本発明は、一般に、遺伝子解析、さらに詳しくは、全ゲノムの増幅およびゲノムにまたがる複数の遺伝子マーカーに基づく遺伝子型分類に関する。本発明は、ゲノムＤＮＡを増幅して、ゲノム断片の増幅された表示的集団を得る方法を提供する。さらに、所望の複雑性の増幅されたゲノムＤＮＡ表示を得るための方法が提供される。本発明は、さらに、上記ゲノム断片の増幅された表示的集団についての多数の型決定可能な遺伝子座を同時検出するための方法を提供する。従って、上記方法を用いてゲノム−幅スケールにて個体を遺伝子型分類することができる。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノムの型決定可能な遺伝子座を検出する方法であって、
（ａ）該型決定可能な遺伝子座を含むゲノム断片の増幅された表示的集団を提供し、ここで、該集団は高複雑性表示を含み；
（ｂ）該ゲノム断片を、プローブ−断片ハイブリッドが形成される条件下で、該型決定可能な遺伝子座に対応する配列を有する複数の異なる核酸プローブと接触させ；次いで、
（ｃ）該プローブ−断片ハイブリッドの型決定可能な遺伝子座を直接的に検出することを含む、方法。
【請求項２】
（ａ）ゲノム断片の増幅された表示的集団を、固定化されたプローブ−断片ハイブリッドが形成される条件下で、複数の異なる固定化された核酸プローブと接触させ；
（ｂ）該ゲノム断片にハイブリダイズされた状態で該固定化されたプローブを修飾し、それにより、修飾された固定化プローブを形成し；
（ｃ）該プローブ−断片ハイブリッドから該ゲノム断片を除去し；次いで、
（ｄ）該ゲノム断片を除去した後に、該修飾された固定化プローブを検出し、それにより、該ゲノム断片の型決定可能な遺伝子座を検出することを含む、方法。
【請求項３】
（ａ）ゲノム断片の増幅された表示的集団を、固定化されたプローブ−断片ハイブリッドが形成される条件下で、複数の異なる固定化された核酸プローブと接触させ；
（ｂ）該プローブへの検出部分の付加によって該固定化されたプローブ−断片ハイブリッドを修飾し、それにより、親和性リガンド−標識プローブを形成し；
（ｃ）該親和性リガンド−標識プローブを結合部分および増幅試薬と接触させ、
ここで、該結合部分は該リガンドに結合することができる１つ以上の部位を有し、ここで、該増幅試薬は該結合部分に対して親和性を有し、
それにより、該親和性リガンド−標識プローブ、該結合部分および該増幅試薬の間にマルチマー複合体が形成され；次いで、
（ｄ）該マルチマー複合体を検出し、それにより、該ゲノム断片の型決定可能な遺伝子座を検出することを含む、方法。
【請求項４】
前記複数の異なる核酸プローブが、表面に結合した該プローブのアレイを含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記異なる核酸プローブが粒子に結合されている、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項６】
前記粒子の各々が単一の型の核酸プローブに結合されている、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記粒子が基材に結合されている、請求項５の記載の方法。
【請求項８】
前記プローブが長さが多くとも１２５ヌクレオチドである、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項９】
天然ゲノムを表示的に増幅し、それにより、該ゲノム断片の増幅された表示的集団を提供することをさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１０】
単一工程反応で前記天然ゲノムを表示的に増幅することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
等温条件下で前記天然ゲノムを表示的に増幅することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記表示的に増幅することが、リンカーアダプター−ＰＣＲを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記表示的に増幅することが、ランダムプライマー増幅を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
低反応促進性を有するポリメラーゼを用いて増幅することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記低反応促進性が重合事象当たり１００塩基未満である請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記表示的に増幅することが、前記ゲノムＤＮＡをエンドヌクレアーゼで処理することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１７】
前記表示的に増幅することが、前記ゲノム断片をエンドヌクレアーゼで処理することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１８】
前記天然ゲノムの多くとも１×１０^６コピーを、前記表示的に増幅することのためのテンプレートとして用いる、請求項９に記載の方法。
【請求項１９】
前記天然ゲノムがヒトゲノムである、請求項９に記載の方法。
【請求項２０】
前記ゲノム断片の増幅された表示的集団が、前記天然ゲノムの少なくとも５％と同一である配列を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ゲノム断片の増幅された表示的集団が少なくとも１μｇ／μｌのＤＮＡ濃度を含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２２】
前記ゲノム断片の増幅された表示的集団が少なくとも１ギガ塩基の複雑性を含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２３】
前記ゲノム断片の表示的集団が少なくとも１００μｇのＤＮＡを含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも１００，０００の前記異なる核酸プローブが、ゲノム断片とハイブリダイズしてプローブ−断片ハイブリッドを形成する、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２５】
前記検出が、前記ゲノム断片にハイブリダイズされた状態で前記プローブを修飾することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記核酸プローブが固定化されている、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
さらに、前記検出に先立って前記修飾された固定化プローブを変性条件に曝露し、それにより、前記ゲノム断片を除去することを含む、請求項２または２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記修飾が、前記プローブへ検出部分を付加し、それにより、親和性リガンド−標識プローブを形成する工程を含む、請求項２または２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記親和性リガンド−標識プローブを受容体および増幅試薬と接触させることをさらに含み、
ここで、該記受容体は該リガンドに結合することができる１つ以上の部位を有し、ここに、前記増幅試薬は該受容体に対する親和性を有し、
それにより、該親和性リガンド−標識プローブ、該受容体および該増幅試薬の間にマルチマー複合体が形成される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記検出が、前記マルチマー複合体を検出することを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記修飾が、ポリメラーゼによるヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの付加を含む、請求項２、３または２５に記載の方法。
【請求項３２】
前記修飾が、前記固定化された核酸プローブへのプローブの連結を含む、請求項２、３または２５に記載の方法。
【請求項３３】
前記修飾が、前記固定化された核酸プローブの切断を含む、請求項２、３または２５に記載の方法。
【請求項３４】
前記プローブを、一本鎖核酸結合蛋白質と接触させることをさらに含む、請求項２、３または２５に記載の方法。
【請求項３５】
前記プローブ−断片ハイブリッドがキャピラリーギャップフローセル中で形成される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項３６】
少なくとも１００の型決定可能な遺伝子座が同時に検出される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項３７】
検出された該型決定可能な遺伝子座を同定するレポートを作成することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３８】
請求項３７に記載の方法によって作成されたレポート。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５Ａ】

【図１５Ｂ】

【図１５Ｃ】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９Ａ】

【図１９Ｂ】

【図１９Ｃ】

【図２０】

【図２１】

【公表番号】特表２００７−５２５９６３（Ｐ２００７−５２５９６３Ａ）
【公表日】平成１９年９月１３日（２００７．９．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１７４０６（Ｐ２００６−５１７４０６）
【出願日】平成１６年６月１７日（２００４．６．１７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１９５４５
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００３３０４
【国際公開日】平成１７年１月１３日（２００５．１．１３）
【出願人】（５００３５８７１１）イルミナ　インコーポレイテッド (7)
【Ｆターム（参考）】