大規模なＦＥＴアレイを用いて分析物を測定するための方法および装置
分析物測定のための非常に大規模なＦＥＴアレイに関連する方法および装置。ｃｈｅｍＦＥＴ（例えば、ＩＳＦＥＴ）アレイは、改良されたＦＥＴ画素に基づく慣用的なＣＭＯＳ加工技術、および測定の感度および精度を増加させ、同時に、小さな画素サイズおよび密なアレイを有意に促進するアレイ設計を用いて製造することができる。改良されたアレイ制御技術は、大きくかつ密なアレイからの迅速なデータ獲得を提供する。そのようなアレイを使用して、広く種々の化学的および／または生物学的プロセスにおける種々の分析物タイプの存在および／または濃度の変化を検出することができる。１つの例において、ｃｈｅｍＦＥＴアレイは、無機ピロホスフェート（ＰＰｉ）、水素イオン、およびヌクレオチド三リン酸の濃度の変化のモニタリングに基づき、ＤＮＡ配列決定技術を促進する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または、容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記反応チャンバー中の認識可能なｐＨ変化が無い、前記少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおける電気的パラメータの変化によって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２】
複数の鋳型核酸を反応チャンバー中に配置し、ここに、前記複数の鋳型核酸は単一のビーズに付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、および前記反応チャンバー中は化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているかまたは容量的にそれにカップリングしており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記ｃｈｅｍＦＥＴにおける第一および第二の電気パルスの検出によって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項３】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または、容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
放出された無機ピロホスフェートおよび取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出することによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
放出された無機ピロホスフェートを非酵素的に検出することによって前記既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出すること
【請求項４】
前記検出工程が前記反応チャンバー中の認識可能なｐＨ変化の不存在下で起こる請求項３記載の方法。
【請求項５】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または、容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
放出された無機ピロホスフェートおよび取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出することによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項６】
放出された無機ピロホスフェートがｔ０において検出され、取り込まれていないヌクレオチド三リン酸が異なる時間、時間ｔ１において検出され、さらに、時間差ｔ１−ｔ０から、取り込まれた既知のヌクレオチド三リン酸の数を決定することを含む、請求項５記載の方法。
【請求項７】
鋳型核酸を配列決定プライマーおよびポリメラーゼと、鋳型／プライマーハイブリッドを形成するために前記鋳型核酸を前記配列決定プライマーに結合させ、および前記ポリメラーゼを前記鋳型／プライマーハイブリッドに結合させるのに十分な時間および条件で接触させ、
ヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
放出された無機ピロホスフェートおよび取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出することによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出すること
を含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８】
さらに、時間ｔ０において放出された無機ピロホスフェートを検出し、時間ｔ１において取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出し、時間差ｔ１−ｔ０から、取り込まれていない既知のヌクレオチド三リン酸の数を決定することを含む、請求項７記載の方法。
【請求項９】
鋳型核酸を配列決定プライマーおよびポリメラーゼと、鋳型／プライマーハイブリッドを形成するために前記鋳型核酸を前記配列決定プライマーに結合させ、および前記ポリメラーゼを前記鋳型／プライマーハイブリッドに結合させるのに十分な時間および条件で接触させ、
低イオン強度環境において、１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
ｃｈｅｍＦＥＴでの１以上の対応するイオンパルスの検出により、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取り込みを検出することことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項１０】
前記低イオン強度環境が１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
前記低イオン強度環境が０．５ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
前記低イオン強度環境が１００μＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１３】
ｃｈｅｍＦＥＴと接触しているかまたは容量的にそれにカップリングされた溶液中でヌクレオチド三リン酸、鋳型／プライマーハイブリッドおよびポリメラーゼを合わせ、前記ｃｈｅｍＦＥＴにおける電気パルスを検出することを含み、ここに、第一および第二のパルスの検出が、ヌクレオチド三リン酸の取り込みを示し、およびここに、第二のパルスではなく、第一のパルスの検出はヌクレオチド三リン酸の取り込みの欠如を示すことを特徴とする、ヌクレオチド三リン酸の新しく合成された核酸への取り込みを決定する方法。
【請求項１４】
ｃｈｅｍＦＥＴと接触しているかまたは容量的にそれにカップリングされた溶液中でヌクレオチド三リン酸、鋳型／プライマーハイブリッドおよびポリメラーゼを合わせ、
前記ｃｈｅｍＦＥＴの不動態化層における結合事象とは独立した前記ｃｈｅｍＦＥＴにおいて電気パルス／ピークを検出することを含み、
ここに、第一および第二のパルスの検出が、ヌクレオチド三リン酸の取り込みを示し、およびここに、第二のパルスではなく、第一のパルスの検出はヌクレオチド三リン酸の取り込みの欠如を示すことを特徴とする、ヌクレオチド三リン酸の新しく合成された核酸への取り込みを決定する方法。
【請求項１５】
ｃｈｅｍＦＥＴと接触しているかまたは容量的にそれにカップリングされた溶液中でヌクレオチド三リン酸、鋳型／プライマーハイブリッドおよびポリメラーゼを合わせ、
前記ｃｈｅｍＦＥＴの前記不動態化層における結合事象から独立した前記ｃｈｅｍＦＥＴにおいて電気パルス／ピークを検出することを含み、
ここに、第一および第二のパルスの検出は、少なくとも１つのヌクレオチド三リン酸の取り込みを示す、
ヌクレオチド三リン酸の新しく合成された核酸への取り込みを決定する方法。
【請求項１６】
前記第一のパルスが時間ｔ０で起こり、および前記第二のパルスが時間ｔ１で起こり、およびｔ１−ｔ０は取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示す、請求項１３、１４または１５記載の方法。
【請求項１７】
前記ヌクレオチド三リン酸が既知である請求項１３、１４または１５記載の方法。
【請求項１８】
前記ヌクレオチド三リン酸が複数の同一のヌクレオチド三リン酸であり、前記鋳型／プライマーハイブリッドが複数の鋳型／プライマーハイブリッドであり、および前記ポリメラーゼが複数のポリメラーゼである、請求項１３、１４または１５記載の方法。
【請求項１９】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、前記複数の反応チャンバーの各々はｃｈｅｍＦＥＴのアレイ中の化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしており、反応チャンバー当たり少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴを残し、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
高さｈ０を有する時間ｔ０において第一のパルス、および高さｈ１を有する時間ｔ１において第二のパルスを前記少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて検出することにより、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出し、ここに、ｈ０およびｈ１は、各々、ベースラインを超える少なくとも約５ｍＶであって、ｔ１−ｔ０は１０〜５０ミリ秒であることを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２０】
複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、およびここに、前記複数の反応チャンバーの各々は、各反応チャンバーのための少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴを含むｃｈｅｍＦＥＴのアレイ中の化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しおり、または容量的にそれにカップリングしており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記アレイ内の少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二の電圧パルスを検出することによって前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出し、
ここに前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイは少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含むことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２１】
複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合し、およびここに、前記複数の反応チャンバーの各々は、各反応チャンバーのための少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴを含むアレイ中の化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしており、
複数の既知の同一のヌクレオチド三リン酸を各反応チャンバーに導入することによって新しい核酸ストランドの合成を開始し、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記アレイ内の少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二のパルスを検出することによって前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２２】
各反応チャンバーが、複数の既知の三リン酸を各反応チャンバーに導入することに先立ってアデノシン三リン酸を含む、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
（ａ）複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、および各反応チャンバーは少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしており、
（ｂ）複数の既知の同一のヌクレオチド三リン酸を各反応チャンバーに導入し、
（ｃ）もし前記鋳型核酸における対応するヌクレオチドに相補的であれば、１以上のヌクレオチド三リン酸の前記配列決定プライマーの３’末端において順次の取込みを検出し、
（ｄ）前記反応チャンバーからの取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を洗浄し、
（ｅ）異なる複数の既知のヌクレオチド三リン酸を用いて前記同一反応チャンバーにおいて工程（ｂ）〜（ｄ）を反復することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２４】
１以上のヌクレオチド三リン酸の前記順次の取込みが前記ｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二のパルスによって検出される、請求項第２３記載の方法。
【請求項２５】
（ｅ）が、各々異なる複数の既知のヌクレオチド三リン酸を各反応チャンバーに別々に導入することによって工程（ｂ）〜（ｄ）を反復することを含む、請求項２３または２４記載の方法。
【請求項２６】
複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、およびここに、前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しており、または容量的にそれにカップリングしており、
二価カチオンを各反応チャンバーに導入することによって、新しい核酸ストランドの合成を開始し、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記アレイ内の少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二の電気パルスを検出することによって前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２７】
前記二価カチオンがＭｇ２＋またはＭｎ２＋である請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
前記二価カチオンが１ｍＭ未満の濃度におけるものである請求項２６または２７記載の方法。
【請求項２９】
前記二価カチオンが１００μＭ未満の濃度におけるものである請求項２６または２７記載の方法。
【請求項３０】
前記二価カチオンが約５０μＭの濃度におけるものである請求項２６または２７記載の方法。
【請求項３１】
複数の同一の鋳型核酸を反応チャンバー中に配置し、ここに、前記反応チャンバーは化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているかまたは容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込み、
前記ｃｈｅｍＦＥＴにおける電気パルスによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出し、
ここに１０〜１０００ヌクレオチド三リン酸の取込みが検出されることを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項３２】
２５０〜７５０のヌクレオチド三リン酸の取込みが検出される、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項３３】
前記反応チャンバーが複数のパッキングビーズを含む、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項３４】
前記検出工程が複数のパッキングビーズの存在下で起こる、請求項７、９、１３、１４または１５記載の方法。
【請求項３５】
前記反応チャンバーが可溶性非核酸ポリマーを含む、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項３６】
前記可溶性非核酸ポリマーがポリエチレングリコールである請求項３５記載の方法。
【請求項３７】
前記検出工程が可溶性非核酸ポリマーの存在下で起こる、請求項７、８、１３、１４または１５記載の方法。
【請求項３８】
前記可溶性非核酸ポリマーがポリエチレングリコールである請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
前記単一ビーズがポリエチレングリコールに付着している、請求項２、２０、２１、２３または２６記載の方法。
【請求項４０】
前記ポリエチレングリコールがビオチニル化ポリエチレングリコールである請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
前記方法が約７〜９のｐＨで行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４２】
前記方法が約８．５〜９．５のｐＨで行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４３】
前記方法が約９のｐＨで行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４４】
前記合成および／または検出工程が弱い緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４５】
前記弱い緩衝液が、緩衝剤としてのＴｒｉｓ−ＨＣｌ、ホウ酸、ホウ酸塩緩衝液、モルホリン、酢酸塩、クエン酸、炭酸またはリン酸を含む請求項４４記載の方法。
【請求項４６】
前記合成および／または検出工程が１ｍＭ未満のＴｒｉｓ−ＨＣｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４７】
前記合成および／または検出工程が、約１ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．９ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．８ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．７ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．６ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．５ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．４ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．３ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、または約０．２ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４８】
前記合成および／または検出工程が約０．５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４９】
前記検出工程が検出可能なｐＨ変化の不存在下で起こる、請求項２、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５０】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが比較的ｐＨ非感受性である、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５１】
前記合成および／または検出工程が約０．５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５２】
前記合成および／または検出工程が低イオン強度環境で行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５３】
前記合成および／または検出工程が、１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５４】
前記合成および／または検出工程が、１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項０.５、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５５】
前記合成および／または検出工程が、１００μＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５６】
前記合成および／または検出工程が、１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項０.５、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５７】
前記合成および／または検出工程が約１００μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約７５μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約５０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約４０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約３０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約２０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、または約１０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境において行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５８】
前記合成および／または検出工程が約０．５ｍＭ ＴＲＩＳおよび約５０μＭ ＭｇＣｌ２中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５９】
前記ヌクレオチド三リン酸がブロックされていない、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６０】
前記ヌクレオチド三リン酸がデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）である、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６１】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが窒化ケイ素不動態化層を含む、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６２】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが無機ピロホスフェート（ＰＰｉ）受容体に付着した不動態化層を含む、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６３】
各反応チャンバーが単一のｃｈｅｍＦＥＴと接触している請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６４】
前記反応チャンバーが約１ピコリットル（ｐＬ）と等しいかまたはそれ未満の容量を有する、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６５】
反応チャンバーが１〜１０μＭの中心間間隔によって分離されている、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６６】
反応チャンバーが約９μｍ、約５μｍ、約２μｍの中心間間隔によって分離されている、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６７】
前記ヌクレオチド三リン酸がＭｇ２＋またはＭｎ２＋中に予め浸漬されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６８】
前記ポリメラーゼがＭｇ２＋またはＭｎ２＋に予め浸漬されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６９】
前記方法が単一の捕獲ビーズを含む反応チャンバー中で行われ、ここに、単一捕獲ビーズの直径に対する反応チャンバー幅の比率が少なくとも０．７、少なくとも０．８、少なくとも０．９である、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７０】
前記ポリメラーゼが溶液中で遊離している、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７１】
前記ポリメラーゼがビーズに固定化されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７２】
前記ポリメラーゼが捕獲ビーズに固定化されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７３】
無機ピロホスフェート（ＰＰｉ）が、ヌクレオチド取込みの検出に先立って有意に加水分解されていない、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７４】
無機ピロホスフェート（ＰＰｉ）が第一の電気パルスを検出するに先立って有意に加水分解されていない、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７５】
前記鋳型核酸が捕獲ビーズに付着されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７６】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが核酸に結合していない不動態化層を含む、請求項１、２、３、５、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７７】
少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含むｃｈｅｍＦＥＴアレイの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触した、または容量的にそれにカップリングされた反応チャンバー中の鋳型核酸にハイブリダイズした配列決定プライマーの３’末端への１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項７８】
標的核酸を断片化して複数の断片化された核酸を生じさせ、
前記複数の断片化された核酸の各々を個々のビーズに付着させて、単一の断片化された核酸に各々が付着された複数のビーズを生じさせ、
各ビーズ上の前記断片化された核酸を増幅し、その結果、各ビーズ上の複数の同一の断片化された核酸がもたらされ、
断片化された核酸に付着された複数のビーズを反応チャンバーのアレイに送達し、各反応チャンバーは化学的に電気化学的な非光学的センサーと検知関係にあり、ここに、唯１つのビーズが各反応チャンバー中に位置しており、
前記複数の反応チャンバー中で配列決定反応を同時に行うことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項７９】
前記センサーがｃｈｅｍＦＥＴである請求項７８記載の方法。
【請求項８０】
標的核酸を断片化して複数の断片化された核酸を生じさせ、前記複数の断片化された核酸の１以上を個々に増幅し、ｃｈｅｍＦＥＴアレイを用いて前記個々に増幅された断片化された核酸を配列決定することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８１】
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイが少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含む請求項７８記載の方法。
【請求項８２】
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイが少なくとも５００のｃｈｅｍＦＥＴを含む請求項７８記載の方法。
【請求項８３】
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイが少なくとも１００,０００のｃｈｅｍＦＥＴを含む請求項７８記載の方法。
【請求項８４】
前記複数の断片化された核酸が、油中水型エマルジョン増幅方法を用いて個々に増幅される請求項７８記載の方法。
【請求項８５】
標的核酸を断片化して複数の断片化された核酸を生じさせ、
前記複数の断片化された核酸の１以上を個々に増幅し、
ｃｈｅｍＦＥＴアレイを用い、約１〜１０μｍの中心間距離を有する複数の反応チャンバー中で前記個々に増幅された断片化された核酸を配列決定することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８６】
前記中心間距離が約９μｍ、約５μｍ、または約２μｍである請求項８５記載の方法。
【請求項８７】
少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含むアレイ中のｃｈｅｍＦＥＴと接触しているか、または容量的にそれにカップリングされた反応チャンバー中で複数の同一の鋳型核酸を配列決定することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８８】
化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触した、または容量的にそれにカップリングされた反応チャンバー中で核酸の３’末端へのヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含み、ここに、取込みは、前記反応チャンバー中での取り込まれていないヌクレオチド三リン酸の前記核酸速度よりも大きい速度で起こることを特徴とする、ヌクレオチド三リン酸の核酸への取込みを検出する方法。
【請求項８９】
前記ｃｈｅｍＦＥＴがｃｈｅｍＦＥＴアレイ中に存在する請求項８８記載の方法、。
【請求項９０】
ゲノムまたはその部分からの断片化された核酸を、反応チャンバーの二次元アレイを含む配列決定装置に送達し、ここに、前記反応チャンバーの各々は少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされており；
前記反応チャンバーの前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルを介して前記反応チャンバーの少なくとも１つにおける配列決定反応を検出することを含む、ゲノムまたはその部分を配列決定する方法。
【請求項９１】
ゲノムまたはその部分からの核酸を、反応チャンバーの二次元アレイに送達し、ここに、前記反応チャンバーの各々は容量的にｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされており；
第一のｄＮＴＰを前記反応チャンバーの各々に実質的に同一の時間に送達し；
前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルから前記ゲノムまたはその部分の配列を決定することを含む、ゲノムまたはその部分を配列決定する方法。
【請求項９２】
送達が、前記第一のｄＮＴＰを実質的に同一時間に前記反応チャンバーの各々に送達することを含む請求項９１記載の方法。
【請求項９３】
疾患を有する複数の対象からの核酸を、反応チャンバーの二次元アレイを含む配列決定装置に送達し、ここに、前記反応チャンバーの各々はｃｈｅｍＦＥＴに容量的にカップリングしており；
前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルから前記核酸の配列を決定し；前記複数の対象からの前記ＤＮＡの間の共通の配列を同定することを含む、疾患に関連する配列を同定する方法。
【請求項９４】
前記疾患が癌、免疫抑制疾患、神経学的疾患、またはウイルス感染である請求項９３記載の方法。
【請求項９５】
活性剤に対して陽性応答を呈した複数の対象からの、および活性剤に対して陰性応答を有する複数の対象からのＤＮＡを、ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む配列決定装置を用いて配列決定し；
陽性応答を呈した前記複数の対象における、あるいは前記他の複数の対象に存在しない陰性応答を呈した前記対象からの共通のＤＮＡ配列を同定することを含む、特定の活性剤に対する陽性応答に関連する配列を同定する方法。
【請求項９６】
前記配列決定装置が、各々がｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む複数の装置を含む請求項９５記載の方法。
【請求項９７】
前記対象がヒトである請求項９３または９５記載の方法。
【請求項９８】
前記ＤＮＡが血液、唾液、ＣＳＦ、皮膚、毛髪、組織、尿、糞、および粘膜からなる群から選択される体液または組織から得られる請求項９３または９５記載の方法。
【請求項９９】
少なくとも１０６、１０７または１０８の塩基対が配列決定装置当たり１時間当たりに配列決定される請求項９５または９６記載の方法。
【請求項１００】
配列決定情報がパーソナルコンピューター、パーソナルデジタルアシスタント、携帯電話、ビデオゲームシステム、またはテレビに提供される請求項９３または９５記載の方法。
【請求項１０１】
前記配列決定がロボティックスを介して行われる請求項９３または９５記載の方法。
【請求項１０２】
個々のモノマーの延長しているポリマーへの取込みの反応時間を測定して、生物学的ポリマーの配列を決定することを含む、生物学的ポリマーを配列決定する方法。
【請求項１０３】
前記生物学的ポリマーが核酸鋳型であって、前記モノマーがヌクレオチドである請求項１０２記載の方法。
【請求項１０４】
前記生物学的ポリマーが、２００〜７００の塩基対を有する核酸鋳型である請求項１０２記載の方法
【請求項１０５】
前記測定がイオンパルスの検出を含む請求項１０２記載の方法。
【請求項１０６】
前記ポリマーが核酸鋳型であって、前記核酸鋳型が前記配列の決定に先立って増幅される請求項１０２記載の方法。
【請求項１０７】
前記測定が電気的変化の検出を含む請求項１０２記載の方法。
【請求項１０８】
前記個々のモノマーが所定のものである請求項１０２記載の方法
【請求項１０９】
前記測定がＰＰｉの放出の検出を含む請求項１０２記載の方法
【請求項１１０】
前記配列決定が時間当たり少なくとも１０６、１０７、または１０８塩基の速度で行われる請求項１０２記載の方法。
【請求項１１１】
少なくとも１００の配列決定反応を同時に行い；標識の使用なくして、および光学的検出の使用無くして配列を決定することを含む、核酸配列を決定する方法。
【請求項１１２】
前記核酸配列が哺乳動物ゲノムである請求項１１１記載の方法。
【請求項１１３】
前記核酸配列がヒトゲノムである請求項１１１記載の方法。
【請求項１１４】
前記決定工程が、１以上の第一のモノマーが伸長している配列に取り込まれるのに要する時間の量を測定することを含む請求項１１１記載の方法。
【請求項１１５】
前記配列決定が約１、５、１０、１５、２０または２４時間内に完了する請求項１１１記載の方法。
【請求項１１６】
配列決定に必要な出発物質が３μｇ未満の核酸である請求項１１１記載の方法。
【請求項１１７】
前記核酸配列が、配列決定に先立って増幅され、所望により、１以上のビーズに結合される請求項１１１記載の方法。
【請求項１１８】
前記配列決定がイオンパルスを検出することを含む請求項１１１記載の方法。
【請求項１１９】
前記配列決定がＰＰｉの放出を検出することを含む請求項１１１記載の方法。
【請求項１２０】
５００μＭ、４００μＭ、または３００μＭまでのイオン強度を有する反応混合物中で配列決定反応を行うことを含むｃｈｅｍＦＥＴを用いて核酸鋳型を配列決定する方法。
【請求項１２１】
反応混合物が、１００μＭ以下のＭｇ２＋またはＭｎ２＋の濃度を有する請求項１２０記載の方法。
【請求項１２２】
前記配列決定反応が、ｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされたポリマー材料、感光性材料またはＳｉＯ２のようなガラス中に形成されたウェルで起こる請求項１２０記載の方法。
【請求項１２３】
含む、生物学的ポリマーを配列決定する方法。
【請求項１２４】
さらに、前記反応チャンバー中でイオンパルスを検出することを含む請求項１２３記載の方法。
【請求項１２５】
前記方向づけが、前記反応チャンバーの下にある基板に対して平行な流動に前記流体を送達することを含む請求項１２３記載の方法。
【請求項１２６】
前記方向づけが、前記流体を前記反応チャンバーの各々を通って拡散させる請求項１２３記載の方法
【請求項１２７】
前記方向づけが、実質的に、第一の反応チャンバーおよび第二の反応チャンバーの流体の混合無くして起こる請求項１２３記載の方法。
【請求項１２８】
層流流体流動系を含むイオンパルスの検出のための装置。
【請求項１２９】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するために用いられる請求項１２８記載の装置。
【請求項１３０】
前記装置が、アレイ上に沈積された複数の核酸鋳型を配列決定するのに用いられる請求項１２８記載の装置。
【請求項１３１】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するために用いられる請求項１２８記載の装置。
【請求項１３２】
フォトリソグラフィーを用い、トランジスタのアレイの頂部上のガラス材料中にウェルを生じさせることを含む、配列決定デバイスの製造方法。
【請求項１３３】
その内多数のＦＥＴがフローティングゲートを含むか、またはフローティングゲートにカップリングされた、複数の電界効果トランジスタ（ＦＥＴ）を含む半導体チップを製造し；
形成性ガスアニールをダイシング工程に先立って前記半導体に適用し；
前記半導体をダイシングし；
形成性ガスアニールを前記ダイシング工程後に前記半導体に適用することを含み；
前記アニーリングが、前記フローティングゲート中のトラップされた電荷を、その存在が、前記ＦＥＴの閾値電圧を、アレイ性能に有意に影響しない公称量を超えて変化しないようなレベルまで低下させるのに十分なように選択されることを特徴とする、
各々がフローティングゲートを有する、またはフローティングゲートにカップリングされたＦＥＴのアレイを製造する方法。
【請求項１３４】
前記半導体チップが少なくとも１００，０００のＦＥＴを含む請求項１３３記載の方法。
【請求項１３５】
前記多数のＦＥＴが化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）である請求項１３３記載の方法。
【請求項１３６】
さらに、誘電性材料層を前記半導体チップ上に蒸着させることを含む請求項１３３記載の方法。
【請求項１３７】
さらに、反応チャンバーのアレイを前記誘電性材料中に形成することを含む請求項１３３記載の方法。
【請求項１３８】
前記誘電性材料がポリマー材料、ガラス、感光性材料またはエッチング可能な薄いフィルム材料である請求項１３６記載の方法。
【請求項１３９】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを製造し；
前記アレイ上に誘電性材料を蒸着し；
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイ上に、前記誘導性材料における反応チャンバーのアレイを形成し；
ダイシング工程前に形成性ガスアニールを前記アレイに適用し；
前記アレイをダイシングし；
前記ダイシング工程後に形成性ガスアニールを適用することを含む、配列決定装置を製造する方法。
【請求項１４０】
生物からの３μｇまでのＤＮＡを前記化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）のアレイまで送達し、前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルに基づいて前記ゲノムの配列を決定することを含む、生物の全ゲノムを配列決定する方法。
【請求項１４１】
核酸鋳型を含む反応混合物に第一のｄＮＴＰモノマーを適用し；
酵素を適用して、使用されていないｄＮＴＰを分解し；
実質的に全ての酵素を除去することを含む、核酸鋳型を配列決定する方法。
【請求項１４２】
前記酵素がさらにＰＰｉを分解する請求項１４１記載の方法。
【請求項１４３】
前記工程の全てがミクロ流体チャンバー中で起こる請求項１４１記載の方法。
【請求項１４４】
前記除去工程が、さらに、いずれの分解したｄＮＴＰも除去する請求項１４１記載の方法。
【請求項１４５】
前記工程の全てが層流中で起こる請求項１４１記載の方法。
【請求項１４６】
前記酵素の全ての除去が、機械的ポンプを用いることなく起こる請求項１４１記載の方法。
【請求項１４７】
第１の試料からの核酸に第一のプライマーをアニールし；
第二の試料からの核酸に第二のプライマーをアニールし；
前記第一および第二のプライマーと共に前記第一および第二の核酸をｃｈｅｍＦＥＴのアレイに適用し；
前記第一および第二の試料からの核酸配列を決定することを含む、複数の試料からの配列を決定する方法。
【請求項１４８】
前記第一の試料が第一の生物からのものであって、前記第二の試料が第二の生物からのものである請求項１４７記載の方法。
【請求項１４９】
前記決定行動が、（ａ）取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示す、第一のパルスおよび第二のパルスの間の時間の差を決定し、（ｂ）配列決定反応から放出されたＰＰｉのレベルを決定し；または（ｃ）配列決定反応の結果としてのｐＨ変化を決定することを含む、請求項１４７記載の方法。
【請求項１５０】
各々がその表面上に、またはその表面に隣接して配置されたＰＰｉ受容体を有する複数のｃｈｅｍＦＥＴセンサーを含む化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）アレイを含み、ここに、前記アレイが少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴセンサーを含む装置。
【請求項１５１】
前記アレイ中の隣接するｃｈｅｍＦＥＴセンサーが約１０μｍ未満の中心間距離によって分離される請求項１５０記載の装置。
【請求項１５２】
前記中心間距離が約９μｍ、約５μｍ、約２μｍ未満である請求項１５１記載の装置。
【請求項１５３】
反応チャンバーの重ねられたアレイを有する化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）アレイを含み、ここに、各反応チャンバーは少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴと接触しており、または容量的にそれにカップリングされている、装置。
【請求項１５４】
前記反応チャンバーの少なくとも９０％がビーズを含む請求項１５３記載の装置。
【請求項１５５】
前記反応チャンバーの少なくとも９５％がビーズを含む請求項１５４記載の装置。
【請求項１５６】
さらに、各反応チャンバーの開いた部分上を横方向に流動した流体を受け取り、前記反応チャンバーのアレイを前記流体に暴露するように構成および配置されたフローセル部材を含む請求項１５３〜１５５いずれか一項に記載の装置。
【請求項１５７】
前記流動が実質的に層流である請求項１５６記載の装置。
【請求項１５８】
各反応チャンバーが、開いた表面エリアにおいて１００、７０、５０、または３０μｍ２以下である請求項１５６記載の装置。
【請求項１５９】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが１以上の半導体チップにおける１以上のアレイに一体化され、前記反応チャンバーのアレイが前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイの少なくとも１つ上に配置され、それと共に一体アセンブリを形成する請求項１５８記載の装置。
【請求項１６０】
前記反応チャンバーアレイが少なくとも１００、１,０００、１０，０００、１００，０００、または１，０００，０００の反応チャンバーを含む請求項１５８記載のシステム。
【請求項１６１】
前記システムが、１、５、１０、１５、２０または２５時間までのうちに全ヒトゲノムを配列決定するように構成された請求項１５８記載のシステム。
【請求項１６２】
その中で配列決定反応が起こり得る少なくとも１００チャンバーのアレイを含む、光学的検出なくして標識されていないポリマーを配列決定するのに適合した配列決定装置。
【請求項１６３】
前記チャンバーがｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされた請求項１６２記載の装置。
【請求項１６４】
前記チャンバーがミクロ流体ウェルを含む請求項１６２記載の装置。
【請求項１６５】
前記装置が時間当たり少なくとも１０６、１０７、または１０８の塩基対を配列決定するのに適合した請求項１６２記載の装置。
【請求項１６６】
層流流体流動系を含むイオンパルスの検出のための装置。
【請求項１６７】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するのに用いられる請求項１６６記載の装置。
【請求項１６８】
前記装置が、アレイ上に沈積された複数の核酸鋳型を配列決定するために用いられる請求項１６６記載の装置。
【請求項１６９】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するのに用いられる請求項１６６記載の装置。
【請求項１７０】
ＰＰｉまたはｄＮＴＰまたは双方とのイオン相互作用に関連するイオンパルスを決定するためのロジックを含む、ポリマー配列決定のためのコンピュータ装置。
【請求項１７１】
前記ロジックが前記イオンパルスの特徴をポリマー配列決定情報に変換する請求項１７０記載のコンピュータ装置。
【請求項１７２】
イオンパルス間の時間に基づいて前記核酸鋳型の配列を決定するためのロジックを含むコンピュータ装置。
【請求項１７３】
さらに、ｃｈｅｍＦＥＴのアレイ上の前記イオンパルスの空間的位置を決定するためのロジックを含む請求項１７２記載のコンピュータ装置。
【請求項１７４】
配列決定反応で利用すべき特定のｄＮＴＰで要する時間の持続に基づいて、核酸鋳型の配列を決定するためのロジックを含むコンピュータ装置。
【請求項１７５】
前記配列決定が実質的にリアルタイムで行われる請求項１７０〜１７４いずれか一項に記載のコンピュータ装置。
【請求項１７６】
前記ロジックが１以上のｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルを受け取る請求項１７０〜１７４いずれか一項に記載のコンピュータ装置。
【請求項１７７】
チップ上で行われるべき反応のタイプ、またはチップ上で行われた反応の数を同定するレシーバーに情報を送達するための１以上のピンをその上に含む生物学的反応を実行するために構成されたエレクトロニクスチップ。
【請求項１７８】
行うべき前記反応のタイプが短ヌクレオチド多形検出、短タンデムリピート検出、または配列決定である請求項１７７記載のチップ。
【請求項１７９】
行うべき前記反応の数が１００、１，０００、１０，０００、１００，０００または１，０００，０００である請求項１７７記載のチップ。
【請求項１８０】
チップを受け取るために適合したチップ受け取りモジュール；
および前記エレクトロニクスチップからの情報を検出するためのレシーバーを含み、ここに、前記情報が、前記生物学的反応のいずれが、前記チップ上で、または前記チップの１以上のパラメータで行われるべきかが選択されるかを決定することを特徴とする、チップ上の１を超える生物学的反応を行うのに適合したシステム。
【請求項１８１】
さらに、前記選択された生物学的反応を行うための１以上の試薬を含む請求項１８０記載のシステム。
【請求項１８２】
反応チャンバーの空間的位置、前記空間的位置に加えられたモノマーのタイプ、複数の前記モノマーを含む試薬と延長ポリマーとの完全な反応に要する時間についての情報をリレーするように構成された少なくとも１つの集積回路を含むポリマー鋳型を配列決定するための装置。
【請求項１８３】
その各々が１以上のｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされた少なくとも１００ミクロ流体ウェルのアレイ。
【請求項１８４】
前記ウェルが誘電性材料中に形成された請求項１８３記載のアレイ。
【請求項１８５】
前記誘電性材料がガラス、ＳｉＯ２、ポリマー材料、感光性材料、イオンエッチング可能な薄いフィルム材料または反応的にイオンエッチング可能な薄いフィルム材料である請求項１８４記載のアレイ。
【請求項１８６】
ウェルのアレイを含み、ここに、各ウェルは前記ウェルにおける活性を検知するためのセンサーに会合し、各ウェルは水平方向の幅および垂直方向の深さを有し、ここに、前記幅は、前記深さと同一であるか、または前記深さより小さいことを特徴とする、核酸配列決定装置。
【請求項１８７】
各センサーが１以上の電界効果トランジスタ（ＦＥＴ）を含む請求項１８６記載の装置。
【請求項１８８】
化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）のアレイを含み、ここに、前記ｃｈｅｍＦＥＴの各々は、１０平方ミクロンまでである前記アレイの面積を占有することを特徴とする装置。
【請求項１８９】
少なくとも２つの電界効果トランジスタを含み、ここに、前記トランジスタの少なくとも１つは、ＰＰｉ受容体にカップリングされたｃｈｅｍＦＥＴであることを特徴とする装置。
【請求項１９０】
誘電性材料に一体化された半導体ウェハー層を含む配列決定デバイス。
【請求項１９１】
前記誘電性材料がガラス、ＳｉＯ２、ポリマー材料、感光性、イオンエッチング可能な薄いフィムルの材料または反応的にイオンエッチング可能な薄いフィルムの材料である請求項１９０記載のデバイス。
【請求項１９２】
誘電性材料がガラスであり、ここに、前記ガラスは前記半導体ウェハーと一体化されている請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９３】
さらに、ポリマー層を含む請求項１９２記載の配列決定デバイス。
【請求項１９４】
前記ポリマー層が射出成形可能な材料である請求項１９３記載の配列決定デバイス。
【請求項１９５】
前記ポリマー層がポリカーボネートである請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９６】
前記ガラスがＳｉＯ２である請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９７】
前記ガラス層が非結晶性である請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９８】
フォトリソグラフィーを用い、トランジスタのアレイの頂部上のガラス材料中にウェルを生じさせることを含む、配列決定デバイスの製造方法。
【請求項１９９】
その存在が当該デバイスにおけるアレイ中のトランジスタの閾値電圧を公称量を超えて変化しない点までプロセス誘導のトラップされた電荷を制限するように製造され、かつ組み立てられた、少なくとも１つの誘電性層およびフローティングゲートを有する半導体デバイス。
【請求項２００】
前記フローティングゲートおよび誘電性層がゼロまたは実質的にゼロのトラップされた電荷を有する請求項１９９記載の半導体デバイス。
【請求項２０１】
前記フローティングゲートが４５μｍ２よりも大きな表面積を有する請求項１９９記載の半導体デバイス。
【請求項２０２】
その内多数のＦＥＴがフローティングゲートを含むか、またはフローティングゲートにカップリングされた、複数の電界効果トランジスタ（ＦＥＴ）を含む半導体チップを製造し；
形成性ガスアニールをダイシング工程に先立って前記半導体に適用し；
前記半導体をダイシングし；
形成性ガスアニールを前記ダイシング工程後に前記半導体に適用することを含み；
前記アニーリングが、前記フローティングゲート中のトラップされた電荷を、その存在が、前記ＦＥＴの閾値電圧を、アレイ性能に有意に影響しない公称量を超えて変化しないようなレベルまで低下させるのに十分なように選択されることを特徴とする、
各々がフローティングゲートを有する、またはフローティングゲートにカップリングされたＦＥＴのアレイを製造する方法。
【請求項２０３】
前記半導体チップが少なくとも１００，０００ＦＥＴを含む請求項２０２記載の方法。
【請求項２０４】
前記複数のＦＥＴが化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）である請求項２０２期些細の方法。
【請求項２０５】
さらに、誘電性材料層を前記半導体チップ上に蒸着させることを含む請求項２０２記載の方法。
【請求項２０６】
さらに、前記誘電性材料中に反応チャンバーのアレイを形成することを含む請求項２０２記載の方法。
【請求項２０７】
前記誘電性材料がポリマー材料、ガラス、感光性材料またはエッチング可能な薄いフィルム材料である請求項２０６記載の方法。
【請求項２０８】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを製造し；
前記アレイ上に誘電性材料を蒸着し；
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイ上に、前記誘導性材料における反応チャンバーのアレイを形成し；
ダイシング工程前に形成性ガスアニールを前記アレイに適用し；
前記アレイをダイシングし；
前記ダイシング工程後に形成性ガスアニールを適用することを含む、配列決定装置を製造する方法。
【請求項２０９】
流体がミクロ流体反応チャンバーの全てに同時または実質的に同時に到達するように、流体を、少なくとも１００Ｋ、５００Ｋ、または１Ｍミクロ流体反応チャンバーのアレイまで流動するように方向づけるための１以上の開口を含む部材を含む流体アセンブリ。
【請求項２１０】
前記流体アセンブリが流体層流のために構成された請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１１】
前記流体流動が、前記反応チャンバーを支持する基板に対して平行である請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１２】
前記アセンブリが１０００、５００、２００、１００、５０、２０、または１０までのレイノルズ数を有する請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１３】
前記部材が、流体を前記センサーアレイから離れるよう方向づけるための第二の開口を含む請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１４】
前記部材が、前記流体を、前記ミクロ反応チャンバーの各々まで実質的に同一時間内に送達するように構成された請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１５】
前記反応チャンバーの各々が容量的にｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされた請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１６】
さらに、前記流体を移動させるための非移動圧力供給を含む請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１７】
その各々が入口ポートおよび出口ポートを有する蓋にカップリングされたウェルのアレイ、および前記入口および出口ポートからの流体を送達し、および除去するための流体送達システムを含むアセンブリ。
【請求項２１８】
さらに、前記流体を移動させるための非移動圧力供給を含む請求項２１７記載のアセンブリ。
【請求項２１９】
オプティックスまたは標識の使用無くしてゲノムからの３μｇまでのＤＮＡを用いて完全なヒトゲノムを配列決定するのに適合したデバイス。
【請求項２２０】
前記デバイスがｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む請求項２１９記載のデバイス。
【請求項２２１】
前記デバイスがミクロ流体反応チャンバーのアレイを含む請求項２１９記載のデバイス。
【請求項２２２】
前記デバイスが誘電性材料にカップリングされた半導体材料を含み、前記デバイスは前記半導体材料中に形成されたｃｈｅｍＦＥＴのアレイ、および前記誘電性材料中に形成された反応チャンバーの対応するアレイを含む請求項２１９記載のデバイス。
【請求項２２３】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む半導体製品と一体的に組み立てられたミクロ流体反応チャンバーのアレイを含む装置。
【請求項２２４】
前記アレイが少なくとも１００，０００チャンバーを含む請求項２２３記載の装置。
【請求項２２５】
前記半導体材料がｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む請求項２２３記載の装置。
【請求項２２６】
さらに、前記ガラス反応チャンバーの頂部にカップリングされたポリマー層を含む請求項２２３記載の装置。
【請求項２２７】
各チャンバーが水平方向の幅またはスパンおよび垂直方向深さを有し、かつ１：１以下の縦横比を有する請求項２２３記載の装置。
【請求項２２８】
前記ガラス反応チャンバー間の前記ピッチが１０ミクロンまでである請求項２２３記載の装置。
【請求項２２９】
請求項２２３記載の装置、および１以上の増幅試薬を含むキット。
【請求項２３０】
ｃｈｅｍＦＥＴに重ねられた誘電性層を含み、前記誘電性層は前記ｃｈｅｍＦＥＴの上に横方向に中心がある窪みを有することを特徴とする配列決定装置。
【請求項２３１】
さらに、前記誘電性層に重ねられたポリマー材料層を含む請求項２３０記載の配列決定装置。
【請求項２３２】
前記誘電性層が二酸化ケイ素で形成された請求項２３０記載の配列決定装置。
【請求項２３３】
コンパクトな計算デバイス上に生物の完全なゲノムを表示するためのコンピュータ実行可能なロジック。
【請求項２３４】
ｃｈｅｍＦＥＴアレイからのデータをコンパクトな計算デバイスで送るのに適合したコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３５】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイからのイオンパルスを処理して、注目するポリマーの前記配列を決定するためのコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３６】
前記配列が実質的にリアルタイムに表示される請求項２３５記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３７】
さらに、ファイルの管理、ファイルの記憶、および可視化のためのロジックを含む請求項２３５記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３８】
さらに、前記イオンパルスをヌクレオチド配列に変換するためのロジックを含む請求項２３５記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３９】
さらに、コンパクトな計算デバイスに前記ヌクレオチド配列を送達するためのロジックを含む請求項２３８記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２４０】
複数の少なくとも１００の反応チャンバーであって、ここに、複数の反応チャンバーの各々は少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触するか、または容量的にそれにカップリングされている反応チャンバー、および
前記ｃｈｅｍＦＥＴ中で検知されるｐＨ変化を決定するのに適合されたリーダーを含む装置。
【請求項２４１】
複数の反応チャンバーであって、ここに、複数の反応チャンバーの各々は少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしている反応チャンバー、および
拡散制限条件下で、１以上の試薬を前記複数の反応チャンバーに送達するための流体送達モジュールを含むシステム。
【請求項２４２】
前記流体送達モジュールが、流体を、前記ｃｈｅｍＦＥＴの不動態化層の表面に対して平行に送達する請求項２４１記載のシステム。
【請求項２４３】
複数の反応チャンバーであって、ここに、複数の反応チャンバーの各々は少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしている反応チャンバー、および
時間ｔ０における第一のパルスおよび時間ｔ１における第二のパルスの間の時間の差を決定するのに適合したリーダーであって、ここに、前記差は、前記反応チャンバー中での反応において取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示すリーダーを含むシステム。
【請求項２４４】
第１の試料からの核酸に第一のプライマーをアニールし；
第二の試料からの核酸に第二のプライマーをアニールし；
前記第一および第二のプライマーと共に前記第一および第二の核酸をｃｈｅｍＦＥＴのアレイに適用し；
前記第一および第二の試料からの核酸配列を決定することを含む、複数の試料からの配列を決定する方法。
【請求項２４５】
前記第一の試料が第一の生物からのものであって、前記第二の試料が第二の生物からのものである請求項２４４記載の方法。
【請求項２４６】
前記決定行動が、（ａ）取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示す、第一のパルスおよび第二のパルスの間の時間の差を決定し、（ｂ）配列決定反応から放出されたＰＰｉのレベルを決定し；または（ｃ）配列決定反応の結果としてのｐＨ変化を決定することを含む、請求項２４５記載の方法。
【請求項１】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または、容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記反応チャンバー中の認識可能なｐＨ変化が無い、前記少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおける電気的パラメータの変化によって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２】
複数の鋳型核酸を反応チャンバー中に配置し、ここに、前記複数の鋳型核酸は単一のビーズに付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、および前記反応チャンバー中は化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているかまたは容量的にそれにカップリングしており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記ｃｈｅｍＦＥＴにおける第一および第二の電気パルスの検出によって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項３】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または、容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
放出された無機ピロホスフェートおよび取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出することによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
放出された無機ピロホスフェートを非酵素的に検出することによって前記既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出すること
【請求項４】
前記検出工程が前記反応チャンバー中の認識可能なｐＨ変化の不存在下で起こる請求項３記載の方法。
【請求項５】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または、容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
放出された無機ピロホスフェートおよび取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出することによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項６】
放出された無機ピロホスフェートがｔ０において検出され、取り込まれていないヌクレオチド三リン酸が異なる時間、時間ｔ１において検出され、さらに、時間差ｔ１−ｔ０から、取り込まれた既知のヌクレオチド三リン酸の数を決定することを含む、請求項５記載の方法。
【請求項７】
鋳型核酸を配列決定プライマーおよびポリメラーゼと、鋳型／プライマーハイブリッドを形成するために前記鋳型核酸を前記配列決定プライマーに結合させ、および前記ポリメラーゼを前記鋳型／プライマーハイブリッドに結合させるのに十分な時間および条件で接触させ、
ヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
放出された無機ピロホスフェートおよび取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出することによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出すること
を含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８】
さらに、時間ｔ０において放出された無機ピロホスフェートを検出し、時間ｔ１において取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を検出し、時間差ｔ１−ｔ０から、取り込まれていない既知のヌクレオチド三リン酸の数を決定することを含む、請求項７記載の方法。
【請求項９】
鋳型核酸を配列決定プライマーおよびポリメラーゼと、鋳型／プライマーハイブリッドを形成するために前記鋳型核酸を前記配列決定プライマーに結合させ、および前記ポリメラーゼを前記鋳型／プライマーハイブリッドに結合させるのに十分な時間および条件で接触させ、
低イオン強度環境において、１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
ｃｈｅｍＦＥＴでの１以上の対応するイオンパルスの検出により、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取り込みを検出することことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項１０】
前記低イオン強度環境が１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
前記低イオン強度環境が０．５ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
前記低イオン強度環境が１００μＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む、請求項９記載の方法。
【請求項１３】
ｃｈｅｍＦＥＴと接触しているかまたは容量的にそれにカップリングされた溶液中でヌクレオチド三リン酸、鋳型／プライマーハイブリッドおよびポリメラーゼを合わせ、前記ｃｈｅｍＦＥＴにおける電気パルスを検出することを含み、ここに、第一および第二のパルスの検出が、ヌクレオチド三リン酸の取り込みを示し、およびここに、第二のパルスではなく、第一のパルスの検出はヌクレオチド三リン酸の取り込みの欠如を示すことを特徴とする、ヌクレオチド三リン酸の新しく合成された核酸への取り込みを決定する方法。
【請求項１４】
ｃｈｅｍＦＥＴと接触しているかまたは容量的にそれにカップリングされた溶液中でヌクレオチド三リン酸、鋳型／プライマーハイブリッドおよびポリメラーゼを合わせ、
前記ｃｈｅｍＦＥＴの不動態化層における結合事象とは独立した前記ｃｈｅｍＦＥＴにおいて電気パルス／ピークを検出することを含み、
ここに、第一および第二のパルスの検出が、ヌクレオチド三リン酸の取り込みを示し、およびここに、第二のパルスではなく、第一のパルスの検出はヌクレオチド三リン酸の取り込みの欠如を示すことを特徴とする、ヌクレオチド三リン酸の新しく合成された核酸への取り込みを決定する方法。
【請求項１５】
ｃｈｅｍＦＥＴと接触しているかまたは容量的にそれにカップリングされた溶液中でヌクレオチド三リン酸、鋳型／プライマーハイブリッドおよびポリメラーゼを合わせ、
前記ｃｈｅｍＦＥＴの前記不動態化層における結合事象から独立した前記ｃｈｅｍＦＥＴにおいて電気パルス／ピークを検出することを含み、
ここに、第一および第二のパルスの検出は、少なくとも１つのヌクレオチド三リン酸の取り込みを示す、
ヌクレオチド三リン酸の新しく合成された核酸への取り込みを決定する方法。
【請求項１６】
前記第一のパルスが時間ｔ０で起こり、および前記第二のパルスが時間ｔ１で起こり、およびｔ１−ｔ０は取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示す、請求項１３、１４または１５記載の方法。
【請求項１７】
前記ヌクレオチド三リン酸が既知である請求項１３、１４または１５記載の方法。
【請求項１８】
前記ヌクレオチド三リン酸が複数の同一のヌクレオチド三リン酸であり、前記鋳型／プライマーハイブリッドが複数の鋳型／プライマーハイブリッドであり、および前記ポリメラーゼが複数のポリメラーゼである、請求項１３、１４または１５記載の方法。
【請求項１９】
複数の鋳型核酸を複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、前記複数の反応チャンバーの各々はｃｈｅｍＦＥＴのアレイ中の化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしており、反応チャンバー当たり少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴを残し、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
高さｈ０を有する時間ｔ０において第一のパルス、および高さｈ１を有する時間ｔ１において第二のパルスを前記少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて検出することにより、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出し、ここに、ｈ０およびｈ１は、各々、ベースラインを超える少なくとも約５ｍＶであって、ｔ１−ｔ０は１０〜５０ミリ秒であることを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２０】
複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、およびここに、前記複数の反応チャンバーの各々は、各反応チャンバーのための少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴを含むｃｈｅｍＦＥＴのアレイ中の化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しおり、または容量的にそれにカップリングしており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記アレイ内の少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二の電圧パルスを検出することによって前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出し、
ここに前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイは少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含むことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２１】
複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合し、およびここに、前記複数の反応チャンバーの各々は、各反応チャンバーのための少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴを含むアレイ中の化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしており、
複数の既知の同一のヌクレオチド三リン酸を各反応チャンバーに導入することによって新しい核酸ストランドの合成を開始し、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記アレイ内の少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二のパルスを検出することによって前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２２】
各反応チャンバーが、複数の既知の三リン酸を各反応チャンバーに導入することに先立ってアデノシン三リン酸を含む、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
（ａ）複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、および各反応チャンバーは少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしており、
（ｂ）複数の既知の同一のヌクレオチド三リン酸を各反応チャンバーに導入し、
（ｃ）もし前記鋳型核酸における対応するヌクレオチドに相補的であれば、１以上のヌクレオチド三リン酸の前記配列決定プライマーの３’末端において順次の取込みを検出し、
（ｄ）前記反応チャンバーからの取り込まれていないヌクレオチド三リン酸を洗浄し、
（ｅ）異なる複数の既知のヌクレオチド三リン酸を用いて前記同一反応チャンバーにおいて工程（ｂ）〜（ｄ）を反復することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２４】
１以上のヌクレオチド三リン酸の前記順次の取込みが前記ｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二のパルスによって検出される、請求項第２３記載の方法。
【請求項２５】
（ｅ）が、各々異なる複数の既知のヌクレオチド三リン酸を各反応チャンバーに別々に導入することによって工程（ｂ）〜（ｄ）を反復することを含む、請求項２３または２４記載の方法。
【請求項２６】
複数のビーズを複数の反応チャンバー中に配置し、ここに、各反応チャンバーは単一のビーズを含み、各ビーズは複数の同一の鋳型核酸に付着しており、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズしており、ポリメラーゼに結合しており、およびここに、前記複数の反応チャンバーの各々は、ｃｈｅｍＦＥＴアレイ中の少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しており、または容量的にそれにカップリングしており、
二価カチオンを各反応チャンバーに導入することによって、新しい核酸ストランドの合成を開始し、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込むことによって新しい核酸ストランドを合成し、
前記アレイ内の少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにおいて第一および第二の電気パルスを検出することによって前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項２７】
前記二価カチオンがＭｇ２＋またはＭｎ２＋である請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
前記二価カチオンが１ｍＭ未満の濃度におけるものである請求項２６または２７記載の方法。
【請求項２９】
前記二価カチオンが１００μＭ未満の濃度におけるものである請求項２６または２７記載の方法。
【請求項３０】
前記二価カチオンが約５０μＭの濃度におけるものである請求項２６または２７記載の方法。
【請求項３１】
複数の同一の鋳型核酸を反応チャンバー中に配置し、ここに、前記反応チャンバーは化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているかまたは容量的にそれにカップリングしており、およびここに、前記鋳型核酸の各々は配列決定プライマーにハイブリダイズし、ポリメラーゼに結合しており、
１以上の既知のヌクレオチド三リン酸を、順次、前記配列決定プライマーの３’末端に取り込み、
前記ｃｈｅｍＦＥＴにおける電気パルスによって、前記１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出し、
ここに１０〜１０００ヌクレオチド三リン酸の取込みが検出されることを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項３２】
２５０〜７５０のヌクレオチド三リン酸の取込みが検出される、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項３３】
前記反応チャンバーが複数のパッキングビーズを含む、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項３４】
前記検出工程が複数のパッキングビーズの存在下で起こる、請求項７、９、１３、１４または１５記載の方法。
【請求項３５】
前記反応チャンバーが可溶性非核酸ポリマーを含む、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項３６】
前記可溶性非核酸ポリマーがポリエチレングリコールである請求項３５記載の方法。
【請求項３７】
前記検出工程が可溶性非核酸ポリマーの存在下で起こる、請求項７、８、１３、１４または１５記載の方法。
【請求項３８】
前記可溶性非核酸ポリマーがポリエチレングリコールである請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
前記単一ビーズがポリエチレングリコールに付着している、請求項２、２０、２１、２３または２６記載の方法。
【請求項４０】
前記ポリエチレングリコールがビオチニル化ポリエチレングリコールである請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
前記方法が約７〜９のｐＨで行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４２】
前記方法が約８．５〜９．５のｐＨで行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４３】
前記方法が約９のｐＨで行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４４】
前記合成および／または検出工程が弱い緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４５】
前記弱い緩衝液が、緩衝剤としてのＴｒｉｓ−ＨＣｌ、ホウ酸、ホウ酸塩緩衝液、モルホリン、酢酸塩、クエン酸、炭酸またはリン酸を含む請求項４４記載の方法。
【請求項４６】
前記合成および／または検出工程が１ｍＭ未満のＴｒｉｓ−ＨＣｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４７】
前記合成および／または検出工程が、約１ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．９ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．８ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．７ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．６ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．５ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．４ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、約０．３ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液、または約０．２ｍＭのＴｒｉｓ−Ｈｃｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４８】
前記合成および／または検出工程が約０．５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項４９】
前記検出工程が検出可能なｐＨ変化の不存在下で起こる、請求項２、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５０】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが比較的ｐＨ非感受性である、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５１】
前記合成および／または検出工程が約０．５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌまたはホウ酸塩緩衝液中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５２】
前記合成および／または検出工程が低イオン強度環境で行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５３】
前記合成および／または検出工程が、１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５４】
前記合成および／または検出工程が、１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項０.５、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５５】
前記合成および／または検出工程が、１００μＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５６】
前記合成および／または検出工程が、１ｍＭ未満のＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境で行われる、請求項０.５、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５７】
前記合成および／または検出工程が約１００μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約７５μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約５０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約４０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約３０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、約２０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２、または約１０μＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＣｌ２を含む低イオン強度環境において行われる、請求項１、２、３、５、７、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５８】
前記合成および／または検出工程が約０．５ｍＭ ＴＲＩＳおよび約５０μＭ ＭｇＣｌ２中で行われる、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項５９】
前記ヌクレオチド三リン酸がブロックされていない、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６０】
前記ヌクレオチド三リン酸がデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）である、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６１】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが窒化ケイ素不動態化層を含む、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６２】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが無機ピロホスフェート（ＰＰｉ）受容体に付着した不動態化層を含む、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６３】
各反応チャンバーが単一のｃｈｅｍＦＥＴと接触している請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６４】
前記反応チャンバーが約１ピコリットル（ｐＬ）と等しいかまたはそれ未満の容量を有する、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６５】
反応チャンバーが１〜１０μＭの中心間間隔によって分離されている、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６６】
反応チャンバーが約９μｍ、約５μｍ、約２μｍの中心間間隔によって分離されている、請求項１、２、３、５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６７】
前記ヌクレオチド三リン酸がＭｇ２＋またはＭｎ２＋中に予め浸漬されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６８】
前記ポリメラーゼがＭｇ２＋またはＭｎ２＋に予め浸漬されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項６９】
前記方法が単一の捕獲ビーズを含む反応チャンバー中で行われ、ここに、単一捕獲ビーズの直径に対する反応チャンバー幅の比率が少なくとも０．７、少なくとも０．８、少なくとも０．９である、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７０】
前記ポリメラーゼが溶液中で遊離している、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７１】
前記ポリメラーゼがビーズに固定化されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７２】
前記ポリメラーゼが捕獲ビーズに固定化されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７３】
無機ピロホスフェート（ＰＰｉ）が、ヌクレオチド取込みの検出に先立って有意に加水分解されていない、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７４】
無機ピロホスフェート（ＰＰｉ）が第一の電気パルスを検出するに先立って有意に加水分解されていない、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７５】
前記鋳型核酸が捕獲ビーズに付着されている、請求項１、２、３、５、７、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７６】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが核酸に結合していない不動態化層を含む、請求項１、２、３、５、９、１３、１４、１５、１９、２０、２１、２３、２６または３１記載の方法。
【請求項７７】
少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含むｃｈｅｍＦＥＴアレイの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触した、または容量的にそれにカップリングされた反応チャンバー中の鋳型核酸にハイブリダイズした配列決定プライマーの３’末端への１以上の既知のヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項７８】
標的核酸を断片化して複数の断片化された核酸を生じさせ、
前記複数の断片化された核酸の各々を個々のビーズに付着させて、単一の断片化された核酸に各々が付着された複数のビーズを生じさせ、
各ビーズ上の前記断片化された核酸を増幅し、その結果、各ビーズ上の複数の同一の断片化された核酸がもたらされ、
断片化された核酸に付着された複数のビーズを反応チャンバーのアレイに送達し、各反応チャンバーは化学的に電気化学的な非光学的センサーと検知関係にあり、ここに、唯１つのビーズが各反応チャンバー中に位置しており、
前記複数の反応チャンバー中で配列決定反応を同時に行うことを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項７９】
前記センサーがｃｈｅｍＦＥＴである請求項７８記載の方法。
【請求項８０】
標的核酸を断片化して複数の断片化された核酸を生じさせ、前記複数の断片化された核酸の１以上を個々に増幅し、ｃｈｅｍＦＥＴアレイを用いて前記個々に増幅された断片化された核酸を配列決定することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８１】
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイが少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含む請求項７８記載の方法。
【請求項８２】
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイが少なくとも５００のｃｈｅｍＦＥＴを含む請求項７８記載の方法。
【請求項８３】
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイが少なくとも１００,０００のｃｈｅｍＦＥＴを含む請求項７８記載の方法。
【請求項８４】
前記複数の断片化された核酸が、油中水型エマルジョン増幅方法を用いて個々に増幅される請求項７８記載の方法。
【請求項８５】
標的核酸を断片化して複数の断片化された核酸を生じさせ、
前記複数の断片化された核酸の１以上を個々に増幅し、
ｃｈｅｍＦＥＴアレイを用い、約１〜１０μｍの中心間距離を有する複数の反応チャンバー中で前記個々に増幅された断片化された核酸を配列決定することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８６】
前記中心間距離が約９μｍ、約５μｍ、または約２μｍである請求項８５記載の方法。
【請求項８７】
少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴを含むアレイ中のｃｈｅｍＦＥＴと接触しているか、または容量的にそれにカップリングされた反応チャンバー中で複数の同一の鋳型核酸を配列決定することを含む、核酸を配列決定する方法。
【請求項８８】
化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触した、または容量的にそれにカップリングされた反応チャンバー中で核酸の３’末端へのヌクレオチド三リン酸の取込みを検出することを含み、ここに、取込みは、前記反応チャンバー中での取り込まれていないヌクレオチド三リン酸の前記核酸速度よりも大きい速度で起こることを特徴とする、ヌクレオチド三リン酸の核酸への取込みを検出する方法。
【請求項８９】
前記ｃｈｅｍＦＥＴがｃｈｅｍＦＥＴアレイ中に存在する請求項８８記載の方法、。
【請求項９０】
ゲノムまたはその部分からの断片化された核酸を、反応チャンバーの二次元アレイを含む配列決定装置に送達し、ここに、前記反応チャンバーの各々は少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされており；
前記反応チャンバーの前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルを介して前記反応チャンバーの少なくとも１つにおける配列決定反応を検出することを含む、ゲノムまたはその部分を配列決定する方法。
【請求項９１】
ゲノムまたはその部分からの核酸を、反応チャンバーの二次元アレイに送達し、ここに、前記反応チャンバーの各々は容量的にｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされており；
第一のｄＮＴＰを前記反応チャンバーの各々に実質的に同一の時間に送達し；
前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルから前記ゲノムまたはその部分の配列を決定することを含む、ゲノムまたはその部分を配列決定する方法。
【請求項９２】
送達が、前記第一のｄＮＴＰを実質的に同一時間に前記反応チャンバーの各々に送達することを含む請求項９１記載の方法。
【請求項９３】
疾患を有する複数の対象からの核酸を、反応チャンバーの二次元アレイを含む配列決定装置に送達し、ここに、前記反応チャンバーの各々はｃｈｅｍＦＥＴに容量的にカップリングしており；
前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルから前記核酸の配列を決定し；前記複数の対象からの前記ＤＮＡの間の共通の配列を同定することを含む、疾患に関連する配列を同定する方法。
【請求項９４】
前記疾患が癌、免疫抑制疾患、神経学的疾患、またはウイルス感染である請求項９３記載の方法。
【請求項９５】
活性剤に対して陽性応答を呈した複数の対象からの、および活性剤に対して陰性応答を有する複数の対象からのＤＮＡを、ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む配列決定装置を用いて配列決定し；
陽性応答を呈した前記複数の対象における、あるいは前記他の複数の対象に存在しない陰性応答を呈した前記対象からの共通のＤＮＡ配列を同定することを含む、特定の活性剤に対する陽性応答に関連する配列を同定する方法。
【請求項９６】
前記配列決定装置が、各々がｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む複数の装置を含む請求項９５記載の方法。
【請求項９７】
前記対象がヒトである請求項９３または９５記載の方法。
【請求項９８】
前記ＤＮＡが血液、唾液、ＣＳＦ、皮膚、毛髪、組織、尿、糞、および粘膜からなる群から選択される体液または組織から得られる請求項９３または９５記載の方法。
【請求項９９】
少なくとも１０６、１０７または１０８の塩基対が配列決定装置当たり１時間当たりに配列決定される請求項９５または９６記載の方法。
【請求項１００】
配列決定情報がパーソナルコンピューター、パーソナルデジタルアシスタント、携帯電話、ビデオゲームシステム、またはテレビに提供される請求項９３または９５記載の方法。
【請求項１０１】
前記配列決定がロボティックスを介して行われる請求項９３または９５記載の方法。
【請求項１０２】
個々のモノマーの延長しているポリマーへの取込みの反応時間を測定して、生物学的ポリマーの配列を決定することを含む、生物学的ポリマーを配列決定する方法。
【請求項１０３】
前記生物学的ポリマーが核酸鋳型であって、前記モノマーがヌクレオチドである請求項１０２記載の方法。
【請求項１０４】
前記生物学的ポリマーが、２００〜７００の塩基対を有する核酸鋳型である請求項１０２記載の方法
【請求項１０５】
前記測定がイオンパルスの検出を含む請求項１０２記載の方法。
【請求項１０６】
前記ポリマーが核酸鋳型であって、前記核酸鋳型が前記配列の決定に先立って増幅される請求項１０２記載の方法。
【請求項１０７】
前記測定が電気的変化の検出を含む請求項１０２記載の方法。
【請求項１０８】
前記個々のモノマーが所定のものである請求項１０２記載の方法
【請求項１０９】
前記測定がＰＰｉの放出の検出を含む請求項１０２記載の方法
【請求項１１０】
前記配列決定が時間当たり少なくとも１０６、１０７、または１０８塩基の速度で行われる請求項１０２記載の方法。
【請求項１１１】
少なくとも１００の配列決定反応を同時に行い；標識の使用なくして、および光学的検出の使用無くして配列を決定することを含む、核酸配列を決定する方法。
【請求項１１２】
前記核酸配列が哺乳動物ゲノムである請求項１１１記載の方法。
【請求項１１３】
前記核酸配列がヒトゲノムである請求項１１１記載の方法。
【請求項１１４】
前記決定工程が、１以上の第一のモノマーが伸長している配列に取り込まれるのに要する時間の量を測定することを含む請求項１１１記載の方法。
【請求項１１５】
前記配列決定が約１、５、１０、１５、２０または２４時間内に完了する請求項１１１記載の方法。
【請求項１１６】
配列決定に必要な出発物質が３μｇ未満の核酸である請求項１１１記載の方法。
【請求項１１７】
前記核酸配列が、配列決定に先立って増幅され、所望により、１以上のビーズに結合される請求項１１１記載の方法。
【請求項１１８】
前記配列決定がイオンパルスを検出することを含む請求項１１１記載の方法。
【請求項１１９】
前記配列決定がＰＰｉの放出を検出することを含む請求項１１１記載の方法。
【請求項１２０】
５００μＭ、４００μＭ、または３００μＭまでのイオン強度を有する反応混合物中で配列決定反応を行うことを含むｃｈｅｍＦＥＴを用いて核酸鋳型を配列決定する方法。
【請求項１２１】
反応混合物が、１００μＭ以下のＭｇ２＋またはＭｎ２＋の濃度を有する請求項１２０記載の方法。
【請求項１２２】
前記配列決定反応が、ｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされたポリマー材料、感光性材料またはＳｉＯ２のようなガラス中に形成されたウェルで起こる請求項１２０記載の方法。
【請求項１２３】
含む、生物学的ポリマーを配列決定する方法。
【請求項１２４】
さらに、前記反応チャンバー中でイオンパルスを検出することを含む請求項１２３記載の方法。
【請求項１２５】
前記方向づけが、前記反応チャンバーの下にある基板に対して平行な流動に前記流体を送達することを含む請求項１２３記載の方法。
【請求項１２６】
前記方向づけが、前記流体を前記反応チャンバーの各々を通って拡散させる請求項１２３記載の方法
【請求項１２７】
前記方向づけが、実質的に、第一の反応チャンバーおよび第二の反応チャンバーの流体の混合無くして起こる請求項１２３記載の方法。
【請求項１２８】
層流流体流動系を含むイオンパルスの検出のための装置。
【請求項１２９】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するために用いられる請求項１２８記載の装置。
【請求項１３０】
前記装置が、アレイ上に沈積された複数の核酸鋳型を配列決定するのに用いられる請求項１２８記載の装置。
【請求項１３１】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するために用いられる請求項１２８記載の装置。
【請求項１３２】
フォトリソグラフィーを用い、トランジスタのアレイの頂部上のガラス材料中にウェルを生じさせることを含む、配列決定デバイスの製造方法。
【請求項１３３】
その内多数のＦＥＴがフローティングゲートを含むか、またはフローティングゲートにカップリングされた、複数の電界効果トランジスタ（ＦＥＴ）を含む半導体チップを製造し；
形成性ガスアニールをダイシング工程に先立って前記半導体に適用し；
前記半導体をダイシングし；
形成性ガスアニールを前記ダイシング工程後に前記半導体に適用することを含み；
前記アニーリングが、前記フローティングゲート中のトラップされた電荷を、その存在が、前記ＦＥＴの閾値電圧を、アレイ性能に有意に影響しない公称量を超えて変化しないようなレベルまで低下させるのに十分なように選択されることを特徴とする、
各々がフローティングゲートを有する、またはフローティングゲートにカップリングされたＦＥＴのアレイを製造する方法。
【請求項１３４】
前記半導体チップが少なくとも１００，０００のＦＥＴを含む請求項１３３記載の方法。
【請求項１３５】
前記多数のＦＥＴが化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）である請求項１３３記載の方法。
【請求項１３６】
さらに、誘電性材料層を前記半導体チップ上に蒸着させることを含む請求項１３３記載の方法。
【請求項１３７】
さらに、反応チャンバーのアレイを前記誘電性材料中に形成することを含む請求項１３３記載の方法。
【請求項１３８】
前記誘電性材料がポリマー材料、ガラス、感光性材料またはエッチング可能な薄いフィルム材料である請求項１３６記載の方法。
【請求項１３９】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを製造し；
前記アレイ上に誘電性材料を蒸着し；
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイ上に、前記誘導性材料における反応チャンバーのアレイを形成し；
ダイシング工程前に形成性ガスアニールを前記アレイに適用し；
前記アレイをダイシングし；
前記ダイシング工程後に形成性ガスアニールを適用することを含む、配列決定装置を製造する方法。
【請求項１４０】
生物からの３μｇまでのＤＮＡを前記化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）のアレイまで送達し、前記ｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルに基づいて前記ゲノムの配列を決定することを含む、生物の全ゲノムを配列決定する方法。
【請求項１４１】
核酸鋳型を含む反応混合物に第一のｄＮＴＰモノマーを適用し；
酵素を適用して、使用されていないｄＮＴＰを分解し；
実質的に全ての酵素を除去することを含む、核酸鋳型を配列決定する方法。
【請求項１４２】
前記酵素がさらにＰＰｉを分解する請求項１４１記載の方法。
【請求項１４３】
前記工程の全てがミクロ流体チャンバー中で起こる請求項１４１記載の方法。
【請求項１４４】
前記除去工程が、さらに、いずれの分解したｄＮＴＰも除去する請求項１４１記載の方法。
【請求項１４５】
前記工程の全てが層流中で起こる請求項１４１記載の方法。
【請求項１４６】
前記酵素の全ての除去が、機械的ポンプを用いることなく起こる請求項１４１記載の方法。
【請求項１４７】
第１の試料からの核酸に第一のプライマーをアニールし；
第二の試料からの核酸に第二のプライマーをアニールし；
前記第一および第二のプライマーと共に前記第一および第二の核酸をｃｈｅｍＦＥＴのアレイに適用し；
前記第一および第二の試料からの核酸配列を決定することを含む、複数の試料からの配列を決定する方法。
【請求項１４８】
前記第一の試料が第一の生物からのものであって、前記第二の試料が第二の生物からのものである請求項１４７記載の方法。
【請求項１４９】
前記決定行動が、（ａ）取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示す、第一のパルスおよび第二のパルスの間の時間の差を決定し、（ｂ）配列決定反応から放出されたＰＰｉのレベルを決定し；または（ｃ）配列決定反応の結果としてのｐＨ変化を決定することを含む、請求項１４７記載の方法。
【請求項１５０】
各々がその表面上に、またはその表面に隣接して配置されたＰＰｉ受容体を有する複数のｃｈｅｍＦＥＴセンサーを含む化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）アレイを含み、ここに、前記アレイが少なくとも３つのｃｈｅｍＦＥＴセンサーを含む装置。
【請求項１５１】
前記アレイ中の隣接するｃｈｅｍＦＥＴセンサーが約１０μｍ未満の中心間距離によって分離される請求項１５０記載の装置。
【請求項１５２】
前記中心間距離が約９μｍ、約５μｍ、約２μｍ未満である請求項１５１記載の装置。
【請求項１５３】
反応チャンバーの重ねられたアレイを有する化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）アレイを含み、ここに、各反応チャンバーは少なくとも１つのｃｈｅｍＦＥＴと接触しており、または容量的にそれにカップリングされている、装置。
【請求項１５４】
前記反応チャンバーの少なくとも９０％がビーズを含む請求項１５３記載の装置。
【請求項１５５】
前記反応チャンバーの少なくとも９５％がビーズを含む請求項１５４記載の装置。
【請求項１５６】
さらに、各反応チャンバーの開いた部分上を横方向に流動した流体を受け取り、前記反応チャンバーのアレイを前記流体に暴露するように構成および配置されたフローセル部材を含む請求項１５３〜１５５いずれか一項に記載の装置。
【請求項１５７】
前記流動が実質的に層流である請求項１５６記載の装置。
【請求項１５８】
各反応チャンバーが、開いた表面エリアにおいて１００、７０、５０、または３０μｍ２以下である請求項１５６記載の装置。
【請求項１５９】
前記ｃｈｅｍＦＥＴが１以上の半導体チップにおける１以上のアレイに一体化され、前記反応チャンバーのアレイが前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイの少なくとも１つ上に配置され、それと共に一体アセンブリを形成する請求項１５８記載の装置。
【請求項１６０】
前記反応チャンバーアレイが少なくとも１００、１,０００、１０，０００、１００，０００、または１，０００，０００の反応チャンバーを含む請求項１５８記載のシステム。
【請求項１６１】
前記システムが、１、５、１０、１５、２０または２５時間までのうちに全ヒトゲノムを配列決定するように構成された請求項１５８記載のシステム。
【請求項１６２】
その中で配列決定反応が起こり得る少なくとも１００チャンバーのアレイを含む、光学的検出なくして標識されていないポリマーを配列決定するのに適合した配列決定装置。
【請求項１６３】
前記チャンバーがｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされた請求項１６２記載の装置。
【請求項１６４】
前記チャンバーがミクロ流体ウェルを含む請求項１６２記載の装置。
【請求項１６５】
前記装置が時間当たり少なくとも１０６、１０７、または１０８の塩基対を配列決定するのに適合した請求項１６２記載の装置。
【請求項１６６】
層流流体流動系を含むイオンパルスの検出のための装置。
【請求項１６７】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するのに用いられる請求項１６６記載の装置。
【請求項１６８】
前記装置が、アレイ上に沈積された複数の核酸鋳型を配列決定するために用いられる請求項１６６記載の装置。
【請求項１６９】
前記装置が、複数の核酸鋳型を配列決定するのに用いられる請求項１６６記載の装置。
【請求項１７０】
ＰＰｉまたはｄＮＴＰまたは双方とのイオン相互作用に関連するイオンパルスを決定するためのロジックを含む、ポリマー配列決定のためのコンピュータ装置。
【請求項１７１】
前記ロジックが前記イオンパルスの特徴をポリマー配列決定情報に変換する請求項１７０記載のコンピュータ装置。
【請求項１７２】
イオンパルス間の時間に基づいて前記核酸鋳型の配列を決定するためのロジックを含むコンピュータ装置。
【請求項１７３】
さらに、ｃｈｅｍＦＥＴのアレイ上の前記イオンパルスの空間的位置を決定するためのロジックを含む請求項１７２記載のコンピュータ装置。
【請求項１７４】
配列決定反応で利用すべき特定のｄＮＴＰで要する時間の持続に基づいて、核酸鋳型の配列を決定するためのロジックを含むコンピュータ装置。
【請求項１７５】
前記配列決定が実質的にリアルタイムで行われる請求項１７０〜１７４いずれか一項に記載のコンピュータ装置。
【請求項１７６】
前記ロジックが１以上のｃｈｅｍＦＥＴからのシグナルを受け取る請求項１７０〜１７４いずれか一項に記載のコンピュータ装置。
【請求項１７７】
チップ上で行われるべき反応のタイプ、またはチップ上で行われた反応の数を同定するレシーバーに情報を送達するための１以上のピンをその上に含む生物学的反応を実行するために構成されたエレクトロニクスチップ。
【請求項１７８】
行うべき前記反応のタイプが短ヌクレオチド多形検出、短タンデムリピート検出、または配列決定である請求項１７７記載のチップ。
【請求項１７９】
行うべき前記反応の数が１００、１，０００、１０，０００、１００，０００または１，０００，０００である請求項１７７記載のチップ。
【請求項１８０】
チップを受け取るために適合したチップ受け取りモジュール；
および前記エレクトロニクスチップからの情報を検出するためのレシーバーを含み、ここに、前記情報が、前記生物学的反応のいずれが、前記チップ上で、または前記チップの１以上のパラメータで行われるべきかが選択されるかを決定することを特徴とする、チップ上の１を超える生物学的反応を行うのに適合したシステム。
【請求項１８１】
さらに、前記選択された生物学的反応を行うための１以上の試薬を含む請求項１８０記載のシステム。
【請求項１８２】
反応チャンバーの空間的位置、前記空間的位置に加えられたモノマーのタイプ、複数の前記モノマーを含む試薬と延長ポリマーとの完全な反応に要する時間についての情報をリレーするように構成された少なくとも１つの集積回路を含むポリマー鋳型を配列決定するための装置。
【請求項１８３】
その各々が１以上のｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされた少なくとも１００ミクロ流体ウェルのアレイ。
【請求項１８４】
前記ウェルが誘電性材料中に形成された請求項１８３記載のアレイ。
【請求項１８５】
前記誘電性材料がガラス、ＳｉＯ２、ポリマー材料、感光性材料、イオンエッチング可能な薄いフィルム材料または反応的にイオンエッチング可能な薄いフィルム材料である請求項１８４記載のアレイ。
【請求項１８６】
ウェルのアレイを含み、ここに、各ウェルは前記ウェルにおける活性を検知するためのセンサーに会合し、各ウェルは水平方向の幅および垂直方向の深さを有し、ここに、前記幅は、前記深さと同一であるか、または前記深さより小さいことを特徴とする、核酸配列決定装置。
【請求項１８７】
各センサーが１以上の電界効果トランジスタ（ＦＥＴ）を含む請求項１８６記載の装置。
【請求項１８８】
化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）のアレイを含み、ここに、前記ｃｈｅｍＦＥＴの各々は、１０平方ミクロンまでである前記アレイの面積を占有することを特徴とする装置。
【請求項１８９】
少なくとも２つの電界効果トランジスタを含み、ここに、前記トランジスタの少なくとも１つは、ＰＰｉ受容体にカップリングされたｃｈｅｍＦＥＴであることを特徴とする装置。
【請求項１９０】
誘電性材料に一体化された半導体ウェハー層を含む配列決定デバイス。
【請求項１９１】
前記誘電性材料がガラス、ＳｉＯ２、ポリマー材料、感光性、イオンエッチング可能な薄いフィムルの材料または反応的にイオンエッチング可能な薄いフィルムの材料である請求項１９０記載のデバイス。
【請求項１９２】
誘電性材料がガラスであり、ここに、前記ガラスは前記半導体ウェハーと一体化されている請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９３】
さらに、ポリマー層を含む請求項１９２記載の配列決定デバイス。
【請求項１９４】
前記ポリマー層が射出成形可能な材料である請求項１９３記載の配列決定デバイス。
【請求項１９５】
前記ポリマー層がポリカーボネートである請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９６】
前記ガラスがＳｉＯ２である請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９７】
前記ガラス層が非結晶性である請求項１９０記載の配列決定デバイス。
【請求項１９８】
フォトリソグラフィーを用い、トランジスタのアレイの頂部上のガラス材料中にウェルを生じさせることを含む、配列決定デバイスの製造方法。
【請求項１９９】
その存在が当該デバイスにおけるアレイ中のトランジスタの閾値電圧を公称量を超えて変化しない点までプロセス誘導のトラップされた電荷を制限するように製造され、かつ組み立てられた、少なくとも１つの誘電性層およびフローティングゲートを有する半導体デバイス。
【請求項２００】
前記フローティングゲートおよび誘電性層がゼロまたは実質的にゼロのトラップされた電荷を有する請求項１９９記載の半導体デバイス。
【請求項２０１】
前記フローティングゲートが４５μｍ２よりも大きな表面積を有する請求項１９９記載の半導体デバイス。
【請求項２０２】
その内多数のＦＥＴがフローティングゲートを含むか、またはフローティングゲートにカップリングされた、複数の電界効果トランジスタ（ＦＥＴ）を含む半導体チップを製造し；
形成性ガスアニールをダイシング工程に先立って前記半導体に適用し；
前記半導体をダイシングし；
形成性ガスアニールを前記ダイシング工程後に前記半導体に適用することを含み；
前記アニーリングが、前記フローティングゲート中のトラップされた電荷を、その存在が、前記ＦＥＴの閾値電圧を、アレイ性能に有意に影響しない公称量を超えて変化しないようなレベルまで低下させるのに十分なように選択されることを特徴とする、
各々がフローティングゲートを有する、またはフローティングゲートにカップリングされたＦＥＴのアレイを製造する方法。
【請求項２０３】
前記半導体チップが少なくとも１００，０００ＦＥＴを含む請求項２０２記載の方法。
【請求項２０４】
前記複数のＦＥＴが化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）である請求項２０２期些細の方法。
【請求項２０５】
さらに、誘電性材料層を前記半導体チップ上に蒸着させることを含む請求項２０２記載の方法。
【請求項２０６】
さらに、前記誘電性材料中に反応チャンバーのアレイを形成することを含む請求項２０２記載の方法。
【請求項２０７】
前記誘電性材料がポリマー材料、ガラス、感光性材料またはエッチング可能な薄いフィルム材料である請求項２０６記載の方法。
【請求項２０８】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを製造し；
前記アレイ上に誘電性材料を蒸着し；
前記ｃｈｅｍＦＥＴアレイ上に、前記誘導性材料における反応チャンバーのアレイを形成し；
ダイシング工程前に形成性ガスアニールを前記アレイに適用し；
前記アレイをダイシングし；
前記ダイシング工程後に形成性ガスアニールを適用することを含む、配列決定装置を製造する方法。
【請求項２０９】
流体がミクロ流体反応チャンバーの全てに同時または実質的に同時に到達するように、流体を、少なくとも１００Ｋ、５００Ｋ、または１Ｍミクロ流体反応チャンバーのアレイまで流動するように方向づけるための１以上の開口を含む部材を含む流体アセンブリ。
【請求項２１０】
前記流体アセンブリが流体層流のために構成された請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１１】
前記流体流動が、前記反応チャンバーを支持する基板に対して平行である請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１２】
前記アセンブリが１０００、５００、２００、１００、５０、２０、または１０までのレイノルズ数を有する請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１３】
前記部材が、流体を前記センサーアレイから離れるよう方向づけるための第二の開口を含む請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１４】
前記部材が、前記流体を、前記ミクロ反応チャンバーの各々まで実質的に同一時間内に送達するように構成された請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１５】
前記反応チャンバーの各々が容量的にｃｈｅｍＦＥＴにカップリングされた請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１６】
さらに、前記流体を移動させるための非移動圧力供給を含む請求項２０９記載の流体アセンブリ。
【請求項２１７】
その各々が入口ポートおよび出口ポートを有する蓋にカップリングされたウェルのアレイ、および前記入口および出口ポートからの流体を送達し、および除去するための流体送達システムを含むアセンブリ。
【請求項２１８】
さらに、前記流体を移動させるための非移動圧力供給を含む請求項２１７記載のアセンブリ。
【請求項２１９】
オプティックスまたは標識の使用無くしてゲノムからの３μｇまでのＤＮＡを用いて完全なヒトゲノムを配列決定するのに適合したデバイス。
【請求項２２０】
前記デバイスがｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む請求項２１９記載のデバイス。
【請求項２２１】
前記デバイスがミクロ流体反応チャンバーのアレイを含む請求項２１９記載のデバイス。
【請求項２２２】
前記デバイスが誘電性材料にカップリングされた半導体材料を含み、前記デバイスは前記半導体材料中に形成されたｃｈｅｍＦＥＴのアレイ、および前記誘電性材料中に形成された反応チャンバーの対応するアレイを含む請求項２１９記載のデバイス。
【請求項２２３】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む半導体製品と一体的に組み立てられたミクロ流体反応チャンバーのアレイを含む装置。
【請求項２２４】
前記アレイが少なくとも１００，０００チャンバーを含む請求項２２３記載の装置。
【請求項２２５】
前記半導体材料がｃｈｅｍＦＥＴのアレイを含む請求項２２３記載の装置。
【請求項２２６】
さらに、前記ガラス反応チャンバーの頂部にカップリングされたポリマー層を含む請求項２２３記載の装置。
【請求項２２７】
各チャンバーが水平方向の幅またはスパンおよび垂直方向深さを有し、かつ１：１以下の縦横比を有する請求項２２３記載の装置。
【請求項２２８】
前記ガラス反応チャンバー間の前記ピッチが１０ミクロンまでである請求項２２３記載の装置。
【請求項２２９】
請求項２２３記載の装置、および１以上の増幅試薬を含むキット。
【請求項２３０】
ｃｈｅｍＦＥＴに重ねられた誘電性層を含み、前記誘電性層は前記ｃｈｅｍＦＥＴの上に横方向に中心がある窪みを有することを特徴とする配列決定装置。
【請求項２３１】
さらに、前記誘電性層に重ねられたポリマー材料層を含む請求項２３０記載の配列決定装置。
【請求項２３２】
前記誘電性層が二酸化ケイ素で形成された請求項２３０記載の配列決定装置。
【請求項２３３】
コンパクトな計算デバイス上に生物の完全なゲノムを表示するためのコンピュータ実行可能なロジック。
【請求項２３４】
ｃｈｅｍＦＥＴアレイからのデータをコンパクトな計算デバイスで送るのに適合したコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３５】
ｃｈｅｍＦＥＴのアレイからのイオンパルスを処理して、注目するポリマーの前記配列を決定するためのコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３６】
前記配列が実質的にリアルタイムに表示される請求項２３５記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３７】
さらに、ファイルの管理、ファイルの記憶、および可視化のためのロジックを含む請求項２３５記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３８】
さらに、前記イオンパルスをヌクレオチド配列に変換するためのロジックを含む請求項２３５記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２３９】
さらに、コンパクトな計算デバイスに前記ヌクレオチド配列を送達するためのロジックを含む請求項２３８記載のコンピュータ実行可能ロジック。
【請求項２４０】
複数の少なくとも１００の反応チャンバーであって、ここに、複数の反応チャンバーの各々は少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触するか、または容量的にそれにカップリングされている反応チャンバー、および
前記ｃｈｅｍＦＥＴ中で検知されるｐＨ変化を決定するのに適合されたリーダーを含む装置。
【請求項２４１】
複数の反応チャンバーであって、ここに、複数の反応チャンバーの各々は少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしている反応チャンバー、および
拡散制限条件下で、１以上の試薬を前記複数の反応チャンバーに送達するための流体送達モジュールを含むシステム。
【請求項２４２】
前記流体送達モジュールが、流体を、前記ｃｈｅｍＦＥＴの不動態化層の表面に対して平行に送達する請求項２４１記載のシステム。
【請求項２４３】
複数の反応チャンバーであって、ここに、複数の反応チャンバーの各々は少なくとも１つの化学的に感受性の電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）と接触しているか、または容量的にそれにカップリングしている反応チャンバー、および
時間ｔ０における第一のパルスおよび時間ｔ１における第二のパルスの間の時間の差を決定するのに適合したリーダーであって、ここに、前記差は、前記反応チャンバー中での反応において取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示すリーダーを含むシステム。
【請求項２４４】
第１の試料からの核酸に第一のプライマーをアニールし；
第二の試料からの核酸に第二のプライマーをアニールし；
前記第一および第二のプライマーと共に前記第一および第二の核酸をｃｈｅｍＦＥＴのアレイに適用し；
前記第一および第二の試料からの核酸配列を決定することを含む、複数の試料からの配列を決定する方法。
【請求項２４５】
前記第一の試料が第一の生物からのものであって、前記第二の試料が第二の生物からのものである請求項２４４記載の方法。
【請求項２４６】
前記決定行動が、（ａ）取り込まれたヌクレオチド三リン酸の数を示す、第一のパルスおよび第二のパルスの間の時間の差を決定し、（ｂ）配列決定反応から放出されたＰＰｉのレベルを決定し；または（ｃ）配列決定反応の結果としてのｐＨ変化を決定することを含む、請求項２４５記載の方法。
【図１】
【図２】
【図２Ａ】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１０−１】
【図１１Ａ】
【図１１Ａ−１】
【図１１Ｂ−１】
【図１１Ｂ−２】
【図１１Ｂ−３】
【図１１Ｃ−１−１】
【図１１Ｃ−１−２】
【図１１Ｃ−２】
【図１１Ｃ−３】
【図１１Ｄ−１】
【図１１Ｄ−２】
【図１１Ｅ】
【図１２】
【図１２−１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１８Ａ】
【図１８Ｂ】
【図１８Ｃ】
【図１８Ｄ】
【図１９】
【図２０】
【図２０Ａ】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８Ａ】
【図２８Ｂ】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３３Ｂ−１】
【図３３Ｂ−２】
【図３３Ｂ−３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４２Ｃ】
【図４２Ｄ】
【図４２Ｅ】
【図４２Ｆ】
【図４２Ｆ−１】
【図４２Ｆ−２】
【図４２Ｆ−３】
【図４２Ｆ−４】
【図４２Ｆ−５】
【図４２Ｆ−６】
【図４２Ｆ−７】
【図４２Ｆ−８】
【図４２Ｇ】
【図４２Ｈ】
【図４２Ｉ】
【図４２Ｊ】
【図４２Ｋ】
【図４２Ｌ】
【図４２Ｍ】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９Ａ】
【図５９Ｂ】
【図５９Ｃ】
【図６０】
【図６１】
【図６１Ａ】
【図６１Ｂ】
【図６２】
【図６３】
【図６４】
【図６５】
【図６６】
【図６７】
【図６８】
【図６９】
【図７０】
【図７１】
【図７２Ａ】
【図７２Ｂ】
【図７２Ｃ】
【図７３】
【図７４Ａ】
【図７４Ｂ】
【図７４Ｃ】
【図７５Ａ】
【図７５Ｂ】
【図２】
【図２Ａ】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１０−１】
【図１１Ａ】
【図１１Ａ−１】
【図１１Ｂ−１】
【図１１Ｂ−２】
【図１１Ｂ−３】
【図１１Ｃ−１−１】
【図１１Ｃ−１−２】
【図１１Ｃ−２】
【図１１Ｃ−３】
【図１１Ｄ−１】
【図１１Ｄ−２】
【図１１Ｅ】
【図１２】
【図１２−１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１８Ａ】
【図１８Ｂ】
【図１８Ｃ】
【図１８Ｄ】
【図１９】
【図２０】
【図２０Ａ】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８Ａ】
【図２８Ｂ】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３３Ｂ−１】
【図３３Ｂ−２】
【図３３Ｂ−３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４２Ｃ】
【図４２Ｄ】
【図４２Ｅ】
【図４２Ｆ】
【図４２Ｆ−１】
【図４２Ｆ−２】
【図４２Ｆ−３】
【図４２Ｆ−４】
【図４２Ｆ−５】
【図４２Ｆ−６】
【図４２Ｆ−７】
【図４２Ｆ−８】
【図４２Ｇ】
【図４２Ｈ】
【図４２Ｉ】
【図４２Ｊ】
【図４２Ｋ】
【図４２Ｌ】
【図４２Ｍ】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９Ａ】
【図５９Ｂ】
【図５９Ｃ】
【図６０】
【図６１】
【図６１Ａ】
【図６１Ｂ】
【図６２】
【図６３】
【図６４】
【図６５】
【図６６】
【図６７】
【図６８】
【図６９】
【図７０】
【図７１】
【図７２Ａ】
【図７２Ｂ】
【図７２Ｃ】
【図７３】
【図７４Ａ】
【図７４Ｂ】
【図７４Ｃ】
【図７５Ａ】
【図７５Ｂ】
【公表番号】特表２０１１−５２５８１０（Ｐ２０１１−５２５８１０Ａ）
【公表日】平成２３年９月２９日（２０１１．９．２９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５１６３００（Ｐ２０１１−５１６３００）
【出願日】平成２１年６月２５日（２００９．６．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／００３７６６
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／００８４８０
【国際公開日】平成２２年１月２１日（２０１０．１．２１）
【出願人】（５０２２２１２８２）ライフ テクノロジーズ コーポレーション (113)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年９月２９日（２０１１．９．２９）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年６月２５日（２００９．６．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／００３７６６
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／００８４８０
【国際公開日】平成２２年１月２１日（２０１０．１．２１）
【出願人】（５０２２２１２８２）ライフ テクノロジーズ コーポレーション (113)
【Ｆターム（参考）】
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