乳房細胞増殖性障害の改良された処置のための方法および核酸
【課題】 本発明は、修飾型配列およびゲノム配列、ゲノムＤＮＡのシトシンのメチル化状態を検出するためのオリゴヌクレオチドおよび／またはＰＮＡオリゴマー、ならびに無病生存および／または、内分泌治療に対する、乳房組織の細胞増殖性障害を有する対象者の応答を予測するための方法に関する。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳房組織の細胞増殖性障害を特徴付けし；ならびに／あるいは無転移生存を予測し；ならびに／あるいは無病生存を予測し；ならびに／あるいは、エストロゲン受容体経路を標的にするか、あるいはエストロゲン代謝、生産または分泌に関与する１種またはそれ以上の処置を含む処置に対する、該障害を有する対象者の応答を予測するための方法であって、下記段階を含む方法：
ａ）対象者から生体サンプルを取得する段階；
ｂ）１種または組み合わせの標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定する段階、この場合、各標的核酸は、ＴＦＦ１、ＥＧＲ４、ＡＰＣ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＳＰＧ２、ＥＲＢＢ２、ＳＴＭＮ１、ＳＴＫ１１、ＣＡ９、ＰＡＸ６、ＳＦＮ、Ｓ１００Ａ２、ＴＧＦＢＲ２、ＴＰ５３、ＴＰ７３、ＰＬＡＵ、ＴＭＥＦＦ２、ＥＳＲ１、ＳＹＫ、ＨＳＰＢ１、ＲＡＳＳＦ１、ＴＥＳ、ＧＲＩＮ２Ｄ、ＰＳＡＴ１、ＣＧＡ、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＯＸ７Ａ２Ｌ、ＥＳＲ２、ＰＩＴＸ２、ＶＴＮ、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＰＣＡＦ、ＰＲＫＣＤ、ＯＮＥＣＵＴ２、ＢＣＬ６、ＷＢＰ１１、（ＭＸ１）ＭＸ１、ＡＰＰ、ＯＲＣ４Ｌ、ＮＥＴＯ１、ＴＢＣ１Ｄ３、ＧＲＢ７、ＣＤＫ６、配列番号４７、配列番号４８、ＡＢＣＡ８、配列番号５０、配列番号５１、ＭＡＲＫ２、ＥＬＫ１、Ｑ８ＷＵＴ３、ＣＧＢ、ＢＳＧ、ＢＣＫＤＫ、ＳＯＸ８、ＤＡＧ１、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＥＳＲ１（エキソン８）および／またはその調節領域からなる群から選択される遺伝子の配列の全体または部分を本質的に含み、該決定は、５'位置でメチル化されていないシトシン塩基を、ハイブリダイゼーション特性に関して検出可能な程度にシトシンと異なる塩基に変換する１種またはそれ以上の物質と該標的核酸を接触させることによって行う；および
ｃ）以上から該対象者の予後、該細胞増殖性障害の特徴、無病生存および／または該処置に対する該対象者の応答の可能性を決定する段階。
【請求項２】
段階ｂ）において、１種または組み合わせの標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定し、この場合、各標的核酸が、ＴＦＦ１、ＰＩＴＸ２およびＰＬＡＵからなる群から選択される遺伝子の配列の全体または部分を本質的に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
下記段階をさらに含む、請求項１または２に記載の方法：
ｄ）対象者に適切な処置方式を決定する段階。
【請求項４】
エストロゲン受容体経路を標的にするか、あるいはエストロゲン代謝、生産または分泌に関与する１種またはそれ以上の処置を含む処置に対する、該障害を有する対象者の応答を予測することをさらに含み、この場合、少なくとも２種の標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定し、この場合、該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＴＦＦ１の配列の全体または部分を本質的に含み、ならびに該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＰＩＴＸ２の配列の全体または部分を本質的に含むことを特徴とする、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
乳房組織の細胞増殖性障害および／またはその転移を特徴付けし；ならびに／あるいは無病生存を予測することをさらに含み、この場合、少なくとも２種の標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定し、この場合、該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＰＬＡＵの配列の全体または部分を本質的に含み、ならびに該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＰＩＴＸ２の配列の全体または部分を本質的に含むことを特徴とする、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
適切な処置方式が、化学療法、放射線療法、外科手術、生物学的治療、免疫療法、抗体、分子的に標的化された薬物、エストロゲン受容体モジュレーター、エストロゲン受容体ダウンレギュレーター、アロマターゼ阻害剤、卵巣切除、ＬＨＲＨアナログおよび、エストロゲン生産に影響する他の中枢作用薬からなる群から選択される１種またはそれ以上の治療を含む、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
処置が補助処置であり、遺伝子が、ＥＲＢＢ２、ＳＴＭＮ１、ＴＦＦ１、ＴＭＥＦＦ２、ＥＳＲ１、ＨＳＰＢ１、ＰＩＴＸ２、ＣＯＸ７Ａ２Ｌ、ＰＬＡＵ、ＶＴＮ、ＰＣＡＦ、ＯＮＥＣＵＴ２、ＢＣＬ６、ＷＢＰ１１、ＴＢＣ１Ｄ３、ＧＲＢ７、ＣＤＫ６、配列番号４７、ＡＢＣＡ８および配列番号５１からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
処置が補助処置であり、標的核酸（群）が、配列番号５、６、１２、１７、１８、２０、２３、２８、１６、３１、３３、３５、３６、３７、４３、４４、４６、４７、４９および５１からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
障害が転移性疾患であり、遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＳＰＧ２、ＥＲＢＢ２、ＳＴＫ１１、Ｓ１００Ａ２、ＴＦＦ１、ＴＧＦＢＲ２、ＴＰ５３、ＴＭＥＦＦ２、ＳＹＫ、ＨＳＰＢ１、ＲＡＳＳＦ１、ＰＳＡＴ１、ＣＧＡ、ＥＳＲ２、ＯＮＥＣＵＴ２、ＷＢＰ１１、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＤＫ６、ＥＬＫ１、ＣＧＢおよびＤＡＧ１からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
障害が転移性疾患であり、標的核酸（群）が、配列番号２、４、５、７、１１、１２、１３、１４、１７、１９、２０、２１、２５、２６、２９、３５、３７、４５、４６、５３、５５および５９からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
細胞またはＤＮＡを含有する細胞成分からゲノムＤＮＡを取得し、この場合、ＤＮＡの供給源が、例えば、セルライン、組織学的スライド、パラフィン包埋組織、生体組織検査、パラフィンに包埋された組織またはその切片、乳房組織、血液、血漿、血清、リンパ液、リンパ組織、乳管細胞、乳管洗浄液、乳頭吸引液、脳脊髄液、骨髄およびその組み合わせを含むことを特徴とする、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
乳房組織の細胞増殖性障害が、非浸潤性乳管癌、浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌、非浸潤性小葉癌、面疱癌、炎症性乳癌、粘液癌、スキルス癌、膠様癌、管状癌、髄様癌、化生性癌、および乳頭状癌および非浸潤性乳頭状癌、未分化または退形成癌および乳房パジェット病からなる群から選択される、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
対象者がエストロゲンおよび／またはプロゲステロン受容体陽性である、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
段階ｂ）が下記段階を含む、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法：
ａ）５位置でメチル化されていないゲノムＤＮＡサンプル中のシトシン塩基をウラシルまたは、塩基対合挙動に関してシトシンと異なる別の塩基に変換する段階；
ｂ）前処理済みゲノムＤＮＡの少なくとも１種の断片を増幅する段階、この場合、該断片は、配列番号２０６〜４４９およびその相補配列からなる群から選択される１種またはそれ以上の配列の少なくとも８塩基対を含む、および
ｃ）増幅産物の核酸を分析することによって、１個またはそれ以上のゲノムＣｐＧジヌクレオチドのメチル化状態を決定する段階。
【請求項１５】
ＭＳＰおよび／またはHeavyMethylの一方または両方を使用して段階ｉｉ）を実行する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、Ｍｓ ＳｎｕＰＥ、シークエンシング、リアルタイム検出プローブおよびオリゴヌクレオチドアレイ分析からなる群から選択される１種またはそれ以上の方法を用いて段階ｉｉｉ）を実行する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
配列番号２０６〜４４９からなる群から選択される配列の１つに記載の少なくとも１８塩基長の配列から本質的に構成される核酸分子。
【請求項１８】
オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（ＰＮＡ）オリゴマーであって、配列番号２０６〜４４９に記載の核酸配列の１つにハイブリダイズするか、あるいはそれと同一である少なくとも１０ヌクレオチド長を有する少なくとも１種の塩基配列から本質的に構成されるオリゴマー。
【請求項１９】
請求項１８に記載の少なくとも２種のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２０】
ビサルファイト（＝ジサルファイト、亜硫酸水素（塩））試薬ならびに請求項１８または１９の一項に記載のオリゴヌクレオチドおよび／またはＰＮＡオリゴマーを含むキット。
【請求項２１】
ＭＳ−ＳＮｕＰＥ、ＭＳＰ、Methyl light、Heavy Methyl、核酸シークエンシングおよびその組み合わせからなる群から選択されるメチル化アッセイの実施のために標準的な試薬をさらに含む、請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
請求項１〜１６の一項に記載の方法、請求項１７に記載の核酸、請求項１８に記載のオリゴヌクレオチドまたはＰＮＡオリゴマー、請求項２０または２１に記載のキット、または請求項１９に記載のオリゴヌクレオチドセットの、乳房細胞増殖性障害の処置のための使用。
【請求項１】
乳房組織の細胞増殖性障害を特徴付けし；ならびに／あるいは無転移生存を予測し；ならびに／あるいは無病生存を予測し；ならびに／あるいは、エストロゲン受容体経路を標的にするか、あるいはエストロゲン代謝、生産または分泌に関与する１種またはそれ以上の処置を含む処置に対する、該障害を有する対象者の応答を予測するための方法であって、下記段階を含む方法：
ａ）対象者から生体サンプルを取得する段階；
ｂ）１種または組み合わせの標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定する段階、この場合、各標的核酸は、ＴＦＦ１、ＥＧＲ４、ＡＰＣ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＳＰＧ２、ＥＲＢＢ２、ＳＴＭＮ１、ＳＴＫ１１、ＣＡ９、ＰＡＸ６、ＳＦＮ、Ｓ１００Ａ２、ＴＧＦＢＲ２、ＴＰ５３、ＴＰ７３、ＰＬＡＵ、ＴＭＥＦＦ２、ＥＳＲ１、ＳＹＫ、ＨＳＰＢ１、ＲＡＳＳＦ１、ＴＥＳ、ＧＲＩＮ２Ｄ、ＰＳＡＴ１、ＣＧＡ、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＯＸ７Ａ２Ｌ、ＥＳＲ２、ＰＩＴＸ２、ＶＴＮ、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＰＣＡＦ、ＰＲＫＣＤ、ＯＮＥＣＵＴ２、ＢＣＬ６、ＷＢＰ１１、（ＭＸ１）ＭＸ１、ＡＰＰ、ＯＲＣ４Ｌ、ＮＥＴＯ１、ＴＢＣ１Ｄ３、ＧＲＢ７、ＣＤＫ６、配列番号４７、配列番号４８、ＡＢＣＡ８、配列番号５０、配列番号５１、ＭＡＲＫ２、ＥＬＫ１、Ｑ８ＷＵＴ３、ＣＧＢ、ＢＳＧ、ＢＣＫＤＫ、ＳＯＸ８、ＤＡＧ１、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＥＳＲ１（エキソン８）および／またはその調節領域からなる群から選択される遺伝子の配列の全体または部分を本質的に含み、該決定は、５'位置でメチル化されていないシトシン塩基を、ハイブリダイゼーション特性に関して検出可能な程度にシトシンと異なる塩基に変換する１種またはそれ以上の物質と該標的核酸を接触させることによって行う；および
ｃ）以上から該対象者の予後、該細胞増殖性障害の特徴、無病生存および／または該処置に対する該対象者の応答の可能性を決定する段階。
【請求項２】
段階ｂ）において、１種または組み合わせの標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定し、この場合、各標的核酸が、ＴＦＦ１、ＰＩＴＸ２およびＰＬＡＵからなる群から選択される遺伝子の配列の全体または部分を本質的に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
下記段階をさらに含む、請求項１または２に記載の方法：
ｄ）対象者に適切な処置方式を決定する段階。
【請求項４】
エストロゲン受容体経路を標的にするか、あるいはエストロゲン代謝、生産または分泌に関与する１種またはそれ以上の処置を含む処置に対する、該障害を有する対象者の応答を予測することをさらに含み、この場合、少なくとも２種の標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定し、この場合、該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＴＦＦ１の配列の全体または部分を本質的に含み、ならびに該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＰＩＴＸ２の配列の全体または部分を本質的に含むことを特徴とする、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
乳房組織の細胞増殖性障害および／またはその転移を特徴付けし；ならびに／あるいは無病生存を予測することをさらに含み、この場合、少なくとも２種の標的核酸内の１個またはそれ以上のＣｐＧ位置のメチル化状態を決定し、この場合、該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＰＬＡＵの配列の全体または部分を本質的に含み、ならびに該標的核酸の少なくとも１種は遺伝子ＰＩＴＸ２の配列の全体または部分を本質的に含むことを特徴とする、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
適切な処置方式が、化学療法、放射線療法、外科手術、生物学的治療、免疫療法、抗体、分子的に標的化された薬物、エストロゲン受容体モジュレーター、エストロゲン受容体ダウンレギュレーター、アロマターゼ阻害剤、卵巣切除、ＬＨＲＨアナログおよび、エストロゲン生産に影響する他の中枢作用薬からなる群から選択される１種またはそれ以上の治療を含む、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
処置が補助処置であり、遺伝子が、ＥＲＢＢ２、ＳＴＭＮ１、ＴＦＦ１、ＴＭＥＦＦ２、ＥＳＲ１、ＨＳＰＢ１、ＰＩＴＸ２、ＣＯＸ７Ａ２Ｌ、ＰＬＡＵ、ＶＴＮ、ＰＣＡＦ、ＯＮＥＣＵＴ２、ＢＣＬ６、ＷＢＰ１１、ＴＢＣ１Ｄ３、ＧＲＢ７、ＣＤＫ６、配列番号４７、ＡＢＣＡ８および配列番号５１からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
処置が補助処置であり、標的核酸（群）が、配列番号５、６、１２、１７、１８、２０、２３、２８、１６、３１、３３、３５、３６、３７、４３、４４、４６、４７、４９および５１からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
障害が転移性疾患であり、遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＳＰＧ２、ＥＲＢＢ２、ＳＴＫ１１、Ｓ１００Ａ２、ＴＦＦ１、ＴＧＦＢＲ２、ＴＰ５３、ＴＭＥＦＦ２、ＳＹＫ、ＨＳＰＢ１、ＲＡＳＳＦ１、ＰＳＡＴ１、ＣＧＡ、ＥＳＲ２、ＯＮＥＣＵＴ２、ＷＢＰ１１、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＤＫ６、ＥＬＫ１、ＣＧＢおよびＤＡＧ１からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
障害が転移性疾患であり、標的核酸（群）が、配列番号２、４、５、７、１１、１２、１３、１４、１７、１９、２０、２１、２５、２６、２９、３５、３７、４５、４６、５３、５５および５９からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
細胞またはＤＮＡを含有する細胞成分からゲノムＤＮＡを取得し、この場合、ＤＮＡの供給源が、例えば、セルライン、組織学的スライド、パラフィン包埋組織、生体組織検査、パラフィンに包埋された組織またはその切片、乳房組織、血液、血漿、血清、リンパ液、リンパ組織、乳管細胞、乳管洗浄液、乳頭吸引液、脳脊髄液、骨髄およびその組み合わせを含むことを特徴とする、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
乳房組織の細胞増殖性障害が、非浸潤性乳管癌、浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌、非浸潤性小葉癌、面疱癌、炎症性乳癌、粘液癌、スキルス癌、膠様癌、管状癌、髄様癌、化生性癌、および乳頭状癌および非浸潤性乳頭状癌、未分化または退形成癌および乳房パジェット病からなる群から選択される、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
対象者がエストロゲンおよび／またはプロゲステロン受容体陽性である、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
段階ｂ）が下記段階を含む、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法：
ａ）５位置でメチル化されていないゲノムＤＮＡサンプル中のシトシン塩基をウラシルまたは、塩基対合挙動に関してシトシンと異なる別の塩基に変換する段階；
ｂ）前処理済みゲノムＤＮＡの少なくとも１種の断片を増幅する段階、この場合、該断片は、配列番号２０６〜４４９およびその相補配列からなる群から選択される１種またはそれ以上の配列の少なくとも８塩基対を含む、および
ｃ）増幅産物の核酸を分析することによって、１個またはそれ以上のゲノムＣｐＧジヌクレオチドのメチル化状態を決定する段階。
【請求項１５】
ＭＳＰおよび／またはHeavyMethylの一方または両方を使用して段階ｉｉ）を実行する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、Ｍｓ ＳｎｕＰＥ、シークエンシング、リアルタイム検出プローブおよびオリゴヌクレオチドアレイ分析からなる群から選択される１種またはそれ以上の方法を用いて段階ｉｉｉ）を実行する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
配列番号２０６〜４４９からなる群から選択される配列の１つに記載の少なくとも１８塩基長の配列から本質的に構成される核酸分子。
【請求項１８】
オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（ＰＮＡ）オリゴマーであって、配列番号２０６〜４４９に記載の核酸配列の１つにハイブリダイズするか、あるいはそれと同一である少なくとも１０ヌクレオチド長を有する少なくとも１種の塩基配列から本質的に構成されるオリゴマー。
【請求項１９】
請求項１８に記載の少なくとも２種のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２０】
ビサルファイト（＝ジサルファイト、亜硫酸水素（塩））試薬ならびに請求項１８または１９の一項に記載のオリゴヌクレオチドおよび／またはＰＮＡオリゴマーを含むキット。
【請求項２１】
ＭＳ−ＳＮｕＰＥ、ＭＳＰ、Methyl light、Heavy Methyl、核酸シークエンシングおよびその組み合わせからなる群から選択されるメチル化アッセイの実施のために標準的な試薬をさらに含む、請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
請求項１〜１６の一項に記載の方法、請求項１７に記載の核酸、請求項１８に記載のオリゴヌクレオチドまたはＰＮＡオリゴマー、請求項２０または２１に記載のキット、または請求項１９に記載のオリゴヌクレオチドセットの、乳房細胞増殖性障害の処置のための使用。
【公表番号】特表２００７−５１３６２１（Ｐ２００７−５１３６２１Ａ）
【公表日】平成１９年５月３１日（２００７．５．３１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５４３５１１（Ｐ２００６−５４３５１１）
【出願日】平成１６年１２月１３日（２００４．１２．１３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１４１７０
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５９１７２
【国際公開日】平成１７年６月３０日（２００５．６．３０）
【出願人】（５００２４７１０５）エピゲノミクス アーゲー (15)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年５月３１日（２００７．５．３１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年１２月１３日（２００４．１２．１３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１４１７０
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５９１７２
【国際公開日】平成１７年６月３０日（２００５．６．３０）
【出願人】（５００２４７１０５）エピゲノミクス アーゲー (15)
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]