本発明は、基礎研究、臨床研究において使用するため、および臨床検出アッセイ法を開発するための核酸検出アッセイ法を開発および最適化する方法およびルーチンを提供する。特に本発明は、多重増幅反応で使用するためのオリゴヌクレオチドプライマーを設計する方法を提供する。本発明はまた、多重増幅反応を最適化する方法を提供する。本発明はまた、組み合わせ標的およびシグナル生成アッセイの方法を提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸が存在する場合にこれが検出されるような条件下で、未精製体液を検出アッセイ試薬に曝露する段階を含む、一段階反応で未精製体液中の標的核酸を検出する方法。
【請求項２】
一段階反応がポリメラーゼ連鎖反応を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
一段階反応がポリメラーゼ連鎖反応および侵入型切断アッセイ反応を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
一段階反応が侵入型切断アッセイ反応を含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
ポリメラーゼ連鎖反応が20未満の増幅サイクルを含む、請求項3記載の方法。
【請求項６】
ポリメラーゼ連鎖反応が15未満の増幅サイクルを含む、請求項3記載の方法。
【請求項７】
ポリメラーゼ連鎖反応が12未満の増幅サイクルを含む、請求項3記載の方法。
【請求項８】
標的核酸が哺乳動物ゲノムDNAである、請求項1記載の方法。
【請求項９】
標的核酸が病原体に由来する、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
標的核酸が植物に由来する、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
体液が血液を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
標的核酸が蛍光によって検出される、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
試薬がポリメラーゼ、5'ヌクレアーゼ、および緩衝液を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
緩衝液がpH 9 TAPSを含む、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
未精製体液中の標的核酸の検出可能な増幅を可能にするポリメラーゼ、5'ヌクレアーゼ、および緩衝液を含む、未精製体液中の標的核酸を検出するためのキット。
【請求項１６】
5'ヌクレアーゼがFEN-1エンドヌクレアーゼを含む、請求項15記載のキット。
【請求項１７】
緩衝液がpH 9 TAPSを含む、請求項15記載のキット。
【請求項１８】
増幅プライマーをさらに含む、請求項15記載のキット。
【請求項１９】
標的核酸の存在下において侵入型切断構造を生じるように構成されたオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項15記載のキット。
【請求項２０】
以下の段階を含む、標的核酸を多重検出するための方法：a) マイクロ流体カード中に、該標的核酸を増幅および検出するように構成された、ポリメラーゼ連鎖反応および侵入型切断アッセイ反応の試薬を提供する段階；b) 遠心力により該標的核酸を含むと考えられる試料を該試薬に曝露する段階；およびc) 外標的核酸の存在または非存在を検出する段階。
【請求項２１】
曝露する段階が20サイクル以下のポリメラーゼ連鎖反応を行う段階を含む、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
試薬がポリメラーゼおよび5'ヌクレアーゼを含む、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
5'ヌクレアーゼがFEN-1エンドヌクレアーゼを含む、請求項22記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９Ａ】

【図９Ｂ】

【図１０】

【図１１Ａ】

【図１１Ｂ】

【図１１Ｃ】

【図１１Ｄ】

【図１１Ｅ】

【図１１Ｆ】

【図１１Ｇ】

【図１２Ａ】

【図１２Ｂ】

【図１２Ｃ】

【図１２Ｄ】

【図１２Ｅ】

【図１２Ｆ】

【図１２Ｇ】

【公表番号】特表２００７−５２１０１６（Ｐ２００７−５２１０１６Ａ）
【公表日】平成１９年８月２日（２００７．８．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５３５３９４（Ｐ２００６−５３５３９４）
【出願日】平成１６年１０月１８日（２００４．１０．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３４２７９
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０３８０４１
【国際公開日】平成１７年４月２８日（２００５．４．２８）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＵＮＩＸ
２．ＷＩＮＤＯＷＳ
【出願人】（５００２２８７９１）サード・ウェーブ・テクノロジーズ・インク (10)
【Ｆターム（参考）】