標的分子を決定するためのライゲーション反応および増幅反応
本発明は、コード化反応およびデコード反応を使用して少なくとも１つのサンプルにおける標的のポリヌクレオチド配列およびタンパク質の存在または非存在を検出（または定量）するための方法、試薬およびキットに関する。例えば、特定の標的ポリヌクレオチドがサンプルに存在するとき、アドレス可能なプライマー部分を含む反応生成物がコード化反応において形成される。少なくとも１つの標識化プローブおよび少なくとも１つのアドレスプライマーがデコード増幅反応において用いられ得、それにより、配列が存在するか、または非存在であるかに依存して、検出可能なシグナル値を提供し得る。いくつかの実施形態において、コード化は、リンカープローブとのライゲーション反応を包含し、そして単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）が分析される。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも二つのサンプルから少なくとも一つの標的ポリヌクレオチド配列を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
少なくとも第１の反応容器１および第１の反応容器２を提供する工程であって、
ここで、該第１の反応容器１は、第１のサンプル、少なくとも一種の第１のライゲーションプローブ、少なくとも一種の第２のライゲーションプローブ、およびユニバーサルなループ状リンカーを含有し、ここで、該少なくとも一種の第１のライゲーションプローブは、標的特異的部分および順方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、該少なくとも一種の第２のライゲーションプローブは、標的特異的部分および逆方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、該リンカープローブのうちの少なくとも一つは、第１の同定部分をさらに備え、ここで、該第２のライゲーションプローブは、該ユニバーサルなループ状リンカー上に存在する対応するユニバーサルなスプリントに対して相補的であるユニバーサルなスプリントを備え、
ここで、該第１の反応容器２は、第２のサンプル、少なくとも一種の第１のライゲーションプローブ、および少なくとも一種の第２のライゲーションプローブを含有し、ここで、該少なくとも一種の第１のライゲーションプローブは、標的特異的部分および順方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、該少なくとも一種の第２のライゲーションプローブは、標的特異的部分および逆方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、少なくとも一種のリンカープローブは、第２の同定部分をさらに備え、ここで、該第２のライゲーションプローブは、該ユニバーサルなループ状リンカー上に存在する対応するユニバーサルなスプリントに対して相補的であるユニバーサルなスプリントを備える、工程、
該第１の反応容器１中で第１のコード化ライゲーション反応を行い、それによって、第１のコード化ライゲーション反応生成物の混合物を形成する工程であって、該混合物は、少なくとも一種の第１のコード化ライゲーション反応生成物を含有し、ここで、該少なくとも一種の第１のコード化ライゲーション反応生成物は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分、該同定部分、該標的特異的部分、該逆方向のアドレス可能なプライマー部分、および該ユニバーサルなループ状リンカーの該ユニバーサルなスプリントを含有し、それによって、該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチド配列の正体は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分および該逆方向のアドレス可能なプライマー部分でコードされ、そしてそれによって、該第１のコード化ライゲーション反応における該サンプルの正体は、該第１の同定部分によってコードされる、工程、
該第１の反応容器２中で第２のコード化ライゲーション反応を行い、それによって、第２のコード化ライゲーション反応生成物の混合物を形成する工程であって、該混合物は、少なくとも一種の第２のコード化ライゲーション反応生成物を含有し、ここで、該少なくとも一種の第２のコード化ライゲーション反応生成物は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分、該同定部分、該標的特異的部分、該逆方向のアドレス可能なプライマー部分、および該ユニバーサルなループ状リンカーの該ユニバーサルなスプリントを含有し、それによって、該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチド配列の正体は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分および該逆方向のアドレス可能なプライマー部分でコードされ、そしてそれによって、該第２のコード化ライゲーション反応における該サンプルの正体は、該第２の同定部分によってコードされる、工程、
該第１の反応容器１からの該第１のコード化ライゲーション反応生成物の混合物と、該第１の反応容器２からの該第２のコード化ライゲーション反応生成物の混合物とを組み合わせ、それによってコード化ライゲーション反応生成物の混合物を形成する工程、
該コード化反応生成物の混合物を、５’−作用ヌクレアーゼ、３’−作用ヌクレアーゼ、または５’−作用ヌクレアーゼおよび３’−作用ヌクレアーゼの両方で処理し、それによってライゲーションしていない分子を除去する工程、
少なくとも第２の反応容器１および第２の反応容器２を提供する工程であって、
ここで、該第２の反応容器１は、少なくとも一種の順方向アドレスプライマー、少なくとも一種の逆方向アドレスプライマー、ならびに少なくとも第１の標識化プローブ１および第２の標識化プローブ１を含有し、ここで、該第１の標識化プローブ１は、該第１の反応容器１からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第１の同定部分に相補的であるか、またはその相補体に対して相補的であって、そしてここで、該第２の標識化プローブ１は、該第１の反応容器２からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第２の同定部分に対して相補的であるか、またはその相補体に対して相補的であって、
ここで、第２の反応容器２は、少なくとも一種の順方向アドレスプライマー、少なくとも一種の逆方向アドレスプライマー、ならびに少なくとも第１の標識化プローブ１および少なくとも第２の標識化プローブ１を含有し、ここで、該第１の標識化プローブ１は、該第１の反応容器１からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第１の同定部分に相補的であるか、またはその相補体に対して相補的であって、そしてここで、該第２の標識化プローブ１は、該第１の反応容器２からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第２の同定部分に対して相補的であるか、またはその相補体に対して相補的である、工程、
該コード化ライゲーション反応生成物の混合物のアリコートを、該少なくとも一つの第２の反応容器１に加え、それによって該第２の反応容器１中で第１のデコード増幅反応物を形成する工程、
該第２の反応容器１中で第１のデコード増幅反応を行う工程であって、
ここで、該第１のデコード増幅反応物は、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中へ導入された該少なくとも一種の順方向アドレス可能なプライマー部分の相補体にハイブリダイズし得る少なくとも一種の識別可能な順方向アドレスプライマーを含有し、ここで、該少なくとも一種の逆方向アドレスプライマーは、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中に導入された、該少なくとも一種の逆方向のアドレス可能なプライマー部分にハイブリダイズし、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は、該コード化ライゲーション反応生成物が該第１のコード化ライゲーション反応に由来する場合、該第１の標識化プローブ１からのシグナルを生じ、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は該コード化ライゲーション反応生成物が、該第２のコード化反応に由来する場合、該第２の標識化プローブ１からのシグナルを生じる、工程、
該少なくとも二つのサンプル中の該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチドを、該第１のデコード反応物中の該第１の標識化プローブ１および該第２の標識化プローブ１からのシグナルの存在および量に基づいて決定する工程、
該コード化ライゲーション反応生成物の混合物のアリコートを、該少なくとも一つの第２の反応容器２に加え、それによって該第２の反応容器２中で第２のデコード増幅反応物を形成する工程、
該第２の反応容器２中で第２のデコード増幅反応を行う工程であって、
ここで、該第２のデコード増幅反応物は、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中へ導入された該少なくとも一種の順方向のアドレス可能なプライマー部分の相補体にハイブリダイズし得る少なくとも一種の識別可能な順方向アドレスプライマーを含有し、ここで、該少なくとも一種の逆方向アドレスプライマーは、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中に導入された該少なくとも一種の逆方向のアドレス可能なプライマー部分にハイブリダイズし、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は、該コード化ライゲーション反応生成物が該第１のコード化ライゲーション反応に由来する場合、該第１の標識化プローブ１からのシグナルを生じ、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は、該コード化ライゲーション反応生成物が該第２のコード化反応に由来する場合、該第２の標識化プローブ１からのシグナルを生じる、工程、
該少なくとも二つのサンプル中の該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチドを、該第１のデコード反応物中の該第１の標識化プローブ１および該第２の標識化プローブ１からのシグナルの存在および量に基づいて決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１】
少なくとも二つのサンプルから少なくとも一つの標的ポリヌクレオチド配列を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
少なくとも第１の反応容器１および第１の反応容器２を提供する工程であって、
ここで、該第１の反応容器１は、第１のサンプル、少なくとも一種の第１のライゲーションプローブ、少なくとも一種の第２のライゲーションプローブ、およびユニバーサルなループ状リンカーを含有し、ここで、該少なくとも一種の第１のライゲーションプローブは、標的特異的部分および順方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、該少なくとも一種の第２のライゲーションプローブは、標的特異的部分および逆方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、該リンカープローブのうちの少なくとも一つは、第１の同定部分をさらに備え、ここで、該第２のライゲーションプローブは、該ユニバーサルなループ状リンカー上に存在する対応するユニバーサルなスプリントに対して相補的であるユニバーサルなスプリントを備え、
ここで、該第１の反応容器２は、第２のサンプル、少なくとも一種の第１のライゲーションプローブ、および少なくとも一種の第２のライゲーションプローブを含有し、ここで、該少なくとも一種の第１のライゲーションプローブは、標的特異的部分および順方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、該少なくとも一種の第２のライゲーションプローブは、標的特異的部分および逆方向のアドレス可能なプライマー部分を備え、ここで、少なくとも一種のリンカープローブは、第２の同定部分をさらに備え、ここで、該第２のライゲーションプローブは、該ユニバーサルなループ状リンカー上に存在する対応するユニバーサルなスプリントに対して相補的であるユニバーサルなスプリントを備える、工程、
該第１の反応容器１中で第１のコード化ライゲーション反応を行い、それによって、第１のコード化ライゲーション反応生成物の混合物を形成する工程であって、該混合物は、少なくとも一種の第１のコード化ライゲーション反応生成物を含有し、ここで、該少なくとも一種の第１のコード化ライゲーション反応生成物は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分、該同定部分、該標的特異的部分、該逆方向のアドレス可能なプライマー部分、および該ユニバーサルなループ状リンカーの該ユニバーサルなスプリントを含有し、それによって、該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチド配列の正体は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分および該逆方向のアドレス可能なプライマー部分でコードされ、そしてそれによって、該第１のコード化ライゲーション反応における該サンプルの正体は、該第１の同定部分によってコードされる、工程、
該第１の反応容器２中で第２のコード化ライゲーション反応を行い、それによって、第２のコード化ライゲーション反応生成物の混合物を形成する工程であって、該混合物は、少なくとも一種の第２のコード化ライゲーション反応生成物を含有し、ここで、該少なくとも一種の第２のコード化ライゲーション反応生成物は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分、該同定部分、該標的特異的部分、該逆方向のアドレス可能なプライマー部分、および該ユニバーサルなループ状リンカーの該ユニバーサルなスプリントを含有し、それによって、該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチド配列の正体は、該順方向のアドレス可能なプライマー部分および該逆方向のアドレス可能なプライマー部分でコードされ、そしてそれによって、該第２のコード化ライゲーション反応における該サンプルの正体は、該第２の同定部分によってコードされる、工程、
該第１の反応容器１からの該第１のコード化ライゲーション反応生成物の混合物と、該第１の反応容器２からの該第２のコード化ライゲーション反応生成物の混合物とを組み合わせ、それによってコード化ライゲーション反応生成物の混合物を形成する工程、
該コード化反応生成物の混合物を、５’−作用ヌクレアーゼ、３’−作用ヌクレアーゼ、または５’−作用ヌクレアーゼおよび３’−作用ヌクレアーゼの両方で処理し、それによってライゲーションしていない分子を除去する工程、
少なくとも第２の反応容器１および第２の反応容器２を提供する工程であって、
ここで、該第２の反応容器１は、少なくとも一種の順方向アドレスプライマー、少なくとも一種の逆方向アドレスプライマー、ならびに少なくとも第１の標識化プローブ１および第２の標識化プローブ１を含有し、ここで、該第１の標識化プローブ１は、該第１の反応容器１からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第１の同定部分に相補的であるか、またはその相補体に対して相補的であって、そしてここで、該第２の標識化プローブ１は、該第１の反応容器２からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第２の同定部分に対して相補的であるか、またはその相補体に対して相補的であって、
ここで、第２の反応容器２は、少なくとも一種の順方向アドレスプライマー、少なくとも一種の逆方向アドレスプライマー、ならびに少なくとも第１の標識化プローブ１および少なくとも第２の標識化プローブ１を含有し、ここで、該第１の標識化プローブ１は、該第１の反応容器１からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第１の同定部分に相補的であるか、またはその相補体に対して相補的であって、そしてここで、該第２の標識化プローブ１は、該第１の反応容器２からの該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の該第２の同定部分に対して相補的であるか、またはその相補体に対して相補的である、工程、
該コード化ライゲーション反応生成物の混合物のアリコートを、該少なくとも一つの第２の反応容器１に加え、それによって該第２の反応容器１中で第１のデコード増幅反応物を形成する工程、
該第２の反応容器１中で第１のデコード増幅反応を行う工程であって、
ここで、該第１のデコード増幅反応物は、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中へ導入された該少なくとも一種の順方向アドレス可能なプライマー部分の相補体にハイブリダイズし得る少なくとも一種の識別可能な順方向アドレスプライマーを含有し、ここで、該少なくとも一種の逆方向アドレスプライマーは、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中に導入された、該少なくとも一種の逆方向のアドレス可能なプライマー部分にハイブリダイズし、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は、該コード化ライゲーション反応生成物が該第１のコード化ライゲーション反応に由来する場合、該第１の標識化プローブ１からのシグナルを生じ、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は該コード化ライゲーション反応生成物が、該第２のコード化反応に由来する場合、該第２の標識化プローブ１からのシグナルを生じる、工程、
該少なくとも二つのサンプル中の該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチドを、該第１のデコード反応物中の該第１の標識化プローブ１および該第２の標識化プローブ１からのシグナルの存在および量に基づいて決定する工程、
該コード化ライゲーション反応生成物の混合物のアリコートを、該少なくとも一つの第２の反応容器２に加え、それによって該第２の反応容器２中で第２のデコード増幅反応物を形成する工程、
該第２の反応容器２中で第２のデコード増幅反応を行う工程であって、
ここで、該第２のデコード増幅反応物は、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中へ導入された該少なくとも一種の順方向のアドレス可能なプライマー部分の相補体にハイブリダイズし得る少なくとも一種の識別可能な順方向アドレスプライマーを含有し、ここで、該少なくとも一種の逆方向アドレスプライマーは、該第１のコード化ライゲーション反応および該第２のコード化ライゲーション反応の間に該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物中に導入された該少なくとも一種の逆方向のアドレス可能なプライマー部分にハイブリダイズし、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は、該コード化ライゲーション反応生成物が該第１のコード化ライゲーション反応に由来する場合、該第１の標識化プローブ１からのシグナルを生じ、ここで、該少なくとも一種のコード化ライゲーション反応生成物の増幅は、該コード化ライゲーション反応生成物が該第２のコード化反応に由来する場合、該第２の標識化プローブ１からのシグナルを生じる、工程、
該少なくとも二つのサンプル中の該少なくとも一つの標的ポリヌクレオチドを、該第１のデコード反応物中の該第１の標識化プローブ１および該第２の標識化プローブ１からのシグナルの存在および量に基づいて決定する工程、
を包含する、方法。
【図１】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【公表番号】特表２００７−５３００５１（Ｐ２００７−５３００５１Ａ）
【公表日】平成１９年１１月１日（２００７．１１．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５０５２４１（Ｐ２００７−５０５２４１）
【出願日】平成１７年３月２４日（２００５．３．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１０１８４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０９８０４０
【国際公開日】平成１７年１０月２０日（２００５．１０．２０）
【出願人】（５０００６９０５７）アプレラ コーポレイション (120)
【住所又は居所原語表記】８５０ Ｌｉｎｃｏｌｎ Ｃｅｎｔｒｅ Ｄｒｉｖｅ Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ ＣＡＬＩＦＯＲＮＩＡ ９４４０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１１月１日（２００７．１１．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年３月２４日（２００５．３．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１０１８４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０９８０４０
【国際公開日】平成１７年１０月２０日（２００５．１０．２０）
【出願人】（５０００６９０５７）アプレラ コーポレイション (120)
【住所又は居所原語表記】８５０ Ｌｉｎｃｏｌｎ Ｃｅｎｔｒｅ Ｄｒｉｖｅ Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ ＣＡＬＩＦＯＲＮＩＡ ９４４０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]