結合要素を用いたアッセイのための装置及び方法
【課題】細胞、芽胞又はウイルスの、標的分子を含む内容物、例えばポリヌクレオチド、を放出するように適合された装置を用いる、生物学的試料中の病原体の存在を測定する方法を提供する。
【解決手段】レポーター化合物、捕捉分子のアンカー基を結合する第一結合要素、レポーター化合物を捕捉する第二結合要素、レポーター化合物と複合体を形成する標的核酸及び捕捉分子を用いる、レポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定する方法。
【解決手段】レポーター化合物、捕捉分子のアンカー基を結合する第一結合要素、レポーター化合物を捕捉する第二結合要素、レポーター化合物と複合体を形成する標的核酸及び捕捉分子を用いる、レポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定する方法。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）堅固な基材；
（ｂ）前記基材を少なくとも部分的に覆う柔軟なカバー要素；
（ｃ）液体を収容するように適合された、及び１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの、標的分子を含む内容物を放出するように適合された、前記基材中に形成された第一の構造；
（ｄ）液体を収容し、及び前記標的分子を捕捉するように適合された少なくとも１つの結合要素を含むように適合された、並びに前記標的分子の存在及び／又は量の指標となる値を測定するように適合された、前記基材中に形成された第二の構造；
（ｅ）少なくとも前記第一の構造及び前記第二の構造を相互接続する微小流体ネットワーク；
（ｆ）前記微小流体ネットワークの一部を選択的に閉鎖するために、前記基材に対して前記柔軟なカバー要素を押圧することによって、前記第一の構造と前記第二の構造の間に流体流を起こさせるように適合されたアクチュエータユニット；
を含む装置。
【請求項２】
（ａ）少なくとも１つの結合要素を含み及び微小流体ネットワークと流体連通している、液体を収容するように適合された構造；
（ｂ）前記標的分子が少なくとも１つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合され、前記構造中の前記標的分子の増幅を調節するように適合され、及び少なくとも１つの結合要素において捕捉された化合物の検出を調節するように適合された調節ユニット；
を含む装置。
【請求項３】
化合物が標的分子である、請求項２に記載の装置。
【請求項４】
化合物が標的分子の存在及び／又は量の指標となるレポーター化合物である、請求項２に記載の装置。
【請求項５】
少なくとも１つの結合要素が標的分子を捕捉するように適合されている、請求項１から４の何れか一項に記載の装置。
【請求項６】
少なくとも１つの結合要素が標的分子の存在及び／又は量の指標となるレポーター化合物を捕捉するように適合されている、請求項１から５の何れか一項に記載の装置。
【請求項７】
少なくとも１つの結合要素が標的分子を捕捉するように適合された第一の結合要素並びに標的分子の存在及び／又は量の指標となるレポーター化合物を捕捉するように適合された第二の結合要素を含む、請求項１から６の何れか一項に記載の装置。
【請求項８】
前記構造がウェルである、請求項１から７の何れか１項に記載の装置。
【請求項９】
微小流体ネットワークが１つのチャネル又は相互接続されたチャネルの複数を含む、請求項１から８の何れか一項に記載の装置。
【請求項１０】
微小流体ネットワークが少なくとも１つのさらなる構造を含む、請求項１から９の何れか一項に記載の装置。
【請求項１１】
少なくとも１つのさらなる構造が１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの、標的分子を含む内容物を放出するように適合されている、請求項１０に記載の装置。
【請求項１２】
少なくとも１つのさらなる構造が標的分子と複合体を形成することができる捕捉プローブを含む、請求項１０又は１１に記載の装置。
【請求項１３】
少なくとも１つのさらなる構造が標的分子の増幅を促進する少なくとも１つの物質を含む、請求項１０から１２の何れか一項に記載の装置。
【請求項１４】
前記少なくとも１つのさらなる構造がウェルである、請求項１０から１３の何れか１項に記載の装置。
【請求項１５】
基材を含み、前記構造が前記基材上に及び／又は基材中に付与されている、請求項１から１４の何れか一項に記載の装置。
【請求項１６】
基材が堅固な基材である、請求項１５に記載の装置。
【請求項１７】
基材を少なくとも部分的に覆うカバー要素を含む、請求項１５又は１６に記載の装置。
【請求項１８】
前記基材が第一の表面及び該第一の表面と対向する第二の表面を有し、
前記構造が前記基材の前記第一の表面上及び／又は表面中に付与されており、
前記基材の前記第二の表面上及び／又は表面中に付与されているさらなる構造を含み、
前記第一及び第二の表面の間に配置され、並びに前記構造を前記さらなる構造との流体連通させるように構成された接続構造を含む、
請求項１５から１７の何れか一項に記載の装置。
【請求項１９】
接続構造が基材中の通過穴又は基材の第一の表面中及び第二の表面中の溝である、請求項１８に記載の装置。
【請求項２０】
さらなる基材を含み、さらなる構造がさらなる基材上及びさらなる基材中に付与されており、前記基材がさらなる基材に接続されている作動状態において、前記構造と前記さらなる構造が流体連通されるように、前記基材及び前記さらなる基材が相互接続可能であるように適合されている、請求項１５から１９の何れか一項に記載の装置。
【請求項２１】
標的分子の分析中における固相カップリング手順の複数が少なくとも１つの結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から２０の何れか一項に記載の装置。
【請求項２２】
標的分子の分析中における正確に２つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から２１の何れか一項に記載の装置。
【請求項２３】
試料中の標的分子の分析中における正確に１つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から１９の何れか一項に記載の装置。
【請求項２４】
少なくとも１つの結合要素に隣接して配置された装置の少なくとも一部が１ｎｍから１０μｍの波長の範囲の電磁波照射に対して透過性であり、これにより、標的分子の存在及び／又は量の指標となり、及び少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物の電磁波照射をベースとする検出が可能となる、請求項１から２３の何れか一項に記載の装置。
【請求項２５】
調節ユニットがプロセッサである、特にマイクロプロセッサ及び中央演算装置からなる群の１つである、請求項２から２４又は９７の何れかに記載の装置。
【請求項２６】
前記構造に配置され、及び前記構造中に配置された少なくとも１つの結合要素、特にビーズが前記構造から取り除かれることを防ぐように適合された少なくも１つのフィルター、特に少なくとも１つのフリットを含む、請求項１から２５の何れかに記載の装置。
【請求項２７】
少なくとも１つの結合要素が表面機能化を含む、請求項１から２６の何れかに記載の装置。
【請求項２８】
少なくとも１つの結合要素が、前記構造の表面上に配置された捕捉分子、粒子上に配置された捕捉分子、前記構造の多孔性表面上に配置された捕捉分子及び前記構造の表面に関して異なる位置上に配置された１つ又はそれ以上の異なる捕捉分子からなる群の少なくとも１つを含む、請求項１から２７の何れか一項に記載の装置。
【請求項２９】
前記構造が１μＬから１ｍＬの範囲、特に２０μＬから３００μＬの範囲の容積を有する、請求項１から２８の何れか一項に記載の装置。
【請求項３０】
前記基材が装置に液体を供給するための挿管を受容するように構成された溝を有する、請求項１５から２９の何れか一項に記載の装置。
【請求項３１】
基材が前記構造に隣接するウィンドウ部分を有し、及び１ｎｍから１０μｍの波長の範囲、４００ｎｍから８００ｎｍの波長の範囲の電磁波照射に対して透過性であり、これにより、前記構造又は前記微小流体ネットワークを通じた液体流のメニスカスの電磁波照射をベースとする検出を可能とする、請求項１５から３０の何れか一項に記載の装置。
【請求項３２】
前記構造及び前記さらなる構造からなる群の少なくとも１つが２つの液体開口部を含む、請求項１０から３１の何れか一項に記載の装置。
【請求項３３】
少なくとも１つの結合要素が捕捉分子のアンカー基を結合するように構成されている、請求項１から３２の何れか一項に記載の装置。
【請求項３４】
少なくとも１つの結合要素がポリヌクレオチドを捕捉するように構成されている、請求項１から３３の何れかに記載の装置。
【請求項３５】
カバー要素が柔軟なカバー要素である、請求項１７から３４の何れかに記載の装置。
【請求項３６】
カバー要素が少なくとも部分的に変形可能であるように構成されている、請求項１７から３５の何れか一項に記載の装置。
【請求項３７】
前記構造又は前記微小流体ネットワークを開放又は閉鎖することにより、液体の流れを選択的に可能又は不能にするように、カバー要素が少なくとも部分的に変形可能なように構成されている、請求項１７から３６の何れか一項に記載の装置。
【請求項３８】
前記構造に沿って又は前記微小流体ネットワークに沿って液体を輸送するように、カバー要素が少なくとも部分的に変形可能なように構成されている、請求項１７から３７の何れか一項に記載の装置。
【請求項３９】
（ａ）前記構造を覆うカバー要素の一部；及び
（ｂ）前記カバー要素を変形させるように作動されるように適合されたアクチュエータユニット；
をさらに含む、請求項３８に記載の装置。
【請求項４０】
前記構造が生物学的に、生化学的に及び／又は化学的に活性である１つ又はそれ以上の物質を含む、請求項１から３９の何れかに記載の装置。
【請求項４１】
１つ又はそれ以上の物質が、捕捉分子、検出可能なマーカー及び試薬からなる群の少なくとも１つを含む、請求項４０に記載の装置。
【請求項４２】
１つ又はそれ以上の物質が乾燥された形態で、特に凍結乾燥された形態で存在する、請求項４０又は４１に記載の装置。
【請求項４３】
チャネルが５０μｍから１ｍｍの範囲、特に１００μｍから３００μｍの範囲の幅を有する、請求項９から４２の何れか一項に記載の装置。
【請求項４４】
チャネルが２０μｍから３００μｍの範囲、特に５０μｍから２００μｍの範囲の高さを有する、請求項９から４３の何れか一項に記載の装置。
【請求項４５】
前記構造が液体用の輸送媒体として適合された材料を含む、請求項１から４４の何れかに記載の装置。
【請求項４６】
材料が固体材料、ゲル材料、液体材料及びこれらの組み合わせからなる群の少なくとも１つを含む、請求項４５に記載の装置。
【請求項４７】
カバー要素が柔軟な膜又は柔軟な密封を含む、請求項１７から４６の何れかに記載の装置。
【請求項４８】
カバー要素を変形し、これにより、構造中及び／又は微小流体ネットワーク中の液体の液体流の特性を調節するように作動するように適合されたアクチュエータユニットを含む、請求項１７から４７の何れかに記載の装置。
【請求項４９】
チャネルの直線部分に沿って液体の液体流特性を調節するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項４８に記載の装置。
【請求項５０】
バルブ、流体混合装置及び流体ポンプからなる群の少なくとも１つとして、アクチュエータユニットが適合されている、請求項４８又は４９に記載の装置。
【請求項５１】
アクチュエータユニットが、カバー要素を変形して、これにより、調節ユニットによって規定される流体流スキームに従って液体の液体流特性を調節するために協調的に作動されるように適合されたアクチュエータ要素の複数を含む、請求項４８から５０の何れか一項に記載の装置。
【請求項５２】
標的分子が少なくとも１つの結合要素に捕捉され、標的分子が構造中で増幅され、並びに標的分子の存在及び／又は量の指標となり、及び少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物が検出されるようにカバー要素を変形するためにアクチュエータユニットを調節するように調節ユニットが適合される、請求項４８から５１の何れか一項に記載の装置。
【請求項５３】
アクチュエータユニットが往復運動されるように構成されたピンを含む、請求項４８から５２の何れか一項に記載の装置。
【請求項５４】
アクチュエータユニットが基材の主表面に対して垂直な方向に移動可能に取り付けられている、請求項４８から５３の何れかに記載の装置。
【請求項５５】
前記構造を通じた液体の輸送を不能にするために、前記構造の少なくとも一部を選択的に閉鎖するように、アクチュエータユニットが移動可能に取り付けられている、請求項４８から５４の何れかに記載の装置。
【請求項５６】
前記構造を通じた液体の輸送を可能とするために、前記構造の少なくとも一部を選択的に開放するように、アクチュエータユニットが移動可能に取り付けられている、請求項４８から５５の何れかに記載の装置。
【請求項５７】
前記構造を通じた液体の流体流を選択的に可能又は不能とするために、基材の主表面に対して垂直に往復運動するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項４８から５６の何れかに記載の装置。
【請求項５８】
前記構造を通じて液体を拍出するために、基材の主表面に対して垂直に往復運動するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項４８から５７の何れかに記載の装置。
【請求項５９】
アクチュエータユニットが構造の容量又は高さを調節するように適合されている、請求項４８から５８の何れかに記載の装置。
【請求項６０】
アクチュエータユニットが構造を選択的に閉鎖するように適合されている、請求項４８から５９の何れかに記載の装置。
【請求項６１】
アクチュエータユニットを機械的に駆動するように適合された駆動ユニットを含み、駆動ユニットが調節ユニットによって調節可能である、請求項４８から６０の何れかに記載の装置。
【請求項６２】
駆動ユニットが空気圧式駆動機構、水力学的駆動機構及び電磁的駆動機構からなる群の少なくとも１つを含む、請求項６１に記載の装置。
【請求項６３】
少なくとも１つの結合要素が三次元媒体を含む、請求項１から６２の何れか一項に記載の装置。
【請求項６４】
三次元媒体が粒子及び多孔性マトリックスからなる群の少なくとも１つから選択される、請求項６３に記載の装置。
【請求項６５】
アクチュエータユニットを移動させることによって可逆的に圧縮可能であるように三次元媒体が配置及び構成されている、請求項６３又は６４に記載の装置。
【請求項６６】
バイオセンサーアッセイ装置、微小流体カートリッジ及びラブ・オン・チップ（ｌａｂ ｏｎ ｃｈｉｐ）からなる群の少なくとも１つとして適合された、請求項１から６５の何れかに記載の装置。
【請求項６７】
液体の温度を感知するように適合され、及び好ましくはアクチュエータユニットに配置されている温度センサーを含む、請求項１から６６の何れかに記載の装置。
【請求項６８】
液体の温度を操作するように適合され、及び好ましくはアクチュエータユニットに配置されている温度操作ユニットを含む、請求項１から６７の何れかに記載の装置。
【請求項６９】
温度操作ユニットがポリメラーゼ連鎖反応を実施するための温度系列に従って構造中に配置された液体の温度を操作するように適合されている、請求項６８に記載の装置。
【請求項７０】
構造中に配置されている液体の温度を最大９５℃まで上昇させるように、温度操作単位が適合されている、請求項６８又は６９に記載の装置。
【請求項７１】
温度操作ユニットが加熱要素及び冷却要素からなる群の少なくとも１つを含む、請求項６８から７０の何れか一項に記載の装置。
【請求項７２】
液体の温度を操作するように適合された温度操作ユニットを含み、前記温度操作ユニットが第一の加熱要素及び第二の加熱要素を含み、前記構造が第一の加熱要素と第二の加熱要素の間に配置されている、請求項１から７１の何れか一項に記載の装置。
【請求項７３】
第一の加熱要素が連続板であり、及び第二の加熱要素が環状板である、請求項７２に記載の装置。
【請求項７４】
構造中の液体の温度を制御するように適合された温度制御ユニットを含む、請求項１から７３の何れかに記載の装置。
【請求項７５】
基材が光透過性材料を含む、請求項１５から７４の何れかに記載の装置。
【請求項７６】
少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物を検出するように適合された検出ユニットを前記構造中に含む、請求項１から７５の何れかに記載の装置。
【請求項７７】
検出領域が光学的検出ユニット、特に蛍光検出ユニットを含む、請求項７６に記載の装置。
【請求項７８】
微小流体ネットワークが相互接続されたチャネルの複数を含む、請求項１から７７の何れかに記載の装置。
【請求項７９】
基材及びカバー要素が互いに接続されている別個のコンポーネントである、請求項１７から７８の何れかに記載の装置。
【請求項８０】
基材及びカバー要素が異なる材料で作製されている、請求項１７から７９の何れかに記載の装置。
【請求項８１】
前記構造及び／又は微小流体ネットワークを通じて液体を輸送するように適合された輸送ユニットを含む、請求項１から８０の何れかに記載の装置。
【請求項８２】
輸送ユニットがポンプ、特に、圧縮空気ポンプ、水圧式ポンプ、蠕動式ポンプ及び真空ポンプからなる群の１つを含む、請求項８１に記載の装置。
【請求項８３】
輸送ユニットが前記構造中及び／又は微小流体ネットワーク中に気泡を発生させることによって、液体を輸送するように適合されている、請求項８１に記載の装置。
【請求項８４】
基材及びカバー要素が直接接触している、請求項１７から８３の何れかに記載の装置。
【請求項８５】
基材がカバー要素と直接接触していない、請求項１７から８４の何れかに記載の装置。
【請求項８６】
前記構造に隣接して位置している基材の一部が４００ｎｍから８００ｎｍの波長の範囲の電磁的放射に対して透過性であり、これにより、前記構造中での光学的検出を可能とする、請求項１５から８５の何れかに記載の装置。
【請求項８７】
標的分子の分析中における少なくとも２つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素の正確に１つにおいて行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から８６の何れか一項に記載の装置。
【請求項８８】
標的分子の分析中における少なくとも２つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素の異なる結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から８６の何れか一項に記載の装置。
【請求項８９】
溶解剤と及び標的分子と複合体を形成することができる捕捉プローブとを含む溶解構造を含み、
液体の１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物（該内容物は標的分子を含む。）が放出され、及び捕捉プローブと複合体を形成するように、溶解構造への液体の流れを調節するように調節ユニットが適合されている、請求項２から８８の何れかに記載の装置。
【請求項９０】
複合体が構造中の少なくとも１つの結合部分に捕捉されるように、調節ユニットが、溶解構造から前記構造中への複合体の流体流を調節するように適合されている、請求項８９に記載の装置。
【請求項９１】
前記構造と流体連通している廃棄チャンバーを含み、
少なくとも１つの結合要素に捕捉されていない構造中の成分が廃棄チャンバー中に輸送される様式で、調節ユニットが微小液体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合されている、請求項９０に記載の装置。
【請求項９２】
洗浄剤を含む洗浄構造を含み、
洗浄手順が構造中で行われるように、調節ユニットが洗浄構造から前記構造中への洗浄剤の流体流を調節するように適合されている、請求項９１に記載の装置。
【請求項９３】
逆転写剤を含む逆転写構造を含み、逆転写手順が前記構造中で行われるように、調節ユニットが逆転写構造から前記構造中への逆転写剤の流体流を調節するように適合されている、請求項９２に記載の装置。
【請求項９４】
増幅剤を含む増幅構造を含み、増幅構造中への前記構造からの液体の流体流を調節するように、及び増幅構造から前記構造へ戻る液体の及び増幅剤の流体流を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項９３に装置。
【請求項９５】
増幅剤を使用することによって及び前記構造へ温度系列を適用することによって、前記構造中の増幅を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項９４に記載の装置。
【請求項９６】
少なくとも１つの結合要素に捕捉された、増幅された化合物の検出を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項９５に記載の装置。
【請求項９７】
標的分子が少なくとも１つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合され、第二の構造中の標的分子の増幅を調節するように適合され、及び少なくとも１つの結合要素において捕捉された化合物の検出を調節するように適合された調節ユニットを含む、請求項１に記載の装置。
【請求項９８】
微小流体ネットワークを通じた液体流を調節するために、アクチュエータユニットを調節するように、調節ユニットが適合されている、請求項９７に記載の装置。
【請求項９９】
液体を収容するように適合された構造を含み、該構造が第一の化合物を捕捉するように適合された第一の結合要素と並びに第一の化合物の存在及び／又は量の指標となる第二の化合物を捕捉するように適合された第二の結合要素とを含む、装置。
【請求項１００】
（ａ）少なくとも１つの結合要素を含み及び微小流体ネットワークと流体連通している構造中に液体を収容すること、
（ｂ）標的分子が少なくとも１つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節すること、
（ｃ）構造中の標的分子を増幅すること、及び
（ｄ）標的分子の存在及び／又は量の指標となり、並びに少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物を検出すること、
を含む、方法。
【請求項１０１】
（ａ）それぞれ標的核酸と捕捉分子を含む複合体を形成させること（各捕捉分子は、標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）、
（ｂ）複合体を結合要素と接触させること（結合要素は、複合体を結合要素に結合するための捕捉分子のアンカー基を結合するように構成されている。）、
（ｃ）１つ又はそれ以上の標的核酸を増幅に供すること、
（ｄ）結合要素に関して、増幅された標的核酸を捕捉すること、及び
（ｅ）捕捉された標的核酸の存在及び／又は量の指標となる１つ又はそれ以上の値を測定すること、
を含む、方法。
【請求項１０２】
１つ又はそれ以上の標的核酸が一本鎖核酸である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
工程（ｃ）を実施する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させること、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復することをさらに含む、請求項１０１から１０３の何れかに記載の方法。
【請求項１０５】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復するサイクルが少なくとも１０回実施される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復するサイクルが少なくとも２０回実施される、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復する少なくとも１サイクルの後に、工程（ｅ）が実施される、請求項１０４から１０６の何れかに記載の方法。
【請求項１０８】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復する各サイクルの後に、工程（ｅ）が実施される、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
結合要素が標的核酸を捕捉することができる１つ又はそれ以上の捕捉分子を含み、及び標的核酸が１つ又はそれ以上の捕捉分子によって、結合要素に関し捕捉されている、請求項１０１から１０８の何れかに記載の方法。
【請求項１１０】
工程（ａ）が工程（ｂ）から空間的に隔てて行われる、請求項１０１から１０９の何れかに記載の方法。
【請求項１１１】
結合要素が粒子を含む、請求項１０１から１１０の何れかに記載の方法。
【請求項１１２】
工程（ｃ）及び／又は（ｄ）を実施する前に、１つ又はそれ以上の検出可能なマーカーを添加することによって、標的核酸を標識することをさらに含む、請求項１０１から１１１の何れかに記載の方法。
【請求項１１３】
１つ又はそれ以上の検出可能なマーカーが蛍光マーカーである、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
工程（ｅ）が、取得された１つ又はそれ以上の指標値の時間依存的モニタリングを含む、請求項１０１から１１３の何れかに記載の方法。
【請求項１１５】
工程（ａ）を実施する前に、１つ又はそれ以上の標的核酸を提供することをさらに含む、請求項１０１から１１４の何れかに記載の方法。
【請求項１１６】
１つ又はそれ以上の標的核酸を提供することが生物学的材料からの標的核酸を放出させることを含む、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
生物学的材料が１つ又はそれ以上の原核細胞、１つ又はそれ以上の真核細胞及び１つ又はそれ以上のウイルス粒子並びにこれらの混合物からなる群から選択される、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
生物学的材料から標的核酸を放出させることが生物学的材料を溶解試薬と接触させることを含む、請求項１１６又は１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
１つ又はそれ以上の標的核酸を提供することが、１つ又はそれ以上の標的核酸を含む試料を提供することを含み、前記試料が、全血、血漿、血清、尿、痰、唾液及び脳脊髄液からなる群から選択される、請求項１１５から１１８の何れかに記載の方法。
【請求項１２０】
きょう雑材料から１つ又はそれ以上の標的核酸を分離することをさらに含む、請求項１０１から１１９の何れかに記載の方法。
【請求項１２１】
標的核酸を提供することが工程（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）及び（ｅ）から空間的に隔てて行われる、請求項１１６から１２０の何れかに記載の方法。
【請求項１２２】
請求項１から９９の何れかに記載の装置中で行われる、請求項１０１から１１１の何れかに記載の方法。
【請求項１２３】
装置が液体を収容するように適合された第一の構造を含み、及び工程（ａ）が第一の構造中で実施される、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
装置が液体を収容するように適合され、及び１つ又はそれ以上の標的核酸を検出するように構成された第二の構造を含み（第二の構造は第二の構造を覆うカバー要素を含む。）、及びカバー要素を変形するように作動されるように適合されたアクチュエータユニットを含み、並びに工程（ｅ）が第二の構造中で行われる、請求項１２２又は１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
工程（ｃ）及び／又は工程（ｄ）が第二の構造中で行われる、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
工程（ｅ）がカバー要素を変形させるように作動されるアクチュエータを用いて実施される、請求項１２４又は１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
第二の構造の容量が減少されるようにカバー要素が変形される、請求項１２６に記載の方法。
【請求項１２８】
工程（ｅ）を実施した後に、第二のウェルの容積が再度増加される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
（ａ）レポーター化合物のある量；
捕捉分子のアンカー基を結合するように構成された第一の結合要素；
レポーター化合物を捕捉することができる第二の結合要素；
レポーター化合物と複合体を形成することができる標的核酸のある量（レポーター化合物との複合体の形成は第二の結合要素によるレポーター化合物の捕捉を阻害する。）；及び
捕捉分子のある量（各捕捉分子は標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分及びアンカー基を含む。）を提供すること；
（ｂ）それぞれ標的核酸及び捕捉分子を含む複合体を形成すること；
（ｃ）複合体を第一の結合要素に結合させるために、複合体を第一の結合要素と接触させること；
（ｄ）第一の結合要素から標的核酸の前記量の少なくとも一部を放出させること；
（ｅ）標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；
（ｆ）第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること；並びに
（ｅ）第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること、
を含む、方法。
【請求項１３０】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値に基づいて、標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定する工程の後に、第二の結合要素からレポーター化合物の前記量の残りの一部を放出させること；
標的核酸の前記量の少なくとも一部とレポーター化合物の前記量のサブセットの複合体を形成させること；
第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること；並びに
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること
をさらに含む、請求項１２９又は１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
Ｎ回のさらなる回数（Ｎは、１より大きい又は１に等しい整数である。）、放出させる、複合体を形成させる、捕捉する及び測定する工程を実施することをさらに含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３３】
Ｎ＞５である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
Ｎ＞１０である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３５】
Ｎ＞２０である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３６】
標的核酸の前記量の少なくとも一部とレポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程が同時に行われる、請求項１２９から１３５の何れかに記載の方法。
【請求項１３７】
標的核酸を増幅に供することをさらに含む、請求項１２９から１３６の何れかに記載の方法。
【請求項１３８】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の前に、標的核酸の増幅が開始される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体の形成及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部の捕捉が化学的平衡状態になる前に、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１３６から１３８の何れかに記載の方法。
【請求項１４０】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成する工程及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程を開始してから１秒ないし１２０秒後に、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１３６から１３９の何れかに記載の方法。
【請求項１４１】
レポーター化合物が１つ又はそれ以上の検出可能な標識を含む、請求項１２９から１４０の何れかに記載の方法。
【請求項１４２】
１つ又はそれ以上の検出可能な標識が蛍光標識である、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
レポーター化合物がオリゴヌクレオチドである、請求項１２９から１４２の何れかに記載の方法。
【請求項１４４】
標的核酸を増幅に供する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項１３７から１４３の何れかに記載の方法。
【請求項１４５】
第二の結合要素が、第二の結合要素上にレポーター化合物を捕捉することができる１つ又はそれ以上の異なるレポーター特異的捕捉分子を含む、請求項１２９から１４４の何れかに記載の方法。
【請求項１４６】
レポーター特異的捕捉分子がオリゴヌクレオチドである、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
異なるレポーター特異的捕捉分子が第二の結合要素に関して異なる位置上に配置されている、請求項１４５又は１４６に記載の方法。
【請求項１４８】
レポーター特異的捕捉分子と複合体を形成することによって、レポーター化合物が第二の結合要素上に捕捉される、請求項１４５から１４７の何れかに記載の方法。
【請求項１４９】
標的核酸と複合体を形成することが可能なレポーター化合物の相互作用部位の少なくとも一部がレポーター特異的捕捉分子と複合体を形成することもできる、請求項１４５から１４８の何れかに記載の方法。
【請求項１５０】
レポーター特異的捕捉分子及び標的核酸がレポーター化合物との複合体の形成に関して競合する、請求項１４５から１４９の何れかに記載の方法。
【請求項１５１】
増幅が二本鎖核酸を変性させる工程を含む、請求項１３７から１５０の何れかに記載の方法。
【請求項１５２】
二本鎖核酸が標的核酸とのレポーター化合物の複合体、レポーター特異的捕捉分子とのレポーター化合物の複合体、レポーター化合物の二本鎖及び標的核酸の二本鎖を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
増幅が標的核酸へプライマー分子を徐冷する工程を含む、請求項１３７から１５２の何れかに記載の方法。
【請求項１５４】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び／又は第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程と同時に徐冷工程が行われる、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
増幅が循環増幅である、請求項１３７から１５４の何れかに記載の方法。
【請求項１５６】
循環増幅がＰＣＲである、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
ＰＣＲを実施することがエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを使用することを含む、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５８】
循環増幅が少なくとも１０のサイクルを含む、請求項１５５から１５７の何れかに記載の方法。
【請求項１５９】
循環増幅が少なくとも２０のサイクルを含む、請求項１５５から１５８の何れかに記載の方法。
【請求項１６０】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の少なくとも１サイクル後に測定される、請求項１５５から１５９の何れかに記載の方法。
【請求項１６１】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の各サイクル後に測定される、請求項１５５から１６０の何れかに記載の方法。
【請求項１６２】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定した後に毎回測定される、請求項１５５から１６１の何れかに記載の方法。
【請求項１６３】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値の測定が指標値の時間依存性モニタリングを含む、請求項１２９から１６２の何れかに記載の方法。
【請求項１６４】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、レポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値と相関させる較正曲線に基づいて測定される、請求項１３０から１６３の何れかに記載の方法。
【請求項１６５】
請求項１から９９の何れかに記載の装置中で行われる、請求項１２９から１６４の何れかに記載の方法。
【請求項１６６】
装置が液体を収容するように適合された第一の構造を含み、及びそれぞれ標的核酸と捕捉分子を含む複合体を形成させる工程（各捕捉分子は標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）が第一の構造中で行われる、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
装置が液体を収容するように適合された第二の構造を含み、第一の結合要素及び場合によって第二の結合要素が第二の構造中に提供される、請求項１６５又は１６６に記載の方法。
【請求項１６８】
試料が１μＬから５０μＬの容積を有する流体試料である、請求項１００から１６７の何れかに記載の方法。
【請求項１６９】
試料が液体全血試料である、請求項１００から１６８の何れかに記載の方法。
【請求項１７０】
請求項１００から１６９の何れかに記載の方法を実施するように構成された請求項１から９９の何れかに記載の流体装置。
【請求項１７１】
−レポーター化合物のある量、
−レポーター化合物を捕捉することができる結合要素及び
−レポーター化合物と複合体を形成することができる標的核酸のある量（レポーター化合物との複合体の形成は結合要素によるレポーター化合物の捕捉を阻害する。）、
を含む組成物を形成すること；
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；
結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること；並びに
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること
を含む方法。
【請求項１７２】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値に基づいて、標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項１７１に記載の方法。
【請求項１７３】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の後に、結合要素からレポーター化合物の前記量の残りの一部を放出させること、結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること、並びに結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項１７１又は１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
Ｎ回のさらなる回数（Ｎは、１より大きい又は１に等しい整数である。）、放出、複合体の形成、捕捉及び測定の工程を実施することをさらに含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
Ｎ＞５である、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
Ｎ＞１０である、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７７】
Ｎ＞２０である、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７８】
複合体を形成させる工程の前に、
結合要素上にレポーター化合物の前記量の少なくとも一部を捕捉すること；
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること；並びに
捕捉されたレポーター化合物を結合要素から放出させること
をさらに含む、請求項１７１から１７７の何れかに記載の方法。
【請求項１７９】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程が同時に行われる、請求項１７１から１７８の何れかに記載の方法。
【請求項１８０】
標的核酸を増幅に供することをさらに含む、請求項１７１から１７９の何れかに記載の方法。
【請求項１８１】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の前に、標的核酸の増幅が開始される、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１８２】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体の形成及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部の捕捉が化学的平衡状態になる前に、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１７１から１８１の何れかに記載の方法。
【請求項１８３】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成する工程及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程を開始してから１秒ないし１２０秒後に、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１７１から１８２の何れかに記載の方法。
【請求項１８４】
レポーター化合物が１つ又はそれ以上の検出可能な標識を含む、請求項１７１から１８３の何れかに記載の方法。
【請求項１８５】
１つ又はそれ以上の検出可能な標識が蛍光標識である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
レポーター化合物がオリゴヌクレオチドである、請求項１７１から１８５の何れかに記載の方法。
【請求項１８７】
標的核酸を増幅に供する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項１８０から１８６の何れかに記載の方法。
【請求項１８８】
組成物を形成することが、
−第一のレポーター化合物のある量と、
−第一のレポーター化合物と複合体を形成することができる第一の標的核酸のある量と（第一のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第一のレポーター化合物の捕捉を阻害する。）、
−第二のレポーター化合物のある量と、及び
−第二のレポーター化合物と複合体を形成することができる第二の標的核酸のある量（第二のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第二のレポーター化合物の捕捉を阻害する。）と
を含む組成物を形成することを含む、請求項１７１から１８７の何れかに記載の方法。
【請求項１８９】
結合要素が、結合要素上にレポーター化合物を捕捉することができる１つ又はそれ以上の異なるレポーター捕捉分子を含む、請求項１７１から１８８の何れかに記載の方法。
【請求項１９０】
捕捉分子がオリゴヌクレオチドである、請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９１】
異なる捕捉分子が結合要素に関して異なる位置上に配置されている、請求項１８９又は１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
捕捉分子と複合体を形成することによって、レポーター化合物が結合要素上に捕捉される、請求項１８９から１９１の何れかに記載の方法。
【請求項１９３】
標的核酸と複合体を形成することが可能なレポーター化合物の相互作用部位の少なくとも一部が捕捉分子と複合体を形成することもできる、請求項１８９から１９２の何れかに記載の方法。
【請求項１９４】
捕捉分子及び標的核酸がレポーター化合物との複合体の形成に関して競合する、請求項１８９から１９３の何れかに記載の方法。
【請求項１９５】
増幅が二本鎖核酸を変性させる工程を含む、請求項１８０から１９４の何れかに記載の方法。
【請求項１９６】
二本鎖核酸が標的核酸とのレポーター化合物の複合体、捕捉分子とのレポーター化合物の複合体、レポーター化合物の二本鎖及び標的核酸の二本鎖を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９７】
増幅が標的核酸へプライマー分子を徐冷する工程を含む、請求項１８０から１９６の何れかに記載の方法。
【請求項１９８】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び／又は結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程と同時に徐冷工程が行われる、請求項１９７に記載の方法。
【請求項１９９】
増幅が循環増幅である、請求項１８０から１９８の何れかに記載の方法。
【請求項２００】
循環増幅がＰＣＲである、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０１】
ＰＣＲを実施することがエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを使用すること含む、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０２】
循環増幅が少なくとも１０のサイクルを含む、請求項１９９から２０１の何れかに記載の方法。
【請求項２０３】
循環増幅が少なくとも２０のサイクルを含む、請求項１９９から２０２の何れかに記載の方法。
【請求項２０４】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の少なくとも１つのサイクル後に測定される、請求項１９９から２０３の何れかに記載の方法。
【請求項２０５】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の各サイクル後に測定される、請求項１９９から２０４の何れかに記載の方法。
【請求項２０６】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定した後に毎回測定される、請求項１９９から２０５の何れかに記載の方法。
【請求項２０７】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値の測定が指標となる値の時間依存性モニタリングを含む、請求項１７１から２０６の何れかに記載の方法。
【請求項２０８】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、レポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値と相関させる較正曲線に基づいて測定される、請求項１７２から２０７の何れかに記載の方法。
【請求項２０９】
バイオセンサーアッセイ装置、微小流体カートリッジ及びラブ・オン・チップ（ｌａｂ ｏｎ ｃｈｉｐ）からなる群から選択される装置中で実施される、請求項１７１から２０８の何れかに記載の方法。
【請求項２１０】
二本鎖アンプリコンを形成させるために、少なくとも１つの標的ポリヌクレオチドを増幅すること、
アンプリコンを、アンプリコンを選択的に結合するように構成された表面と、及び
アンカー基によって前記表面に結合されたアンプリコンと接触させること、アンプリコンの存在を光学的に測定すること、
を含む、方法。
【請求項２１１】
光学的に検出する工程の後に表面からアンプリコンを放出させること、放出されたアンプリコンを少なくとも１つ以上の増幅サイクルに供すること、得られたアンプリコンを前記表面と、及びアンカー基によって前記表面に結合されたアンプリコンと接触させること、アンプリコンの存在を光学的に測定すること、を単離することをさらに含む、請求項２１０に記載の方法。
【請求項２１２】
Ｎ回のさらなる回数（Ｎは、１より大きい又は１に等しい整数である。）、放出させる、供する、接触させる及び光学的測定する工程を実施することをさらに含む、請求項２１１に記載の方法。
【請求項２１３】
Ｎ＞５である、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１４】
Ｎ＞１０である、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１５】
Ｎ＞２０である、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１６】
増幅の工程の前に、
標的ポリヌクレオチドを提供すること、
それぞれ病原体から放出された標的ポリヌクレオチド及び少なくとも１つの捕捉分子（各捕捉分子は標的ポリヌクレオチドのある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）を含む複合体を形成させること、並びに
複合体を表面と接触させること（表面は、複合体及び表面を非選択的に結合させるために、捕捉分子のアンカー基を非選択的に結合するように構成されている。）、
をさらに含む、請求項２１０に記載の方法。
【請求項２１７】
ポリヌクレオチドを提供することが、標的ポリヌクレオチドを含む、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物を放出させることを含む、請求項２１６に記載の方法。
【請求項２１８】
放出の工程が、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスを含む試料を、溶解試薬及び捕捉分子と接触させることを含む、請求項２１７に記載の方法。
【請求項２１９】
試料を溶解試薬及び捕捉分子と接触させる工程が、試料を、凍結乾燥された形態の溶解試薬及び捕捉分子と接触させることを含む、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２０】
標的ポリヌクレオチドを提供する工程が付随物質を提供することを含み、及び方法が表面に結合された複合体と付随物質を分離することをさらに含む、請求項２１６に記載の方法。
【請求項２２１】
付随物質が、ポリヌクレオチドがそこから放出される少なくとも１つの細胞、芽胞又はウイルスの内容物を含む、請求項２２１に記載の方法。
【請求項２２２】
表面が粒子の表面である、請求項２１０に記載の方法。
【請求項２２３】
１つ又はそれ以上の標的ポリヌクレオチドを提供すること、
それぞれ標的ポリヌクレオチドと少なくとも１つの捕捉分子（各捕捉分子は標的ポリヌクレオチドある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）を含む複合体を形成させること、及び
複合体を表面と接触させること（表面は、複合体及び表面を非選択的に結合するために、捕捉分子のアンカー基を非選択的に結合するように構成されている。）、
を含む、方法。
【請求項２２４】
提供する工程が、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物を放出させることを含み、及び前記内容物がポリヌクレオチドを含む、請求項２２３に記載の方法。
【請求項２２５】
表面に結合された複合体と、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスから放出された他の内容物を分離することをさらに含む、請求項２２４に記載の方法。
【請求項２２６】
請求項２１０から２２５の何れかに記載の方法を実施するように構成された装置。
【請求項２２７】
微小流体装置の反応チャンバー中に液体を導入すること（前記液体は標的ポリヌクレオチドを含む。）、
反応チャンバー内に位置する第一の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、
アンプリコンを形成させるために、反応チャンバー内の標的ポリヌクレオチドを増幅すること（増幅は、レポート化合物の存在下で行われる。）、
反応チャンバー内のアンプリコンへレポーター化合物の一部を結合させること、
反応チャンバー内の第二の結合要素へレポーター化合物の残りの一部を結合させること、及び
第二の結合要素に結合されたレポーター化合物を検出すること、
を含む、方法。
【請求項２２８】
微小流体装置の反応チャンバー中に液体を導入すること（前記液体は標的ポリヌクレオチドを含む。）、
反応チャンバー内に位置する第一の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、
アンプリコンを形成させるために、反応チャンバー内の標的ポリヌクレオチドを増幅すること（増幅は、レポート化合物の存在下で行われる。）、
反応チャンバー内のアンプリコンへレポーター化合物の一部を結合させること、
反応チャンバー内の第二の結合要素へレポーター化合物の残りの一部を結合させること、
第二の結合要素に結合されたレポーター化合物を検出すること、
を含む、方法。
【請求項２２９】
アンプリコンを形成させるために増幅混合物中の標的ポリヌクレオチドを増幅させること（増幅はレポーター化合物の存在下で実施され、アンプリコンの少なくとも一部はレポーター化合物と複合体を形成することができる。）
アンプリコンの少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；及び
レポーター化合物の残りの一部（アンプリコンと複合体を形成していない残りの一部の一員）を検出すること、
を含む、方法。
【請求項２３０】
検出されたレポーター化合物の残りの一部に基づいて、増幅した後に存在するアンプリコンの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２２９に記載の方法。
【請求項２３１】
アンプリコンの数の指標となる値に基づいて、増幅混合物中に存在する標的ポリヌクレオチドの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２３０に記載の方法。
【請求項２３２】
増幅の工程が、対照アンプリコンを形成するために増幅混合物中に存在する対照ポリヌクレオチドを増幅することをさらに含み（増幅は対照レポーター化合物の存在下で行われ、対照アンプリコンの少なくとも一部は対照レポーター化合物と複合体を形成することができる。）、
対照アンプリコンの少なくとも一部との、対照レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；
対照レポーター化合物の残りの一部（対照アンプリコンと複合体を形成していない残りの一部の一員）を検出すること；並びに
レポーター化合物の検出された残りの一部及び対照レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、増幅後に存在するアンプリコンの数の指標となる値を測定すること、
をさらに含む、請求項２２９又は２３１に記載の方法。
【請求項２３３】
レポーター化合物及び対照レポーター化合物がそれぞれ光学的標識を含み、検出の工程が光学的標識を検出することを含む、請求項２３２に記載の方法。
【請求項２３４】
表面に関して固定化された結合要素へ、アンプリコンと複合体を形成していないレポーター化合物を結合させることをさらに含み、及び検出が結合要素に結合されたレポーター化合物の残りの一部を用いて行われる、請求項２２９から２３３の何れかに記載の方法。
【請求項２３５】
結合要素が第一の結合要素であり、表面に関して固定化された第二の結合要素へ、対照アンプリコンと複合体を形成していない対照レポーター化合物を結合させることをさらに含み、及び第二の結合要素に結合された対照レポーター化合物の残りの一部を用いて、対照レポーター化合物の残りの一部の検出が行われる、請求項２３４に記載の方法。
【請求項２３６】
結合要素が反応チャンバー中に配置されており、及び検出の工程が反応チャンバー内で行われる、請求項２３４に記載の方法。
【請求項２３７】
第一及び第二の結合要素が反応チャンバー中に配置されており、及びレポーター化合物及び対照レポーター化合物を検出する工程が反応チャンバー中で行われる、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２３８】
増幅の工程の前に、第三の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、及び第三の結合要素から標的ポリヌクレオチドを放出させることをさらに含む、請求項２２９から２３７の何れかに記載の方法。
【請求項２３９】
増幅の工程の前に、第三の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、及び第三の結合要素から標的ポリヌクレオチドを放出させることをさらに含み、第三の結合要素が反応チャンバー中に配置されている、請求項２３６又は２３７に記載の方法。
【請求項２４０】
増幅、複合体の形成及び検出の工程をＮ回繰り返すことをさらに含み（Ｎは少なくとも２である。）、並びに増幅の反復される工程がアンプリコンを増幅することを含む、請求項２２９から２３９の何れかに記載の方法。
【請求項２４１】
Ｎ反復の少なくとも幾つかのそれぞれに対して、レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、アンプリコンの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２４０に記載の方法。
【請求項２４２】
Ｎ反復の少なくとも１つに対して、アンプリコンの数の指標となる値に基づいて、増幅混合物中に存在する標的ポリヌクレオチドの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２４１に記載の方法。
【請求項２４３】
Ｎが少なくとも２０である、請求項２４０から２４２の何れかに記載の方法。
【請求項２４４】
増幅の反復される工程が対照アンプリコンを増幅することを含み、並びに方法が対照アンプリコンと対照レポーター化合物間の複合体を形成する工程及び対照レポーター化合物の残りの一部を検出する工程をＮ回繰り返すことを含む、請求項２４０から２４３の何れかに記載の方法。
【請求項２４５】
Ｎ反復の少なくとも幾つかのそれぞれに対して、レポーター化合物の検出された残りの一部及び対照レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、アンプリコンの数の指標となる値を測定する、請求項２４４に記載の方法。
【請求項２４６】
標的ポリヌクレオチドが病原体に由来し、及び方法が標的ポリヌクレオチドを放出するために病原体を溶解することを含む、請求項２２９から２４５の何れかに記載の方法。
【請求項２４７】
病原体がウイルスである、請求項２４６に記載の方法。
【請求項２４８】
ウイルスがＨＩＶである、請求項２４７に記載の方法。
【請求項２４９】
レポーター化合物が光学的に検出可能な標識を含み、及びレポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成した場合と、レポーター化合物が複合体を形成していない場合とで、光学的に検出可能な標識の検出可能性が実質的に同じである、請求項２２９から２４８の何れかに記載の方法。
【請求項２５０】
標識が蛍光性であり、及びレポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成したときの蛍光標識の量子収率が、レポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成していないときの標識の量子収率の１０％以内である、請求項２４９に記載の方法。
【請求項２５１】
対照レポーター化合物が光学的に検出可能な標識を含み、並びに対照レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成した場合と、及び対照レポーター化合物が複合体を形成していない場合とで、光学的に検出可能な標識の検出可能性が実質的に同じである、請求項２４９に記載の方法。
【請求項２５２】
対照レポーター化合物の標識が蛍光性であり、及び対照レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成したときの蛍光標識の量子収率が、レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成していないときの標識の量子収率の１０％以内である、請求項２５１に記載の方法。
【請求項２５３】
第一及び第二の結合要素が同じ表面に関して固定化されている、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２５４】
増幅混合物中の標的ポリヌクレオチドを増幅することが、それぞれの異なるアンプリコンを形成させるために増幅混合物中の数Ｎ’のさらなる異なる標的ポリヌクレオチドを増幅すること（増幅はＮ’のそれぞれのレポーター化合物の存在下で実施され、第Ｎ’アンプリコンのそれぞれの少なくとも一部は第Ｎ’レポーター化合物と複合体を形成することができ、Ｎ’は少なくとも２である。）、
第Ｎ’アンプリコンの少なくとも一部との、第Ｎ’レポーター化合物のそれぞれの前記量の一部の複合体を形成させること；及び
第Ｎ’レポーター化合物のそれぞれの残りの一部（それぞれのアンプリコンと複合体を形成していないそれぞれの残りの一部の一員）を検出すること、
をさらに含む、請求項２４０から２５３の何れかに記載の方法。
【請求項２５５】
Ｎ’が少なくとも４である、請求項２５４に記載の方法。
【請求項２５６】
請求項２２９から２５５に記載の方法の何れかを実施するように構成された装置。
【請求項１】
（ａ）堅固な基材；
（ｂ）前記基材を少なくとも部分的に覆う柔軟なカバー要素；
（ｃ）液体を収容するように適合された、及び１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの、標的分子を含む内容物を放出するように適合された、前記基材中に形成された第一の構造；
（ｄ）液体を収容し、及び前記標的分子を捕捉するように適合された少なくとも１つの結合要素を含むように適合された、並びに前記標的分子の存在及び／又は量の指標となる値を測定するように適合された、前記基材中に形成された第二の構造；
（ｅ）少なくとも前記第一の構造及び前記第二の構造を相互接続する微小流体ネットワーク；
（ｆ）前記微小流体ネットワークの一部を選択的に閉鎖するために、前記基材に対して前記柔軟なカバー要素を押圧することによって、前記第一の構造と前記第二の構造の間に流体流を起こさせるように適合されたアクチュエータユニット；
を含む装置。
【請求項２】
（ａ）少なくとも１つの結合要素を含み及び微小流体ネットワークと流体連通している、液体を収容するように適合された構造；
（ｂ）前記標的分子が少なくとも１つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合され、前記構造中の前記標的分子の増幅を調節するように適合され、及び少なくとも１つの結合要素において捕捉された化合物の検出を調節するように適合された調節ユニット；
を含む装置。
【請求項３】
化合物が標的分子である、請求項２に記載の装置。
【請求項４】
化合物が標的分子の存在及び／又は量の指標となるレポーター化合物である、請求項２に記載の装置。
【請求項５】
少なくとも１つの結合要素が標的分子を捕捉するように適合されている、請求項１から４の何れか一項に記載の装置。
【請求項６】
少なくとも１つの結合要素が標的分子の存在及び／又は量の指標となるレポーター化合物を捕捉するように適合されている、請求項１から５の何れか一項に記載の装置。
【請求項７】
少なくとも１つの結合要素が標的分子を捕捉するように適合された第一の結合要素並びに標的分子の存在及び／又は量の指標となるレポーター化合物を捕捉するように適合された第二の結合要素を含む、請求項１から６の何れか一項に記載の装置。
【請求項８】
前記構造がウェルである、請求項１から７の何れか１項に記載の装置。
【請求項９】
微小流体ネットワークが１つのチャネル又は相互接続されたチャネルの複数を含む、請求項１から８の何れか一項に記載の装置。
【請求項１０】
微小流体ネットワークが少なくとも１つのさらなる構造を含む、請求項１から９の何れか一項に記載の装置。
【請求項１１】
少なくとも１つのさらなる構造が１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの、標的分子を含む内容物を放出するように適合されている、請求項１０に記載の装置。
【請求項１２】
少なくとも１つのさらなる構造が標的分子と複合体を形成することができる捕捉プローブを含む、請求項１０又は１１に記載の装置。
【請求項１３】
少なくとも１つのさらなる構造が標的分子の増幅を促進する少なくとも１つの物質を含む、請求項１０から１２の何れか一項に記載の装置。
【請求項１４】
前記少なくとも１つのさらなる構造がウェルである、請求項１０から１３の何れか１項に記載の装置。
【請求項１５】
基材を含み、前記構造が前記基材上に及び／又は基材中に付与されている、請求項１から１４の何れか一項に記載の装置。
【請求項１６】
基材が堅固な基材である、請求項１５に記載の装置。
【請求項１７】
基材を少なくとも部分的に覆うカバー要素を含む、請求項１５又は１６に記載の装置。
【請求項１８】
前記基材が第一の表面及び該第一の表面と対向する第二の表面を有し、
前記構造が前記基材の前記第一の表面上及び／又は表面中に付与されており、
前記基材の前記第二の表面上及び／又は表面中に付与されているさらなる構造を含み、
前記第一及び第二の表面の間に配置され、並びに前記構造を前記さらなる構造との流体連通させるように構成された接続構造を含む、
請求項１５から１７の何れか一項に記載の装置。
【請求項１９】
接続構造が基材中の通過穴又は基材の第一の表面中及び第二の表面中の溝である、請求項１８に記載の装置。
【請求項２０】
さらなる基材を含み、さらなる構造がさらなる基材上及びさらなる基材中に付与されており、前記基材がさらなる基材に接続されている作動状態において、前記構造と前記さらなる構造が流体連通されるように、前記基材及び前記さらなる基材が相互接続可能であるように適合されている、請求項１５から１９の何れか一項に記載の装置。
【請求項２１】
標的分子の分析中における固相カップリング手順の複数が少なくとも１つの結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から２０の何れか一項に記載の装置。
【請求項２２】
標的分子の分析中における正確に２つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から２１の何れか一項に記載の装置。
【請求項２３】
試料中の標的分子の分析中における正確に１つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から１９の何れか一項に記載の装置。
【請求項２４】
少なくとも１つの結合要素に隣接して配置された装置の少なくとも一部が１ｎｍから１０μｍの波長の範囲の電磁波照射に対して透過性であり、これにより、標的分子の存在及び／又は量の指標となり、及び少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物の電磁波照射をベースとする検出が可能となる、請求項１から２３の何れか一項に記載の装置。
【請求項２５】
調節ユニットがプロセッサである、特にマイクロプロセッサ及び中央演算装置からなる群の１つである、請求項２から２４又は９７の何れかに記載の装置。
【請求項２６】
前記構造に配置され、及び前記構造中に配置された少なくとも１つの結合要素、特にビーズが前記構造から取り除かれることを防ぐように適合された少なくも１つのフィルター、特に少なくとも１つのフリットを含む、請求項１から２５の何れかに記載の装置。
【請求項２７】
少なくとも１つの結合要素が表面機能化を含む、請求項１から２６の何れかに記載の装置。
【請求項２８】
少なくとも１つの結合要素が、前記構造の表面上に配置された捕捉分子、粒子上に配置された捕捉分子、前記構造の多孔性表面上に配置された捕捉分子及び前記構造の表面に関して異なる位置上に配置された１つ又はそれ以上の異なる捕捉分子からなる群の少なくとも１つを含む、請求項１から２７の何れか一項に記載の装置。
【請求項２９】
前記構造が１μＬから１ｍＬの範囲、特に２０μＬから３００μＬの範囲の容積を有する、請求項１から２８の何れか一項に記載の装置。
【請求項３０】
前記基材が装置に液体を供給するための挿管を受容するように構成された溝を有する、請求項１５から２９の何れか一項に記載の装置。
【請求項３１】
基材が前記構造に隣接するウィンドウ部分を有し、及び１ｎｍから１０μｍの波長の範囲、４００ｎｍから８００ｎｍの波長の範囲の電磁波照射に対して透過性であり、これにより、前記構造又は前記微小流体ネットワークを通じた液体流のメニスカスの電磁波照射をベースとする検出を可能とする、請求項１５から３０の何れか一項に記載の装置。
【請求項３２】
前記構造及び前記さらなる構造からなる群の少なくとも１つが２つの液体開口部を含む、請求項１０から３１の何れか一項に記載の装置。
【請求項３３】
少なくとも１つの結合要素が捕捉分子のアンカー基を結合するように構成されている、請求項１から３２の何れか一項に記載の装置。
【請求項３４】
少なくとも１つの結合要素がポリヌクレオチドを捕捉するように構成されている、請求項１から３３の何れかに記載の装置。
【請求項３５】
カバー要素が柔軟なカバー要素である、請求項１７から３４の何れかに記載の装置。
【請求項３６】
カバー要素が少なくとも部分的に変形可能であるように構成されている、請求項１７から３５の何れか一項に記載の装置。
【請求項３７】
前記構造又は前記微小流体ネットワークを開放又は閉鎖することにより、液体の流れを選択的に可能又は不能にするように、カバー要素が少なくとも部分的に変形可能なように構成されている、請求項１７から３６の何れか一項に記載の装置。
【請求項３８】
前記構造に沿って又は前記微小流体ネットワークに沿って液体を輸送するように、カバー要素が少なくとも部分的に変形可能なように構成されている、請求項１７から３７の何れか一項に記載の装置。
【請求項３９】
（ａ）前記構造を覆うカバー要素の一部；及び
（ｂ）前記カバー要素を変形させるように作動されるように適合されたアクチュエータユニット；
をさらに含む、請求項３８に記載の装置。
【請求項４０】
前記構造が生物学的に、生化学的に及び／又は化学的に活性である１つ又はそれ以上の物質を含む、請求項１から３９の何れかに記載の装置。
【請求項４１】
１つ又はそれ以上の物質が、捕捉分子、検出可能なマーカー及び試薬からなる群の少なくとも１つを含む、請求項４０に記載の装置。
【請求項４２】
１つ又はそれ以上の物質が乾燥された形態で、特に凍結乾燥された形態で存在する、請求項４０又は４１に記載の装置。
【請求項４３】
チャネルが５０μｍから１ｍｍの範囲、特に１００μｍから３００μｍの範囲の幅を有する、請求項９から４２の何れか一項に記載の装置。
【請求項４４】
チャネルが２０μｍから３００μｍの範囲、特に５０μｍから２００μｍの範囲の高さを有する、請求項９から４３の何れか一項に記載の装置。
【請求項４５】
前記構造が液体用の輸送媒体として適合された材料を含む、請求項１から４４の何れかに記載の装置。
【請求項４６】
材料が固体材料、ゲル材料、液体材料及びこれらの組み合わせからなる群の少なくとも１つを含む、請求項４５に記載の装置。
【請求項４７】
カバー要素が柔軟な膜又は柔軟な密封を含む、請求項１７から４６の何れかに記載の装置。
【請求項４８】
カバー要素を変形し、これにより、構造中及び／又は微小流体ネットワーク中の液体の液体流の特性を調節するように作動するように適合されたアクチュエータユニットを含む、請求項１７から４７の何れかに記載の装置。
【請求項４９】
チャネルの直線部分に沿って液体の液体流特性を調節するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項４８に記載の装置。
【請求項５０】
バルブ、流体混合装置及び流体ポンプからなる群の少なくとも１つとして、アクチュエータユニットが適合されている、請求項４８又は４９に記載の装置。
【請求項５１】
アクチュエータユニットが、カバー要素を変形して、これにより、調節ユニットによって規定される流体流スキームに従って液体の液体流特性を調節するために協調的に作動されるように適合されたアクチュエータ要素の複数を含む、請求項４８から５０の何れか一項に記載の装置。
【請求項５２】
標的分子が少なくとも１つの結合要素に捕捉され、標的分子が構造中で増幅され、並びに標的分子の存在及び／又は量の指標となり、及び少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物が検出されるようにカバー要素を変形するためにアクチュエータユニットを調節するように調節ユニットが適合される、請求項４８から５１の何れか一項に記載の装置。
【請求項５３】
アクチュエータユニットが往復運動されるように構成されたピンを含む、請求項４８から５２の何れか一項に記載の装置。
【請求項５４】
アクチュエータユニットが基材の主表面に対して垂直な方向に移動可能に取り付けられている、請求項４８から５３の何れかに記載の装置。
【請求項５５】
前記構造を通じた液体の輸送を不能にするために、前記構造の少なくとも一部を選択的に閉鎖するように、アクチュエータユニットが移動可能に取り付けられている、請求項４８から５４の何れかに記載の装置。
【請求項５６】
前記構造を通じた液体の輸送を可能とするために、前記構造の少なくとも一部を選択的に開放するように、アクチュエータユニットが移動可能に取り付けられている、請求項４８から５５の何れかに記載の装置。
【請求項５７】
前記構造を通じた液体の流体流を選択的に可能又は不能とするために、基材の主表面に対して垂直に往復運動するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項４８から５６の何れかに記載の装置。
【請求項５８】
前記構造を通じて液体を拍出するために、基材の主表面に対して垂直に往復運動するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項４８から５７の何れかに記載の装置。
【請求項５９】
アクチュエータユニットが構造の容量又は高さを調節するように適合されている、請求項４８から５８の何れかに記載の装置。
【請求項６０】
アクチュエータユニットが構造を選択的に閉鎖するように適合されている、請求項４８から５９の何れかに記載の装置。
【請求項６１】
アクチュエータユニットを機械的に駆動するように適合された駆動ユニットを含み、駆動ユニットが調節ユニットによって調節可能である、請求項４８から６０の何れかに記載の装置。
【請求項６２】
駆動ユニットが空気圧式駆動機構、水力学的駆動機構及び電磁的駆動機構からなる群の少なくとも１つを含む、請求項６１に記載の装置。
【請求項６３】
少なくとも１つの結合要素が三次元媒体を含む、請求項１から６２の何れか一項に記載の装置。
【請求項６４】
三次元媒体が粒子及び多孔性マトリックスからなる群の少なくとも１つから選択される、請求項６３に記載の装置。
【請求項６５】
アクチュエータユニットを移動させることによって可逆的に圧縮可能であるように三次元媒体が配置及び構成されている、請求項６３又は６４に記載の装置。
【請求項６６】
バイオセンサーアッセイ装置、微小流体カートリッジ及びラブ・オン・チップ（ｌａｂ ｏｎ ｃｈｉｐ）からなる群の少なくとも１つとして適合された、請求項１から６５の何れかに記載の装置。
【請求項６７】
液体の温度を感知するように適合され、及び好ましくはアクチュエータユニットに配置されている温度センサーを含む、請求項１から６６の何れかに記載の装置。
【請求項６８】
液体の温度を操作するように適合され、及び好ましくはアクチュエータユニットに配置されている温度操作ユニットを含む、請求項１から６７の何れかに記載の装置。
【請求項６９】
温度操作ユニットがポリメラーゼ連鎖反応を実施するための温度系列に従って構造中に配置された液体の温度を操作するように適合されている、請求項６８に記載の装置。
【請求項７０】
構造中に配置されている液体の温度を最大９５℃まで上昇させるように、温度操作単位が適合されている、請求項６８又は６９に記載の装置。
【請求項７１】
温度操作ユニットが加熱要素及び冷却要素からなる群の少なくとも１つを含む、請求項６８から７０の何れか一項に記載の装置。
【請求項７２】
液体の温度を操作するように適合された温度操作ユニットを含み、前記温度操作ユニットが第一の加熱要素及び第二の加熱要素を含み、前記構造が第一の加熱要素と第二の加熱要素の間に配置されている、請求項１から７１の何れか一項に記載の装置。
【請求項７３】
第一の加熱要素が連続板であり、及び第二の加熱要素が環状板である、請求項７２に記載の装置。
【請求項７４】
構造中の液体の温度を制御するように適合された温度制御ユニットを含む、請求項１から７３の何れかに記載の装置。
【請求項７５】
基材が光透過性材料を含む、請求項１５から７４の何れかに記載の装置。
【請求項７６】
少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物を検出するように適合された検出ユニットを前記構造中に含む、請求項１から７５の何れかに記載の装置。
【請求項７７】
検出領域が光学的検出ユニット、特に蛍光検出ユニットを含む、請求項７６に記載の装置。
【請求項７８】
微小流体ネットワークが相互接続されたチャネルの複数を含む、請求項１から７７の何れかに記載の装置。
【請求項７９】
基材及びカバー要素が互いに接続されている別個のコンポーネントである、請求項１７から７８の何れかに記載の装置。
【請求項８０】
基材及びカバー要素が異なる材料で作製されている、請求項１７から７９の何れかに記載の装置。
【請求項８１】
前記構造及び／又は微小流体ネットワークを通じて液体を輸送するように適合された輸送ユニットを含む、請求項１から８０の何れかに記載の装置。
【請求項８２】
輸送ユニットがポンプ、特に、圧縮空気ポンプ、水圧式ポンプ、蠕動式ポンプ及び真空ポンプからなる群の１つを含む、請求項８１に記載の装置。
【請求項８３】
輸送ユニットが前記構造中及び／又は微小流体ネットワーク中に気泡を発生させることによって、液体を輸送するように適合されている、請求項８１に記載の装置。
【請求項８４】
基材及びカバー要素が直接接触している、請求項１７から８３の何れかに記載の装置。
【請求項８５】
基材がカバー要素と直接接触していない、請求項１７から８４の何れかに記載の装置。
【請求項８６】
前記構造に隣接して位置している基材の一部が４００ｎｍから８００ｎｍの波長の範囲の電磁的放射に対して透過性であり、これにより、前記構造中での光学的検出を可能とする、請求項１５から８５の何れかに記載の装置。
【請求項８７】
標的分子の分析中における少なくとも２つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素の正確に１つにおいて行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から８６の何れか一項に記載の装置。
【請求項８８】
標的分子の分析中における少なくとも２つの固相カップリング手順が少なくとも１つの結合要素の異なる結合要素において行われるように、少なくとも１つの結合要素が適合されている、請求項１から８６の何れか一項に記載の装置。
【請求項８９】
溶解剤と及び標的分子と複合体を形成することができる捕捉プローブとを含む溶解構造を含み、
液体の１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物（該内容物は標的分子を含む。）が放出され、及び捕捉プローブと複合体を形成するように、溶解構造への液体の流れを調節するように調節ユニットが適合されている、請求項２から８８の何れかに記載の装置。
【請求項９０】
複合体が構造中の少なくとも１つの結合部分に捕捉されるように、調節ユニットが、溶解構造から前記構造中への複合体の流体流を調節するように適合されている、請求項８９に記載の装置。
【請求項９１】
前記構造と流体連通している廃棄チャンバーを含み、
少なくとも１つの結合要素に捕捉されていない構造中の成分が廃棄チャンバー中に輸送される様式で、調節ユニットが微小液体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合されている、請求項９０に記載の装置。
【請求項９２】
洗浄剤を含む洗浄構造を含み、
洗浄手順が構造中で行われるように、調節ユニットが洗浄構造から前記構造中への洗浄剤の流体流を調節するように適合されている、請求項９１に記載の装置。
【請求項９３】
逆転写剤を含む逆転写構造を含み、逆転写手順が前記構造中で行われるように、調節ユニットが逆転写構造から前記構造中への逆転写剤の流体流を調節するように適合されている、請求項９２に記載の装置。
【請求項９４】
増幅剤を含む増幅構造を含み、増幅構造中への前記構造からの液体の流体流を調節するように、及び増幅構造から前記構造へ戻る液体の及び増幅剤の流体流を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項９３に装置。
【請求項９５】
増幅剤を使用することによって及び前記構造へ温度系列を適用することによって、前記構造中の増幅を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項９４に記載の装置。
【請求項９６】
少なくとも１つの結合要素に捕捉された、増幅された化合物の検出を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項９５に記載の装置。
【請求項９７】
標的分子が少なくとも１つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合され、第二の構造中の標的分子の増幅を調節するように適合され、及び少なくとも１つの結合要素において捕捉された化合物の検出を調節するように適合された調節ユニットを含む、請求項１に記載の装置。
【請求項９８】
微小流体ネットワークを通じた液体流を調節するために、アクチュエータユニットを調節するように、調節ユニットが適合されている、請求項９７に記載の装置。
【請求項９９】
液体を収容するように適合された構造を含み、該構造が第一の化合物を捕捉するように適合された第一の結合要素と並びに第一の化合物の存在及び／又は量の指標となる第二の化合物を捕捉するように適合された第二の結合要素とを含む、装置。
【請求項１００】
（ａ）少なくとも１つの結合要素を含み及び微小流体ネットワークと流体連通している構造中に液体を収容すること、
（ｂ）標的分子が少なくとも１つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節すること、
（ｃ）構造中の標的分子を増幅すること、及び
（ｄ）標的分子の存在及び／又は量の指標となり、並びに少なくとも１つの結合要素に捕捉された化合物を検出すること、
を含む、方法。
【請求項１０１】
（ａ）それぞれ標的核酸と捕捉分子を含む複合体を形成させること（各捕捉分子は、標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）、
（ｂ）複合体を結合要素と接触させること（結合要素は、複合体を結合要素に結合するための捕捉分子のアンカー基を結合するように構成されている。）、
（ｃ）１つ又はそれ以上の標的核酸を増幅に供すること、
（ｄ）結合要素に関して、増幅された標的核酸を捕捉すること、及び
（ｅ）捕捉された標的核酸の存在及び／又は量の指標となる１つ又はそれ以上の値を測定すること、
を含む、方法。
【請求項１０２】
１つ又はそれ以上の標的核酸が一本鎖核酸である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
工程（ｃ）を実施する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させること、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復することをさらに含む、請求項１０１から１０３の何れかに記載の方法。
【請求項１０５】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復するサイクルが少なくとも１０回実施される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復するサイクルが少なくとも２０回実施される、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復する少なくとも１サイクルの後に、工程（ｅ）が実施される、請求項１０４から１０６の何れかに記載の方法。
【請求項１０８】
捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程（ｃ）及び（ｄ）を反復する各サイクルの後に、工程（ｅ）が実施される、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
結合要素が標的核酸を捕捉することができる１つ又はそれ以上の捕捉分子を含み、及び標的核酸が１つ又はそれ以上の捕捉分子によって、結合要素に関し捕捉されている、請求項１０１から１０８の何れかに記載の方法。
【請求項１１０】
工程（ａ）が工程（ｂ）から空間的に隔てて行われる、請求項１０１から１０９の何れかに記載の方法。
【請求項１１１】
結合要素が粒子を含む、請求項１０１から１１０の何れかに記載の方法。
【請求項１１２】
工程（ｃ）及び／又は（ｄ）を実施する前に、１つ又はそれ以上の検出可能なマーカーを添加することによって、標的核酸を標識することをさらに含む、請求項１０１から１１１の何れかに記載の方法。
【請求項１１３】
１つ又はそれ以上の検出可能なマーカーが蛍光マーカーである、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
工程（ｅ）が、取得された１つ又はそれ以上の指標値の時間依存的モニタリングを含む、請求項１０１から１１３の何れかに記載の方法。
【請求項１１５】
工程（ａ）を実施する前に、１つ又はそれ以上の標的核酸を提供することをさらに含む、請求項１０１から１１４の何れかに記載の方法。
【請求項１１６】
１つ又はそれ以上の標的核酸を提供することが生物学的材料からの標的核酸を放出させることを含む、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
生物学的材料が１つ又はそれ以上の原核細胞、１つ又はそれ以上の真核細胞及び１つ又はそれ以上のウイルス粒子並びにこれらの混合物からなる群から選択される、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
生物学的材料から標的核酸を放出させることが生物学的材料を溶解試薬と接触させることを含む、請求項１１６又は１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
１つ又はそれ以上の標的核酸を提供することが、１つ又はそれ以上の標的核酸を含む試料を提供することを含み、前記試料が、全血、血漿、血清、尿、痰、唾液及び脳脊髄液からなる群から選択される、請求項１１５から１１８の何れかに記載の方法。
【請求項１２０】
きょう雑材料から１つ又はそれ以上の標的核酸を分離することをさらに含む、請求項１０１から１１９の何れかに記載の方法。
【請求項１２１】
標的核酸を提供することが工程（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）及び（ｅ）から空間的に隔てて行われる、請求項１１６から１２０の何れかに記載の方法。
【請求項１２２】
請求項１から９９の何れかに記載の装置中で行われる、請求項１０１から１１１の何れかに記載の方法。
【請求項１２３】
装置が液体を収容するように適合された第一の構造を含み、及び工程（ａ）が第一の構造中で実施される、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
装置が液体を収容するように適合され、及び１つ又はそれ以上の標的核酸を検出するように構成された第二の構造を含み（第二の構造は第二の構造を覆うカバー要素を含む。）、及びカバー要素を変形するように作動されるように適合されたアクチュエータユニットを含み、並びに工程（ｅ）が第二の構造中で行われる、請求項１２２又は１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
工程（ｃ）及び／又は工程（ｄ）が第二の構造中で行われる、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
工程（ｅ）がカバー要素を変形させるように作動されるアクチュエータを用いて実施される、請求項１２４又は１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
第二の構造の容量が減少されるようにカバー要素が変形される、請求項１２６に記載の方法。
【請求項１２８】
工程（ｅ）を実施した後に、第二のウェルの容積が再度増加される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
（ａ）レポーター化合物のある量；
捕捉分子のアンカー基を結合するように構成された第一の結合要素；
レポーター化合物を捕捉することができる第二の結合要素；
レポーター化合物と複合体を形成することができる標的核酸のある量（レポーター化合物との複合体の形成は第二の結合要素によるレポーター化合物の捕捉を阻害する。）；及び
捕捉分子のある量（各捕捉分子は標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分及びアンカー基を含む。）を提供すること；
（ｂ）それぞれ標的核酸及び捕捉分子を含む複合体を形成すること；
（ｃ）複合体を第一の結合要素に結合させるために、複合体を第一の結合要素と接触させること；
（ｄ）第一の結合要素から標的核酸の前記量の少なくとも一部を放出させること；
（ｅ）標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；
（ｆ）第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること；並びに
（ｅ）第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること、
を含む、方法。
【請求項１３０】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値に基づいて、標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定する工程の後に、第二の結合要素からレポーター化合物の前記量の残りの一部を放出させること；
標的核酸の前記量の少なくとも一部とレポーター化合物の前記量のサブセットの複合体を形成させること；
第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること；並びに
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること
をさらに含む、請求項１２９又は１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
Ｎ回のさらなる回数（Ｎは、１より大きい又は１に等しい整数である。）、放出させる、複合体を形成させる、捕捉する及び測定する工程を実施することをさらに含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３３】
Ｎ＞５である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
Ｎ＞１０である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３５】
Ｎ＞２０である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３６】
標的核酸の前記量の少なくとも一部とレポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程が同時に行われる、請求項１２９から１３５の何れかに記載の方法。
【請求項１３７】
標的核酸を増幅に供することをさらに含む、請求項１２９から１３６の何れかに記載の方法。
【請求項１３８】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の前に、標的核酸の増幅が開始される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体の形成及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部の捕捉が化学的平衡状態になる前に、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１３６から１３８の何れかに記載の方法。
【請求項１４０】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成する工程及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程を開始してから１秒ないし１２０秒後に、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１３６から１３９の何れかに記載の方法。
【請求項１４１】
レポーター化合物が１つ又はそれ以上の検出可能な標識を含む、請求項１２９から１４０の何れかに記載の方法。
【請求項１４２】
１つ又はそれ以上の検出可能な標識が蛍光標識である、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
レポーター化合物がオリゴヌクレオチドである、請求項１２９から１４２の何れかに記載の方法。
【請求項１４４】
標的核酸を増幅に供する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項１３７から１４３の何れかに記載の方法。
【請求項１４５】
第二の結合要素が、第二の結合要素上にレポーター化合物を捕捉することができる１つ又はそれ以上の異なるレポーター特異的捕捉分子を含む、請求項１２９から１４４の何れかに記載の方法。
【請求項１４６】
レポーター特異的捕捉分子がオリゴヌクレオチドである、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
異なるレポーター特異的捕捉分子が第二の結合要素に関して異なる位置上に配置されている、請求項１４５又は１４６に記載の方法。
【請求項１４８】
レポーター特異的捕捉分子と複合体を形成することによって、レポーター化合物が第二の結合要素上に捕捉される、請求項１４５から１４７の何れかに記載の方法。
【請求項１４９】
標的核酸と複合体を形成することが可能なレポーター化合物の相互作用部位の少なくとも一部がレポーター特異的捕捉分子と複合体を形成することもできる、請求項１４５から１４８の何れかに記載の方法。
【請求項１５０】
レポーター特異的捕捉分子及び標的核酸がレポーター化合物との複合体の形成に関して競合する、請求項１４５から１４９の何れかに記載の方法。
【請求項１５１】
増幅が二本鎖核酸を変性させる工程を含む、請求項１３７から１５０の何れかに記載の方法。
【請求項１５２】
二本鎖核酸が標的核酸とのレポーター化合物の複合体、レポーター特異的捕捉分子とのレポーター化合物の複合体、レポーター化合物の二本鎖及び標的核酸の二本鎖を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
増幅が標的核酸へプライマー分子を徐冷する工程を含む、請求項１３７から１５２の何れかに記載の方法。
【請求項１５４】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び／又は第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程と同時に徐冷工程が行われる、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
増幅が循環増幅である、請求項１３７から１５４の何れかに記載の方法。
【請求項１５６】
循環増幅がＰＣＲである、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
ＰＣＲを実施することがエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを使用することを含む、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５８】
循環増幅が少なくとも１０のサイクルを含む、請求項１５５から１５７の何れかに記載の方法。
【請求項１５９】
循環増幅が少なくとも２０のサイクルを含む、請求項１５５から１５８の何れかに記載の方法。
【請求項１６０】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の少なくとも１サイクル後に測定される、請求項１５５から１５９の何れかに記載の方法。
【請求項１６１】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の各サイクル後に測定される、請求項１５５から１６０の何れかに記載の方法。
【請求項１６２】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定した後に毎回測定される、請求項１５５から１６１の何れかに記載の方法。
【請求項１６３】
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値の測定が指標値の時間依存性モニタリングを含む、請求項１２９から１６２の何れかに記載の方法。
【請求項１６４】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、レポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値と相関させる較正曲線に基づいて測定される、請求項１３０から１６３の何れかに記載の方法。
【請求項１６５】
請求項１から９９の何れかに記載の装置中で行われる、請求項１２９から１６４の何れかに記載の方法。
【請求項１６６】
装置が液体を収容するように適合された第一の構造を含み、及びそれぞれ標的核酸と捕捉分子を含む複合体を形成させる工程（各捕捉分子は標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）が第一の構造中で行われる、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
装置が液体を収容するように適合された第二の構造を含み、第一の結合要素及び場合によって第二の結合要素が第二の構造中に提供される、請求項１６５又は１６６に記載の方法。
【請求項１６８】
試料が１μＬから５０μＬの容積を有する流体試料である、請求項１００から１６７の何れかに記載の方法。
【請求項１６９】
試料が液体全血試料である、請求項１００から１６８の何れかに記載の方法。
【請求項１７０】
請求項１００から１６９の何れかに記載の方法を実施するように構成された請求項１から９９の何れかに記載の流体装置。
【請求項１７１】
−レポーター化合物のある量、
−レポーター化合物を捕捉することができる結合要素及び
−レポーター化合物と複合体を形成することができる標的核酸のある量（レポーター化合物との複合体の形成は結合要素によるレポーター化合物の捕捉を阻害する。）、
を含む組成物を形成すること；
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；
結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること；並びに
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること
を含む方法。
【請求項１７２】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値に基づいて、標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項１７１に記載の方法。
【請求項１７３】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の後に、結合要素からレポーター化合物の前記量の残りの一部を放出させること、結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること、並びに結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項１７１又は１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
Ｎ回のさらなる回数（Ｎは、１より大きい又は１に等しい整数である。）、放出、複合体の形成、捕捉及び測定の工程を実施することをさらに含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
Ｎ＞５である、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
Ｎ＞１０である、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７７】
Ｎ＞２０である、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７８】
複合体を形成させる工程の前に、
結合要素上にレポーター化合物の前記量の少なくとも一部を捕捉すること；
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定すること；並びに
捕捉されたレポーター化合物を結合要素から放出させること
をさらに含む、請求項１７１から１７７の何れかに記載の方法。
【請求項１７９】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程が同時に行われる、請求項１７１から１７８の何れかに記載の方法。
【請求項１８０】
標的核酸を増幅に供することをさらに含む、請求項１７１から１７９の何れかに記載の方法。
【請求項１８１】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の前に、標的核酸の増幅が開始される、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１８２】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体の形成及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部の捕捉が化学的平衡状態になる前に、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１７１から１８１の何れかに記載の方法。
【請求項１８３】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成する工程及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程を開始してから１秒ないし１２０秒後に、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が測定される、請求項１７１から１８２の何れかに記載の方法。
【請求項１８４】
レポーター化合物が１つ又はそれ以上の検出可能な標識を含む、請求項１７１から１８３の何れかに記載の方法。
【請求項１８５】
１つ又はそれ以上の検出可能な標識が蛍光標識である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
レポーター化合物がオリゴヌクレオチドである、請求項１７１から１８５の何れかに記載の方法。
【請求項１８７】
標的核酸を増幅に供する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項１８０から１８６の何れかに記載の方法。
【請求項１８８】
組成物を形成することが、
−第一のレポーター化合物のある量と、
−第一のレポーター化合物と複合体を形成することができる第一の標的核酸のある量と（第一のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第一のレポーター化合物の捕捉を阻害する。）、
−第二のレポーター化合物のある量と、及び
−第二のレポーター化合物と複合体を形成することができる第二の標的核酸のある量（第二のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第二のレポーター化合物の捕捉を阻害する。）と
を含む組成物を形成することを含む、請求項１７１から１８７の何れかに記載の方法。
【請求項１８９】
結合要素が、結合要素上にレポーター化合物を捕捉することができる１つ又はそれ以上の異なるレポーター捕捉分子を含む、請求項１７１から１８８の何れかに記載の方法。
【請求項１９０】
捕捉分子がオリゴヌクレオチドである、請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９１】
異なる捕捉分子が結合要素に関して異なる位置上に配置されている、請求項１８９又は１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
捕捉分子と複合体を形成することによって、レポーター化合物が結合要素上に捕捉される、請求項１８９から１９１の何れかに記載の方法。
【請求項１９３】
標的核酸と複合体を形成することが可能なレポーター化合物の相互作用部位の少なくとも一部が捕捉分子と複合体を形成することもできる、請求項１８９から１９２の何れかに記載の方法。
【請求項１９４】
捕捉分子及び標的核酸がレポーター化合物との複合体の形成に関して競合する、請求項１８９から１９３の何れかに記載の方法。
【請求項１９５】
増幅が二本鎖核酸を変性させる工程を含む、請求項１８０から１９４の何れかに記載の方法。
【請求項１９６】
二本鎖核酸が標的核酸とのレポーター化合物の複合体、捕捉分子とのレポーター化合物の複合体、レポーター化合物の二本鎖及び標的核酸の二本鎖を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９７】
増幅が標的核酸へプライマー分子を徐冷する工程を含む、請求項１８０から１９６の何れかに記載の方法。
【請求項１９８】
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び／又は結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程と同時に徐冷工程が行われる、請求項１９７に記載の方法。
【請求項１９９】
増幅が循環増幅である、請求項１８０から１９８の何れかに記載の方法。
【請求項２００】
循環増幅がＰＣＲである、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０１】
ＰＣＲを実施することがエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを使用すること含む、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０２】
循環増幅が少なくとも１０のサイクルを含む、請求項１９９から２０１の何れかに記載の方法。
【請求項２０３】
循環増幅が少なくとも２０のサイクルを含む、請求項１９９から２０２の何れかに記載の方法。
【請求項２０４】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の少なくとも１つのサイクル後に測定される、請求項１９９から２０３の何れかに記載の方法。
【請求項２０５】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値が循環増幅の各サイクル後に測定される、請求項１９９から２０４の何れかに記載の方法。
【請求項２０６】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を測定した後に毎回測定される、請求項１９９から２０５の何れかに記載の方法。
【請求項２０７】
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値の測定が指標となる値の時間依存性モニタリングを含む、請求項１７１から２０６の何れかに記載の方法。
【請求項２０８】
標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値が、レポーター化合物の存在及び／又は量の指標となる値を標的核酸の存在及び／又は量の指標となる値と相関させる較正曲線に基づいて測定される、請求項１７２から２０７の何れかに記載の方法。
【請求項２０９】
バイオセンサーアッセイ装置、微小流体カートリッジ及びラブ・オン・チップ（ｌａｂ ｏｎ ｃｈｉｐ）からなる群から選択される装置中で実施される、請求項１７１から２０８の何れかに記載の方法。
【請求項２１０】
二本鎖アンプリコンを形成させるために、少なくとも１つの標的ポリヌクレオチドを増幅すること、
アンプリコンを、アンプリコンを選択的に結合するように構成された表面と、及び
アンカー基によって前記表面に結合されたアンプリコンと接触させること、アンプリコンの存在を光学的に測定すること、
を含む、方法。
【請求項２１１】
光学的に検出する工程の後に表面からアンプリコンを放出させること、放出されたアンプリコンを少なくとも１つ以上の増幅サイクルに供すること、得られたアンプリコンを前記表面と、及びアンカー基によって前記表面に結合されたアンプリコンと接触させること、アンプリコンの存在を光学的に測定すること、を単離することをさらに含む、請求項２１０に記載の方法。
【請求項２１２】
Ｎ回のさらなる回数（Ｎは、１より大きい又は１に等しい整数である。）、放出させる、供する、接触させる及び光学的測定する工程を実施することをさらに含む、請求項２１１に記載の方法。
【請求項２１３】
Ｎ＞５である、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１４】
Ｎ＞１０である、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１５】
Ｎ＞２０である、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１６】
増幅の工程の前に、
標的ポリヌクレオチドを提供すること、
それぞれ病原体から放出された標的ポリヌクレオチド及び少なくとも１つの捕捉分子（各捕捉分子は標的ポリヌクレオチドのある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）を含む複合体を形成させること、並びに
複合体を表面と接触させること（表面は、複合体及び表面を非選択的に結合させるために、捕捉分子のアンカー基を非選択的に結合するように構成されている。）、
をさらに含む、請求項２１０に記載の方法。
【請求項２１７】
ポリヌクレオチドを提供することが、標的ポリヌクレオチドを含む、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物を放出させることを含む、請求項２１６に記載の方法。
【請求項２１８】
放出の工程が、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスを含む試料を、溶解試薬及び捕捉分子と接触させることを含む、請求項２１７に記載の方法。
【請求項２１９】
試料を溶解試薬及び捕捉分子と接触させる工程が、試料を、凍結乾燥された形態の溶解試薬及び捕捉分子と接触させることを含む、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２０】
標的ポリヌクレオチドを提供する工程が付随物質を提供することを含み、及び方法が表面に結合された複合体と付随物質を分離することをさらに含む、請求項２１６に記載の方法。
【請求項２２１】
付随物質が、ポリヌクレオチドがそこから放出される少なくとも１つの細胞、芽胞又はウイルスの内容物を含む、請求項２２１に記載の方法。
【請求項２２２】
表面が粒子の表面である、請求項２１０に記載の方法。
【請求項２２３】
１つ又はそれ以上の標的ポリヌクレオチドを提供すること、
それぞれ標的ポリヌクレオチドと少なくとも１つの捕捉分子（各捕捉分子は標的ポリヌクレオチドある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。）を含む複合体を形成させること、及び
複合体を表面と接触させること（表面は、複合体及び表面を非選択的に結合するために、捕捉分子のアンカー基を非選択的に結合するように構成されている。）、
を含む、方法。
【請求項２２４】
提供する工程が、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物を放出させることを含み、及び前記内容物がポリヌクレオチドを含む、請求項２２３に記載の方法。
【請求項２２５】
表面に結合された複合体と、１つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスから放出された他の内容物を分離することをさらに含む、請求項２２４に記載の方法。
【請求項２２６】
請求項２１０から２２５の何れかに記載の方法を実施するように構成された装置。
【請求項２２７】
微小流体装置の反応チャンバー中に液体を導入すること（前記液体は標的ポリヌクレオチドを含む。）、
反応チャンバー内に位置する第一の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、
アンプリコンを形成させるために、反応チャンバー内の標的ポリヌクレオチドを増幅すること（増幅は、レポート化合物の存在下で行われる。）、
反応チャンバー内のアンプリコンへレポーター化合物の一部を結合させること、
反応チャンバー内の第二の結合要素へレポーター化合物の残りの一部を結合させること、及び
第二の結合要素に結合されたレポーター化合物を検出すること、
を含む、方法。
【請求項２２８】
微小流体装置の反応チャンバー中に液体を導入すること（前記液体は標的ポリヌクレオチドを含む。）、
反応チャンバー内に位置する第一の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、
アンプリコンを形成させるために、反応チャンバー内の標的ポリヌクレオチドを増幅すること（増幅は、レポート化合物の存在下で行われる。）、
反応チャンバー内のアンプリコンへレポーター化合物の一部を結合させること、
反応チャンバー内の第二の結合要素へレポーター化合物の残りの一部を結合させること、
第二の結合要素に結合されたレポーター化合物を検出すること、
を含む、方法。
【請求項２２９】
アンプリコンを形成させるために増幅混合物中の標的ポリヌクレオチドを増幅させること（増幅はレポーター化合物の存在下で実施され、アンプリコンの少なくとも一部はレポーター化合物と複合体を形成することができる。）
アンプリコンの少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；及び
レポーター化合物の残りの一部（アンプリコンと複合体を形成していない残りの一部の一員）を検出すること、
を含む、方法。
【請求項２３０】
検出されたレポーター化合物の残りの一部に基づいて、増幅した後に存在するアンプリコンの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２２９に記載の方法。
【請求項２３１】
アンプリコンの数の指標となる値に基づいて、増幅混合物中に存在する標的ポリヌクレオチドの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２３０に記載の方法。
【請求項２３２】
増幅の工程が、対照アンプリコンを形成するために増幅混合物中に存在する対照ポリヌクレオチドを増幅することをさらに含み（増幅は対照レポーター化合物の存在下で行われ、対照アンプリコンの少なくとも一部は対照レポーター化合物と複合体を形成することができる。）、
対照アンプリコンの少なくとも一部との、対照レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること；
対照レポーター化合物の残りの一部（対照アンプリコンと複合体を形成していない残りの一部の一員）を検出すること；並びに
レポーター化合物の検出された残りの一部及び対照レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、増幅後に存在するアンプリコンの数の指標となる値を測定すること、
をさらに含む、請求項２２９又は２３１に記載の方法。
【請求項２３３】
レポーター化合物及び対照レポーター化合物がそれぞれ光学的標識を含み、検出の工程が光学的標識を検出することを含む、請求項２３２に記載の方法。
【請求項２３４】
表面に関して固定化された結合要素へ、アンプリコンと複合体を形成していないレポーター化合物を結合させることをさらに含み、及び検出が結合要素に結合されたレポーター化合物の残りの一部を用いて行われる、請求項２２９から２３３の何れかに記載の方法。
【請求項２３５】
結合要素が第一の結合要素であり、表面に関して固定化された第二の結合要素へ、対照アンプリコンと複合体を形成していない対照レポーター化合物を結合させることをさらに含み、及び第二の結合要素に結合された対照レポーター化合物の残りの一部を用いて、対照レポーター化合物の残りの一部の検出が行われる、請求項２３４に記載の方法。
【請求項２３６】
結合要素が反応チャンバー中に配置されており、及び検出の工程が反応チャンバー内で行われる、請求項２３４に記載の方法。
【請求項２３７】
第一及び第二の結合要素が反応チャンバー中に配置されており、及びレポーター化合物及び対照レポーター化合物を検出する工程が反応チャンバー中で行われる、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２３８】
増幅の工程の前に、第三の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、及び第三の結合要素から標的ポリヌクレオチドを放出させることをさらに含む、請求項２２９から２３７の何れかに記載の方法。
【請求項２３９】
増幅の工程の前に、第三の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、及び第三の結合要素から標的ポリヌクレオチドを放出させることをさらに含み、第三の結合要素が反応チャンバー中に配置されている、請求項２３６又は２３７に記載の方法。
【請求項２４０】
増幅、複合体の形成及び検出の工程をＮ回繰り返すことをさらに含み（Ｎは少なくとも２である。）、並びに増幅の反復される工程がアンプリコンを増幅することを含む、請求項２２９から２３９の何れかに記載の方法。
【請求項２４１】
Ｎ反復の少なくとも幾つかのそれぞれに対して、レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、アンプリコンの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２４０に記載の方法。
【請求項２４２】
Ｎ反復の少なくとも１つに対して、アンプリコンの数の指標となる値に基づいて、増幅混合物中に存在する標的ポリヌクレオチドの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項２４１に記載の方法。
【請求項２４３】
Ｎが少なくとも２０である、請求項２４０から２４２の何れかに記載の方法。
【請求項２４４】
増幅の反復される工程が対照アンプリコンを増幅することを含み、並びに方法が対照アンプリコンと対照レポーター化合物間の複合体を形成する工程及び対照レポーター化合物の残りの一部を検出する工程をＮ回繰り返すことを含む、請求項２４０から２４３の何れかに記載の方法。
【請求項２４５】
Ｎ反復の少なくとも幾つかのそれぞれに対して、レポーター化合物の検出された残りの一部及び対照レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、アンプリコンの数の指標となる値を測定する、請求項２４４に記載の方法。
【請求項２４６】
標的ポリヌクレオチドが病原体に由来し、及び方法が標的ポリヌクレオチドを放出するために病原体を溶解することを含む、請求項２２９から２４５の何れかに記載の方法。
【請求項２４７】
病原体がウイルスである、請求項２４６に記載の方法。
【請求項２４８】
ウイルスがＨＩＶである、請求項２４７に記載の方法。
【請求項２４９】
レポーター化合物が光学的に検出可能な標識を含み、及びレポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成した場合と、レポーター化合物が複合体を形成していない場合とで、光学的に検出可能な標識の検出可能性が実質的に同じである、請求項２２９から２４８の何れかに記載の方法。
【請求項２５０】
標識が蛍光性であり、及びレポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成したときの蛍光標識の量子収率が、レポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成していないときの標識の量子収率の１０％以内である、請求項２４９に記載の方法。
【請求項２５１】
対照レポーター化合物が光学的に検出可能な標識を含み、並びに対照レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成した場合と、及び対照レポーター化合物が複合体を形成していない場合とで、光学的に検出可能な標識の検出可能性が実質的に同じである、請求項２４９に記載の方法。
【請求項２５２】
対照レポーター化合物の標識が蛍光性であり、及び対照レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成したときの蛍光標識の量子収率が、レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成していないときの標識の量子収率の１０％以内である、請求項２５１に記載の方法。
【請求項２５３】
第一及び第二の結合要素が同じ表面に関して固定化されている、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２５４】
増幅混合物中の標的ポリヌクレオチドを増幅することが、それぞれの異なるアンプリコンを形成させるために増幅混合物中の数Ｎ’のさらなる異なる標的ポリヌクレオチドを増幅すること（増幅はＮ’のそれぞれのレポーター化合物の存在下で実施され、第Ｎ’アンプリコンのそれぞれの少なくとも一部は第Ｎ’レポーター化合物と複合体を形成することができ、Ｎ’は少なくとも２である。）、
第Ｎ’アンプリコンの少なくとも一部との、第Ｎ’レポーター化合物のそれぞれの前記量の一部の複合体を形成させること；及び
第Ｎ’レポーター化合物のそれぞれの残りの一部（それぞれのアンプリコンと複合体を形成していないそれぞれの残りの一部の一員）を検出すること、
をさらに含む、請求項２４０から２５３の何れかに記載の方法。
【請求項２５５】
Ｎ’が少なくとも４である、請求項２５４に記載の方法。
【請求項２５６】
請求項２２９から２５５に記載の方法の何れかを実施するように構成された装置。
【図１ａ】
【図１ｂ】
【図１ｃ】
【図１ｄ】
【図１ｅ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７ａ】
【図１７ｂ】
【図１７ｃ】
【図１７Ｄ】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２６Ｃ】
【図２６Ｄ】
【図２７Ａ】
【図２７Ｂ】
【図２８Ａ】
【図２８Ｂ】
【図１ｂ】
【図１ｃ】
【図１ｄ】
【図１ｅ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７ａ】
【図１７ｂ】
【図１７ｃ】
【図１７Ｄ】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２６Ｃ】
【図２６Ｄ】
【図２７Ａ】
【図２７Ｂ】
【図２８Ａ】
【図２８Ｂ】
【公開番号】特開２０１３−４６６１８（Ｐ２０１３−４６６１８Ａ）
【公開日】平成２５年３月７日（２０１３．３．７）
【国際特許分類】
【外国語出願】
【出願番号】特願２０１２−２１４７１１（Ｐ２０１２−２１４７１１）
【出願日】平成２４年９月２７日（２０１２．９．２７）
【分割の表示】特願２００９−５３５０９０（Ｐ２００９−５３５０９０）の分割
【原出願日】平成１９年１１月６日（２００７．１１．６）
【出願人】（５０８１３５１４９）クロンデイアグ・ゲーエムベーハー (5)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２５年３月７日（２０１３．３．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−２１４７１１（Ｐ２０１２−２１４７１１）
【出願日】平成２４年９月２７日（２０１２．９．２７）
【分割の表示】特願２００９−５３５０９０（Ｐ２００９−５３５０９０）の分割
【原出願日】平成１９年１１月６日（２００７．１１．６）
【出願人】（５０８１３５１４９）クロンデイアグ・ゲーエムベーハー (5)
【Ｆターム（参考）】
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