好熱性好酸性菌の識別方法
【課題】好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス・アシドテレストリスの芽胞耐熱性を迅速かつ簡便に識別する方法を提供すること。
【解決手段】特定の塩基配列における、特定の遺伝子多型を検出することを含む、試料中の好熱性好酸性菌を識別する方法。
【解決手段】特定の塩基配列における、特定の遺伝子多型を検出することを含む、試料中の好熱性好酸性菌を識別する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、好熱性好酸性菌の識別方法、特に該菌の芽胞耐熱性の識別方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
好熱性好酸性菌は土壌や温泉等から分離され、好気的に高温・酸性下で増殖する芽胞形成細菌である。土壌等に存在する好熱性好酸性菌芽胞が果汁に混入した場合、その果汁を使用した飲料水や食品において、製造工程で加熱殺菌が行われていたとしても、菌の耐熱性芽胞が生き残り、製品中で発芽・増殖し、変敗事故を引き起こす可能性がある。
【０００３】
好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス属細菌は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリス（Alicyclobacillus acidoterrestris、以下、A. acidoterrestrisとも記載）、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス（Alicyclobacillus acidocaldarius）等種々の菌種が分離されているが、そのうち異臭物質グアヤコールを生成するアリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌が、汚染事故の原因菌として報告されており、問題視されている。
【０００４】
好熱性好酸性菌による汚染事故を未然に防ぐために、アリサイクロバチルス属細菌の検出方法が提案されてきた。例えば、選択培地（非特許文献１、２）が報告されているが、検査結果を得るまでに数日を必要とする他、詳細な菌種同定のためには生化学試験等が必要である。
【０００５】
そこで、近年、遺伝子解析的手法を用いた検出方法が提案されてきた。例えば、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の比較による方法（非特許文献３）、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列のＰＣＲ法を用いた検出方法（特許文献１、特許文献２、非特許文献４）、ｇｙｒＢ遺伝子配列のＰＣＲ法を用いた検出方法（特許文献３）、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列のＬＡＭＰ法を用いた方法（特許文献４）、ｇｙｒＢ遺伝子配列のＬＡＭＰ法を用いた方法（特許文献５）などである。
【０００６】
これらの方法で、試料中に好熱性好酸性菌、特にアリサイクロバチルス・アシドテレストリスが混入しているか否かを迅速且つ簡便に検出できるが、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスの詳細な菌株、特に芽胞耐熱性を識別することは不可能であった。
【０００７】
芽胞耐熱性評価は、従来、培養による芽胞形成と耐熱性試験に依存してきた。しかし、これらの検査は時間がかかる、検査結果が培養条件等の影響を受けやすい、などの問題があった。
【０００８】
【特許文献１】国際特許公開ＷＯ０１／６８９１４号
【特許文献２】特開平１１−１３７２５９号
【特許文献３】特開２００５−４６０３５号
【特許文献４】特開２００５−１１０５８７号
【特許文献５】特開２００６−８７４０７号
【非特許文献１】G.Deinhard et al., System. Appl. Microbiol., 10, 47-53, 1987
【非特許文献２】B.Hippchen et al., Arch. Microbiol., 129, 53-55, 1981
【非特許文献３】K.Goto et al., J. Gen. Appl. Microbiol., 48, 243-250, 2002
【非特許文献４】K.Yamazaki et al., Lett. Appl. Microbiol., 23, 350-354, 1996
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
好熱性好酸性菌の識別、その菌株の識別、特に芽胞耐熱性の識別は、酸性飲料の変敗事故を未然に防止する上で欠かせない技術である。本発明は、好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌株の芽胞耐熱性を迅速かつ簡便に識別する方法を提供することを目的としてなされたものである。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者らは、前記課題を解決するため鋭意研究を行った結果、好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス・アシドテレストリスにおいて芽胞耐熱性が高い菌株と低い菌株が存在することを見出した。更にアリサイクロバチルス・アシドテレストリスのｇｙｒＢ遺伝子塩基配列について、４９塩基の相違を見出し、検出された配列に基づいて前記アリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌株の芽胞耐熱性を識別することに成功した。本発明はこの成果に基づいて完成された。
【００１１】
すなわち、本発明は以下の通りである。
〔１〕配列番号１又は２に示される塩基配列における、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型を検出することを含む、試料中の好熱性好酸性菌を識別する方法。
（１）塩基番号８１の塩基がＧ若しくはＴである遺伝子多型
（２）塩基番号８７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３）塩基番号１２９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４）塩基番号１５９の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（５）塩基番号１６５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（６）塩基番号１６８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（７）塩基番号１７１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（８）塩基番号１８６の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（９）塩基番号１９８の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１０）塩基番号２４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１１）塩基番号２７０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１２）塩基番号２７３の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（１３）塩基番号２８２の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１４）塩基番号３３０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１５）塩基番号３３９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１６）塩基番号３９４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１７）塩基番号４０５の塩基がＣ若しくはＧである遺伝子多型
（１８）塩基番号４２０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１９）塩基番号４２３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２０）塩基番号４８０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（２１）塩基番号５４３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２２）塩基番号５５３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２３）塩基番号５８２の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（２４）塩基番号６６０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２５）塩基番号６７２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２６）塩基番号６９０の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２７）塩基番号７０２の塩基がＣ若しくはＡである遺伝子多型
（２８）塩基番号７１７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（２９）塩基番号７５７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３０）塩基番号７９７の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３１）塩基番号８１０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３２）塩基番号８２８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３３）塩基番号８４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３４）塩基番号８６４の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３５）塩基番号９００の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３６）塩基番号９２７の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３７）塩基番号９４８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３８）塩基番号９５１の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３９）塩基番号９７５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４０）塩基番号９８１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
【００１２】
〔２〕前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスである、〔１〕に記載の方法。
【００１３】
〔３〕下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の低い菌であると判定することを更に含む、〔１〕又は〔２〕に記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【００１４】
〔４〕下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の高い菌であると判定することを更に含む、〔１〕又は〔２〕に記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【００１５】
〔５〕下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであると識別することを更に含む、〔１〕〜〔３〕のいずれかに記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【００１６】
〔６〕下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであると識別することを更に含む、〔１〕、〔２〕及び〔４〕のいずれかに記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【００１７】
〔７〕配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基の５’側にある５〜５０塩基長の部分配列と、前記塩基の３’側にある５〜５０塩基長の部分配列に相補的な配列とからなる、前記塩基を含む塩基配列断片を増幅し得る１対のプライマーセット。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【００１８】
〔８〕配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【００１９】
〔９〕配列番号１又は２に示される塩基配列に相補的な配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基に相補的な塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【００２０】
〔１０〕〔８〕又は〔９〕に記載のオリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板。
【００２１】
〔１１〕〔７〕に記載のプライマーセット、〔８〕若しくは〔９〕に記載のオリゴヌクレオチド又はその標識物及び〔１０〕に記載の固定化基板の少なくとも１つを含む、好熱性好酸性菌検出キット。
【発明の効果】
【００２２】
本発明は、好熱性好酸性菌、特にアリサイクロバチルス・アシドテレストリスの検出、アリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌株の識別、更に芽胞耐熱性の識別を、迅速、簡便かつ高精度に行なうことを可能にする。本発明によれば、煩雑で不正確な耐熱性試験を行なわずにして、芽胞耐熱性の識別が可能となる。
【００２３】
更に本発明によれば、特に、酸性飲料の生産において適切な殺菌条件を設定することにより変敗事故を未然に防止することが可能となる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２４】
本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、試料中の好熱性好酸性菌の遺伝子の塩基配列、具体的にはｇｙｒＢ遺伝子塩基配列を判別して、好熱性好酸性菌のアリサイクロバチルス・アシドテレストリスを識別し、更にその菌株及び芽胞耐熱性を識別する方法である。
【００２５】
本明細書中において、「遺伝子多型」には、いわゆる単一ヌクレオチド多型（１塩基多型：single nucleotide polymorphism：ＳＮＰ）、及び連続した複数ヌクレオチドにわたる多型、の両方を含むものとする。すなわち、ある塩基配列を基準として、該塩基配列の１又は複数の特定部位に、１又は複数ヌクレオチドの置換、欠失、挿入、転位、逆位等の変異が存在するとき、その変異を「遺伝子多型」とする。
【００２６】
「遺伝子」という用語には、ＤＮＡのみならずそのｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡ、及びａＲＮＡも含むものとする。従って、本発明の遺伝子には、これらのＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡ、及びａＲＮＡの全てが含まれる。
【００２７】
配列表の塩基配列はすべてＤＮＡ配列として記載し、それにより特定される塩基配列及びオリゴヌクレオチドはＤＮＡで示されるが、配列表の塩基配列をＲＮＡに読み替えた場合も本発明に含まれる。従って、配列表の塩基配列、それにより特定される塩基配列及びオリゴヌクレオチドがＲＮＡを示す場合は、配列表中の塩基記号「ｔ」を「ｕ」に読み替えるものとする。
【００２８】
また、配列の検出若しくは判別とは、識別、分類を行う好熱性好酸性菌の核酸について、多型を有する配列を検出することをいい、また、多型部位の塩基を検出、判定することでもある。更に、該配列に相補的な配列において、多型を有する配列を検出し、多型部位の塩基を検出、判定することも含む。
【００２９】
試料とは、好適には、好熱性好酸性菌細胞の遺伝子を含む試料をいう。好熱性好酸性菌細胞からの遺伝子を含む試料の調製は、例えば、通常公知の核酸の抽出・精製方法（例えば、Sambrook, J. et al. (1989)：“Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2nd Ed.)” Cold Spring Harbor Laboratory, NY）に従って行なうことが可能である。例えば、核酸を含む溶液にプロテイナーゼＫとドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）を加えてタンパク質を分解、変性させた後、フェノール／クロロホルム抽出を行うことによりゲノム核酸を得る。また、市販の核酸の抽出・精製キットを用いて、遺伝子を含む試料の調製を行なうことも可能である。
【００３０】
本発明において利用される好熱性好酸性菌の遺伝子多型は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスのｇｙｒＢ遺伝子塩基配列の、配列番号１と２に示された塩基配列における塩基の違いであって、具体的には下記（１）〜（４９）である。本発明では、このうち少なくとも１つの多型を検出する。
（１）塩基番号８１の塩基がＧ若しくはＴである遺伝子多型
（２）塩基番号８７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３）塩基番号１２９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４）塩基番号１５９の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（５）塩基番号１６５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（６）塩基番号１６８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（７）塩基番号１７１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（８）塩基番号１８６の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（９）塩基番号１９８の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１０）塩基番号２４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１１）塩基番号２７０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１２）塩基番号２７３の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（１３）塩基番号２８２の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１４）塩基番号３３０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１５）塩基番号３３９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１６）塩基番号３９４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１７）塩基番号４０５の塩基がＣ若しくはＧである遺伝子多型
（１８）塩基番号４２０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１９）塩基番号４２３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２０）塩基番号４８０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（２１）塩基番号５４３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２２）塩基番号５５３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２３）塩基番号５８２の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（２４）塩基番号６６０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２５）塩基番号６７２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２６）塩基番号６９０の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２７）塩基番号７０２の塩基がＣ若しくはＡである遺伝子多型
（２８）塩基番号７１７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（２９）塩基番号７５７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３０）塩基番号７９７の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３１）塩基番号８１０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３２）塩基番号８２８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３３）塩基番号８４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３４）塩基番号８６４の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３５）塩基番号９００の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３６）塩基番号９２７の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３７）塩基番号９４８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３８）塩基番号９５１の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３９）塩基番号９７５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４０）塩基番号９８１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
【００３１】
上記（１）〜（４９）は、多型の存在に感受性が認められる手段を駆使することにより得ることができる。具体的には、ダイレクト・シーケンシング法（Biotechniques, 11, 246-249 (1991)）、ＤＨＰＬＣ（Denaturing High Performance Liquid Chromatography）法（Underhill, P.A. et al., Genome Res. 7:996-1005 (1997)）、Surveyor Nucleaseを用いる方法（Qui P, et al., Biotechniques, 2004 Apr;36(4);702-7）、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法（Genet. Anal., 14, 143-149 (1999), J. Clin. Microbiol., 34, 2933-2936 (1996)）、Ｉｎｖａｄｅｒ法（Science, 5109, 778-783(1993), J. Biol. Chem., 30, 21387-21394 (1999), Nat. Biotechnol., 17, 292-296 (1999)）、プライマー伸長法（米国特許第６，２１０，８８４号、同第６，１８３，９６０号、Lizardi, P. M. et al., Nature Genet., 19, 225-232 (1998); Piated, A. S. et al., Nature Biotech., 16, 359-363 (1998)）、ＳＳＣＰ（Single Strand Conformation Polymorphism)法（Biotechniques, 16,296-297 (1994), Biotechniques, 21, 510-514 (1996)）、ＤＮＡチップを用いる方法、ＲＦＬＰ（制限酵素切断断片長多型）法、ＡＳＯ（Allele Specific Oligonucleotide）ハイブリダイゼーション法（Clin. Chim. Acta, 189, 153-157 (1990)）、ＡＲＭＳ（Amplification Refracting Mutation System）法（Nuc. Acids. Res., 19, 3561-3567 (1991), Nuc. Acids. Res., 20, 4831-4837 (1992)）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis）法（Biotechniques, 27, 1016-1018 (1999)）、ＲＮａｓｅＡ切断法（DNA Cell. Biol., 14, 87-94 (1995)）、化学切断法（Biotechniques, 21, 216-218 (1996)）、ＤＯＬ（Dye-labeled Oligonucleotide Ligation）法（Genome Res., 8, 549-556 (1998)）、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ（Matrix Assisted Laser Desorption-time of Flight/Mass Spectrometry）法（Genome Res., 7, 378-388 (1997), Eur. J. Clin. Chem. Clin. Biochem., 35, 545-548 (1997)）、ＴＤＩ（Template-directed Dye-terminator Incorporation）法（Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 10756-10761 (1997)）、モレキュラー・ビーコン（Molecular Beacons）法（Nat. Biotechnol.，1, p49-53 (1998)、遺伝子医学、4, p46-48(2000)）、ダイナミック・アレルスペシフィック・ハイブリダイゼーション法(Dynamic Allele-Specific Hybridization(DASH))法（Nat. Biotechnol.，1, p87-88, (1999)、遺伝子医学, 4, p47-48 (2000)）、パドロック・プローブ(Padlock Probe)法（Nat. Genet., 3, p225-232 (1998)、遺伝子医学, 4, p50-51 (2000)）、ＵＣＡＮ法、ＥＣＡ（Electrochemical Array）法（Anal. Chem., 72, p1334-1341, 2000）等を例示することができる。
【００３２】
例えば、ＤＨＰＬＣ法及びSurveyor Nucleaseを用いる方法については、Transgenomic社(USA)の製品を用い、そのプロトコールに従って行なうことができる。
【００３３】
ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法及びＩｎｖａｄｅｒ法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」(編集:中村祐輔、中山書店)ｐ．９４〜１０５の記載に従って行うことができる。
【００３４】
またプライマー伸長法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１０６〜１１７の記載に従って行なうことができる。
【００３５】
ＳＳＣＰ法に関しては、例えばBio Rad社のDCodeシステムを用いて、そのプロトコールに従って行なうことができる。
【００３６】
ＤＮＡチップを用いる方法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１２８〜１３５の記載に従って行なうことができる。その際、ＤＮＡチップに貼り付けるオリゴヌクレオチドプローブとしては、例えば、後述の多型の存在する塩基を含む５〜５０ヌクレオチドを用いることができる。
【００３７】
本発明において最も典型的、かつ、好適な手段として、例えば配列番号１又は２に示される塩基配列を含む領域を後述の増幅可能な遺伝子増幅用プライマーを用いて増幅し、BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit(アプライドバイオシステムズ）及びGeneAmp PCRシステム9700（アプライドバイオシステムズ）を用いて、定法に従って遺伝子増幅産物のＤＮＡ塩基配列をダイレクト・シーケンシング法により決定することにより、所望する配列の判別を行う方法が挙げられる。
【００３８】
また、本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスが芽胞耐熱性の低い菌であるか、高い菌であるかを判定することを更に含むことができる。
【００３９】
具体的には、配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（ａ１）〜（ａ４９）：
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の低い菌であると判定でき、下記（ｂ１）〜（ｂ４９）：
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の高い菌であると判定できる。
【００４０】
更に、本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスが芽胞耐熱性の低い菌株であるＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであるか、又は芽胞耐熱性の高い菌株であるＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであるかを識別することを更に含むことができる。
【００４１】
例えば、配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（ａ１）〜（ａ４９）：
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の低いＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであると識別でき、下記（ｂ１）〜（ｂ４９）：
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の高いＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであると識別できる。
【００４２】
本発明は、上記多型部位を含む塩基配列断片を増幅する、１対のプライマーセットを含み、具体的に以下のものが挙げられる。
【００４３】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）：
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
から選ばれる少なくとも１つの塩基の５’側にある５〜５０塩基長の部分配列と、前記塩基の３’側にある５〜５０塩基長の部分配列に相補的な配列とからなる、前記塩基を含む塩基配列断片を増幅し得る１対のプライマーセット。
【００４４】
本発明のプライマーセットの設計は、(i)配列番号１又は２に示される塩基配列において、上記（１）〜（４９）の少なくとも１つの多型部位の塩基の５’側にある５〜５０塩基長の連続した部分配列と、(ii)配列番号１又は２に示される塩基配列において、(i)で選択した多型部位の塩基の３’側にある５〜５０塩基長の連続した部分配列に相補的な配列とを、プライマーとしてセットにすればよい。
【００４５】
また、上記多型部位の塩基が２つ以上含まれる塩基配列断片を増幅するプライマーを設計する場合、上記(i)では、それらの塩基のうち一番５’側に存在する塩基の５’側の、５〜５０塩基長の連続した部分配列をプライマーとすればよく、上記(ii)では、それらの塩基のうち一番３’側に存在する塩基の３’側の、５〜５０塩基長の連続した部分配列に相補的な配列をプライマーとすればよい。
【００４６】
更に、上記少なくとも１つの多型部位の塩基を含む塩基配列断片を増幅するためのプライマー配列中に、他の多型部位の塩基を含んでいてもよい。
【００４７】
プライマーを構成する塩基の数は、以下の範囲に限定されないが、５〜５０、好ましくは１０〜３０、更に好ましくは１４〜２５である。また、増幅させる塩基配列の長さは限定されない。プライマーを用いたＤＮＡの増幅は、公知の手法で行うことができる。
【００４８】
プライマーセットの配列の具体例としては、例えば
５’−ＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧ−３’（配列番号３）と５’−ＡＴＧＡＣＣＡＣＣＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴ−３’（配列番号４）、
５’−ＣＧＧＣＴＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧＧ−３’（配列番号５）と５’−ＣＡＣＣＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴＴＣ−３’（配列番号６）、
５’−ＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧＧＧＣＴＴＣ−３’（配列番号７）と５’−ＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴＴＣＧＡＧ−３’（配列番号８）、
５’−ＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧＧＧＣＴＴＣＡＴＧＧＣ−３’（配列番号９）と５’−ＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴＴＣＧＡＧＡＧＡＴ−３’（配列番号１０）
などが挙げられる。
【００４９】
なお、プライマーの塩基配列に上記多型部位の塩基が含まれる場合は、該プライマーをアリサイクロバチルス・アシドテレストリスの上記多型、菌株又は芽胞耐熱性を識別するプローブとして用いてもよい。
【００５０】
本発明は、上記多型を判別し、好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス・アシドテレストリスの菌株を識別し、芽胞耐熱性を識別するためのプローブとして用いられるオリゴヌクレオチド又はその標識物を含む。
【００５１】
本発明のオリゴヌクレオチド又はその標識物は、具体的に以下のものが挙げられる。
【００５２】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）：
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
から選ばれる少なくとも１つの塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌ
クレオチド又はその標識物、
配列番号１又は２に示される塩基配列に相補的な配列において、下記（１）〜（４９）
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
から選ばれる少なくとも１つの塩基に相補的な塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
【００５３】
上記オリゴヌクレオチド又はその標識物は、上記（１）〜（４９）の多型部位の塩基の複数を含んでいてもよい。また、上記オリゴヌクレオチド又はその標識物を構成する塩基の数は５〜５０、好ましくは１０〜３０、更に好ましくは１５〜２５である。
【００５４】
上記オリゴヌクレオチド又はその標識物をプローブとして用いるハイブリダイゼーションアッセイは、公知の手法で行うことができる。
【００５５】
オリゴヌクレオチド又はその標識物の配列の具体例としては、例えば
５’−ＧＴＴＧＧＡＧＡＴＡＣＣＧＡＣＡＡＧ−３’（配列番号１１）、５’−ＧＴＴＧＧＣＧＡＴＡＣＴＧＡＴＡＡＡ−３’（配列番号１２）、５’−ＧＡＧＧＡＡＡＴＣＣＧＣＧＣＧＡＴＣ−３’（配列番号１３）、５’−ＧＡＧＧＡＡＡＴＴＣＧＣＧＣＡＡＴＴ−３’（配列番号１４）などが挙げられる。
【００５６】
本発明のオリゴヌクレオチドは化学合成により作製することもできるし、上記プライマーを用いてＰＣＲ等により遺伝子配列を増幅させた増幅産物として作製することもできる。本発明のオリゴヌクレオチドは、検出のために、例えば蛍光色素、酵素、タンパク質、放射性同位体、化学発光物質、ビオチン等で標識されていてもよい。標識に用いる標識物質は、公知のものを用い、公知の方法で標識することができる（Nature Biotechnology, 14, p303-308 (1996)参照）。また、市販の蛍光標識キットを使用することもできる（例えば、アマシャム・ファルマシア社製 オリゴヌクレオチドＥＣＬ ３’−オリゴラベリングシステム等）。蛍光物質としては、例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ローダミン、フルオレセイン等が挙げられる。
【００５７】
なお、上記オリゴヌクレオチドは、任意に組合わせてプライマーとして用いることもできる。
【００５８】
更に、本発明は上記オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を含む。オリゴヌクレオチドを固定化する基板としては、スライドガラス、ニトロセルロース膜、マイクロビーズ等種々のものを用いることができる。固定化基板上に複数のオリゴヌクレオチドを整列固定化した場合、該固定化基板は、ＤＮＡマイクロアレイ又はＤＮＡチップとして用いることができる。また、オリゴヌクレオチドは基板上で合成してもよいし、また合成したオリゴヌクレオチドを基板上に固定化してもよい。基板上への固定化は、例えば市販のスポッター（Amersham社製等）やアレイヤーを用いて行うことができ、オリゴヌクレオチドの固定化は吸着や共有結合を介した結合により行うことができ、共有結合を介した結合により固定化する場合は、基板表面及びオリゴヌクレオチドに共有結合用のアミノ基、ＳＨ基等の官能基を導入すればよい。
【００５９】
オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を用いる上記配列の検出は公知の方法で行うことができる。
【００６０】
本発明の好熱性好酸性菌検出キットは、上記プライマーセット、上記オリゴヌクレオチド又はその標識物及び上記固定化基板の少なくとも１つを含む。本発明のキットは、必要に応じて、ハイブリダイゼーション、プローブの標識、ラベル体の検出等、本発明の識別方法に必要な他の試薬、器具等を適宜含んでいてもよい。
【００６１】
以下、本発明を実施例によって具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
【実施例１】
【００６２】
A. acidoterrestris芽胞の調製
A. acidoterrestris保存菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ２４９８、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）をＹＳＧ平板培地（酵母エキス０．２％、グルコース０．１％、可溶性デンプン０．２％、寒天１．５％、ｐＨ３．７）で４５℃で２日間培養した。平板培地上の菌体を滅菌水に懸濁し、新たなＹＳＧ平板培地に塗布し、４５℃で５日間培養した。平板上の菌体をかきとり、滅菌水に懸濁し、遠心分離後、上清を除去した。滅菌水に懸濁し、遠心分離後、上清を除去する操作を３回行い、ＰＢＳに懸濁した。
【００６３】
調製した芽胞の９５℃での耐熱性をスポア実験マニュアル（近藤雅臣と渡部一仁編集、技報堂出版）の５５〜５９ページに記載された方法に従って調べた。加熱処理した芽胞溶液をＹＳＧ平板培地培養し、生存芽胞を計数した。９５℃でのＤ値（ある温度において生存数を１０分の１に減少させるのに要する加熱時間、スポア実験マニュアル（近藤雅臣と渡部一仁編集、技報堂出版の５８〜５９ページ）を以下に示す。
【００６４】
ＩＡＭ１５０８７ ３．８５分
ＤＳＭ３９２２ ３．２０分
ＤＳＭ３９２３ ３．６６分
ＤＳＭ３９２４ ２．９２分
ＩＡＭ１５０８５ ８．４０分
ＩＡＭ１５０８６ ９．５６分
ＤＳＭ２４９８ ９．６０分
９５℃でのＤ値が３〜４分の菌株（ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）と、８〜１０分の菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＤＳＭ２４９８）が見られた。
【実施例２】
【００６５】
A. acidoterrestris ｇｙｒＢ遺伝子塩基配列の決定
A. acidoterrestris保存菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ２４９８、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）をＹＳＧ液体培地で４５℃、２４時間振とう培養した。培養液０．１ｍｌを遠心分離し、培養上清を除去した。得られた菌体からPrepManTMUltra Reagent（アプライドバイオシステムズ社）を用いて、ゲノムＤＮＡを調製した。
【００６６】
得られたゲノムＤＮＡを鋳型としてA. acidoterrestris ｇｙｒＢ遺伝子の約１．２ｋｂをＰＣＲにて増幅した。ＰＣＲのためのプライマーとしてＧＹ５：５’−ＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧ−３’（配列番号３）とＧＹ３：５’−ＡＴＧＡＣＣＡＣＣＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴ−３’（配列番号４）、ＤＮＡポリメラーゼとしてＥｘ−Ｔａｑ（タカラバイオ社）を用いた。
【００６７】
ＰＣＲ条件は、９４℃３０秒間、５５℃６０秒間、７２℃９０秒間を１サイクルとして３０サイクルとした。High Pure PCR Product Purification Kit（ロッシュ社）を用いて、増幅ＤＮＡ断片を精製した。増幅ＤＮＡ断片をTOPO TA Cloning（インビトロジェン社）を用いて、pCR2.1-TOPOベクターにライゲーションし、大腸菌DH5αに形質転換した。大腸菌形質転換株よりQIAprep Spin Miniprep kit（キアゲン社）を用いてプラスミドＤＮＡを調製し、得られたプラスミドＤＮＡを鋳型としてBigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit（アプライドバイオシステムズ社）を用いてＤＮＡシーケンシング反応を行なった。シーケンシング反応はＳ１：５’−ＧＣＡＴＣＣＡＧＡＣＣＣＧＧＴＧＴＴＴＧＴＣＧ−３’（配列番号１５）、Ｓ２：５’−ＧＣＡＡＣＣＧＡＴＧＧＡＴＴＣＴＣＧＴＣＧＡＧＧ−３’（配列番号１６）、Ｍ１３Ｆ：５’−ＧＴＡＡＡＡＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧ−３’（配列番号１７）、Ｍ１３Ｒ：５’−ＣＡＧＧＡＡＡＣＡＧＣＴＡＴＧＡＣ−３’（配列番号１８）のプライマーを使用した。
【００６８】
得られたＤＮＡ塩基配列を比較したところ、２種類の配列（前述の９５℃でのＤ値が３〜４分の菌株（ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）から得られる配列と８〜１０分の菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＤＳＭ２４９８）から得られる配列）が得られた（図１）。
【００６９】
すなわち、配列番号１及び２の塩基番号８１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号８７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号１２９に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１５９に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号１６５に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１６８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１７１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１８６に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号１９８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号２４３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号２７０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号２７３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号２８２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号３３０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号３３９に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号３９４に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号４０５に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号４２０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号４２３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号４８０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号５４３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号５５３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号５８２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号６６０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号６７２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号６９０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号７０２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号７１７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号７５７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号７９７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号８１０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号８２８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号８４３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号８６４に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号９００に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号９２７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号９４８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号９５１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号９７５に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号９８１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１０２３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１０３２の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号１０３８の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１０７７の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１０８９の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１０９５の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１０９８の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１１２５の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１１３４の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであった。
【産業上の利用可能性】
【００７０】
本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、特に飲食品における検査、品質管理などに適用できる。
【図面の簡単な説明】
【００７１】
【図１−１】A. acidoterrestris株のＤＮＡ塩基配列（配列番号１及び２）比較を示す図である。
【図１−２】A. acidoterrestris株のＤＮＡ塩基配列（配列番号１及び２）比較を示す図である。
【配列表フリーテキスト】
【００７２】
配列番号３〜１８：プライマー
【技術分野】
【０００１】
本発明は、好熱性好酸性菌の識別方法、特に該菌の芽胞耐熱性の識別方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
好熱性好酸性菌は土壌や温泉等から分離され、好気的に高温・酸性下で増殖する芽胞形成細菌である。土壌等に存在する好熱性好酸性菌芽胞が果汁に混入した場合、その果汁を使用した飲料水や食品において、製造工程で加熱殺菌が行われていたとしても、菌の耐熱性芽胞が生き残り、製品中で発芽・増殖し、変敗事故を引き起こす可能性がある。
【０００３】
好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス属細菌は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリス（Alicyclobacillus acidoterrestris、以下、A. acidoterrestrisとも記載）、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス（Alicyclobacillus acidocaldarius）等種々の菌種が分離されているが、そのうち異臭物質グアヤコールを生成するアリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌が、汚染事故の原因菌として報告されており、問題視されている。
【０００４】
好熱性好酸性菌による汚染事故を未然に防ぐために、アリサイクロバチルス属細菌の検出方法が提案されてきた。例えば、選択培地（非特許文献１、２）が報告されているが、検査結果を得るまでに数日を必要とする他、詳細な菌種同定のためには生化学試験等が必要である。
【０００５】
そこで、近年、遺伝子解析的手法を用いた検出方法が提案されてきた。例えば、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の比較による方法（非特許文献３）、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列のＰＣＲ法を用いた検出方法（特許文献１、特許文献２、非特許文献４）、ｇｙｒＢ遺伝子配列のＰＣＲ法を用いた検出方法（特許文献３）、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列のＬＡＭＰ法を用いた方法（特許文献４）、ｇｙｒＢ遺伝子配列のＬＡＭＰ法を用いた方法（特許文献５）などである。
【０００６】
これらの方法で、試料中に好熱性好酸性菌、特にアリサイクロバチルス・アシドテレストリスが混入しているか否かを迅速且つ簡便に検出できるが、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスの詳細な菌株、特に芽胞耐熱性を識別することは不可能であった。
【０００７】
芽胞耐熱性評価は、従来、培養による芽胞形成と耐熱性試験に依存してきた。しかし、これらの検査は時間がかかる、検査結果が培養条件等の影響を受けやすい、などの問題があった。
【０００８】
【特許文献１】国際特許公開ＷＯ０１／６８９１４号
【特許文献２】特開平１１−１３７２５９号
【特許文献３】特開２００５−４６０３５号
【特許文献４】特開２００５−１１０５８７号
【特許文献５】特開２００６−８７４０７号
【非特許文献１】G.Deinhard et al., System. Appl. Microbiol., 10, 47-53, 1987
【非特許文献２】B.Hippchen et al., Arch. Microbiol., 129, 53-55, 1981
【非特許文献３】K.Goto et al., J. Gen. Appl. Microbiol., 48, 243-250, 2002
【非特許文献４】K.Yamazaki et al., Lett. Appl. Microbiol., 23, 350-354, 1996
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
好熱性好酸性菌の識別、その菌株の識別、特に芽胞耐熱性の識別は、酸性飲料の変敗事故を未然に防止する上で欠かせない技術である。本発明は、好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌株の芽胞耐熱性を迅速かつ簡便に識別する方法を提供することを目的としてなされたものである。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者らは、前記課題を解決するため鋭意研究を行った結果、好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス・アシドテレストリスにおいて芽胞耐熱性が高い菌株と低い菌株が存在することを見出した。更にアリサイクロバチルス・アシドテレストリスのｇｙｒＢ遺伝子塩基配列について、４９塩基の相違を見出し、検出された配列に基づいて前記アリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌株の芽胞耐熱性を識別することに成功した。本発明はこの成果に基づいて完成された。
【００１１】
すなわち、本発明は以下の通りである。
〔１〕配列番号１又は２に示される塩基配列における、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型を検出することを含む、試料中の好熱性好酸性菌を識別する方法。
（１）塩基番号８１の塩基がＧ若しくはＴである遺伝子多型
（２）塩基番号８７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３）塩基番号１２９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４）塩基番号１５９の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（５）塩基番号１６５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（６）塩基番号１６８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（７）塩基番号１７１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（８）塩基番号１８６の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（９）塩基番号１９８の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１０）塩基番号２４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１１）塩基番号２７０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１２）塩基番号２７３の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（１３）塩基番号２８２の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１４）塩基番号３３０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１５）塩基番号３３９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１６）塩基番号３９４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１７）塩基番号４０５の塩基がＣ若しくはＧである遺伝子多型
（１８）塩基番号４２０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１９）塩基番号４２３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２０）塩基番号４８０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（２１）塩基番号５４３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２２）塩基番号５５３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２３）塩基番号５８２の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（２４）塩基番号６６０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２５）塩基番号６７２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２６）塩基番号６９０の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２７）塩基番号７０２の塩基がＣ若しくはＡである遺伝子多型
（２８）塩基番号７１７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（２９）塩基番号７５７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３０）塩基番号７９７の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３１）塩基番号８１０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３２）塩基番号８２８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３３）塩基番号８４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３４）塩基番号８６４の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３５）塩基番号９００の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３６）塩基番号９２７の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３７）塩基番号９４８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３８）塩基番号９５１の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３９）塩基番号９７５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４０）塩基番号９８１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
【００１２】
〔２〕前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスである、〔１〕に記載の方法。
【００１３】
〔３〕下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の低い菌であると判定することを更に含む、〔１〕又は〔２〕に記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【００１４】
〔４〕下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の高い菌であると判定することを更に含む、〔１〕又は〔２〕に記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【００１５】
〔５〕下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであると識別することを更に含む、〔１〕〜〔３〕のいずれかに記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【００１６】
〔６〕下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであると識別することを更に含む、〔１〕、〔２〕及び〔４〕のいずれかに記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【００１７】
〔７〕配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基の５’側にある５〜５０塩基長の部分配列と、前記塩基の３’側にある５〜５０塩基長の部分配列に相補的な配列とからなる、前記塩基を含む塩基配列断片を増幅し得る１対のプライマーセット。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【００１８】
〔８〕配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【００１９】
〔９〕配列番号１又は２に示される塩基配列に相補的な配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基に相補的な塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【００２０】
〔１０〕〔８〕又は〔９〕に記載のオリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板。
【００２１】
〔１１〕〔７〕に記載のプライマーセット、〔８〕若しくは〔９〕に記載のオリゴヌクレオチド又はその標識物及び〔１０〕に記載の固定化基板の少なくとも１つを含む、好熱性好酸性菌検出キット。
【発明の効果】
【００２２】
本発明は、好熱性好酸性菌、特にアリサイクロバチルス・アシドテレストリスの検出、アリサイクロバチルス・アシドテレストリス菌株の識別、更に芽胞耐熱性の識別を、迅速、簡便かつ高精度に行なうことを可能にする。本発明によれば、煩雑で不正確な耐熱性試験を行なわずにして、芽胞耐熱性の識別が可能となる。
【００２３】
更に本発明によれば、特に、酸性飲料の生産において適切な殺菌条件を設定することにより変敗事故を未然に防止することが可能となる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２４】
本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、試料中の好熱性好酸性菌の遺伝子の塩基配列、具体的にはｇｙｒＢ遺伝子塩基配列を判別して、好熱性好酸性菌のアリサイクロバチルス・アシドテレストリスを識別し、更にその菌株及び芽胞耐熱性を識別する方法である。
【００２５】
本明細書中において、「遺伝子多型」には、いわゆる単一ヌクレオチド多型（１塩基多型：single nucleotide polymorphism：ＳＮＰ）、及び連続した複数ヌクレオチドにわたる多型、の両方を含むものとする。すなわち、ある塩基配列を基準として、該塩基配列の１又は複数の特定部位に、１又は複数ヌクレオチドの置換、欠失、挿入、転位、逆位等の変異が存在するとき、その変異を「遺伝子多型」とする。
【００２６】
「遺伝子」という用語には、ＤＮＡのみならずそのｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡ、及びａＲＮＡも含むものとする。従って、本発明の遺伝子には、これらのＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡ、及びａＲＮＡの全てが含まれる。
【００２７】
配列表の塩基配列はすべてＤＮＡ配列として記載し、それにより特定される塩基配列及びオリゴヌクレオチドはＤＮＡで示されるが、配列表の塩基配列をＲＮＡに読み替えた場合も本発明に含まれる。従って、配列表の塩基配列、それにより特定される塩基配列及びオリゴヌクレオチドがＲＮＡを示す場合は、配列表中の塩基記号「ｔ」を「ｕ」に読み替えるものとする。
【００２８】
また、配列の検出若しくは判別とは、識別、分類を行う好熱性好酸性菌の核酸について、多型を有する配列を検出することをいい、また、多型部位の塩基を検出、判定することでもある。更に、該配列に相補的な配列において、多型を有する配列を検出し、多型部位の塩基を検出、判定することも含む。
【００２９】
試料とは、好適には、好熱性好酸性菌細胞の遺伝子を含む試料をいう。好熱性好酸性菌細胞からの遺伝子を含む試料の調製は、例えば、通常公知の核酸の抽出・精製方法（例えば、Sambrook, J. et al. (1989)：“Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2nd Ed.)” Cold Spring Harbor Laboratory, NY）に従って行なうことが可能である。例えば、核酸を含む溶液にプロテイナーゼＫとドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）を加えてタンパク質を分解、変性させた後、フェノール／クロロホルム抽出を行うことによりゲノム核酸を得る。また、市販の核酸の抽出・精製キットを用いて、遺伝子を含む試料の調製を行なうことも可能である。
【００３０】
本発明において利用される好熱性好酸性菌の遺伝子多型は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスのｇｙｒＢ遺伝子塩基配列の、配列番号１と２に示された塩基配列における塩基の違いであって、具体的には下記（１）〜（４９）である。本発明では、このうち少なくとも１つの多型を検出する。
（１）塩基番号８１の塩基がＧ若しくはＴである遺伝子多型
（２）塩基番号８７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３）塩基番号１２９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４）塩基番号１５９の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（５）塩基番号１６５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（６）塩基番号１６８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（７）塩基番号１７１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（８）塩基番号１８６の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（９）塩基番号１９８の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１０）塩基番号２４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１１）塩基番号２７０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１２）塩基番号２７３の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（１３）塩基番号２８２の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１４）塩基番号３３０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１５）塩基番号３３９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１６）塩基番号３９４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１７）塩基番号４０５の塩基がＣ若しくはＧである遺伝子多型
（１８）塩基番号４２０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１９）塩基番号４２３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２０）塩基番号４８０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（２１）塩基番号５４３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２２）塩基番号５５３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２３）塩基番号５８２の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（２４）塩基番号６６０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２５）塩基番号６７２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２６）塩基番号６９０の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２７）塩基番号７０２の塩基がＣ若しくはＡである遺伝子多型
（２８）塩基番号７１７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（２９）塩基番号７５７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３０）塩基番号７９７の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３１）塩基番号８１０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３２）塩基番号８２８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３３）塩基番号８４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３４）塩基番号８６４の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３５）塩基番号９００の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３６）塩基番号９２７の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３７）塩基番号９４８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３８）塩基番号９５１の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３９）塩基番号９７５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４０）塩基番号９８１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
【００３１】
上記（１）〜（４９）は、多型の存在に感受性が認められる手段を駆使することにより得ることができる。具体的には、ダイレクト・シーケンシング法（Biotechniques, 11, 246-249 (1991)）、ＤＨＰＬＣ（Denaturing High Performance Liquid Chromatography）法（Underhill, P.A. et al., Genome Res. 7:996-1005 (1997)）、Surveyor Nucleaseを用いる方法（Qui P, et al., Biotechniques, 2004 Apr;36(4);702-7）、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法（Genet. Anal., 14, 143-149 (1999), J. Clin. Microbiol., 34, 2933-2936 (1996)）、Ｉｎｖａｄｅｒ法（Science, 5109, 778-783(1993), J. Biol. Chem., 30, 21387-21394 (1999), Nat. Biotechnol., 17, 292-296 (1999)）、プライマー伸長法（米国特許第６，２１０，８８４号、同第６，１８３，９６０号、Lizardi, P. M. et al., Nature Genet., 19, 225-232 (1998); Piated, A. S. et al., Nature Biotech., 16, 359-363 (1998)）、ＳＳＣＰ（Single Strand Conformation Polymorphism)法（Biotechniques, 16,296-297 (1994), Biotechniques, 21, 510-514 (1996)）、ＤＮＡチップを用いる方法、ＲＦＬＰ（制限酵素切断断片長多型）法、ＡＳＯ（Allele Specific Oligonucleotide）ハイブリダイゼーション法（Clin. Chim. Acta, 189, 153-157 (1990)）、ＡＲＭＳ（Amplification Refracting Mutation System）法（Nuc. Acids. Res., 19, 3561-3567 (1991), Nuc. Acids. Res., 20, 4831-4837 (1992)）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis）法（Biotechniques, 27, 1016-1018 (1999)）、ＲＮａｓｅＡ切断法（DNA Cell. Biol., 14, 87-94 (1995)）、化学切断法（Biotechniques, 21, 216-218 (1996)）、ＤＯＬ（Dye-labeled Oligonucleotide Ligation）法（Genome Res., 8, 549-556 (1998)）、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ（Matrix Assisted Laser Desorption-time of Flight/Mass Spectrometry）法（Genome Res., 7, 378-388 (1997), Eur. J. Clin. Chem. Clin. Biochem., 35, 545-548 (1997)）、ＴＤＩ（Template-directed Dye-terminator Incorporation）法（Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 10756-10761 (1997)）、モレキュラー・ビーコン（Molecular Beacons）法（Nat. Biotechnol.，1, p49-53 (1998)、遺伝子医学、4, p46-48(2000)）、ダイナミック・アレルスペシフィック・ハイブリダイゼーション法(Dynamic Allele-Specific Hybridization(DASH))法（Nat. Biotechnol.，1, p87-88, (1999)、遺伝子医学, 4, p47-48 (2000)）、パドロック・プローブ(Padlock Probe)法（Nat. Genet., 3, p225-232 (1998)、遺伝子医学, 4, p50-51 (2000)）、ＵＣＡＮ法、ＥＣＡ（Electrochemical Array）法（Anal. Chem., 72, p1334-1341, 2000）等を例示することができる。
【００３２】
例えば、ＤＨＰＬＣ法及びSurveyor Nucleaseを用いる方法については、Transgenomic社(USA)の製品を用い、そのプロトコールに従って行なうことができる。
【００３３】
ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法及びＩｎｖａｄｅｒ法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」(編集:中村祐輔、中山書店)ｐ．９４〜１０５の記載に従って行うことができる。
【００３４】
またプライマー伸長法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１０６〜１１７の記載に従って行なうことができる。
【００３５】
ＳＳＣＰ法に関しては、例えばBio Rad社のDCodeシステムを用いて、そのプロトコールに従って行なうことができる。
【００３６】
ＤＮＡチップを用いる方法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１２８〜１３５の記載に従って行なうことができる。その際、ＤＮＡチップに貼り付けるオリゴヌクレオチドプローブとしては、例えば、後述の多型の存在する塩基を含む５〜５０ヌクレオチドを用いることができる。
【００３７】
本発明において最も典型的、かつ、好適な手段として、例えば配列番号１又は２に示される塩基配列を含む領域を後述の増幅可能な遺伝子増幅用プライマーを用いて増幅し、BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit(アプライドバイオシステムズ）及びGeneAmp PCRシステム9700（アプライドバイオシステムズ）を用いて、定法に従って遺伝子増幅産物のＤＮＡ塩基配列をダイレクト・シーケンシング法により決定することにより、所望する配列の判別を行う方法が挙げられる。
【００３８】
また、本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスが芽胞耐熱性の低い菌であるか、高い菌であるかを判定することを更に含むことができる。
【００３９】
具体的には、配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（ａ１）〜（ａ４９）：
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の低い菌であると判定でき、下記（ｂ１）〜（ｂ４９）：
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の高い菌であると判定できる。
【００４０】
更に、本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、アリサイクロバチルス・アシドテレストリスが芽胞耐熱性の低い菌株であるＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであるか、又は芽胞耐熱性の高い菌株であるＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであるかを識別することを更に含むことができる。
【００４１】
例えば、配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（ａ１）〜（ａ４９）：
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の低いＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであると識別でき、下記（ｂ１）〜（ｂ４９）：
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
の少なくとも１つの塩基が検出された場合、好熱性好酸性菌は、芽胞耐熱性の高いＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであると識別できる。
【００４２】
本発明は、上記多型部位を含む塩基配列断片を増幅する、１対のプライマーセットを含み、具体的に以下のものが挙げられる。
【００４３】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）：
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
から選ばれる少なくとも１つの塩基の５’側にある５〜５０塩基長の部分配列と、前記塩基の３’側にある５〜５０塩基長の部分配列に相補的な配列とからなる、前記塩基を含む塩基配列断片を増幅し得る１対のプライマーセット。
【００４４】
本発明のプライマーセットの設計は、(i)配列番号１又は２に示される塩基配列において、上記（１）〜（４９）の少なくとも１つの多型部位の塩基の５’側にある５〜５０塩基長の連続した部分配列と、(ii)配列番号１又は２に示される塩基配列において、(i)で選択した多型部位の塩基の３’側にある５〜５０塩基長の連続した部分配列に相補的な配列とを、プライマーとしてセットにすればよい。
【００４５】
また、上記多型部位の塩基が２つ以上含まれる塩基配列断片を増幅するプライマーを設計する場合、上記(i)では、それらの塩基のうち一番５’側に存在する塩基の５’側の、５〜５０塩基長の連続した部分配列をプライマーとすればよく、上記(ii)では、それらの塩基のうち一番３’側に存在する塩基の３’側の、５〜５０塩基長の連続した部分配列に相補的な配列をプライマーとすればよい。
【００４６】
更に、上記少なくとも１つの多型部位の塩基を含む塩基配列断片を増幅するためのプライマー配列中に、他の多型部位の塩基を含んでいてもよい。
【００４７】
プライマーを構成する塩基の数は、以下の範囲に限定されないが、５〜５０、好ましくは１０〜３０、更に好ましくは１４〜２５である。また、増幅させる塩基配列の長さは限定されない。プライマーを用いたＤＮＡの増幅は、公知の手法で行うことができる。
【００４８】
プライマーセットの配列の具体例としては、例えば
５’−ＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧ−３’（配列番号３）と５’−ＡＴＧＡＣＣＡＣＣＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴ−３’（配列番号４）、
５’−ＣＧＧＣＴＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧＧ−３’（配列番号５）と５’−ＣＡＣＣＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴＴＣ−３’（配列番号６）、
５’−ＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧＧＧＣＴＴＣ−３’（配列番号７）と５’−ＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴＴＣＧＡＧ−３’（配列番号８）、
５’−ＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧＧＧＣＴＴＣＡＴＧＧＣ−３’（配列番号９）と５’−ＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴＴＣＧＡＧＡＧＡＴ−３’（配列番号１０）
などが挙げられる。
【００４９】
なお、プライマーの塩基配列に上記多型部位の塩基が含まれる場合は、該プライマーをアリサイクロバチルス・アシドテレストリスの上記多型、菌株又は芽胞耐熱性を識別するプローブとして用いてもよい。
【００５０】
本発明は、上記多型を判別し、好熱性好酸性菌アリサイクロバチルス・アシドテレストリスの菌株を識別し、芽胞耐熱性を識別するためのプローブとして用いられるオリゴヌクレオチド又はその標識物を含む。
【００５１】
本発明のオリゴヌクレオチド又はその標識物は、具体的に以下のものが挙げられる。
【００５２】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）：
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
から選ばれる少なくとも１つの塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌ
クレオチド又はその標識物、
配列番号１又は２に示される塩基配列に相補的な配列において、下記（１）〜（４９）
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
から選ばれる少なくとも１つの塩基に相補的な塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
【００５３】
上記オリゴヌクレオチド又はその標識物は、上記（１）〜（４９）の多型部位の塩基の複数を含んでいてもよい。また、上記オリゴヌクレオチド又はその標識物を構成する塩基の数は５〜５０、好ましくは１０〜３０、更に好ましくは１５〜２５である。
【００５４】
上記オリゴヌクレオチド又はその標識物をプローブとして用いるハイブリダイゼーションアッセイは、公知の手法で行うことができる。
【００５５】
オリゴヌクレオチド又はその標識物の配列の具体例としては、例えば
５’−ＧＴＴＧＧＡＧＡＴＡＣＣＧＡＣＡＡＧ−３’（配列番号１１）、５’−ＧＴＴＧＧＣＧＡＴＡＣＴＧＡＴＡＡＡ−３’（配列番号１２）、５’−ＧＡＧＧＡＡＡＴＣＣＧＣＧＣＧＡＴＣ−３’（配列番号１３）、５’−ＧＡＧＧＡＡＡＴＴＣＧＣＧＣＡＡＴＴ−３’（配列番号１４）などが挙げられる。
【００５６】
本発明のオリゴヌクレオチドは化学合成により作製することもできるし、上記プライマーを用いてＰＣＲ等により遺伝子配列を増幅させた増幅産物として作製することもできる。本発明のオリゴヌクレオチドは、検出のために、例えば蛍光色素、酵素、タンパク質、放射性同位体、化学発光物質、ビオチン等で標識されていてもよい。標識に用いる標識物質は、公知のものを用い、公知の方法で標識することができる（Nature Biotechnology, 14, p303-308 (1996)参照）。また、市販の蛍光標識キットを使用することもできる（例えば、アマシャム・ファルマシア社製 オリゴヌクレオチドＥＣＬ ３’−オリゴラベリングシステム等）。蛍光物質としては、例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ローダミン、フルオレセイン等が挙げられる。
【００５７】
なお、上記オリゴヌクレオチドは、任意に組合わせてプライマーとして用いることもできる。
【００５８】
更に、本発明は上記オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を含む。オリゴヌクレオチドを固定化する基板としては、スライドガラス、ニトロセルロース膜、マイクロビーズ等種々のものを用いることができる。固定化基板上に複数のオリゴヌクレオチドを整列固定化した場合、該固定化基板は、ＤＮＡマイクロアレイ又はＤＮＡチップとして用いることができる。また、オリゴヌクレオチドは基板上で合成してもよいし、また合成したオリゴヌクレオチドを基板上に固定化してもよい。基板上への固定化は、例えば市販のスポッター（Amersham社製等）やアレイヤーを用いて行うことができ、オリゴヌクレオチドの固定化は吸着や共有結合を介した結合により行うことができ、共有結合を介した結合により固定化する場合は、基板表面及びオリゴヌクレオチドに共有結合用のアミノ基、ＳＨ基等の官能基を導入すればよい。
【００５９】
オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を用いる上記配列の検出は公知の方法で行うことができる。
【００６０】
本発明の好熱性好酸性菌検出キットは、上記プライマーセット、上記オリゴヌクレオチド又はその標識物及び上記固定化基板の少なくとも１つを含む。本発明のキットは、必要に応じて、ハイブリダイゼーション、プローブの標識、ラベル体の検出等、本発明の識別方法に必要な他の試薬、器具等を適宜含んでいてもよい。
【００６１】
以下、本発明を実施例によって具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
【実施例１】
【００６２】
A. acidoterrestris芽胞の調製
A. acidoterrestris保存菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ２４９８、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）をＹＳＧ平板培地（酵母エキス０．２％、グルコース０．１％、可溶性デンプン０．２％、寒天１．５％、ｐＨ３．７）で４５℃で２日間培養した。平板培地上の菌体を滅菌水に懸濁し、新たなＹＳＧ平板培地に塗布し、４５℃で５日間培養した。平板上の菌体をかきとり、滅菌水に懸濁し、遠心分離後、上清を除去した。滅菌水に懸濁し、遠心分離後、上清を除去する操作を３回行い、ＰＢＳに懸濁した。
【００６３】
調製した芽胞の９５℃での耐熱性をスポア実験マニュアル（近藤雅臣と渡部一仁編集、技報堂出版）の５５〜５９ページに記載された方法に従って調べた。加熱処理した芽胞溶液をＹＳＧ平板培地培養し、生存芽胞を計数した。９５℃でのＤ値（ある温度において生存数を１０分の１に減少させるのに要する加熱時間、スポア実験マニュアル（近藤雅臣と渡部一仁編集、技報堂出版の５８〜５９ページ）を以下に示す。
【００６４】
ＩＡＭ１５０８７ ３．８５分
ＤＳＭ３９２２ ３．２０分
ＤＳＭ３９２３ ３．６６分
ＤＳＭ３９２４ ２．９２分
ＩＡＭ１５０８５ ８．４０分
ＩＡＭ１５０８６ ９．５６分
ＤＳＭ２４９８ ９．６０分
９５℃でのＤ値が３〜４分の菌株（ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）と、８〜１０分の菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＤＳＭ２４９８）が見られた。
【実施例２】
【００６５】
A. acidoterrestris ｇｙｒＢ遺伝子塩基配列の決定
A. acidoterrestris保存菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ２４９８、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）をＹＳＧ液体培地で４５℃、２４時間振とう培養した。培養液０．１ｍｌを遠心分離し、培養上清を除去した。得られた菌体からPrepManTMUltra Reagent（アプライドバイオシステムズ社）を用いて、ゲノムＤＮＡを調製した。
【００６６】
得られたゲノムＤＮＡを鋳型としてA. acidoterrestris ｇｙｒＢ遺伝子の約１．２ｋｂをＰＣＲにて増幅した。ＰＣＲのためのプライマーとしてＧＹ５：５’−ＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＡＣＡＡＧＧＴＧＴＣＴＧＧＣＧ−３’（配列番号３）とＧＹ３：５’−ＡＴＧＡＣＣＡＣＣＴＴＧＴＧＧＴＡＡＣＧＣＧＣＣＴ−３’（配列番号４）、ＤＮＡポリメラーゼとしてＥｘ−Ｔａｑ（タカラバイオ社）を用いた。
【００６７】
ＰＣＲ条件は、９４℃３０秒間、５５℃６０秒間、７２℃９０秒間を１サイクルとして３０サイクルとした。High Pure PCR Product Purification Kit（ロッシュ社）を用いて、増幅ＤＮＡ断片を精製した。増幅ＤＮＡ断片をTOPO TA Cloning（インビトロジェン社）を用いて、pCR2.1-TOPOベクターにライゲーションし、大腸菌DH5αに形質転換した。大腸菌形質転換株よりQIAprep Spin Miniprep kit（キアゲン社）を用いてプラスミドＤＮＡを調製し、得られたプラスミドＤＮＡを鋳型としてBigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit（アプライドバイオシステムズ社）を用いてＤＮＡシーケンシング反応を行なった。シーケンシング反応はＳ１：５’−ＧＣＡＴＣＣＡＧＡＣＣＣＧＧＴＧＴＴＴＧＴＣＧ−３’（配列番号１５）、Ｓ２：５’−ＧＣＡＡＣＣＧＡＴＧＧＡＴＴＣＴＣＧＴＣＧＡＧＧ−３’（配列番号１６）、Ｍ１３Ｆ：５’−ＧＴＡＡＡＡＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧ−３’（配列番号１７）、Ｍ１３Ｒ：５’−ＣＡＧＧＡＡＡＣＡＧＣＴＡＴＧＡＣ−３’（配列番号１８）のプライマーを使用した。
【００６８】
得られたＤＮＡ塩基配列を比較したところ、２種類の配列（前述の９５℃でのＤ値が３〜４分の菌株（ＩＡＭ１５０８７、ＤＳＭ３９２２、ＤＳＭ３９２３、ＤＳＭ３９２４）から得られる配列と８〜１０分の菌株（ＩＡＭ１５０８５、ＩＡＭ１５０８６、ＤＳＭ２４９８）から得られる配列）が得られた（図１）。
【００６９】
すなわち、配列番号１及び２の塩基番号８１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号８７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号１２９に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１５９に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号１６５に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１６８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１７１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１８６に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号１９８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号２４３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号２７０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号２７３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号２８２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号３３０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号３３９に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号３９４に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号４０５に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号４２０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号４２３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号４８０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号５４３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号５５３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号５８２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号６６０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号６７２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号６９０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号７０２に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号７１７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号７５７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号７９７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号８１０に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号８２８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号８４３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号８６４に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号９００に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号９２７に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号９４８に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号９５１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＴ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＣであり、塩基番号９７５に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号９８１に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１０２３に存在する塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１０３２の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＡ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＧであり、塩基番号１０３８の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１０７７の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１０８９の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１０９５の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＧ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＡであり、塩基番号１０９８の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１１２５の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであり、塩基番号１１３４の塩基が芽胞耐熱性の低い菌株ではＣ、芽胞耐熱性の高い菌株ではＴであった。
【産業上の利用可能性】
【００７０】
本発明の好熱性好酸性菌を識別する方法は、特に飲食品における検査、品質管理などに適用できる。
【図面の簡単な説明】
【００７１】
【図１−１】A. acidoterrestris株のＤＮＡ塩基配列（配列番号１及び２）比較を示す図である。
【図１−２】A. acidoterrestris株のＤＮＡ塩基配列（配列番号１及び２）比較を示す図である。
【配列表フリーテキスト】
【００７２】
配列番号３〜１８：プライマー
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１又は２に示される塩基配列における、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型を検出することを含む、試料中の好熱性好酸性菌を識別する方法。
（１）塩基番号８１の塩基がＧ若しくはＴである遺伝子多型
（２）塩基番号８７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３）塩基番号１２９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４）塩基番号１５９の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（５）塩基番号１６５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（６）塩基番号１６８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（７）塩基番号１７１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（８）塩基番号１８６の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（９）塩基番号１９８の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１０）塩基番号２４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１１）塩基番号２７０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１２）塩基番号２７３の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（１３）塩基番号２８２の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１４）塩基番号３３０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１５）塩基番号３３９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１６）塩基番号３９４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１７）塩基番号４０５の塩基がＣ若しくはＧである遺伝子多型
（１８）塩基番号４２０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１９）塩基番号４２３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２０）塩基番号４８０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（２１）塩基番号５４３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２２）塩基番号５５３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２３）塩基番号５８２の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（２４）塩基番号６６０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２５）塩基番号６７２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２６）塩基番号６９０の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２７）塩基番号７０２の塩基がＣ若しくはＡである遺伝子多型
（２８）塩基番号７１７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（２９）塩基番号７５７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３０）塩基番号７９７の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３１）塩基番号８１０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３２）塩基番号８２８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３３）塩基番号８４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３４）塩基番号８６４の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３５）塩基番号９００の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３６）塩基番号９２７の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３７）塩基番号９４８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３８）塩基番号９５１の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３９）塩基番号９７５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４０）塩基番号９８１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
【請求項２】
前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスである、請求項１に
記載の方法。
【請求項３】
下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の低い菌であると判定することを更に含む、請求項１又は２に記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【請求項４】
下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の高い菌であると判定することを更に含む、請求項１又は２に記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【請求項５】
下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであると識別することを更に含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【請求項６】
下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであると識別することを更に含む、請求項１、２及び４のいずれか１項に記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【請求項７】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基の５’側にある５〜５０塩基長の部分配列と、前記塩基の３’側にある５〜５０塩基長の部分配列に相補的な配列とからなる、前記塩基を含む塩基配列断片を増幅し得る１対のプライマーセット。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【請求項８】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【請求項９】
配列番号１又は２に示される塩基配列に相補的な配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基に相補的な塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【請求項１０】
請求項８又は９に記載のオリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板。
【請求項１１】
請求項７に記載のプライマーセット、請求項８若しくは９に記載のオリゴヌクレオチド又はその標識物及び請求項１０に記載の固定化基板の少なくとも１つを含む、好熱性好酸性菌検出キット。
【請求項１】
配列番号１又は２に示される塩基配列における、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型を検出することを含む、試料中の好熱性好酸性菌を識別する方法。
（１）塩基番号８１の塩基がＧ若しくはＴである遺伝子多型
（２）塩基番号８７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３）塩基番号１２９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４）塩基番号１５９の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（５）塩基番号１６５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（６）塩基番号１６８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（７）塩基番号１７１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（８）塩基番号１８６の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（９）塩基番号１９８の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１０）塩基番号２４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１１）塩基番号２７０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１２）塩基番号２７３の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（１３）塩基番号２８２の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１４）塩基番号３３０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１５）塩基番号３３９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１６）塩基番号３９４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（１７）塩基番号４０５の塩基がＣ若しくはＧである遺伝子多型
（１８）塩基番号４２０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（１９）塩基番号４２３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２０）塩基番号４８０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（２１）塩基番号５４３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２２）塩基番号５５３の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２３）塩基番号５８２の塩基がＡ若しくはＣである遺伝子多型
（２４）塩基番号６６０の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（２５）塩基番号６７２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２６）塩基番号６９０の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（２７）塩基番号７０２の塩基がＣ若しくはＡである遺伝子多型
（２８）塩基番号７１７の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（２９）塩基番号７５７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３０）塩基番号７９７の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３１）塩基番号８１０の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３２）塩基番号８２８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３３）塩基番号８４３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３４）塩基番号８６４の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３５）塩基番号９００の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（３６）塩基番号９２７の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（３７）塩基番号９４８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（３８）塩基番号９５１の塩基がＴ若しくはＣである遺伝子多型
（３９）塩基番号９７５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４０）塩基番号９８１の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ若しくはＧである遺伝子多型
（４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ若しくはＡである遺伝子多型
（４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
（４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ若しくはＴである遺伝子多型
【請求項２】
前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスである、請求項１に
記載の方法。
【請求項３】
下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の低い菌であると判定することを更に含む、請求項１又は２に記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【請求項４】
下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌が芽胞耐熱性の高い菌であると判定することを更に含む、請求項１又は２に記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【請求項５】
下記（ａ１）〜（ａ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８７株、ＤＳＭ３９２２株、ＤＳＭ３９２３株及びＤＳＭ３９２４株のいずれかであると識別することを更に含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（ａ１）塩基番号８１の塩基がＧ
（ａ２）塩基番号８７の塩基がＴ
（ａ３）塩基番号１２９の塩基がＣ
（ａ４）塩基番号１５９の塩基がＡ
（ａ５）塩基番号１６５の塩基がＣ
（ａ６）塩基番号１６８の塩基がＣ
（ａ７）塩基番号１７１の塩基がＧ
（ａ８）塩基番号１８６の塩基がＴ
（ａ９）塩基番号１９８の塩基がＧ
（ａ１０）塩基番号２４３の塩基がＧ
（ａ１１）塩基番号２７０の塩基がＣ
（ａ１２）塩基番号２７３の塩基がＴ
（ａ１３）塩基番号２８２の塩基がＧ
（ａ１４）塩基番号３３０の塩基がＧ
（ａ１５）塩基番号３３９の塩基がＣ
（ａ１６）塩基番号３９４の塩基がＣ
（ａ１７）塩基番号４０５の塩基がＣ
（ａ１８）塩基番号４２０の塩基がＧ
（ａ１９）塩基番号４２３の塩基がＣ
（ａ２０）塩基番号４８０の塩基がＧ
（ａ２１）塩基番号５４３の塩基がＣ
（ａ２２）塩基番号５５３の塩基がＣ
（ａ２３）塩基番号５８２の塩基がＡ
（ａ２４）塩基番号６６０の塩基がＣ
（ａ２５）塩基番号６７２の塩基がＡ
（ａ２６）塩基番号６９０の塩基がＡ
（ａ２７）塩基番号７０２の塩基がＣ
（ａ２８）塩基番号７１７の塩基がＴ
（ａ２９）塩基番号７５７の塩基がＣ
（ａ３０）塩基番号７９７の塩基がＡ
（ａ３１）塩基番号８１０の塩基がＧ
（ａ３２）塩基番号８２８の塩基がＣ
（ａ３３）塩基番号８４３の塩基がＧ
（ａ３４）塩基番号８６４の塩基がＡ
（ａ３５）塩基番号９００の塩基がＡ
（ａ３６）塩基番号９２７の塩基がＧ
（ａ３７）塩基番号９４８の塩基がＣ
（ａ３８）塩基番号９５１の塩基がＴ
（ａ３９）塩基番号９７５の塩基がＣ
（ａ４０）塩基番号９８１の塩基がＧ
（ａ４１）塩基番号１０２３の塩基がＧ
（ａ４２）塩基番号１０３２の塩基がＡ
（ａ４３）塩基番号１０３８の塩基がＣ
（ａ４４）塩基番号１０７７の塩基がＣ
（ａ４５）塩基番号１０８９の塩基がＣ
（ａ４６）塩基番号１０９５の塩基がＧ
（ａ４７）塩基番号１０９８の塩基がＣ
（ａ４８）塩基番号１１２５の塩基がＣ
（ａ４９）塩基番号１１３４の塩基がＣ
【請求項６】
下記（ｂ１）〜（ｂ４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基が検出された場合に、前記好熱性好酸性菌がアリサイクロバチルス・アシドテレストリスＩＡＭ１５０８５株、ＩＡＭ１５０８６株及びＤＳＭ２４９８株のいずれかであると識別することを更に含む、請求項１、２及び４のいずれか１項に記載の方法。
（ｂ１）塩基番号８１の塩基がＴ
（ｂ２）塩基番号８７の塩基がＣ
（ｂ３）塩基番号１２９の塩基がＴ
（ｂ４）塩基番号１５９の塩基がＣ
（ｂ５）塩基番号１６５の塩基がＴ
（ｂ６）塩基番号１６８の塩基がＴ
（ｂ７）塩基番号１７１の塩基がＡ
（ｂ８）塩基番号１８６の塩基がＣ
（ｂ９）塩基番号１９８の塩基がＡ
（ｂ１０）塩基番号２４３の塩基がＡ
（ｂ１１）塩基番号２７０の塩基がＴ
（ｂ１２）塩基番号２７３の塩基がＣ
（ｂ１３）塩基番号２８２の塩基がＡ
（ｂ１４）塩基番号３３０の塩基がＡ
（ｂ１５）塩基番号３３９の塩基がＴ
（ｂ１６）塩基番号３９４の塩基がＴ
（ｂ１７）塩基番号４０５の塩基がＧ
（ｂ１８）塩基番号４２０の塩基がＡ
（ｂ１９）塩基番号４２３の塩基がＴ
（ｂ２０）塩基番号４８０の塩基がＡ
（ｂ２１）塩基番号５４３の塩基がＴ
（ｂ２２）塩基番号５５３の塩基がＴ
（ｂ２３）塩基番号５８２の塩基がＣ
（ｂ２４）塩基番号６６０の塩基がＴ
（ｂ２５）塩基番号６７２の塩基がＧ
（ｂ２６）塩基番号６９０の塩基がＧ
（ｂ２７）塩基番号７０２の塩基がＡ
（ｂ２８）塩基番号７１７の塩基がＣ
（ｂ２９）塩基番号７５７の塩基がＴ
（ｂ３０）塩基番号７９７の塩基がＧ
（ｂ３１）塩基番号８１０の塩基がＡ
（ｂ３２）塩基番号８２８の塩基がＴ
（ｂ３３）塩基番号８４３の塩基がＡ
（ｂ３４）塩基番号８６４の塩基がＧ
（ｂ３５）塩基番号９００の塩基がＧ
（ｂ３６）塩基番号９２７の塩基がＡ
（ｂ３７）塩基番号９４８の塩基がＴ
（ｂ３８）塩基番号９５１の塩基がＣ
（ｂ３９）塩基番号９７５の塩基がＴ
（ｂ４０）塩基番号９８１の塩基がＡ
（ｂ４１）塩基番号１０２３の塩基がＡ
（ｂ４２）塩基番号１０３２の塩基がＧ
（ｂ４３）塩基番号１０３８の塩基がＴ
（ｂ４４）塩基番号１０７７の塩基がＴ
（ｂ４５）塩基番号１０８９の塩基がＴ
（ｂ４６）塩基番号１０９５の塩基がＡ
（ｂ４７）塩基番号１０９８の塩基がＴ
（ｂ４８）塩基番号１１２５の塩基がＴ
（ｂ４９）塩基番号１１３４の塩基がＴ
【請求項７】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基の５’側にある５〜５０塩基長の部分配列と、前記塩基の３’側にある５〜５０塩基長の部分配列に相補的な配列とからなる、前記塩基を含む塩基配列断片を増幅し得る１対のプライマーセット。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【請求項８】
配列番号１又は２に示される塩基配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【請求項９】
配列番号１又は２に示される塩基配列に相補的な配列において、下記（１）〜（４９）から選ばれる少なくとも１つの塩基に相補的な塩基を含む５〜５０塩基長の部分配列からなる、オリゴヌクレオチド又はその標識物。
（１）配列番号１又は２の塩基番号８１の塩基
（２）配列番号１又は２の塩基番号８７の塩基
（３）配列番号１又は２の塩基番号１２９の塩基
（４）配列番号１又は２の塩基番号１５９の塩基
（５）配列番号１又は２の塩基番号１６５の塩基
（６）配列番号１又は２の塩基番号１６８の塩基
（７）配列番号１又は２の塩基番号１７１の塩基
（８）配列番号１又は２の塩基番号１８６の塩基
（９）配列番号１又は２の塩基番号１９８の塩基
（１０）配列番号１又は２の塩基番号２４３の塩基
（１１）配列番号１又は２の塩基番号２７０の塩基
（１２）配列番号１又は２の塩基番号２７３の塩基
（１３）配列番号１又は２の塩基番号２８２の塩基
（１４）配列番号１又は２の塩基番号３３０の塩基
（１５）配列番号１又は２の塩基番号３３９の塩基
（１６）配列番号１又は２の塩基番号３９４の塩基
（１７）配列番号１又は２の塩基番号４０５の塩基
（１８）配列番号１又は２の塩基番号４２０の塩基
（１９）配列番号１又は２の塩基番号４２３の塩基
（２０）配列番号１又は２の塩基番号４８０の塩基
（２１）配列番号１又は２の塩基番号５４３の塩基
（２２）配列番号１又は２の塩基番号５５３の塩基
（２３）配列番号１又は２の塩基番号５８２の塩基
（２４）配列番号１又は２の塩基番号６６０の塩基
（２５）配列番号１又は２の塩基番号６７２の塩基
（２６）配列番号１又は２の塩基番号６９０の塩基
（２７）配列番号１又は２の塩基番号７０２の塩基
（２８）配列番号１又は２の塩基番号７１７の塩基
（２９）配列番号１又は２の塩基番号７５７の塩基
（３０）配列番号１又は２の塩基番号７９７の塩基
（３１）配列番号１又は２の塩基番号８１０の塩基
（３２）配列番号１又は２の塩基番号８２８の塩基
（３３）配列番号１又は２の塩基番号８４３の塩基
（３４）配列番号１又は２の塩基番号８６４の塩基
（３５）配列番号１又は２の塩基番号９００の塩基
（３６）配列番号１又は２の塩基番号９２７の塩基
（３７）配列番号１又は２の塩基番号９４８の塩基
（３８）配列番号１又は２の塩基番号９５１の塩基
（３９）配列番号１又は２の塩基番号９７５の塩基
（４０）配列番号１又は２の塩基番号９８１の塩基
（４１）配列番号１又は２の塩基番号１０２３の塩基
（４２）配列番号１又は２の塩基番号１０３２の塩基
（４３）配列番号１又は２の塩基番号１０３８の塩基
（４４）配列番号１又は２の塩基番号１０７７の塩基
（４５）配列番号１又は２の塩基番号１０８９の塩基
（４６）配列番号１又は２の塩基番号１０９５の塩基
（４７）配列番号１又は２の塩基番号１０９８の塩基
（４８）配列番号１又は２の塩基番号１１２５の塩基
（４９）配列番号１又は２の塩基番号１１３４の塩基
【請求項１０】
請求項８又は９に記載のオリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板。
【請求項１１】
請求項７に記載のプライマーセット、請求項８若しくは９に記載のオリゴヌクレオチド又はその標識物及び請求項１０に記載の固定化基板の少なくとも１つを含む、好熱性好酸性菌検出キット。
【図１−１】
【図１−２】
【図１−２】
【公開番号】特開２００９−１５３４３４（Ｐ２００９−１５３４３４Ａ）
【公開日】平成２１年７月１６日（２００９．７．１６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−３３４５０２（Ｐ２００７−３３４５０２）
【出願日】平成１９年１２月２６日（２００７．１２．２６）
【出願人】（０００２５３５０３）キリンホールディングス株式会社 (247)
【出願人】（３９１０５８３８１）キリンビバレッジ株式会社 (94)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２１年７月１６日（２００９．７．１６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年１２月２６日（２００７．１２．２６）
【出願人】（０００２５３５０３）キリンホールディングス株式会社 (247)
【出願人】（３９１０５８３８１）キリンビバレッジ株式会社 (94)
【Ｆターム（参考）】
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