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムと、この統合データベースシステムが備えるデータベースの製造方法とに関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、ヒトゲノムや様々な生物のゲノム解析が行われ、ヒトのゲノム塩基配列の全てが既に決定されている。さらに、ゲノム解析によって得られたゲノム情報を、疾病の予防、診断、治療、あるいは、創薬に応用するための研究が進んでいる。そのため、ゲノム情報データベースに臨床情報を統合することにより、特定の遺伝子と特定の症例との関連性を探ることが可能なゲノム情報データベースも構築されている（非特許文献１，２）。
【非特許文献１】Hamosh A, Scott AF, Amberger J, Valle D, McKusick VA, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Hum Mutat 15 (2000), pp.57-61
【非特許文献２】Stenson P.D., Ball E.V., Mort M., Phillips A.D., Shiel J.A., Thomas N.S., Abeysinghe S., Krawczak M., Cooper D.N., Human Gene Mutation Database (HGMD), Hum Mutat 21 (2003), pp.577-581
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
しかしながら、上記従来のデータベースのように、ゲノム情報データベースに臨床情報を統合して得られるデータベースでは、ある特定の疾患に関連する遺伝子を同定するためには、膨大なデータ量を有する臨床情報データベースから、研究者がその遺伝子に関連性がありそうな疾病の罹患者の情報を選択し、ゲノム情報データベースに入力する作業を行う必要があった。このような臨床情報の選択は、研究者の勘に頼ることが多く、試行錯誤を必要とする。このため、上記従来のデータベースにおいては、臨床情報を研究者が選択して入力するために手間を要し、遺伝子の同定を効率的に行うことができない、といった問題があった。
【０００４】
また、ゲノム情報の取り扱いに関しては、ゲノム情報またはその検体に関する情報と、その提供者の情報とをリンクできないようにしなければならないというガイドラインが制定されている。これは、ゲノム情報は、その提供者にとってプライバシーレベルが極めて高い情報であるからである。このため、臨床情報の選択と入力との作業負担を軽減するためには、従来とは逆に、臨床情報データベースへゲノム情報を取り込めば良いのであるが、上記のガイドラインを遵守するためには、ゲノム情報の提供者を特定できないようにするための工夫が必要とされる。
【０００５】
そこで、本発明は、ゲノム情報の提供者を特定不可能であるというガイドラインを遵守しつつ、従来とは逆に、ゲノム情報を臨床情報データベースへ取り込むことによって、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムを提供することを目的とする。また、この統合データベースシステムが備えるデータベースの製造方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
上記の目的を達成するために、本発明にかかる、ゲノム情報と臨床情報との統合データベースシステムは、複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とを記憶するデータ記憶部を含むデータベースを備え、前記データ記憶部において、前記臨床情報は、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同じ患者のゲノム情報と臨床情報とが、当該患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられて記憶されていることを特徴とする。
【０００７】
この統合データベースシステムのデータベースは、例えば、電子カルテシステムの臨床データのレプリカである臨床情報に、当該臨床情報の少なくとも一部の患者のゲノム情報をインポートすることによって、構築することができる。これにより、操作者が臨床情報の取捨選択を行う手間を省くことができ、豊富な臨床データを利用して、特定の疾患等に影響のある遺伝子を効率的に同定することが可能となる。また、臨床情報が患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同一患者の臨床情報とゲノム情報とが、患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられていることにより、この統合データベースシステム上でゲノム情報の提供者を特定することができないので、ゲノム情報の提供者の匿名性が確保されている。
【０００８】
また、上記の目的を達成するために、本発明にかかるデータベースの製造方法は、複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とをデータ記憶部に記憶したデータベースの製造方法であって、複数の患者の臨床情報を、各患者に固有の患者識別情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、前記患者識別情報を、所定の変換情報に基づいて、各患者個人を特定不可能なリンク情報に置換する工程と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報を、当該ゲノム情報の検体の提供者を特定可能なゲノム管理情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とに基づいて、前記ゲノム管理情報を前記リンク情報に置換する工程と、前記臨床情報から、各患者個人を特定可能な個人情報を削除する工程と、前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とを破棄する工程とを含むことを特徴とする。
【０００９】
上記の方法によれば、データベースは、例えば電子カルテシステムの臨床データのレプリカである臨床情報に、当該臨床情報の少なくとも一部の患者のゲノム情報をインポートすることによって、構築される。これにより、操作者が臨床情報の取捨選択を行う手間を省くことができ、豊富な臨床データを利用して、特定の疾患等に影響のある遺伝子を効率的に同定することが可能なデータベースを構築できる。また、臨床情報が患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同一患者の臨床情報とゲノム情報とが、患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられており、ゲノム管理情報と患者識別情報との対応情報と、変換情報とは破棄されていることにより、このデータベースの情報からゲノム情報の提供者を特定することは不可能である。これにより、ゲノム情報の提供者の匿名性が確保されたデータベースを構築することができる。
【発明の効果】
【００１０】
本発明によれば、ゲノム情報の提供者を特定不可能であるというガイドラインを遵守しつつ、従来とは逆に、ゲノム情報を臨床情報データベースへ取り込むことによって、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムを提供できる。また、この統合データベースシステムが備えるデータベースの製造方法を提供できる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１１】
以下、本発明にかかるゲノム情報と臨床情報との統合データベースシステムの一実施形態を例示し、その構成および動作について、図面を参照しながら説明する。
【００１２】
図１は、本発明の一実施形態にかかる統合データベースシステムの機能的概略構成を示すブロック図である。図１に示すように、本実施形態にかかる統合データベースシステム１は、少なくとも、情報データベース１０、検索条件設定部１１、検索実行部１２、データベース更新処理部１３、表示処理部１４を備えている。なお、本実施形態にかかる統合データベースシステム１は、少なくとも情報データベース１０をサーバ側に有するクライアント−サーバシステムとして実現することも可能であるが、１台のパーソナルコンピュータ上の非常にコンパクトなシステムとしても実現することが可能である。以下では、本実施形態にかかる統合データベースシステム１を、パーソナルコンピュータで実現する例について説明する。
【００１３】
情報データベース１０は、パーソナルコンピュータが備えるハードディスクや、パーソナルコンピュータに装着される各種の記憶媒体上に構築される。検索条件設定部１１、検索実行部１２、データベース更新処理部１３、表示処理部１４は、パーソナルコンピュータのプロセッサが、必要なタイミングにおいて所定のプログラムを実行することによって実現される機能ブロックである。つまり、これらの機能ブロックは、個別のハードウェア要素として実装されることを要しない。検索条件設定部１１は、パーソナルコンピュータの入出力インタフェースを利用して、情報データベース１０に対する検索条件を利用者に設定させる機能を有する。検索実行部１２は、検索条件設定部１１によって設定された検索条件に従って、情報データベース１０に対する検索処理を行い、検索条件に応じた情報を抽出する。データベース更新処理部１３は、臨床情報またはゲノム情報の更新が必要となった場合に、外部から必要な情報を取り込んで、情報データベース１０の内容を更新する。表示処理部１４は、パーソナルコンピュータのディスプレイに対して、検索条件の設定画面や検索結果の表示画面等の表示を指示する。
【００１４】
また、図１に示すように、情報データベース１０には、多数の患者に関する臨床情報１０ａが含まれている。ゲノム情報１０ｃは、前記多数の患者の一部から提供された検体から得られたゲノム情報である。なお、現状では、ゲノム情報の解析には膨大な費用と時間とを要するが、将来的にゲノム情報の解析が容易になった場合は、情報データベース１０に記憶されている臨床情報１０ａの患者の全てに関してゲノム情報１０ｃを記憶することも考えられる。
【００１５】
臨床情報１０ａは、例えば病院の電子カルテシステム等の臨床データのレプリカ（コピー）から生成される。臨床情報１０ａの元となる電子カルテシステム上の臨床データは、患者の病名、検査情報、投薬情報、経過情報等の疾患に関する種々のデータの他に、患者個人を特定可能な個人情報として、患者氏名、住所、電話番号、病院で使用されている患者コード、健康保険証番号等も含む。しかし、統合データベースシステム１の臨床情報１０ａでは、患者個人を特定できないようにするため、これらの個人情報は全て削除されている。
【００１６】
ゲノム情報１０ｃは、統合データベースシステム１とは独立したゲノム情報データベースからインポートされる。ゲノム情報データベースにおいては、ゲノム管理番号によって各検体の提供者を特定可能であるが、統合データベースシステム１では提供者個人を特定できないようにするため、ゲノム情報１０ｃのゲノム管理番号は削除されている。その代わりに、統合データベースシステム１内の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとは、この統合データベースシステム１で独自に付与されるリンク情報１０ｂによって、同じ患者の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとが関連付けられている。
【００１７】
リンク情報１０ｂは、例えば、電子カルテシステムの患者コードを所定の変換規則によって変換することによって生成されるが、統合データベースシステム１上のリンク情報１０ｂだけからは元の患者コードを得ることが不可能な、または、極めて困難であって事実上不可能な、変換規則が用いられる。例えば、患者コードをランダムな番号に変換する変換テーブルを変換規則として用い、変換後のランダムな番号をリンク情報１０ｂとして用いることが考えられる。また、リンク情報１０ｂを生成する際に用いられた変換規則（上記の例では変換テーブル）は、統合データベースシステム１からは破棄され、統合データベースシステム１外で第三者によって厳重に管理される。
【００１８】
このように、統合データベースシステム１においては、（１）臨床情報１０ａが、患者個人を特定可能な個人情報を含まないこと、（２）ゲノム情報１０ｃが、検体の提供者を特定可能なゲノム管理番号を含まないこと、および、（３）同じ患者の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとは、統合データベースシステム１内で独自に付与されるリンク情報１０ｂによって関連付けられていること、の３つの条件によって、ゲノム情報１０ｃの提供者の匿名性が確保される。
【００１９】
なお、図１においては、臨床情報１０ａ、リンク情報１０ｂ、ゲノム情報１０ｃとを概念的に示したが、情報データベース１０内に格納される際の、これらの情報のデータ構造およびファイル構成は任意である。なお、情報データベース１０への臨床情報１０ａ、リンク情報１０ｂ、ゲノム情報１０ｃの格納および更新は、データベース更新処理部１３によって行われる。
【００２０】
ここで、図２を参照しながら、統合データベースシステム１においてデータベース更新処理部１３が行う情報データベース１０の構築・更新処理の手順について説明する。なお、以下では、情報データベース１０を新たに構築する場合の処理手順を説明するが、新しい臨床情報またはゲノム情報を用いて情報データベース１０を更新する場合も、基本的には下記の処理手順と同じ手順に準じて更新処理がなされる。
【００２１】
データベース更新処理部１３は、最初に、統合データベースシステム１の外部の電子カルテシステムから、臨床データをコピーする（ステップＳ１）。臨床データには、多数の患者について、患者の病名、検査情報、投薬情報、経過情報等の疾患に関する種々のデータの他に、患者個人を特定可能な個人情報として、例えば、患者氏名、住所、電話番号、病院で使用されている患者コード、健康保険証番号等も含まれる。なお、電子カルテシステムから統合データベースシステム１への臨床データのコピーは、電子カルテシステムと統合データベースシステム１とを通信回線で接続することによってオンラインで行っても良いし、記録媒体を介してオフラインで行っても良い。電子カルテシステムから受け取った臨床データは、臨床情報１０ａとして情報データベース１０に格納される。
【００２２】
次に、データベース更新処理部１３は、臨床データに含まれる患者コードを、所定の変換規則を用いて、この統合データベースシステム１において独自に用いられるリンク情報１０ｂに変換する（ステップＳ２）。例えば、上述のように、患者コードをランダムな番号に変換する変換テーブルを変換規則として用い、変換後のランダムな番号をリンク情報１０ｂとして用いることが考えられる。これにより、情報データベース１０の臨床情報１０ａに、患者コードの代わりにリンク情報１０ｂが付与される。上記の変換テーブル等の変換規則は、第三者によって管理され、統合データベースシステム１において情報データベース１０の構築・更新を行う場合にのみ、前記第三者の許可を得て、統合データベースシステム１において参照することができる。
【００２３】
次に、データベース更新処理部１３は、統合データベースシステム１の外部のゲノム情報データベースから、ゲノム情報をインポートする（ステップＳ３）。ゲノム情報のインポートも、ゲノム情報データベースと統合データベースシステム１とを通信回線で接続することによってオンラインで行っても良いし、記録媒体を介してオフラインで行っても良い。インポートされたゲノム情報１０ｃは、情報データベース１０に格納される。ただし、この時点におけるゲノム情報１０ｃには、ゲノム情報の検体の提供者を特定可能なゲノム管理番号が含まれている。
【００２４】
次に、データベース更新処理部１３は、インポートしたゲノム情報１０ｃのゲノム管理番号を、リンク情報１０ｂに変換する（ステップＳ４）。このため、データベース更新処理部１３は、まず、ゲノム管理番号と、電子カルテシステムで用いられている患者コードとの対応表を参照し、ゲノム管理番号を患者コードに一旦変換する。なお、ゲノム管理番号と患者コードとの対応表は、例えば、ゲノム解析を行った機関、またはゲノム情報データベースの作成者が、管理者として厳重管理しており、統合データベースシステム１において情報データベース１０の構築・更新を行う場合にのみ、前記管理者の許可を得て、統合データベースシステム１において参照することができる。さらに、データベース更新処理部１３は、ステップＳ２で用いた変換テーブルを参照し、上述のようにゲノム管理番号から変換された患者コードを、さらにリンク情報１０ｂに変換する。これにより、ゲノム情報１０ｃに含まれていたゲノム管理番号は、当該ゲノム情報１０ｃの検体の提供者と同一人物の臨床情報１０ａに対してステップＳ２で付与されたものと同じリンク情報１０ｂに置換される。
【００２５】
次に、データベース更新処理部１３は、電子カルテシステムから受け取った臨床データから、患者個人を特定可能な個人情報を削除する（ステップＳ５）。ここで削除される個人情報としては、患者氏名、住所、電話番号、ＦＡＸ番号、メールアドレス、勤務先名称、健康保険証番号等が挙げられる。なお、ここでは、ステップＳ１〜Ｓ４の後に、個人情報を削除するものとしたが、ステップＳ１において電子カルテシステムから臨床データをコピーする際に、電子カルテシステム側であらかじめこれらの個人情報を削除するようにしても良い。
【００２６】
最後に、データベース更新処理部１３は、ステップＳ２で用いた変換テーブル（変換規則）と、ステップＳ４で用いた対応表とを、統合データベースシステム１から削除する（ステップＳ６）。
【００２７】
以上の処理により、電子カルテシステムの臨床データとゲノム情報データベースのゲノム情報とに基づいて、統合データベースシステム１の情報データベース１０を構築・更新することができる。
【００２８】
上述のとおり、情報データベース１０の臨床情報１０ａは、複数の患者に関する臨床データを含んでいる。また、情報データベース１０のゲノム情報１０ｃは、前記複数の患者の少なくとも一部の患者から得られたゲノム情報を含んでいる。従って、この情報データベース１０に対して、ゲノム情報に関する条件を設定して、ゲノム情報が登録されている患者のみを対象とした検索と、ゲノム情報に関する条件を設定しないで、全患者を対象とした検索との両方を行うことが可能である。このため、これらの検索結果を比較することにより、精度の高い検証が可能となる。
【００２９】
ここで、統合データベースシステム１における検索処理の具体例について、図３〜図９を参照しながら以下に説明する。
【００３０】
まず、第一の具体例として、CYP2C19の遺伝子型の違いによる、PPI（プロトンポンプ阻害薬）の投与による副作用発生状況の確認を行う場合について説明する。CYP2C19の遺伝子型（RM、IM、PM）とPPIの投与状況、副作用（肝障害等）の発生状況（特定の検査値異常）を検索条件に設定し、情報データベース１０の検索を行い、この検索条件に該当した患者数を比べることで、遺伝子型と副作用発生との関係を調べる。つまり、CYP2C19の遺伝子型毎の患者数比率と、CYP2C19の遺伝子型毎の副作用の発生患者数との比率が異なる場合には、遺伝子型と副作用発生との間に関連性があると考えられる。例えば、CYP2C19の遺伝子型毎の患者数比率が、RM:IM:PM=100:100:100であるのに対して、CYP2C19の遺伝子型毎の副作用の発生患者数比率が、RM’:IM’:PM’=2:4:8となった場合には、遺伝子型毎の患者数に比べて遺伝子型毎の副作用発生患者数に偏りがあるため、遺伝子型と副作用発生との関連性が疑われる。一方、副作用発生患者数比率が、例えば、RM’’:IM’’:PM’’=5:4:5のような値となった場合は、遺伝子型の違いと副作用発生との関連性は低いと考えられる。
【００３１】
なお、CYP2C19の遺伝子型における上記のRMは、Rapid metabolizerの略であり、代謝が早い人はこの遺伝子型を有していることが分かっている。また、このRMは、ゲノム情報１０ｃにおいては、*1/*1と表記されている。同じく、CYP2C19の遺伝子型におけるIM（Intermediate metabolizer）は、代謝が中間の人の遺伝子型であり、ゲノム情報１０ｃにおいては、*1/*2または*1/*3と表記される。さらに、CYP2C19の遺伝子型におけるPM（Poor metabolizer）は、代謝が遅い人の遺伝子型であり、ゲノム情報１０ｃにおいては、*2/*2、*2/*3、または*3/*3と表記される。
【００３２】
検索条件の設定は、検索条件設定部１１によって行われる。検索条件設定部１１は、表示処理部１４へ指示を出すことにより、例えば図３に示すような検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図３の検索条件設定画面は、検索対象とするゲノム情報を設定するための画面である。ここで、操作者は、画面上部右側のサブウィンドウでCYP2C19を表示させ、さらにこのCYP2C19の遺伝子型を表示させていずれかを選択することにより、検索条件に追加することができる。つまり、検索条件設定部１１は、ゲノム情報１０ｃとして情報データベース１０に登録されているゲノム情報の全てを、図３の検索条件設定画面の上部右側のサブウィンドウに表示し、操作者にいずれかの遺伝子型を選択させる。図３の例では、操作者によってCYP2C19の遺伝子型のうちRM(*1/*1)）が選択され、検索条件に追加されている。選択された検索条件は、検査宇条件設定部１１および表示処理部１４により、画面下部のサブウィンドウに表示される。
【００３３】
次に、検索条件設定部１１は、検索対象とする臨床情報を設定するための検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図４の例は、臨床情報の一つとして、投与薬剤を検索条件として設定させるための画面である。図４の画面の上部右側のサブウィンドウには、PPI（プロトンポンプ阻害薬）のリストが表示され、操作者は、リストから希望の薬剤を選択して検索条件に追加することができる。また、図５は、臨床情報の一つとして、検査値を設定するための検索条件設定画面である。図５の検索条件設定画面では、画面上部左側のサブウィンドウにおいて検査名の検索文字列（ここではGPT）を入力すると、画面上部右側のサブウィンドウに、検索文字列に該当する検査名称が表示される。ここで、操作者がいずれかの検査名称を選択すると、中段のサブウィンドウに、検査コードおよび検査名称と、検査値の単位、標準値などが表示される。また、操作者は、この中段のサブウィンドウ内において、検索対象とする異常値の範囲を指定することができる。中段のサブウィンドウにおいて異常値の範囲を指定すると、下段のサブウィンドウに、検索条件が表示される。図５の例では、「GOT(AST)が100以上」と「GPT(ALT)が100以上」という２つの検索条件がOR条件として指定されている。なお、複数の条件をAND条件等で指定することも、もちろん可能である。
【００３４】
以上のようにして、検索条件の設定が終わると、操作者は、検索条件設定画面に表示されている検索実行ボタンをクリックする。これにより、検索実行部１２が、設定された検索条件に従って、情報データベース１０に対する検索処理を実行する。この検索結果に基づき、検索実行部１２は、例えば図６に示すような、上述の検索条件に合致する患者の臨床情報から必要事項を抜粋して示す検索結果画面を生成し、表示処理部１４を介してディスプレイに表示させる。なお、図６の検索結果画面において、「患者番号」として表示されている番号が、上述のように、統合データベースシステム１において独自に付与されたリンク情報１０ｂである。
【００３５】
その後、操作者は、CPYP2C19の遺伝子型の条件を変えながら検索を繰り返すことにより、条件毎の該当患者数から、遺伝子型と副作用との関係性を考察することができる。
【００３６】
また、第二の具体例として、MDR1の遺伝子型の違いによる、癌発生状況の確認について説明する。MDR1（P-糖タンパク）に存在する３箇所の遺伝的単塩基多型（MDR1 1236、MDR1 2677、MDR1 3435）の遺伝子型と、癌の発生状況（病名、検査値等）とを検索条件に設定して情報データベース１０の検索を行い、遺伝子型毎に、条件に該当した患者数を比べることで、遺伝子型と癌発生状況との関係性を調べることができる。つまり、MDR1の遺伝子型毎の患者数比率と、該当患者数の比率が異なる場合には、遺伝子型と癌発生状況との間に関連性があると考えられる。なお、MDR1 1236には、C/C、C/T、T/Tの型がある。MDR1 2677には、G/G、G/A、G/T、A/A、A/T、T/Tの型がある。MDR1 3435は、C/C、C/T、T/Tの型がある。
【００３７】
まず、検索条件設定部１１は、検索対象とする遺伝子型を設定するための検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図７の検索条件設定画面は、操作者が、MDR1の遺伝子型として、MDR1 1236 (C/C）を選択して検索条件に追加した状態を表している。
【００３８】
次に、検索条件設定部１１は、検索対象とする臨床情報を設定するための検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図８の検索条件設定画面は、操作者が、病名条件として、ICD10分類の「腎尿路の悪性新生物」を選択して検索条件に追加した状態を表している。
【００３９】
以上の検索条件を設定した後、操作者が検索実行ボタンをクリックすることにより、検索実行部１２が情報データベース１０の検索を行い、その結果を、図９に示すような検索結果画面に表示する。操作者は、以降、MDR1の遺伝子型の条件を変えた検索を繰り返し行い、条件毎の該当患者数から、関係性を考察することができる。
【００４０】
以上のとおり、本実施形態にかかる統合データベースシステム１によれば、電子カルテシステムの臨床データのレプリカである臨床情報にゲノム情報をインポートしたことにより、豊富な臨床データを利用して、特定の疾患等に影響のある遺伝子を効率的に同定することが可能となる。
【００４１】
また、本実施形態にかかる統合データベースシステム１の情報データベース１０は、電子カルテの臨床データのレプリカを臨床情報１０ａとして有しているが、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同一患者の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとを、統合データベースシステム１にて独自に付与したリンク情報１０ｂによって関連付けている。このため、統合データベースシステム１上でゲノム情報１０ｃの提供者を特定することができないので、ゲノム情報１０ｃの提供者の匿名性が確保されている。
【００４２】
なお、上記の実施形態において示した表示画面は、あくまでも一例である。本発明の実施時における画面表示態様は、これらの具体例に限定されない。また、ゲノム情報のフォーマットも、本実施形態において示した例に限定されない。
【産業上の利用可能性】
【００４３】
本発明は、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムとして、産業上の利用が可能である。
【図面の簡単な説明】
【００４４】
【図１】本発明の一実施形態にかかる統合データベースシステムの機能的概略構成を示すブロック図である。
【図２】上記統合データベースシステムにおけるデータベースの構築・更新処理の手順を示すフローチャートである。
【図３】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図４】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図５】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図６】上記統合データベースシステムにおける検索結果画面の一例を示す説明図である。
【図７】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図８】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図９】上記統合データベースシステムにおける検索結果画面の一例を示す説明図である。
【符号の説明】
【００４５】
１ 統合データベースシステム
１０ 情報データベース
１０ａ 臨床情報
１０ｂ リンク情報
１０ｃ ゲノム情報
１１ 検索条件設定部
１２ 検索実行部
１３ データベース更新処理部
１４ 表示処理部
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ゲノム情報を臨床情報データベースに取り込むことにより、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムと、この統合データベースシステムが備えるデータベースの製造方法とに関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、ヒトゲノムや様々な生物のゲノム解析が行われ、ヒトのゲノム塩基配列の全てが既に決定されている。さらに、ゲノム解析によって得られたゲノム情報を、疾病の予防、診断、治療、あるいは、創薬に応用するための研究が進んでいる。そのため、ゲノム情報データベースに臨床情報を統合することにより、特定の遺伝子と特定の症例との関連性を探ることが可能なゲノム情報データベースも構築されている（非特許文献１，２）。
【非特許文献１】Hamosh A, Scott AF, Amberger J, Valle D, McKusick VA, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Hum Mutat 15 (2000), pp.57-61
【非特許文献２】Stenson P.D., Ball E.V., Mort M., Phillips A.D., Shiel J.A., Thomas N.S., Abeysinghe S., Krawczak M., Cooper D.N., Human Gene Mutation Database (HGMD), Hum Mutat 21 (2003), pp.577-581
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
しかしながら、上記従来のデータベースのように、ゲノム情報データベースに臨床情報を統合して得られるデータベースでは、ある特定の疾患に関連する遺伝子を同定するためには、膨大なデータ量を有する臨床情報データベースから、研究者がその遺伝子に関連性がありそうな疾病の罹患者の情報を選択し、ゲノム情報データベースに入力する作業を行う必要があった。このような臨床情報の選択は、研究者の勘に頼ることが多く、試行錯誤を必要とする。このため、上記従来のデータベースにおいては、臨床情報を研究者が選択して入力するために手間を要し、遺伝子の同定を効率的に行うことができない、といった問題があった。
【０００４】
また、ゲノム情報の取り扱いに関しては、ゲノム情報またはその検体に関する情報と、その提供者の情報とをリンクできないようにしなければならないというガイドラインが制定されている。これは、ゲノム情報は、その提供者にとってプライバシーレベルが極めて高い情報であるからである。このため、臨床情報の選択と入力との作業負担を軽減するためには、従来とは逆に、臨床情報データベースへゲノム情報を取り込めば良いのであるが、上記のガイドラインを遵守するためには、ゲノム情報の提供者を特定できないようにするための工夫が必要とされる。
【０００５】
そこで、本発明は、ゲノム情報の提供者を特定不可能であるというガイドラインを遵守しつつ、従来とは逆に、ゲノム情報を臨床情報データベースへ取り込むことによって、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムを提供することを目的とする。また、この統合データベースシステムが備えるデータベースの製造方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
上記の目的を達成するために、本発明にかかる、ゲノム情報と臨床情報との統合データベースシステムは、複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とを記憶するデータ記憶部を含むデータベースを備え、前記データ記憶部において、前記臨床情報は、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同じ患者のゲノム情報と臨床情報とが、当該患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられて記憶されていることを特徴とする。
【０００７】
この統合データベースシステムのデータベースは、例えば、電子カルテシステムの臨床データのレプリカである臨床情報に、当該臨床情報の少なくとも一部の患者のゲノム情報をインポートすることによって、構築することができる。これにより、操作者が臨床情報の取捨選択を行う手間を省くことができ、豊富な臨床データを利用して、特定の疾患等に影響のある遺伝子を効率的に同定することが可能となる。また、臨床情報が患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同一患者の臨床情報とゲノム情報とが、患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられていることにより、この統合データベースシステム上でゲノム情報の提供者を特定することができないので、ゲノム情報の提供者の匿名性が確保されている。
【０００８】
また、上記の目的を達成するために、本発明にかかるデータベースの製造方法は、複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とをデータ記憶部に記憶したデータベースの製造方法であって、複数の患者の臨床情報を、各患者に固有の患者識別情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、前記患者識別情報を、所定の変換情報に基づいて、各患者個人を特定不可能なリンク情報に置換する工程と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報を、当該ゲノム情報の検体の提供者を特定可能なゲノム管理情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とに基づいて、前記ゲノム管理情報を前記リンク情報に置換する工程と、前記臨床情報から、各患者個人を特定可能な個人情報を削除する工程と、前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とを破棄する工程とを含むことを特徴とする。
【０００９】
上記の方法によれば、データベースは、例えば電子カルテシステムの臨床データのレプリカである臨床情報に、当該臨床情報の少なくとも一部の患者のゲノム情報をインポートすることによって、構築される。これにより、操作者が臨床情報の取捨選択を行う手間を省くことができ、豊富な臨床データを利用して、特定の疾患等に影響のある遺伝子を効率的に同定することが可能なデータベースを構築できる。また、臨床情報が患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同一患者の臨床情報とゲノム情報とが、患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられており、ゲノム管理情報と患者識別情報との対応情報と、変換情報とは破棄されていることにより、このデータベースの情報からゲノム情報の提供者を特定することは不可能である。これにより、ゲノム情報の提供者の匿名性が確保されたデータベースを構築することができる。
【発明の効果】
【００１０】
本発明によれば、ゲノム情報の提供者を特定不可能であるというガイドラインを遵守しつつ、従来とは逆に、ゲノム情報を臨床情報データベースへ取り込むことによって、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムを提供できる。また、この統合データベースシステムが備えるデータベースの製造方法を提供できる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１１】
以下、本発明にかかるゲノム情報と臨床情報との統合データベースシステムの一実施形態を例示し、その構成および動作について、図面を参照しながら説明する。
【００１２】
図１は、本発明の一実施形態にかかる統合データベースシステムの機能的概略構成を示すブロック図である。図１に示すように、本実施形態にかかる統合データベースシステム１は、少なくとも、情報データベース１０、検索条件設定部１１、検索実行部１２、データベース更新処理部１３、表示処理部１４を備えている。なお、本実施形態にかかる統合データベースシステム１は、少なくとも情報データベース１０をサーバ側に有するクライアント−サーバシステムとして実現することも可能であるが、１台のパーソナルコンピュータ上の非常にコンパクトなシステムとしても実現することが可能である。以下では、本実施形態にかかる統合データベースシステム１を、パーソナルコンピュータで実現する例について説明する。
【００１３】
情報データベース１０は、パーソナルコンピュータが備えるハードディスクや、パーソナルコンピュータに装着される各種の記憶媒体上に構築される。検索条件設定部１１、検索実行部１２、データベース更新処理部１３、表示処理部１４は、パーソナルコンピュータのプロセッサが、必要なタイミングにおいて所定のプログラムを実行することによって実現される機能ブロックである。つまり、これらの機能ブロックは、個別のハードウェア要素として実装されることを要しない。検索条件設定部１１は、パーソナルコンピュータの入出力インタフェースを利用して、情報データベース１０に対する検索条件を利用者に設定させる機能を有する。検索実行部１２は、検索条件設定部１１によって設定された検索条件に従って、情報データベース１０に対する検索処理を行い、検索条件に応じた情報を抽出する。データベース更新処理部１３は、臨床情報またはゲノム情報の更新が必要となった場合に、外部から必要な情報を取り込んで、情報データベース１０の内容を更新する。表示処理部１４は、パーソナルコンピュータのディスプレイに対して、検索条件の設定画面や検索結果の表示画面等の表示を指示する。
【００１４】
また、図１に示すように、情報データベース１０には、多数の患者に関する臨床情報１０ａが含まれている。ゲノム情報１０ｃは、前記多数の患者の一部から提供された検体から得られたゲノム情報である。なお、現状では、ゲノム情報の解析には膨大な費用と時間とを要するが、将来的にゲノム情報の解析が容易になった場合は、情報データベース１０に記憶されている臨床情報１０ａの患者の全てに関してゲノム情報１０ｃを記憶することも考えられる。
【００１５】
臨床情報１０ａは、例えば病院の電子カルテシステム等の臨床データのレプリカ（コピー）から生成される。臨床情報１０ａの元となる電子カルテシステム上の臨床データは、患者の病名、検査情報、投薬情報、経過情報等の疾患に関する種々のデータの他に、患者個人を特定可能な個人情報として、患者氏名、住所、電話番号、病院で使用されている患者コード、健康保険証番号等も含む。しかし、統合データベースシステム１の臨床情報１０ａでは、患者個人を特定できないようにするため、これらの個人情報は全て削除されている。
【００１６】
ゲノム情報１０ｃは、統合データベースシステム１とは独立したゲノム情報データベースからインポートされる。ゲノム情報データベースにおいては、ゲノム管理番号によって各検体の提供者を特定可能であるが、統合データベースシステム１では提供者個人を特定できないようにするため、ゲノム情報１０ｃのゲノム管理番号は削除されている。その代わりに、統合データベースシステム１内の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとは、この統合データベースシステム１で独自に付与されるリンク情報１０ｂによって、同じ患者の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとが関連付けられている。
【００１７】
リンク情報１０ｂは、例えば、電子カルテシステムの患者コードを所定の変換規則によって変換することによって生成されるが、統合データベースシステム１上のリンク情報１０ｂだけからは元の患者コードを得ることが不可能な、または、極めて困難であって事実上不可能な、変換規則が用いられる。例えば、患者コードをランダムな番号に変換する変換テーブルを変換規則として用い、変換後のランダムな番号をリンク情報１０ｂとして用いることが考えられる。また、リンク情報１０ｂを生成する際に用いられた変換規則（上記の例では変換テーブル）は、統合データベースシステム１からは破棄され、統合データベースシステム１外で第三者によって厳重に管理される。
【００１８】
このように、統合データベースシステム１においては、（１）臨床情報１０ａが、患者個人を特定可能な個人情報を含まないこと、（２）ゲノム情報１０ｃが、検体の提供者を特定可能なゲノム管理番号を含まないこと、および、（３）同じ患者の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとは、統合データベースシステム１内で独自に付与されるリンク情報１０ｂによって関連付けられていること、の３つの条件によって、ゲノム情報１０ｃの提供者の匿名性が確保される。
【００１９】
なお、図１においては、臨床情報１０ａ、リンク情報１０ｂ、ゲノム情報１０ｃとを概念的に示したが、情報データベース１０内に格納される際の、これらの情報のデータ構造およびファイル構成は任意である。なお、情報データベース１０への臨床情報１０ａ、リンク情報１０ｂ、ゲノム情報１０ｃの格納および更新は、データベース更新処理部１３によって行われる。
【００２０】
ここで、図２を参照しながら、統合データベースシステム１においてデータベース更新処理部１３が行う情報データベース１０の構築・更新処理の手順について説明する。なお、以下では、情報データベース１０を新たに構築する場合の処理手順を説明するが、新しい臨床情報またはゲノム情報を用いて情報データベース１０を更新する場合も、基本的には下記の処理手順と同じ手順に準じて更新処理がなされる。
【００２１】
データベース更新処理部１３は、最初に、統合データベースシステム１の外部の電子カルテシステムから、臨床データをコピーする（ステップＳ１）。臨床データには、多数の患者について、患者の病名、検査情報、投薬情報、経過情報等の疾患に関する種々のデータの他に、患者個人を特定可能な個人情報として、例えば、患者氏名、住所、電話番号、病院で使用されている患者コード、健康保険証番号等も含まれる。なお、電子カルテシステムから統合データベースシステム１への臨床データのコピーは、電子カルテシステムと統合データベースシステム１とを通信回線で接続することによってオンラインで行っても良いし、記録媒体を介してオフラインで行っても良い。電子カルテシステムから受け取った臨床データは、臨床情報１０ａとして情報データベース１０に格納される。
【００２２】
次に、データベース更新処理部１３は、臨床データに含まれる患者コードを、所定の変換規則を用いて、この統合データベースシステム１において独自に用いられるリンク情報１０ｂに変換する（ステップＳ２）。例えば、上述のように、患者コードをランダムな番号に変換する変換テーブルを変換規則として用い、変換後のランダムな番号をリンク情報１０ｂとして用いることが考えられる。これにより、情報データベース１０の臨床情報１０ａに、患者コードの代わりにリンク情報１０ｂが付与される。上記の変換テーブル等の変換規則は、第三者によって管理され、統合データベースシステム１において情報データベース１０の構築・更新を行う場合にのみ、前記第三者の許可を得て、統合データベースシステム１において参照することができる。
【００２３】
次に、データベース更新処理部１３は、統合データベースシステム１の外部のゲノム情報データベースから、ゲノム情報をインポートする（ステップＳ３）。ゲノム情報のインポートも、ゲノム情報データベースと統合データベースシステム１とを通信回線で接続することによってオンラインで行っても良いし、記録媒体を介してオフラインで行っても良い。インポートされたゲノム情報１０ｃは、情報データベース１０に格納される。ただし、この時点におけるゲノム情報１０ｃには、ゲノム情報の検体の提供者を特定可能なゲノム管理番号が含まれている。
【００２４】
次に、データベース更新処理部１３は、インポートしたゲノム情報１０ｃのゲノム管理番号を、リンク情報１０ｂに変換する（ステップＳ４）。このため、データベース更新処理部１３は、まず、ゲノム管理番号と、電子カルテシステムで用いられている患者コードとの対応表を参照し、ゲノム管理番号を患者コードに一旦変換する。なお、ゲノム管理番号と患者コードとの対応表は、例えば、ゲノム解析を行った機関、またはゲノム情報データベースの作成者が、管理者として厳重管理しており、統合データベースシステム１において情報データベース１０の構築・更新を行う場合にのみ、前記管理者の許可を得て、統合データベースシステム１において参照することができる。さらに、データベース更新処理部１３は、ステップＳ２で用いた変換テーブルを参照し、上述のようにゲノム管理番号から変換された患者コードを、さらにリンク情報１０ｂに変換する。これにより、ゲノム情報１０ｃに含まれていたゲノム管理番号は、当該ゲノム情報１０ｃの検体の提供者と同一人物の臨床情報１０ａに対してステップＳ２で付与されたものと同じリンク情報１０ｂに置換される。
【００２５】
次に、データベース更新処理部１３は、電子カルテシステムから受け取った臨床データから、患者個人を特定可能な個人情報を削除する（ステップＳ５）。ここで削除される個人情報としては、患者氏名、住所、電話番号、ＦＡＸ番号、メールアドレス、勤務先名称、健康保険証番号等が挙げられる。なお、ここでは、ステップＳ１〜Ｓ４の後に、個人情報を削除するものとしたが、ステップＳ１において電子カルテシステムから臨床データをコピーする際に、電子カルテシステム側であらかじめこれらの個人情報を削除するようにしても良い。
【００２６】
最後に、データベース更新処理部１３は、ステップＳ２で用いた変換テーブル（変換規則）と、ステップＳ４で用いた対応表とを、統合データベースシステム１から削除する（ステップＳ６）。
【００２７】
以上の処理により、電子カルテシステムの臨床データとゲノム情報データベースのゲノム情報とに基づいて、統合データベースシステム１の情報データベース１０を構築・更新することができる。
【００２８】
上述のとおり、情報データベース１０の臨床情報１０ａは、複数の患者に関する臨床データを含んでいる。また、情報データベース１０のゲノム情報１０ｃは、前記複数の患者の少なくとも一部の患者から得られたゲノム情報を含んでいる。従って、この情報データベース１０に対して、ゲノム情報に関する条件を設定して、ゲノム情報が登録されている患者のみを対象とした検索と、ゲノム情報に関する条件を設定しないで、全患者を対象とした検索との両方を行うことが可能である。このため、これらの検索結果を比較することにより、精度の高い検証が可能となる。
【００２９】
ここで、統合データベースシステム１における検索処理の具体例について、図３〜図９を参照しながら以下に説明する。
【００３０】
まず、第一の具体例として、CYP2C19の遺伝子型の違いによる、PPI（プロトンポンプ阻害薬）の投与による副作用発生状況の確認を行う場合について説明する。CYP2C19の遺伝子型（RM、IM、PM）とPPIの投与状況、副作用（肝障害等）の発生状況（特定の検査値異常）を検索条件に設定し、情報データベース１０の検索を行い、この検索条件に該当した患者数を比べることで、遺伝子型と副作用発生との関係を調べる。つまり、CYP2C19の遺伝子型毎の患者数比率と、CYP2C19の遺伝子型毎の副作用の発生患者数との比率が異なる場合には、遺伝子型と副作用発生との間に関連性があると考えられる。例えば、CYP2C19の遺伝子型毎の患者数比率が、RM:IM:PM=100:100:100であるのに対して、CYP2C19の遺伝子型毎の副作用の発生患者数比率が、RM’:IM’:PM’=2:4:8となった場合には、遺伝子型毎の患者数に比べて遺伝子型毎の副作用発生患者数に偏りがあるため、遺伝子型と副作用発生との関連性が疑われる。一方、副作用発生患者数比率が、例えば、RM’’:IM’’:PM’’=5:4:5のような値となった場合は、遺伝子型の違いと副作用発生との関連性は低いと考えられる。
【００３１】
なお、CYP2C19の遺伝子型における上記のRMは、Rapid metabolizerの略であり、代謝が早い人はこの遺伝子型を有していることが分かっている。また、このRMは、ゲノム情報１０ｃにおいては、*1/*1と表記されている。同じく、CYP2C19の遺伝子型におけるIM（Intermediate metabolizer）は、代謝が中間の人の遺伝子型であり、ゲノム情報１０ｃにおいては、*1/*2または*1/*3と表記される。さらに、CYP2C19の遺伝子型におけるPM（Poor metabolizer）は、代謝が遅い人の遺伝子型であり、ゲノム情報１０ｃにおいては、*2/*2、*2/*3、または*3/*3と表記される。
【００３２】
検索条件の設定は、検索条件設定部１１によって行われる。検索条件設定部１１は、表示処理部１４へ指示を出すことにより、例えば図３に示すような検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図３の検索条件設定画面は、検索対象とするゲノム情報を設定するための画面である。ここで、操作者は、画面上部右側のサブウィンドウでCYP2C19を表示させ、さらにこのCYP2C19の遺伝子型を表示させていずれかを選択することにより、検索条件に追加することができる。つまり、検索条件設定部１１は、ゲノム情報１０ｃとして情報データベース１０に登録されているゲノム情報の全てを、図３の検索条件設定画面の上部右側のサブウィンドウに表示し、操作者にいずれかの遺伝子型を選択させる。図３の例では、操作者によってCYP2C19の遺伝子型のうちRM(*1/*1)）が選択され、検索条件に追加されている。選択された検索条件は、検査宇条件設定部１１および表示処理部１４により、画面下部のサブウィンドウに表示される。
【００３３】
次に、検索条件設定部１１は、検索対象とする臨床情報を設定するための検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図４の例は、臨床情報の一つとして、投与薬剤を検索条件として設定させるための画面である。図４の画面の上部右側のサブウィンドウには、PPI（プロトンポンプ阻害薬）のリストが表示され、操作者は、リストから希望の薬剤を選択して検索条件に追加することができる。また、図５は、臨床情報の一つとして、検査値を設定するための検索条件設定画面である。図５の検索条件設定画面では、画面上部左側のサブウィンドウにおいて検査名の検索文字列（ここではGPT）を入力すると、画面上部右側のサブウィンドウに、検索文字列に該当する検査名称が表示される。ここで、操作者がいずれかの検査名称を選択すると、中段のサブウィンドウに、検査コードおよび検査名称と、検査値の単位、標準値などが表示される。また、操作者は、この中段のサブウィンドウ内において、検索対象とする異常値の範囲を指定することができる。中段のサブウィンドウにおいて異常値の範囲を指定すると、下段のサブウィンドウに、検索条件が表示される。図５の例では、「GOT(AST)が100以上」と「GPT(ALT)が100以上」という２つの検索条件がOR条件として指定されている。なお、複数の条件をAND条件等で指定することも、もちろん可能である。
【００３４】
以上のようにして、検索条件の設定が終わると、操作者は、検索条件設定画面に表示されている検索実行ボタンをクリックする。これにより、検索実行部１２が、設定された検索条件に従って、情報データベース１０に対する検索処理を実行する。この検索結果に基づき、検索実行部１２は、例えば図６に示すような、上述の検索条件に合致する患者の臨床情報から必要事項を抜粋して示す検索結果画面を生成し、表示処理部１４を介してディスプレイに表示させる。なお、図６の検索結果画面において、「患者番号」として表示されている番号が、上述のように、統合データベースシステム１において独自に付与されたリンク情報１０ｂである。
【００３５】
その後、操作者は、CPYP2C19の遺伝子型の条件を変えながら検索を繰り返すことにより、条件毎の該当患者数から、遺伝子型と副作用との関係性を考察することができる。
【００３６】
また、第二の具体例として、MDR1の遺伝子型の違いによる、癌発生状況の確認について説明する。MDR1（P-糖タンパク）に存在する３箇所の遺伝的単塩基多型（MDR1 1236、MDR1 2677、MDR1 3435）の遺伝子型と、癌の発生状況（病名、検査値等）とを検索条件に設定して情報データベース１０の検索を行い、遺伝子型毎に、条件に該当した患者数を比べることで、遺伝子型と癌発生状況との関係性を調べることができる。つまり、MDR1の遺伝子型毎の患者数比率と、該当患者数の比率が異なる場合には、遺伝子型と癌発生状況との間に関連性があると考えられる。なお、MDR1 1236には、C/C、C/T、T/Tの型がある。MDR1 2677には、G/G、G/A、G/T、A/A、A/T、T/Tの型がある。MDR1 3435は、C/C、C/T、T/Tの型がある。
【００３７】
まず、検索条件設定部１１は、検索対象とする遺伝子型を設定するための検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図７の検索条件設定画面は、操作者が、MDR1の遺伝子型として、MDR1 1236 (C/C）を選択して検索条件に追加した状態を表している。
【００３８】
次に、検索条件設定部１１は、検索対象とする臨床情報を設定するための検索条件設定画面をディスプレイに表示させる。図８の検索条件設定画面は、操作者が、病名条件として、ICD10分類の「腎尿路の悪性新生物」を選択して検索条件に追加した状態を表している。
【００３９】
以上の検索条件を設定した後、操作者が検索実行ボタンをクリックすることにより、検索実行部１２が情報データベース１０の検索を行い、その結果を、図９に示すような検索結果画面に表示する。操作者は、以降、MDR1の遺伝子型の条件を変えた検索を繰り返し行い、条件毎の該当患者数から、関係性を考察することができる。
【００４０】
以上のとおり、本実施形態にかかる統合データベースシステム１によれば、電子カルテシステムの臨床データのレプリカである臨床情報にゲノム情報をインポートしたことにより、豊富な臨床データを利用して、特定の疾患等に影響のある遺伝子を効率的に同定することが可能となる。
【００４１】
また、本実施形態にかかる統合データベースシステム１の情報データベース１０は、電子カルテの臨床データのレプリカを臨床情報１０ａとして有しているが、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同一患者の臨床情報１０ａとゲノム情報１０ｃとを、統合データベースシステム１にて独自に付与したリンク情報１０ｂによって関連付けている。このため、統合データベースシステム１上でゲノム情報１０ｃの提供者を特定することができないので、ゲノム情報１０ｃの提供者の匿名性が確保されている。
【００４２】
なお、上記の実施形態において示した表示画面は、あくまでも一例である。本発明の実施時における画面表示態様は、これらの具体例に限定されない。また、ゲノム情報のフォーマットも、本実施形態において示した例に限定されない。
【産業上の利用可能性】
【００４３】
本発明は、ゲノム情報と臨床情報との関連性等を容易に検索することを可能とした統合データベースシステムとして、産業上の利用が可能である。
【図面の簡単な説明】
【００４４】
【図１】本発明の一実施形態にかかる統合データベースシステムの機能的概略構成を示すブロック図である。
【図２】上記統合データベースシステムにおけるデータベースの構築・更新処理の手順を示すフローチャートである。
【図３】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図４】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図５】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図６】上記統合データベースシステムにおける検索結果画面の一例を示す説明図である。
【図７】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図８】上記統合データベースシステムにおける検索条件設定画面の一例を示す説明図である。
【図９】上記統合データベースシステムにおける検索結果画面の一例を示す説明図である。
【符号の説明】
【００４５】
１ 統合データベースシステム
１０ 情報データベース
１０ａ 臨床情報
１０ｂ リンク情報
１０ｃ ゲノム情報
１１ 検索条件設定部
１２ 検索実行部
１３ データベース更新処理部
１４ 表示処理部
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とを記憶するデータ記憶部を含むデータベースを備え、
前記データ記憶部において、前記臨床情報は、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同じ患者のゲノム情報と臨床情報とが、当該患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられて記憶されていることを特徴とする、ゲノム情報と臨床情報との統合データベースシステム。
【請求項２】
前記データ記憶部に対する検索条件を設定するための検索条件設定部と、
前記検索条件設定部によって設定された検索条件に従って、前記データ記憶部に対して検索を実行する検索実行部とをさらに備えた、請求項１に記載の統合データベースシステム。
【請求項３】
複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とをデータ記憶部に記憶したデータベースの製造方法であって、
複数の患者の臨床情報を、各患者に固有の患者識別情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、
前記患者識別情報を、所定の変換情報に基づいて、各患者個人を特定不可能なリンク情報に置換する工程と、
前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報を、当該ゲノム情報の検体の提供者を特定可能なゲノム管理情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、
前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とに基づいて、前記ゲノム管理情報を前記リンク情報に置換する工程と、
前記臨床情報から、各患者個人を特定可能な個人情報を削除する工程と、
前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とを破棄する工程とを含むことを特徴とする、データベースの製造方法。
【請求項４】
前記複数の患者の臨床情報を電子カルテシステムから取得する、請求項３に記載のデータベースの製造方法。
【請求項１】
複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とを記憶するデータ記憶部を含むデータベースを備え、
前記データ記憶部において、前記臨床情報は、患者個人を特定可能な個人情報を含まず、かつ、同じ患者のゲノム情報と臨床情報とが、当該患者個人を特定不可能なリンク情報によって関連付けられて記憶されていることを特徴とする、ゲノム情報と臨床情報との統合データベースシステム。
【請求項２】
前記データ記憶部に対する検索条件を設定するための検索条件設定部と、
前記検索条件設定部によって設定された検索条件に従って、前記データ記憶部に対して検索を実行する検索実行部とをさらに備えた、請求項１に記載の統合データベースシステム。
【請求項３】
複数の患者の臨床情報と、前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報とをデータ記憶部に記憶したデータベースの製造方法であって、
複数の患者の臨床情報を、各患者に固有の患者識別情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、
前記患者識別情報を、所定の変換情報に基づいて、各患者個人を特定不可能なリンク情報に置換する工程と、
前記複数の患者の少なくとも一部の患者のゲノム情報を、当該ゲノム情報の検体の提供者を特定可能なゲノム管理情報と共に入力し、データ記憶部に記憶する工程と、
前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とに基づいて、前記ゲノム管理情報を前記リンク情報に置換する工程と、
前記臨床情報から、各患者個人を特定可能な個人情報を削除する工程と、
前記ゲノム管理情報と前記患者識別情報との対応情報と、前記所定の変換情報とを破棄する工程とを含むことを特徴とする、データベースの製造方法。
【請求項４】
前記複数の患者の臨床情報を電子カルテシステムから取得する、請求項３に記載のデータベースの製造方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【公開番号】特開２００９−７００９６（Ｐ２００９−７００９６Ａ）
【公開日】平成２１年４月２日（２００９．４．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−２３７１７６（Ｐ２００７−２３７１７６）
【出願日】平成１９年９月１２日（２００７．９．１２）
【出願人】（５０７３０６３２２）
【出願人】（５０４１８８６３７）株式会社エヌ・ティ・ティ・データ東海 (3)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２１年４月２日（２００９．４．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年９月１２日（２００７．９．１２）
【出願人】（５０７３０６３２２）
【出願人】（５０４１８８６３７）株式会社エヌ・ティ・ティ・データ東海 (3)
【Ｆターム（参考）】
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