本発明は、変形性関節症（ＯＡ）を罹患した個体の同定における特定の有利性を証明する配列の同定および選択に関する。本発明はまた、個体の変形性関節症の進行度の診断およびＯＡの新規の治療標的の同定で特に有用な配列の選択を提供する。本発明は、さらに、疾患進行の診断および治療計画の有効性のモニタリングのためのツールとしてのこれらの配列の使用を提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
図１、３、５、６ａ、および７ａで同定された核酸からなる群から選択される５１％以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項２】
図１、３、５、６ａ、および７ａで同定された核酸からなる群から選択される２以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項３】
本質的に図１、３、５、６ａ、および７ａで同定された核酸からなる単離されたバイオマーカー。
【請求項４】
図６ｂで同定された核酸からなる群から選択される５１％以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項５】
図６ｂで同定された核酸からなる群から選択される２以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項６】
図６ｂで同定された核酸から本質的になる単離されたバイオマーカー。
【請求項７】
図６ｃで同定された核酸からなる群から選択される５１％以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項８】
図６ｃで同定された核酸からなる群から選択される２以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項９】
図６ｃで同定された核酸から本質的になる単離されたバイオマーカー。
【請求項１０】
図２、４、５、６ｄ、および７ｂで同定された核酸からなる群から選択される５１％以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項１１】
図２、４、５、６ｄ、および７ｂで同定された核酸からなる群から選択される２以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカー。
【請求項１２】
図２、４、５、６ｄ、および７ｂで同定された核酸から本質的になる単離されたバイオマーカー。
【請求項１３】
サンプル中のバイオマーカーの発現レベルを決定するステップを含む個体の軽度変形性関節症の診断方法であって、前記バイオマーカーが図１、３、５、６ａ、７ａで同定された核酸からなる群から選択される１以上のポリヌクレオチド配列を含み、それによりバイオマーカーコントロールと比較した前記バイオマーカーの発現レベルの相違により軽度変形性関節症の指標となるか、軽度変形性関節症の予測となる、方法。
【請求項１４】
前記ポリヌクレオチド配列が、図１、３、５、６ａ、７ａで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の５’領域に由来する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記ポリヌクレオチド配列が、図１、３、５、６ａ、７ａで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の３’領域に由来する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
前記ポリヌクレオチド配列が、図１、３、５、６ａ、７ａで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域に由来する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１７】
サンプル中のバイオマーカーの発現レベルを決定するステップを含む個体の重度変形性関節症の診断方法であって、前記バイオマーカーが図２、４、５、６ｄ、および７ｂで同定された核酸からなる群から選択される１以上のポリヌクレオチド配列を含み、それによりバイオマーカーコントロールと比較した前記バイオマーカーの発現レベルの相違により重度変形性関節症の指標となるか、重度変形性関節症の予測となる、方法。
【請求項１８】
前記ポリヌクレオチド配列が、図２、４、５、６ｄ、７ｂで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の５’領域に由来する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記ポリヌクレオチド配列が、図２、４、５、６ｄ、７ｂで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の３’領域に由来する、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
前記ポリヌクレオチド配列が、図２、４、５、６ｄ、および７ｂで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域に由来する、請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
サンプル中のバイオマーカーの発現レベルを決定するステップを含む個体の中程度変形性関節症の診断方法であって、前記バイオマーカーが図６ｂで同定された核酸からなる群から選択される１以上のポリヌクレオチド配列を含み、それによりバイオマーカーコントロールと比較した前記バイオマーカーの発現レベルの相違により中程度変形性関節症の指標となるか、中程度変形性関節症の予測となる、方法。
【請求項２２】
前記ポリヌクレオチド配列が、図６ｂで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の５’領域に由来する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
前記ポリヌクレオチド配列が、図６ｂで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の３’領域に由来する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２４】
前記ポリヌクレオチド配列が、図６ｂで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域に由来する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２５】
サンプル中のバイオマーカーの発現レベルを決定するステップを含む個体の著しい変形性関節症の診断方法であって、前記バイオマーカーが図６ｃで同定された核酸からなる群から選択される１以上のポリヌクレオチド配列を含み、それによりバイオマーカーコントロールと比較した前記バイオマーカーの発現レベルの相違により著しい変形性関節症の指標となるか予測される、方法。
【請求項２６】
前記ポリヌクレオチド配列が、図６ｃで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の５’領域に由来する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２７】
前記ポリヌクレオチド配列が、図６ｃで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の３’領域に由来する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２８】
前記ポリヌクレオチド配列が、図６ｃで同定された核酸からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域に由来する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２９】
（ａ）治療前の患者からサンプルを得て、治療後に前記患者から第２のサンプルを得るステップと、
（ｂ）前記第１のサンプルおよび前記第２のサンプル中の請求項２に記載の単離されたバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと、
（ｃ）前記第２のサンプルと比較して前記第１のサンプル中の前記バイオマーカーの前記発現レベルの相違を決定するステップと、ここで前記相違が前記患者の軽度変形性関節症の治療薬の有効性の指標となる、
を含む、患者の軽度変形性関節症の治療薬の有効性をモニタリングする方法。
【請求項３０】
（ａ）治療前の患者からサンプルを得て、治療後に前記患者から第２のサンプルを得るステップと、
（ｂ）前記第１のサンプルおよび前記第２のサンプル中の請求項５に記載の単離されたバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと、
（ｃ）前記第２のサンプルと比較して前記第１のサンプル中の前記バイオマーカーの前記発現レベルの相違を決定するステップと、ここで、前記相違が前記患者の中程度変形性関節症の治療薬の有効性の指標となる、
を含む、患者の中程度変形性関節症の治療薬の有効性をモニタリングする方法。
【請求項３１】
（ａ）治療前の患者からサンプルを得て、治療後に前記患者から第２のサンプルを得るステップと、
（ｂ）前記第１のサンプルおよび前記第２のサンプル中の請求項８に記載の単離されたバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと、
（ｃ）前記第２のサンプルと比較して前記第１のサンプル中の前記バイオマーカーの前記発現レベルの相違を決定するステップと、ここで、前記相違が前記患者の著しい変形性関節症の治療薬の有効性の指標となる、
を含む、患者の著しい変形性関節症の治療薬の有効性をモニタリングする方法。
【請求項３２】
（ａ）治療前の患者からサンプルを得て、治療後に前記患者から第２のサンプルを得るステップと、
（ｂ）前記第１のサンプルおよび前記第２のサンプル中の請求項１１に記載の単離されたバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと、
（ｃ）前記第２のサンプルと比較して前記第１のサンプル中の前記バイオマーカーの発現レベルの相違を決定するステップと、ここで、前記相違が前記患者の重度変形性関節症の治療薬の有効性の指標となる、
を含む、患者の重度変形性関節症の治療薬の有効性をモニタリングする方法。
【請求項３３】
（ａ）変形性関節症と診断された患者からサンプルを得るステップと、
（ｂ）治療薬の有無における図１〜７に記載のバイオマーカーの発現レベルを測定するステップと、
（ｃ）前記治療薬の存在下で測定した発現レベルと前記治療薬の非存在下で測定した発現レベルを比較するステップと、前記バイオマーカーの発現の相違の減少が変形性関節症治療用の治療薬の指標となることと、
を含む、変形性関節症の治療薬の同定方法。
【請求項３４】
前記サンプルがヒト軟骨である、請求項１３、１７、２１、２５、２９、３０、３１、３２、または３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記バイオマーカーがマイクロアレイに固定されている、請求項１３、１７、２１、２５、２９、３０、３１、３２、または３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記バイオマーカーの発現レベルをマイクロアレイへのハイブリッド形成または実時間ＲＴ−ＰＣＲによって決定する、請求項１３、１７、２１、２５、２９、３０、３１、３２、または３３に記載の方法。

【図４】

【図５】

【図６ａ−１】







































【図６ｂ−１】























































































































































【図６ｃ−１】
























































【図６ｄ−１】









































































【図７ａ−１】




















































































































































































































































































































































































































































【図７ｂ−１】

【公表番号】特表２００６−５０６９７９（Ｐ２００６−５０６９７９Ａ）
【公表日】平成１８年３月２日（２００６．３．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５３６５７４（Ｐ２００４−５３６５７４）
【出願日】平成１５年９月１２日（２００３．９．１２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２９１３６
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０２４８９２
【国際公開日】平成１６年３月２５日（２００４．３．２５）
【出願人】（５０３３１２６９７）コンドロジーン・インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】